lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : . .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
consensus : TTAACAGAAAGAATTA-AATACGATGCAA--TATAATAT---CGACATCAAAACGATANAATATAATA----CAATACAATATAAT-CAT--C--T---G-TACAA--TT-A--------C-AGTA----C--TG---TACNGTACAAT--AC---GN--------ACA-----GT-ACGGTA--T--T---A-GA-GC-TA----A--TAGCA---C-GA--CACG----A--TACAG--TAC---AAT------GCAA-T----T---A-N-AG---TACAATA------C---------AC-----A---------GC-AATACA--GT--ACA--A-----TACAA--T-ACA--A-----TA-CA---ATN--CAA------T----A--CGATA-G-T----T-A--CAN-TA--CAGT-ACA-----T-C--AT----T----AC--AGT---------T----CA---A----ATACGACAC-------A--G--TGCA--GNA------CA---ACACGGT--A-------NTA---CA--A--CACAG-------T-----ACA--A-----TACA----GT-N--C-A----G---T--AC-----AATACAATACN-----AC-ACAGTAC----AAAAT---TA--GC--C--TAC----------GA-T---------TGCA--ATACA--G-CAC-A-TG------A--------CA----G--TACAATAC-----A-----GC-GCANTA--CAGTA--------C---AA--C-GCAATATA---G--C--AG-------TACAGTA-----T--AATAC-AGTG-----T-TGTGCA-------AAA--CGG-TTTA--------ACAG--TACGGT--ANANTGC---AC-A-AT-ATAAC-TG-TANNG---AAT-TAAAGTACGATACTGTAC-AT----C-GCATA--AC-TACAGTA-CGGCAN-------TGCAC---AGC---ATAA-----TACAA-----TA-------CA----T-A-CAA--CATA-ACGCAGTGTAG--TACAN-CA--G-C--ACAGTANTAT-GCA--A--TACA--A--CAG---AAT-AT---NT----TACAATACAGTACG------G--TA----AAAC-A--G---A----GTACGATG-CG--AT-A---CAGTGC---GT-----T--AT----NTGA---TACGG---T--A-----TAGTA----------NAG--TACAGTG----CA-------GTA-CA----------GTAC---AG-----A-A------------C---A-C--G---A-CA--G------CGCAGTACGG-CACAG--A-N-T--A----AT-ACA----G----AATA--------CAGTA---TAC-C---GCACAG-----------C--AC--TACAT------T-AT---AC--NGT-AT-T-TANT-------ACAATAC--AGTANAGTACGGTGCTG--TACAGT---ACA-CACTGTAA-CCGTGCC----GTTC--T---ACACTG---T--ACCGTAC--CGCGNNACGAT-A-TGTA---C-GCACACT---GTATTG--TGCGG---TA-T-G-TACCGTTTAATATTGTNCAGTN-CAACGCTGNACNGTACAATATGNAGCGTTGACAGTGTAATGCACTGCACAAC
Reference ( gi|2 ) : TTACCAGAAA----TA-AATGCGATGC----TATGATGTTTTC--TATTAAAACAAGAGAATATGTTA----GAATACAGCATAGTTCAT--C--T---G-TACAGC-TT-A--------C-AGTA----C--TG---TACTGTACAAT--AC--TGG--------ACA-----GC-ACAGTA--T--T---A-GA-GC-TA----A--TAGCA---C-GA--CATA----A--TACAG--TAC---AAT------GCAGCT----T---A-G-AG---TACAGCA------C---------AC-----A---------GC-AATACA--GT--ACA--A-----TACAA--T-ACA--G-----TA-CA---CTT--CAA------T----A--GGATA-GCT----T-A--CAT-TA--CAGT-ACA-----T-C--AT----T----AC--AGT--------TT----CA---A----ATACAGCAC-------A--G--TGCA--GGA------CA---ACAGGGT--A----GC-TTA---CA--A--CACAG-------T-----ACA--A-----TACA----GT-T--C-A----G---T--AC-----AATACAATACT-----AC-ACAGTAC----AAAATC--TA--GCT-C--TAC----------GC-T---------TGCA--ATACA--G-CAC-A-TG------A--------CA----G--TACAACAC-----A-----GC-ACATTA--CAGTA--------C---AG--C-GCAATATA---G--C--AG-------TACAGCA----TT--AATAC-AGTT-----T-TGTGCA-------AAA--TAG-TTTA------A-ACAG--TACGGT--AGACTAC---ACAA-AT-ATAGCTTG-TAGTG---AAT-TAAAATACCTTACTGTAC-AT----TTGCATA--ACTTACAGTA-CAGCAG-------TGCAC---AGC---ATAA-----CACGA-----TA-------CA----T-ATCAA--CATA-ACCCAGTTTAG--TACAT-CA--G-C--ACAGTAATAT-GCA--G--TACA--A--CAG---GAT-AT---CT----TACAATACAGTAAA------G--TA----AAAC-A--G---A----GTACAATG-TA--AT-T---CAGTGC--TGT-----T--AT----TTGA---TACAG---T--A-----TAGTA----------AAG--TACAGTT----CA-------GTA-CA----------GTAC---AG-----A-A------------C---A-T--G---A-CA--G------CGCAGTACAA-CACAG--A-C-T--A----AT-ACA----G----AATA--------CAGTA---TAC-C---GCACAG-----------C--AC--TACAT------T-AT---AC--TAT-AT-TTTACT-------ACAGTAC--AGTAGAGTACACTACTT--TACAGT---A----ACTGTAAGCCGTGCT----GTTC--TG-AGCGTTG---T--GCTGTGC--TGTGATGTGAT-G-TGT----CGACATACT---GTATTG--TGCGG---TA-T-G-TACTGTTCAATAGTGTGTGGTG-CAGTGCGGTGCGGT-CAA----AAAT----ATAATGTAATTTACTGCACAACCTTCTTTTACATT
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTA-AA---GATGCACAATATGACATTTACAACATTAAGACA-GATAACAT--TA----CAATATTATACAAT-AAT--G--T---GATACAA---T-A--------C-ATTG----A--TG---T--TGTACAAT--AC--AGA--------GCA-----AT-GCAATA--C--A---A-AATGA-TAC---A--CAGTAATTC-AA--CATGCATTA--TACA---TAC---A---------CAG----------A-G-AGATGTACA-TA------G---------AT-----T---------GC-AATACA--TT--ACA--A-----TACAA--TAATA--A-----TG-TA--------CAA------T----G--ATGTG-G------T-A--CAA-TA--CAGT-GCA----------ATGCGAT----AC--AG--------------------A----ATGCAACAC-------A--G--TA-A--TGA-------A---ACA-TGC--A----TT-ATA---CAT-A--CACAGAGAGACAT-----ACAT-AGAT--TACA----AT-G--C-A----T---T--GC-----AATACAATA-------AT-GTGGTAC----AA-----------------TAC----------AA-TGA-------TGTG--ATATT--G-TACGA-TG------ATG------TG----G--TACAATAC-----A-----GT-GCAATG--CAATA--------C---AA------AAT------G--C--TG-------CACAGTA----AT--AAAACTAACA-----T-TATACATACCGAGAAA--GAGATTTA------C-ATAAATTAC-----AAATTACATTACAATATAATAATGTGATACTGTACAAT-T---ATGTGATATTGTACGATGATGTGGCACA--A--TACAGT----GCAA-------TGTAA---AAC---AAAATGCAGCACAG-----TA--------A----T-A-AAA--CATA----CA--TTA---TACATACA--GAG--AAAGAAATGT-ACA-----TAGATTA--CA-----AT-AC---AT----TACAATACAATAAT------G--TG----ATAC--------T----GTATAATG-----AT-------GTGA--TAT-----T--GT----CTGA---TGATG---T--G-----T-------------------TACAATA----CA-------GTG-CA----------ATGC---AA-----A-A------------C---A--------A---------------AATGCAG-CACAG------T--A----AT-AAA----A----CATA--------CATTA---TACAT---GCAGAGAAAGAGATGTTC--A---TAAAT------T-AC---AA--TAC-AT------T-------ACAATAC--AATAATGT--GGTACTG--TACAAT---
gi|6 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtAA----TATGATACAATGCAA--TATAATAT-------AT---AACAATAAAGTACAATA----CAATACAACA----------C--C---A-TACAAC-TC-AAAATAACAC-AGTA----C--AC---TACAGAATAAT--GC--AAG--------GCA-----GT-ACAGTA--C---------A-AC-------A--TAACA---C-AA--CACA----A--CACAT--TAC---AAA------ACAA------T---A---AG---TTTATTA----------------------------------C-AATACA--AT--ACG--A-----TACAA--T-gg
gi|7 : acagtacagaagattatgatacaaaactttataatacaatacagcactgtaccataaaaaagactagaataaattaatataacagaatttaatagaattgaatataatacaaagcagttcattac-AATACGATACAA--TATAGTG----CGATATCAAATCGATACGATATACTACGACAAATACAAGATA---CAT--T--T---A--ACA---------------C-AATA----C--AA---TATAATACAAT--AC----G--------ATA-----GTTACTATACAT--T---ACGA----TA----A--GAA-A---C-GA--TA-G----A--TGCAA--TAC---GAT--------------------A-T-AA---TACAATA------T---------AC-----AT--------GT-AATACG--AT--ACA--A-----TACAA--T-ACA--gagatgcgatacgatgcgata
gi|6 : acgatatgatacataacaatatacatgcaatatagtacaatacaaactaatgcgatactattcaatacagtgagatgtAATATGATA----CAATGCAATATAATATATAACAATAAAG-TACAA---T-A--------C-AATA----C--AA---CACCATACAAC--TC--AAA--------ATA-----AC-ACAGTA--CACT---A-CA-G---A----A--TAATG---C-AA--GGCA----G--TACAG--TAC---AAC------ATAAC---------A-C-AA---CACAACA------C---------ATTACAAA---------AC-AATA-A--GT--TTA--T-----TACAA--T-ACA--A-----TA-CG---ATA--CAA------T----G--AGATaaagggtacggtactgtt
gi|8 : acagtacagaagattatgatacaaaactttataatacaatacagcactgtaccataaaaaagactagaataaattaatataacagaatttaatagaattgaatataatacaaagcagttcattacATACAACACA---CA----------A-TACAAG-TT-A--------C-AATAGAATT--TA---AACT--ACAATTCAC--CAA--------ACATTAAAGC-ACAATA--C--A---A-GATGC--A----A--TA------C-GG--T-T--------TACAG--TAC---AAT------GAA--T----T---A-C-AG---TACAAAA------C---------AC-----AAAACAGTTTGC-AATAAA--AT--ACAACA-----TAAAA--T-GCA--G-----AA-CA-----G--CAA------TATAAA--CAATA-TTA----T-A--CAC-TATGCAAT-ACA----------AT----TA---AC--AAT---------------AC--A----ATACAACAT-------A--gcgatacgatgcgata
gi|7 : tgcagcacactgtctccaataaagtacaacataaagacataacaatacataatgtgATGCAATATAGTACA----------A-TACAA-----A--------CTAATG----C--GA---TACTATTCAAT--ACAGTGAGATGTAATACG-----AT-ACAATA--T------A-GT-GC--G----A--TATCAAATC-GA--TACG----A--TATAC--TAC---GA--------CA---------------AA---TACAAGA------T---------AC-----A---------TTTAACACA--AT--ACA--A-----TATAA--T-ACA--A-----TA-C---------------------------GATA-GTTACTAT-A--CAT-TA--CGAT-AAG-----A-A--AC----G----AT--AGA--------TG----C----A----ATACGATAT-------A--A--TACA--ATA------T----ACA-TGT--A----A---TA---CG--A--TACAA-------T-----ACA--A-----TACA----ctatac
gi|4 : acgatatgatacataacaatatacTTCATA-T--T---G-TACTGT-T-----------C-AGTG----T--TG---TACTGAACAGT--GT--TG--------------------ACAGTG--T--T----------------------GTA---C-TG--CACA----A--CACTG--TAT---TAT------GCAGaaagggtacggtactgtt
gi|4 : ccacgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatgatacaaccacatacaatacaatgtcatacaatataataatacaatacagttaatttcaatgcaacgccacgcaacacttaatgtacaaaacaacattgtacaatataacactgtataatacaatgctgtgcaatacaataccaaacaataatataacactgtataatataatttgtgcaatacaacactgtaaacactgtgcaatacaaaactgtacaatacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaaaactgtacaaaacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgttcaatacaacactgaacagtacaatacgaaacaataatataacaCAT-----T---G-TACAA---T-A--------T-AACA----C--TG---TATAATACAAT--GC--TGT--------GCA-----AT-ACAATA--C--C---A-AA----CA----A--TA---------A--TATA----A--CACTG--TAT---AAT------ATAATT----T---GTGCAA---TACA--A------C---------AC-----T---------GT-AA-ACACTGT--GCA--A-----TACAA--A-ACT--G-----TA-CA---ATA--CAA------T----ACCAAACA-A-T----A-A--TAT-AA--CACT-GCA-----T-A--AT---------AC--AGT--------GT----TGTGCA----ATACAACACTGTCAACACTG--TGCA--ATA------CA---ACACTGT----------------CA--A--CACTG-------T-----GCA--A-----TACA----AA-A--C-T----G---T--AC-----AAAACAATACC-----AA-ACAAT--------AATA--TA--ACA-C--TGCATAATACAGTGT-TG--------TGCA--ATACA--A-CAC---TGTC----AACACTGTTCA----A--TACAACAC-----T-----GA-ACAGTA--CAATA--------CGA-AA--CAATAATATA---A--C--AC-------TGCA--------T--AATAC-AGTG-----T-TGTGCA-------acaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|4 : ccacgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatgatacaaccacatacaatacaatgtcatacaatataataatacaatacagttaatttcaatgcaacgccacgcaacacttaatgtacaaaacaa--C--T---G-AACAGTGTTGA--------C-AGTG----T--TG---TACTGCACAAC--AC--TGT--------ATT-----AT-GCAGTG--T--T---A-gtacaacactgtcaacactgttcagtacaacactgaacagtacaatatgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|10 : ccacgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatgatacaaccacatacaatacaatgtcatacaatataataatacaatacagttaatttcaatgcaacgccacgcaacacttaatgtacaaaacaacattgtacaatataacactgtataatacaatgctgtgcaatacaataccaaacaataatataacactgtataatataatttgtgcaatacaacactgtaaacactgtgcaatacaaaactgtacaatacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaaaactgtacaaaacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgttcaatacaacactgaacagtacaatacgaaacaataata---G-TACATA-GT-A--------A-AGTG----CA-TG---CATTATAGAAC--AG--AGG--------GCA-----GT-ATGGTA--T--T---A-T--GCATT----A--TAGTG---CAGAG-CATA----A--TACAG--TGG---AGT------GCA--T----T---A-T-AG---CACAG------------------AG-----A---------AT-TATACA--GT--GCA--T-----TGTAT--T-AAA--A-----AA-CA--------CAG------T-------GCATA-G------T-A--AAG-TA--CAGT-GCA-----T-T--ATAG--T----ACAAAGT--------GT---------A----ATACAGTGG-------A--G--TGCA--T--------TA---A-AGAAA--A----GA-TTG---CA--A--TACAG-------T-----AC---A-----TGCA----TT-TAAT-A----G---T--AC-----Atacaacactgaacagtacaatatgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|8 : taca-TACGGT-TT-A--------C-AGTA----CAATGAATTACAGTACAAA--AC-------------ACA-----AA-ACAGT---T--T---G-CA-A--TA----A---AATA---C-AA--CATA----AAATGCAG--AAC---A--------GCAATA----T---A-A-AC---AATATTA------T---------AC-----ACTAT-----GC-AATACA--ATTAACA--A-----TACAA--T-ACA--A-----CA-TA---CT
gi|14 : tgcagcacactgtctccaataaagtacaacataaagacataacaatacataatgtgatacaacacacaatacaagttacaatagaatttaaactacaattcaccaaacattaaagcacaatacaagatgcaa-TT-A--------C-AGTA----T--TA---TACGATACGAT--AC-------------A----------ACGATA--T--T---A-T--GC--A----A--T-GCA-----GA--T-CA----A--TACAA--TACAAAAAT------GCAA------T---A-C-AG---TACTGT----------------------------------TC-AATACA--GT--ACA--A-----TGCAA--T-atac
gi|6 : ataacaT-A--------C-AATA----C--AG---CACTGTACCAT--A----AA--------AAA-----G-------A--C--T---A-GA-A--TA----AATTAATA---T-AA--CAGA----A--TTTAA--TAG---AAT----------------T-----G-AA---TATAATA------C---------AA-----A---------GC-AGTTCA--TT--ACA--A-----TATGA--T-ACA--A-----TG-CA---ATA--TAA------T----A--T-ATA----------A--CAA-TA--AAGT-ACA----------AT---------AC--AAT---------------AC--A----ACACCATAC-------A--A--CTCA--AAA------TA---ACACAGT--A----CA-CTA---CA--G--AATAA-------T-----GCA--A-----GGCA----GT-A--C-A----G---T--ACAACATAACACAACACA-----AC-ACATTAC----AAAA-CAATA--AGT-T--TA--------------T---------TACA--ATACA--A-TAC-gacgttgcgcacatta
gi|5 : acagtacagaagattatgatacaaaactttataa--------C-AGTA----C--AG---TACGG---AAT--AC-------------AGA-----GT-ATGGTA--TGGT---A--A-GG-TATGGCA--TTGCA---C-GG--CATG----G--CACCA--CAC---GAC------ACGAC---------A-A-AG---TACGGTA------C---------G----------------GC-AA---A--GA--ACG--G-----TACGA--T-ACG--G-----TA-CG---ATA--CGG------T----A--CGATA-GGC----C-A--CGA-TA--CAGT-ACA-----G-T--AC----GGAAAAC--AGT--------GTATGGCAT--G----GCACGGCAC-------G--G--CACG--GTA------CA---GTAAAGA--A--------TA---CA--GAGCACGG-------T-----ACT--G-----TACG----GT-A--C-A----G---C--AC-----GGCACGATACC-----GC-ACAGTAC----AA-----------------TAC----------A-------------GTA--AAAAC--G-C-C-A-T-------A--------CA----G--TACAGCACGGTAAA-----GA-ACATTA--CACTG--------C---AA--A-TCAAT------G--C--AAATTCTCTTACAGTG-----T--AGT-C-TGTT-----A-TGTTCACAG----AAAACTGG-TTTAAAATGTA-ACAG--T-CGGC--AGgatacaatgagatgcgatacgatgcgata
gi|4 : GTA----T--TG---TATTGTACAGT--TT--TGT--------ATT-----GC-ACAGTG--T--TTACA-GT-GT-TGT---A--TTGCA---C-AAATTATATT--A--TACAG--T
gi|14 : ccacgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatgatacaaccacatacaatacaatgtcatacaatataataatacaatacagttaatttcaatgcaacgccacgcaacacttaatgtacaaaacaacattgtacaatataacactgtataatacaatgctgtgcaatacaataccaaacaataatataac--------ACA-----TT-ACAGTA--T--T---A-TACGA-TACG--A--TACAA---C-GA--TAT--------TA-----TGC---AAT------GCAGAT----C---A-A------TACAATA------C---------AA-----AAAT------GC-AATACA--GT--ACT--G-----TTCAA--T-ACA--G-----TA-CA---ATG--CAA------T----G--ACGTT-GCG----C-A--CAT-TA--caaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaaaactgtacaaaacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgttcaatacaacactgaacagtacaatacgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaacactgtcaacactgttcagtacaacactgaacagtacaatatgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|16 : ata--------ACG-----GC-ACGGCG--CGAT---G-GA-GC-------A--TGGCA---C-GG--CACG----A--TGCGG--TAC---GAT------GCAGC
gi|7 : gcgcggcacggcA---C-GA--TATG----A--TACAT--AAC---AATATACATGCAA------T---A-T-AG---TACAATA------C---------AA-----A---------CT-AATGCG--AT--ACT--A-----TTCAA--T-ACA--G-----TG-AG---ATG--TAA------T----A--CGA----------T-A--CAA-TA--TAGT-GCG-----A-T--AT----C----AA--A-----------T----C----G----ATACGATAT-------A--C--TAC----GA------CAAATACAAGAT--A----CA-TT----TA--A--CACAA-------T-----ACA--A-----TATA----AT-A--C-A----A---T--AC-----GATA-GTTACT-----AT-ACATTACGATAAGAAACGATA--GATGCAATAC----------GA-----------TATA--ATACAATA-TAC-A-TG---------------TA----A--TACGATAC-----A-----AT-ACAATA--CAatggcataat
gi|8 : A--CACA----A--TACAAGTTAC---AAT------AGAATT----T---A-A-AC---TACAATT------C---------ACCA---A---------AC-ATTAAA--GC--ACA--A-----TACAAGAT-GCA--A-----TA-CG---GTTTACAG------T----A--CAATG-AAT----T-A--CAG-TA--CAAA-ACA-------C--AA----A----AC--AGT--------TTG---CA---ATAAAATACAACAT-------A--AAATGCA--GAA------CA---GCAATAT--A----A----A---CA--A--TATTA-------T-----ACACTA-----TGCA----AT-A--C-A----A---TTAAC-----AATACAATACA-----AC-ATACTAT----Aaaagggtacggtactgtt
gi|10 : tgcagcacactgtctccaataaagtacaacataaagacataacaatacataatgtgatacaacA--CATA----G--TAAAG--TGC---A-T------GCA--T----T---A-T-AG---AACAG------------------AG-----G---------GC-AGTATG--GT--ATT--A-----TGCAT--T-ATA--G-----TG-CAGAGCAT---AA------T----A--CAGTG-GAG----T-G--CAT-TA--TAGC-ACAGAGAAT-T--AT---------AC--AGTGCATTGTATT----AA---A----A---AACAC-------A--G--TGCATAGTA------AAGT-ACAGTGC--A-------TTA---TAGTA--CAAAG-------T-----GTA--A-----TACA----GT-G--G-A----G---T--GC-----ATTAAAG-----------------------AAAA----------------------------GA-T---------TGCA--ATACA--G-TAC-A-TGCATTTAA--------TA----G--TACAc
gi|6 : tacagtACA----A--TATGA--TAC---AAT------GCAA-------------------TATAATA------T---------AT-----A---------AC-AATAAA--GT--ACA--A-----TACAA--T-ACA--ACACCATA-CA---ACT--CAA---------------AATA-AC---------------A--CAGT-ACA-----C----------T----AC--AGA--------AT---------A----ATGCAAGGC-------A--G--TACA--GTA------CA---ACA---T--A----AC-ACAACACA--A--CACAT-------T-----ACA--A-----AACAATAAGT-T--T-A----T---T--AC-----AATACAATACG-----AT-ACAAT
gi|8 : acagtacagaagattatgatacaaaactttataatacaatacagcactgtaccataaaaaagactagaataaattaatataacagaatttaatagaattgaatataatacaaagcagttcatt--TGCAG--CAC---ACT------GT--CTCCAAT---A-A-AG---TACAACATAAAGAC---------AT-----A---------AC-AATACATAAT--GTG--A-----TACAA--C-ACACAA-----TA-CAAG-TTA--CAA------T----A--GAAT----T----T-A--AAC-TA--CAAT-TCA-----C-C--AA---------AC--A-----------T----TA---A----A----GCAC-------A--A--TACA--AGATG----CA---ATACGGT----------TTA---CA---------G-------T-----ACA--A-----TGAA----TT-A--C-A----G---T--AC-----AA---AACACA-----AA-ACAGT-----------------------------------------T---------TGCA--ATA-A----------------------------A----A--TACAACAT-----A-----AA-A---TG--CAGAA--------C---A-----GCAATATA---A---------------ACAATA----TT---ATAC-A--------C-TATGCA-------ATA--CAA-TT--------A-ACAA--TACAAT--Agagatgcgatacgatgcgata
gi|6 : ACAG--TAC---A--------GAAGAT----T---A-T-GA---TACAAAA------C---------TT--------------------TATA--AT--ACA--A-----TACAG--C-ACT--G-----TA-C----CAT--AAAAAAGACT----A--GAATA-AAT----TAA--TAT-AA--CAGA-AT------T-T--AA----T----AG--AAT--------TG----AATATA----ATACAAAGC-------A--G--TTCA--TTA------CA---ATATGAT--A----CA-ATG---CA--A--TATAA-------TATATAACA--A-----TAAA----GT-A--C-A----A---T--AC-----AATACAACACC-----AT-ACAACTC----AAAA----TA--ACA-CAGTAC----------AC-TACAGAATAATGCA--AGGCA--G-TAC-A-GT------A--------CA----A--CATAACAC-----A-----AC-ACAACA--CATTA--------C---AA--A-ACAATA-A---GTTT--AT-------TACAATA-----C--AATAC-caacatactatac
gi|4 : G--TAG---AAT------ACAACT----TTGAA-C-AA---TATAGCA------TTGTCACTAGAC-----A---------AC-AATATATGAT--ACA--ACCACATACAA--T-ACA--A-----TGTCA----TA--CAA------T----A--TAATA-A------T-A--CAA-TA--CAGT---------T-A--AT----T----TC--AAT--------G-----CA---ACGCCACGCAACACTTA----AT-G--TACA--AAA------CA---ACATTGT--A----CA-ATA---TA--A--CACTG-------T-----ATA--A-----TACA----AT-G--C-T----G---T--GC-----AATACAATACC-----AA-ACAAT--------AATA--TAACACT-G--TAT----------AA-TATAATTTG-TGCA--ATACA--A-CAC---TGTAA---A--------CACT--G--TGCAATAC-----AAAACTGT-ACAATA--CAATA--------CCA-AA--CAATAATATA---A--C--AC-------TGCA--------T--AATAC-AGTG-----T-TGTGC---------AA--T---------------ACAA--CACTGTCAACACTGT---GC-A-AT-ACAAC-----ACTG-----T-CAA-------CACTGTGC-A-----ATACAAA--ACT----GTA-CAA------------------AAC-----AA-----TACCA-----AA-------CA------AT-AA--TATA-ACAC---------TGCAT--A--A-T--ACAGTGTTGT-GCA--A--TACA--A--CA-------------CT----GTCAACACTGTTCA------A--TA----CAAC-ACTGAACA----GTACAATA-CG--AA-A---CAATA--------------AT----ATAA---CACTG---C--A-----TAATA----------CAG--TGTTGTG----CA-------GTA-CA----------ACAC---TGTC---A-A------------C------------A-CT--G------TTCAGTACAA-CACTG--A-A-C--A----GT-ACAATATG----AA-A--------CAATA-----------ATATAA-----------C--AC--TGCAT------A-AT---AC--AGT-GT-T---GT-------GCAGTAC--Agatacaatgagatgcgatacgatgcgata
