lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555 2222222 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 3333333333333333333 1111111 11111 1 11 77777777777777
lowQualScore : 999999999999999999 0000000 3 5 999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555555555 3333333333333333333 2222222 777 77777 9999 0 4 8 9 11 44444444444444 6
lowQualScore : .................. ....... . . ... .......................................................................................... .......... ................... ....... ... ..... .... . . . . .. .............. .
lowQualScore : 444444444444444444 6666666 1 1 666 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000000 8888888888888888888 2222222 888 44444 4444 1 3 1 3 00 33333333333333 7
consensus : TTTTTCTTTCTTCCGA-A--CTG----T----GTCAC---CGA-TCAATTCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----NT-------G-------A-------AAC----TGTAT-------T---AAAA---GT-----TAAGTAGTGTA-A--CAGTGTCTAA-----AA---GTAAAA---TG----A--AA-----AA-----AAAT---GACTACTGACCTTAACATTAAAACTAA----TTA----CAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTG--CATATA-A------------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( gi|4 ) : TTTTTCTTTCTTCCGA----CTG----T----GTCAC---TGA-TCAAGTCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----TT-------G-------A-------AAC----TATAT-------T---AAAA---GT-----TAAGTAGTGTACATGCAGTGTCTAA-----AG---GTAAAA---CG----A--AA-----AA-----AGAT---GACTACTGACCTTAACATTAAAACTAG----TTA----CAACTATTATGTGAGAGTTGGGTG--CATATA-A------------TATGTCTACTTAAGT
gi|11 : TCTTTCCTCCTTCGGATA--CTACAACT----GTCAA---AAA-TCAATTTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGCCT-ATA-------T-----CA-------G-------A-------AACTTTTTATAT-------TATAAAAA---GT-----T------TGTA----CAGTGTCTAA-----TA---GTGCAA---TG----G--AATTTATAG-----AAAT---GACAACT
gi|15 : tTTTCTCTCTTTTCCA------TA----TA---GTCAC---CAA-TGAATTCTGATCATCAAGACA--GTGGTAGC---ATAAATGCAGT-----CA-------G-------A-------AAC----TGTAT-------a
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCGA----CTG----T----GTCAC---TGA-TCAAGTCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----TT-------G-------A-------AAC----TATAT-------T---AAAA---GT-----TAAGTAGTGTACATGCAGTGCCTAA-----AA---GTAAAA---CG----A--AA-----AA-----ATAT---GACTACTGACCTTAACATTAAAACTAG----TTA----CAACTATTATGTGAGAGTTGGGTG--CATATA-A------------TATGTCTACTTAAGTatac
gi|14 : cTTGTCTTTCTTCCAT----ATG---------GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC---ATA-------T-----ATGCAGCCAG-------A-------AAC----TGTA
gi|1 : TTTCTGTCTTCCGA-----TA----CA---GTCAC---CGA-TCAACACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC---ATA-------C-----AT-------G-------ACATCAGAAAC----TGTATATACATGT---ACGA---GTACATATAAGAAGT-TAAACATAGTGTCTAA-----AA---ATAAAA---TGGAG-A--AATT---AA-----AAAT---GACTAATTACATCAACATTAAAGCTAA----TTG----CAAATATTATGTGAGAGCTGTGTA--CATATA-
gi|17 : cTTTCTTTCTTTCAATA--CTG----TAACTGTCAC---CAA-TCAATTCTGATCATCATGACAcaactctcattttatatgacaaattaaga
gi|5 : TTCTTTCTTCCTATAC-CT-----------TCAC---CGT-TCAATTCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----AT-------GCAATCAAA-------AATGGTGTATATGC-----T---AAAA---GT-----TAAG-AATG--------GTGTCTAA-----AA---GTAAAA---T---------A-----AA-----AAAT---GTTTATTGACCTTTACATTAAAACTA-----TTAATCGCAAGAGTGATGTCAGAGT---GTACCCATTTT-G------------TATGGCTAATTAA
gi|2 : aTTCTTTCTTCCTA----TAC----C----ATCAC---CAT-TCAGTTCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC---ATA-------T-----GT-------G-------C-------AGT----CAGAT-------T---A----------------------------CAGTATCTAA-----AA---GTGAAA---TGGAGAA--AAT----AA-----AAAT---GACTGCTGACCTTAGCATTAAAACTAA----TTA----CAA
gi|8 : TTCTTTCTTCCTA----TAC----T----GTCAC------------------CATAACGACATGGTGGTGGC---ATAGATGCAGT-----CA-------G-------A-------AAC----TGTAT-------T---TATA----T-----TA-----TGTACAT----TGTCTAA-----AATAAATAAAAAAACA----ACAAA-----AA-----AGACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAACTAAAATTTTA----CAAATATGATGTGAGAGTTGCGTatttgataattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|13 : TCCTTGCTTCCAATAGTCTG----T----GTCAC---CAA-TCAATTCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----atttgcagacatattttata
