lowQualScore                  :                                                                                                    2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                2222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                          1             22          2222222222222                        11                 2222          222    1        1          333            11      55555     4444           22222   11                      11                    111   222                1               111                             111                   2      33     333       1                   22   2                                                                                     2222222222222                                       22      1      8888           2222          22      1             1                33       5555555              2              222222        1               2222222     1111111                  1                      11111  1111111         1               1111       111          33333333333                    111   11111   222222            111     66666666666666666666666666666666    111                                       2222222                444444444444444444444444444                                 
lowQualScore                  :                                                                          5             11    6     0000000000000                   6    88      0          8888   88     333    6        0      4   555   2        88      00000     2222           99999   77  4             2     33 1       3 8  0     444   555  8  5      3   6               666       8  6 7        1       222                   0 3    11     555       1             2     77   0      2 4        88                     6              6                       6     0000000000000            6   6                      33      7    6 5555           9999          66      5    3        5     4  3  6    33       2222222      7       3   6  6       222222        7    6          6666666   1 7777777   4 4   5   55   0            8         11111  3333333     3   1         4 44  4444    44 222   6666 3 55555555555     7777 666       333   00000   111111       2    666     55555555555555555555555555555555    000  99         6        2   777   5  66  7777777  00   6      7 111111111111111111111111111    99  4    8         9         
lowQualScore                  :                                                                          .             ..    .     .............                   .    ..      .          ....   ..     ...    .        .      .   ...   .        ..      .....     ....           .....   ..  .             .     .. .       . .  .     ...   ...  .  .      .   .               ...       .  . .        .       ...                   . .    ..     ...       .             .     ..   .      . .        ..                     .              .                       .     .............            .   .                      ..      .    . ....           ....          ..      .    .        .     .  .  .    ..       .......      .       .   .  .       ......        .    .          .......   . .......   . .   .   ..   .            .         .....  .......     .   .         . ..  ....    .. ...   .... . ...........     .... ...       ...   .....   ......       .    ...     ................................    ...  ..         .        .   ...   .  ..  .......  ..   .      . ...........................    ..  .    .         .         
lowQualScore                  :                                                                          0             00    0     0000000000000                   0    55      7          3333   33     333    0        5      0   000   5        00      00000     5555           55555   55  0             2     88 2       2 8  7     000   000  0  2      2   0               000       3  0 3        0       777                   0 0    55     000       5             5     55   0      5 0        55                     0              0                       0     0000000000000            0   0                      00      0    0 0000           5555          00      5    0        0     0  0  0    55       0000000      3       3   0  7       777777        0    0          5555555   0 2222222   4 4   0   55   0            8         33333  6666666     1   2         2 22  5555    22 111   5555 1 11111111111     1111 888       333   66666   777777       3    888     99999999999999999999999999999999    000  22         7        2   111   0  99  6666666  88   9      2 999999999999999999999999999    66  4    1         0         
consensus                     :                                                                      TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAATAATGTGGTCGTAATCGGAACAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAAT-GATGTGATCGGTAAANGCAAGATCCGTGACTCCGCTAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCNGANTTGTCCGGAAATAGCCGAG--TAGTTACGAATGATACGATC---GCATC-AT-CGGAACAACGCTCAGGCCATTTCCGCTCTNAGAACGAAAATGGCTCGAGCGTTGTTCCGATTG-TGCGATCGGTAAAAGCAAGATNTTTGTAACTCCAAAGACAATANGCGAAGCACAGCGNTGCGATTTTATTAAGCGNANTCATCCGGANATAGCCGAGTGGTTACGATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTGGAAAAAGCNTGTATGCATGAAATGACGATGATNATGACGATCATTATNATNATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAAC--AAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--T----CATCT-TT--A-TGT-A-TACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCGCACTTTTAA----ATT--TC---AAATA-TTTTCTTTTCTATTT--ATA---GTAC--A--GGTA----T-A---A--TGTA-TTTAC----AT--CTACATGTAAGCA-AG--GATA----TTTATCGGTCAAT-CNTAAAA-----------------T-CC-GGC-T-----CAAT---AC--GTACAACGT-ATGACACANTTA-T-TTA-AA--TTNA-----ATACAACNAATTTAAC-----AT----AA---AA-A----C--AGTGCGCA-CTTTCTTTTGCAACTGAGTATAAA
Reference ( gi|2 )            :                                                                      TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGC-------------GTGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCATTGTTT---TAATAGATGTGATAGGTAAATGTA---TTCGTAACTCCGCTAAAACA-----CGAAG----GCGCTGCAATT--AT-AAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAG--TAGTTACGAATGATGCGATC---GTA---AT-CGAAACAACGCTC-GGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAG-TATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTGAAAAA--CTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--T----CATCTGTT--A-TGT-A-TACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAA----GTT--TA---AAATA-TTTGCTTTTCTATCT--ATC---GTAC--A--TGTA----T-A---A--TGTA-TTTAC----AC--CTACATGTAAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-CATAAAA-----------------T-CT-GGC-T-----CAAT---AC--GTACAACAT-ATGACACAATTA-T-TTA-AA--TTAA-----ATACAACAAATTTAGC-----AT----AA---AA-A----C--AGTGTTCA-CTTTATTTTGCAACCGAGTATAAA
gi|1                          :                                                                      TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAATAATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTAATGGGTAAATGTA---TTCGTAACTCCGCTAAAACA-----CGAAG----GCGCTGCAATT--AT-AAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAG--TAGTTACGAATGATGCGATC---GTA---AT-CGAAACAACGCCC-GGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAG-TATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGA--TTA-TAAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTGAAAAA--TTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--T----CATCTGTT--A-TTT-A-TACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAA----GTT--TA---AAATA-TTTGCTTTTCTATCT--ATC---GTAC--A--TGTA----T-A---A--TGTA-TTTAC----AC--CTACATGTCAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-CCTAAAA-----------------A-CC-GGT-T-----CAGT---AC--GTACAACAT-ATGTCACAATTA-T-TTA-AA--TTTA-----ATACAACAAATGTAGCAACAAAA----AA---AA-A----C--AGTGTCCA-
gi|3                          :                                                                                                                 cTGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCA-TGTATGCATGAT-GATGTGAT
gi|3                          : acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattataACAAAAATGGCTTG----AGCGTTGTTC---CAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAGATCTTTGACTCCA--AAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAG--TGGTTACGAATTATATGGTT---GTA---AT-CGGAACAACACTC-Ggatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       CGGAAATAGCCGAG--TAGTTACGAATGATcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                        GGAAATGGCCGGGCGTTGTTTCGA-T--TACGATC---GCATC-ATTCGTAACTAC--TC-GGTTATTTCCG
gi|1                          :                                                                                                                          ctaaagtgcacttgtccggaggtttccgagcagtttaaaataatgtggtcgtaatcggaataacgctctagcaacaaaattggcttgagcgttgttttaatagatgtaatgggtaaatgtattcgtaactccgctaaaacacgaaggcgctgcaattataagccgatttgtcCGATC---ACATCAAT-TGGAATAACGCTCAAGCCAATTTTGTTCTAAGAGTGGAAATGGC-CGGGCGTTGTTTCGAT---TACGATCGactcttagaacaaaattggcttgagcgttattccaattgatgtgatcggtaaaaataagtatttgtaactccgataatacgcaaagcacagcaatgcgattataagcgtattcatccggacatagccgaatggttataattgactatttccgtgatggcccgattgttgttctgaatgacgtgtaactctgtttaacgcaatcacaaataaaattccaaactccggatcttttgttactcactactttgcaaaagttcctgctgaaaaatttgtatacataaaataacgatgattataacaatcattataataattatcataataataagtatgtataaatagcaacaacatcaagaacacaacaacttaaaatagttaggtttcttttattttcatctgttatttatacacagttggaaaagaaagtgttcacttttaagtttaaaatatttgcttttctatctatcgtacatgtataatgtatttacacctacatgtcagcaaggatacttatcggtcaatcctaaaaaccggttcagtacgtacaacatatgtcacaattatttaaatttaatacaacaaatgtagcaacaaaaaaaaacagtgtcca
