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Reference ( gi|7 )            :  ATATTATAAATATGCACCATATTCAACATACTATAGATGATGGCAGACCAATACTTTTTT---AATTATGCATGTGTAAATAAACCGTAAATAAAGAATAGTTGTATTAATCTACACTTAT-------AATGAATACAGTAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACACGCATCATTCTAACAT--AAATCTACATTTTCAACATGAGAT-----AT-TGCTTACAAAATTTAAATATGAAG--TATAATTACAATCTCTAAATTGTACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATATAATCTA-----TTCTTTTCATTGTGTCTATAATCATCTCAATTTATCAAGTAGCTAGTTATTTA
gi|8                          :  ATATCATAAATATGCACCATATTCAACATACTATACATGATGGCAGATCAATACTTTTTA---AATTATGCATGTGTAAATAAACCGTAAATAAAGACTAGTTGTATTAATCTACACTTAT-------AATGAATACAGTAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACACGCATCATTCTAACAT--AAATCTACATTTTTAACATGAGAT-----AT-TGCATACAAAATTTAAATATGAAG--TATAGATATAATCTCTAAGTTGTACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATGTAATATA-----TTCTGTTCATTGTGTCTATTATCATCTTGATTTATCAAATAGCTAGTTATTTA
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gi|15                         : gATATTATAAATATGCACCATATTAAACATACTATAGATGATGGCAAACCAATACTTTTTT---TATTATGCATGTGTAAATAAACCGTAAATAAAGAATAGTTGTATTAATCTACACTTATAAATTATAATGAATACAGCAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACATGCATCATACTAACAT--AAATCTACATTTTCAACACGAGTC-----AT-TGCTTACAAAATTTAAATATGAAG--TATAGATACAATCTCTAAATTGTACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATATAATCTA-----TTTTGTTCATTGTGTCTATAA
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gi|1                          :  gTATTATAAATATGCACCATATTCAACATACTATAGATGATGGCAGACCAATACTTTTTTT--AATTATGCATGTGTAAATAAACCGTGAATAAAGAATAGTTGTAGTAATCTACACTTAT-------AATGAATACAGTAATCTAT--TTGAGAAAAAGCCTTTGAGAAAAACACGCATCATTCTAACAC--AAATCTACATTTTCAACACGAGAT-----AT-TGAATACAAAATTTAAATATGAAG--TATAGATACAATCTCTAAATTGTACACCTTTGAAATTCTCGTATCAAATATAATGTA-----TTCTATTCATTGTGTCTATGATCATCTCAGTTTATCAAATAGTTAGTTATTTAa
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gi|13                         :      aATAAATATGCACCACCTTCAACATACTATAGATGACGGCAGACCAATACTTTTTTTTTAATTATGCATGTGTTAATAAACCGTAAATAAAGAAAAGTTGAAT-AATCTTCGTTTAT-------AACGAATACAGTAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACACGCATCGTTTTAACAT--AAATTTACATTTTCAGCATGAGAT-----AT-TGCATACAAAATTTAAATACGAAG--TAAAGATACAATCTCTAAATTGTACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATATAATCTA-----TTCTGTTCATTATATCCATGATCATCTCATCTTATCAAATA
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gi|16                         :                CACCATTTTCAACATACTATAGATGATGGCAGATCAATACTTTTTT---AATTATGCATGTGTAA-----------ATAAAGAATAGTTGTATTAATTTACGTTGAT-------AATGAATACAGTAATATAT--TTG--------CCTTTGACAAAAACACACATCATTTTAACAT--AAAACTGCATTTTCAACATGAGAT-----AT-TGCATACAAACTTTAAATACGAAG--TTTAGATAAACTCTTTAAACTGCACACCTTTAAATTACTCGTATCAAATATAATATA-----TTCTGTTCTTTGTGTCCACGATCATCTCAACGTATCAAATAGCTAGTTATTaa
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Reference ( family-1892 )     :                           ATATTATAAATATGCACCATNTTCAACATACTATAGATGATGGCAGATCAATACTTTTTT---AATTATGCATGTGTAAATAAACCGTAAATAAAGAATAGTTGTATTAATCTACG-TTG------ATAATGAATACAGTAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACACGCATCATTTTAACAT--AAATCTACATTTTCAACATGAGAT-----AT-TGCATACAAAATTTAAATACGAAG--TATAGATACACTCTCTAAACTGCACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATATAATCTA-----TTCTGTTCATTGTGTCCATGATCATCTCATCTTATCAAATAGCTAGTTATTTA
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Reference ( family-1892 )     :                           ATATTATAAATATGCACCATNTTCAACATACTATAGATGATGGCAGATCAATACTTTTTT---AATTATGCATGTGTAAATAAACCGTAAATAAAGAATAGTTGTATTAATCTACG-TTG------ATAATGAATACAGTAATCTAT--TTG--------CCTTTGAGAAAAACACGCATCATTTTAACAT--AAATCTACATTTTCAACATGAGAT-----AT-TGCATACAAAATTTAAATACGAAG--TATAGATACACTCTCTAAATTGCACACCTTTGAAATACTCGTATCAAATATAATCTA-----TTCTGTTCATTGTGTCCATGATCATCTCATCTTATCAAATAGCTAGTTATTTA
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blockSeqs                     :                                               T                                       TTT                     C                               C  ATAAATT                     AT   .                                      TA   T                    TCGTG  A                        TT          C                                              TTTTG
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           AT   .                                      .    T                    .      .                        TT          C                                              .    
blockSeqs                     :                                               G                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               C                                       .                       C                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  A                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       C                               .  G                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       C                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       C                               .  A                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       .                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       .                               .  G                           .    .                                      .    A                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       .                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               A                                       .                       .                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           A                                              .    
blockSeqs                     :                                               T                                       .                       .                               .  T                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           C                                              .    
blockSeqs                     :                                                                                                               .                               .  G                           .    .                                      .    T                    .      .                        .           .                                              .    
blockSeqs                     :                                                                                                               .                               .  .                           .    .                                      .    .                    .      .                        .           .                                              .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .    .                                                                                                               .    
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