gi|12 : TCTTTCTTCAGAAA--C-G---------GTCAC---C-A-TCAGTTCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC---ATA-------T-----AT-------G-------C-------A---------GT-------C---AGAATCTGT-----TA--TAGTATACATGCaacatgcagtcagaaactgtatatatatttacagtttaaga
gi|9 : CTTTCTTCCTA----TAC----T----GTCAC---CAG-TAATTTCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATACA-------T-----GTAGTCA--G-------A-------AAC----TGTAT-------taacggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|7 : ta----GTCAC----AA-TCCATGCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC---ATA-------TATGCATTCA-----G-------A-------AAC----AGTAT-------------GA---GT-----TAAGTA---------CAGTGTCTAATGTCTAG---TTGAAA---TG----T--TA-----AA-----A-AT---GACTACTGACCTTAACATTAAAACTAA----TTA----CAAATTTGATATGGGAGTTGAGTG--CATATACAACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTatataatcagtgacgtaaatgtttatttgcttctgatgtaattaaaattaagcacagtatctaaaagtgcatgaaaaatggttactactgacctgaacatcacagttaatta
gi|6 : tgACAGGGTGGTGGC---ATA-------T-----AT-------G-------C-------AGT----CA-GT-------T---AAAA---GT-----TAAGTAGTGT-----------CTAA-----AA---GTAAAA---TG----A--AA-----A
gi|9 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttattttctctttcattactttttatcttccaatactgacAT-------T---AAAA----T-----TAAGCA---------CAGTATCTAA-----AA---GTGCA----TG----A--AA-----AA-----TGGT---TACTACTGACCTGAACATCACAGTTAA----TTA----g
gi|16 : tactttcttcctatactgtcaccagtaatttctgatcataacgacatgatgctggcaatacatgtagtcagaaactgtatatataatcagtgacgtaaatgtttatttgcttctgatgtaTGTCTAA-----AA---GTAAAA---AG----G--AA-----AAGTTATAAAC---AACTACTGACCTTAACATTTAAACTAA----TTA----CAAATTTGAT-TGAG
gi|18 : tacGGCCGTAGCATTAAAACTTA----TTA----CAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTG--TAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555555555555555555555555555555555 111111 8888888888888888888888888
lowQualScore : 2 2222222222222222222 6 5555 0 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 99999999 666 33333333333333333333333333333333333333 777 111111 777 8888 0 1 0 1 7777777777777777777777777 1 0
lowQualScore : . ................... . .... . . ............................................................................................. .. ........ ... ...................................... ... ...... ... .... . . . . ......................... . .
lowQualScore : 9 5555555555555555555 9 7777 9 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 88888888 444 77777777777777777777777777777777777777 000 555555 000 5555 9 0 1 0 0000000000000000000000000 0 6
consensus : TTTTTCTTTC-TTCCGATA--CTG----T----GTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---AT-------G-------A-------AAC----TGT--AT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA----CA--GTGTCTAA---A----A---GTAAAAT---G----------AAAT----A--------A-----AAATG---ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTC-TTCCGA-A--CTG----T----GTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---NT-------G-------A-------AAC----TGT--AT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA---ACA--GTGTCTAA---A----A---GTAAAAT---G----------AAA-----A--------A-----AAATG---ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATA-------------A-----------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTC-TTCCGATA--CAG----T------CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATA-------C---AT-------G-------ACATCAGAAAC----TGT--ATATACATGT---A-CG--AGTACATATAAGAA---GTTAA---ACATAGTGTCTAA---A----A---ATAAAAT---GGAG-------AAATT---A--------A-----AAATG---ACTA------ATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATACAACTCTCATTTTA-----------TATGACAAATTAAG
gi|11 : cTCTTTCCTCC-TTCGGATA--CTACAACT----GTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTA-------T---ATCA-----G-------A-------AACTTTTTAT--AT-------TATAA-AA--AGT-----T---------TGT----ACA--GTGTCTAA---T----A---GTGCAAT---G----------GAATTTATA--------G-----AAATG---ACAA------CTa
gi|12 : tTCTTTC-TTCAGA-A--ACG---------GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATA-------T---AT-------G-------a
