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gi|3 : GATTGTACTGTTGTGGTTTGTGGAA-----AAAGTAATCAACACTTTATGAAGTTTATCAATTGTATTCGTT---ATTTGTAAAT--GTTA-ATATATCAAGTAG-AGCACGTAT-AA---ATTA-------CGAATT--ATAAATAG---TAACACA---TGTA-GCCG--TAGAACAG---CGCA--A-TA-C---TT-GTC---TA------AGTCCAGTAA---TCGT--GATGAATGTTGTAT-CGA-T-GTCCAGT-AA-C-A-AAGTTTCTAAAAATGTTTAATAATCGGAGTATTTCCAATTGTTTTTAATTGAAG--TAAAT-A-AA-TTAA-GTTGGTTATGGT------------------------TTT-A-AAATATATA-A--GC-G-TTTTTGAATTCTTAGTAAG-AACGG-AAA--ATA----TCCACTTCTTAGAGACGGTAT-AATAACATTA-C----GTCCAAACTCTTTGACTGCCGAAAT-TAGAT-TGTATTATATCGG--TACTATAGACA-TAAAGTAGACTGTATTAAAACTGTTGTCATAGAAA------------CGCTGATCTGT--TT-T-ATAAGCCT----TG------------AAAGC----AGA--TA----TAGACTAACAATAAAAGGTGCGAAACAGGT--GCACAATA------T--T-TAA--AAGCAT--AATCACA--TT------AAG-GTCTA-----A-ACTA-------CACAATAAAGACGGAA-AT---A----------AGATG-TAATG-TAC--------TTAAGGAATTGATGAAATGTT----TAACTTGAT---AAAA-ATAATATACAATTA--TAAGCCTTTGAATCTATA-------TA-CAA-AATGTGCA---AGGCAGAGAAA
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Reference ( family-1719 ) : ACGATTGTACTGTTGTGGTTTGTGGAA-----GAAGTAATCAACACTTTATGAAGTTTATNAATTGTATTCGTT---ATTTGTAAAT--GTTA-ATAGATCCAGTAA-GGCACGTAT-AA---AGTA-------CGAATT--ATAAATAG---TAACACG---TGTA-GCCG--TAGAACAG---CACA--A-TA-C---TT-GTT---TA------AGTCCAGTAA---TCGT--GATGAACGTAGTAT-CGA-T-GTCCAGT-AA-C-G-AAGTTTATAAAAGTATTAAATAATCGGAGTATTTCCAATTGTTNTTAATTGAAG--TAAAT-G-AA-TNAA-GTTGGTTATGGTTAT--CCAACT---------TGAATTT-A-GAATANATA-A--AT-G-TTTTTGAAATCTTAGCAAG-AACGG-AAA--ATA----TCCACTTCTTAGAGACGGTAT-AATTACATTA-C----GTCCGAACTCTTTGACTGCCGAAAT-TAGAA-TGTATTGTATCGA--TACTATGGACA-TAAAGTAGACTGTATTAAAACTGTTGTCATAGAAATTAAGA-CACACCGCTGATCTGT--TT-G-ATAAGCCT----TA------------AATGC----AGA--TA----TAGACTAACGATAAAAGGTGCGAAACAGGT--GTACACTA------T--C-TAA--AAGCAT--AATCGCA--TT------GAG-GTCTA-----AGACTA-------CATAATAAAGACGGAA-ATTAGA----------AGATG-TAATC-TAC--------TTAAGGAATTAATGAAATGTT----TAACTTGAT---AAAA-CTGATATAGAATAA--TAAGCCTTTGAATTTATA-------TA-CAA-AATGTGCA---AGGCAGAGAAACA
gi|1 : ACGATAGTACTGATGTGGTTTGTGGAA-----GAAGTAATCAACACTTTATGAAGTTTATTAATTGTATTCGTT---ATTTGTAAAT--GTTA-ATATATCAAGTAG-AGCTCGTAT-AA---AGTA-------CGAATT--ATAAATAG---TAACACA---TGTG-GCCG--TAGAACAG---CACA--A-TA-C---TC-GTT---TA------AGTTCAGTAA---TCGT--TATGAACGTAGAAC-CAA-T-GTCCAGT-AA-C-G-AAGTTTCTAAAAATATTAAGTAATCGGAGTATTTCCAATTGTTATTAATTGAAG--TAAAT-A-AA-TTAA-GTTGGTTATGGTTTT--CCAACT---------TGAATTT-A-GAATAAATA-C--AC-G-TTTTTGAAATCTTAGTAAG-AACGG-AAA--ATA----TCCACTTCTTAGAGACGGTAT-AATTACATTA-C----GTCCGAACTCTTTGACTGCCGAAAT-CAGAA-TGTATTGTATCGA--TACTATAGACA-TAAAGTAGACTGTATTAAAACTGTTGTCATAGAAATTAAGA-CACAACGCTGACCTGT--TT-G-ATAAGCCT----TA------------AATGC----AGA--TA----TAGACTAACGATAAAAGTTGTGAAACAGGT--GTACACTA------T--C-TTA--AAACAT--AATGGCA--TT------GAG-GTCTA-----AGACTT-------CATAATAAAGCCGGAA-ATTAGA----------AAATG-TAATC-TAC--------TTAATGAATTAATGAAATGTT----TAAC-TGAT---AAAA-CTGATATACAATAG--TCAGCCTTTGAGTTTATA-------TA-CAA-AATGTGCA---AGGCAGAGAAACA
