lowQualScore : 11111 777777777777777777777777777777777777777777 22 2222222222 1 1 2222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 222222222 222222 111111111 2222222222222 11 1 55555555555555 111 1 111 11 22222222222222222 222222222222 111111 7777777777777777777777777 11 555555555 11 222222 2222 1 11 666666666666666666666666666666666666666 1111 1 22222 222 1 11 99999999999 22 1 1 4 1 1 1 777777
lowQualScore : 888 22222 444444444444444444444444444444444444444444 5 3 3 44 11 44 44 44 44 0 2 2222222222 888 3 2 999999 555 2 3 0000 8888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 6 777777777 4 999999 222222222 1111111111111 66 33 777 4 66666666666666 111 7 6 0 3 000 11 1 3 77777777777777777 6 99999999 555555555555 666666 1 5 8888888888888888888888888 6 66 1 1 333333333 33 0 1 8 4 0 6 555555 0 3333 1 3 5 66 77 0 333333333333333333333333333333333333333 6 4 2222 3 5 77777 888 3 6 7 22 55555555555 6 11 5 7 6 0 5 5 6 5 555555
lowQualScore : ... ..... .......................................... . . . .. .. .. .. .. .. . . .......... ... . . ...... ... . . .... .... ........................................................... . . ......... . ...... ......... ............. .. .. ... . .............. ... . . . . ... .. . . ................. . ........ ............ ...... . . ......................... . .. . . ......... .. . . . . . . ...... . .... . . . .. .. . ....................................... . . .... . . ..... ... . . . .. ........... . .. . . . . . . . . ......
lowQualScore : 888 55555 666666666666666666666666666666666666666666 4 3 1 22 22 22 22 22 22 5 5 9999999999 333 9 5 666666 888 7 6 8888 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 8 000000000 4 444444 222222222 3333333333333 11 88 888 4 88888888888888 777 0 3 3 0 000 77 0 3 33333333333333333 7 44444444 333333333333 444444 9 0 8888888888888888888888888 7 00 8 0 222222222 88 8 4 2 0 8 0 555555 8 2222 0 2 0 44 88 8 888888888888888888888888888888888888888 7 2 0000 0 0 33333 000 0 0 0 00 00000000000 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA---------TACATACAA-T-C--A--CA--TA--CA--A--TAACA-TTA-NA-GGATT-G-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---TAGAGTT-TC---TCTCC----TG---T-----TT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---TA----------GNNGGCGGATT-GATACA-T-------ATACTG-TATTT---A-AGCATATATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATATAATA--CAAGTAG---GAAGAGAA----AGT-A-A--AACAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACNTTGTCAGGT---AGAAAAA-ATGAGTGTAATTATAAAGCTATCGGGGGTTT-GG--GCAACACACAGGGGGCTTGG--G---------CG------AAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTAC-T---------TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--T-TA-TTAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGNGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGNTGAGAATCACCGTAAAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTTT--AAATCTAGAAATCGTGTTTATGC-ATGTTGGA-TCTGTGATT-TGTATAGN-GATNGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACTGCANGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
Reference ( gi|1 ) : TTTTTATTTATGCATACGGTTTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA---------TACATGCAA-T-C--A--CA--TA--CA--A--TAATA-TTA-TA-GAATT-A-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---TAGACTT-TC---ACTCC----TG---T-----TT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---GA----------GGCGGCGGATT-GAAACA-A-------ATACTG-TATTT---T-GGCATATATTA-----A--GTAA--GCCAT------ATATAATA--CAACTAG---GAAGAGAA----ACT-A-ATTCACAAAAGAG--ATTGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AGAAAAATATGAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGTTT-GG--GCAACATACACGGGGCTTGG--G---------CG------AAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTAT-T-TTT-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTT--T-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGTAAATCTAGAAATCGT-TTTATGC-ATGTTGGATTCTGTGATT-TGTATGGA-GATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA---------CGCATACAA-T-C--ATACA--TA--CA--A--TAGCA-T-------ACTC-A-AAAT--------ATTG---------A---CAAAGTTCTC---TCCCC----TG---C-----TT---TT----TGTTTAA--T---T-T--ACA---TA----------GGTGGCAGATTTGTTACA-T-------ACACTG-TATTT---A-CGCATATATTA-----A--CTAA--CCAAT------ATATAATA--AAAACAGCAAGAAGAGTA----AAT-A-A---ACACTAGAG--GTTTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AGAAACA-ATGAGTGTAAATATAAAAA-AGAGGGA-TTT-GG----AACA---ACG----T--G--G---------CG------AAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|15 : gTTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAGTAGCATACCTTCAA-T-C--GTGCA--TA--CA--A--TAACA-TT--TA-AAGAT-ATAAACGGAAGTAAAATGATT------A---TAGAGTT-TA---TTTCC----TG---TATTTATT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---
gi|18 : gTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG---------T-CA-AAAG-T-A--G--CA--TA--CA--A--TTCCA-TTA-AA-GTATT-G-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---TAGAtaagacatatac
gi|3 : tcttttttaaactattttgtttataaGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA---------CACATATAA-C-C--A--TA--TA--TA--AAATAATA-TTAATG-GATTT-A-A--TGGAAGCGAAATGCTT------AATATAGAGTT-TA---TTTCC----TG---T-----TT---TTGTTCTGAA--A--T---T-T--ACA---TA----------TGAGGCGGAAT-GATATA-T-------ATACTC-TTTTT---A-AGCATACATTATTTTAACTGTAT--ACT-T------ATATAATA--CACGTAG---GAAG-GAA----AGT-ATATCAACAAAATGT--ACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AGAAAA--ATGAGTGTAGTTATAAAGCT------GGTTT-GG--GCAACACACAGGAGACGTGG--A---------CG------CAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTAA-T-----------TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT--gatt
gi|16 : GGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT---------TA-ATGCAA-C-C--AAACA--TA--CA--C--TTACA-TCA-AA-GTATT-A-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---TGGAGTT-TC---TTTCC----TG---T-----TT---TTTTA-T-----A--T---T-T--atc
gi|7 : tctttaaacattatgcttttgaagcctgTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC---------TACACACAA-T-T--ATACA--TA--CC--A--TGACG-ATA-AA-GAATT-G-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---TAGAGTT-TC---TCTCA----TG--------------TT----C-----A--T---T-T--ACATTTGA----------TGCAAT---TT-GATACA-T-------ATATTG-TGTTA---A-TGCATATATCA-----A--GTAAAGGTTTTTACTCGATATAATA--CAACGAG---GAAG-GAACGTGAAT-A-A--AACAAAAGTG--GATGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GGGAAAGTATGTATGTCATTATAA
gi|11 : TTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCA--TACATACAA-T-CATA--CA--CA--CA--A--TGACA-TTA-AA-GGATT-GCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---TAGAGTT-TC---TCTCC----TG--------------CT----T-----A--T---T-TC-ACA---TA----------GCTGACGt
gi|21 : AAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA---------TACATACGAGTAT--A--CA--TA--CA--A--TGATA-ATA-AA-TGATT-G-AAATGAAAGCAAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|9 : T-----------A------------AA---------TTCATACAA-C-C--A--TA--TA--TACCA--TAACA-G-A-CAAGGATT-A-AAACGGAAACAAAATGATT------A---TAGAGTT-TC---TCTAC----TG---T-----TTGTTTT----T-----C--T---T-T--ACA---TA----------GTAGGCAGATT-GCTACA-ATGTATACATACTA-TATTT---A-AGCATATAGTA-----A--CTAA--ACTGT------ATGTAATA--CAAGTAG---GAAG-GAA----TGT-A-A---ATAAATAAGTTGTTGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TGAat
gi|2 : tttaagcatatttgatttcaaaaagaggagag------------CA---------TACATACAA-T-C--A--TACCTA--CA--A--TAACA-TTG-AA-TGATT-G-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTT-TTTGTAGTTT----TGGAGT-----TT---GTATCCT-----A--T---T-TTTATA---TA----------GAAGGCGGATT-AATACA-T-------ATACTA-TATTTAAGTAGGTATATATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATGTAGTAGGCAA-------GAAAGGAA----ATT-A-A----CAAATAAA--GTTCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAGTACAACTTGAGTGTAATTATAAAGCTGTTGGG----------GCAACATACATGCCGATGGGAAG---------CGTCAGTCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACAT------------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATC--C--ATTTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG----------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GC-ATATTTGA-TCTGTGATG-TGTATAAA-GATTGCATTT
gi|12 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtag------------CA---------TACACACAG-T-C--ATACA--TA--CA--A--TAACA-AT--TA-GGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---TAAAGTT-TC---TCTCCAGAATG---C-----TTA--TT----T-----T--T---T-T--AAA---AAAAATTGCATTGATAGTGGATT-GACACA-C-------ATGTTGACATAC---T-AA-ATATATTA-----A--ca
gi|19 : tatttcacattcaatatgg------------CA---------TACATACAG-T-C--A--TA--TATGCT--A--TAACA-ATA--A-CGATT-G-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---TAAAGTT-TC---TCTag
gi|13 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg-C--A--CG--TA--CA--A--TTATACTTT-TA-A---T-A-ACGCGGAAACAAAATGCTT------A---AAGAATT-TC---CATTA----TG---TA----TT---TT----T-----A--TAAATAT--ATA---TG----------AATGGCGGACT-GATACATA-------ATACTA-CTTTT---C-TGTGAATATTA-----A--ATAA--ACTAT------ATATAATA--AAACGAG---GAAGAac
gi|17 : gaca-----TT---TT----T-----AAAT---T-T--ACA---TA----------GCAGGCAAAAT-GATGCA-T-------TTACTA-TATTT---A-AGTATACATTT-----A--CTTA--AC--T------ATATAAAA--CAGGTAG---AATGA-AA----AGT-A-Aa
gi|22 : GGCGAATT-GTTACA-A-------ATACTG-AATTT---A-AGCATACATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATGTAATA--Cataagcaagatggaga
gi|10 : tagtttagaaCATATTTTA-----A--GTAA--ACTAT------ATATAATA--CAAGTAG---AAAG-GAA----AGTAA-ATAAACAAAAGAG--GTTGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---ATAAAAATGT--ATGTAATTATATGGCTA-CGGGATATG-GG--GCAACACACAGGGGTCTTGG--G---------CG------GACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATAC-TATTA-----TGTTTGCA---CGT---TTAAAACTTTG-T-TA---AAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|5 : ataAG---GAA-AGTA----AAT-A-A---ACTAAAGAG--GTTATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAAAAGAGTGTAATTATAAAACTATTTGG-GTTTAGA--GTAACATACAT-GGGCGTAG--G---------CG------AAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA----------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATC----T-TGCTTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTTTAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GC-ACGTTGGG-TCTGTGATA-TGTATAGA-GATTACATTTCAGat
gi|8 : gaGGGTTT-GGTAGCAACACACAGGGGGCTAGG--GTTGTCCTGTCA------AATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGT-TTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT-TAA---AATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT--------ACCCAGAAAACAT-TTTAAGC-ATTTTGG--TTTATGATT-TGTGCAGT-GATGGCATTTCAG