gi|13 : TCCTTGC-TTCCAATAGTCTG----T----GTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATA-------TAACATGCAGTCAG-------A-------AAC----TGT--AT-------cagtcagaatctgttatagtatacatgctaacggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTC-TTCCAT-A---TG---------GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATA-------T---ATGCAGCCAG-------A-------AAC----TGT--Aatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTT-TTCCA------TA----TA---GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACA--GTGGTAGC-ATAAATGCAGT---CA-------G-------A-------AAC----TGT--AT-------
gi|16 : TGTCTAA---A----A---GTAAAAA---G----------GAA-----A--------AGTTATAAACA---ACTA------CTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTC-TTTCAATA--CTG----TAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTC-TTCCTATA--CCA----T------CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATA-------T---GT-------G-----------------C----------------------------AGT-----CAGAT-------TA----CA--GTATCTAA---A----A---GTGAAAT---GGAGA------AAAT----A--------A-----AAATG---ACTG------CTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTC-TTCCGA----CTG----T----GTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---TT-------G-------A-------AAC----TAT--AT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTACATGCA--GTGCCTAA---A----A---GTAAAAC---G----------AAA-----A--------A-----ATATG---ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATATA-------------A-----------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTC-TTCCGA----CTG----T----GTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---TT-------G-------A-------AAC----TAT--AT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTACATGCA--GTGTCTAA---A----G---GTAAAAC---G----------AAA-----A--------A-----AGATG---ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATATA-------------A-----------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTC-TTCCTATA--CC-----T-----TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATA-------T---AT-------GCAATCAAA-------AATGG--TGT--ATATGC---T---A-AA--AGT-----TAAG---------A---ATG--GTGTCTAA---A----A---GTAAAAT----------------A-----A--------A-----AAATG---TTTA------TTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAG-TGTACCCATTTT-------------G-----------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTCTCTTTCATT-----A--CTT----T-----TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---AT-------G-------C-------A-------GTCAGT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTG-------------TCTAA---A----A---GTAAAAT---G----------AAA-----A--------
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttat----GTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATA-------T---AT-------GCATTCAGA-------AAC----AGT--AT--------------G--AGT-----TAAGTA------------CA--GTGTCTAA---TGTCTA---GT----T---G----------AAATGTT-A--------A-----AAATG---ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACA-----------ACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTg
gi|8 : tgTTCTTTC-TTCCTATA--CTG----T------CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATA-------G---AT-------GCAGTCAGA-------AAC----TGT--AT-------T---T-AT--A-T-----TA--------TGTA----CA--TTGTCTAA---A----ATAAATAAAA---------------AAACAAC-A--------A-----AAAAG---ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTC-TTCCTATA--CTG----T------CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATA-------C---ATGTAGTCAG-------A-------AAC----TGT--ATA------T---ATAATCAGT-----GACGTAAATGTTTA---TTT--GCTTCTGATGTA----A---TTAAAATTAAGCACAGTATCTAAA-----AGTGCATGAA-----AAATGGTTACTA------CTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444444444 22222222222222 111111 88888888888888888888888888
lowQualScore : 88 22222222222 6 5555 0 2 555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 666 44444444444444444444444444444 33333333333333 111111 777 8888 0 1 3 55555555555555555555555555 1 0
lowQualScore : .. ........... . .... . . ... ..................................................................................... ... ... ............................. .............. ...... ... .... . . . .......................... . .
