lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 777 222222222222222 11 44444444444 55555555555555555 11111111 33333333333333 111111 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 111 555555555555555 33 44 888888 888888 3 00000000000 11111111111111111 6666 6666 8888 2 00000000 66666666666666 2 000000 44 4 9999 333333 44 555 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 666 4
lowQualScore : ... ............... .. .. ...... ...... . ........... ................. .... .... .... . ........ .............. . ...... .. . .... ...... .. ... .. ............................................................... . ... .
lowQualScore : 000 000000000000000 44 22 888888 888888 1 22222222222 22222222222222222 5555 5555 9999 9 44444444 66666666666666 7 888888 22 4 6666 111111 22 444 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 222 1
consensus : NNAAAGTTACATAT-T-TACTCATTTTTTCCTAAACATGGATAAGCAGTGTAATAATGAAAATCAATAAA--T------ATA------AA-CACTTTT--GA-TCAGTTGCTTTCATAT---N-T--TAC--A----TGCAGG----TTATAAA----T-A--------TA-----TTCGCAN--TTAAAAT---A--ATTA--TTTTCTTAAA----AG------AG--GTGC---AC--C---C-TT----T------T--T-A-----G-------A-C--T-------C-T--T-CNC---GAGTGCTCGACG--GAAAATTTCCGTGAC
Reference ( gi|6 ) : TTAAAGTTACATATATGTACTCATTTTTT---------------GCAGTGTTGTAATGAAAATCAATAAA--T------ATA------AA-CACCGTT--G--TCAGTTGCTTTCCTAT---T-T--TAT--A----TGCAGG----TTATAAA----T-A--------TA-----TTCTTAC--TTAAAAT---A--ATTA--TTTTCTTAAA----AG------AG--GTGC---AC--C---CATT----T------T--T-A-----G-------A-G--T-------C-T--T-CAT---GAGTGCTTGACA--GAAAATTTCTGTAAC
gi|1 : AAAGTTACATAT-T-TACTCATTTTTTCCTAAACATGGATAAACAGTGTGACAATGAAAATCTATCAA--T------ATA------AA-CACTTTT--GC-TCAGTTGTTTTCATAT---A-T--TAC--A----TATAGA----TTTTATA----T-A--------CA-----TGTATAT--TTGCAATGAAA--ATTAAATTTTCTTTAATTTCATTT----AG--GTGC---AT--CTATCATC----TATCTCAT--T-A-----AC------A-C--T-------C-T--TTCA----GAGTGCTTGAAT--GAAATTTTCTGTAAC
gi|14 : ---------------GCAGTACAATAATGAAAAACAATAAATCT------ATA------AA-CA-CATTCCG--TCTGTTGCTTTatcatatacatctgtgcttaacac
gi|3 : acagactgtcctgttcatttttaagttatatattgactggattcgttttcgaaattcgctggaaaaCAGTGCAATAATGAACATTGGCAAA--T------ACA------AAACACCTTT--TC-TCAGTTACTTTTATAT---------AC--A----TACATG----TTAGTTA----T-A--------TA-----TTGGCAA--TTTAAAT---A--CATA--TTTTCTTTAA----AG------AG--GTGC---ACATC---TATGAAGAT------A--T-AC----G-------A-C--T-------C-TTAT-CA----GAATGCTTGATG--GAAAATTTTCGCGAC
gi|8 : acCAGCGTAATAGTGAAAATCAATAAA--T------ATA------AT-AACTTTTA-G--TCAGTTGCTTTCAAAA---A-T--AAGA-A----TACTGG----TT---AA----T-A--------TA---------TAT--GT--AAT---T--ATTT--TTTTCTTAAA----AA------TG--GTAC---TC--C---C--T----T------T--T-A-----tatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|13 : aaagaatgtccgatttatagttagatagtcgtcacgtttgtctcctcaaaattggctcgaaaacCAGTGTAATAATGAAAATCCCTGAA--T------ATA------AA-TACTTCT--GA-TCAGTAGTGACCACAT---------AC--A----TGCAGG----TTATAAATTTTT-A--------TA-----TATTCACA-GTAAGAT---A--ATTA--TTTT
gi|22 : tacacattcatttgtttttgtccctgaaattcactgaaaagcCAGTGTAGCAATGTAAATCAGTAAA--TTTTACTATA------AA-CACTTTT--GA-TCTGTT
gi|19 : ctcattttcgtcctcaaaatttgctgaaaaacAGTGTTGTAATGAAAATAAA-GAA--C------ATA------AA-CACTTAT--GA-TCAGTTGCTTTC
gi|2 : atttatttatttttgtcttcaaaattactggaaacatGTGTTATAATGAAAATCATTACA--C------ATACATGTTAA-C-CCATTTGG--TCAGTTTCTCTCATAT---C-TA-TAA--A----TACAAG----TTATAAAA---T-A--------TA-----TTCACAA--TTTAATT---G--ATTA--TTTTCTTAAA----AA------AG--GCAC---AT--C---TGTT----T------T--A-A-----G-------ATG--T---------------AC---AAGTGCTGGACA--GAACATTTCTGTat
gi|20 : cattaacgtattttcatctttaaaatttctggaaaactgGTGTAATAAT-AAAATGAATAAA--T------CTA------AA-C-TTGTTTGG--TCATTTGCTTTCgtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|9 : acttgtttttgttctcagaattcactgaaaacctTAATGAAACTCAATAAA--G------ATA------AA-CACTTTTG-G--TCTGTTGCTTTCGCAT---A-TGATAT--A----TACAGGCGGTTTATGAA----T-A--------TA-----TTCGCAA--TCAAAAT---A--ATa
