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lowQualScore                  :             1         2    22 4 22  6 333 6  666666666666666666666666666666666   111111    4444   44444  000000000000000000000000  55     1111   444        9 3  5    
lowQualScore                  :             .         .    .. . ..  . ... .  .................................   ......    ....   .....  ........................  ..     ....   ...        . .  .    
lowQualScore                  :             4         1    88 5 88  0 555 0  777777777777777777777777777777777   000000    0000   88888  888888888888888888888888  00     2222   777        2 3  0    
consensus                     :           ATAGCAGGCAAA-CGTC--GTG--TG-T---T-TT---AA-----G---------CG-TTC-N----ATTT-----TTAAT----TCG-----AA-------TT-------A-------TG--AAAAA-AC-TAG---CGTGAACA-C-CC-CTCT
Reference ( gi|11 )           :           ATAGCAGGCAAA-CGTC--GCG--TG-T---T-TT---AA-----C---------CG-TTC-A----ATTT-----CTAAT----TTG-----AA-------TT-------A-------TG--AAAAA-A--TAG---CGTGAACA-C-CT-CTCT
gi|1                          :           ATTGCAGGCAAT-TGTT--GTG--TGTT---T-TT---AA-----G---------TATTTC-A----TTTT-----TTGAT----CTA-----TA-------TT-------A-------TGT-AAAAA-C--TAG---TGTAAACA-CACC-CTCT
gi|24                         :       aaaaATAGTAGACAAA-CTCC--GAG--TG-T---T-TT---AA-----G---------GG-TTA-G----ATTT-----TTAAT----TTG-----AA-------TT-------t
gi|22                         :          aATATCAGCCAAA-CATT--GTG--TG-T---T-TTT--AA-----G---------AG-TTT-A----ATTT-----TTAAT----TTG-----AA-------T
gi|19                         :       ccaaATAAAAGGCAAA-CGTT--TTG--TG-T---T-TT------------------------------------------TAAT----TCG-----AA-------TTC------A-------TG--AAAAA-AT-TAG---CGCAAAC
gi|5                          :     tccaaaATTGCAAGTAAA-TGTC--ATA--TG-T---T-TT---TA-----TG--------TG-TTT-T----ATTT-----TTAAT----TTATATTCAAGT-----TT-------A-------TG--AAAAA-A--
gi|8                          :    attgtttgaaGCAAGTAAA-CGTC--GTG--TG-T---T-TC---A-----------------T-TTT-T----ATT-------TAAA----TTG-----AAAT-----TT-------A-------TGGTGAAAA-A--CAG---CGTAAACATC-CT-TTCatactt
gi|7                          :        cgacaccCAGACGAA-CGCT--GTG--TG-T---TTTT---AA-----G---------AG-TTC-A----TTTTTAATCTTAAT----TCG-----AAT------TT-------A-------AA--AAAAA-A--TAA---CGT-AACA-C-CCGCTCT
gi|15                         :               CAGGCAAA-TGTCATGCG---G-T---T-TT---AA-----G---------TG-TTT-C----ATTT-----TTAAT----TTA-----AATTTGATTTT-------A-------TG--AAAAA-A--t
gi|20                         :          aattaCAGGTAAAACGTT--TTG--TA-T---T-TT---AA-----G---------TG-TTA-T----ATTT-----TTAAT----TTG-----AA-------TTCGAATTCA-------TG--AAAAa
gi|6                          :                AAGTAAA-CGTC--GTG--TG-T---T-TT---AA-----G---------TG-TTT-C----ATTT------TAA
gi|9                          : catcgtctgaaatcatGGCAAA-CGT-----G--TG-T---T-TT---AA-----G---------TG-TTT-T----ATTT-----TTATT----TTG-----AATTCTAATTT-------A-------TG--AAAAA-AC-TAG---CGTGAACA-C-AT-CCCTgatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|3                          :                tGGCAAA-TGTT--GTG--TG-T---T-TTTAAGA-----CTTAGTGCTTCA-TTC-A-----TTT-----TTAAT----TGA-----AA-------TT-------AGAATTGATG--AAAAA-AC-TTG---CATGAACA-T-Ct
gi|2                          :                 GGCAAA-TGTT--GTG--TG-T---T-TTTAAGA-----CTTAGTGCTTCA-TTC-A-----TTT-----TTAAT----TGA-----AA-------TT-------AGAATTGATG--AAAAA-AC-TTG---CATGAACA-T-C
gi|14                         :                 GGCAAA-TACT--GTG--TG-T---TTTT---AA-----G---------TG-CTC-AGTTCATTT-----TTAAT----TTA-----AA-------T----------------TG--AAA
gi|10                         :                  GCAAA-CTTC--GCG--TG-TGTAT-TT---AGAGTT-T---------CA-TTCGA----AATT-----CGAAT----CCG-----AA-------TTT------A-------AG--AAAAA-C--CAG---CGTGAACA-C-Ctttatagaatatgcatgta
