lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111 111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 444444444444444 333 9999999999 22222222 1 11 111111111111 222222222222222222222222222222222 222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1 0000000000000000000 1 66666666666 111 1 444444444444 1 1111 1 1 11 11 11 1 2222 1 1 1 444444444444444444444 1 11 33333333333333333 111111 22222 11 11111 111111 1 1 555 6666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222 11 1111 6666666666 1 22 1 111111 11 1 4444444444 5555555555555555555555555555 111 1 1 1 222222222222222222222222 11 11 9999999999999999999999 222 333 1 1 22222222 1 22222222 333333333333 1111111
lowQualScore : 66 5555 2 4444 777777777777777 9 66 333 3 2 66 0000000000 2 77777777 0 2 1 1 55 2 5555 88 777777 4 3 777777777777 33 777777777777777777777777777777777 2 444 55555 33 444 77777 444444444444444 33 2 555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 6 555 5 7777 3 999999 4 0 33 3 33 7777777777777777777 3 3 55555555555 8 222 1 2 555555555555 2 4 9999 2222 2 8 2 00 77 5 22 5 2 0000 0 5 6 2 666666666666666666666 0 8 22 33333333333333333 55 111111 2 1 4 00000 11 55 88888 1 8888 6 111111 777 3 4 4 2 333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666 666666666666 55 5555 888 7777777777 5 88 66 5 0 444444 5 44 1 0 6666666666 0 9999999999999999999999999999 88 22 5 2 999 3 5 2 6 6 1 6 5 5 888888888888888888888888 00 2 2 3 1 11 4444444444444444444444 222 1 6 888 3 5 1 6 6 6 5 3 0 5 88888888 7 5 6 0 5 1 1 00000000 77 888888888888 9999999
lowQualScore : .. .... . .... ............... . .. ... . . .. .......... . ........ . . . . .. . .... .. ...... . . ............ .. ................................. . ... ..... .. ... ..... ............... .. . ... ............................................................................................................................. . . ... . .... . ...... . . .. . .. ................... . . ........... . ... . . ............ . . .... .... . . . .. .. . .. . . .... . . . . ..................... . . .. ................. .. ...... . . . ..... .. .. ..... . .... . ...... ... . . . . ... . .............................................. ............ .. .... ... .......... . .. .. . . ...... . .. . . .......... . ............................ .. .. . . ... . . . . . . . . . ........................ .. . . . . .. ...................... ... . . ... . . . . . . . . . . ........ . . . . . . . ........ .. ............ .......
lowQualScore : 11 1111 5 7777 999999999999999 4 11 777 4 2 11 9999999999 7 77777777 1 3 0 4 99 7 7777 11 777777 7 6 000000000000 77 333333333333333333333333333333333 7 777 22222 77 888 11111 666666666666666 99 9 333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 888 8 3333 3 666666 6 2 44 1 22 1111111111111111111 0 2 66666666666 6 555 4 5 000000000000 0 4 4444 9999 6 2 2 66 22 3 66 6 2 6666 0 0 0 0 111111111111111111111 2 1 88 99999999999999999 55 555555 5 2 0 00000 00 55 55555 5 5555 0 555555 000 1 1 4 6 222 4 2222222222222222222222222222222222222222222222 666666666666 55 6666 888 2222222222 4 88 88 5 4 444444 2 00 9 2 0000000000 7 6666666666666666666666666666 66 22 8 5 333 5 0 5 7 0 0 0 0 2 000000000000000000000000 33 5 5 2 0 00 6666666666666666666666 222 4 0 555 7 0 4 0 0 0 7 7 1 0 99999999 3 7 7 1 0 7 7 77777777 99 111111111111 9999999