gi|10 : actgaggatctgaaacttacatagtagttttacaaacattcgtcctataacaatggttgaaaacatgtgcaaTAATGAATATCAATTAA--T------AAA------AA-TACT-TT--AAATCAGTTGCTTTC--AT---G-TA-TAC--A----TGCAGA----GTATAAA----T-A--------TA-----TATATGCAATTAAAAG---ATTTTTT--TTTTCTT-AG----AG------TG--TTGC---AA--C---CATT----T------
gi|5 : GAAAATGAATAAA--T------AT---------------TT--GA-TCAGTTGCTTTC--AT---TATG-TATCAA----TGCAGA----TTATATA----T-A--------TA-----TATATAT--TCACAATTT-A--ATTG--TTTTATTAAA----AG------AG--GTGT---AT--C---CCTT----TAGGAC-T--T-A-----C-------A-ACTC-------C-T--T-CCC---GAGTGCTCAACA--GATAATTTCTGTGACacgtctctttccgagagcaaaatgtcaaatttccatgaccatgta
gi|7 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaTTAAAAAA--T------ATA------AA-CTTTTTT--GG-TCAGTTGCTTTCATATGCAT-G--TAT--ACAAATGCAGG----TTATGAA----T-A--------TA-----TTT----------GAT---G--ACT---TTTTTTT-AA----AG------AG--GTGC---CC--C---CTTT----C------T--G-A-----GATATACAA-C--T-------C-T--T-TCC---GTGTACT--ACAATGAAAATCTCa
gi|11 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttcagtatatagtAGTTGCTTTTATAT---C-T---GT--A----TGTA-------TACAAA----TTA--------TA-----TGGTCACAATTATAAT---A--ATAA--TTTTCTTAAAG---AGGTCACCAG--GTGTCTAAC--C---C--T----T------T--T-A-----G-------A-T--TTACAACTC-T--T-TAT---GAGTGCTTGATT--GAAACTTTCCTTGACc
gi|17 : AC--A----TGCAGG----TTATTAA----T-ACATTTGTATA-----TTCGCAA--TTAAAAT---G--ACTA--TTTTCATAAA----AG------AG--ATGC---AC--C-----TT----T------T--T-A-----tataattatatatcttcaccgag
gi|24 : acAC--A----TGCAGT----TTACAAA----A-A--------TGCAGTTTTCGCAA--TTCAAAT---A--ATTA--TTTTCTTCAA----AG------AG--GTGC---agatttacgactctttcatagtg
gi|4 : AT--A----TATAAG----TCATAAA----T-A--------TA-----TT-TGAA--ATAAAAT---A--ATTA--TTCTCCTA------------------TTG----AC--C---CCTT----T------T--C-A-----GATTTACTA-A--T-------C-T--T-TCC---AGGTGCCAAACG--GAAAATTT
gi|12 : ttttaaagttacatattaaattatctttcttcctcaaaatttgctggaaaactattatcataataaaaaagcatatatatattcttctgttcagttgatttcaaatatacatatacatgtatacaaTATAAT----T-A--------TA-----TTTGCAA--CGAAACT---T--ATGA--CTTTCTTAAA----AG------AG--GTGC---AC--------TT----T------T--TAA-----G-------A-T--TTACC---C-T--T-CTTTCAGAGTGCTTGATG--GAAATTTTCCGTGAC
gi|23 : TAAA----AG------AATCGTTC---AC--C---CCTT----T------TAAT-ATTCATG-------A-C--T-------C-T--TTCA----GAGTGCTTGATG--GCAAACCTTCATGACttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|16 : T----T------T--T-AT----G-------A-T--T-------CAT--T-C-T---GAGTGCCCGACA--GACAATATTTGTGACtatataaatatac
gi|21 : tgtacgcctgttaaa-----G-------A-C--T-------C-T--T-TCC---AAGTGCTTGACA--AAAAAATTCCATGACtatgtatatatctccgtcgaacacaataaacatatatcatttgtgtcagtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTGAAGTTGCATATTAACCACTTATTTTCGTTCTCAAAATTTGCTGGAAAACCAGTGTAATGATGAAAATTAATATCTTTTATATATTGATAAGTTGCTTTTATATATGCAT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Unaligned ( gi|25 ): ATTAACTTGTTTTTGTCCATGAAATTAGCTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111111 777777777777777777777777777777777777 111111 2222222 111111111111 111111111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 00000 4 11111111111111 6 44 666666666666666666666666666666666666 6 2 2 66666 000000 777777 2 0 0 4 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 111111111111 66 2 99999999 66666 66 2 22 4 2 33 3 99999999999999 33 555 3333333333 3 00000000000000000000000000000000000000000000 000000 88 33
lowQualScore : ..... . .............. . .. .................................... . . . ..... ...... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... ............ .. . ........ ..... .. . .. . . .. . .............. .. ... .......... . ............................................ ...... .. ..
