lowQualScore : 111111 44444444444444444 11 222 1111111111 1 111111 11 33333333333333333 111111 1111111 3333333333333333333333333333333 333333333333 111111111111 11 11111 11111111
lowQualScore : 444444 777 777 88888888888888888 4 4 77 5 1 666 3 55 555 0 444 66666 2 7 0000000000 33 2 3 000000 2 0 22 33 0 66 2 00000000000000000 2 6 1 888888 5555 2 22 66 55 33 4444444 444 2 7777777777777777777777777777777 55 2 44 9 2 0 6666 3 555 5555 2 333333333333 2 2 555555555555 1 88 22 6 55555 0 55555555 7 1
lowQualScore : ...... ... ... ................. . . .. . . ... . .. ... . ... ..... . . .......... .. . . ...... . . .. .. . .. . ................. . . . ...... .... . .. .. .. .. ....... ... . ............................... .. . .. . . . .... . ... .... . ............ . . ............ . .. .. . ..... . ........ . .
lowQualScore : 666666 888 888 88888888888888888 0 0 66 2 9 444 1 88 444 2 222 77777 5 8 9999999999 44 7 8 111111 4 7 55 55 7 44 5 44444444444444444 5 4 8 444444 0000 1 99 44 33 22 2222222 444 5 7777777777777777777777777777777 99 8 77 6 5 2 5555 8 444 7777 7 444444444444 9 4 111111111111 1 66 66 2 44444 9 77777777 9 0
consensus : ATCACTGAACAAAAT-----TTCTAA---C---C--T--G-C--C--C--GGTTT-T-TTTN-ACATTGNAAG---CAAAC-CAACAA---ACGC-ANC-----TTATCA-ATATTAAA----------A--CATCTTTTAAT-----ACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATT-TCATTGAAAATAAACG-AGT-AGT----NA--AAT--CGTAAC-ANTTGATTAA-----NT----AATG-TCACCCT--CATA-ACAAAAA--G--TCA--NA-AAAT---CAG-TAACAG------C-G-----TC----GT-TC-AGC--TATTT--CAATACCTCGTATGGCCCCCTCCT----GCGGCGACAA---CA----G-C----A---C---ATCT-CGCC---CTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCGCCCGTG--T---GAATCACGTCACGCTC
Reference ( gi|5 ) : ATCACTGAACAAAAC-----TTCTAA---C---C--T--T-C--C--C--GGTTT-T-TTTA-ACATTGAAAG---CAAAC-CATCAA---ATGC-TGC-----TTATCA-ATATTGAA----------A--CATCTTATAAC-----ACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATT-TCATTGAAAATAAACA-AGT-AGT----AA--AAT--TGTTAC-ATTTGATTAA-----GT----AATG-TCACCCT--CATG-ACAAAAA--G--TCA--GA-ATAT---CAG-TAACAG------A-A-----TC----GT-TG-AGT--TATTT--CAATATCTTGTATAGCCCCCTTCT----GCGGTGACAA---CA----G-C----A---C---ATCT-CACC---ATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCGCCCATG--T---AAATCATGTCATGCTC
gi|1 : ATTACTACACAAGGCATCATTTCTAA---C---C--G--G-CCAC--C--TGTTT-T-TGTT-ACATTGCGGG---CATAC-CAACAA---ACGCATGT-----TT-TCA-A
gi|6 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtTCACTGAACAAAAC-----TTCTAA---C---C--T--G-C--C--C--GGTTT-T-TTTA-ACATTGAAAG---CAAAC-CAACAA---ATGC-TGC-----TTATCA-ATATTGAA----------A--CATCTTTTAAT-----ACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATT-TCATTGAAAATAAACA-AGT-AGT----AA--AAT--TGTTAC-ATTTGATTAA-----GT----AATG-TCACTCT--CATG-ACAAAAA--G--TCA--GA-ATAT---CAG-TTACAG------A-A-----TC----GT-TG-AGT--TATTT--CAATATCTTGTATAGCCCCCTTCT----GCGGTGACAA---CA----G-C----A---C---ATCT-CACC---ATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCACCCATG--T---AAATCATGTCACgcataaatgt
gi|3 : CACTGAACAAAAT-----TTCTAA---C---C--G--G-C--CACCTAGGGTT-T-TTTA-ATATTTAAAG---CTAAC-----AA---ATGA--GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------A--CTGCTTTTAAT-----ACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATT-GCATTGAAAACGGATG-AGT-TGT----TA--AAT--CATAAC-ATTTAATTAA-----AC----AGTG-TAACCCT--AATA-ACAAATT--G--TCA--CA-AAGT---CGG-TACTAA---------------C----GT-TGTAGCAATATTC--TAATACTGTGTATGACCACCGTTT----GCAGCGATAA---CT----G-C----AAGGC---ACCT-AGCT---CTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTTGCC
gi|20 : aacgtagaatacacaatgtaCACTGGACAAAAT-----TTCTAA---C---C--TGGC-CA-C--C--TGTTC-TATTTC-ACATTCCAAG---CAAAC-CAACAA---ATGC-ATC-----TTATCA-ATATTATA----------A--CATCTT
gi|7 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAATCCAAT-----TTGTAA---C---CGAT--CAC--C--T--GGTTC-T-TTTT-ACATTCCAGA---CAAAC-CAACAA---ATGC-ATC-----TTATTA-ATATCAAA----------A--CATCTTTTTAA-----ACAT-TTTGTTTGATATGT----ATTAAATT-ATACGAAAAGTGAATATTGTCAGT----AA--GAG--CGT--C-GTTTATTTCA-----GTGCCGAGTA-TGACCCT--tca
gi|15 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacCACAAAACAAAAA-----TTTCAA---C---CGGT--C-A--C--C--TGTCT-T-TT-A-AAACTGAA-G---CAAAC-GAGTAA---AAGC-AAC-----TGGTCA-ATATTAAA----------A--TA-CTTTTAAT-----ACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTT-TCATTGAAAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|21 : CACTGAAAAAGGT-----TTCTAA---CTGGC--T--A-C--C--T--GATTT-T-TTTTTACATTGCATG---CAAAC-CA--AC---AT--------------TCACATATCAAA----------A--CATTTTTTAAT-----ATAT-TCTATTTGAGATGTaggaatgagttgtttaacggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|12 : acaaatgtattaaactatgtttCAAAAT-----ATCTAAACGC---C--C--A-C--T--T--GCTGT-T-TTTA-CC-TTGGAGG---CAAAC-CAATAA---ACGC-ATC-----TAATCA-ATATTAAA----------A--CATATTTCAAC------CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCA--AAGCA-TCATTGAAAATAAACG-AGT-GGT----GA--A-------CACCAATAGATAGA-----TT----AATG-TCACCCT--CAGA-ACGAAAA--G--TCA--GA-AAAT---CAA-CAAAAG------T-G-----TC----GT-AC-AGC--TATTT--CAAttgta
gi|9 : tatgacaataatatatattatgAAT-----TTCTAA---C---C--A--G-A--CAAC--TGTTTCT-TTTC-ACATTAGGAGTAACAAACACAT-AT---AT-----C-----TAATCA-ATATTTAA----------A--CATCTTGTAAT-----ACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATG-TCATT-----------------------------T--CATAAC-ACTTGATTAA-----TT----AATA-CCATCCT--T-------AAAA--G--TCAC-AA-AAAT---TAATTAACAG-----------------------TG------TATTT--CATTTCCTCGCATTGCTCTCCTC-----G----GACAA---CA----T-T----A---CCT-ATC--CACCCAAACAA---CAGA-ATAA
gi|13 : tgcaatgtattgctgactatacggctgtgaatttatattcgcccatgtctgaaacccgtcatgttccagttgtccaaTT-T-GTTA--CATTGGAAT---CAAAC-CACCAATAAACAC-AGC-----TTATCA-ATATT-AA----------A--CA----ATAACTCAATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATG-TCGTTGACAATTAACC-AGA-AGT----TA--AAT--AGTAAT-AATTGATCAA-----AT----AATG-TCACCAT--CATA-ACAAAGT--G--TCGCCAA-AT------------CAG------A-A-----TC----GT-TC-AGC--TATTT--CAATATATTATATGTCCCag
gi|19 : aGGAAG---CTAAC-CAACAG---ACGC-ATC-----TTATAA-ATATTATA----------A--CATCTTTTAAT-----ACAT-TCTATTTCGGATGTTCGCAAT--GTT-TCATTGAAAATAAACA-AGT-AGT----TA--AAT--CGTAAC-A----ATTAG-----TT----AATG-TAACCCA--TATA-ACAGAa
gi|14 : AAAC-CAACAA---ACAT-ATC-----TTATCA-ATAATAAA----------ATACAT-TTATA-T-----GCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATT-TCATTGACAATAGACG-AGT-AGT----TC--AAT--AGTAGC-ACTTGATCAA-----AT----AATG-TCACACT--CATG-ACAAAAA--
gi|26 : AAAC-TAACAA---ACGC-ACC-----ATAACA-ATATTAAA----------A--CATATTTTAGC-----ACAT-TCTATT---GACGTTagcaggtcatagattttgttcagtgtatactgtgtgtcttatttcat
gi|25 : tC-----TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGA--CATATTTTAAT-----ACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATG-TCATTGAAAATACACA-AGT-AGT----TA--AGT--attaa
gi|8 : -----TTATCG-CTATTAAA----------A--CATATAGTTAT-----ACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATT-TCATTGAAAACAATCG-AGT-AGT----TT--TAT--CGTACC-AATTGATTGATCAATTT----AATA-CCACCAT--CAGA-ACAAAAC--G--TTA--CA-AAAT---CAG-TAATAT------C-C-----TT----GT-TC-AGC--TATTC--CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCA----G-C----A---CGATATCT-CGCC---CTCA---TGGATACAAg
gi|22 : atacagaatacactgaacaaaatttctagccgccacttaattggttacattgcaaggacaccaaataaatcaacaaaaaaaaaacaacaaacaaaaagtattA-ATATTAAA----------A--CAGCTT--------------------TTGAGATGTTTTCAGAAAATG-TCACCGAAAATAAACA---T-A-T----------T--TGTAAT-AAGTGGTTTA-----TT----AATG-TCGCCCT--CATA-GCAAAAA--G--TAA--AA-Aag
gi|17 : AA----------A--CATATTTTATT-----ACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATT-TTATTGAATATAAACC-AGT-TGTTA--AA--AACAGTGTAAC-ACTTCATTAA-----CT----ATTG-TTACTCT--CATA-ACAAAAA--G--TCA--CA-AAAA---CAG-TAACAG------A-aa
gi|4 : aatcTCTTTTAAT-----GCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTT-TCATTAACAAT--AC--AGT-AGTCTTCGACTAAT--CGTAAC-AGTTGATTAAT----TT----TGTG-TCAATCT--CGTA-ACAGAAACTC--TCA--AA-A-AT---CAG-TTACAG------C-A-----TC----GT-TA-ATC--TATTTG-TAATACCGGGTAT-GACCCCTTC------CGGTGGCAA---CA-----------A---C---AGCTACCCC---AGCA------ACATAAtatttcatcgtattcca
gi|11 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagaAAT-----GCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAA-AAA---TCA-TAACAATTGATT-AAT-AAT----AA--TAT--TG---------------------------ATG-TCGCCCTGACATA-ACAAAAA--GTTTCA--AA-ATaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|1 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaGATGTTTTCAGAAAATA-GTATTATAAGTAAACA-AAG-AGT----AA----------TAC--TTTA--TAA-----AT----AACGCTCACGTT--CATA-GCAAAAA--G--TAA--AAGACAA---CAA-CAACAACACCGTA-AAAACGTC----GT-TC-ATG--TATTT--CACTACCTCGT