gi|4                          :                   CAAA-CGTC--GTG--TGTT---T-TT---AA-----A---------TGTTTC-A----ATTT-----TAAATTCAGTTA-----CAGT-----TT-------A-------TG--AATAA-A--TAGCCTCGTGAACATC-CT-CTCTcttt
gi|16                         :                  aCAAA-CGTC--GTG--TATT---T-TT---AA-----G---------TG-T---------TTT-----C-AAT----TCA-----AA-------TTC------A-------TG--AAAAA-AC-TAG---CGt
gi|17                         :       ccaaaatcaacttAAA-CGTC--GTGTCTT-T---T-TT---AA-----G---------AG-TTT-C----ATTT-----TTAAT----TCA-----AA-------TTC------A-------TG--AACAATT--TAG---CGTGAATA-C-
gi|12                         :                     aA-CGTC--GTG--TG-T---TCTT---AA-----A---------TG-TTC-C----ATTT-----TTAAT----TTG-----AATTCGAATTT-------A-------TA--AAAAA-ATTTAC---CGTGCACA-C-CC-
gi|13                         :                           C--GCG--T--T---T-TT---AAGTATCT---------CA-TTT-T----ACTT-----TCAAT----TGG-----AA-------TTT------A-------TG--AAAAATC--TAC---CGTAAACACC-CC-CTCTctt
gi|23                         :                                                                            gttgTT-----CAAAT----TTG-------------------------------CG--AAAAG-AC-TAG---CGTGAACA-C-CT-
gi|26                         :                                                                                         AAT----TTG-----AA-------TTT------A-------TG--AAAAA-AC-TAG---CGTGAACA-cttttattattgagtca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA
Unaligned ( gi|21 ): GCAAAACTTTTGTATTTTAAGTTTTATATTTTTAATTTGAATTCGAATTTATGGAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TGGAATTTTTGAAAAATCTGCCGTGAACACCCCCTCTT






Alignments
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lowQualScore                  :                         2     22    6 4 2  00   000000000000 2  222222    88888  44    2  22 777777777777777777777777 2 22 2     22   444        8888 3 3    
lowQualScore                  :                         .     ..    . . .  ..   ............ .  ......    .....  ..    .  .. ........................ . .. .     ..   ...        .... . .    
lowQualScore                  :                         1     88    0 0 0  88   000000000000 0  777777    88888  88    0  55 333333333333333333333333 0 88 0     44   111        2222 1 6    
consensus                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-T-T-TT--AAG-----------CG-TTC----CATTT-----TT--AATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
Reference ( family-1607 )     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-T-T-TT--AAG-----------CG-TTC----NATTT-----TT--AATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
gi|1                          :             ATTGCAGGCAAT-TGTTG--TGTG-T-T-TTT-AAG-----------TA-TTT----CATTT-----TTT-GATCTAT--A-------TT-------A-------T-G--T-AAAAA-CTAG---TGTAAACA-CA-C-C-CTCT
gi|10                         :                aaaaGCAAA-CTTCGCGTGTG-T-A-TT--TAG-----------AG-TTT----CATTCGAAA-TTCGAATCCGA--A-------TT---------------T-A--AGAAAAA-CCAG---CGTGAACA-C--C-C-TTt
gi|11                         :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--CGTG-T-T-TT--AAC-----------CG-TTC----AATTT-----CT--AATTTGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA--TAG---CGTGAACA-C--C-T-CTCTt
gi|12                         :                        A-CGTCG--TGTG-T-TCTT--AAA-----------TG-TTC----CATTT-----TT--AATTTGA--ATTCGAATTT-------A-------T-A--A-AAAAATTTAC---CGTGCACA-C--C-C-
gi|13                         :                             CG--CGT--T-T-TT--AAGTATCT------CA-TTT----TACTT-----TC--AATTGGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAT-CTAC---CGTAAACACC--C-C-CTCTctt
gi|14                         :               gttgGGCAAA-TACTG--TGTG-TTT-TT--AAG-----------TG-CTCAGTTCATTT-----TT--AATTTAA--A-------T----------------T-G--A-AA
