lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111 11 333 1 444 22 1 777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 00 77 77 77 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 11 1 1 8 666 0 2 1 2 8 9 1 1 2 88 888 5 666 3 7 9 0 0 33 11 3 0 7 6 6 0 111111111111111111111111111111111111 2
lowQualScore : .. .. .. .. . ............................................................................................................................................ . .. . . . ... . . . . . . . . . .. ... . ... . . . . . .. .. . . . . . . .................................... .
lowQualScore : 44 99 99 99 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 44 0 4 2 666 6 8 0 6 0 0 8 8 5 33 000 0 000 2 2 8 2 8 88 00 2 8 0 0 0 8 222222222222222222222222222222222222 8
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATANTATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTNCTAGACAGTAGACACGTNTATCGCATCACTGCAAACTACTNGCTACCGTACNTATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACTCC-GG-----C-----ACGGT-----GGA------ATAGTAAAATCACTAT
Reference ( gi|2 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT--T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC-----G-----C-----ATGAT-----GGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAAC-----G-----C-----CCGACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|3 : atTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT--TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGA--------CAGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAAC-----G-----CCAGATACGGT-----TGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTCT--------TCTT--TC--T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGTCCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC-----GCCCGAC-----ACGGT-----GGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TTTGT--ATT--GTATA
gi|11 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT--T--ATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaagctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattctatgcatgtgtgtggtctagtcatcatttttcagatccacttggcaattaagcattaggctagtaggctactcgacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatatgtagaggt
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCa
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTaacattgtgtattat
gi|16 : atATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|10 : tcTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT--T--ATT
gi|15 : tcCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT--T--ATTGTGTAat
gi|6 : TGGCCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATC
gi|5 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGTa
gi|8 : ttatgtcgagttgtgtgcaccgaaactgtcgacacgtcttctttttgtattgtatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaagctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattctatgcatgtgtgtggtGGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACA
gi|9 : gaaataacTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAACTCCAGG-----C-----ATGGT-----GGA------ATAGTGAAATCGCAAT
gi|7 : AGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAACTCCTGA-----C-----ACGGT-----AGAATATATATAGTAAAGTCACTAT
Alignments
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 11 1 22222 111111
lowQualScore : 1 66 66 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 999999 3 66 0 1 1 0 0 11 55 1 0 33 2 0 0 6 6 1 0 99999 0 999999
lowQualScore : . .. .. .. .............................................................................................................................................. ...... . .. . . . . . .. .. . . .. . . . . . . . ..... . ......
lowQualScore : 4 99 99 99 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 0 55 8 7 0 8 2 88 22 0 8 88 0 0 8 4 0 0 8 88888 7 222222
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC-CCC-GACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Reference ( family-1347 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATANTATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTNCTAGACAGTAGACACGTNTATCGCATCACTGCAAACTACTNGCTACCGTACNTATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC-TCC-GGCACGGTGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAACGCCC-GACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|10 : atTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT--T--ATTAT
gi|11 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT--T--ATT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCAACA
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTTttgtgtattat
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTa
gi|15 : atCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT--T--ATTGTGTA
gi|16 : ATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|2 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT--T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC------GCATGATGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|3 : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT--TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGAC--------AGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAAC-GCCAGATACGGTTGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTC--------TTCTT--TC--T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGT------CCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCC-GACACGGTGGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TTTGT--ATTGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AGTCAAGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGTGTGTGGTCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGT
gi|6 : tTGG------CCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATC
gi|7 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgAGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAAC-TCCTGACACGGTAGAATATATATAGTAAAGTCACTATa
gi|8 : GGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACAggacttaaaattcagctgtaacacatatatacttgacactttcatctaagcttcttctatagttctttcgtcacacatgtgcgtaa
gi|9 : gaaataacTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAAC-TCCAGGCATGGTGGA------ATAGTGAAATCGCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333 11 22222 111111
lowQualScore : 2 00 4 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 77 888888 3 66 0 0 0 0 0 33 88 0 6 6 1 0 99999 999999 0
lowQualScore : . .. . .. ....................................................... . .. ........................................................... . .. ...... . .. . . . . . .. .. . . . . . ..... ...... .
