lowQualScore : 1111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 1111111111111111111111111111111 22222222 2222222222222222222 444444444 22222 33333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 1 111111111 5555555555555555555555555555555 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 222222222 22222 111 1 111
lowQualScore : 6 6 6 555 3 5555555555555555555555555555555 0 1 66666666 44 6666 2222222222222222222 44 2 55 999999999 2 1 666 3 22 66666 22 2 2 55555555555555555555555 22 4 333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 22 333 22 22 6666 77777777777777 2 3 222222222 2222222222222222222222222222222 55 2 55 6 777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 7 33333 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 7 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 55 1 4 4 7 5 4 4 333333333 4 55555 444 6 555 0
lowQualScore : . . . ... . ............................... . . ........ .. .... ................... .. . .. ......... . . ... . .. ..... .. . . ....................... .. . ... ........................................................ . .. ... .. .. .... .............. . . ......... ............................... .. . .. . ... ........................................................... ... . ..... . .................................................. ...... . . ............................................................................................................................................................................................................. .. .. . . . . . . . ......... . ..... ... . ... .
lowQualScore : 0 0 0 000 0 4444444444444444444444444444444 6 7 00000000 22 1111 6666666666666666666 00 5 99 222222222 5 0 333 3 88 33333 99 1 2 33333333333333333333333 99 2 777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 99 777 99 88 6666 22222222222222 3 7 666666666 9999999999999999999999999999999 55 3 55 7 888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999 4 66666 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333 888888 0 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 55 5 0 0 5 3 4 0 222222222 0 33333 000 5 000 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACAGGGGTAAATTTNTTTTATTTTCG---ATCGTCTTT-CAN-ATTTA--TGAAATAANT-----TACA--GCGA----AAC--------TNC-GAT---AACTCGAGCAT-CA--AA--N-CT-C-A-GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AA--A-CTG-TA---T------GG--TCT-N---A--A-CA---ATTCT----GC--GCAT---ATTT---------------------CAT--A----T-T--ATACACA--T---T--AC--TTG-CG-ATATC------------TCGAGCATCAGAAAC--TCGAA-AACTCGAG------GT---NC-GGT---G-A-CGNTC--CCTTCA--ACATATTT---TTCATGTAAAATACTACGCGTATTTTAGACT-C---GAGGACAC------C--T-------A------AAA-ATTTATCGCATTTTCCTA--ACGGTACTTT-C---GTTTTACC---CATTTTNCCTGCATGNT---GCA-AC--G-----TGTTT------TTCACACCTC-CGT------ATTTT-CACACNTCTNTTNCAATTTTGATTG-GATGCTA-TTGGACNT-TTAATCCTATA-ATTCGA--ACAAGA---T----TT----TG--TTTGAC-TT--TACTT----TTTT-T--ATCG-G-------CAT-ATACTT---A--TT------ATA-A----T-TAA-TTTACAACG-A-----------TCGTTAC--TGTAA-ATGTT-CGAATTATT-ACAATTGCATTG-NC-CA-AGATTNTGACCAA--AGTGATT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( gi|3 ) : AGAAAGGTTTCACATTACATGATATTTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTT-CACCATTT---TGAAATAAAT-----TACA--GTGA----AAC--------TGC-AAT---TACTCAAGCAT-CA--AA--C-CT-CTA-GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AA--A-CTG-TA---T------GA--CCT-T---A--A-CA---ATTCT----AT--GTAT---GTTT---------------------CAT--A--C-TTT--ATACACA--T---T--AC--TTG-TG-ATAAC------------TTGAGCCTCAGAAAT--TCGGA-AACTAAAG------GT---AT-GGT---G-A-TGTTC--CCTTCA--ACAAATTT---TTCATATAAAATACTACATGTATTTCAGACT-T---GAGGACAC------C--T-------A------AGA-ATTTATCATATTTTCCTG--ACAGTACTTT-T---GTTTTACC---CATTTTTTCTGCATGTT---GTA-AT--G-----TGTTT------TTAACACCTC-CGT------ATTTT-CATACCTCTTTTTCAAGTATAATTG-GATACTT-TTGGACAT-TAAATCCTGTA-ATTTGA--GCAAGA---C----TT----TG--TTTGGT-TT--TATTT----TTTT-T--ATCA-G-------TAT-ATACTT--GA--TT------ATA-A----T-TGA-TCTACAGCA-A-----------TCATCAC--TATAA-ATGTT-CAACTAACT-ACAATTGCATTG-AC-CA-ATATTTTGACCAA--AATGATT---TTAAC-GAAAGTGTAT
gi|2 : TTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCA--TTT-CA---TTC---CAAAATGTTTA----TACA--GTGA----AACAC------TG---AT---AACTTGAGAAT-CA--AAAAC-TT-C-A-CCACA---CAG-------GATG---AA--A-CTG-TA---TTGTCCCAATTCCT-G---A--A-CA---ATTCT----------------TTG---------------------CAT--A--CATGT--ATACACT--T---T--TC--TTG-CA-ATAAC------------TTGTGCATCAGAATC--TTGAT-AACTCGAG------GT---ATGGGTATGG-A-CGTT---CTTTCA--ACATATTT---TTCATGTAAAATAC------TATTTTAAACT-G---GAGGTCAC------T--T------------------ATT--TTAGATTTTCCTG--ATGATACTTT-C---ATTTTACC---TATTTTGCTTGAGCGAT---GCG-AC--A-----TG-TT------TTAACACCTC-C--------ATTTT-CACACATTTGTTTAAAATGTGATTG-GAAACTA-TAGGACGT-TCAATCCTA-G-GTTTGATTGCA-----------CT----TG--TT---T-TT--TA-------CTGG-T--A-CATG-------TAT-ATACTC--TA--TTTA----AAA-A----C-TAA-TTTACAATG-A-----------TCACCAC--TGGAA-ATGTT-TGAATAATT-ACACTTACATT--AC-CA---GTTTTGATCTA--AAAGACT---TTCACAGAAATTGT
gi|13 : aa---TTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTT-TTAAATTTATGTGGAATG--------TACA--GCGA----AAC--------TTT-GAT---AATTGGATCAT-CA--AA--AACT-CAA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AA--A-C-A-T----T------GG--TCT-A---A--A-AATCTATTCT----GT--GAAT---ATTT---------------------CAT--A--C----------ACA--T---T--AC--TTG-TG-ATCTC------------TCCAGCATCAAAAAC--TTAAA-ATTTCGAG------GCTGAGT-GGT---G-A-ttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|27 : aagagaagattctgtcacagtatatttaTTTACAGCATTTAAATGAATTAAATAAAAGTACA--GTGA----AAC--------T-C-AAT---ATCTCAAGCAT-CA--AA--------------------AGCTA-------GA--AAACA-CTG-TA---T------AG--TCG-CA--A--A-CA---ATTCT----GT--------------------------------------------------------------T--AC--TTG-TG-ATACC------------TTGAGCATCAGTAATACTTGGG-ACTCAAAG------
gi|25 : gTT-TAC--TTG---TGTAATAATT-----TACA--AGGATATAAAC--------T-C-TATGTTTGCCCACATAT-AA--AA--C-TT---A-GGA-ATAATAGCTTATTCAATG---AC--A-TTG-------------GT--CCA-G---A--A-CA---TTTTT----GT--GCAT---ATTT---------------------CAT--A----------TATACA--T---T--AC--TTG-GG-ATCTC------------TCTGGCATCCGAAAT--TTGAA-AGCtcctttgatg
gi|7 : aATTT---TGTA-TAAAGA----TACA--GTGA----AAC--------TCC-AAT---AACTTAAGCAT-CA--AA--A--T-CTG-GAAAAAAACGACTAACTCAA-GT--AA--A-CTG-TA---T------GG----T-TGAAA--A-CA---ATTCT----GC--GCAT---ATTT---------------------CAT--A----------TACACA--T---C--AG--TTAATATATATC------------TGGAGCATCACAAAG--TC------------------------C-AGT---G-A-TGGTT--CCTTTA--ACG--------TGCATGTAAAATACTACCGGTATGTTAGACC-C---AAGGACACAGGCATT--T-------G------AAA-CTTT-TCACACATTCTTGTAATGGTGTTTT-C---GTCCTA---------TTCTCTGCCTG-----GTACATCAG-----GGTTTACACTGTTCACATCTC-AAT------A-TTT-CACATTTCTGTCCTAATTTTTTCTGAGATGCTA-TTTGACTT-TTAATGCTATA-ATTTGA--AAAACA---T----TT----CT--TTTGAC-TG--CACTT----CTTT-TGAATGA-G-------CAT-GT-CTT------TTAACCAAATA-G----T-T-A-TTTACA--A-AGT---------TTGTTAC--TGTAA-ATTCT-CAAATTATT-ACAGTTG
gi|14 : attacatatttgtatAAATATTT-----AACATGGTGA----AA---------TGCTGAT---AGCTGAAGCAT-TA--AA--A-ATACCA-GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TA--A-CTA-TA---T------GG--TCTCT---A--A-CA---GTTTT----GT--GTGT---ATTT---------------------CATTTA--C-TTTCAATATATA--T---C--A------------------------------AGCCTCAGACAC--TAGAA-AACT----------------C-GAT---G-A-TAGTC--CCTTAT--ACATATTT---TTCATGTAAAATACTttttttagagaagtgtttatt
gi|21 : tAAACAAAT------ACA--GTGA----AACGTTGATAATAT-AAC---TAC---AGCAT-CACAAA--C-AT-A-A-GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AA--A-ATG-TT---T------GA--T-T-G---A--A-CA---ATTCT----GT--TAAA---ATTT---------------------CAT--A----------TACACA--C---C--AC--TTG-CA-ATATG------------TAGAGTATAAGAAAgtgccagaacacctgtgtt
gi|30 : acatatcactatgatttttatttgtgtctT-----TACT--GAGA----AGC--------TTC-GAC---CACTCGCACAT-AG--AA--T-AT-G-A-GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGT--A-CTG-TT---A------GG--TCT-----AGGA-CA---ATTCT----CT--GCAT---ATTT---------------------CA----------T--ATACACA--T---T--AC--TTG-
gi|16 : -----TACA--GCGA----AAT--------TGC-AAT---AACCTGAGCAT-C-------------CA-TCAAAT--CAATTAAAGTG-TGG--GT--A-CTG-TAACAT------GG--TCT-C---A--AACA---ATTTTCAGAAT--ATAACAAGATT----------------------AT--A--A-TT---ATAATCA--T---T--AC--TTA-CA-ATATC------------CCCAGCATCAAAATC--CCCAA-AACTGTTG------AT---TT-GGT---G-A-CATTC--ACTTCG--ACATGTTT---TTCGTATAAAATACCAcaa
gi|32 : tta-----TATA--ACAA----AAC--------TTC-TAT---AACTCTAGCAT-GA--AA--AACT-CAAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AA--A-CTG-TA---T------GGT-CCC-A---A--A-CA---ATGCT----GA--ACTT---ATTT---------------------CAT--A--tttaaga
gi|26 : gACA--GTGA----AAT--------TGC-AAT---ATCTTGAGCAT-CA--AA---------A-AC---T--TGGGTAACTCAA-GG--AA--A-CTG-TA---T------GG--TCC-T---G--ATCA---ATTTT----GT--GCAT---ATTTACGTTCACAAACAATTCTGTGCAT--A--T-TTC--ATATACA--C---TTAAC--TTG-CG-ATAAC------------TTTAGCATCAGAAAT--TCAAA-Aac