lowQualScore : 11 66666666666 9 7777 9 9 000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 444 22222222222222222222222222222 55555555555555 555555 000 5555 9 0 0 22222222222222222222222222 0 6
consensus : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG------G-------AAAC----TGT--AT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTA----CA---GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-------G-------AAAC----TGT--AT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTA----CA---GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTCTTCCG-ATA--CAG----T--CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATAC---ATGACATCAG-------AAAC----TGT--ATATACATGT---A-CG--A---GTACATATAAGA-A--GTTAAACA----TA---GTGTCTAA---AA---ATAAAATGGAG----A-A----AT--------T---AAAAATG--------------ACTA------ATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATACAACTCTCATTTTA-----------TATGACAAATTAAG
gi|11 : cTCTTTCCTCCTTCGG-ATA--CTACAACTGTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTAT---ATCA-----G-------AAACTTTTTAT--AT-------TATAA-AA--A---GT-----T---------T---GTA----CA---GTGTCTAA---TA---GTGCAAT---G----G-AATTTA---------T---AGAAATG--------------ACAA------CTa
gi|12 : tTCTTTCTTCAG-AAA--C-G-----GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATAT---AT-------G-------CA-----------GT-------C---A-GA--ATCTGT-----TA--T-A--GT---ATA----CA----TG-CTAA---a
gi|13 : TCCTTGCTTCCA-ATAGTCTG----TGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATATAACATGCAGTCAG-------AAAC----TGT--AT-------cggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTCTTCC--ATA---TG-----GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATAT---ATGCAGCCAG-------AAAC----TGT--Aatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTTTTCCATATA----------GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACA--GTGGTAGC-ATAA---ATGCAGTCAG-------AAAC----TGT--AT-------
gi|16 : TGTCTAA---AA---GTAAAAA---G----G-A----AAAGT-----T---ATAAACA--------------ACTA------CTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTCTTTCA-ATA--CTGTAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CCA----T--CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATAT---GT-------G----------C----------------------------A---GT-----CAGAT----------TA----CA---GTATCTAA---AA---GTGAAAT---GGAGAA-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTG------CTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TT-------G-------AAAC----TAT--AT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCA---GTGCCTAA---AA---GTAAAAC---G----A-A----A-------------AAATATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TT-------G-------AAAC----TAT--AT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCA---GTGTCTAA---AG---GTAAAAC---G----A-A----A-------------AAAGATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CC-----T-TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-------GCAATCAAAAATGG--TGT--ATATGC---T---A-AA--A---GT-----TAAG--A--AT---G-----------GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---A-------------------------AAAAATG--------------TTTA------TTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAGT---GTACCCATTTT-----------G-----------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTTCT--CTTTCA-TTA--CTT----T-TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-------G-------CA-------GTCAGT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---G--------------TCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttaGTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-------GCATTCAGAAAC----AGT--AT--------------G--A---GT-----TAAGT-ACAGT---GTC----TA---ATGTCTA---------GT----T---G----A-A----A---------TGTTAAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACA-----------ACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTag
gi|8 : tgTTCTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATAG---AT-------GCAGTCAGAAAC----TGT--AT-------T---T-AT--A----T-----TA--------T---GTA----CA---TTGTCTAA---AATAAATAAAAA---A----ACA----A---------C---AAAAAAG--------------ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATAC---ATGTAGTCAG-------AAAC----TGT--ATA------T---ATAATCA---GT-----GACGTAA--AT---GTT----TATTTGCTTCTGATGTAA---TTAAAAT---T----A-A----GCACAGTATCT---AAAAGTGCATGAAAAATGGTTACTA------CTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444444444444 22222222222222 111111 88888888888888888888888888
lowQualScore : 88 22222222222 6 5555 0 2 555 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 666 44444444444444444444444444444 33333333333333 111111 777 8888 0 1 3 55555555555555555555555555 1 0
lowQualScore : .. ........... . .... . . ... . ............................................................................ ... ... ............................. .............. ...... ... .... . . . .......................... . .
lowQualScore : 11 66666666666 9 7777 9 9 000 9 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 444 22222222222222222222222222222 55555555555555 555555 000 5555 9 0 0 22222222222222222222222222 0 6
consensus : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-GCAGTCAGAAAC--------TGTAT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-G------GAAAC--------TGTAT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTCTTCCG-ATA--CAG----T--CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATAC---AT-GACATCAGAAAC--------TGTATATACATGT---A-CG--A---GTACATATAAGA-A--GTTAAACATA----GTGTCTAA---AA---ATAAAATGGAG----A-A----AT--------T---AAAAATG--------------ACTA------ATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATACAACTCTCATTTTA-----------TATGACAAATTAAG
gi|11 : cTCTTTCCTCCTTCGG-ATA--CTACAACTGTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTAT---ATCA------GAAACTTTT----TATAT-------TATAA-AA--A---GT-----T---------T---GTACA----GTGTCTAA---TA---GTGCAAT---G----G-AATTTA---------T---AGAAATG--------------ACAA------CTa
gi|12 : tTCTTTCTTCAG-AAA--C-G-----GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATAT---AT-G------CA--------------GT-------C---A-GA--ATCTGT-----TA--T-A--GT---ATACA-----TG-CTAA---a