lowQualScore : 00000 0 88888888888888 7 66 999999999999999999999999999999999999 5 9 9 22222 666666 222222 5 4 6 3 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 333333333333 33 7 77777777 77777 33 7 11 2 7 77 4 66666666666666 99 000 5555555555 1 00000000000000000000000000000000000000000000 000000 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCTA-AA-T---CA-----T-----GGAA----AANC-A-GTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TTTT-------T-A--------G-------AC-------T--------CTTTCC---GAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCTA-AA-----CA-----T-----GGAT----AAGC-A-GTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGATCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCANTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TTTT-------T-A--------G-------AC-------T--------CTTCNC---GAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCTA-AA-----CA-----T-----GGAT----AAAC-A-GTGTGACAATGAAAATCTATC-----AA------TATA------AA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATATA-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TCAT-------T-A--------AC------AC-------T--------CTTTCA---GAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCAATT-----AA------TAAA------AA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TATA-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-ATTT-------A-C--------G-------TC-------T--------CTTTCC---GAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TACA-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGATT--T-AC-------A-------AC-------T--------CTTTAT---GAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TATA-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TTTT-------T-A--------AGATTT--AC-------C--------CTTCTTTCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T-T---CATT--T-G--TTT-T--TGTCCCTG-AAATT--CA-----C-----TGAA----AAGCCA-GTGTAATAATGAAAATCCCTG-----AA------TATA------AA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T-T---GACT--GGA--TTCGT--T--TTCGA-AATT---CGC----T-----GGAA----AAGC-A-GTACAATAATGAAAAACAATA-----AATC----TATA------AA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T-TAACCACT--T-A--TTT-TCGT--TCTCA-AAATTTGC------T-----GGAA----AACC-A-GTGTAATGATGAAAATTAATATCTTTTA------TATA--------------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TATT-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTT-------A-A--------G-------A------------------TTTAC---GAgcat
gi|19 : acA-----T-T---TATT--T-A--TTT-T--TG-TCTTC-AA-----AA-----TTACT-GGAA----ACAT-A-GTGTTGTAATGAAAATAAA-G-----AA------CATA------AA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-ctctttcatagtg
gi|2 : ACGTA-----T-T---T--T--C-A--TCT-T--T------A-AAATTT-C------T-----GGAA----AACT-G-GTGTTATAATGAAAATCATTA-----CA------CATACATGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATA-----A------AA-T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GTTT-------TAA--------G-------A------------------TGTAC---AAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : cattaACT--T-G--TTT-T--TGTTCTCA-GAATT--CA-----C-----TGAA----AACC-T-GTGTAATAAT-AAAATGAATA-----AA------TCTA------AA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------AC-------T--------CTTTCC---AAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacCT--C-A--TTT-T--CG-TCCTC-AA-----AA-----TTTGCTGAAA----AACC-A-GTGTAGCAATGTAAATCAGTA-----AATTTTACTATA------AA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CTTT-------T-AATATTCATG-------AC-------T--------CTTTCA---GAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TACA-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|3 : C-A-GTGCAATAATGAACATTGGCA-----AA------TACA------AAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAGT-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CTATGAAGATAT-AC-------G-------AC-------T--------CTTATCA--GAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : acAAAGTTACATA-----T-T---AAAT--T-ATCTTT-C--T--TCCTC-AA-----AATTTGCT-----GGAA----AACT-A-TTATCATAATAAAAA--AGCA-----TA------TATA------TA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TTTT-------C-A--------G-------ATTTACTAAT--------CTTTCC---AGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : ttttGAAAATGAATA-----AA------TAT---------------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TATATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CTTT-------A-G--------G-------AC-------TTACAACTCCTTCCC---GAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaAAAGTTACATA-----TATG--TACT--C-A--TTT-T--T--T-----------------------------------GC-A-GTGTTGTAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATTTT-------T-A--------G-------AG-------T--------CTTCAT---GAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttC-A-GTATA-TAGT-----TTAAAA-----AA------TATA------AA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TTTC-------TGA--------GATATACAAC-------T--------CTTTCC---GTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATA-----G-T---CG-T--C-ACGTTTGT--C--TCCTC-AA-----AA-----TT----GGCTCGAAAACC-A-GCGTAATAGTGAAAATCAATA-----AA------TATA------AT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T--------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TTTT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT-T---TACAAAC-A--TTC-G--T---CCTATAA-----CAA----T-----GGTTGA--AAAC-ATGTGCAATAATGAAACTCAATA-----AA------GATA------AA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Unaligned ( gi|25 ): ATTAACTTGTTTTTGTCCATGAAATTAGCTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111111111 777777777777777777777777 111111 2222222 111111111111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 4 11111111111111 6 44 000000000000000000000000 44 33 1 2 33 66666 000000 777777 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 111111111111 66 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... . .............. . .. ........................ .. .. . . .. ..... ...... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... ............ .