gi|3                          :                                                                                              ctaaagtgcacttgtccggaggtttccgagcagtttaaaataatgtggtcgtaatcggaataacgctctagcaacaaaattggcttgagcgttgttttaatagatgtaatgggtaaatgtattcgtaactccgctaaaacacgaaggcgctgcaattataagccgatttgtccggaaataaccgagtagttacgaatgatgGATCACAGCA---AT-TGGAACAACGCTCAAGCCATTTgtaaaaataagtatttgtaactccgataatacgcaaagcacagcaatgcgattataagcgtattcatccggacatagccgaatggttataattgactatttccgtgatggcccgattgttgttctgaatgacgtgtaactctgtttaacgcaatcacaaataaaattccaaactccggatcttttgttactcactactttgcaaaagttcctgctgaaaaatttgtatacataaaataacgatgattataacaatcattataataattatcataataataagtatgtataaatagcaacaacatcaagaacacaacaacttaaaatagttaggtttcttttattttcatctgttatttatacacagttggaaaagaaagtgttcacttttaagtttaaaatatttgcttttctatctatcgtacatgtataatgtatttacacctacatgtcagcaaggatacttatcggtcaatcctaaaaaccggttcagtacgtacaacatatgtcacaattatttaaatttaatacaacaaatgtagcaacaaaaaaaaacagtgtcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acaaACAAAAATGGCTTGAGCGTTGTTCCAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAGATCTTTG--ACTCCAAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GCTGGAAAAAGCATGTATGCATG--ATGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTATTA--ATAATAATT-----TACAAA--ACAACA--ACCAA-AACACAA----------TAGTTTGGGTTCTTTTATTT-------CTTCTTTT----TGTCA-TACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAA----ATT--TC---AAATG-TTTTCTTTTCTATTT--ATT---GTAC--C--GGC-----------G--TGT--TTTAC----AT--CCACGTGTAAACA-TG--TATC----TTTATTTGTTAAT-TGTAAAACCTAAACAT--------T-CT-GTT-T-------AT---AC--GAACAAAAT-ACGACACAATTA-T-TCA-GAACTT-------ATTTAACTAACTTAAC------T----AA---AATT----C--AGTG-TCATCTATATTTTGCAACTGAGTATAAAattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttaATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--T----CATCTCTT--A-TGT-A-TACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAA----GTT--TA---AGATA-TTTGCTTTTCTATCT--ATC---GTTT--A--TGTA----T-A---T--TGTA-TTTAC----AC--CTACTTGTAAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-CCTAAAA-----------------A-CC-GGC-A-----CAAT---AC--GTACAACAT-ATGACACAATTA-T-TTA-AA--TTTA-----ATACAACAAATTTAAC-----ACAAAAAA---AA-A----C--AGTGTCCA-a
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTTGTTT--G----CATCC--T--G-TGC-A-TACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAA----ATG--GC---AAATA-ATTTATATTCTATTT--ATA---GTAC--A--AGTACTTGT-A---AACTGTG-TTTAC----AG--TTACATGTCTGCA-CG--GAT-----TTTATCGGTCAGTGCTTAACA-----------------T-C---GA-T-----CAAT---A
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATTT--TGGGTCAT-TGTCTGA-TTT-A-TACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACATGCTAATATATATATA-TGTGTGTTTTTTTTT--ATT----TGC--A---GTG----T-A---A--TTCT-TTTACTTTTACTTCTAAATGAACACA-TG--GAT-----TTTATTGG-CAA---ATACAT-----------------T-CT-GACGT-----CAGC---A-----ACAGCGTGATGA-ACATTTA---CTG-AT--TTCA-----AAACTAC--TTTTAAC-----A-----AA---GA-G----CTTAGTGCGCA-CTTTCTTTTGCAACTGAGCACAagaaaatgttaattctatatatctaatattgattttaaaaagaaataaatttgaattaaactaattgaacacagaagtcagtgtatacatccgtttgcaacattttagtatatatt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATTTAGT----CATTT-TT--ACTGT-ACTA---AG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAG----ATT--TC---AAATA-TTTTCTAATCTTTTT--AGA---GTAT--A--GACA----T-A---------G-TTCAT----AT--CTACATGTA--TATAC--GATA----TTTATTGTTCTAT-AATAGAA-----------------gttttaataa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --A-TGT-A-TGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTAT----ATT--TT---AATTA-TTGTCTTTTCCATTT--A-----AAACTTA--TGTA----TGA---A--TAT--TCCAC----AT--CTACATG--AGCT-AGGTGATC----TTTATacaaggtccctggtatacacagtata
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -A-CACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-----TT--TC---AAATA-TTT-CTTTTCTATTA--ATA---GTAC--A--TGTA----T-A---A--T-CA-TT-----------CTCCATG--AACA-AA--CATATATTTTTATCGGTAAATACTTAAGAAACACCGTGACATGTATT-CTAGAC-TGATGACAATACAAC--GTAC-ATGT-ATGACGTATTTATT-TTATAA--TTAATTTTTATACAACTAATTTTTC-----AT----GA---AA-ATCCTC--AGTGTTCA-CTTTCTATTGTAACTGAGT-TAAattgggcaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -A-TACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAA----GTT--TC---AAATA-GTTTCTATTCTATTT--ATA---GTAC--A--GGTA----T-A---G--T-TATTTTAC----AT--CTACATGAAAACA-CG--GAT-----TTTATCGGCAAATACTTAAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAA----ATTA-TT---AAATA------TTTTCTATATAAATTAAAGTAC--AGGTGTA----G-A---A---ATA-TTTcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tatttAAAAGAAAGAGCACACTCTTAA----ATT--TC---AAACA-TTGTCTTTTCTATTT--ATA---GTAC--A--GGTA----T-A---T--TG---TTTAT----AC------------GCA-----GATC----TTTATCGATCA---CACAAAA-----------------t
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGAA-GTGTCAACTTTT--------T--TA---A--TA-TTCTCTATTCTATTT--ATA---GTAA--A--GCTA----T-ACCTA--T----TTTAC----AT--CTACATGAAAagtgttgttgtaaacatagttac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gttgc---AAATAATTTTCTTTTCTGTTT--ATA---GTAC--A--GGTC----T-A--------TT-TTTGT----AT--CTGCATGCATACA-AA--TAAA----TCTATCGG-GAAT-TGGTAAA-----------------TACT-AAC-TA----CAAA---ACAGATACAACAC-ATGCCATAGTTA-TCTTA-AA--ATGT-----ATTTA--AAACTTAAC-----A-----AA---AG-ACT--C--AGTGTGTA-TTTTCTGTTGCGACGGGTTATAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-T-TTG-AA--TTA----------AACTAATTGAAC-----AC----AG---AA-GT---C--AGTGTATA-CATCCGTTTGCAAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgtttgcatcctgtgcatacacgctttacaaaataaagtgaacttttttaaatggcaaataatttatattctatttatagtacaagtacttgtaaactgtgtttacagttacatgtctgcacggattttatcggtcagtgcttaacatcgatcaataagaaaatgttaattctatatatctaatattgattttaaaaagaaataa-T-TTA-AT--TTAT-----ATAGAAAATATTTA-------AT----AATTTAA-A-------AGTGCGCA-CTTTATTTTGCAACTAAATAattttagtatatatt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTAGC-----ATGTTTAA---AA-A---------TGCACA-TGTTCTTTTGCAACAGAGTATAAAgtacaggtgtagaaatatttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGCTCAGTATCTAAAGAAACTATACATATTCGAATTTCATATATTTTCTTATATATTTATAGCTCACCACGTGCTTTTTACATCCACATGTACACACGGATCTTTATCAGCCAATACTAAGTACCATGTCTCCGTGAAAAATCATAGAAATTCAGTGATGAACATTTTCATACCATAATTGACATATTTATTATCAGAATTAATTAATAAAATCACCAGGTTACACTTACTTTGCAACTGAATAC
Unaligned ( gi|11 ): ACAGTGTGCATGTATACACGGATCGTTATCGTCCAATGACATCTTGACAATGGCGATAAAATGACGAAAATGTTGACATGACATATTAATTTTAAAAAAAGTATACAACTAATGTAGCATAAACCTTAATGTACACTTTCGTTTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                               33333333333                                             2222          111    3                   333                    55555     4444           33333                                                  55               4                         1                       4                   4             777                             77777                                                                                    4444444444444                                                                1    11                                                                 11                                 44                        111     2                                                         11111111111                                 3333333333333                             11111             11111       555555555555555555555555555555555555555555     111             2222              33333333333333333333333333333333333333333                2222222222222222222222222    11                 111          
lowQualScore                  :     2              0          22222222222       0          0       7                  1111    3     777    0        6      1 0 777 0   0      6       11111     4444           66666    1  1                                 1      6 55    0          0               1     6   7     6       6    6    0  6            6   0 1     4     000  6    1             1       77777     1 1         1        6                                                         9999999999999                                        4      4    999999      2    11 1     0   0 7  0   7    1  0  0  6     1  1     6          0 3  33      3         33   2       2   11                        222     0    2 3    1   44               66         0 2 2 1     2 22222222222 2                     2   5555  4444444444444   2           888   77 33   66666        2    66666 1   3 000000000000000000000000000000000000000000   4 222  8888       0000  66      1   33333333333333333333333333333333333333333       2        9999999999999999999999999    22  5              111          
lowQualScore                  :     .              .          ...........       .          .       .                  ....    .     ...    .        .      . . ... .   .      .       .....     ....           .....    .  .                                 .      . ..    .          .               .     .   .     .       .    .    .  .            .   . .     .     ...  .    .             .       .....     . .         .        .                                                         .............                                        .      .    ......      .    .. .     .   . .  .   .    .  .  .  .     .  .     .          . .  ..      .         ..   .       .   ..                        ...     .    . .    .   ..               ..         . . . .     . ........... .                     .   ....  .............   .           ...   .. ..   .....        .    ..... .   . ..........................................   . ...  ....       ....  ..      .   .........................................       .        .........................    ..  .              ...          