gi|13 : TCCTTGCTTCCA-ATAGTCTG----TGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATATAACAT-GCAGTCAGAAAC--------TGTAT-------cggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTCTTCC--ATA---TG-----GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATAT---AT-GCAGCCAGAAAC--------TGTAatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTTTTCCATATA----------GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACA--GTGGTAGC-ATAA---AT-GCAGTCAGAAAC--------TGTAT-------
gi|16 : TGTCTAA---AA---GTAAAAA---G----G-A----AAAGT-----T---ATAAACA--------------ACTA------CTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTCTTTCA-ATA--CTGTAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CCA----T--CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATAT---GT-G----------C------------------------------A---GT-----CAGAT----------TACA----GTATCTAA---AA---GTGAAAT---GGAGAA-A----A---------T---AAAAATG--------------ACTG------CTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT----T-T------GAAAC--------TATAT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGCCTAA---AA---GTAAAAC---G----A-A----A-------------AAATATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT----T-T------GAAAC--------TATAT-------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGTCTAA---AG---GTAAAAC---G----A-A----A-------------AAAGATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CC-----T-TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-G------CAATCAAAAATGGTGTATATGC---T---A-AA--A---GT-----TAAG--A--AT---G--------GTGTCTAA---AA---GTAAAAT---A-------------------------AAAAATG--------------TTTA------TTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAGT---GTACCCATTTT-----------G-----------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTTCT--CTTTCA-TTA--CTT----T-TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-G------CAGTC--------AGT---------T---A-AA--A---GT-----TAAGT-A--GT---G-----------TCTAA---AA---GTAAAAT---G----A-A----A---------
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttaGTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATAT---AT-GCATTCAGAAAC--------AGTAT--------------G--A---GT-----TAAGT-ACAGT---GTCTA----ATGTCTA---------GT----T---G----A-A----A---------TGTTAAAAATG--------------ACTA------CTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACA-----------ACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTag
gi|8 : tgTTCTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATAG---AT-GCAGTCAGAAAC--------TGTAT-------T---T-AT--A----T-----TA--------T---GTACA----TTGTCTAA---AATAAATAAAAA---A----ACA----A---------C---AAAAAAG--------------ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATAC---AT-GTAGTCAGAAAC--------TGTATA------T---ATAATCA---GT-----GACGTAA--AT---GTTTATTT-GCTTCTGATGTAA---TTAAAAT---T----A-A----GCACAGTATCT---AAAAGTGCATGAAAAATGGTTACTA------CTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555 111 44444444444444444444444444444 22222222222222 111111 88888888888888888888888888
lowQualScore : 88 22222222222 6 5555 0 2 555 22 1 0000 999999999999999999999999999999999999999999999999 222 44444444444444444444444444444 33333333333333 111111 777 8888 0 1 3 55555555555555555555555555 1 0
lowQualScore : .. ........... . .... . . ... .. . .... ................................................ ... ............................. .............. ...... ... .... . . . .......................... . .
lowQualScore : 11 66666666666 9 7777 9 9 000 99 9 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444 777 22222222222222222222222222222 55555555555555 555555 000 5555 9 0 0 22222222222222222222222222 0 6
consensus : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTCTTCCG-ATA--CAG----T--CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATAC---ATGACA-TCAGAAAC----TGTATATACATGT---A-CG--AGTACATATAAGA-A--GTTAAACATA----GTGTCTAA---AAATAAAATGGAG----A-A----AT--------T---AAAAATG--------------AC------TAATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATACAACTCTCATTTTA-----------TATGACAAATTAAG
gi|11 : cTCTTTCCTCCTTCGG-ATA--CTACAACTGTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTAT---A------TCAGAAACTTTTTATAT-------TATAA-AA--AGT-----T---------T---GTACA----GTGTCTAA---TAGTGCAAT---G----G-AATTTA---------T---AGAAATG--------------AC------AACTa
gi|12 : tTCTTTCTTCAG-AAA--C-G-----GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAATC----TGTa
gi|13 : TCCTTGCTTCCA-ATAGTCTG----TGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATATAACATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------tatagtatacatgctaacggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTCTTCC--ATA---TG-----GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATAT---ATG-CAGCCAGAAAC----TGTAatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTTTTCCATATA----------GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACAG--TGGTAGC-ATAA---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------
gi|16 : TGTCTAA---AAGTAAAAA---G----G-A----AAAGT-----T---ATAAACA--------------AC------TACTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTCTTTCA-ATA--CTGTAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CCA----T--CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATAT---GTG-CAGTCAGA-----------------------------------------------T----TACA----GTATCTAA---AAGTGAAAT---GGAGAA-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TGCTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGCCTAA---AAGTAAAAC---G----A-A----A-------------AAATATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGTCTAA---AGGTAAAAC---G----A-A----A-------------AAAGATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CC-----T-TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAATCAAAAATGG--TGTATATGC---T---A-AA--AGT-----TAAG--A--AT---G--------GTGTCTAA---AAGTAAAAT---A-------------------------AAAAATG--------------TT------TATTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAGT---GTACCCATTTT-----------G-----------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTTCT--CTTTCA-TTA--CTT----T-TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAG------------T-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-------------A----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttaGTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CATTCAGAAAC----AGTAT--------------G--AGT-----TAAGT-ACAGT---GTCTA----ATGTCTA------GT----T---G----A-A----A---------TGTTAAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACA-----------ACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTag
gi|8 : tgTTCTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATAG---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---T-AT--A-T-----TA--------T---GTACA----TTGTCTAAAATAAATAAAAA---A----ACA----A---------C---AAAAAAG--------------ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATAC---ATG-TAGTCAGAAAC----TGTATA------T---ATAATCAGT-----GACGTAA--AT---GTTTATTT-GCTTCTGATGTAATTAAAAT---T----A-A----GCACAGTATCT---AAAAGTGCATGAAAAATGGTTAC------TACTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555 111 44444444444444444444444444444 22222222222222 111111 88888888888888888888888888
lowQualScore : 88 22222222222 6 5555 0 2 555 22 1 0000 999999999999999999999999999999999999999999999999 222 44444444444444444444444444444 33333333333333 111111 777 8888 0 1 3 55555555555555555555555555 1 0
lowQualScore : .. ........... . .... . . ... .. . .... ................................................ ... ............................. .............. ...... ... .... . . . .......................... . .
lowQualScore : 11 66666666666 9 7777 9 9 000 99 9 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444 777 22222222222222222222222222222 55555555555555 555555 000 5555 9 0 0 22222222222222222222222222 0 6
consensus : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTCTTCCG-ATA--CAG----T--CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATAC---ATGACA-TCAGAAAC----TGTATATACATGT---A-CG--AGTACATATAAGA-A--GTTAAACATA----GTGTCTAA---AAATAAAATGGAG----A-A----AT--------T---AAAAATG--------------AC------TAATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATACAACTCTCATTTTA-----------TATGACAAATTAAG
gi|11 : cTCTTTCCTCCTTCGG-ATA--CTACAACTGTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTAT---A------TCAGAAACTTTTTATAT-------TATAA-AA--AGT-----T---------T---GTACA----GTGTCTAA---TAGTGCAAT---G----G-AATTTA---------T---AGAAATG--------------AC------AACTa
gi|12 : tTCTTTCTTCAG-AAA--C-G-----GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAATC----TGTa
gi|13 : TCCTTGCTTCCA-ATAGTCTG----TGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATATAACATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------tatagtatacatgctaacggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTCTTCC--ATA---TG-----GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATAT---ATG-CAGCCAGAAAC----TGTAatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTTTTCCATATA----------GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACAG--TGGTAGC-ATAA---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------
gi|16 : TGTCTAA---AAGTAAAAA---G----G-A----AAAGT-----T---ATAAACA--------------AC------TACTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTCTTTCA-ATA--CTGTAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CCA----T--CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATAT---GTG-CAGTCAGA-----------------------------------------------T----TACA----GTATCTAA---AAGTGAAAT---GGAGAA-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TGCTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGCCTAA---AAGTAAAAC---G----A-A----A-------------AAATATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACATGCAGTGTCTAA---AGGTAAAAC---G----A-A----A-------------AAAGATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATAT--A-----------A-----------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CC-----T-TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAATCAAAAATGG--TGTATATGC---T---A-AA--AGT-----TAAG--A--AT---G--------GTGTCTAA---AAGTAAAAT---A-------------------------AAAAATG--------------TT------TATTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAGT---GTACCCATTTT-----------G-----------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTTCT--CTTTCA-TTA--CTT----T-TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAG------------T-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-------------A----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttaGTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CATTCAGAAAC----AGTAT--------------G--AGT-----TAAGT-ACAGT---GTCTA----ATGTCTA------GT----T---G----A-A----A---------TGTTAAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACA-----------ACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTag
gi|8 : tgTTCTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATAG---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---T-AT--A-T-----TA--------T---GTACA----TTGTCTAAAATAAATAAAAA---A----ACA----A---------C---AAAAAAG--------------ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATAC---ATG-TAGTCAGAAAC----TGTATA------T---ATAATCAGT-----GACGTAA--AT---GTTTATTT-GCTTCTGATGTAATTAAAAT---T----A-A----GCACAGTATCT---AAAAGTGCATGAAAAATGGTTAC------TACTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
blockSeqs : AT CTACAACTG A GAAT A AAC C G TTTT ATATAATCAGTGACGTAAATGTTTATTT AAT TAAGCACAGTATCT CATGAAAAATGGTT TAGAAA TAT AATT T T ACAACTCTCGTTTTT T
blockSeqs : G CTGTAACTG A . . . C G GG TAAAAGTTAAGTAGTGTACATGCA TGT GGAATTTAT . . . . T G TTTG T
blockSeqs : G GTCTGTG A . . . C G . TAAAAGTTAAGTAGTGTACATGCA . GGAAAAGTT . . . . T G AA G
blockSeqs : A CTGTG A . . . C G . ATGCTAAAAGTTAAGAATG . GGAGAAAAT . . . . A A AA T
blockSeqs : A CTGTG A . . . C G . GAGTTAAGTACAGTGTCTA . GAAATGTT . . . . A C
blockSeqs : T CCAT A . . . C A . TATAAAAAGTTTGTACA . AACAAC . . . . G .