gi|18 : ACA--GCGA----AGC--------TTT-GAT---AACTAAAGCAT-CA--AA--T-AC-CAA-GCACAT--CAGCAACCTCAA--G--AA--ATCTT-TAATGT------GA--TTC-T---G--A-AA---ATTCT----GA--GCAT---ATTG---------------------CAT-----T-TCT--ATAAACACTT---C--ACTATTA-AA-ATATT------------TCAAGTGTCAGAAAC--T
gi|12 : acattaaagctgttttaaCA--GTGA----AAC--------TTC-GATA--TA-TCCAGCAC-CA--AAA-C-CC-CGA-ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--AA--A-tttaaagtcaatcctttctacatatt
gi|4 : A----AAC--------TTT-GAT---AACTTGAGCAT-AA--AA--TACT-CAA-GCGCAT--TGGCTA--TCTAAGA--AA--A-CTT-TA---C------GG--TCC-C---A--A-AA---ACTCC----CT--GCAC---ATTT---------------------CA----------T--ATAC------------AT--TTA-TA-ATATC------------TAGAGCATCAAAAAC--CC----------AG------GT---A----------A----TC--CCTTCATCATAAATAC---AT-ATGTAAAATA----ATGTGTT--AGAAT-C---TACGGCAC------C-----------------AGT-GCTTATAA-ATTTTC-----AC-GCATTTT-TCAAGTTATTTC---CA-TTTAGCTG-ATGTTTGCACA-AT--GCCTCATGTTT------TTAtaattctgcgtgcggtttaattgctcctccgttgctaaatcttgagcaacaaactctcgaagattcaaggtctacttattttagtgcaaataacatgtaagctcgagaaaacctgtgtttgaaagtttacatacattcaaacggtacttttgattacctatttc
gi|17 : caCTCAAACATATA--AA--A-CT-CAA-GTGTAT--TGGATAACTCGAT-A--AA--A-CTG-TC---C------GAT-CCT-G---A--G-CA---ATTCT----GC--ACAT---ACTT---------------------CAT--AATT-TTT--ATATA-A--TTTAT--AC--ATA-CG-GTAACATACAATATTTTTCGGATATCAGAAGC--TGAAA-AACTGGAA------AT---TT-AGT---G-A-TGGTC--ATTTGA--ACATAAGT---GCCATATAAtgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|11 : aattttgatgtTCCAGGAT-CAC-AG--A-CT-TGA-ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AA--A-CTG-CA---T------GG--CCC-CG--A--A-CA---ATTAT----GT--GCAT---ATAT---------------------CAT--G----------TACATT--T---T--AC--TTA-CG-ACAAT------------TTGAAAACCATAAAC--GCGAA-AACTCGAG------GTC--AT-G-T---A-ACTGTTC--C-TTCA--ACg
gi|31 : ATAC--CAGCTAAATTGA-GT--AC--A-CCG-TT---T------GGT-CCT-A---A--A-CA---ATTCTGC--AC--ATAT---TTTT---------------------CAT--A----------TAC-CA--A---T---C--TCG-CA-ATAGC------------TTGAGCATCATAGAT--AAAAA-AACTcataccatgttaaacttgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|1 : aacttcaCAA--CGGCTTACTCAA-GG--AA--A-CTGGTA---C------CA----------A--A-CA---ATTCT----GCTCATAT---TTTT---------------------CAT--A----TTT--ATTCACT--T---T--AC--TTG-CG-ATGTC------------TTGAGCATCAGAAAT--TAAAA-AACTCA----------------GGC---GAA-CG-TC--CCTTCG--ACATATTT---TTCATGTAAATTACCACG------TTAGACTCT---GA-GACAT------C--TGTGTTTGA------AAATATTCA-CACATTTTCCTA--GCTGTATTTT-T---G-TTTACTGTACATATTGTATGCATGGT---GTA-TT--T-----TGTTT------TCAATGTCTC-AAT------TTTTTACACATCTCATTTT-GATT----TT----TACTA-TTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTA--ACAATA---T----TTCTTATG--TTT-GC-TT--TGTTT----ATTT-T--GACAGG-------CAT-ATCTTT---------------TA-A----T-T-A-CCTGTAGCA-AATATACATTGTTTGTTAC--AGTAA-ATAAC-CAAATTATT-ACAACTGTATTG-TC-CC-AGATTATGACC----AGTGATT---Tta
gi|22 : atctgtctgataacaaataaagtt--AA--A-CTG-CA---T------AA--TCT-T---G--T-CA---GACAT----AC--ATAG---ATCT---------------------GAT--A----------TACACA--T---T--AC--TTT-CA-ATATC------------TGGAACATCAGAAAatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|35 : --A-CA---ATTTT----GT--GCAT---ATAT---------------------CAT--------TT--A-A-ACA--T---T--AT--TTG-CG-ATATC------------TTAAACATCAGAAAactcaattacttgatactcgactactgtatatttccatgcaaggctcaaggacatctgtttttataactgtcacacattttctgtgaatgatg
gi|8 : gACA--T---T--TC--TTG-TG-ATATG------------TCGAGCATCACAAAT--CCGAA-AACTAAAG------GT---CC-GAT---C-C-CA-TC--CGTTCA--ACATATTT---TTCAGGTAAAATACT--GTGTA----AGACA-TAAGGAGGACACTTGTGTT--T-------A------AAA-CTTGGACACATTTCTCTA--ACAGAACTTT-T---GTTT---G---CATATTCACTGGATGGT---GCT-TT--T-----TTTTT------TTCAAATCTC-CAT-------TTTT-CATACATCTGTCTCAATTTTGATTA-AATGTTA-TTGGACTT-TTA--CACAGA-ATTGTA--ACAAGA---T----TT----CT--TTTGgtgaacactc
gi|26 : --TTG-CA-ATATC------------TTGAGCATCAAAAAC--TTGGGTAACTCAAGGAAACTGT---AT-GGT---C-C-TGATCAATTTTGT--GCATATTTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATATTTCAacatgcaaatcttttaat
gi|28 : acagtgaaaTATAAAATACTG------TTTTAGATT-G---AAGAACAG------CGTT-------A------AAA-ATTTAACGCATTTTCCTT--ACTGTCCTTT-T---ATTTTACT-----TCTTTTCTCTATGCG---GTA-A---GACAT-TTTTT------TTCACACTCC-TGTTGACTAATTTT-CGCA-CTCTtatacacttaacttgcgataactttagcatcagaaattcaaaa
gi|12 : AAATA--ACATGTA----AG-CT-C---GAGAAAAC------C--T-------GTGTTTGAAA-GTTTA-CATACATTCA-A--ACGGTACTTT-T---G-ATTACC---TATTTgt
gi|6 : cagtgaaacttcgatatatccagcaccaaaaccccgaatatatcggttaactcgaggaaataattctgcgtgcggtttaattgctcctccgttgctaaatcttgagcaacaaactctcgaagattcaaggtctacttattttagtgcA-ATTTAGCGCATTTCCATA--ATGGTACTTTAT---GTTT-GCC---TATT------GTATGC----ACA-GT--G-----TATTC---------ACACCTT-C--------ATTTT-C-TA------TGGCA--TACAAATG-GA--CTT-TT---------AATTCTATA-ATTCAA--ACGTGATTTC----TT----TAAATTTCATCTT--TTTTT----TTTT-T--ACCT-G-------CA--ATGCTTTTAA--TT------ATATA----T-CAA-TTTACAATGTA-----------T-GTTAC--TGTAA-ATGTT-CAAATTATT-ACATATGTATTG-TC-CC-AGATTTTGACCAATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTc
gi|5 : aTATCGTCTATTCCTT--ACAGTGCTTT-C----TTTTAT-----GTTTCACCTTCATGAT---GCT-AC--A-----TGTTT------TTCACATCTC-TGT--------TTT-AAT-----TTTTACGG----AAT---GATA----TCGGAC---------CTATA-GTTTTA--ACAAGA---T----TT----TT--TTCAAC-TG--CACCT----TTTT-TG-ATCG-G-------CAT-GTATTTT-AA--TT------A-A-A----TATGAATTTACAAGG-T-----------TCTTTAC--TATAA-ATGTT-CAAATGATT-ACttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|20 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacaTTTACCTG--TGGT---GCA-AC--A-----TGATT------TTCACAACTCATGT-------TTTT-CAAACATCTCTTGTAGTTTTAATGA-GATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TA-ATTTGA--GTAAGG---C----------------------T--TA--T----TTTT-T--A--A-A-------TAG-ATAC-----------------TA-A----T-T-----TACAACA-T-----------GCATCACTGTATAATATGTT-CAACT--CTGACAATTGCcggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|15 : agTGATGG-GATAATA-TTGGATGT-TTAACTCTATT-ATTTGA--GCAAAA---TGTAATT----TG---CTGGT-AC--TGTTTTCGATTTT-T-------G-------TATAATATTT--GAATTC------AGT-A----T-TAA-CTTATAACG-C-----------TCGTTAC--TGTAA-ATGTTCCAACT-ATT-ACAAATGAATTG-
gi|4 : acaactatgtcttggtttG-GATTCTT-T-AGACAT-TTTAGCCAGTA-ATTCCA--AACAGA---T----TT----T---TTTGCA-CC--TCTTT----TGATAT--ACCG-GGTATATATAT-ATATTT--TT--TTCA----ATA-AACTAT-TAA-TTTACAACA-T-----------TCTTTA---TGTAA-ATGTT-CAAATTATT-ACAATTGTGTTG-TT-AA-AGATTATG-CC-A--GATGAttcctggtcatgactgatgagaattttaaggttttgtaaaga
gi|9 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcacgcatttttcaagttatttccatttagctgatgtttgcacaatgcctcatgtttttatgAT-TTAATCTTGTG-ATCCAA--TTGGGA---C----T------G--TTTGAC-TTGGCACTT----CTTT-TG-ATCG-G-------AAT-ATTCTTT-AA--TC------AAA-A----T-TAG-TTTACAGTG-A-----------TGATCAC--TGTTA-ATGCT-TGACTTGTT-ACAATTGCATTGAAC-CA-A-ACTATGATCAA--TGTGACT---TTTAC-AGAAATGTgacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|33 : ACAATG-A-----------TTATCAC--TAAAG-ATGTT-TGAATAATT-ACGATTACATTG-ACACAGATATCT--ATCAGT-GATAATT---TTTGC-G-CAGTGTttttatttttagtgcactgaggtagtttgatatatcactataaagaacgaggatgaaagcgagcaatatttcaaatgcaacaataaaaatttt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AATTAAAACAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCAATGAAACTTTTGCAGTTAGTTATTGGATAATTTATAATAAATATTGAAAACAGATGAAAATAAAGCAAATTTTCATATAAACGATACAAAATACAGAACCTTAATGCATATGTCAGGTAAAATAAGTTTTATAAAAAGCAGCTGTGTTTTAATCACACAGTATATTTAACAAAGTAATTTTTCCGAAAATTTGTATTTTTC
Unaligned ( gi|19 ): ACATACTCGGTTATCTTGATAAAGGAATTAAGTACAGTTAAACTTCCAATTTCAGTATAAAAAGCCCAGTGACTAAATCAAGGGAACTATGTGGTGCTGCACAATTATGTGCAGATTTCATTACACATTGATGCCATATCTCGAGCATCTGAAACTTGACATTAATGGTCTGTTTGACA
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 2222 11111111 111111111 3333333333333333 22222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333 44444444 6666666666666666666666666666666666666666 11111 111 222222 111111 333333333333 11111 111111 222222222222222 2222222222222222222222222 6666666666666666666666666 111111 111
lowQualScore : 88 1 7 5555 6 5555 88888888 111111111 33 2 4444 3333 55555 22 4 4 5555555555555555 333 0 22 4 22 9999 1 11111111111111 3 333 4 5555555 999999999999999999999999999999999999999999999 555 22 22 0 88888 3 1 66 55 55555555555555 3 44 1 0 3 44444444 99999 4444444444444444444444444444444444444444 22 5 22222 444 0 1 000000 3 000000 0 55 333333333333 0 999 77777 0 2 555 44 4 3 1 777 0 999999 888888888888888 55 4 55 6666666666666666666666666 4 4 4 6666666666666666666666666 3 1 66 666 3 55 5 3 0 55 555 4 1 0 2 000000 222 666
lowQualScore : .. . . .... . .... ........ ......... .. . .... .... ..... .. . . ................ ... . .. . .. .... . .............. . ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . .. .. .............. . .. . . . ........ ..... ........................................ .. . ..... ... . . ...... . ...... . .. ............ . ... ..... . . ... .. . . . ... . ...... ............... .. . .. ......................... . . . ......................... . . .. ... . .. . . . .. ... . . . . ...... ... ...