gi|4 : ACAGGGGGCATGG--A---------CG------AATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTAT------AAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTT--TGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATA-----ATTACTGTCAGAG---ATTA-ATAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT-----------------------TGCGATG------TCAGTGATTGTATATAGT-GATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
gi|14 : gcaaaTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTTTGTATATCTAGAAATCTT-GTTTTGC-ATGTT-GATTCTGTGATT-TGTGTAGT-GATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCA
gi|20 : TGATT-TGT-TAAATAATGGCATTTCAGAAAGAATT-GTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTT-----------
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 22 222222222222222222222222 11111111 11111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 3333 222222222 222222222 11111 555555555555555 222222222 3333333333 1 11 11 1 1 22222222222 2 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 2 33 77 33 33 33 2 1 5 0 55 555 333333333333333333333333 3 33333333 11111 555 5555555555555555555 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 1111 1 77 4 000000000 9 000000000 0 1 77777 2 3 333333333333333 6 1 777777777 22 5 1 4 6 66 999 1 2 6666666666 1 0 88 66 5 1 1 9 2 1 88888888888 2 3 4 0 2 3 3 4 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . . .. .. .. .. .. . . . . .. ... ........................ . ........ ..... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . .... . .. . ......... . ......... . . ..... . . ............... . . ......... .. . . . . .. ... . . .......... . . .. .. . . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 9 66 99 99 99 99 9 8 8 1 22 444 777777777777777777777777 1 22222222 77777 888 6666666666666666666 3 3 00 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 0 888 44 4 7 8888 6 99 0 666666666 4 000000000 5 0 00000 2 0 000000000000000 6 0 555555555 00 2 0 6 0 66 555 0 2 2222222222 5 8 88 77 7 0 0 0 3 0 77777777777 5 0 0 0 5 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA-ACA--TA--CA--A--TAAC-ATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-CGGGGGTTTGG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA--------T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--TN-NTT-AAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATGTTGG--TCTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA--CA--TA--CA--A--TAAC-ATTANAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGNNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACNTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTATCGGGGGTTTGG--GCAACACACA--------GGGGGCTTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA---C----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--TT-ATT-AAATCGTTTTGAACTACGTATATAGNGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGNTGAGAATCACCGTAAAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTATGCATGTTGGA-TCTGTGATT-TGTATAGNGATNGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACTGCANGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AA-T-CA--CA--TA--CA--A--TAAT-ATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTTA---T-----------------A------GACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGTTTGG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT----T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTT--TTAATC-AAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATGTTGGATTCTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-CGGGATATGGG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA---C----T-------ATTATG-TTTGCACGTTTAAAAC-T--TT-GTTAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AA-T-CATACA--CA--CA--A--TGAC-ATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACTC---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AG-T-CATACA--TA--CA--A--TAACAATTAG-GGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACATA---T-----------------A------AAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AA-T-TA--TACTTT--TA--A--TAAC-G---------------CGGAAACAAAATGCTTA---A-----------------A------GAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTT-TGCATGTTGAT-TCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAA-T-CGTGCA--TA--CA--A--TAAC-ATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATTA---T-----------------A------GAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATA
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AA-C-CAAACA--TA--CA--C--TTAC-ATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTTA---T-----------------G------GAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-agacatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T--CA-AA----AG-T-AG--CA--TA--CA--A--TTCC-ATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AG-T-CA--TA--TATGCT--A--TAAC-AATA-ACGATTG-AGTCGGAAGCAACATGATTA---T-----------------A------AAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA--TACCTA--CA--A--TAAC-ATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTTA---TCTCCTTTTTGTAGTTTTG------GAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT-------GTTGGG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA--------------TGTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATC--CA-TTT-AAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTTGA-TCTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA--CA--TA--CA--A--TGAT-AATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AA-C-CA--TA--TA--TA--AAATAAT-ATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTTAATAT-----------------A------GAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT------GGTTTGG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA---A----T-------TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT--