gi|7 : ccacACAATA------T---------AC-----AT--------GC-AATATA--GT--ACA--A-----TACAA-------------------A---CT----AA------T----G--CGATA--CTA---T-T--CAA-TA--CAGTGAGA-----TGT--AA----T----AC--G--------------------------ATACAATAT-------A--G--TGCG--ATATCAAATCG---ATACGAT--A----TA-CTA---CG--A--CA-AA-------T-----ACA--AGA---TACA-----T-T--T-A----A---C--AC-----AATACAATATA-----AT-ACAATAC----GA------TA--GTTAC--TAT----------ACAT---------TACG--ATA-A--G-AA--A-CG------A--------TA----GA-TGCAA---------------------TA--CGATA--------T---AA--T-ACAATATACATG--T--AA-------TACGATA-----C--AATAC-A-----------ATACA-------AAA--GGG-T-----------ACGG--TACTGT--ac
gi|13 : acgatatgatacataT--ATG--A-----TACGA--T-GCA--A-----TA-CG---ATG--CGA------T----A--TGATACGGT----A-AAACATATA--CAAT-ACAA----TGC--AA----T----AC--AAT--------TT----TA---------TGTCGTAC-------A--A--TGCA--ATG------CA---AC---GC--A-------TTA---CA--A--CACAA-------T-----ATA--A-----TATA----AT-----------A---T--AC-----AAt
gi|12 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcga----A--GTATA-G------T-A--TAG-TA--TAGT-ATA-----T-C--AT----G----AT--A-----------------A---A----GTATGGTAC-------G--G--TACG--GTA------CG---ACATGGT--A----GG-GTA---TG--G--TATGG-------T-----ANN--N-----NNNN----NN-N--N-N----N---N--NN-----NNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNN----NNNNNN--NN--NNN-N--NNN----------NN-N---------NNNN--NNNNN--N-NNN-N-NN------N--------NNNNTGG--CGCAGCAC-----A-----GC-ACAGCA--CAGTA--------C---AG--C-ACAGTAAA---G--A--AG-------ataacctgat
gi|15 : aatatgtgataa----T-A--CAA-AA--CAGT-GCA-----G-CGCAT----T----AC--GGT--------T------------------CAGTGC-------A--G--TGCA--GG-------CA----CAGGGTCAG----GC---A---CG--G--CACGGGCACGGGC-----ACAGAA-----TACA----GC-A--C-A----G---C--AC-----A---CAATACT-----AC-ACAGTAT----Acctt
gi|10 : acaa-TA--CAGT-ACA-----T----AG----T----AA--AGT--------G-----CATGCA----TTATAGAAC-------A--G-----A--GGG------CA---GTATGGT--ATTATGCATTA---TA--GTGCAGAG-------C-----ATA--A-----TACA----GT-G--G-A----G---T--GC-----ATTATA----------GC-ACAG-------AGAAT---TA---------TACAGT-------GCAT---------TGTATTAAAAA--A-CAC-AGTGC-----A--------TA----G--TAAAGTAC-----A-----GT-GCATTA--TAGTA--------CAA-AG--T-GTAATACA---G--TGGAG-------T---GCA----TT--AAgca
gi|14 : -C--AT----T----AC--AGTA-------TT--------------ATACGATAC-------G--A--T-------A------CA---AC--GAT--A-------TTATG-CA--A--TGCAG-------A-----TCA--A-----TACA----AT-A--C-A----AAAAT--GC-----AATACAGTACTGTTCAAT-ACAGTAC----AAagaaaagattgcaatacagtacatgcatttaatagtaca
gi|15 : ataaTA---CA--A--AACAG-------T-----GCA--GCGCATTACG----GT-T--C-A----G---T--GC-----AGTGCAG---------------GCAC----AGGGTC--AG--GC------AC----------G-------------GCA-----CG--GGCAC-G-GGC-----A--------CA----GAATACAGCAC-----A-----GC-AC---A--CAATA--------C---TA--C-ACAGTATA---G--C--Atgcaatgacgttgcgcacatta
gi|13 : acaaTA---CA--A--TACAA-------T-----GCA--A-----TACA----AT-T--TTATGTCG---T--AC-----AATGCAATGCA-----AC-GCATTAC----AA
gi|13 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcgatatgatacgatgcaatacgatgcgatatgatacggtaaaacata-------T-----ATG--A-----TACG----AT-G--C-A----A---T--AC-----GATGCGATATG-----AT-ACGGTAA----AACATA--TA---CA-A--TAC----------AA-T----------GCA--ATACA--A-TTTTA-TGTCGT--A--------CA----A--TGCAATGC-----A-----AC-GCATTA--CAACA--------C---AA--T-ATAATATA---A--T--A--------TACAcacaatataatataatatacaaataacctgat
gi|14 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcga-----ACA--T-----TACA----GTAT--T-A--------T--AC-----GATACGATACA-----ACGATATTAT----GCAATG--CA--GAT-C--AA------------------------TACA--ATACA--A-AA--A-TG---------------CA----A--TACAGTAC-----T-----GT-TCAATA--CAGTA--------C---AA--T-GCAATaataacctgat
gi|6 : ata-ACAGTAC----AGAA----------------------------GA-T---------TATG--ATACA--A-AAC-T-TT------A--------TA----A--TACAATAC-----A-----GC-ACTGTA--CCATAAAAAAGACT---AG------AATAAA---T--T--AA-------TATAACAGAATTT--AATAG-AATTGAATAT-AATACA-------AAG--CAG-TTCA------TTACAA--TATGAT--ACAATGC---A----AT-ATAATATA-TAACA---A---TAAAGTACAATACAATAC-AA----CACCATACAACTCAAAATAACA-CAG-------TACACTACAGA---ATAA-----TGCAAGGCAGTA-------CAG---T-A-CAA--CATA-ACACA---------ACA--CA--A-C--ACATTA------CA--A--AACA--A--TAA---GTT--T---AT----TACAATACAATACG------A--TA----CAATGA--G---ATGCGATACGATG-CG--AT-gacgttgcgcacatta
gi|5 : ---------TACG--GTACG--G-CAA-A-GA------A--------CG----G--TACGATAC-----G-----GT-ACGATA--CGGTA--------CGATAGGCC-ACGATACA---GTAC--AG-------TACGG----------AAAAC-AGTG-----TATG-GCA------------TGG-C-----------ACGG--CACGGC--ACGGTAC---A--------------G-TAAAG---AATACAGAGCACGGTACTGTAC-G-------GTACA--GC--ACGGCA-CGATAC-------CGCAC---AGT---ACAA-----TACAG-----TAAAAACGCCA----T-A-CAG--TACA-GCACGGTAAAG--AACAT-TA----C--ACTGCAA-AT--CA--A--TGCA--A---------ATTCT---CT----TACAGTGTAGTa
gi|14 : cagtacagtacggaatacagagtatggtatggtaaggtatggcattgcacggcatggcaccacacgacacgacaaagCA--TTACA--G-TATTA-T-------A--------CG----A--TACGATAC-----A-----ACGATATTATGCAATG--------C---AG--A-TCAATA--------C--AA-------TACAAAA----ATGCAATAC-AGTA-----C-TGTTCA-------ATA--CAG-Tctgttatgttcacagaaaactggtttaaaatgtaacagtcggcag
gi|10 : ataaTACA--G-TAC-A-T-----------------A----G--TAAAGTGC-----A------T-GCATTA--TAGAA--------C---AG--A-G------G---G--C--AG-------TATGGTA----TT--A-TGC-ATTA-----T-AGTGCA-------GAG--CA----TA------A-------TACAGT--GGAGTGC---AT----T-ATAGC--A-CAGAG---AAT-TA--------TACAGTGC-AT----T-GTAT------TAAAAAA-CA-CAG-------TGCAT---AGT---AAAG-----TACAG-----TG-------CA----TTAT-AG--TACA-A---AGTGTAA--TACA--------------GTGGAGT-GCA--T--TA-A--A--GAA---AAG-AT---------TGCAATACAGTAacaatgcaatgacgttgcgcacatta
gi|4 : TA--ATGTACAAAA-CAACAT-------TGTAC---AAT---ATAA-----CAC-------TG-------TA----T----AA--TACA-ATGCTGTGCAA--TACAA-TA--C-CAAACAATAATATAACACTG--TATA--A--TAT---AAT-TT---GTGCAATACAACACTGTAAACACTGTG--CA----ATAC-A--A---AACT-GTACAATA-CA--ATAC---CAA-AC--AAT-----A--AT----ATAA---CACTG---C--A-----TAATA----------CAG--TGTTGTG----CA-------ATA-CA----------ACAC---TGTC---A-A------------C------------A-CT--G------TGCAATACAA-CACTG--T-C----A----AC-ACT----GTGC-AATA--------CA--A---AAC-T---GTACAA-----------A--AC--AATAC------C-AA---AC--AAT-A-----A-T-------ATAACAC--TGCATAATACAGTGTTG--TGCAAT---ACAACACTGTCAAC---ACT----GTTCAATACAACACTG---A--ACAGTACAATACGAAACAATAA-TATAACACTGCATAATACAGTGTTG--TGCAG---TA-CAA-CACTG-TCAACACTGTTCAGTA-CAACACTGAACAGTACAATATGAAACA---ATAATATAA--CACTGCATAAcatgcatttaatagtaca
gi|6 : ccacgtagaatacaactttgaacaatatagcattgtcactagacaacaatatatgatacaaccacatacaatacaatgtcatacaatataataatacaatacagttaatttcaatgcaacgccacgcaacactACAGTA-CAGAAGATTATGATACAA---AACTTTATAA-----TACAA-----TA-------CAGCACT-GT-AC--CATA-AAAAAGACTAGAATAAAT-TA--A-T--ATAACAGAAT-TTA--A--TAGA--A--TTG---AAT-AT------------AATACA--------------------AAGC-A--GTTCA----TTACAATA-TG--AT-A---CAATGC--A----------AT----ATAA---TATAT---A--A-----CAATA----------AAG--TACAATA----CA-------ATA-CA----------ACACCATAC-----A-A------------CTC-A-A--A---A-TA--A------CACAGTACAC-TACAG--A-A-T--A----AT-GCA----AGGC-AGTA--------CAGTA---CAA-CATAACACAA-----------C--ACAACACAT------T-ACAAAAC--AATAAG-TTTATT-------ACAATAC--AATACGATACAtacagtgttgtgcagtacaac
gi|5 : GTA-TGGCAT-------TGCAC---GGC---ATGG-----CAC----------------CA----C-A-CGA--CACG-ACAAAGTACGG--TACGG-CAAAG-A--ACGGTACGAT-ACG--G--TACG--ATACGGTACGAT-AG---GC----CACGATACAGTACA------G--TACGGAAAAC-A--G---T----GTATGGCA-TG--GC-A---CGGCAC---------------------GG---CACGG---T--A-----CAGTA----------AAGAATACAGAG----CACGGTACTGTA-CG----------GTAC---AG-----C-A------------CGGCA-C--G---A-TACCG------CACAGTACAA-TACAGT-A------A----AA-ACG----C----CATA--------CAGTA---CA------GCACGG-----------TAAAG--AACAT------T-AC---AC--Tatgagatgcgatacgatgcgata
gi|8 : cagtacagtacggaatacagagtatggtatggtaagGTAC---AAC---ATAA---------A-----GA-------CA----T-AACAATACATA-A-----TGTGA--TACAA-CA----C--ACAATA------CA--AGTTACA--A--TAG---AAT-TTAAACT-----ACAATTCACCAAA------CATTA----AAGC-A--C---A----ATACAA----G--AT-G---CAATAC--GGT-----T---------------TACAG---T--A-----CAATG----------AA---------T--------------TA-CA----------GTAC---AA-----A-A------------C---A-CAAA---A-CA--GTT----TGCAATAAAA-TACA---A-CATAAA----AT-GCA----G----AACAG-------CAATA---TA-------AACAA-----------T--ATTATACAC------T-AT---GC--AAT-ACAATTA---------ACAATAC--AATACAACATACTAgcaaatcaatgcaaattctcttacagtgtagtctgttatgttcacagaaaactggtttaaaatgtaacagtcggcag
gi|7 : tgcagcacactgtctccaataaaA-----TATGA-----TA-------CA----T-AACAA--TATACATGCAATATAG--TACAA-TA----C--AAACTAAT---GCG--A--TAC--------------T-AT---T-------CAATACAGTGAGAT----G--TA----ATAC----G---A-----TACAATA-T-----------AGTGC---GA-----T--ATCAAATCGA---TACGA---T--A-----TACTACGACAAATACAAGA-TACATTTAACACA-------ATA-CA----------ATAT---AATAC--A-A------------T---A-C--G---A-TA--GTTACTATACATTACGA-TA-AG--A------A----ACGATA----GATGCAATA--------CGATA---TA------ATACAA-----------T--A---TACATG-----TAAT---AC--GAT-A----CAAT-------ACAATAC--AAAAGGGTACGGTACTtac
gi|10 : acg-CA--G-T--ATGGTATTAT-GCA--T--TATA--GTGCAG---AGC-AT------------AATACAGTGGA------G--TG----CATT-A--T---A----GCACAGAG--A--AT-TATACAGTGCATTGT--------AT----TAAAAAACACAG---TGCA-----TAGTA----------AAG--TACAGTG----CA-------TTA-TA----------GTAC---AA-----A-G------------T---G-T--AAT-A-CA--G------TGGAGTGCAT-TAAAG--A-A----A----AG-ATT----GC---AATA--------CAGTA---CAgtt
gi|5 : tacagtacatagtaaagtgcatgcattatagaacagagggACGACAAAGTACG------G--TA----CGGC-A--A---A----GAACGGTA-CG--AT-A---CGGTAC---------------------GA---TACGG---T--A-----CGATA----------GGC--CACGATA----CA-------GTA-CA----------GTAC---GG-----A-AAACAGTGTATGGC---A-T--GGC-A-CG--G------CACGGCACGG-TACAGTAA-A-G--A----AT-ACA----G----AGCA--------CGGTACTGTAC-G---GTACAG-----------C--AC--GGCAC------G-AT---AC--CGC-A----CAGT-------ACAATAC--AGTAAAA-ACGCCA-----TACAGT---ACAGCACGGTAAtgcatttaatagtaca
gi|14 : cagtacagtacggaatacagagtatggtatggtaaggtatggcattgcacggcatggcaccacacgacACATTACAGTATT------A--TA----CGAT-A--C---G----ATACAACGATATTAT-G---CAATGC--AGA-----TCAAT----ACAA---TACAAAAAT--G-----CAATA----------CAG--TACTGTT----CA-------ATA-CA----------GTAC---AA-----T-G------------CA--A-T--G---A-CGTTG------CGCAagaacattacactgcaaatcaatgcaaattctcttacagtgtagtctgttatgttcacagaaaactggtttaaaatgtaacagtcggcag
gi|13 : ataTACGATG-CA--AT-A---CGATGC---GA-----T--AT------GA---TACGG---T--AAAACATA-TA----------CAA--TACAATG----CA-------ATA-CAATTTTATGTCGTAC---AA-----T-G------------C---AAT--G-----CA--A------CGCATTACAA-CACAA--T-A-T--A----AT-ATA----A----TATA--------CAcatta
gi|4 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcgatatgaACACTG-TATTAT-G---CAGTGT--TATATTATT--GT----TTGG---TATTG---T--A-----T--T-------------G--TACAGTT----TT-------GTA-TT----------GCAC---AG--------------------------T--GTTTA-CA--G------TGTTGTATTG-CACAA--A-T-T--ATATTAT-ACA----GTGT-TATATTATTGTTTGGTATTGTAT-T---GCACAG-----------C--AT--TGTAT------T-AT---AC--AGT-GT-TATATT----------GTAC--AAT---GT----TGTTTTGTACATT---A----AGTGTTG--CGTGGC----GTT-------GCATTGAAATTAACTGTAT--TGTATTATTAT-ATTGTA---TGACAT--T---GTATTGTATGTGG---T--T-G-TATCATATATTGTTGTCTAGTGACAATGCaataacctgat
gi|12 : ccacgtagaatacaactttgaacaatata-----T--AT----GTGA---TAAAG---T--A-----TAGTA----------TAG--TATAGT--------------ATATCA----------TGAT---AA-----A-G------------T---A-T--GGT-A-CG--G------TACGGTACGA-CAtgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaacactgtcaacactgtgcaatacaaaactgtacaaaacaataccaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcaatacaacactgtcaacactgttcaatacaacactgaacagtacaatacgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaacactgtcaacactgttcagtacaacactgaacagtacaatatgaaacaataatataacactgcataatacagtgttgtgcagtacaac
gi|10 : aa---TACAG---T--ACA---TAGTA----------AAG--TGCA-TG----CA-------TTA-TA----------GAAC---AGAGGGCA-G------------T---A-T--G---G-TATTA------TGCATTATAG-TGCAG--AGCAT--A----AT-ACAGTG-G----AGTG--------CATTA---TA------GCACAG--------------A----GAAT------T-AT---ACAGTGC-AT-TGTATTAAAAAACACAGTGCATAGTAAAGTACAGTGCAT--TATAGTACAA----AGTGTAAtggtagggtatggtatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgcagcacagcacagcacagtacagcacagtaaagaagcctt
gi|15 : ACAG---T--G-----CAGCG----------CAT--TACGGTT----CA-------GTG-CA----------GTGC---AG-----GCA------------C---A-G--G---GTCA--GG-----CACGGCACGGGCACGG--G-C------------ACA----G----AATA--------CAGCA---CAG-C---ACACAA-----------T--AC--TACAtacagtggagtgcattaaagaaaagattgcaatacagtacatgcatttaatagtaca
gi|5 : acaatacaaa---TAC-C---GTGCTG-----------T--AC--TGTATGGCGTTT-TT---AC--TGT-AT-TGTACT----------GTGC--GGTATCGTGCCGTGCTG--TACCGT---A-----CAGTA--CCGTGCTCTGTATTC--TT-TAC--TG---T--ACCGTGC--CGTGCCGTGCC-A-TGC----C-ATACACT---GTTTT-----CCG---TACT-G-TACTGTcagtatagca
gi|4 : cagtacagtacggaatacagagtatggtatggtaaggtatggcattgcacggcatggcaccacacgacacgacaaagtacggtacggcaaagaacggtacgatacggtacgatacggtacgataggccacgatACACT---GTATTA--TGCAGTGTTA-T-ATTATTGTTTCATATTGTACTGTT-CAGTGTTGTACTG---AA----CAGTGTTGACAGTGT--TGTACTGCACAACaagaacattacactgcaaatcaatgcaaattctcttacagtgtagtctgttatgttcacagaaaactggtttaaaatgtaacagtcggcag
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CTGATCCTGTGTGGTTCTGGAGTGCTTGTTTAAGCAATAGAATTGAGACCACTGCATCCCCATAGCATGATCGGAAAAGGTGACAAAATTGGGCTCTTGTTAAATTTGGTTGTGTCCTTTATTTCAAATGTTGAAATGTTCCAAGTTGATTTTTTAGTTTTGGTATTTCATTACCTATGATGTATTTATAGGTAATTTTAAGTATCCTACTTTATTCACAATATACTATATTCTAGCTTCTTTGAGTAGTGGAGTAACGATTGAACAATTCAGTTAGCTTTTCCTGATTATTTGGAGAAAATTGGCTTAATGTGACCTGTTTTATAAGTATCGGTAGAGAGTGTTGGCCTCACAGTCAAGTTTAAGAGAAAAAATATGCACAATGACATTCACAACATTAAAAACTGCTATGCAACATTATAGTTCAAAATACAATGTATACAGAGACAGACATTCATAGACAATGAGATACAATATGATAAAAATAGAGAATATGGCTTGATGATATGATAATGGTATGCTACAGGACGATACAATACAAAACTAACATTACGTCAGTCGATACACAGAGGGACAGGCACACATAAATTATATTAAAAAAATCGCAACATTACAAAATATATTACCAGTAGATACAAAGAGAAACATACACAATGCATTACAATACAACATGATATAATAAAATAGGAAATGATAACATGCAATATAACATATGTTACAATATGATGATACTATATTATATGATACAATGCATTAGAATCATATTTGATCCATA
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|11 ): AGTATGGTATGGCATGAAGTGGCGTGGCGTGGCATGGCGTGAGGGATGGTATAGTATGGTATGGTGCTGTGCAGTGCGGTACGATGCGGTGTGGTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACATGGTGAAACAATATATAGTAGTGTATGGCATAGCACGGCACGGCACGGTATAGTGTAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222
lowQualScore : 2222 11 555555555555555555555555555555 11 5555555555 222 11 77777777777777777777777777777777777777777 222222222 111111111 333333333333 111111 1111111 111 11111 2222222222 6666666666666666666666666666666666666666666 111111 44444444444444444 1111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 111 11 22222222 1111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 222222222 1111 444444444 111 222222222 11 111111 2222222222222222 11 11 5555555555555 11 111 222222 11111 4444444444 3333 11 444 4 666666 1111 6666 1 111 11 1 00000000000000000000 22
lowQualScore : 3 4444 99 000000000000000000000000000000 7 1 88 666 2222222222 888 11 55 0 11111111111111111111111111111111111111111 0 7777 222222222 555555555 3 888888888888 7777 000000 9999999 222 99999 55 0 999 55 22222 4444444444 1 0 3 0000000000000000000000000000000000000000000 1 44 666 3 55 88 44 55 000000 22222222222222222 7777777777777777777777777777777 7777 1 55 2 2 2 00000 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 2 1 2 77 77 555 00 66666666 2222 8 3 333 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 0 1 5 3 555555555 0 8888 4 8 0 333333333 3 1 444 3 333333333 8 22 3 6 0 1 11 444444 2 999 1 8888888888888888 888 11 1 1 3 2 33 2222222222222 00 444 0 555555 3 0 99999 3 7777777777 11 2222 1 1 55 11 0 555 0 6 333333 6 6 6 6 6 4444 6 0000 6 6 6 5 333 1 22 5 77 1 66666666666666666666 6 11
lowQualScore : . .... .. .............................. . . .. ... .......... ... .. .. . ......................................... . .... ......... ......... . ............ .... ...... ....... ... ..... .. . ... .. ..... .......... . . . ........................................... . .. ... . .. .. .. .. ...... ................. ............................... .... . .. . . . ..... ... ............................................................ ..... . . . .. .. ... .. ........ .... . . ... . ................................................................................................................... . . . . . . ......... . .... . . . ......... . . ... . ......... . .. . . . . .. ...... . ... . ................ ... .. . . . . .. ............. .. ... . ...... . . ..... . .......... .. .... . . .. .. . ... . . ...... . . . . . .... . .... . . . . ... . .. . .. . .................... . ..
lowQualScore : 0 0000 55 000000000000000000000000000000 0 0 00 555 5555555555 888 00 88 7 11111111111111111111111111111111111111111 2 7777 222222222 333333333 3 222222222222 7777 555555 5555555 000 11111 00 5 555 00 77777 9999999999 0 5 6 5555555555555555555555555555555555555555555 3 66 444 6 00 44 66 00 555555 33333333333333333 6666666666666666666666666666666 7777 0 55 3 4 7 00000 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 7 0 7 99 99 000 88 88888888 6666 0 2 555 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 5 0 0 6 222222222 2 4444 6 0 8 000000000 2 0 000 8 444444444 0 44 8 4 8 0 00 222222 8 222 4 4444444444444444 444 00 4 0 2 2 88 0000000000000 22 888 2 222222 2 2 33333 7 3333333333 77 0000 0 0 77 00 7 000 0 0 000000 0 0 0 0 0 0000 0 0000 0 0 0 0 000 0 00 0 00 0 00000000000000000000 0 00