lowQualScore                  :     5              7          00000000000       7          7       3                  2222    2     555    0        7      0 7 333 7   7      7       33333     0000           33333    0  0                                 0      0 00    7          0               0     0   0     0       0    0    0  0            0   0 0     0     000  0    0             0       00000     0 0         0        0                                                         0000000000000                                        0      7    000000      0    00 0     7   7 3  7   3    0  7  7  7     0  0     7          2 2  88      2         55   5       5   22                        333     0    5 6    0   22               77         5 9 9 2     7 77777777777 7                     1   7777  6666666666666   7           666   99 99   11111        0    99999 0   1 666666666666666666666666666666666666666666   4 222  1111       0000  11      0   11111111111111111111111111111111111111111       6        4444444444444444444444444    66  7              777          
consensus                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-ATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATNGGTAAATGTA---TTCGTAACTCCGCTAAAACA-----CGAAG----GCGCTGCAATT--AT-AAGCCGATTTGTCCGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTA--ATCGAAACAACGCTC-GGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAG-TATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGNTGCGATT--AT-AAGCGNATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTGGAAAAAGCTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATGTAAGCA-NG--GATA----TTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----CAA-T---AC--GTACAACGT----AT--GACACANTTA--------T-TT-----A-AA-----------TTNA-----ATACAACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---AGTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
Reference ( family-179 )      : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAATAATGTGGTCGTAATCGGAACAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAAT-GATGTGATCGGTAAANGCAAGATCCGTGACTCCGCTAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCNGANTTGTCCGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGATACGATCGCATCATCGGAACAACGCTCAGGCCATTTCCGCTCTNAGAACGAAAATGGCTCGAGCGTTGTTCCGATTG-TGCGATCGGTAAAAGCAAGATNTTTGTAACTCCAAAGACAATANGCGAAGCACAGCGNTGCGATTTTATTAAGCGNANTCATCCGGANATAGCCGAGTGGTTACGATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTGGAAAAAGCNTGTATGCATGAAATGACGATGATNATGACGATCATTATNATNATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAAC--AAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCGCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATGTAAGCA-AG--GATA----TTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----CAA-T---AC--GTACAACGT----AT--GACACANTTA--------T-TT-----A-AA-----------TTNA-----ATACAACNAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---AGTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
gi|1                          : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAATAATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTAATGGGTAAATGTA---TTCGTAACTCCGCTAAAACA-----CGAAG----GCGCTGCAATT--AT-AAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTA--ATCGAAACAACGCCC-GGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAG-TATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGATT--AT-AAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTG--AAAAATTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTGTTATTT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATGTCAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGT--T-----CAG-T---AC--GTACAACAT----AT--GTCACAATTA--------T-TT-----A-AA-----------TTTA-----ATACAACAAATGTAGCAACAAAA----AAAA-A----C---AGTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cATTTAGTCATTT-TTAC-T-GTACTAAG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAGAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTAATCTTTTTAGAGTATAGACA----TA---------G---TTC-ATATCTACATGTA--TATAC--GATA----TTTATTGTTCTAT-----AATAG-A----------------Atcca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGCATGTATACA-CG--GATC----GTTATCGTCCAATGACATCTTGACA----------------AT-------------GGCGAT-----AAAATG--AC--G-AAAATGTTGACAT--GACATATTAA--------T-TTTAAAAA-AA-----------GT-------ATACAACTAATGTAGC-----AT------AA-A----CCTTAATGTACA-CTTTCGTTTGCGAacaaggtccctggtatacacagtata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acagtg-ATACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAAGT-T-TCAAATA-G-----------T-TTCTATTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---G--T-TAT--TTT-ACATCTACATGAAAACA-CG--GAT-----TTTATCGGCAAATA----CTTAA-A----------------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cATGT-ATGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTATAT-T-TTAATTA-T-----------T-GTCTTTTCCATTTAAAACTTATGTA----TG---A---ATA---TTCCACATCTACATG--AGCT-AGGTGATC----TTTATcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAAAGAAAGAGCACACTCTTAAAT-T-TCAAACA-T-----------T-GTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---T--TG-----TTT-A----TAC------GCA-----GATC----TTTATCGATCA-------CACAA-A----------------Aattgggcaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATTTAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAAAT-TATTAAATA-T-----------T-TTCTATATAAATTAAAGTACAGGTG----TAG--A--AATA---TTT-agtgttgttgtaaacatagttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              G--TTGCAAGA---AGTGTCAACTTTT-----T-T--AATA-T-----------T-CTCTATTCTATTTATAGTAAAGCTA----TACCTA--T------TTT-ACATCTACATGAAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                  CGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGAT
gi|2                          : TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGC-------------GTGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCATTGTTT---TAATAGATGTGATAGGTAAATGTA---TTCGTAACTCCGCTAAAACA-----CGAAG----GCGCTGCAATT--AT-AAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTA--ATCGAAACAACGCTC-GGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAG-TATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGATT--AT-AAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTGAAAAA--CTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--TCATCTGTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATGTAAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-----CATAA-A----------------AT-C--------T--GGC--T-----CAA-T---AC--GTACAACAT----AT--GACACAATTA--------T-TT-----A-AA-----------TTAA-----ATACAACAAATTTAGC-----AT----AAAA-A----C---AGTGTTCA-CTTTATTTTGCAAC---CGAGTATAAA
gi|3                          :                                                                         ACAAAAATGGCTTG----AGCGTTGTTC---CAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAGATCTTTGACTCCA--AAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTATATGGTTGTA--ATCGGAACAACACTC
gi|3                          :           TTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTATATGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCA-TGTATGCATGAT-GATGTGATgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaaTCGCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCATGTATGCATGA--TGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTAT--TAATAATAATT-----TACAAA--ACAACAAC--CAA-AACACAA----------TAGTTTGGGTTCTTTTATTT---CTTCT-TTTTGTCATACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAAAT-T-TCAAATG-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATTGTACCGGC----------G--TGT----TTT-ACATCCACGTGTAAACA-TG--TATC----TTTATTTGTTAAT-----TGTAA-A----------------AC-CTAAACATTC--TGT--T-----T-A-T---AC--GAACAAAAT----AC--GACACAATTA--------T-TC-----AGAA-----------CTT------ATTTAACTAACTTAAC------T----AAAATT----C---AGTGT-CATCTATATTTTGCAAC---TGAGTATAAAgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacacAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTCTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAGATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTTTATGTA----TA---T--TGTA---TTT-ACACCTACTTGTAAGCA-AG--GATA----CTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGC--A-----CAA-T---AC--GTACAACAT----AT--GACACAATTA--------T-TT-----A-AA-----------TTTA-----ATACAACAAATTTAAC-----ACAAAAAAAA-A----C---AGTGa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGTTT--GCATCC-T-GTGC-ATACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAAAT-G-GCAAATA-A-----------T-TTATATTCTATTTATAGTACAAGTACTTGTA---AACTGTG---TTT-ACAGTTACATGTCTGCA-CG--GAT-----TTTATCGGTCAGTG----CTTAA-C----------------AT-C------------GA--T-----CAA-T---AA--G-AAAATGTTA--ATTCTATATATCTAATATTGATT-TT-----A-AAAAGAAATAAATTTGA-----ATTAAACTAATTGAAC-----AC----AGAA-GT---C---AGTGTATA-CATCCGTTTGCAACATTTTAGTATAtcca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTT-ATACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACAT-GCTAATA-TATATATATGTGTGTTTTTTTTTATTTGCAGTGTAATTC----T-------TTTACT-TTT-ACTTCTAAATGAACACA-TG--GAT-----TTTATTGG-CAA-------ATAC-A----------------TT-C--------T--GACG-T-----CAG-C---A-----ACAGCGTG---AT--GA-ACATTTA--------C-T------G-AT-----------TTCA-----AAACTACT--TTTAAC-----A-----AAGA-G----CTT-AGTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGCACAtatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattttgggtcattgtctg-ACACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-T-T-TCAAATA-T-----------T-T-CTTTTCTATTAATAGTACATGTA----TA---A--T-CA---T------TCTCCATG--AACA-AA--CATATATTTTTATCGGTAAATA----CTTAA-GAAACACCGTGACATGTAT-T--------CTAGAC--TGATGACAA-TACAAC--GTAC-ATGT----AT--GACGTATTTAT-------T-TT-----ATAA-----------TTAATTTTTATACAACTAATTTTTC-----AT----GAAA-ATCCTC---AGTGTTCA-CTTTCTATTGTAAC---TGAGT-TAAgttttaataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -ATGCTCAG--TATCTAAAGAAACTATACATATTCGAAT-T-TCATATA-T-----------T-TTCTTATATATTTATAGCTC----A----CC---A--CGTGCTTTTT-ACATCCACATGTACACA-CG--GATC----TTTATCAGCCAAT-----ACTAA-
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAATAAT-----------T-TTCTTTTCTGTTTATAGTACAGGTC----TA--------TT---TTT-GTATCTGCATGCATACA-AA--TAAA----TCTATCGG-GAAT-----TGGTA-A----------------ATAC--------T--AAC--TA----CAA-A---ACAGATACAACAC----AT--GCCATAGTTA--------TCTT-----A-AA-----------ATGT-----ATTTAA--AACTTAAC-----A-----AAAG-ACT--C---AGTGTGTA-TTTTCTGTTGCGAC---GGGTTATAAgtaccatgtctccgtgaaaaatcatagaaattcagtgatgaacattttcataccataattgacatatttattatcagaattaattaataaaatcaccaggttacacttactttgcaactgaatac





Alignments
lowQualScore                  :                                77777777777777                                                                                                                                                                                                                                                                     222                           11   1                                                                                     4444444444444                                                                33                11                                                    11                                                                   2                                                         11111111111                                 3333333333333                              1             11111       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555           2222                44444444444444444444444444444444444444444444444444                   22222222222    2222222222                           111          
lowQualScore                  :     1                          00000000000000    0                  7                                         1                                                   2                 0                                                                                                                7      1     333       3             1     88   3      1          0                                                                   9999999999999                                        1      3      8888      00    0           11       7          0  6              6         33    33     3        9      2     3     88                        99      0    2 3    1   44                1         0 2 2 1     2 22222222222 2                     2   5555  4444444444444   2           66666  2 444   1        2    66666 1   3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    88888  2222  55  1   1  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    777   1      3 00000000000    3333333333 8888    4  4     3        000          
lowQualScore                  :     .                          ..............    .                  .                                         .                                                   .                 .                                                                                                                .      .     ...       .             .     ..   .      .          .                                                                   .............                                        .      .      ....      ..    .           ..       .          .  .              .         ..    ..     .        .      .     .     ..                        ..      .    . .    .   ..                .         . . . .     . ........... .                     .   ....  .............   .           .....  . ...   .        .    ..... .   . ...............................................................    .....  ....  ..  .   .  .. ..................................................    ...   .      . ...........    .......... ....    .  .     .        ...          
