lowQualScore                  :                                          11111  777777777777777777777777777777777777777777                22                    2222222222                   1                   1     2222          44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444           1   222222222            222222          111111111   2222222222222             11         1   55555555555555         111      1                    111      11                   22222222222222222                    222222222222  111111                7777777777777777777777777               11          555555555    11                                    222222             2222               1   11                   666666666666666666666666666666666666666               1111          1      22222                     222       1      11            99999999999      22  1    1    4     1  1     1      777777       
lowQualScore                  :                                      888 22222  444444444444444444444444444444444444444444     5   3 3 44 11  44  44  44 44 0 2 2222222222   888             3  2  999999 555    2  3  0000    8888  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        4  6   777777777      4     999999          222222222   1111111111111        66   33  777    4   66666666666666         111      7     6  0 3         000      11    1    3         77777777777777777      6   99999999  555555555555  666666  1    5        8888888888888888888888888     6         66  1    1  333333333    33     0 1   8       4       0   6    555555         0   3333 1  3          5   66    77         0   333333333333333333333333333333333333333         6   4 2222   3      5      77777                     888 3   6 7      22            55555555555  6   11  5    7 6  0     5  5   6 5      555555       
lowQualScore                  :                                      ... .....  ..........................................     .   . . .. ..  ..  ..  .. .. . . ..........   ...             .  .  ...... ...    .  .  ....    ....  ...........................................................        .  .   .........      .     ......          .........   .............        ..   ..  ...    .   ..............         ...      .     .  . .         ...      ..    .    .         .................      .   ........  ............  ......  .    .        .........................     .         ..  .    .  .........    ..     . .   .       .       .   .    ......         .   .... .  .          .   ..    ..         .   .......................................         .   . ....   .      .      .....                     ... .   . .      ..            ...........  .   ..  .    . .  .     .  .   . .      ......       
lowQualScore                  :                                      888 55555  666666666666666666666666666666666666666666     4   3 1 22 22  22  22  22 22 5 5 9999999999   333             9  5  666666 888    7  6  8888    5555  99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999        4  8   000000000      4     444444          222222222   3333333333333        11   88  888    4   88888888888888         777      0     3  3 0         000      77    0    3         33333333333333333      7   44444444  333333333333  444444  9    0        8888888888888888888888888     7         00  8    0  222222222    88     8 4   2       0       8   0    555555         8   2222 0  2          0   44    88         8   888888888888888888888888888888888888888         7   2 0000   0      0      33333                     000 0   0 0      00            00000000000  0   00  0    0 0  0     0  0   0 0      000000       
consensus                     :    NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA---------TACATACAA-T-C--A--CA--TA--CA--A--TAACA-TTA-NA-GGATT-G-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---TAGAGTT-TC---TCTCC----TG---T-----TT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---TA----------GNNGGCGGATT-GATACA-T-------ATACTG-TATTT---A-AGCATATATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATATAATA--CAAGTAG---GAAGAGAA----AGT-A-A--AACAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACNTTGTCAGGT---AGAAAAA-ATGAGTGTAATTATAAAGCTATCGGGGGTTT-GG--GCAACACACAGGGGGCTTGG--G---------CG------AAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTAC-T---------TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--T-TA-TTAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGNGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGNTGAGAATCACCGTAAAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTTT--AAATCTAGAAATCGTGTTTATGC-ATGTTGGA-TCTGTGATT-TGTATAGN-GATNGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACTGCANGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
Reference ( gi|1 )            :    TTTTTATTTATGCATACGGTTTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA---------TACATGCAA-T-C--A--CA--TA--CA--A--TAATA-TTA-TA-GAATT-A-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---TAGACTT-TC---ACTCC----TG---T-----TT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---GA----------GGCGGCGGATT-GAAACA-A-------ATACTG-TATTT---T-GGCATATATTA-----A--GTAA--GCCAT------ATATAATA--CAACTAG---GAAGAGAA----ACT-A-ATTCACAAAAGAG--ATTGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AGAAAAATATGAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGTTT-GG--GCAACATACACGGGGCTTGG--G---------CG------AAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTAT-T-TTT-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTT--T-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGTAAATCTAGAAATCGT-TTTATGC-ATGTTGGATTCTGTGATT-TGTATGGA-GATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|6                          :                         TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA---------CGCATACAA-T-C--ATACA--TA--CA--A--TAGCA-T-------ACTC-A-AAAT--------ATTG---------A---CAAAGTTCTC---TCCCC----TG---C-----TT---TT----TGTTTAA--T---T-T--ACA---TA----------GGTGGCAGATTTGTTACA-T-------ACACTG-TATTT---A-CGCATATATTA-----A--CTAA--CCAAT------ATATAATA--AAAACAGCAAGAAGAGTA----AAT-A-A---ACACTAGAG--GTTTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AGAAACA-ATGAGTGTAAATATAAAAA-AGAGGGA-TTT-GG----AACA---ACG----T--G--G---------CG------AAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|15                         :                        gTTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAGTAGCATACCTTCAA-T-C--GTGCA--TA--CA--A--TAACA-TT--TA-AAGAT-ATAAACGGAAGTAAAATGATT------A---TAGAGTT-TA---TTTCC----TG---TATTTATT---TT----T-----A--T---T-T--ACA---
gi|18                         :                        gTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG---------T-CA-AAAG-T-A--G--CA--TA--CA--A--TTCCA-TTA-AA-GTATT-G-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---TAGAtaagacatatac
gi|3                          : tcttttttaaactattttgtttataaGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA---------CACATATAA-C-C--A--TA--TA--TA--AAATAATA-TTAATG-GATTT-A-A--TGGAAGCGAAATGCTT------AATATAGAGTT-TA---TTTCC----TG---T-----TT---TTGTTCTGAA--A--T---T-T--ACA---TA----------TGAGGCGGAAT-GATATA-T-------ATACTC-TTTTT---A-AGCATACATTATTTTAACTGTAT--ACT-T------ATATAATA--CACGTAG---GAAG-GAA----AGT-ATATCAACAAAATGT--ACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AGAAAA--ATGAGTGTAGTTATAAAGCT------GGTTT-GG--GCAACACACAGGAGACGTGG--A---------CG------CAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTAA-T-----------TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT--gatt
gi|16                         :                           GGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT---------TA-ATGCAA-C-C--AAACA--TA--CA--C--TTACA-TCA-AA-GTATT-A-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---TGGAGTT-TC---TTTCC----TG---T-----TT---TTTTA-T-----A--T---T-T--atc
gi|7                          : tctttaaacattatgcttttgaagcctgTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC---------TACACACAA-T-T--ATACA--TA--CC--A--TGACG-ATA-AA-GAATT-G-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---TAGAGTT-TC---TCTCA----TG--------------TT----C-----A--T---T-T--ACATTTGA----------TGCAAT---TT-GATACA-T-------ATATTG-TGTTA---A-TGCATATATCA-----A--GTAAAGGTTTTTACTCGATATAATA--CAACGAG---GAAG-GAACGTGAAT-A-A--AACAAAAGTG--GATGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GGGAAAGTATGTATGTCATTATAA
gi|11                         :                              TTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCA--TACATACAA-T-CATA--CA--CA--CA--A--TGACA-TTA-AA-GGATT-GCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---TAGAGTT-TC---TCTCC----TG--------------CT----T-----A--T---T-TC-ACA---TA----------GCTGACGt