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATG--CGATACGATAT---CAAC-ATTAAGAC-AGANAATATGNTACAATACNATATAAT-C-AT-CTG-TACAA-TTACAGTAC--TGTACCGTACAATAC-GA-ACAGTGCGGTAT--TA-A-GNTA----ATAGCA---CGACACG----ATACAA--------TACAA---TG----CA-A-TT-AGA----GTA----CAATA------CAN--A---GCAATACA--GTACAA-----TACAA--TACAATACAATA--CAA--T-----ACGAT--A-G---TTACAATACAGTAC-ANC--A----C----T----ACAGTT-C------A----A----ATAC-GGCAC---A-G--TA-CAGN-A--CA------ACACG--GTAN---------TACA-A--CACG-----G-------TACA--A---TAC----AGTACAGT--ACAATACAATACNACACAGT-----A---CAA---NAT-CAGC--TACGAT--------TGCGATACAGC-AC-AT-G---A--CA------GTACGATACA-----GCGCAATACAAT--AC--AACG-CAATA-AGCAG-------TACAGT-AT-AATAC-AGCGTTGTGC-CAC-G--AAAAC-GGTTTA---A-CA-TACGG--T--ACACTGCGCAA-TATA----------ACT-GTA---AATTA--GTGCGATACTGTAC------GTC-GCATAA-T-ACAGTACAGCANTGCACAGCACAATACCGTAC----ATA-CAACATA-ACGCAGTATA-ATACAN----CAG-ACAGTATT---ATGCGATACAA--CA--G--AATA-CGTTACAATACAATACNGTAAA--ACAGAGT-ACAATGCGATACAGTGC-GTTATNT-----GATACCGT--ATAGTACAGTACAGTGCANTACAACACAG--AACGTN--ACAGCGCAGTGCAACACAGAATAATACA----G-AATACAGTATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATA-TTCANTACAGTACAGTANNGTACGGTACTGTACAGTGC--ACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGT-CGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATAT-----------AATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTAACAGAAAGAATTAAATACGATG--CAATATAATAT---CGAC-ATCAAAACGATANAATATAATACAATACAATATAAT-C-AT-CTG-TACAA-TTACAGTAC--TGTACNGTACAATAC-GN-ACAGTACGGTAT--TAGA-GCTA----ATAGCA---CGACACG----ATACAG--------TACAA---TG----CA-A-TT-ANA----GTA----CAATA------CAC--A---GCAATACA--GTACAA-----TACAA--TACAATACAATN--CAA--T-----ACGAT--A-G---TTACANTACAGTAC-ATC--A----T----T----ACAGTT-C------A----A----ATAC-GACAC---A-G--TG-CAGN-A--CA------ACACG--GTAN---------TACA-A--CACA-----G-------TACA--A---TAC----AGTNCAGT--ACAATACAATACNACACAGT-----A---CAA---AAT-TAGC-CTACGAT--------TGCAATACAGC-AC-AT-G---A--CA------GTACAATACA-----GCGCANTACAGT--AC--AACG-CAATATAGCAG-------TACAGT-AT-AATAC-AGTGTTGTGC--------AAAAC-GGTTTA---A-CAGTACGG--T--ANANTGCACAA-TATA----------ACT-GTANNGAATTAAAGTACGATACTGTAC------ATC-GCATAACT-ACAGTACGGCANTGCACAGCATAATACAATAC----ATA-CAACATA-ACGCAGTGTA-GTACAN----CAGCACAGTANT---ATGCAATACAA--CA--G--AATA-TNTTACAATACAGTACGGTAAA--ACAGAGT-ACGATGCGATACAGTGC-GTTATNT-----GATACGGT--ATAGTANAGTACAGTGCAGTACAGTACAG--AACACG--ACAGCGCAGTACGGCACAGANTAATACA----G-AATACAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACNGTA-TTTANTACAATACAGTANAGTACGGTGCTGTACAGTACACACTGTAA-CCGTGCCGTTCT--ACACTGTACCGTACCGCGNNACGATATGTACG-CACACTGTATTGTGCGGTATGTACCGTTTAATATTGTNCAGTNCAACGCTGNACNGT--ACAATATGNAGCGTTGACAGTGTAATGCACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGAC-AGATAACAT--TACAATATTATACAAT-A-AT-GTGATACAA--TACATTGA--TGT--TGTACAATACAGA-GCAATGCAATAC--AAAATGATAC---ACAGTAATTCAACATGCATTATACA---------TACA----------CA-G-AG-AGAT---GTA----C-ATA------GAT--T---GCAATACA--TTACAA-----TACAA--T--AATAATGTA--CAA--T-------GAT--GTG---GTACAATACAGTGC-A----A----TGCGAT----ACAG---------------A----ATGC-AACAC---A-G--T---AAT-G--AA------ACATGC-ATTA---------TACATA--CACA-----GAGAGACATACAT-AGATTAC----AATGCATT--GCAATACAATA--ATGTGGT-----A---CAA-------------TACAATGA------TGTGATATTGT-ACGAT-G---ATGTG------GTACAATACA-----GTGCAATGCAAT--AC--AA----AAT---GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATACATACCGAGAAAGA-GATTTACATA-AATTACAAATT--ACATT--ACAA-TATAATAATGTGATACT-GTAC--AATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA-T-ACAGT---GCAATGTAAAACAAAATGCAGCACAGTAATA-AAACATA----CATTATACATACAG-----AG-AAAGAAAT---GTAC-ATAGAT--TA--C--AATA-CATTACAATACAATAATGTGAT--ACTGTATAATGATGTGATA--------TTGTCT-----GAT--GAT--GTGTTACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AA---------------TGCAGCACAG--TAATAAA----A-CATACATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA---CATTACAATACAATAATGT--GGTACTGTACAAT
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC----ATAGTAAAGTGCATGCATTATA-GAACAGAGGGCAGTATGGTATT---ATGCATTATAGTGCA--G--AGCA-TAATACAGTGGAGTGCATTATAGCACAGAG----AATT--ATACAGTGC-ATTGTATTAAAAAACACAGTGCATAGTAAAGTACAGTGCATTATAGTACAA--AGTGTAATACAGTGGAGTGCATTAAAGAA-AAGATT----GCAATACAGTACAgg
gi|11 : AC------ACC-GCAT------C-GTACCGCACTGCACAGCACCATACCATACT---ATA-Ctgcatttaatagtaca
gi|11 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgTATAGTATGGTATGGTGCTGTGCAGTGCggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|11 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatggACAATA---T-ATAGTAGTGTAT-----G-GC------ATAGCA---CGGCACG----GCACGG--------TATAG---TG----TA-A-ggtacgatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatggtatagtatggtatggtgctgtgcagtgcggtacgatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaAT--A-G---T-ATAGTATAGTAT-ATC--A----T----G----ATA-----------A----A----GTAT-GGTAC---G-G--TA-CGGT-A--CG------ACATG--GTAGGG-------TATG-G--TATG-----G-------TANN--N---NNN----NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N---NNN---NNN-NNNN-NNNNNNN--------NNNNNNNNNNN-NN-NN-N---N--NNNNNNTGGCGCAGCACA-----GCACAGCACAGT--AC--AGCA-CAGTAAAGAAG-------a
gi|13 : aatatgtgataaagtATA-AAATAGTGTT-ATATAT----TA----AATATTTCGATATGATACGA--TG--C--AATA-CGATGCGATATGATACGGTAAA--ACATA-T-ACAATACAATGCAATAC-A--ATTT-----TATGTCGT--ACAATGCAATGCAACGCATTACAACACAcctt
gi|13 : tTACGATGCAATAC-GA-----TGCGATAT--GATACGGTA----A-AACA---T-ATACA----ATACAA--------TGCAA---TA----CA-A-TT-TTATGTCGTA----CAATG------CAA--T---GCAACGCA--TTACAA-----CACAA--TATAATATAAT-----A--T-----ACAAatataatataatatacaaataacctgat
gi|14 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcgatatga-ACATTACAGTAT--TA---------------TA---CGATACG----ATACAACGATATTATGCAA---TG----CAGA-TC-AA------TA----CAATA------CAA--AAATGCAATACA--GTACTG-----TTCAA--TACAGTACAATG--CAA--TG----ACGataacctgat
gi|15 : ataTACAAAACAGTGC-AGCGCA----T----T----ACGGTT-C------AGTGCA----GTGCAGGCAC---A-G--GGTCAGGCA--CG------GCACG--G--G---------CACG-GG-CACA-----G----------A--A---TAC----AGCACAGC--ACA---CAATACTACACAGT-----A---TAttgcgcacatta
gi|2 : acaaTTACCAGAAA----TAAATGCGATG--C--TATGATGT---TTTCTATTAAAACAAGAGAATATGTTAGAATACAGCATAGTTC-AT-CTG-TACAGCTTACAGTAC--TGTACTGTACAATACTGG-ACAGCACAGTAT--TAGA-GCTA----ATAGCA---CGACATA----ATACAG--------TACAA---TG----CA-GCTT-AGA----GTA----CAGCA------CAC--A---GCAATACA--GTACAA-----TACAA--TACAGTACACTT--CAA--T-----AGGAT--A-GC--TTACATTACAGTAC-ATC--A----T----T----ACAGTTTC------A----A----ATAC-AGCAC---A-G--TG-CAGG-A--CA------ACAGG--GTAGCT-------TACA-A--CACA-----G-------TACA--A---TAC----AGTTCAGT--ACAATACAATACTACACAGT-----A---CAA---AATCTAGCTCTACGCT--------TGCAATACAGC-AC-AT-G---A--CA------GTACAACACA-----GCACATTACAGT--AC--AGCG-CAATATAGCAG-------TACAGC-ATTAATAC-AGTTTTGTGC--------AAAAT-AGTTTA---AACAGTACGG--T--AGACTACACAAATATA----------GCTTGTAGTGAATTAAAATACCTTACTGTAC------ATTTGCATAACTTACAGTACAGCAGTGCACAGCATAACACGATAC----ATATCAACATA-ACCCAGTTTA-GTACAT----CAGCACAGTAAT---ATGCAGTACAA--CA--G--GATA-TCTTACAATACAGTAAAGTAAA--ACAGAGT-ACAATGTAATTCAGTGCTGTTATTT-----GATACAGT--ATAGTAAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATG--ACAGCGCAGTACAACACAGACTAATACA----G-AATACAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGTACAGTAGAGTACACTACTTTACAGTA---ACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGT-CGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATAT-----------AATGTAATTTACTGCACAACgca
gi|4 : CACG-----TAGAA--------TACAACTTTGAA--CA-A-T--ATA----GCATTGTCACTA------GAC--A---ACAATATATGATACAACCACATACAA--TACAATGTCATA--CAA--T-----ATAAT--A-A---T-ACAATACAGT----TA--A----T----T----TCAATG-C------A----ACGCCACGC-AACACTTAATG--TA-CAAA-A--CA------ACATT--GTACAA-------TATA-A--CACT-----G-------TATA--A---TAC----AATGCTGT--GCAATACAATACCAAACAAT-----AATATAA---CAC-TG----TATAATATAATTTGTGCAATACAAC-AC--T-GTAAA--CACT----GTGCAATACAAAACTGTACAATACAAT--ACCAAACAATAATATAACAC-------TGCA----T-AATAC-AGTGTTGTGC--------AATAC------A---A-C---ACTG--TCAACACTGTGCAA-TACA----------AC---------ACT---GT-CAACACTG--------------------T-GCAATACAAAACTGTACAAAACAATACCAAAC----A-A-TAATATA-ACACTGCATA-AT------------ACAGTGTT---GTGCAATACAA--CACTGTCAACACTGTT-CAATACAACACTG---A--AC--AGT-ACAATACGAAACAATA-----ATAT-----AACACTGC--ATAATACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAACACT-----GTTCAGTACAACACTGAACAGTACAATATG-AA-ACAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTG-TT--GTGCAGTACActtcttttacatt
gi|5 : cCAGTAC--AGTACGG---AATAC----AGAGTATGGTATGGTA-A-GGTATGGCATTGCA---CGGCATG----GCACCA--------CACGA---CA----CG-A-C--AAA----GTA----CGGTA------CG-------GCAA---A--GAACGG-----TACGA--TACGGTACGATA--CGG--T-----ACGAT--A-GG--CCACGATACAGTAC-AGT--A----C----GGAAAACAGT-------------------GTAT-GGCAT---G-G--CA-CGGC-A--CG------GCACG--GTACAGTAAAGAATACA-GAGCACG-----G-------TACT--G---TAC----GGTACAGC--ACGGCACGATACCGCACAGT-----A---CAA---TA--CAG---TAAAAA--------CGCCATACAGT-----------A--CA------GCACGGTAAA-----GAACATTACACT--GC--AAAT-CAAT---GCAAATTCTCTTACAGT-GT-AGT-C---TGTTATGTTCACAG--AAAACTGGTTTA---A-ac
gi|6 : TATGATACAAAACTTTATAAT-----------ACAA-T-ACAGCAC--TGTACCATA-AA-------AAAG------AC--TAGA-ATAA----AT-------TAATATA----ACAGAA--------TTTAA---TA----GA-A-TT--GA----ATA----TAATA------CAA--A---GCAGTTCA--TTACAA-----TATGA--TACAATGCAATA--TAA--TATATAACAATAAA-G----TACAATACAATAC-AAC--A----CCA--T----ACAACT-C------A----A----A-AT-AACAC---A-G--TA-CACT-A--CA------GAA-----TAA---------TGCA-A--GGCA-----G-----------------TAC----AGTACAAC--ATAACACAACACAACACATT-----A---CAAAACAAT-AAGT-TT---AT--------TACAAT----------------A--CA------ATACGATACA-----ATGAGATGCGAT--AC--GATG-CGATAaatgtaacagtcggcag
gi|6 : acagtacagaagatACA----ATATGA--------TACAA---TG----CA-A-T-----------A----TAATA------TAT--A---ACAATAAA--GTACAA-----TACAA--TACAACACCATA--CAA--C-----TCAA---A-------ATAACACAGTA----C--A----C----T----ACAG----------AAT--A----ATGC-AAGGC---A-G--TA-CAGT-A--CA------ACATAACACAA---------CACA-A--CACA-----T-------TACA--A---AACAATAAGTTTATT--ACAATACAATACGATACA-------A---TGA---GAT---GCGATACGA---------TGCGATA
gi|7 : acagtacagaagattatgatacaaaactttataatacaatacagcactgtaccataaaaaagactagaataaattaatataacagaatttaatagaattgaatataatacaaagcagttcattACGATA--TGATACA-TAA---CAAT-AT----AC-ATGCAATATAGTACAATACAAACTAATGCGATACTA-TTCAA-T-ACAGTGAGATGTA--ATACGATAC-AATATAGTGCGATAT--CA------A----AT-------CGATACG----ATATAC--------TACGA---------CA-A--------------------ATA------CA---A---G--ATACA--TT-TAA-----CACAA--TACAATATAATA--CAA--T-----ACGAT--A-G---TTACTATACATTACGATA--AGAAAC----G----ATAGAT-G------C----A----ATAC-GATAT---A-A--TA-CAAT-A--TACATGTAATACG--ATACAA-------TACA-A--TACAAAAGGG-------TACG--G---TAC----TGT
gi|8 : TGCAG--------CACAC---TGTCTCCA-A-T--AAA----GTA----CAACATAAAGACAT--A---ACAATACATAATGTGA-----TACAA--CACA---CAATA--CAAGTT-----ACAAT--A-GAATTTAAACTACAATTC-ACC--A----A---------ACA--T-T------A----A----A-----GCAC---A-A--TA-CAAG-ATGCA------ATACG--GT-T---------TACA-------------G-------TACA--A---TGA----ATTACAGT--ACAA---AACACAAAACAGTTTGCAA---TAA---AATACAAC-ATAAAA---------TGCAGAACAGCAAT-ATAA---A--CA------ATATTATACACT---ATGCAATACAATTAAC--AATA-CAATACAACA--------TAC--T-AT-At
gi|8 : ACACA----ATACAAGT------TACAA---TA----GA-A-TTTAAA----CTA----CAATT------CACCAA---ACATTAAA--GCACAA-----TACAAGATGCAATACGGTTTACAG--T-----ACAATG-A-A---TTACAGTACAAAAC-A-C--A----A----A----ACAGTT-TGCAATAA----A----ATAC-AACAT---A-AAATG-CAGA-A--CA------GCAAT--ATAA----------ACA-A--TATT-----A-------TACACTA---TGC----AATACAATTAACAATACAATACAACATACT-----A---TAc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): CTGATCCTGTGTGGTTCTGGAGTGCTTGTTTAAGCAATAGAATTGAGACCACTGCATCCCCATAGCATGATCGGAAAAGGTGACAAAATTGGGCTCTTGTTAAATTTGGTTGTGTCCTTTATTTCAAATGTTGAAATGTTCCAAGTTGATTTTTTAGTTTTGGTATTTCATTACCTATGATGTATTTATAGGTAATTTTAAGTATCCTACTTTATTCACAATATACTATATTCTAGCTTCTTTGAGTAGTGGAGTAACGATTGAACAATTCAGTTAGCTTTTCCTGATTATTTGGAGAAAATTGGCTTAATGTGACCTGTTTTATAAGTATCGGTAGAGAGTGTTGGCCTCACAGTCAAGTTTAAGAGAAAAAATATGCACAATGACATTCACAACATTAAAAACTGCTATGCAACATTATAGTTCAAAATACAATGTATACAGAGACAGACATTCATAGACAATGAGATACAATATGATAAAAATAGAGAATATGGCTTGATGATATGATAATGGTATGCTACAGGACGATACAATACAAAACTAACATTACGTCAGTCGATACACAGAGGGACAGGCACACATAAATTATATTAAAAAAATCGCAACATTACAAAATATATTACCAGTAGATACAAAGAGAAACATACACAATGCATTACAATACAACATGATATAATAAAATAGGAAATGATAACATGCAATATAACATATGTTACAATATGATGATACTATATTATATGATACAATGCATTAGAATCATATTTGATCCATA
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|16 ): GCGCGGCACGGCACGGCACGGCGCGATGGAGCATGGCACGGCACGATGCGGTACGATGCAGCATGGCATAAT
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 66666666666666666666 1 1 11 44444444 222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 11111 55555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555 55555555555555555555555555555555 111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 1111111 11 444444444444444 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1 2222222 2222 55555555555555 111 22222 111 1111 11 11 333333 11111 22222222222 333333 11111 4444444444 3333 1111 4
lowQualScore : 1 4444 000 11111111111111111111 3 1 3 22 55 33333333 888 3 1 0 5 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 7777777 5 22222 2 99999 2 0 2 11111111111111111111111 11 88888888888888888888888888888888888888 77 5 888 66 1 5 33333333333333333333333333333333 555 5 3 2 22222 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 77777777 1 8888888 22 222222222222222 8 8 0 33333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 33 0 0 3 88 6 4444444 3333 2 6 77777777777777 4 111 9 99 55555 6 1 111 1 2222 99 55 6 444444 1 44444 777 77 1 1 2 77777777777 1 9 1 66 7 3 333333 3 0 99999 1 7777777777 1111 1 22 8888 2 0
lowQualScore : . .... ... .................... . . . .. .. ........ ... . . . . . ................................................................................................ . ....... . ..... . ..... . . . ....................... .. ...................................... .. . ... .. . . ................................ ... . . . ..... . .............................................. ........ . ....... .. ............... . . . ..... ............................................................................................................ .. .. . . . .. . ....... .... . . .............. . ... . .. ..... . . ... . .... .. .. . ...... . ..... ... .. . . . ........... . . . .. . . ...... . . ..... . .......... .... . .. .... . .
lowQualScore : 0 0000 555 55555555555555555555 3 0 3 33 77 77777777 000 2 4 8 0 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 6666666 0 55555 2 44444 2 8 0 33333333333333333333333 22 99999999999999999999999999999999999999 00 0 222 99 4 0 00000000000000000000000000000000 666 0 9 8 55555 0 3333333333333333333333333333333333333333333333 00000000 9 6666666 99 111111111111111 0 0 8 44444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 88 8 4 8 88 7 3333333 0000 5 7 33333333333333 0 777 0 22 00000 7 7 777 0 5555 22 77 0 222222 0 33333 000 99 0 0 2 88888888888 4 6 0 00 0 5 888888 2 2 33333 0 3333333333 7777 0 00 5555 5 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACNNCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-TACAATACTNTATAAT--AT-TG-TACAA-T-ACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACATG----ATACA-----A---TACG-ATG----CAA-T-CAGA---GTACAATACAAA-----GCAATA-C-----AGTACA-----ATACGATACGATACAATACAAT-----ACGAT--A-------G-NTACAATACAGTGCAACG----C----T----ACAGTT------CA----AA---TAC-AGCACAGTA-CAGN-A--CAACACG-GTAN---------T-ACA-A--CACGG-------TACA---AT-ACAGTACAGCACAATACAATACNACACAGT-----ACAANAT-C-AG--T--ANGATTGCGATACAGCA-C-ATG---A-CA-----GTACGATACA-----GCGCAATACGAT-------ACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAA----------CT----GTG-AATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACAGCANTGTACAGCACAATACAATAC-A----TA-CAACATA-ACGCAGTATA-ATACAN----CAG---A-GGTANT---ATGCAATACAA--CA--G--AATAC-GTTACAAT---ACGATACNGTAAA--ACAGAGTACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNT-----GATACNGT--ATAGTACAGTACAGTGCANTACAATACAG--AACGT-A--CAGCGCAGTACAACACAGAATAANACA----G-AATACAGTATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGTACAGTAGNGTACGNTACTNTACAGTG-ACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCG--ATACGATAT---CAAC-ATTAAGACA-GANAAT-ATGNTACAATACNATATAAT-CATCTG-TACAA-TTACAGTACTGTACCGTACAATAC------GAACAGTGCGGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACACG----ATACA-----A---TACA-ATG----CAA-T-TAGA---GTACAATACANA-----GCAATA-C-----AGTACA-----ATACAATACAATACAATACAAT-----ACGAT--A-------G-TTACAATACAGTACANCA----C----T----ACAGTT------CA----AA---TAC-GGCACAGTA-CAGN-A--CAACACG-GTAN---------T-ACA-A--CACGG-------TACA---AT-ACAGTACAGTACAATACAATACNACACAGT-----ACAANAT-C-AGC-T--ACGATTGCGATACAGCA-C-ATG---A-CA-----GTACGATACA-----GCGCAATACAAT-------ACAACGCAATA-A-GCAG-------TACAGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTGCG---CAA-TATAA----------CT----GTA-AATTAG--TGCGATACTGTACG------TC-GCATAA--TACAGTACAGCANTGCACAGCACAATACCGTAC-A----TA-CAACATA-ACGCAGTATA-ATACAN----CAG---ACAGTATT---ATGCGATACAA--CA--G--AATAC-GTTACAAT---ACAATACNGTAAA--ACAGAGTACAATGCGATACAGTG-C-GTTATNT-----GATACCGT--ATAGTACAGTACAGTGCANTACAACACAG--AACGTNA--CAGCGCAGTGCAACACAGAATAATACA----G-AATACAGTATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGTACAGTANNGTACGGTACTGTACAGTGCACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--TACAATATTATACAAT-AATGTGATACAA-T-ACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATGCATTATACA---------TACA--------CAG-A-GAGAT--GTACA-TAGATT-----GCAATA-C-----ATTACA-----ATACAATA--ATAATGTACAAT-------GAT--GT------G-GTACAATACAGTGCAATG----CGA--T----ACAG--------------AA---TGC-AACACAGTA--ATG-A---AACATGCATTA---------T-ACATA--CACAGAGAGACATACATAGATTACAATGCATTGCAATACAATA--ATGTGGT-----ACAATA--C-A------ATGAT-GTGATATTGTA-CGATG---A-TGTG---GTACAATACA-----GTGCAATGCAAT-------ACAA---AAT----GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTTA--CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAATGTGATACT----GTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT---GCAATGTAAAACAAAATGCAGCAC-AGTAATA-AAACATA----CATTATACATACAG-----AG---AAAGAAAT---GTAC-ATAGAT--TA--C--AATAC-ATTACAAT---ACAATAATGTGAT--ACTG--TATAATG--AT---GTGAT-ATTGTCT-----GATGATGT--GT--TACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG-----CAGCACAGT---------AATAAAACA--------TACATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAATACAATAATGT--GGTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC-A----TAGTAAAGTGCATGCATTATA-GAACAGAGGGCAGT--ATGGTATT---ATGCATTATAGTGCA--G--AGCAT-AATACAGT---GGAGTGCATTATAGCACAGAG---AATT--ATACAGTG-C-ATTGTATTAAAAAACACAGTGCATAGTAAAGTACAGTGCATTATAGTACAA--AGTGTAATACAGTGGAGTGCATTAAAGAA-AAGATT----GCAATACAGTACAg
gi|11 : GTACCGCACTGCACAGCACCATACCATACTA----TA-Ctgcatttaatagtaca
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgTATGT-----GATAAAGT--ATAGTATAGTATAGTATATCATGATAAAG--TATGGTA--CGGTACGGTACGACAgatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|12 : aa-C-ATG---A-TAAA---GTATGGTACG-----G-----TACGGT-------ACGACATGGTA-G-G--G-------TATGGTA-T-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NNN--NNNNN---NNN-NNNNN----------NN----NNN-NNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACAGCACAGTACAGCACAGTAtggtagggtatggtatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgcagcacagcacagcacagtacagcacagtaaagaagcctt
gi|13 : aatatgtgataaagtatagtatagtatagtatatATA-AAATAGTGTT-ATATAT----TAA---A---TATTTCGATATGATACGA--TG--C--AATAC-GATGCGAT---ATGATACGGTAAA--ACATA-TACAATACAATGCAATA-C-A--ATTT-----TATGTCGT--ACAATGCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACG----ATACA-----ACGATATT-ATG----CAA-TGCAGATCAATACAATACAAAAAT--GCAATA-C-----AGTACT-----GTTCAATACAGTACAATGCAATG----ACGatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atTACAAAACAGTGCAGCG----CAT--T----ACGGTT------CAGTGCAG---TGCAGGCACAGGGTCAGGCA--CGGCACG-G------------------G--CACGGG------CACAGA-AT-ACAGCACAGCACA---CAATACTACACAGT-----ATAGCAttgcgcacatta