lowQualScore                  :     0                          33333333333333    7                  3                                         0                                                   5                 7                                                                                                                3      0     333       7             0     33   3      0          7                                                                   0000000000000                                        0      7      3333      33    7           33       3          7  7              7         55    88     2        2      5     2     00                        22      0    5 6    0   22                0         5 9 9 2     7 77777777777 7                     1   7777  6666666666666   7           99999  9 333   9        0    99999 0   1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    33333  0000  55  6   0  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    000   2      0 88888888888    7777777777 5555    9  0     1        000          
consensus                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTGAGCGTTGTTTTAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GATNTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
Reference ( family-179 )      : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTGAGCGTTGTTTTAATAGATGTGATNGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGCCGATTTGTCCGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCTCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGNTGCGA--TTA-TAAGCGNATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTGGAAAAAGCTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ANG-GATATTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
gi|1                          : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAAT-AATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTGAGCGTTGTTTTAATAGATGTAATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAGTATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGA--TTA-TAAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTG--AAAAATTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTGTTATTT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TCAGC-AAG-GATACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGT--T-----C-------AG-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GTCACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATGTAGCAACAAAA----AAAA-A----C---A----GTGTCCA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cATTTAGTCATTT-TTAC-T-GTACTAAG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAGAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTAATCTTTTTAGAGTATAGACA----TA---------G---TTC-ATATCTACATG--TATAT-AC--GATATTTATTGTTCTAT-----AATAG-A----------------A
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGCATG--TATAC-ACG-GATCGTTATCGTCCAATGACATCTTGACA----------------AT-------------GGCGAT-----A-------AAATG--AC--G-AAAA---T-GTTGACAT--GACATATTA--A--------T-------TTTAAAAA-A---A-----------GT-------ATAC---AACTAATGTAGC-----AT------AA-A----CCTTA----ATGTACA-CTTTCGTTTGCGAacaaggtccctggtatacacagtata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acagtg-ATACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAAGT-T-TCAAATA-G-----------T-TTCTATTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---G--T-TAT--TTT-ACATCTACATG--AAAAC-ACG-GAT-TTTATCGGCAAATA----CTTAA-A----------------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cATGT-ATGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTATAT-T-TTAATTA-T-----------T-GTCTTTTCCATTTAAAACTTATGTA----TG---A---ATA---TTCCACATCTACATG----AGCTAGGTGATCTTTATcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAAGAAAGAGCACACTCTTAAAT-T-TCAAACA-T-----------T-GTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---T--TG-----TTT-A----TAC--------GC-A---GATCTTTATCGATCA-------CACAA-A----------------Aattgggcaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATTTAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAAAT-TATTAAATA-T-----------T-TTCTATATAAATTAAAGTACAGGTG----TAG--A--AATA---TTT-agtgttgttgtaaacatagttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     G--TTGCAAGA---AGTGTCAACTTTT-----T-T--AATA-T-----------T-CTCTATTCTATTTATAGTAAAGCTA----TACCTA--T------TTT-ACATCTACATG--AAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                             CGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGAT
gi|2                          : TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGCG--------------TGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTGAGCATTGTTTTAATAGATGTGATAGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCTCGGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--TCATCTGTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TAAGC-AAG-GATACTTATCGGTCAAT-----CATAA-A----------------AT-C--------T--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTAA-----ATAC---AACAAATTTAGC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTTCA-CTTTATTTTGCAAC---CGAGTATAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                    ACAAAAATGGCTTGAGCGTTGTTCCAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAG-ATCTTTGACTCCAAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGA
gi|3                          :           TTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTA-TATGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaaTCGCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCATGTATGCAT--GATGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTAT--TAATAATA---ATT--TACAA--AACAACA--ACCAA-AACAC----------AATAGTTTGGGTTCTTTTA-TT--TCTTCT-TTTTGTCATACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAAAT-T-TCAAATG-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATTGTACCGGC----------G--TGT----TTT-ACATCCACGTG--TAAAC-ATG-TATCTTTATTTGTTAAT-----TGTAA-A----------------AC-CTAAACATTC--TGT--T-----T--------A-T---AC--GAACAA---A-AT----AC--GACACAATT--A--------T-------TC-----AGA---A-----------CTT------ATTT---AACTAACTTAAC------T----AAAATT----C---A----GTGT-CATCTATATTTTGCAAC---TGAGTATAAAgtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacacAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTCTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAGATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTTTATGTA----TA---T--TGTA---TTT-ACACCTACTTG--TAAGC-AAG-GATACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGC--A-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATTTAAC-----ACAAAAAAAA-A----C---A----GTGTCCA-a
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGTTT--GCATCC-T-GTGC-ATACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAAAT-G-GCAAATA-A-----------T-TTATATTCTATTTATAGTACAAGTACTTGTA---AACTGTG---TTT-ACAGTTACATG--TCTGC-ACG-GAT-TTTATCGGTCAGTG----CTTAA-C----------------AT-C------------GA--T-----C-------AA-T---AA--G-AAAA---T-GTTA--ATTCTATATATCT--AATATTGATT-------TT-----A-A---AAAGAAATAAATTTGA-----ATTA---AACTAATTGAAC-----AC----AGAA-GT---C---A----GTGTATA-CATCCGTTTGCAACATTTTAGTATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTT-ATACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACAT-GCTAATA-TATATATATGTGTGTTTTTTTTTATTTGCAGTGTAATTC----T-------TTTACT-TTT-ACTTCTAAATG--AACAC-ATG-GAT-TTTATTGG-CAA-------ATAC-A----------------TT-C--------T--GACG-T-----C-------AG-C---A-----ACAG---C-GTG---AT--GA-ACATTT--A--------C-------T------G-A---T-----------TTCA-----AAAC---TACT--TTTAAC-----A-----AAGA-G----CTT-A----GTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGCACAtatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattttgggtcattgtctg-ACACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-T-T-TCAAATA-T-----------T-T-CTTTTCTATTAATAGTACATGTA----TA---A--T-CA---T------TCTCCATGAACAAAC-ATA-TATTTTTATCGGTAAATA----CTTAA-GAAACACCGTGACATGTAT-T--------CTAGAC--TGATGAC-------AA-TACAAC--GTAC-A---T-GT----AT--GACGTATTT--AT-------T-------TT-----ATA---A-----------TTAATTTTTATAC---AACTAATTTTTC-----AT----GAAA-ATCCTC---A----GTGTTCA-CTTTCTATTGTAAC---TGAGT-TAAgttttaataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -ATGCTCAG--TATCTAAAGAAACTATACATATTCGAAT-T-TCATATA-T-----------T-TTCTTATATATTTATAGCTC----A----CC---A--CGTGCTTTTT-ACATCCACATG--TACAC-ACG-GATCTTTATCAGCCAAT-----ACTAA-GT---------------AC-CA-------T--GTC--T-----CCGTGAAAAA-T----C--ATAGAAATTCAGTG---AT--GA-ACATTTTCA--------TACCATAATT-----G-ACATA-----------TTTA-----TTATCAGAATTAA-TTA-------AT----AAAA-T----C---ACCAGGT-TACA-CTTAC-TTTGCAAC---TGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAATAAT-----------T-TTCTTTTCTGTTTATAGTACAGGTC----TA--------TT---TTT-GTATCTGCATG--CATAC-AAA-TAAATCTATCGG-GAAT-----TGGTA-A----------------ATAC--------T--AAC--TA----C-------AA-A---ACAGATACAA---C-AC----AT--GCCATAGTT--A--------TC------TT-----A-A---A-----------ATGT-----ATTT---AA--AACTTAAC-----A-----AAAG-ACT--C---A----GTGTGTA-TTTTCTGTTGCGAC---GGGTTATAAc





Alignments
lowQualScore                  :                                77777777777777                                          2222          222                                                                                                                                                                                                                 222                           11   1                                                                                     4444444444444                                                                11                11                                                    11                                                                   2                                                         11111111111                                 3333333333333                              111             11111       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555           2222                44444444444444444444444444444444444444444444444444                   22222222222    2222222222                           111          
lowQualScore                  :     1                          00000000000000    0                  7                  8888   88     333    7                                                            1                                                                                                                                  7      1     333       3                   88   3                                                                                     9999999999999                                        1      3      8888      88                11       7          0  6              6         33    33     3        9      2     3     88                        99      0    2 3    1   44                1         0 2 2 1     2 22222222222 2                     2   5555  4444444444444   2           88888  2 444   333        2    66666 1   3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    88888  2222  55  1   1  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    777   1      3 00000000000    3333333333 8888    4  4     3        000          
lowQualScore                  :     .                          ..............    .                  .                  ....   ..     ...    .                                                            .                                                                                                                                  .      .     ...       .                   ..   .                                                                                     .............                                        .      .      ....      ..                ..       .          .  .              .         ..    ..     .        .      .     .     ..                        ..      .    . .    .   ..                .         . . . .     . ........... .                     .   ....  .............   .           .....  . ...   ...        .    ..... .   . ...............................................................    .....  ....  ..  .   .  .. ..................................................    ...   .      . ...........    .......... ....    .  .     .        ...          
