lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 2222222222222222222222222 22222 1 22222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444 111111111 1 33333333333 1111 2222222222222 1
lowQualScore : 1 6 55 5 6 6666666666666666666666666 44444 777 8 4 88 999 33 66666666666666 77777 55 99999 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 33 0 000000000000000000000000000000 3 1 1 111111111 666 0 33333333333 4 2222 0 5 77 0 5 0 9999999999999 8 7
lowQualScore : . . .. . . ......................... ..... ... . . .. ... .. .............. ..... .. ..... . . ......................................................................................................................................................................................................... . .. . .............................. . . . ......... ... . ........... . .... . . .. . . . ............. . .
lowQualScore : 0 7 00 4 4 0000000000000000000000000 22222 333 1 4 55 111 66 11111111111111 77777 00 11111 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 22 3 222222222222222222222222222222 6 3 2 222222222 444 5 55555555555 4 1111 1 7 99 9 4 6 0000000000000 0 0
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTGTAAAT-TA--------------A------TATATAC----GTTTAAGT-A-AAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATG--GT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATA--T-----A-C-GT---T-ATGC------AA-CAC-------AANATATA------C--ACGT--T-----ATNNANNNANNNAAA----TA-T--A-TA---T-------------A---TATAT-----AC-GT-T-ATGC------A-ATC-------AN-------AATATA--TA------T--ACGT---T-----ATGCANACCGGTAAAA-A--TATATATATGT---T------AT------------ATA-ATAT-ATATACGT-TA----TGCAC---ACCGGTAA-A---T-----ATATATATACGT-TATGCAAAC----AAA-ATATA--TATACGTTATGCAAA----C----A---AA-ATATATATACGT
Reference ( gi|4 ) : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAAT--ATATATGCTGTTTATAAATTTAA----AT-----TTAT-----TATATAC----TTTTAAGT-A-AAATATATACACCCACGACAAATAAATATG--GT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATA--T-----A-C-GT---T-ATGC------AATCAC-------AACATATG------C--ACGT--T-----ATNNNNNNNNNNAAA----TA-T--A-TA---T-------------A---TATAT-----AC-GT-T-ATGC------A-ATC-------AC-------AACATA--TG------C--ACGT---T-----ATGTATACTGGTAAAA-A--TATATATATGT---T------AT------------ATA-ATAT-ATATACGT-TA----TACAC---ACCGGTAATA---T-----ATATATATACGT-TATGCAAAC----AAA-ATATA--TATATGTTATGAAAA----C----A---AA-ATATATAAACGT
gi|2 : CGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTGTATATATAT----ATGTTGTTTGTATATATATATGC----GTTTAAGT-A-AAAAATATACACTCTCGACAAATAAATATG--GT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATA--T-----A-C-GT---T-ATGC------AA--AC-------AAAATATA------T--A-----T-----ATATNNNNNNNNNNA----TA-C--A-CA---CCGGTAAAA-----A---TATAT-----AC-GT-T-ATGC------A-AAC-------AA-------AATATA--TA------T--ACGT---T-----GTGCAAAC----AAAATA--TATATATATGT---T------AT------------
gi|6 : aggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTGTAAA--TA---------------------TATATAC----GTTTAAGT-A-AAGAATAAACACCGTCGGCAAATAAATGTG--GT--AAAA-TG--------------TCT-----ACATATATA--T-----A-T-GT---T----C------GGTAAA-------AATATATA------T--ACAT--T-----AT---GCAAACAAAA----TA-T--A-TA---T-------------ATGTTATGC-----AC-AT-T-G-GC------A-A---------AT-------AA-ATA--TA------T--ATGC---T-----ATGCATACCGGTAAAA-A--TATATATAgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|14 : ggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTATAAATATA---------------------TATATAC----CTTTAAGT-A-AAAAATATACACCCTCAACAAATAAATATG--GT--AAAC-TG--att
gi|10 : agCGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTGTAAA--TA---------------------TATATAT----GTTTAAAT-A-AAAAATACACACTTTCAACAAATAAATATG--GT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATA--T-----
gi|5 : ggCACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAAT--ATATATGTTGTTTGTAAAT--------AT-----ATA------TATATA--------TAAAT-----ATATTTACGCCCTCGACAAATAAATATT--AT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATA--T-----A-C-A----T-ATTA------AA--GT-------AACATATAGAATATCTAACGTGAT-----ATGTAAGATAATAAAAAATTA-T--A-TA---T-------------ATATTATAT-----AG-ATCT-ATAT------AGATCTAGATTTAC--------ACA-A--AA------C--AAGT---G-----ATATA-------AAAA-A--TATATATATAT---T------cgat
gi|8 : ggCGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAAC--ATATATGTTGTTTGTAGATATA---------------------TATATAT-----------------ATACATACACCCTCGACAAATAAATATG--GT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATAT
gi|15 : ggCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGAC---------------------ATAAAT-----------------AT------ATATAC----GTTTAAGT-A-AAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATA--GT--AAAC-TG--ttctgtcacttaataaagtgacgtttggcacctcat
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAAT--ATATTTGCTGTTTGTAAAT------------------G-----TATATAC----GTTTAAGT-A-AAAa
gi|19 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACc
gi|18 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACacaca
gi|13 : aggGCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAAT--ATATATGTTGTGTGTAAGT-----------------AT------ATAAAC----GTTTAAGT-T-AAAAATATACACTTTCGACAAATAAATATG--GT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATacaca
gi|11 : agggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACT--ATATATGTTGTTTGTAAA---AA------------TA------TATACAC----GTTTAAGTAA-AAACA-ATACACTCTCGACAGATAAATATG--CCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTAT
gi|8 : GCCAAACGTCACTTTATTAAGTGACAGAAATATATATATATTGGTT----ATTTGACCATAT-----TTAT-----T-TGT-CGAGGGTGTATGT-ATATATATATATATCTACAAACAACATATATG--