lowQualScore : 5 66 4 22 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 88 333333 0 88 8 5 2 2 8 88 88 8 4 0 0 8 55555 222222 7
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT-T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCC-GACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Reference ( family-1347 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT-T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC-CCC-GACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT-T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAA--NNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAACGCCC-GACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|10 : atTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT-T--ATTAT
gi|11 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT-T--ATT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCAACA
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTTttgtgtattat
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTa
gi|15 : atCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT-T--ATTGTGTA
gi|16 : ATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|2 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT-T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAA--NNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAAC------GCATGATGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|3 : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT-TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGAC--------AGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAACGCCA-GATACGGTTGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTC--------TTCTT--TC-T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAA--NNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGT------CCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCC-GACACGGTGGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT-TGTATTGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AGTCAAGCTTTNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGTGTGTGGTCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGT
gi|6 : tTATGTTGAGTTGTGT-------------TGACACATCTTCTTG-TTGT--ATTGTGTGT
gi|6 : aatGAACTCTATGCCTGTGTGTGGCCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgtggcctagtcatcatttttcagatttagcagtaaactagtaggttactagacagtagacacatatatca
gi|7 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagaAGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAACTCCT-GACACGGTAGAATATATATAGTAAAGTCACTATa
gi|8 : AAATAA---CGGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACAggacttaaaattcagctgtaacacatatatacttgacactttcatctaagcttcttctatagttctttcgtcacacatgtgcgtaa
gi|9 : gTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAAC-TCCAGGCATGGTGGA------ATAGTGAAATCGCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 11 111111
lowQualScore : 2 00 00 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 888888 3 66 0 0 0 0 0 33 88 0 6 6 1 0 5 999999 0
lowQualScore : . .. .. .. ....................................................... . .. ..................................................... .. ...... . .. . . . . . .. .. . . . . . . ...... .
lowQualScore : 5 66 66 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 333333 0 88 8 5 2 2 8 88 88 8 4 0 0 8 2 222222 7
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Reference ( family-1347 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|10 : atTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT--T--ATTAT
gi|11 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT--T--ATT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCAACA
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTTttgtgtattat
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTa
gi|15 : atCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT--T--ATTGTGTA
gi|16 : ATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|2 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT--T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACG-----CATGATGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|3 : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT--TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGAC--------AGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAACGCCAGATACGGTTGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTC--------TTCTT--TC--T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGT------CCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TTTGT--ATTGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AGTCAAGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGTGTGTGGTCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGT
gi|6 : tTATGTTGAGTTGTGT-------------TGACACATCTTCTTG-TTG-T--ATTGTGTGT
gi|6 : aatGAACTCTATGCCTGTGTGTGGCCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgtggcctagtcatcatttttcagatttagcagtaaactagtaggttactagacagtagacacatatatca
gi|7 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagaAGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAACTCCTGACACGGTAGAATATATATAGTAAAGTCACTATa
gi|8 : AAATAA---CGGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACAggacttaaaattcagctgtaacacatatatacttgacactttcatctaagcttcttctatagttctttcgtcacacatgtgcgtaa
gi|9 : gTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAACTCCAGGCATGGTGGA------ATAGTGAAATCGCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 11 111111
lowQualScore : 2 00 00 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 888888 3 66 0 0 0 0 0 33 88 0 6 6 1 0 5 999999 0
lowQualScore : . .. .. .. ....................................................... . .. ..................................................... .. ...... . .. . . . . . .. .. . . . . . . ...... .