lowQualScore                  :     0                          33333333333333    7                  3                  3333   00     333    3                                                            0                                                                                                                                  3      0     333       7                   33   3                                                                                     0000000000000                                        0      7      3333      33                00       3          7  7              7         55    88     2        2      5     2     00                        22      0    5 6    0   22                0         5 9 9 2     7 77777777777 7                     1   7777  6666666666666   7           44444  9 666   333        0    99999 0   1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    33333  0000  55  6   0  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    000   2      0 88888888888    7777777777 5555    9  0     1        000          
consensus                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
Reference ( family-179 )      : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
gi|1                          : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAAT-AATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTAATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAGTATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGA--TTA-TAAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTG--AAAAATTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTGTTATTT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TCAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGT--T-----C-------AG-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GTCACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATGTAGCAACAAAA----AAAA-A----C---A----GTGTCCA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cATTTAGTCATTT-TTAC-T-GTACTAAG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAGAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTAATCTTTTTAGAGTATAGACA----TA---------G---TTC-ATATCTACATG--TATAT-AC--GAT--ATTTATTGTTCTAT-----AATAG-A----------------A
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCATG--TATAC-ACG-GAT--CGTTATCGTCCAATGACATCTTGACA----------------AT-------------GGCGAT-----A-------AAATG--AC--G-AAAA---T-GTTGACAT--GACATATTA--A--------T-------TTTAAAAA-A---A-----------GT-------ATAC---AACTAATGTAGC-----AT------AA-A----CCTTA----ATGTACA-CTTTCGTTTGCGAacaaggtccctggtatacacagtata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acagtg-ATACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAAGT-T-TCAAATA-G-----------T-TTCTATTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---G--T-TAT--TTT-ACATCTACATG--AAAAC-ACG-GAT---TTTATCGGCAAATA----CTTAA-A----------------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cATGT-ATGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTATAT-T-TTAATTA-T-----------T-GTCTTTTCCATTTAAAACTTATGTA----TG---A---ATA---TTCCACATCTACATG----AGCTAGGTGAT--CTTTATcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAAGAAAGAGCACACTCTTAAAT-T-TCAAACA-T-----------T-GTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---T--TG-----TTT-A----TAC--------GC-A---GAT--CTTTATCGATCA-------CACAA-A----------------Aattgggcaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTTAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAAAT-TATTAAATA-T-----------T-TTCTATATAAATTAAAGTACAGGTG----TAG--A--AATA---TTT-agtgttgttgtaaacatagttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--TTGCAAGA---AGTGTCAACTTTT-----T-T--AATA-T-----------T-CTCTATTCTATTTATAGTAAAGCTA----TACCTA--T------TTT-ACATCTACATG--AAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    CGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGAT
gi|2                          : TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGCG--------------TGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCATTGTTT---TAATAGATGTGATAGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCTCGGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--TCATCTGTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CATAA-A----------------AT-C--------T--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTAA-----ATAC---AACAAATTTAGC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTTCA-CTTTATTTTGCAAC---CGAGTATAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                           ACAAAAATGGCTTGAGCGTTGTTCCAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAG-ATCTTTGACTCCAAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGA
gi|3                          :           TTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTA-TATGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCA-TGTATGCATGAT-GATGTGATGattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaaTCGCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCATGTATGCAT--GATGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTAT--TAATAATA---ATT--TACAA--AACAACA--ACCAA-AACAC----------AATAGTTTGGGTTCTTTTA-TT--TCTTCT-TTTTGTCATACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAAAT-T-TCAAATG-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATTGTACCGGC----------G--TGT----TTT-ACATCCACGTG--TAAAC-ATG-TAT--CTTTATTTGTTAAT-----TGTAA-A----------------AC-CTAAACATTC--TGT--T-----T--------A-T---AC--GAACAA---A-AT----AC--GACACAATT--A--------T-------TC-----AGA---A-----------CTT------ATTT---AACTAACTTAAC------T----AAAATT----C---A----GTGT-CATCTATATTTTGCAAC---TGAGTATAAAatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacacAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTCTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAGATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTTTATGTA----TA---T--TGTA---TTT-ACACCTACTTG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGC--A-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATTTAAC-----ACAAAAAAAA-A----C---A----GTGTCCA-a
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGTTT--GCATCC-T-GTGC-ATACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAAAT-G-GCAAATA-A-----------T-TTATATTCTATTTATAGTACAAGTACTTGTA---AACTGTG---TTT-ACAGTTACATG--TCTGC-ACG-GAT---TTTATCGGTCAGTG----CTTAA-C----------------AT-C------------GA--T-----C-------AA-T---AA--G-AAAA---T-GTTA--ATTCTATATATCT--AATATTGATT-------TT-----A-A---AAAGAAATAAATTTGA-----ATTA---AACTAATTGAAC-----AC----AGAA-GT---C---A----GTGTATA-CATCCGTTTGCAACATTTTAGTATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTT-ATACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACAT-GCTAATA-TATATATATGTGTGTTTTTTTTTATTTGCAGTGTAATTC----T-------TTTACT-TTT-ACTTCTAAATG--AACAC-ATG-GAT---TTTATTGG-CAA-------ATAC-A----------------TT-C--------T--GACG-T-----C-------AG-C---A-----ACAG---C-GTG---AT--GA-ACATTT--A--------C-------T------G-A---T-----------TTCA-----AAAC---TACT--TTTAAC-----A-----AAGA-G----CTT-A----GTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGCACAtatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tattttgggtcattgtctg-ACACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-T-T-TCAAATA-T-----------T-T-CTTTTCTATTAATAGTACATGTA----TA---A--T-CA---T------TCTCCATGAACAAAC-ATA-TAT--TTTTATCGGTAAATA----CTTAA-GAAACACCGTGACATGTAT-T--------CTAGAC--TGATGAC-------AA-TACAAC--GTAC-A---T-GT----AT--GACGTATTT--AT-------T-------TT-----ATA---A-----------TTAATTTTTATAC---AACTAATTTTTC-----AT----GAAA-ATCCTC---A----GTGTTCA-CTTTCTATTGTAAC---TGAGT-TAAgttttaataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -ATGCTCAG--TATCTAAAGAAACTATACATATTCGAAT-T-TCATATA-T-----------T-TTCTTATATATTTATAGCTC----A----CC---A--CGTGCTTTTT-ACATCCACATG--TACAC-ACG-GAT--CTTTATCAGCCAAT-----ACTAA-GT---------------AC-CA-------T--GTC--T-----CCGTGAAAAA-T----C--ATAGAAATTCAGTG---AT--GA-ACATTTTCA--------TACCATAATT-----G-ACATA-----------TTTA-----TTATCAGAATTAA-TTA-------AT----AAAA-T----C---ACCAGGT-TACA-CTTAC-TTTGCAAC---TGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAATAAT-----------T-TTCTTTTCTGTTTATAGTACAGGTC----TA--------TT---TTT-GTATCTGCATG--CA--T-ACA-AATAAATCTATCGG-GAAT-----TGGTA-A----------------ATAC--------T--AAC--TA----C-------AA-A---ACAGATACAA---C-AC----AT--GCCATAGTT--A--------TC------TT-----A-A---A-----------ATGT-----ATTT---AA--AACTTAAC-----A-----AAAG-ACT--C---A----GTGTGTA-TTTTCTGTTGCGAC---GGGTTATAAc





Alignments
lowQualScore                  :                                77777777777777                                          2222          222                                                                                                                                                                                                                 222                           11   1                                                                                     4444444444444                                                                11                11                                                    11                                                                   2                                                         11111111111                                 3333333333333                              111             11111       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555           2222                44444444444444444444444444444444444444444444444444                   22222222222    2222222222                           111          
lowQualScore                  :     1                          00000000000000    0                  7                  8888   88     333    7                                                            1                                                                                                                                  7      1     333       3                   88   3                                                                                     9999999999999                                        1      3      8888      88                11       7          0  6              6         33    33     3        9      2     3     88                        99      0    2 3    1   44                1         0 2 2 1     2 22222222222 2                     2   5555  4444444444444   2           88888  2 444   333        2    66666 1   3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    88888  2222  55  1   1  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    777   1      3 00000000000    3333333333 8888    4  4     3        000          
lowQualScore                  :     .                          ..............    .                  .                  ....   ..     ...    .                                                            .                                                                                                                                  .      .     ...       .                   ..   .                                                                                     .............                                        .      .      ....      ..                ..       .          .  .              .         ..    ..     .        .      .     .     ..                        ..      .    . .    .   ..                .         . . . .     . ........... .                     .   ....  .............   .           .....  . ...   ...        .    ..... .   . ...............................................................    .....  ....  ..  .   .  .. ..................................................    ...   .      . ...........    .......... ....    .  .     .        ...          