gi|15                         :                 CAGGCAAA-TGTCA--TGCGGT-T-TT--AAG-----------TG-TTT----CATTT-----TT--AATTTAA--ATTTGATTTT-------A-------T-G--A-AAAAA-tttatagaatatgcatgta
gi|16                         :                aattaCAAA-CGTCG--TGTATT-T-TT--AAG-----------TG----------TTT-----TC--AATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGa
gi|17                         :         ccaaaatcaacttAAA-CGTCG--TGTC-T-T-TTTTAAG-----------AG-TTT----CATTT-----TT--AATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-ACAAT-TTAG---CGTGAATA-C--
gi|19                         :            aATAAAAGGCAAA-CGTTT--TGTG-----------------------------------TTT-----TT--AATTCGA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-TTAG---CGCAAAC
gi|2                          :             tccaaaGGCAAA-TGTTG--TGTG-T-T-TTT-AAGACTTAGTGCTTCA-TTC-----ATTT-----TT--AATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|20                         :                 CAGGTAAAACGTTT--TGTA-T-T-TT--AAG-----------TG-TTA----TATTT-----TT--AATTTGA--A-------TTCGAATTCA-------T-G--A-AAA
gi|22                         :             ATATCAGCCAAA-CATTG--TGTG-T-T-TTT-AAG-----------AG-TTT----AATTT-----TT--AATTTGA--A-------T
gi|23                         :                                                                                  ccaaTTCAA--A-------TTT------G-------C-G--A-AAAGA-CTAG---CGTGAACA-C--CTC-CTTT
gi|24                         :             ATAGTAGACAAA-CTCCG--AGTG-T-T-TT--AAG-----------GG-TTA----GATTT-----TT--AATTTGA--A-------TT-------tattattgagtca
gi|25                         :                                                                                        aGA--A-------TT-------T-------TTG--A-AAAAT-CTGC---CGTGAACACC--C-C-CTCT
gi|26                         :                                                                        tgT-----TG--AATTTGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-t
gi|3                          :                   GGCAAA-TGTTG--TGTG-T-T-TTT-AAGACTTAGTGCTTCA-TTC-----ATTT-----TT--AATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|4                          :                     CAAA-CGTCG--TGTGTT-T-TT--AAA-----------TGTTTC----AATTT-----TA--AATTCAGTTACAGT---TT-------A-------T-G--A-ATAAA--TAGCCTCGTGAACATC--C-T-CTCT
gi|6                          :                 aAAGTAAA-CGTCG--TGTG-T-T-TT--AAG-----------TG-TTT----CATTT-----Tt
gi|7                          : catcgtctgaaatcatCAGACGAA-CGCTG--TGTG-TTT-TT--AAG-----------AG-TTC----ATTTTTAATCTT--AATTCGA--A-------TT-------T-------A-A--A-AAAAA-ATAA---CGT-AACA-C--C-CGCTCTaagatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|8                          :                GCAAGTAAA-CGTCG--TGTG-T-T-TC--A--------------T-TTT----TA--T-----TT--AAATTGA--AAT-----TT-------A-------T-GGTG-AAAAA-C-AG---CGTAAACA-T--C-C-TTt
gi|9                          :            cgacaccGGCAAA-CGT-----GTG-T-T-TT--AAG-----------TG-TTT----TATTT-----TT--ATTTTGA--A-------TTCTAATTTA-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-CATC-C-CTtc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTGTTTGAAATTGCAAGTAAATGTCATATGTTTTTATGTGTTTTATTTTTAATTTATATTCAAGTTTATGAAAAAAATACTT
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA
Unaligned ( gi|21 ): GCAAAACTTTTGTATTTTAAGTTTTATATTTTTAATTTGAATTCGAATTTATGGAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                         2     22    6  2  3333333333333333333333   1 4444 000000 44    2  22 777777777777777777777777 2 22 2     22   444        8888 3 3    
lowQualScore                  :                         .     ..    .  .  ......................   . .... ...... ..    .  .. ........................ . .. .     ..   ...        .... . .    