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 00000 0 88888888888888 7 66 666666666666666666666666 22 99 0 7 77 22222 666666 222222 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 333333333333 33 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCTCA-A-AA---T---CG--TGG--AAA--ACCA-GTGT--AATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCT---A-AA---T---CA--TGG--AAA--ANCA-GTGT--AATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T-T---TACT--C-A--TTT-T--T--TCCT---A-AA-------CA--TGG--ATA--AACA-GTGT--GACAATGAAAATCTATC-----AA------TATA------AA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATATA-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCAATT-----AA------TAAA------AA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TATA-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TACA-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TATA-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T-T---CATT--T-G--TTT-T--TGTCCCT---G-AAAT-T---CAC-TGA--AAA--GCCA-GTGT--AATAATGAAAATCCCTG-----AA------TATA------AA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T-T---GACT--GGA--TTCGT--T--TTCG---A-AA---TT--CGC-TGG--AAA--AGCA-GTAC--AATAATGAAAAACAATA-----AATC----TATA------AA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T-TAACCACT--T-A--TTT-TCGT--TCTC---A-AAATTT---GC--TGG--AAA--ACCA-GTGT--AATGATGAAAATTAATATCTTTTA------TATA--------------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TATT-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T-T---TATT--T-A--TTT-T--TG-TCTTCA-A-AA---T---TAC-TGG--AAA--CATA-GTGT--TGTAATGAAAATAAA-G-----AA------CATA------AA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : ACGTA-----T-T---T--T--C-A--TCT-T--T---------A-AAATTT---C---TGG--AAA--ACTG-GTGT--TATAATGAAAATCATTA-----CA------CATACATGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATA-----A------AA-T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : cattaACT--T-G--TTT-T--TG-TTCTCAGA-AT---T---CA--CTG--AAA--ACCT-GTGT--AATAAT-AAAATGAATA-----AA------TCTA------AA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacCT--C-A--TTT-T--CG-TCCTCA-A-AA---TTTGC---TGA--AAA--ACCA-GTGT--AGCAATGTAAATCAGTA-----AATTTTACTATA------AA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TACA-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|3 : --ACCA-GTGC--AATAATGAACATTGGCA-----AA------TACA------AAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAGT-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T-T---AAAT--T-ATCTTT-C--T--TCCTCA-A-AA---TTTGC---TGG--AAA--ACTA-TTAT--CATAATAAAAA--AGCA-----TA------TATA------TA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : tttt--TGG--AAACAATCA-TTATTTAACCA-GAAAATGAATA-----AA------TAT---------------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TATATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgAAAGTTACATA-----TATG--TACT--C-A--TTT-T--T--T--------------------------------GCA-GTGT--TGTAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCA-GTAT--A-TAGT-----TTAAAA-----AA------TATA------AA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATA-----G-T---CG-T--C-ACGTTTGT--C--TCCTCA-A-AA---T---TGGCTCG--AAA--ACCA-GCGT--AATAGTGAAAATCAATA-----AA------TATA------AT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T--------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT-T---TACAAAC-A--TTC-G--T---CCT---ATAA---C---AA--TGGTTGAA--AACATGTGC--AATAATGAAACTCAATA-----AA------GATA------AA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Unaligned ( gi|25 ): ATTAACTTGTTTTTGTCCATGAAATTAGCTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 11 4444444 111111 2222222 111111111111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 00000 4 1111 1 44 99 3 77 0 1 3 3 3333333 33 33 66666 000000 777777 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 111111111111 66 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... . .... . .. .. . .. . . . . ....... .. .. ..... ...... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... ............ .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 00000 0 5555 0 66 22 3 99 2 8 1 1 8888888 99 77 22222 666666 222222 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 333333333333 33 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--CA--TTT-TTG-TCCTCAA-AA-T--C-GC-TGGAAA--ACCAGTGT--AATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACT--CA--TTT-TT--TCCTCAA-AA-T--C-G--TGGAAA--ACCAGTGT--AATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T-T---TACT--CA--TTT-TT--TCCT--A-AA----C-A--TGGATA--AACAGTGT--GACAATGAAAATCTATC-----AA------TATA------AA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATATA-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCAATT-----AA------TAAA------AA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TATA-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TACA-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TATA-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T-T---CATT--TG--TTT-TTGTCCCTGAA-AT-T--C-AC-TGAAAA--GCCAGTGT--AATAATGAAAATCCCTG-----AA------TATA------AA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T-T---GACT--GG--ATT-CG--TTTTCGA-AA-TT-C-GC-TGGAAA--AGCAGTAC--AATAATGAAAAACAATA-----AATC----TATA------AA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T-TAACCACT--TA--TTT-TCG-TTCTCAA-AA-T--TTGC-TGGAAA--ACCAGTGT--AATGATGAAAATTAATATCTTTTA------TATA--------------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TATT-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T-T---TATT--TA--TTT-TTG-TCTTCAA-AA-T--T-AC-TGGAAA--CATAGTGT--TGTAATGAAAATAAA-G-----AA------CATA------AA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : ACGTA-----T-T---T--T--CA--TCT-TT-------AA-AA-TTTC----TGGAAA--ACTGGTGT--TATAATGAAAATCATTA-----CA------CATACATGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATA-----A------AA-T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : cattaACT--TG--TTT-TTG-TTCTCAG-AA-TT-C-A--CTGAAA--ACCTGTGT--AATAAT-AAAATGAATA-----AA------TCTA------AA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacCT--CA--TTT-TCG-TCCTCAA-AA-T--TTGC-TGAAAA--ACCAGTGT--AGCAATGTAAATCAGTA-----AATTTTACTATA------AA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TACA-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|3 : --ACCAGTGC--AATAATGAACATTGGCA-----AA------TACA------AAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAGT-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T-T---AAAT--TATCTTT-CT--TCCTCAA-AATT--T-GC-TGGAAA--ACTATTAT--CATAATAAAAA--AGCA-----TA------TATA------TA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : tttt-AA-T----G--TGGAAACAATCATTATTTAACCA-GAAAATGAATA-----AA------TAT---------------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TATATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgAAAGTTACATA-----TATG--TACT--CA--TTT-TT--T--------------------G-------CAGTGT--TGTAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCAGTAT--A-TAGT-----TTAAAA-----AA------TATA------AA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATA-----G-T---CG-T--CACGTTTGTC--TCCTCAA-AA-T--T-GGCTCGAAA--ACCAGCGT--AATAGTGAAAATCAATA-----AA------TATA------AT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T--------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT-T---TACAAACA--TTC-GT--CCTATAACAA-T--G-G--TTGAAA--ACATGTGC--AATAATGAAACTCAATA-----AA------GATA------AA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Unaligned ( gi|25 ): ATTAACTTGTTTTTGTCCATGAAATTAGCTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
Alignments
