lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 22222222222222 111 8888888888888888888888888888888888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 1111 1 88888888888888888888888888888888888 11 1
lowQualScore : 9 33 8 66 888 4 555 0 11111111111111 2 222 2 6666 0000000000000000000000000000000000 2 2 0 2 777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 88 2222 0 5 5 0 77777777777777777777777777777777777 00 3 2
lowQualScore : . .. . .. ... . ... . .............. . ... . .... .................................. . . . . ... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ ...... .. .... . . . . ................................... .. . .
lowQualScore : 0 88 0 99 888 2 000 1 22222222222222 4 888 4 9999 5555555555555555555555555555555555 5 5 1 5 333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 00 1111 7 7 1 1 66666666666666666666666666666666666 88 0 8
consensus : AAACATATATNA-ATATAA-TTT---GATAA---CTTTTT-A---TTCAA----ATAATCCAAAG-GGC-TTA-AAAGCCCAT---GAGGACACAAGCA-GATACATATATACATNATATG-C-------GACA-A-TACAATTTTCA-A---ATG-----------T----AA--------T---------A---------AG--------------AAC----GAA-----C-C-GGTAT-CATAA-T--A---T--CTA---------T----GTNA---T-G--------TTG------T--AAA----T---A----TA---A-T-TAT--C--CA--AA-A-GTNAATACAATGCATAAC-CATTTAACA-GA----ATNC-GTT-ACA--A-TAATA-A----GTN--AAT-----TACG----ATTTAAAATAAATTGTGCCATT-GTTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCA------A-CAATAA-CCAT-----TTTATA--T-----TTACTC------GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATAATAT----A---ATNT--ATA-NACCT-NATTT---G-ATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( gi|3 ) : AAACATACATGA-ATATAA-CTT---GACAA---CTTTTT-T---TTCAT----ATAATCCAAAG-GTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCA-GATACATATATATATCATATGGT-------GACA-A-TACAATTTTCA-A---ATG-----------T----AA--------T---------A---------AG--------------AAT----GAA-----T-C-GGTAT-CATAA-T--A---T--CTA---------T----GTAA---T-G--------TTC------T--AAA----T---A----TA---A-T-TCT--C--CA--AA-A-GTCTGTACAGTGCATAAC-CATTTAACA-GA----GTTA-GTT-ACA--A-TAATA-A----GTC--AATC--CTTATG----ATTTCAGATAAATTGTGCCATT-ATTTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCA------A-AAATAA-CT-T-----TTTATGTGTT----TTACTC------GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATGATA-----A---ATGT--ATA-AAGCG-AATTT---C-ATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|13 : AAACATATA--ATATATAA---T---GATGA---CTTTTT-A---TGGAA----GTGATTCAAAG-GGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACAAACA-AATA---------ATTATATAAC-------GACA-A-CATAATTTTCA-A---ATG-----------A----AA--------T---------A---------AG--------------AA------------------GTAT-CATAG-TA-A---T--ATA---------T----ACAA-----G--------TTG------A--AAA----G---A----CA---A-T---------CA--AA-ATATATG-ATAACGC--AACTTATTTAGCACGA----G
gi|16 : cattttaacccatctctaaccgaatgAAACATTAATAA-A-ATGA-TAT---GACA--------TT-A---TTCAA----ATAATCCAAAG-GGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACAA-------ACATATATACAACATA---T-------GACA-A-TACATTTTTCA-A---ACG-----------TTATCAA--------TGTTTAACA-A---------AG--------------AAA----AAAAGT--T-CAGGTAT-CATAACT--A---T--
gi|11 : atgtATATTA-AT-TAT-TTT---GATAA---CGTTTT-A---CCCAG----ATAACCCGACGTGT--TTA-AAACTCCTT---AAGAACACAAGCA-AATA----TATACGTCATATCAC-------GGCA-A-TCTAATTTTCA-A---ATG-----------T----AA--------T---------A---------TGTGTTTGATACC---AAA----GTA-----T-C-GGTA--CATAA-T--A---C--CCC---------C----GCCG-----G--------TGG------T--AAA----TAAAA----TA---A-T-GC---C--CA--AA-G-GTA-ATCCAGTGTAAAGC-CATCTAATA-TG----ATTA-ATTCACATCA-TAAtcaggctgtggacatacttatacaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaGA-ATATGT-TTTAT-GATAA---CTTTTT-A---TTCAA----ATAATCCAAAG-GGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATAA-------ACATATATACATAATA---T-------GACA-A-TACATTGTTCA-A---ATGAGATTAATGTTT----AA--------C---------A---------AA--------------AAG----TAA-----TAC-AATGT--ATAA-TC-A---T--TTGACAAAACATT----ATAA---T-A--------GTT------T--AAA----T---A----CA---A-T-T
gi|10 : tatgtcaaacctggaaagcacatggttatatga-ATAAAA-TTTC--GAGAA---CTTTAT-T-----CAA----ATAATCCAAAG-AGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACAAACATAATTCATATACAT-TAAAA-----------GACA-T-TTCATTTTTCA-A---ACG-----------T----AA--------TCAATGTTTAA---------AA--------------AAA----GTG-----C-C-GGTAT-CATAG-T--A---T--CTA---------T----ATCA---G-G--------CTG------T--GGA----C---A----TA---C-T-T--------A--AA-C-ATTAATACAATACTTAAT-CACTTAtaaaataaattgccataaaatagtgaaacacgtta
gi|17 : gtcaacaaattgcatattTATAA-TTTT--GATTA---CTTTTT-A---AATAT----ATAACACAAAG-TTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACAAGCA-GA-A---ATATACATTATACGAC-------GACG-A-TACAATGTTCA-A---ATC-----------T----A-------------------A---------AA--------------AAT----G---------CGGGTAT-CATAT-C--A---T--CTA---------T----TTTC---TGG--------TTG------T--AGA----T---A----T------T-TAT--C--Ctgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|2 : tATAA-CTT-----TAATCCCATTTT-A---TTCAG----AAAATCCAAAG-GAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACAAAAA-TAAACATGTATACATAATATAAC-------GAAA-A-TATAATTTTCA-A---ATG-----------C----AA--------T---------A---------AATACTTAATAACTAAAAT----GTG-----C-T-GGTAT-CATAA-T--ACAAT--TTA---------TTGATGTAA---T-G--------TTG------T--AAA----T---A----TA---G-T-TAT--C--CC--AACA-GTAAACACAATGCATAAC-CATTTAACG-TA----GTAC-GTT-TCA--A-TA-TA-A----CTA--AATA----TATA----A----AGATTAATTGTGCCATT-GTTT-TTGTT-CTGTCA---CAGAGAATGCA------A-CAATAA-CCAT-----TTTATA----------ATTC------GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATGATA-----T---ATATCAATA-AA-CT-TGTTT---T-ATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAca
gi|20 : ctgtgATAA-CTTCTTGATAA---CCTTTT-A---TTCAA----ATAATCCAAAG-GAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGC-GAT--ATATACATACTA-----T-------GACA-A-TGCAATTTTCA-A---ATG-----------TC---AA--------T---------taattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|22 : ataatgattactttgATAA-CTT---GATAA---CGTTTA-T---T-CAG----ATAACCCAAAG-GGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGGg
gi|15 : cgATAAGTTT---GATAA---TCTTTT-A---TTCAT----ATAACCCAAAG-AGC-TTACAAAA---AT---GAG-------------TCC-----TGCATTATATGAC-------GACA-CCTAAAGTTTTCA-ACGGATG-----------C----AT--------T---------T---------TG--------------AAC----AAAAAGTGC-C-GGTAT-CTTAT-T--A---T--CTT---------T----GTAA---T-G--------TTT------TAGAAA----T---A----TGT--A-T---T--C--CA--AT-G-GTTAATACACTGCATA
gi|21 : gttgAA-CTTT--GATAA---CTTTTT-A---TTCAG----ATAATCCAAAG-GGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACA---T-GATACATGCATG----ATATGGC-------GGCA-A-TACAATTTTCA-ttataacatactgcacctt
gi|4 : TT---GACAA---CTTTCTAT---TTAAA----AT-GTCCAAAA-GGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACCAGCA-ACTA------------------T-------GACA-A-TAAAACTTTCA-A---ATG-----------T----AATAAATGTTT---------A---------AA--------------AACATTAGAA-----TACAAGTAT-CATAG-T--A---T--CTT---------T----GTCAGGCT-GTGGACACTTTCATCCCAT--AAA----T---A----TA---A-----T--A--CA--A-------TGCACA-TGAATAAT-CATTTAACA-AAACAGGTTATGAT-ATA--A-CTATACA----GTTTAAATA--C--AT------TTTAAAATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG-----GTCA---CGGAGAAGGCA------G-CAATAATCA-C-----TTTA---ACA----TTACTCT-----G--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAACGGCA
gi|5 : ct---GATAA---CTTTAT-TA--TTTAA----ATATTCGAAAG-GGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACAAAT--GAT--------------TATG----------ACA-A-TGCAATTTTCA-A---ATG-----------T----AA--------T---------ACATGTTTTAAC--------------AAA----AAA---------AGTAT-TATAT-A--A---T--CTA---------T----GTTA---G-G--------CTA------TGGAAACATGT---A----TA---A-----------CA--AA-ATGTTGATACAACGTATAAA-CAATTAACA-GA----ACAT-GTT-ATA--A-T-ATA-A----CTA--AAATAGTTTAAGTTCAATTTCAACTAAATGCTGCTATT-G--CGCTGT---GGTGA---CGGGGAGGGC-------------AA-CC-C-----TTACCATATTAACATTGCTC------GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCA
gi|1 : AA---CTTTTT-TAGATTTATTCCAATAACCGAAAG-CGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACAA-------ACGTGTATG---CATACTGT-------GACA-A-TACATTTTTC--------G-----------T----AA--------T-------------------------------------C----GA--------C-G-TA--AATAA-TGTA---T--TTA---------T----GTCA---G-G--------CTG------T--GAA----A---A----TA---C-C-TAT--C--CAGAAA-A-GTTAGTATAGTATATAAT-CATAAAACA-GA----ACAC-GTT-ATA--ACTAAAACA----GTTTAAAT------ACA----ATTTAAAATAAATTGTG--------TTGTTGTGTTTGTCGTCCCGGAGAAG-CA------A-CAATAA-TT-T-----TTT-----TA----TTACTC------GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATATA---ATTT--ATA-GACCT-TATTT---G-ATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGATTT-ATGA