lowQualScore                  :                         1     88    0  0  1111111111111111111111   9 0000 222222 88    0  55 000000000000000000000000 0 88 0     44   111        2222 1 6    
consensus                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---AGTG-TTT----C-ATT-T----T------T--AATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
Reference ( family-1607 )     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---AGCG-TTC----C-ATT-T----T------T--AATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
gi|1                          :             ATTGCAGGCAAT-TGTTG--TGTG-TT-TTT---A---AGTA-TTT----C-ATT-T----T------TT-GATCTAT--A-------TT-------A-------T-G--T-AAAAA-CTAG---TGTAAACA-CA-C-C-CTCT
gi|10                         :                aaaaGCAAA-CTTCGCGTGTG-TA-TT----T---AGAG-TTT----C-ATT-CGAAAT------TCGAATCCGA--A-------TT---------------T-A--AGAAAAA-CCAG---CGTGAACA-C--C-C-TTt
gi|11                         :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--CGTG-TT-TT----A---ACCG-TTC----A-ATT-T----C------T--AATTTGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA--TAG---CGTGAACA-C--C-T-CTCTt
gi|12                         :                        A-CGTCG--TGTG-TTCTT----A---AATG-TTC----C-ATT-T----T------T--AATTTGA--ATTCGAATTT-------A-------T-A--A-AAAAATTTAC---CGTGCACA-C--C-C-
gi|13                         :                             CG--CGT--TT-TT----A---AGTA-TCT----C-ATT-T----TACTTT-C--AATTGGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAT-CTAC---CGTAAACACC--C-C-CTCTctt
gi|14                         :               gttgGGCAAA-TACTG--TGTG-TT-TTT---A---AGTG-CTCAGTTC-ATT-T----T------T--AATTTAA--A-------T----------------T-G--A-AA
gi|15                         :                 CAGGCAAA-TGTCA--TGCGGTT-TT----A---AGTG-TTT----C-ATT-T----T------T--AATTTAA--ATTTGATTTT-------A-------T-G--A-AAAAA-tttatagaatatgcatgta
gi|16                         :                aattaCAAA-CGTCG--TGTATTT-TT----A---AGTG-----------TT-T----T------C--AATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGa
gi|17                         :         ccaaaatcaacttAAA-CGTCG--TGTC-TT-TTTT--A---AGAG-TTT----C-ATT-T----T------T--AATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-ACAAT-TTAG---CGTGAATA-C--
gi|19                         :            aATAAAAGGCAAA-CGTTT--TGTG-----------------------------TT-T----T------T--AATTCGA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-TTAG---CGCAAAC
gi|2                          :             tccaaaGGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTAGTGCTTCATT-C-ATT-T----T------T--AATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|20                         :                 CAGGTAAAACGTTT--TGTA-TT-TT----A---AGTG-TTA----T-ATT-T----T------T--AATTTGA--A-------TTCGAATTCA-------T-G--A-AAA
gi|22                         :             ATATCAGCCAAA-CATTG--TGTG-TT-TTT---A---AGAG-TTT----A-ATT-T----T------T--AATTTGA--A-------T
gi|23                         :                                                                                  ccaaTTCAA--A-------TTT------G-------C-G--A-AAAGA-CTAG---CGTGAACA-C--CTC-CTTT
gi|24                         :             ATAGTAGACAAA-CTCCG--AGTG-TT-TT----A---AGGG-TTA----G-ATT-T----T------T--AATTTGA--A-------TT-------tattattgagtca
gi|25                         :                                                                                        aGA--A-------TT-------T-------TTG--A-AAAAT-CTGC---CGTGAACACC--C-C-CTCT
gi|26                         :                                                                  tg-T----T------G--AATTTGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-t
gi|3                          :                   GGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTAGTGCTTCATT-C-ATT-T----T------T--AATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|4                          :                     CAAA-CGTCG--TGTGTTT-TT----A---AATG-TTT----CAATT-T----T------A--AATTCAGTTACAGT---TT-------A-------T-G--A-ATAAA--TAGCCTCGTGAACATC--C-T-CTCT
gi|6                          :                 aAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---AGTG-TTT----C-ATT-T----T------t
gi|7                          : catcgtctgaaatcatCAGACGAA-CGCTG--TGTG-TT-TTT---A---AGAG-TTC------ATT-T----TTAATCTT--AATTCGA--A-------TT-------T-------A-A--A-AAAAA-ATAA---CGT-AACA-C--C-CGCTCTaagatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|8                          :                GCAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-T-----------CA-TTT-------TTAT----T------T--AAATTGA--AAT-----TT-------A-------T-GGTG-AAAAA-C-AG---CGTAAACA-T--C-C-TTt
gi|9                          :            cgacaccGGCAAA-CGT-----GTG-TT-TT----A---AGTG-TTT----T-ATT-T----T------T--ATTTTGA--ATTCTAATTT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-CATC-C-CTtc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATTGTTTGAAATTGCAAGTAAATGTCATATGTTTTTATGTGTTTTATTTTTAATTTATATTCAAGTTTATGAAAAAAATACTT
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA
Unaligned ( gi|21 ): GCAAAACTTTTGTATTTTAAGTTTTATATTTTTAATTTGAATTCGAATTTATGGAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                         2     22    5  1  99999999 1     4444444   7777 999999 44444 44 555555   1  22 555555555555555555555555 1 22 1     33   444        8888 3 3    
lowQualScore                  :                         .     ..    .  .  ........ .     .......   .... ...... ..... .. ......   .  .. ........................ . .. .     ..   ...        .... . .    