gi|18 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccTCTAAATATATTCTTTTTGAGAATAAACA-AAC-AGC----TA--AAT--CGTGAA-ATT-GATTTA-----TT----AATG-TCACCAT--CATA-TCATAAA--G--TCA--CA-CAAT---CAG-GAACAG------C-G-----TG----GT-TC-AAC--TATTT--CAATACATCGTATagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|24 : AC-GTT--ATTAA-----CT----GATG-TCACCCT---------AAAAAC-G--TCA--CA-AAAT----AG-TAACCGT-----G-A-----T-----GT-TG-AAC--CATTT--CAACGCCTTGTGTGGATCCCTCCT----GCGGTcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|10 : ttg----AATG-TGACCCT--CATA-ACGAAAA--G--TCA--CA-AAGT---TAG-TAACAG------T-G-----TG----GC-TC-AGT--TATTA--CAATGCCTCATTTGGACCAATCCT----GTGGAAACAA---CA----G-T--------T---ACCC-CACC---A--A---CAGA
gi|10 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgaccaacatATG-TCACTCT--CATA-ACAAAAA--G--TCA--CA-A-AT---CAG-AAACAG------T-G-----T-----GTGTC-ATC--TATTT--CATTACCTCATATGGACAGTTCCT----ATGGCAACAA---CAAGACG-C--------C---ATCT-CGCC---CTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCGGCCCATGTCT---GTATCAGGTCACACTC
gi|2 : tATG-TCACCCT--CGTGGACACAAT--G--T---------AT---CGC-TGA-AG------ATA-----CT----GC-TG-TGGAATATTCACCAAAGTC--ATATGGCCCCCTCCT----GTGGCAACTA---AA----G-CCATGA---A---ATGT-CGCC---CTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|7 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatc-ACGAAAA--G--T----GA-ATATTGTCAG-TAAGAG------C-G-----TC----GT-T-------TATTT--CAGTGCCGAGTATGACCCTGTCCT----GCGGCAACAA---CA----G-C----
gi|16 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaaT---TAG-CAACAG------C-A-----TCTGTCAT-TC-AAC--TATTC--CGTTACCTCAAATTGACCCCTCCT----GTGGTAACAA---CA----G-TACG-A---C---ATAT-CGTC---CCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-----------GCCTGTC--T---GAATTACGTTCCGCTCataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|2 : agCAG------C-A-----TC----AT-TT-GGC--TATTT--TAATACCTCTTATGGCCCCCTCCT----GTGGCAACAA---CA----G-CTATGA---C---ATGT-TGCC---CTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTCACCTATG--T---cagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|23 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCTCGTATGGGCCACGCCT----GCAGCAAAAA---CA----G-C----ATGAC---ATCT-CGCC---CTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATTC---------T---AAATCATGTCcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|1 : GACAA----A----GTC----A---T---ATAT-CGCC---TTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTCGCCTGTG--T---tt
gi|4 : ctatctcagaaaaaacac----G-C----A-------ATGT-CAAC---CTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTGGCCCATGCCT---GGATCACGTCGCGCTCctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|11 : aacaatactat----G-C----AT--C---ATCT-CGCC---CTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTCGCCAATG--T---C--TGA-GTCATGCTaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|9 : ctAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTCGCCCATG--TCTGAAACC-CGTCATGTTCtcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111111111111111 11111111111111111 333333333333 22
lowQualScore : 77777 555 6666666666666666666666 4444 2 44 4 77777 999999999999999999 444 888888 2 33 2 9999999999 0 2 2 3 2 8 0 55555555555555555 3 777777 2 2 33 2 2 1 9999999999 33 444 33 77777 1 2 2 1 55 2 2 1 1 777777 4444 2 555555555555 2 4444 6666 0 555 4444 00 55
lowQualScore : ..... ... ...................... .... . .. . ..... .................. ... ...... . .. . .......... . . . . . . . ................. . ...... . . .. . . . .......... .. ... .. ..... . . . . .. . . . . ...... .... . ............ . .... .... . ... .... .. ..
lowQualScore : 77777 444 0000000000000000000000 4444 9 99 8 11111 777777777777777777 777 777777 9 44 4 7777777777 1 0 1 2 4 9 2 66666666666666666 6 222222 2 2 11 2 4 0 7777777777 11 111 44 11111 6 4 7 6 66 4 2 8 0 222222 7777 2 666666666666 5 8888 4444 2 444 8888 00 00
consensus : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAAC---C---NG---C--C--C--G---GTT--T-T-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GTC-ACAAA----------A--T---CA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCGCC--CGTG-CT--GAATCACGTCGCGCTC
Reference ( family-2002 ) : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAAC---C---TG---C--C--C--G---GTT--T-T-TTTN-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCANC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTN----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GTC-ANAAA----------A--T---CA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCGCC--CGTG--T--GAATCACGTCACGCTC
gi|1 : CGACAA-------A----GTC----A---T---A-TA---TCGCCTTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTCGCC--TGTGTCT--GATTAACATCGCGCTC
gi|1 : ctatctcagaaaaaacaATTACTACACAAGGCATCATTTCTAAC---C---GG---C--CACC--T---GTT--T-T-TGTT-ACATTGCGGG-----CA---------------------------------------------TACCA-ACA--AAC----------GCATGTTTTC-AAAC---------TGA--TGTTTTCAGAAAATAGTATTA-TAAGTAAAC------------A--AA-----GAGTAATACTTTAT-AA-----ATA-ACGCTCACGTT--CATAGCAAAAA-GTA-AAAGACAACAACAACA--A---CACCGTAAAAAC----GTCGT-TCATG--TATTT-CACTACCTCGTGGTGACACCATCTT-TGGCAGCTA------CA----G-catttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|10 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtat-ATG-TCACTCT--CATAACAAAAA-GTC-ACAAA-------------T---CA--GAAACAGT----GT-GTGTCATC--TATTT-CATTACCTCAT-ATGGACAGTTCCTATGGCAACAA------CAAGACG-C--------C---A-TC---TCGCCCTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCGGCC--CATGTCT--GTATCAGGTCACACTCgcataaatgt
gi|10 : tA-ATG-TGACCCT--CATAACGAAAA-GTC-ACAAA----------G--T---TA--GTAACAGT----GTGGC-TCAGT--TATTA-CAATGCCTCAT-TTGGACCAATCCTGTGGAAACAA------CA----G---------------------TTACCC-CA---CCAACAGAATGTcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|11 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgacca----G-C----AT--C---A-TC---TCGCCCTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTCGCCAATGTC--T--GAGTCATG
gi|11 : ctA-ATGCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAAAAA---TCAT---------AACAATTGATT----A--A---------TAATAAT------A-----TTG-ATG-TCGCCCTGACATAACAAAAA-GTT-TCAAA----------A--T---cttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
gi|12 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaCAAA-----ATATCTAAA---C----G---C--C--C--ACTTGCT--G-T-TTTT-ACCTTGGAGG-----CAAAC------------------CA---ATAAAC-----GCATC--TAATCA-ATATTAAA----------ACATATTTCA-AC-CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCAAAGCAT--CATTG-AAAATAAACGAGTGGTG----A--A---------CACCAATAGATAGA-----TTA-ATG-TCACCCT--CAGAACGAAAA-GTC-AGAAA----------A--T---CA--ACAAAAGT----GTCGT-ACAGC--TATTT-CAA
gi|13 : tatgacaataatatatattatg--T-T-TGTT-ACATTGGAAT-----CAAAC------------------CACCAATAAAC-----ACAGC--TTATCA-ATATTAAA----------CAATAACTCA-ATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATGTCGTTG-ACAATTAACCAGAAGTT----A--AA-----TAGTAATAATTGATCAA-----ATA-ATG-TCACCAT--CATAACAAAGT-GTC-GCCAA----------A--T---CA--G-AA---------TCGT-TCAGC--TATTT-CAATATATTAT-ATGTCCC
gi|14 : aCACTGAACAAA-----ATCTATGAC---C---TG---C--T---------------------------------------AAAC------------------CA---ACAAAC-----ATATC--TTATCA-ATAATAAA----------ATA-CATTTATATGCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATTTCATTG-ACAATAGACGAGTAGTT----C--AA-----TAGTAGCACTTGATCAA-----ATA-ATG-TCACACT--CATGACAAAAA-a
gi|15 : CACAAAACAAA-----AATTTCAAC---C---GGTCAC--C--T--G-----T--C-T-TTTA-AAACTG-AAG-----CAAAC------------------GA---GTAAAA-----GCAAC--TGGTCA-ATATTAAA----------ATA-CTTTTA-ATACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTTTCATTGAAAAAGGAATGAGTTGTtatactgtgtgtcttatttcat
gi|16 : A----------G--T---TA--GCAACAGCATCTGTCAT-TCAAC--TATTC-CGTTACCTCAA-ATTGACCCCTCCTGTGGTAACAA------CA----G-TACG-A---C---A-TA---TCGTCCCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-----------GCC--TGTC--T--GAATTACGTTCCGCTCttaacggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|17 : AA----------ACATATTTTA-TTACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATTTTATTG-AATATAAACCAGTTGTT----A--AAAACAGT-GTAACACTTCATTAA-----CTA-TTG-TTACTCT--CATAACAAAAA-GTC-ACAAA----------A--A---CA--GTAACAG-----ATATT-TCATCG-TATTC-CAcagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|18 : aatcTTG-AGAATAAACAAACAGCT----A--AA-----TCGTGA-AATTGATTTA-----TTA-ATG-TCACCAT--CATATCATAAA-GTC-ACACA----------A--T---CA--GGAACAGC----GTGGT-TCAAC--TATTT-CAATACATCGT-AT
gi|19 : tctaaatatattctttGGAAG-----CTAAC------------------CA---ACAGAC-----GCATC--TTATAA-ATATTATA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTCGGATGTTCGC--AATGTTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACA----ATTAG-----TTA-ATG-TAACCCA--TATAACAGAcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|2 : CAGC----ATCAT-TTGGC--TATTT-TAATACCTCTT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CTATGA---C---A-TG---TTGCCCTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTCACC--TATG--T--