gi|2 : acaaTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGT---TTTCTATTAAAACAAGAGAAT-ATGTTAGAATACAGCATAGTTCATCTG-TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATA----ATACA-----G---TACA-ATG----CAGCT-TAGA---GTACAGCACACA-----GCAATA-C-----AGTACA-----ATACAATACAGTACACTTCAAT-----AGGAT--A-------GCTTACATTACAGTACATCA----T----T----ACAGTTT-----CA----AA---TAC-AGCACAGTG-CAGG-A--CAACAGG-GTAGCT-------T-ACA-A--CACAG-------TACA---AT-ACAGTTCAGTACAATACAATACTACACAGT-----ACAAAAT-CTAGC-TCTACGCTTGCAATACAGCA-C-ATG---A-CA-----GTACAACACA-----GCACATTACAGT-------ACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGCA-TTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AGA--CTACA---CAAATATAG----------CTTGTAGTG-AATTAAAATACCTTACTGTACA------TTTGCATAACTTACAGTACAGCAGTGCACAGCATAACACGATAC-A----TATCAACATA-ACCCAGTTTA-GTACAT----CAGC--ACAGTAAT---ATGCAGTACAA--CA--G--GATAT-CTTACAAT---ACAGTAAAGTAAA--ACAGAGTACAATGTAATTCAGTG-CTGTTATTT-----GATACAGT--ATAGTAAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA--CAGCGCAGTACAACACAGACTAATACA----G-AATACAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGTACAGTAGAGTACACTACTTTACAGTA-ACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CACAATGCATTAC-AA---TA-CAACATG-A-----TATA-ATAAAA----TAGGAAATGATAAC---ATGCAATATAA--CA-------TAT-GTTACAATATGATGATACTATATT--ATATGATACAATGCATTAGAAT--C-A-TATTT-----GAT-CCAT--Acttcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA------ATA-----------TATG-ATA----CAA-C-CACA----TACAATACAAT-----GTCATA-C-----AATATA-----ATA-------ATACAATACAGT---------T--A-------A-TTTCAATGCAACGCCACG----C----A----ACACTTAATGTACA----AA----AC-AACATTGTA-CAAT-A--TAACACT-GTATAA-------T-ACA-A--TGCTG-------TGCA---AT-ACAATACCAAACAATA--ATATAACACTGT-----ATAATAT-A-ATT-T--G----TGCAATACAACA-C--TGTAAA-CACT---GTGCAATACAAAACTGTACAATACAAT-------ACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGCA-T-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-CA---CTGTCAACA--CTGTG---CAA-TACAA----------C----------ACT-G--T-CAACACTGTGC--------------AA--TACAAAAC-----TGTACAAAACAATACCAAAC-A-----A-TAATATA-ACACTGCATA-ATACA--------------GTGTT---GTGCAATACAA--CACTGTCAACACTGTT-CAAT---ACAACACTG---A--ACAG--TACAATACGAAACAATA------ATAT-----AACACTGC--ATAATACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A--CTGTTCAGTACAACACTGAACAGTACAATATG-AA-ACAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGTACA
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATAC--------AGAGTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATG----GCACC-----A---CACG-ACA----CGA-C--AAA---GTACGGTACG-------GCAA---------AGAACG-----GTACGATACGGTACGATACGGT-----ACGAT--A-------GGCCACGATACAGTACAGTA----C----GGAAAACAGT--------------G---TAT-GGCATGGCA-CGGC-A--CGGCACG-GTACAGTAAAGAAT-ACA-GAGCACGG-------TACT---GT-ACGGTACAGCACGGCACGATACCGCACAGT-----ACAATA--C-AG--T--AAAAACGCCATACAGT----------A-CA-----GCACGGTAAA-----GAACATTACACT-------GCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGTG-T-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tac
gi|6 : ACA-GAAGATTATGATACAAAACTTTATAAT---------ACAA-T-ACAGCACTGTACCATAAAA-AA------GACTAG------AA--TA-A--ATTA----AT---A---TAACA-G--------A-----A---TTTA-ATA----GAA-T-T-GA---ATATAATACAAA-----GCAGTT-C-----ATTACA-----ATATGATACAATGCAATATAATATATAACAATAAA-------G--TACAATACAATACAACA----CCA--T----ACAACT------CA----AA----AT-AACACAGTA-CACT-A--CAGAA----TAA---------T-GCA-A-----GG---------CA---GT-ACAGTACAACATAACACAACACAACACATT-----ACAAAA--C-AA--T--AAGTTTAT--TACA------AT----A-CA-----ATACGATACA-----ATGAGATGCGAT-------ACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATG----ATACATAACAA---TATACATG----CAA-T--ATA---GTACAATACAAACTAATGCGATA-CTATTCAATACAGTGAGATGTAATACGATACAATATAGT-----GCGAT--ATCAAATCG-ATACGATATACTACGACAAATACAAGAT----ACATTT------------AA---CAC-AATACAATA-TAAT-A--CAATACG-ATAG---------TTACT-A--TACAT-------TACG---AT-AAGAAACGATA-GATGCAATACGATATAAT-----ACAATATAC-A---T--GTAAT-ACGATACAATA-C-AAT---A-CAAAAGGGTACGGTAC
gi|8 : TGCA-----G---CACA-CTGTCTCCAA-T--AAA---GTACAACATAAA-----GACATAAC-----AATACATA---ATGTGATACAACACA---CAAT-----ACAA-----------G-TTACAATAGAATTTAA-A----C----T----ACAATT------CACCA-AACATTAA-AGCACAATA-CAAG-ATGCAATACG-GT-T---------T-ACA--------G-------TACA---AT-GAATTACAGTACAA---AACACAAAACAGTTTGCAATAAAATAC-AACAT--AAAAT-GCAGAACAGCAAT-ATA---AACA-----ATATTATACACT---ATGCAATACAATTAACAATACAATACAACA-tgtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|16 ): GCGCGGCACGGCACGGCACGGCGCGATGGAGCATGGCACGGCACGATGCGGTACGATGCAGCATGGCATAAT
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 333333 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999 11 22222 333333333333333 222222222222 22222222222 11111 22222222222222222 33333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 555555555555555555555 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 222222222 555555555555 1111 22222222 22222 2222 222222222222222222222222222 4444444444 1111 11111111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 222222 3 1 3 00000000000000000000000000000000000000000000 88 7 66 55 0 3 0 00000 3 55 99 111111111111111 3 55 777777777777 9 77777777777 77777 0 1 0 2 77 99999999999999999 22 88888888888888888888 0 5 44 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777 0 111111 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 55555555 1 1 2 111111111111111111111 2 6 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 2 666666 5 222222222 5 999999999999 1 888 0000 0 22222222 5 00000 99999999 444 0 3333 888 888888888888888888888888888 1 1 33 99 1 4 3333333333 2222 0 8 99 1 88888888 7 0 4 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 0 44 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . ............................................ .. . .. .. . . . ..... . .. .. ............... . .. ............ . ........... ..... . . . . .. ................. .. .................... . . .. . . .................................................. . ...... . .................................................................. . ........ . . . ..................... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . ............ . ... .... . ........ . ..... ........ ... . .... ... ........................... . . .. .. . . .......... .... . . .. . ........ . . . ......... .. . .......... . .... . .. . .. ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 00000000000000000000000000000000000000000000 33 0 00 77 8 8 8 00000 2 22 22 777777777777777 9 22 888888888888 6 11111111111 00000 3 7 6 7 00 44444444444444444 11 33333333333333333333 4 7 00 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 666666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 33333333 9 4 7 999999999999999999999 2 7 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 1 000000 7 999999999 0 555555555555 0 888 6666 2 11111111 0 00000 55555555 222 4 9999 888 111111111111111111111111111 0 0 88 22 0 7 0000000000 0000 8 0 44 0 88888888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 7 77 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-AT---------G-T-ACAATACTGT------ATA-----AT--AT-TGTACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-AGNTA----ATAGCACGACACGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---GTACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATACAGTACGATACAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGTT-CAAATACGGCACGG-TACANNA-CAG-CACG-GTAN---------TACA-A--CACGG-------T----ACA--A---TACAGTACAGCGCAATACGATA----CNACACAGTACAATA------------T-C-A--G---TACGAT--------TGCGATACAGTA--C-ATG---A--CA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A----G-GTAAT---AT-GCAATACAACA--N--A--AT-AC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAAACA-AGTAC---AAT-------GCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT---ACAG--CGCAGTACA-ACACNGAATAATA--CA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACNNCTATTAAGACA-GANAAT-AT---------G-T-ACAATACTNT------ATA-----AT--AT-TGTACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-AGNTA----ATAGCACGACATGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---GTACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATACGATACAATACAAT-----ACGAT-A-GNT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGTT-CAAATACAGCACAG-TACAGNA-CAA-CACG-GTAN---------TACA-A--CACGG-------T----ACA--A---TACAGTACAGCACAATACAATA----CNACACAGTACAANA------------T-C-A--G---TANGAT--------TGCGATACAGCA--C-ATG---A--CA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CAATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACANCAG-A----G-GTANT---AT-GCAATACAACA--G--A--AT-AC--GTTACAAT---ACG--ATACNGTAAAACAGAGTAC---AAT-------GCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATACNGTATAGT--ACAGTACAGTGCANTACAATACAG--AACGT---ACAG--CGCAGTACA-ACACAGAATAANA--CA----GAATA-CAGTATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAGTAGNGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-ATTACAATATTA-T-ACAATAATGTGATACAATACATTGAT--GT-TGTACAA--TACAG-A--GCA--ATGCAATACA-----AAATGATACA-CAG--TA-ATTCA----A---CATG-CATTATAC--------A---TAC---ACAG-A-GAGAT--GTAC-ATAGATT---GCAATACATTACAATACAATA--ATAATGTACAAT-------GAT-GTGGT-ACAATACAGTGCAATGCGAT----ACAG-----AATGCAACACAG-TA-ATGA--AA-CATGCATTA---------TACATA--CACAGAGAGACAT----ACAT-AGATTACAATGCATTGCAATACAATA------ATGTGGTACAATA--------------C-A-------ATGA---------TGTGATATTGTA--CGATG---ATGTG--GTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT----GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTT-A-CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCACAGTAA-TA-AAACATA----CAT--TATACATACAGAGA-A----A-GAAAT---GT-AC-ATAGATTA--C--A--AT-AC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGATAC--TGTAT---AAT-------G--A--T---GTGAT-ATT-GTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG-----CAG--CACAGT----------AATAAAA--C-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC------ATA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATT---A-TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG-A----GTGCATT---AT---AGCACAG-A--G--A--ATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAAACACAGTGC---ATA-------GTAAAGTACAGTG-C-ATT-ATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT---GCAA--TACAGTACATGCATTTAATAGTA--CA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACT---A-TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgATG----TGATAAAGTATAGTA------------T---A--G---TATAGT------------ATAT------C-ATG---A--TAAAGTATGGTACG-----G-----TACGGTACGACATGGTA-G-G--G-------TATGGT-AT-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NN--NNNNN---NNNN-NNNNNN--N----NNN---------NNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA-A-------TATTTCGAT-ATGATACGATG--C--A--AT-AC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAAACATA-TAC---AAT-------ACAA--TGCAATA-C-A---ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA--------------TACGATACGATACA-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAATACAATACAAAAATGCAATACAGTACTGTTCAATACAGTACAATGCAATG----ACGatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atT-ACAAAACAGTGCAGCGCATT----ACGGTT-CAG-TGCAGTGCAGGCACAGGGTCAGGCACG-GCAC---------GG---G--CACGGG------C----ACAGAA---TACAGCACAGCACA---CAATA----CTACACAGTATAGCA------------ttgcgcacatta
gi|16 : acaa----ATGGCACGGCACGATGCG-------G---TACGATGCAG---CATG---GCATAAT
gi|2 : gcgcggcacggcacggcacggcgcgatggagcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-AT---------G-TTAGAATACAGC------ATA-----GTTCATCTGTACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGAGCTA----ATAGCACGACATAATACA-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---GTACAGCACACA---GCAATACAGTACAATACAATACAGTACACTTCAAT-----AGGAT-A-GCTTACATTACAGTACATCAT--T----ACAGTTTCAAATACAGCACAG-TGCAGGA-CAA-CAGG-GTAGCT-------TACA-A--CACAG-------T----ACA--A---TACAGTTCAGTACAATACAATA----CTACACAGTACAAAA------------T-CTA--GCTCTACGCT--------TGCAATACAGCA--C-ATG---A--CA--GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGC-ATTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AG--ACTAC---ACAAATATAGC--TTGTAGTG---------AATTAAAATACCTTACTGTAC------ATTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC----A-TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGCAC---A-GTAAT---AT-GCAGTACAACA--G--G--AT-AT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAAACAGAGTAC---AAT-------GTAA--TTCAGTG-CTGTT-ATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATG--ACAG--CGCAGTACA-ACACAGACTAATA--CA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC----AATA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAG-GAAATG-ATAAC---AT-GCAATATAAC---------AT-AT--GTTACAATATGATG--ATACTATATTATATGATAC---AAT-------GCAT--TAGAAT--C-A-T-ATTTGATcttcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T---GTCA----CTAG-ACAACA--ATA-------------TATGATACAA-C-CACA----TACAATACAAT---GTCATACAATATAATA-------ATACAATACAGT---------T-A-ATT-TCAATGCAACGCCACGC--A----ACACTT---AAT--------G-TACAAAA-CAA-CATT-GTACAA-------TATA-A--CACTG-------T----ATA--A---TACAATGCTGTGCAATACAATA----CCAAACAATAATATA------------A-C-ACTG---TATAATATAATTTGTGCAATACAACA--C--TGTAAA--CACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGC-AT-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAAC--ACTGT---GCAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC----A--A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACA------------GTGTT---GT-GCAATACAACACTGTCA--AC-ACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---AAC--AGTAC---AAT-------ACGA--AACA------ATA-ATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC-----ACTG--TTCAGTACA-ACACTGAACAGTA--CAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-AGGTATGGCATTGCACGGCATGGCACC-------A---CACGACACGA---CAAA---GTACGGTACG-----GCAA---AGAACGGTACGATACGGTACGATACGGT-----ACGAT-A-GGCCACGATACAGTACAGTAC--GGAAAACAGT-----GTATGGCATGG-CACGGCA-CGG-CACG-GTACAGTAAAGAATACA-GAGCACGG-------T----ACT--G---TACGGTACAGCACGGCACGATA----CCGCACAGTACAATA--------------C-A--G---TAAAAA--------CGCCATACAGT-----------A--CA--GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGT-GT-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tac
gi|6 : ACA-GAAGATTAT---------GAT-ACAAAACTTT------ATA-----AT--A------CAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAATAA-AT--TA-ATATA----ACAG-------------A-------A---TTTAATAGAA-T-T-GA---ATATAATACAAA---GCAGTTCATTACAATATGATACAATGCAATATAATATATAACAATAA-AGT-ACAATACAATACAACACCAT----ACAACT-CAAA-ATAACACAG-TACACTA-CAG-AA----TAA---------TGCA-A-----GG-------------CA--G---TACAGTACAACATAACACAACA----CAACACATTACAAAA--------------C-A--A---TAAGTT--------TAT--TACA-------AT----A--CA--ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtACGATATGATACATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---GTACAATACAAA---CTAATGCGATACTATTCAATACAGTGAGATGTAAT-----ACGAT-A------CAATATAGTGCGA-----T----A----T-CAAAT-CGATACGA-TATACTA-CGA-CA-----AA---------TACA-AGATACAT-------TTAACACA--A---TACAATATAATACAATACGATAGTTACTATACATTACGATAAGAAACGATAGATGC-A--A---TACGAT---------ATAATACAATATAC-ATG------TA--ATACGATA----------CAATACAATACAA------A-A-G-GG-------TACGGT-A
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA----AGTA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA-------------TAAT---GT-G--ATACAACA--C--ACAAT-ACAAGTTACAAT---AGA--AT----TTAAAC----TAC---AATTCACCAAACAT--TAAAGCA-C-AAT-ACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACACAAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACctgtt
gi|9 : --TATG-ACACAG-AA-A----T-GTGAC---ACAGTAATCTGACA--T--A--AT-A-----TATAAT---GTG--ACCCAGTAAAACTGAATACATAAAT-------GCAA--CTC---G-C-ACTAATATGATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 55555555555 11 22222 444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 11111 33333333333333333 44444444444444444444 66666666666666666666666666666666666666666666 1111 6666666666666666666666666 1 33333333333333333 22222222 11 5555555555555555555 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 222222222 444444444444444444 111 11111111 22222 11111111 222222 2222222222222222 111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 3 88888888888 88 3 1 0 3 0 00000 5 1 333333333333333333333333333333333333333333333333 9 22222222222222222 0 77777 0 1 3 0 4 77777777777777777 55555555555555555555 55 0 1 55 2 66666666666666666666666666666666666666666666 888 5 2 1 2222 3 3 6666666666666666666666666 0 99999999999999999 0 0 44444444 1 2 22 1 1111111111111111111 2 6 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 222222222 5 999999999999999999 000 0 0 66666666 5 00000 00000000 0 1111 66 333333 5 888 0 2222222222222222 1 1 000 77 77 0 1 1 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ........... .. . . . . . ..... . . ................................................ . ................. . ..... . . . . . ................. .................... .. . . .. . ............................................ ... . . . .... . . ......................... . ................. . . ........ . . .. . ................... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . .................. ... . . ........ . ..... ........ . .... .. ...... . ... . ................ . . ... .. .. . . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 7 33333333333 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 444444444444444444444444444444444444444444444444 6 11111111111111111 9 00000 3 7 1 2 2 00000000000000000 66666666666666666666 33 9 4 55 5 88888888888888888888888888888888888888888888 888 0 0 4 1111 0 5 0000000000000000000000000 5 66666666666666666 1 4 00000000 9 7 99 4 9999999999999999999 2 7 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 999999999 0 888888888888888888 999 9 2 11111111 0 00000 66666666 9 4444 99 000000 0 888 2 2222222222222222 0 0 000 99 99 7 0 0 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--A--TGT---ACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACACGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATACAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T-CAAATACGGCACGGTACANNACAGCACG-GTA--N---------TACA--A--CACGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCACAATACGA----TACTACACAGTACAATA-C-A--G---TACGAT--------TGCGATACAGTA---C-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A----N-GT---AATAT-GCAATACAACA----CA--AT-AC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--AC-A-AG-T-AC---AATGCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATGCAGTAT---AAT--ACAGT--GCAGTGCANTACAGCACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTGTATAAT--AT-TGT---ACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACACGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATACAGTACGATACAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T-CAAATACGGCACGGTACANNACAGCACG-GTA--N---------TACA--A--CACGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCGCAATACGA----TACNACACAGTACAATATC-A--G---TACGAT--------TGCGATACAGTA---C-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A----G-GT---AATAT-GCAATACAACA----NA--AT-AC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--AC-A-AG-T-AC---AATGCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATGCNGTAT---AAT--ACAGT--GCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAAT--AA-TGTGATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-ATACA----CAGA---GAGATGTACA-TAGATT---GCAATACATTACAATACAATA--ATAATGTACAAT-------GAT-GTGGT-ACAATACAGTGCAATGCGAT----ACAG------AATGCAACACAGTA-ATGA-AACATGCATT--A---------TACAT-A--CACAGAGAGACAT----ACATAGATTACAATGCATTGCAATACAA----TA--ATGTGGTACAATA-C-A--A---T--GAT---------GTGATATTGTA---CGATG---ATGTGGTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT--------GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTTA--CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCAC-AGTAATA-AAACATA----CAT--TATACATACAGAGA-A----A-GA---AATGT-ACA-TAGATTA----CA--AT-AC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T--G-T-AT---AATG--A--T---GTGAT-ATT-GTCTGATGATGTGTTACAAT--ACAGT--GCAATGCAA-----AACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTACA------TA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATTA----TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG-A----GTGC---ATTAT---AGCACAG-A----GA--ATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--AC-ACAG-T-GC---ATAGTAAAGTACAGTG-C-ATT-ATAGTACAAAGTGT---AAT--ACAGT--GGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACTA----TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgTATAGTATATC-ATG---ATAAAGTATGGTACG-----G-----TACGGTACGACATGGT----A-G-G--G-------TATGGTA-T-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NNN--NNNNN---NNN-NNNNNN--N----NNNN---------NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatatgtgataaagtatagtatagATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA-A----T-ATTTCGATAT-G--ATACGATG----CA--AT-AC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--AC-A-TA-T-AC---AATACAA--TGCAATA-C-A---ATTTTATGTCGTAC---AAT--GCAAT--GCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAA-----TACAATACAAAAATGCAATACAGTACTGTTCAATACAGTACAATGCAATG----ACGTT-G-CGC-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atACAATACAAAACAGTGCAGCGCATT-----ACG------GT-TCAGTGCAGTGCAG-GC-------ACAGGGT-CAGGCACGGCACGG---------GCACG-G--------------------G--CACAG--------------A---AT-ACAGCACAGCACA---CAA----TACTACACAGTATA
gi|16 : ACGGCACGGCGCGATGGAGCATG-GCACGG---------CACG--A--TGCGG-------T----ACG---AT-GCAGCATGGCATAATgca
gi|16 : gcgcggcacggc----ATGGCA---CGGCACGATGCG-------G---TACGATGCAG---CATG---G-----CATAAT
gi|2 : gcgcggcacggcacggcacggcgcgatggagcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGTTCATCTGT---ACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---G-----TACAGCACACA---GCAATACAGTACAATACAATACAGTACACTTCAAT-----AGGAT-A-GCTTACATTACAGTACATCAT--T----ACAGT-TTCAAATACAGCACAGTGCAGGACAACAGG-GTA--GCT-------TACA--A--CACAG-------T----ACA---AT-ACAGTTCAGTACAATACAA----TACTACACAGTACAAAATCTA--GCTCTACGCT--------TGCAATACAGCA---C-ATG---ACA--GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAAT----ATA-GCAG-------TACAGCA-TTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AGA--CTACA---CAAATATAGC--TTGTAGTGA---------ATTAAAATACCTTACTGTACA------TTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC-A----TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGCAC---A-GT---AATAT-GCAGTACAACA----GG--AT-AT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--AC-AGAG-T-AC---AATGTAA--TTCAGTG-CTGTT-ATTTGATACAGTAT---AGT--AAAGT--ACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC-AA---TA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAG-GAAATG-AT---AACAT-GCAATATAAC---------AT-AT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--AT-A-TGAT-AC---AATGCAT--TAGAAT--C-A-T-ATTTGATcttcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA--ATA-------------TATGATACAA-C-CACA---------TACAATACAAT---GTCATACAATATAATA--ATACA-----ATACAGT---------T-A-ATT-TCAATGCAACGCCACGC--A----ACACT-T---AAT--------GTACAAAACAACATT-GTA--CAA-------TATA--A--CACTG-------T----ATA---AT-ACAATGCTGTGCAATACAA----TACCAAACAATAATATAAC-ACTG---TATAATATAATTTGTGCAATACAACA---C--TGTAAACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAAT----A-ATATAA-------CACTGCA-T-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAACA--CTGTG---CAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC-A-----A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT----------GT-----TGT-GCAATACAACACTGTCA--AC-ACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--AC---AG-T-AC---AATACGA--AACA------ATA-ATATAACACTGCAT---AAT--ACAGT--GTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGACACGA---CAAA---G-----TACGGTACG-----GCAA---AGAACGGTACGATACGGTACGATACGGT-----ACGAT-A-GGCCACGATACAGTACAGTAC--GGAAAACAGT------GTATGGCATGGCACGGCACGGCACG-GTA--CAGTAAAGAATACA--GAGCACGG-------T----ACT---GT-ACGGTACAGCACGGCACGA----TACCGCACAGTACAATA-C-A--G---TAAAAA--------CGCCATACAGT------------ACA--GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT--------GCAAATTCTCTTACAGTG-T-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT--A---------CAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAATAA-AT--TA-A--TATA----ACAG----------------A-------A---TTTAATAGAA-T-T-GA---A-----TATAATACAAA---GCAGTTCATTACAATATGATACAATGCAATATAATATATAACAATAA-AGT-ACAATACAATACAACACCAT----ACAAC-T-CAAA-ATAACACAGTACACTACAGAA----TA--A---------TGCA--A-----GG-------------CA---GT-ACAGTACAACATAACACAA----CACAACACATTACAA-AAC-A--A---TAAGTT--------TAT--TACAAT------------ACA--ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGAT----A-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---G-----TACAATACAAA---CTAATGCGATACTATTCAATACAGTGAGATGTAAT-----ACGA------T-ACAATATAGTGCGA-----T----A-----T-CAAAT-CGATACGATATACTACGACA-----A--A---------TACAAGA--TACAT-------TTAACACA---AT-ACAATATAATACAATACGATAGTTACTATACATTACGATA---A--GA--AACGATAGA-----TGCAATACGATA---T-AAT---ACA--AT---ATACA------TGTAATACGATACAATACAATACAAA-A-G-GG-------TACGGTA-
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA-AG---TA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA-------------T---AATGT-G--ATACAACA----CACAAT-ACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTAC-A-AT-TCAC---CAAACAT--TAAAGCA-C-AAT-ACAAGATGCAATAC---GGTTTACAGT--ACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACctgtt
gi|9 : --TATG-ACACAG-AA-A----T-GT---GACACAGTAATCTGACA----TA--AT-A-----TATAAT---GTG--ACCCAGTAAA--ACTG-AA-T-ACATAAATGCAA--CTC---G-C-ACTAATATGATACACAAT---TAT--ATGATTCGCAGT--AATATGGCACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 6666666666666 11 22222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33333333333333333 11111 33333333333333333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 11 5555555555555555555 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 222222222 55555555555555555 222222222222222222222 11111111 222222 2222222222222222 111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 7777777777777 88 3 1 0 3 0 00000 5 1 333333333333333333333333333333333333333333333333 2 11111111111111111 2 77777 0 1 3 5 0 66 1 77777777777777777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 5 1 2222 0 77 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 44444444 1 2 22 1 1111111111111111111 2 6 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 222222222 5 22222222222222222 5 4 2 000000000000000000000 00000000 0 1111 66 333333 5 888 0 2222222222222222 1 1 0 000 77 77 0 1 3 1 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............. .. . . . . . ..... . . ................................................ . ................. . ..... . . . . . .. . ................. ........................................................................................ ... . . .... . .. .............................................................. . . ........ . . .. . ................... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . ................. . . . ..................... ........ . .... .. ...... . ... . ................ . . . ... .. .. . . . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 7777777777777 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 222222222222222222222222222222222222222222222222 4 33333333333333333 3 00000 3 7 1 0 2 88 1 00000000000000000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 0 4 1111 3 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 4 00000000 9 7 99 4 9999999999999999999 2 7 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 999999999 0 44444444444444444 0 5 2 999999999999999999999 66666666 9 4444 99 000000 0 888 2 2222222222222222 0 1 5 000 99 99 7 0 0 7 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATA----AT----TG-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACATGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T-CAAATACGGCACGGTACANNACAGCACG-GTA--A---------TACA--A--CACGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCACAATACGA----TACTACGCAGTACAA--TAC-----------------------AG---TACGAT---TGCGATACAGTAC-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG---AN-G-T---AACGT-GCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--AC-A-AG-T-AC---AATGCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATGCAGTAT---AAT--ACAGT--GCAGTGCANTACAGCACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATA----ATA---TG-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACACGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T-CAAATACGGCACGGTACANNACAGCACG-GTA--N---------TACA--A--CACGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCACAATACGA----TACTACACAGTACAA--TAC-----------------------AG---TACGAT---TGCGATACAGTAC-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG---AN-G-T---AATAT-GCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--AC-A-AG-T-AC---AATGCAA--TACAGTG-C-ATT-ATNTGATGCAGTAT---AAT--ACAGT--GCAGTGCANTACAGCACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACA----ATAATGTGATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-ATACA----CAGA---GAGATGTACA-TAGATT---GCAATACATTACAATACAATAATAATG---TACAAT-------GAT-GTGGT-ACAATACAGTGCAATGCGAT----ACAG------AATGCAACACAGTA-ATGA-AACATGCATT--A---------TACAT-A--CACAGAGAGACAT----ACATAGATTACAATGCATTGCAATACAA----TA--ATGTGGTACAA--TAC-----------------------AA---T--GAT----GTGATATTGTACGATG---ATGTGGTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT--------GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTTA--CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCAC-AGTAATA-AAACATA----CAT--TATACATACAGAGA---AA-G-A---AATGT-ACA-TAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T--G-T-AT---AATG--A--T---GTGAT-ATT-GTCTGATGATGTGTTACAAT--ACAGT--GCAATGCAA-A----ACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTACA------TA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATTA----TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG---AG-----------T-GCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--AC-ACAG-T-GC---ATAGTAAAGTACAGTG-C-ATT-ATAGTACAAAGTGT---AAT--ACAGT--GGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACTA----TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgAGTATAG--TAT-----------------------AG---TATAGT-------ATAT----C-ATG---ATAAAGTATGGTACG-----G-----TACGGTACGACATGGT----A-G-G--G-------TATGGTA-T-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NNN--NNNNN---NNN-NNNNNN--N----NNNN---------NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatatgtgataaATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA---AT-A-TTTCGATAT-G--ATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--AC-A-TA-T-AC---AATACAA--TGCAATA-C-A---ATTTTATGTCGTAC---AAT--GCAAT--GCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAA-----TACAATACAAAAATGCAATACAGTACTGTTCAATA-CAGTACAATGCAATG----ACGTT-G-CGC-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atACAATACAAAA-CAGTGCAGCGCATT-----ACG------GT-TCAGTGCAGTGCAG-GC-------ACAGGGT-CAGGCACGGCACGG---------GCACG-G--------------------G--CACAG--------------A---AT-ACAGCACAGCACA---CAA----TACTACACAGTATA
gi|16 : ACGGCACGGCGCGATGGAGCATG-GCACGG---------CACG--A--TGCGG-------T----ACG---AT-GCAGCATGGCATAATgca
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGTTCATC---TG-TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---G-----TACAGCACACA---GCAATACAGTACAATACAATA-CAGTACACTTCAAT-----AGGAT-A-GCTTACATTACAGTACATCAT--T----ACAGT-TTCAAATACAGCACAGTGCAGGACAACAGG-GTA--GCT-------TACA--A--CACAG-------T----ACA---AT-ACAGTTCAGTACAATACAA----TACTACACAGTACAAAATCT-----------------------AGCTCTACGCT---TGCAATACAGCAC-ATG---ACA--GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAAT----ATA-GCAG-------TACAGCA-TTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AGA--CTACA---CAAATATAGC--TTGTAGTGA---------ATTAAAATACCTTACTGTACA------TTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC-A----TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGC--ACAG-T---AATAT-GCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--AC-AGAG-T-AC---AATGTAA--TTCAGTG-CTGTT-ATTTGATACAGTAT---AGT--AAAGT--ACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC-AA---TA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAGGAAAT-GAT---AACAT-GCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--AT-A-TGAT-AC---AATGCAT--TAGAAT--C-A-T-ATTTGATCCActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA--ATA-------------TATGATACAA-C-CACA---------TACAATACAAT---GTCATACAATATAATA--ATA-CA-----ATACAGT---------T-A-ATT-TCAATGCAACGCCACGC--A----ACACT-T---AAT--------GTACAAAACA---------------------------A--CATTG-------T----ACA---AT-ATAACACTGTATAATACAA----TGCTGTGCAATACAA--TACCAAACAATAATATAACACTGTATAA---TATAATTTGTGCAATACAACAC--TGTAAACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAAT----A-ATATAA-------CACTGCA-T-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAACA--CTGTG---CAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC-A-----A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT--------G-T-----TGT-GCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--AC---AG-T-AC---AATACGA--AACA------ATA-ATATAACACTGCAT---AAT--ACAGT--GTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAta
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGACACGA---CAAA---G-----TACGGTACG-----GCAA---AGAACGGTACGATA-CGGTACGATACGGT-----ACGAT-A-GGCCACGATACAGTACAGTAC--GGAAAACAGT------GTATGGCATGGCACGGCACGGCACG-GTA--CAGTAAAGAATACA--GAGCACGG-------T----ACT---GT-ACGGTACAGCACGGCACGA----TACCGCACAGTACAA--TAC-----------------------AG---TAAAAA---CGCCATACAGT---------ACA--GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT--------GCAAATTCTCTTACAGTG-T-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATA----A--------TACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAATAA-AT--TA-A--TATA----ACAG----------------A-------A---TTTAATAGAA-T-T-GA---A-----TATAATACAAA---GCAGTTCATTACAATATGATA-CAATGCAATATAATATATAACAATAA-AGT-ACAATACAATACAACACCAT----ACAAC-T-CAAA-ATAACACAGTACACTACAGAA----TA--A---------TGCA--A-----GG-------------CA---GT-ACAGTACAACATAACACAA----CACAACACATTACAA--AAC-----------------------AA---TAAGTT---TAT--TACAAT---------ACA--ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGAT----A-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---G-----TACAATACAAA---CTAATGCGATACTATTCAATA-CAGTGAGATGTAAT-----ACGA------T-ACAATATAGTGCGA-----T----A-----T-CAAAT-CGATACGATATACTACGACA-----A--A---------TACAAGA--TACAT-------TTAACACA---AT-ACAATATAATACAATACGATAGTTACTATACATTACGA--TAA-----------------------GA---AACGATAGATGCAATACGATAT-AAT---ACA--AT---ATACA------TGTAATACGATACAATACAATACAAA-A-G-GG-------TACGGTA-
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA-AG---TA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA------------T---AATGT-G--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTAC-A-AT-TCAC---CAAACAT--TAAAGCA-C-AAT-ACAAGATGCAATAC---GGTTTACAGT--ACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACctgtt
gi|9 : --TATG-ACACAG-AA---AT-G-T---GACACAGTAATCTGACA----TA--A-----TA-----TATAAT---GTG--ACCCAGTAAA--ACTG-AA-T-ACATAAATGCAA--CTC---G-C-ACTAATATGATACACAAT---TAT--ATGATTCGCAGT--AATATGGCACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 888888888888 11 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555 1 33333333333333333 11111 33333333333333333 55555555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666 1111 4444444444444444444444444444444444444 22222222 11 5555555555555555555 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 222222222 555555555555555555 222222222222222 111 11111111 22222 111111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 000000000000 88 3 1 0 3 0 00000 5 1 666666666666666666666666666666666666666666666666 2 11111111111111111 2 77777 0 1 3 5 0 66 1 77777777777777777 66666666666666666666666 7 0 1 5555 1111111111111111111111111111111111111111111111 888 5 2 2222 4 3 77 0 1111111111111111111111111111111111111 0 0 44444444 1 2 22 1 1111111111111111111 2 6 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 333333333 5 777777777777777777 3 111111111111111 555 0 11111111 0 1 33 77 00000 5 1 77 44 1 444444 1 0 1 1 99 1 3 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............ .. . . . . . ..... . . ................................................ . ................. . ..... . . . . . .. . ................. ....................... . . . .... .............................................. ... . . .... . . .. . ..................................... . . ........ . . .. . ................... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . .................. . ............... ... . ........ . . .. .. ..... . . .. .. . ...... . . . . .. . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 777777777777 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 999999999999999999999999999999999999999999999999 4 33333333333333333 3 00000 3 7 1 0 2 88 1 00000000000000000 44444444444444444444444 1 9 4 9999 6666666666666666666666666666666666666666666666 888 0 7 1111 0 7 99 4 0000000000000000000000000000000000000 1 4 00000000 9 7 99 4 9999999999999999999 2 7 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 999999999 7 111111111111111111 9 333333333333333 333 1 99999999 1 7 44 99 11111 7 7 99 66 7 444444 0 4 9 7 22 0 7 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT----T-----G-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACATGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T------CAAATACGGCACGGTACANTACAGCACG-G--TA---------A--TACA--A--CGCGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCACAATACGA----TACNACACAGTACAA--TACAG---TACGNT---TGCGATACAGTAC-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG---A--G-TAACG-TGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACA-NG-T-ACAATGCAA--TACAGTG-C-ATTATNTGACGCAGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT----T-----G-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACATGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCAATACAGTACAATACGATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GGT-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGT-T------CAAATACGGCACGGTACANNACAGCACG-G--TA---------A--TACA--A--CACGG-------T----ACA---AT-ACAGTACAGCACAATACGA----TACTACGCAGTACAA--TACAG---TACGAT---TGCGATACAGTAC-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGAT----A-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG---AN-G-TAACG-TGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACA-AG-T-ACAATGCAA--TACAGTG-C-ATTATNTGATGCAGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGCACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAATAATGT-----GATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-ATACA----CAGA---GAGATGTACA-TAGATT---GCAATACATTACAATACAATAATAATG---TACAAT-------GAT-GTGGT-ACAATACAGTGCAATGCGAT----ACAG-----------AATGCAACACAGTA-ATGA-AACATGCA--TT---------A--TACAT-A--CACAGAGAGACAT----ACATAGATTACAATGCATTGCAATACAA----TA--ATGTGGTACAA--TACAA---T--GAT----GTGATATTGTACGATG---ATGTGGTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT--------GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTTA--CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCAC-AGTAATA-AAACATA----CAT--TATACATACAGAGA---AA-G-AAATG-TACA-TAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC--TG-T-ATAATG--A--T---GTGAT-ATTGTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTACA------TA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATTA----TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG---A--------G-TGCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--ACACAG-T-GCATAGTAAAGTACAGTG-C-ATTATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACTA----TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgAGTATAG--TATAG---TATAGT-------ATAT----C-ATG---ATAAAGTATGGTACG-----G-----TACGGTACGACATGGT----A-G-G--G-------TATGGTA-T-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NNN--NNNNN---NNN-NNNNNN--N----NNNN---------NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatatgtgataaATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA---AT-A-TTTCGATATGATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--ACA-TA-T-ACAATACAA--TGCAATA-C-A--ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAA-----TACAATACAAAAATGCAATACAGTACTGTTCAATA-CAGTACAATGCAATG----ACGTT-G-CGC-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atACAATACAAAA-CAGTGCAGCGCATT-----ACG------GT-TCAGTGCAGTGCAG-GC-------ACAGGGT------CAGGCACGGCACGG---------GCACG-G----------------------G--CACAG--------------A---AT-ACAGCACAGCAC---ACAA----TACTACACAGTATA
gi|16 : ACGGCACGGCGCGATGGAGCATG-G--CACG-------G--CACG--A--TGCGG-------T----ACG---AT-GCAGCATGGCATAATgca
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGT----TCATCTG-TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---G-----TACAGCACACA---GCAATACAGTACAATACAATA-CAGTACACTTCAAT-----AGGAT-A-GCTTACATTACAGTACATCAT--T----ACAGT-TT-----CAAATACAGCACAGTGCAGGACAACAGG-G--TA---------GCTTACA--A--CACAG-------T----ACA---AT-ACAGTTCAGTACAATACAA----TACTACACAGTACAAAATCTAGCTCTACGCT---TGCAATACAGCAC-ATG---ACA--GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAAT----ATA-GCAG-------TACAGCA-TTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AGA--CTACA---CAAATATAGC--TTGTAGTGA---------ATTAAAATACCTTACTGTACA------TTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC-A----TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGC--ACAG-TAATA-TGCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--ACAGAG-T-ACAATGTAA--TTCAGTG-CTGTTATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC-AA---TA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAGGAAAT-GATAACA-TGCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--ATA-TGAT-ACAATGCAT--TAGAAT--C-A-TATTTGATCCActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA--ATA-------------TATGATACAA-C-CACA---------TACAATACAAT---GTCATACAATATAATA--ATA-CA-----ATACAGT---------T-A-ATT-TCAATGCAACGCCACGC--A----ACACT-TAATGTACAAA-ACAACATTGTACAATATAACACT-GTATA---------A--TACA--A--TGCTG-------T----GCA---AT-ACAATACCAAACAATA--A----TATAACACTGTATAA--TATAA---TTTG-----TGCAATACAACAC--TGTAAACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAAT----A-ATATAA-------CACTGCA-T-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAACA--CTGTG---CAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC-A-----A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT--------G-T--TG-TGCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--AC--AG-T-ACAATACGA--AACA------ATAATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAta
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGACACGA---CAAA---G-----TACGGTACG-----GCAA---AGAACGGTACGATA-CGGTACGATACGGT-----ACGAT-A-GGCCACGATACAGTACAGTAC--GGAAAACAGT-----------GTATGGCATGGCACGGCACGGCACG-G--TACAGTAAAGAA--TACA--GAGCACGG-------T----ACT---GT-ACGGTACAGCACGGCACGA----TACCGCACAGTACAA--TACAG---TAAAAA---CGCCATACAGT---------ACA--GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT--------GCAAATTCTCTTACAGTG-T-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT-------------ACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAATAA-AT--TA-A--TATA----ACAG----------------A-------A---TTTAATAGAA-T-T-GA---A-----TATAATACAAA---GCAGTTCATTACAATATGATA-CAATGCAATATAATATATAACAATAA-AGT-ACAATACAATACAACACCAT----ACAAC-T------CAAA-ATAACACAGTACACTACAGAA------TA---------A--TGCA--A-----GG-------------CA---GT-ACAGTACAACATAACACAA----CACAACACATTACAA--AACAA---TAAGTT---TAT--TACAAT---------ACA--ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGAT----A-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---G-----TACAATACAAA---CTAATGCGATACTATTCAATA-CAGTGAGATGTAAT-----ACGA------T-ACAATATAGTGCGA-----T----A-----T------CAAAT-CGATACGATATACTACGACA-------A---------A--TACAAGA--TACAT-------TTAACACA---AT-ACAATATAATACAATACGATAGTTACTATACATTACGA--TAAGA---AACGATAGATGCAATACGATAT-AAT---ACA--AT---ATACA------TGTAATACGATACAATACAATACAAA-A-G-GG-------TACGGTA-
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA-AG---TA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA------------TAATG-TG--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTACA-AT-TCACCAAACAT--TAAAGCA-C-AATACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACctgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 888888888888 11 11111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333 11111 333333333333333333 111111 55555555555555555555555555555 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 4444444444444444444444444444444444444444444 22222222 11 444444444444444 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 2222222222 55555555555555555 222222222222222 111 11111111 222222 111111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 000000000000 88 3 1 0 3 1 66666 3 000 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 2222222222222222 2 22222 5 2 3 4 0 999 999999999999999999 444444 77777777777777777777777777777 5 5 66 1 222222222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 0 5 0 444444 33 77 1111111111111111111111111111111111111111111 22222222 3 0 2 33 0 555555555555555 4 8 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 8888888888 6 77777777777777777 3 111111111111111 555 0 11111111 0 1 33 77 333333 5 3 0 44 1 444444 1 0 44 1 99 1 1 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............ .. . . . . . ..... . ... .. ..................................................... . ................ . ..... . . . . . ... .................. ...... ............................. . . .. . ......... . ..................................................... . .... . . . ...... .. .. ........................................... ........ . . . .. . ............... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . .......... . ................. . ............... ... . ........ . . .. .. ...... . . . .. . ...... . . .. . .. . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 777777777777 33 2 4 8 8 0 77777 6 000 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 8888888888888888 8 66666 0 2 4 4 9 222 888888888888888888 444444 44444444444444444444444444444 0 1 99 1 111111111 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 6666 2 0 9 333333 00 99 6666666666666666666666666666666666666666666 00000000 7 7 2 00 7 444444444444444 6 0 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 3333333333 7 22222222222222222 9 333333333333333 333 1 99999999 1 7 44 99 999999 7 0 6 66 7 444444 0 7 77 7 22 0 0 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT----T-----G-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGT---ACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATAC-----A-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAGTACAAA---GCA-ATACAGTACAATACAATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAGTG------CA--A--CG--C--TACAGT----T------CAA-ATAC--GGCACGGT----ACGATACAGCACG-G--T---------A--A--TAC--A-ACGCGG-------TA----CA---AT-ACAGTAC----AGCA-CAATA----CAATACNACACAGTACAA--TA------CAG---TACGNTTGCGATACAGTAC-ATG---ACG--GTACGGTACA-----GCGCAATACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-----A--GTAATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT----T-----G-TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGT---ACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGCA---CGACATGATAC-----A-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---G-----TACAATACAAA---GCA-ATACAGTACAATACGATA-CAGTGCGATGCAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAGTG------CA--A--CG--C--TACAGT----T------CAA-ATAC--GGCACGGT----ACANTACAGCACG-G--T---------A--A--TAC--A-ACGCGG-------TA----CA---AT-ACAGTAC----AGCA-CAATA----CGATACNACACAGTACAA--TA------CAG---TACGNTTGCGATACAGTAC-ATG---ACA--GTACGATACA-----GCGCAATACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGTA-T-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--ACA--CTACG---CAA-TATAAC--T----GTGA---------ATTAG--TGCGATACTGTACG------TG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC-A----TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-----A--GTAACGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCAGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAATAATGT-----GATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAAT---GCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CAT-----T-------A---TAC-ATACA----CAGA---GAGATGTACA-TAGATT---GCA-ATACATTACAATACAATAATAATG---TACAAT-------GAT-GTGG-T-ACAATACAGTG------CA--A--TG--CGATACAG--------------A-ATGC--AACACAGT----A--ATGAAACATGCA--T---------T--A--TAC--ATACACAGAGAGACATA----CATAGATTACAATGC----ATTG-CAATA----CAATA--ATGTGGTACAA--TA------CAA---T--GAT-GTGATATTGTACGATG---ATGTGGTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT----GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTTA--CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCAC-AGTAATA-AAACATA----CAT--TATACATACAG-AG-----AAAGAAATGTACA-TAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T---G-T-ATAATG--AT---GTGAT-ATTGTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTACA------TA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATTA----TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG-----A--GT-----GCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--ACACAGTG-C-ATAGTAAAGTACAGTG-C-ATTATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACTA----TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgATGTGATAAAGTATAG--TA------TAG---TATAGT----ATAT----C-ATG---ATAAAGTATGGTACG-----G-----TACGGTACGACATGGTA-G-G--G-------TATGGTA-T-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NNN--NNNNN---NNN-NNNNNN--N----NNNN---------NNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatTATA-----AAATAGTGTTATA-TAT--TA-A----------ATATTT---CGATATGATACGATGCA-------A---TACGATGCGA-T-ATGA---------TACGGT--AAA---ACATATACAATACAATGCAATA-CAATTTTATGT---------C-------G-T-ACAATGCAATG------CA--A--CG--CATTACAAC----A------CAATATAaagaagcctt
gi|13 : ATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--ACAT---A-T-ACAATACAATGCAATA-C-A--ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAatataatatacaaataacctgat
gi|14 : tataaaatagtgttatatattaaatatttcgatatgAACATT---ACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATAC-----A-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAA-----TACAATACAAAAATGCA-ATACAGTACTGTTCAATA-CAGTACAATGCAATG----ACGTT-G-CG-C-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : atACAATACAAAA-CAGTGCAGCGCATT-----ACG------G-T-TCAGTGCAGTG------CA--G---G--C---ACAGGG---T------CAG-GCAC--GGCACGG-------------GCACG-G-------------------------GCACAG--------------A---AT-ACAGCAC----AGCA-C---A----CAATACTACACAGTATA
gi|16 : AC--GGCACGGC----GCGATGGAGCATG-G--C---------ACGG--CAC--G-ATGCGG-------TA----CG---AT-GCAGCAT----GGCA-TAATgca
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGT----TCATCTG-TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGC---ACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATAC-----A-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---G-----TACAGCACACA---GCA-ATACAGTACAATACAATA-CAGTACACTTCAAT-----AGGAT-A-GC-TTACATTACAGTA------CA--T--CA--T--TACAGT----TT-----CAA-ATAC--AGCACAGT----GCAGGACAACAGG-G--T---------A--GCTTAC--A-ACACAG-------TA----CA---AT-ACAGTTC----AGTA-CAATA----CAATACTACACAGTACAAAATC------TAGCTCTACGCTTGCAATACAGCAC-ATG---ACA--GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGCA-TTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AGA--CTACA---CAAATATAGC--TTGTAGTGA---------ATTAAAATACCTTACTGTACA------TTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC-A----TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGCAC--A--GTAATATGCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--ACAGA--G-T-ACAATGTAATTCAGTG-CTGTTATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC-AA---TA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAGGAAATG--ATAACATGCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--ATAT---GAT-ACAATGCATTAGAAT--C-A-TATTTGActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAAT---ATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA--ATA------------------TATGATACAA-C-CACA---------TACAATACAAT---GTC-ATACAATATAATA--ATA-CA-----ATACAGT---------T-A-AT-T-TCAATGCAACG------CC--A--CG--C--AACACT----TAATGTACAA-A-AC--AACATTGT----ACAATATAACACT-GTAT---------A--A--TAC--A-ATGCTG-------TG----CA---AT-ACAATAC----CAAA-CAATA------ATATAACACTGTATAA--TA------TAA---TTTG--TGCAATACAACAC--TGTAAACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGCA-T-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAACA--CTGTG---CAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC-A-----A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT----------GT--TGTGCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--ACA----G-T-ACAATACGAAACA------ATAATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAtccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GT---ATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCAC-----C-------A---CACGACACGA---CAAA---G-----TACGGTACG-----GCA-A---AGAACGGTACGATA-CGGTACGATACGGT-----ACGAT-A-GGCC-ACGATACAGTA------CAGTA--CGGAA--AACAGT---------------GTAT--GGCATGGC----ACGGCACGGCACG-G--TACAGTAAAGA--A--TACAGA-GCACGG-------TA----CT---GT-ACGGTAC----AGCA-CGGCA----CGATACCGCACAGTACAA--TA------CAG---TAAAAACGCCATACAGT---------ACA--GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGTG-T-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT-------------ACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGA---ATAA-AT--TA-A--TATA----ACAG---------------------A-------A---TTTAATAGAA-T-T-GA---A-----TATAATACAAA---GCA-GTTCATTACAATATGATA-CAATGCAATATAATATATAACAATAA-AG-T-ACAATACAATA------CA--A--CA--CCATACAAC----T------CAA-A-AT--AACACAGT----ACACTACAGAA------T---------A--A--TGC--A-A---GG-------------CA---GT-ACAGTAC----AACA-TAACA----CAACACAACACATTACAA--AA------CAA---TAAGTTTAT--TACAAT---------ACA--ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATAC-----ATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---G-----TACAATACAAA---CTA-ATGCGATACTATTCAATA-CAGTGAGATGTAAT-----ACGAT-A-------CAATATAGTGCGATATCA--AATCG--A--TACGATATACTACGA--CAA-ATACAAGATACATTTAACACAATACAATA------T---------A--A--TAC--A-ATACGA-------TAGTTACT---AT-ACATTACGATAAGAAACGATAGATGCAATACGATATAATACAA--TATACATGTAA---TACGA-TACAATACAATAC-AAA---AGG--GTACGGTAC