gi|10 : G--TAAATTA-AA-TAAA-GTTTGTAATGGTTAT--TTAACT---------TGAATTA-A-GAATCAATA-A--ATAG-TTTTTAAGGT-TTAGTAAG-AACAA-CAG--TTG----TTAACCTCTAAAAGATGGTAT-AGTTGCAATG-C----GGCAAAACATTTTGACTGCCAATAT-TAGAC-TATTTAGGATCGA--AAC-ATGG--------------------------GTTGGTATGTAAATGGATG-TATACAGCTACTCCGTAATT-ATATACGCCT----GC------------AATAA----AGA--TA----TAAGGTCACGCTACAGTGTACAGAACAGAT--G--CGCTG------TTGC-TAA--AAGCAT--AA----------------AG-CTGTA-----AAACCAAAAGATTCACAATACAGATGGAA-AGTAGA----------AGATG-TGATCGTAT--------TTAA-GAATTAACGTAATA-T----CAAATCGATAAAAAAA-CTAATACATGGTAT--TAAGC
gi|11 : taactgaagtattttttttcTGTTGTGGTTTGTGGGA-----GAAGTAATCAACACTTTATTAAGTTTATTAATTGTATTCGTT---AT----------------------CAGTAAAGGCACGTAT-AA---AGTA-------CTAATT--ATAAATAG---TA-------------------TAGAACAG---CACA--C-TA------T-GTT---TA------AGTTCAGTAA---TCGT--AATGAACGTAGTAT-CGA-T-GTCCAGT-AA-aattaaggattatatttctaatcaaaggttacaaataaaaaacaacagtctc
gi|11 : gtaatggaacgctaactgaaaGAA-CGTA--GTATCGA--TGTC-----CAGTAAA--AGACTGTATTAGAACTGTTATCATAGAAACTAAGA-CACAACGCTGATCAGT--TT-G-ATA----T----TA------------AATTC----AGA--TA----AAGACTAACAATAAAAGGTGCGAAACAGGT--GCACACTA------T--C-TAA--AAGCAT--AATCGCA--TT------AAG-TTCTA-----AAACTA-------CATAATAACGACGGAA-ATTAGA----------CAATG-TAATC-TAT--------TTAAGGTATTAATGAAATGTT----AAACGTGGT---AACA-CTGATATACAATAA--TAAGCCTTTGAATTTATA-------TA-CAA-AATGTGTA---AGACAGAGAAACAaagactgtattagaactgttatcatagaaactaagacacaacgctgatcagtttgatattaaattcagataaagactaacaataaaaggtgcgaaacaggtgcacactatctaaaagcataatcgcattaagttctaaaactacataataacgacggaaattagacaatgtaatctatttaaggtattaatgaaatgttaaacgtggtaacactgatatacaataataagcctttgaatttatatacaaaatgtgtaagacagagaaacagccttg
gi|12 : gtaatggaacgctaactgaaatgttgtggtttgtgggagaagtaatcaacactttattaagtttattaattgtattcgttatcagtaaaggcacgtataaagtactaattataaatagtatagaacagcacactatgtttaagttcagtaatcgtaatTATGGTTAT--CCAGAT---------TGAATTT-A-GAATATATA-A--AT-A-TTTTTGAAATCTTAACAAG-AATGG-AAA--ATAAATATCCACTTCTTAGAGATGGTAT-AATTACATTAACTTAAGTCTGAACTATTAGACTGCAGAAAT-TAGAA-TGTATTGTATCAA--TACTATGGACA-TAAAGTAGACTGTATTA---------------------AGA-CACAACACTGATATGT--TT-G-ATAAGCCT----TA------------AATGC----AGA--TA----TAGACTAATGATAAAAGGTGTGGAACAGGT--GTACACTA------T--C-TAA--AAGCAT--AATCACA--TT------GAG-GTCTA-----AGACTA-------CATAATAAAGACAGAA-AT---A----------AGATG-TAATC-TAA--------TTAAGTAATTAATAAAATGTT----TAACTTGAT---AAAA-CTAATATAGAATAA--TAAGCCTTTGAATTTATA-------TA-CAA-AATGTGCA---AGGCAGAGAAACAgccttg