lowQualScore : 1111 33333 111111 2222222 111111111111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 99999 3 4444 55 0 3 44 3 3 00000 5 66666 000000 777777 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 111111111111 66 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... . .... .. . . .. . . ..... . ..... ...... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... ............ .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 11111 6 4444 55 8 1 22 1 1 44444 9 22222 666666 222222 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 333333333333 33 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T-T---NACTT-ATTTTCGT-C--CT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T-T---TACTC-ATTTTTGT-C--CT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T-T---TACTC-ATTTTT-T-C--CT-AAA-CAT-------GGATAAACAGTGTGACAATGAAAATCTATC-----AA------TATA------AA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATATA-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCAATT-----AA------TAAA------AA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TATA-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TACA-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TATA-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T-T---CATTT-GTTTTTGT-C--CC-TGA-AATTC-A-CTGAAAAGCCAGTGTAATAATGAAAATCCCTG-----AA------TATA------AA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T-T---GACTGGATTC--GT-T--TT-CGA-AATTC-G-CTGGAAAAGCAGTACAATAATGAAAAACAATA-----AATC----TATA------AA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T-TAACCACTT-ATTTTCGT-T--CT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACCAGTGTAATGATGAAAATTAATATCTTTTA------TATA--------------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TATT-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T-T---TATTT-ATTTTTGT-C--TT-CAA-AAT-T-A-CTGGAAACATAGTGTTGTAATGAAAATAAA-G-----AA------CATA------AA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : A-----T-T---AACGT-ATTTTCAT-C--TT-TAA-AAT-T-T-CTGGAAAACTGGTGTTATAATGAAAATCATTA-----CA------CATACATGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATA-----A------AA-T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : cACTT-GTTTTTGT-T--CT-CAG-AATTC-A-CTG-AAAACCTGTGTAATAAT-AAAATGAATA-----AA------TCTA------AA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacCTC-ATTTTCGT-C--CT-CAA-AAT-TTG-CTGAAAAACCAGTGTAGCAATGTAAATCAGTA-----AATTTTACTATA------AA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TACA-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|25 : A-----T-T---AACTT-GTTTTTGT-C--CA-TGA-AAT-TAG-CTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
gi|3 : ACCAGTGCAATAATGAACATTGGCA-----AA------TACA------AAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAGT-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T-T---AAATT-ATCTTTCTTC--CT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACTATTATCATAATAAAAA--AGCA-----TA------TATA------TA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : ttttGAAAATGAATA-----AA------TAT---------------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TATATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaAAAGTTACATA-----TATG--TACTC-ATTTTT----------------------TG------CAGTGTTGTAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCAGTATA-TAGT-----TTAAAA-----AA------TATA------AA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATA-----G-T---CG-TC-ACGTTTGT-CTCCT-CAA-AAT-T-GGCTCGAAAACCAGCGTAATAGTGAAAATCAATA-----AA------TATA------AT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T--------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT-T---TACAA-ACATTCGT-C--CTATAACAAT-G-G-TTG-AAAACATGTGCAATAATGAAACTCAATA-----AA------GATA------AA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333 111111 2222222 111111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 22222 88 44 555 3 3 4 3 3 00000 5 777777 66666 000000 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 22222222222222 33 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... .. .. ... . . . . . ..... . ...... ..... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... .............. .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 77777 66 33 444 1 1 7 1 1 44444 9 222222 22222 666666 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 11111111111111 77 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T--TT-AC---TC-AT-TTTT-TCCT-AAA-CAT-------GGATAAACAGTGTGACAATGAAAATCT------ATC-----AA------TATAAA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATAT-A-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCA------ATT-----AA------TAAAAA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TAC-A-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TAT-A-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T--TC-AT---TT-GT-TTTTGTCCC-TGA-AATTC-A-CTGAAAAGCCAGTGTAATAATGAAAATCC------CTG-----AA------TATAAA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T--TG-AC---TGGAT-T--CGTTTT-CGA-AATTC-G-CTGGAAAAGCAGTACAATAATGAAAAACA------ATA-----AATC----TATAAA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T--TA-ACCACTT-AT-TTTCGTTCT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACCAGTGTAATGATGAAAATTA------ATATCTTTTA------TATA--------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-T-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T--TT-AT---TT-AT-TTTTGTCTT-CAA-AAT-T-A-CTGGAAACATAGTGTTGTAATGAAAATAA------A-G-----AA------CATAAA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : A-----T--TA-AC---GT-AT-TTTCATCTT-TAA-AAT-T-T-CTGGAAAACTGGTGTTATAATGAAAATCATTACACATA-----CA------TGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATAA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : c-AC---TT-GT-TTTTGTTCT-CAG-AATTC-A-CTG-AAAACCTGTGTAATAAT-AAAATGA------ATA-----AA------TCTAAA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacC---TC-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-TTG-CTGAAAAACCAGTGTAGCAATGTAAATCA------GTA-----AATTTTACTATAAA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TAC-A-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|25 : A-----T--TA-AC---TT-GT-TTTTGTCCA-TGA-AAT-TAG-CTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