lowQualScore : 55 0 3 3333 7 0000 77777777 333333333 44 4 7777 3333 66666 88 4 2 7777777777777777 777 9 11 0 66 0000 9 44444444444444 6 222 4 9999999 333333333333333333333333333333333333333333333 777 55 55 7 33333 8 9 33 00 55555555555555 3 66 3 4 3 11111111 22222 8888888888888888888888888888888888888888 88 8 33333 444 5 0 444444 6 555555 5 55 666666666666 7 999 22222 8 0 222 66 5 3 7 888 2 111111 111111111111111 55 0 55 5555555555555555555555555 0 9 0 1111111111111111111111111 6 8 33 666 6 00 5 3 4 00 555 0 0 8 6 555555 222 999
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC-A--ATTTG--TG---AAATAANT-----TACA--GCGA----AACTTC--GATAA-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C--------C-G-AA-CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CAT--ATTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTATTTTAGACTC---GAGGACAC------C------T-------AAAA-ATTT------AN--CGCATTTTCCTAACGGTACTTTCGTTTTACC---TATTTTNCCTGCACGGTGCAAC-G-TGTT-T------TTCACACCT--C-CG-T------ATTTTCACA-CGTCTNTTNCAATTTTGATNG-GATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTT----CGTTTG-A-------CTT--CACT--T-TT--TT---T--ACCG------G-------CATA-TACT-TT--ATT------A----NA-A----TTAATTT-ACAACG-NT-CGTCACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTG-TCCCAGAT-TATGACCAA--AG-TGATT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAACAGGGGTAAATTTNTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC-AN-ATTTA--TG---AAATAANT-----TACA--GCGA----AACTNC--GATAA-----CTCGAGCAT-CA-AA-N--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C--------T-N-AA-CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTNCGG---TG-ACGNTCCCTTCAA-CAT--ATTTTTCATGTA-AAATACTACGCGTATTTTAGACTC---GAGGACAC------C------T-------AAAA-ATTT------AT--CGCATTTTCCTAACGGTACTTTCGTTTTACC---CATTTTNCCTGCATGNTGCAAC-G-TGTT-T------TTCACACCT--C-CG-T------ATTTTCACA-CNTCTNTTNCAATTTTGATTG-GATG-CTATTGGACNT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTT----TGTTTG-A-------CTT--TACT--T-TT--TT---T--ATCG------G-------CATA-TACT-T---ATT------A----TA-A----TTAATTT-ACAACG-AT-CGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTG-NCCAAGAT-TNTGACCAA--AG-TGATT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC--------C-A-AA-CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CAT--ATTTTTCATGTA-AATTACCACG------TTAGACTC---TGAGACAT------C------TGTGTTTGAAAATATTC------A---CACATTTTCCTAGCTGTATTTTTGTTT-ACTGTACATATTGTATGCATGGTGTATT-T-TGTT-T------TCAATGTCT--C-AA-T-------TTTTTACA-CATCTC-----ATTTTGATTT-T-TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG---------CTT--TGTT--TATT--TT---G--ACAG------G-------CATA-T-CT-TTTAATT------ACCTGTA-G----CAAATAT-ACATTG-TT-TGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTG-TCCCAGAT-TATGACC----AG-TGATT---T
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTG-TCCCAGAT-TATGACCAA--TG-AAACT---TTTGC-atgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C--------C-CGAA-CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCAT--A----CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : TTTTGATGG-GATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactatgtcttggCA--GTGA----AACTTC--GATAT-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A-----------------------------AA-TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGT-----------------CT---A-CTT--ATTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA----AG-CTC---GAGAAAAC------CTGTGTTT-------GAAA-GTTT------ACA-TACATT---CAAACGGTACTTTTG-ATTACC---TATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA-ATTTA--TGTG-GAATG--------TACA--GCGA----AACTTT--GATAA-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C--------T-A-AA-AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGCTGAG---TG-c
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATTT-----AACATGGTGA----AATGCT--GATAG-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-C--------T-CTAA-CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CAT--ATTTTTCATGTA-AAATACTGTGCgtga
gi|15 : tTTTTGATGG-GATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGT----AATTTG---------CTGG-TACT--G-TT--TTCGAT--TTTT------G-------TATAATATT-TGA-ATTC-----A----GT-A----TTAACTT-ATAACG-CT-CGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTG-TTCCTGGT-CATGACTGA--TG-AGAAT---TTTAcagaacacctgtgtt
gi|16 : acaactatgtcttgg-----TACA--GCGA----AATTGC--AATAA-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-C--------T-C-AAACA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CAT--GTTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTT--GATGT-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-CC-------T-G-AG-CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CAT--AAGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTT--GATAA-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C--------T-G-AA--A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACT------TTTAAAGT-----------CAATCCTTTCTA-CAT--ATTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAGT------ACA--GTTA----AACTTC----CAA-----TTTCAGTAT-AA-AA-------------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC--------T-G-CA-CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC-A----TTC--CA---AAATGTTTA----TACA--GTGA----AACACT--GATAA-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-CCCAATTCCT-G-AA-CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACGTTCT-TTCAA-CAT--ATTTTTCATGTA-AAATACTA------TTTTAAACTG---GAGGTCAC------T------T-------A-----TTT-------T--AG-ATTTTCCTGATGATACTTTCATTTTACC---TATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-T-T------TTAACACCT--C-C---------ATTTTCACA-CATTTGTTTAAAATGTGATTG-GAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-A-------TTG--CACTTGT-TT--TT---T--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT---ATTTA----A----AA-A----CTAATTT-ACAATG-AT-CACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATT--ACCA--GT-TTTGATCTA--AA-AGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTG--TGGTGCAAC-A-TGAT-T------TTCACAACT--CATG-T-------TTTTCAAA-CATCTCTTGTAGTTTTAATGA-GATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA--------------------T-TT--TT---T--A--A------A-------TAGA-TAC-----------------------------TAATTT-ACAAC--ATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : ag-ATTTG--TGTCTAAACAAAT------ACA--GTGA----AACGTT--GATAATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T----------T-G-AA-CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatgattttt--AAACTGCA---TAA-T-C--------T-T-GT-CA---GACATACATAGAT-------CT---------------------GATA-------------T------ACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGA
gi|25 : -ACTTG--TG---TAATAATT-----TACA--AGGATATAAACTCTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C--------C-AGAA-CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtactcgactactgtatatttccatgcaaggctcaaggacatctgtttttataactgtcacacattttctgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGC--AATAT-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC--------T-G-AT-CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : -ATTTAAATG---AATTAAATAAAAGTACA--GTGA----AACT-C--AATAT-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CG-------C-A-AA-CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcTATA-AAATACTG------TTTTAGATTG---AAGAACAG------CGT----T-------AAAA-ATTT------AA--CGCATTTTCCTTACTGTCCTTTTATTTTACT---TCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTT-T------TTCACACTC--C-TG-TTGACTAATTTTCGCA-C-TCTGT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC-ACCATTT---TG---AAATAAAT-----TACA--GTGA----AACTGC--AATTA-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C--------T-T-AA-CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAA--ATTTTTCATATA-AAATACTACATGTATTTCAGACTT---GAGGACAC------C------T-------AAGA-ATTT------AT--CATATTTTCCTGACAGTACTTTTGTTTTACC---CATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTT-T------TTAACACCT--C-CG-T------ATTTTCATA-CCTCTTTTTCAAGTATAATTG-GATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTT----TGTTTG-G-------TTT--TATT--T-TT--TT---T--ATCA------G-------TATA-TACT-TG--ATT------A----TA-A----TTGATCT-ACAGCA-AT-CATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTG-ACCAATAT-TTTGACCAA--AA-TGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatatT-----TACT--GAGA----AGCTTC--GACCA-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C--------TAG-GA-CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : -AA-C--T-T--C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-CC-------T-A-AA-CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -----TATA--ACAA----AACTTC--TATAA-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC--------C-A-AA-CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|33 : gAATTTGACAATG-AT-TATCACTAAA-G--ATGTTTGAATAATTA-CGATTACATTG-ACACAGATATCT-ATCAG--TGATAATT---TTTGC-G-CAGTGTac
gi|35 : A-CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCttattt
gi|4 : gCAA----AACTTT--GATAA-----CTTGAGCAT-AA-AA-TA-C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C--------C-C-AA-AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCC---------AGGTA------------ATCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTG----TTAGAATC---TACGGCAC------CAGTGCTT-------ATAA-ATTT-------TCACGCATTTTTC-AA-GTTATTTCCATTTAGCT---GATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTT-T------TT
gi|4 : TTTTCACGCATTTTTCAA-----GTTAT------TTC-CATTTAGC-TGAT------GTTTGCACAATGCCTCATG---TTTTTATGG-GATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTT----T-TTTGCA-------CCT----CT--T-TTGATA---T--ACCG------GGTATATATATA-TATT-T---TTTTCA---A----TA-AACTATTAATTT-ACAACA-TT-CTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTG-TTAAAGAT-TATG-CCAG--A--TGAatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaa------T-------GAAA-ATTTTCACATAT--CGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTTTAT-----GTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTT-T------TTCACATCT--C-TG-T--------TTT---------------AATTTTTACGG-AATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTT----TTTTCA-A-------CTG--CACC--T-TT--TT---TG-ATCG------G-------CATG-TATT-TTA-ATT------A----AATA----TGAATTT-ACAAGG-TT-CTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTG-TCCCAAAT-AATG---TA--AG-TGTTTA--TTTAgacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatt-----TACA--GTGA----AACTTC--GATAA-----CTCGAacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagAA-ATTT------AG--CGCATTTCCATAATGGTACTTTATGTTTGCC---TATTGTA--TGCACAGTGTA-----------------TTCACACCT--T-C---------ATTTTC--------TATGGCA-------------TA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTT----C-TTTA-AATTTCATCTT--TTTT--T-TT--TT---T--ACCT------G-------CA-A-TGCT-TTTAATT------A----TATA----TCAATTT-ACAATGTAT--GTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTG-TCCCAGAT-TTTGACCAATGAG-AGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : -----TACA--GTGA----AACTCC--AATAA-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T--------G-A-AAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGT--G-----CATGTA-AAATACTACCGGTATGTTAGACCC---AAGGACACAGGCATT------T-------GAAA-CTTTTC----A---CACATTCTTGTAATGGTGTTTTCGT----CC---TATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTT-TACACTGTTCACATCT--C-AA-T------ATTT-CACA-TTTCTGTCCTAATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTT----CTTTTG-A-------CTG--CACT--T-CT--TT---TGAATGA------G-------CATG-T-CT-T----TTAACCAAA----TA-G----TT-ATTT-ACAAAG-TT-TGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatattttgtataaagaACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CAT--ATTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA----AGACATAAGGAGGACACTTGTGTT------T-------AAAA-CTTG------GA--CACATTTCTCTAACAGAACTTTTGTTT---G---CATATTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTT-T------TTCAAATCT--C-CA-T-------TTTTCATA-CATCTGTCTCAATTTTGATTA-AATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTT----CTTTTG-A-------Cttttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-A-------CTTGGCACT--T-CT--TT---TG-ATCG------G-------AATA-TTCT-TTA-ATC------A----AA-A----TTAGTTT-ACAGTG-AT-GATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAA-AC-TATGATCAA--TG-TGACT---TTTAC-AGAAATGTatgcaaatcttttaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 333333333 555555555555555555555 222222222 11 111111 111111 33333333333 222222222 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 44444444444444444 3 555 0 3 777777777 99999 777777777777777777777 4 444444444 0 666 8888 0 99 11 888888 0 111111 33333333333 22 666666666 77 1 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 1 1 4 55 7 3 1 2 1 3 77777 333 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . ... . . ......... ..... ..................... . ......... . ... .... . .. .. ...... . ...... ........... .. ......... .. . . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . . . ..... ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 55555555555555555 3 999 4 3 999999999 22222 999999999999999999999 0 222222222 5 000 5555 7 55 88 777777 9 555555 77777777777 77 222222222 99 0 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 66666666666666666666 55 4 0 4 0 55 1 6 4 2 9 9 44444 888 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTATTTTAGACTC---GAGGACAC------C------TG------AAAAT-TT------A-ACGCATTTTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCACACCTC-CGT------ATTTTCACACATCTGTTTCAATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--AGNGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTATTTTAGACTC---GAGGACAC------C------TA------AAAAT-TT------A-NCGCATTTTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCACGGTGCAAC-G-TGTTT------TTCACACCTC-CGT------ATTTTCACACGTCTNTTNCAATTTTG-ATNGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AN----A--AT--TAATTTACAACGNTCGTCACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--AGTGATT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------TAGACTC---TGAGACAT------C------TGTGTTTGAAAATATT------C-ACACATTTTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAATGTCTC-AAT-------TTTTTACACATCTC-----ATTTTG-ATTTT-TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACC----AGTGATT---T