lowQualScore                  :                         0     66    7  9  66666666 9     5555555   7777 111111 55555 55 555555   4  44 999999999999999999999999 9 66 9     11   111        2222 1 6    
consensus                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
Reference ( family-1607 )     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
gi|1                          :             ATTGCAGGCAAT-TGTTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTATT----TC-ATT----T------T-----TT-G------ATCTAT--A-------TT-------A-------T-G--T-AAAAA-CTAG---TGTAAACA-CA-C-C-CTCT
gi|10                         :                aaaaGCAAA-CTTCGCGTGTG-TA-TT----T---A-GAGTT----TC-ATT----CGAAA--T-----TCGA------ATCCGA--A-------TT---------------T-A--AGAAAAA-CCAG---CGTGAACA-C--C-C-TTt
gi|11                         :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--CGTG-TT-TT----A---A-CCGTT----CA-ATT----T------C-----T--A------ATTTGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA--TAG---CGTGAACA-C--C-T-CTCTt
gi|12                         :                        A-CGTCG--TGTG-TTCTT----A---A-ATGTT----CC-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--ATTCGAATTT-------A-------T-A--A-AAAAATTTAC---CGTGCACA-C--C-C-
gi|13                         :                             CG--CGT--TT-TT----A---A-GTATC----TC-ATT----T------TACTTTC--A------ATTGGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAT-CTAC---CGTAAACACC--C-C-CTCTctt
gi|14                         :               gttgGGCAAA-TACTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTGCTCAGTTC-ATT----T------T-----T--A------ATTTAA--A-------T----------------T-G--A-AA
gi|15                         :                 CAGGCAAA-TGTCA--TGCGGTT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTTAA--ATTTGATTTT-------A-------T-G--A-AAAAA-tttatagaatatgcatgta
gi|16                         :                aattaCAAA-CGTCG--TGTATTT-TT----A---A-GTG----------TT----T------T-----C--A------ATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGa
gi|17                         :         ccaaaatcaacttAAA-CGTCG--TGTC-TT-TTTT--A---A-GAGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-ACAAT-TTAG---CGTGAATA-C--
gi|19                         :            aATAAAAGGCAAA-CGTTT--TGTG-----------------------------TT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-TTAG---CGCAAAC
gi|2                          :             tccaaaGGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T--A------ATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|20                         :                 CAGGTAAAACGTTT--TGTA-TT-TT----A---A-GTGTT----AT-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------TTCGAATTCA-------T-G--A-AAA
gi|22                         :             ATATCAGCCAAA-CATTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT----TA-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------T
gi|23                         :                                                                                            ccaaTTCAA--A-------TTT------G-------C-G--A-AAAGA-CTAG---CGTGAACA-C--CTC-CTTT
gi|24                         :             ATAGTAGACAAA-CTCCG--AGTG-TT-TT----A---A-GGGTT----AG-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------TT-------tattattgagtca
gi|25                         :                                                                                                  aGA--A-------TT-------T-------TTG--A-AAAAT-CTGC---CGTGAACACC--C-C-CTCT
gi|26                         :                                                                  tg----T------T-----G--A------ATTTGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-t
gi|3                          :                   GGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T--A------ATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|4                          :                     CAAA-CGTCG--TGTGTTT-TT----A---A-ATGTT----TCAATT----T------T-----A--A------ATTCAGTTACAGT---TT-------A-------T-G--A-ATAAA--TAGCCTCGTGAACATC--C-T-CTCT
gi|5                          :            aATTGCAAGTAAA-TGTCA--TATG-TT-TT----T---ATGTGTT----TT-ATT----T------T-----T--AATTTATATTCAA--GT------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-ATAt
gi|6                          :        attgtttgaaAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----ctt
gi|7                          : catcgtctgaaatcatCAGACGAA-CGCTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT-----C-ATT----TTTAATCT-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------T-------A-A--A-AAAAA-ATAA---CGT-AACA-C--C-CGCTCTaagatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|8                          :                GCAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TC----A------T-TT----TT-A------T------T-----T--A------AATTGA--AAT-----TT-------A-------T-GGTG-AAAAA-C-AG---CGTAAACA-T--C-C-TTt
gi|9                          :            cgacaccGGCAAA-CGT-----GTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TT-ATT----T------T-----T--A------TTTTGA--ATTCTAATTT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-CATC-C-CTtc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA
Unaligned ( gi|21 ): GCAAAACTTTTGTATTTTAAGTTTTATATTTTTAATTTGAATTCGAATTTATGGAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                         .     ..    .  .  ........ .     .......   .... ...... ..... .. ......   .  .. ........................ . .. .     ..   ...        .... . .    
