lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111 111 1 6666666666666666666666666 8888888888888888888888888888888 1 1 2222222222222222222 3333333 111 111 222 1 1 2222222 2 111 1 33333333 111 222 44444 1 111 5555555555555 111 111 11 77777777777777777777777777777777777777777777 2222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 2222222222222 11111 11111111111111 1 22222222222222222222 1 222 222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 6 7 2 1 6 888888 888 6 2 9999999999999999999999999 0 0000000000000000000000000000000 6 3 3 6 8888888888888888888 3 88 1 6666666 0 1 8 222 999 66 0 000 8 7 0 3333333 6 99 3 0 111 1 1 3 88888888 6 444 6 000 66666 5 666 8 3333333333333 55 44 3 000 3 222 555 44 00 7777 66666666666666666666666666666666666666666666 3 3 555 99 4 44 7777777777 55 3 3 44 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 333 3 555 0000000000000 999 44444 3 5 77777 44 33 33 777 99999999999999 555 44 2 9999 44 3 6 99 0 77777777777777777777 6 3 3 444 111111111111111111111111111111111 7
lowQualScore : . . . . . ...... ... . . ......................... . ............................... . . . . ................... . .. . ....... . . . ... ... .. . ... . . . ....... . .. . . ... . . . ........ . ... . ... ..... . ... . ............. .. .. . ... . ... ... .. .. .... ............................................ . . ... .. . .. .......... .. . . .. ..................................................... . . ... . ... ............. ... ..... . . ..... .. .. .. ... .............. ... .. . .... .. . . .. . .................... . . . ... ................................. .
lowQualScore : 0 7 0 0 5 555555 000 5 8 7777777777777777777777777 7 0000000000000000000000000000000 7 3 3 7 7777777777777777777 5 22 4 4444444 8 0 0 000 000 88 8 000 0 0 0 0000000 0 22 7 7 777 5 0 3 22222222 7 888 0 222 66666 0 222 9 9999999999999 00 99 6 444 3 111 888 66 00 7777 99999999999999999999999999999999999999999999 3 3 888 22 1 66 5555555555 00 3 3 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 9 888 1 444 6666666666666 000 22222 1 2 77777 22 99 99 888 44444444444444 000 11 9 9999 22 3 8 77 4 00000000000000000000 8 6 6 222 000000000000000000000000000000000 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACATACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATNTAGAAA-ANT--AACNTTCGAAN--NA----ATTGAAATGCGTATAAAT----GAT------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACGAAAA--A-ATGTCAANGTG-CACTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAA-N-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTT--AAAC-ACAATACATTTGACAAACACGAACAAAAATG-G-AGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTC-TTAAA-CTAAAGGAAGGCTACTACTATATCACCTCCATCT--TCTCTCCTTTT---ATTATATTTTCC-TTAAAATAT--T-AAA-AA-ATCCTGCT--GATCCTTN-TTTCCCCTCCTCAT-CNTTTC-T-----C---TC-TTTTGTTCC--TTT-TATGC-TT---TAT-TC--TACCT---TTAT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------CAA---------TCTNA------AT-A-A-TG---T-GTT-TCATTAT-GTTA---CAT--ACAAAATA--AATAT-GN--TTATATCTTG--TCGG-T-AA--TT-A------CTTA-----TATAC---AT-G----------------------TATTTANT-T---T-ATA---CAGT-----T-----G-TAA-CGTA-----TAC-CACT-----AAGA--ATTA--TA--TACNT-TTN----A--------CACAT---TAAT-CA-ACNT--ATGTGTAA--GTATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTATGTTGTAAATAACTT---T-ATG-A-ATA--AAN-TATTTAATCA-CA-AAAAA-ATAAACTTT-GATA-TCCAT--AAATACACCA-TCATATTACCACAAATC
Reference ( gi|1 ) : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT--AACCTTCGGAA--AA----ATTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAA-A-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTT--AAAC-AAAATAAATTTGACAAACACGAACAAAAAAT-G-AGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTC-TT-GA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCT--TCTCTACCTTT---ATTATATTTTTC-TTAAAATATGGT-AAA-AA-GTCCTACT--TATCAGTT-TTTCGCCTCCTCAT-CATTTC-T-----C---TGAATTTGTTCC--TTT-TATGC-TT---TAT-TC--CACCT---TTAT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------CAA---------TCTCA------GT-A-A-TG---T-GTT-TCATTAT-GTTA---CAT--ACAAAACA--AATCT-GT--TTATATCTTG--TTGG-T-AA--TT-A------CTTA-----TATAC---AT-G----------------------TATTTATT-T---T-ATA---CAGT-----T-----G-TAA-TGTA-----TAC-CATT-----AAGA--ATTA--TA--TACAT-TTA----A--------CACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGATTATGTTGCGAATAACTT---T-ATG-A-ATC--AAT-TATTTATTCA-CA-AAAAAGATAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATA-AAACACAATTCATACTTAACATAAACTT
gi|23 : AAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|2 : aAATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATA-TATTT-ATATAGAAATAG---AACTTTTGAAG--TA----TTTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA-A-A---TGAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTT--AAAC-----TTATTTTGACAAACACGAACAAAAATG-G-AGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTC-TTAAA-CTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACT--CCTCATTTTTT---CTTGTATTTTCCTTTAAAATAT--C-AAA-AATTTCCTGCT--GATT--TTATTTCTCCTCCTCAT-CTTTCC-T-----C---TCCTTTTGTGCC--TTT-TATAC-TT---TAC-TC--TTTCT---ATTT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------TTA---------TC-CA---------A-A-TGAGTT-ATT-TCATTAT-GTGA---CAT--ACACAACA--AATAT-GG--TTATA--TTGAATTCA-C-AA--TTAA------CTTA-----TTTGC----T-GCTTGAGTTGCTTTTTCTCATTTTACTTAGT-TGTCT-ATA---TAGTTCAACT-----G-TAG-CATA-----TAT-CACT-----AGCA--AGTA--TA--TA-AT-TCC----A--------CACAC---TAAT-CA-ACAT--ATGTGT-----TATGCAACA
gi|6 : AATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAAAATTGAAAGGT---GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAACA-A-ATAGAAATAGAAGGAGA-------------GAAC-ACAATACATTTGACAAACATGAACAAAAAAT-GAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTC-TTAAA-TTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATCtacatatctaatgtttgtg
gi|3 : gTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TAAAAA--AT--AACCTTCGAAC--CA----ATTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA-------TGAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAAC--AAAATGG-AGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATA-AA-ATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCT-CTTTT---ATTCTCCTTTCCTTTAAAGTATCAA-AAATAA-AACCTGTTGGTGCC--TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTC-TTAC--C---T---TTTTTTCTTATTT-CATGTGTTAC-TAT-TT----CCT---TTG---TCGGAGTCCTT--AA----AT------ATA---------TCCAA------ATAA-A-TA-----ATT-TCATTAG-GTTA---CAT--ACAAAATA--AATATAGT-----TATCTTG--TAAGTT-AC--CT-A------ACTA-----TATACTA-ACAG----------------------CATTTATT-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|20 : taTTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACA-C-ACATTGAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTA--AAAC-ACAATTAATTTGACAAACATGAACAAAAATG-G-AGATTATTTCTCCAAAACAATaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|15 : -TATTTTAGAAAA-CTA-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTT--AAAC-ACAATACATTCGACAAACACGAACAAAAATG-G-AGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTC-TT-GAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCT--TCTCTCCCATT---ATTATATTTTTC-TTAAA-----------------CCTGCT--GATCCTTA-TTTCCCCTCCTCAT-CTTTCC-T-----CACATG---TTGTTCC--TTG-TATGC-TT---TAT-TC--TACCT---TTATCGTCTGAG
gi|13 : A-CT-AAGGGAGGCTACTGCTTTATCATCTCTATAT--CCTCT-CTTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT---------T-AAA-AA-GTCCTGCT--GATCCTTA-TTTCCCCTCCTGAT-CTTTTC-T-----C---TCCTTTTGTTTC--TTT-TATAA-TT---CAC-CCTATACCC---TT-T--TTTGA-TCCTT--AT----AC------TAA---------TCTAA------AT-A-A-GT---T-ATT-TCATTAT-GTCA---C-T--TCAAAATATTAATAT-G-----GTATCTTG--TTGG-T-AAGTTT-G------CTT---------------T-T----------------------T-CTTAAT-T---T-ATT---TAGT-----T-----G-Tgatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|11 : GGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCT--TCTCTCCCTTT---ATTATATTTTCC-CTAAAATATGGTTAAA-AA-ACCCTGCT--GATCCTTA-TTTCCCCTCCTCAT--ATTTCCT-----C---TCATATTGTTCC--TTT-TATGC-TT---TAT-TA--TACCT---TTAT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------CA-------------------------------------T-TTATATT-GTTG---C-T------------GATTG-AT--TTGCATTTTC--TCAA-T-----TT-A------CTT------TATAC----T-G----------------------T-TGTAAC-G---T-ATA---CCAC-------------TAATTATA-----TAC---TT------------TT---TA--CACA--TTA----A----------------TAA-----ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGTAATTG--ATGTGACTATGTTTATGTTGTTAATAACTT---T-ATG-A-AAT--AATATATTTAATCA-CA-Atgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|7 : ATCACCTCCATCT--TCTCTCCTTTT---ATTATAATTCTC-TTATAATATA-T-AAA-AA-ATCCTGCT--GATCCTTA-TTTCTCCTCATCAT-C-TTTCAT-----C---TCCTTTTGTTCT--TTT-TATGC-TT---TAT-TC--TAACC---TTAT--TCTGAGTCCTT--ATATCTAT------CAAAATAAGTTATTTCATAGAAAAT-A-AATA---TAGTTATC-TTGTTGGTA---AATTCACAATATA--AAAAT-GTCATTA-ACTTTG--TTTC-T-GA--TTGA------TTTGCTCTTTCTCA---AT-A----------------------TTCTTAGT-TGTAT-ATA---CAGT-----TCAACTG-TAA-CGTA-----TAC-AACT-----AGGA--ATTA--TA--TACTT-TTC----A--------CACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTATAA--GCATGCAAAAAAATGT-ATTGTTATATGACTATCTTTATGTTGTGAATAACTT---T-ATGAA-ATA--AAT-TTTTTAATCA-CA-AAAA
gi|14 : TT-TTTCCCCTCCTCAT-CATTTC-T-----C---TCAATTTGTTCC--TTT-TATGC-TT---TAT-TC--TACCT---TTAT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------CAA---------TCTTA------AT-A-A-TG---T-GTT-TCATTAT-GTGA---CAT--ACTAAACA--AATAT-GT--TTATATCTTG--TTGG-T-AA--TT-A------ATTA-----TATA--------------------------------TTTACT-T---T-ATA---CAGT-----T-----A-TAA-TGTA-----TAC-CACT-----AAGA--ATTA--TA--TACAT-TTT----A--------CACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTTTGTTGCGAATAACTT---T-ATG-A-ATA--AAT-TATTTAATCA-CA-AAAAA
gi|4 : tCCTTAT-C-TTTC-TTCTCCC---T---TTTTTTTC--TTTATATAC-TT---TAT-TC--TTTCC---CTAT--TCTGCGTCCTC--AT----AT------CTA---------TCCAA------AT-A-A--G---TCATT-TCACTAT-GTCA---CAA--ACAAAATA--AATAT-GG--T--TATCTTG--TGGG-T-AA-----A------TTTA-----TA
gi|19 : TCAT-ATTTTC-T-----C---TC--CTTTTTCC--TTT-TATAT-TT---TAC-TC--TTTCT---TAAT---CTGAGCGCTTGAAT----AT----------------------------------A-T----T-ATT-TCATTAG-GTTA---CAT--ACAAAATA--AATatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|12 : aaaaaataatgacattccttattttcctgTTTGCTCC--TTT--ATAC-TT---TAC-TC--TACCC---TTAT--TCTGAGTCCTTAAAT----ATATA---CAA----------ATTA------GT----------T-ATT-TCATCAT-GTTT---CAT--ACAAAATA--AATATGGC--TT---TCTTG--TCGG-T-AA--a
gi|8 : tTTTGTTTC--TTT--GTAC-TTATATATATC--CAAATGGGCTAT--T-----TCATT--AT----ATTACATACAA---------AATAA------CT-ATA-TG---T-GGT-T-ATCTT-GTTAGTACATTGACAATATA--AAGAT-ATCATT-TACTTTG--CTGC-TTGA--TT-AGCTTTTCTCA-----TTTACTTAGT-G----------------------TTTTT-TT-T---T-ATA---CAGT-----TCAACTG-TAG-CATG-----CAC-CGCT-----ATGG--ATTG--TA--TACGC-TTT----A--------CACAG---TAAT-CA-AC----ATGTGTAA--GTATACAACAACATGT-ATTATTATATGAATATGTTTGTGTTGTAAA-----T---T-AT--A-AT---AA--TATTTAGTCA-CA-ACA---ATAAAatgatcaatatgaaaaaagcattatctttgttgctgattgatttgctttttctcaatttaccttgtcgtttttacattttaactgtttcatatacaaaagataataatatacttttacactttaataaacatgtatgtataagtatgcaacagaatgtactgatatatgactatgtttatgttgtaaataactttacgagatcaaatacgtaatcagcagaa
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacttctcctT---TAT-TC--TACCT---TTAT--TCTGAGTCCTT--AT----AT------CTA---------TCTTA------AT-A-A-TT---T-GTT-TCATTGT-GTTA---CAT--ACAAAATA--AATAT-GG--TTATATCTTG--TTGG-T-AA--TT---------TCA-----TA-AT---AT-G----------------------AAAATATTAT---TAATA---TTGT-----T-----GCTGA-TTGA-----TTTGCATTTTCTCAAT----TTACTTA--TATAT-TTACTTTA--------CACAT---TTGT--A-ACGT--ATATtcgtggtagacgttgaagagactgaaaggc
gi|16 : TTA------AT-A-A-TT---T-GTT-TCATTAT-GTTA---CAT--ACAAAATA--AATAT-GG--TTATATATTA--TTGG-T-AA--TT---------TCA-----TA-AT---AT-G----------------------cactaagaattatatactttttacacattaataaacctatgtgtaagcatgcaacaaaatgtaatttatacgactatgtttatgttgtgaataactttatgaaataagatatttaatcacaaaaaagagttatgttaacttgttctagatgacgacagacatgttattacatgt
gi|16 : ag-T-AA--TTTA------CTT------TATA------------------------------TATTTACT-T---T-ATA---CAGT-----T-----G-TAA-CGTA-----TAC-CACT-----AAGA--ATTA--TA--TACTT-TTT----A--------CATAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGAAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTATGTTGTTAATAACTT---aaaatatcattaatattgtttttgattgatttgcagtttcttaatttactttatatatttactttatacagttgtaacgtataccactaagaattatatactttttacatattaatcaacctatgtgaaagcatgcaacaaaatgtattgttatatgactatgtttatgttgttaataactt
gi|9 : agttaataatttgtttcattatgttacatacaaaataaatatggttatatattattggtaatttcataatatgaaaatatcattaatattgtttttgattgatttgcagtttct--TT-A------CTTA-----TATA--------------------------------TTTACT-T---T-ACA---CATT-----T-----G-TAA-CGTA-----TAT-CACT-----AAGA--ATTA--TA--TACTT-TTT----A--------CACAT---TAAT-AA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-AAT-TTATACGACTATGTTTATGTTGTGAATAACTT---T-ATGAA-ATA--AGA-TATTTAATCA-CA-AAAAAGA
gi|10 : ttattctacctttattctgagtccttatatctatcttaataatttgtttcattgtgttacatacaaaataaatatggttatatcttgttggtaatttcataatatgaaaatattattaatattgttgctgattgatttgcattttctcaat-A------TTTA-----TTTCC---AT-G----------------------TAGTTGTC-TA--T-GTAGTTCAAC-----T-----G-TAG-CATA-----TTC-CACT-----AAGA--ATTC--TA--TACGT-TTT----A--------CACAT---TAAT-TA-ACAA--ATTTATAA--GTATGAAACAAAATGT-CTT-TCAAATGATTATGTTTCTGGTGTAGATAAATT---C-ATG-A-AATAAAAA-TACTTAATCA-CACAAAAAACTAAgttatgttaacttgttctagatgacgacagacatgttattacatgt
gi|17 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcacaatatgaaatatcaactttgttgctgcttgatttgcttgatttgcttttttcaTTATT-T---T---------GT-----T-------TAA-TCTAAGCC-TTC-CATT-----TAGA--AATA--TAATTACAT-TCA----ATTATTTTACACAC---TTAT-CA-ACAT--ATGTAAAA--GTATGCAACAATATAT-TTTGTTATATGACTTTATTTGTGTTGTAAATA-------------A-ATA--AAA-TATTTAATCA-CA-AAA---ATAAAtcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttaATT-T---T-A-A---CTGT-----T-----T-CA----TA-----TAC-AA-------AAGATAATAA--TA--TACTT-TTA-------------CACTT---TAAT-AA-ACATGTATGTATAA--GTATGCAACAGAATGT-ACTGATATATGACTATGTTTATGTTGTAAATAACTT---T-ACG-AGATC--AAA-TACGTAATCAGCA-GAAtcatatcca
gi|4 : ttttgctcctttatactttactctacccttattctgagtccttaaatatatacaaattagttatttcatcatgtttcatacaaaataaatatggctttcttgtcggtaaatgatcaatatgaaaaaagcattatctttgttgctgattgatttgctttttctcaatttaccttgtcgtttttacT-T---T-ATA---TAGT-----T-------TAACTGTAGCATTTAT-CACT-----CAGA--ATTA--TA--TT--T-TTT----A--------CACAC---TAAC-CA-AC----ATGTGTAATAGTATGCAACAAAATAT-ATTGTGATATGTCTATGTTTATGTTGTAAAGTACTT---T-G-G-A-A--------TATTTAATTA-CA-AAA---ATAACCTTT-GATA-TCCAT--AAATACACCA-TCATATTACCACAAATC
gi|21 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgT-----T-----G-TAA-CATA-----TAC-TACT-----AAGA--ATTG--CA--TACTTCTTA----A--------TGTATATATAATGTACACAT--ATGTATTA--GTATGCTATAAAATGT-TTTGTTTTATGA----------------AATAA-------------------AAT-TATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|18 : TTA--TT--TGC---TTAT---A--------TACAC---TAGT-CA-ACAT--ATGTACAA--GTATGCAACAAAATGC-CGTGTTGTATGACTATGTTTATATTGTAAATAACTTAAATAACGAA-ATA--AAA-TATTTAATTA-GA-AAAAA-ATAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TATCTTATCTCTCTTTATGCTCATTTCCTTAAACAACCCAGATAAAACCTGTGCTGTTTAATTATTTGTTGTATTTTCCAATTCTTTTTTTCGTTTTATTCCTTTACACATTTTTATCTTTACTTATGCTGCGTCCTTTTATCTATCCAAATAAATTATGTTATTAGGTTACATACACCATAAATCACATTATTGGCGACATGACTACGTATGATAGTTACCTCTTTCATTATTGCTCTGCGATTTTTTTATCATTTTACTTATTTTTATCGTTTAAAAATGTAGCATATATCACTATGCTATTTCTATTTTTATTTTTATACTTATTAACTTATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATATATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGATTCGAATAATAACTTTGACAAAATAAAATATTTAATGACAAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2222222 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 3 222222 111 1 3333333333333333 1111111 11111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 22222222222 1111 11111 111 1111 11 2 11