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTG-GAC--T-T-TTG---CTGTAATTTACGTA------CGA------TAGTATATAATTGCATATTGTGCTGTTT---TAT-TTGT--ACAA-A-AA---A-ATATATATCAGAT-ATAAAAA--TTAAA-TAAAAATGATAACTTTACGCTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAG-----------CA--CGTCGAATTT-TGTT---AA-------A---------A-A---T---CTAA--ACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTAAA----------ATAA--CA-AGCTTA--CG-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------T-------------------CTG--------C----------C-------------GCATNACTAACGTCATGACG---TCGTTTCCGTTAA-ATT------TAAACTGAATAGCAGTATCCATCGCGG-AGTTACAACAGGA---------AGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAANT----TAAA-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGG--C---ANTCAAGTTTTGTGT-TAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCCAGACAATAAAA--TGTTTGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGT---TT-AAAATGGCATGGTCGATTT---------CGGA--------AAGGACGGGATTCTATT---GA---TGAC-TCGAG--ATG------TGGTAGAAC-ACTAT----CAGTC--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAA-GAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACATGANTTT---AAAAA--------A----GAC------T------TGAAC------A-----AAG-TAA----GCGCTC---GCTGGG-T----CCCGAGGCTACT-AAAACNGGACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCNCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACGAG-C-A----GAATGTGAA------GA------CC-GAATCGAANAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGC-GTATTGTCTCATNATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-CGG--T-ACATC-TCGT-AAA-AATGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGA--GAGAC-TTT-C------TT-----TGTATAAAATGCGCGACGTGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTAGAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATACA-----CTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTA--AAA---AAG--TTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( gi|2 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTG-TAC--T-T-TTC---CTGTAATTTACGTA------TTG------TAGTATATAATTGCATAGTGTGCGGTTT--CTGT-TTGT--ACAACAGAATATATATATATATCAGAT-ATAAAAA--ATAGA-TAAAAGTGATAACTTTACACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGTATGTATCGCTACCCAGAG-----------TA--CGTC--------------AA-------A---------A-A---T---CCAA--ACAAAATACAT--TGTTTA-----AATTATA----------ATCA--CA-AGCTTA--CA-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------C-------------------CTG--------A----------C-------------GCATAACTAACGTCATAACG---TTGTTTTCGATAA-ATT------TAAACTGTATAGCAGTATCCATCGCGG-AGTTACAACAGGA---------A---------TGTTGCTTTTGAAAAATAAAATAAA-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAAAAGCGG--C---ATTCATGTTTTTTGT-TAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGATAATCAAA--TGTTTAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTG----TT-AAA-TGGTATTGTCGATTT---------TGGG--------AAGGACGATATTATATT---GA---TGAC-TCTCG--ATG------TGGTAGAAC-ACTAT----TAGTC--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTA-GAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATGTGAATTT---GGAAA--------A----GAC------T------TGAAC------A-----AAG-AAA----GCGCTC---GC-----T----CCAGAGGCTAC--AAAACCGGACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG-----A----GAATGTGAA------GA------TC-GAATCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGT-TTATTTTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAAT-TGG--T-AAATCTTCAGAAAA-AATGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGA--GAAG------C------TT-----TGTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTAGAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATACC-----CCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTA--AAAG--AAA--TCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|5 : TTGTTCGATAAGTTCGTG-GAC--A-T-TTG---CTGTACTTTAAGTAATACTATGA------TAGTATATAATTACATACTGTATTGTTT---TAT-TTGT--ATAA---AA-----ATATGCATCAGAA-ATAAAGA--TTAAT-TAAAAATGATAACTTTGTACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATG------ACAACGCATGTATCGCTACCCGGAG-----------AA--TGTCGAATTCTAAGTTT-AA-------A---------A-A---T---CTAA--ACAAAATACAT--CGCTTA-----AATTAAA----------ATAA--CA-AATTTA--CG-----------GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A-----------T-------------------TTG--------C----------C-------------GCATATCTAACGTCATGACG---TT---TCCGTTAA-AT--------AATCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGG-AGTTACAACAGGA---------AGTTTAGACGTGTTGTTATTGAAAAGT-------A-AAGATA---------TACAAC-----------AGCAG--C---CATCAAGTTTTGTGT-TAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGACAATAATA--TGTTTAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGT---TT-AAT-TGGCATGGTCGATTT---------CGGA--------AAGGACGAGATTCCATTGAGGA---TGAC-TCGAG--ATG------TGGAAGAAC-ACTAA----CAATCAGA--G--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAA-GAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAA------AACTT----------------A----AAC------A------TGAGC------A-----AAG-TAA----GCGCTC---GCTTGG-T----CCCGAAGTTAC--TAAACAGAACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAAT-----G-----A----GAACGTAGA------GA------CT-GAATCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAAC---GTATTA--GTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAATGCGT--T-ACA-CGTCAT--AA-AATGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAA
gi|7 : gTTGTTCGATAAGTTTGTG-GAC--T-T-CCG---CTGTAGTTTTCGTA------CAA------TAGTTTATAATTGGGTAGTGTTCTGTTT---TAT-CTGT--ACAATA--------ATATATATCAGAT-ATAAAAA--TGAAA-TAAGAATGATAATTTCACTCTCCACAT-A----TGCAGCATTTATTTCCAAG------GCAATGCACGCATCCCTACCCAAAG-----------TAGTTGTTT-------------AA-------A---------A-A--------CAATTATATAA-ACTT--AATTTT-----ATTTATA----------TT----------TTG--CGC----------GA-------------------T--------------------T--C-----------CTT-----------------CTG--------C----------C-------------ACATTACCAACATCATGACG---TCATTTCCAATAA-ATT------TAAACTGAAAAACAATTTCCACTGCGA-AGTTACAACAGAA---------AGTTTTGAAGTGTTGCTATTGAAAA---------------TGACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAAGAGCGGT-C---ATTAA-GTTTTGTGT-TGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGACAATAAAAA-TGATTGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATG----TT-AAAATGGCATGATCTATTT---------CGGA--------ATGGACAGGATTCTATT---GAAGATGAA-TCTAG--ATG------TGGTATATC-ATGAT----CAGTC--A--G--AGATTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAA-GAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCT
gi|10 : gTCGTTCGATAAGTTTGTG-GAC--T-T-TTG---CTGTAATTTTCGTA------CGA------TAGTTTATAATTGGGTAGTGTCCTGTTT---TAT-CTGT--ACAATA--------ATATATATCAGAT-ATAAAAA--TGAAA-TAAAA-TGATAATTTCACTCTCCACAT-AATTATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGCATGCATCGCTATCCGGAG-----------CA--CGTCGAGTCTATGTTA--AA-------A---------A-A---T---CCAA--ACAAAAGACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTG--CAC----------AA-------------------TTC------------------C--A-----------T-------------------CTG--------C----------C-------------GCATTACCAACATCATGACA---TCATTTCTAGTAA-ATT------TAAAGTGAAAAATAATTTCCACTGCGA-AGTTACAACAGGA---------AGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAATT--AATGAA-AAA--GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAAGAGCGGT-C---ATTAA-GTTTTGTGT-TGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGACAATAAAAATTATTGA-AATAGGAATGAAACAt
gi|17 : gTTGTTCGATAAGTTCATG-GAC--A-T-TTG---CTGTAATTTACGTA------ATGCTATGATACTGTATAATTGCATATTATGCGGTTT---TAT-TTGTTCACAA--------ATATATATATCAGAT-A--AAAA--ATA-A-TAA------TAAC-----ACTTTATAT-A----TGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGG-----------CA--CGTCGAATTTGTGTTT--AA-------A---------A-A---T---CTAA--ACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTAAA----------ATAA--CA-AGCTAA--CG-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------T-------------------CT---------ATTTT------T-------------GCGCGATTA----CATGGCG---ATGCTTCTGTTAA-AGT------TAAACTGAAAAGCAA----------GA-AGTT-TAAAAG---------------------TGTTGTTATTG-ACAAT----TAAA-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATG-GAC--A-T-TTG---CTGTAATTTACGTA------ATGCTATGATACTGTATAATTGCATATTATGCGGTTT---TGT-TTGTTCACAA----------ATATATATCAGAT-AAAAAAA--A---A-TAA------TAAC-----ACTTTATAT-A----TGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGG-----------CA--CGTCGAATTTGTGTTT--AA-------A---------A-A---T---CTAA--ACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTAAA----------ATAA--CA-AGCTAA--CG-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------T-------------------CT