lowQualScore                  :                         0     66    7  9  66666666 9     5555555   7777 111111 55555 55 555555   4  44 999999999999999999999999 9 66 9     11   111        2222 1 6    
consensus                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
Reference ( family-1607 )     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
gi|1                          :             ATTGCAGGCAAT-TGTTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTATT----TC-ATT----T------T-----TT-G------ATCTAT--A-------TT-------A-------T-G--T-AAAAA-CTAG---TGTAAACA-CA-C-C-CTCT
gi|10                         :                aaaaGCAAA-CTTCGCGTGTG-TA-TT----T---A-GAGTT----TC-ATT----CGAAA--T-----TCGA------ATCCGA--A-------TT---------------T-A--AGAAAAA-CCAG---CGTGAACA-C--C-C-TTt
gi|11                         :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--CGTG-TT-TT----A---A-CCGTT----CA-ATT----T------C-----T--A------ATTTGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA--TAG---CGTGAACA-C--C-T-CTCTt
gi|12                         :                        A-CGTCG--TGTG-TTCTT----A---A-ATGTT----CC-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--ATTCGAATTT-------A-------T-A--A-AAAAATTTAC---CGTGCACA-C--C-C-
gi|13                         :                             CG--CGT--TT-TT----A---A-GTATC----TC-ATT----T------TACTTTC--A------ATTGGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAT-CTAC---CGTAAACACC--C-C-CTCTctt
gi|14                         :               gttgGGCAAA-TACTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTGCTCAGTTC-ATT----T------T-----T--A------ATTTAA--A-------T----------------T-G--A-AA
gi|15                         :                 CAGGCAAA-TGTCA--TGCGGTT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTTAA--ATTTGATTTT-------A-------T-G--A-AAAAA-tttatagaatatgcatgta
gi|16                         :                aattaCAAA-CGTCG--TGTATTT-TT----A---A-GTG----------TT----T------T-----C--A------ATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGa
gi|17                         :         ccaaaatcaacttAAA-CGTCG--TGTC-TT-TTTT--A---A-GAGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCAA--A-------TTC------A-------T-G--A-ACAAT-TTAG---CGTGAATA-C--
gi|19                         :            aATAAAAGGCAAA-CGTTT--TGTG-----------------------------TT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TTC------A-------T-G--A-AAAAA-TTAG---CGCAAAC
gi|2                          :             tccaaaGGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T--A------ATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|20                         :                 CAGGTAAAACGTTT--TGTA-TT-TT----A---A-GTGTT----AT-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------TTCGAATTCA-------T-G--A-AAA
gi|22                         :             ATATCAGCCAAA-CATTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT----TA-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------T
gi|23                         :                                                                                            ccaaTTCAA--A-------TTT------G-------C-G--A-AAAGA-CTAG---CGTGAACA-C--CTC-CTTT
gi|24                         :             ATAGTAGACAAA-CTCCG--AGTG-TT-TT----A---A-GGGTT----AG-ATT----T------T-----T--A------ATTTGA--A-------TT-------tattattgagtca
gi|25                         :                                                                                                  aGA--A-------TT-------T-------TTG--A-AAAAT-CTGC---CGTGAACACC--C-C-CTCT
gi|26                         :                                                                  tg----T------T-----G--A------ATTTGA--A-------TTT------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-t
gi|3                          :                   GGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T--A------ATTGAA--A-------TT-------AGAATTGAT-G--A-AAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|4                          :                     CAAA-CGTCG--TGTGTTT-TT----A---A-ATGTT----TCAATT----T------T-----A--A------ATTCAGTTACAGT---TT-------A-------T-G--A-ATAAA--TAGCCTCGTGAACATC--C-T-CTCT
gi|5                          :            aATTGCAAGTAAA-TGTCA--TATG-TT-TT----T---ATGTGTT----TT-ATT----T------T-----T--AATTTATATTCAA--GT------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-ATAt
gi|6                          :        attgtttgaaAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----ctt
gi|7                          : catcgtctgaaatcatCAGACGAA-CGCTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT-----C-ATT----TTTAATCT-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------T-------A-A--A-AAAAA-ATAA---CGT-AACA-C--C-CGCTCTaagatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|8                          :                GCAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TC----A------T-TT----TT-A------T------T-----T--A------AATTGA--AAT-----TT-------A-------T-GGTG-AAAAA-C-AG---CGTAAACA-T--C-C-TTt
gi|9                          :            cgacaccGGCAAA-CGT-----GTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TT-ATT----T------T-----T--A------TTTTGA--ATTCTAATTT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-CATC-C-CTtc


blockSeqs                     :                         A     CG    G  C  TAAGACTT T     CAGTTC    CATT TTAATC ACTTT CG ATTTAT   C  TT TTCGAATTTA               T GT G     TT   CCT        CAT  T G
blockSeqs                     :                         .     .     T  .  TAAGACTT .     TCA       CATT GAAA   .     .  .        T  .  TTTGATTTTA               . .  .     C    .          CC   . .