lowQualScore : 1 3 3 444 44 1 0 8 3 3333333 1 33 22 55555 2 6666666666666666666666666666666 3 0 0 55 4444 3 0 33 0 4 1 6 222222 6 3 6 111 66 6 1 5 66 1 0 4444444444444444 777 4 4 9999 666 1 3 1 99 7777777 44 66 555 555 33333333333 5 2 33 8888888888888 33 555 77777 555 3 66 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 33 111111 77 666 66 1 3 555 6666 2 33 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 555 0 77777777777 1 555 3 0000 5555 00000 2 6 444 2 2 6 33 33 2 555 3 888 3 3 3 3 55 5 6 8888 8 8 2 88 2 0 99 2 4
lowQualScore : . . . ... .. . . . . ....... . .. .. ..... . ............................... . . . .. .... . . .. . . . . ...... . . . ... .. . . . .. . . ................ ... . . .... ... . . . .. ....... .. .. ... ... ........... . . .. ............. .. ... ..... ... . .. . ................................................................................ . .. ...... .. ... .. . . ... .... . .. .......................................................................... . ... . ........... . ... . .... .... ..... . . ... . . . .. .. . ... . ... . . . . .. . . .... . . . .. . . .. . .
lowQualScore : 0 5 2 000 44 0 8 8 2 0000000 0 55 00 00000 0 0000000000000000000000000000000 0 0 0 00 8888 2 2 55 0 2 0 7 333333 7 5 7 777 00 7 7 0 99 9 0 9999999999999999 888 4 4 4444 222 0 6 0 22 5555555 22 55 444 000 66666666666 7 9 99 4444444444444 99 000 77777 999 1 44 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 77 333333 33 333 88 9 1 444 2222 9 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 000 8 77777777777 2 444 1 0000 7777 33333 7 2 777 7 7 2 77 77 9 000 1 888 1 1 2 1 44 0 7 0000 0 0 5 33 5 0 55 5 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATA---T--TAAA---AA-ATCC-TGCTG----AT-C-CTTATTTCCCCTCCTCAT-CTTT--TCTC-T-C-T-TTTGTTCC--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--TAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAATA-A-----T----------GT-GTTTCAT----------TAT-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATGG--TTATATCT-TG---TCGG-T-AA--TT-------A------CTT-----A------TNTAC---AT-G----------------------T---------ATTTANTT---TATACAGT-----T-----GTAACGT---ATA-CCACTAAGA----ATTATAT----ACN----T-TTTACACAT---TAAT-CA-ACNT--ATGTGTAA--GTATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTATGTTGTAAATAACTT---T-ATGAA-AT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT-GATA-TCCAT--AAATACACNATTCATATNANCACAANTC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACATACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATNTAGAAA-ANT---AACNTTCGAANNAA-----TTGAAATGCGTATAAAT----GAT------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACGAAAA--A-ATGTCAANGTG-CACTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAN-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAAGGAAGGCTACTACTATATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATATTTTCC-TTAAA------ATA---T--TAAA---AA-ATCC-TGCTG----AT-C-CTTNTTTCCCCTCCTCAT-CNTT--TCTC-T-C-T-TTTGTTCC--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--TAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCA--AT-CTNAATA-A-----T----------GT-GTTTCAT----------TAT-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATGN--TTATATCT-TG---TCGG-T-AA--TT-------A------CTT-----A------TATAC---AT-G----------------------T---------ATTTANTT---TATACAGT-----T-----GTAACGT---ATA-CCACTAAGA----ATTATAT----ACN----T-TTNACACAT---TAAT-CA-ACNT--ATGTGTAA--GTATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTATGTTGTAAATAACTT---T-ATG-A-AT-AAANTATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT-GATA-TCCAT--AAATACACCA-TCATATTACCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTGA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATA---TGGTAAA---AA-GTCC-TACTT----AT-C-AGTTTTTCGCCTCCTCAT-CATT--TCTC-T-G-AATTTGTTCC--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--CAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAGTA-A-----T----------GT-GTTTCAT----------TAT-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A------AA--TCTGT--TTATATCT-TG---TTGG-T-AA--TT-------A------CTT-----A------TATAC---AT-G----------------------T---------ATTTATTT---TATACAGT-----T-----GTAATGT---ATA-CCATTAAGA----ATTATAT----ACA----T-TTAACACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGATTATGTTGCGAATAACTT---T-ATG-A-AT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATA-AAACACAATTC
gi|10 : -------A------TTT-----A------TTTCC---AT-G----------------------T---------AGTT-GTC---TATGTAGT-----TCAACTGTAGCAT---ATT-CCACTAAGA----ATTCTAT----ACG----T-TTTACACAT---TAAT-TA-ACAA--ATTTATAA--GTATGAAACAAAATGT-CTT-TCAAATGATTATGTTTCTGGTGTAGATAAATT---C-ATGAA-ATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAAatacttaacataaactt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcacaatatgaaatatcaactttgttgctgcttgatttgcttgatttgcttttttcaGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGT--TAAA---AA-ACCC-TGCTG----AT-C-CTTATTTCCCCTCCTCAT-ATTT--CCTC-T-CAT-ATTGTTCC--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-A--TAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATC---AT-TT--ATA-T-----T----------GT--------------------T-G-C---T-------------------------------------GAT--T------GA--T------TTGCATTT-TC---TCAA-T-----TT-------A------CTT------------TATAC----T-G----------------------T----------TGTAACG---TATA-----------------------------CCACT---A----ATTATAT----ACT----T-TTTACACAT---TAAT-AA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGTAATTG--ATGTGACTATGTTTATGTTGTTAATAACTT---T-ATGAA-AT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCC--TTT--ATAC---TT---T-----------AC-T-C--TAC-----C---C---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATT-A-----G----------TT-ATTTCAT----------CAT-G-T---TT---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATGG--CT-T-TCT-TG---TCGG-T-AA--
gi|12 : ATTT---TA-ACTGT-----T------T--CAT---ATA-CAA--AAGATA--ATAATAT----ACT----T-TT-ACACTT---TAAT-AA-ACATGTATGTATAA--GTATGCAACAGAATGT-ACTGATATATGACTATGTTTATGTTGTAAATAACTT---T-ACG-AGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAAatgatcaatatgaaaaaagcattatctttgttgctgattgatttgctttttctcaatttaccttgtcgtttttacattttaactgtttcatatacaaaagataataatatacttttacactttaataaacatgtatgtataagtatgcaacagaatgtactgatatatgactatgtttatgttgtaaataactttacgagatcaaatacgtaatcagcagaa
gi|13 : ttttgctcctttatactttactctacccttattctgagtccttaaatatatacaaattagttatttcatcatgtttcatacaaaataaatatggctttcttgtcggtaaatgatcaatatgaaaaaagcattatctttgttgctgattgatttgctttttctcaatttaccttgtcgtttttacACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT------------------TAAA---AA-GTCC-TGCTG----AT-C-CTTATTTCCCCTCCTGAT-CTTT--TCTC-TCC-T-TTTGTTTC--TTT-TATAA---TT---C-----------AC-C-CTATAC-----C---C---TT-T--TT---TGA-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAATA-A-----G----------TT-ATTTCAT----------TAT-G-T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATT----AA--TATGG-----TATCT-TG---TTGG-T-AAGTTT-------G------CTT---------------------T-T----------------------T----------CTTAATT---TATTTAGT-----T-----GT
gi|14 : TTTTTTCCCCTCCTCAT-CATT--TCTC-T-C-AATTTGTTCC--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--TAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAATA-A-----T----------GT-GTTTCAT----------TAT-G-T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A------AA--TATGT--TTATATCT-TG---TTGG-T-AA--TT-------A------ATT-----A------TATA-----------------------------------------TTTACTT---TATACAGT-----T-----ATAATGT---ATA-CCACTAAGA----ATTATAT----ACA----T-TTTACACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTTTGTTGCGAATAACTT---T-ATG-A-AT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-tgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA---------------------------CC-TGCTG----AT-C-CTTATTTCCCCTCCTCAT-CTTT--CCTC-A-CAT-GTTGTTCC--TTG-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--TAC-----C---T---TTATCGTC---TGAG
gi|16 : TTAATA-A-----T----------TT-GTTTCAT----------TAT-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATGG--TTATATAT-TA---TTGG-T-AA--TT---------------TC-----A------TA-AT---AT-G----------------------gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|16 : ag-T-AA--TTT------A------CTT------------TATA------------------------------T---------ATTTACTT---TATACAGT-----T-----GTAACGT---ATA-CCACTAAGA----ATTATAT----ACT----T-TTTACATAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTGAAA--GCATGCAACAAAATGT-ATTGTTATATGACTATGTTTATGTTGTTAATAACTT---aaaatatcattaatattgtttttgattgatttgcagtttcttaatttactttatatatttactttatacagttgtaacgtataccactaagaattatatactttttacatattaatcaacctatgtgaaagcatgcaacaaaatgtattgttatatgactatgtttatgttgttaataactt
gi|17 : agttaataatttgtttcattatgttacatacaaaataaatatggttatatattattggtaatttcataatatgaaaatatcattaatattgtttttgattgatttgcagtttctA----ATTACAT----TCAATTAT-TTTACACAC---TTAT-CA-ACAT--ATGTAAAA--GTATGCAACAATATAT-TTTGTTATATGACTTTATTTGTGTTGTAAATA-------------A-AT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T-CATA-TCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttattattttgtttaatctaagccttccatttagaaatatTTATTT----GCT----T-AT-ATACAC---TAGT-CA-ACAT--ATGTACAA--GTATGCAACAAAATGC-CGTGTTGTATGACTATGTTTATATTGTAAATAACTTAAATAACGAA-AT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT-GTTA-T-CAT--AGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACA----TT-C-CTTATTTTCCTG--TCAT-ATTT--TCTC-T-C-C-TTT-TTCC--TTT-TATAT---TT---T-----------AC-T-C--TTT-----C---T---TAAT---C---TGAGCGCTT------------------GAATATA-----T-----------T-ATTTCAT----------TAG-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TAcacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAAA-A---T-GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATA---T--CAAA---AATTTCC-TGCTG----AT---TTTATTTCTCCTCCTCAT-CTTT--CCTC-TCC-T-TTTGTGCC--TTT-TATAC---TT---T-----------AC-T-C--TTT-----C---T---ATTT--TC---TGAGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAATG-A-----G----------TT-ATTTCAT----------TAT-G-T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A------AA--TATGG--TTATA--T-TGAATTC-A-C-AA--TTA------A------CTT-----A------TTTGC----T-GCTTGAGTTGCTTTTTCTCATTTT---------ACTTAGTTGTCTATATAGTTCAACT-----GTAGCAT---ATA-TCACTAGCA----AGTATAT----A-A----T-TCCACACAC---TAAT-CA-ACAT--ATGTGT-----TATGCAACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : T-----T-----GTAACAT---ATA-CTACTAAGA----ATTGCAT----ACT----TCTTAATGTATATATAATGTACACAT--ATGTATTA--GTATGCTATAAAATGT-TTTGT------------TTTATG----AAATA------------------AAATTATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : AAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTA---T--CAAAAATAA-AACC-TGTTG----GTGC-CTTGTTTATTTTCCTAGTACATT--TCTTAC-C-T-TTTTTTCTTATTT-CATGT---GT---T-----------AC-TAT--TTC-----C---T---TTG---TC---GGAGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAATA-A----------------ATAATTTCAT----------TAG-G-T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATAG--T--TATCT-TG---TAAGTT-AC--CT-------A------ACT-----A------TATACTA-ACAG----------------------C---------ATTTA--T---TA---AGT-----T-----GT
gi|4 : taCCTTAT-CTTTCTTCTC-C-C-T-TTTTTTTC--TTTATATAC---TT---TATTCTTTCCCTAT-T-C--TGCGTCCTCATAT---CTAT--CCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAATA-AA----T----------AT-GGTT-AT----------CTT-G-TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A------AAAATATCA--TTA-ACTT-TG---TTGC-T-AC--TT-------G------ATT-----AGCATTTTCTAA---AT-T----------------------TTCTCGATTGACTTACTTGTTTATATAGT-----TTAACTGTAGCAT---TTA-TCACTCAGA----ATTATAT------T----T-TTTACACAC---TAAC-CA-AC----ATGTGTAATAGTATGCAACAAAATAT-ATTGTGATATGTCTATGTTTATGTTGTAAAGTACTT---T-G-G-A-A------TATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT-GATA-TCCAT--AAATACACCA-TCATATTACCACAAATCtgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : -A-----T----------GT-GTAATAG----------TAT-G----------C-----------A----------------ACAAAAT--ATATTGTGA--TATGT--CTATGTTTATG---TTGT-A-AA--GT-------A------CTT--------------TGG---A--A----------------------T---------ATTTAATT------ACAAA-----A-----ATAACCTTTGATATCCATAAATACACCATCATATTACCACAAA--T-CTGAC-TAT-----AT-AC-ACAT--ATGTATAA--GTATGCAACAAAATGT-CTTGTTATAGGACTATGTTTATGTTTTAAAGTACGT---T-AGGAA-AT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGA---T-----A---AA-ACCTGTGCTGTTTAAT-TATTTGTTGTATTTTCCAAT-TCTT--TTTT-T-CGT-TTTATTCC--TTT--ACACATTTT---T-----------ATCT-T--TAC-------------TTAT--GC---TGCGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAATA-AAT---T----------AT-GTT--AT----------TAG-G-T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A------AA--Ttatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATCcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattattgctctgcgatttttttatcattttacttatttttatcgtttaaaaatgtagcatatatcactatgctatttctatttttatttttatacttattaacttatcgtttcatgtaaatgtatacatatgcgatatatatgcctgtttatatgactgtttttgattcgaataataactttgacaaaataaaatatttaatgacaaaaa
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATA---TA-TAAA---AA-ATCC-TGCTG----AT-C-CTTATTTCTCCTCATCAT-CTTTCATCTC---C-T-TTTGTTCT--TTT-TATGC---TT---T-----------AT-T-C--TAA-----C---C---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAATA-A-----G----------TT-ATTTCATAGAAAATAAATATAG-T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A------AA--AATGTCATTA-ACTT-TG---TTTC-T-GA--TTG------A------TTT-----GCTCTT-TCTCA---AT-A----------------------T---------TCTTAGTTGTATATACAGT-----TCAACTGTAACGT---ATA-CAACTAGGA----ATTATAT----ACT----T-TTCACACAT---TAAT-CA-ACCT--ATGTATAA--GCATGCAAAAAAATGT-ATTGTTATATGACTATCTTTATGTTGTGAATAACTT---T-ATGAA-AT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCTC---C-T-TTTGTTTC--TTT--GTAC---TTATAT-----------ATAT-C--CAA-----A---TGGGCTAT--T--------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAATA-ACTATAT----------GT-GGTT-AT----------CTT-G-T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A------AAGATATCA--TT-TACTT-TG---CTGC-TTGA--TT-------AGCTTTTCTC-----A------TTTACTTAGT-G----------------------T---------TTTT-TTT---TATACAGT-----TCAACTGTAGCAT---GCA-CCGCTATGG----ATTGTAT----ACG----C-TTTACACAG---TAAT-CA-AC----ATGTGTAA--GTATACAACAACATGT-ATTATTATATGAATATGTTTGTGTTGTAAA-----T---T-AT--A-AT-AA--TATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT-GGTA-
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---T-----------AT-T-C--TAC-----C---T---TTAT--TC---TGAGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAATA-A-----TTTGTTTCATTGT-GTTACATACAAAATAAATAT-GGT---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA------AA--TATTA--TTA-ATAT-TG---TTGC-T-GA--TTGATTTGCA------TTTTCTCAA------TTTACTT-AT-A----------------------T---------ATTTACTT---TACACATT-----T-----GTAACGT---ATA-TCACTAAGA----ATTATAT----ACT----T-TTTACACAT---TAAT-AA-ACCT--ATGTGTAA--GCATGCAACAAAATGT-AAT-TTATACGACTATGTTTATGTTGTGAATAACTT---T-ATGAA-AT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 2222 22222222222222222222222222 1 1 11 1 2222 111 1 3333333333333333 111111 111111 11111111 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 3333333333333 11111111111 1111 11 1 11