gi|11 : TTGTTCGATAATTGTGTGGTAT--T-T-TTC---TT-CAATTTACGTA------TAA------TATTATATAATTGCATATTGTGCTGTTT---TAT-AGGT--ACAAAACGATATA-ACAGATA----ATTATACAAA--CTAAA-TACAAATATTAATTTTACGCGATATAT-A----TGCAGTATTCGTTTCCATG------GTAATACATGTATCTTTACCCGGTA-----------CA--CGTT--------------GA-------ATTTATATTTA-ATATT---CTAA--ACAAAATACAT--T-TTTA--------TA-A----------A------A-AGCTCATCCATTTTTGTGTAGGA-------------------T--------------------TCAA-----------T-------------------CTG--------C----------C-------------TCACTGTTAACGCCATGACG---TCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAA---TATTG-AATAT-------GA-AGTT----TAGAA---------G---------TATTGTTATTGACAAATAatttttgcgcg
gi|27 : ggTTATTCAATAAGTTCGTG-GAC--T-T-TTG---CTGTAATTTACGTA------TCGTGA---TAGTATACAATTGCATATTGGGCTGTTT---TCT-CTGT--ACAA-AAAATATACATttttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|26 : TTGTTCGATAAGTTCAAG-GAT--T-T-TTG---CT-----TTACGTA------CGA------TAGTATATAATTGCATATCGTGCAGTTT---TAT-TTGT--ACAAAAAAACATAT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTG-GAA--T-T-TTG---CTGTAATTTACGAA------TGA------TAGTTTACAATTTCCTATTGTGTGGTTT---TAT-TGGT--ACGA---AATTTATTTA------AGAT-TTAAAAT--TTAT--TAAAAATGATAACTTTACACTTTATAA-A----TGGTGCATTCATTTCCATG------GCAAAGCACACATTGCTACCCGGAG-----------CA--TGTT--------------GA-------ATTTATGTTTA-A---TATTCTCA--ACAAAATACAT--TGTTTG-----AATTAAA----------ATAA--CA-AACTAT--CA-----------GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A-----------C-------------------CTG--------C----------T-------------GCATAACTAACGTCATGACA---TTGTTTT-----A-ATG------TAAACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGG-AGTTACCACAGAA---------AGTTTAGAAGTATTCCTTTTAAAAATTAAAG-----AAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAA--GCGGGCC---AT-CAAGTTTTGTGT-CCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGAAAATGAAA--TGTTTGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTG----TT-AAAATGGCATGGTCGATTT---------TGA-------------ACAAGATTCTATT---TA---TGATGTCTCGGCATG------TTGTAGAAC-ACTAT----CAGTC--A--GGGA--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAA-GACAGCTTTCGGTGGAGTTTGAT-GTTCTGTTTCAACAATACACG---ATTT---CAAAAAAAAAAAGA----GAC------TTGAACATGAAC------A-----AAG-TAA----GCACTT---GCTGGATT----CC-GAGGCTACTAAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCATCA----AAAT-TGAAAAAAAGGA------ACAAAAAAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGC-ATAATGTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAA-------T-AAA-------AAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGA--GAGACTTATCC------TT-----TGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTAGAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATACA-----CTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTA--AAA---AAG--TCCACAAACTTATC-GACAACTCTttctgctgaattaaat
gi|3 : TGTTTGATAAGTTTGTG-GACAATAT-TTG---CTATAATTTACATA------TGA------TAGTATATAATTCCATATTGTG-AGTTT---TAT-CTGT--ACAA--AAATAAAC---TATATCAGAT-ACAAAAT--TTAAA-TAAAA----TAA----------------A----TGCAGTATTCATTTCCATG------GCAATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATTTA--TGTTT-------------AA-------A---------A-A---T---ATAT--ATAAAATATAT--TGTTTA-----AATAAAA----------ATAA---A-AGCATA--TG-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------TTTTTTTGGTGCCATTTCATCTG--------C----------C-------------GCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAAATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAG-AGTTA----AGAA---------G---------TGTTTCTATTAAAAATTAAAG-----AAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAAGAGCGG--C---CATCAAGTTTTGTGT-TAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGACAACAAAA--TGTTT-----------GAAACAGAAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATT-AAA-TGGCACGGTCGATTA---------TGGGA-------AAGGACAGGATTCTATTGAGGA---TGAC-TCAGG--ATG------C----AAACAACTATATA-TAA-A--A--G--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAA-GAGATCTTTGGACGGAGTTTG-T-TTT-TGTTTCAACAATACACATTGATTTTTAAAAAA--------A----GAC------T------TAAAC------ATGAACAAG-TAA----GTGCTC---ACTGGG-T----CCCGAGGC-AT--AAA---TGATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTca
gi|21 : TGTTCGATAAGTTCGTT-GAC--T-T-TCG---CTGTAATTTTCGTA------CGA------TAGTATATAATTGGGTAGTGTATTGTTT---TAT-ATGT--ACAATA--------ATATGTGTTAGAT-ATAAAAA--TGAAG-TAAAAATGATAATTTCACTCTCCACAT-A----TGCATCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGCATCGCTACCCAGAG-----------CA--CGTCGAGTCTATGTTA--AA-------A---------A-A---T---CCAA--ACAAAAGACAT--tcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|15 : ggcTGTTCGATAAATGCGTA-AAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGA------CAGTATATAACTGCATATTGTGCTATTT--TTTT-CTGT--ACAA---AA-----ATGTATAT----T-AT-------------T-----TGTT---TTTACTCTTTATAT-A----TGGAGCATTCGTTTCCGTG------GCAATACAT-TATCTCTACCTGGAA-----------CA--CATTGAATTCATGTTTTAAA-------A---------A-A---T---TAAA--ACAAAATATAT--TGTTTG-----AATTATT----------ATAA--CA-AGTTT---CA-----------GGATATATTTTGCGCAATT--T--------------------C--A-----------T-------------------CTG--------C----------C-------------GCACTACTAACGTCATGAAG---TCGTAACCGACAATATT------AAAATTGTATAGCAGTATCTATTGCGGAAGTT----TAGAA---------G---------TATTGCTATTGAAAA
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATG-GAC--A-T-TTC---CTACAATAAGCGTG------T-----------TATATAAT---ATATTTTGTTATTTTGCTGCGTTAT--CTGA-AGTGTATACAGATGTTTCATAT-ATATAAA--ATGAACTAAAAATGATAATTTTACt
gi|14 : tgatggcTTCAATAAGTTTGTG-GAC--T-T-TTA---CTGTAATTTACAT-------TTGA-----TAGTACATAATTTGGTATTGTGCT-TTT--TTAC-CTGT--ACAA---AA-----ATATACATCAGAT-ATAAAAATGATAAA--AAAAATGATAATTTTATGATTTGCAT-A----TGCACCATTCATATCTATG------GCAATGAATGTATCGCTACCTGGAG-----------CA--TGTCACATTTATGTT---AA-------A---------A-A---T---CTAA--ACAAAAGACAT--TGTTTA-----AATTACA----------AAAA--CA-AGCTTA--AG-----------GA-------------------T--------------------C--A-----------T-------------------TTATTCTTTGCA----------CTTTTTCGTATGCTGCATAACTGACG---TGACG---CTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTAACTGAATAGCAGTATCCATGGCAA-AGTTACAAGAGGAAGATTAGACA---------TGTTGCTATTttt
gi|16 : ATAAGTTTGTG-GAC--T-C-TGG---CTGTGATTTACGTA------TGA------AAGTATATAATTGCATATCATGTGGTTT---TAT-TTTT--AAAA---AA-----ATATATATCAGAT-ATAAAAA--TTAAA-TAAAAATGATAACTTTA-------TAT-A----TGT--CA--------------------AATATATGT-------------------------------TT--------------AA-------A---------A-A---T---TTAA--ACAAAATATATATCGTTTA-----TATCAAA----------ATAA--CA-AGCTTT--CG-----------GA-------------------TAATTT---------------C--A-----------A-------------------CTG--------T----------T-------------GCATAATTTACGTCATGACG---TT---TCTGTTAA-ATT------TAAACTAAATAGCAGTATTCATCGTGG-AGTTACAACAGGA---------AGTTTAGAAGTGTTGTTTTTG-AAAATA----AAG-AAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAAGAGCG
gi|19 : ccAAGTTCGTG-GAC--A-T-TTA---CTGTAATTTAAGTAATACTATGA------TAGTATATAATTGCTTATTGAATGGTTT---TGT-TCGT--ACAA---AA-----ACATGTATGAGAA-ATAAAAA--TTAAT-TAAAAATGATAACTTTATACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAG-----------CA--CGTCGAATTTAAATTT--AA-------A---------A-A---T---ATAA--ACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTAAA----------GTAA--CA-AGCT
gi|8 : AGTATAGAATTGGATATTGTGTGGTTT---TAT-TTGT--ACA