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCGT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CCATAA---C---AATCATGTCACCCTCG---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCACC--cgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgTCAT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACTA------AA----G-CCATGA---A---A-TG---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|20 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagCACTGGACAAA-----ATTTCTAAC---C---TG---G--C--C--ACCTGTT--C-TATTTC-ACATTCCAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATCA-ATATTATA----------ACATCTTTCA-
gi|21 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAAAAAG-----GTTTCTAACTGGC---TA---C--C--T--G---ATT--T-T-TTTTTACATTGCATG-----CAAAC------------------CA---ACA----------------T-TCACATATCAAA----------ACATTTTTTA-ATATAT-TCTATTTGAGATGT
gi|22 : acaaatgtattaaactatgtttA-ATATTAAA----------ACAGCTTTT----------------GAGATGTTTTCAGAAAATGTCACCG-AAAATAAAC--ATATTT----------------GTAATAAGTGGTTTA-----TTA-ATG-TCGCCCT--CATAGCAAAAA-GTA-AAAAA----------A--ttgta
gi|23 : CTCGT-ATGGGCCACGCCTGCAGCAAAAA------CA----G-C----ATGAC---A-TC---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATTC-----------T--AAATCATGTC
gi|24 : tATTAA-----CTG-ATG-TCACCCT--------AAAAACGTC-ACAAA----------A--T----A--GTAACCGT----GATGT-TGAAC--CATTT-CAACGCCTTGT-GTGGATCCCTCCTGCGGtt
gi|25 : ttgacgttC--TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGACATATTTTA-ATACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATGTCATTG-AAAATACACAAGTAGTT----A--AG-----Tt
gi|26 : AAAC------------------TA---ACAAAC-----GCACC--ATAACA-ATATTAAA----------ACATATTTTA-GCACAT-TCTATT---GACGTTg
gi|3 : tCACTGAACAAA-----ATTTCTAAC---C---GG---C--CACCTAG---GGT--T-T-TTTA-ATATTTAAAG-----CTAAC------------------AA---ATGA-------GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------ACTGCTTTTA-ATACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATTGCATTG-AAAACGGATGAGTTGTT----A--AA-----TCATAACATTTAATTAA-----ACA-GTG-TAACCCT--AATAACAAATT-GTC-ACAAA----------G--T---CG--GTACTAAC----GTTGT---AGCAATATTC-TAATACTGTGT-ATGACCACCGTTTGCAGCGATAA------CT----G-C----AAGGC---A-CC---TAGCTCTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTTGCC--attaa
gi|4 : aacgtagaatacacaatgta----G-C----A-------A-TG---TCAACCTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTGGCC--CATGCCT--GGATCACGTCGCGCTC
gi|4 : aacaatactatTCTTTTA-ATGCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTTTCATTA-ACAATA--C-AGTAGTCTTCGACTAA-----TCGTAACAGTTGATTAA-----TTTTGTG-TCAATCT--CGTAACAGAAA-CTCTCAAAA----------A--T---CA--GTTACAGC----ATCGT-TAATC--TATTTGTAATACCGGGT-ATGACCCCTTCCGGTGGCAACAA------CA----G-C----aacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|4 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtaCACTGAACAAA-----ATTTTTAAC---C---GG---CCAC--C--T---ATT--T-C-TTTT-Aaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|5 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcatATCACTGAACAAA-----ACTTCTAAC---C---TT---C--C--C--G---GTT--T-T-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---TCAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTATA-ACACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACCCT--CATGACAAAAA-GTC-AGAAT----------A--T---CA--GTAACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCGCC--CATG--T--AAATCATGTCATGCTCcacg
gi|6 : TCACTGAACAAA-----ACTTCTAAC---C---TG---C--C--C--G---GTT--T-T-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACTCT--CATGACAAAAA-GTC-AGAAT----------A--T---CA--GTTACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCACC--CATG--T--AAATCATGTCACG
gi|7 : AATACATGGATAAAGACGCTGCTTTGGA---TTATTCGTC--CATG--TCTGAATCACGTAACACTC
gi|7 : ACGAAAA-GT---GAAT----------A--TTGTCA--GTAAGAGC----GTCGT-T------TATTT-CAGTGCCGAGT-ATGACCCTGTCCTGCGGCAACAA------CA----G-C---------------T---TC-CCCT-A---CGGCCActgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|7 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgtCACTGAATCCA-----ATTTGTAAC---CGATCA---C--C--T--G---GTT--C-T-TTTT-ACATTCCAGA-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATTA-ATATCAAA----------ACATCTTTTT-AAACAT-TTTGTTTGATATGTataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|8 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatCACTGAACAAA-----ATTTCTAGC---C----G---C--CA-C-------TTAAT-T-GGTT-ACATTGCAAGGACACCAAATAAATCAACAAAAAAAAAACA---ACAAACAAAAAGTATT--TTATCG-CTATTAAA----------ACATATAGTT-ATACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAACAATCGAGTAGTT----T--TA-----TCGTACCAATTGATTGATCAATTTA-ATA-CCACCAT--CAGAACAAAAC-GTT-ACAAA----------A--T---CA--GTAATATC----CTTGT-TCAGC--TATTC-CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCA----G-C----A---CGATA-TC---TCGCCCTCA---TGGATACAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|9 : atacagaataCAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTCGCC--CATGTCT--GAAACCCGTCATGTTCag
gi|9 : tgA-----ATTTCTAAC---C---AG---A--CAAC--T---GTT--TCT-TTTC-ACATTAGGAG-----TAA-C------------------AA---ACACAT-----ATATC--TAATCA-ATATTTAA----------ACATCTTGTA-ATACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATGTCATT---------------------------------TCATAACACTTGATTAA-----TTA-ATA-CCATCCT--T------AAAA-GTC-ACAAA----------AATT---AA--TTAACAGT----G------------TATTT-CATTTCCTCGC-ATTG--CTCTCCT-CG--GACAA------CA----T-T----A---CCT-A-TC----CACCCcagttgtccaattattctgttgtttgggtggataggtaatgttgtccgaggagagcaatgcgaggaaatgaaatacactgttaattaatttttgtgacttttaaggatggtattaattaatcaagtgttatgaaatgacatttttggagaacatttcaaataaaatgtattacaagatgtttaaatattgattagatatatgtgtttgttactcctaatgtgaaaagaaacagttgtctggttagaaattag
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 111111111111111111 1111111111111111 333333333333 2
lowQualScore : 77777 777777777777777777777 33 2 44 4 77777 999999999999999999 444 888888 2 33 2 9999999999 0 2 2 1 2 8 0 2222222222222222 3 777777 2 2 33 2 999999999 2 55555 33 77777 1 2 2 1 55 2 2 1 1 777777 4444 2 555555555555 2 4444 6666 0 555 0 3 1 3
lowQualScore : ..... ..................... .. . .. . ..... .................. ... ...... . .. . .......... . . . . . . . ................ . ...... . . .. . ......... . ..... .. ..... . . . . .. . . . . ...... .... . ............ . .... .... . ... . . . .
lowQualScore : 77777 777777777777777777777 99 9 11 8 11111 777777777777777777 777 777777 7 44 4 7777777777 1 0 1 6 4 9 2 2222222222222222 6 222222 2 2 11 2 444444444 4 44444 44 11111 6 4 7 6 66 4 2 8 0 222222 7777 2 666666666666 5 8888 4444 2 444 8 9 8 1
consensus : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACCGG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCGCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
Reference ( family-2002 ) : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACCNG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCGCCCGTG-CTGAATCACGTCGCGCTC
gi|1 : CGACAA-------A----GTC----A---T---A-TA---TCGCCTTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTCGCCTGTGTCTGATTAACATCGCGCTC
gi|1 : ctatctcagaaaaaacaATTACTACACAAGGCATCATTTCTAACCGG---C--CACC--T---G--TT--TT-TGTT-ACATTGCGGG-----CA---------------------------------------------TACCA-ACA--AAC----------GCATGTTTTC-AAAC---------TGA--TGTTTTCAGAAAATAGTATTA-TAAGTAAAC------------A--AA-----GAGTAATACTTTAT-AA-----ATA-ACGCTCACGTT--CATAGCAAAAA-GTAAAAGACAACAACAAC--A--ACACCGTAAAAAC----GTCGT-TCATG--TATTT-CACTACCTCGTGGTGACACCATCTT-TGGCAGCTA------CA----G-catttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|10 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtat-ATG-TCACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA-----TCA--GAAACAGT----GT-GTGTCATC--TATTT-CATTACCTCAT-ATGGACAGTTCCTATGGCAACAA------CAAGACG-C--------C---A-TC---TCGCCCTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCGGCCCATGTCTGTATCAGGTCACACTCgcataaatgt
gi|10 : tA-ATG-TGACCCT--CATAACGAAAA-GT---------CA-CAAA--G--TTA--GTAACAGT----GTGGC-TCAGT--TATTA-CAATGCCTCAT-TTGGACCAATCCTGTGGAAACAA------CA----G---------------------TTACCC-CA---CCAACAGAATGTcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|11 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgacca----G-C----AT--C---A-TC---TCGCCCTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTCGCCAATGTCTGAGTCATG
gi|11 : ctA-ATGCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAAAAA---TCAT---------AACAATTGATT----A--A---------TAATAAT------A-----TTG-ATG-TCGCCCTGACATAACAAAAA-GT---------TT-CAAA--A--Tcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