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 1111 44444444444444444444444444 1 0 0 1 33 0 3 0 22 3 0 1 6 5555 3 6 111 66 6 1 5 66 1 0 4444444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 111111 3 3 555 77777 2 111111 33 00000000 777777777 33 6666 555 77777 444 5 2 2 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 444 0 3333333333333 1 555 2 33 9999 33333333333 444 5 2 88888 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 99999 222 55 2 44 5 6 8888 8 8 2 88 1 5 66 1 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... .... .......................... . . . . .. . . . .. . . . . .... . . ... .. . . . .. . . ................ ... . . . . . .... .. .. ...... . . ... ..... . ...... .. ........ ......... .. .... ... ..... ... . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................. ... ... . ............. . ... . .. .... ........... ... . . ..... . .. ...... .. ... . ... . . . ..... ... .. . .. . . .... . . . .. . . .. . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 2222 88888888888888888888888888 0 0 0 0 88 0 2 2 88 5 8 0 7 8888 5 7 777 00 7 7 0 99 0 0 9999999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 111111 1 1 000 11111 9 111111 99 44444444 111111111 99 1111 000 11111 444 7 0 9 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 000 1 5555555555555 6 000 9 77 3333 44444444444 444 0 5 88888 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 44444 666 44 9 44 0 7 0000 0 0 5 33 0 5 55 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATGAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATA---T--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------C--TA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TA-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--TATG--N--------TTATATCT-TG---TTGNT-AA--TT-------A------CTT-------A------TTTAC---AT-------G----------------------T---------ATTTAN--TT---TATACAGT-----T-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT-GATA-TCCAT--AAATACACNATTCATATNANCACAANTC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATGAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATA---T--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------C--TA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TA-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--TATG--G--------TTATATCT-TG---TCGGT-AA--TT-------A------CTT-------A------TNTAC---AT-------G----------------------T---------ATTTAN--TT---TATACAGT-----T-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT-GATA-TCCAT--AAATACACNATTCATATNANCACAANTC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATG--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAAC-AAAAAATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTGA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATA---TGGTAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-G-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------C--CA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TA-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AC--A------AA--TCTG--T--------TTATATCT-TG---TTGGT-AA--TT-------A------CTT-------A------TATAC---AT-------G----------------------T---------ATTTAT--TT---TATACAGT-----T-------GTAATGT---ATA-CCATTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTAA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATA-AAACACAATTC
gi|10 : -------A------TTT-------A------TTTCC---AT-------G----------------------T---------AGTT-G--TC---TATGTAGT-----TCAACT--GTAGCAT---ATT-CCACTAAG--A----ATTCTAT----ACG----TTTTA---CACAT-TAAT-TA-----ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T-TC-AAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAAatacttaacataaactt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcacaatatgaaatatcaactttgttgctgcttgatttgcttgatttgcttttttcaGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGT--TAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--CCT--CT-CAT-ATTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------A--TA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATC---AT-TTATA-T--------------------T-GTTG---C--------------T-----G---------------------------------------------------AT--T------GA--T--------------TTGCATTT-TC---TCAAT-----TT-------A------CTT--------------TATAC----T-------G----------------------T----------TGTAA--CG---TATAC-------------------------------CACT-----A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T------C--TA--------CCC---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTA-G-----TTATTTCATC-AT-GTTT---CATACAAAATAAATAT-----GGCT---TT---C-----------TT---------------GTCGGTAAATGAT--C------AA--TATG--AAAAAAGCATTATCT-T-TG---TTGCT-GA--TT-------GATTTG-CTTTTTCTCAA------TTTAC---CTTGTC---G----------------------T---------TTTTACATTT---TA-ACTGT-----T--------T--CAT---ATA-CAA--AAG--ATA--ATAATAT----AC-----TTTTA---CACTT-TAAT-AA-----ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TGAT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT------------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C------CTATA--------CCC---T-----T-T--T----T---TGA-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TA-A-----G----------TT-ATTT---CAT----------TAT-----G--T---CA---C------------T---------------TC----AAA--AT--ATT----AA--TATG--G-----------TATCT-TG---TTGGT-AAGTTT-------G------CTT--------------TTT------------------------------------------------CTTAA--TT---TATTTAGT-----T-------GT
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------C--TA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TA-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-----G--T---GA---C-----------AT---------------AC----TAA--AC--A------AA--TATG--T--------TTATATCT-TG---TTGGT-AA--TT-------A------ATT-------A------TATA-----------------------------------------------TTTAC--TT---TATACAGT-----T-------ATAATGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-tgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA---------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T------C--TA--------CCT---T-----TATCGT----C---TGAG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TA-AA----T----------AT-GGTTATATAT----------TATTGGTAA--T---TT---C-----------AT---------------AATATGAAA--AT--ATCATT-AA--TATT--G--------TTTTTGAT-TGA--TTTGC-AG--TT-------T------CTT-------AA-----TTTACTTTAT-------A----------------------T---------ATTTAC--TT---TATACAGT-----T-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CATAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--A----ATTACAT----TCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-----ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TGTT-ATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T-CATA-TCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttattattttgtttaatctaagccttccatttagaaatatTTATTT----GC-----TTATA---TACAC-TAGT-CA-----ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TGTT-GTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT-GTTA-T-CAT--AGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T------C--TT--------TCT---T-----AAT-------C---TGAGCGCTT-----G-------------AA-TATA-----T-----------T-ATTT---CAT----------TAG-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--TAcacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTA-----TTTGGAATGTGTATAA----ATGATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAA--GA-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT-GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATA---T--CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T------C--TT--------TCT---A-----TTT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TG-A-----G----------TT-ATTT---CAT----------TAT-----G--T---GA---C-----------AT---------------AC----ACA--AC--A------AA--TATG--G--------TTATA--T-TGAATTC-AC-AA--TTA------A------CTT-------A------TTTGC----T-------GCTTGAGTTGCTTTTTCTCATTTT---------ACTTAG--TTGTCTATATAGTTCAACT-------GTAGCAT---ATA-TCACTAGC--A----AGTATAT----A-A----TTCCA---CACAC-TAAT-CA-----ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATTGAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : T-----T-------GTAACAT---ATA-CTACTAAG--A----ATTGCAT----ACT----TCTTAATGTATATATAATGTAC----ACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TGT-------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : AAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCA-----ATTGAATTGCGTATGA----ATGATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAA--AATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------TGAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAAC-AAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTA---T--CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TA-----T--TT--------CCT---T-----TG---T----C---GGAGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TA-A----------------ATAATTT---CAT----------TAG-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--TATA--G--------T--TATCT-TG---TAAG------TT-------A------CCT-------A------ACTAT---ATACTAACAG----------------------C---------ATTTA----T---TA---AGT-----T-------GT
gi|4 : taCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-TCTTTCCC--TATTCTGCGTCCT---CATATCTAT--C----CAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TA-AA----T----------AT-GGTT----AT----------CTT-----G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------AT----AAT--AT--A------AAAATATC--A--------TTA-ACTT-TG---TTGCT-AC--TT-------G------ATT-------AGCATTTTCTAA---AT-------T----------------------TTCTCGATTGACTTAC--TTGTTTATATAGT-----TTAACT--GTAGCAT---TTA-TCACTCAG--A----ATTATAT------T----TTTTA---CACAC-TAAC-CA-----AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TGTG-ATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT-GATA-TCCAT--AAATACACCA-TCATATTACCACAAATCtgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : -A-----T----------GT-GTAA---TAG----------TAT-----G-----------C-----------A----------------AC----AAA--AT--ATATTGTGA--TATG--T--------CTATGTTTATG---TTGTA-AA--GT-------A------CTT--------------TGGA-------------A----------------------T---------ATTTAA--TT------ACAAA-----A-------ATAACCTTTGATATCCATAAAT--ACACCATCATATT---ACC--------A---CAAATCTGAC-TATATACACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TGTT-ATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGA---T-----A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T------T--TA--------TCT---T-----TAC--TTATGC---TGCGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TA-AAT---T----------AT-GTT-----AT----------TAG-----G--T---TA---C-----------AT---------------AC----ACC--AT--A------AA--Ttatgtt
gi|5 : t----------------------T---------ACTTAT--TT---T-TATCGT-----TTAAAAATGTAGCAT---ATA-TCACTATGCTA----TTTCTATTTTTA-T----TTTTA---TAC-T-TA-T-TA-----ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattattgctctgcgatttttttatcattttacttatttttatcgtttaaaaatgtagcatatatcactatgctatttctatttttatttttatacttattaacttatcgtttcatgtaaatgtatacatatgcgatatatatgcctgtttatatgactgtttttgattcgaataataactttgacaaaataaaatatttaatgacaaaaa
gi|6 : tatcttatctctctttatgctcatttccttaaacaacccagataaaacctgtgctgtttaattatttgttgtattttccaattctttttttcgttttattcctttacacatttttatctttacttatgctgcgtccttttatctatccaaataaattatgttattaggttacatacaccataaatcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattattgctctgcgatttttttatcatttAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAACAA-ATAGAAATAGAAGGAGA-----------GAACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATA---TA-TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T------C--TA--------ACC---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TA-A-----G----------TT-ATTT---CATAGAAAATAAATATA----G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------AC----AAT--AT--A------AA--AATGTCA--------TTA-ACTT-TG---TTTCT-GA--TTG------A------TTT-------GCTCTT-TCTCA---AT-------A----------------------T---------TCTTAG--TTGTATATACAGT-----TCAACT--GTAACGT---ATA-CAACTAGG--A----ATTATAT----ACT----TTTCA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT------C--CA--------AATGGGC-----TAT--T------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TA-ACTATAT----------GT-GGTT----AT----------CTT-----G--T---TAGTAC-----------ATTG-------------AC----AAT--AT--A------AAGATATC--A--------TT-TACTT-TG---CTGCTTGA--TT-------AGCTTTTCTC-------A------TTTACTTAGT-------G----------------------T---------TTTT-T--TT---TATACAGT-----TCAACT--GTAGCAT---GCA-CCGCTATG--G----ATTGTAT----ACG----CTTTA---CACAG-TAAT-CA-----AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TATT-ATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT-GGTA-
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T------C--TA--------CCT---T-----TAT--T----C---TGAGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TA-A-----TTTGTTTCATTGT-GTTA---CATACAAAATAAATAT-----GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCAT----AAT--ATGAA------AA--TATT--A--------TTA-ATAT-TG---TTGCT-GA--TTGATTTGCA------TTTTCTCA--A------TTTACTT-AT-------A----------------------T---------ATTTAC--TT---TACACATT-----T-------GTAACGT---ATA-TCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T-TT-ATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 2222 22222222222222222222222222 1 1 11 1 2222 111 33333333333333 111111 2222222222222222222222 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 3333333 11111111 5555555555555555555 22222 1 2
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 1111 44444444444444444444444444 1 0 0 1 33 0 3 0 22 3 0 1 6 5555 3 6 111 66 6 1 5 66 1 5 5 44444444444444 777 4 4 4 55 2 7777 99 44 333333 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 111 555 2 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 333 7777777 444 2 33 9999 8888 2 5 99999999 444 5 2 88888 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 00000000 55 2 44 5 6 6666666666666666666 00000 6 7 1 5 0 1 1 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... .... .......................... . . . . .. . . . .. . . . . .... . . ... .. . . . .. . . . .............. ... . . . .. . .... .. .. ...... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... ... ... . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................... ... ... ....... ... . .. .... .... . . ........ ... . . ..... . .. ...... .. ... . ... . . . ........ .. . .. . . ................... ..... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 2222 88888888888888888888888888 0 0 0 0 88 0 2 2 88 5 8 0 7 8888 5 7 777 00 7 7 0 99 0 0 0 99999999999999 888 4 4 4 11 3 7777 22 66 777777 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 666 999 9 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 111 1111111 777 7 77 3333 8888 5 9 11111111 444 0 5 88888 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 77777777 44 9 44 0 7 0000000000000000000 00000 5 3 0 5 0 0 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATGAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TT-AAA------ATAT---TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAAT-A-A-----T----------NT-GTTT---CAT----------TAT-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAN--AT--A------AA--T---ATGN--------TT----A-TAT--C-------------------T-T----G-T-TG-CT----AA--TT-------G------C--------TT-------A------T---------------TTA-C---------AT----GT---------ATTTAC--TT---TATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATA----T-ACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------------GATA-----TCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATGAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TT-AAA------ATAT---TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAAT-A-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--T---ATGN--------TT----A-TAT--C-------------------T-T----G-T-TG-NT----AA--TT-------A------C--------TT-------A------T---------------TTA-C---------AT----GT---------ATTTAN--TT---TATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATA----T-ACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------------GATA-----TCCATAAATACACNATTCATA-TNANCACAANTC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAA-----ATTGAAATGTGTATGA----ATG--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAA--AA-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAAC-AAAAAATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTGA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TT-AAA------ATATGG-TAAA---AAGT-CC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-G-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAGT-A-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AC--A------AA--T---CTGT--------TT----A-TAT--C-------------------T-T----G-T-TG-GT----AA--TT-------A------C--------TT-------A------T---------------ATA-C---------AT----GT---------ATTTAT--TT---TATACAGTT-------GTAATGT---ATA-CCATTAAG--A----ATTATA----T-ACATT--------TAA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATGAA-T-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAA
gi|10 : -------A------T--------TT-------A------T---------------TTC-C---------AT----GT---------AGTT-G--TC---TATGTAGTTCAACT--GTAGCAT---ATT-CCACTAAG--A----ATTCTA----T-ACGTT--------TTA---CACAT-TAAT-TA-----ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAAactt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcacaatatgaaatatcaactttgttgctgcttgatttgcttgatttgcttttttcaGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CT-AAA------ATATGGTTAAA---AAAC-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATT--------------------TCCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----AT---------T----------CT-GAGT---CCT----------TAT-A--T--------C-----------AT---------------------------------------------------------TT----A-TAT------------------------T----G-T-TG-CT----GA--TT-------G------------------------A------T---------------TTG-C---------AT----TTTCTCA----ATTTAC--TT---TATACTGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAA---------TTATA----T-ACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTA-G-----TTATTTCATC-AT-GTTT---CATACAAAATAAATAT-GGCT---TT---C-----------TT---------------GTCGGTAAATGAT--C------AA--T---ATGAAAAAAGCATT----A-TCT----------------------T-T----G-T-TG-CT----GA--TT-------GATTTG-C--------TTTTTCTCAA------T---------------TTA-C---------CTTGTCGT---------TTTTACATTT---TA-ACTGTT--------T--CAT---ATA-CAA--AAG--ATA--ATAATA----T-AC-TT--------TTA---CACTT-TAAT-AA-----ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT-----------------TAAA---AAGT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAAT-A-A-----G----------TT-ATTT---CAT----------TAT-G--T---CA---C------------T---------------TC----AAA--AT--ATT----AA--T---ATGG----------------TAT--C-------------------T-T----G-T-TG-GT----AAGTTT-------G------C--------TT--------------T---------------TT------------------------------CTTAA--TT---TATTTAGTT-------GT
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAAT-A-A-----T----------GT-GTTT---CAT----------TAT-G--T---GA---C-----------AT---------------AC----TAA--AC--A------AA--T---ATGT--------TT----A-TAT--C-------------------T-T----G-T-TG-GT----AA--TT-------A------------------------A------T---------------T-------------AT----AT---------ATTTAC--TT---TATACAGTT-------ATAATGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATA----T-ACATT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-tgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TT-AAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAAT-A-AA----T----------AT-GGTTATATAT----------TATTG--G---TA---------------ATTTC------------AT----AAT--ATGAA------AA--T---ATCA--------TT----AATAT--TGTTT---------------T-T----GAT-TG-ATTTGCAG--TT-------T------C--------TT-------AA-----T---------------TTA-CTTT------AT----AT---------ATTTAC--TT---TATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATA----T-ACTTT--------TTA---CATAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--------TT----A--AT--C-------------------T-T----G-G-TG-TT--------TT--------------T--------TT-------A------G---------------TTC-A---------ATA---GT---------TATTAT--TT---TGTTTAATC--------TAA-GC---CTT-CCATTTAG--A----AATATAAT--T-ACATTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-----ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------------CATA-----TCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacTTATT----T-GC-TT--------ATA---TACAC-TAGT-CA-----ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------------GTTA-----T-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AAAT-AA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----G-------------AAT-ATA-----T-----------T-ATTT---CAT----------TAG-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--T---Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTA-----TTTGGAATGTGTATAA----ATGATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAA--GA-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT-GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCC-TTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT-T--TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CT-CCT-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAAT-G-A-----G----------TT-ATTT---CAT----------TAT-G--T---GA---C-----------AT---------------AC----ACA--AC--A------AA--T---ATGG--------TT----A-TAT--TGAATTCACAATTAACTTATT-T----G-C-TG-CTTG--AG--TT-------G------C--------TT-------T------T---------------TCT-C---------AT----TTT--------ACTTAG--TTGTCTATATAGTTCAACT--GTAGCAT---ATA-TCACTAGC--A----AGTATA----T-A-ATT--------CCA---CACAC-TAAT-CA-----ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATTGAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TT-------GTAACAT---ATA-CTACTAAG--A----ATTGCA----T-ACTTC--------TTAATGTATATATAATGTAC----ACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : AAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCA-----ATTGAATTGCGTATGA----ATGATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAA--AATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------TGAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAAC-AAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTT-AAA------GTAT---CAAAAATAAAA-CC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAAT-A-A----------------ATAATTT---CAT----------TAG-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----AAA--AT--A------AA--T---ATAG--------T-------TAT--C-------------------T-TGTAAG-T-TACCT----AA--CT-------A------T--------AT-------A------C---------------TAA-C---------A-----GC---------ATTTA----T---TA---AGTT-------GT
gi|4 : taCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAAT-A-AA----T----------AT-GGTT----AT----------CTT-G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------AT----AAT--AT--A------AAAAT---ATCA--------TT----A--AC--T-------------------T-T----G-T-TG-CT----AC--TT-------G------A--------TT-------AGCATTTT---------------CTA-A---------AT----TTTCTCGATTGACTTAC--TTGTTTATATAGTTTAACT--GTAGCAT---TTA-TCACTCAG--A----ATTATA----T---TTT--------TTA---CACAC-TAAC-CA-----AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------------GATA-----TCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATCtgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : -A-----T----------GT-GTAA---TAG----------TAT-G-----------C-----------A----------------AC----AAA--AT--ATATTGTGA--T---ATGT--------CT----A-TGT--T-------------------TAT----G-T-TG-TA----AA--GT-------A------C--------TT-------------------------------TG-G---------A-----AT---------ATTTAA--TT------ACAAAA-------ATAACCTTTGATATCCATAAAT--ACACCATCATA----TTACC------------A---CAAATCTGAC-TATATACACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TT-AAACAACCCAGAT------A---AAAC-CTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAAT-A-AAT---T----------AT-GTT-----AT----------TAG-G--T---TA---C-----------AT---------------AC----ACC--AT--A------AA--TCACATTA--------TTGGCGA-CATGAC-------------------TAC----G-TATG-AT----AG--TT-------A------CCTCTTTCATT-------A------TTGCTCTGCGATTTTTTTATC---------AT----TTT--------ACTTAT--TT---T-TATCGTTTAAAAATGTAGCAT---ATA-TCACTATGCTA----TTTCTATTTTT-A-TTT--------TTA---TAC-T-T-AT-TA-----ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAACAA-ATAGAAATAGAAGGAGA-----------GAACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TT-ATA------ATATA--TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAAT-A-A-----G----------TT-ATTT---CATAGAAAATAAATATAG--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------AC----AAT--AT--A------AA--A---ATGTCA------TT----A--AC--T-------------------T-T----G-T-TT-CT----GA--TT-------G------------------------A------T---------------TTG-CTCTTTCTCAAT----AT---------TCTTAG--TTGTATATACAGTTCAACT--GTAACGT---ATA-CAACTAGG--A----ATTATA----T-ACTTT--------TCA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAAT-A-ACTATAT----------GT-GGTT----AT----------CTT-G--T---TAGTAC-----------ATTG-------------AC----AAT--AT--A------AAGAT---ATCA--------TT------TAC--T-------------------T-T----G-C-TG-CTT---GA--TT-------AGCTTTTC--------TC-------A------T---------------TTA-CTTA------GT----GT---------TTTT-T--TT---TATACAGTTCAACT--GTAGCAT---GCA-CCGCTATG--G----ATTGTA----T-ACGCT--------TTA---CACAG-TAAT-CA-----AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------------GGTA-----
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAAT-A-A-----TTTGTTTCATTGT-GTTA---CATACAAAATAAATAT-GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCAT----AAT--ATGAA------AA--T---ATTA--------TT----A--AT--A-------------------T-T----G-T-TG-CT----GA--TTGATTTGCA------T--------TTTCTCA--A------T---------------TTA-CTT-------AT----AT---------ATTTAC--TT---TACACATTT-------GTAACGT---ATA-TCACTAAG--A----ATTATA----T-ACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 33333333333333 111111 2222222222222222222222 1111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 3333333 11111111111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 1 5 66 1 5 5 44444444444444 777 4 4 4 55 2 7777 99 44 333333 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 5 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 8888888 0 9999999 555 2 33 9999 33333333333 444 5 2 88888 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . . .............. ... . . . .. . .... .. .. ...... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... . . . .................................................................................................................................................................................................................................................. ... ....... . ....... ... . .. .... ........... ... . . ..... . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 7 0 99 0 0 0 99999999999999 888 4 4 4 11 3 7777 22 66 777777 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 3 9 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 0000000 1 4444444 000 9 77 3333 44444444444 444 0 5 88888 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TT-AAA------ATAT---TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A------AA--TATGN--------TTATATC-------------------T-T----GTTG-CT--GA--TT-G-----------C---TT------------A------TTTA-C---------AT----GT---------ATTTAC--TT-------TATACAGTT-AA----GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TT-AAA------ATAT---TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A------AA--TATGN--------TTATATC-------------------T-T----GTTG-CT--AA--TT-G-----------C---TT------------A------TTTA-C---------AT----GT---------ATTTAC--TT-------TATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTGA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TT-AAA------ATATGG-TAAA---AAGT-CC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-G-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A------AA--TCTGT--------TTATATC-------------------T-T----GTTG-GT--AA--TT-A-----------C---TT------------A------TATA-C---------AT----GT---------ATTTAT--TT-------TATACAGTT-------GTAATGT---ATA-CCATTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTAA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---TT------------A------TTTC-C---------AT----GT---------AGTTG---TC-------TATGTAGTTCAACT--GTAGCAT---ATT-CCACTAAG--A----ATTCTAT----ACG----TTTTA---CACAT-TAAT-TA-----ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T-TC-AAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcacaatatgaaatatcaactttgttgctgcttgatttgcttgatttgcttttttcaatGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CT-AAA------ATATGGTTAAA---AAAC-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT------------------------------------------------TTATAT----------------------T----GTTG-CT--GA--TT-G-----------------------------A------TTTG-C---------AT----TTTCTCA----ATTTAC--TT-------TATACTGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAA---------TTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C------AA--TATGAAAAAAGCATTATCT--------------------T-T----GTTG-CT--GA--TT-GATTTG------C---TTTTTCTCA-----A------TTTA-C---------CTTGTCGT---------TTTTACATTT-------TA-ACTGTT--------T--CAT---ATA-CAA--AAG--ATA--ATAATAT----AC-----TTTTA---CACTT-TAAT-AA-----ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TGAT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT-----------------TAAA---AAGT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATT----AA--TATGG-----------TATC-------------------T-T----GTTG-GT--AAGTTT-G-----------C---TT-------------------TTT------------------------------CTTAA--TT-------TATTTAGTT-------GT
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A------AA--TATGT--------TTATATC-------------------T-T----GTTG-GT--AA--TT-A-----------------------------A------TT-------------AT----AT---------ATTTAC--TT-------TATACAGTT-------ATAATGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-tgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TT-AAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA------AA--TATCA--------TTA-ATA-------------------T-T----GTTT-TT--GA--TT-GATTTGCAGTTTC---TT------------AA-----TTTA-CTTT------AT----AT---------ATTTAC--TT-------TATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CATAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--A----ATTACAT----TCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-----ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TGTT-ATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttattattttgtttaatctaagccttccatttagaaatatTTATTT----GC-----TTATA---TACAC-TAGT-CA-----ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TGTT-GTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AAAT-AA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TAcacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCC-TTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT-T--TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CT-CCT-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A------AA--TATGG--------TTATATTGAATTCACAATTAACTTATT-T----GCTG-CTTGAG--TT-G-----------C---TT------------T------TTCT-C---------AT----------------TTTAC--TTAGTTGTCTATATAGTTCAACT--GTAGCAT---ATA-TCACTAGC--A----AGTATAT----A-A----TTCCA---CACAC-TAAT-CA-----ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TT-------GTAACAT---ATA-CTACTAAG--A----ATTGCAT----ACT----TCTTAATGTATATATAATGTAC----ACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TGT-------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : AAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTT-AAA------GTAT---CAAAAATAAAA-CC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TATAG--------T--TATC-------------------T-TGTAAGTTACCT--AA--CT-A-----------T---AT------------A------CTAA-C---------A-----GC---------ATTTA----T-------TA---AGTT-------GT