lowQualScore : 5 66 66 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 333333 0 88 8 5 2 2 8 88 88 8 4 0 0 8 2 222222 7
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Reference ( family-1347 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|10 : atTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT--T--ATTAT
gi|11 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT--T--ATT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCAACA
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTTttgtgtattat
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTa
gi|15 : atCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT--T--ATTGTGTA
gi|16 : ATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|2 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT--T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACG-----CATGATGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|3 : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT--TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGAC--------AGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAACGCCAGATACGGTTGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTC--------TTCTT--TC--T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGT------CCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TTTGT--ATTGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AGTCAAGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGTGTGTGGTCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGT
gi|6 : tTATGTTGAGTTGTGT-------------TGACACATCTTCTTG-TTG-T--ATTGTGTGT
gi|6 : aatGAACTCTATGCCTGTGTGTGGCCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgtggcctagtcatcatttttcagatttagcagtaaactagtaggttactagacagtagacacatatatca
gi|7 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagaAGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAACTCCTGACACGGTAGAATATATATAGTAAAGTCACTATa
gi|8 : AAATAA---CGGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACAggacttaaaattcagctgtaacacatatatacttgacactttcatctaagcttcttctatagttctttcgtcacacatgtgcgtaa
gi|9 : gTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAACTCCAGGCATGGTGGA------ATAGTGAAATCGCAAT
blockSeqs : C TA TG TT AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . GCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NN GTGTGG C TT TC AT A T A A ATATAT
blockSeqs : A G G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NN GTGTGG A TT . A T A T C .
blockSeqs : T . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CA . A TA . A A T A T .
blockSeqs : T . . . TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN CC . C TA . G . . A .
blockSeqs : C . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . .
blockSeqs : C . . .
blockSeqs : T . . .
blockSeqs : T
blockSeqs : T
blockSeqs : C
blockSeqs : .
blockSeqCons : **
originalCons : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
finalCons : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Alignments
lowQualScore : 11 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333 11 111111
lowQualScore : 2 00 00 66 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 888888 3 66 0 0 0 0 0 33 88 0 6 6 1 0 5 999999 0
lowQualScore : . .. .. .. ....................................................... . .. ..................................................... .. ...... . .. . . . . . .. .. . . . . . . ...... .
lowQualScore : 5 66 66 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 333333 0 88 8 5 2 2 8 88 88 8 4 0 0 8 2 222222 7
consensus : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
Reference ( family-1347 ) : TATGTCGAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATAATATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAANGTC--AGTCAA--TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAACTCTATGCNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTGACTACTCTACATATTCGGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCGCATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|1 : TATGTCGAGTTATGTGCAATGAAACTGTCGACATGTCTTCTT--TT--T--ATTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGAAGACGTATAGACAGTAGACACATGTATCGCATCACTGCAAATTACTTACTACCGTATATATTCAGAGATGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAGAATAAGCATGCCCATTACAATAGGGTAAACAATAAAGCAAACAGGCGGACCGACATAGTATATCCTACATATGGCGATCTGCGTACCTCATATTGGACTTTTGGCTTGGATTACCTTAAATGCGCATGATTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATAAAAATAATTGGAGTTTGAATGAACACATTTTGATGAAGTATTATAGATGAATACAATTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGTAGGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|10 : atTATCAAGTTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACGTTTTCTTTATT--T--ATTAT