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCAA--TGAAACT---TTTGC-atgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : TTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactatgtcttggCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA----AG-CTC---GAGAAAAC------CTGTGTTTG------AAAGT-TT------ACATACATT---CAAACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTctgagtggtga
gi|15 : tTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTGA--TGAGAAT---TTTAgtgccagaacacctgtgtt
gi|16 : acaactatgtcttgg-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTA------TTTTAAACTG---GAGGTCAC------T------TA------T---T-TT------A-G---ATTTTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAACACCTC-C--------ATTTTCACACATTTGTTTAAAATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCTA--AAAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGT--GGTGCAAC-A-TGATT------TTCACAACTCATGT-------TTTTCAAACATCTCTTGTAGTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGA
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtactcgactactgtatatttccatgcaaggctcaaggacatctgtttttataactgtcacacattttctgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACTG------TTTTAGATTG---AAGAACAG------CGT----TA------AAAAT-TT------A-ACGCATTTTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCACACTCC-TGTTGACTAATTTTCGCAC-TCTGT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTATTTCAGACTT---GAGGACAC------C------TA------AGAAT-TT------A-TCATATTTTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAACACCTC-CGT------ATTTTCATACCTCTTTTTCAAGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCAA--AATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----TAGAATC---TACGGCAC------CAGTGCTTA------TAAAT-TTT-----C-ACGCATTTTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : TTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAG--A-TGAatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcacgcatttttcaagttatttccatttagctgatgtttgcacaatgcctcatg------TG------AAAAT-TTTCACATA-TCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCACATCTC-TGT--------TTT--------------AATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATG---TA--AGTGTTTA--TTTAgacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatt-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagAAAT-TT------A-GCGCATTTCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCACACCTT-C--------ATTTTC------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCAATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTTAGACCC---AAGGACACAGGCATT------TG------AAACT-TTT-----C-ACACATTCTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCACATCTC-AAT------ATTT-CACATTTCTGTCCTAATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA----AGACATAAGGAGGACACTTGTGTT------TA------AAACT-TG------G-ACACATTTCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCAAATCTC-CAT-------TTTTCATACATCTGTCTCAATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCAA--TGTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 5555555555555 666666666666666666666 111 11 111111 111111 444444444444 11 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 1111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 33333333333333333 1 3 888 0 3 0000000000000 8888 111111111111111111111 3 3 777 2 99999 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 444 22 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 0 1 4 55 7 3 1 2 2 2222 1 888 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . . ... . . ............. .... ..................... . . ... . ..... ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . ... .. . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . . .... . ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 77777777777777777 0 1 555 8 1 8888888888888 7777 333333333333333333333 6 6 888 5 11111 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 222 55 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 77777777777777777777 55 4 3 4 0 55 1 6 4 2 2 6666 0 888 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TTAGACTC---GAGGACAC------C------TG--T-T-AAAAT-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--A-GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTATTTTAGACTC---GAGGACAC------C------TG------AAAAT-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTTTCA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--A-GNGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------TAGACTC---TGAGACAT------C------TGTGTTTGAAAATAT-T-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACC----A-GTGATT---T
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCAA--T-GAAACT---TTTGC-atgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA----AG-CTC---GAGAAAAC------CTGTGTTTG------AAAGT-T-T-ACATACATT--------CAAACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTctgagtggtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTGA--T-GAGAAT---TTTAgtgccagaacacctgtgtt
gi|16 : acaacta-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTA------TTTTAAACTG---GAGGTCAC------T------T---------ATT-T-T-A-G---ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCTA--A-AAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGATACTCGA---CT-ACTGT----------ATA---TTTCCATGCA-------------------AGGCTC---AAGGACAT------C------TGTTTTT-ATAAC-TGT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACTG------TTTTAGATTG---AAGAACAG------CGT----TA------AAAAT-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTATTTCAGACTT---GAGGACAC------C------TA------AGAAT-T-T-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCAA--A-ATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----TAGAATC---TACGGCAC------CAG----TGCTTAT-AAATT-T-T-C-ACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAG--ATGAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttca------TG------AAAAT-T-TTC-ACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatt-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagAAAT-T-T-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCAATGA-GAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTTAGACCC---AAGGACACAGGCATT------TG------AAACT-T-TTC-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA----AGACATAAGGAGGACAC------T------TGTGTTT-AAAAC-T-TGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCAA--T-GTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 55555555555555 44444444444 11 111111 111111 444444444444 11 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 1111 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 33333333333333333 1 3 888 0 3 55555555555555 9999 0 33333333333 88 3 3 888 0 99999 0 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 3 22 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 0 1 4 55 7 3 1 2 5555 000 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . . ... . . .............. .... . ........... .. . . ... . ..... . ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . . .. . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . .... ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 77777777777777777 0 1 555 8 1 66666666666666 3333 9 66666666666 66 6 6 333 2 11111 8 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 6 55 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 77777777777777777777 55 4 3 4 0 55 1 6 4 2 7777 000 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACCTG--TT-----T-AAAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--N-GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACCTG---T-----T-AAAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCAA--A-GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------T-AGACTC---TGAGACATCTG---TGTT--TGAAAA--TAT-T-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACCA
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCAA--T-GAAACT---TTTGC-gtgatttatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA-----AG-CTC---GAGAAAACCTGTGTT-----T-GAAA--G-T-T-T-ACATACA-----TTCA-AACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACT--GTG------------C---CAGAACACCTG---T-----ctgagtggtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTGA--T-GAGAAT---TTTAgtt
gi|16 : acaacta-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTAT-----T-TT-AAACTG---GAGGTCACTT---------------A--T-T-T-T-A-G-ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCTA--A-AAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGATACTCGA---CT-ACTGT----------ATA---TTTCCATGCA--------------------AGGCTC---AAGGACATCTGTTTT-----T-ATAA--C-TGT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACT----GT-T-TT-AGATTG---AAGAACAGC-G---T-----T-AAAAA-T-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTAT-TTCAGACTT---GAGGACACCTA-----------AGAA--T-T-T-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCAA--A-ATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTG----TT-AGAATC---TACGGCACCAG---TGCTTAT-AAAT--T-T-T-C-ACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAG--ATGAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttca-AAAA--T-T-T-TCACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttg-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagAAA--T-T-T-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCAATGA-GAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTT-AGACCC---AAGGACACAGGCATT-----T-GAAACTT-T-T-C-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA-----AGACATAAGGAGGACACTTGTGTT-----T-AAAA--C-T-TGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCAA--T-GTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 55555555555555 222222222 11 11 111111 111111 444444444444 11 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 33333333333333333 1 3 888 0 3 55555555555555 9999 666666666 555 00 3 3 888 0 99999 0 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 3 22 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 0 1 4 55 7 3 1 2 5 777 000 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . . ... . . .............. .... ......... ... .. . . ... . ..... . ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . . .. . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . . ... ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 77777777777777777 0 1 555 8 1 66666666666666 3333 333333333 555 00 6 6 333 2 11111 8 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 6 55 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 77777777777777777777 55 4 3 4 0 55 1 6 4 2 0 999 000 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-A--TGAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-A--NGAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------T-AGACTC---TGAGACATC--TG--TGTTTGA-AAA--TAT-T-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACCA-G--TGA
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCA-A--TGAAACT---TTTGC-tttatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA-----AG-CTC---GAGAAAACCTGTG--T--TT-G-AAA--G-T-T-T-ACATACA-----TTCA-AACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACT--GTG------------C---CAGAACACC--TG--T--ctgagtggtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTG-A--TGAGAAT---TTTAgtt
gi|16 : acaacta-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTAT-----T-TT-AAACTG---GAGGTCACT--T-------------A--T-T-T-T-A-G-ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCT-A--AAAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGATACTCGA---CT-ACTGT----------ATA---TTTCCATGCA--------------------AGGCTC---AAGGACATC--TGTTT--TT-A-TAA--C-TGT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACT----GT-T-TT-AGATTG---AAGAACAGC---G--T--TA-A-AAA--T-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTAT-TTCAGACTT---GAGGACACC--TA--------A-GAA--T-T-T-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCA-A--AATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----T-AGAATC---TACGGCACCAGTG--C--TT-ATAAA--T-T-T-TCACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAGA--TGAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcaC--TGA-T--TT-G-AAAATT-T-T-C-ACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtatt-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaag-AAA--T-T-T-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCA-ATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTT-AGACCC---AAGGACACA--GGCAT--TT-G-AAACTT-T-T-C-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA-----AGACATAAGGAGGACACTTGTG--T--TT-A-AAA--C-T-TGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCA-A--TGTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 55555555555555 222222222 11 11 111111 111111 444444444444 11 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 33333333333333333 1 3 888 0 3 55555555555555 9999 666666666 555 00 3 3 888 0 99999 0 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 3 22 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 0 1 4 55 7 3 1 2 5 66 000 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . . ... . . .............. .... ......... ... .. . . ... . ..... . ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . . .. . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . . .. ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 77777777777777777 0 1 555 8 1 66666666666666 3333 333333333 555 00 6 6 333 2 11111 8 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 6 55 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 77777777777777777777 55 4 3 4 0 55 1 6 4 2 0 99 000 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------T-AGACTC---TGAGACATC--TG--TGTTTGA-AAA--TAT-T-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACCA-GT--GA
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAAACT---TTTGC-tttatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA-----AG-CTC---GAGAAAACCTGTG--T--TT-G-AAA--G-T-T-T-ACATACA-----TTCA-AACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACT--GTG------------C---CAGAACACC--TG--T--ctgagtggtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTG-AT--GAGAAT---TTTAgtt