gi|19 : atgatcgtTTTA-T---ATCA-----ATATTCCAAAT-GGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC--GTA-T-TA-ATATAAACATTACATGCT-------GACA-A-TATAATTTTCA-A---ATG-----------T----AA--------G---------A---------AGTGCTAAAC------AAC----AAA----------GTAT-CATAA-T--G---T--CTT---------T----CTAA---aatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|18 : atttcataaatg----ACAATCCAAAG-GAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACAG-------ACATGTTTATATAATA---T-------GACA-A-TATATTTTTCACA---AAG-----------T----GG--------T--------------------------------------------G-----C-T-GCTAT-TATAA-T--T---T--GTA---------T----GACA---G-G--------CTG------T--GGG----C---A----TA---T-T-TAT--CAAAA--AA-A-GTAAATACAATGCATAA
gi|6 : tttatctaaG-GAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACAAACA-TATGAAT-TATACATTATATGTTTTTTTCTAACGTA-TTCAATCATTA-AC--A------------------AA--------C---------A---------AA--------------AA-----GTA-------C-GATGT-CATAA-C--A---T--CTA---------T----GTCA---G-G--------TTG------T--GGA----T---A----TACGTACT-TAT--C--CA--AACATGTTAATACTACGCATAAT-TATTTCAGA-GA----ATAT-GTC-AAA--ACTAA-A-AGAGTGTA--AA------TACA----ATTTAAAATTATTTGTGTCATT-G-TTGTTGTTGATGTCC---CGGAGACGGCATTTTATA-AAAT-A-CT-T-----
gi|12 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttattTATACATAA-T--A---TGACAA---------T----ACAT---T-G--------TTC---------AAA----T---GAGATTA---A-TGTTTAAC--AA--AA-A-GTA-ATACAATGTATAAT-CATTTGACA-AA----AC---ATT-ATA--A-TAGT--------TT--AAA-----TACA----ATTTAAAATAAAT--TGCCATatattagcaaaagtaacag
gi|14 : tatgtcaaacctggaaagcacatggttatatgagaatatgttttatgataactttttattcaaataatccaaagggcttaaaatcgtatgaggacataaacataAACACATCTAACA-GA-----TTA-AT--ACA--A-T-----------TT--AA----CATATG----------GA------GTGCCGTT-GTTT--TAGTTCTGTCG---TGGCGAA--CG------A-AACCAA-CCAT-----TTTAT-TGTT----TTGTTTTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACAATGGT---A---AT-T--ATA-TACC----CTT---G-ATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGaaaatagtgaaacacgtta
gi|7 : ctacaaacgaTT-GTTT-TTGTTTTTG-----------AAGGCA------ACAAGTAG-CC-TACCATTTTATA----------ACTT------GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATAATAT----ACATATAT--ATA-TATAT-AATTT---G-ATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGattta
gi|8 : aaacagtttaaatatagtttgaaatattCA---CGGAGACGGCA------T-CAACAT-CCAT-----TCTAT----------TACTT------GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATGGTA-----G---TTTT--ACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATCTGTCTCCAAGATAGGTAAATCATTTTAGTTGAACTATATATCTTTATAAATGTACTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGATTCGCAAGTTTTAACATATTTGGCCTGGTCCGACAATTTATTTTAATATAGTTTATTCTCAAAGTATTAAATGATTCACATTCTAAAATAATATGAGATTAATCTTCTACAACATTTCAGTGGTTAAAGGTTACGATTCGATCATTTATAGGTAATCTGTTCAGTCTATTCCGTCTTCCCGCCTCTATTTGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111111111 5555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1111111111111111 111111 1 222222222222 33333333333333 11 1111 1111 1111 55555555555555 1 1111 1111 222222 1 11111
lowQualScore : 1 666 3 99 11111111111111111 2 2 2 2 333 9999999999999999999999999999999999999 2 2 2 33 2 444 999999999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 999999 5555 1 22 2 33 5 9999999999999999 33 333 8888 77 3 000000 4 66 5 0 77 0 000000000000 66 55555555555555 5 0 0 11 77 00 2222 2222 1 0 5 0000 0 99999999999999 0 0000 5 3 1 4444 666666 7 1 5 2 66666 0 5 1
lowQualScore : . ... . .. ................. . . . . ... ..................................... . . . .. . ... ......... ...................................................... ...... .... . .. . .. . ................ .. ... .... .. . ...... . .. . . .. . ............ .. .............. . . . .. .. .. .... .... . . . .... . .............. . .... . . . .... ...... . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 555 3 00 66666666666666666 4 4 2 2 999 7777777777777777777777777777777777777 4 4 4 22 4 444 111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000000 7777 0 99 9 99 3 2222222222222222 99 777 1111 66 3 555555 4 33 7 4 99 0 999999999999 00 44444444444444 0 4 2 66 00 88 8888 2222 1 1 0 6666 4 66666666666666 0 6666 0 4 9 2222 222222 5 0 3 1 44444 3 7 4
consensus : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCA-ATACAT--ATATACATNATAT-G-C--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------T---------AAG-----------AAC----GA--A------CCG-GTATCATAA--T---ATCT----ATGTCAG-GCTG-T--GGACATA---N-TTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAATGC------ATAAC-CATTTAACAGAACANGTT-ACA--A-TA-----ATA-AG-T-TAA-----NTA----CAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( family-1490 ) : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAT---GAGGACACAAGCAGATACAT--ATATACATNATAT-G-C--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------T---------AAG-----------AAC----GA--A------CCG-GTATCATAA--T---ATCT----ATGTNAT-GTTG-T--AAATATA---A-TTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAATGC------ATAAC-CATTTAACAGAATNCGTT-ACA--A-TA-----ATA-AG-T-NAA-----TTA----CGATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATA----ATA-TA---ATNTATANACCTNATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
gi|1 : TAACT---------TTTTTAGAT-TTAT-TCCAATAACCGAAAGCGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACAA------ACGT--GTATGCATA--CT-G-T--------GACA-A-TACATTT-TT--C--------G----T----AA--------T-------------------------C----G---A------C---GTA-AATAATGT---ATTT----ATGTCAG-GCTG-T--GAAAATA---C-CTA-T--C--CAGAA-A-A-G--T-TAGT-ATAGTAT------ATAAT-CATAAAACAGAACACGTT-ATA--ACTA-----AAACAGTT-TAA-----ATA----CAATTTAAA-ATAAATTGTG--------TTGTTGTGTTTGTCGTCCCGGAGAA-GCAACAA-TA----ATTTTTTTA------------TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATA-TA---ATTTATAGACCTTATTT----GATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGA-TTTATGA
gi|10 : atgatcgATATTA---TAAAA-TTTC-GAGAACT---------T-------T---AT-TCAAATAATCCAAAGAGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACAAAC--ATA-ATTCATATACATTAAA----A--------GACA-T-TTCATTT-TT--CA-A---ACG----T----AA--------TCAATGTTTAAAA-----------AAA----GT--G------CCG-GTATCATAG--T---ATCT----ATATCAG-GCTG-T--GGACATA---C-TT-----------AA-A-C-A--T-TAAT-ACAATAC------TTAAT-CACTTAaatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|11 : gtcaacaaattgcATATTA--AT-TAT-TTT--GATAACG---------T-------T-TTAC-CCAGATAACCCGACGTGT-TTA-AAACTCCTT---AAGAACACAAGCAAATA------TATACGTCATATCA-C--------GGCA-A-TCTAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------T---------ATGTGTTTGATACCAAA----GT--A------TCG-GTA-CATAA--T---ACCC----CCGCCG--GTGG-T--AAATAAA---A-TAA-TGCC--C--AA-A-G-G--T--AAT-CCAGTGT------AAAGC-CATCTAATATGATTAATTCACATCA-TA-----Atgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaTATATGAGAATATGT-TTTATGATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATAA------ACAT--ATATACATAATAT------------GACA-A-TACATTG-TT--CA-A---ATGAGATT----AA--------T-----------GTTT--------AAC----AA--A-------AA-GTAATACAA--T---GTAT----A-ATCAT--TTGAC--AAA-AC----A-TTA-T--------AA-T-A-GTTT-AAAT-ACAAT
gi|13 : tatgtcaaacctggaaagcacatggtAAACATATAATA---TATAA-T----GATGACT---------T-------T-TTAT-GGAAGTGATTCAAAGGGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACAAACAAATA-----------ATTATATAA-C--------GACA-A-CATAATT-TT--CA-A---ATG----A----AA--------T---------AAG-----------AA--------------------GTATCATAG--TA--ATAT----ATACAA--GTTG-A--AAAGACA---A-T---------C--AA-A-A----T-ATATGATAACGC--------AACTTATTTAGCAttaaaataaattgccataaaatagtgaaacacgtta
gi|14 : cattttaacccatctctaaccgaatg-TA-----ACA-GA-T-TAA-----T-A----CAATTTAAC-ATATGGAGTGCCGTTG-TTT--TAGTTCTGTCG---TGGCGAACGAAAC---CA----ACCATTTTA-TTGTTTTGTT-TTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACA----ATGGTA---AT-TATATACCC---TT----GATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGcgag
gi|15 : ctacaaacgaaacacatcATAAGTTT--GATAATC---------T-------T-TTAT-TCATATAACCCAAAGAGC-TTACAAAA---AT---GAG------------TCC-------TGCATTATAT-GAC--------GACA-CCTAAAGTT-TT--CA-ACGGATG----C----AT--------T---------TTG-----------AAC----AA--AAAGTG-CCG-GTATCTTAT--T---ATCT----TTGTAAT-GTTT-T--AGAAATA---T-GTATT--C--C--AA-T-G-G--T-TAAT-ACACTGC------ATAattta