gi|21                         :                                AAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA---------TACATACGAGTAT--A--CA--TA--CA--A--TGATA-ATA-AA-TGATT-G-AAATGAAAGCAAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|9                          :                                                       T-----------A------------AA---------TTCATACAA-C-C--A--TA--TA--TACCA--TAACA-G-A-CAAGGATT-A-AAACGGAAACAAAATGATT------A---TAGAGTT-TC---TCTAC----TG---T-----TTGTTTT----T-----C--T---T-T--ACA---TA----------GTAGGCAGATT-GCTACA-ATGTATACATACTA-TATTT---A-AGCATATAGTA-----A--CTAA--ACTGT------ATGTAATA--CAAGTAG---GAAG-GAA----TGT-A-A---ATAAATAAGTTGTTGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TGAat
gi|2                          :                                    tttaagcatatttgatttcaaaaagaggagag------------CA---------TACATACAA-T-C--A--TACCTA--CA--A--TAACA-TTG-AA-TGATT-G-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTT-TTTGTAGTTT----TGGAGT-----TT---GTATCCT-----A--T---T-TTTATA---TA----------GAAGGCGGATT-AATACA-T-------ATACTA-TATTTAAGTAGGTATATATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATGTAGTAGGCAA-------GAAAGGAA----ATT-A-A----CAAATAAA--GTTCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAGTACAACTTGAGTGTAATTATAAAGCTGTTGGG----------GCAACATACATGCCGATGGGAAG---------CGTCAGTCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACAT------------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATC--C--ATTTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG----------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GC-ATATTTGA-TCTGTGATG-TGTATAAA-GATTGCATTT
gi|12                         :                           taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtag------------CA---------TACACACAG-T-C--ATACA--TA--CA--A--TAACA-AT--TA-GGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---TAAAGTT-TC---TCTCCAGAATG---C-----TTA--TT----T-----T--T---T-T--AAA---AAAAATTGCATTGATAGTGGATT-GACACA-C-------ATGTTGACATAC---T-AA-ATATATTA-----A--ca
gi|19                         :                                                 tatttcacattcaatatgg------------CA---------TACATACAG-T-C--A--TA--TATGCT--A--TAACA-ATA--A-CGATT-G-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---TAAAGTT-TC---TCTag
gi|13                         :                                                                      gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg-C--A--CG--TA--CA--A--TTATACTTT-TA-A---T-A-ACGCGGAAACAAAATGCTT------A---AAGAATT-TC---CATTA----TG---TA----TT---TT----T-----A--TAAATAT--ATA---TG----------AATGGCGGACT-GATACATA-------ATACTA-CTTTT---C-TGTGAATATTA-----A--ATAA--ACTAT------ATATAATA--AAACGAG---GAAGAac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                      gaca-----TT---TT----T-----AAAT---T-T--ACA---TA----------GCAGGCAAAAT-GATGCA-T-------TTACTA-TATTT---A-AGTATACATTT-----A--CTTA--AC--T------ATATAAAA--CAGGTAG---AATGA-AA----AGT-A-Aa
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 GGCGAATT-GTTACA-A-------ATACTG-AATTT---A-AGCATACATTA-----A--CTAA--ACTAT------ATGTAATA--Cataagcaagatggaga
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tagtttagaaCATATTTTA-----A--GTAA--ACTAT------ATATAATA--CAAGTAG---AAAG-GAA----AGTAA-ATAAACAAAAGAG--GTTGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---ATAAAAATGT--ATGTAATTATATGGCTA-CGGGATATG-GG--GCAACACACAGGGGTCTTGG--G---------CG------GACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATAC-TATTA-----TGTTTGCA---CGT---TTAAAACTTTG-T-TA---AAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataAG---GAA-AGTA----AAT-A-A---ACTAAAGAG--GTTATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAAAAGAGTGTAATTATAAAACTATTTGG-GTTTAGA--GTAACATACAT-GGGCGTAG--G---------CG------AAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA----------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATC----T-TGCTTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTTTAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GC-ACGTTGGG-TCTGTGATA-TGTATAGA-GATTACATTTCAGat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaGGGTTT-GGTAGCAACACACAGGGGGCTAGG--GTTGTCCTGTCA------AATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGT-TTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT-TAA---AATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT--------ACCCAGAAAACAT-TTTAAGC-ATTTTGG--TTTATGATT-TGTGCAGT-GATGGCATTTCAG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACAGGGGGCATGG--A---------CG------AATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTAT------AAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTT--TGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATA-----ATTACTGTCAGAG---ATTA-ATAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT-----------------------TGCGATG------TCAGTGATTGTATATAGT-GATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gcaaaTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTTTGTATATCTAGAAATCTT-GTTTTGC-ATGTT-GATTCTGTGATT-TGTGTAGT-GATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGATT-TGT-TAAATAATGGCATTTCAGAAAGAATT-GTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTT-----------
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                   22                                                         222222222222222222222222             11111111   11111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1                     3333                     222222222          222222222                  11111        555555555555555                          222222222                                                                                                         3333333333             1   11         11                                   1                         1                              22222222222                    2                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666  2 2  33  77  33  33 33    2 1  5 0    55                    555 333333333333333333333333     3       33333333   11111  555  5555555555555555555 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5                  1111      1  77      4   000000000     9    000000000    0    1        77777  2  3  333333333333333    6             1       777777777    22           5       1       4        6   66              999    1                     2             6666666666 1           0   88         66         5       1   1             9                         2   1                          88888888888      2   3    4    0     2  3     3       4  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....  . .  ..  ..  ..  .. ..    . .  . .    ..                    ... ........................     .       ........   .....  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .                  ....      .  ..      .   .........     .    .........    .    .        .....  .  .  ...............    .             .       .........    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                     .             .......... .           .   ..         ..         .       .   .             .                         .   .                          ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111  9 9  66  99  99  99 99    9 8  8 1    22                    444 777777777777777777777777     1       22222222   77777  888  6666666666666666666 3 3      00        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    0         888  44    4  7                  8888      6  99      0   666666666     4    000000000    5    0        00000  2  0  000000000000000    6             0       555555555    00           2       0       6        0   66              555    0                     2             2222222222 5           8   88         77         7       0   0             0                         3   0                          77777777777      5   0    0    0     5  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA-ACA--TA--CA--A--TAAC-ATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-CGGGGGTTTGG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA--------T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--TN-NTT-AAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATGTTGG--TCTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA--CA--TA--CA--A--TAAC-ATTANAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGNNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACNTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTATCGGGGGTTTGG--GCAACACACA--------GGGGGCTTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA---C----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTT--TT-ATT-AAATCGTTTTGAACTACGTATATAGNGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGNTGAGAATCACCGTAAAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTATGCATGTTGGA-TCTGTGATT-TGTATAGNGATNGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACTGCANGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AA-T-CA--CA--TA--CA--A--TAAT-ATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTTA---T-----------------A------GACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGTTTGG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT----T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTT--TTAATC-AAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATGTTGGATTCTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-CGGGATATGGG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA---C----T-------ATTATG-TTTGCACGTTTAAAAC-T--TT-GTTAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AA-T-CATACA--CA--CA--A--TGAC-ATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACTC---T-----------------A------GAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AG-T-CATACA--TA--CA--A--TAACAATTAG-GGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACATA---T-----------------A------AAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AA-T-TA--TACTTT--TA--A--TAAC-G---------------CGGAAACAAAATGCTTA---A-----------------A------GAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTT-TGCATGTTGAT-TCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAA-T-CGTGCA--TA--CA--A--TAAC-ATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATTA---T-----------------A------GAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATA
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AA-C-CAAACA--TA--CA--C--TTAC-ATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTTA---T-----------------G------GAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-agacatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                        tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T--CA-AA----AG-T-AG--CA--TA--CA--A--TTCC-ATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTTA---T-----------------A------GAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AG-T-CA--TA--TATGCT--A--TAAC-AATA-ACGATTG-AGTCGGAAGCAACATGATTA---T-----------------A------AAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AA-T-CA--TACCTA--CA--A--TAAC-ATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTTA---TCTCCTTTTTGTAGTTTTG------GAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT-------GTTGGG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA--------------TGTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATC--CA-TTT-AAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTTGA-TCTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA--CA--TA--CA--A--TGAT-AATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                          TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AA-C-CA--TA--TA--TA--AAATAAT-ATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTTAATAT-----------------A------GAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT------GGTTTGG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA---A----T-------TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA--------TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTT--TG-TTT-ACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTA-ATAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATGT------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATTTGGGTTTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA------------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT--GC--TT-AAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACGTTGGG-TCTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AA-T-CATACA--TA--CA--A--TAGC-AT------ACT-----------CAAAATATTGA---C-----------------A------AAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAA--AAGAGGGATTTGG----AACA-AC-------------GT---GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AA-T-TATACA--TA--CC--A--TGAC-GATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTA---T-----------------ATAAATAGAGTT-TCTCTCA--------TGT-----TC-----------------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGGTTTGGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTA---CGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGTT-A---AAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACAT-TTTAAGCATTTTGG--TTTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AA-C-CA--TA--TA--TACCA--TAAC-AGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATTA---T-----------------A------GAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555             3333333                                           2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111        111111                11           222222                                                     2222                  333333                     222222222          222222222                   2222        44444444444444                                                                                                                                       3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2          4444444            777  0    55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444        111111        0       88  9999     888888    5     66  66           1    1         888  5     0000                  333333      5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1         1111  2  3  22222222222222  6             1     5   22 2    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .          .......            ...  .    ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........        ......        .       ..  ....     ......    .     ..  ..           .    .         ...  .     ....                  ......      .  ..      .   .........     . .  .........    .    .         ....  .  .  ..............  .             .     .   .. .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9          1111111            222  1    22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555        555555        1       11  4444     666666    0     99  99           0    4         888  0     3333                  555555      7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0         1111  2  0  44444444444444  6             0     7   00 2    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATACAATCATA-----CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTAA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA--G-GGGGTTT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATC-TTCGTTNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATACAATCA-A-----CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTAA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-CG-GGGGTTT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATC-TTTNNTTAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGCAATCA-------CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCATATA------TAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTAATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTG-GGAGTTT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTTTAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAA--ATAAACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT-AAAAA--T-GTATGTAATTATATGGCTA-CG-GGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAAC-TTTGTTAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATACAATCATA-----CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACACAGTCATA-----CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTACAATTATA-----CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTATATA------TAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCA-ATCGTGCATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGCAACCA-AA----CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTATATA-------AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTAA--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T----CAAAAGTA-G-----CATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATACAGTCATA-----TATGCTATAACAAT-AACGATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATACAATCATA-----CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTATATG------TAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTAA-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GTTG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATA-TCCATTTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATACGAGTATA-----CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTATATG------TAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATATAACCATA-----TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTAT--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG-AAAAA--T-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGTTT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTTG----TAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATC-TT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTC-TTTGTTTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTAA--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTA-TT-TGGGTTTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATC--TTGCTTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATACAATCATA-----CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAATATA------TAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTAA--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAA--A-AGAGGGATTT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACACAATTATA-----CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTCGATA------TAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATAA--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GGGTTT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATG-TTCGTTAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATACAACCATA-----TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTGTATG------TAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT-A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1                     33333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5                  77777    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .                  .....    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7                  55555    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA--GGGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA--CGGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTAT-TTGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--AGGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1               111      33333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5            000      77777    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .            ...      .....    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7            000      33333    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1                     333333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5                  666666    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .                  ......    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7                  000000    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1               111      33333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5            000      77777    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .            ...      .....    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7            000      33333    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1                     333333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5                  666666    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .                  ......    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7                  000000    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1               111      33333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5            000      77777    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .            ...      .....    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7            000      33333    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTAC--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTAT---AAAGCTA---GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTAT---AAAGCTATTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTAT---ATGGCTAC--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTAT---AAAGCT-------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTAT---AAAGCT------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTAT---AAAACTATT-TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG--A---GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTAT---AA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111    111111                    11          2222222222                                               11    1                     333333                      222222222          222222222                  11111        44444444444444                        11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444    111111            0       88  9999    2222222222    5     66  66           1    1         888  33    1  5                  666666    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1        77777  2  3  22222222222222  6             1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........    ......            .       ..  ....    ..........    .     ..  ..           .    .         ...  ..    .  .                  ......    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .        .....  .  .  ..............  .             .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555    555555            1       11  4444    4444444444    0     99  99           0    4         888  44    4  7                  000000    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0        00000  2  0  44444444444444  6             0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCA------TATATAATACAACTAGGAAGAGAA----ACTA---ATTC---ACAA-AAGAG--AT--TGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTA---ATAGAATTATTTT-T-----TGTTTGTGTTTTGTAGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGAAAG-GAA----AGTAAATA--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGAT-----ATAGAAATA-----C-----TA-TTATG-TTTGCACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTA------TATATAATAAAACGAGGAAGAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCAa
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTA------TATA-AA-ACAGGTAGAATGA-AA----AGTA---A--A---
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttaagcaagatggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTA------TATGTAGTA--GGCAAGAAAGGAA----ATTA---A-------CAA-ATAAA--GT--TCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTTA----TAGAAACA-----T------GTT-GTGTTTTGTACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTA------TATGTAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAA----AGTA---T--A---TCAACAAAAT--GTACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG--AAAA-AT-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT----GTAAAAGTA-----A-----T-TTTGTGTTTTGTACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGTA----TAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGTACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAA----AGTA---A--ATAAACTA-AAGAG--GT--TATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTTATCGATAAA---------------TGTTT-TGTTTTGAACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAA------TATATAATAAAAACAGCAAGA-AG----AGTA---A--ATAAACAC-TAGAG--GT--TTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTTA---A-AGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTC------GATATAATACAACGAGGAAG-GAACGTGAATA---A--A---ACAA-AAGTG--GA--TGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTTA---CTA-AACTACGTTTT-----TGTTT-TGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTG------TATGTAATACAAGTAGGAAG-GAA----TGT----A--A---ATAA-ATAAGTTGT--TGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A


blockSeqs                     :                                   TTT GTATA  GCATT  ATTTCAAAAGTAGCA                    G     CTTC       G            TTA   G   GC                   ATCTCCTTTTTGTAGTTTT               C       AGAATGCT  TATTTA  GTT  TTAAAAAAAA          A C      CT        T      ATGTATA  A     A   A       GGTA        G   AGGTTTTT    TATACT                    GG  CGTG    AATAA         C     TT  AC           T    A         GAT  AA    T  T                  ATTT      A  A  TA      C   TGCCGATGG     T G  TTGTCCTGT         A        ATCGA  G  A  TAAAGATAA       A             T       TGT   A    CG           G       T       T        A   TG              GAA    G                                   GTTTGTAT   T           G    .     T  GATT           G       T   T             G                         T                              TTTCAAGACAA      G   T    A    .     G  T     A       A  TT
blockSeqs                     :                                   .   .      .      ATTTCGAAATAAGCA                    .     .          .            ATT   G   G                    ATATAAAT                          .       .         TA      .    GTTCTGAAAT          . .      AT        .      .        .     .   .       .           A   .           .                         G   .       AATAA         .     .   .            A    C         .    T     .  .                  ACG       .  .  .       T   G             G C  .                 G        AA     G  A  CGTTTTTGT       G             G       CAT   T    GG           A       A       G        A   TT              ATG    T                                   CTTTAGAA   T           G    .     .  GGGT           .       A   T             .                         .                                                                                         