gi|6 : ggcgccaaacatgattatagacagtgatataaaATAAATATATATGTTGT-----T-TG--TA---A--A--------------TATATA--T-----A-C-GT---TTAAGT------AA--AG-------AATAAACA------C---CGT--CGGCAAATAAATGTGGTAAAA----TG-TCTA-CA---T-------------A---TATAT-----AT-GT-T----C------G-GTA-------AA-------AATATA--TA------T--ACAT---T-----ATGCAAAC-----AAA-A--TATATATATGT---T------ATGCACATTGGCAAATA-A-AT-ATATATGC-TA----TGCAT---ACCGGTAA-A---A-----ATATATATAacctcat
gi|5 : ggcgcaaaatgtgactatattcggtgacATAAATATATATGTTGT-----T-TG--TA---A--ATA-TAT-----ATATATATAAAT-----A-T-AT---TTACGC--------CCTC-------GACAAATA------A--ATAT--T-----ATAAACTAACTAATA----TA-C--A-TG---T-------------A---TATAC-----AT-AT-T-A---------A-A---------GT-------AACATA--TAGAATATCTAACGTGA-T-----ATGTAAGATAATAAAA-AATTATATATATAT---T------AT------------ATAGATCT-ATATAGATCTAGATTTACACAAAACAAGTGATA---TAAAAAATATATATATAT-Tatt
gi|3 : ggcaccaaacgtgactatgttcggtgacATATATATG--TTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATA--TTGTGTA-CAGTC--T-ATGTTTAGATAAT-AC-------AACACACC------C--A-----T-----ATTGGTACATCAGAA----AA-T--A-TA---T-------------A---TATAT-----AC-GT-T-AT--------------------AT-------AAC------G------C--AC-----------------AC-GGTAATA-A--TATATGTATG
gi|7 : ---A--A-A-TAT-----ATATACATC--T-----AAT-GTATGT-ATGT------AA-CAC-------AAAATATA------C--A------------TGACTATACATACA----TA-T----TG---T-------------A---CATAT-----AT-GTAT-ATGT------A--TC-------AT-------A-CATAACTG------T--ACATAAAT-----AT-CATACGGGTA---------TGTA-ATAG---T------AT------------ATACATATTATACATGTCTA----TACAC---AC-----ATA---T------TATACATGCCTGTACTCACAC----A------TA--TATATGcacacgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|2 : -TGT-----ATATATATA--T-----G-C-GT---T----T------AAGTAA-------AAAATATA------C--AC-----------TCTCGACAAATAAA----TA-T--GGTAAACT-------------A---TAGGC-----AC-AC------C------G-GTA-------AC-------AATATA--T----------ACGT---T-----ATGCAAAC-----AAA-A--TATATATATAT---N------NN------------NNN-NNNN-ATA--------------CAC---ACCGGTAAAA-----------ATATATACGT-TATGCAAAC----AAA-ATATA--TATACGTTGTGCAAA----C----A---AA-ATATATAcatgtctgtttaaacatatttacatatactgtatatg
gi|9 : aggcgccaaacgtgactatattgagtgacataaatatatatgttgtttgtatatatatatgttgtt-TAA-----ATATATATA--T-----A-C-AT---T-ATGC------AAACAA-------AATATACA------T--ACGT--T-----ATGCACACCGGTAA-----------A-TA---T-------------A---TATAT-----AC-GT-T-ATtatatgttatgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|12 : tatatatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatagacacgtcggTATATACA--T-----A-C-GT---T-ATGC------A--CACCGGTAAAAATATATG------T--ACGT--T-----AT--------GCAAA----CAGT--A-TA---T-------------A---CATAT-----AT-GT-T-TTGA------A-AAC-------AA-------AATATA--TA------T--AGGT---T-----ATGAAAAC-----AAA-A--TAT
gi|6 : aaatgcttgtatgtctCGC-------AAAATGTG---------ACTA--T-----ATTCGGTGACATAAA----TA-T--A-TA---TGTTGTTTGTAAATA---TATAT-----AC-GT-TTAAGT------A-A---------AG-------AATAAA--CA------C---CGT---CGGCAAATAAATG-TGGTAAAA------------TGT---C-------T------------ACA--TAT-ATATATGT-T---------------CGGTAAAA---------ATATATATACAT-TATGCAAAC----AAA-ATATA--TATATGTTATGCACATTGGC----AAATAA-ATATATA
gi|3 : ggATATA------T--ATGT--T------TAAACATATAAAAA----TA-T--A-TG---C-------------A---TATATTGTGTACAGTCT-ATGTTTAGATA-AT--------AC-------AACACA--CC------C--ATAT---T-----G-GTACATCAG--AAA-A--TATATATAT------------AT------------ACG-TTAT-ATA-ACG----------CAC---AC-GGTAATAATAT-----ATGTATGCACtgctatgcataccggtaaaaatatatataatt
gi|9 : ----TA-A--A-TA---T-------------A---TATAT-----AC-AT-T-ATGC------A-AAC-------AA-------AATATA--CA------T--ACGT---T-----ATGCACACCGGTAAAT-A--TATATATACGT---T------AT------------acgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|9 : tatatatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatagacacgtcgg----TA-T--A-TA---T-------------A---TATAN-----NN-NN-N-NNNN------N-NNN-------NN-------NNNNNN--NN------N--NNNN---N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATAGACACGTCGGT------AA------------ATA--TAT-ATATACAT-TA----TGCAA---AC----AA-A---------ATATACATACGT-TATGCACACCGGTAAATATATA--TATACGTTAT
gi|12 : -TA---T-------------A---TACAT-----AC-GT-T-ATGC------A---C-------ACCGGTAAAAATATA--TG------T--ACGT---T-----ATGCAAAC-AGT--AT-A--TACATATATGT---TTTGAAAAC------------AAA-ATAT-ATATAGGT-TA----T
gi|12 : aaatgcttgtatgtctATATA--CA------T--ACGT---T-----ATGCACACCGGTAAAA-A--TA----------------------------------------T-ATGTACGT-TA----TGCAA---AC----AGTA---T-----ATACATATATGT-TTTGAAAAC----AAA-ATATA--TATAGGTTATGAAAA----C----A---AA-ATATgaaaacaaaatat
gi|9 : aaatgcttgtatgtcttGGTAAAT-A--TATATATACAT---T------ATGCAAAC------AAA-ATAT-ACATACGT-TA----TGCAC---ACCGGTAA-A---T-----ATATATATACGT-TAT
gi|12 : tatatatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatagacacgtcAA-A--TGCTTGTATGT---C------TT------------ATA----T-ACATACGT-TA----TGCAC---ACCGGTAAAA---------ATATATGTACGT-TATGCAAAC----AGT-ATATACATATATGTTTTGAAAA----C----A---AA-ATATATA
gi|9 : -TA----GACAC---GTCGGTAA-A---T-----ATATATATACAT-TATGCAAAC----AAA-ATATA--CATACGTTATGCACA----CCGGTA---AATATATATATACGTtaggttatgaaaacaaaatat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666 222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333333 222222 111111111111 222222222222 1111111111 111111 1111111111 333333 11 22222 111 22 1 1 2222 1
lowQualScore : 999999 44 111111111111111111111 88888 44 7777 3 0 3 88 3 555555555555 4 00000 333333333333333333333333333333333333333 1 3 777777 888888888888 111111111111 66 5 6666666666 5 3 2 555555 5 1 8 8888888888 555 000000 1 2 33 88888 1 777 33 4 0 0 6 8888 3
lowQualScore : ...... .. ..................... ..... .. .... . . . .. . ............ . ..... ....................................... . . ...... ............ ............ .. . .......... . . . ...... . . . .......... ... ...... . . .. ..... . ... .. . . . . .... .