blockSeqs                     :                         .     .     T  .  TTA      .     TC        .    .      .     .  .        T  .  TTAGAATTGA               . .  .     C    .          CC   . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  TA       .     CA        .    .      .     .  .        G  .  TTCGAATTCA               . .  .     C    .          TC   . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  TA       .     CC        .    .      .     .  .        T  .  TTAGAATTGA               . .  .     T    .          C    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  TA       .     TC        .    .      .     .  .        T  .  TTCTAATTTA               . .  .     T    .          C    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  T        .     TC        .    .      .     .  .        C  .  CAGTTTA                  . .  .     C    .          C    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TC        .    .      .     .  .        C  .  ATTTA                    . .  .     C    .          C    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TC        .    .      .     .  .        C  .  TTTA                     . .  .     C    .          T    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     AT        .    .      .     .  .        G  .  TTCA                     . .  .     C    .          C    . .
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TA        .    .      .     .  .        T  .  TTCA                     . .  .     C    .          T    .  
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     AG        .    .      .     .  .        T  .  TTCA                     . .  .     A    .          C    .  
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TC        .    .      .     .  .        C  .  TTTG                     . .  .     A    .          T       
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TT        .    .      .     .  .        T  .  TTTA                     . .  .     C    .                  
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TC        .    .      .     .  .        T  .  TTTA                     . .  .     C    .                  
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  T        .     TT        .    .      .     .  .        G  .  TTA                      . .  .     .    .                  
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     TT        .    .      .     .  .        C  .  TTT                      . .  .     .                       
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     C         .    .      .     .  .        C  .  TTT                      . .  .                             
blockSeqs                     :                         .     .     .  .  A        .     .         .    .      .     .  .        C  .  TT                       . .  .                             
blockSeqs                     :                               .     .  .  .        .     .         .    .      .     .  .        T  .  T                        . .  .                             
blockSeqs                     :                                                                    .    .      .                 T  .                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                     .                                                              


blockSeqCons                  :                                           A*******                                   **                TTTA********************                            C***
originalCons                  :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--A-------TT-------A-------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
finalCons                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TTA-------A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T--A------ATTCGA--ATTTA--------------------T-G--A-AAAAA-CTAG---CGTGAACAC---C-C-CTCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA
Unaligned ( gi|21 ): GCAAAACTTTTGTATTTTAAGTTTTATATTTTTAATTTGAATTCGAATTTATGGAAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                         1     22    3  1  11111111 1     5555555   3333333333333333333333333333333    111111111111  444444      22      33   444        8888 3 3    
lowQualScore                  :                         .     ..    .  .  ........ .     .......   ...............................    ............  ......      ..      ..   ...        .... . .    
lowQualScore                  :                         9     55    6  8  33333333 8     4444444   5555555555555555555555555555555    222222222222  888888      55      11   111        2222 1 6    
consensus                     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T------A------ATTC------G-----AA------TTTATG--AAAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