blockSeqs                     :                                   .   .      .      TTTCAAAAGTAGCC                     .     .          .            TTT   G   T                    AATAT                             .       .         T       .    TGTTTAAT            . .      AT        .      .        .     .   .       .           C   .           .                         A   .       AATAA         .     .   .            C    T         .    A     .  .                  GAG       .  .  .       C   G             G G  .                 T        AC     A  G  CTA             G             T       TGT   T    TG           C       T       C        T   AT              GTG    T                                   GTTTG      G           G    .     .  GAT            .       T   G             .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                   .   .      .      ACAAATGCCA                         .     .          .            TCA   T   A                    CT                                .       .         T       .    TATAAA              . .      CA        .      .        .     .   .       .           C   .           .                         G   .       AA            .     .   .            T    A         .    G     .  .                  .         .  .  .       T   G             A G  .                 T        A      A  T  TGT             G             A       CGT   T    AT           G       A       T        .   .               G      G                                   AA         C           T    .     .  GGT            .       T   G                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                   .   .      .      AGAATTAGCA                         .     .          .            TTA   T   G                    AT                                .       .         T       .    TTATAT              . .      AA        .      .        .     .   .       .           C   .           .                         G   .       TA            .     .   .            T    C         .    A     .  .                  .         .  .  .       C   G             G A  .                 G        A      A  C  ATT             .             A       GC    A    CA           .                                            .      .                                   .          .           .    .     .  .              .       A   T                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                   .   .      .      ACAAAAG                            .     .          .            ATA   G   G                    AA                                .       .         T       .    TAAAT               . .      AA        .      .        .     .   .       .           T   .           .                         A   .       AA            .     .   .            G    C         .    .     .  .                            .  .  .       .   .             G G  .                 G        G      G  .  TGT             .             C                                                                                                                                                                           .       T   G                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                   .   .      .      ACA                                .     .          .            TTG   G   G                    AT                                .       .         C       .    TAT                 . .      GA        .      .        .     .   .       .           C   .           .                         G   .       AA            .     .   .            T    A         .    .                                                       .             T .  .                 T        A      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                   .   .      .      ATT                                .     .          .            ATA   G   G                    AT                                .       .         T       .    TAT                 . .      GT        .      .        .     .   .       .           G   .           .                         G   .       A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                     ATG                                .     .          .            TTA   A   T                    AT                                .       .         .       .    CAT                 . .      GA        .      .        .     .   .       .           C   .           .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                     AAA                                .     .          .            ATA   G   G                    AT                                .       .         .       .    TCT                 . .      TA                                          .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                        .     .          .            GAC   .   A                    AC                                .                         .    .                   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                        .     .          .            T     .   .                    AT                                .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                        .     .          .            .     .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     G*          ATA*******                                                                           ACG***                                                                    A****        CGT***********                        CGT**                                                                                                                                                GGT****
originalCons                  : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGAGAA----AGTA---A--A---ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA---ATAGAANTA-----T-----TGTTTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
finalCons                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTA------TATATAATACAAGTAGGAAGG-AA----AGTAATA-------ACAA-AAGAG--GT--TGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTACG---GGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTTA----TAGAANTACGT-----------TTGTGTTTTGTACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TTGGT----CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT






Alignments
lowQualScore                  :                                       11111  11111  555555555555555555555555555555555                                                               2222222222222222222222222222              11111111  111111       3333333333333333333                           1111111                                    11111111        111111                       333333333  1                                                 1111                  333333                      222222222          222222222                            33333333333333           11111             11111                                                                                                           3333333333                           1111111                                  1                         1                              22222222222                    1                         11       
lowQualScore                  :                                   777 11111  11111  333333333333333333333333333333333  2     6666       2            333   3   55                   2222222222222222222222222222      3       33333333  222222  555  4444444444444444444 3 3      22        4      3333333  4     4   4   0   7777        1   44444444        111111        0       4      333333333  3        66             1    1         888  77    3333                  666666    5  5  77      4   000000000     1 1  000000000    0    1      0 5      1  11111111111111  3        44444     1       00000 1    22           5       1       4        6   66              999    6                                   6666666666 1           6    6     6  1111111        5       1   1             9                         2                              88888888888      1   1    1    5     1  1     1       1  88       
lowQualScore                  :                                   ... .....  .....  .................................  .     ....       .            ...   .   ..                   ............................      .       ........  ......  ...  ................... . .      ..        .      .......  .     .   .   .   ....        .   ........        ......        .       .      .........  .        ..             .    .         ...  ..    ....                  ......    .  .  ..      .   .........     . .  .........    .    .      . .      .  ..............  .        .....     .       ..... .    ..           .       .       .        .   ..              ...    .                                   .......... .           .    .     .  .......        .       .   .             .                         .                              ...........      .   .    .    .     .  .     .       .  ..       