lowQualScore : 666666 66 000000000000000000000 33333 66 1111 3 5 3 66 6 000000000000 0 00000 333333333333333333333333333333333333333 0 7 777777 111111111111 777777777777 00 7 9999999999 0 4 2 999999 0 0 1 9999999999 555 888888 0 0 88 55555 2 555 88 0 0 0 7 3333 3
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TAAAT---------------------AT-----ATAT--AC----GTTTAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNAAAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-AN-CA-----NA-ATATATATACG--T---TATGC-ANACCGGT------A---AA-A-ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATACACGC--CGGTA---ACATATATATATACGT---TATGCAAACA--ANATACATATAC-GT-TATGAAAAC----AAA-ATATATATACGT
Reference ( family-1411 ) : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TAAAT-T--A----------------AT-----ATAT--AC----GTTTAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANNNANNNAAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-AT-CA-----NA-ATATATATACG--T---TATGC-ANACCGGT------A---AA-A-ATATATATATGTTATATA-----ATATATATACGTTATGCACAC--CGGTA---A-ATATATATATACGT---TATGCAAACA--AAATATATATAC-GT-TATGCAAAC----AAA-ATATATATACGT
gi|10 : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TAAAT---------------------AT-----ATAT--AT----GTTTAAATA-AAAAATACACACTTTCAACAAATAA-ATATGGT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATAT-----
gi|11 : ggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACTATATAT------GTTGTTTG--TAAA-----A----------------AT-----ATATACAC----GTTTAAGTA-AAAACAATACACTCTCGACAGATAA-ATATGCCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTATcgat
gi|12 : A-A-ATGCTTGTATGTCTTATA--------TACATACGTTATGCACAC--CGGTA---A-AAATATATGTACGT---TATGCAAACAGTATATACATATAT-GT-TTTGAAAAC----AAA-ATATATATAGGT
gi|13 : GCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAATATATAT------GTTGTGTG--TAAGT---------------------AT-----ATAA--AC----GTTTAAGTT-AAAAATATACACTTTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATtatgaaaacaaaatat
gi|14 : agggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTA--TAAAT-A--T----------------AT-----ATAT--AC----CTTTAAGTA-AAAAATATACACCCTCAACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--
gi|15 : agCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGACATAAATATAT-----------------------------------------------------AT--AC----GTTTAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATAGT--AAAC-TG--
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAATATATTT------GCTGTTTG--TAAAT---------------------GT-----ATAT--AC----GTTTAAGTA-AAAa
gi|18 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAc
gi|19 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAca
gi|2 : aggCGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TATATAT--ATATGTTGTTTGTATATAT-----ATAT--GC----GTTTAAGTA-AAAAATATACACTCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AA--AC----AAAATATATA------TAT-ATNNNNNNNNNNATACACACCGGTAAAAA---TATATACGTTATGCA-AA-CA-----AA-ATATATATACG--T---TGTGC-AAAC----------A---AA-ATATATATATATGTTATca
gi|3 : aggATAT-ATATGTTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATATTGTGTA-CAGTC--TAT----GTTTAGATAA-TAC----AACACACCCA------TAT-TGGTACATCAGAAAATATAT--------A---TATATACGTTATATA-ACGCACACGGTA-ATA-ATATATG------TATGC-ACACgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|4 : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAATATATAT------GCTGTTTA--TAAAT-TTAA----------------ATTTATTATAT--AC----TTTTAAGTA-AAATATATACACCCACGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AATCAC----AACATATGCACG-T--TAT-NNNNNNNNNNAAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-AT-CA-----CA-ACATATGCACG--T---TATGT-ATACTGGT------A---AA-A-ATATATATATGTTATATA-----ATATATATACGTTATACACAC--CGGTA---ATATATATATATACGT---TATGCAAACA--AAATATATATAT-GT-TATGAAAAC----AAA-ATATATAAACGTgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|5 : CACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TAAAT---------------------AT-----ATAT--AT----ATATAAAT----ATATTTACGCCCTCGACAAATAA-ATATTAT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATAT-----A-C-A----TATTAAAGT------AA-CATATAGAATATCTA-ACG-TGATATGTAAGATAATAAAAAAT-TAT--------A---TATATA--TTATATAGAT-CT-----AT-ATAGATCTA-GATT---TACACAAAACAAGTGATATAA---AA-A-ATATATATATATT
gi|6 : ggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAATATATAT------GTTGTTTG--TAAAT---------------------AT-----ATAT--AC----GTTTAAGTA-AAGAATAAACACCGTCGGCAAATAA-ATGTGGT--AAAA-TG--------------TCT-----ACATATATAT-----A-T-GT---TCG----GT------AA--A-----AATATATATACA-T--TAT-GCA---AACAAAATATATAT--------ATGTTATGCACATTG-GCA-A---A-----TA-A-ATATATATG--C---TATGC-ATACCGGT------A---AA-A-ATATATATA
gi|7 : gg---A--A-A-TAT-----ATATACATCT-----AAT-GTATGTAT----GT------AA-CAC----AAAATATACATGAC--TAT-ACATACATAT---TGTACAT--------A---TATGTA---TATGT--AT-CA-----TACATAACTGTACA--TAAATAT-C-ATACGGGT------ATGTAATA-GTATATACATATTATACATGTCTATACACACATATTATACATGC--CTGTACTCACACATATATATGCATGTCTGTTTAAACAT-ATTTACATATACTGTATATGatt
gi|8 : CGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAACATATAT------GTTGTTTG--TAGAT---------------------AT-----ATAT--AT----AT----------ATACATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATAT
gi|8 : ggGCCAAACGTCACTTTATTAAGTGACAGAAATATATATATATTGGTTATTTGACCATAT-T--T----------------AT-----TTGT---CGAGGGTGTATGTATATATATATATA---TCTACAAACAACATATttctgtcacttaataaagtgacgtttggcacctcat
gi|9 : ggcgccaaacatgattatagacagtgatataaacat-ATATATATATA--N---NNNNN-NNNNNNNN------N---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNATATAGACACGTCGGTA---A-ATATATATATACAT---TATGCAAACA--AAATATACATAC-GT-TATGCACACCGGTAAATATATATATACGTacctcat