gi|12 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaCAAA-----ATATCTAAAC-G---C--C--C--ACTTG--CT--GT-TTTT-ACCTTGGAGG-----CAAAC------------------CA---ATAAAC-----GCATC--TAATCA-ATATTAAA----------ACATATTTCA-AC-CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCAAAGCA--TCATTG-AAAATAAACGAGTGGTG----A--A---------CACCAATAGATAGA-----TTA-ATG-TCACCCT--CAGAACGAAAA-GT---------CA-GAAA--A--TCA--ACAAAAGT----GTCGT-ACAGC--TATTT-CAA
gi|13 : tatgacaataatatatattatg--TT-TGTT-ACATTGGAAT-----CAAAC------------------CACCAATAAAC-----ACAGC--TTATCA-ATATTAAA----------CAATAACTCA-ATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATGTCGTTG-ACAATTAACCAGAAGTT----A--AA-----TAGTAATAATTGATCAA-----ATA-ATG-TCACCAT--CATAACAAAGT-GT---------CG-CCAA--A--TCA--G-AA---------TCGT-TCAGC--TATTT-CAATATATTAT-ATGTCCC
gi|14 : aCACTGAACAAA-----ATCTATGACCTG---C--T----------------------------------------AAAC------------------CA---ACAAAC-----ATATC--TTATCA-ATAATAAA----------ATA-CATTTATATGCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATTTCATTG-ACAATAGACGAGTAGTT----C--AA-----TAGTAGCACTTGATCAA-----ATA-ATG-TCACACT--CATGACAAAAA-a
gi|15 : CACAAAACAAA-----AATTTCAACCGGTCAC--C--T--G-------T--CT-TTTA-AAACTG-AAG-----CAAAC------------------GA---GTAAAA-----GCAAC--TGGTCA-ATATTAAA----------ATA-CTTTTA-ATACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTTTCATTGAAAAAGGAATGAGTTGTT----T--AA-----tatactgtgtgtcttatttcat
gi|16 : A--G--TTA--GCAACAGCATCTGTCAT-TCAAC--TATTC-CGTTACCTCAA-ATTGACCCCTCCTGTGGTAACAA------CA----G-TACG-A---C---A-TA---TCGTCCCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-----------GCCTGT--CTGAATTACGTTCCGCTCcggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|17 : AA----------ACATATTTTA-TTACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATTTTATTG-AATATAAACCAGTTGTT----A--AAAACAGT-GTAACACTTCATTAA-----CTA-TTG-TTACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--ACA--GTAACAG-----ATATT-TCATCG-TATTC-CAcagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|18 : aatcTTG-AGAATAAACAAACAGCT----A--AA-----TCGTGA-AATTGATTTA-----TTA-ATG-TCACCAT--CATATCATAAA-GT---------CA-CACA--A--TCA--GGAACAGC----GTGGT-TCAAC--TATTT-CAATACATCGT-AT
gi|19 : tctaaatatattctttGGAAG-----CTAAC------------------CA---ACAGAC-----GCATC--TTATAA-ATATTATA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTCGGATGTTCGC--AATGTTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACA----ATTAG-----TTA-ATG-TAACCCA--TATAACAGAcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|2 : CAGC----ATCAT-TTGGC--TATTT-TAATACCTCTT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CTATGA---C---A-TG---TTGCCCTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTCACCTATG-
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCGT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CCATAA---C---AATCATGTCACCCTCG---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTCACCtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgTCAT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACTA------AA----G-CCATGA---A---A-TG---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|20 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagCACTGGACAAA-----ATTTCTAACCTG---G--C--C--ACCTG--TT--CTATTTC-ACATTCCAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATCA-ATATTATA----------ACATCTTTCA-
gi|21 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAAAAAG-----GTTTCTAACTGG---CTAC--C--T---GATTT--TT-TTTT-ACATTGCATG-----CAAAC------------------CA---ACA----------------T-TCACATATCAAA----------ACATTTTTTA-ATATAT-TCTATTTGAGATGT
gi|22 : acaaatgtattaaactatgtttA-ATATTAAA----------ACAGCTTTT----------------GAGATGTTTTCAGAAAATGTCACCG-AAAATAAAC--ATATTT----------------GTAATAAGTGGTTTA-----TTA-ATG-TCGCCCT--CATAGCAAAAA-GT---------AA-AAAA--A--ttgta
gi|23 : CTCGT-ATGGGCCACGCCTGCAGCAAAAA------CA----G-C----ATGAC---A-TC---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATT---------CTAAATCATGTC
gi|24 : tATTAA-----CTG-ATG-TCACCCT--------AAAAACGT---------CA-CAAA--A--T-A--GTAACCGT----GATGT-TGAAC--CATTT-CAACGCCTTGT-GTGGATCCCTCCTGCGGtt
gi|25 : ttgacgttC--TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGACATATTTTA-ATACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATGTCATTG-AAAATACACAAGTAGTT----A--AG-----Tt
gi|26 : AAAC------------------TA---ACAAAC-----GCACC--ATAACA-ATATTAAA----------ACATATTTTA-GCACAT-TCTATT---GACGTTg
gi|3 : tCACTGAACAAA-----ATTTCTAACCGG---C--CACCTAG---G--GT--TT-TTTA-ATATTTAAAG-----CTAAC------------------AA---ATGA-------GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------ACTGCTTTTA-ATACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATTGCATTG-AAAACGGATGAGTTGTT----A--AA-----TCATAACATTTAATTAA-----ACA-GTG-TAACCCT--AATAACAAATT-GT---------CA-CAAA--G--TCG--GTACTAAC----GTTGT---AGCAATATTC-TAATACTGTGT-ATGACCACCGTTTGCAGCGATAA------CT----G-C----AAGGC---A-CC---TAGCTCTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTTGCCattaa
gi|4 : aacgtagaatacacaatgta----G-C----A-------A-TG---TCAACCTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTGGCCCATGCCTGGATCACGTCGCGCTC
gi|4 : aacaatactatTCTTTTA-ATGCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTTTCATTA-ACAATA--C-AGTAGTCTTCGACTAA-----TCGTAACAGTTGATTAA-----TTTTGTG-TCAATCT--CGTAACAGAAA-CT---------CT-CAAA--AA-TCA--GTTACAGC----ATCGT-TAATC--TATTTGTAATACCGGGT-ATGACCCCTTCCGGTGGCAACAA------CA----G-C----aacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|4 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtaCACTGAACAAA-----ATTTTTAACCGG---CCAC--C--T---A--TT--TC-TTTT-Aaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|5 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcatATCACTGAACAAA-----ACTTCTAACCTT---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---TCAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTATA-ACACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACCCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTAACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCGCCCATG--TAAATCATGTCATGCTCcacg
gi|6 : TCACTGAACAAA-----ACTTCTAACCTG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACTCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTTACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTCACCCATG--TAAATCATGTCACG
gi|7 : AATACATGGATAAAGACGCTGCTTTGGA---TTATTCGTCCATGTCTGAATCACGTAACACTC
gi|7 : ACGAAAA-GT---------GA--ATATTG--TCA--GTAAGAGC----GTCGT-T------TATTT-CAGTGCCGAGT-ATGACCCTGTCCTGCGGCAACAA------CA----G-C---------------T---TC-CCCT-A---CGGCCActgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|7 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgtCACTGAATCCA-----ATTTGTAACCGATCAC--C--T--G---G--TT--CT-TTTT-ACATTCCAGA-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATTA-ATATCAAA----------ACATCTTTTT-AAACAT-TTTGTTTGATATGTataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|8 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatCACTGAACAAA-----ATTTCTAGCCG-------C--C--A---C--TTAATT-GGTT-ACATTGCAAGGACACCAAATAAATCAACAAAAAAAAAACA---ACAAACAAAAAGTATT--TTATCG-CTATTAAA----------ACATATAGTT-ATACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAACAATCGAGTAGTT----T--TA-----TCGTACCAATTGATTGATCAATTTA-ATA-CCACCAT--CAGAACAAAAC-GT---------TA-CAAA--A--TCA--GTAATATC----CTTGT-TCAGC--TATTC-CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCA----G-C----A---CGATA-TC---TCGCCCTCA---TGGATACAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|9 : atacagaataCAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTCGCCCATGTCTGAAACCCGTCATGTTCag
gi|9 : tgA-----ATTTCTAACCAG---A--CAAC--T---G--TT--TC-TTTTCACATTAGGAG-----TAA-C------------------AA---ACACAT-----ATATC--TAATCA-ATATTTAA----------ACATCTTGTA-ATACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATGTCATT---------------------------------TCATAACACTTGATTAA-----TTA-ATA-CCATCCT--T------AAAA-GT---------CA-CAAA--AATTAA--TTAACAGT----G------------TATTT-CATTTCCTCGC-ATTG--CTCTCCT-CG--GACAA------CA----T-T----A---CCT-A-TC----CACCCcagttgtccaattattctgttgtttgggtggataggtaatgttgtccgaggagagcaatgcgaggaaatgaaatacactgttaattaatttttgtgacttttaaggatggtattaattaatcaagtgttatgaaatgacatttttggagaacatttcaaataaaatgtattacaagatgtttaaatattgattagatatatgtgtttgttactcctaatgtgaaaagaaacagttgtctggttagaaattag
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111111111111111 1111111111111111 333333333333
lowQualScore : 77777 5555555555555555555555 33 2 44 4 77777 999999999999999999 444 888888 2 33 2 9999999999 0 2 2 3 2 8 0 2222222222222222 3 777777 2 2 33 2 999999999 2 55555 33 77777 1 2 2 1 55 2 2 1 1 777777 4444 2 555555555555 2 4444 6666 0 555 44 1 0 3
lowQualScore : ..... ...................... .. . .. . ..... .................. ... ...... . .. . .......... . . . . . . . ................ . ...... . . .. . ......... . ..... .. ..... . . . . .. . . . . ...... .... . ............ . .... .... . ... .. . . .