gi|3 : ACCAGTGCAATAATGAACATTG------GCA-----AA------TACAAAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAG-T-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T--TA-AA---TT-ATCTTTCTTCCT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACTATTATCATAATAAAAA--A------GCA-----TA------TATATA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : ttttGAAAATGA------ATA-----AA------TAT---------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TAT-ATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaAAAGTTACATA-----TA-TGTAC---TC-AT-TTTT-------------------TG------CAGTGTTGTAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCAGTATA-TAGT-----TTA------AAA-----AA------TATAAA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TAT-G-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATAG----TCGTC-AC---GT--T-TGTC-TCCT-CAA-AAT-T-GGCTCGAAAACCAGCGTAATAGTGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T---------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT--TT-AC---AA-AC-ATTCGTCCTATAACAAT-G-G-TTG-AAAACATGTGCAATAATGAAACTCA------ATA-----AA------GATAAA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TAT-G-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 33333 111111 2222222 111111111111 11111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 22222 88 44 555 3 3 4 3 3 00000 5 777777 66666 000000 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 22222222222222 33 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... .. .. ... . . . . . ..... . ...... ..... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... .............. .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 77777 66 33 444 1 1 7 1 1 44444 9 222222 22222 666666 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 11111111111111 77 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T--TT-AC---TC-AT-TTTT-TCCT-AAA-CAT-------GGATAAACAGTGTGACAATGAAAATCT------ATC-----AA------TATAAA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATAT-A-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCA------ATT-----AA------TAAAAA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TAC-A-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TAT-A-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T--TC-AT---TT-GT-TTTTGTCCC-TGA-AATTC-A-CTGAAAAGCCAGTGTAATAATGAAAATCC------CTG-----AA------TATAAA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T--TG-AC---TGGAT-T--CGTTTT-CGA-AATTC-G-CTGGAAAAGCAGTACAATAATGAAAAACA------ATA-----AATC----TATAAA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T--TA-ACCACTT-AT-TTTCGTTCT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACCAGTGTAATGATGAAAATTA------ATATCTTTTA------TATA--------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-T-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T--TT-AT---TT-AT-TTTTGTCTT-CAA-AAT-T-A-CTGGAAACATAGTGTTGTAATGAAAATAA------A-G-----AA------CATAAA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : A-----T--TA-AC---GT-AT-TTTCATCTT-TAA-AAT-T-T-CTGGAAAACTGGTGTTATAATGAAAATCATTACACATA-----CA------TGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATAA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : c-AC---TT-GT-TTTTGTTCT-CAG-AATTC-A-CTG-AAAACCTGTGTAATAAT-AAAATGA------ATA-----AA------TCTAAA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacC---TC-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-TTG-CTGAAAAACCAGTGTAGCAATGTAAATCA------GTA-----AATTTTACTATAAA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TAC-A-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|25 : A-----T--TA-AC---TT-GT-TTTTGTCCA-TGA-AAT-TAG-CTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
gi|3 : ACCAGTGCAATAATGAACATTG------GCA-----AA------TACAAAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAG-T-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T--TA-AA---TT-ATCTTTCTTCCT-CAA-AAT-TTG-CTGGAAAACTATTATCATAATAAAAA--A------GCA-----TA------TATATA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : ttttGAAAATGA------ATA-----AA------TAT---------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TAT-ATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaAAAGTTACATA-----TA-TGTAC---TC-AT-TTTT-------------------TG------CAGTGTTGTAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCAGTATA-TAGT-----TTA------AAA-----AA------TATAAA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TAT-G-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATAG----TCGTC-AC---GT--T-TGTC-TCCT-CAA-AAT-T-GGCTCGAAAACCAGCGTAATAGTGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T---------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT--TT-AC---AA-AC-ATTCGTCCTATAACAAT-G-G-TTG-AAAACATGTGCAATAATGAAACTCA------ATA-----AA------GATAAA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TAT-G-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
blockSeqs : GTAGT CG GT CAC G C G A C TCA A TTACAC TCTTT TTTTAC A A CG T ATACATA CAA TATACAAATATA CGGTT AAATTTTT . T CATTTGTA CAGTT GG A A . TT A GAGGTCACC TC CTA CTTTTTAAGATTTACCCTT A C AC TG
blockSeqs : G A C . . . G . . TCG G . . TC . A . . GCATGTA GA . G ATATATAT . . . . A . A . . A AG . . CCTTTTAATATTCATGACT . T A TT
blockSeqs : . . G . . . G . . TTG G . . . . G . . CTA C . T AAA . . . . . . A . . A AG . . TCTATGAAGATATACGACT . A T TG
blockSeqs : . . A . . . G . . TCA G . . . . A . . GTA T . T AA . . . . . . A . . A AG . . CCTTTAGGACTTACAACTC . A T CA
blockSeqs : . . T . . . A . . TTG G . . . . A . . CT C . T AA . . . . . . A . . A AA . . CTTTCTGAGATATACAACT . C G CA
blockSeqs : . . A . . . G . . TAG A . . . . G . . AT C . T AA . . . . . . T . . C AG . . TTTTTAAGATTTACGACT . C T TG
blockSeqs : . . A . . . G . . TTG C . . . . G . . TT A . T TA . . . . . . C . . T AG . . CTTTTCAGATTTACTAAT . A T TG
blockSeqs : . . A . . . G . . TGG G . . . . A . . AT C . T AA . . . . . . T . . A AG . . CTTTTAGATTTACAACT . A T CG
blockSeqs : . . C . . . T . . TA G . . . . C . . GA C . T TT . . . . . . A . . A AG . . CATTTTTAGAGT . C A CA
blockSeqs : . . T . . . G . . TT . . . . . T . . A C . T AA . . . . . . A . . A AG . . CATTTACGTCT . C C CA
blockSeqs : . . . . . . GG . . . . . A . . . A . T AA . . . . . . A . . A AG . . TGTTTTAAGA . T T T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . T . T GA . . . . . . . . . . AA . . . C
blockSeqs : . . . . G . . T . . GA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : TCG** T******** ** AG************
originalCons : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AAT-C-G-CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
finalCons : NNAAAGTTACATA-----T--TN-AC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AATTCG--CTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCA------ATA-----AA------TATAAA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGGT--------TAT-A-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAAAG------------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222222 111111111111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 22222 55 2 666666 3 0 3 3 99 2 66666 000000 777777 2 0 0 3 33 2 8888888 5555 444444444444 666666666 111111111111 66 2 99999999 66666 66 2 0 4 2 33 3 99999999999999 33 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 2 88 33
lowQualScore : ..... .. . ...... . . . . .. . ..... ...... ...... . . . . .. . ....... .... ............ ......... ............ .. . ........ ..... .. . . . . .. . .............. .. ... ......................................................................... . . .. ..