lowQualScore                  :     0                          33333333333333    7                  3                  3333   00     333    3                                                            0                                                                                                                                  3      0     333       7                   33   3                                                                                     0000000000000                                        0      7      3333      33                00       3          7  7              7         55    88     2        2      5     2     00                        22      0    5 6    0   22                0         5 9 9 2     7 77777777777 7                     1   7777  6666666666666   7           44444  9 666   333        0    99999 0   1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    33333  0000  55  6   0  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    000   2      0 88888888888    7777777777 5555    9  0     1        000          
consensus                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
Reference ( family-179 )      : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
gi|1                          : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAAT-AATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTAATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAGTATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGA--TTA-TAAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTG--AAAAATTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTGTTATTT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TCAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGT--T-----C-------AG-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GTCACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATGTAGCAACAAAA----AAAA-A----C---A----GTGTCCA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cATTTAGTCATTT-TTAC-T-GTACTAAG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAGAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTAATCTTTTTAGAGTATAGACA----TA---------G---TTC-ATATCTACATG--TATAT-AC--GAT--ATTTATTGTTCTAT-----AATAG-A----------------A
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCATG--TATAC-ACG-GAT--CGTTATCGTCCAATGACATCTTGACA----------------AT-------------GGCGAT-----A-------AAATG--AC--G-AAAA---T-GTTGACAT--GACATATTA--A--------T-------TTTAAAAA-A---A-----------GT-------ATAC---AACTAATGTAGC-----AT------AA-A----CCTTA----ATGTACA-CTTTCGTTTGCGAacaaggtccctggtatacacagtata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acagtg-ATACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAAGT-T-TCAAATA-G-----------T-TTCTATTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---G--T-TAT--TTT-ACATCTACATG--AAAAC-ACG-GAT---TTTATCGGCAAATA----CTTAA-A----------------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cATGT-ATGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTATAT-T-TTAATTA-T-----------T-GTCTTTTCCATTTAAAACTTATGTA----TG---A---ATA---TTCCACATCTACATG----AGCTAGGTGAT--CTTTATcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAAGAAAGAGCACACTCTTAAAT-T-TCAAACA-T-----------T-GTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---T--TG-----TTT-A----TAC--------GC-A---GAT--CTTTATCGATCA-------CACAA-A----------------Aattgggcaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTTAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAAAT-TATTAAATA-T-----------T-TTCTATATAAATTAAAGTACAGGTG----TAG--A--AATA---TTT-agtgttgttgtaaacatagttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--TTGCAAGA---AGTGTCAACTTTT-----T-T--AATA-T-----------T-CTCTATTCTATTTATAGTAAAGCTA----TACCTA--T------TTT-ACATCTACATG--AAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    CGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGAT
gi|2                          : TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGCG--------------TGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCATTGTTT---TAATAGATGTGATAGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCTCGGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--TCATCTGTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CATAA-A----------------AT-C--------T--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTAA-----ATAC---AACAAATTTAGC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTTCA-CTTTATTTTGCAAC---CGAGTATAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                           ACAAAAATGGCTTGAGCGTTGTTCCAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAG-ATCTTTGACTCCAAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGA
gi|3                          :           TTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTA-TATGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCA-TGTATGCATGAT-GATGTGATGattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaaTCGCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCATGTATGCAT--GATGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTAT--TAATAATA---ATT--TACAA--AACAACA--ACCAA-AACAC----------AATAGTTTGGGTTCTTTTA-TT--TCTTCT-TTTTGTCATACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAAAT-T-TCAAATG-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATTGTACCGGC----------G--TGT----TTT-ACATCCACGTG--TAAAC-ATG-TAT--CTTTATTTGTTAAT-----TGTAA-A----------------AC-CTAAACATTC--TGT--T-----T--------A-T---AC--GAACAA---A-AT----AC--GACACAATT--A--------T-------TC-----AGA---A-----------CTT------ATTT---AACTAACTTAAC------T----AAAATT----C---A----GTGT-CATCTATATTTTGCAAC---TGAGTATAAAatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacacAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTCTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAGATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTTTATGTA----TA---T--TGTA---TTT-ACACCTACTTG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGC--A-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATTTAAC-----ACAAAAAAAA-A----C---A----GTGTCCA-a
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGTTT--GCATCC-T-GTGC-ATACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAAAT-G-GCAAATA-A-----------T-TTATATTCTATTTATAGTACAAGTACTTGTA---AACTGTG---TTT-ACAGTTACATG--TCTGC-ACG-GAT---TTTATCGGTCAGTG----CTTAA-C----------------AT-C------------GA--T-----C-------AA-T---AA--G-AAAA---T-GTTA--ATTCTATATATCT--AATATTGATT-------TT-----A-A---AAAGAAATAAATTTGA-----ATTA---AACTAATTGAAC-----AC----AGAA-GT---C---A----GTGTATA-CATCCGTTTGCAACATTTTAGTATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTT-ATACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACAT-GCTAATA-TATATATATGTGTGTTTTTTTTTATTTGCAGTGTAATTC----T-------TTTACT-TTT-ACTTCTAAATG--AACAC-ATG-GAT---TTTATTGG-CAA-------ATAC-A----------------TT-C--------T--GACG-T-----C-------AG-C---A-----ACAG---C-GTG---AT--GA-ACATTT--A--------C-------T------G-A---T-----------TTCA-----AAAC---TACT--TTTAAC-----A-----AAGA-G----CTT-A----GTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGCACAtatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tattttgggtcattgtctg-ACACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-T-T-TCAAATA-T-----------T-T-CTTTTCTATTAATAGTACATGTA----TA---A--T-CA---T------TCTCCATGAACAAAC-ATA-TAT--TTTTATCGGTAAATA----CTTAA-GAAACACCGTGACATGTAT-T--------CTAGAC--TGATGAC-------AA-TACAAC--GTAC-A---T-GT----AT--GACGTATTT--AT-------T-------TT-----ATA---A-----------TTAATTTTTATAC---AACTAATTTTTC-----AT----GAAA-ATCCTC---A----GTGTTCA-CTTTCTATTGTAAC---TGAGT-TAAgttttaataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -ATGCTCAG--TATCTAAAGAAACTATACATATTCGAAT-T-TCATATA-T-----------T-TTCTTATATATTTATAGCTC----A----CC---A--CGTGCTTTTT-ACATCCACATG--TACAC-ACG-GAT--CTTTATCAGCCAAT-----ACTAA-GT---------------AC-CA-------T--GTC--T-----CCGTGAAAAA-T----C--ATAGAAATTCAGTG---AT--GA-ACATTTTCA--------TACCATAATT-----G-ACATA-----------TTTA-----TTATCAGAATTAA-TTA-------AT----AAAA-T----C---ACCAGGT-TACA-CTTAC-TTTGCAAC---TGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAATAAT-----------T-TTCTTTTCTGTTTATAGTACAGGTC----TA--------TT---TTT-GTATCTGCATG--CA--T-ACA-AATAAATCTATCGG-GAAT-----TGGTA-A----------------ATAC--------T--AAC--TA----C-------AA-A---ACAGATACAA---C-AC----AT--GCCATAGTT--A--------TC------TT-----A-A---A-----------ATGT-----ATTT---AA--AACTTAAC-----A-----AAAG-ACT--C---A----GTGTGTA-TTTTCTGTTGCGAC---GGGTTATAAc


blockSeqs                     :     T                          GTTACGAATTATA                        T                  AAAA   AT     GCA    A                                                            A                                                                                                                                  T      T     AAA       T                   TT   T                                                                                     .                                                    T      A      GTTT      GA                AG       A             C              C         AA    CA     A        C      G     A     TC                        AG      G    G C    T   CT                T           A A C     A ATATATATGTG G                     G   CTTG  ACGTGCTT        C           AACAA  T GGT   AAA        T    GACAT A   C AAACACCGTGACATGTATTCTAGACTGATGACAATACAACGT                         ATTCA  TGAC  TC  C   T  TC ATATTGATTTTAAAAAGAAATAAATTTGA                         CAG   T      G ACAAAA         ATCCTC     CCAG    A  T     T        ATT