Reference ( family-1607 )     :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T------A------ATTC------G-----AA------TTTATG--AAAAAA-CTAG---CGTGAACA-C--C-C-CTCT
gi|1                          :             ATTGCAGGCAAT-TGTTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTATT----TC-ATT----T------T-----T------T------GATC------T-----AT------ATTATG--TAAAAA-CTAG---TGTAAACA-CA-C-C-CTCT
gi|10                         :                aaaaGCAAA-CTTCGCGTGTG-TA-TT----T---A-GAGTT----TC-ATT----CGAAA--T-----TCG----A------ATCC------G-----AA------TTTAAG--AAAAA--CCAG---CGTGAACA-C--C-C-TTt
gi|11                         :             ATAGCAGGCAAA-CGTCG--CGTG-TT-TT----A---A-CCGTT----CA-ATT----T------C-----T------A------ATTT------G-----AA-------TTATG--AAAAAA--TAG---CGTGAACA-C--C-T-CTCTt
gi|12                         :                        A-CGTCG--TGTG-TTCTT----A---A-ATGTT----CC-ATT----T------T-----TAATTTGA------ATTC------G-----AA------TTTATA--AAAAAATTTAC---CGTGCACA-C--C-C-
gi|13                         :                             CG--CGT--TT-TT----A---A-GTATC----TC-ATT----T------TACTTTC------A------ATTG------G-----AA------TTTATG--AAAAAT-CTAC---CGTAAACACC--C-C-CTCTctt
gi|14                         :               gttgGGCAAA-TACTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GTGCTCAGTTC-ATT----T------T-----T------A------ATTT------A-----AA------T---TG--AAA
gi|15                         :                 CAGGCAAA-TGTCA--TGCGGTT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----T------A------ATTT------A-----AATTTGATTTTATG--AAAAAA-tttatagaatatgcatgta
gi|16                         :                aattaCAAA-CGTCG--TGTA-TT-TTT---A---A-GTGTT----T----------------T-----C------A------ATTC------A-----AA------TTCATG--AAAAAA-CTAG---CGa
gi|17                         :         ccaaaatcaacttAAA-CGTCG--TGTC-TT-TTTT--A---A-GAGTT----TC-ATT----T------T-----T------A------ATTC------A-----AA------TTCATG--AACAAT-TTAG---CGTGAATA-C--
gi|19                         :            aATAAAAGGCAAA-CGTTT--TGTG-TT-TT------------------------------------------T------A------ATTC------G-----AA------TTCATG--AAAAAA-TTAG---CGCAAAC
gi|2                          :             tccaaaGGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T------A------ATTGAAATTAG-----AA------TTGATG--AAAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|20                         :                 CAGGTAAAACGTTT--TGTA-TT-TT----A---A-GTGTT----AT-ATT----T------T-----TAATTTGA------ATTC------G-----AA------TTCATG--AAAA
gi|21                         :                    GCAAA-ACTTT--TGTA-TT-TT----A---A-GTTTT----AT-ATT----T------T-----TAATTTGA------ATTC------G-----AA------TTTATG--GAAAA
gi|22                         :             ATATCAGCCAAA-CATTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT----TA-ATT----T------T-----T------A------ATTT------G-----AA------T
gi|23                         :                                                                                                ccaaTTC------A-----AA------TTTGCG--AAAAGA-CTAG---CGTGAACA-C--CTC-CTTT
gi|24                         :             ATAGTAGACAAA-CTCCG--AGTG-TT-TT----A---A-GGGTT----AG-ATT----T------T-----T------A------ATTT------G-----AA------TTtattattgagtca
gi|25                         :                                                                                                      a------G-----AA------TTTTTG--AAAAAT-CTGC---CGTGAACACC--C-C-CTCT
gi|26                         :                                                                  tg----T------T-----G------A------ATTT------G-----AA------TTTATG--AAAAAA-CTAG---CGTGAACA-t
gi|3                          :                   GGCAAA-TGTTG--TGTG-TT-TTTAAGACTTA-GTGCT----TC-ATTCATTT------T-----T------A------ATTGAAATTAG-----AA------TTGATG--AAAAAA-CTTG---CATGAACA-T--C-
gi|4                          :                     CAAA-CGTCG--TGTGTTT-TT----A---A-ATGTT----TCAATT----T------T-----A------A------ATTC------AGTTACAG------TTTATG--AATAAA--TAGCCTCGTGAACATC--C-T-CTCT
gi|5                          :            aATTGCAAGTAAA-TGTCA--TATG-TT-TT----T---ATGTGTT----TT-ATT----T------T-----T------AATTTATATTC------A-----AG------TTTATG--AAAAAA-ATAt
gi|6                          :        attgtttgaaAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TC-ATT----T------T-----ctt
gi|7                          : catcgtctgaaatcatCAGACGAA-CGCTG--TGTG-TT-TTT---A---A-GAGTT-----C-ATT----TTTAATCT-----T------A------ATTC------G-----AA------TTTA-A--AAAAAA-ATAA---CGT-AACA-C--C-CGCTCTaagatacattgtctcatatcaacaaaatacata
gi|8                          :                GCAAGTAAA-CGTCG--TGTG-TT-TC----A------T-TT----TT-A-T----T------T-----A------A------ATTG------A-----AA------TTTATGGTGAAAAA-C-AG---CGTAAACA-T--C-C-TTt
gi|9                          :            cgacaccGGCAAA-CGT-----GTG-TT-TT----A---A-GTGTT----TT-ATT----T------T-----T------ATTTTGAATTC------T-----AA------TTTATG--AAAAAA-CTAG---CGTGAACA-CATC-C-CTtc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAAGACTTAGTGCTTCATTCATTTTTAATTGAAATTAGAATTGATAAAAAAACATTCATGAACA