lowQualScore                  :                                   888 11111  11111  333333333333333333333333333333333  9     1111       9            777   0   22                   8888888888888888888888888888      1       22222222  999999  888  8888888888888888888 3 3      66        0      0000000  0     0   0   1   7777        6   55555555        555555        1       0      333333333  3        99             0    4         888  22    3333                  000000    7  7  99      0   666666666     4 4  000000000    5    0      1 0      0  11111111111111  0        33333     0       00000 0    00           2       4       6        0   66              555    7                                   2222222222 5           7    7     7  2222222        7       0   3             0                         0                              33333333333      0   0    0    0     0  0     0       0  55       
consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAG-GAAAGT-A-A--T--AA-CAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA----GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTT-ATAGAANTA-----CG----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
Reference ( family-1704 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CATACAATAACATTAAAGGATTG-AAACGGAAGCAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAGGNGGCGGATT-GATACA-------TA-TACTG-TAT-TTAAGCA----TATATTAACTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGGAAG-GAAAGT-A-A--T--AA-CAAAAGAG--GTTGTACATTAAGTAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAA-AT-GAGTGTAATTATAAAGCTA-C--GGGGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGGGGCGTGGG---------CGAAACCATNTGTCGGTT-ATAGAANTA-----CG----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTNAAATCTTCGT--TNAAATCGTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATCGCATCAATAATTTTATTATTATCAGAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAAAGAAGGATGGATAGCGAGATGTT--T--AAATCTAGAAATCGTGTTTA-GCATG-TT-GG--T-CTGTGATT-TGTATAGNGATTGCATTTCAGAAAGGAAATGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTACAATGTGGAGATTCTGACATGTTCTTCAAGACAAAACCTTNGATNAAAGNACTACATTTTNTGNGAAGTNTTGTGTGNGATTCACATTT
gi|1                          :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------CA-------TA-CATGC----AATCA---CATACAATAATATTATAGAATTA-AAACGGAAGCAAATTGCTT------A---T-----------------AGACTT-TCACTCC--------TGT-----TT---TT----T-------A--T---T-T-ACAGAGGCGGCGGATT-GAAACA-------AA-TACTG-TAT-TTTGGCA----TATATTAAGTAA--------GCCATATA------TAATACAACTAGGAAGAGAAACT-A-AT-T--CA-CAAAAGAG--ATTGTACTTTAAGCAAACCTTGTCAGGT---AG-AAAAATAT-GAATGTAGTTATAAAGCTA-TTGGGAGT-TT-GG--GCAACATACA--------CGGGGCTTGGG---------CGAAACCATTTGTCGGTTAATAGAATTATTTTTTG----T--TTGTGTTTTGT-----AGGTTAAAATCTTT-TAATCAAATCTTTTTGAACTACGTATATAGTGATGAATTGCACCAATAATTTTATTATTATCAGAGGGTGTTAGGTGAGAATCACAGTAGTGAAGAATGGATAGCGAGATGTTGGT--AAATCTAGAAATCGT-TTTATGCATG-TT-GGATT-CTGTGATT-TGTATGGAGATTGCATTTAAGAAAGAAAAAGTTCTACATCTTCGATGCCACCGCATGTATATTGTGGAAGTTCTGACATGTT-----------AATCTTTGATGAAAGTACTACATTTTCTGGGAAGTCTTGTGTGTAA--CACATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        tttttatttatgcatacggttCA----TATTTTAAGTAA--------ACTATATA------TAATACAAGTAGAAAG-GAAAGTAA-A--TA-AA-CAAAAGAG--GTTGTATATTTAGTGACCATAGTTAAGT---AT--AAAA-AT-GTATGTAATTATATGGCTA-C--GGGATATG-GG--GCAACACACA--------GGGGTCTTGGG---------CGGACCCCTATGTCGA-T-ATAGAAATA-----CT----A--TTATG-TTTGC-----ACGTTTAAAACTTTGT--TAAAATCGTTTTG---TAC-TATATAG
gi|11                         :                        ataTTAAACATTTTA-----TT-----TC-----------A------------CAAATGCCATA-CATAC----AATCATA-CACACAATGACATTAAAGGATTGCAAAAGGACGCAAAATAACT------C---T-----------------AGAGTT-TCTCTCC--------TG-----------CT----T-------A--T---T-TCACATAGCTGACGat