gi|16 : acaacta-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTAT-----T-TT-AAACTG---GAGGTCACT--T-------------A--T-T-T-T-A-G-ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCT-AA--AAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGATACTCGA---CT-ACTGT----------ATA---TTTCCATGCA--------------------AGGCTC---AAGGACATC--TGTTT--TT-A-TAA--C-TGT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACT----GT-T-TT-AGATTG---AAGAACAGC---G--T--TA-A-AAA--T-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTAT-TTCAGACTT---GAGGACACC--TA--------A-GAA--T-T-T-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCA-AA--ATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----T-AGAATC---TACGGCACCAGTG--C--TT-ATAAA--T-T-T-TCACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAGAT--GAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcaC--TGA-T--TT-G-AAAATT-T-T-C-ACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtatt-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaag-AAA--T-T-T-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCA-ATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTT-AGACCC---AAGGACACA--GGCAT--TT-G-AAACTT-T-T-C-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA-----AGACATAAGGAGGACACTTGTG--T--TT-A-AAA--C-T-TGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCA-AT--GTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 11111111 111111 33333333333333 2222222222 444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333 55555555555555 222222222 11 11 111111 111111 444444444444 11 111111 3333333333333333333333333333 222222222222222222222 44444444444444444444 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 333333 22222222 333333 33 2 4444 2 777777777 22 4 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999 2 6 5555555555 22 333 5 6666666 666666666666666666666666666666666666666666666 555 22 22 0 88888 3 1 3 44 33333333333333333 1 3 888 0 3 55555555555555 9999 666666666 555 00 3 3 888 0 99999 0 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 3 22 3 8 3 1 777 0 666666 4444444444444444444444444444 3 55 777777777777777777777 4 2 44444444444444444444 55 1 0 1 4 55 7 3 1 2 5 66 000 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ........ ...... .. . .... . ......... .. . . . .............. ... . .. . .. .... . . .......... .. ... . ....... ............................................. ... .. .. . ..... . . . .. ................. . . ... . . .............. .... ......... ... .. . . ... . ..... . ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . . .. . . . . ... . ...... ............................ . .. ..................... . . .................... .. . . . . .. . . . . . .. ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 000000 44444444 777777 44 4 7777 9 999999999 88 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 88 9999 0 0 5555555555 66 333 1 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777 777 55 55 7 33333 8 9 6 00 77777777777777777 0 1 555 8 1 66666666666666 3333 333333333 555 00 6 6 333 2 11111 8 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 6 55 6 0 3 7 888 2 333333 8888888888888888888888888888 6 00 444444444444444444444 0 4 77777777777777777777 55 4 3 4 0 55 1 6 4 2 0 99 000 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG-------G-TAC-C--------AAA--CA---ATTCTGCTCATAT-------TTTT-------------------CATA-------------T-TT-ATTCACT---TT--AC--TTGCGATGTCT--T--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAACTC-AGG--CGA------ACG-TCCCTTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------T-AGACTC---TGAGACATC--TG--TGTTTGA-AAA--TAT-T-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCTTATGTTTG------C-T----T--TGT------T--TATT--TTG--ACAG------G-------CATA-T-CTTTTAA--TT----ACCTGTA--GC--AAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACCA-GT--GA
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAAACT---TTTGC-tttatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGCA---TGG-C-C-CC-------GAA--CA---ATTATGTGCATAT-------AT---------------------CATG-------------T------ACATT---TT--AC--TTACGACAATT--T--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAACTCGAGGTCATG---TA-ACTGTTCCTTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCA--GTGA----AACTTCGATA---T-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A----------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG-------TT---------------------TA-A-------------T-----TGCTCC---TC--CG--TTGCTAAATCT--T--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGATTCAAGGTCT--------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA-----AG-CTC---GAGAAAACCTGTG--T--TT-G-AAA--G-T-T-T-ACATACA-----TTCA-AACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG-----TACA--GCGA----AACTTTGATA---A-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT----TGG-T-C-T--------AAA--AATCTATTCTGTGAATAT-------TT---------------------CATA---------------------CACA---TT--AC--TTGTGATCTCT--C--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATTTCGAGGc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATT-T-AACATGGTGA----AATGCTGATA---G-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTATA---TGG-T-CTC--------TAA--CA---GTTTTGTGTGTAT-------TT---------------------CAT-----------------------------TT--AC--TTTCAATATATATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAACTCGA----------TG-ATAGTCCCTTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACT--GTG------------C---CAGAACACC--TG--T--ctgagtggtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTA----ATTTGCTGGTAC-TGTTTT--CGA------T--T-TT--T--------------G-------TATAATATTTG--AATTC----AG----T--AT--TAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTG-AT--GAGAAT---TTTAgtt
gi|16 : acaacta-TACA--GCGA----AATTGCAATA---A-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACATGG-T-CTC--------AAA--CA---ATTTTCAGAATATAACAAGATT----------------------ATAA------------T-T--ATAATCA---TT--AC--TTACAATATCC--C--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGATTTGG---TG-ACATTCACTTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : tta----AATTTTGATG---T-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGTC---CGA-T-C-CT-------GAG--CA---ATTCTGCACATAC-------TT---------------------CATAATTTTTATATAATT-T--ATACATACGGTA--AC--ATACAATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAACTGGAAATTTAG---TG-ATGGTCATTTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : ACA--GCGA----AGCTTTGATA---A-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTTAATGTGATT-C-T--------GAA---A---ATTCTGAGCATAT-------TG---------------------CATT-------------TCT--ATAAACACT-TC--ACTATTAAAATATTT--C--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAGTCAA-----------------TCCTTTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTAAG-T--ACA--GTTA----AACTTC--CA---A-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTATG---TGG-TGC-T--------GCA--CA---ATTATGTGCAGAT-------TT---------------------CAT--------------------TACACA---TT--GA--T-GCCATATCT--C--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATGTT-TATACA--GTGA----AACACTGATA---A-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGTA---TTG-T-C-CCAATTCCTGAA--CA---ATTCTTTGCATA-------------------------------CATG-------------T----ATACACT---TT--TC--TTGCAATAACT--T--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAACTCGAGGTATGGGTATGGACG-TTCTTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTAT-----T-TT-AAACTG---GAGGTCACT--T-------------A--T-T-T-T-A-G-ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G----------------GTTTG-----AT-T----G--CAC------TTGT-TT--TTT--ACTGGTACATG-------TATA-TACTCT--A--TTTA--AA----A--AC--TAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCT-AA--AAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAG---------GCTTA----------------------------T-TT--TTT--A--A------A-------TAGA-TAC---------------------------TAATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACAAA-T--ACA--GTGA----AACGTTGATA---ATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGTT---TGA-T-T----------GAA--CA---ATTCTGTTAAAAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---CC--AC--TTGCAATATGT--A--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga-T--ATACACA---TT--AC--TTTCAATATCT--G--GAACATCAGAAA-ACTCAATTACTTGATACTCGA---CT-ACTGT----------ATA---TTTCCATGCA--------------------AGGCTC---AAGGACATC--TGTTT--TT-A-TAA--C-TGT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : aaactgcataatcttgtcagacatacatagatctga--ACTT--GTG---TAATAAT-T-TACA--AGGATATAAACT-CTATGTTTG-----CCCA--CATATA-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG-------G-T-C-CA-------GAA--CA---TTTTTGTGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ATACA---TT--AC--TTGGGATCTCT--C--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGCtgtgaatgatg
gi|26 : atttACA--GTGA----AATTGCAATA---T-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-CT-------GAT--CA---ATTTTGTGCATAT-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCATA-------------T-TTCATATACA---CTTAAC--TTGCGATAACT--T--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATAAAAG-TACA--GTGA----AACT-CAATA---T-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGTA---TAG-T-CGC--------AAA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------TT--AC--TTGTGATACCT--T--GAGCATCAGTAATACTTG-GGACTCAAAGTCCTT---TG-ATG
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACT----GT-T-TT-AGATTG---AAGAACAGC---G--T--TA-A-AAA--T-T-T-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GT
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATAAA-T-TACA--GTGA----AACTGCAATT---A-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGTA---TGA-C-C-T--------TAA--CA---ATTCTATGTATGT-------TT---------------------CATACT-----------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGTGATAACT--T--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAACTAAAGGTATGG---TG-ATGTTCCCTTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTAT-TTCAGACTT---GAGGACACC--TA--------A-GAA--T-T-T-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTT----GTTTG-----GT-T----T--TAT------T--T-TT--TTT--ATCA------G-------TATA-TACTTG--A--TT----AT----A--AT--TGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCA-AA--ATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat-T-TACT--GAGA----AGCTTCGACC---A-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGTT---AGG-T-C-TA-------GGA--CA---ATTCTCTGCATAT-------TT---------------------CA-----------------T--ATACACA---TT--AC--TTGCAAat
gi|31 : A-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGTT---TGG-T-C-CT-------AAA--CA---ATTCTGCACATAT-------TT---------------------TTCA---------------T--ATAC-CA---AT---C--TCGCAATAGCT--T--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAACT
gi|32 : -TATA--ACAA----AACTTCTATA---A-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGTA---TGG-TCC-C--------AAA--CA---ATGCTGAACTTAT-------TT---------------------CATA-------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCATAT-------AT---------------------CAT--------------T-T--A-A-ACA---TT--AT--TTGCGATATCT--T--AAACATCAG-AA-AGT-GAACACTCac
gi|4 : gCAA----AACTTTGATA---A-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTTA---CGG-T-C-C--------CAA--AA---ACTCCCTGCACAT-------TT---------------------CATA-------------T--------ACA---TT-------TATAATATCT--A--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------GG---TA-A---TCCCTTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----T-AGAATC---TACGGCACCAGTG--C--TT-ATAAA--T-T-T-TCACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTT-----TTTGC----AC-C----T--C--------T--T-TTGATAT--ACCG------GGTATATATATA-TATTTT--T--TTCAATAA----ACTAT--TAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAGAT--GAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcaC--TGA-T--TT-G-AAAATT-T-T-C-ACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTT----TTTCA-----AC-T----G--CAC------C--T-TT--TTTG-ATCG------G-------CATG-TATTTT--AA-TT----AA----AT-AT--GAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtatt-TACA--GTGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaag-AAA--T-T-T-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTC----TTTAA-----AT-T----T--CATCTTTTTT--T-TT--TTT--ACCT------G-------CA-A-TGCTTTTAA--TT----AT----AT-AT--CAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCA-ATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTtgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GT------ATAAA-GATACA--GTGA----AACTCCAATA---A-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGTA---TGG-T-T----------GAAAACA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T------ACACA---TC--AG--TTAATATATAT--CTGGAGCATCAC-AA-A--------------GTCCAG---TG-ATGGTTCCTTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTT-AGACCC---AAGGACACA--GGCAT--TT-G-AAACTT-T-T-C-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTC----TTTTG-----AC-T----G--CAC------T--T-CT--TTTGAATGA------G-------CATG-TCTTTT--A--AC----CA----A--ATAGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatACA---TT--TC--TTGTGATATGT--C--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAACTAAAGGTCCGA---T--CCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA-----AGACATAAGGAGGACACTTGTG--T--TT-A-AAA--C-T-TGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTC----TTTTG-----ACAT----G--CAA------A--T-CT--TTT--Attttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGACT------GTTTG-----AC-T----TGGCAC------T--T-CT--TTTG-ATCG------G-------AATA-TTCTTT--AA-TC----AA----A--AT--TAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCA-AT--GTGACT---TTTAC-AGAAATGTat
blockSeqs : . A ACAA C ACCA GTGTCT TTTAT TG C TATA T ATATAA CC A C T ACTCAAA TAA AC T TC AACA T G CCAATTCCT AA TCT T AACAAGA ACGTTCACAAACAATTCTGTGCATATTTCAT CGG TA TA ATC A T C CG GGTATGGGTATGGACG A C AAT C CTACATGTATTTC AAGG TGTGT AT AT . G TC GTCTA CAT . GC GC GACAT ACACTG AGT CATTTAGCTGA AC AT . T TT T G G C TG AA CTGGTACTGTTTTCGAT . GA ACCGGGTATATAT A A TTTCAATAAACT AG C G T AT C C T T G GA TAG A
blockSeqs : . G . TA CCA AAAGT . T . C TTTG GG A . T CCCCGA T CG C . AATG . C CC . . C . CATAATTTTTATATAATTTAT CT . . TTC T . C CA GGTCATGTAACTG T . T . CTACCGGTATGTT G TGTTT G CT . . GG . TAT . AC GC ATCAG . . TGTTGACTAA AA AT . . G . G . C TG TG ATTTCATCTTTTTT . . ACTGGTACATGT . A TAATTATAT . T A . . G . A T . . . .