gi|4 : taCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A------AAAATATCA--------TTA-ACT-------------------T-T----GTTG-CT--AC--TT-G-----------A---TT------------AGCATTTTCTA-A---------AT----TTTCTCGATTGACTTAC--TTGTT----TATATAGTTTAACT--GTAGCAT---TTA-TCACTCAG--A----ATTATAT------T----TTTTA---CACAC-TAAC-CA-----AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TGTG-ATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATCtgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : -CTAAC-CAA--CA---------T----------GTGT---AATAG--------TAT---G-----------C-----------A----------------ACAAAAT--ATATTGTGA--TATGT--------CTATGTT-------------------TAT----GTTG-TA--AA--GT-A-----------C---TT---------------------TG-G---------A-----AT---------ATTTAA--TT----------ACAAAA-------ATAACCTTTGATATCCATAAAT--ACACCATCATATT---ACC--------A---CAAATCTGAC-TATATACACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TGTT-ATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacaATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TT-AAACAACCCAGAT------A---AAAC-CTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A------AA--Ttatgtt
gi|5 : tTTG-CT------CT-G-----------CGATTT------------T------TTTATC---------AT----TTT--------ACTTAT--TT-------T-TATCGTTTAAAAATGTAGCAT---ATA-TCACTATGCTA----TTTCTATTTTTA-T----TTTTA---TAC-T-TA-T-TA-----ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattattgctctgcgatttttttatcattttacttatttttatcgtttaaaaatgtagcatatatcactatgctatttctatttttatttttatacttattaacttatcgtttcatgtaaatgtatacatatgcgatatatatgcctgtttatatgactgtttttgattcgaataataactttgacaaaataaaatatttaatgacaaaaa
gi|6 : tatcttatctctctttatgctcatttccttaaacaacccagataaaacctgtgctgtttaattatttgttgtattttccaattctttttttcgttttattcctttacacatttttatctttacttatgctgcgtccttttatctatccaaataaattatgttattaggttacatacaccataaatcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattaAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TT-ATA------ATATA--TAAA---AAAT-CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A------AA--AATGTCA------TTA-ACT-------------------T-T----GTTT-CT--GA--TT-G-----------------------------A------TTTG-CTCTTTCTCAAT----AT---------TCTTAG--TTGTA----TATACAGTTCAACT--GTAACGT---ATA-CAACTAGG--A----ATTATAT----ACT----TTTCA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A------AAGATATCA--------TT-TACT-------------------T-T----GCTG-CTT-GA--TTAG-----------C---TTTTCTC-------A------TTTA-CTTA------GT----GT---------TTTT-T--TT-------TATACAGTTCAACT--GTAGCAT---GCA-CCGCTATG--G----ATTGTAT----ACG----CTTTA---CACAG-TAAT-CA-----AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TATT-ATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA------AA--TATTA--------TTA-ATA-------------------T-T----GTTG-CT--GA--TT-G-----------A---TTTGCATTTTCTCAA------TTTA-CTT-------AT----AT---------ATTTAC--TT-------TACACATTT-------GTAACGT---ATA-TCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T-TT-ATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 1 33333333333333 11 2222222222222222222222 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 1111111 5555555 11111111111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 3 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 44 444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 5 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 9999999 3 6666666 555 2 33 9999 33333333333 444 5 2 88888 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. .. ... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... . . . .................................................................................................................................................................................................................................................. ........ ....... . ....... ... . .. .... ........... ... . . ..... . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 8 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 66 222 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 3 9 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666 3333333 1 3333333 000 9 77 3333 44444444444 444 0 5 88888 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A------AA--TAT--GN--------TTATAT---------------CT-TG--TTGCT----G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--TTA----C---------ATNT---------ATTTAC-------TT-------T-ATACAGTTCAACT--GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A------AA--TAT--GN--------TTATAT---------------CT-TG--TTGCT----G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--TTA----C---------ATGT---------ATTTAC-------TT-------T-ATACAGTT-AA----GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTT-GACTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CTGA-A-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A------AA--TCT--GT--------TTATAT---------------CT-TG--TTGGT----A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--ATA----C---------ATGT---------ATTTAT-------TT-------T-ATACAGTT-------GTAATGT---ATA-CCATTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTAA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A------AA--TATCAAC--------TT-TGTTGCTG----------CT-TGATTTGCTT---G-----A--TTTG-----------CTTTTTTCA------A------T--TTATTTCC---------ATGT---------AGTTG--------TC-------T-ATGTAGTTCAACT--GTAGCAT---ATT-CCACTAAG--A----ATTCTAT----ACG----TTTTA---CACAT-TAAT-TA-----ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T-TC-AAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT--------------------------------------------------TTATAT------------------TG--TTGCT----G-----A--TT-G--------------------------A------T--TTG----C---------ATTTTCTCA----ATTTAC-------TT-------T-ATACTGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAA---------TTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C------AA--TAT--GAAAAAAGCATTATCT----------------T-TG--TTGCT----G-----A--TT-G--------------------------A------T--TTG----C---------TTTTTCTCA----ATTTACCTTGTCGTT-------T-TTACATTTTAACT--GTTTCAT---ATA-CAA--AAG--ATA--ATAATAT----AC-----TTTTA---CACTT-TAAT-AA-----ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TGAT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATT----AA--TAT--GG-----------TAT---------------CT-TG--TTGGT----A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCTTA--------------ATTT---------ATTTAG-------TT-------
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A------AA--TAT--GT--------TTATAT---------------CT-TG--TTGGT----A-----A--TT-A--------------------------A------T--T----------------ATAT---------ATTTAC-------TT-------T-ATACAGTT-A------TAATGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACA----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA------AA--TAT--CA--------TTA-AT---------------AT-TG--TTTTT----G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--TTA----CTTT------ATAT---------ATTTAC-------TT-------T-ATACAGTT-------GTAACGT---ATA-CCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CATAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--A----ATTACAT----TCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-----ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TGTT-ATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttattattttgtttaatctaagccttccatttagaaatatTTATTT----GC-----TTATA---TACAC-TAGT-CA-----ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TGTT-GTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TAcacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A------AA--TAT--GG--------TTATATTGAATTCACAATTAACT-TAT-TTGCT----GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--TCT----C---------AT------------TTTAC-------TTAGTTGTCT-ATATAGTTCAACT--GTAGCAT---ATA-TCACTAGC--A----AGTATAT----A-A----TTCCA---CACAC-TAAT-CA-----ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : ----GTAACAT---ATA-CTACTAAG--A----ATTGCAT----ACT----TCTTAATGTATATATAATGTAC----ACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TGT-------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : ttAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A------AA--TAT--AG--------T--TAT---------------CT-TG--T
gi|4 : taCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A------AAAATAT--CA--------TTA-AC---------------TT-TG--TTGCT----A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--CTA----A---------ATTTTCTCGATTGACTTAC-------TTGTT----T-ATATAGTTTAACT--GTAGCAT---TTA-TCACTCAG--A----ATTATAT------T----TTTTA---CACAC-TAAC-CA-----AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TGTG-ATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATCaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : -CTAAC-CAA--CA---------T----------GTGT---AATAG--------TAT---G-----------C-----------A----------------ACAAAAT--ATATTGTGA--TAT--GT--------CTATGT---------------TTATG--TTGTA----A-----A--GT-A-----------CTT-----------------------TG----G---------A-AT---------ATTTAA-------TT-----------ACAA---AA----ATAACCTTTGATATCCATAAAT--ACACCATCATATT---ACC--------A---CAAATCTGAC-TATATACACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TGTT-ATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacaATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A------AA--Ttatgtt
gi|5 : t--TTGCTCTGCG-----A--TT--------------TT-------------------T--TTAT---C---------ATTTT--------ACTTAT-------TT-------TTAT-CGTTT-AAAAATGTAGCAT---ATA-TCACTATGCTA----TTTCTATTTTTA-T----TTTTA---TAC-T-TA-T-TA-----ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattattgctctgcgatttttttatcattttacttatttttatcgtttaaaaatgtagcatatatcactatgctatttctatttttatttttatacttattaacttatcgtttcatgtaaatgtatacatatgcgatatatatgcctgtttatatgactgtttttgattcgaataataactttgacaaaataaaatatttaatgacaaaaa
gi|6 : tatcttatctctctttatgctcatttccttaaacaacccagataaaacctgtgctgtttaattatttgttgtattttccaattctttttttcgttttattcctttacacatttttatctttacttatgctgcgtccttttatctatccaaataaattatgttattaggttacatacaccataaatcacattattggcgacatgactacgtatgatagttacctctttcattaAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A------AA--AAT--GTCA------TTA-AC---------------TT-TG--TTTCT----G-----A--TT-G--------------------------A------T--TTG----CTCTTTCTCAATAT---------TCTTAG-------TTGTA----T-ATACAGTTCAACT--GTAACGT---ATA-CAACTAGG--A----ATTATAT----ACT----TTTCA---CACAT-TAAT-CA-----ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TGTT-ATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A------AAGATAT--CA--------TT-TAC---------------TT-TG--CTGCTT---G-----A--TTAG-----------CTTTTCTC-------A------T--TTA----CTTA------GTGT---------TTTT-T-------TT-------T-ATACAGTTCAACT--GTAGCAT---GCA-CCGCTATG--G----ATTGTAT----ACG----CTTTA---CACAG-TAAT-CA-----AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TATT-ATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA------AA--TAT--TA--------TTA-AT---------------AT-TG--TTGCT----G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--TTA----CTT-------ATAT---------ATTTAC-------TT-------T-ACACATTT-------GTAACGT---ATA-TCACTAAG--A----ATTATAT----ACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-----ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T-TT-ATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 1 33333333333333 11 2222222222222222222222 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333 111 111111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 3 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 44 444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000000000000000000 444 888888 2 888888 33 33 9999 6 99999999 444 2 2 2 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. .. ... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... ... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................... .................. ... ...... . ...... .. .. .... . ........ ... . . . . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 8 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 66 222 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 999 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555 000 222222 9 000000 77 77 3333 2 77777777 777 7 7 5 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----TA-C---------A-T-NT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----TA-C---------A-T-NT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTT-GACTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CTGA-A-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A--AA--T---------------CT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--A----TA-C---------A-T-GT---------ATTTA--------T---------TT---TAT------AC-AGT-------TGTAATGTATACCATTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TAA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A--AA--T---------------ATCAAC--------TT------------TGTTGCTG----------CTTGATTTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----TC-A---------A-T-TT---------ATTTC--------CATGTAGTTGTC---TAT------GT-AGTTC--AACTGTAGCATATTCCACTAAG--A--ATTCTA----TACGTT--------TTA---CACAT-TAAT-TA-ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT-------------------------------------------------------------TTA-----------TAT-----------------TG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-C---------A-T-TTTCTCA----ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-TGTT-------GTAACGTATACCACTAA-------TTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C--AA--T---------------AT--GAAAAAAGCATTA-----------TCT----------------TTG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-C---------T-T-TTTCTCA----ATTTA--------CCTTGTCG--TT---TTT------AC-ATTTT--AACTGTTTCATATACAA--AAG--ATAATAATA----TAC-TT--------TTA---CACTT-TAAT-AA-ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATTAA--T---------------AT--GG----------------------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCT----TA-----------A-T-TT---------ATTTA--------G---------TT---
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A--AA--T---------------AT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A--------------------------A------T--T-----------------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT-------ATAATGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA--AA--T---------------AT--CA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTTTT-G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--T----TA-CTTT------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT-------GTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CATAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--------TTA------------AT---------------CTTG--GTGTT----------TT-------------TTT------------A------G--T----T--C---------A---AT---------AGTTA-------------------T---TAT------TT-TGTTT--AA-TCTAA-GCCTTCCATTTAG--A--AATATAAT--TACATTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacTTATT----TGC-TT--------ATA---TACAC-TAGT-CA-ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A--AA--T---------------AT--GG--------TTA-----------TATTGAATTCACAATTAACTTAT-TTGCT-GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--T----CT-C---------ATT-TT---------ACTTA--------G---------TTGTCTAT------AT-AGTTC--AACTGTAGCATATATCACTAGC--A--AGTATA----TA-ATT--------CCA---CACAC-TAAT-CA-ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TGTAACATATACTACTAAG--A--ATTGCA----TACTTC--------TTAATGTATATATAATGTACACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : tAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------AT--AG--------T-------------TAT---------------CTTG--T