lowQualScore : 77777 00 3 000000 1 8 1 1 11 1 22222 666666 222222 5 4 6 8 44 9 2222222 6666 666666666666 222222222 333333333333 33 7 77777777 77777 33 7 1 2 7 77 4 66666666666666 99 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 99 88
consensus : NNAAAGTTACATA-----T--TNAC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AATTCGCTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
Reference ( family-1796 ) : NNAAAGTTACATA-----T--TNAC---TT-AT-TTTCGTCCT-CAA-AATTCGCTGGAAAACCAGTGTAATAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATNT-----TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------C-TT------TT-------T-A--------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCGAGTGCT-CGACGGAAAATTTCCGTGAC
gi|1 : AAAGTTACATA-----T--TTAC---TC-AT-TTTT-TCCT-AAA-CAT-----GGATAAACAGTGTGACAATGAAAATCTATC-----AA------TATA------AA-CACTTTTGCTCAGTTGTTTT--CAT-ATAT-----TA-C--ATA------------TAGA----TTTTATATA-----C------ATGT-A--------TA-----T--T-TGCAATGAAAATTA--A--ATTTTCTTTAATTTCATTT------AG--GTGC---ATCTATCATCTATC-TC------AT-------T-A--------AC------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGAATGAAATTTTCTGTAAC
gi|10 : TAATGAATATCAATT-----AA------TAAA------AA-TACTTTAAATCAGTTGCTTT--CAT-GTA------TA-C--ATG------------CAGA----G----TATA-----A------A--T-A--------TA-----TA-TATGCAATTAAAA-GATTTTTTTTTTCTT-AG----A--G------TG--TTGC---AAC----------C-AT------TT-------A-C--------G-------T-------C-------T--------CTT-TCCGAGAGCA-AAATGTCAAATTTCCATGACatcatatacatctgtgcttaacac
gi|11 : AGTTGCTTT--TAT-ATCT------G-T--ATG------------TA-----------TACA-----A------A--TTA--------TA-----TGGT-CACAATTATAA-TA--ATAATTTTCTTAAAG---A--GGTCACCAG--GTGTCTAACC----------C-TTTTAGA-TT-------T-AC-------A-------A-------C-------T--------CTT-TATGAGTGCT-TGATTGAAACTTTCCTTGACcatgta
gi|12 : ----TATA-----A------T--T-A--------TA-----T--T-TGCAACGAAAC-TT--ATGACTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---A------------C-TT------TT-------TAA--------G-------ATTTACCCT-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGAAATTTTCCGTGACtataattatatatcttcaccgag
gi|13 : TACACA-----T--TCAT---TT-GT-TTTTGTCCC-TGA-AATTCACTGAAAAGCCAGTGTAATAATGAAAATCCCTG-----AA------TATA------AA-TACTTCTGATCAGTAGTGAC--CAC-A--------TA-C--ATG------------CAGG----T----TATA-----AATTTTTA--T-A--------TA-----T--T-CACAG-TAAGA-TA--ATTATTTTttatattaaaaaatatacatgtataattatctgtattacttgagtttgt
gi|14 : AAGTTATATA-----T--TGAC---TGGAT-T--CGTTTT-CGA-AATTCGCTGGAAAAGCAGTACAATAATGAAAAACAATA-----AATC----TATA------AA-CACATTCCGTCTGTTGCTTT--
gi|15 : acagactgtcctgttcatttttAAGTTGCATA-----T--TAACCACTT-AT-TTTCGTTCT-CAA-AATTTGCTGGAAAACCAGTGTAATGATGAAAATTAATATCTTTTA------TATA--------------TTGATAAGTTGCTTT--TAT-ATAT-----
gi|17 : tttgA-C--ATG------------CAGG----T----TATT-----A------A--T-ACATTTGTATA-----T--T-CGCAATTAAAA-TG--ACTATTTTCATAAA----A--G------AG--ATGC---ACC----------T-TTTTAAGATT-------T-AC-------G-------A-------C-------T--------CTT-TCATAGTGgcat
gi|19 : acA-----T--TTAT---TT-AT-TTTTGTCTT-CAA-AATT-ACTGGAAACATAGTGTTGTAATGAAAATAAA-G-----AA------CATA------AA-CACTTATGATCAGTTGCTTT--CAT-
gi|2 : A-----T--TAAC---GT-AT-TTTCATCTT-TAA-AATTT-CTGGAAAACTGGTGTTATAATGAAAATCATTA-----CA------CATACATGTTAA-CCCATTTGGTCAGTTTCTCT--CAT-ATCTA----TA-A--ATA------------CAAG----T----TATA-----A------AA-T-A--------TA-----T--T-CACAATTTAAT-TG--ATTATTTTCTTAAA----A--A------AG--GCAC---ATC----------T-GT------TT-------TAA--------G-------A-------------------------TG-TACAAGTGCT-GGACAGAACATTTCTGTG
gi|20 : cAC---TT-GT-TTTTGTTCT-CAG-AATTCACTG-AAAACCTGTGTAATAAT-AAAATGAATA-----AA------TCTA------AA-CTTGTTTGGTCATTTGCTTT--CAtaatatatatttcagttaaacatgatatatccttgggtttgt