blockSeqs : A GTG AAGAT . C . G A GA . . . ACTCAA T CA . . A . . TC . . T . CATACTTTAT . . . CTG . . T CG GATTTGGTGACAT G . T . ACATGTA C AGTGC A . . . T . TGT . CT AT GACA . . ATGT GC CT . . G . G . T TG TT ATTGCACTTG . . GAATGAGC . A AATTCAGT . C A . . A . C A . . . .
blockSeqs : TG TTTA . C . T G TG . . . ATACCA T GG . . A . . TC . . T . CATTTCTAT . . . T . . A CG AATTTAGTGATGG A . T . CTATTTT G GGCAT A . . . T . CAT . TT AC AACA . . CGTA AT TT . . G . A . T TG CT ACTTGGCACT . . GATCGGC . A ATTTAAAA . C A . . A . C T . . . .
blockSeqs : GT ATTT . T . T A CA . . . ACTTCA T TG . . C . . CT . . A . ATAATTAT . . . T . . C GT TACTCGACTACTG T . A . CTGTTTT A TGTGT A . . . C . ATG . AC AT AATG . . AATA GC AT . . A . A . T CC CT ACATGCAAA . . GATCGGA . A AATTAAAT . C T . . A . C T . . .
blockSeqs : AATT . T . T T AA . . . TCTGGA T CG . . G . . CA . . C . CATGTAT . . . C . . G GG GGTATGGTGATGT A . T . ATGTGTT A TGAT G . . . A . CGT . CA AC CTCA . . CAT AC T . . A . A . G TT CT GTTTTATT . . ATCAGT . A AATCAAA . G T . . A . T T . . .
blockSeqs : AGT . T . C A TC . . . CTCAA T CA . . A . . CT . . A . TTCATAT . . . C . . T CA GTCCAGTGATGG A . T . CTGTGTA G TGT G . . . A . TG . A CT TACA . . CA AT A . . T . T . T CA G ACTGCACC . . ACCTGC . G ATTATA . T G . . A . A A . .
blockSeqs : AAT . G . T A TG . . . CATAA T CA . . T . . GC . . T . CATTTA . . . C . . T CG GGTCCGATCCCA A . T . CTGTG T GT A . . . C . CT . . AT TTTT . . CA . . . . T . T . T TG G ACTGCACT . . AAAT . C AACCAA . A G . . G . T .
blockSeqs : . T . G A AC . . . CTCTA G GT . . A . . TA . . T . CATGT . . . C . . T TG TGATAG A . T . . A TA . . . . A . TG . . G A . . . . . . . G . T . T GT T CACCTCT . . GT . T . . T A . . . . C
blockSeqs : . T . G T CA . . . CTTCA T CA . . A . . CT . . T . TAATT . . . T . . C CA GGTCT A . . . T . . . C . . . . . . . . . CA G . . . .
blockSeqs : . T . T T TG . . . CTCAA T CA . . A . . T . . T . CATAT . . . A . . T AA GGTAA . . . . . . . G
blockSeqs : . A . T A CA . . . CCAA T CG . . T . . T . . T . CATAT . . . G . . C AA . . . . .
blockSeqs : . C . T A CA . . . CTTA T TG . . T . . T . . T . CATAT . . . C . . T .
blockSeqs : . C . T A CG . . . ATGA A TG . . A . . T . . T . CATAT . . . T . . C .
blockSeqs : . T . C A CT . . . CA T TT . . A . . C . . C . CATAT . . . T . . A
blockSeqs : T . . A TG . . . A A CA . . A . . C . . A . CATA . . . T . . C
blockSeqs : . . A CG . . . . . G . . . . . . . . T . CATT . . . T . . C
blockSeqs : TA . . . G . . . . . . . . T . CAT . . . T . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . C . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GTG***** AAT*** A*** CT******** CATAT**************************************** CG GGTCGGTGACGG***** G** **** NC CGTA******** G* CG* CT**** ACTGCACT******************** GACCGGC************** AATTAAA*************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATAAN-T-TACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-C-C--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TT---------------------CATA-------------T-T--ATACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCCGG---TG-ACGGTCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT-A-AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTC----GTTTG-----AC-T----T--CAC------T--T-TT--TTT--ACCG------G-------CATA-TACTTT--A--TT----AA----A--AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTTGTG-----AAATAAAT---ACA--GCGA----AACTTCGATA---A-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGTA---TGG-T-CCT--------GAA--CA---ATTCTGCGCATAT-------TTCATAT----------------------------------------ACACA---TT--AC--TTGCGATATCT--C--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAACTCGAGGTCGGTGACGG-----TCCCTTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TTG--AAA--T-T-T-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTCCGTA--------TTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTCT----TTTGACTGCACT--------------------T-TT--TTTGACCGGC--------------ATA-TACTTTAATTAAA-------------AT--TAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT
Alignments
lowQualScore : 11 3333 222222 111 111111 33333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444444444444 55555555555555 2222222222222222 11 11 111111 111111 444444444444 11 1111111111111111111111 3333333333333333333333 1111 22222222222 111
lowQualScore : 88 7 5555 6 888888 666 888 666666 44 2 1 0 55555 33 2 4 4 00000000000000 333 0 22 4 22 9999999 8888888888888 22 333 4 1 22 5555555 777777777777777777777777777777777777777777777777 22 22 22 222 3333 66 22 333 22 333 3 1 22 33 2 777777777777777777777 77777 1 3 888 0 3 55555555555555 9999 7777777777777777 33 3 888 0 99999 0 666 8888 0 99 55 333333 000000 777 0 666666666666 22 66 3 3 22 3 8 3 1 777 2 0 777 1 6666666666666666666666 3 1 4444444444444444444444 4 2222 77777777777 1 0 1 4 55 7 3 1 2 5 66 000 8 0
lowQualScore : .. . .... . ...... ... ... ...... .. . . . ..... .. . . . .............. ... . .. . .. ....... ............. .. ... . . .. ....... ................................................ .. .. .. ... .... .. .. ... .. ... . . .. .. . ..................... ..... . . ... . . .............. .... ................ .. . ... . ..... . ... .... . .. .. ...... ...... ... . ............ .. .. . . .. . . . . ... . . ... . ...................... . . ...................... . .... ........... . . . . .. . . . . . .. ... . .
lowQualScore : 55 3 3333 7 222222 000 888 999999 66 9 6 8 99999 22 4 4 2 33333333333333 777 9 11 0 66 0000000 2222222222222 55 222 4 8 55 9999999 555555555555555555555555555555555555555555555555 66 66 55 555 9999 11 55 222 66 000 8 9 99 11 0 999999999999999999999 77777 0 1 555 8 1 66666666666666 3333 5555555555555555 66 6 333 2 11111 8 000 5555 7 55 11 999999 555555 000 5 999999999999 00 44 3 6 55 6 0 3 7 888 2 4 000 4 6666666666666666666666 6 6 9999999999999999999999 0 5555 00000000000 4 3 4 0 55 1 6 4 2 0 99 000 0 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATA---A--A--T-ACAGCGAAACTTCGATAA-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGT---A---TGGTCC-------CG---AA--CA---ATTCTGCGCAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--CA--T----T--AC--TTGCG--ATA--TCTC--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAAC--TCGA-GG-T-C--G-GT---GACGGTCCC-----TTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT---G-AAA--T-TT-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTCT-TTTGAC-T--G-C---A---C-----TT-TTTTTGA----CCG------G-------CATA-TACTTT----AATT-AA----AT-ATTAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
Reference ( family-1698 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGACAGGGGTAAATTTTTTTTATTTTCG---ATCGTCTTTC--A--ATTT--GTG---AAATA---A--A--T-ACAGCGAAACTTCGATAA-----CTCGAGCAT-CA-AA-A--C-T--C---A--GCACAT--CGGCTAACTCGA-GG--AAACTGT---A---TGGTCC-------TG---AA--CA---ATTCTGCGCAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--CA--T----T--AC--TTGCG--ATA--TCTC--GAGCATCAG-AA-ACTCGAAAAC--TCGA-GG-T-C--G-GT---GACGGTCCC-----TTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTACGTGTAT-TT-AGACTC---GAGGACACC--TG--T--TT---G-AAA--T-TT-N-ACGCATT-----TTCCTAACGGTACTTTCGTTT----TACCTATTTTNCCTGCGCGGTGCNNC-G-TGTTT------TTCA---CACCTC-CGT-------ATTTTCACACATCT-GTCTTA-ATTTTG-ATGGGATA-CTATTGGACGT-TTAATCCTATAATTCG-AACAAGATTTCT-TTTGAC-T--G-C---A---C-----TT-TTTTTGA----CCG------G-------CATA-TACTTT----AATT-AA----A--ATTAATTTACAACGTTCGTTACTGTA-A--ATGTTCGAATTATTA-CAATTGCATTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAGACT---TTTAC-GAAAGTGT
