lowQualScore : 111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 1 11 1 55555555555 111 1 1111111111111 11 2 1 11 1 777777777777777777777 22 22222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 5555 44444444444444444444 11 111 1111 1 111111 1 33333333333333 2222 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 33333
lowQualScore : 444 0 2 6 0 33 2 5 1 66666666666 222 7 5 3 3333333333333 1 0 2 33 88 0 0 0 6 0 88 5 000000000000000000000 77 3 2 00000 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 66 6 11 666 77 4 4 77 2222 66 66666666666666666666 22 000 7777 777 0 1 222222 3 33333333333333 3333 66 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 777 8 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 0 5 2222 66666
lowQualScore : ... . . . . .. . . . ........... ... . . . ............. . . . .. .. . . . . . .. . ..................... .. . . ..... . .................................................................... .. .. . .. ... .. . . .. .... .. .................... .. ... .... ... . . ...... . .............. .... .. .. .................................................................................................................. .. ... . ............................................................ . . . .... .....
lowQualScore : 888 0 2 6 2 88 6 0 1 44444444444 777 5 4 6 1111111111111 5 4 4 77 11 8 4 6 8 8 33 5 000000000000000000000 55 0 5 77777 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 99 2 88 333 00 4 2 00 3333 11 33333333333333333333 44 444 7777 888 9 0 888888 2 22222222222222 8888 99 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 6 7 1111 11111
consensus : TATGCCTTATTCTCATCGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGA-CAATCTCGTGG-ATTCCGTGCTCGCGCGACTAT-T---N--C-GT---GTCCGGATATTGTACAAGTT-TTTGGACGATTGTNAATCATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATAATTACATATGT--TTTTTTATGACAATTCAACCGATAAAAATTTGTTATTTTTTTTAGAATGAACAATTTGAANANTTGTTAAAACATAATGTG-AACAATTTGTCAGCC-----AA--------CAAC--ACGC--AAAGGAATGCC--------TAC---T-----GT--------ATAGTACTGGC--TG--GAGATTCCCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAG--GGGACGAATC------AA------AGCG--TTTTTACAGGATTTC-GATGATCGAGGCCGCT---TACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCATNT----CCGTTTGTTGA--TT--TT--ATTG---------NTN--------------G---------TATTC-----------A-T------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCT--GGTTGCA---GAAATATGC---A------G--T---ATAAT-----TAC-GTGAATN---GAA-----CACCTTAGGGGGATGAA-TC----AAC-GGAACAACAGCATAC
Reference ( gi|4 ) : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGA-GAATCTTGTGG-ATTCCATGATTGTGCAACTA--C---A--C-GT---GTCAGGATATTGTACAGGTT-TTCGGACAATTGTAAATCATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT--TTTTTTATGACAATTCAACC---------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACAATTTGTCAGCC-----AA--------CAAC--ATGC--AAAG---------------TAC---T-----GT--------ATAGTACTGGC--TG--GAGGTCCCCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAG--GGGATGAATC------AA------AGCA--TTTTTACAGGATTTC-AATGATCAACAACGCT---TACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCATAG----CCATTTGTTGA--TT--TT--ATTG---------GTA--------------G---------T-TTC-----------A-T------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCT--GGTTGCA---AAATTATG----A------G--T---ATAAT-----TAA-GTGAATA---GAA-----CACCTTTGGTGGATGAA-TC----AAC-ACTACAACAGCATAC
gi|3 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGA-GAATCTTGTGG-ATTCCATGATTGTGCAACTA--C---A--C-GT---GTCAGGATATTGTACAGGTT-TTCGGACAATTGTAAATCATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT--TTTTTTATGACAATTCAACC---------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACAATTTGTCAGCC-----AA--------CAAC--ATGC--AAAG---------------TAC---T-----GT--------ATAGTACTGGC--TG--GAGGTCCCCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAG--GGGATGAATC------AA------AGCA--TTTTTACAGGATTTC-AATGATCAACAACGCT---TACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCATAG----CCATTTGTTGA--TT--TT--ATTG---------GTA--------------G---------T-TTC-----------A-T------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCT--GGTTGCA---AAATTATG----A------G--T---ATAAT-----TAA-GTGAATA---GAA-----CACCTTTGGTGGATGAA-TC----AAC-ACTACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAA-GTATCTCTTGG-ATTCCATGCTTGTGCAACTATTC---A--T-GT---GTCCGTCTATTGTACAAGTT-TT------------AGTCATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAAATAATATATGTACTTTTTCATAATA-TTTAACTGATAAAAATTTGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACAATTTGTT-GCCCAAAAAA--------CACCTAATGCTTAAAGAAATGTCCTATACCTTGC---TACATAGT--------ATAGCACTGGC--TG--AAGATTCCCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAAC---CGAG--GA-ATGAATC------AATGAG--AAAA--TGTTTTCAGGATTT----TGATGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATATTT----CCATTTGCTAA--TT--TTT-ATTGTTTGTGTTTGTA--------------AAACTTGGGTT-TTT-----------G-T------TGT---T--G---------------A----AT---A--T--------T-----ATATCT--GGTGGCAGAAAAATTCTG-------------------TAAA-----TAACGTGCATACATGAATGTG-CACCTTAAGGGGATGAA-TC----AAC-AGAACAACAGCATA
gi|13 : ATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACTTTGTGA-ATTCCGTGTTCACTTAATTA--TTTGT--T-GT---GTT-GGATAATGTACAAGTT-TTTAGACAATTGTTTATCACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAA-CAATCTCATGG-AGACCATGCTCTTGTGACTATTC---A--TAGT---GTCCAGAAATTATACAAGTT-TTTGGA-AAT--TAAATTAACTATTA-AATA----------TTC-TAATTA-AT---T--TTCATTATGA
gi|2 : acTC-GTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGA-CTATCTTGTAG-ATTCCGTGCTCGCGCGGCTA--T---T--C-GTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTT-GTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAA-aactgcttaatataca
gi|14 : tcatagatTT-ATTGCTTCTCATTGAT-----TCCTCGG-CAATCAGGCGGGATTCCGTGGAAGCGCAATTAT-T---AGTT-GT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGAT-TCTGGACGA-TGTATATaaatatggaaaaaggtatgatgagtaatttataaaatagtgagaatttttttttaattatgttattttttatagtgctcaggttcaaaatgcgctaaatgtaatattagatagatctagtgaaaatgtcttaaaaacatttaatacatgagaatatcataaatttttgttgaattgaatattatcggccctggatttccctattgtggatattttgagcaaagaatcaatgaaaaggtgttttcatgattttgaaggtcaaggcaggtaacaaaatggaataatttgcttgaatatcagttttctttgttattatttattgtttgtatgtgtaacacatagatttttgtatttaaattggaaatctggttgtagaaatatgtggcagataatgcggatgtgcaaatttgcaccttaggagcttgaatcattggaacaacagcata
gi|19 : ccaattgatTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGCTGGTGG-ATTCTGCGCTTGTGCAACTA--TTTGT--T-GT---GTCTGGATATTTTGCAAGTT-Tagcacgaaaaatgtaagacaatataaaaaacgata
gi|18 : cggTTTTCATTGATTCGTCCCATTGA-CAATTTCGTGG-ACTCCATGCTTGTAAGACTA--T---T--C-GTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCG--C-----CGAATC-TCAATTCTCACATAGAg
gi|16 : ccttaTGCAACTATTT---AT-T-GT---GTCCTGATAGTGTGCAAATG-TTTGAGTGGTTGTTAACCATCAACTATACCAg
gi|6 : tgctct-GT---GTT-GGATAATGTACAAGTT-TTTAGACAATTGTTTATCACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGtgaaagtatgcaaaataatgcgtgtgcaacattttataaaaaaacaataaa
gi|21 : tttgtt-GT---GTTCGGATATTGTACAAGTT-TTTAGACAATTGT---TTATCAggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|8 : gctcacttaactatcaatatttgttACATAA-----AACAGTTTGTCAGCC-----AAAAAAAATCTAAT--ACAC--AAGGGAATACCGA------TACCTTT-----GCCCAACAGAATATTACTGGC--TG--GAGATTCCCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAA--GAGAAGAACC------AATG----AGAAATCTTTCACAGCATATC-GATGATCCAGGCCACT---TATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACATAAATACCTATTTGTTGATTTT--TT--ATTG---------TTT--------------G---------TATTCACAGCACTAATA-T------TTCA--T--A---------------A----ATACAA--T--------G-----AAACCT--GGTTGCA---GAAATATGT---G------G--T---ATAA
gi|5 : AC---C-----GT--------ATAGTATCGGC--TGTGGACTTAACCAT--TGTC-GATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GAG--TGGACGAATC------AA------GGCaatgtgcatccatgaataac
gi|9 : aaccataattcttaatgcaataaactattccatgtgtaccattaattttttacactatgaaaacactaaaaattatgttattttttatagtggtcaggttcaaaatgcacttaaactaatattaaatagtgaaactatcaaaataacattaatacacaggggaatatcctaattttttatcaa---T-----GT--------ATAGTATGGGCCCTG--GACTTCCCCAAAA-GG--AATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAG--AGAACGAATCAATGAGAA------AGCG--TTTT--CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT--------------AT------ATTTTGCTAGAATATCAGTT----TTGTTTGTT-ATTTT--TT--ATTG---------TTT--------------G---------TATGC-----------A-TGCGAAACAC---TTAG---------------ATTTTGT---A--TTCAAATTCA-----AAATCT--AGTTGCA---GAAATATGC---A------G--CAG-ATAATGTGCATGC-GTGAATC---ACG-----TACCTTAGGGGCATGAA-TC----AAT-GGAACAGCAGCATACtggttatgaaatgtaacgttttgctggaatatcagttttgtttgttattatttattgtttgtatgcgaaacacttagatttttgtatttaaatttcaaatctggttgcagaaatatttggcaggtcatgagcatgcgccaatcgtgcaccttaaggacaccaatcaatggaataacagcatttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|10 : T--------ATAGAAATGGC--TG--GAGACTTCAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAA---ACTGAC--GGGATGACCCAATGAGAA------AGTG--TTTT--CATGGTTTT-GATGATCATGGTCATT---TACAAAATGTAA-------ATTT-----------------------TTTACTGT--TT--CT--GTTT---------GTA--------------A-------------C-----------ACT------TAC---TAGG---------------A----A----------------G-----AAATATGCGGT-------AAATTATA----AAAGTGCA--T---ACAGG-----TAC-ATAAATT---GTG-----CACC-ATGGTGGAAGAATTT----AAC-AAACCAACAGCATACt
gi|6 : atacataaggaaatattttgtcaaaaaa--------ATAGTACAGAC--TG--AAGATTACCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAG--GGAATGAATC------AATG----AGAAAGGGTTAATGGAATTTC-GATGATTGAGACTGCT---TACAAAATGTAAT--------CTTGTTGGAATCACATAT----CTGTTTGTTGAC-TT--TT--ATTG---------TTT--------------G---------TATTC-----------A-TAA----TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTA----AT---A--T--------G-----ACTTCT--AGTTGCC---AAAATATGC---A------GTTT---ATAATGCGCATGC-ATGAATC---GCT-----CCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGA-----ACAACAGCATAC
gi|15 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgatacatatgggaatatctacacctttgccaaacaga--------ATAGTACTGAC--TG--G-GATTGCCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAG--GCGACAAATC------AACTAGAAAGC----TTTTATAAGATTTC-GATGATCGAGACAGCT---TGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : gaTCCCTATTGTGG---ATAT-TTTA-AGCAACCAATCAGATGAGACGAGATGAATC------AA------tc
gi|5 : actT---TATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCAGTT----TTGTTTGTT-A--TTATTT--ATTGTTT------GTATGCGAAACACTTAGA---------T-TTTTGT--------A-T------T-----T--A---------------A----AT---T--T--------C-----AAATCT--GGTTGCA---GAAATATtgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|7 : aaccataattcttaatgcaataaactattccatgtgtaccattaattttttacactatgaaaacactaaaaattatgttattttttatagtggtcaggttcaaaatgcacttaaactaatattaaatagtgaaactatcaaaataacattaatacacaggggaatatcctaattttttatcaaaccgtatagtatcggctgtggacttaaccattgtcgatattttaagtaaccaatcagagtggacgaatcaaggctggT---TACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCAGTT----TCGTTTGTT-A--TT--TTTCATTG---------TTT--------------G---------TATGC-----------G-T------AACACTT--A---------------G----AT---ATTT--------GTATTCAAATCT--GGTTGCA---GAAATATG----C------G--GCAAATAAT-----CAA-ATTATTA---CAA---------------GCAAGAA-TC----AAT-GGAACAACAGCATAttggcaggtcatgagcatgcgccaatcgtgcaccttaaggacaccaatcaatggaataacagcatttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|12 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggG---------ATA--------------T---------T-TTA-----------A-T------T-----T--A---------------A----AT---T--T--------G-----AAATCT--GGTTGCA---GAAATATGCGGCA------G------ATAAT---------GTGCATGCGCGAATCTCGCGTCTTAGG-GAACGAA-TC----AATGA--ACAACAGCATACaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GTTGCAGAATATGCAGCAGATAATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAATCAATGGAACAGCAGCATAATAAAGTTACTTTATTGTCCTGAATAATCCTT