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA--------TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTT--TG-TTT-ACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTA-ATAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATGT------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATTTGGGTTTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA------------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT--GC--TT-AAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACGTTGGG-TCTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AA-T-CATACA--TA--CA--A--TAGC-AT------ACT-----------CAAAATATTGA---C-----------------A------AAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAA--AAGAGGGATTTGG----AACA-AC-------------GT---GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AA-T-TATACA--TA--CC--A--TGAC-GATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTA---T-----------------ATAAATAGAGTT-TCTCTCA--------TGT-----TC-----------------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGTTTGGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTA---CGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGTT-A---AAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACAT-TTTAAGCATTTTGG--TTTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AA-C-CA--TA--TA--TACCA--TAAC-AGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 3333333 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 222222 2222 333333 222222222 222222222 2222 44444444444444 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 4444444 777 0 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 888888 5 66 66 1 1 888 5 0000 333333 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 1111 2 3 22222222222222 6 1 5 22 2 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . ....... ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... ...... . .. .. . . ... . .... ...... . .. . ......... . . ......... . . .... . . .............. . . . .. . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111111 222 1 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 666666 0 99 99 0 4 888 0 3333 555555 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 1111 2 0 44444444444444 6 0 7 00 2 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATACAATCATA-----CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTAA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA--G-GGGGTTT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATC-TTCGTTNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATACAATCA-A-----CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTAA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-CG-GGGGTTT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATC-TTTNNTTAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGCAATCA-------CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCATATA------TAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTAATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTG-GGAGTTT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTTTAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAA--ATAAACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT-AAAAA--T-GTATGTAATTATATGGCTA-CG-GGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAAC-TTTGTTAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATACAATCATA-----CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACACAGTCATA-----CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTACAATTATA-----CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTATATA------TAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCA-ATCGTGCATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGCAACCA-AA----CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTATATA-------AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTAA--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T----CAAAAGTA-G-----CATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATACAGTCATA-----TATGCTATAACAAT-AACGATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATACAATCATA-----CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTATATG------TAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTAA-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GTTG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATA-TCCATTTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATACGAGTATA-----CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTATATG------TAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATATAACCATA-----TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTAT--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG-AAAAA--T-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGTTT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTTG----TAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATC-TT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTC-TTTGTTTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTAA--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTA-TT-TGGGTTTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATC--TTGCTTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATACAATCATA-----CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAATATA------TAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTAA--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAA--A-AGAGGGATTT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACACAATTATA-----CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTCGATA------TAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATAA--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGTTT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATG-TTCGTTAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATACAACCATA-----TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTGTATG------TAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT-A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 33333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 77777 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ..... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 55555 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA--GGGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA--CGGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTAT-TTGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--AGGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 111 33333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 000 77777 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ... ..... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000 33333 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 333333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 666666 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ...... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000000 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 111 33333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 000 77777 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ... ..... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000 33333 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 333333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 666666 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ...... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000000 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 111 33333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 000 77777 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ... ..... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000 33333 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 11 2222222222 11 1 333333 222222222 222222222 11111 44444444444444 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 88 9999 2222222222 5 66 66 1 1 888 33 1 5 666666 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 77777 2 3 22222222222222 6 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . .. .... .......... . .. .. . . ... .. . . ...... . . .. . ......... . . ......... . . ..... . . .............. . . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 11 4444 4444444444 0 99 99 0 4 888 44 4 7 000000 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 00000 2 0 44444444444444 6 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
blockSeqs : TTT GTATA GCATT ATTTCAAAAGTAGCA G CTTC G TTA G GC ATCTCCTTTTTGTAGTTTT C AGAATGCT TATTTA GTT TTAAAAAAAA A C CT T ATGTATA A A A GGTA G AGGTTTTT TATACT GG CGTG AATAA C TT AC T A GAT AA T T ATTT A A TA C TGCCGATGG T G TTGTCCTGT A ATCGA G A TAAAGATAA A T TGT A CG G T T A TG GAA G GTTTGTAT T G . T GATT G T T G T TTTCAAGACAA G T A . G T A A TT
blockSeqs : . . . ATTTCGAAATAAGCA . . . ATT G G ATATAAAT . . TA . GTTCTGAAAT . . AT . . . . . . A . . G . AATAA . . . A C . T . . ACG . . . T G G C . G AA G A CGTTTTTGT G G CAT T GG A A G A TT ATG T CTTTAGAA T G . . GGGT . A T . .
blockSeqs : . . . TTTCAAAAGTAGCC . . . TTT G T AATAT . . T . TGTTTAAT . . AT . . . . . . C . . A . AATAA . . . C T . A . . GAG . . . C G G G . T AC A G CTA G T TGT T TG C T C T AT GTG T GTTTG G G . . GAT . T G .
blockSeqs : . . . ACAAATGCCA . . . TCA T A CT . . T . TATAAA . . CA . . . . . . C . . G . AA . . . T A . G . . . . . . T G A G . T A A T TGT G A CGT T AT G A T . . G G AA C T . . GGT . T G
blockSeqs : . . . AGAATTAGCA . . . TTA T G AT . . T . TTATAT . . AA . . . . . . C . . G . TA . . . T C . A . . . . . . C G G A . G A A C ATT . A GC A CA . . . . . . . . . . A T
blockSeqs : . . . ACAAAAG . . . ATA G G AA . . T . TAAAT . . AA . . . . . . T . . A . AA . . . G C . . . . . . . . . G G . G G G . TGT . C . T G
blockSeqs : . . . ACA . . . TTG G G AT . . C . TAT . . GA . . . . . . C . . G . AA . . . T A . . . T . . T A .
blockSeqs : . . . ATT . . . ATA G G AT . . T . TAT . . GT . . . . . . G . . G . A
blockSeqs : ATG . . . TTA A T AT . . . . CAT . . GA . . . . . . C . .
blockSeqs : AAA . . . ATA G G AT . . . . TCT . . TA .