gi|21 : --------G-------A-------C-------T--------CTT-TCCAAGTGCT-TGACAAAAAAATTCCATGAC
gi|22 : tacC---TC-AT-TTTCGTCCT-CAA-AATTTGCTGAAAAACCAGTGTAGCAATGTAAATCAGTA-----AATTTTACTATA------AA-CACTTTTGATCTGTTttttataatctccaccaaacacaaaatatatcattcaagtttgt
gi|23 : TAAA----A--G------AATCGTTC---ACC----------C-CT------TT-------T-AATATTCATG-------A-------C-------T--------CTT-TCAGAGTGCT-TGATGGCAAACCTTCATGAC
gi|24 : A-C--ATG------------CAGT----T----TACA-----A------A--A-A--------TGCAGTTT--T-CGCAATTCAAA-TA--ATTATTTTCTTCAA----A--G------AG--GTGC---tatataaatatac
gi|25 : A-----T--TAAC---TT-GT-TTTTGTCCA-TGA-AATTAGCTGCAAAACCAGTAAAATAATGACAA
gi|3 : ACCAGTGCAATAATGAACATTGGCA-----AA------TACA------AAACACCTTTTCTCAGTTACTTT--TAT-AT--------A-C--ATA------------CATG----T----TAGT-----T------A--T-A--------TA-----T--T-GGCAATTTAAA-TA--CATATTTTCTTTAA----A--G------AG--GTGC---ACA----------T-CT------ATGAAGATAT-AC-------G-------A-------C-------T--------CTTATCAGAATGCT-TGATGGAAAATTTTCGCGAC
gi|4 : AAAGTTACATA-----T--TAAA---TT-ATCTTTCTTCCT-CAA-AATTTGCTGGAAAACTATTATCATAATAAAAA--AGCA-----TA------TATA------TA-TTCTTCTGTTCAGTTGATTT--CAA-ATATACATATA-C--ATGTATACAAATATATAAG----T----CATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TGAAA-TAAAA-TA--ATTATTCTCCTA--------------------TTGA---CCC----------C-TT------TT-------C-A--------G-------A-------TTTACTAAT--------CTT-TCCAGGTGCC-AAACGGAAAATTTtatatgtatatattcatctccgtcaaacacaataatatatcatttgagtctgt
gi|5 : ttttGAAAATGAATA-----AA------TAT---------------TTGATCAGTTGCTTT--CATTATGTA----TC-A--ATG------------CAGA----T----TATATATATAT-----A--T-A--------TA-----T--T-CACAATT-----TA--ATTGTTTTATTAAA----A--G------AG--GTGT---ATC----------C-CT------TT-------A-G--------G-------A-------C-------TTACAACTCCTT-CCCGAGTGCT-CAACAGATAATTTCTGTGAC
gi|6 : gaaaccactgtgtctttgaatgtggaaacaatcattatttaaccaAAAGTTACATA-----T------------AT-----GTACT-CA----TTTTTTG------CAGTGTTGTAATGAAAATCAATA-----AA------TATA------AA-CACCGTTG-TCAGTTGCTTT--CCT-ATTT-----TA-T--ATG------------CAGG----T----TATA-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CTTACTTAAAA-TA--ATTATTTTCTTAAA----A--G------AG--GTGC---ACC----------CATT------TT-------T-A--------G-------A-------G-------T--------CTT-CATGAGTGCT-TGACAGAAAATTTCTGTAACa
gi|7 : ttCAGTATA-TAGT-----TTAAAA-----AA------TATA------AA-CTTTTTTGGTCAGTTGCTTT--CAT-ATGCATGTATA-CAAATG------------CAGG----T----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-TG--------A-TG--ACT-TTTTTTT-AA----A--G------AG--GTGC---CCC----------C-TT------TC-------TGA--------GATATACAA-------C-------T--------CTT-TCCGTGTACTACAAT-GAAAATCTCC
gi|8 : agaccactatgctctcagcatttgatagtgagtttAGTTAGATAG----TCGTCAC---GT--T-TGTC-TCCT-CAA-AATTGGCTCGAAAACCAGCGTAATAGTGAAAATCAATA-----AA------TATA------AT-AACTTTTAGTCAGTTGCTTT--CAA-AAAT-----AAGA--ATA------------CTGG----T----T--------A------A--T-A--------TA-----T--A-TGTAATT---------ATTTTTTTCTTAAA----A--A------TG--GTAC---TCC----------C-TT------TT-------
gi|9 : aaagaatgtccgatttatAAACTTACATAGTAGTT--TTAC---AA-AC-ATTCGTCCTATAACAAT--GGTTGAAAACATGTGCAATAATGAAACTCAATA-----AA------GATA------AA-CACTTTTGGTCTGTTGCTTTCGCAT-ATGA-----TA-T--ATA------------CAGGCGGTT----TATG-----A------A--T-A--------TA-----T--T-CGCAATCAAAA-TA--ATa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TGTACGCCTGTTAAATTTTATGATTCATTCTGAGTGCCCGACAGACAATATTTGTGACTATGTATATATCTCCGTCGAACACAATAAACATATATCATTTGTGTCAGTT
Unaligned ( gi|18 ): CCTTGTAAGAGTCCTTGACAGAAACTTTCCTTGACTATTATATATCTCTGTTGAGCATGATATATAATTATATATCATTGCAGTCTGTTT