lowQualScore : 77777 2222222222222222222222 99 9 11 8 11111 777777777777777777 777 777777 7 44 4 7777777777 1 0 1 2 4 9 2 2222222222222222 6 222222 2 2 11 2 444444444 4 44444 44 11111 6 4 7 6 66 4 2 8 0 222222 7777 2 666666666666 5 8888 4444 2 444 22 0 4 1
consensus : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
Reference ( family-2002 ) : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
gi|1 : CGACAA-------A----GTC----A---T---A-TA---TCGCCTTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTC--GCCTGTGTCTGATTAACATCGCGCTC
gi|1 : ctatctcagaaaaaacaATTACTACACAAGGCATCATTTCTAACC-GG---C--CACC--T---G--TT--TT-TGTT-ACATTGCGGG-----CA---------------------------------------------TACCA-ACA--AAC----------GCATGTTTTC-AAAC---------TGA--TGTTTTCAGAAAATAGTATTA-TAAGTAAAC------------A--AA-----GAGTAATACTTTAT-AA-----ATA-ACGCTCACGTT--CATAGCAAAAA-GTAAAAGACAACAACAAC--A--ACACCGTAAAAAC----GTCGT-TCATG--TATTT-CACTACCTCGTGGTGACACCATCTT-TGGCAGCTA------CA----G-catttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|10 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtat-ATG-TCACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA-----TCA--GAAACAGT----GT-GTGTCATC--TATTT-CATTACCTCAT-ATGGACAGTTCCTATGGCAACAA------CAAGACG-C--------C---A-TC---TCGCCCTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCG--GCCCATGTCTGTATCAGGTCACACTCgcataaatgt
gi|10 : tA-ATG-TGACCCT--CATAACGAAAA-GT---------CA-CAAA--G--TTA--GTAACAGT----GTGGC-TCAGT--TATTA-CAATGCCTCAT-TTGGACCAATCCTGTGGAAACAA------CA----G---------------------TTACCC-CA---CCAACAGAATGTcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|11 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgacca----G-C----AT--C---A-TC---TCGCCCTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTC--GCCAATGTCTGAGTCATG
gi|11 : ctA-ATGCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAAAAA---TCAT---------AACAATTGATT----A--A---------TAATAAT------A-----TTG-ATG-TCGCCCTGACATAACAAAAA-GT---------TT-CAAA--A--Tcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
gi|12 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaCAAA-----ATATCTAAAC-G----C--C--C--ACTTG--CT--GT-TTTT-ACCTTGGAGG-----CAAAC------------------CA---ATAAAC-----GCATC--TAATCA-ATATTAAA----------ACATATTTCA-AC-CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCAAAGCAT--CATTG-AAAATAAACGAGTGGTG----A--A---------CACCAATAGATAGA-----TTA-ATG-TCACCCT--CAGAACGAAAA-GT---------CA-GAAA--A--TCA--ACAAAAGT----GTCGT-ACAGC--TATTT-CAA
gi|13 : tatgacaataatatatattatg--TT-TGTT-ACATTGGAAT-----CAAAC------------------CACCAATAAAC-----ACAGC--TTATCA-ATATTAAA----------CAATAACTCA-ATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATGTCGTTG-ACAATTAACCAGAAGTT----A--AA-----TAGTAATAATTGATCAA-----ATA-ATG-TCACCAT--CATAACAAAGT-GT---------CG-CCAA--A--TCA--G-AA---------TCGT-TCAGC--TATTT-CAATATATTAT-ATGTCCC
gi|14 : aCACTGAACAAA-----ATCTATGACC-TG---C--T----------------------------------------AAAC------------------CA---ACAAAC-----ATATC--TTATCA-ATAATAAA----------ATA-CATTTATATGCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATTTCATTG-ACAATAGACGAGTAGTT----C--AA-----TAGTAGCACTTGATCAA-----ATA-ATG-TCACACT--CATGACAAAAA-a
gi|15 : CACAAAACAAA-----AATTTCAACC-GGTCAC--C--T--G-------T--CT-TTTA-AAACTG-AAG-----CAAAC------------------GA---GTAAAA-----GCAAC--TGGTCA-ATATTAAA----------ATA-CTTTTA-ATACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTTTCATTGAAAAAGGAATGAGTTGTT----T--AA-----tatactgtgtgtcttatttcat
gi|16 : A--G--TTA--GCAACAGCATCTGTCAT-TCAAC--TATTC-CGTTACCTCAA-ATTGACCCCTCCTGTGGTAACAA------CA----G-TACG-A---C---A-TA---TCGTCCCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-------------GCC--TGTCTGAATTACGTTCCGCTCcggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|17 : AA----------ACATATTTTA-TTACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATTTTATTG-AATATAAACCAGTTGTT----A--AAAACAGT-GTAACACTTCATTAA-----CTA-TTG-TTACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--ACA--GTAACAG-----ATATT-TCATCG-TATTC-CAcagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|18 : aatcTTG-AGAATAAACAAACAGCT----A--AA-----TCGTGA-AATTGATTTA-----TTA-ATG-TCACCAT--CATATCATAAA-GT---------CA-CACA--A--TCA--GGAACAGC----GTGGT-TCAAC--TATTT-CAATACATCGT-AT
gi|19 : tctaaatatattctttGGAAG-----CTAAC------------------CA---ACAGAC-----GCATC--TTATAA-ATATTATA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTCGGATGTTCGC--AATGTTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACA----ATTAG-----TTA-ATG-TAACCCA--TATAACAGAcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|2 : CAGC----ATCAT-TTGGC--TATTT-TAATACCTCTT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CTATGA---C---A-TG---TTGCCCTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTC--ACCTATGTC
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCGT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CCATAA---C---AATCATGTCACCCTCG---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--ACCAAAGTCgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgTCAT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACTA------AA----G-CCATGA---A---A-TG---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|20 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagCACTGGACAAA-----ATTTCTAACCTGG---C--CACC--T---G--TT--CTATTTC-ACATTCCAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATCA-ATATTATA----------ACATCTTTCA-
gi|21 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAAAAAG-----GTTTCTAACT-GG---CTAC--C--T---GATTT--TT-TTTT-ACATTGCATG-----CAAAC------------------CA---ACA----------------T-TCACATATCAAA----------ACATTTTTTA-ATATAT-TCTATTTGAGATGT
gi|22 : acaaatgtattaaactatgtttA-ATATTAAA----------ACAGCTTTT----------------GAGATGTTTTCAGAAAATGTCACCG-AAAATAAAC--ATATTT----------------GTAATAAGTGGTTTA-----TTA-ATG-TCGCCCT--CATAGCAAAAA-GT---------AA-AAAA--A--ttgta
gi|23 : CTCGT-ATGGGCCACGCCTGCAGCAAAAA------CA----G-C----ATGAC---A-TC---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATTCTAAATCATGTCT
gi|24 : tATTAA-----CTG-ATG-TCACCCT--------AAAAACGT---------CA-CAAA--A--T-A--GTAACCGT----GATGT-TGAAC--CATTT-CAACGCCTTGT-GTGGATCCCTCCTGCGGt
gi|25 : ttgacgttC--TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGACATATTTTA-ATACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATGTCATTG-AAAATACACAAGTAGTT----A--AG-----Tt
gi|26 : AAAC------------------TA---ACAAAC-----GCACC--ATAACA-ATATTAAA----------ACATATTTTA-GCACAT-TCTATT---GACGTTg
gi|3 : tCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--CACCTAG---G--GT--TT-TTTA-ATATTTAAAG-----CTAAC------------------AA---ATGA-------GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------ACTGCTTTTA-ATACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATTGCATTG-AAAACGGATGAGTTGTT----A--AA-----TCATAACATTTAATTAA-----ACA-GTG-TAACCCT--AATAACAAATT-GT---------CA-CAAA--G--TCG--GTACTAAC----GTTGT---AGCAATATTC-TAATACTGTGT-ATGACCACCGTTTGCAGCGATAA------CT----G-C----AAGGC---A-CC---TAGCTCTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTT--GCCattaa
gi|4 : aacgtagaatacacaatgta----G-C----A-------A-TG---TCAACCTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTG--GCCCATGCCTGGATCACGTCGCGCTC
gi|4 : aacaatactatTCTTTTA-ATGCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTTTCATTA-ACAATA--C-AGTAGTCTTCGACTAA-----TCGTAACAGTTGATTAA-----TTTTGTG-TCAATCT--CGTAACAGAAA-CT---------CT-CAAA--AA-TCA--GTTACAGC----ATCGT-TAATC--TATTTGTAATACCGGGT-ATGACCCCTTCCGGTGGCAACAA------CA----G-C----aacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|4 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtaCACTGAACAAA-----ATTTTTAACC-GG---CCAC--C--T---A--TT--TC-TTTT-Aaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|5 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcatATCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TT---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---TCAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTATA-ACACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACCCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTAACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--GCCCATG--TAAATCATGTCATGCTCcacg
gi|6 : TCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACTCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTTACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--ACCCATG--TAAATCATGTCACG
gi|7 : AATACATGGATAAAGACGCTGCTTTGGA---TTATTC--GTCCATGTCTGAATCACGTAACACTC
gi|7 : ACGAAAA-GT---------GA--ATATTG--TCA--GTAAGAGC----GTCGT-T------TATTT-CAGTGCCGAGT-ATGACCCTGTCCTGCGGCAACAA------CA----G-C---------------T---TC-CCCT-A---CGGCCActgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|7 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgtCACTGAATCCA-----ATTTGTAACC-GATCAC--C--T--G---G--TT--CT-TTTT-ACATTCCAGA-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATTA-ATATCAAA----------ACATCTTTTT-AAACAT-TTTGTTTGATATGTataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|8 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatCACTGAACAAA-----ATTTCTAGCC-G-------C--C--A---C--TTAATT-GGTT-ACATTGCAAGGACACCAAATAAATCAACAAAAAAAAAACA---ACAAACAAAAAGTATT--TTATCG-CTATTAAA----------ACATATAGTT-ATACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAACAATCGAGTAGTT----T--TA-----TCGTACCAATTGATTGATCAATTTA-ATA-CCACCAT--CAGAACAAAAC-GT---------TA-CAAA--A--TCA--GTAATATC----CTTGT-TCAGC--TATTC-CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCA----G-C----A---CGATA-TC---TCGCCCTCA---TGGATACAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|9 : atacagaataCAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTC--GCCCATGTCTGAAACCCGTCATGTTCag
gi|9 : tgA-----ATTTCTAACC-AG---A--CAAC--T---G--TT--TC-TTTTCACATTAGGAG-----TAA-C------------------AA---ACACAT-----ATATC--TAATCA-ATATTTAA----------ACATCTTGTA-ATACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATGTCATT---------------------------------TCATAACACTTGATTAA-----TTA-ATA-CCATCCT--T------AAAA-GT---------CA-CAAA--AATTAA--TTAACAGT----G------------TATTT-CATTTCCTCGC-ATTG--CTCTCCT-CG--GACAA------CA----T-T----A---CCT-A-TC----CACCCcagttgtccaattattctgttgtttgggtggataggtaatgttgtccgaggagagcaatgcgaggaaatgaaatacactgttaattaatttttgtgacttttaaggatggtattaattaatcaagtgttatgaaatgacatttttggagaacatttcaaataaaatgtattacaagatgtttaaatattgattagatatatgtgtttgttactcctaatgtgaaaagaaacagttgtctggttagaaattag
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111111111111111 1111111111111111 333333333333
lowQualScore : 77777 5555555555555555555555 33 2 44 4 77777 999999999999999999 444 888888 2 33 2 9999999999 0 2 2 3 2 8 0 2222222222222222 3 777777 2 2 33 2 999999999 2 55555 33 77777 1 2 2 1 55 2 2 1 1 777777 4444 2 555555555555 2 4444 6666 0 555 44 1 0 3
lowQualScore : ..... ...................... .. . .. . ..... .................. ... ...... . .. . .......... . . . . . . . ................ . ...... . . .. . ......... . ..... .. ..... . . . . .. . . . . ...... .... . ............ . .... .... . ... .. . . .