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA-AG---TA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA-------------TAATGTG--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTACAA---T-TCACCAAACATTAAAGCA-C-AATACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACtgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 888888888888 11 22222 3333333333333333333333333 2222222222222 11 111111111111 555555555555555555 2222222222 1111111 33333333333333333 333333333333333333333 55555555555555555555555 111111 111 3333333333333333333333 44444444444444 11111 11 444444444444444 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 1111 222222 222222222 666666666666666666 222222222222222 111 11111111 222222 111111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 000000000000 88 3 1 0 3 0 00000 5 3 9999999999999999999999999 3 0 8888888888888 55 777777777777 5 444444444444444444 1111111111 5 0 4 7777777 22222222222222222 5 888888888888888888888 2 1 1 8888888 5 22222222222222222222222 000000 6 888 66 888 3 000 5 99 1111111111111111111111 33333333333333 66666 55 2 0 2 33 0 555555555555555 4 8 8 0 33333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 333333333 5 222222222222222222 0 99 111111111111111 555 0 11111111 0 1 33 77 333333 5 3 0 44 1 444444 1 0 22 1 99 1 1 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............ .. . . . . . ..... . . ......................... . . ............. .. ............ . .................. .......... . . . ....... ................. . ..................... . . . ....... . ....................... ...... . ... .. ... . ... . .. ...................... .............. ..... .. . . . .. . ............... . . . . ..... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . .................. . .. ............... ... . ........ . . .. .. ...... . . . .. . ...... . . .. . .. . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 777777777777 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 7777777777777777777777777 6 1 4444444444444 44 000000000000 7 777777777777777777 9999999999 0 2 2 5555555 00000000000000000 0 333333333333333333333 3 1 1 0000000 0 66666666666666666666666 222222 2 888 99 888 0 000 7 22 8888888888888888888888 77777777777777 77777 55 2 7 2 00 7 444444444444444 6 0 0 8 44444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 999999999 7 333333333333333333 4 11 333333333333333 333 1 99999999 1 7 44 99 999999 7 0 6 66 7 444444 0 7 00 7 22 0 0 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-ATGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-A-----CGATA-G-G-T-ACAATACAGTGCA--ACG--C--TACAGT-T-CAAATACGGCACGGT-ACGANACA-GCACGGT---------AC-----A--TAC--AACGCGGTACA---ATACAGTACA--GCG---CAATACGATACNACAC---AGTACA-A--TACAG---TACGAT--------TGCGATACAGTAC-ATG-----A--CGGTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A---AGTA-----ATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TACGATGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACAAT-ACAGTGCGATG------CAAT-A-----CGATA-G-G-T-ACAATACAGTGCA--ACG--C--TACAGT-T-CAAATACGGCACGGT-ACGATACA-GCACGGT---------A------A--TAC--AACGCGGTACA---ATACAGTACA--GCA---CAATACAATACNACAC---AGTACA-A--TACAG---TACGNT--------TGCGATACAGTAC-ATG-----A--CGGTACGGTACA-----GCGCAATACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-----AGTA-----ATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAATAAT-----GTGATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-ATACA----CAGA---G-AGATGTACATAGATT---G--------CAATACATT----------ACAATACAATAATAATG---TA------CAAT--------GATGTG-G-T-ACAATACAGTGCA--ATG--CGATACAG------AATGCAACACAGTAATGAAACATGCATTAT---------AC-----A--TAC--ACAGAGAGACATACATAGATTACAATGCATTGCAATACAATA--ATGT---GGTACA-A--TACA-----ATGA---------TGTGATATTGTACGATG-----ATGTGGTACAATACA-----GTGCAATGCAATACAA---AAT----GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTT-A-CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCACAGTAA-TA-AAACATA----CAT--TATACATACAG-AGAA---AGAA-----ATGTAC-ATAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T---G-T-ATAATG--AT---GTGAT-ATTGTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC------ATA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATT---A-TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG-----AGT----------GCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--ACACAGTG-C-ATAGTAAAGTACAGTG-C-ATTATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACT---A-TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgTATAGTAT-ATC-----A--TGATAAAGTATG-----GTACGGTACGGTACGACATGGTA-G-G--G-------TATGGT-AT-GGTAN-NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NN--NNNNN---NNNN-NNNNNN--N----NNN---------NNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-------TG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatatgtgataaagtatagtatagATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA-----A-TATTTCGATATG--ATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--ACAT---A-T-ACAATACAATGCAATA-C-A--ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTATGCAA-TGCAGATCAATACA-ATACAAAAAT----G--------CAATACAGT----------ACTGTTCAAT-ACAGTACAATG------CAATGA-----CGTTG-C-G-C-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : at----------ACAATACAAA-ACAGTGCAGCG------CATT-A-----CG------G-T-TCAGTGCAGTGCA--G-G--C---ACAGGGT-CAGGCACGGCACGG-----------GCACGG--------------------------GCACAG---A---ATACAGCACA--GCA---C---ACAATACTACAC---AGTATA-
gi|16 : ACGGCACGGC-GCGATGGA-GCATGGC---------ACG----G--CAC--GATGCGGTACG---ATGCAGCATG--GCA---TAATgca
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGT--TCATCTG---TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TACAATGCAGCT-TAGA---GTACA-GCACACA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACAAT-ACAGTACACTT------CAAT-A-----GGATA-G-C-TTACATTACAGTACA--TCA--T--TACAGT-TTCAAATACAGCACAGT-GCAGGACA-ACAGGGT---------A------GCTTAC--AACACAGTACA---ATACAGTTCA--GTA---CAATACAATACTACAC---AGTACA-AAATCTAGCTCTACGCT--------TGCAATACAGCAC-ATG-----A--CAGTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGC-ATTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AG--ACTAC---ACAAATATAGC--TTGTAGTG---------AATTAAAATACCTTACTGTAC------ATTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC----A-TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGCAC--AGTA-----ATATGCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--ACAGA--G-T-ACAATGTAATTCAGTG-CTGTTATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC----AATA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAGGAAATGATA-----ACATGCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--ATAT---GAT-ACAATGCATTAGAAT--C-A-TATTTGActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-A---CAACA--ATA-------------TATGATACAA-C-CACA----TACA-ATACAAT-------G--------TCATACAAT----------ATAATA--AT-ACA-----ATA------CAGT----------TA-A-T-T-TCAATGCAACGCC--ACG--C--AACACT-T---AAT--------GT-ACAAAACA-ACATTGT---------ACA----A--TAT--AACACTGTATA---ATACAATGCT--GTG---CAATACAATACCAAACAATAATATA-A--CACTG---TATAATATAATTTGTGCAATACAACAC--TGTAAACA--CTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGC-AT-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAAC--ACTGT---GCAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC----A--A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT--------GT-------TGTGCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--ACA----G-T-ACAATACGAAACA------ATAATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAtccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGACACGA---CAAA---GTACG-GTACG---------G--------CAA---AGA----------ACGGTACGAT-ACGGTACGATA------CGGT-A-----CGATA-G-GCC-ACGATACAGTACAGTACGGAA--AACAGT------GTATGGCATGGC-ACGGCACG-GCACGGTACAGTAAAGA------A--TACAGAGCACGGTACT---GTACGGTACA--GCA---CGGCACGATACCGCAC---AGTACA-A--TACAG---TAAAAA--------CGCCATACAGTAC-A------------GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGT-GT-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT-------------ACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAA--------TA-A--ATTA----ATA-TA-----ACAGAATTTA-------A---TA----G-AA-T-T-GA---ATATA-ATACAAA-------G--------CAGTTCATT----------ACAATATGAT-ACAATGCAATA------TAAT-ATATAACAATA-AAG-T-ACAATACAATACA--ACA--CCATACAAC-T-CAAA-ATAACACAGT-ACACTACA-GAA---T---------A------A--TGC--AA---GG--CA---GTACAGTACA--ACA---TAACACAACACAACAC---ATTACA-A--AACAA---TAAGTT--------TAT--TACAATAC-A------------ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-ATGCAA-T--ATA---GTACA-ATACAAACTAATGCGATACTATTCAATACAGTGAGATGTAATACGATACAAT-ATAGTGCGATATCAAATCGAT-A-----CGATA-T-ACT-ACGACA-AATACA--A-G--A--TACATT-T---AACACAATACAAT-ATAATACA-ATACGAT---------AGTTACTA--TAC--ATTACGATAAG---AAACGATAGA---TG---CAATACGATATAATAC---AATATACA--TGTAA---TACGAT---------ACAATACAATAC-AAA-----A--GGGTACGGTAC
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA----AGTA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA-----------TA-----ATGTG--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTACAA---T-TCACCAAACATTAAAGCA-C-AATACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACtgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 888888888888 11 22222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222 111111 22222 22222222 2222222222 6666666666666666666666666666666 4444444444444444 111111 111 333333333333333333 55555555555 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11111 1111 222222 222222222 555555555555555555 222222222222222 111 11111111 222222 111111 444444444444 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 000000000000 88 3 1 0 3 0 00000 5 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 4 5555555555 2 5 4 666666 00000 11111111 5555555555 1 0000000000000000000000000000000 7 5 888 5 1 5 3 8888888888888888 999999 2 555 333 1 1 0 888 77 000000000000000000 7 55555555555 44444 11 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 33 3 22222 0000 4 666666 5 333333333 5 999999999999999999 99 111111111111111 555 0 11111111 0 1 33 77 333333 5 3 0 44 1 444444 1 0 22 1 99 1 1 111111111111 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............ .. . . . . . ..... . . .................................................................................................. . . .......... . . . ...... ..... ........ .......... . ............................... . . ... . . . . ................ ...... . ... ... . . . ... .. .................. . ........... ..... .. . .................................................................................................................................................................... . .. . ..... .... . ...... . ......... . .................. .. ............... ... . ........ . . .. .. ...... . . . .. . ...... . . .. . .. . . ............ ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 777777777777 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 0000000000 7 7 0 444444 00000 22222222 0000000000 7 3333333333333333333333333333333 1 0 000 0 0 0 4 1111111111111111 111111 0 666 444 1 0 2 888 99 444444444444444444 6 77777777777 33333 77 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 88 3 55555 6666 0 000000 7 999999999 7 999999999999999999 11 333333333333333 333 1 99999999 1 7 44 99 999999 7 0 6 66 7 444444 0 7 00 7 22 0 0 888888888888 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACGATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAG----------TGCAACGC--T----ACG-----------GTT-CA----AATAC-GGCAC--GGT-ACGGTACA-GCACGGTA-----C-A--------TACAA--CGCGGTACG---ATACAGTACAGCGCAATACGATACAACA---CAGTACAA--TA------CAG---TACGATCGCGATACAGTACA-G-----A-GGTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGANGCAATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A-A----GT---AATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAG----------TGCAACGC--T----ACA-----------GTT-CA----AATAC-GGCAC--GGT-ACGANACA-GCACGGTA-----C-A--------TACAA--CGCGGTACA---ATACAGTACAGCGCAATACGATACNACA---CAGTACAA--TA------CAG---TACGATTGCGATACAGTACATG-----ACGGTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGACGCGATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A-A----GT---AATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAATAAT-----GTGATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-A-TACA----CAGA---G-AGATGTACATAGATT---G--------CAATACATT----------ACAATACAATAATAATG---TA------CAAT-------GAT-GTGG-T-ACAATACAG----------TGCAATGCGAT----ACA-----------G---------AATGC-AACAC--AGTAATGAAACATGCATTATA-----C-A--------TACAC--AGAGAGACATACATAGATTACAATGCATTGCAATACAATAATGTGGTACAA--TA------CA-----ATGA-TGTGATATTGTAC--G-----ATGATGTGGTACA-----ATACAGTGCAATGCAATACAAAA-T-GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTT-A-CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCACAGTAA-TA-AAACATA----CAT--TATACATACAGAGA-A-A----GA---AATGTAC-ATAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T---G-T-ATAATG--AT---GTGAT-ATTGTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AATG------CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC------ATA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTATT---A-TG-CATTATAGTG-CAGAGCATA-ATACAGTGG-A--------------GTGCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--ACACAGTG-C-ATAGTAAAGTACAGTG-C-ATTATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG--A--TT-G---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATACT---A-TA-C
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgATGTGATAAAGTA---TAGTATAG--TA------TAG---TAT-ATCATGATAAAGTAT----------GGTACGGTACG-----GTACGACATGGTAGG--------------G-------TATGGT-AT-GGTA--NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NN--NNNNN---NNNN-NNNNNN--N----NNN---------NNNNNN--NNNNNNNNNNNNN------NTG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|13 : aatATAAAA-TAG--TGTT-ATATATTAA-A-T----ATTTCGATATG--ATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--ACAT---A-T-ACAATACAATGCAATA-C-A--ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTA-TGCAA-TGCAGATCAATACA-ATACAAAAAT----G--------CAATACAGT----------ACTGTTCAAT-ACAGTACAATG------CAATG----ACGTT-G-CG-C-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : at-T-ACAAAACAG----------TGCAGCGCATT----ACG-----------GTT-CAGTGCAGTGCAGGCACAGGGT-CAGGCACG-GCACGG-------------------GCA---CG-GGCACAGA-ATACAGCACAGCAC---ACAATACTACA---CAGTATA
gi|16 : acaaAC-GGCAC--GGC-GCGATGGA-GCATGGCA-----C-GG-------CACGA--TGCGGTACG---ATGCAGCATGGCATAATgca
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGT--TCATCTG---TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TAC-AATGCAGCT-TAGA---GTACA-GCACACA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACAAT-ACAGTACACTT------CAAT-----AGGAT-A-GC-TTACATTACAG----------TACATCAT--T----ACA-----------GTTTCA----AATAC-AGCAC--AGT-GCAGGACA-ACAGGGTAG----C-T--------TACAA--CACAGTACA---ATACAGTTCAGTACAATACAATACTACA---CAGTACAAAATC------TAGCTCTACGCTTGCAATACAGCACATG-----ACAGTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGC-ATTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AG--ACTAC---ACAAATATAGC--TTGTAGTG---------AATTAAAATACCTTACTGTAC------ATTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC----A-TATCAACATAACC-CAG--TTTA-GTACATCAGCACA----GT---AATATGCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--ACAGA--G-T-ACAATGTAATTCAGTG-CTGTTATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA---CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC----AATA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAG-G-AAATGAT---AACATGCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--ATAT---GAT-ACAATGCATTAGAAT--C-A-TATTTGActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-------ACA----ACA-------A---TAT-A-TG-------------------ATACAA-----------------C--CACA-T----------ACAA-----T-ACAATGTCATA------CAAT-----ATAAT-A--A-T-ACAATACAGTTAATTTCAATGCAACGC--C----ACGCAACACTTAATGTA-CA----AA-AC-AACAT--TGT-ACAATATA-ACACTGTA-----TAA--------TACAA--TGCTGTGCA---ATACAATACCAAACAATA--ATATAACA---CTGTATAA--TA------TAA---TTTG--TGCAATACAACAC-TGTAAACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGC-AT-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAAC--ACTGT---GCAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC----A--A-TAATATAACA-CTG--CATA-ATACAGT----------GT-----TGTGCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--ACA----G-T-ACAATACGAAACA------ATAATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAAC---A---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAtccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGA-CACGA---CAAA---GTACG-GTACG---------G--------CAA---AGA----------ACGGTACGAT-ACGGTACGATA------CGGT-----ACGAT-A-GG-CCACGATACAG----------TACAGTAC--GGAAAACA-----------GT---------GTAT-GGCAT--GGC-ACGGCACG-GCACGGTA-----C-AGTAAAGAATACAGAGCACGGTACT---GTACGGTACAGCACGGCACGATACCGCA---CAGTACAA--TA------CAG---TAAAAACGCCATACAGTACA----------GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGT-GT-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT-------------ACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAA--------TA-A--ATTA----ATA-TA-----ACAGAATTTA-------A---TA-----G-AA-T-T-GA---ATATA-ATACAAA-------G--------CAGTTCATT----------ACAATATGAT-ACAATGCAATA------TAATATATAACAATAA-AG-T-ACAATACAA----------TACAACACCAT----ACA-----------ACT-CA----AA-AT-AACAC--AGT-ACACTACA-GAA---TA-------A--------TGCAA-----GG--CA---GTACAGTACAACATAACACAACACAACA---CATTACAA--AA------CAA---TAAGTTTAT--TACAATACA----------ATACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-A-TGCAA-T--ATA---GTACA-ATACAAACTAATGCGATACTATTCAATACAGTGAGATGTAATACGATACAAT-ATAGTGCGATATCAAATCGAT-----ACGAT-A-TACT-ACGACA-AA----------TACAA-GA--T----ACA-----------TTT-------AACAC-AATAC--AAT-ATAATACA-ATACGATAGTTACT-A--------TACAT--TACGATAAG---AAACGATAGA-TGCAATACGATATAA--------TACAA--TATACATGTAA---TACGA-TACAATACAATACAAA-----AGGGTACGGTACT-----GT
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA----AGTA-CAACATAAAGACAT--AACA-ATACA-------------T---AATGTG--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTACAA---T-TCACCAAACATTAAAGCA-C-AATACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACAC-AAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACt
blockSeqs : C . TGC . TCT A G T GTT G TCATCTG CT A T C ACTTT A C GGTAAGGTATGGCATTGCACGGCATGGCACCACACGACACGACAAAGTACGGTACGG G GAGATGTAAT A . A TCAAAT ATATA AGCTT TTAATTTCAA C CACGCAACACTTAATGTACA T A AGG . C . C CAGTAAAGAA GAGCAC C GA GCA G A . AA TACATGTAATACGA G TGTAAACACT AAACT GA AGCGCAATATAGCAGTACAGCATTAATACAGTTTTGTGCAAAATAGTTTAAACAGTACGGTAGACTACACAAATATAGCTTGTAGTGAATTAAAATACCTTACTGTACATTTGCATAACT G AT T GAGGG TCTC G TA T GTGCAGAG . ATAGGAAATGATA CA ACAGAGAAT CAA ATGATG T AA CT CAGTG C A AC G GCTGT A AA A TT T A AACACAAAA TTG T TT AA AATAT T G G TACCGCAC CT TA TTTT C TA G ACAACA T
blockSeqs : . A . GAT T . . A C G . A C TAGAGCTAATAGCACGACATAATACAGTACAATGCAGCTTAGAGTACAGCACACAG G . A . A . G AGGCC . C ATTACGGTTCAGTGC T . G . T . T GTTACTA ATGC T . GCA A T . . TAGCTCTACGCT A ATGACA . AT GGTATGGTATGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCGCAG A C C . . C TA . AAGACAT . TTAAATATTTCG CA ACTGTCAA CT GCATT C GT . GAG . C GC A GCAT T TC A . T C AACATGA A . AG . A C . A ATAT CT AA TGC G . C ACAC A
blockSeqs : A G A . A T TATACGATACGATACAACGATATTATGCAATGCAGATCAATACAATACAAAAATG G . G . C . . AAAGT . C CATACAACTCA T . A . G . G CGG ACAC T . GTA A T . . CAGTAAAAA A AAAAGG . AA CAAACAATAATATAACACTGCATAATACAGTGTTGTGCAATACAACACTGTCAACACTGTGCAATACAACACTGTCAACACTGTGCAA A A C . . G AA . AAATAG . TCAGCACAGTA CA ACACAA C ATG A GT . TGA . T TC G ACAA T CA A . G T TCAACA G . TG . A . . A TA . TA TT A .