blockSeqs                     :                                .                                    .                  .      A      .      .                                                                                                                                                                                               .      G     .         A                   .    .                                                                                                                                                 C      .         .                 .        .             .              .         AG    .      A        A      G     A     AA                        .       C    G .    C   .                 G           . . C     . .           .                     G   .     AACTGTG         .           TAT    . CG    A          C    A     T   . TACCATGTCTCCGTGAAAAATCAT                                           T      TA    .   C   A  .  TACCATAATTGACATATTTA                                  .     A      G AT             ACCTT      .       T  .     T        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .     .      .        .      .     .     .                         .       .    G .    T   .                 G           . . T     . .           .                     T   .     GAAATA          .           TAT    . CG    C          C    G     T   . ACCTAAACATTCTGTTTATACGA                                            C      G     .   C   A  .  TTTTATAATTAATTTTT                                     .     T      A AT             GCTT       .       C  .     G        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .       .    G .    T   .                 A           . . C     . .           .                     G   .     TTTACT          .           AAA    . AG    C          T    A     A   . ATACTAACTACAAAACAGAT                                               A      G     .   C   A  .  TTTTAAAAAAAGT                                         .     A      A AC             ACTC       .       A  .     T        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .       .    G .    A   .                 G           . . T     . .           .                     G   .     GTTAT           .           AAA    . TG    C          T    .     A   . ATGGCGATAAAATGACG                                                  C      .     .   T   T  .  TCTTAAAATGT                                           .     T      A AT             TTC        .       G  .     T        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T .    T   .                 C           . . A     . .           .                     G   .     CCTAT           .           TAA    . AG    A          T    .     G   . ATCTGGCTCAATACGT                                                   T      .     .   C   T  .  TTTAAATTAA                                            .     T      A AT             GTC        .       T  .     T        .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  . .    A   .                 T           . . C     . .           .                     T   .     ATGTA           .           TAA    . CG    C          T    .     C   . AACCGGCACAATACGT                                                   C      .     .   C   T  .  TTCAGAACTT                                            .     T      T T              AC         .       A  .     .           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .    A   .                 A           . . A     . .           .                     G   .     TTGTA           .           TAA    . TG    A          T    .     T   . TTCTGACGTCAGCA                                                     T      .     .   .   T  .  TTTAAATTTA                                            .     T      A A              AC         .       G  .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .    T   .                 T           . . C     . .           .                     T   .     AATA            .           TCT    . TA    T          T    .     A   . ATCGATCAATAAG                                                      C      .     .   .   G  .  CTGATTTCA                                             .     .      . A              TC         .       .  .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .    A   .                 A           . . C     . .           .                     A   .     GTGT            .           AAC    . CG    C          C    .     T   .                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T   .                 G           . . C     . .           .                     A   .     ATCA            .           TAC    . CA    .          .    .     C   .                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .                 G           . . C     . .           .                     T   .     TTG             .           CA     . C     .          .    .     G   .                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A           . . .     . .           .                     G   .     TT              .           A      . .     .                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     . .           .                     .   .     G               .           .                                                                                                                                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AT*********
originalCons                  : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
finalCons                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAACAT---------AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA





Alignments
lowQualScore                  :                                77777777777777                                          2222          222                                                                                                                                                                                                                 222                           11   1                                                                                     4444444444444                                                                11                11                                                    11                                                                   2                                                         11111111111                                 3333333333333                              111             11111       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555           2222                44444444444444444444444444444444444444444444444444                   22222222222    2222222222                           111          
lowQualScore                  :     1                          00000000000000    0                  7                  8888   88     333    7                                                            1                                                                                                                                  7      1     333       3                   88   3                                                                                     9999999999999                                        1      3      8888      88                11       7          0  6              6         33    33     3        9      2     3     88                        99      0    2 3    1   44                1         0 2 2 1     2 22222222222 2                     2   5555  4444444444444   2           88888  2 444   333        2    66666 1   3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    88888  2222  55  1   1  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    777   1      3 00000000000    3333333333 8888    4  4     3        000          
lowQualScore                  :     .                          ..............    .                  .                  ....   ..     ...    .                                                            .                                                                                                                                  .      .     ...       .                   ..   .                                                                                     .............                                        .      .      ....      ..                ..       .          .  .              .         ..    ..     .        .      .     .     ..                        ..      .    . .    .   ..                .         . . . .     . ........... .                     .   ....  .............   .           .....  . ...   ...        .    ..... .   . ...............................................................    .....  ....  ..  .   .  .. ..................................................    ...   .      . ...........    .......... ....    .  .     .        ...          
lowQualScore                  :     0                          33333333333333    7                  3                  3333   00     333    3                                                            0                                                                                                                                  3      0     333       7                   33   3                                                                                     0000000000000                                        0      7      3333      33                00       3          7  7              7         55    88     2        2      5     2     00                        22      0    5 6    0   22                0         5 9 9 2     7 77777777777 7                     1   7777  6666666666666   7           44444  9 666   333        0    99999 0   1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    33333  0000  55  6   0  55 33333333333333333333333333333333333333333333333333    000   2      0 88888888888    7777777777 5555    9  0     1        000          