gi|16 : gttgAAACATTAATAA--A-ATGA-TAT--GACA----------------------TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACAA------ACAT--ATATACAACATAT-G-----------ACA-A-TACATTT-TT--CA-A---ACG----TTATCAA--------TGTTTAACA-AAG-----------AAA----AA--AAGTT--CAG-GTATCATAA--------CT----AT-TCAG-GCTG-T--GGACATA---C-TTA-T--A--C--AA-ttataacatactgcacctt
gi|17 : atgtTATAA-TTTT-GATTACT---------T-------T-TTAA-ATATATAACACAAAGTTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACAAGCAGA-A-----ATATACATTATAC-GAC--------GACG-A-TACAATG-TT--CA-A---ATC----T----A-------------------AAA-----------AAT----G----------CGG-GTATCATAT--C---ATCT----ATTTTCTGGTTG-T--AGATAT------TTA-T--C--C--
gi|18 : t-------T-TTAT-CTAAACAATCCAAAGGAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACAG------ACAT--GTTTATATAATAT------------GACA-A-TATATTT-TT--CACA---AAG----T----GG--------T----------------------------------G------CTG-CTATTATAA--T---TTGT----ATGACAG-GCTG-T--GGGCATA---T-TTA-T--CAAA--AA-A-A-G--T-AAAT-ACAATGC------ATAAca
gi|19 : A-TTT--CATAAAT---------G-------T-TTATATCAA-TATTCCAAATGGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC--GTAT-TA-AT--ATAAACATTACAT-G-CT-------GACA-A-TATAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------G---------AAGTGCTAAAC---AAC----AA--A----------GTATCATAA--T---GTCT----
gi|2 : T--GATAACTTTAATCCCAT-------T-TTAT-TCAGAAAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACAAAAATAAACAT--GTATACATAATATAA-C--------GAAA-A-TATAATT-TT--CA-A---ATG----C----AA--------T---------AAATACTTAAT---AAC----TA--AAATGTGCTG-GTATCATAA--TACAATTTATTGATGTAAT-GTTG-T--AAATATA---G-TTA-TC-C--C--AA-C-A-G--T-AAAC-ACAATGC------ATAAC-CATTTAACGTAGTACGTT-TCA--A-T------ATA-AC-T-AAA-----T--------ATATAAAGATTAATTGTGCCATTG-TTT-TTG-TTCTGTCA---CAGAGAATGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-----------ATTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATG----ATA-TAT--ATCAATAAA-CTTGTTT----TATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAttctaa
gi|20 : ctgTT--GATAACC---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGCGATATAT--ACATAC----TAT------------GACA-A-TGCAATT-TT--CA-A---ATG----TC---AA--------T---------taattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|21 : ataatgattactttgataacttc-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAGATAATCCAAAGGGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACATG-------AT--ACATGCATGATATGG-C--------GGCA-A-TACAATT-TT--CA-g
gi|22 : aacATAA-CTT--GATAACG---------T-------T-T-AT-TCAGATAACCCAAAGGGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGG
gi|3 : cgAAACATACATGA--ATATAA-CTT--GACAACT---------T-------T-TTTT-TCATATAATCCAAAGGTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCAGATACAT--ATATATATCATAT-GGT--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------T---------AAG-----------AAT----GA--A------TCG-GTATCATAA--T---ATCT----ATGTAAT-GTTC-T--AAATATA---A-TTC-T--C--C--AA-A-A-G--T-CTGT-ACAGTGC------ATAAC-CATTTAACAGAGTTAGTT-ACA--A-TA-----ATA-AG-T-CAATCC--TTA----TGATTTCAG-ATAAATTGTGCCATTA-TTTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCAAAAA-TA----ACT-TTTTA-TGTGT----T-TTACTC-GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATG----ATA--A---ATGTATAAAGCGAATTT----CATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|4 : -TTT--GACAACT---------T-------T-CTAT-TTAAAATGTCCAAAAGGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACCAGCA---AC-T--AT-----------------------GACA-A-TAAAACT-TT--CA-A---ATG----T----AATAAATGTTT---------AAA-----------AACATTAGAATA------CAA-GTATCATAG--T---ATCT----TTGTCAG-GCTG-T--GGACACT---T-TCA-T--C--C--CATA-A-A--TATAAT-ACAATGCACATGAATAAT-CATTTAACAAAACAGGTT-ATG--A-TATAACTATACAGTT-TAA-----ATA----CATTTTAAA-ATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG-----GTCA---CGGAGAAGGCAGCAA-TA----ATCACTTTA--A-------CATTACTCTG--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAA
gi|5 : c--GATAACT---------T-------TATTAT-TTAAATATTCGAAAGGGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACAA------------------ATGAT-T-A-T--------GACA-A-TGCAATT-TT--CA-A---ATG----T----AA--------T---------ACATGTTTT-----AAC----AA--A------AAAAGTATTATAT--A---ATCT----ATGTTAG-GCTA-TGGAAACATG------TA-T--AA-C--AA-A-ATG--T-TGAT-ACAACGT------ATAAA-CAATTAACAGAACATGTT-ATA--A-TA------TA-AC-T-AAAATAGTTTAAGTTCAATTTCAA-CTAAATGCTGCTATTG-C--GCTGTG---GTGA---CGGGGAGGGCAACCC-TT----ACCATATTAACA-------T-T-GCTC-GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCAcggca
gi|6 : GGAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACAAACATATGAAT---TATACATTATAT-G-TTTTTTTCTAACGTA-TTCAATCATTAACA-A---AC----------AA--------A---------AAG-----------TAC----GA--------------TGTCATAA--C---ATCT----ATGTCAG-GTTG-T--GGATATACGTACTTA-T--C--C--AA-ACATG--T-TAAT-ACTACGC------ATAAT-TATTTCAGAGAATATGTC-AAA--ACTA-----AAAGAG-TGTAA-----ATA----CAATTTAAA-ATTATTTGTGTCATTG--TTGTTGTTGATGTCC---CGGAGACGGCA
gi|7 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttatt-T-TAA-----ATA----TAGTTTGAA-ATA--TT------TTG-TTT-TTGTTTTTG-----------AAGGCAACAAGTAGCCTACCATTTTA-TA-----------ACTT-GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATA----ATA-TACATATATATATATATAATTT----GATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGttttataaaatacttatattagcaaaagtaacag
gi|8 : aaacagtCA---CGGAGACGGCATCAA-CA----TCCATTCTA-T-----------TACTT-GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATG----GTAGTT---TTACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
gi|9 : gtacacttatttcaaaaatagtaatttatcataaattaagataaattgTATATATCT---TT-----ATAAATGTA-CTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGatttttatgtgaatttgttcggtcttgtcaagtaatacgttttaatatattccttcttagatcaaaattcacataaaaaaacaaacaaaaaagtcacctcttaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111111111 555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111 333333333333333 1111 222222222222 1111 1111 55555555555555 1 1111 1111 222222 1 11111
lowQualScore : 1 666 3 99 11111111111111111 2 2 2 2 5555 2 000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 33 2 444 999999999 5555555555555555555555555555555555555555555 666666 5555 2 2 0 6666 2 444 77777 33 333 8888 77 3 555 999999 000000 88888 1 2 66 8 333333333333333 4 3333 1 4 555 222222222222 2222 1 0 5 0000 0 99999999999999 0 0000 5 3 1 4444 666666 7 1 5 66666 0 5 1
lowQualScore : . ... . .. ................. . . . . .... . ....................................... . . . .. . ... ......... ........................................... ...... .... . . . .... . ... ..... .. ... .... .. . ... ...... ...... ..... . . .. . ............... . .... . . ... ............ .... . . . .... . .............. . .... . . . .... ...... . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 555 3 00 66666666666666666 4 4 2 2 9999 4 999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 22 4 444 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999 333333 7777 9 9 1 1111 4 999 11111 99 777 1111 66 3 888 666666 666666 11111 0 2 11 9 444444444444444 4 1111 0 4 444 444444444444 2222 1 1 0 6666 4 66666666666666 0 6666 0 4 9 2222 222222 5 0 7 44444 3 7 4
consensus : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------AAGT----------AAC----GAA------CCG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTAT--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACA-G---AACACGTTACA--A-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( family-1490 ) : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------AAG-----------AAC----GAA------CCG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTAT--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACA-G---AACANGTTACA--A-TA--------ATA-AG-T-TAA---NTACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
gi|1 : TAACT---------TTTTTAGAT-TTAT-TCCAATAACCGAAAGCGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACA-A--------ACGT--GTATGCATA--CT-G-T--------GACA-A-TACATTT-TT--C--------G----T----AAT-------------------------C----G-A------C---GTA-AATAATGT---ATTT----A-TGT-CAGGCTGTGA----AAATA--CCTAT--C--CAGAA-A-A-G--T-TAGT-ATAGT---AT------ATAA----T-CATAAAACA-G---AACACGTTATA--ACTA--------AAACAGTT-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTG--------TTGTTGTGTTTGTCGTCCCGGAGAA-GCAACAA-TA----ATTTTTTTA------------TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATA-TA---ATTTATAGACCTTATTT----GATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGA-TTTATGA