gi|11 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAAAGAAACTGTCGGCACGTCCTCTT--TT--T--ATT
gi|12 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATAAAACTGTCAACA
gi|13 : tTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTTGACACGTCTTTTttgtgtattat
gi|14 : tTATGTCGAGTTCTGTGCAACGAAACTGCCGATACGTCTa
gi|15 : atCAATGAAACTGTCGACACATCTTCTT--TT--T--ATTGTGTA
gi|16 : ATGTCAAGCTGTGTGCAACGAAACTGTCGACACG
gi|2 : tcTATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCTGCACGTCTTCTT--TT--T--ATTGAGTATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AGTAAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGCCATCGTTCTTCAGATCCGCTAGGCGATTTAGCAATAGGCTAGTAGATTTCTAGACAGTAAACACATGTATCGCATCACTGAAAATTTCTGACTACTCTACATATTCAGAGGTGGGGCATATGTAGAAGTTGGA--GACAGTTGGTCGTACAACACATGTGGTATCATATTTATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCGGACCGACAACGCATATGTTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTTTTGGCCTAGATTACCTAAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACATTACATAGTGCAAATCAAAATAACTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACG-----CATGATGGA------ATAGTAAAATCGCTAT
gi|3 : TATGTCGAGTTGTGTGCAATGAAACTGTCGACACGTCTTTTT--TT--TTTATTGTGTAT--TATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAGCCGGAAAGTC--AGTCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGT------CCTAGTCATCGTTCTTCAGATCAACTAGGCGATTAAGCAGTAGACTAGTAGAC--------AGTAAACACGTTTATCGCATCACTGCAAACTACTGGCTACTCTACTTATTCGGAAGTGGGGCATTTGTAGAAGTTTGGTCGAATATTGGTCGTAAAACAAA-GTGGTATCATATTAATGTGTAAGTTTGTTTAAAATATGCATGTTCATACCAGTAAGGTAAACAGAAAGGTAAACTAGCGGACCGGCAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTT-TATTGGGCTTTTAGCCTAGCTTATCTTCAATGCGTATGGTTGAGACTGTTAAAGACGTTATATAGTGCAGATCAAAATAATTCGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTTACTCTCAAAACGCCAGATACGGTTGA------ATAGTAAAATCACTAT
gi|4 : tTATGTCAAGTTGTGTGTTATGAAACTGTC--------TTCTT--TC--T--AGTGTGTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATC--AATCAA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TGT------CCTTGTCATCGTTCTTCAGATCAGCTAGGCGATTTAGCAGTAGGCTAGTAGACTTCTAGACAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATATGTAGAAGTTGGA--GAATATTGGTCGTAAAACGAA-ATGGTATCATATTTATGTGTAAATTTGTTTAAAATATGCAAGCACATAACAATAAGGTAAACAATAAGGTAAACAGGCTGACCGACAACGCATATCCTACATATGGCGGTCTGCATACCTCATATTGGGCTATTGGCCTTGATTACCTTAAATGAACATGGTTGAGGCTTTTAAAGACGCTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTATGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTAAAACGCCCGACACGGTGGA------ATAATAAAATCACTAT
gi|5 : tTATGTCGAGTTGTGTGCACCGAAACTGTCGACACGTCTTCTT--TTTGT--ATTGTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AGTCAAGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATTCTATGCATGTGTGTGGTCTAGTCATCATTTTTCAGATCCACTTGGCAATTAAGCATTAGGCTAGTAGGCTACTCGACAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATATGTAGAGGT
gi|6 : tTATGTTGAGTTGTGT-------------TGACACATCTTCTTG-TTG-T--ATTGTGTGT
gi|6 : aatGAACTCTATGCCTGTGTGTGGCCTAGTCATCATTTTTCAGAT------------TTAGCAGTAAACTAGTAGGTTACTAGACAGTAGACACATATATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagagaactctatgcctgtgtgtggcctagtcatcatttttcagatttagcagtaaactagtaggttactagacagtagacacatatatca
gi|7 : aattatgttgagttgtgttgacacatcttcttgttgtattgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtcaggtttaagtttaaatggtcattttggcaagcagaAGGTTGAATGGACATATTGTGACGAGGTAGTGTAGATAAA-ACCTTTGTTCACTCTAAAAACTCCTGACACGGTAGAATATATATAGTAAAGTCACTATa
gi|8 : AAATAA---CGGTATCATGTTTGTGCGTAAGTTTGTT--ACATATGCATGTGCATAACAATAAGGTAAACAA------------GCGGACCGACAACACATATCCTACATATGGCGGTCTGCGTACCACATATTGCGTCTTTGGTCCAGAAGACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGATGTTACAggacttaaaattcagctgtaacacatatatacttgacactttcatctaagcttcttctatagttctttcgtcacacatgtgcgtaa
gi|9 : gTTGGGCTTT-GACCTAGATTACCTTAAATGCGCATGGTTGAGACTTTTAAAGACGTTACATAGTGCAAATCAAAATAATTGGAGATTGAATGAACACATTGTGACGAAGTATTGTAGATAAATACCTTTGTTCACTCTTATAACTCCAGGCATGGTGGA------ATAGTGAAATCGCAAT