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 4444444 111 1 44444444 0000000000000000000000000000 333 1111 11 333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111 111111 3333333333333333333333333333 111111 2222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 22222 66666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 6 4 66 00 66 0 1 1 1111111 111 1 1 0 77 2 0 5 5 5 4 0 00000000 3 9 0 4444444444444444444444444444 1 1 2 0 22 666 7777 0 11 000000000 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 55 77 4 3 44 222 7 222222 0 9999999999999999999999999999 4 2 2 0 66 000000 0 44 8888 4 1 1 6666 55 55 55 2 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999999 3 111 44444 44 77777777777777777777777777777777777777777 11 4 0 3 00
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ....... ... . . . .. . . . . . . . ........ . . . ............................ . . . . .. ... .... . .. ......... ..................................................................... .. .. .. . . .. ... . ...... . ............................ . . . . .. ...... . .. .... . . . .... .. .. .. . . ......................................................................................................... ...... . ... ..... .. ......................................... .. . . . ..
lowQualScore : 3 5 11 11 11 5 2 2 6666666 777 0 0 9 55 8 2 7 5 0 0 1 00000000 2 8 2 8888888888888888888888888888 0 0 0 8 22 666 0000 8 00 444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 00 88 9 6 66 777 4 444444 4 7777777777777777777777777777 0 1 6 4 11 555555 4 99 5555 0 0 4 5555 55 55 55 4 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666 5 777 22222 66 22222222222222222222222222222222222222222 44 3 8 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGATTGTNAATCATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATAATTACATATGTAC------TTTTTTATGACAATTCAACCG-TAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAG--TGAACAATTTGAAAANTTATTAAAACATAATGT-ACAACAAT----TTGTCAGCC--AA--------CAACA------C-----GC--AAAGGAATATCC--TA-------------C---T---------GT--------ATAGTACTGGC--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA------AGCG----TTTT-ACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGT-AA------TATTTTGCTGGAATCNC----A-TTTCCGTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTA-----------------T-T------C-----------AT---------TAC---T--G------A---------------AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATAT---GCAG--C--A--TAATG-G-------TACGTG---------AA--T---CGCG----CACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTCTCATCGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--N--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGATTGTNAATCATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATAATTACATATGT--------TTTTTTATGACAATTCAACCGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAGAATGAACAATTTGAANANTTGTTAAAACATAATGT-G-AACAAT----TTGTCAGCC--AA--------CAACA------C-----GC--AAAGGAATG-CC--TA-------------C---T---------GT--------ATAGTACTGGC--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA------AGCG----TTTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGT-AA------TATTTTGCTGGAATCNC----A-TNTCCGTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGNTNGTA-----------------T-T------C-----------AT---------TAC---T--G------A---------------AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATAT---GCAG--T--A--TAAT----------TACGTG---------AA--T---NGAA----CACCTTAGGGGGATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATTC-A--TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------AGTCATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAAATAATATATGTAC------TTTTTCATAAT-ATTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATAT-GAAACAAT----TTGTT-GCCCAAA--------AAACA------CCTAATGCTTAAAGAAATGTCC--TATAC----------C---TTGCTACATAGT--------ATAGCACTGGC--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GA-GGAAT-----GAATCAATGAGAA------AATG----TTTT--CAGGATTTTG-ATGAATGAGGCTGTTTACAAAATGT-AATCATTGTATTTTGTGGGAATCAT----A-TTTCCATTTGCTAAT-T--T--TT--ATTGTTTGTGTTTGTAAAACTTGGGTTT-T------T-----------GT---------TGT---T--G------A---------------AT---A--T--------T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAAT---TCTG--T--A---AAT----------AACGTG---------CA--TACATGAATGTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : T--------ATAGAAATGGC--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCC------AATGAGAAAGTG----TTTT--CATGGTTTTG-ATGATCATGGTCATTTACAAAATGTAAA------TTTTTTACTG-------------TTTCTGTTTG---------------------TAACA-----------------C-T------T-----------AC---------TA----G--G------A---------------A----------------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAA--GT---GCA---T--A--CAGG----------TACATA---------AA--T---TGTG----CACCAT-GGTGGAAGAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : atacataaggaaatattttgtcaaaaaaATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AATT---AA--ATTAACTAT----T---AAAT-ATTC-TAATTA-AT---T--------TTCATTATGA
gi|12 : ac---T--A------A---------------AT---T--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATAT---GCGG--CAGA--TAATGTGCA-----TGCGCG---------AA--T---CTCG----CGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACaactgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGT--TGT---GT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAATTGTTTATCACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : ATTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-TGTA----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : cca--------ATAGTACTGAC--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATC------AACTAG--AAAG----CTTTTATAAGATTTCG-ATGATCGAGACAGCTTGCGAAATGT-AA------TATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGGTTGTTAACCATCAACTATACCATGAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TAT---GCAG--C--AGATAATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAA--T---GTCG----CACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAgtatgcaaaataatgcgtgtgcaacattttataaaaaaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTATT-----CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGAATCTCAATTCTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTATT-----CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAg
gi|2 : A-------------T---T---------GA--------ATATTATCGGCCCTGGA--TTT--CCCTA-TTGTGGATAT-TTTG-AGCAAAGAATCA---------AT-----GAA--------AA------GGTG----TTTT--CATGATTTTG-AAGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGG-AA------TAATTTGCTTGAATATC----AGTTTTC-TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTGTTTGTA-----------------TGTGTAACAC-----------ATAGATTTTTGTAT---T--T------A---------------A----A--TTG------G-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGGCAG-----A--TAATGCG-------GATGTGC--------AAATT---TG------CACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAatctcgagtgtctggtaaagcaaaaaaaaaaaatatggaaaaaggtatgatgagtaatttataaaatagtgagaatttttttttaattatgttattttttatagtgctcaggttcaaaatgcgctaaatgtaatattagatagatctagtgaaaatgtcttaaaaacatttaatacatgagaatatcataaatttttgttgaattgaatattatcggccctggatttccctattgtggatattttgagcaaagaatcaatgaaaaggtgttttcatgattttgaaggtcaaggcaggtaacaaaatggaataatttgcttgaatatcagttttctttgttattatttattgtttgtatgtgtaacacatagatttttgtatttaaattggaaatctggttgtagaaatatgtggcagataatgcggatgtgcaaatttgcaccttaggagcttgaatcattggaacaacagcata
gi|21 : tcatagattcgttccttctcattgatttgtcccctcgactatcttgtagattccgtgctcgcgcggctattcgtagcgttcggatattgtacaagttgttggccgaatctcgagtgtctggtaaagcaaaaaaaaaaaatatggaaaaaggtatgatgagtaatttataaaatagtgagaatttttttttaattatgttattttttatagtgctcaggttcaaaatgcgctaaatgtaatattagatagatctagtgaaaatgtcttaaaaacatttaatacatgagaatatcataaatttttgttgaGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAATTGTTTATCA
gi|3 : gctcacttaactatcaatatttgttTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTAC---A--CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAATTGTAAATCATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT--------TTTTTTATGACAATTCAACC----------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGT-ACAACAAT----TTGTCAGCC--AA--------CAACA------T-----GC--AAAG----------TA-------------C---T---------GT--------ATAGTACTGGC--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCA----TTTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGA-AA------TATTTTGATGGAATCCC----A-TAGCCATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT------------------T-T------C-----------AT---------TAC---T--G------A---------------AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTAT---G-AG--T--A--TAAT----------TAAGTG---------AA--T---AGAA----CACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTAC---A--CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAATTGTAAATCATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT--------TTTTTTATGACAATTCAACC----------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGT-ACAACAAT----TTGTCAGCC--AA--------CAACA------T-----GC--AAAG----------TA-------------C---T---------GT--------ATAGTACTGGC--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCA----TTTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGA-AA------TATTTTGATGGAATCCC----A-TAGCCATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT------------------T-T------C-----------AT---------TAC---T--G------A---------------AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTAT---G-AG--T--A--TAAT----------TAAGTG---------AA--T---AGAA----CACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ATTCCATGTGTACCATTAATTTTTTAC-ACTATGAAAACACTAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTA-AATAGTGAAACTATCAA----AA--------TAACATTAATAC-----AC--AGGGGAATATCC--TAATTTTTTATCAAAC---C---------GT--------ATAGTATCGGC--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GA---------------------------------G----T-------GGA---CG-A--ATCAAGGCTGGTTATGAAATGT-AA------CGTTTTGCTGGAATATC----A-GTTTTGTTTGTT-A--T--TATTT--ATTGTTTGTA-----------------T-G------CGAAACACTTAGAT---------TTT---T--GTATTTAA---------------AT---T--T--------C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGGCAGGTC--A--TGAG----------CATGCGCC-------AA--T---CGTG----CACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaactGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAATTGTTTATCACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgtt--------ATAGTACAGAC--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATC------AATGAGAAAGGG----TTA--ATGGAATTTCG-ATGATTGAGACTGCTTACAAAATGT-AA------T--CTTGTTGGAATCAC----A-TATCTGTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTGTTTGTA-----------------T-T------C-----------ATAA-------TAC---T--G------AGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--------G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATAT---GCAG--TTTA--TAATGCGCA-----TGCATG---------AA--T---CGCT----CCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgatacatatgggaatatctacacctttgccaaacagaTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATC------AA------aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGT-AT------TAATTTGCTGGAATATC----A-GTTTCGTTTGTT-A--T--T--TTTCATTGTTTGTA-----------------T-G------C-----------GT---------AACACTT--A------G---------------AT---ATTT--------GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATAT---GCGG--CAAA--TAAT----------CA-------------AA--T---TA----------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAtgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAA------AACAGT----TTGTCAGCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AAGGGAATA-CCGATA-------------CCTTT---------GCCCAACAGAATATTACTGGC--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACC------AA------TGAGAAATCTTTCACAGCATATCG-ATGATCCAGGCCACTTATTAACTTA-AA------TATTTTATTGCAATCACATAAA-TACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTGTTTGTA-----------------T-T------CACAGCACTAATAT---------TTCA--T--A------A---------------ATACAA--T--------G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATAT---GTGG--T--A--TAAaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : ---T---------GT--------ATAGTATGGGCCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAATGAGAA------AGCG----TTTT--CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT------------A------TATTTTGCTAGAATATC----A-GTTTTGTTTGTT-ATTT--T--TT--ATTGTTTGTA-----------------T-G------C-----------ATGCGAAA---CAC---TTAG------ATTTT-----------GT---A--TTCAAATTCA-----AAATCTA------GTTGCAGAAATAT---GCAG--CAGA--TAATGTGCA-----TGCGTG---------AA--T---CACG----TACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaatgtgcatccatgaataac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 11111 111 33333333 1111 66666666666666666666666 11 11 1111 33333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 111 111111 55555555555555555555555 1 111111 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 55555555555555 1111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 3 1 888888888888 66 1 3 1 5 44444 000 2 33333333 4444 6 3 1 3 77777777777777777777777 11 1 0 11 6 1 2 22 6 4444 6 00000000000000000000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444 55 55 0 55 555 4 3 44 222 444444 0 33333333333333333333333 3 1 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 2222 55 55 99 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 555 77777 99999999 33333333333333 55 2222 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . ..... ... . ........ .... . . . . ....................... .. . . .. . . . .. . .... . .................... ................................................................... ........ .. .. . .. ... . . .. ... ...... . ....................... . . . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. . ............................................................................................. . . ... ..... ........ .............. .. .... ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 8 0 666666666666 11 2 6 0 0 44444 111 2 22222222 2222 7 7 0 7 55555555555555555555555 00 4 6 66 0 7 2 88 7 2222 7 22222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555 55 55 7 00 555 9 6 66 777 666666 4 77777777777777777777777 0 6 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 5555 55 55 55 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 888 11111 88888888 88888888888888 99 7777 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GT-T-CATGAT--TACATATGTA-------TTTTT----TA-TGACAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTTTAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACATAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AA--------NAACA------C-----GC--AA-----GGGAATATC-----CT-------A--TTT--------CT-----GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA------AGCG-----TTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTGGTTGCAG-AAA-TAT---GCG---G--C--A--TAATGCGC---------GTG-CGCG----AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GT-T-CATAAT--TACATATGTAC------TTTTT----TA-TGACAATTCAACCG-TAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAG--TGAACAATTTGAAAANTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AA--------CAACA------C-----GC--AA-----AGGAATATC-----CT-------A-------------CT-----GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA------AGCG-----TTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTGGTTGCAG-AAA-TAT---GCA---G--C--A--TAATG------------GTA-CGTG----AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT----AAAAT--AATATATGTAC------TTTTT----CA-TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAA--------AAACA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTC-----CT-------ATACCTTG------CTACATAGT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATC------AATGAGAAAATG-----TTTT-CAGGATTTTG-ATGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTGTTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------A----AT---A--T--------T-----ATATCTGGTGGCAG-AAA-AAT---TCT---G--T--AAATAACGTGC---------ATA-CATG----AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : T--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCC------AATGAGAAAGTG-----TTTT-CATGGTTTTG-ATGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTGTTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------A----A----------------G-----AAATA----TGCGGTAAATTAT---AAAAGTG--C--A--TACAG------------GTA-CATA----AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : atacataaggaaatattttgtcaaaaaaATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT
gi|12 : ac---T--A---------------A----AT---T--T--------G-----AAATCTGGTTGCAG-AAA-TAT---GCG---G--CAGA--TAATGTGC---------ATG-CGCG----AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACtaaatattctaattaattttcattatgaaactgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATT--TGTTGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-AT-T-C-TGA---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT-
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATC------AACTAGAAAGC------TTTTATAAGATTTCG-ATGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATG---AAA-GTATGCAAAATAATGCGTGTGCAA------CATTT----TA-TAAAAA---AACAA-TAAAtc
gi|17 : GTTGCAG-AA--TAT---GCA---G--C--AGATAATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATA
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GG-T--ATGAT--GA-----GTAA------TTTATAAAATAGTGAGAATTTTTTTT-T---AATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAA--------AAACA------T-----TT--AATACATGAGAATATC-----AT-------AAATTT--------TT-----GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAAAGAATCA---------AT-----GAA--------AA------GGTG-----TTTT-CATGATTTTG-AAGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTGTTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------A----A----A--TTG------G-----AAATCTGGTTGTAG-AAA-TAT---GTG---G--CAGA--TAATGC-----------GGA-TGTGCA--AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GT-T-CATAAT--TATATATGT--------TTTTT----TA-TGACAATTCAACC----------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AA--------CAACA------T-----GC--AA-----AG-------------T-------A-------------CT-----GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCAT----TTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTGGTTGCAA-AAT-TAT---G-A---G--T--A--TAAT--------------TA-AGTG----AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GT-T-CATAAT--TATATATGT--------TTTTT----TA-TGACAATTCAACC----------------------TTAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AA--------CAACA------T-----GC--AA-----AG-------------T-------A-------------CT-----GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCAT----TTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTGGTTGCAA-AAT-TAT---G-A---G--T--A--TAAT--------------TA-AGTG----AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : AT--TCCATGTGTACCATTAATTTTT----TA-C-ACTATGAAAACACTAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AA--------TAACATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATC-----CT-------AATTTTTTATCAAACC-----GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GAGTGGA-----------------------------------------------CG-A--ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTGTTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------A----AT---T--T--------C-----AAATCTGGTTGCAG-AAA-TATTTGGCA---GGTC--A--TGAGC------------ATG-CGCC----AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-AT-T-C-TGA---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttg--------ATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAATGAGAA------AG-G-----GTTAATGGAATTTCG-ATGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTA----AT---A--T--------G-----ACTTCTAGTTGCCA-AAA-TAT---GCA---GTTT--A--TAATGCGC---------ATG-CATG----AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgatacatatgggaatatctacacctttgccaaacagaTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATC------AA------aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTGTTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------G----AT---ATTT--------GTATTCAAATCTGGTTGCAG-AAA-TAT---GCG---G--C--A---AATA------------AT----CA----AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAtgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAA-----AACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATACCGATACCTTTGCCCAA-------------CA-----GA--------ATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACC------AA------TGAGAAATCTTTCACAGCATATCG-ATGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------A----ATACAA--T--------G-----AAACCTGGTTGCAG-AAA-TAT---GTG---G--T--A--TAAaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T-----GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAATGAGAA------AGCG-----TTTT-CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-ATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-G------C-----------A-TGCGAAA-----------CAC---TTAG---------------ATTTTGT---A--TTCAAATTCA-----AAATCTAGTTGCAG-AAA-TAT---GCA---G--CAGA--TAATGTGC---------ATG-CGTG----AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaatgtgcatccatgaataac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1111 222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 111111 444444444444444444444 111111 2222222 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 1 1 888888888888 66 1 3 1 5 99 5 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1 0 11 6 3 1 6 4444 6 000000000 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 0 55 555 4 3 44 222 000000 000000 666666666666666666666 1 4 3 3 2 2 000000 2 44 99999 1 55 1111111 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666 999999 0 55 555555555555555555555555 0 333333333 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . .. . . ............................................................... .. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. ... ...... ...... ..................... . . . . . . ...... . .. ..... . .. ....... .. .................................................................................................. ............... ...... . .. ........................ . ......... ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 0 0 666666666666 11 2 6 0 7 88 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 4 6 66 0 8 0 7 2222 7 333333333 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 7 00 555 9 6 66 777 111111 555555 777777777777777777777 6 0 0 5 6 5 555555 6 99 22222 0 44 4444444 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 666666 7 22 111111111111111111111111 7 333333333 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATGATTACATATGTA--------TTTTT----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA---G--AGCG-----TTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--AATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATGATTACATATGTA--------TTTTT----T-A------TGACAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTTTAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACATAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATC------AA------AGCG-----TTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--AATGCG-----CGTGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAAATAATATATGTA--------CTTTT----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATC------AATGAGAAAATG-----TTTT--CAGGATTTTGA-TGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--TTTT-ATTG--------------------------TTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------AAT---A--T--T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--AACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCC------AATGAGAAAGTG-----TTTT--CATGGTTTTGA-TGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT----------------CTG--------------------------TTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------AA----------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--A---CA-----GGTACATA---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT
gi|12 : ac---T--A---------------AAT---T--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--AATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACtaaatattctaattaattttcattatgaaactgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGT--TGT---GT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATC------AACTAGAAAGC------TTTT-ATAAGATTTCGA-TGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATGAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--AATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAgtatgcaaaataatgcgtgtgcaacattttataaaaaaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATGATGA-----GTA--------ATTTA----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAAAGAATCA---------AT-----GAA--------AA------GGTG-----TTTT--CATGATTTTGA-AGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTATTT--ATTG--------------------------TTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------AA----A--TTGG-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--AATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|20 : AA--------TA------C-----AC--AA-----GGGAATATCC--TAAA----T---TT------TT------GTTGA-----ACAGTA
gi|21 : actgttaataaatagtgaaataataaatcgtaaaaaacatttTATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-Ata
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT---------TTTTT----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCA-----TTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--AAT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATAATTATATATGT---------TTTTT----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATC------AA------AGCA-----TTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--AAT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ATTCCATGTGTACCATTAATTTTTTACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GAGTGGAC-----GAATC------AA------GGC------T--------GGTT---A-TGA----------------AATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--TTATTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------AAT---T--T--C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--CATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TGA-TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAATGAGAA------AG-G-----GTTA-ATGGAATTTCGA-TGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--AATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATC------AA------aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--TTTTCATTG--------------------------TTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------GAT---ATTT--GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAAA--T--AAT--------------CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAtgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACC------AA------TGAGAAATCTTTC-ACAGCATATCGA-TGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------AATACAA--T--G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAAATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATC------AATGAGAAAGCG-----TTTT--CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TTTTTATTGTTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTAT-T------C-----------A--------------------------------------------AAT---T--C--A-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--C--AGAT--AATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 111111111 3333333333 1111111111111111 555555555555555555555555555 11 1111 222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111 55555555555555555555555555 111111 2222222 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 3 1 888888888888 66 1 3 2 0 4 666666666 888 6 1111111111 8888888888888888 1 0 555555555555555555555555555 11 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 55 3 44 222 000000 33333333333333333333333333 1 4 3 3 2 2 000000 2 44 99999 1 55 1111111 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . . ......... ... . .......... ................ . . ........................... .. . . .. . . . . .... . ......... . .................................................................................. .. .. . .. ... .. . .. ... ...... .......................... . . . . . . ...... . .. ..... . .. ....... .. .................................................................................................. ............... ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 8 0 666666666666 11 2 6 6 1 4 888888888 000 4 4444444444 9999999999999999 0 8 000000000000000000000000000 00 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 33 6 66 777 111111 66666666666666666666666666 6 0 0 5 6 5 555555 6 99 22222 0 44 4444444 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------C------AC-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--AT---TT---------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATCA-----AT----GAG----CGTTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------C------AC-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--AT---TT---------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATCA-----A-----GAG----CGTTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAA----AT--AATATATGT-A--------CTTT--T----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------C------ACCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--ATACCTTG--------CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATCA-----AT----GAGAAAATGTTTT--CAGGATTTTGA-TGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--TTTT-ATTG--------------------------TTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------AAT---A--T--T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------T------AC-----AT--AA-----GGAAATAT--------T---TT---------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCCAATGAGA-----AAG----TGTTTT--CATGGTTTTGA-TGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT----------------CTG--------------------------TTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------AA----------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT----T---AAAT-ATTC-TA----AT--TA--------A--------TTTTCAT----T-A------TGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------AAT---T--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATT--TGTTGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATCA-----ACTAGAAAG----C-TTTT-ATAAGATTTCGA-TGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATG---AAA-GT--ATGCAAAATAATGCGTGTGCAA--------CATT--T----T-A------TAAAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATG----AT--GA-----GT-A--------ATTT--A----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------C------AT-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAAT---TT---------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAAAGAATCA---------AT-----GAA--A-----A-----G-G----TGTTTT--CATGATTTTGA-AGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTATTT--ATTG--------------------------TTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------AA----A--TTGG-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------C------AT-----GC--AA-----AG----------T--A---------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCA-----A------AG----CATTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------C------AT-----GC--AA-----AG----------T--A---------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCA-----A------AG----CATTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--TTT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ----AT--TCCATGTGT-ACCATTAATTTTT--TACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--TA-AT---TTTTTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTC-GATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GAGTGGAC-----GAATCA-----A-----G-------GCT-------GGTT---A-TGA----------------AATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--TTATTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------AAT---T--T--C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------T------AC-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--AC---CT---------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCA-----AT----GAGAAA-GGGTTA-ATGGAATTTCGA-TGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCA-----AT----GAG----aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--TTTTCATTG--------------------------TTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------GAT---ATTT--GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAAT------AC-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--AC---CT---------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACCA-----AT----GAGAAATC-TTTC-ACAGCATATCGA-TGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--TTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------AATACAA--T--G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCA-----ATGAGAAAG----CGTTTT--CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TTTTTATTGTTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTAT-T------C-----------A--------------------------------------------AAT---T--C--A-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--C--AGAT--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 111111111 3333333333 1111111111111111 555555555555555555555555555 11 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111 444444444444444444444444 111111 1111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 666666 111 3 1 888888888888 66 1 77 0 4 666666666 888 6 1111111111 8888888888888888 1 0 555555555555555555555555555 11 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 4 3 44 1 3333 2 33 333333 444444444444444444444444 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 7777 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . ...... ... . . ............ .. . .. . . ......... ... . .......... ................ . . ........................... .. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. . .... . .. ...... ........................ . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. .................................................................................................. ............... ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 888888 777 8 0 666666666666 11 2 00 1 4 888888888 000 4 4444444444 9999999999999999 0 8 000000000000000000000000000 00 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 9 6 66 4 2222 8 22 222222 111111111111111111111111 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 0000 55 55 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATCATCAACTATAN-CATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATCAAT----GA----GAAA-CGTTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATCATCAACTATAN-CATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATCAAT----GA----G----CGTTTT-ACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTCATCAACCATAA-CGTGGAAAAATGT--AAA----AT--AATATATGT-A--------CTTT--T----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATCAAT----GA----GAAAATGTTTT--CAGGATTTTGA-TGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTG--------------------------TTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------AAT---A--T--T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCCAAT----GA----GAAAGTGTTTT--CATGGTTTTGA-TGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTG--------------------------TTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------AA----------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA--ATTAACTAT-----T---AAAT-ATTC-TA----AT--TA--------A--------TTTTCAT----T-A------TGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------AAT---T--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATT--TGTTGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATCACCAACTATAT-CATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA----------TATAG-CACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATCAACTAGAAA----G----C-TTTT-ATAAGATTTCGA-TGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACCATCAACTATAC-CATG---AAA-GT--ATGCAAAATAATGCGTGTGCAA--------CATT--T----T-A------TAAAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATTCTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTATT-----CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATG----AT--GA-----GT-A--------ATTT--A----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAA--A--------------------GAATCAAT----GAAAAGG----TGTTTT--CATGATTTTGA-AGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTG--------------------------TTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------AA----A--TTGG-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATCA
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATCATCAATTATAA-CAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA------A----G----CATTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATCATCAATTATAA-CAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA------A----G----CATTTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ----AT--TCCATGTGT-ACCATTAATTTTT--TACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCAATCA---GA-----------------------------------GT-------GGA---CGA---ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------AAT---T--T--C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATCACCAACTATAT-CATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAAT----GA----GAAA-GGGTTA-ATGGAATTTCGA-TGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCAAT----GA----G----aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTG--------------------------TTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------GAT---ATTT--GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACCAAT----GA----GAAATC-TTTC-ACAGCATATCGA-TGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------AATACAA--T--G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAAT----GA----GAAAGCGTTTT--CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--T--TTTTATTGTTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTAT-T------C-----------A--------------------------------------------AAT---T--C--A-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--C--AGAT--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 111111111 3333333333 1111111111111111 555555555555555555555555555 11 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111 2222 1 111111 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 1 1 888888888888 66 1 3 2 0 4 666666666 888 6 1111111111 8888888888888888 1 0 555555555555555555555555555 11 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 4 3 44 1 0 66666666666666666 3 6666 3 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 2222 55 55 99 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . . ......... ... . .......... ................ . . ........................... .. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. . . ................. . .... . . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. . ............................................................................................. ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 0 0 666666666666 11 2 6 6 1 4 888888888 000 4 4444444444 9999999999999999 0 8 000000000000000000000000000 00 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 9 6 66 4 1 55555555555555555 5 9999 0 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 5555 55 55 55 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-CGTTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAA----AT--AATATATGT-A--------CTTT--T----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATCAATGAGAA-AATGTTTT-CAGGATTTTG-ATGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTGTTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------A----AT---A--T--------T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCCAATGAGAA-AGTGTTTT-CATGGTTTTG-ATGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTGTTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------A----A----------------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT----T---AAAT-ATTC-TA----AT--TA--------A--------TTTTCAT----T-A------TGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------A----AT---T--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGT--TGT---GT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATCAACTAGAA-A-GCTTTTATAAGATTTCG-ATGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATG---AAA-GT--ATGCAAAATAATGCGTGTGCAA--------CATT--T----T-A------TAAAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATG----AT--GA-----GT-A--------ATTT--A----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAA--A--------------------GAATCAATGAAAAGG-TGTTTT-CATGATTTTG-AAGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTGTTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------A----A----A--TTG------G-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA----TTTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA----TTTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ----AT--TCCATGTGT-ACCATTAATTTTT--TACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCA----------------------ATCA----GA-----GT------GGA---CG-A--ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTGTTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------A----AT---T--T--------C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAATGAGAA-A-GGGTTAATGGAATTTCG-ATGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTA----AT---A--T--------G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCAATGAGAA-A-aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTGTTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------G----AT---ATTT--------GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACCAATGAGAA-A-TCTTTCACAGCATATCG-ATGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------A----ATACAA--T--------G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAATGAGAA-AGCGTTTT-CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-ATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-G------C-----------A-TGCGAAA-----------CAC---TTAG---------------ATTTTGT---A--TTCAAATTCA-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 111111111 3333333333 1111111111111111 555555555555555555555555555 11 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 22222 1 111111 1111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 1 1 888888888888 66 1 3 2 0 4 666666666 888 6 1111111111 8888888888888888 1 0 555555555555555555555555555 11 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 4 3 44 1 0 00000000000000000 3 22222 3 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 7777 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . . ......... ... . .......... ................ . . ........................... .. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. . . ................. . ..... . . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. .................................................................................................. ............... ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 0 0 666666666666 11 2 6 6 1 4 888888888 000 4 4444444444 9999999999999999 0 8 000000000000000000000000000 00 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 9 6 66 4 1 22222222222222222 5 77777 0 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 0000 55 55 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAA----AT--AATATATGT-A--------CTTT--T----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATCAATGAGAA-AATGTTTT-CAGGATTTTGA-TGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTG--------------------------TTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------AAT---A--T--T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCCAATGAGAA-AGTGTTTT-CATGGTTTTGA-TGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTG--------------------------TTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------AA----------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT----T---AAAT-ATTC-TA----AT--TA--------A--------TTTTCAT----T-A------TGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------AAT---T--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGT--TGT---GT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATCAACTAGAA-A-GCTTTTATAAGATTTCGA-TGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATG---AAA-GT--ATGCAAAATAATGCGTGTGCAA--------CATT--T----T-A------TAAAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATG----AT--GA-----GT-A--------ATTT--A----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAA--A--------------------GAATCAATGAAAAGG-TGTTTT-CATGATTTTGA-AGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTG--------------------------TTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------AA----A--TTGG-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA---T-TTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA---T-TTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ----AT--TCCATGTGT-ACCATTAATTTTT--TACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCA----------------------ATCA----GA-----GT------GGA---CGA---ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------AAT---T--T--C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAATGAGAA-A-GGGTTAATGGAATTTCGA-TGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCAATGAGAA-A-aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTG--------------------------TTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------GAT---ATTT--GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACCAATGAGAA-A-TCTTTCACAGCATATCGA-TGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------AATACAA--T--G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAATGAGAA-AGCGTTTT-CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--T--TTTTATTGTTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTAT-T------C-----------A--------------------------------------------AAT---T--C--A-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--C--AGAT--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333 111 111111111111 111111111 3333333333 1111111111111111 555555555555555555555555555 11 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222 22222 1 111111 1111 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 66 00 66 0 1 1 2 222222 111 1 1 888888888888 66 1 3 2 0 4 666666666 888 6 1111111111 8888888888888888 1 0 555555555555555555555555555 11 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 4 3 44 1 0 00000000000000000 3 22222 3 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 7777 55 55 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . .. .. .. . . . . ...... ... . . ............ .. . . . . . ......... ... . .......... ................ . . ........................... .. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. . . ................. . ..... . . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. .................................................................................................. ............... ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 11 11 11 5 2 2 6 777777 777 0 0 666666666666 11 2 6 6 1 4 888888888 000 4 4444444444 9999999999999999 0 8 000000000000000000000000000 00 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 9 6 66 4 1 22222222222222222 5 77777 0 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 0000 55 55 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATT--CA-TGT---GTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGT--AAA----AT--AATATATGT-A--------CTTT--T----TCA------TAATA-TTTAACTGATAAAAATT-TGTTATTTTTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GAGGA-AT-----GAATCAATGAGAA-AATGTTTT-CAGGATTTTGA-TGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTG--------------------------TTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------AAT---A--T--T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GACGGGAT-----GACCCAATGAGAA-AGTGTTTT-CATGGTTTTGA-TGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTG--------------------------TTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------AA----------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCAT--AGT---GTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT----T---AAAT-ATTC-TA----AT--TA--------A--------TTTTCAT----T-A------TGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------AAT---T--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGT--TGT---GT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATT-----CCTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGT--TGT---GTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAAT-GT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AAGGCGAC-----AAATCAACTAGAA-A-GCTTTTATAAGATTTCGA-TGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATT--TATTGT---GTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATG---AAA-GT--ATGCAAAATAATGCGTGTGCAA--------CATT--T----T-A------TAAAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTA-T--T--CGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGT--TGT---GTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTA-T--T--CGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAA-GGT-ATG----AT--GA-----GT-A--------ATTT--A----T-AAAATAGTGAGAATTT--TT--TTTTAATTATGTTATTTTTTATAG--TGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAA--A--------------------GAATCAATGAAAAGG-TGTTTT-CATGATTTTGA-AGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTG--------------------------TTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------AA----A--TTGG-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATT--TGTTGT---GTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA---T-TTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACA-----CGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAA-GTTCATA----AT--TATATATGT----------TTTT--T----T-A------TGACAATTCAACC--T--------------------TAG--TGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG----------T--A----------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGAGGGGAT-----GAATCAA--AGCA---T-TTTTACAGGATTTCAA-TGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------GTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : ----AT--TCCATGTGT-ACCATTAATTTTT--TACACT-A------TGAAAA--CA--C--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCA----------------------ATCA----GA-----GT------GGA---CGA---ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTG--------------------------TTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------AAT---T--T--C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaact--T--TGT---GTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAA-ATTC-TG----A---TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : tttgA--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AAGGGAAT-----GAATCAATGAGAA-A-GGGTTAATGGAATTTCGA-TGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTAAT---A--T--G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCAATGAGAA-A-aattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTG--------------------------TTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------GAT---ATTT--GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GAAGAGAA-----GAACCAATGAGAA-A-TCTTTCACAGCATATCGA-TGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------AATACAA--T--G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GAGAGAAC-----GAATCAATGAGAA-AGCGTTTT-CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--T--TTTTATTGTTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTAT-T------C-----------A--------------------------------------------AAT---T--C--A-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--C--AGAT--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
blockSeqs : C TG TG AG T G T CATA AGC C A ATCTCGAGTGTC TT T A T . ATGCAAA TAA C ACCATTAAT ATAAAATAG A TTTTTTAATTATGTTATTTTTTA . T TG A G T G GAAA A AAATGTCTT A AAATCTAATACACAAGGGAATACCGATACCTTTGCCCAACAGA CC CC AA AAC A A TT G AGATGAGACGAGAT T AGTG A A A C T . T AT TAAA A TA GATT TA AT TC TTTGTATGCATGCGAAACACTTAGATTTTGTATTCA ATTTGTATTC CGGTAA CG CAGA AA C CATCATT GGGTGTCATGTTGC TGT G A C T
blockSeqs : C CA C . C A T TGTT AGC T A . TA C . G . TCATA T C AA TACACTA A ACTAAAAATTATGTTATTTTTTA . A GT A A A . . . GCC C CATTAATACACAGGGGAATATCCTAATTTTTTATCAAACCGT . . . AAT T . T C GTCCGAGGGGAT C GGTG A . G A T . C CC GT T G GAC . . TT TTTGTATGCGAAACACTTAGATTTTTGTATTTA ACAATG . CA CAGA . . TA GCGCG CTC G A A .
blockSeqs : T CG C . C A T AGTT . C G . CA T . C . TCATA T T A CATTA G AACCT . A GT T A A . . . GCC C CATTTAATACATGAGAATATCATAAATTTTTGTTGAATTGA . . . AAT T . G C GTCCGAGGGGAT T AGCG A . A A G . A CC T G A GA . . . TTTGTATTCATAATACTGAGATTTTTGTTGTTT ATTGG . TG CAGA . . TG GTGCA GTC G C T .
blockSeqs : C CA C . T A T TATT . C G . AA G . A . TCTA T T A TTA C AACCT . T TG . . T . . . GCC T TACATATGGGAATATCTACACCTTTGCCAAACAGA . . . AAT C . T C TGACGGGAT T AGC A . A C A . A AT T G A GA . . . TTTGTATGTGTAACACATAGATTTTTGTATTT TTG . TG CAGG . . CG AAGTG AGA G C T .
blockSeqs : C TG C . T G T TGTT . C G . TT T . A . TCTG T C . TTA C A . . . A A TACATAAGGAAATATTTTGTCAAAAAAT . . . AT C . T C AAAGGCGAC T AGG A . A C A . C CA T T G A . . . TTTGTATTCACAGCACTAATATTTCATA ATG . CA TTTA . . AG AAGTG AGA G G T .
blockSeqs : . TA G . T A T TGTT . T G . AA T . A . TATG T C . TTA A CATGCAAAGTACTGT . . . AT C . A C AAAGGGAAT T ATC . . A T T . T AT G T G A . . . TTTGTATGCGTAACACTTA ATG . CG CAGA . . CG GCGCC CGT A G C .
blockSeqs : . TA G . C G C TC . C A . AA T . T . TCTG . . CATGCAAAGTACTGT . . . AT T . T C AGAAGAGAA T T . . G T T . C CA T T G A . . . TTTGTAACACTTACTAGG TTC . TG CA . . TG GCATG CGC A C T .
blockSeqs : . . . T A C TC . C A . TT T . . . . . . . . CA T . A C AGAGAGAAC . T . . C A T . T AT G A G A . . . GTAGTTTCATTACTG ATG . CA TA . . TG CCATG CAC C A A .
blockSeqs : T A . TT . A A . A . . . . . AA C . A G . . G . . A C A . C . G T . . . . . GTAGTTTCATTACTG TCA . A TA . . . GCGTG TT G C T .
blockSeqs : . C . A A . A . . . T . . A . . . T . . . G . A CA . . . CA TA . C . .