gi|10 : atgatcgATATTA---TAAAA-TTTC-GAGAACT---------T-------T---AT-TCAAATAATCCAAAGAGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACA-AAC--AT--A-ATTCATATACATTAAA----A--------GACA-T-TTCATTT-TT--CA-A---ACG----T----AATCAATGTTTAAAA-----------AAA----GTG------CCG-GTATCATAG--T---ATCT----A-TAT-CAGGCTGTGG----ACATA--CTT----------AA-A-C-A--T-TAAT-ACAAT---AC------TTAA----T-CACTTAaatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|11 : gtcaacaaattgcATATTA--AT-TAT-TTT--GATAACG---------T-------T-TTAC-CCAGATAACCCGACGTGT-TTA-AAACTCCTT---AAGAACACA-AGCA-A-----AT--ATATACGTCATATCA-C--------GGCA-A-TCTAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------ATGTGTTTGATACCAAA----GTA------TCG-GTA-CATAA--T---ACCC----C-CGC-C-GGTGGTAA----ATAAA--ATAATGCC--C--AA-A-G-G--T--AAT-CCAGT---GT------AAAG----C-CATCTAATATG---ATTAATTCACATCA-TA--------Atgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaTATATGAGAATATGT-TTTATGATAACT---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATA-A--------ACAT--ATATACATAATAT------------GACA-A-TACATTG-TT--CA-A---ATGAGATT----AAT-----------GTTT--------AAC----AAA-------AA-GTAATACAA--T---GTAT----A--AT-CA---T-TTG----ACAAAACATTAT--------AA-T-A-GTTT-AAAT-ACAATTTAAA------ATAAATTGC-CATAAAATA-GTGAAACACGTTA
gi|13 : tatgtcaaacctggaaagcacatggtAAACATATAATA---TATAA-T----GATGACT---------T-------T-TTAT-GGAAGTGATTCAAAGGGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACA-AACA-A-----AT--A-----ATTATATAA-C--------GACA-A-CATAATT-TT--CA-A---ATG----A----AAT---------AAG-----------AA------------------GTATCATAG--T---A-AT----A-TATACAAGTTGAAA----AGACA--AT--------C--AA-A-A----T-ATATGATAAC---GC--------AA----CTTATTTAGCA-
gi|14 : cattttaacccatctctaaccgaatgAACG-A---AACACATC-------TA--------ACA-GA-T-TAA----TACAATTTAAC-ATATGGAGTGCCGTTG-TTT--TAGTTCTGTCG---TGGCGAACGAAAC---CA----ACCATTTTA-TTGTTTTGTT-TTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACA----ATGGTA---AT-TATATACCC---TT----GATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGcgag
gi|15 : ctacaATAAGTTT--GATAATC---------T-------T-TTAT-TCATATAACCCAAAGAGC-TTACAAAA---AT---GAG-------------T--CC-------TGCATTATAT-GAC--------GACA-CCTAAAGTT-TT--CA-ACGGATG----C----ATT---------TTG-----------AAC----AAAAAGTG-CCG-GTATCTTAT--T---ATCT----T-TGT-AATGTTTTAG----AAATA--TGTATT-C--C--AA-T-G-G--T-TAAT-ACACT---GC------ATAattta
gi|16 : gttgAAACATTAATAA--A-ATGA-TAT--GACA----------------------TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACA-A--------ACAT--ATATACAACATAT-G-----------ACA-A-TACATTT-TT--CA-A---ACG----TTATCAATGTTTAACA-AAG-----------AAA----AAAAGTT--CAG-GTATCATAA--------CT----A-T-T-CAGGCTGTGG----ACATA--CTTAT--A--C--AA-ttataacatactgcacctt
gi|17 : atgtTATAA-TTTT-GATTACT---------T-------T-TTAA-ATATATAACACAAAGTTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACA-AGCA-G-----AA--ATATACATTATAC-GAC--------GACG-A-TACAATG-TT--CA-A---ATC----T----A-----------AAA-----------AAT----G--------CGG-GTATCATAT--C---ATCT----ATTTT-CTGGTTGTAG------ATA--TTTAT--C--C--
gi|18 : t-------T-TTAT-CTAAACAATCCAAAGGAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACA-G--------ACAT--GTTTATATAATAT------------GACA-A-TATATTT-TT--CACA---AAG----T----GGT--------------------------------G------CTG-CTATTATAA--T---TTGT----A-TGA-CAGGCTGTGG----GCATA--TTTAT--CAAA--AA-A-A-G--T-AAAT-ACAAT---GC------ATAA----ca
gi|19 : A-TTT--CATAAAT---------G-------T-TTATATCAA-TATTCCAAATGGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC---GTA-TT--A-AT--ATAAACATTACAT-G-CT-------GACA-A-TATAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAG---------AAGTGCTAAAC---AAC----AAA----------GTATCATAA--T---GTCT----
gi|2 : T--GATAACTTTAATCCCAT-------T-TTAT-TCAGAAAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACA-AA-A-ATAAACAT--GTATACATAATATAA-C--------GAAA-A-TATAATT-TT--CA-A---ATG----C----AAT---------AAATACTTAAT---AAC----TAAAATGTGCTG-GTATCATAA--TACAATTTATTGA-TGT-AATGTTGTAA----ATATA--GTTATC-C--C--AA-C-A-G--T-AAAC-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACG-T---AGTACGTTTCA--A-T---------ATA-A--C-TAA---ATATA---TAAAGATTAATTGTGCCATTG-TTT-TTG-TTCTGTCA---CAGAGAATGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-----------ATTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATG----ATA-TAT--ATCAATAAACTT-GTTT----TATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAttctaa
gi|20 : ctgTT--GATAACC---------T-------T-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGCG-AT--ATAT--ACATAC----TAT------------GACA-A-TGCAATT-TT--CA-A---ATG----TC---AAT---------taattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|21 : ataatgattactttgataacttc-TTT--GATAACT---------T-------T-TTAT-TCAGATAATCCAAAGGGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACA-TG---------AT--ACATGCATGATATGG-C--------GGCA-A-TACAATT-TT--CA-g
gi|22 : aacATAA-CTT--GATAACG---------T-------T-T-AT-TCAGATAACCCAAAGGGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGG
gi|3 : cgAAACATACATGA--ATATAA-CTT--GACAACT---------T-------T-TTTT-TCATATAATCCAAAGGTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCAGAT--ACAT--ATATATATCATAT-GGT--------GACA-A-TACAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------AAG-----------AAT----GAA------TCG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-AATGTTCTAA----ATATA--ATTCT--C--C--AA-A-A-G--T-CTGT-ACAGT---GC------ATAA----C-CATTTAACA-G---AGTTAGTTACA--A-TA--------ATA-AG-T-CAATCCTTATGATTTCAG-ATAAATTGTGCCATTA-TTTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCAAAAA-TA----ACT-TTTTA-TGTGT----T-TTACTC-GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATG----ATA--A---ATGTATAAAGCGAATTT----CATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|4 : -TTT--GACAACT---------T-------T-CTAT-TTAAAATGTCCAAAAGGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACC-AGCA-AC------------------TAT-G-----------ACA-A-TAAAACT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------AAATGTTTAAA---AACATTAGAATA----CAA-GTATCATAG--T---ATCT----T-TGT-CAGGCTGTGG----ACACT--TTCAT--C--C--CATA-A-A--TATAAT-ACAAT---GCACATGAATAA----T-CATTTAACA-A---AACAGGTTATG--A-TATAACT---ATACAGTT-TAA---ATACATTTTAAA-ATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG-----GTCA---CGGAGAAGGCAGCAA-TA----ATCACTTTA--A-------CATTACTCTG--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAA
gi|5 : c--GATAACT---------T-------TATTAT-TTAAATATTCGAAAGGGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACA-A--------------------ATGAT-T-A-T--------GACA-A-TGCAATT-TT--CA-A---ATG----T----AAT---------ACATGTTTT-----AAC----AAA------AAAAGTATTATAT--A---ATCT----A-TGT-TAGGCTATGG----AAACA--TGTAT--AA-C--AA-A-ATG--T-TGAT-ACAAC---GT------ATAA----A-CAATTAACA-G---AACATGTTATA--A-TATAACTAAAATA-GT-T-TAA---GTTCAATTTCAA-CTAAATGCTGCTATTG-C--GCTGTG---GTGA---CGGGGAGGGCAACCC-TT----ACCATATTAACA-------T-T-GCTC-GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCAcggca
gi|6 : GGAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACA-AACATAT--GAAT---TATACATTATAT-G-TTTTTTTCTAACGTA-TTCAATCATTAACA-A---AC----------AAA---------AAG-----------TAC----GA------------TGTCATAA--C---ATCT----A-TGT-CAGGTTGTGGATATACGTA--CTTAT--C--C--AA-ACATG--T-TAAT-ACTAC---GC------ATAA----T-TATTTCAGA-G---AATATGTCAAA--ACTA--------AAAGAG-TGTAA---ATACAATTTAAA-ATTATTTGTGTCATTG--TTGTTGTTGATGTCC---CGGAGACGGCA
gi|7 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttatt-T-TAA---ATATAGTTTGAA-ATA--TT------TTG-TTT-TTGTTTTTG-----------AAGGCAACAAGTAGCCTACCATTTTA-TA-----------ACTT-GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATA----ATA-TACATATATATATATATAATTT----GATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGttttataaaatacttatattagcaaaagtaacag
gi|8 : aaacagtA--A-TA--------GTA-AT-T-TA----TCATAAATTAAG-ATAAATTG-----------------------CA---CGGAGACGGCATCAA-CA----TCCATTCTA-T-----------TACTT-GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATG----GTAGTT---TTACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
gi|9 : gtacacttatttcaaaTATATATCT---TT-----ATAAATGTA-CTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGatttttatgtgaatttgttcggtcttgtcaagtaatacgttttaatatattccttcttagatcaaaattcacataaaaaaacaaacaaaaaagtcacctcttaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111 5555555555 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111 444444444444444444 1111 11 1111 1111 1111 55555555555555 1 1111 1111 222222 1 11111
lowQualScore : 1 666 3 99 000000000 2 2 2 2 5555 2 0000000000 444 2 88888 2 0 444 5555 2 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666 5555 2 2 0 6666 2 444 2 44444 33 333 8888 77 3 555 999999 000000 888 0 44 333333333333333333 5 1111 2 5 0 0 11 77 00 2222 2222 1 0 5 0000 0 99999999999999 0 0000 5 3 1 4444 666666 7 1 5 66666 0 5 1