lowQualScore : 77777 2222222222222222222222 99 9 11 8 11111 777777777777777777 777 777777 7 44 4 7777777777 1 0 1 2 4 9 2 2222222222222222 6 222222 2 2 11 2 444444444 4 44444 44 11111 6 4 7 6 66 4 2 8 0 222222 7777 2 666666666666 5 8888 4444 2 444 22 0 4 1
consensus : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
Reference ( family-2002 ) : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
gi|1 : CGACAA-------A----GTC----A---T---A-TA---TCGCCTTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTC--GCCTGTGTCTGATTAACATCGCGCTC
gi|1 : ctatctcagaaaaaacaATTACTACACAAGGCATCATTTCTAACC-GG---C--CACC--T---G--TT--TT-TGTT-ACATTGCGGG-----CA---------------------------------------------TACCA-ACA--AAC----------GCATGTTTTC-AAAC---------TGA--TGTTTTCAGAAAATAGTATTA-TAAGTAAAC------------A--AA-----GAGTAATACTTTAT-AA-----ATA-ACGCTCACGTT--CATAGCAAAAA-GTAAAAGACAACAACAAC--A--ACACCGTAAAAAC----GTCGT-TCATG--TATTT-CACTACCTCGTGGTGACACCATCTT-TGGCAGCTA------CA----G-catttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|10 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtat-ATG-TCACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA-----TCA--GAAACAGT----GT-GTGTCATC--TATTT-CATTACCTCAT-ATGGACAGTTCCTATGGCAACAA------CAAGACG-C--------C---A-TC---TCGCCCTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCG--GCCCATGTCTGTATCAGGTCACACTCgcataaatgt
gi|10 : tA-ATG-TGACCCT--CATAACGAAAA-GT---------CA-CAAA--G--TTA--GTAACAGT----GTGGC-TCAGT--TATTA-CAATGCCTCAT-TTGGACCAATCCTGTGGAAACAA------CA----G---------------------TTACCC-CA---CCAACAGAATGTcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|11 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgacca----G-C----AT--C---A-TC---TCGCCCTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTC--GCCAATGTCTGAGTCATG
gi|11 : ctA-ATGCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAAAAA---TCAT---------AACAATTGATT----A--A---------TAATAAT------A-----TTG-ATG-TCGCCCTGACATAACAAAAA-GT---------TT-CAAA--A--Tcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
gi|12 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaCAAA-----ATATCTAAAC-G----C--C--C--ACTTG--CT--GT-TTTT-ACCTTGGAGG-----CAAAC------------------CA---ATAAAC-----GCATC--TAATCA-ATATTAAA----------ACATATTTCA-AC-CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCAAAGCAT--CATTG-AAAATAAACGAGTGGTG----A--A---------CACCAATAGATAGA-----TTA-ATG-TCACCCT--CAGAACGAAAA-GT---------CA-GAAA--A--TCA--ACAAAAGT----GTCGT-ACAGC--TATTT-CAA
gi|13 : tatgacaataatatatattatg--TT-TGTT-ACATTGGAAT-----CAAAC------------------CACCAATAAAC-----ACAGC--TTATCA-ATATTAAA----------CAATAACTCA-ATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATGTCGTTG-ACAATTAACCAGAAGTT----A--AA-----TAGTAATAATTGATCAA-----ATA-ATG-TCACCAT--CATAACAAAGT-GT---------CG-CCAA--A--TCA--G-AA---------TCGT-TCAGC--TATTT-CAATATATTAT-ATGTCCC
gi|14 : aCACTGAACAAA-----ATCTATGACC-TG---C--T----------------------------------------AAAC------------------CA---ACAAAC-----ATATC--TTATCA-ATAATAAA----------ATA-CATTTATATGCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATTTCATTG-ACAATAGACGAGTAGTT----C--AA-----TAGTAGCACTTGATCAA-----ATA-ATG-TCACACT--CATGACAAAAA-a
gi|15 : CACAAAACAAA-----AATTTCAACC-GGTCAC--C--T--G-------T--CT-TTTA-AAACTG-AAG-----CAAAC------------------GA---GTAAAA-----GCAAC--TGGTCA-ATATTAAA----------ATA-CTTTTA-ATACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTTTCATTGAAAAAGGAATGAGTTGTT----T--AA-----tatactgtgtgtcttatttcat
gi|16 : A--G--TTA--GCAACAGCATCTGTCAT-TCAAC--TATTC-CGTTACCTCAA-ATTGACCCCTCCTGTGGTAACAA------CA----G-TACG-A---C---A-TA---TCGTCCCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-------------GCC--TGTCTGAATTACGTTCCGCTCcggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|17 : AA----------ACATATTTTA-TTACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATTTTATTG-AATATAAACCAGTTGTT----A--AAAACAGT-GTAACACTTCATTAA-----CTA-TTG-TTACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--ACA--GTAACAG-----ATATT-TCATCG-TATTC-CAcagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|18 : aatcTTG-AGAATAAACAAACAGCT----A--AA-----TCGTGA-AATTGATTTA-----TTA-ATG-TCACCAT--CATATCATAAA-GT---------CA-CACA--A--TCA--GGAACAGC----GTGGT-TCAAC--TATTT-CAATACATCGT-AT
gi|19 : tctaaatatattctttGGAAG-----CTAAC------------------CA---ACAGAC-----GCATC--TTATAA-ATATTATA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTCGGATGTTCGC--AATGTTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACA----ATTAG-----TTA-ATG-TAACCCA--TATAACAGAcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|2 : CAGC----ATCAT-TTGGC--TATTT-TAATACCTCTT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CTATGA---C---A-TG---TTGCCCTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTC--ACCTATGTC
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCGT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CA----G-CCATAA---C---AATCATGTCACCCTCG---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--ACCAAAGTCgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgTCAT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACTA------AA----G-CCATGA---A---A-TG---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|20 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagCACTGGACAAA-----ATTTCTAACCTGG---C--CACC--T---G--TT--CTATTTC-ACATTCCAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATCA-ATATTATA----------ACATCTTTCA-
gi|21 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAAAAAG-----GTTTCTAACT-GG---CTAC--C--T---GATTT--TT-TTTT-ACATTGCATG-----CAAAC------------------CA---ACA----------------T-TCACATATCAAA----------ACATTTTTTA-ATATAT-TCTATTTGAGATGT
gi|22 : acaaatgtattaaactatgtttA-ATATTAAA----------ACAGCTTTT----------------GAGATGTTTTCAGAAAATGTCACCG-AAAATAAAC--ATATTT----------------GTAATAAGTGGTTTA-----TTA-ATG-TCGCCCT--CATAGCAAAAA-GT---------AA-AAAA--A--ttgta
gi|23 : CTCGT-ATGGGCCACGCCTGCAGCAAAAA------CA----G-C----ATGAC---A-TC---TCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATTCTAAATCATGTCT
gi|24 : tATTAA-----CTG-ATG-TCACCCT--------AAAAACGT---------CA-CAAA--A--T-A--GTAACCGT----GATGT-TGAAC--CATTT-CAACGCCTTGT-GTGGATCCCTCCTGCGGt
gi|25 : ttgacgttC--TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGACATATTTTA-ATACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATGTCATTG-AAAATACACAAGTAGTT----A--AG-----Tt
gi|26 : AAAC------------------TA---ACAAAC-----GCACC--ATAACA-ATATTAAA----------ACATATTTTA-GCACAT-TCTATT---GACGTTg
gi|3 : tCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--CACCTAG---G--GT--TT-TTTA-ATATTTAAAG-----CTAAC------------------AA---ATGA-------GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------ACTGCTTTTA-ATACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATTGCATTG-AAAACGGATGAGTTGTT----A--AA-----TCATAACATTTAATTAA-----ACA-GTG-TAACCCT--AATAACAAATT-GT---------CA-CAAA--G--TCG--GTACTAAC----GTTGT---AGCAATATTC-TAATACTGTGT-ATGACCACCGTTTGCAGCGATAA------CT----G-C----AAGGC---A-CC---TAGCTCTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTT--GCCattaa
gi|4 : aacgtagaatacacaatgta----G-C----A-------A-TG---TCAACCTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTG--GCCCATGCCTGGATCACGTCGCGCTC
gi|4 : aacaatactatTCTTTTA-ATGCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTTTCATTA-ACAATA--C-AGTAGTCTTCGACTAA-----TCGTAACAGTTGATTAA-----TTTTGTG-TCAATCT--CGTAACAGAAA-CT---------CT-CAAA--AA-TCA--GTTACAGC----ATCGT-TAATC--TATTTGTAATACCGGGT-ATGACCCCTTCCGGTGGCAACAA------CA----G-C----aacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|4 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtaCACTGAACAAA-----ATTTTTAACC-GG---CCAC--C--T---A--TT--TC-TTTT-Aaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|5 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcatATCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TT---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---TCAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTATA-ACACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACCCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTAACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--GCCCATG--TAAATCATGTCATGCTCcacg
gi|6 : TCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACTCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTTACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCACCATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--ACCCATG--TAAATCATGTCACG
gi|7 : AATACATGGATAAAGACGCTGCTTTGGA---TTATTC--GTCCATGTCTGAATCACGTAACACTC
gi|7 : ACGAAAA-GT---------GA--ATATTG--TCA--GTAAGAGC----GTCGT-T------TATTT-CAGTGCCGAGT-ATGACCCTGTCCTGCGGCAACAA------CA----G-C---------------T---TC-CCCT-A---CGGCCActgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|7 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgtCACTGAATCCA-----ATTTGTAACC-GATCAC--C--T--G---G--TT--CT-TTTT-ACATTCCAGA-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATTA-ATATCAAA----------ACATCTTTTT-AAACAT-TTTGTTTGATATGTataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|8 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatCACTGAACAAA-----ATTTCTAGCC-G-------C--C--A---C--TTAATT-GGTT-ACATTGCAAGGACACCAAATAAATCAACAAAAAAAAAACA---ACAAACAAAAAGTATT--TTATCG-CTATTAAA----------ACATATAGTT-ATACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAACAATCGAGTAGTT----T--TA-----TCGTACCAATTGATTGATCAATTTA-ATA-CCACCAT--CAGAACAAAAC-GT---------TA-CAAA--A--TCA--GTAATATC----CTTGT-TCAGC--TATTC-CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCA----G-C----A---CGATA-TC---TCGCCCTCA---TGGATACAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|9 : atacagaataCAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTC--GCCCATGTCTGAAACCCGTCATGTTCag
gi|9 : tgA-----ATTTCTAACC-AG---A--CAAC--T---G--TT--TC-TTTTCACATTAGGAG-----TAA-C------------------AA---ACACAT-----ATATC--TAATCA-ATATTTAA----------ACATCTTGTA-ATACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATGTCATT---------------------------------TCATAACACTTGATTAA-----TTA-ATA-CCATCCT--T------AAAA-GT---------CA-CAAA--AATTAA--TTAACAGT----G------------TATTT-CATTTCCTCGC-ATTG--CTCTCCT-CG--GACAA------CA----T-T----A---CCT-A-TC----CACCCcagttgtccaattattctgttgtttgggtggataggtaatgttgtccgaggagagcaatgcgaggaaatgaaatacactgttaattaatttttgtgacttttaaggatggtattaattaatcaagtgttatgaaatgacatttttggagaacatttcaaataaaatgtattacaagatgtttaaatattgattagatatatgtgtttgttactcctaatgtgaaaagaaacagttgtctggttagaaattag
blockSeqs : . GGCTACCTGAT AA A TC G GACAC AAATCAACAAAAAAAAAA CCA CAAAAA T CA C TCATTTAAAG T A G A A TTCGACTAATC A TCAATT T . GA C . . TTG . CATCT G G C T AA G . A A AAAACC AGAC . TATGAC A CATG ATAT TTT TA C A
blockSeqs : . GGCCACCTAGG . . T G . . . C G . . . . . T . G AAAAACAGT A T . . . . . . AAT . T C . C G G . . A A . . . CATAAC . C T . . A C
blockSeqs : . TGGCCACCTG . . T G . . . C T . . . . . T . C AAATA A T . . . . . . AA . T C . C G . . . C A . . . CATGAA . C C . . T G
blockSeqs : . GATCACCTGG . . A C . . . C A . . . . . T . G CAATA C A . . . . . . G . T C . C G . . . A A . . . ACGAC . A T . . A A
blockSeqs : . GCCCACTTG . . C C . . . A T . . . . . T . G AAATC C A . . . . . . A . C A . C A . . . C A . . . ATGAC . G T . . C A
blockSeqs : . GGTCACCTG . . T A . . . C T . . . . . G . C AAATC A C . . . . . . A . C G . C T . . . C A . . . AAGGC . G T . . C A
blockSeqs : . GGCCACCTA . . A A . . . T C . . . . . G . A AAATC A T . . . . . . A . T C . C A . . . C A . . . ACGAT . C T . . C A
blockSeqs : . AGACAACTG . . T A . . . C C . . . . . T . A AAATT T T . . . . . . G . C T . T G . . . G A . . . ACCT . C T . . C
blockSeqs : . TTCCCGG . . A C . . . T G . . . . . T . A AAATT G T . . . . . . A . C T . G A . . . A G . . . ATC . G T . . C
blockSeqs : . TGCCCGG . . A C . . . T G . . . . . T . G TTATC T C . . . . . . A . A C . A G . . . C A . . . AC . C T . . C
blockSeqs : . GCCAC . . T G . . . T T . . . . . T . A AA T A . . . . . . A . A C . G T . . . C G . . . AC . C C . . .