blockSeqs : C . . . . TA . . . A
blockSeqCons : TGTT** NA TCTG***** A********* TTA************* AACCT********************** ** GCC****** AAT AGAGGGGAT******** AGTG* ****** GA** ** CGC
originalCons : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATT--T--CGT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCATG----AT--TACATATGT-A--------TTTT--T----T-A------TGANAATTCAACC--TAAAAATTATGTTATTTTTTATAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GAGGGGAC-----GAATCAATGAGAA-A-TGTTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
finalCons : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATTTGTT--GT---GTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAA-GTTCTG-----AT--TACATATGTA---------TTTTTTA-------------TGANAATTCAACCT----------------------TAG--TGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCAGCC------AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCAGAGGGGAT--------GAATCAATGAGAAAGTG-TTTTACAGGATTTCGA-TGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTG--------------------------TTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------AAT---A--T--G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111 1 1111 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 1 111111 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111111 11111111111111 111
lowQualScore : 0 0 4 4 00 66 0 1 1 0 9 1 1 888888888888 66 1 3 2 1 5555 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 11 6 9 1 6 4444 6 000000000 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 0 55 555 4 3 44 1 0 777777777777 33 0 5 9999 3 1 4 2 2 0 2 000000 2 44 99999 1 55 2222 55 55 99 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999 0 55 99999999 44 3 4444444 55555555555555 222 1 1 2 3 00
lowQualScore : . . . . .. .. . . . . . . . ............ .. . . . . .... . .................................................................. . . .. . . . . .... . ......... . ................................................................................... .. .. . .. ... . . .. . . ............ .. . . .... . . . . . . . ...... . .. ..... . .. .... .. .. .. . ............................................................................................. ...... . .. ........ .. . ....... .............. ... . . . . ..
lowQualScore : 7 3 5 4 11 11 5 2 2 7 8 0 0 666666666666 11 2 6 6 4 0000 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 6 66 0 6 0 7 2222 7 333333333 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 55 7 00 555 9 6 66 4 1 888888888888 22 5 7 3333 0 6 0 1 6 4 5 555555 6 99 22222 0 44 5555 55 55 55 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666 7 22 88888888 66 3 3333333 22222222222222 666 2 0 9 6 55
consensus : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATTCGTTGTGTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAAGTTC-TGAT---TATATATGT-A-------------TTTT--TT---------------ATGANAAT-TCA--ACCT---T------AGTGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCG---GA-G----GGGACGAATCAATGAGAAAGTGTTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
Reference ( family-1562 ) : TATGCCTTATTTTCGTTGATTCGTTCCTTCTCATTGATTCGTCCCCTCGAC-AATC--TCGTGGATTCCGTGCTCGCGCGACTATTTGTTGTGTCCGGATATTGTACAAGTTTTTGGACGA------------TTGTNAATC-ATCAACTATANCATGGAAAAAGTTC-TGAT---TACATATGT-A-------------TTTT--TT---------------ATGANAAT-TCA--ACCT---T------AGTGAACAATTTGAAAANTCGTTAAAACGTAATATNAAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AANAA--------CA------C-----GC--AA-----GGGAATATCC--T--A----T---TT------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATAATGGCGGATAT-TTTN-AGCAACCAATCA---GA-G----GGGATGAATCAATGAGAAAGTGTTTTACAGGATTTCG-ATGATCGAGGCCGCTTACGAAATGTAAT------ATTTTGCTGGAATCNCA-T---TTCC-GTTTGTTGA--T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A--T--A-ATGCG-----CATGCGCG---------AATCGCGCACCTTAGGGGNATGAA-TCAACGGAACAACAGCATAC
gi|1 : ATGTCTTATTCTCATCAATTCATTCTTTCGCACTGATTTATCCTCCTAAG-TATC--TCTTGGATTCCATGCTTGTGCAACTATTCAT-GTGTCCGTCTATTGTACAAGTTTT------------------------AGTC-ATCAACCATAACGTGGAAAAATGTA-AAAT---AATATATGT-A-------------CTTT--TTCATAATATTTAACTGATAAAAAT-TTGTTATTT---TTTTTAAAATGAACAATTTGAACACTTGTTAAATCATTATATGAAACA-AT----TT-GTT-----GCCCAAAAAA--------CA------CCTAATGCTTAA-----AGAAATGTCC--T--A----TACCTTG-----CTACATA-GT--------ATAGCACTGG--C--TGAAGATTC--CCATAATGGAGGGTGT-TTTT-AGCAAGCAAACC---GA-G----GA-ATGAATCAATGAGAAAATGTTTT-CAGGATTTTG-ATGAATGAGGCTGTTTACAAAATGTAATCATTGTATTTTGTGGGAATCATA-T---TTCC-ATTTGCTAA--T--T--TTT-ATTGTTTGTGT-T------T-----------G-TAAAACTTGGGTTTTTGTTGT---T--G---------------A----AT---A--T--------T-----ATATCTG------GTGGCAGAAAAATTCTG--T--AAAT--A-ACGTG-----CATACATG---------AAT-GTGCACCTTAAGGGGATGAA-TCAACAGAACAACAGCATA
gi|10 : A--------TA------C-----AT--AA-----GGAAATAT------------T---TT------GTCAAAAAAT--------ATAGAAATGG--C--TGGAGACTT--CAGTAACGGAGGATATATTTT-AGTAAGCAAACT---GA-C----GGGATGACCCAATGAGAAAGTGTTTT-CATGGTTTTG-ATGATCATGGTCATTTACAAAATGTAA-------ATTTT-------------T---TACT-GTTT------------------CTGTTTGTA--A------C-----------ACT-----------------TAC---TAGG---------------A----A----------------G-----AAATATGCGGTAAATTATAAAAGT-----G--C--A--T--ACAGGTA-----CAT----A---------AATTGTGCACCATGGTGGAA-GAATTTAACAAACCAACAGCATACtgttacaagataaattcta
gi|11 : ATGCCTTATTTTCATGGATTCATTGCTATTTATTGATTTGTTACCTCAAC-AATC--TCATGGAGACCATGCTCTTGTGACTATTCATAGTGTCCAGAAATTATACAAGTTTTTGGA-AA------------TT---AA---ATTAACTAT----T---AAATATTC-TAAT---TA--------A-------------TTTTCATT---------------ATGAAA
gi|12 : ac---T--A---------------A----AT---T--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGCG---------AATCTCGCGTCTTA-GGGAACGAA-TCAAT-GAACAACAGCATACctgcttaatataca
gi|13 : ttgtttgtatgcgcaacacttagatattttaattATACCTTATTCTCATTGGTTCGTTCCTTCTCATTCATTCATCCTCT-GATGAACT--TTGTGAATTCCGTGTTCACTTAATTATTTGTTGTGT-TGGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAAATTC-TGA----TACATATGatgtagtaaactataaataaaatatttatccacactat
gi|14 : TTGATTTATTGCTTCTCATTGATTC-----CTCGGC-AATCAGGCG-GGATTCCGTGGAAGCGCAATTATTAGTTGTGTCCTGAT-TTGTGCAAGATTCTGGACGA-------------TGTA-----------TATAGCACGAAAAATGT
gi|15 : ccaa--------ATAGTACTGA--C--TGG-GATTG--CCA-AATGGTAGATAT-TTTTTAGCAAC-AATCA---AA-G----GCGACAAATCAACTAGAAAGC-TTTTATAAGATTTCG-ATGATCGAGACAGCTTGCGAAATGTAAT------ATTTTGTTAGAaagacaatataaaaaacgata
gi|16 : gaTGCTCTTGCAACTATTTATTGTGTCCTGATAGTGTGCAAATGTTTGAGTGG------------TTGTTAACC-ATCAACTATACCATGAAAtc