gi|3 : taTTG--TTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----TC-C--------------T---------ATTTA--------C---------TT---TGTTGTTTAATTAGTTC--AACTGCAGCATATATAACTAGA--A--ATTaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : tataaatatttttttaaaataggttttgattaaaaaataaccttcgaaccaattgaattgcgtatgaatgatctaaaaaattattgcatgttctgcgcaaaatatgtcacggtgtcactcctacttttacatcatttagataatatttcaaaaaatgaaatagaacgagaaatagaacttaaaaacaaaaatacgtctgaaaaaaatgaacaaaatggagattatttctccaaaataatatacatttataaaataagggaaatctgcttctatatcatttctatctcctctctcttttattctcctttcctttaaagtatcaaaaataaaacctgttggtgccttgtttattttcctagtacatttcttacctttttttcttatttcatgtgttactatttcctttgtcggagtccttaaatatatccaaataaataatttcattaggttacatacaaaataaatatagttatcttgtaagttacctaactatatactaacagcatttattaagCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A--AAAAT---------------AT--CA--------TTA------------AC---------------TTTG--TTGCT-A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--C----TA-A---------A-T-TTTCTCGATTGACTTA--------C---------TTGTTTAT------AT-AGTTT--AACTGTAGCATTTATCACTCAG--A--ATTATA----T--TTT--------TTA---CACAC-TAAC-CA-AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATC
gi|4 : -ACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A--AA--TCACATTATTGGCGACAT--GA--------CTACGTATGATAGTTAC---------------CTCT--TTCAT-T-----A--TT-G-----------CTCTGCG--------A------T--TTTTTTATC---------A-TTTT---------ACTTA--------T---------TT---T-T------AT-CGTTTAAAAATGTAGCATATATCACTATGCTA--TTTCTATTTTTA-TTT--------TTA---TAC-T-T-AT-TA-ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A--AA--A---------------AT--GTCA------TTA------------AC---------------TTTG--TTTCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-CTCTTTCTCAA-T-AT---------TCTTA--------G---------TTGTATAT------AC-AGTTC--AACTGTAACGTATACAACTAGG--A--ATTATA----TACTTT--------TCA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A--AAGAT---------------AT--CA--------TT------------TAC---------------TTTG--CTGCTTG-----A--TTAG-----------CTT------------T------T--C----T--C---------A-T-TT---------ACTTAGTGTTTTTT---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAGCATGCACCGCTATG--G--ATTGTA----TACGCT--------TTA---CACAG-TAAT-CA-AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA--AA--T---------------AT--TA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--T----TA-CTT-------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAC------AC-A-TT------TGTAACGTATATCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 1 33333333333333 11 2222222222222222222222 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222 111 111111 11111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 3 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 44 444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 555 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999 555 888888 3 777777 33 33 5555 11111 444 2 2 2 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. .. ... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... ... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................... .................. ... ...... . ...... .. .. .... ..... ... . . . . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 8 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 66 222 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 999 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 999999999999999999 000 888888 1 222222 77 77 7777 99999 777 7 7 5 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----TA-C---------A-T-TT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----TA-C---------A-T-NT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACN----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTT-GACTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CTGA-A-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A--AA--T---------------CT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--A----TA-C---------A-T-GT---------ATTTA--------T---------TT---TAT------AC-AGT-------TGTAATGTATACCATTAAG--A--ATTATA----TACA----TTTAA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A--AA--T---------------ATCAAC--------TT------------TGTTGCTG----------CTTGATTTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----TC-A---------A-T-TT---------ATTTC--------CATGTAGTTGTC---TAT------GT-AGTTC--AACTGTAGCATATTCCACTAAG--A--ATTCTA----TACG----TTTTA---CACAT-TAAT-TA-ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT-------------------------------------------------------------TTA-----------TAT-----------------TG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-C---------A-T-TTTCTCA----ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-TGTT-------GTAACGTATACCACTAA-------TTATA----TACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C--AA--T---------------AT--GAAAAAAGCATTA-----------TCT----------------TTG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-C---------T-T-TTTCTCA----ATTTA--------CCTTGTCG--TT---TTT------AC-ATTTT--AACTGTTTCATATACAA--AAG--ATAATAATA----TAC-----TTTTA---CACTT-TAAT-AA-ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATTAA--T---------------AT--GG----------------------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCT----TA-----------A-T-TT---------ATTTA--------G---------TT---
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A--AA--T---------------AT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A--------------------------A------T--T-----------------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT-------ATAATGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACA----TTTTA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA--AA--T---------------AT--CA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTTTT-G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--T----TA-CTTT------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT-------GTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACT----TTTTA---CATAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--A--ATTACA----TTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacttaatcttggtgtttttttagttcaatagttattattttgtttaatctaagccttccatttagaaatatTTATT----TGC-----TTATA---TACAC-TAGT-CA-ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A--AA--T---------------AT--GG--------TTA-----------TATTGAATTCACAATTAACTTAT-TTGCT-GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--T----CT-C---------ATT-TT---------ACTTA--------G---------TTGTCTAT------AT-AGTTC--AACTGTAGCATATATCACTAGC--A--AGTATA----TA-A----TTCCA---CACAC-TAAT-CA-ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TGTAACATATACTACTAAG--A--ATTGCA----TACT----TCTTAATGTATATATAATGTACACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : tAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------AT--AG--------T-------------TAT---------------CTTG--T
gi|3 : taTTG--TTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----TC-C--------------T---------ATTTA--------C---------TT---TGTTGTTTAATTAGTTC--AACTGCAGCATATATAACTAGA--A--ATTaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : tataaatatttttttaaaataggttttgattaaaaaataaccttcgaaccaattgaattgcgtatgaatgatctaaaaaattattgcatgttctgcgcaaaatatgtcacggtgtcactcctacttttacatcatttagataatatttcaaaaaatgaaatagaacgagaaatagaacttaaaaacaaaaatacgtctgaaaaaaatgaacaaaatggagattatttctccaaaataatatacatttataaaataagggaaatctgcttctatatcatttctatctcctctctcttttattctcctttcctttaaagtatcaaaaataaaacctgttggtgccttgtttattttcctagtacatttcttacctttttttcttatttcatgtgttactatttcctttgtcggagtccttaaatatatccaaataaataatttcattaggttacatacaaaataaatatagttatcttgtaagttacctaactatatactaacagcatttattaagCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A--AAAAT---------------AT--CA--------TTA------------AC---------------TTTG--TTGCT-A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--C----TA-A---------A-T-TTTCTCGATTGACTTA--------C---------TTGTTTAT------AT-AGTTT--AACTGTAGCATTTATCACTCAG--A--ATTATA----T--T----TTTTA---CACAC-TAAC-CA-AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATC
gi|4 : -ACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A--AA--TCACATTATTGGCGACAT--GA--------CTACGTATGATAGTTAC---------------CTCT--TTCAT-T-----A--TT-G-----------CTCTGCG--------A------T--TTTTTTATC---------A-TTTT---------ACTTA--------T---------TT---T-T------AT-CGTTTAAAAATGTAGCATATATCACTATGCTA--TTTCTATTTTTA-T----TTTTA---TAC-T-T-AT-TA-ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A--AA--A---------------AT--GTCA------TTA------------AC---------------TTTG--TTTCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----TG-CTCTTTCTCAA-T-AT---------TCTTA--------G---------TTGTATAT------AC-AGTTC--AACTGTAACGTATACAACTAGG--A--ATTATA----TACT----TTTCA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A--AAGAT---------------AT--CA--------TT------------TAC---------------TTTG--CTGCTTG-----A--TTAG-----------CTT------------T------T--C----T--C---------A-T-TT---------ACTTAGTGTTTTTT---------TT---TAT------AC-AGTTC--AACTGTAGCATGCACCGCTATG--G--ATTGTA----TACG----CTTTA---CACAG-TAAT-CA-AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA--AA--T---------------AT--TA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--T----TA-CTT-------A-T-AT---------ATTTA--------C---------TT---TAC------AC-A-TT------TGTAACGTATATCACTAAG--A--ATTATA----TACT----TTTTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 1 33333333333333 11 2222222222222222222222 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 3 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 44 444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 888888888888888888 444 0 888888 2 7777777 0 33 33 9999 6 99999999 444 2 2 2 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. .. ... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... ... . ..................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .................. ... . ...... . ....... . .. .. .... . ........ ... . . . . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 8 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 66 222 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 999 9 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 333333333333333333 000 9 222222 9 3333333 2 77 77 3333 2 77777777 777 7 7 5 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTT-GACTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CTGA-A-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A--AA--T---------------CT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--A----T--A-C--A-T-G---T---------ATT--TA--------T---------TT---TAT------AC-AGT--------TGTAATGTATACCATTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TAA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A--AA--T---------------ATCAAC--------TT------------TGTTGCTG----------CTTGATTTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----T--C-A--A-T-T---T---------ATT--TC--------CATGTAGTTGTC---TAT------GT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATTCCACTAAG--A--ATTCTA----TACGTT--------TTA---CACAT-TAAT-TA-ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT-------------------------------------------------------------TTA-----------TAT-----------------TG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--A-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-TGTT--------GTAACGTATACCACTAA-------TTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C--AA--T---------------AT--GAAAAAAGCATTA-----------TCT----------------TTG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--T-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------CCTTGTCG--TT---TTT------AC-ATTTT--AA-CTGTTTCATATACAA--AAG--ATAATAATA----TAC-TT--------TTA---CACTT-TAAT-AA-ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATTAA--T---------------AT--GG----------------------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCT----T--A----A-T-T---T---------ATT--TA--------G---------TT---
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A--AA--T---------------AT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------ATT------------A------T---------------A-T---------------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------ATAATGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA--AA--T---------------AT--CA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTTTT-G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--T----T--A-C--T-T-TATAT---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------GTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CATAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--------TTA------------AT---------------CTTG--GTGTT----------TT-------------TTT------------A------G--T----TCAA-T--A-G-T---T---------ATT---A--------T---------TT---T------------GTTT--AATCTA-AGCCT-T-CCATTTAG--A--AATATAAT--TACATTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacTTATT----TGC-TT--------ATA---TACAC-TAGT-CA-ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A--AA--T---------------AT--GG--------TTA-----------TATTGAATTCACAATTAACTTAT-TTGCT-GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--T----C--T-C--ATT-T---T---------ACT--TA--------G---------TTGTCTAT------AT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATATCACTAGC--A--AGTATA----TA-ATT--------CCA---CACAC-TAAT-CA-ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TGTAACATATACTACTAAG--A--ATTGCA----TACTTC--------TTAATGTATATATAATGTACACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : tAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------AT--AG--------T-------------TAT---------------CTTG--T
gi|3 : taTTG--TTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----T--C-C----------T---------ATT--TA--------C---------TT---TGTTGTTTAATTAGTTC--AA-CTGCAGCATATATAACTAGA--A--ATTaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : tataaatatttttttaaaataggttttgattaaaaaataaccttcgaaccaattgaattgcgtatgaatgatctaaaaaattattgcatgttctgcgcaaaatatgtcacggtgtcactcctacttttacatcatttagataatatttcaaaaaatgaaatagaacgagaaatagaacttaaaaacaaaaatacgtctgaaaaaaatgaacaaaatggagattatttctccaaaataatatacatttataaaataagggaaatctgcttctatatcatttctatctcctctctcttttattctcctttcctttaaagtatcaaaaataaaacctgttggtgccttgtttattttcctagtacatttcttacctttttttcttatttcatgtgttactatttcctttgtcggagtccttaaatatatccaaataaataatttcattaggttacatacaaaataaatatagttatcttgtaagttacctaactatatactaacagcatttattaagCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A--AAAAT---------------AT--CA--------TTA------------AC---------------TTTG--TTGCT-A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--C----T--A-A--A-T-T---TTCTCGATTGACT--TA--------C---------TTGTTTAT------AT-AGTTT--AA-CTGTAGCATTTATCACTCAG--A--ATTATA----T--TTT--------TTA---CACAC-TAAC-CA-AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATC
gi|4 : -ACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A--AA--TCACATTATTGGCGACAT--GA--------CTACGTATGATAGTTAC---------------CTCT--TTCAT-T-----A--TT-G-----------CTCTGCG--------A------T--TTTTTT--ATC--A-TTT---T---------ACT--TA--------T---------TT---T-T------AT-CGTTTAAAA-ATGTAGCATATATCACTATGCTA--TTTCTATTTTTA-TTT--------TTA---TAC-T-T-AT-TA-ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A--AA--A---------------AT--GTCA------TTA------------AC---------------TTTG--TTTCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--T-C-T---TTCTCAAT--ATTCTTA--------G---------TTGTATAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAACGTATACAACTAGG--A--ATTATA----TACTTT--------TCA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A--AAGAT---------------AT--CA--------TT------------TAC---------------TTTG--CTGCTTG-----A--TTAG-----------CTT------------T------T--C----T----C--A-T-T---T---------ACT--TAGTGTTTTTT---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCATGCACCGCTATG--G--ATTGTA----TACGCT--------TTA---CACAG-TAAT-CA-AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA--AA--T---------------AT--TA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--T----T--A-CTTA-T-A---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAC------AC-A-TT-------TGTAACGTATATCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11111111 111 1 33333333333333 11 2222222222222222222222 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 99999999 3 6 111 66 6 3 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 44 444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 888888888888888888 444 0 888888 2 7777777 0 33 33 9999 6 99999999 444 2 2 2 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 44 5 6 444444444444444444444444444 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . ........ . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. .. ... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... ... . ..................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .................. ... . ...... . ....... . .. .. .... . ........ ... . . . . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . .. . . ........................... . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33333333 5 7 777 00 7 8 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 66 222 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 999 9 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 333333333333333333 000 9 222222 9 3333333 2 77 77 3333 2 77777777 777 7 7 5 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 44 0 7 444444444444444444444444444 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAA-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAACAAAAA-ATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTT-GACTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CTGA-A-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A--AA--T---------------CT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--A----T--A-C--A-T-G---T---------ATT--TA--------T---------TT---TAT------AC-AGT--------TGTAATGTATACCATTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TAA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTTTCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A--AA--T---------------ATCAAC--------TT------------TGTTGCTG----------CTTGATTTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----T--C-A--A-T-T---T---------ATT--TC--------CATGTAGTTGTC---TAT------GT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATTCCACTAAG--A--ATTCTA----TACGTT--------TTA---CACAT-TAAT-TA-ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAActt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT-------------------------------------------------------------TTA-----------TAT-----------------TG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--A-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-TGTT--------GTAACGTATACCACTAA-------TTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Atcgagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C--AA--T---------------AT--GAAAAAAGCATTA-----------TCT----------------TTG--TTGCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--T-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------CCTTGTCG--TT---TTT------AC-ATTTT--AA-CTGTTTCATATACAA--AAG--ATAATAATA----TAC-TT--------TTA---CACTT-TAAT-AA-ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATTAA--T---------------AT--GG----------------------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCT----T--A----A-T-T---T---------ATT--TA--------G---------TT---
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A--AA--T---------------AT--GT--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGGT-A-----A--TT-A-----------ATT------------A------T---------------A-T---------------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------ATAATGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTA-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA--AA--T---------------AT--CA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTTTT-G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--T----T--A-C--T-T-TATAT---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------GTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CATAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--------TTA------------AT---------------CTTG--GTGTT----------TT-------------TTT------------A------G--T----TCAA-T--A-G-T---T---------ATT---A--------T---------TT---T------------GTTT--AATCTA-AGCCT-T-CCATTTAG--A--AATATAAT--TACATTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-C---AAAA-A-TAAA---T--------CAT-----------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacTTATT----TGC-TT--------ATA---TACAC-TAGT-CA-ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAA---TT--------GTT-----------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--A-AT--GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A--AA--T---------------AT--GG--------TTA-----------TATTGAATTCACAATTAACTTAT-TTGCT-GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--T----C--T-C--ATT-T---T---------ACT--TA--------G---------TTGTCTAT------AT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATATCACTAGC--A--AGTATA----TA-ATT--------CCA---CACAC-TAAT-CA-ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACAC-ACATT-GAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TGTAACATATACTACTAAG--A--ATTGCA----TACTTC--------TTAATGTATATATAATGTACACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : tAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA------T-GAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAACAAAA--TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------AT--AG--------T-------------TAT---------------CTTG--T
gi|3 : taTTG--TTGCTTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----T--C-C----------T---------ATT--TA--------C---------TT---TGTTGTTTAATTAGTTC--AA-CTGCAGCATATATAACTAGA--A--ATTaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : tataaatatttttttaaaataggttttgattaaaaaataaccttcgaaccaattgaattgcgtatgaatgatctaaaaaattattgcatgttctgcgcaaaatatgtcacggtgtcactcctacttttacatcatttagataatatttcaaaaaatgaaatagaacgagaaatagaacttaaaaacaaaaatacgtctgaaaaaaatgaacaaaatggagattatttctccaaaataatatacatttataaaataagggaaatctgcttctatatcatttctatctcctctctcttttattctcctttcctttaaagtatcaaaaataaaacctgttggtgccttgtttattttcctagtacatttcttacctttttttcttatttcatgtgttactatttcctttgtcggagtccttaaatatatccaaataaataatttcattaggttacatacaaaataaatatagttatcttgtaagttacctaactatatactaacagcatttattaagCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A--AAAAT---------------AT--CA--------TTA------------AC---------------TTTG--TTGCT-A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--C----T--A-A--A-T-T---TTCTCGATTGACT--TA--------C---------TTGTTTAT------AT-AGTTT--AA-CTGTAGCATTTATCACTCAG--A--ATTATA----T--TTT--------TTA---CACAC-TAAC-CA-AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATC
gi|4 : -ACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A--AA--TCACATTATTGGCGACAT--GA--------CTACGTATGATAGTTAC---------------CTCT--TTCAT-T-----A--TT-G-----------CTCTGCG--------A------T--TTTTTT--ATC--A-TTT---T---------ACT--TA--------T---------TT---T-T------AT-CGTTTAAAA-ATGTAGCATATATCACTATGCTA--TTTCTATTTTTA-TTT--------TTA---TAC-T-T-AT-TA-ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAAC-A-AATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A--AA--A---------------AT--GTCA------TTA------------AC---------------TTTG--TTTCT-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--T-C-T---TTCTCAAT--ATTCTTA--------G---------TTGTATAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAACGTATACAACTAGG--A--ATTATA----TACTTT--------TCA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A--AAGAT---------------AT--CA--------TT------------TAC---------------TTTG--CTGCTTG-----A--TTAG-----------CTT------------T------T--C----T----C--A-T-T---T---------ACT--TAGTGTTTTTT---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCATGCACCGCTATG--G--ATTGTA----TACGCT--------TTA---CACAG-TAAT-CA-AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-C---AACA-A-TAAATCGT--------GGT-----------A
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA--AA--T---------------AT--TA--------TTA------------AT---------------ATTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--T----T--A-CTTA-T-A---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAC------AC-A-TT-------TGTAACGTATATCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-gacgttgaagagactgaaaggc
blockSeqs : T A A ACT GA T A G . TGA TT GT GGGTA GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTG C T C A CAA T GG T A A CTAATT T A AAA AC A G T GT A T CAACCCAGAT AAT T G G A C AGTA CT AA TC AA G AT C ATA CACAT A A TA GGG TTATG CGTCCTCATATCTATCCAAATA TCACT CACA ACA T TTTGTTTCATTGTGTTACATACAAAATAAATATGGTTATATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAAAATATTATTAATATTGTTGCTGATTGATTTGCATTTTCTCAATTTACTTATAT CT CATGTAGTTG GTC TGTTTA T TAAAAA CT TA TTTT G CAATTATT ATG A G C A GT CGTTTC TA TAT A GCC T G T AAATAACGA AA G AC . C CCTTTGAT C T C . . C
blockSeqs : G A G . AA A C G . . TC CC . TTCTG A . . C AT T TG A T . CACATT T . . TA . A . . C T ATATGGTT . . . . . C . CA . TC AT G C . . . . . . . CGT . . TAC ACA . TTATTTCATCATGTTTCATACAAAATAAATATGGCTTTCTTGTCGGTAAATGATCAATATGAAAAAAGCATTATCTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTCTCA . GTGTTTTTT GTT . . TAATC . . AT T . . . . . C . . AT . . . . . . TGACAA A . A . . ATCGTGGT C T
blockSeqs : A T G . AC G T A . . . TG . GATC A . . A A . A . T . CAAATA A . . AC . A . . A . ATATAT . . . . . C . . . T T G T . . . . . . . G . . TAC AC . ATTATGTTATTAGGTTACATACACCATAAATCACATTATTGGCGACATGACTACGTATGATAGTTACCTCTTTCATTATTGCTCTGCGATTTTTTTATCATTTT . CCTTGTCG GTA . . CAAC . . . A . . . . . A . . . . . . . . . CATGA C . A . . ATCAT .
blockSeqs : . . . T . . . . AAT T . . AC . A . . G . ATATC . . . . . C . . . A T G T . . . . . . . T . . CT CT . GTTATTTCATAGAAAATAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAATGTCATTAACTTTGTTTCTGATTGATTTGCTCTTTCTCAAT . C . . . TAAC . . . T . . . . . C . . . . . . . . . TATGA A . A . . TTGTT
blockSeqs : . T . . . . . . . C . GTATC . . . . . C . . . T C G T . . . . . . . T . . AT CT . ATATGGTTATATATTATTGGTAATTTCATAATATGAAAATATCATTAATATTGTTTTTGATTGATTTGCAGTTTCTTAATTTACTTTATAT . G . . . CAAC . . . A . . . . . C . . . . . . . . . TACGA A . A . .
blockSeqs : . . C . T . . . . . T . . . T T T T . . . . . . . T . . TA CC . GTTATTTCATTATGTGACATACACAACAAATATGGTTATATTGAATTCACAATTAACTTATTTGCTGCTTGAGTTGCTTTTTCTCATTTT . C . . . CAAC . . . A . . . . . A . . . . . . . . . TAGGA A . A .
blockSeqs : . . A . . . . . . . T . . . C T T T . . . . . . . T . . CA CC . ATATGGTTATCTTGTGGGTAAATTTATAATATAAAAATATCATTAACTTTGTTGCTACTTGATTAGCATTTTCTAAATTTTCTCGATTG . C . . . TAAC . . . T . . . . . A . . . . . . . . . TATGA G . A .
blockSeqs : . . . . . T . . . T T T C . . . . . . . T . . TT CA . CTATATGTGGTTATCTTGTTAGTACATTGACAATATAAAGATATCATTTACTTTGCTGCTTGATTAGCTTTTCTCATTT . T . . . CAAC . . . T . . . . . A . . . . . . . . . TATGA A . A
blockSeqs : . . . . . . T G T . . . . . . . T . . AT CC . GTTATTTCATTATGTCACTTCAAAATATTAATATGGTATCTTGTTGGTAAGTTTGCTTTTTCTTAATTT . G . . . CAAC . . . T . . . . . A . . . . . . . . . TATG A . A
blockSeqs : . . . . T G T . . . . . . . T . . CT CA . TGTGTTTCATTATGTGACATACTAAACAAATATGTTTATATCTTGTTGGTAATTAATTATAT . C . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . TAT A . A
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . T . . CT CT . TCTGAGTCCTTATATCATTTATATTGTTGCTGATTGATTTGCATTTTCTCA . C . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . A A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . CT . . . T . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CAAATT** ATATT********* T* CAAC*** TACGA**** TCGTT**********************
originalCons : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAAC-A-ATT-GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAAACTTT--------GAT-----------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
finalCons : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAACAAATT--GAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAACAAAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAAATATT---------AAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------AT--GN--------TTA-----------TAT---------------CTTG--TTGCT-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTCAAC---TGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTTTACGA----AAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAATCGTT----------------------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 22222 3333333333333333333333333333333 1 1 1111 11 111 1 33333333333333 111111 2222222222222222222222 1111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222 111 1111111 111111111 11 9999999999999999999999999999 1 1
lowQualScore : 1 1 3 444 44 1 0 8 3 0 777 0 33 22 55555 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 4444 3 0 22 3 0 1 6 88 3 3 6 111 66 6 1 5 66 1 0 44444444444444 777 4 4 4 4 2 7777 99 44 444444 1 33 0 3 555 77777 2 2 33 0 555 6666666 5555555555555555555555 77777 3333 555 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 888888888888888888 444 0 888888 2 7777777 0 33 33 9999 6 99999999 444 2 2 2 5 33 777777 66 444 2 444 2 2 2 222222222 55 2 2 5 44 5555555555555555555555555555 6 7 1 5 5 1
lowQualScore : . . . ... .. . . . . . ... . .. .. ..... ............................... . . . . .... . . .. . . . . .. . . . ... .. . . . .. . . .............. ... . . . . . .... .. .. ...... . .. . . ... ..... . . .. . ... ....... ...................... ..... .... ... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................ .. .................. ... . ...... . ....... . .. .. .... . ........ ... . . . . .. ...... .. ... . ... . . . ......... .. . . . .. ............................ . . . . . .
lowQualScore : 0 0 2 000 44 0 8 2 2 0 555 2 55 00 00000 0000000000000000000000000000000 0 0 0 0 8888 2 2 88 5 8 0 7 33 5 5 7 777 00 7 7 0 99 0 0 99999999999999 888 4 4 4 0 3 7777 22 66 000000 5 99 5 1 000 11111 9 9 99 1 000 2222222 4444444444444444444444 11111 4444 999 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 333333333333333333 000 9 222222 9 3333333 2 77 77 3333 2 77777777 777 7 7 5 9 44 222222 99 444 7 777 7 7 7 222222222 44 9 9 0 00 6666666666666666666666666666 5 3 0 5 0 0
consensus : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAACAAATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------ATGA--------TTA-----------TAT---------------CTTG-TTGC----T-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--------A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAATCGT---T----------------------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