blockSeqs : . TGCT . . T . . . . T T . . . . . T . A AA A T . . . . . . A . C C . G G . . . C G . . . C . T C . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . G . G TC C G . . . . . . G . C C . C G . . . C A . . . A . C C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . T T . . G . . . C A . . . . . C T
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ***** C***** ********* ** AGAC********
originalCons : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-C----A---C---A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
finalCons : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CA----G-CAGAC--------A-TC---TCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111111111111111 1111111111111111 33333333333
lowQualScore : 77777 5555555555555555555555 33 2 44 4 77777 999999999999999999 444 888888 2 33 2 9999999999 0 2 2 3 2 8 0 2222222222222222 3 777777 2 2 33 2 999999999 2 55555 33 77777 1 2 2 1 55 2 2 1 1 777777 66666666666 555 2 7777 0 555 44 1 0 3
lowQualScore : ..... ...................... .. . .. . ..... .................. ... ...... . .. . .......... . . . . . . . ................ . ...... . . .. . ......... . ..... .. ..... . . . . .. . . . . ...... ........... ... . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 77777 2222222222222222222222 99 9 11 8 11111 777777777777777777 777 777777 7 44 4 7777777777 1 0 1 2 4 9 2 2222222222222222 6 222222 2 2 11 2 444444444 4 44444 44 11111 6 4 7 6 66 4 2 8 0 222222 88888888888 000 5 6666 2 444 22 0 4 1
consensus : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CAGC------A-G--AC---ATCTCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
Reference ( family-2002 ) : ATCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTT-ACATTGNAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAC-----GCATC--TTATCA-ATATTAAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAATAAACGAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACANTTGATTAA-----NTA-ATG-TCACCCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--TCA--GTAACAGC----GTCGT-TCAGC--TATTT-CAATACCTCGT-ATGGCCCCCTCCTGCGGCGACAA------CAGC------A-G--AC---ATCTCGCCCTCA---CGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--GCCCATGTCTGAATCACGTCGCGCTC
gi|1 : CGACAA----------------A-GTCAT---ATATCGCCTTCG---TGGACATAAAGTATCGATGAAGATACTGTTGTTGA---ATATTC--GCCTGTGTCTGATTAACATCGCGCTC
gi|1 : ctatctcagaaaaaacaATTACTACACAAGGCATCATTTCTAACC-GG---C--CACC--T---G--TT--TT-TGTT-ACATTGCGGG-----CA---------------------------------------------TACCA-ACA--AAC----------GCATGTTTTC-AAAC---------TGA--TGTTTTCAGAAAATAGTATTA-TAAGTAAAC------------A--AA-----GAGTAATACTTTAT-AA-----ATA-ACGCTCACGTT--CATAGCAAAAA-GTAAAAGACAACAACAAC--A--ACACCGTAAAAAC----GTCGT-TCATG--TATTT-CACTACCTCGTGGTGACACCATCTT-TGGCAGCTA------CAGcatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtatctgtagctgccaaagatggtgtcaccacgaggtagtgaaatacatgaacgacgtttttacggtgttgttgttgttgtcttttactttttgctatgaacgtgagcgttatttataaagtattactctttgtttacttataatactattttctgaaaacatcagtttgaaaacatgcgtttgttggtatgcccgcaatgtaacaaaaacaggtggccggttagaaatgatgccttgtgtagtaatgcataaatgt
gi|10 : ctatctcagaaaaaacacgacaaagtcatatatcgccttcgtggacataaagtatcgatgaagatactgttgttgaatattcgcctgtgtctgattaacatcgcgctccatttgaccatttgtggcagtgtatcactactaatatcctctttgggtat-ATG-TCACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA-----TCA--GAAACAGT----GT-GTGTCATC--TATTT-CATTACCTCAT-ATGGACAGTTCCTATGGCAACAA------CA--------A-G--ACGCCATCTCGCCCTCA---TGAACACAATGTATTGCTAAATACACTGCTGTGGA---ACATCG--GCCCATGTCTGTATCAGGTCACACTCgcataaatgt
gi|10 : tA-ATG-TGACCCT--CATAACGAAAA-GT---------CA-CAAA--G--TTA--GTAACAGT----GTGGC-TCAGT--TATTA-CAATGCCTCAT-TTGGACCAATCCTGTGGAAACAA------CAG--------------------TTACCC-CA---CCAACAGAATGTcagttgaccaacattctgttggtggggtaactgttgtttccacaggattggtccaaatgaggcattgtaataactgagccacactgttactaactttgtgacttttcgttatgagggtcacatt
gi|11 : tatgtcactctcataacaaaaagtcacaaatcagaaacagtgtgtgtcatctatttcattacctcatatggacagttcctatggcaacaacaagacgccatctcgccctcatgaacacaatgtattgctaaatacactgctgtggaacatcggcccatgtctgtatcaggtcacactccagttgaccaC---ATCTCGCCCTCAATATGGATGCAATGTGTCGCTGAAGAAACTGCTGTGAA---ATACTC--GCCAATGTCTGAGTCATG
gi|11 : ctgcatA-ATGCAT-TCTATTTTAGATGTTCTTAAAAA---TCAT---------AACAATTGATT----A--A---------TAATAAT------A-----TTG-ATG-TCGCCCTGACATAACAAAAA-GT---------TT-CAAA--A--Tcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaattttgaaactttttgttatgtcagggcgacatcaatattattattaatcaattgttatgatttttaagaacatctaaaatagaatgcatt
gi|12 : ctgcatcatctcgccctcaatatggatgcaatgtgtcgctgaagaaactgctgtgaaatactcgccaatgtctgagtcatgcttcagttgactaatgctcttcttcttcctggttaagtttatggttcacttgttggggtagctgttgttgcggcaggaattgaccaaaCAAA-----ATATCTAAAC-G----C--C--C--ACTTG--CT--GT-TTTT-ACCTTGGAGG-----CAAAC------------------CA---ATAAAC-----GCATC--TAATCA-ATATTAAA----------ACATATTTCA-AC-CAT-TCTATGTGAGACGTTCTCAAAGCAT--CATTG-AAAATAAACGAGTGGTG----A--A---------CACCAATAGATAGA-----TTA-ATG-TCACCCT--CAGAACGAAAA-GT---------CA-GAAA--A--TCA--ACAAAAGT----GTCGT-ACAGC--TATTT-CAA
gi|13 : tatgacaataatatatattatg--TT-TGTT-ACATTGGAAT-----CAAAC------------------CACCAATAAAC-----ACAGC--TTATCA-ATATTAAA----------CAATAACTCA-ATATATATTTATTTCAGATGCTTTCAGAATATGTCGTTG-ACAATTAACCAGAAGTT----A--AA-----TAGTAATAATTGATCAA-----ATA-ATG-TCACCAT--CATAACAAAGT-GT---------CG-CCAA--A--TCA--G-AA---------TCGT-TCAGC--TATTT-CAATATATTAT-ATGTCCC
gi|14 : aCACTGAACAAA-----ATCTATGACC-TG---C--T----------------------------------------AAAC------------------CA---ACAAAC-----ATATC--TTATCA-ATAATAAA----------ATA-CATTTATATGCAT-TCTATTTAAGATGTTCTCAAAATATTTCATTG-ACAATAGACGAGTAGTT----C--AA-----TAGTAGCACTTGATCAA-----ATA-ATG-TCACACT--CATGACAAAAA-a
gi|15 : CACAAAACAAA-----AATTTCAACC-GGTCAC--C--T--G-------T--CT-TTTA-AAACTG-AAG-----CAAAC------------------GA---GTAAAA-----GCAAC--TGGTCA-ATATTAAA----------ATA-CTTTTA-ATACAG-TATGTTTGAGATGATTTCAGAGCTTTTCATTGAAAAAGGAATGAGTTGTT----T--AA-----tatactgtgtgtcttatttcat
gi|16 : A--G--TTA--GCAACAGCATCTGTCAT-TCAAC--TATTC-CGTTACCTCAA-ATTGACCCCTCCTGTGGTAACAA------CAGT------ACG--AC---ATATCGTCCCCA---TGGACACCGTGTGTCGCGGAGGACACTGTTGTG-------------GCC--TGTCTGAATTACGTTCCGCTCcggggaaagttgttctttttcaaacaatctc
gi|17 : AA----------ACATATTTTA-TTACAT-TCGATTTGATATATTCTAATGAAATTTTATTG-AATATAAACCAGTTGTT----A--AAAACAGT-GTAACACTTCATTAA-----CTA-TTG-TTACTCT--CATAACAAAAA-GT---------CA-CAAA--A--ACA--GTAACAG-----ATATT-TCATCG-TATTC-CAcagttgactaacattctggtgtggtgtt
gi|18 : aatcTTG-AGAATAAACAAACAGCT----A--AA-----TCGTGA-AATTGATTTA-----TTA-ATG-TCACCAT--CATATCATAAA-GT---------CA-CACA--A--TCA--GGAACAGC----GTGGT-TCAAC--TATTT-CAATACATCGT-AT
gi|19 : tctaaatatattctttGGAAG-----CTAAC------------------CA---ACAGAC-----GCATC--TTATAA-ATATTATA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTATTTCGGATGTTCGC--AATGTTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTT----A--AA-----TCGTAACA----ATTAG-----TTA-ATG-TAACCCA--TATAACAGAcgtatatactccctgtggtaccagac