gi|12                         :                                                                 ------------CA-------TA-CACAC----AGTCATA-CATACAATAACAATTAGGGTTTG-AAACGGAAAGAAAATACAT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCTCCAGAATGCTTAT-----TT---TT----TTAAAAAAA--A---T-T-GCATTGATAGTGGATT-GACACA-------CA-TGTTGACATACTAA--A----TATATTAAatatcttaaacgtcagaattttgatactatatccatttaaaagctgttttgc
gi|13                         :                                  tatttcacattcaatatgg-----------A------------CA-------CA-CGTAC----AATTATA-CTTTTAATAACG---------------CGGAAACAAAATGCTT------A---A-----------------AGAATT-TCCATTA--------TGTA----TT---TT----T-------A--TAAATAT-ATATGAATGGCGGACT-GATACA-------TAATACTA-CTT-TTCTGTG----AATATTAAATAA--------ACTATATA------TAATAAAACGAGGAAG-AAag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gTCAGAGAGAATTAGGTGAGAATCCCCGTACAGAAGGGTGGATAGCGAGATGTT--TGTATATCTAGAAATCTTGTTTT-GCATG-TT-GA--TTCTGTGATT-TGTGTAGTGATTGTATTTCAAAAAAGAAATTTTCTACATCTTAGATGCCA
gi|15                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TTGCATTTC-----------A------------CAAAAG---TAGCATACCTTCAATCGTG-CATACAATAACATTTAAAGATAT-AAACGGAAGTAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGTATTTATT---TT----T-------A--T---T-T-ACATAAG
gi|16                         :                       gGGTTTGTACGT---A-----TT-----TG-----------A------------TT-------TA--ATGC----AACCAAA-CATACACTTACATCAAAGTATTA-AAACGGAAGCAAAATACTT------A---T-----------------GGAGTT-TCTTTCC--------TGT-----TT---TTTTA-T-------A--T---T-T-acatatac
gi|17                         :                                                                                                                                                                              tctttaaacattatgcttttgaagcctg-----TT---TT----T-------AAAT---T-T-ACATAGCAGGCAAAAT-GATGCA-------TT-TACTA-TAT-TTAAGTA----TACATTTACTTA--------ACTATATA-------AA-ACAGGTAGAATG-AAAAGTAA-A--T--AAGCAAGA
gi|18                         :                      TTGGTTTAAACAT---A-----TT-----TT-----------A------------TG-------T------C----AAAAGTAGCATACAATTCCATTAAAGTATTG-AAACGGAAACAAAATGCTT------A---T-----------------AGAGAT-Ttggaga
gi|19                         :                                       tcttttttaaactattttgtttataa------------CA-------TA-CATAC----AGTCATA-TATGCTATAACAATAACG-ATTG-AGTCGGAAGCAACATGATT------A---T-----------------AAAGTT-TCTCT
gi|2                          :                                 gctttaaacatacatatgtatttccaaattgg------------CA-------TA-CATAC----AATCATA-CCTACAATAACATTGAATGATTG-AAACGGACGCAAAATGCTT------A---TCTCCTTTTTGTAGTTTTGGAGTT-TGTATCC--------TAT-----TT---TT-----------------------ATATAGAAGGCGGATT-AATACA-------TA-TACTA-TAT-TTAAGTAGGTATATATTAACTAA--------ACTATATG------TA------GTAGGCAA-GAAAGG-A-AATT--AA-CAAATAAA--GTTCTACATTAAGATATTCTTGTCAGGTGATAG-TACAA-CTTGAGTGTAATTATAAAGCT--------GT-TG-GG--GCAACATACATGCCGATGGGAAGCGTCAG---------TCAAACCATGTGTCGGTT-ATAGAAACA-----TG----T--T-GTGTTTTGT-----ACGTTGAAATATCCAT--TTAAATGGTTTTGAACAAGGTATATAGTGATGAGTTGCATCAAT-ATTTGATTATTACCAGAGAG----AGTTGAGAATCACCGCAAAGAAGGATTGATAGCG------------AAATCTTGAAATTGTGTTTA-GCATATTT-GA--T-CTGTGATG-TGTATAAAGATTGCATTTCAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taacatattttatttcaaaagtaacgtacatacaaatgtagTGATT-TGTTAAATAATGGCATTTCAGAAAG-AATTGTTTTATACTTTCAATGCCAT---ATGTACAATATGGAGATTCTGACATGTTCTTC
gi|21                         :                          ttcAAACAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCAAAAGTAGCA-------TA-CATAC----GAGTATA-CATACAATGATAATAAATGATTG-AAATGAAAGCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                TAGAAGGCGAATT-GTTACA-------AA-TACTG-AAT-TTAAGCA----TACATTAACTAA--------ACTATATG------TAATAC
gi|3                          :                   tagttGGTTTAAGAAT---A-----TT-----TT-----------ATTTCGAAATAAGCA-------CA-CATAT----AACCATA-TATAAAATAATATTAATGGATTT-AA-TGGAAGCGAAATGCTT------AATAT-----------------AGAGTT-TATTTCC--------TGT-----TT---TTGTTCTGAA----A--T---T-T-ACATATGAGGCGGAAT-GATATA-------TA-TACTC-TTT-TTAAGCA----TACATTATTTTA--------ACTGTATACTTATATAATACACGTAGGAAG-GAAAGT-ATA--TC-AA-CAAAATGT--ACTGTAAAATAAGCAAACTTTGTCAGAT---AG-AAAAA--T-GAGTGTAGTTATAAAGCT-------GGT-TT-GG--GCAACACACA--------GGAGACGTGGA---------CGCAACCATTTGTCTGTT-GTAAAAGTA-----AT----T--TTGTGTTTTGT-----ACGTTTACATCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ACA--------GGGGGCATGGA---------CGAATCCATTTGTTGGGT-ATAAAATTA-----TAAAGATAATTGTGTTTTGT-----ACATCAAATTCTTTGT--TTACATTGTCTTGAATTACATATATAGAGATGAATGGCATCAATAATT-----ACTGTCAGAGA---TTAA-TAAGAATCAACGTAAAGAAGGCTGGATAGCAAGATGTT--T--G-----------CG---------ATG-T--------CAGTGATTGTATATAGTGATGGCATTTCAGAAAG-AAATGTTCTACATCTTCGATGCTACTGCAGGTACAATGTAAAGATTCTGACATGTTTTTCAAGACAAAACCTTGAATTAAAGAATTA-ATTTTGTGTGAAATATTGTGTAAGATTCACATTTatc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcaaaGAAG-GAAAGT-A-AA-T--AAACTAAAGAG--GTTATACATTAAGTAAACATTGTCAGGT---AGAAAAAA-AA-GAGTGTAATTATAAAACTATT--TGGGT-TTAGA--GTAACATACA---------TGGGCGTAGG---------CGAAATCATGTGTCCGTT-ATCGATAAA-----TG----T--TT-TGTTTTGA-----ACTTTAAAATCTT-GC--TTAAATATTTTTGAATTGCCTATACAGTTATTAATCACATTAATACTGTTATTATTATC-GGCAATGTAAGTTGAGAATCACCATTGAGAAGGGTGGACAGCGAGATCTT--TAGAAAGTTAGAAATCATGTTTA-GCACG-TTGGG--T-CTGTGATA-TGTATAGAGATTACATTTCAG
gi|6                          :                      TTGGTTTAAACAT---AGTATATC-----TT-----------AGAATTAG-----CA-------CG-CATAC----AATCATA-CATACAATAGCAT------ACT-----------CAAAATATTG------A---C-----------------AAAGTTCTCTCCCC--------TGC-----TT---TT----TGTTTA--A--T---T-T-ACATAGGTGGCAGATTTGTTACA-------TA-CACTG-TAT-TTACGCA----TATATTAACTAA--------CCAATATA------TAATAAAAACAGCAAG-AAGAGT-A-AA-T--AAACACTAGAG--GTTTTACATCAAGTAAATCTTGTCAGGT---AG-AAACA-AT-GAGTGTAAATATAAAAAAG-A--GGGAT-TT-GG----AACA----------------ACGT-GG---------CGAAACAATGTGTCGGTT-AAAGA
gi|7                          :                         gTTTAAACAT---A-----TT-----TTTTTCAAAAGTAG------------CC-------TA-CACAC----AATTATA-CATACCATGACGATAAAGAATTG-AAACGTAAGAAAACTGCTTATATAAA---T-----------------AGAGTT-TCTCTCA--------TG-----------TT----C-------A--T---T-T-ACATTTGATGCAATTT-GATACA-------TA-TATTG-TGT-TAATGCA----TATATCAAGTAAAGGTTTTTACTCGATA------TAATACAACGAGGAAG-GAACGTGA-A--TAAAA-CAAAAGTG--GATGTAGATAGAGGGAACCTTGCCAGGT---GG-GAAAGTAT-GTATGTCATTATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GGGT-TT-GGTAGCAACACACA--------GGGGGCTAGGGTTGTCCTGTCAAATTCGTTTGTCGGTT-ACTAAACTA-----CG----T--TTTTGTTTTGTGTTGTAGTTTCAAATGTTCGT--TAAAATCATTTTGAACTGTGTATATTGAGAAGGATTGCATCAGTTATTATATTATTATCACAGAGTGTTAGGTGAGAATCACCGTAATGAGAGATGAATACGGAGAT----------ACCCAGAAAACATTTTAA-GCATT-TT-GG--T-TTATGATT-TGTGCAGTGATGGCATTTCAGt
gi|9                          :                                                    T-----------A------------AA-------TT-CATAC----AACCATA-TATACCATAACAGACAAGGATTA-AAACGGAAACAAAATGATT------A---T-----------------AGAGTT-TCTCTAC--------TGT-----TTGTTTT----T-------C--T---T-T-ACATAGTAGGCAGATT-GCTACAATGTATACA-TACTA-TAT-TTAAGCA----TATAGTAACTAA--------ACTGTATG------TAATACAAGTAGGAAG-GAATGT-A-------AA-TAAATAAGTTGTTGTACATTAAGTAAGCATTGCCAGGT---TG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TTAGTTTAAACATAATTATCTTATTTCCAAAATAGCACACACACACAGTCATATATACTATAGCTAT