gi|1 : CAA--CGGCTTACTCAA-GG--AAACTG----------GTAC-------CA---AA--CA---ATTCTGCTCAT-A--T-------TTTT-------------------CA----T-----A--------------TTTATTCA--CT--T----T--AC--TTGCG--ATG--TCTT--GAGCATCAG-AA-ATTAAAAAAC--TC-A-GG---C--G-A-----ACG-TCCC-----TTCGA-CATA--TTTTTCATGTA-AATTACCACGT------T-AGACTC---TGAGACATC--TG--TGTTT---G-AAAA-TATT-C-ACACATT-----TTCCTAGCTGTATTTTTGTTTACTGTACATATTGTA--TGCATGGTGTATT-T-TGTTT------TCAA---TGTCTC-AAT--------TTTTTACACATCTCATTTTG-ATTTT--------TA-CTATTGGACTT-TTAAACCCATATTTTTTAACAATATTTCT-TATGTT-T--G-CTTTG---T-----TT-ATTTTGA----CAG------G-------CATA-TCTTTT----AATT-ACCTGTA--GCAAATATACATTGTTTGTTACAGTA-A--ATAACCAAATTATTA-CAACTGTATTGTCCCAGATTATGACCA-GT--GA
gi|10 : atctgtctgataacaaataaagttAATTAAAA-CAATTGTGTTGTCCCAGATTATGACCA-AT--GAAACT---TTTGC-tttatgttttataattaaaaatcattataaaatggatgaaaacaaagcaatatttcagataaattatacaaaatatggaacataattataggaatactttaggtaaaaaaataacattttaaaaactaatggcagtagtattttaattcaacaatgatatgaacaagttaattatcctgaaaatttatatttttcagcaataacttttgaaattcaagccattgtgaaactcaagcatttctgatggtcctcatcaacctcaagttatcaaacttccactgtatta
gi|11 : TCCAGGAT-CACAG-A--C-T--TG--A--ATACAT--CGGCCATCTACA-GG--AAACTGC---A---TGGCCC-------CG---AA--CA---ATTATGTGCAT-A--T-------AT---------------------CA----T-----G--------------T--A--CA--TT--T----T--AC--TTACG--ACA--ATTT--GAAAACCAT-AA-ACGCGAAAAC--TCGA-GG-T-C--ATGT---AACTGTTCC-----TTCAACCATA------CCATGTT-AAAagttagttattggataatttataataaatattgaaaacagatgaaaataaagcaaattttcatataaacgatacaaaatacagaaccttaatgcatatgtcaggtaaaataagttttataaaaagcagctgtgttttaatcacacagtatatttaacaaagtaatttttccgaaaatttgtatttttc
gi|11 : T-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCActtgagaagacaactatgtcttggttttgatgggataatattggatgtttaactctattatttgagca
gi|12 : tccaggatcacagacttgaatacatcggccatctacaggaaactgcatggccccgaacaattatgtgcatatatcatgtacattttacttacgacaatttgaaaaccataaacgcgaaaactcgaggtcatgtaactgttccttcaaccataccatgttaaacttgagaagacaactaCAGTGAAACTTCGATAT-----ATCCAGCAC-CA-AA-A--C-C--CCG-A--ATATAT--CGGTTAACTCGA-GG--A-------------------------------AA--TA---ATTCTGCGTGCGG--T-------TT---------------------AA----T--------------------T--G--CT--CC--T----C--CG--TTGCT--AAA--TCTT--GAGCAACAA-AC-TCTCGAAGAT--TCAA-GG-T-C-----T---------------------A-CTTA--TTTT--A-GTGCAAATA--ACATGTA-----AG-CTC---GAGAAAACCTGTG--T--TT---G-AAA--G-TT-T-ACATACA-----TTCA-AACGGTACTTTTG-AT----TACCTATTT
gi|13 : ATTTGTTTTATTTTT-----TTGTCTTTTTAA--ATTTATGTG---GAATG---------T-ACAGCGAAACTTTGATAA-----TTGGATCAT-CA-AA-AA-C-T--C---AA-GAACAT--TAGCTA-TTCAA-----AAAC-AT-------TGGTC--------TA---AA--AATCTATTCTGTGAAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------------CA--CA--T----T--AC--TTGTG--ATC--TCTC--CAGCATCAA-AA-ACTTAAAATT--TCGA-GG-C-T--GAGT---Gc
gi|14 : aagagaagattctgtcacagtatattt---AAATATTTA--A--C-ATGGTGAAATGCTGATAG-----CTGAAGCAT-TA-AA-A--A-TACC---A--GCACAT--TAGCCAACTGGA-AG--TAACTAT---A---TGGTCT-------CT---AA--CA---GTTTTGTGTGT-A--T-------TT---------------------CA----T----------------------------------T----T--AC--TTTCAATATA--TATC--AAGCCTCAG-AC-ACTAGAAAAC--TCGA------------T---GATAGTCCC-----TTATA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACT--GTG------------C---CAGAACACC--TG--T--gtga
gi|15 : tT-GTCTTG-GTTTTG-ATGGGATA-ATATTGGATGT-TTAACTCTATTATTTG-AGCAAAATGTAA-TTTG-C-T--GGT---A---C-----TG-TTTTCGA----TTTTT----G-------TATAATATTTG----AATT-CA----GT-ATTAACTTATAACGCTCGTTACTGTA-A--ATGTTCCAACTATTA-CAAATGAATTGTTCCTGGTCATGACTG-AT--GAGAAT---TTTAgtt
gi|16 : acaacta--A--T-ACAGCGAAATTGCAATAA-----CCTGAGCAT-C-------------C---A--TCAAAT--CAATTAAAGTGT-GG--GTACTGTAACA---TGGTCT-------CA---AA--CA---ATTTTCAGAAT-A--TAACAAGATT----------------------A----T-----AAT------------T--A--TAATCA--T----T--AC--TTACA--ATA--TCCC--CAGCATCAA-AA-TCCCCAAAACTGTTGA--T-T-T--G-GT---GACATTCAC-----TTCGA-CATG--TTTTTCGTATA-AAATACCAaggttttgtaaaga
gi|17 : ttAATTTTGATGT-----CTCAAACATATA-AA-A--C-T--C---AA-GTGTAT--TGGATAACTCGA-TA--AAACTGT---C---CGATCC-------TG---AG--CA---ATTCTGCACAT-A--C-------TT---------------------CA----T-----AATTTTTATATAATTT--A--TA--CA--TACGGTA-AC--ATACA--ATATTTTTC--GGATATCAG-AA-GCTGAAAAAC--TGGA-AATT-T--A-GT---GATGGTCAT-----TTGAA-CATA--AGTGCCATATA-Atttaaga
gi|18 : -ACAGCGAAGCTTTGATAA-----CTAAAGCAT-CA-AATA--C-C--A---A--GCACAT--CAGCAACCTCAA-GA--AATCTTT---AATGTGATTC-------TG---AA---A---ATTCTGAGCAT-A--T-------TG---------------------CATTTCT-----A--------------T--A--AA--CACTT----C--ACTATTAAA--ATA--TTTC--AAGTGTCAG-AA-ACTTTTAAAG--TCAA---------------------TCCT-----TTCTA-CATA--TTg
gi|19 : acattaaagctgttttaaG---AATTA---A--G--T-ACAGTTAAACTTC--CAA-----TTTCAGTAT--A-AA-A-----------A--GCCCAG--TGACTAAATCAA-GG--GAACTAT---G---TGGTGC-------TG---CA--CA---ATTATGTGCAG-A--T-------TT---------------------CA----T--------------------T--A--CA--CA--T----TG-A----TGCC--ATA--TCTC--GAGCATCTG-AA-ACTTGA
gi|2 : acatactcggttatcttgataaagTTAACAGGGGTAAATTTTTTTT---TTCG---ATCAT--TTC--A----TT--CCA---AAATG---TTTA--T-ACAGTGAAACACTGATAA-----CTTGAGAAT-CA-AA-AACT-T--C---A--CCACA---CAG-------GA-TG--AAACTGT---A---TTGTCCCAATTCCTG---AA--CA---ATTCTTTGCAT-A--C-------AT----------------------G----T-----A--------------T--A--CA--CT--T----T--TC--TTGCA--ATA--ACTT--GTGCATCAG-AA-TCTTGATAAC--TCGA-GG-T-ATGG-GTATGGACG-TTCT-----TTCAA-CATA--TTTTTCATGTA-AAATACTAT-----T-TT-AAACTG---GAGGTCACT--T---------------A--T-TT-T-A-G-ATT-----TTCCTGATGATACTTTCATTT----TACCTATTTTGCTTGAGCGATGCGAC-A-TG-TT------TTAA---CACCTC-C---------ATTTTCACACATTT-GTTTAA-AATGTG-ATTGGAAA-CTATAGGACGT-TCAATCCTA------G-G------------TTTGAT-T--G-C---A---C-----TTGTTTTTTA----CTGGTACATG-------TATA-TACTCT----ATTTAAA----A--ACTAATTTACAATGATCACCACTGGA-A--ATGTTTGAATAATTA-CACTTACATTA--CCAG-TTTTGATCT-AA--AAGACT---TTCACAGAAATTGTcattaatggtctgtttgaca
gi|20 : aaTTTACCTGTG--GTGCAAC-A-TGATT------TTCA---CAACTCATGT--------TTTTCAAACATCT-CTTGTA-GTTTTA-ATGAGATGTTTATTGGATATGTTGATCTT-TAATTTG-AGTAAGGCTT-------A----------------------T-TTTTTAA----ATA------G----------A-TACT-----------------------AATTTACAACATGCATCACTGTATAATATGTTC-AACTCTGA-CAATTGCttaatagtgtttatttagaaaaatcatttcaactctgttattcatagaataatacaagcttgataattttcccgaacgtttgtaatttttgtgcaattatttgaaaacatctgaaaaatctctactttaaactggattggatctcaaaattaagatttgaatttgaaaaagaa
gi|21 : agTTTT--T--ATTT--GTGTCTAAACA---A--A--T-ACAGTGAAACGTTGATAATATAACTACAGCAT-CACAA-A--CAT--A---A--GCAC-T--TGGCTAATTGTA-GG--AAAATGT---T---TGAT---------TG---AA--CA---ATTCTGTTAAA-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--CA--C----C--AC--TTGCA--ATA--TGTA--GAGTATAAG-AA-A
gi|22 : acatatcactatga--AAACTGC---A---TAATCT-------TGTCAGA--CA-------TACATAG-A--T-------CT---------------------GA----T-----A--------------T--A--CA--CA--T----T--AC--TTTCA--ATA--TCTG--GAACATCAGAAA-ACTCAATTAC--TTGATAC-T-C--G-AC---TACTGT---------------ATA---TTTCCATGCA--------------------AGGCTC---AAGGACATC--TG--T--TTTTAT-AAC--T-GT-C-ACACATT-----TTC
gi|25 : A-AA-A--C-T--T---A--GGA-ATAATAGCTTATTCAA-TG--ACATTG----------GTCC-------AG---AA--CA---TTTTTGTGCAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--TA--CA--T----T--AC--TTGGG--ATC--TCTC--TGGCATCCG-AA-ATTTGAAAGC--tgtgaatgatg
gi|26 : atttacttgtgtaataatttacaaggatataaactctatgtttgcccacatat-ACAGTGAAATTGCAATAT-----CTTGAGCAT-CA-AA-A----------------AC-T--TGGGTAACTCAA-GG--AAACTGT---A---TGGTCC-------TG---AT--CA---ATTTTGTGCAT-A--T-------TTACGTTCACAAACAATTCTGTGCA----TATTTCA--------------T--A--TA--CA--C----TTAAC--TTGCG--ATA--ACTT--TAGCATCAG-AA-ATTCAAAA
gi|27 : ---AAATA---A--AAGT-ACAGTGAAACT-CAATAT-----CTCAAGCAT-CA-AA-A------------------------GCTA----GA-AA--ACACTGT---A---TAGTCG-------CA---AA--CA---ATTCTG---------------------------------------------------------------------------------T----T--AC--TTGTG--ATA--CCTT--GAGCATCAGTAATACTTG-GGAC--TCAA-AG-T-C--
gi|28 : gtttacagcatttaaatgaattTATA-AAATACT----GT-T-TT-AGATTG---AAGAACAGC---G--T--TA---A-AAA--T-TT-A-ACGCATT-----TTCCTTACTGTCCTTTTATTT----TACTTCTTTTCTCTATGCGGTAAGAC-ATTTTTT------TTCA---CACTCC-TGTTGACTA-ATTTTCGCAC-TCT-GTctttgatg
gi|3 : TTGACAGAGAT---TTTTTTTTATTTTCACAAATCGCCTTTC--ACCATTT---TG---AAATA---A--A--TTACAGTGAAACTGCAATTA-----CTCAAGCAT-CA-AA-C--C-T--CT--A--GCACAT--CAGCTAACTCGATGG--AAACTGT---A---TGA-CC-------TT---AA--CA---ATTCTATGTAT-G--T-------TT---------------------CA----T-----ACTTTA---------T--A--CA--CA--T----T--AC--TTGTG--ATA--ACTT--GAGCCTCAG-AA-ATTCGGAAAC--TAAA-GG-TAT--G-GT---GATGTTCCC-----TTCAA-CAAA--TTTTTCATATA-AAATACTACATGTAT-TTCAGACTT---GAGGACACC--TA----------A-GAA--T-TT-A-TCATATT-----TTCCTGACAGTACTTTTGTTT----TACCCATTTTTTCTGCATGTTGTAAT-G-TGTTT------TTAA---CACCTC-CGT-------ATTTTCATACCTCT-TTTTCA-AGTATA-ATTGGATA-CTTTTGGACAT-TAAATCCTGTAATTTG-AGCAAGACTTTG-TTTGGT-T--T-T---A---T-----TT-TTTTT-A----TCA------G-------TATA-TAC-TT----GATT-AT----A--ATTGATCTACAGCAATCATCACTATA-A--ATGTTCAACTAACTA-CAATTGCATTGACCAATATTTTGACCA-AA--ATGATT---TTAAC-GAAAGTGT
gi|30 : agaaaggtttcacattacatgatat--T-ACTGAGAAGCTTCGACCA-----CTCGCACAT-AG-AA-T--A-T--G---A--GCACAT--CGACTAACCTGACGGTCGTACTGT---T---AGGTCT-------AG---GA--CA---ATTCTCTGCAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--CA--T----T--AC--TTGCA--Aat
gi|31 : tA-A--C-TT-C---A--ATAC----CAGCTAAATTGA-GT--ACACCGT---T---TGGTCC-------TA---AA--CA---ATTCTGCACAT-ATTT-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--C---CA--A----T---C--TCGCA--ATA--GCTT--GAGCATCAT-AG-ATAAAAAAAC--T
gi|32 : --T-ATAACAAAACTTCTATAA-----CTCTAGCAT-GA-AA-AA-C-T--C---AAAGCACAA--TAGCAAACTTTA-GG--AAACTGT---A---TGGTCC-------CA---AA--CA---ATGCTGAACTT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------ta
gi|35 : gA--CA---ATTTTGTGCAT-A--T-------AT---------------------CA----T-----T--------------T--A--AA--CA--T----T--AT--TTGCG--ATA--TCTT--AAACATCAG-AA-AGT-GAACAC--TCac
gi|4 : gCAAAACTTTGATAA-----CTTGAGCAT-AA-AATA--C-T--C---AA-GCGCAT--TGGCTATCT-AA-GA--AAACTTT---A---CGGTCC-------CA---AA---A---ACTCCCTGCAC-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--T---------------TTATA--ATA--TCTA--GAGCATCAA-AA-ACCCA--------------------G-GT---AA---TCCC-----TTCAT-CATAAATACAT-ATGTA-AAATA--ATGTGT----T-AGAATC---TACGGCACCAGTG--C--TT---ATAAA--T-TT-TCACGCATT-----TTTC-AA-GTTATTTCCATTT----AGCTGATGTT---TGCACAATGCCTC-A-TGTTT------TT
gi|4 : C-G-CATTT------TTCAAGTTATTTC-CATTTAGCTGATGTTTGCACA-AT-GCCTCATGTTTTT-ATGGGATT-CT-TTAGACAT-TTTAGCCAGTAATTCC-AAACAGATTTTT-TT--------G-C---A---C-----CT-CTTTTGATATACCG------GGTATATATATA-TATTTTTTTCAAT--AA----ACTATTAATTTACAACATTCTTTA-TGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CAATTGTGTTGTTAAAGATTATG-CCAGAT--GAGACT---Tatgggattctttagacattttagccagtaattccaaacagatttttttgcacctcttttgatataccgggtatatatatatatttttttcaataaactattaatttacaacattctttatgtaaatgttcaaattattacaattgtgttgttaaagattatgccagatgagacttatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : caaaactttgataacttgagcataaaatactcaagcgcattggctatctaagaaaactttacggtcccaaaaactccctgcacatttcatatacatttataatatctagagcatcaaaaacccaggtaatcccttcatcataaatacatatgtaaaataatgtgttagaatctacggcaccagtgcttataaattttcaC--TGA-T--TT---G-AAAATT-TT-C-ACATATCGTCTATTCCTTACAGTGCTTTC-TTT----TA--TGTTTCACCTTCATGATGCTAC-A-TGTTT------TTCA---CATCTC------------------------T-GTTTTA-ATTTTT-ACGGAATG-ATATCGGAC---------CTATAGTTTT-AACAAGATTTTT-TTCAAC-T--G-C---A---C-----CT-TTTTTGA----TCG------G-------CATG-TATTTT----AATT-AA----AT-ATGAATTTACAAGGTTCTTTACTATA-A--ATGTTCAAATGATTACCGGTAAAATTGTCCCAAATAATGatggacatttttattttactgtgcagttattgggcatactccgcaaaatggaagaaaataaagcaatattttatataaatcatataagatatattaaatgaatactttaagtcaaatactgttaaatccaaaataaaac
gi|5 : tgtaaacatcacttctgttgtattATA---C--A--T-ACAGTGAAACTTCGATAA-----CTCGAtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaagtcgagttatcgaagtttcactgtatgtatatatacaatgcaaacaagtttg
gi|6 : tgtaaacatcacttctgttgtattctgatttgaaaattttcacatatcgtctattccttacagtgctttcttttatgtttcaccttcatgatgctacatgtttttcacatctctgttttaatttttacggaatgatatcggacctatagttttaacaagatttttttcaactgcaccttttttgatcggcatgtattttaattaaatatgaatttacaaggttctttactataaatgttcaaatgattaccggtaaaattgtcccaaataatgtaagtgtttatttaacacagcacagtcagtgggtaattaacaaattcagtaaaacagatgaaaacaaggcaaaacttattaaacaggacacaaaatactgaatataaattaatgtttaggtataaaaaaatgttttaatgtcaatggcagcaatatttccacaaaacaatgctatattaaagtttttttttcctgaaaaatgcttttcgtacaataatataaaaacatctgaaactcaag-AAA--T-TT-A-GCGCATT-----TCCATAATGGTACTTTATGTT----TGCCTATTGTA--TGCACAGTGTA----------------TTCA---CACCTT-C---------ATTTTC--------------------T--ATGGCATA-CAAATGGACTT-TTAATTCTATAATTCA-AACGTGATTTCT-TTAAAT-T--T-C---A---TCTTTTTT-TTTTTTA----CCT------G-------CA-A-TGCTTTT---AATT-AT----AT-ATCAATTTACAATGTATGTTACTGTA-A--ATGTTCAAATTATTA-CATATGTATTGTCCCAGATTTTGACCA-ATGAGAGATTTAGTTTAC-AAAGGTGTatatacaatgcaaacaagtttg
gi|7 : TTT--GTA---TAA-A---G--A--T-ACAGTGAAACTCCAATAA-----CTTAAGCAT-CA-AA-A----T--CTGGA--AAAAAA--CGACTAACTCAA-GT--AAACTGT---A---TGGT---------TG---AAAACA---ATTCTGCGCAT-A--T-------TT---------------------CA----T-----A--------------T--A--CA--CA--T----C--AG--TTAAT--ATA--TATCTGGAGCATCAC-AA-AGTC------------------C--A-GT---GATGGTTCC-----TTTAA-CGTG-------CATGTA-AAATACTACCGGTATGTT-AGACCC---AAGGACACA--GGCAT--TT---G-AAACTT-TT-C-ACACATT-----CTTGTAATGGTGTTTTCGT--------CCTATTCT--CTGCCTGGTACATCAG-GGTTTACACTGTTCA---CATCTC-AAT-------ATTT-CACATTTCT-GTCCTA-ATTTTTTCTGAGATG-CTATTTGACTT-TTAATGCTATAATTTG-AAAAACATTTCT-TTTGAC-T--G-C---A---C-----TT-CTTTTGA----ATGA-----G-------CATG-TCTTTT----AACC-AA----AT-AGTTATTTACAAAGTTTGTTACTGTA-A--ATTCTCAAATTATTA-CAGTTGttatactttacagtgcatagtaattgggttactagtatatgttgcaaaatggatgaaaacaaagcatatttatatcaattaacacaaatagagaaaatgcctagtttaggtagaaaaaaatatttaaaaaccaaaaaaaaacagtggtgttttcatccaataatgaaataaacaagattttctaaacttttcatgcaataatttaatacatctgaaacttgagaatttctgatggtcatcttgagttactggtattgaagtttcactgtcctgtatcaattaaaactttg
gi|8 : attacatatttgtatatA--CA--T----T--TC--TTGTG--ATA--TGTC--GAGCATCAC-AA-ATCCGAAAAC--TAAA-GG-T-C-----------CGATCCCATCCGTTCAA-CATA--TTTTTCAGGTA-AAATACT--GTGTA-----AGACATAAGGAGGACACTTGTG--T--TT---A-AAA--C-TTGG-ACACATT-----TCTCTAACAGAACTTTTG-TT----TGCATA--TTCACTGGATGGTGCTTT-T-TTTTT------TTCA---AATCTC-CAT--------TTTTCATACATCT-GTCTCA-ATTTTG-ATTAAATG-TTATTGGACTT-TTA--CACAGAATTGT-AACAAGATTTCT-TTTGACAT--G-C---AAATC-----TT-TTttttttagagaagtgtttatt
gi|9 : T-TTAATCTTGTGATCCA-ATTGGGA---CTGTTTGAC-TTGG-C---A---C-----TT-CTTTTGA----TCG------G-------AATA-TTCTTT----AATC-AA----A--ATTAGTTTACAGTGATGATCACTGTT-A--ATGCTTGACTTGTTA-CAATTGCATTGAACCAAACTATGATCA-AT--GTGACT---TTTAC-AGAAATGTaat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TACTTTTGGTTAAAAAACATTTTAAAACAATGATGGTGATATATCAATCAAGTAATGATTAAAGCAAGGCGATTATCCTGAAAATTTGTATTTTACATGCAATAATTTGAAACTCGAGAAAATTTGATAGTATGAGTTGACCATGATTATCAAAGTTTCACTG
Unaligned ( gi|24 ): TTATACAAATAATACAATCATAAATAAATATTTTAGGTAGAAAAAAGTTTTGTATTCTTTCAATCCAATATAAACAAGGTAATTTTCCTTAAAATTTACACTTTTTGTGCAATACTTTAAAACACCTGAAACTCTAGACAAAGTGAAAGTCAAGCATTTCT
Unaligned ( gi|29 ): ATTTTTGTTTTTAAGAAAACTGTTTAAAACCAATGGCAGTGATGTATTAATCAAATAATGATATAAGCACGTTAATTTTACTGAAAATATATATCTAATTTGAAACATTGGAACACTTGAGCAATTTTAGA
Unaligned ( gi|33 ): AATTTGACAATGATTATCACTAAAGATGTTTGAATAATTACGATTACATTGACACAGATATCTATCAGTGATAATTTTTGCGCAGTGTTTATTT
Unaligned ( gi|34 ): AAACTTTGATAACATACCATCAGCAGCTTGAGTACATTGGTTATCACAAGGACATTGATTTGTCCAGAACGATTTTGTGCATATATCGTACAT