blockSeqs : . . . GAC . A AC . . . . .
blockSeqs : . . . T . . AT .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : G* ATA******* ACG*** A**** CGT*********** CGT** GGT****
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGG-AA----AGTAATA-------ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTACG---GGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA----TAGAANTACGT-----------TTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TTGGT----CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 11111111 111111 3333333333333333333 1111111 11111111 111111 333333333 1 1111 333333 222222222 222222222 33333333333333 11111 11111 3333333333 1111111 1 1 22222222222 1 11
lowQualScore : 777 11111 11111 333333333333333333333333333333333 2 6666 2 333 3 55 2222222222222222222222222222 3 33333333 222222 555 4444444444444444444 3 3 22 4 3333333 4 4 4 0 7777 1 44444444 111111 0 4 333333333 3 66 1 1 888 77 3333 666666 5 5 77 4 000000000 1 1 000000000 0 1 0 5 1 11111111111111 3 44444 1 00000 1 22 5 1 4 6 66 999 6 6666666666 1 6 6 6 1111111 5 1 1 9 2 88888888888 1 1 1 5 1 1 1 1 88
lowQualScore : ... ..... ..... ................................. . .... . ... . .. ............................ . ........ ...... ... ................... . . .. . ....... . . . . .... . ........ ...... . . ......... . .. . . ... .. .... ...... . . .. . ......... . . ......... . . . . . .............. . ..... . ..... . .. . . . . .. ... . .......... . . . . ....... . . . . . ........... . . . . . . . . ..
lowQualScore : 888 11111 11111 333333333333333333333333333333333 9 1111 9 777 0 22 8888888888888888888888888888 1 22222222 999999 888 8888888888888888888 3 3 66 0 0000000 0 0 0 1 7777 6 55555555 555555 1 0 333333333 3 99 0 4 888 22 3333 000000 7 7 99 0 666666666 4 4 000000000 5 0 1 0 0 11111111111111 0 33333 0 00000 0 00 2 4 6 0 66 555 7 2222222222 5 7 7 7 2222222 7 0 3 0 0 33333333333 0 0 0 0 0 0 0 0 55
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAG-GAAAGT-A-A--T--AA-CAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTT-ATAGAANTA-----CG----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAG-GAAAGT-A-A--T--AA-CAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTT-ATAGAANTA-----CG----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCATATA------TAATACAACTAGGAAGAGAAACT-A-AT-T--CA-CAAAAGAG--ATTGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTAATAGAATTATTTTTTG----T--TTGTGTTTTGT-----AGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10 : tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGAAAG-GAAAGTAA-A--TA-AA-CAAAAGAG--GTTGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGA-T-ATAGAAATA-----CT----A--TTATG-TTTGC-----ACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11 : ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12 : ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13 : tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTATATA------TAATAAAACGAGGAAG-AAag
gi|14 : gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCA
gi|15 : TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16 : gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17 : tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTATATA-------AA-ACAGGTAGAATG-AAAAGTAA-A--T--AAGCAAGA
gi|18 : TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttggaga
gi|19 : tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2 : gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTATATG------TA------GTAGGCAA-GAAAGG-A-AATT--AA-CAAATAAA--GTTCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTT-ATAGAAACA-----TG----T--T-GTGTTTTGT-----ACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20 : taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21 : ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22 : TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTATATG------TAATAC
gi|3 : tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAAAGT-ATA--TC-AA-CAAAATGT--ACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG-AAAAA--T-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT-GTAAAAGTA-----AT----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTTACATCTT
gi|4 : ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGT-ATAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGT-----ACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5 : gcaaaGAAG-GAAAGT-A-AA-T--AAACTAAAGAG--GTTATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTT-ATCGATAAA-----TG----T--TT-TGTTTTGA-----ACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6 : TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAATATA------TAATAAAAACAGCAAG-AAGAGT-A-AA-T--AAACACTAGAG--GTTTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTT-AAAGA
gi|7 : gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTCGATA------TAATACAACGAGGAAG-GAACGTGA-A--TAAAA-CAAAAGTG--GATGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8 : GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTT-ACTAAACTA-----CG----T--TTTTGTTTTGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9 : T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTGTATG------TAATACAAGTAGGAAG-GAATGT-A-------AA-TAAATAAGTTGTTGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT