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lowQualScore                  :                                                              111111                                        11      1                   1                                     1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111           1111    1                      111                         11  66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666        11      1              1        5555555555                  2222               1         2222222222222        55555555555555555555              1    333333333     2222                       888888888888888888888888888888888888888                          11       11111     1            444444444444444444444       111111  1        1       111111   22222        555555   1111           
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Reference ( gi|3 )            : TAATTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACAT------ATGCATG------TATATACAATGACAACATAT-----ATTAGGATTAG-AACACAAGCATCATGC-TTATTGAGCTCCTTACCTTTGTAGTCT-GTTTTTAATATTGGAATGGCAGAC---------A-------------T------------T------CA-T---T------------G---GTT-TAACTAA----TTGTCGAAA-TATTTTAGTCA-GTACTTA-T-AATAGAAT-----AAAA-TGATA--AAA--TA------C--AG-A------TTTAGAGCAA-CA-TA------ATGAAA----AAGGAATAA---CAAGA--AAAA-------A---A----CAA-CAAA-ATA-CAGTCATGTATGATGTATGTAGATAAC-------AT-TACAACT-TCAGTACTTA--CAAGATGTAATTAGAAAGCAGAAGGCATGACAGCGA-ACTGGATAAGG-TG------TAATA--A---CAGTATGTTGAAAT-TCAATATAAATCATTTGA-CTAAAATTGTTCATGGCTGCTAATTG----G--A------AA--TATTTGCTT------TTTA--TGATAAATTCATGCACGGCTTTAAAAA-TCGACGA-GTTCAATTT-GTAACTTAGTCTTGAATCTCCATATATAAGATCATTTCTG------TACAAACAGTAGATAAGGA--C--AAGA--G--TATTTAAA-----CATT----CTTATCTTATG
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gi|11                         :  AGTTTAAACATAATTTTATTTTATT-CATGATATTT---A-CAAGGT------ATGCATG------TATAGACATTGACAACACAT-----ATTA-GATTAG-AACGAAAGCATGATGCTTTTTTGAGTTCCTT-CCTTTGTAGTCT-ATTTTTAATATTGGAATGTCAGAC---------G-------------T------------A------CA-A---TGTATACATAACAG---GTT-TAACTAA----TTGTTGAAA-TATTTTAGTCA-GTACTGA-T-ATTAGAA
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gi|22                         :    TTTAAACATA------ATTTATT-CTTGATGTTT---G-CAACGT------ATGGATA------TATATACGATGACAACAAAT-----ACTAGGATTAG-AACAAAAACAGAATAC-TTACTGAGCTCCTT
gi|24                         :  atTTAAAACATA------TTATGTT-CATTACAATT---A-CAACGTGCGCACATACATG------TATATACAATGGCAATAACT-----ATTAGAATTAT-AACGAAGGTAT
gi|21                         :   cTTTCAATATA------TTGTATT-GATAATATTT---A-CAATAT------ATGCGTT------TATATACAA------------------TAGAATTAG-AACAGAGACAaa
gi|20                         :     gTAAACATA------TTATATT-CATAATATTTGCAA-CAACAC------CTGTATG------CGTTTACAACGATAACCAAT-----GCTAGG-TTAGGAACGAAAGAATAACGG-TTATTGAGATCCTTTTCTTTGaaaaaaacgtatcaagcaatattcgtttgaagtcta
gi|26                         :  agtaTAAACATA------TTTTATT-CAT-------------AACAT------GTAGATG------T-TATG----GATAACATATTCCACAACAGGATTAA-AACGAAAGctg
gi|29                         :       AAACATA------TTTTATT-CGTGATATTT---A-CAACGA------ATGCATGAC----TATATAaaa
gi|12                         :   taggtgACATA------TTTTATT-CATGA-ATTT---GGTAACGT------ATGCATGCACTAGTATATACAACGGCAACAAAT-----ATTAGGATTAG-AACGAAGGCATTGTGT-TGATGGA
gi|5                          :           tTA------TTTTATT-TATGATATCT---A-CAAAGC------ATGCATG------TATAAACTATGACCACCCAT-----ATTATGATTAA-AACGAAAACAAAATGT-TTATTAGGCGCCTTTCCTTTGTAGTCT-ATTTTTAACATTGGAATGGCAGAC---------G-------------TACAATATATATTT------TA-C---T------------G---CTT-TAATAAA----TTGTGTAAA-TATTTCAGTCT-GTACTGT-T-AATAGAAT-----AAAA-TAAGA--AA-------------------------TTAGAACAA-CG-TA------GCGAA-------GAAATG----CAACA--AAAA-------A---AACCCCAA-CAAA-GTA-CAGAAATGTATTATATATTTCGATAAC-------ATAGAAAACT-CTAGTACTCA--GCAGATATAATTAGAAATCATAATGCGAGGTGGCGACACATGATAGGG-GA------AAATG--T---CAATATTTTGAAAT-TCAATTTGGATTATTTAG-TTTAGATTGTTCATGGCTGCTAATTA----A--A------AT--CATTTACAT------TTCG--AGATAAATTAATtttgtgacagacgtataatgttttctttaattgtggaattatttcagcatgaactgtttatagaataaaattataaatgggaatttagaacaacgtagcgaaaaaataaaa
gi|8                          :         tatttatattgagtTATT-CACCATATTT---G-CAACGT------TTGCATA------TATATACAATGACAAAACAT-----ATTAGGATTGG-AACGAAATCATAATGT-TTATCGGTTTCCTTTCCTTTGAAGTCT-A-TTTCAACTTTGAAATGG----------------------------T------------T------CA-----------------------AT-TAAATAA----TTGTGGAAA-TATTTTAGTCA-GAACTGA-C-AATATAAT-----AAAA-AGATA--AAA-------------AA-ATTTTTTTTTAGAAAAA-CG-TA------GCAAAA----ACAAAGCAT---CAAGA--AAAA-------AAACA----CAA-CAAA-TTA-CAGGCATGTATGATGTATCTTGATAAA-------ATATACAATT-TCAATACTCA--GAAGAGGCAATTAGAAATCAGAAGGCTCAACAGCGG-ACCGGATAAGG-agtagcttagcctggtatcaccatataaaactatttctgttaaattaaaaaaagtacata
gi|10                         :                       TATT-CATAATATAT---A-CAACAT------ATGAATT------TATAAACAATGACCACACAA-----ATTAGAATTGG-AACGGAGGCATAATGC-GTATTGAGCTTATTTCCTTTGAAG-------TTTA-------AATGACAGAC---------AGGTAATATTACACT------------T------TA-T---T------------A---GCT-TTACTTT----TTGT-GAAATTATTTCAGTCT-GTACTAG-T-GATAGAAT-----AAAACTAATA--ATT--TA---------GG-A------TATAAAACAT-CG-TA------GCGAGA----AAG--ATAA---gggg
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gi|27                         :                                                                                                                                                AGTCT-ATTTT-AACATTGAAATGGCAGAC---------G-------------T------------A------CA-A---T------------G---aa
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gi|1                          :                                                                                                                                                     ataTTCTAACACTGGAATGGCAGAC---------G-------------TATACTGTATATTT------TA-C---T------------G---GTA-TAACTAA----CTTAGGAAA-TATTTCAGTAT-GTACTGT-T-AATAAAAT-----A----TTATACTAAA--TA---------GG-A------TTAAAAACAA-C------------GAAA----CA--AA-AA---CAA----AACC-------A---A----CAA-CAAA-GTA-CAGGCATGTATGATGTATATAGGTAACAGAGGTAAT-TAGAAATATCAGTATTTtgaaattcaagttggatttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|19                         :                                                                                                                                                    tataTTTTAACATTGGAATGG--GAC---------ACGG----------T------------TAATGTACACT---T------------T---ACT-TAATTTA----CTGT-GAAATTATTTCAGTTC-TTACTGG-T-AATAAAAT-----AAAA-T-------AA--TA------CTTAGAA------TTTAGAACAA-CG-TA------GCGAAA----AAtgaaattcaagttggatttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttattc
gi|12                         :                                                                                                                                                                      TGACAGAC---------G-------------T------------A------TA-A---T------------G---TTT-TCTTTAA----TTGTGGAAT-TATTTCAG-CATGAACTGT-T-TATAGAAT-----AAAA-TTAT---AAA--TG------G--GA-A------TTTAGAACAA-CG-TA------GCGAAA----A---AATAA---aacacaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                         tacatattttattcatgaatttggtaacgtatgcatgcactagtatatacaacggcaacaaatattaggattagaacgaaggcattgtgttgatggatttgAAA-TAATA--AAT--TA------G--A--A------TTTGGAACAA-CG-TA------GCGGAA----AAATAACAA---CAAGATCAAAG-------T---A----CAGGCATGTATAACAGGCATGTATGTTGTATCTAGATAACAG-----ATATATATAT-T---TACTCAGTC-AGGTGCAGTTAGAAATCAGAAGGCAAGGCGGCGACGCCGGATATGG-GG------AAATA--T---CAGTATTTTaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttGTGTGGTATAACTTGATAAC-------AGATACATCT-TAAGTAGGCA--GTAGGTGTAAATATAAATCAAAAGACA------------------AGG-CG------TG-----------GTATGGGGAAATGTCA-------TTATTTGC-TTCGGATTGCTCACTGCTGCTAATTGTT--G--A---------------GC---------AGA--TACTACATACGTGCACAGCTTTAAAAT-TCGA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGGTGTAATTAGAAACCA------ATGACA-------------AGG-CGG-----TAACAT-A---TGGCACGAAGAAATGTCAA--------ATTTGC-TTCGGATTGCTCACTGCTGCTAATTGTTAAGTCA------GA--TAT---------------A--TAGTA----CGTGTACAGCTATAAAAT-TCGATAAAG--CGATTTCGTAACT-GGT-----GTCTC-ATATAAAAGA--ATTTCTA------CATAAACGGTACATAAGGAAGA--AAGT--G--TATTTAAA------ATT----CTAATCGTATGtaaag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aagcagtAATA--T---CAGTATTTTGAAAT-TCAAGTTGGATT-TTTGAATTAAGATTGACCATGGTTGCTGATTA----G--ACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGA-ATTTACTTC-GTAACTTAGACTCGTCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAGTACATAAGGA--C--GAGA--GAATATTTAAAATGTCCATT----CGTATGTTATGgtgtgataagctggacaggtaaagaacgtacagtatcgtgtgtcctcgatactaccacagttgcataatggagattcagtcatatatttcaggaacctaaataattgcg
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattagaAATA--T---CAGTATTTTGAAAT-TCAAGTTGGATT-TTTGAATTAAGATTGACCATGGTTGCTGATTA----G--ACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGA-ATTTACTTC-GTAACTTAGACTCGTCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAGTACATAAGGA--C--GAGA--GAATATTTAAAATGTCCATT----CGTATGTTATGataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaga-GTAGCTTAGCCTGGTATCACCATA--TAAAACTATTTCTGTTAAATTAAAAAAAGTACATAataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttattc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatttatattgagttattttatttatgatatctacaaagcatgcatgtataaactatgaccacccatattatgattaaaacgaaaacaaaatgtttattaggcgcctttcctttgtagtctatttttaacattggaatggcagacgtacaatatatattttactgctttaataaattgtgtaaatatttcagtctgtactgttaatagaataaaataagaaattagaacaacgtagcgaagaaatgcaacaaaaaaaaccccaacaaagtacagaaatgtattatatatttcgataacatagaaaactctagtactcagcagatataattagaaatcataatgcgaggtggcgacacatgataggggaaaatgtcaatattttgaaattcaatttggattatttagtttagattgttcatggctgctaattaaaatcatttacatttcgagataaattaataATAAGGA--C--GAGAGTG--TATTTAGA-----AATTCCAACTTATGTTATG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTAAAAGGGATGCGTGCCTTCGATATTACACTAATGGCATAACTGAGATTCATTTAATTTAGAAACTGAAGCTACGATTTATTCTAAGTTGTGTATGGAGTATTTTCCCTTTCTGCTCAGTGTATAATACTATTTCGATATGAACACTATCTTTATTGTTTA






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Reference ( family-1348 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACAACACATATTAGGATTAG-AACGAAAGC--ATAATGC-TTATTGAGCTCCTTTCCTTTGNAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC-G-------------TNC------------ANT------------G------------G----T-TTAAC-------------TAA--TT----GTGGAAATATTTCAGTCNGTACTGNTAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------A-A--G----A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA-A-GA-A-CAACAAGA--AA-------------AN-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATCTNGATAAC--A----TA--TANAACT-TCAGTACTCAG-NAGATGCAA-TTAGAAATCAGAAGGCACGGCGGCGACACCGGATAA----GGGGNA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGATTTA-GATTGCTCATGGCTGCTGATTA--G--AANCATT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACAGCTTTAAAAN-TCGATGAGTTTAATTCGTAACTTAGNC-T-G-TNTCTCCATATG-AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TACATAAGGAC--GAGA--G--TATTT-A-AAA-G-TCCATTCTTATGTTATG
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gi|10                         :                                                                                                                                                             tatattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaTATT-CATAATATAT---A-CAACA-T------ATGAAT-T------TATAAACAATGACCACACAAATTAGAATTGG-AACGGAGGC--ATAATGC-GTATTGAGCTTATTTCCTTTGAAGTTTA--------------AATGACAGAC-AGGTAATATTACACTTT------------ATT------------A------------G----C-TTTAC-------------TTT--TT----GTGAAATTATTTCAGTCTGTACTAGTGATAGAAT--AAAACTAA---TA--ATTT---------A-G--G----A------TATAAAACAT-CG-TAGCG-AGAA-A-GA-ataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttattc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cactgctttattcatacacgAGTTTAAACATAATTTTATTTTATT-CATGATATTT---A-CAAGG-T------ATGCAT-G------TATAGACATTGACAACACATATTAG-ATTAG-AACGAAAGC--ATGATGCTTTTTTGAGTTCC-TTCCTTTGTAGTCTAT-TTTTAATATTGGAATGTCAGAC-G-------------TAC------------AATGTATACATAACAG------------G----T-TTAAC-------------TAA--TT----GTTGAAATATTTTAGTCAGTACTGATATTAGAAtaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACATA------TTTTATT-CATGA-ATTT---GGTAACG-T------ATGCAT-GCACTAGTATATACAACGGCAACAAATATTAGGATTAG-AACGAAGGC--AT--TG---TGTTGA------------TGG-----AT-TTGTGAC-----------AGAC-G-------------TAT------------AAT------------G------------T----T-TTCTT-------------TAA--TT----GTGGAATTATTTCAGCATGAACTGTTTATAGAAT--AAAA-TTA---T---AAAT---------G-G--GA---A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA-A-c
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tTAGTTTATACACA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAATG-T------GTGCAT-G------TATATATAATGACATCATATATTAGGATTAG-AATAAAAGC--ATAATGC-TTATTGAACTCCTTTCCTTTGTAGTCTAT-CTTTAGCACTGGAGTGGCATACAA-------------TGCATT---------ACT------------G------------A----T-TTAAC-------------TAA--TT----GTGGAAATATTTCAGTCTGT--TGTAAATAGAAT--ataaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAA-TAA---TA--AATT---------A-G--A----A------TTTGGAACAA-CG-TAGCGGAAAA-A-TA-A-CAACAAGATCAA-------------AG-------T---A---CAGGCATGTATAACAGGCATGTATGTTGTATCTAGATAACAGA----TA--TATATAT-T---TACTCAGTCAGGTGCAG-TTAGAAATCAGAAGGCAAGGCGGCGACGCCGGATAT----GGGGAA---AT---AT--CAGTATTTT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttTTTGAAGTCCGT-TTTTAACATTAGACTTGTAGAC-G-------------CAT------------ATT------------GT-----------A----TATTAGCTATAA--------TAA--TT----ATGAAATTATTTCAGTATTTACTGTTAAGATATTTAAAAA-TGATATTA--AAATTAATAATTCA-G--A----A------TTGAGAACAA-CACTAGCG-ACAA-A-------AACAAGA--AA-------------AT-----------A---CAG-AAAATA---C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CGCGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACACCACATACCAGGATTAA-AACGAAAGA--AAAATGC-TTATTGGTCTCCTTTTCTTTGAAGTCTA--TTTTAACATTGGAATGGCAGAC-G-------------TAC------------AAT------------G------------gtttggcgtaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTGTGGTATAACTTGATAAC--A----GA--TACATCT-TAAGTAGGCAG-TAGGTGTAA-ATATAAATCAAAAGACAAGGCG-------TGG-TAT----GGGGAA---AT---GT--C----------------------ATTATTTGCTTCG-GATTGCTCACTGCTGCTAATT---GTTGAGCA-----------G------------A--TACTACATACGTGCACAGCTTTAAAAT-TCGATAAtattcataaaatatgttttatttataaattat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTTTAACATTGGAATGGGACAC-G-------------GTT------------AAT------------G------------TACACT-TTACT-------------TAA--TTTACTGTGAAATTATTTCAGTTCTTACTGGTAATAAAAT--AAAA-TAA---T---ACTT---------A-G--A----A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA-A-AACA-CAAag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TTCTAACACTGGAATGGCAGAC-G-------------TAT------------ACT------------GTATATTTTACTGG----T-ATAAC-------------TAA--CT----TAGGAAATATTTCAGTATGTACTGTTAATAAAAT--A----TTA---TACTAAAT---------A-G--G----A------TTAAAAACAA-CG---------AA-A-CA-A-AAACAA----AA-------------CC-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATATAGGTAAC--AGAGGTAATTAGAAATATCAGTATTTTG-AA-ATTCAAGTTGGAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAAGTTGGATT-TTTGAATTAAGATTGACCATGGTTGCTGATTA--G--ACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGAATTTACTTCGTAACTTAGAC-TCG-TCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAG---TACATAAGGAC--GAGA--GAATATTT-A-AAATG-TCCATTCGTATGTTATGtttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|20                         :                                                                                                                                         atattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaAGTATAAACATA------TTATATT-CATAATATTTGCAA-CAACA-C------CTGTAT-G------CGTTTACAACGATAACCAATGCTAGG-TTAGGAACGAAAGA--ATAACGG-TTATTGAGATCCTTTTCTTTGataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GTTTCAATATA------TTGTATT-GATAATATTT---A-CAATA-T------ATGCGT-T------TATATACAA-------------TAGAATTAG-AACAGAGACAAAAAAAAC-GTATCAAGCAATATTCGTTTGAAGTCTActg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTAAACATA------ATTTATT-CTTGATGTTT---G-CAACG-T------ATGGAT-A------TATATACGATGACAACAAATACTAGGATTAG-AACAAAAAC--AGAATAC-TTACTGAGCTCCTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at------TAGATACAGGCCTGCATAAGGAC--GAGAGTG--TATTT-AGAAA-T-TCCA-ACTTATGTTATG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtcTTAAAACATA------TTATGTT-CATTACAATT---A-CAACG-TGCGCACATACAT-G------TATATACAATGGCAATAACTATTAGAATTAT-AACGAAGGT--ATAAaaaggctagacatgtaaaaacgaagtgttttcgatcac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cTAGTTTAAACATA------TTTTATT-CACGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACATCGCATATCAGGATTAG-AACGAAAGC--AAAAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAAACATA------TTTTATT-CATAACATGT---A--GATGTT------ATGGATAA------CATATTCCACAAC----------AGGATTAA-AACGAAAG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AGTCTAT-TTT-AACATTGAAATGGCAGAC-G-------------TAC------------AAT------------G------------aaa
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gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAGGTGAAACATA------TTTTATT-CGTGATATTT---A-CAACG-A------ATGCAT-GAC----TATATA
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gi|6                          : tatttatattgagttattttatttatgatatctacaaagcatgcatgtataaactatgaccacccatattatgattaaaacgaaaacaaaatgtttattaggcgcctttcctttgtagtctatttttaacattggaatggcagacgtacaatatatattttactgctttaataaattgtgtaaatatttcagtctgtactgttaatagaataaaataagaaattagaacaacgtagcgaagaaatgcaacaaaaaaaaccccaacaaagtacagaaatgtattatatatttcgataacatagaaaactctagtactcagcagatataattagaaatcataatgcgaggtggcgacacatgataggggaaaatgtcaatattttgaaattcaatttggattatttagtttagattgttcatggctgctaattaaaatcatttacatttcgagataaattaataAGTCTAT-TTT-AACATTGAAATTGCAGAC-G-------------TAC------------AAT------------GTATACATAACTGG----T-TTAGA-------------TAAAATT----GTAGTAATATTTTAGTCAGTACTGATAACATAAT--AAAA-TGG---TA--AAAA---------A-AAGG----A------ATTAGAAAAAACG-TA----AAAA-T-GA-AACATCAAGA--AA-------------AATAACAACA---A---CAACAAATTA---CAGGCAT-TATGATGTATCTTAATAAC--A----TA--TACAACT-TCAATCCTCAG-AAGATGCAA-TTCGAAATCAGAAGGCACAGTGACGA-ATCGGATAT----GGGGGA---ATTTTATTTCAGTATCTTGAAATTCAATTTGAATTATTTGACATA-AACTGCTCCTTGCTGCTGATAA--G--AATCATT--------TGTTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACGGCTTTAAAAA-TCGACGAGTTAATTTCATAAATTAGTC-T-G----------------GATAATGTCTG------TATAAACAG---TACATAAGGACGTGAGT--G--TATTT-A-AAA-ATTCCAATCTTATG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1348 )     :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACAACACATATTAGGATTAG-AACGAAAGC--ATAATGCTTATT-GAGCTCCTTTCCTTTGNAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------ANT---G------------GT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTGGAAATATTTCAGTCTGTACTGNTAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------A--GG-A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA----------A-GA-A-CAA----CAAGA--AAAN-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATCTNGATAAC--A----TA--TACAACT-TCAGTACTCAG-NAGATGCAA-TTAGAAATCAGAAGG--CAAGGCGGCGACACCGGATA----NGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGACTT-A-GATTGCTCATGGCTGCTGATTA--GAANCGTT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACAGCTTTAAAAA-TCGATGAGTTNANTTCGTAACTTAGNC-T-GTATCTCCATATG-AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TACATAAGGACGAGAGTGTATTT-A-AAA-G-TCCANTCTTATGTTATG
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                        tTAGTTTATACACA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAATG-T------GTGCAT-G------TATATATAATGACATCATATATTAGGATTAG-AATAAAAGC--ATAATGCTTATT-GAACTCCTTTCCTTTGTAGTCTAT-CTTTAGCACTGGAGTGGCATACAATG-------CAT-----------T------------ACT---G------------AT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTGGAAATATTTCAGTCTGT--TGTAAATAGAAT--ataaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAA-TAA---TA--AATT---------A--GA-A------TTTGGAACAA-CG-TAGCGGAAAA----------A-TA-A-CAA----CAAGATCAAAG-------T---A---CAGGCATGTATAACAGGCATGTATGTTGTATCTAGATAACAGA----TA--TATATAT-T---TACTCAGTCAGGTGCAG-TTAGAAATCAGAAGG--CAAGGCGGCGACGCCGGATA----TGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttTTTGAAGTCCGT-TTTTAACATTAGACTTGTAGAC---G-------CA------------T------------ATT---GT-----------ATATTAGCTATAAT-------------AA--TTATGAAATTATTTCAGTATTTACTGTTAAGATATTTAAAAA-TGATATTA--AAATTAATAATTCA--GA-A------TTGAGAACAA-CACTAGCG-ACAA----------A-------AA----CAAGA--AAAT-----------A---CAG-AAAATA---C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CGCGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACACCACATACCAGGATTAA-AACGAAAGA--AAAATGCTTATT-GGTCTCCTTTTCTTTGAAGTCTA--TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------AAT---G------------gtttggcgtaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTGTGGTATAACTTGATAAC--A----GA--TACATCT-TAAGTAGGCAG-TAGGTGTAA-ATATAAATCAAAAGA--CAAGGCG-------TGG-TA----TGGGGAA---AT---GT--C----------------------ATTATTTGCTTC-G-GATTGCTCACTGCTGCTAATTGTTGAGCAG------------------------A--TACTACATACGTGCACAGCTTTAAAAT-TCGATAAtattcataaaatatgttttatttataaattat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTTTAACATTGGAATGGGACAC---GGTTAATGTA------------C------------ACT---TT-----------AC-TTAAT-----T-------------TA--CTGTGAAATTATTTCAGTTCTTACTGGTAATAAAAT--AAAA-TAA---T---ACTT---------A--GA-A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA----------A-AACA-CAA----ag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTCTAACACTGGAATGGCAGAC---G-------TATACTGTATATTTT------------ACT---G------------GT-ATAAC-----T-------------AA--CTTAGGAAATATTTCAGTATGTACTGTTAATAAAAT-----A-TTA---TACTAAAT---------A--GG-A------TTAAAAACAA-CG---------AA----------A-CA-A-AAA----CA--A--AACC-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATATAGGTAAC--AGAGGTAATTAGAAATATCAGTATTTTG-AA-ATTCAAGTTGGAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ataGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAAGTTGGATT-TTTGAATT-AAGATTGACCATGGTTGCTGATTA--GACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGAATTTACTTCGTAACTTAGAC-TCGTCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAG---TACATAAGGACGAGAGAATATTT-A-AAATG-TCCATTCGTATGTTATGtttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|20                         : atattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaAGTATAAACATA------TTATATT-CATAATATTTGCAA-CAACA-C------CTGTAT-G------CGTTTACAACGATAACCAATGCTAGG-TTAGGAACGAAAGA--ATAACGGTTATT-GAGATCCTTTTCTTTGataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                           GTTTCAATATA------TTGTATT-GATAATATTT---A-CAATA-T------ATGCGT-T------TATATACAA-------------TAGAATTAG-AACAGAGACAAAAAAAACGTATC-AAGCAATATTCGTTTGAAGTCTActg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            TTTAAACATA------ATTTATT-CTTGATGTTT---G-CAACG-T------ATGGAT-A------TATATACGATGACAACAAATACTAGGATTAG-AACAAAAAC--AGAATACTTACT-GAGCTCCTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at------TAGATACAGGCCTGCATAAGGACGAGAGTGTATTT-AGAAA-T-TCCAA-CTTATGTTATG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                         gtcTTAAAACATA------TTATGTT-CATTACAATT---A-CAACG-TGCGCACATACAT-G------TATATACAATGGCAATAACTATTAGAATTAT-AACGAAGGT--ATAAaaaggctagacatgtaaaaacgaagtgttttcgatcac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                        cTAGTTTAAACATA------TTTTATT-CACGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACATCGCATATCAGGATTAG-AACGAAAGC--AAAAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                              TAAACATA------TTTTATT-CATAACATGT---A--GATGTT------ATGGATAA------CATATTCCACAAC----------AGGATTAA-AACGAAAG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGTCTAT-TTT-AACATTGAAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------AAT---G------------aaa
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1348 )     :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACAACACATATTAGGATTAG-AACGAAAGC--ATAATGCTTATT-GAGCTCCTTTCCTTTGNAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------ANT---G------------GT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTGGAAATATTTCAGTCTGTACTGNTAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------A--GG-A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA----------A-GA-A-CAA----CAAGA--AAAN-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATCTNGATAAC--A----TA--TACAACT-TCAGTACTCAG-NAGATGCAA-TTAGAAATCAGAAGG--CAAGGCGGCGACACCGGATA----NGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGACTT-A-GATTGCTCATGGCTGCTGATTA--GAANCGTT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACAGCTTTAAAAA-TCGATGAGTTNANTTCGTAACTTAGAC-T-GTATCTCCATATG-AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TACATAAGGACGAGAGTGTATTT-A-AAA-G-TCCANTCTTATGTTATG
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gi|10                         :                     tatattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaTATT-CATAATATAT---A-CAACA-T------ATGAAT-T------TATAAACAATGACCACACAAATTAGAATTGG-AACGGAGGC--ATAATGCGTATT-GAGCTTATTTCCTTTGAAGTTTA--------------AATGACAGACAG-G-------TAATATTACACTT-T------------ATT---A------------GC-TTTAC-----T-------------TT--TTGTGAAATTATTTCAGTCTGTACTAGTGATAGAAT--AAAACTAA---TA--ATTT---------A--GG-A------TATAAAACAT-CG-TAGCG-AGAA----------A-GA-ataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttattc
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAA-TAA---TA--AATT---------A--GA-A------TTTGGAACAA-CG-TAGCGGAAAA----------A-TA-A-CAA----CAAGATCAAAG-------T---A---CAGGCATGTATAACAGGCATGTATGTTGTATCTAGATAACAGA----TA--TATATAT-T---TACTCAGTCAGGTGCAG-TTAGAAATCAGAAGG--CAAGGCGGCGACGCCGGATA----TGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttTTTGAAGTCCGT-TTTTAACATTAGACTTGTAGAC---G-------CA------------T------------ATT---GT-----------ATATTAGCTATAAT-------------AA--TTATGAAATTATTTCAGTATTTACTGTTAAGATATTTAAAAA-TGATATTA--AAATTAATAATTCA--GA-A------TTGAGAACAA-CACTAGCG-ACAA----------A-------AA----CAAGA--AAAT-----------A---CAG-AAAATA---C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CGCGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACACCACATACCAGGATTAA-AACGAAAGA--AAAATGCTTATT-GGTCTCCTTTTCTTTGAAGTCTA--TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------AAT---G------------gtttggcgtaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GTGTGGTATAACTTGATAAC--A----GA--TACATCT-TAAGTAGGCAG-TAGGTGTAA-ATATAAATCAAAAGA--CAAGGCG-------TGG-TA----TGGGGAA---AT---GT--C----------------------ATTATTTGCTTC-G-GATTGCTCACTGCTGCTAATTGTTGAGCAG------------------------A--TACTACATACGTGCACAGCTTTAAAAT-TCGATAAtattcataaaatatgttttatttataaattat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTTTAACATTGGAATGGGACAC---GGTTAATGTA------------C------------ACT---TT-----------AC-TTAAT-----T-------------TA--CTGTGAAATTATTTCAGTTCTTACTGGTAATAAAAT--AAAA-TAA---T---ACTT---------A--GA-A------TTTAGAACAA-CG-TAGCG-AAAA----------A-AACA-CAA----ag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTCTAACACTGGAATGGCAGAC---G-------TATACTGTATATTTT------------ACT---G------------GT-ATAAC-----T-------------AA--CTTAGGAAATATTTCAGTATGTACTGTTAATAAAAT-----A-TTA---TACTAAAT---------A--GG-A------TTAAAAACAA-CG---------AA----------A-CA-A-AAA----CA--A--AACC-------A---A---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATATAGGTAAC--AGAGGTAATTAGAAATATCAGTATTTTG-AA-ATTCAAGTTGGAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ataGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAAGTTGGATT-TTTGAATT-AAGATTGACCATGGTTGCTGATTA--GACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGAATTTACTTCGTAACTTAGAC-TCGTCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAG---TACATAAGGACGAGAGAATATTT-A-AAATG-TCCATTCGTATGTTATGtttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|20                         : atattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaAGTATAAACATA------TTATATT-CATAATATTTGCAA-CAACA-C------CTGTAT-G------CGTTTACAACGATAACCAATGCTAGG-TTAGGAACGAAAGA--ATAACGGTTATT-GAGATCCTTTTCTTTGataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                           GTTTCAATATA------TTGTATT-GATAATATTT---A-CAATA-T------ATGCGT-T------TATATACAA-------------TAGAATTAG-AACAGAGACAAAAAAAACGTATC-AAGCAATATTCGTTTGAAGTCTActg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            TTTAAACATA------ATTTATT-CTTGATGTTT---G-CAACG-T------ATGGAT-A------TATATACGATGACAACAAATACTAGGATTAG-AACAAAAAC--AGAATACTTACT-GAGCTCCTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at------TAGATACAGGCCTGCATAAGGACGAGAGTGTATTT-AGAAA-T-TCCAA-CTTATGTTATG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                         gtcTTAAAACATA------TTATGTT-CATTACAATT---A-CAACG-TGCGCACATACAT-G------TATATACAATGGCAATAACTATTAGAATTAT-AACGAAGGT--ATAAaaaggctagacatgtaaaaacgaagtgttttcgatcac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                        cTAGTTTAAACATA------TTTTATT-CACGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACATCGCATATCAGGATTAG-AACGAAAGC--AAAAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                              TAAACATA------TTTTATT-CATAACATGT---A--GATGTT------ATGGATAA------CATATTCCACAAC----------AGGATTAA-AACGAAAG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGTCTAT-TTT-AACATTGAAATGGCAGAC---G-------TA------------C------------AAT---G------------aaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACAAA------TTTTATTTCATGATATTT---A-CAACG-G------ATGCAT-A------TATATACAATGACAaaacgttgaatattgcgttcacgaagtgtaaat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                         TAGGTGAAACATA------TTTTATT-CGTGATATTT---A-CAACG-A------ATGCAT-GAC----TATATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         TAATTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACA-T------ATGCAT-G------TATATACAATGACAACATATATTAGGATTAG-AACACAAGC--ATCATGCTTATT-GAGCTCCTTACCTTTGTAGTCTGT-TTTTAATATTGGAATGGCAGAC---A-------TT------------C------------ATT---G------------GT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTCGAAATATTTTAGTCAGTACTTATAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------AC-AG-A------TTTAGAGCAA-CA-TAATG-AAAA----------AGGA-A-TAA----CAAGA--AAAA-------A---A---CAACAAAATA---CAGTCATGTATGATGTATGTAGATAAC--A----T---TACAACT-TCAGTACTTAC-AAGATGTAA-TTAGAAAGCAGAAGG--CATGACAGCGA-ACTGGATA----AGGTGTA---AT---AA--CAGTATGTTGAAATTCAATATAAATCATTTGACTA-A-AATTGTTCATGGCTGCTAATTG--GAAATATT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCATGCACGGCTTTAAAAA-TCGACGAGTTCAATTTGTAACTTAGTCTT-GAATCTCCATATATAAGATCATTTCTG------TACAAACAG---TAGATAAGGACAAGA--GTATTT-A-AA------CATTCTTATCTTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                            TTAAAACATG------TTTTATT-CAT---ACTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAATGACAA--------------AG-AACGAAAGC--ATGATGCTTATT-GAGCTCATTTCTTTTGTAGTCTAG-TTTTTACATTTGAATGACAGGC---G-------TA------------C------------AGTATAA------------AC-ATAAC-----T-------------AA--TTGTTGAAATATTTCAGTTTGTACTGTTAATAGAAT--AAAA-TAA---GA--AA-------------------------TTAGAACAA-CG-TGGCG-ATAA------------------------------------------A---A---CAACAAAGTA---CAAGCATGTATGATGTATCTCGGTAAC--A----TA--GAAAACG-TCAGTACTCAG-TAGATAT-A-TTAG-AATTAGAAGG--CAAGGCGGCGACACAGGATA----GGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGACAT-A-GATTGCTCGTGGCTGCTAATTA--GAATCGCT--------TGTTT------TTCA--CGATAATTTCGTGTA-AGCTTTAAAGG-TCGATGCGTTTAATTCGTAAATAAGAC-TGGTATCTCCATAT--AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TGAATAAGGACGAGAGTGTATTTAA-AAA-G-TCCAATCTTATATTATG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                   aTA------TTTTATT-TATGATATCT---A-CAAAG-C------ATGCAT-G------TATAAACTATGACCACCCATATTATGATTAA-AACGAAAAC--AAAATGTTTATT-AGGCGCCTTTCCTTTGTAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA------------CAATATATATTTTACT---G------------CT-TTAAT-----A-------------AA--TTGTGTAAATATTTCAGTCTGTACTGTTAATAGAAT--AAAA-TAA---GA--AA-------------------------TTAGAACAA-CG-TAGCG-AAGA----------A-AT-G-CAA----CA--A--AAAA-------A---ACCCCAACAAAGTA---CAGAAATGTATTATATATTTCGATAAC--A----TA--GAAAACT-CTAGTACTCAG-CAGATATAA-TTAGAAATCATAATG--CGAGGTGGCGACACATGATA----GGGGAAA---AT---GT--CAATATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTAGTTT-A-GATTGTTCATGGCTGCTAATTA--AAATCATT--------TACAT------TTCG--AGATAAATT----------------AA-T-----AGT--AGCT--TAGCCTGG------TATCACCATATA-AAACT-ATTTCTGTTAAATTAAAAAAAG---TACATA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatttatattgagtAGTCTAT-TTT-AACATTGAAATTGCAGAC---G-------TA------------C------------AAT---GTATACATAACTGGT-TTAGA-----T-------------AAAATTGTAGTAATATTTTAGTCAGTACTGATAACATAAT--AAAA-TGG---TA--AAAA---------AAAGG-A------ATTAGAAAAAACG-TA----AAAA----------T-GA-AACAT----CAAGA--AAAATAACAACA---A---CAACAAATTA---CAGGCAT-TATGATGTATCTTAATAAC--A----TA--TACAACT-TCAATCCTCAG-AAGATGCAA-TTCGAAATCAGAAGG--CACAGTGACGA-ATCGGATA----TGGGGGA---ATTTTATTTCAGTATCTTGAAATTCAATTTGAATTATTTGACAT-A-AACTGCTCCTTGCTGCTGATAA--GAATCATT--------TGTTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACGGCTTTAAAAA-TCGACGAGTTAATTTCATAAATTAGTC-T-G---------------GATAATGTCTG------TATAAACAG---TACATAAGGACGTGAGTGTATTT-A-AAA-ATTCCAATCTTATG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGTCTAT-TTT-AACATTAAAATGGCAGAC---G-------TA------------T------------AAT---G------------AT-ATAAC-----TGGTTTAAATAAATAA--TTGTGAAAATATTTTAGTCAGTACTGACAATATAAT--AAAA-AGA---TA--AAAA---------A--AA-AAATA--TTTAGAAAAA-CG-TAGCA-AAAATGAAGCATCAA-GA-A-AAAAACACAAAA--AAAC-------A---A---CAACAAGTTA---CAGGCATGTATGATGTATCTTGATAAT--A----TA--TACAACT-TCAATACTCAG-AAGAGGCAA-TTAGAAATCAAAAGG--CACGGCGGCGA-ACCGGATAAGGGTGGGGGATTTAT---TT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGAAATATTTGACAT-A-AGTTGCTCCTGGCTGCTGATTG--GAATCCTT--------TGCTT------TT
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .            .          .   .     . .           . .              C       C             .         .             .                A      T    T                  .   .        CAATGTATACATAACTGG                            .     .     .              .                    T      T         .     . G .    .   AAAAAGGA                          .  .     .    TGAAAC              .     AG .    CA           .            .                      A      .  TA        C    .           A         .          T    .            .  A     G          .    .    .                       G   A        . .                     A    AT    TGTTT                  .                            .         TA G         T  TCT   TA         A      A       .       G      .                  T      . .   G      A  T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .            .          .   .     . .           . .              C       A             .         .             .                A      T    T                  .   .        ATATTACACTTTATTAG                             .     .     .              .                    T      T         .     . A .    .   ATGGGAA                           .  .     .    CAAAGC              .     AA .    AA           .            .                      C      .  TA        A    .           T         .          G    .            .  C     G          .    .    .                       A   A        . .                     A    AT    TACAT                  .                            .         CG T         T  .     TG         A      A       .       A      .                  T      . .   T      A  T
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Reference ( family-1348 )     :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACAACACATATTAGGATTAG-AACGAAAGC--ATAATGC-TTATTGAGCTCCTTTCCTTTGNAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA-----------C------------ANT------------G------------GT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTGGAAATATTTCAGTCTGTACTGNTAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------A--GG-A----TTT------AGAACAA-CG-TAGC----------------GAAAA--A--A--ACAACAAGA--AAAN-------AA---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATCTNGATAAC--A----TA--TACAACT-TCAGTACTCAG-NAGATGCAA-TTAGAAATCAGAAGG--CAAGGCGGCGACACCGGATA----NGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGACTT-A-GATTGCTCATGGCTGCTGATTA--GAANCGTT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCGTGCACAGCTTTAAAAA-TCGATGAGTTNANTTCGTAACTTAGAC-T-GTATCTCCATATG-AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TACATAAGGACGAGAGTGTATTT-A-AAAT-TCCANTCTTATGTTATG
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gi|10                         :                     tatattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaTATT-CATAATATAT---A-CAACA-T------ATGAAT-T------TATAAACAATGACCACACAAATTAGAATTGG-AACGGAGGC--ATAATGC-GTATTGAGCTTATTTCCTTTGAAGTTTA--------------AATGACAGACAG-G-------TAATATTACACTTT------------ATT------------A------------GC-TTTAC-----T-------------TT--TTGTGAAATTATTTCAGTCTGTACTAGTGATAGAAT--AAAACTAA---TA--ATTT---------A--GG-A----TAT------AAAACAT-CG-TAGC----------------GAGAA--A--G--ATAAataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttattc
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACATA------TTTTATT-CGCGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACACCACATACCAGGATTAA-AACGAAAGA--AAAATGC-TTATTGGTCTCCTTTTCTTTGAAGTCTA--TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA-----------C------------AAT------------G------------gtttggcgtaac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTGTGGTATAACTTGATAAC--A----GA--TACATCT-TAAGTAGGCAG-TAGGTGTAA-ATATAAATCAAAAGA--CAAGGCG-------TGG-TA----TGGGGAA---AT---GT--C----------------------ATTATTTGCTTC-G-GATTGCTCACTGCTGCTAATTGTTGAGCAG------------------------A--TACTACATACGTGCACAGCTTTAAAAT-TCGATAAtattcataaaatatgttttatttataaattat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTTTAACATTGGAATGGGACAC---GGTTAATGTA-----------C------------ACT------------TT-----------AC-TTAAT-----T-------------TA--CTGTGAAATTATTTCAGTTCTTACTGGTAATAAAAT--AAAA-TAA---T---ACTT---------A--GA-A----TTT------AGAACAA-CG-TAGC----------------GAAAA--A--A--AC-ACAAag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTCTAACACTGGAATGGCAGAC---G-------TA-----------T------------ACT------------GTATATTTTACTGGT-ATAAC-----T-------------AA--CTTAGGAAATATTTCAGTATGTACTGTTAATAAAAT--A----TTA---TACTAAAT---------A--GG-A----TTA------AAAACAA-CG-AAAC-------------------AA--A--A--ACAA-------AACC-------AA---CAACAAAGTA---CAGGCATGTATGATGTATATAGGTAAC--AGAGGTAATTAGAAATATCAGTATTTTG-AA-ATTCAAGTTGGAa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ataGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAAGTTGGATT-TTTGAATT-AAGATTGACCATGGTTGCTGATTA--GACACGTTAACTTATATACTTATATACTTTACATGATAAATTCGTGCACAAATTTAAAAAAGCGATGAATTTACTTCGTAACTTAGAC-TCGTCTCTCCATATG--AAATAGTTTCTG------TAGCAACAG---TACATAAGGACGAGAGAATATTT-A-AAATGTCCATTCGTATGTTATGtttttgaattaagattgaccatggttgctgattagacacgttaacttatatacttatatactttacatgataaattcgtgcacaaatttaaaaaagcgatgaatttacttcgtaacttagactcgtctctccatatgaaatagtttctgtagcaacagtacataaggacgagagaatatttaaaatgtccattcgtatgttatgataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|20                         : atattctaacactggaatggcagacgtatactgtatattttactggtataactaacttaggaaatatttcagtatgtactgttaataaaatattatactaaataggattaaaaacaacgaaacaaaaacaaaaccaacaacaaagtacaggcatgtatgatgtatataggtaacagaggtaattaAGTATAAACATA------TTATATT-CATAATATTTGCAA-CAACA-C------CTGTAT-G------CGTTTACAACGATAACCAATGCTAGG-TTAGGAACGAAAGA--ATAACGG-TTATTGAGATCCTTTTCTTTGataggctggacatgtaaagaaagtgtgttgtgtgtcctcgatattactgcaatcattatggtataacagggattcagtcatatttgtaagaaacaagtgatgattgagtgaactacaatatgttttaaggtgcgtttggcatgtttgggtctttctttaccctgaataataatatttcggggtgtatactctatttatatttatgtatcttgtaaactaacaaaacaacactcgaactgttatgcagtactaaatcttgaaccaaatattattattgcatatgttaatatgtgaataagttatcagtactgaataaataaaatgtattattcagcgtcggtgacaaatgtcaatatttcatcaagccattctctgatacattggtagagatagaaatggaagagacatttgaaagggaatggtagaatataaataaaacaatgcaaagtgattcatatgttggcacagcggacccttaatgtgtttacagtaatttttactagataaaagcatgatactccgtatgatgtgcatttggcaaatagtttaaacaatgtttttgttgttatttctctttatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                           GTTTCAATATA------TTGTATT-GATAATATTT---A-CAATA-T------ATGCGT-T------TATATACAA-------------TAGAATTAG-AACAGAGACAAAAAAAAC-GTATCAAGCAATATTCGTTTGAAGTCTActg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                            TTTAAACATA------ATTTATT-CTTGATGTTT---G-CAACG-T------ATGGAT-A------TATATACGATGACAACAAATACTAGGATTAG-AACAAAAAC--AGAATAC-TTACTGAGCTCCTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 at------TAGATACAGGCCTGCATAAGGACGAGAGTGTATTT-AGAAAT-TCCAA-CTTATGTTATG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                         gtcTTAAAACATA------TTATGTT-CATTACAATT---A-CAACG-TGCGCACATACAT-G------TATATACAATGGCAATAACTATTAGAATTAT-AACGAAGGT--ATAAaaaggctagacatgtaaaaacgaagtgttttcgatcac
gi|25                         :                                                                                                                                                                                        cTAGTTTAAACATA------TTTTATT-CACGAAATTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAACGACATCGCATATCAGGATTAG-AACGAAAGC--AAAAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                              TAAACATA------TTTTATT-CATAACATGT---A--GATGTT------ATGGATAA------CATATTCCACAAC----------AGGATTAA-AACGAAAG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGTCTAT-TTT-AACATTGAAATGGCAGAC---G-------TA-----------C------------AAT------------G------------aaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                         TAGTTTAAACAAA------TTTTATTTCATGATATTT---A-CAACG-G------ATGCAT-A------TATATACAATGACAaaacgttgaatattgcgttcacgaagtgtaaat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                         TAGGTGAAACATA------TTTTATT-CGTGATATTT---A-CAACG-A------ATGCAT-GAC----TATATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                         TAATTTAAACATA------TTTTATT-CATGATATTT---A-CAACA-T------ATGCAT-G------TATATACAATGACAACATATATTAGGATTAG-AACACAAGC--ATCATGC-TTATTGAGCTCCTTACCTTTGTAGTCTGT-TTTTAATATTGGAATGGCAGAC---A-------TT-----------C------------ATT------------G------------GT-TTAAC-----T-------------AA--TTGTCGAAATATTTTAGTCAGTACTTATAATAGAAT--AAAA-TGA---TA--AAAT---------AC-AG-A----TTT------AGAGCAA-CA-TAAT----------------GAAAA--AGGA--ATAACAAGA--AAAA-------AA---CAACAAAATA---CAGTCATGTATGATGTATGTAGATAAC--A----T---TACAACT-TCAGTACTTAC-AAGATGTAA-TTAGAAAGCAGAAGG--CATGACAGCGA-ACTGGATA----AGGTGTA---AT---AA--CAGTATGTTGAAATTCAATATAAATCATTTGACTA-A-AATTGTTCATGGCTGCTAATTG--GAAATATT--------TGCTT------TTTA--TGATAAATTCATGCACGGCTTTAAAAA-TCGACGAGTTCAATTTGTAACTTAGTCTT-GAATCTCCATATATAAGATCATTTCTG------TACAAACAG---TAGATAAGGACAAGA--GTATTT-A-AA-----CATTCTTATCTTATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                            TTAAAACATG------TTTTATT-CAT---ACTT---A-CAACG-T------ATGCAT-G------TATATACAATGACAA--------------AG-AACGAAAGC--ATGATGC-TTATTGAGCTCATTTCTTTTGTAGTCTAG-TTTTTACATTTGAATGACAGGC---G-------TA-----------C------------AGTATA---------A------------AC-ATAAC-----T-------------AA--TTGTTGAAATATTTCAGTTTGTACTGTTAATAGAAT--AAAA-TAA---GA--AA-----------------------TT------AGAACAA-CG-TGGC----------------GATAA------------------------------AA---CAACAAAGTA---CAAGCATGTATGATGTATCTCGGTAAC--A----TA--GAAAACG-TCAGTACTCAG-TAGATAT-A-TTAG-AATTAGAAGG--CAAGGCGGCGACACAGGATA----GGGGGAA---AT---AT--CAGTATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTGACAT-A-GATTGCTCGTGGCTGCTAATTA--GAATCGCT--------TGTTT------TTCA--CGATAATTTCGTGTA-AGCTTTAAAGG-TCGATGCGTTTAATTCGTAAATAAGAC-TGGTATCTCCATAT--AAAATAATTTCTG------TAGAAACAG---TGAATAAGGACGAGAGTGTATTTAA-AAAG-TCCAATCTTATATTATG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                   aTA------TTTTATT-TATGATATCT---A-CAAAG-C------ATGCAT-G------TATAAACTATGACCACCCATATTATGATTAA-AACGAAAAC--AAAATGT-TTATTAGGCGCCTTTCCTTTGTAGTCTAT-TTTTAACATTGGAATGGCAGAC---G-------TA-----------CAATATATATTTTACT------------G------------CT-TTAAT-----A-------------AA--TTGTGTAAATATTTCAGTCTGTACTGTTAATAGAAT--AAAA-TAA---GA--AA-----------------------TT------AGAACAA-CG-TAGC----------------GAAGA--A--AT-GCAACA--A--AAAA-------AACCCCAACAAAGTA---CAGAAATGTATTATATATTTCGATAAC--A----TA--GAAAACT-CTAGTACTCAG-CAGATATAA-TTAGAAATCATAATG--CGAGGTGGCGACACATGATA----GGGGAAA---AT---GT--CAATATTTTGAAATTCAATTTGGATTATTTAGTTT-A-GATTGTTCATGGCTGCTAATTA--AAATCATT--------TACAT------TTCG--AGATAAATT----------------AA-T-----AGT--AGCT--TAGCCTGG------TATCACCATATA-AAACT-ATTTCTGTTAAATTAAAAAAAG---TACATA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTAAAAGGGATGCGTGCCTTCGATATTACACTAATGGCATAACTGAGATTCATTTAATTTAGAAACTGAAGCTACGATTTATTCTAAGTTGTGTATGGAGTATTTTCCCTTTCTGCTCAGTGTATAATACTATTTCGATATGAACACTATCTTTATTGTTTA