lowQualScore : . ... . .. ......... . . . . .... . .......... ... . ..... . . ... .... . .... .......................................................... ...... .... . . . .... . ... . ..... .. ... .... .. . ... ...... ...... ... . .. .................. . .... . . . . .. .. .. .... .... . . . .... . .............. . .... . . . .... ...... . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 555 3 00 777777777 4 4 2 2 9999 4 8888888888 000 6 44444 4 9 444 3333 5 3333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 7777 9 9 1 1111 4 999 9 33333 99 777 1111 66 3 888 666666 666666 888 2 44 444444444444444444 0 0000 2 0 4 2 66 00 88 8888 2222 1 1 0 6666 4 66666666666666 0 6666 0 4 9 2222 222222 5 0 7 44444 3 7 4
consensus : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAA-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( family-1490 ) : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTACAA-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
gi|1 : T-TTAT-TCCAATAACCGAAAGCGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACA-A--------ACGT--GTATGCATA--CT-G-T-GACAA-TACATTTTTC-------G----T-A----AT---------------------------C----G-A-----------C-----------GTA-AATAATGT---ATTT----A-TGT-CAGGCTGTGA----AAATA--CCTA-T--C--CAGAA-A-A-G--T-TAGT-ATAGT---AT------ATAA----T-CATAAAACAG---AACACGTTATAACTA--------AAACAGTT-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTG--------TTGTTGTGTTTGTCGTCCCGGAGAA-GCAACAA-TA----ATTTTTTTA------------TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATA-TA---ATTTATAGACCTTATTT----GATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGA-TTTATGA
gi|10 : atgatcgtaacttttttagaATATTA---TAAAA-TTTC-GAGAACT---------TT---AT-TCAAATAATCCAAAGAGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACA-AAC--AT--A-ATTCATATACATTAAA----A-GACAT-TTCATTTTTCAA---ACG----T-A----ATC-------AATGTTT----------AAA----AAAAGTG-------C--------CG-GTATCATAG--T---ATCT----A-TAT-CAGGCTGTGG----ACATA--CTT-----------AA-A-C-A--T-TAAT-ACAAT---AC------TTAA----T-CACTTAaatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|11 : gtcaacaaattgcATATTA--AT-TAT-TTT--GATAACG---------TT-TTAC-CCAGATAACCCGACGTGT-TTA-AAACTCCTT---AAGAACACA-AGCA-A-----AT--ATATACGTCATATCA-C-GGCAA-TCTAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------TG----TGTTTGATACCAAA----GTA-----------T--------CG-GTA-CATAA--T---ACCC----C-CGC-C-GGTGGTAA----ATAAA--ATAA-TGCC--C--AA-A-G-G--T--AAT-CCAGT---GT------AAAG----C-CATCTAATAtgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaTATATGAGAATATGT-TTTATGATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATA-A--------ACAT--ATATACATAATAT-----GACAA-TACATTGTTCAA---ATGAGATT-A----ATG-------TT----T----------AAC----AAA--------------------AA-GTAATACAA--T---GTAT----A--AT-CA---T-TTG----ACAAAACATTA-T--------AA-T-A-GTTT-AAAT-ACAATTTAAA------ATAAATTGC-CATAAAATAGTGAAACACGTTAtgattaattcacatcataa
gi|13 : tatgtcaaacctggaaagcacatggtAAACATATAATA---TATAA-T----GATGACT---------TT-TTAT-GGAAGTGATTCAAAGGGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACA-AACA-A-----AT--A-----ATTATATAA-C-GACAA-CATAATTTTCAA---ATG----A-A----ATA-------AG---------------AA-------------------------------GTATCATAG--T---A-AT----A-TATACAAGTTGAAA----AGACA--AT---------C--AA-A-A----T-ATATGATAAC---GC--------AA----CTTATTTAGCA
gi|14 : cattttaacccatctctaaccgaatgAACGA---AACACATC-----TA--------ACA-GA-T-TAA----TACAATTTAAC-ATATGGAGTGCCGTTG-TTT--TAGTTCTGTCG---TGGCGAACGAAAC---CA----ACCATTTTA-TTGTTTTGTT-TTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACA----ATGGTA---AT-TATATACCC---TT----GATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGcgag
gi|15 : ctacaATAAGTTT--GATAATC---------TT-TTAT-TCATATAACCCAAAGAGC-TTACAAAA---AT---GAG-------------T--CC-------TGCATTATAT-GAC-GACACCTAAAGTTTTCAACGGATG----C-A----TTT-------TG---------------AAC----AAAAAGTG------C--------CG-GTATCTTAT--T---ATCT----T-TGT-AATGTTTTAG----AAATA--TGTATT--C--C--AA-T-G-G--T-TAAT-ACACT---GC------ATAattta
gi|16 : gttgAAACATTAATAA--A-ATGA-TAT--GACA---------------TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACA-A--------ACAT--ATATACAACATAT-G----ACAA-TACATTTTTCAA---ACG----T-T----ATC-------AA----TGTTT------AAC----AAAGAAAAAAAGTTC--------AG-GTATCATAA--------CT----A-T-T-CAGGCTGTGG----ACATA--CTTA-T--A--C--AA-ttataacatactgcacctt
gi|17 : atgtTATAA-TTTT-GATTACT---------TT-TTAA-ATATATAACACAAAGTTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACA-AGCA-G-----AA--ATATACATTATAC-GAC-GACGA-TACAATGTTCAA---ATC----T-A----AAA-------AA----T-----------GC----G-----------------------G-GTATCATAT--C---ATCT----ATTTT-CTGGTTGTAG------ATA--TTTA-T--C--C--
gi|18 : tT-TTAT-CTAAACAATCCAAAGGAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACA-G--------ACAT--GTTTATATAATAT-----GACAA-TATATTTTTCAC---A---------------A-------AG----T----------GGT----G-------------C--------TG-CTATTATAA--T---TTGT----A-TGA-CAGGCTGTGG----GCATA--TTTA-T--CAAA--AA-A-A-G--T-AAAT-ACAAT---GC------ATAA----ca
gi|19 : A-TTT--CATAAAT---------GT-TTATATCAA-TATTCCAAATGGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC---GTA-TT--A-AT--ATAAACATTACAT-G-CTGACAA-TATAATTTTCAA---ATG----T-A----AGA-------AG----TGCTAAAC---AAC----AAA-----------------------GTATCATAA--T---GTCT----
gi|2 : T--GATAACTTTAATCCCATT-TTAT-TCAGAAAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACA-AA-A-ATAAACAT--GTATACATAATATAA-C-GAAAA-TATAATTTTCAA---ATG----C-A----ATAAATACTTAA----T----------AAC----TAAAATGTG-----C--------TG-GTATCATAA--TACAATTTATTGA-TGT-AATGTTGTAA----ATATA--GTTA-TC-C--C--AA-C-A-G--T-AAAC-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACGT---AGTACGTTTCAA-T---------ATA-A--C-TAA---ATATA---TAAAGATTAATTGTGCCATTG-TTT-TTG-TTCTGTCA---CAGAGAATGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-----------ATTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATG----ATA-TAT--ATCAATAAACTT-GTTT----TATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAttctaa
gi|20 : ctgTT--GATAACC---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGCG-AT--ATAT--ACATAC----TAT-----GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----TCA----ATtaattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|21 : ataatgattactttgataacttc-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAGATAATCCAAAGGGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACA-TG---------AT--ACATGCATGATATGG-C-GGCAA-TACAATTTTCAg
gi|22 : aacATAA-CTT--GATAACG---------TT-T-AT-TCAGATAACCCAAAGGGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGG
gi|3 : cgAAACATACATGA--ATATAA-CTT--GACAACT---------TT-TTTT-TCATATAATCCAAAGGTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCAGAT--ACAT--ATATATATCATATGG-T-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG---------------AAT----GAA-----------T--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-AATGTTCTAA----ATATA--ATTC-T--C--C--AA-A-A-G--T-CTGT-ACAGT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AGTTAGTTACAA-TA--------ATA-AG-T-CAATCCTTATGATTTCAG-ATAAATTGTGCCATTA-TTTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCAAAAA-TA----ACT-TTTTA-TGTGT----T-TTACTC-GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATG----ATA--A---ATGTATAAAGCGAATTT----CATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|4 : -TTT--GACAACT---------TT-CTAT-TTAAAATGTCCAAAAGGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACC-AGCA-AC------------------TAT-G----ACAA-TAAAACTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AA----TGTTTAAA---AACATTAGAATA---------C--------AA-GTATCATAG--T---ATCT----T-TGT-CAGGCTGTGG----ACACT--TTCA-T--C--C--CATA-A-A--TATAAT-ACAAT---GCACATGAATAA----T-CATTTAACAA---AACAGGTTATGA-TATAACT---ATACAGTT-TAA---ATACATTTTAAA-ATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG-----GTCA---CGGAGAAGGCAGCAA-TA----ATCACTTTA--A-------CATTACTCTG--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAA
gi|5 : c--GATAACT---------TTATTAT-TTAAATATTCGAAAGGGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACA-A--------------------ATGAT-T-A-T-GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------CA----TGTTTT-----AAC----AAA-----------A--------AAAGTATTATAT--A---ATCT----A-TGT-TAGGCTATGG----AAACA--TGTA-T--AA-C--AA-A-ATG--T-TGAT-ACAAC---GT------ATAA----A-CAATTAACAG---AACATGTTATAA-TATAACTAAAATA-GT-T-TAA---GTTCAATTTCAA-CTAAATGCTGCTATTG-C--GCTGTG---GTGA---CGGGGAGGGCAACCC-TT----ACCATATTAACA-------T-T-GCTC-GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCAcggca
gi|6 : GGAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACA-AACATAT--GAAT---TATACATTATAT-G-T-T-----T----TTTTCTA---ACG----T-ATTCAATC-------AT----T----------AAC----AAA-----------CAAAAAGTACG-ATGTCATAA--C---ATCT----A-TGT-CAGGTTGTGGATATACGTA--CTTA-T--C--C--AA-ACATG--T-TAAT-ACTAC---GC------ATAA----T-TATTTCAGAG---AATATGTCAAAACTA--------AAAGAG-TGTAA---ATACAATTTAAA-ATTATTTGTGTCATTG--TTGTTGTTGATGTCC---CGGAGACGGCA
gi|7 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttatt-T-TAA---ATATAGTTTGAA-ATA--TT------TTG-TTT-TTGTTTTTG-----------AAGGCAACAAGTAGCCTACCATTTTA-TA-----------ACTT-GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATA----ATA-TACATATATATATATATAATTT----GATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGttttataaaatacttatattagcaaaagtaacag
gi|8 : aaacagtCA---CGGAGACGGCATCAA-CA----TCCATTCTA-T-----------TACTT-GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATG----GTAGTT---TTACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
gi|9 : gtacacttatttcaaaaatagtaatttatcataaattaagataaattgTATATATCT---TT-----ATAAATGTA-CTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGatttttatgtgaatttgttcggtcttgtcaagtaatacgttttaatatattccttcttagatcaaaattcacataaaaaaacaaacaaaaaagtcacctcttaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111 5555555555 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111 444444444444444444 1111 11 1111 1111 1111 55555555555555 1 1111 1111 222222 1 11111
lowQualScore : 1 666 3 99 000000000 2 2 2 2 5555 2 0000000000 444 2 88888 2 0 444 5555 2 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666 5555 2 2 0 6666 2 444 2 44444 33 333 8888 77 3 555 999999 000000 888 0 22 333333333333333333 5 1111 2 5 0 0 11 77 00 2222 2222 1 0 5 0000 0 99999999999999 0 0000 5 3 1 4444 666666 7 1 5 66666 0 5 1
lowQualScore : . ... . .. ......... . . . . .... . .......... ... . ..... . . ... .... . .... .......................................................... ...... .... . . . .... . ... . ..... .. ... .... .. . ... ...... ...... ... . .. .................. . .... . . . . .. .. .. .... .... . . . .... . .............. . .... . . . .... ...... . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 555 3 00 777777777 4 4 2 2 9999 4 8888888888 000 6 44444 4 9 444 3333 5 3333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 7777 9 9 1 1111 4 999 9 33333 99 777 1111 66 3 888 666666 666666 888 2 88 444444444444444444 0 0000 2 0 4 2 66 00 88 8888 2222 1 1 0 6666 4 66666666666666 0 6666 0 4 9 2222 222222 5 0 7 44444 3 7 4
consensus : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAA-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( family-1490 ) : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAA-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
gi|1 : T-TTAT-TCCAATAACCGAAAGCGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACA-A--------ACGT--GTATGCATA--CT-G-T-GACAA-TACATTTTTC-------G----T-A----AT---------------------------C----G-A-----------C-----------GTA-AATAATGT---ATTT----A-TGT-CAGGCTGTGA----AAATA--CCTA-T--C--CAGAA-A-A-G--T-TAGT-ATAGT---AT------ATAA----T-CATAAAACAG---AACACGTTATAACTA--------AAACAGTT-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTG--------TTGTTGTGTTTGTCGTCCCGGAGAA-GCAACAA-TA----ATTTTTTTA------------TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATA-TA---ATTTATAGACCTTATTT----GATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGA-TTTATGA
gi|10 : atgatcgtaacttttttagaATATTA---TAAAA-TTTC-GAGAACT---------TT---AT-TCAAATAATCCAAAGAGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACA-AAC--AT--A-ATTCATATACATTAAA----A-GACAT-TTCATTTTTCAA---ACG----T-A----ATC-------AATGTTT----------AAA----AAAAGTG-------C--------CG-GTATCATAG--T---ATCT----A-TAT-CAGGCTGTGG----ACATA--CTT-----------AA-A-C-A--T-TAAT-ACAAT---AC------TTAA----T-CACTTAaatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|11 : gtcaacaaattgcATATTA--AT-TAT-TTT--GATAACG---------TT-TTAC-CCAGATAACCCGACGTGT-TTA-AAACTCCTT---AAGAACACA-AGCA-A-----AT--ATATACGTCATATCA-C-GGCAA-TCTAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------TG----TGTTTGATACCAAA----GTA-----------T--------CG-GTA-CATAA--T---ACCC----C-CGC-C-GGTGGTAA----ATAAA--ATAA-TGCC--C--AA-A-G-G--T--AAT-CCAGT---GT------AAAG----C-CATCTAATAtgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaTATATGAGAATATGT-TTTATGATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATA-A--------ACAT--ATATACATAATAT-----GACAA-TACATTGTTCAA---ATGAGATT-A----ATG-------TT----T----------AAC----AAA--------------------AA-GTAATACAA--T---GTAT----A--AT-CA---T-TTG----ACAAAACATTA-T--------AA-T-A-GTTT-AAAT-ACAATTTAAA------ATAAATTGC-CATAAAATAGTGAAACACGTTAtgattaattcacatcataa
gi|13 : tatgtcaaacctggaaagcacatggtAAACATATAATA---TATAA-T----GATGACT---------TT-TTAT-GGAAGTGATTCAAAGGGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACA-AACA-A-----AT--A-----ATTATATAA-C-GACAA-CATAATTTTCAA---ATG----A-A----ATA-------AG---------------AA-------------------------------GTATCATAG--T---A-AT----A-TATACAAGTTGAAA----AGACA--AT---------C--AA-A-A----T-ATATGATAAC---GC--------AA----CTTATTTAGCA
gi|14 : cattttaacccatctctaaccgaatgAACGA---AACACATC-----TA--------ACA-GA-T-TAA----TACAATTTAAC-ATATGGAGTGCCGTTG-TTT--TAGTTCTGTCG---TGGCGAACGAAAC---CA----ACCATTTTA-TTGTTTTGTT-TTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACA----ATGGTA---AT-TATATACCC---TT----GATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGcgag
gi|15 : ctacaATAAGTTT--GATAATC---------TT-TTAT-TCATATAACCCAAAGAGC-TTACAAAA---AT---GAG-------------T--CC-------TGCATTATAT-GAC-GACACCTAAAGTTTTCAACGGATG----C-A----TTT-------TG---------------AAC----AAAAAGTG------C--------CG-GTATCTTAT--T---ATCT----T-TGT-AATGTTTTAG----AAATA--TGTATT--C--C--AA-T-G-G--T-TAAT-ACACT---GC------ATAattta
gi|16 : gttgAAACATTAATAA--A-ATGA-TAT--GACA---------------TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACA-A--------ACAT--ATATACAACATAT-G----ACAA-TACATTTTTCAA---ACG----T-T----ATC-------AA----TGTTT------AAC----AAAGAAAAAAAGTTC--------AG-GTATCATAA--------CT----A-T-T-CAGGCTGTGG----ACATA--CTTA-T--A--C--AA-ttataacatactgcacctt
gi|17 : atgtTATAA-TTTT-GATTACT---------TT-TTAA-ATATATAACACAAAGTTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACA-AGCA-G-----AA--ATATACATTATAC-GAC-GACGA-TACAATGTTCAA---ATC----T-A----AAA-------AA----T-----------GC----G-----------------------G-GTATCATAT--C---ATCT----ATTTT-CTGGTTGTAG------ATA--TTTA-T--C--C--
gi|18 : tT-TTAT-CTAAACAATCCAAAGGAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACA-G--------ACAT--GTTTATATAATAT-----GACAA-TATATTTTTCAC---A---------------A-------AG----T----------GGT----G-------------C--------TG-CTATTATAA--T---TTGT----A-TGA-CAGGCTGTGG----GCATA--TTTA-T--CAAA--AA-A-A-G--T-AAAT-ACAAT---GC------ATAA----ca
gi|19 : A-TTT--CATAAAT---------GT-TTATATCAA-TATTCCAAATGGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC---GTA-TT--A-AT--ATAAACATTACAT-G-CTGACAA-TATAATTTTCAA---ATG----T-A----AGA-------AG----TGCTAAAC---AAC----AAA-----------------------GTATCATAA--T---GTCT----
gi|2 : T--GATAACTTTAATCCCATT-TTAT-TCAGAAAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACA-AA-A-ATAAACAT--GTATACATAATATAA-C-GAAAA-TATAATTTTCAA---ATG----C-A----ATAAATACTTAA----T----------AAC----TAAAATGTG-----C--------TG-GTATCATAA--TACAATTTATTGA-TGT-AATGTTGTAA----ATATA--GTTA-TC-C--C--AA-C-A-G--T-AAAC-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACGT---AGTACGTTTCAA-T---------ATA-A--C-TAA---ATATA---TAAAGATTAATTGTGCCATTG-TTT-TTG-TTCTGTCA---CAGAGAATGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-----------ATTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATG----ATA-TAT--ATCAATAAACTT-GTTT----TATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAttctaa
gi|20 : ctgTT--GATAACC---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGCG-AT--ATAT--ACATAC----TAT-----GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----TCA----ATtaattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|21 : ataatgattactttgataacttc-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAGATAATCCAAAGGGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACA-TG---------AT--ACATGCATGATATGG-C-GGCAA-TACAATTTTCAg
gi|22 : aacATAA-CTT--GATAACG---------TT-T-AT-TCAGATAACCCAAAGGGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGG
gi|3 : cgAAACATACATGA--ATATAA-CTT--GACAACT---------TT-TTTT-TCATATAATCCAAAGGTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCAGAT--ACAT--ATATATATCATATGG-T-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG---------------AAT----GAA-----------T--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-AATGTTCTAA----ATATA--ATTC-T--C--C--AA-A-A-G--T-CTGT-ACAGT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AGTTAGTTACAA-TA--------ATA-AG-T-CAATCCTTATGATTTCAG-ATAAATTGTGCCATTA-TTTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCAAAAA-TA----ACT-TTTTA-TGTGT----T-TTACTC-GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATG----ATA--A---ATGTATAAAGCGAATTT----CATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|4 : -TTT--GACAACT---------TT-CTAT-TTAAAATGTCCAAAAGGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACC-AGCA-AC------------------TAT-G----ACAA-TAAAACTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AA----TGTTTAAA---AACATTAGAATA---------C--------AA-GTATCATAG--T---ATCT----T-TGT-CAGGCTGTGG----ACACT--TTCA-T--C--C--CATA-A-A--TATAAT-ACAAT---GCACATGAATAA----T-CATTTAACAA---AACAGGTTATGA-TATAACT---ATACAGTT-TAA---ATACATTTTAAA-ATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG-----GTCA---CGGAGAAGGCAGCAA-TA----ATCACTTTA--A-------CATTACTCTG--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAA
gi|5 : c--GATAACT---------TTATTAT-TTAAATATTCGAAAGGGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACA-A--------------------ATGAT-T-A-T-GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------CA----TGTTTT-----AAC----AAA-----------A--------AAAGTATTATAT--A---ATCT----A-TGT-TAGGCTATGG----AAACA--TGTA-T--AA-C--AA-A-ATG--T-TGAT-ACAAC---GT------ATAA----A-CAATTAACAG---AACATGTTATAA-TATAACTAAAATA-GT-T-TAA---GTTCAATTTCAA-CTAAATGCTGCTATTG-C--GCTGTG---GTGA---CGGGGAGGGCAACCC-TT----ACCATATTAACA-------T-T-GCTC-GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCAcggca
gi|6 : GGAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACA-AACATAT--GAAT---TATACATTATAT-G-T-T-----T----TTTTCTA---ACG----T-ATTCAATC-------AT----T----------AAC----AAA-----------CAAAAAGTACG-ATGTCATAA--C---ATCT----A-TGT-CAGGTTGTGGATATACGTA--CTTA-T--C--C--AA-ACATG--T-TAAT-ACTAC---GC------ATAA----T-TATTTCAGAG---AATATGTCAAAACTA--------AAAGAG-TGTAA---ATACAATTTAAA-ATTATTTGTGTCATTG--TTGTTGTTGATGTCC---CGGAGACGGCA
gi|7 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttatt-T-TAA---ATATAGTTTGAA-ATA--TT------TTG-TTT-TTGTTTTTG-----------AAGGCAACAAGTAGCCTACCATTTTA-TA-----------ACTT-GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATA----ATA-TACATATATATATATATAATTT----GATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGttttataaaatacttatattagcaaaagtaacag
gi|8 : aaacagtCA---CGGAGACGGCATCAA-CA----TCCATTCTA-T-----------TACTT-GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATG----GTAGTT---TTACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
gi|9 : gtacacttatttcaaaaatagtaatttatcataaattaagataaattgTATATATCT---TT-----ATAAATGTA-CTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGatttttatgtgaatttgttcggtcttgtcaagtaatacgttttaatatattccttcttagatcaaaattcacataaaaaaacaaacaaaaaagtcacctcttaa
blockSeqs : T GAA G AT TTAATCCCA A A G C TGTA C AAATAAAC TCA T CAC C CGG AGAT C TTCA CAATGTTTAACAAAGAAAAAAAGTTCAG TACA ATTG T A ATAT C ACA T GCC . TA GTT AT G TTA ACATGA ATTGC TGA TC TATAACTAAAATAGT G TCCT A G CC AT GT GTTC G C G GCCT TTGTTTTGTTTT T TGTA A T G . TACAT C T A AATCG T G
blockSeqs : G A . T . . . . . T . GCAGATAC A C AAC . . . . . AAATACTTAATAACTAAAATGTGCTG T . . . . T C . CAA . AC TG T . . . CT . AC TATAACTATACAGT . A A . CC T GC TTTC A T . . TGTGTTTT T . . T T . GTA G A A G . T
blockSeqs : T A . . . . . . . T . ACATATGA A A GAC . . . . . AAATGTTTAAAAACATTAGAATACAA T . . . . C A . CC . A TG A . . . T . AT CTAAAAGAG . A T . CC T GT TTGA A G . . ACATT . . . T A . TAT A A A T . T
blockSeqs : A A . . . . . . . T . GCGATAT A T GAC . . . . . ATGTGTTTGATACCAAAGTATCG T . . . . G A . AA . A A A . . . C . AT TAACAGA . G A . CT T T TTTT A G . . ACATT . . . A T . GTT A T . C . T
blockSeqs : G . . . . . . . . T . GTATTA A T GCT . . . . . CAATGTTTAAAAAAAGTGCCG T . . . . A T . C . T G T . . . C . AA TAATAAG . A A . CT C G TTC A G . . TA . . . T T . A . A . G . T
blockSeqs : . . . . . . . T . ACATA A C AAC . . . . . CATTAACAAACAAAAAGTACG T . . . . C C . A . A G A . . . C . . TATAA . A G . TC T T TG C G . . TA . . . . A T . . . T
blockSeqs : . . . . . . . C . GCAAC G T GGC . . . . . ACATGTTTTAACAAAAAAA C . . . . C T . C . T G A . . . T . . . . . . . . . A G . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . GCAA A A GGT . . . . . TTGAACAAAAAGTGCCG T . . . . T T . C . A G C . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . T . ACAA G T AT . . . . . AAGTGCTAAACAACAAA T . . . . T G . C . C G T . . . T
blockSeqs : . . . . . . . A . GCAG A A GT . . . . . GTTTAACAAAAA T . . . . C A . C . A A T . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . TCC A G A . . . . . AAGAATGAATCG T . . . . A T . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . AC A C G . . . . . AAGTGGTGCTG A . . . . C T . . .
blockSeqs : . . . . . . T . AC . G G . . . . . AAATGCGG C . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . C . AC . T . . . . . . AAGAA . .
blockSeqs : . . . . T . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . C
blockSeqCons : A** ** GCAA****** GC*** T***** ** TATAACTAAACAG***** CC T* A*** **** GTT***
originalCons : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCA-AT--ACAT--ATATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAA-TA--------ATA-AG-T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCTGTCG---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATA-TA---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
finalCons : AAACATATATNAA--TATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACA-AGCAA------AT--ATATACATNATATGC---GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAAT-----ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTA-T--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAATATAACTAAACAG-----T-TAA---ATACAATTTAAA-ATAAATTGTGCCATTGT-TTGTTGTTTCTGTCA---CGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTA-TA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATG----ATAGTT---ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111 33333333333333333333333 22222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111 111 1 11111 111111 111111 1111 66666666666 1 1111 3333333333 1 11111
lowQualScore : 1 666 3 99 000000000 2 2 2 2 5555 00000000000000000000000 1 88888 2 0 444 5555 2 5555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666 5555 2 2 0 6666 2 444 77777 33 333 8888 77 3 555 999999 000000 000 1 4 77 1 0 3 99999 0 0 0 11 888888 222222 0 1 0 5 0000 0 22222222222 0 0000 5 3 00 0 4444444444 6 1 5 66666 0 5 1
lowQualScore : . ... . .. ......... . . . . .... ....................... . ..... . . ... .... . .... .......................................................... ...... .... . . . .... . ... ..... .. ... .... .. . ... ...... ...... ... . . .. . . . ..... . . . .. ...... ...... . . . . .... . ........... . .... . . .. . .......... . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 555 3 00 777777777 4 4 2 2 9999 99999999999999999999999 8 44444 4 9 444 3333 5 3333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333 7777 9 9 1 1111 4 999 11111 99 777 1111 66 3 888 666666 666666 000 7 2 11 7 0 4 44444 2 4 2 66 111111 999999 7 1 1 0 6666 4 66666666666 0 6666 0 4 88 4 6666666666 6 0 7 44444 3 7 4
consensus : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCA----A----AT--A------TATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTAT--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAAT-ATAACT-AAACAGTT-T-AAATACAATTTAAAATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCT-GTCACGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTATA-------C-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATGATA---GT---T-ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
Reference ( family-1490 ) : AAACATATATNA--ATATAA-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCA----A----AT--A------TATACATNATAT-G-C-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG----T----------AAC----GAA-----------C--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-CAGGCTGTGG----ACATA--NTTAT--C--C--AA-A-A-G--T-NAAT-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AACACGTTATAAT-ATAACT-AAACAG-T-T-AAATACAATTTAAAATAAATTGTGCCATTG-TTTGTTGTTTCT-GTCACGGAGAAGGCAACAA-TA----ACCATTTTATA-------T-TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAATGCATGATA---GT---T-ATNTATANACCTAATTT----GATAATTGTA-CTTTTGTGAACGGATTTTATGAG