blockSeqs : G CTTT G . . . C G . TTATATTATGTACA . GAAA . . . . T
blockSeqs : G CTGT G . . . C T . TAAAAGTTAAGTA . GAAA . . . . A
blockSeqs : T CTGT G . . . C G . TTACA . A . . . .
blockSeqs : A CGG T . . . T G . .
blockSeqs : T TGG A . . . . . .
blockSeqs : T CCT A . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : C* TAAAAGTTAAGTAGTGTACTCA************************** ACG***********************
originalCons : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGT-A--GT---GTACA----GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA-----------A-----------TATGTCTAATTAAGT
finalCons : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATGC-AGTCAGAAAC----TGTATTAAAAGTTAAGTAGTGTACTCA--------------------------GTGTCTAA---AAGTAAAAT---G----A-A----A---------T---AAAAATG--------------AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACG-----------------------TATGTCTAATTAAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888 111 666666666666666666666666666666666 111111 66666666666666
lowQualScore : 88 22222222222 6 5555 0 2 555 22 1 0000 0000000000000000000000000000000000000000000000 222 777777777777777777777777777777777 777 111111 777 8888 0 1 0 1 0 66666666666666 3
lowQualScore : .. ........... . .... . . ... .. . .... .............................................. ... ................................. ... ...... ... .... . . . . . .............. .
lowQualScore : 11 66666666666 9 7777 9 9 000 99 9 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444 777 222222222222222222222222222222222 000 555555 000 5555 9 0 1 0 8 55555555555555 0
consensus : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA--C-T-CAGTGTCTAA---AAGTAAAATG----A-A-------A----T-------------AAAAATG---AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACA------------TATGTCTANTTAAGT
Reference ( family-1379 ) : TTTTTCTTTCTTCCG-ATA--CTG----TGTCACCGATCAAT----TCTGATCATCACGACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA--C-T-CAGTGTCTAA---AAGTAAAATG----A-A-------A----T-------------AAAAATG---AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATNTGATGTGAGAGTTGNGTGCATATACG------------TATGTCTAATTAAGT
gi|1 : TTTCTGTCTTCCG-ATA--CAG----T--CACCGATCAAC----ACTGATCATCACGGTAGGGTGGTGGC-ATAC---ATGACA-TCAGAAAC----TGTATATACATGT---A-CG--AGTACATATAAGAA---GT-TAAAC-A-TAGTGTCTAA---AAATAAAATGGAG-A-A-------A----TT------------AAAAATG---AC------TAATTACATCAACATTAAAGC---TAA----TTGCAAATATTATGTGAGAGCTGTGTACATATAC
gi|11 : cTCTTTCCTCCTTCGG-ATA--CTACAACTGTCAAAAATCAAT----TTTTATCATAAAGGTCGGGTGGTAGC-CTAT---A------TCAGAAACTTTTTATAT-------TATAA-AA--AGT-----T---------TGTA------CAGTGTCTAA---TAGTGCAATG----G-AATTT---A----T-------------AGAAATG---AC------AACTaactctcattttatatgacaaattaaga
gi|12 : tTCTTTCTTCAG-AAA--C-G-----GTCACC-ATCAGT----TCTGATCACTACGACAGAGGGTTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAGAATC----TGTa
gi|13 : TCCTTGCTTCCA-ATAGTCTG----TGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCGCGACAGGGTGGTGGC-ATATAACATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------tatagtatacatgctaacggttaaccacggtaactgttaaatgaactaca
gi|14 : TTGTCTTTCTTCC--ATA---TG-----GTCACCAATGAATGAATTCTGATCAACAAGTGAGGGTGGTAGC-ATAT---ATG-CAGCCAGAAAC----TGTAatatatttacagtttaaga