Reference ( family-2116 ) : AAATGAGCTNAAAACNTACTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATANCTTTTGATCTAGAAA-AAT---AACCTTCGAANNAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----GAT------------------------TGNAAAAT-ATTTCATATT-TACANAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAACAAATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTAAACTAAGGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTNTATTTTCC-TTAAA------ATAT---TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--TCT--CT-C-T-TTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCN--AT-CNAAA-TAA--TN---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAANAT--A--AA--T---------------ATGN--------TTA-----------TAT---------------CTTG-TTGC----T-G-----A--TT-G-----------CTT------------A------T--T----T--A-C--------A-T-T---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACNTT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACNT--AT------GTGTAA--GTATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAA-A-TAATCGT---T----------------------ATCCATAAATACACNATTCATACTTANCACAAATC
gi|1 : AAATGAACTTAAAACCTATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAAATAGT---AACCTTCGGAAAAA-----TTGAAATGTGTATGAAT----G--------------------------TGCAAAAT-ATTTCATATT-TACACAAA--A-ATGTCAAGGTGACATTCCTACTTTTACATTATTCAAATGC-TATTTTAAAAAA-AAATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACAAAA---TAAATTTGACAAACACGAAC-AAAAAATGAGTTTATTTCTCCAAAACAATATACATTCTTGA-CTGAAGGAAGGCTATTACTATATCATCTCCATCTTCTCTA-CCTTT--ATTATATTTTTC-TTAAA------ATATGG-TAAA---AA-GTCC-TACTTAT-CA-GTTTTTCGCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-G-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--CACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTCAG-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAC--A--AA--T---------------CTGT--------TTA-----------TAT---------------CTTG-TTGG----T-A-----A--TT-A-----------CTT------------A------T--A----T--A-C--------A-T-G---T---------ATT--TA--------T---------TT---TAT------AC-AGT--------TGTAATGTATACCATTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TAA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGATT-ATGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-CAATTATTTATTCA-CA-AAAAAGA-TAAACTT---TCAACACTCAATGAAAATAAACAATTCATAAA-ACACAATTCATACTTAACATAAA
gi|10 : ---------------ACAATATG-A--AA--T---------------ATCA-----------------------AC---------------TTTG-TTGCTGCTT-G-----AT-TT-G-----------CTTG-----------A------T--T----T--G-CTTTTTTCAA-T-T---T---------ATT--TC--------CATGTAGTTGTC---TAT------GT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATTCCACTAAG--A--ATTCTA----TACGTT--------TTA---CACAT-TAAT-TA-ACAA--AT------TTATAA--GTATGAA---ACAAAATGT-CT---T--TCAAATGATTATGTTT-CTGGTGTA-GATAAATT---C-ATGAAATAAAAATACTTAATCA-CACAAAAA-ACTAATCGctt
gi|11 : taaacacaacacaaatcgagattatttcatacaaaatttcctacaaaatacatactttatggttttcttgttggtaaattcGGAAGGCTACTACTATATCATCTCCATCTTCTCTC-CCTTT--ATTATATTTTCC-CTAAA------ATATGGTTAAA---AA-ACCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATATTT--------------------CCTCT-CATA---T---TG-----T-T-C----CTT---TTAT--G----CT-------------------------TTATT-----ATACCT--TT-----A-T----TC---------T----------GAGT---CCT----------TAT---A--T--------C-----------AT-----------------------------------------------------------TTA-----------TAT-----------------TG-TTGC----T-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--------A-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-TGTT--------GTAACGTATACCACTAA-------TTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGTAAT---TG---ATGTGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---T-ATGAAAT-AATATATTTAATCA-CA-Aagcacagccaaaatgtttgtgtattttaa
gi|12 : -T-TTTGCTCCTTT--ATAC-TT---TA-----C-T-C--TACCC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-ACAAATTAG--TTATTTCATCAT----------GTTT---CATACAAAATAAATAT---GGCT---TT---CTTGTCG-----GT---------------AAATGAT--C--AA--T---------------ATGAAAAAAGCATTA-----------TCT----------------TTG-TTGC----T-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--------T-T-T---TTCTCA----ATT--TA--------CCTTGTCG--TT---TTT------AC-ATTTT--AA-CTGTTTCATATACAA--AAG--ATAATAATA----TAC-TT--------TTA---CACTT-TAAT-AA-ACATGTAT------GTATAA--GTATGCA---ACAGAATGT-AC---TG-ATATATGACTATGTTT-ATGTTGTA-AATAACTT---T-ACGAGAT-CAAATACGTAATCAGCA-GAA
gi|13 : ACTAAGGGA-GGCTACTGCTTTATCATCTCTATATCCTCTC-TTTTTGTATTCTCTTTTCC-TT----------------TAAA---AA-GTCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----GATCTTT--TCT--CTCC-T-TTTGTTTCTTT-TATAA-TT---CA-----C-C-CTATACCC---TT-T--T----TTG----------------------A-TCCTT-----ATACTA--AT-CTAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---CA---C------------T---------------TCAAAAT--ATTAA--T---------------ATGG----------------------TAT---------------CTTG-TTGG----T-A-----AGTTT-G-----------CTT------------T------TTCT----T--A----------A-T-T---T---------ATT--TA--------G---------TT---
gi|14 : -TTTTTTCCCCTCCT----CATCATT--TCT--CT-C-AATTTGTTCCTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCA--AT-CTTAA-TAA--TG---------T----------GTTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACTAAAC--A--AA--T---------------ATGT--------TTA-----------TAT---------------CTTG-TTGG----T-A-----A--TT-A-----------ATT------------A------T---------------------A-T---------------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------ATAATGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACATT--------TTA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-TTGTTGCG-AATAACTT---T-ATG-AAT-AAATTATTTAATCA-CA-AAAAA-gttgctaatctaacgatggaacaatgttaataaaatttaacctgcagcttagtctatgtaca
gi|15 : -TATTTTAGAAAACTAATTGAAATAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACACAA---TACATTCGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATATATATTCTTGAGCTAAAGGAAGGCTACTACTATATCATCTTCATCTTCTCTC-CCATT--ATTATATTTTTC-TTAAA-------------------------CC-TGCTGAT-CC-TTATTTCCCCTCCT----CATCTTT--CCT--CA-CAT-GTTGTTCCTTG-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TACCT---TTATCGT----CTG----------------------AG
gi|16 : TCATT-----ATGTTAC-ATACAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTTATATAT----------TATT--G--G---TA---------------ATTTC------------ATAATATGAA--AA--T---------------ATCA--------TTA------------AT---------------ATTG-TTTT----T-G-----A--TT-GATTTGCAGTTTCTT------------AA-----T--T----T--A-C--------T-T-TATAT---------ATT--TA--------C---------TT---TAT------AC-AGTT--------GTAACGTATACCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CATAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTGAAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATGTTT-ATGTTGTT-AATAACTT---gatacattttcaatcaatcattttggagaagataga
gi|17 : agttaataatttgtt--------TTA------------AT---------------CTTG-GTGT----T----------TT-------------TTT------------A------G--T----TCAA-T--------A-G-T---T---------ATT---A--------T---------TT---T------------GTTT--AATCTA-AGCCT-T-CCATTTAG--A--AATATAAT--TACATTCAATTATTTTA---CACAC-TTAT-CA-ACAT--AT------GTAAAA--GTATGCA---ACAATATAT-TT---TG-TTATATGACTTTATTT-GTGTTGTA-AAT-------------AAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAAT-A--AATCA----T----------------------ATCCA
gi|18 : atatatgtatataattaagatttctgttggacTTATT----TGC-TT--------ATA---TACAC-TAGT-CA-ACAT--AT------GTACAA--GTATGCA---ACAAAATGC-CG---TG-TTGTATGACTATGTTT-ATATTGTA-AATAACTTAAATAACGAAAT-AAAATATTTAATTA-GA-AAAAA-A-TAATTGT---T----------------------AT-CATAGCTAC
gi|19 : aaacaatgctttgttgctacttggtttgcgtctgcttaatttacAAA---AA-ATAA-TGACATT-CC-TTATTTTCCTG--T----CATATTT--TCT--CT-C-C-TTT-TTCCTTT-TATAT-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---TAAT-------CTG----------------------AGCGCTT-----GAAT-----------A-TA----T---------T----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------Acacagagtacaaaatcaatcaaaatgtacttatgta
gi|2 : AATGAGCTTAAAACATACCTAACCAACTACTTGAATGTTAAAATATATTT--ATATAGAAA-TAG---AACTTTTGAAGTAT-----TTGGAATGTGTATAAAT----GATATTAAAAAACTATAAAATGTTCTGTGCAAAAT-ATTTCAGATT-TACAAAAG--A-A----AAA-----------------ACACTATTCAAATACATTTTTTAAAAAA--AAT-GAAACAGAAGGAGAAATA-GCACTTAAACTTA----T---TTTGACAAACACGAAC-AAAAATGGAGATAAAATCTCCAAAACGATATACATTCTTAAACTAAGGAAAGGTTTCTACTATATCACAACAAACTCCTCAT-TTTTT--CTTGTATTTTCCTTTAAA------ATAT---CAAA---AATTTCC-TGCTGAT--T-TTATTTCTCCTCCT----CATCTTT--CCT--CTCC-T-TTTGTGCCTTT-TATAC-TT---TA-----C-T-C--TTTCT---ATTT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATTT--AT-CCAAA-TGA--GT---------T----------ATTT---CAT----------TAT---G--T---GA---C-----------AT---------------ACACAAC--A--AA--T---------------ATGG--------TTA-----------TATTGAATTCACAATTAACTTATTTGC----T-GCTTGAG--TT-G-----------CTT------------T------T--T----C--T-C--------ATT-T---T---------ACT--TA--------G---------TTGTCTAT------AT-AGTTC--AA-CTGTAGCATATATCACTAGC--A--AGTATA----TA-ATT--------CCA---CACAC-TAAT-CA-ACAT--AT------GTGT-----TATGCA---ACA
gi|20 : TTAACATTATTCAAATGT-TTTTTTAAAACACACATTGAAATAGAAGGAGAAAAAAGCACTAAAACACAA---TTAATTTGACAAACATGAAC-AAAAATGGAGATTATTTCTCCAAAACAATtacatatctaatgtttgtg
gi|21 : TGTAACATATACTACTAAG--A--ATTGCA----TACTTC--------TTAATGTATATATAATGTACACAT--AT------GTATTA--GTATGCT---ATAAAATGT-TT---TG-T------------TTT-ATG----A-AATA------------AAAT-----TATTTAATCA-CA-AAA
gi|23 : tAAATGAGCTGAAGACATATTTAAATAGCT---TAAATTTTAAAATAACCTTTGATCTAGAA
gi|3 : aTAAATA-TT---T---TTTTAAAATAGGTTTTGAT-TA-AAA-AAT---AACCTTCGAACCAA-----TTGAATTGCGTATGAAT----GATC-----------------------TAAAAAATTATTGCATGTTCTGCGCAAA--ATATGTCACGGTGTCACTCCTACTTTTACATCATTTAGATAA-TATTTCAAAAAA-----TGAAATAGAACGAGAAATA-GAACTTAAAAACAAAAATACGTCTGAAAAAAATGAAC-AAAA-TGGAGATTATTTCTCCAAAATAATATACATTTATAAAATAAGGGAAATCTGCTTCTATATCATTTCTATCTCCTCTCTCTTTT--ATTCTCCTTTCCTTTAAA------GTAT---CAAAAATAA-AACC-TGTTGGTGCC-TTGTTTATTTTCCTAGTACATTTCT--TAC--CT-T-T-TTTTCTTATTT-CATGT-GT---TA-----C-TAT--TTCCT---TTG---T----CGG----------------------AGTCCTT-----AAATAT--AT-CCAAA-TAA--AT---------A----------ATTT---CAT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACAAAAT--A--AA--T---------------ATAG--------T-------------TAT---------------CTTG-T
gi|3 : taTTG-TTGC----TTG-----A--TTTG-----------CTT------------T------T--T----T--C-C----------------T---------ATT--TA--------C---------TT---TGTTGTTTAATTAGTTC--AA-CTGCAGCATATATAACTAGA--A--ATTaagttacctaactatatactaacagcatttattaagttgttgcttgatttgcttttttcctatttactttgttgtttaattagttcaactgcagcatatataactagaaatt
gi|4 : tataaatatttttttaaaataggttttgattaaaaaataaccttcgaaccaattgaattgcgtatgaatgatctaaaaaattattgcatgttctgcgcaaaatatgtcacggtgtcactcctacttttacatcatttagataatatttcaaaaaatgaaatagaacgagaaatagaacttaaaaacaaaaatacgtctgaaaaaaatgaacaaaatggagattatttctccaaaataatatacatttataaaataagggaaatctgcttctatatcatttctatctcctctctcttttattctcctttcctttaaagtatcaaaaataaaacctgttggtgccttgtttattttcctagtacatttcttacctttttttcttatttcatgtgttactatttcctttgtcggagtccttaaatatatccaaataaataatttcattaggttacatacaaaataaatatagttatcttgtaagttacctaactatatactaacagcatttattaagCCT----TATCTTTCTTCT--CC-C-T-TTTTTTTCTTTATATAC-TT---TA-----T-T-C--TTTCC---CTAT--T----CTGCGTCCTCATATCTATCCAAATAAGTCATTTCACTATGTCACAAA-CAAAA-TAAA-TA---------T----------GGTT----AT----------CTT---G--TGGGTA---A-----------ATTT-------------ATAATAT--A--AAAAT---------------ATCA--------TTA------------AC---------------TTTG-TTGC----T-A-----C--TT-G-----------ATT------------AGCATTTT--C----T--A-A--------A-T-T---TTCTCGATTGACT--TA--------C---------TTGTTTAT------AT-AGTTT--AA-CTGTAGCATTTATCACTCAG--A--ATTATA----T--TTT--------TTA---CACAC-TAAC-CA-AC----AT------GTGTAATAGTATGCA---ACAAAATAT-AT---TG-TGATATGTCTATGTTT-ATGTTGTA-AAGTACTT-----------T-GGAATATTTAATTA-C---AAAA-A-TAACCTTTGAT----------------------ATCCATAAATACACCA-TCATA-TTACCACAAATC
gi|4 : -ACAT--AT------GTATAA--GTATGCA---ACAAAATGT-CT---TG-TTATAGGACTATGTTT-ATGTTTTA-AAGTACGT---T-AGGAAAT-AAAATATTTAATCA-CA-AAAtgactatatacacatatgtataagtatgcaacaaaatgtcttgttataggactatgtttatgttttaaagtacgttaggaaataaaatatttaatcacaaaatatgtt
gi|5 : ccttatctttcttctcccttttttttctttatatactttattctttccctattctgcgtcctcatatctatccaaataagtcatttcactatgtcacaaacaaaataaatatggttatcttgtgggtaaatttataatataaaaatatcattaactttgttgctacttgattagcattttctaaattttctcgattgacttacttgtttatatagtttaactgtagcatttatcactcagaattatattttttacacactaaccaacatgtgtaatagtatgcaacaaaatatattgtgatatgtctatgtttatgttgtaaagtactttggaatatttaattacaaaaataacctttgatatccataaatacaccatcatattaccacaaatctgactatatacATCTTATCTC-TCTTT--ATGCTCATTTCC-TTAAACAACCCAGAT------A---AA-ACCTGTGCTGTT-TAATTATTTG------T----TGTATTT--TCCAATT-C-T-TTTTTTCGTTT-TATTCCTT---TACACATT-T-T--TATCT---TTAC--TTATGCTG----------------------CGTCCTT-----TTATCT--AT-CCAAA-TAAATTA---------T----------GTT-----AT----------TAG---G--T---TA---C-----------AT---------------ACACCAT--A--AA--TCACATTATTGGCGACATGA--------CTACGTATGATAGTTAC---------------CTCT-TTCA----T-T-----A--TT-G-----------CTCTGCG--------A------T--TTTTTT--ATC--------A-TTT---T---------ACT--TA--------T---------TT---T-T------AT-CGTTTAAAA-ATGTAGCATATATCACTATGCTA--TTTCTATTTTTA-TTT--------TTA---TAC-T-T-AT-TA-ACTT--ATCGTTTCATGTAAATGTATACATATGCGATATAT-ATGCCTGTTTATATGACTGTTTTTGAT-TCGAATAATAACTT---TGACAAAAT-AAAATATTTAATGA-CA-AAAAtatgtt
gi|6 : tAATGAGCTAAAAACTTACTTAGATAGCT---TACATTTTAAAATATCTTTTAATTTAAAAA-AATTGAAAGGT--GAATGAAGGGTATTAAAAACTATATAACTTTCTG--------------------------TGAAAAAT-ATTTCATATT-TACAAAAACAA-ATGTTAATGTGACATTCCTACTTTTATATTATTCAAATGC-TACCTAAAAAAACAAATAGAAATAGAAGGAGAGA-----------ACACAA---TACATTTGACAAACATGAACAAAAAATGAAGATTATTTCTCAAAAACTATTAACATTCTTAAATTAAAAGAACGCTACTACTATACCACTTACATC
gi|7 : gATCACCTCCATCTTCTCTC-CTTTT--ATTATAATTCTC-TTATA------ATATA--TAAA---AA-ATCC-TGCTGAT-CC-TTATTTCTCCTCAT----CATCTTTCATCT--C--C-T-TTTGTTCTTTT-TATGC-TT---TA-----T-T-C--TAACC---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CAAAA-TAA--GT---------T----------ATTT---CATAGAAAATAAATATA--G--T---TA---TCTTGTTGGTAAATTC-------------ACAATAT--A--AA--A---------------ATGTCA------TTA------------AC---------------TTTG-TTTC----T-G-----A--TT-G--------------------------A------T--T----T--G-C--------T-C-T---TTCTCAAT--ATTCTTA--------G---------TTGTATAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAACGTATACAACTAGG--A--ATTATA----TACTTT--------TCA---CACAT-TAAT-CA-ACCT--AT------GTATAA--GCATGCA---AAAAAATGT-AT---TG-TTATATGACTATCTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAATTTTTTAATCA-CA-AAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttccattaaaact
gi|8 : T--TCT--C--C-T-TTTGTTTCTTT--GTAC-TTATATA-----TAT-C--CAAATGGGCTAT--T-------------------------------TCATT-----ATATTAC-ATACAAAA-TAAC-TA---------T----------ATGT---GGT----------TATCTTG--T---TAGTAC-----------ATTG-------------ACAATAT--A--AAGAT---------------ATCA--------TT------------TAC---------------TTTG-CTGC----TTG-----A--TTAG-----------CTT------------T------T--C----T----C--------A-T-T---T---------ACT--TAGTGTTTTTT---------TT---TAT------AC-AGTTC--AA-CTGTAGCATGCACCGCTATG--G--ATTGTA----TACGCT--------TTA---CACAG-TAAT-CA-AC----AT------GTGTAA--GTATACA---ACAACATGT-AT---TA-TTATATGAATATGTTT-GTGTTGTA-AA-----T---T-AT--AAT---AATATTTAGTCA-CA-ACAAT-A--AATCGT---
gi|9 : atataacttcgtggtgtacgtttgtatacT---TA-----T-T-C--TACCT---TTAT--T----CTG----------------------AGTCCTT-----ATATCT--AT-CTTAA-TAA--TT---------TGTTTCATTGTGTTA---CATACAAAATAAATAT---GG-T---TA---T-----------ATCTTGTTGGTAATTTCATAATATGAA--AA--T---------------ATTA--------TTA------------AT---------------ATTG-TTGC----T-G-----A--TT-G-----------ATTTGCATTTTCTCAA------T--T----T--A-CTT------A-T-A---T---------ATT--TA--------C---------TT---TAC------AC-A-TT-------TGTAACGTATATCACTAAG--A--ATTATA----TACTTT--------TTA---CACAT-TAAT-AA-ACCT--AT------GTGTAA--GCATGCA---ACAAAATGT-AA---T--TTATACGACTATGTTT-ATGTTGTG-AATAACTT---T-ATGAAAT-AAGATATTTAATCA-CA-AAAAA-ggtagacgttgaagagactgaaaggc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTATTAACTTTGTTGCTGATTGATTTGCTTTTTTTCTCAGTTTACTTAGTTGTTTATATAGTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TAAATATAGTTATCTTGTTGGTAAATTCACAATATAAAAAATAGCATTAA