gi|1 : T-TTAT-TCCAATAACCGAAAGCGC-TTT-AAAGCTCAC---GAGGAAACAAAC----------GT--G------TATGCATA--CT-G-T-GACAA-TACATTTTTC-------G----T-A----AT---------------------------C----G-A-----------C-----------GTA-AATAATGT---ATTT----A-TGT-CAGGCTGTGA----AAATA--CCTAT--C--CAGAA-A-A-G--T-TAGT-ATAGT---AT------ATAA----T-CATAAAACAG---AACACGTTATAAC--TA----AAACAGTT-T-AAATACAATTTAAAATAAATTGTG---TTG--TTG-TGTTTGTCGTCCCGGAGAA-GCAACAA-TA----ATTTTTTTA-----------TTACTC-GCTATA----AAGAACA-GAAATTTGTTTCTGAAATGAATAATATATAT---A-ATTTATAGACCTTATTT----GATGATTGTA-TTTTTGTGAACGGA-TTTATGA
gi|10 : atgatcgtaacttttttagaATATTA---TAAAA-TTTC-GAGAACT---------TT---AT-TCAAATAATCCAAAGAGC-TTG-AAACCCAAT---GAGGACACAAACAT---A----ATTCA------TATACATTAAA----A-GACAT-TTCATTTTTCAA---ACG----T-A----ATC-------AATGTTT----------AAA----AAAAGTG-------C--------CG-GTATCATAG--T---ATCT----A-TAT-CAGGCTGTGG----ACATA--CTT----------AA-A-C-A--T-TAAT-ACAAT---AC------TTAA----T-CACTTAaatttacaagttttaacattttcggccttgtccaatcatatcttttaatgtattttttctaaaatatttaaataattcacattctaaaataaaataaaactcatcttctataacattaaaatggtta
gi|11 : gtcaacaaattgcATATTA--AT-TAT-TTT--GATAACG---------TT-TTAC-CCAGATAACCCGACGTGT-TTA-AAACTCCTT---AAGAACACAAGCA----A----AT--A------TATACGTCATATCA-C-GGCAA-TCTAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------TG----TGTTTGATACCAAA----GTA-----------T--------CG-GTA-CATAA--T---ACCC----C-CGC-C-GGTGGTAA----ATAAA--ATAATGCC--C--AA-A-G-G--T--AAT-CCAGT---GT------AAAG----C-CATCTAATAtgccattcagtttcattggtaaaataattcatgcatgtttttgagtaaa
gi|12 : cattttgaattactgccgaatgtgtaTATATGAGAATATGT-TTTATGATAACT---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTA-AAATCGTAT---GAGGACATAAAC----------AT--A------TATACATAATAT-----GACAA-TACATTGTTCAA---ATGAGATT-A----ATG-------TT----T----------AAC----AAA--------------------AA-GTAATACAA--T---GTAT----A--AT-CA---T-TTG----ACAAAACATTAT--------AA-T-A-GTTT-AAAT-ACAATTTAAA------ATAAATTGC-CATAAAATAGTGAAACACGTTAtgattaattcacatcataa
gi|13 : tatgtcaaacctggaaagcacatggtAAACATATAATA---TATAA-T----GATGACT---------TT-TTAT-GGAAGTGATTCAAAGGGA-TTA-AAAGTCGAT---TAGGATACAAACA----A----AT--A-----------ATTATATAA-C-GACAA-CATAATTTTCAA---ATG----A-A----ATA-------AG---------------AA-------------------------------GTATCATAG--T---A-AT----A-TATACAAGTTGAAA----AGACA--AT--------C--AA-A-A----T-ATATGATAAC---GC--------AA----CTTATTTAGCA
gi|14 : cattttaacccatctctaaccgaatgAAC-ACATCT-AA-CAG-A-T-TAATACAATTTAACATATGGAGTGCCGTTG-TTT--TAGTTCT-GTCGTGGCGAACGAAAC---CA----ACCATTTTATTGTTTTGTT-TTGTTTTGATATATGTAAAAGACA-GAATT-CGTTTTGCAAAGACACAATG---GT---A-AT-TATATACCC---TT----GATAACTGTG-CGCTTGTGAACGGAGTTTACGAGcgag
gi|15 : ctacaaacgaATAAGTTT--GATAATC---------TT-TTAT-TCATATAACCCAAAGAGC-TTACAAAA---AT---GAGTCC-----------------------------TGCATTATAT-GAC-GACACCTAAAGTTTTCAACGGATG----C-A----TTT-------TG---------------AAC----AAAAAGTG------C--------CG-GTATCTTAT--T---ATCT----T-TGT-AATGTTTTAG----AAATA--TGTATT-C--C--AA-T-G-G--T-TAAT-ACACT---GC------ATAattta
gi|16 : gttgAAACATTAATAA--A-ATGA-TAT--GACA---------------TTAT-TCAAATAATCCAAAGGGC-TTT-TAAGCCCAC---GAAGAAACAAACA----------T--A------TATACAACATAT-G----ACAA-TACATTTTTCAA---ACG----T-T----ATC-------AA----TGTTT------AAC----AAAGAAAAAAAGTTC--------AG-GTATCATAA--------CT----A-T-T-CAGGCTGTGG----ACATA--CTTAT--A--C--AA-ttataacatactgcacctt
gi|17 : atgtTATAA-TTTT-GATTACT---------TT-TTAA-ATATATAACACAAAGTTC-TTA-AAGGCACAT---GAGGACACAAGCA----G----AA--A------TATACATTATAC-GAC-GACGA-TACAATGTTCAA---ATC----T-A----AAA-------AA----T-----------GC----G-----------------------G-GTATCATAT--C---ATCT----ATTTT-CTGGTTGTAG------ATA--TTTAT--C--C--
gi|18 : tT-TTAT-CTAAACAATCCAAAGGAC-TTA-TAAGCCCAT---AATGACACAGAC----------AT--G------TTTATATAATAT-----GACAA-TATATTTTTCAC---A---------------A-------AG----T----------GGT----G-------------C--------TG-CTATTATAA--T---TTGT----A-TGA-CAGGCTGTGG----GCATA--TTTAT--CAAA--AA-A-A-G--T-AAAT-ACAAT---GC------ATAA----ca
gi|19 : A-TTT--CATAAAT---------GT-TTATATCAA-TATTCCAAATGGA-TTA-AAAGTCTAA---GACGTCAC--GTATT--A----AT--A------TAAACATTACAT-G-CTGACAA-TATAATTTTCAA---ATG----T-A----AGA-------AG----TGCTAAAC---AAC----AAA-----------------------GTATCATAA--T---GTCT----
gi|2 : T--GATAACTTTAATCCCATT-TTAT-TCAGAAAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCCCAC---AAGGACACAA--A----A----AT--AAACATGTATACATAATATAA-C-GAAAA-TATAATTTTCAA---ATG----C-A----ATAAATACTTAA----T----------AAC----TAAAATGTG-----C--------TG-GTATCATAA--TACAATTTATTGA-TGT-AATGTTGTAA----ATATA--GTTATC-C--C--AA-C-A-G--T-AAAC-ACAAT---GC------ATAA----C-CATTTAACGT---AGTACGTTTCAAT-ATAACT-AAA------T-ATATA------AAGATTAATTGTGCCATTG-TTT-TTG-TTCT-GTCACAGAGAATGCAACAA-TA----ACCATTTTATA-----------ATTC-GCTATA----AAGAACA-GAATTTCCTTTTTCAAATGTATGATA---TA---T-ATCAATAAACTT-GTTT----TATAATTATATTTTTTTTTAATGGATTTTATAAttctaa
gi|20 : ctgTT--GATAACC---------TT-TTAT-TCAAATAATCCAAAGGAC-TTA-AAAGCACATGTAGAAGACACACGGC----G----AT--A------TATACATACTAT-----GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----TCA----ATtaattacaagttttaacatgttccatctggtccagatatatctcttaatatattttcttcctaaa
gi|21 : ataatgattactttgataacttc-TTT--GATAACT---------TT-TTAT-TCAGATAATCCAAAGGGCGTTA-AAAGCCCAT---GAGGACACATG-----------AT--A------CATGCATGATATGG-C-GGCAA-TACAATTTTCAg
gi|22 : aacATAA-CTT--GATAACG---------TT-T-AT-TCAGATAACCCAAAGGGT-TTA-AAAGCTCAT---GAGG
gi|3 : cgAAACATACATGA--ATATAA-CTT--GACAACT---------TT-TTTT-TCATATAATCCAAAGGTC-TTA-AAAGCCCAC---GAGGACACAAGCA----GATACAT--A------TATATATCATATGG-T-GACAA-TACAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AG---------------AAT----GAA-----------T--------CG-GTATCATAA--T---ATCT----A-TGT-AATGTTCTAA----ATATA--ATTCT--C--C--AA-A-A-G--T-CTGT-ACAGT---GC------ATAA----C-CATTTAACAG---AGTTAGTTACAATAATAAGT-CAATCC-T------TATGATTTCAGATAAATTGTGCCATTA-TTTGTTGTTTCT-GTCACGGAGAAGGCAAAAA-TA----ACT-TTTTATGTGT----T-TTACTC-GCCATA----AAGAACA-GAATTTCGTTTCTCAAAAGCATGATA---A------ATGTATAAAGCGAATTT----CATAATTGTG-CTTTTGTGAATGGATTTCATGAG
gi|4 : -TTT--GACAACT---------TT-CTAT-TTAAAATGTCCAAAAGGC-TCA-AAATTTCAT---GAGGATACCAGCA----A----CT--A------T----------------GACAA-TAAAACTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------AA----TGTTTAAA---AACATTAGAATA---------C--------AA-GTATCATAG--T---ATCT----T-TGT-CAGGCTGTGG----ACACT--TTCAT--C--C--CATA-A-A--TATAAT-ACAAT---GCACATGAATAA----T-CATTTAACAA---AACAGGTTATGAT-ATAACT-ATACAGTT-T-AAATACATTTTAAAATAAAGGGTACTATTGATTTG-TG------GTCACGGAGAAGGCAGCAA-TA----ATCACTTTA-A-------CATTACTCTG--ATA----AAGAA---------CGTTTCTCAA
gi|5 : c--GATAACT---------TTATTAT-TTAAATATTCGAAAGGGT-TTA-AATTGCCAT---GACGACACAA----------------------------ATGAT-T-A-T-GACAA-TGCAATTTTCAA---ATG----T-A----ATA-------CA----TGTTTT-----AAC----AAA-----------A--------AAAGTATTATAT--A---ATCT----A-TGT-TAGGCTATGG----AAACA--TGTAT--AA-C--AA-A-ATG--T-TGAT-ACAAC---GT------ATAA----A-CAATTAACAG---AACATGTTATAAT-ATAACTAAAATAGTT-T-AAGTTCAATTTCAACTAAATGCTGCTATTG---CGCTGT---G-GTGACGGGGAGGGCAACCC-TT----ACCATATTA-A-------CATTGCTC-GCTGTG----AAGAACA-TAATTTAGTTACTCCAATGCAcggca
gi|6 : GGAC-TTA-AAATCCAAC---AAGAACACAAACATATGA----AT---------TATACATTATAT-G-T-T-----T----TTTTCTA---ACG----T-ATTCAATC-------AT----T----------AAC----AAA-----------CAAAAAGTACG-ATGTCATAA--C---ATCT----A-TGT-CAGGTTGTGGATATACGTA--CTTAT--C--C--AA-ACATG--T-TAAT-ACTAC---GC------ATAA----T-TATTTCAGAG---AATATGTCA-A-----AACTAAAAGAG-TGT-AAATACAATTTAAAATTATTTGTGTCATTG--TTGTTGTTGAT-GTCCCGGAGACGGCA
gi|7 : atatgacacgtaaacactgttttaagatttatt-AAACAG-T-TTAAATATAGTTTGAAATA--TT------TTG-TTT-TTGTTTTT-G--------AAGGCAACAAGTAGCCTACCATTTTATA-----------ACTT-GCTATA----AAGAACA-GAATTACGTTTCTCAAATGCATAATA----TACAT-ATATATATATATAATTT----GATAAGTGTA-CTATTGTGAACGGATTTTATGAGttttataaaatacttatattagcaaaagtaacag
gi|8 : CACGGAGACGGCATCAA-CA----TCCATTCTAT-----------TACTT-GCTATA----TAGAAAAAGAATTTCATTTCTCAAAAACATGGTA---GT---T-TTACATAAACGTAACTTAATCGATAATTGTA-CTTTTGTGACCGGATTTTATGAGatttacatattaaacatattctgcctggtctaataatatctttttaaggtattatcttcccaactttaccgaataatttacaatgaaactcatcttctatagcattacagtggttatacattcgacaatgtgataaatgta
gi|9 : gtacacttatttcaaaaatagtaatttatcataaattaagataaattgAAAT-CATTTTA---GT---TGAACTATATATCT---TT-----ATAAATGTA-CTTTCGTGAACGGGTTTTACGAGatttttatgtgaatttgttcggtcttgtcaagtaatacgttttaatatattccttcttagatcaaaattcacataaaaaaacaaacaaaaaagtcacctcttaa