gi|2 : CAGC----ATCAT-TTGGC--TATTT-TAATACCTCTT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CAGCT-----ATG--AC---ATGTTGCCCTAA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCGGTTGA---ATATTC--ACCTATGTC
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttTCGT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACAA------CAGCCATAACA-A--TC---ATGTCACCCTCG---TGGACACAATGTATCGCTGAAGATACTGCTGTGGA---ATATTC--ACCAAAGTCgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagtcatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|2 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgTCAT-ATGGCCCCCTCCTGTGGCAACTA------AAGCC-----ATG--AA---ATGTCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGatatggccccctcctgtggcaactaaagccatgaaatgtcgccctcatggacacaatgtatcgctgaag
gi|20 : gcacagtgctgaatcaaaaagggtactaaaattataccctaagacaaattgttgaaatttagtgatatggttttcttcacatattggtaccattttcagcatcatttggctattttaatacctcttatggccccctcctgtggcaacaacagctatgacatgttgccctaatggacacaatgtatcgctgaagatactgcggttgaatattcacctatgtcgtatggccccctcctgtggcaacaacagccataacaatcatgtcaccctcgtggacacaatgtatcgctgaagatactgctgtggaatattcaccaaagCACTGGACAAA-----ATTTCTAACCTGG---C--CACC--T---G--TT--CTATTTC-ACATTCCAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATCA-ATATTATA----------ACATCTTTCA-
gi|21 : taaagctttccatgtgccattcagaaagttgcatgcaaaactcCACTGAAAAAG-----GTTTCTAACT-GG---CTAC--C--T---GATTT--TT-TTTT-ACATTGCATG-----CAAAC------------------CA---ACA----------------T-TCACATATCAAA----------ACATTTTTTA-ATATAT-TCTATTTGAGATGT
gi|22 : acaaatgtattaaactatgtttA-ATATTAAA----------ACAGCTTTT----------------GAGATGTTTTCAGAAAATGTCACCG-AAAATAAAC--ATATTT----------------GTAATAAGTGGTTTA-----TTA-ATG-TCGCCCT--CATAGCAAAAA-GT---------AA-AAAA--A--ttgta
gi|23 : CTCGT-ATGGGCCACGCCTGCAGCAAAAA------CAGC------ATG--AC---ATCTCGCCCTCA---TGGACACAATGTATCGCTGAAGGTCCTGCAGTGGA---ATATTCTAAATCATGTCT
gi|24 : tATTAA-----CTG-ATG-TCACCCT--------AAAAACGT---------CA-CAAA--A--T-A--GTAACCGT----GATGT-TGAAC--CATTT-CAACGCCTTGT-GTGGATCCCTCCTGCGGt
gi|25 : ttgacgttC--TAATCA-ACATTAAATCATTTAAAGACATATTTTA-ATACAT-TCTGTTTACAATGTTCTAAGGAAATGTCATTG-AAAATACACAAGTAGTT----A--AG-----Tt
gi|26 : AAAC------------------TA---ACAAAC-----GCACC--ATAACA-ATATTAAA----------ACATATTTTA-GCACAT-TCTATT---GACGTTg
gi|3 : tCACTGAACAAA-----ATTTCTAACC-GG---C--CACCTAG---G--GT--TT-TTTA-ATATTTAAAG-----CTAAC------------------AA---ATGA-------GCACCCATTGTCA-GCAGTAAT----------ACTGCTTTTA-ATACAT-TCTATTCCAGATGTTCACAGAAAATTGCATTG-AAAACGGATGAGTTGTT----A--AA-----TCATAACATTTAATTAA-----ACA-GTG-TAACCCT--AATAACAAATT-GT---------CA-CAAA--G--TCG--GTACTAAC----GTTGT---AGCAATATTC-TAATACTGTGT-ATGACCACCGTTTGCAGCGATAA------CTGCA-----A-G--GC---ACCTAGCTCTCA---TTGAAAAAATATACCTCCGAAGGTAGTGCTGTGGA---ATATTT--GCCattaa
gi|4 : aacgtagaatacacaatgta---ATGTCAACCTAA---TGGACGTAATGCATCGCTGGTGATACTGTTGCGGA---AGATTG--GCCCATGCCTGGATCACGTCGCGCTC
gi|4 : aacaatactatgcaTCTTTTA-ATGCAG-TCAATT-GTGATGTTCTCAGAAATTTTCATTA-ACAATA--C-AGTAGTCTTCGACTAA-----TCGTAACAGTTGATTAA-----TTTTGTG-TCAATCT--CGTAACAGAAA-CT---------CT-CAAA--AA-TCA--GTTACAGC----ATCGT-TAATC--TATTTGTAATACCGGGT-ATGACCCCTTCCGGTGGCAACAA------CAGC------aacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcattaaaagaaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|4 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtaCACTGAACAAA-----ATTTTTAACC-GG---CCAC--C--T---A--TT--TC-TTTT-Aaataggtggccggttaaaaattttgttcagtgcacg
gi|5 : aacaatactatgcaatgtcaacctaatggacgtaatgcatcgctggtgatactgttgcggaagattggcccatgcctggatcacgtcgcgctcaacatgaccaagattatgttgctggggtagctgttgttgccaccggaaggggtcatacccggtattacaaatagattaacgatgctgtaactgatttttgagagtttctgttacgagattgacacaaaattaatcaactgttacgattagtcgaagactactgtattgttaatgaaaatttctgagaacatcacaattgactgcatATCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TT---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---TCAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTATA-ACACAT-TCTATTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACCCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTAACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CAGC-----------AC---ATCTCACCATCA---CAGACATAACATATCATTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--GCCCATG--TAAATCATGTCATGCTCcacg
gi|6 : TCACTGAACAAA-----ACTTCTAACC-TG---C--C--C--G---G--TT--TT-TTTA-ACATTGAAAG-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCTGC--TTATCA-ATATTGAA----------ACATCTTTTA-ATACAT-TCTTTTTGAGATGTTCTCAGTAAATTTCATTG-AAAATAAACAAGTAGTA----A--AA-----TTGTTACATTTGATTAA-----GTA-ATG-TCACTCT--CATGACAAAAA-GT---------CA-GAAT--A--TCA--GTTACAGA----ATCGT-TGAGT--TATTT-CAATATCTTGT-ATAGCCCCCTTCTGCGGTGACAA------CAGC-----------AC---ATCTCACCATCA---CAGACATAACATATCACTGAAGATACTGCCGTGCA---ATATTC--ACCCATG--TAAATCATGTCACG
gi|7 : AATACATGGATAAAGACGCTGCTTTGGA---TTATTC--GTCCATGTCTGAATCACGTAACACTC
gi|7 : ACGAAAA-GT---------GA--ATATTG--TCA--GTAAGAGC----GTCGT-T------TATTT-CAGTGCCGAGT-ATGACCCTGTCCTGCGGCAACAA------CAGC------ctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|7 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaaCACTGAATCCA-----ATTTGTAACC-GATCAC--C--T--G---G--TT--CT-TTTT-ACATTCCAGA-----CAAAC------------------CA---ACAAAT-----GCATC--TTATTA-ATATCAAA----------ACATCTTTTT-AAACAT-TTTGTTTGATATGTataatttaatacatatcaaacaaaatgtttaaaaagatgttttgatattaataagatgcatttgttggtttgtctggaatgtaaaaagaaccaggtgatcggttacaaattggattcagtgttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|8 : aatacatggataaagacgctgctttggattattcgtccatgtctgaatcacgtaacactcctgttggccgtaggggaagctgttgttgccgcaggacagggtcatactcggcactgaaataaacgacgctcttactgacaatattcacttttcgtataatttaatCACTGAACAAA-----ATTTCTAGCC-G-------C--C--A---C--TTAATT-GGTT-ACATTGCAAGGACACCAAATAAATCAACAAAAAAAAAACA---ACAAACAAAAAGTATT--TTATCG-CTATTAAA----------ACATATAGTT-ATACAT-TCTAGTTTAGATGTTCTCAGAAAATTTCATTG-AAAACAATCGAGTAGTT----T--TA-----TCGTACCAATTGATTGATCAATTTA-ATA-CCACCAT--CAGAACAAAAC-GT---------TA-CAAA--A--TCA--GTAATATC----CTTGT-TCAGC--TATTC-CAA--------------CCCTTCTTATCGCAAAAAAAAACCCAGC------ACG--AT---ATCTCGCCCTCA---TGGATACAAttaatctgtttatagaaaaccatatttcatatcatgtttatataaaatacaatgttt
gi|9 : atacagaataCAATGTATTGCTGACTATACGGCTGTGAATTTATATTC--GCCCATGTCTGAAACCCGTCATGTTCag
gi|9 : tgA-----ATTTCTAACC-AG---A--CAAC--T---G--TT--TC-TTTTCACATTAGGAG-----TAA-C------------------AA---ACACAT-----ATATC--TAATCA-ATATTTAA----------ACATCTTGTA-ATACAT-TTTATTTGAAATGTTCTCCAAAAATGTCATT---------------------------------TCATAACACTTGATTAA-----TTA-ATA-CCATCCT--T------AAAA-GT---------CA-CAAA--AATTAA--TTAACAGT----G------------TATTT-CATTTCCTCGC-ATTG--CTCTCCT-CG--GACAA------CAcagttgtccaattattctgttgtttgggtggataggtaatgttgtccgaggagagcaatgcgaggaaatgaaatacactgttaattaatttttgtgacttttaaggatggtattaattaatcaagtgttatgaaatgacatttttggagaacatttcaaataaaatgtattacaagatgtttaaatattgattagatatatgtgtttgttactcctaatgtgaaaagaaacagttgtctggttagaaattag