gi|15 : TTTCTCTCTTTTCCATATA----------GTCACCAATGAAT----TCTGATCATCAAGACAG--TGGTAGC-ATAA---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------
gi|16 : TGTCTAA---AAGTAAAAAG----G-A-------AAAGTT-------------ATAAACA---AC------TACTGACCTTAACATTTAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT-TGAGatac
gi|17 : tacTTTCTTTCTTTCA-ATA--CTGTAACTGTCACCAATCAAT----TCTGATCATCATGACA
gi|18 : GGCCGTAGCATTAAAAC---TTA----TTACAGTTTTGATGTGAGAGTTGTGTGTAT
gi|2 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CCA----T--CACCATTCAGT----TCTAATCATCACAACAGGGTGGTGTC-ATAT---GTG-CAGTCAGA-------------------------------T-----TA------------------CAGTATCTAA---AAGTGAAATGGAGAA-A-------A----T-------------AAAAATG---AC------TGCTGACCTTAGCATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGAT
gi|3 : TTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA--CATGCAGTGCCTAA---AAGTAAAACG----A-A-------A------------------AAATATG---AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATATA-A------------TATGTCTACTTAAGTaattaataccacatgtacgaattgtgtgttttatataacaacttttcatatatgt
gi|4 : cTTTTTCTTTCTTCCG-A----CTG----TGTCACTGATCAAG----TCTGATCATCATGACAGGGTGGTGGC-ATAT---TTG--------AAAC----TATAT-------T---A-AA--AGT-----TAAGTA---GTGTA--CATGCAGTGTCTAA---AGGTAAAACG----A-A-------A------------------AAAGATG---AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAG----TTACAACTATTATGTGAGAGTTGGGTGCATATA-A------------TATGTCTACTTAAGT
gi|5 : TTCTTTCTTCCT-ATA--CC-----T-TCACCGTTCAAT----TCTGATCACAATGTCAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAATCAAAAATGG--TGTATATGC---T---A-AA--AGT-----TAAG-A---ATG----------GTGTCTAA---AAGTAAAATA---------------------------------AAAAATG---TT------TATTGACCTTTACATTAAAACTATTAA----TCGCAAGAGTGATGTCAGAG-TGTACCCAT-TTTG------------TATGGCTAATTAA
gi|6 : aTTTTCT--CTTTCA-TTA--CTT----T-TTATCTTCCAAT----ACTGAC-------ACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CAGTCAG------------T-------T---A-AA--AGT-----TAAGT----------------AGTGTCTAA---AAGTAAAATG----A-A-------A----
gi|7 : tattgagtattcacaaaaaaaaaaaagcttgcatcgatatatattgttgtcagaccttaatataatttcttatgttatgttttgcagtttgtttgttaGTCAC-AATCCAT----GCTAATCATCACAACAGGGTGGTGGC-ATAT---ATG-CATTCAGAAAC----AGTAT--------------G--AGT-----TAAGTACA-GTGT---C-T--AATGTCTA------GT----TG----A-A-------A----TGTT----------AAAAATG---AC------TACTGACCTTAACATTAAAAC---TAA----TTACAAATTTGATATGGGAGTTGAGTGCATATACAACTCTCGTTTTTTATGTTTAATTAAGTag
gi|8 : tgTTCTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACC------------------ATAACGACATGGTGGTGGC-ATAG---ATG-CAGTCAGAAAC----TGTAT-------T---T-AT--A-T-----TA--------TGTA------CATTGTCTAAAATAAATAAAAAA----ACA-------A----C-------------AAAAAAG---ACTAGAAATATAGACATTAACATTAAAAC---TAAAATTTTACAAATATGATGTGAGAGTTGCGT
gi|9 : CTTTCTTCCT-ATA--CTG----T--CACCAGTAATT----TCTGATCATAACGACATGATGCTGGCAATAC---ATG-TAGTCAGAAAC----TGTATA------T---ATAATCAGT-----GACGTAAATGTTTA--T-T-T-GCTTCTGATGTAATTAAAATT----A-AGCACAGTA----TCTAAAAGTGCATGAAAAATGGTTAC------TACTGACCTGAACATCACAGT---TAA----TTAatttgcagacatattttata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATTAAGGTATTTCAAAACAAAAAAAATCCATAATATTATGCCGTCAGTAAACGAAACCTGGCATGTTGCTTATTTCATTTACATGTTTGTCGTTCAGTTTCTCTTTCAACTGTTTTTATCATTCTAAGTACCGCACAATTAGTTCTGGTGGCA