gi|9 : tAT-ATAGACACGTCGGTAAATAT--------A---TATATACATTATGCA-AA-CA-----AA-ATATACATACG--T---TATGC-ACACCGGT------A---AA-T-ATATATATACGTTATtat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222222222222 222222 111 11111111 1111111111 111 22222222222222 222222 22222 111 33 11 1
lowQualScore : 8888888888888888888 55 55 33333333 3 88 3 555555555555 4 99999 222222222222222222222222222222222222222 1 3 444444 777 1 111 1 88888888 888 33 5 8888888888 5 0 3 222 5 1 99999999999999 5 888 0 0 888888 2 11111 7 777 11 1 44 3 4 2
lowQualScore : ................... .. .. ........ . .. . ............ . ..... ....................................... . . ...... ... . ... . ........ ... .. . .......... . . . ... . . .............. . ... . . ...... . ..... . ... .. . .. . . .
lowQualScore : 2222222222222222222 00 00 22222222 6 66 6 000000000000 0 11111 888888888888888888888888888888888888888 0 3 111111 000 0 222 6 11111111 888 55 0 6666666666 0 1 4 000 0 0 00000000000000 0 888 1 8 222222 0 22222 0 555 77 0 00 3 0 5
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-A-ACA-----NAA-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
Reference ( family-1411 ) : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNAAAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-A-NCA-----NAA-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATACACGCCGGTA---ACATATATATATACGT---TATGCAAACA--ANATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATATACGT
gi|10 : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATGTTTAAATAAAAAATACACACTTTCAACAAATAAATATGGT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATAT-----
gi|11 : ggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACTA-------------------TATATGTTGTTTGTAAAA--AT--------AT-ATACACGTTTAAGTAAAAACAATACACTCTCGACAGATAAATATGCCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTATcgat
gi|12 : A-A---ATGCTTGTATGTCTTATA--------TACATACGTTATGCACACCGGTA---AAA-ATATATGTACGT---TATGCAAACAGTATATACATATAT-GT-TTTGAAAACAAAATATATATAGGT
gi|13 : GCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTGTGT--AA--GT--------AT-ATAAACGTTTAAGTTAAAAATATACACTTTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATtatgaaaacaaaatat
gi|14 : agggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTAT--AAATAT--------AT-ATATACCTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCAACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--
gi|15 : agCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGACATAAA------------------------------------------T--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATAGT--AAAC-TG--
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAATA-------------------TATTTGCTGTTTGT--AA--AT--------GT-ATATACGTTTAAGTAAAAa
gi|18 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAc
gi|19 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAca
gi|2 : aggCGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAATATATATGTTGTTTGTATATATATATGTTGTTTGT--AT--AT--------AT-ATATGCGTTTAAGTAAAAAATATACACTCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AA--AC----AAAATATATA------TAT-ATNNNNNNNNNNATACACACCGGTAAAAA---TATATACGTTATGCA-A-ACA-----AAA-TATATATACG--TTGTGC-AAAC----------A---AA-ATATATATA--TATGTTATca
gi|3 : aggATATATATGTTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATATTGTGTA-CAGTC--TAT----GTTTAGATAA-TAC----AACACACCCA------TAT-TGGTACATCAGAAAATATAT--------A---TATATACGTTATATA-ACGCACACGGTAA-TA-ATATATG---TATGC-ACACgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|4 : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAATA-------------------TATATGCTGTTTAT--AA--ATTTAAATTTATTATATACTTTTAAGTAAAATATATACACCCACGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AATCAC----AACATATGCACG-T--TAT-NNNNNNNNNNAAATATATAT--------A---TATATACGTTATGCA-A-TCA-----CAA-CATATGCACG--TTATGT-ATACTGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATATATACGTTATACACACCGGTA---ATATATATATATACGT---TATGCAAACA--AAATATATATAT-GT-TATGAAAACAAAATATATAAACGTgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|5 : CACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATATATAAAT---ATATTTACGCCCTCGACAAATAAATATTAT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATAT-----A-C-A----TATTAAAGT------AA-CATATAGAATATCTA-ACG-TGATATGTAAGATAATAAAAAAT-TAT--------A---TATATA--TTATATAGA-TCT-----ATA-TAGATCTA-GATTTACACAAAACAAGTGATATAA---AA-A---ATATATATATATT
gi|6 : ggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAGAATAAACACCGTCGGCAAATAAATGTGGT--AAAA-TG--------------TCT-----ACATATATAT-----A-T-GT---TCG----GT------AA--A-----AATATATATACA-T--TAT-GCAAAC---AAAATATATAT--------ATGTTATGCACATTG-GCA-A---A-----TAA--ATATATATG--CTATGC-ATACCGGT------A---AA-A---ATATATATA
gi|7 : gg---A--A-A-TAT-----ATATACATCT-----AAT-GTATGTAT----GT------AA-CAC----AAAATATACATGAC--TAT-ACATACA-TATTGTACATAT--------A---TGTATATG-TAT-CA-T-ACA-----TAACTGTACATAAA---TAT-C-ATACGGGT------ATGTAATA---GTATATACATATTATACATGTCTATACACACATATTATACATGCCTGTACTCACACATATATATGCATGTCTGTTTAAACAT-ATTTACATATACTGTATATGatt
gi|8 : CGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAACA-------------------TATATGTTGTTTGT--AG--AT--------AT-ATATATAT---------ATACATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATATTT-----C-T-GT---CAC----TT------AA-TA
gi|9 : ggT-----ATATATATAT-----A-N-NN---NNN----NN------NN-NNN----NNNNNNNNNNNN-N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--------A---TAGACACGTCG-GTA-A-ATA---------TATATATACA--TTATGC-AAAC-----------------A---A----------------A-----ATATACATACGTTATGCACACCGGTA---A-ATATATATATACGT---TATaagtgacgtttggcacctcat
gi|9 : AT-ATAGACACGTCGGTAAATAT--------A---TATATACATTATGCA-A-ACA-----AAA-TATACATACG--TTATGC-ACACCGGT------A---AA-T---ATATATATACGTTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222222222222 222222 11111 11111111 1111 111 22222222222222 222222 11111 111 33 11 1