gi|17 : ------GTTGCAGAA-TATGCAG--C--AGAT--A-ATGCATCATTCATGGGTGTCATGTTGCAATGTCGCACTTTAGGGGCAAGAA-TCAATGGAACAGCAGCATAgtatgcaaaataatgcgtgtgcaacattttataaaaaaacaataaa
gi|18 : TTTTCATTGATTCGTCCCATTGAC-AATT--TCGTGGACTCCATGCTTGTAAGACTATTCGTAGCGTCCGGATATTGTACACGTTGTTCGCCGA------------ATCTCAATT-CTCAataaagttactttattgtcctgaataatcctt
gi|19 : ccttaCGGTCCTTCTCATTGATTCATCCCCACAA--AAGC--TGGTGGATTCTGCGCTTGTGCAACTATTTGTTGTGTCTGGATATTTTGCAAGTTTcatagag
gi|2 : TCATAGATTCGTTCCTTCTCATTGATTTGTCCCCTCGAC-TATC--TTGTAGATTCCGTGCTCGCGCGGCTATTCGTAGCGTTCGGATATTGTACAAGTTGTTGGCCGAATCTCGAGTGTCTGGTAAAGCAAAAAAAAAAAATATGGAAAAAGGTA-TGATGAGTA-ATTTAT-AAAATAGTGAGAATTTTT--TT---------------TTAATTATGTTA--TTTTTTAT------AGTGCTCAGGTTCAAAATGCGCT-AAATGTAATATTAGATAGAT----CTAGTGAAAATGTCTTAAAAA--------CA------T-----TT--AATACATGAGAATATCA--TAAA----T---TT------TT------GTTGAATTGAATATTATCGGCCC--TG--GATTT--CCCT-ATTGTGGATAT-TTTG-AGCAA--A--------------------GAATCAATGAAAAGGTGTTTT-CATGATTTTG-AAGGTCAAGGCAGGTAACAAAATGGAAT------AATTTGCTTGAATATCAGT---TTTC--TTTGTT-A--TTAT--TT--ATTGTTTGTATGTGTAACAC-----------A-TAGATTTTTG--------TAT---T--T---------------A----A----A--TTG------G-----AAATCTG------GTTGTAGAAATATGTGG--CAGA--T--A-ATGCG-----GATGTGCA---------AATT-TGCACCTTAGGAGCTTGAA-TCATTGGAACAACAGCATAg
gi|21 : TATTTGTTGTGTTCGGATATTGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-A
gi|3 : gctcacttaactatcaaTATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACACGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAAGTTCATAAT---TATATATGT---------------TTTT--TT---------------ATGACAAT-TCA--ACCT---T------AGTGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG---TA-------------------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGA-G----GGGATGAATCAA--AGCA--T-TTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|4 : TATGCCTTATTTTCGCTAATT-GTTCCTTCTAATTGATATATCCCCTCGAG-AATC--TTGTGGATTCCATGATTGTGCAACTACACGT---GTCAGGATATTGTACAGGTTTTCGGACAA------------TTGTAAATC-ATCAATTATAACAAAGAAAAAGTTCATAAT---TATATATGT---------------TTTT--TT---------------ATGACAAT-TCA--ACCT---T------AGTGAACAATTTGAAAAGTTATTAAAACATAATGTACAACA-AT----TT-GTCA----GCC--AACAA--------CA------T-----GC--AA-----AG---TA-------------------------CT------GT--------ATAGTACTGG--C--TGGAGGTCC--CCATAATGGCAGATAT-TCTT-AGCAACCAATCGTCCGA-G----GGGATGAATCAA--AGCA--T-TTTTACAGGATTTCA-ATGATCAACAACGCTTACGAAATGAAAT------ATTTTGATGGAATCCCA-T---AGCC-ATTTGTTGA--T--T--TT--ATTGGTAGT-T-T------C-----------A-T-----------------TAC---T--G---------------A----AT---A--T--------G-----AAATCTG------GTTGCAAAATTATG-AG--T--A--T--A-AT----------TAAGTG---------AATAGAACACCTTTGGTGGATGAA-TCAACACTACAACAGCATAC
gi|5 : TATGTTA-------------TTTT--TT---------------AT--------------------------AGTGGTCAGGTTCAAAATGCACTTAAAC-TAATATTAAATA-GTGAAACT-ATCA----A----AATAA--------CATTAATAC-----AC--AG-----GGGAATATCC--T--AATTTT---TTATCAAACC------GT--------ATAGTATCGG--C--TGTGGACTTAACCAT--TGTCG-ATAT-TTTA-AGTAACCA----------------------ATCAG------AGTG--------GA---CG-A--ATCAAGGCTGGTTATGAAATGTAAC------GTTTTGCTGGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-A--T--TATTT--ATTGTTTGTAT-G------CGAAACACTTAGA-T-----------------TTT---T--GTATTTA---------A----AT---T--T--------C-----AAATCTG------GTTGCAGAAATATTTGG--C--AGGT--C-ATGAG-----CATGCGCC---------AATCGTGCACCTTAAGGACACCAA-TCAATGGAATAACAGCAT
gi|6 : aaccataattcttaatgcaataaactattccatgtgtaccattaattttttacactatgaaaacactaaaaatTTTGTTGTGTT-GGATAATGTACAAGTTTTTAGACAA------------TTGTTTATC-ACCAACTATATCATGGAAAAAATTC-TGA----TACATATGttgtattcacaaataaatctatctataatcaatgatgtccaaacagaataaaat
gi|6 : A--------TA------C-----AT--AT-----GGGAATATCTA-C--A----C---CT------TT------GCCAAACAGAATAGTACAGA--C--TGAAGATTA--CCATA-TGGTAGATAT-TTAT-AGCAACCAATCA---AA-G----GGAATGAATCAATGAGAAAG-GGTTAATGGAATTTCG-ATGATTGAGACTGCTTACAAAATGTA--------ATCTTGTTGGAATCACA-T---ATCT-GTTTGTTGAC-T--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------C-----------A-TAA---------------TAC---T--GAGATTTTTGTTGTTTA----AT---A--T--------G-----ACTTCTA------GTTGCCAAAATATGCAGTTT--A--T--A-ATGCG-----CATGCATG---------AATCGCTCCCCTTAAAGGAATGAA-TCTTTGGAACAACAGCATACggaatatctacacctttgccaaacagaatagtacagactgaagattaccatatggtagatatttatagcaaccaatcaaagggaatgaatcaatgagaaagggttaatggaatttcgatgattgagactgcttacaaaatgtaatcttgttggaatcacatatctgtttgttgacttttattgtttgtattcataatactgagatttttgttgtttaatatgacttctagttgccaaaatatgcagtttataatgcgcatgcatgaatcgctccccttaaaggaatgaatctttggaacaacagcatacaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : tttgttgtgttggataatgtacaagtttttagacaattgtttatcaccaactatatcatggaaaaaattctgTTC--CC-TA-TTGTGGATAT-TTTA-AGCAACCAATCA---GATGAGACGAGATGAATCAATGAGAAAaattagtaaatccttgataattggtacagttttccaca
gi|7 : acAGGCAGGTTACGAAATGTATT------AATTTGCTGGAATATCA-G---TTTC-GTTTGTT-A--T--T--TTTCATTGTTTGTAT-G------C-----------G-T-----------------AACACTT--A---------------G----AT---ATTT--------GTATTCAAATCTG------GTTGCAGAAATATGCGG--C--A-----A-ATA--------AT---CA---------AATTA------TTACAAGCAAGAA-TCAATGGAACAACAGCATAacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaaggcaggttacgaaatgtattaatttgctggaatatcagtttcgtttgttatttttcattgtttgtatgcgtaacacttagatatttgtattcaaatctggttgcagaaatatgcggcaaataatcaaattattacaagcaagaatcaatggaacaacagcataaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|8 : acttccctattgtggatattttaagcaaccaatcagatgagacgagatgaatcaatgagaaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggaACATAAAACA-GT----TT-GTCA----GCC--AAAAAAAATCTAATA------C-----AC--AA-----GGGAATA-CCGAT--A----C---CT------TT------GCCCAACAGAATATTACTGG--C--TGGAGATTC--CCATCA-GTCGGATAT-TTTA-ACCAACAAATCA---GA-A----GAGAAGAACCAATGAGAAA-TCTTTCACAGCATATCG-ATGATCCAGGCCACTTATTAACTTAAAT------ATTTTATTGCAATCACA-TAAATACCTATTTGTTGATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-T------CACAGCACTAATA-T-----------------TTCA--T--A---------------A----ATACAA--T--------G-----AAACCTG------GTTGCAGAAATATGTGG--T--A--TAAA-ATGTG-----CATCCATG---------AATaaagcttctaaattgtttattacgctacagagtgtttttttcaca
gi|9 : T------GT--------ATAGTATGGG--CCCTGGACTTCC--CCAAAA--G-GAATAT-TTTA-AACAAGCAATCA---GA-G----AGAACGAATCAATGAGAAAGCGTTTT-CATGATTTTGAATG-TCAAGACTGCT-----------AT------ATTTTGCTAGAATATCA-G---TTTT-GTTTGTT-ATTT--T--TT--ATTGTTTGTAT-G------C-----------A-TGCGAAA-----------CAC---TTAG---------------ATTTTGT---A--TTCAAATTCA-----AAATCTA------GTTGCAGAAATATGCAG--CAGA--T--A-ATGTG-----CATGCGTG---------AATCACGTACCTTAGGGGCATGAA-TCAATGGAACAGCAGCATACaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACTGTTAATAAATAGTGAAATAATAAATCGTAAAAAACATTTAATACACAAGGGAATATCCTAAATTTTTGTTGAACAGTATA