gi|13 : AG--TGAAT-G-AA-ATAATGTTGGTTATGGTTATATTCAACT---------TTGATTA-A-GAATAAGTT-A--AT-A-TTGTTGAAATCTTAGTAAG-AACGG-AAA--ATA----TCCACTTCTTAGAGACGGTAT-AATTACATTG-C----GTCCGAACTCTGTGACTGCCGAAAT-TTGAA-TATTTTATATTGA--TACTACGGACA-TGTAGTGGACTGTATTAAAACTGTCATCATAGAAATTAAGA-CACAACGCTGATCTGT--TT-A-ACAAGCCT----TA------------AATGA----AGA--TA----TAAAGTAACAATAACACTGGCGAAACAAGT--GCACATTG------A--C-TA------CAT--AA-----------------------------------------------TAAAGACGGAA-ATCAGA----------AGATG-TAATC-TAC--------TGAAGGAATTAATGAAATGTT----TAACTTAAT---AAAA-ACGATACAGAATAA--TAAGCTTTTGAATTTATA-------TA-C-A-TATGTGAA---AGGCgcct
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gi|15 : tataataatggtattaattgatggttaaaagaaatgaagttggttacggttatcaaacttgaacttatgaaaaaaaaatgtttttgaaatataagaagtaaaggaaaatatatcctcttcttgggaacggtataaattactttacgtccaaaaatttggactgccgaaattagatttttttgcaccGAAATATTTGACTGCAAAAAT-TACAA-TG-ATTCTTTTTAAGTG-TATGGACA-TAAAGCATACTGTATTAAAACTGTTGTTATAGGAATGAAGA-CACACGGCTTATCTAT--TA-G-ATAAGCC-----TA------------AATGC---------------------AACAATAAAAGGTGCGAAACAAGT--GTGCACCG------T--C-TCA--AAGCAA--TATCAGA--TTTAATGCAAG-ACCTA-----AGACTA----------AATACAGAC------TTTGA----------TGATG-TAATC-TGC--------TTAAAGAATTAATACAATATT----TGAATAGAT---AAAA-CAAATACAGAATAA--TAA------GAGTTTATATCAAACCTA-CAA-ACTAAGCAAAGAGGCAG
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gi|17 : ggaacagtAT-AA---AGAA-------CAAATT--GTAATTAG---TAACACA---TGTA-GCCT--TAGAACAG---CACA--A-TA-C---TT-GT---------------CCAGTAA---TCGT--GATGAACGTAGTAA-CGA-T-GTCCAGT-AA-C-G-AAGTTTCTAAAAATATCAAGTAATCGGAGTATTTCCAATTGTAATTAATTGAAG--TAAAT-A-AA-TTAA-GTTGGTTATGGTTTT--CCAACT---------TGAATTT-A-GAATAGACA-A--AC-GTTTTTTTAAATCTTAGTAAG-AACGGAAAA--ATA----TCCACTTCTTAGAGACGGTAA-AATTACATAA-C----GTCCAAACTCTTTGACTGCCGAAAT-TAGA----------ATCGA--TACTATAAACA-TAACGTAGACTGTATTAAAACTGTTGTCATAGAAA
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gi|7 : gatggaacggtTTGTAATGTTGCGGTTTGTGGAA-----GAAGTTATCAACACTTTATTAAGTTTATAAACTGTATTCGTT---ATTTGTAAAT--GTTA-ACAGATCCAGTAA-GGCACGTAT-TA---GATA-------CGAATT--ACAAATAG---TAACACG---TGCA-GCCG--AAGAGCAG---CACC--A-TT-CT--TT-GTT---TA------AGTGCAGTAA---TCGT--GATGAATGTAGTAT-CGA-T-GTCCATT-AA-C-G-AAG-------AATTATTAAACAATCGGAGTATTTCCAATTGTTTTTAATTGAAG--TAAAT-GTAA-TAAA-GTTGGTTATGGTT----------------------ATTA-A-GAATATACA-A--AT-G-ATTTTGATATCTTACCAAG-AACGG-AAA--ATG----TC
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