lowQualScore : 8888888888888888888 55 55 33333333 3 88 3 555555555555 4 99999 222222222222222222222222222222222222222 1 3 444444 777 1 00000 88888888 5 33 888 9999 5 5 0 4 222 5 1 99999999999999 5 888 0 0 888888 2 99999 7 777 11 44 3 1 1
lowQualScore : ................... .. .. ........ . .. . ............ . ..... ....................................... . . ...... ... . ..... ........ . .. ... .... . . . . ... . . .............. . ... . . ...... . ..... . ... .. .. . . .
lowQualScore : 2222222222222222222 00 00 22222222 6 66 6 000000000000 0 11111 888888888888888888888888888888888888888 0 3 111111 000 0 66666 11111111 0 55 888 5555 0 0 1 5 000 0 0 00000000000000 0 888 1 8 222222 0 22222 0 555 77 00 3 0 0
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
Reference ( family-1411 ) : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
gi|10 : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATGTTTAAATAAAAAATACACACTTTCAACAAATAAATATGGT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATAT-----
gi|11 : ggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACTA-------------------TATATGTTGTTTGTAAAA--AT--------AT-ATACACGTTTAAGTAAAAACAATACACTCTCGACAGATAAATATGCCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTATcgat
gi|12 : A-A---ATGCTTGTATGTCTTATA--------TACATACGTTATGCACACCGGTA---AAA-ATATATGTACGT---TATGCAAACAGTATATACATATAT-GT-TTTGAAAACAAAATATATATAGGT
gi|13 : GCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTGTGT--AA--GT--------AT-ATAAACGTTTAAGTTAAAAATATACACTTTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATtatgaaaacaaaatat
gi|14 : agggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTAT--AAATAT--------AT-ATATACCTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCAACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--
gi|15 : agCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGACATAAA------------------------------------------T--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATAGT--AAAC-TG--
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAATA-------------------TATTTGCTGTTTGT--AA--AT--------GT-ATATACGTTTAAGTAAAAa
gi|18 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAc
gi|19 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAca
gi|2 : aggCGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAATATATATGTTGTTTGTATATATATATGTTGTTTGT--AT--AT--------AT-ATATGCGTTTAAGTAAAAAATATACACTCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AA--AC----AAAATATATA------TAT-ATNNNNNNNNNNATACACACCGGTAAAAA-TATATACGTTATGCAA---ACA---AA-A-TATATATACG--TTGTGC-AAAC----------A---AA-ATATATATA--TATGTTATca
gi|3 : aggATATATATGTTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATATTGTGTA-CAGTC--TAT----GTTTAGATAA-TAC----AACACACCCA------TAT-TGGTACATCAGAAAATATAT--------A-TATATACGTTATATAACGCACACGGTA-A-TA-ATATATG---TATGC-ACACgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|4 : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAATA-------------------TATATGCTGTTTAT--AA--ATTTAAATTTATTATATACTTTTAAGTAAAATATATACACCCACGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AATCAC----AACATATGCACG-T--TAT-NNNNNNNNNNAAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---TCA---CA-A-CATATGCACG--TTATGT-ATACTGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATATATACGTTATACACACCGGTA---ATATATATATATACGT---TATGCAAACA--AAATATATATAT-GT-TATGAAAACAAAATATATAAACGTgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|5 : CACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATATATAAAT---ATATTTACGCCCTCGACAAATAAATATTAT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATAT-----A-C-A----TATTAAAGT------AA-CATATAGAATATCTA-ACG-TGATATGTAAGATAATAAAAAAT-TAT--------A-TATATA--TTATATAG---ATC---TATA-TAGATCTA-GATTTACACAAAACAAGTGATATAA---AA-A---ATATATATATATT
gi|6 : ggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAGAATAAACACCGTCGGCAAATAAATGTGGT--AAAA-TG--------------TCT-----ACATATATAT-----A-T-GT---TCG----GT------AA--A-----AATATATATACA-T--TAT-GCAAACAAAAT-ATATATAT--------GTTATGCACATTG-GCAA---ATA----A-A-TATATAT--G--CTATGC-ATACCGGT------A---AA-A---ATATATATA
gi|7 : gg---A--A-A-TAT-----ATATACATCT-----AAT-GTATGTAT----GT------AA-CAC----AAAATATACATGAC--TAT-ACATACA-TATTGTACATAT--------A-TGTATATG-TAT-CAT---ACA---TA-ACTGTACATAAA---TAT-C-ATACGGGT------ATGTAATA---GTATATACATATTATACATGTCTATACACACATATTATACATGCCTGTACTCACACATATATATGCATGTCTGTTTAAACAT-ATTTACATATACTGTATATGatt
gi|8 : CGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAACA-------------------TATATGTTGTTTGT--AG--AT--------AT-ATATATAT---------ATACATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATATTT-----C-T-GT---CAC----TT------AA-TA
gi|9 : ggT-----ATATATATAT-----A-N-NN---NNN----NN------NN-NNN----NNNNNNNNNNNN-N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--------A-TAGACACGTCG-GTAA---ATA--------TATATATACA--TTATGC-AAAC-----------------A---A----------------A-----ATATACATACGTTATGCACACCGGTA---A-ATATATATATACGT---TATaagtgacgtttggcacctcat
gi|9 : AT-ATAGACACGTCGGTAAATAT--------A-TATATACATTATGCAA---ACA---AA-A-TATACATACG--TTATGC-ACACCGGT------A---AA-T---ATATATATACGTTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222 11111111 222222222222 222222222222222222222222222222222222222 222222 11111 11111111 1111 111 22222222222222 222222 11111 111 33 11 1
lowQualScore : 8888888888888888888 55 55 33333333 3 88 3 555555555555 4 99999 222222222222222222222222222222222222222 1 3 444444 777 1 00000 88888888 5 33 888 9999 5 5 0 4 222 5 1 99999999999999 5 888 0 0 888888 2 99999 7 777 11 44 3 1 1
lowQualScore : ................... .. .. ........ . .. . ............ . ..... ....................................... . . ...... ... . ..... ........ . .. ... .... . . . . ... . . .............. . ... . . ...... . ..... . ... .. .. . . .