consensus                     : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
Reference ( family-179 )      : TAAANTGCACTTGTCCGGAAGTTTCCGAGCGGTT--GAAT-A-TGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTGATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGNCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCGCTCTTGGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTNACTCC---GATAATACGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAGTTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCNCTACTTCGCAAGAGTTCCTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACGATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACTNAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCT-TTATGT-ATACNCAG--TTGCAAAAGAAAGTGTNCACTTTTAAAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACATCTACATG--TAAGC-ACG-GAT--NTTTATCGGTCAAT-----CNTAA-A----------------AT-C--------C--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-GT----AT--GACACANTT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTNA-----ATAC---AACTAATTTAAC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTNCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGTATAAA
gi|1                          : TAAAGTGCACTTGTCCGGAGGTTTCCGAGCAGTTTAAAAT-AATGTGGTCGTAATCGGAATAACGCTCTAGCAACAAAATTGGCTTG----AGCGTTGTTT---TAATAGATGTAATGGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGCCGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCCCGGCCATTTCCACTCTTAGAACAAAATTGGCTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAATAAGTATTTGTAACTCC---GATAATACGCAAAGCACAGCAATGCGA--TTA-TAAGCGTATTCATCCGGACATAGCCGAATGGTTATAATTGACTATTTCCGTGATGGCCCGATTGTTGTTCTGAATGACGTGTAACTCTGTTTAACGCAATCACAAATAAAATTCCAAACTCCGGATCTTTTGTTACTCACTACTTTGCAAAAGTTCCTGCTG--AAAAATTTGTATACATAAAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATTATCATAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACATCAAGAACACAACAACTTAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTGTTATTT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TCAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGT--T-----C-------AG-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GTCACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATGTAGCAACAAAA----AAAA-A----C---A----GTGTCCA-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cATTTAGTCATTT-TTAC-T-GTACTAAG--TAGCAAAAGAAAGTGTTCACTTTCAGAT-T-TCAAATA-T-----------T-TTCTAATCTTTTTAGAGTATAGACA----TA---------G---TTC-ATATCTACATG--TATAT-AC--GAT--ATTTATTGTTCTAT-----AATAG-A----------------A
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCATG--TATAC-ACG-GAT--CGTTATCGTCCAATGACATCTTGACA----------------AT-------------GGCGAT-----A-------AAATG--AC--G-AAAA---T-GTTGACAT--GACATATTA--A--------T-------TTTAAAAA-A---A-----------GT-------ATAC---AACTAATGTAGC-----AT------AA-A----CCTTA----ATGTACA-CTTTCGTTTGCGAacaaggtccctggtatacacagtata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acagtg-ATACCCAG--TTGCAAAAGACAGTGTGCATCTATAAGT-T-TCAAATA-G-----------T-TTCTATTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---G--T-TAT--TTT-ACATCTACATG--AAAAC-ACG-GAT---TTTATCGGCAAATA----CTTAA-A----------------
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cATGT-ATGCTCGG--GTGTAACAGAACGTGTGCACTTTTATAT-T-TTAATTA-T-----------T-GTCTTTTCCATTTAAAACTTATGTA----TG---A---ATA---TTCCACATCTACATG----AGCTAGGTGAT--CTTTATcaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAAGAAAGAGCACACTCTTAAAT-T-TCAAACA-T-----------T-GTCTTTTCTATTTATAGTACAGGTA----TA---T--TG-----TTT-A----TAC--------GC-A---GAT--CTTTATCGATCA-------CACAA-A----------------Aattgggcaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTTAG--TTGCAAAATAAAGTGCGCACTTTTAAAT-TATTAAATA-T-----------T-TTCTATATAAATTAAAGTACAGGTG----TAG--A--AATA---TTT-agtgttgttgtaaacatagttac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--TTGCAAGA---AGTGTCAACTTTT-----T-T--AATA-T-----------T-CTCTATTCTATTTATAGTAAAGCTA----TACCTA--T------TTT-ACATCTACATG--AAAt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    CGGAAATAGCCGAGTAGTTACGAATGAT
gi|2                          : TAAATTGCACTTGTCCGGCAGTTTTCGAGCG--------------TGGTTGTAATCGGAATAATGCTCTAGCAACAGAATTGGCTTG----AGCATTGTTT---TAATAGATGTGATAGGTAAATGTATTCGTAACTCCGCTAAAACACGAAGGCGCTGCAATTATAAGACGATTTGTCCGGAAATAACCGAGTAGTTACGAATGATGCGATCGTAATCGAAACAACGCTCGGCCATTTCCGCTCTTGAAACAAAATTGACTTGAGCGTTATTCCAATTGATGTGATCGGTAAAAGTAAGTATTTGTTACTCC---GATAATATGCGAAGCACAGCGCTGCGA--TTA-TAAGCGGATTCATCCGGGCATAGCCGAATGGTTACGATTGGCTATTTCCGTGATGACCCGATTGTTGTTCTGAATGACGCGTAAC-------------ATCACAAATAAAGTTCTAAACTCCGGATCTTTTGTTACTTTCTACTTAGCAAGA----CTGCTG--AAAAACTTGTATACATAGAATAACGATGATTATAACAATCATTATAATAATCATCACGATAATAAATATGCATATAAATAGCAACACCACTAAGAACACAACAACTCAAAATAGTAAGGTCTCTTTTATTT--TCATCTGTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAAATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTACATGTA----TA---A--TGTA---TTT-ACACCTACATG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CATAA-A----------------AT-C--------T--GGC--T-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTAA-----ATAC---AACAAATTTAGC-----AT----AAAA-A----C---A----GTGTTCA-CTTTATTTTGCAAC---CGAGTATAAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                           ACAAAAATGGCTTGAGCGTTGTTCCAATTGCTGTGATCAGTAAAAGCAAG-ATCTTTGACTCCAAAAACAATAAGCGAAGCACAGCGCTGCAATTTTATTAAGCAGAATTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGA
gi|3                          :           TTATCCGGAAATAGCCGAGTGGTTACGAATTA-TATGGTTGTAATCGGAACAACACTC--GCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCA-TGTATGCATGAT-GATGTGATGattatatggttgtaatcggaacaacactcgcaagtgttttagctggaaaaagcatgtatgcatgatgatgtgatgatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaaTCGCAAGTGTTTTAGCTGGAAAAAGCATGTATGCAT--GATGATG-TGATGATGATGAT-ATTATTATCATTAT--TAATAATA---ATT--TACAA--AACAACA--ACCAA-AACAC----------AATAGTTTGGGTTCTTTTA-TT--TCTTCT-TTTTGTCATACTCAG--TTGCAAAAGAAAGTGCATATGTTTAAAT-T-TCAAATG-T-----------T-TTCTTTTCTATTTATTGTACCGGC----------G--TGT----TTT-ACATCCACGTG--TAAAC-ATG-TAT--CTTTATTTGTTAAT-----TGTAA-A----------------AC-CTAAACATTC--TGT--T-----T--------A-T---AC--GAACAA---A-AT----AC--GACACAATT--A--------T-------TC-----AGA---A-----------CTT------ATTT---AACTAACTTAAC------T----AAAATT----C---A----GTGT-CATCTATATTTTGCAAC---TGAGTATAAAatgatgatattattatcattattaataataatttacaaaacaacaaccaaaacacaatagtttgggttcttttatttcttctttttgtcatactcagttgcaaaagaaagtgcatatgtttaaatttcaaatgttttcttttctatttattgtaccggcgtgttttacatccacgtgtaaacatgtatctttatttgttaattgtaaaacctaaacattctgtttatacgaacaaaatacgacacaattattcagaacttatttaactaacttaactaaaattcagtgtcatctatattttgcaactgagtataaaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acaaaaatggcttgagcgttgttccaattgctgtgatcagtaaaagcaagatctttgactccaaaaacaataagcgaagcacagcgctgcaattttattaagcagaattatccggaaatagccgagtggttacgaattatatggttgtaatcggaacaacacAATAATAAGTATG--TATAAATAGCAACAACACCAAGAACACAACAACAAAAAATAGTTAGGTTTCTTTTATTT--TCATCTCTTATGT-ATACACAG--TTGGAAAAGAAAGTGTTCACTTTTAAGT-T-TAAGATA-T-----------T-TGCTTTTCTATCTATCGTTTATGTA----TA---T--TGTA---TTT-ACACCTACTTG--TAAGC-AAG-GAT--ACTTATCGGTCAAT-----CCTAA-A----------------AA-C--------C--GGC--A-----C-------AA-T---AC--GTACAA---C-AT----AT--GACACAATT--A--------T-------TT-----A-A---A-----------TTTA-----ATAC---AACAAATTTAAC-----ACAAAAAAAA-A----C---A----GTGTCCA-a
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGTTT--GCATCC-T-GTGC-ATACAC-GCTTTACAAAATAAAGTGAACTTTTTTAAAT-G-GCAAATA-A-----------T-TTATATTCTATTTATAGTACAAGTACTTGTA---AACTGTG---TTT-ACAGTTACATG--TCTGC-ACG-GAT---TTTATCGGTCAGTG----CTTAA-C----------------AT-C------------GA--T-----C-------AA-T---AA--G-AAAA---T-GTTA--ATTCTATATATCT--AATATTGATT-------TT-----A-A---AAAGAAATAAATTTGA-----ATTA---AACTAATTGAAC-----AC----AGAA-GT---C---A----GTGTATA-CATCCGTTTGCAACATTTTAGTATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTT-ATACTCTG--TTGCAAAAGAACATGTGCATTTTTAAACAT-GCTAATA-TATATATATGTGTGTTTTTTTTTATTTGCAGTGTAATTC----T-------TTTACT-TTT-ACTTCTAAATG--AACAC-ATG-GAT---TTTATTGG-CAA-------ATAC-A----------------TT-C--------T--GACG-T-----C-------AG-C---A-----ACAG---C-GTG---AT--GA-ACATTT--A--------C-------T------G-A---T-----------TTCA-----AAAC---TACT--TTTAAC-----A-----AAGA-G----CTT-A----GTGCGCA-CTTTCTTTTGCAAC---TGAGCACAtatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tattttgggtcattgtctg-ACACATAG--TGGCAAAAGAAAGTGTGCATATCTAA-T-T-TCAAATA-T-----------T-T-CTTTTCTATTAATAGTACATGTA----TA---A--T-CA---T------TCTCCATGAACAAAC-ATA-TAT--TTTTATCGGTAAATA----CTTAA-GAAACACCGTGACATGTAT-T--------CTAGAC--TGATGAC-------AA-TACAAC--GTAC-A---T-GT----AT--GACGTATTT--AT-------T-------TT-----ATA---A-----------TTAATTTTTATAC---AACTAATTTTTC-----AT----GAAA-ATCCTC---A----GTGTTCA-CTTTCTATTGTAAC---TGAGT-TAAgttttaataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -ATGCTCAG--TATCTAAAGAAACTATACATATTCGAAT-T-TCATATA-T-----------T-TTCTTATATATTTATAGCTC----A----CC---A--CGTGCTTTTT-ACATCCACATG--TACAC-ACG-GAT--CTTTATCAGCCAAT-----ACTAA-GT---------------AC-CA-------T--GTC--T-----CCGTGAAAAA-T----C--ATAGAAATTCAGTG---AT--GA-ACATTTTCA--------TACCATAATT-----G-ACATA-----------TTTA-----TTATCAGAATTAA-TTA-------AT----AAAA-T----C---ACCAGGT-TACA-CTTAC-TTTGCAAC---TGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAATAAT-----------T-TTCTTTTCTGTTTATAGTACAGGTC----TA--------TT---TTT-GTATCTGCATG--CA--T-ACA-AATAAATCTATCGG-GAAT-----TGGTA-A----------------ATAC--------T--AAC--TA----C-------AA-A---ACAGATACAA---C-AC----AT--GCCATAGTT--A--------TC------TT-----A-A---A-----------ATGT-----ATTT---AA--AACTTAAC-----A-----AAAG-ACT--C---A----GTGTGTA-TTTTCTGTTGCGAC---GGGTTATAAc