blockSeqs : C . . C T TAAATTAATATAACAGAATTTAATAGAATTGAATATAATACAAAG T . G . G . . ATACT . T TACAGTTTCA C . T . T . C GCT ATGC T . AAA G A . . CAATAAGTT C G . AT A A G . . A AG . ACCCAG . GTGGA CA GCAA T ACA C AT . TA . C AG A ACA T CT A . G C ATTG T . AA . A
blockSeqs : . . TGTCACTAGACAACAATATATGATACAA G . A . A . . GCGC . C GGAAAACAGT . . G . C . C TAA TTAC T . GCA A C . . TAGTATAT A A . GA A . . . . C A . ACACTG . GTGT . AGGA T ACA C G . AT . C AC G CA A CA G . T T
blockSeqs : . . . . G . . AAT . . TACATTT . . A . T . C A CG T . ACA G A . . TAATTTG . A . . . A A . A . TA . A . AG T T . G . C AA . AT A
blockSeqs : . A . T . . . A . . TG . A . . .
blockSeqCons : TACAGTTTCA********************* CGA************* *** *** TAGTATAT********** AA********* A* NA**** ACACAG*** NTAGAAA*********** CA NG**** AC ACAT** AACCG******* NG A****
originalCons : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACGATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAG----------TGCAACGC--T----ACG-----------GTT-CA----AATAC-GGCAC--GGT-ACGGTACA-GCACGGTA-----C-A--------TACAA--CGCGGTACG---ATACAGTACAGCGCAATACGATACAACA---CAGTACAA--TA------CAG---TACGATCGCGATACAGTACA-G-----A-GGTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGANGCAATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC----A-TA-CAACATAACG-CAG--TATA-ATACAGTAG-A-A----GT---AATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGTG-C-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACGT-A---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
finalCons : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TGCAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACGATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAG----------TGCAACGCTACAGTTTCA---------------------AATAC-GGCAC--GGT-ACGGTACA-GCACGGTACGA-------------TACAA--CGCGGTACG---ATACAGTACAGCGCAATACGATACAACA---CAGTACAA--TATAGTATAT----------CGCGATACAGTACAA---------GTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGANGCAATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATACNA----TA-CAACATAACACAG---TATA-ATACANTAGAAA-----------ATGTGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACANG----T-ACAATGCAATACAGTACAT--TATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAGAACCG-------CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 222 2222 222222 1 1 2222 888888888888 11 22222 44444444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222 555555555555555555 2222222222 111111 333333333333333333 4444444444444444444 3333333333333 111111 3333333333333 111 333333333333 44444444444444 11111 1111 33333333333333 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 11111 1111 1111 22222222 555555555555555555555555 222222222222222 111 11111111 222222 222222 55555555555 111 11 11111 1 222222222 11 3333333333 2222 11 222222
lowQualScore : 1 4444 000 4444 777777 3 1 3 4444 1 000000000000 88 3 1 0 3 0 00000 5 3 33333333333333333333333333 555 777777777777777777777777777777777777 5 444444444444444444 1111111111 3 3 5 0 4 444444 111111111111111111 1111111111111111111 22 66 4 8 4 66666 6666666666666 333333 8 66 66 0 1111111111111 000 5 77 2 5 333333333333 0 77777777777777 44444 11 0 0000 88888888888888 4 8 8 4444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 33 3 22222 0000 4 6666 55 0 44444444 5 11 000000000000000000000000 99 111111111111111 555 0 11111111 0 1 33 77 333333 5 3 0 44 111111 1 0 22 1 99 1 1 00000000000 222 0 8 77 11 77777 7 0 1 777777777 11 0 1111111111 0 2222 1 33 1 555555 1
lowQualScore : . .... ... .... ...... . . . .... . ............ .. . . . . . ..... . . .......................... ... .................................... . .................. .......... . . . . . ...... .................. ................... .. .. . . . ..... ............. ...... . .. .. . ............. ... . .. . . ............ . .............. ..... .. . .... .............. . . . ....... .................................................................................................................... . .. . ..... .... . .... .. . ........ . .. ........................ .. ............... ... . ........ . . .. .. ...... . . . .. ...... . . .. . .. . . ........... ... . . .. .. ..... . . . ......... .. . .......... . .... . .. . ...... .
lowQualScore : 0 0000 555 0000 555555 3 0 3 3333 0 777777777777 33 2 4 8 8 8 00000 7 7 88888888888888888888888888 333 666666666666666666666666666666666666 7 777777777777777777 9999999999 1 1 0 2 2 444444 888888888888888888 1111111111111111111 88 11 4 2 4 22222 7777777777777 111111 5 99 99 2 4444444444444 000 7 99 3 7 666666666666 4 66666666666666 33333 77 7 8888 55555555555555 6 0 0 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 88 3 55555 6666 0 6666 99 1 66666666 7 11 000000000000000000000000 11 333333333333333 333 1 99999999 1 7 44 99 999999 7 0 6 66 999999 0 7 00 7 22 0 0 00000000000 444 8 0 00 00 88888 0 0 2 555555555 88 2 0000000000 8 8888 0 88 0 777777 0
consensus : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TG---CAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGTTT-AAATACGGCAC-GGC-ACGGNACA-GCACGG--TA----CN-------ATACA--A--CGCGGTACGATAC--AG--TACAGCGCAATACGATAC-------------AACA---CAGTACA-A--TATAG-TNTA---T-CGCGATACAGTAC---A----A-----GTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGANGCAATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC---AATA-CAACATAA--CACAG-CATA-ATACAGTAGA---A----A-----ATG------TGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGT-AC-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AACACGA--CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
Reference ( family-2099 ) : TTANCAGAAAGAATTAAATGCGATGCACAATATGACGTTTACANCTATTAAGACA-GANAAT-ATG-T-ACAATACTNTATAAT--T-----G---TACAA--TACAGTACTGTACCGTANAATACA-----GAACAGTACAGTAT--TA-A--GNTA----ATAGTA---CGACATGATACA-------A---TAC-A-TG---CAA-T-CAGA---GTACA-GTACAAA-------G--------CAATACAGT----------ACGATACGAT-ACAGTGCGATA------CAAT-----ACGAT-A-GG-T-ACAATACAGTGCAACGC--T----ACAGTTTCAAATACGGCAC-GGT-ACGGTACA-GCACGG--TA----CG-------ATACA--A--CGCGGTACGATAC--AG--TACAGCGCAATACGATAC-------------AACA---CAGTACA-A--TATAG-TATA---T-CGCGATACAGTAC---A----A-----GTACGGTACA-----GTACGNTACGATACGANGCAATA-A-GCAG-------TACGGT-AT-AATAC-AGCGTTGTG-C-CAC---GAAAAC-GGTTTAA-CA-TACGGT--AC--ACTAC---GCAA-TATAAC--T----GTG---------AATTAG--TGCGATACTGTAC------GTG-GCGCAA--TACAGTACA-GCANTGTACAGCA-----CAATA----CGATAC---NATA-CAACATAA--CACAG-TATA-ATACANTAGA---A----A-----ATG------TGCAATACAACA----CA--A-----TAC--GTTACAAT---ACG--ATACTGTAAA--ACAN---G-T-ACAATGCAATACAGT-AC-ATTATNTGACGCNGTATAAT--ACAGTGCAGTGCANTACAGNACAG--AAC-CG---CAGC--GCAGTACA-ACACNGAATAA--TACA----GAATA-CAATATAC-CGCANAGCACTACAT-----TA---TACAATATTC-ANTACAGT--ACAATANAGTACG--NTACTNTACAGTGACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|1 : TTAACAGAAAGAATTAAA---GATGCACAATATGACATTTACAAC-ATTAAGACA-GATAAC-AT--T-ACAATATTATACAATAAT-----GTGATACAA--TACATTGATGT--TGTACAATACA-----GAGCAATGCAATAC--AA-AATGATAC---ACAGTAATTCAACATG-CATT-------A---TAC-A-TA---CA----CAGA---G-AGATGTACATAGATT---G--------CAATACATT----------ACAATACAATAATAATG---TA------CAAT-------GAT-GTGG-T-ACAATACAGTGCAATGCGAT----ACAG-----AATGCAACAC-AGTAATGAAACATGCATTA--TA----C--------ATACA--C--AGAGAGAC-ATACATAGATTACAATGCATTGCAATAC-------------AATAATGTGGTACA-A--TACAA-TG-A---T--GTGATATTGTAC---G----ATG---ATGTGGTACA-----ATACAGTGCAATGCAATACAAAA-T-GCTG-------CACAGTAAT-AAAACTAACATTATA-CATACCGAGAAAGA-GATTT-A-CA-TAAATT--ACAAATTACATTACAA-TATAATAAT----GTGATACTGTACAATTA---TGTGATATTGTACGATGATGTG-GCACAA--TACAGT----GCAATGTAAAACA-----AAATG----CAGCACAGTAATA-AAACAT-----ACAT-TATACATACAG-AGAAAGA----A-----ATG------TAC-ATAGATTA----CA--A-----TAC--ATTACAAT---ACA--ATAATGTGAT--AC-T---G-T-ATAATG--AT---GTGAT-ATTGTCTGATGATGTGT--T--ACAATACAGTGCAATGCAAAACAA--AA--TG---CAGC--ACAGT----------AATAA--AAC-------ATA-CATTATACATGCAGAGAAAGAGATGTTCATAAATTACAATA--C-ATTACAAT--ACAATAATGT--G--GTACTGTACAATG
gi|10 : actaatcccatgtggttccgggatgcttgtttaagtaatagagttgggatcattgctatcctatagctgattgtaaaagacaacaagattgggctcttgtaaagtttgattatgtcttttgtttctaatgtttttgtagtttttctaagtttattcagaatattccagcttccaggatcagtcaagttatgatggaacagttcagttagcttgtcctgagagaatttgcttaatgtagcctgtggtggcttcacacactccagtTACAGTAC------ATA-G-------TAAAGTGCATGCATTATAGAACAGAGGGCAGTA----TGGTAT---TATG-CATTATAGTGCAGAG-CATA-ATACAGTGGA----------------G------TGCATTATAGCA----CA--GAGAATTA-----TACAGT---GCATTGTATTAAAAA--ACACAGTG-C-ATAGTAAAGTACAGT-GC-ATTATAGTACAAAGTGTAAT--ACAGTGGAGTGCATTAAAGAAAAG---AT-TG---CAAT--ACAGTACATGCATTTAATAG--TACA----g
gi|11 : GTACC-GCACTGCACAGCA-----CCATA----CCATAC---TATA-C
gi|11 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatgTATGGCAT-AGC-ACGGCACG-GCACGG--TA----gatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgtatggcatagcacggcacggcacggtatagtgtaaa
gi|12 : agtatggtatggcatgaagtggcgtggcgtggcatggcgtgagggatggtatagtatggtatggtgctgtgcagtgcggtacgatgcggtgtggtgctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagacatggtgaaacaatatatagtagtgATGTGATAA-------------AGTA---TAGTATA-G--TATAG-TATA---T-CATGATA---------A----A-----GTATGGTACG-----GTACGGTACGACATG-----GTA-G-G--G-------TATGGT-AT-GGTA--NNNNNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNNNN--NN--NNNNN---NNNN-NNNNNN--N----NNN---------NNNNNN--NNNNNNNNNNNNN------NTG-GCGCAG--CACAGCACA-GCACAGTACAGCA-----CAGTA----tagtgtaaa
gi|13 : aatATAA--AATAG-TGTT-ATATATTAAA---T----ATTTCGATA------TG--ATACGATG----CA--A-----TAC--GATGCGAT---ATG--ATACGGTAAA--ACAT---A-T-ACAATACAATGCAAT-AC-A--ATTTTATGTCGTACAAT--GCAATGCAACGCATTACAACACAaagaagcctt
gi|14 : tAACATTACAGTAT--TA----------------TA---CGATACGATACA-------ACGATATTA-TG---CAA-TGCAGATCAATACA-ATACAAAAAT----G--------CAATACAGT----------ACTGTTCAAT-ACAGTACAATG------CAATG----ACGTT-G-CG-C-ACATTAatataatataatatacaaataacctgat
gi|15 : at----------ACAATACAAA-ACAGTGCAGCG------CATT-----AC------GG-T-TCAGTGCAGTGCAG-GC-------ACAGGGTCAGGCACGGCACGGGC-ACGG-----GCACAGAATA----CA-------GCACAGCA--CACAATACTACAC--AG--TATAGC
gi|16 : ACGGCAC-GGC-GCGATGGA-GCATGG--CA----CG-------GCACG--A--TGCGGTACGATGC--AG--CATGGCATAATa
gi|2 : gcgcggcacggcTTACCAGAAA----TAAATGCGATGC----TATGATGTTT---TCTATTAAAACAAGAGAAT-ATG-TTAGAATACAGCATAGT--TCATCTG---TACAGCTTACAGTACTGTACTGTACAATACT-----GGACAGCACAGTAT--TAGA--GCTA----ATAGCA---CGACATAATACA-------G---TAC-AATG---CAGCT-TAGA---GTACA-GCACACA-------G--------CAATACAGT----------ACAATACAAT-ACAGTACACTT------CAAT-----AGGAT-A-GC-TTACATTACAGTACATCAT--T----ACAGTTTCAAATACAGCAC-AGT-GCAGGACA-ACAGGG--TA----GC-------TTACA--A--CACAGTACAATAC--AG--TTCAGTACAATACAATAC-------------TACA---CAGTACA-AAATCTAGCTCTACGCT-TGCAATACAGCAC---ATGACA-----GTACAACACA-----GCACATTACAGTACAGCGCAATATA-GCAG-------TACAGC-ATTAATAC-AGTTTTGTG-C--------AAAAT-AGTTTAAACAGTACGGT--AG--ACTAC---ACAAATATAGC--TTGTAGTG---------AATTAAAATACCTTACTGTAC------ATTTGCATAACTTACAGTACA-GCAGTGCACAGCA-----TAACA----CGATAC----ATATCAACATAA--CCCAG-TTTA-GTACATCAGC---ACAGTA-----ATA------TGCAGTACAACA----GG--A-----TAT--CTTACAAT---ACA--GTAAAGTAAA--ACAGA--G-T-ACAATGTAATTCAGT-GCTGTTATTTGATACAGTATAGT--AAAGTACAGTTCAGTACAGTACAG--AACATGA--CAGC--GCAGTACA-ACACAGACTAA--TACA----GAATA-CAGTATAC-CGCACAGCACTACAT-----TA---TACTATATTTTACTACAGT--ACAGTAGAGTACA--CTACTTTACAGTAACTGTAAGCCGTGCTGTTCTGAGCGTTGTGCTGTGCTGTGATGTGATGTGTCGACATACTGTATTGTGCGGTATGTACTGTTCAATAGTGTGTGGTGCAGTGCGGTGCGGTCAAAAATATAATGTAATTTACTGCACAAC
gi|3 : CA-----CAATG----CATTAC---AATA-CAACATGA--------TATA-ATAAAATAGG---A----A-----ATGATAACATGCAATATAAC---------A-----TAT--GTTACAATATGATG--ATACTATATT--ATAT---GAT-ACAATGCATTAGAAT--C-A-TATTTGActtcttttacatt
gi|4 : ctgatcctgtgtggttctggagtgcttgtttaagcaatagaattgagaccactgcatccccatagcatgatcggaaaaggtgacaaaattgggctcttgttaaatttggttgtgtcctttatttcaaatgttgaaatgttccaagttgattttttagttttggtatttcattacctatgatgtatttataggtaattttaagtatcctactttattcacaatatactatattctagcttctttgagtagtggagtaacgattgaacaattcagttagcttttcctgattatttggagaaaattggcttaatgtgacctgttttataagtatcggtagagagtgttggcctcacagtcaagtttaagagaaaaaatatgcacaatgacattcacaacattaaaaactgctatgcaacattatagttcaaaatacaatgtatacagagacagacattcatagacaatgagatacaatatgataaaaatagagaatatggcttgatgatatgataatggtatgctacaggacgatacaatacaaaactaacattacgtcagtcgatacacagagggacaggcacacataaattatattaaaaaaatcgcaacattacaaaatatattaccagtagatacaaagagaaacataCGTAGAATACAACTTTGAACAATATAGCAT--T-----GTCA----CTAG-------ACA----ACA-------A---TAT-A-TGATACAA-C-CACA----TACA-ATACAAT-------G--------TCATACAAT----------ATAATA--AT-ACA-----ATA------CAGT---------T-A-AT-T-TCAATGCAACGCCACGC--A----ACACTT---AAT---------GT-ACAAAACA-ACATTG--TA----CA-------ATATA--A--CACTGTATAATAC--AA--TGCTGTGCAATACAATACCAAACAATAATATAACA---CTGTATA-A--TATAA-TTTG---T--GCAATACAACACTGTA----AACACTGTGCAATACAAAACTGTACAATACAATACCAAACAATA-ATATAA-------CACTGC-AT-AATAC-AGTGTTGTG-C--------AATAC------AA-C---ACTGTCAAC--ACTGT---GCAA-TACAAC--------------------ACT-G--T-CAACACTGT--------------GCAA--TACAAAAC------TGTACAAAA-----CAATA----CCAAAC---AAT---AATATAA--CACTG-CATA-ATACAGTGT----------------TG------TGCAATACAACACTGTCA--A-----CACT-GTT-CAAT---ACA--ACACTG---A--ACA----G-T-ACAATACGAAACAAT-A-----ATATAACACTGCATAAT--ACAGTGTTGTGCAGTACAACACTGTCAA--CA---CTGT--TCAGTACA-ACACTGAACAG--TACAATATGAA-A-CAATA-----ATATAACACTGCAT-----AA---TACAGTGTT---GTGCAGT--ACAAtccata
gi|5 : ccaCAGTACAGTACGG---AATACA-----GA---GTATGGTATGGTA-A--GGTATGGCATTGCA---CGGCATGGCACC-------A---CACGA-CA---CGA---CAAA---GTACG-GTACG---------G--------CAA---AGA----------ACGGTACGAT-ACGGTACGATA------CGGT-----ACGAT-A-GG-CCACGATACAGTACAGTAC--GGAAAACAGT-----GTATGGCAT-GGC-ACGGCACG-GCACGG--TA----CAGTAAAGAATACA--GAGCACGGTACTGTAC--GG--TACAGCACGGCACGATAC-------------CGCA---CAGTACA-A--TACAG-TAAA---AACGCCATACAGTAC--------A-----GCACGGTAAA-----GAACATTACACTGCAAATCAAT----GCAAATTCTCTTACAGT-GT-AGT-C---TGTTATGTT-CACA--GAAAACTGGTTTAA-AA-Tc
gi|6 : ACA-GAAGATTATGAT-ACAAAACTTTATAAT-------------ACAA--TACAGCACTGTACCATAAAA-A-A-----GACTAGAA--------TA-A--ATTA----ATA-TA-----ACAGAATTTA-------A---TA-----G----AA-T-T-GA---ATATA-ATACAAA-------G--------CAGTTCATT----------ACAATATGAT-ACAATGCAATA------TAATATATAACAATAA-AG-T-ACAATACAATACAACACCAT----ACAACTCAAAATA--ACAC-AGT-ACACTACA-GAA-----TA-------------ATGCA--A--GGCAGTACAGTAC--AA--CATAACACAACACAACAC-------------ATTA---CAAAACA-A--TA-AG-TTTA---T------TACAATAC---A----A------TACGATACA-----ATGAGATGCGATACGATGCGATA-gtaacagtcggcag
gi|7 : acagtA---CGATATGATACATAACAATA---TAC-A-TG---CAA-T--ATA---GTACA-ATACAAACTAATGCGATACTATTCAATACAGTGAGATGTAATACGATACAAT-ATAGTGCGATATCAAATCGAT-----ACGAT-A-TACT-ACGACA-AATACAA-GA--T----ACA-TTT--AACACAATAC-AAT-ATAATACA-ATACGA--TAGTTACT-------ATACA--T--TACGATAAGAAAC--GA--TAGA-TGCAATACGATAT-------------AATA---CAATATACA--TGTAA-TACG---A-TACAATACAATAC---A----AAAGG-GTACGGTACT-----GT
gi|8 : TGCAGCA-----CACTGTCTCCAATAA---AGTA-CAACATAA-----AGACATA-A--CAATACA---T----A-----ATG------TG--ATACAACA----CACAA-----TACAAGTTACAAT---A-G--A-ATT-TAAACTACAA---T-TCACCAAACATTAAAGC-AC-AATACAAGATGCAATACGGTTTACAGTACAATGAATTACAGTACAA--AACACAAAACAGTTTGCAATAAA-ATACAACATAAAATGCA----GAACAGCAATATA-------AACA--ATAT-----TA---TACACTATGC-AATACAATTAACAATACAATACAACATACTATACt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAGTAATATAACATAGTAATATGATGTCTAGTAATATTGCACATAGTGGTATGACACAATGATGCTCAGTAAAGTGACTGGTTTATGACACAGAAATGTGACACAGTAATCTGACATAATATATAATGTGACCCAGTAAAACTGAATACATAAATGCAACTCGCACTAATATGATACACAATTATATGATTCGCAGTAATATGGCACACTGCTACTGAATGTGACTTGCAGTAATATAGTACACAGTTATATGACTAATACATGTACAAC
Unaligned ( gi|17 ): AGTATGGTATGGTATGGTATGGCCTGGCATGGCATGGC