lowQualScore : 2222222222222222222 00 00 22222222 6 66 6 000000000000 0 11111 888888888888888888888888888888888888888 0 3 111111 000 0 66666 11111111 0 55 888 5555 0 0 1 5 000 0 0 00000000000000 0 888 1 8 222222 0 22222 0 555 77 00 3 0 0
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
Reference ( family-1411 ) : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
gi|10 : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATGTTTAAATAAAAAATACACACTTTCAACAAATAAATATGGT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATAT-----
gi|11 : ggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACTA-------------------TATATGTTGTTTGTAAAA--AT--------AT-ATACACGTTTAAGTAAAAACAATACACTCTCGACAGATAAATATGCCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTATcgat
gi|12 : A-A---ATGCTTGTATGTCTTATA--------TACATACGTTATGCACACCGGTA---AAA-ATATATGTACGT---TATGCAAACAGTATATACATATAT-GT-TTTGAAAACAAAATATATATAGGT
gi|13 : GCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTGTGT--AA--GT--------AT-ATAAACGTTTAAGTTAAAAATATACACTTTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATtatgaaaacaaaatat
gi|14 : agggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTAT--AAATAT--------AT-ATATACCTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCAACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--
gi|15 : agCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGACATAAA------------------------------------------T--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATAGT--AAAC-TG--
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAATA-------------------TATTTGCTGTTTGT--AA--AT--------GT-ATATACGTTTAAGTAAAAa
gi|18 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAc
gi|19 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAca
gi|2 : aggCGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAATATATATGTTGTTTGTATATATATATGTTGTTTGT--AT--AT--------AT-ATATGCGTTTAAGTAAAAAATATACACTCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AA--AC----AAAATATATA------TAT-ATNNNNNNNNNNATACACACCGGTAAAAA-TATATACGTTATGCAA---ACA---AA-A-TATATATACG--TTGTGC-AAAC----------A---AA-ATATATATA--TATGTTATca
gi|3 : aggATATATATGTTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATATTGTGTA-CAGTC--TAT----GTTTAGATAA-TAC----AACACACCCA------TAT-TGGTACATCAGAAAATATAT--------A-TATATACGTTATATAACGCACACGGTA-A-TA-ATATATG---TATGC-ACACgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|4 : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAATA-------------------TATATGCTGTTTAT--AA--ATTTAAATTTATTATATACTTTTAAGTAAAATATATACACCCACGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GC------AATCAC----AACATATGCACG-T--TAT-NNNNNNNNNNAAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---TCA---CA-A-CATATGCACG--TTATGT-ATACTGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATATATACGTTATACACACCGGTA---ATATATATATATACGT---TATGCAAACA--AAATATATATAT-GT-TATGAAAACAAAATATATAAACGTgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|5 : CACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATATATAAAT---ATATTTACGCCCTCGACAAATAAATATTAT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATAT-----A-C-A----TATTAAAGT------AA-CATATAGAATATCTA-ACG-TGATATGTAAGATAATAAAAAAT-TAT--------A-TATATA--TTATATAG---ATC---TATA-TAGATCTA-GATTTACACAAAACAAGTGATATAA---AA-A---ATATATATATATT
gi|6 : ggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAGAATAAACACCGTCGGCAAATAAATGTGGT--AAAA-TG--------------TCT-----ACATATATAT-----A-T-GT---TCG----GT------AA--A-----AATATATATACA-T--TAT-GCAAACAAAAT-ATATATAT--------GTTATGCACATTG-GCAA---ATA----A-A-TATATAT--G--CTATGC-ATACCGGT------A---AA-A---ATATATATA
gi|7 : gg---A--A-A-TAT-----ATATACATCT-----AAT-GTATGTAT----GT------AA-CAC----AAAATATACATGAC--TAT-ACATACA-TATTGTACATAT--------A-TGTATATG-TAT-CAT---ACA---TA-ACTGTACATAAA---TAT-C-ATACGGGT------ATGTAATA---GTATATACATATTATACATGTCTATACACACATATTATACATGCCTGTACTCACACATATATATGCATGTCTGTTTAAACAT-ATTTACATATACTGTATATGatt
gi|8 : CGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAACA-------------------TATATGTTGTTTGT--AG--AT--------AT-ATATATAT---------ATACATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATATTT-----C-T-GT---CAC----TT------AA-TA
gi|9 : ggT-----ATATATATAT-----A-N-NN---NNN----NN------NN-NNN----NNNNNNNNNNNN-N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--------A-TAGACACGTCG-GTAA---ATA--------TATATATACA--TTATGC-AAAC-----------------A---A----------------A-----ATATACATACGTTATGCACACCGGTA---A-ATATATATATACGT---TATaagtgacgtttggcacctcat
gi|9 : AT-ATAGACACGTCGGTAAATAT--------A-TATATACATTATGCAA---ACA---AA-A-TATACATACG--TTATGC-ACACCGGT------A---AA-T---ATATATATACGTTAT
blockSeqs : TATATGTTGTTTGTATATA AA AT TTAAATTT T AA A ACTAAT A CGGTA TGTGTACAGTCTATGTTTAGATAATAC C C CGTGA GTA T TCAGA . T TA CGC CGGT T C T ATT A C AAGTGATATAA T TAT TGTCTA A CTCAC T GTC T CT A A C
blockSeqs : . . . . . T . TAACTA . . ACATATTAAAGTAACATATAG C C TGAC TG N NNNAA . . TG . C . . C T . T GGGTATGT . . A G AT C . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TAACCA . . AATGTATGTATGTAACAC T T CGT NN G ATAAA . . TA . T . . A C . A TGGTA . . A A A T .
blockSeqs : . . . . . . . TAGGC . . ACGTTATGCAATCAC T C CAT GC A NNNNN . . TG . T . . C T . T CGGTA . .
blockSeqs : . . . . . . . TAAA . . ANNNNNNNNNNNNN A N NNN AC T CGTCG . . G . A . . C T . T CGGTA . .
blockSeqs : . . . . . . . TAAA . . ATGTTCGGTAAA N . . NN N AAAT . . T . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . AT G TATT . . G . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : TAAA******** ACGTATNTATGTAACAC********************** CGT*** ******** NGGTA*********
originalCons : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-----A-C-GT---TAT----GT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACCGGT------A---AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
finalCons : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATATGTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTTTAAGTAAAAAATATACACCCTCGACAAATAAATATGGT--AAAC-TGTAAA--------A-TAT-----ATATATATATACGTATNTATGTAACAC----------------------AANATATACACGT---TAT-NNANACANNANAATATATAT--------A-TATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACNGGTA---------AA-A---ATATATATATGTTATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAACA--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222 11111111 1111111 222222222222 11111 333333 2222222222222222 222222 111111 11111111 1111 11111 1111111111 111 444444 1111111 111 33333333 1 1
lowQualScore : 5555555555555555555 999999 44 44 22222222 3 0000000 3 0 3 88 3 222222222222 4 00000 5 6 888888 3333333333333333 1 3 777777 777 1 000000 88888888 1 888 4444 5 5 1 66666 5 1 22 8888888888 888 000 000000 22 55 9999999 777 99999999 0 0 1 1
lowQualScore : ................... ...... .. .. ........ . ....... . . . .. . ............ . ..... . . ...... ................ . . ...... ... . ...... ........ . ... .... . . . ..... . . .. .......... ... ... ...... .. .. ....... ... ........ . . . .
lowQualScore : 8888888888888888888 666666 66 66 11111111 3 8888888 3 5 3 66 6 111111111111 0 00000 7 7 222222 3333333333333333 0 7 777777 777 0 111111 11111111 6 888 6666 0 0 4 88888 0 0 00 9999999999 888 000 555555 22 00 8888888 555 88888888 0 0 0 0
consensus : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTT-------TAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-A-CGTA---T-TATGT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANA-ATATATAT--------ATATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACNGGT------A---AA-A-ATATATATATGT---TATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANACATATATATACGT---TATGCAAAC-----A--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
Reference ( family-1411 ) : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTT-------TAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-A-CGTA---TNTATGT------AA-CAC----AANATATACACG-T--TAT-NNANACANNANA-ATATATAT--------ATATATACGTTATGCAA---ACA---NA-A-TATATATACG--TTATGC-ANACNGGT------A---AA-A-ATATATATATGT---TATATA-----ATATACATACGTTATGCACGCCGGTA---ANATATATATATACGT---TATGCAAAC-----A--ATATACATATAC-GT-TATGAAAACAAAATATATANANGT
gi|10 : CGCCAAACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATGTT-------TAAATA-AAAAATACACACTTTCAACAAATAA-ATATGGT--AAAT-TGACTATATA--A-A-TAT-----ATATATATAT-
gi|11 : ggGCCAAACGTTACTTTATTCAGTGACTTAACTA-------------------TATAT------GTTGTTTGTAAAA--AT--------AT-ATACACGTT-------TAAGTA-AAAACAATACACTCTCGACAGATAA-ATATGCCAAAAAC-TGACTA---A--T-A-TA------ATCTATcgat
gi|12 : A-A-ATGCTTGTATGT---CTTATA--------TACATACGTTATGCACACCGGTA---AAA-ATATATGTACGT---TATGCAAAC-----AGTATATACATATAT-GT-TTTGAAAACAAAATATATATAGGT
gi|13 : GCCATACGTGACTATATTCAGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTGTGT--AA--GT--------AT-ATAAACGTT-------TAAGTT-AAAAATATACACTTTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG----------A-T-TAT-----ATtatgaaaacaaaatat
gi|14 : agggCGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTAT--AAATAT--------AT-ATATACCTT-------TAAGTA-AAAAATATACACCCTCAACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--
gi|15 : agCGCCAAACG-AACTATATTCAGTGACATAAA------------------------------------------------T--------AT-ATATACGTT-------TAAGTA-AAAAATATACACCCTCGACAAATAA-ATATAGT--AAAC-TG--
gi|16 : ggCGCCAAACGTGACTATATTTAGTGACATAAATA-------------------TATTT------GCTGTTTGT--AA--AT--------GT-ATATACGTT-------TAAGTA-AAAa
gi|18 : CGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAc
gi|19 : aggCGCCAAACATGACTATATTCAGTGACACAca
gi|2 : aggCGCCAAACGTGACTATATTGAGTGACATAAATATATATGTTGTTTGTATATATATAT------GTTGTTTGT--AT--AT--------AT-ATATGCGTT-------TAAGTA-AAAAATATACACTCTCGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TA--TA---G--GCA-CACCGGTAACA-ATATAT-A-CGT------TATGC------AA--AC----AAAATATATA------TAT-ATNNNNNNNNNN-ATACACACCGGTAAAAATATATACGTTATGCAA---ACA---AA-A-TATATATACG--TTGTGC-AAACA---------A---AA-T-ATATATATATGT---TATca
gi|3 : aggATAT-ATATGTTT-AAACATA--TA---A--A-AATAT-----ATGCATATATTG-TGTACAGTCTATGTTTAGATAA-TAC----AACACACCCA------TAT-TGGTACATCAGA-AAATATAT--------ATATATACGTTATATAACGCACACGGTA-A-TA-ATATATG---TATGC-ACACgcacacgaccccaaagcggaatcagttttgcaactattccgagaaccagacggcgtaacagtaaatattgcccgattactgggaaaaccttaagtgcaaccgattttctgaggcaaggatgcaataccttcacagaaagagcttacgccattaatttttgtcgtgttctcatctagacgcttgtaccccttttcgaaactttcgattaatgaagatcattgttagagggtcttaaggggaaagggaaaatgtaaactataagtatattagagtagaaatataatatatcattaaattgtt
gi|4 : CGCCAAACGTGACTTTATTCAGTGACTTAAATA-------------------TATAT------GCTGTTTAT--AA--ATTTAAATTTATTATATACTTT-------TAAGTA-AAATATATACACCCACGACAAATAA-ATATGGT--AAAC-TG--TA---A--A-A-TAT-----ATATATATAT-A-CGT------TATGC------AATCAC----AACATATGCACG-T--TAT-NNNNNNNNNNAA-ATATATAT--------ATATATACGTTATGCAA---TCA---CA-A-CATATGCACG--TTATGT-ATACTGGT------A---AA-A-ATATATATATGT---TATATA-----ATATATATACGTTATACACACCGGTA---ATATATATATATACGT---TATGCAAAC-----A--AAATATATATAT-GT-TATGAAAACAAAATATATAAACGTgaccccaaaacggagcacgtttcgctggaacaattccgagaatcggacggtgtaacaataacttttgaccgaaaactggggaaacgctaaatgcaatcgcttgtctaaggctaggatgcaatacttgccggaaatagcatatgtcattgatttttgccgtgttttcatccagacgcttgcacctcttttcgaagccgttgctttacaaagtttattgtttgagggtataaaggggaagttgggaaatataaattattaactatgttagagtaggaatataattaagttattaaattgttttatcgatgaataataaatcgcatggaatcatttactttatta
gi|5 : CACCAAACGTGACTATGTTCGGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATATATA-------TAAAT----ATATTTACGCCCTCGACAAATAA-ATATTAT--AAAC-----TA---ACTA-A-TAT-----ACATGTATAT-A-CATA---TTAAAGT------AA-CATATAGAATATCTA-ACG-TGATATGTAAGATAATAAA-AAAT-TAT--------ATATATA--TTATATAG---ATC---TATA-TAGATCTA-GATTTACACAAAACAAGTGATATAA---AA-A-ATATATATATAT---T
gi|6 : ggCGCAAAATGTGACTATATTCGGTGACATAAATA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AA--AT--------AT-ATATACGTT-------TAAGTA-AAGAATAAACACCGTCGGCAAATAA-ATGTGGT--AAAA-TG--TC------------T-----ACATATATAT-A-TGT------TCGGT------AA--A-----AATATATATACA-T--TAT-GCAAACAAAATATATATATGT---------TATGCACATTG-GCAA---ATA----A-A-TATATATGC----TATGC-ATACCGGT------A---AA-A-ATATATATA
gi|7 : gg---A--A-A-TAT-----ATATACATCT-AATGTA---TGTATGT------AA-CAC----AAAATATACATGAC--TAT-ACATACA-TATT-GTACATAT--------ATGTATATG-TAT-CAT---ACA---TA-ACTGTACATAAA---TAT-C-ATACGGGT------ATGTAATA-GTATATACATAT---TATACATGTCTATACACACATATTATACATGCCTGTACTCACACATATATATGCATGTCTGTTTAAAC-----AT-ATTTACATATACTGTATATGatt
gi|8 : CGCCAAACATGATTATAGACAGTGATATAAACA-------------------TATAT------GTTGTTTGT--AG--AT--------AT-ATATATAT-----------------ATACATACACCCTCGACAAATAA-ATATGGT--CAA---A--TA---ACCA-A-TAT-----ATATATAT
gi|8 : ggGCCAAACGTCACTTTATTAAGTGACAGAAATA-------------------TATATATATTGGTTATTTGA--CC--AT--------AT-TTATTTGTCGAGGGTGTATGTATATATATATATA---TCTACAAACAACATATttctgtcacttaataaagtgacgtttggcacctcat
gi|9 : ggcgccaaacatgattatagacagtgatataaacatTATATAT--------ATATANNNNNNNNNNNN---NNN---NN-N-NNNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNNNNN------N---NN-NNATATAGACACGTCGGTAAATA------TATATATACATTATGCAAAC--------AAA-ATATACATACGT---TATGCACACCGGTAA--ATATATATATAC-GT-TATacctcat
gi|9 : AT-ATAGACACGTCG-GTAAATAT--------ATATATACATTATGCAA---ACA---AA-A-TATACATACG--TTATGC-ACACCGGT------A---AA-T-ATATATATACGT---TAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGGGTAATGCAAGATGCAAAGCGACTTATGAGCTAAAATGGCCCATAAACTCGGATCGCATACGTCATTAATTGTTGCGTTCTGCTCAATCAGACTGTCGTAAACGCCTGGGACGTTCCTTATTCCAAGAGGTTATTCAGGGGGAAATCAATGATAGGAAACATGAAATACAATTAAGTTATTCATTTGTGTTTTATGGATAAATAATAAAGCGCATTTATGTTAATACAATGTTTTTTTAAGAAATAGGTCTCGAAAAGATGACGTATCACCAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAATGGAACTTACAATACAGATAGTAATGTATCTTTTTTTCCAAATCAGGTGGGTCCAATAGCGGATTGCACCAGTAAATTGATCTCACAATGCAGAATATCAATCAATATATTTCAGAAATATTCGCATTCCGCAATGTTATATAGTGTTACGATG
Unaligned ( gi|17 ): CACGACCCCAAAGCGGAAACAGTTTCGCTTCGAGAACCAGACGGTGTAACAGTAAATATTGCTCAATT