gi|9 : aGCATAGTTTGATGTTT--CTGT-TT-----CAAC--AATATACActttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|4 : aatagcagtatccattgcagagttacaacaggaagttaagaagttttgctattgatgataaatgaaatgacgtcaacaggcgacgtcaaaaaaagttttgtgtagattaggtaaaacaccgacacagacaatcaaatgtttgaaacagaaatgaaatataaatgcagtcgtttatttgtgtttaaatggcatgatcgatttcggaacggacgggattctattgaggatgattcgagattttgtagaaaactatcagtgaaacatctgttaccacaaaatgttagacatgctacatgtatctatcaagacaggtgactaactataagagacctttcgATATATCAGAT-ACAAAA---------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTTCATA------GTAATGTATTTATTGCTACCCAGAG-----------CA--TGTC--------------GAATTTATGA---------A-A---T---CTAA--ACAAATTACAT--CGTTTT-----AGTTAAA----------ATGA--TA-TGCTTA--CG-----------GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A-----------T-------------------CTG--------C----------T-------------ACTCAACTAAAGTCATGAGG---TCATTTCTATTTA-ATT------TTAACTAAATAGCAGTATCAATCTCGG-AGTTAAAACAGGA---------AGTTTAGAAGTGTTGTTAATGAAAATT----CAAG-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGG--C---ggattgtaagacttgaacatgaacaaagtaagcgctggctggtcccgaggctactaaaaccgaacaaactggaaatgcgagtattactaggcgcttttcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtaaaaaaatggttcgaatcaacgtagaaagtttgaat
gi|8 : TACACTTTTTATTA----TGCAGCATTTGTTTCCATA------GCAATGCATGTATCGCTATCTGGAG-----------TA--TGCC--------------AA-------ATTT------ATG---T---CTAA--AAAAAATACAT--TGTTTA-----AACTAAA----------CTAA--TG-AGCTTA--TG-----------GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGC-------------------ATG--------ATTACATTTGCC-------------ACATGACCAATGTCATGACA---TTGTTTCTATTAA-ATT------TAATCTGAATAGCAGTATGCA---------TTACAACAGGA---------AGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAATT---ATAGA-GA----ATGTCAACTGGCAATGCCAAAACAATAGccagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgATAGCAGTATCCATTGCAG-AGTTACAACAGGA---------AGTTAAGAAGTTTTGCTATTG----AT--GATAAATGAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAA--AAAAG------------------TTTTGTGTAGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGACAATCAAA--TGTTTGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGT---TT-AAA-TGGCATGATCGATTT---------CGGA--------ACGGACGGGATTCTATTGAGGA---TGAT-TCGAG--ATT------TTGTAGAAA-ACTAT----CAGTG--A--AACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAA-GAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACAGGA--TT---GTAAG--------ACTTGAAC------A------TGAAC------A-----AAG-TAA----GCGCTG---GCTGG--T----CCCGAGGCTACT-AAAACCGAACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACAAGTC-A----GAATGTAAA------AAAATGGTTC-GAATCA---ACG--TAGAAAGTTTGAATaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|12 : a-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTC-GAAC------GG--C---CATCAAGTTTTGAGT-TAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGACAATAAAA--TGTTTGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCG----TTTAAA-TGTCATTGTTCATTT---------CGGATTGCGTA-AAGGACGA----A-ATT---GA--------------------------GTAGAAC-ACTAT----CAGTC--ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAA-GAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACATG-ATTTAAAAAAAA--------A----GA-------T------TGAAC------A-----AAG-TAA----GCGCTC---GCTGGG-T----CCCGAGGCTACT-AATATGGGACGAACTGCAAAAAAAGAG------T---CT-----CGTGAGTTTGTTAAATGGTATG-----A----G
gi|29 : at-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTATGG-GG--TTTGATT-ACATTTTGTGT-TGGATTAGG----AAAtcagaatc
gi|4 : ttcaagttttaatgTGT-CAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGACAATAAAA--TGTTTGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTG----TTTAAA-TGGCATGGTCGATTT---------TGGA--------AAGGATGGGATTCGATT---GAGGCTGAC-TCGAG--AAG------TGGTAGAAC-ACTAT----CAGTC--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAA-GAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA--AGATTTT---AAAAAT-------A----GAC------T------TGAACATAAATA-----AAGTAAAT---GCACACAGGGT-----C----CCAGAGGCTACT-AAAACTGGACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACAAGTC-A----GAATGTGAA------GA------CT----TTGGATA-GAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGC-GTATTGTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAA--TGGATT-ACAT-GTCAT-AGA-AATGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGA--GAGGTGTTTTC------TT-----TGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATCATTAT---TTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTAGACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTA--AAAA--AAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACC
gi|8 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaCAATAGAATAAAA--TGTTTGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTG----TT-AAAATGGCATGGTTGATTTCTGAAAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATT---GAGGATGAC-TTGAG--ATG------TGGAAGAAC-ACTATAGATCAGTC--A--G--AGATCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAA-GAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACATGATTCT---AAAAA--------A----GAC------T------TGAACATA---A-----AAC-AAAGTTGGCACTC---GCTGTG-T----CCTGATGCTAC--t
gi|6 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaaTATT---GA---GGAT-----G--ATGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGTG--A--G--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACT-CTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATATGATTTT---GAAAA--------AAA--GACATGAAAT------TGAAC------A-----AAG-TAA----GCGCTC---AC-----TTGGTCCCGAGGCTACTGAAAAATGAACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG-----ACTCAGAGTGTGAA------TACT----TT-GTATCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGC-GTATTGTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAAT----------GTCTT---------ACACAT-C---ATAA-----AAAT-------GAAAGAATGA--AAGA------CGTTTCATT-----TGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTAGAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATACA-----CTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTA--AAAAC-AAG--TTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|28 : gtcatcA---TGAC-TCGAG--ATG------CGGAAGGCC-ATTAC----CAGTCGGA--G--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGCg
gi|31 : ACCGGATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG-----A----G--TCTGAA------
gi|33 : GCTTTTCA--TGAGTTTGTTGAACGGTTCGAGTC-A----GAAGGTGAta
gi|13 : gtcagcTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGC-ATATTGTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAAT-TGG--T-AA--C-----------ATGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTGACA------T------TTTCCTATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTAT---TTGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGAC--TAGAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATGCA-----CTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTA--AAA---AAA--T--CAGAA-TAATCGAACAACCCTgagctatttaga
gi|3 : atAGAAACCCAAT-GTATTGTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAAT-GGG--TTACATGT-CGTAAAA-AATGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGA--AAGGCATTTAC------TT-----TGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCTAca
gi|20 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTAGGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATATA-----CTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTA--AAA---AAG--TCGACGAACTTATAGAACAACCactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaatTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGAAAGTTAAA-------GAACTTG---AACAACTCTTGT
gi|22 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAACTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATACA-----CTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTA--AA----AAA--TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AAAGTTGCTTCAGCTATATATTGGTAGATATGACGTCAAACAATTTCGTTGGCCAGCGGCGCTGTAAAAAAGTTTTGTGTAAAGCTTGACAAAAGGCCAACACAAACCAATACAAACGTTGGAACAGA
Unaligned ( gi|25 ): TAAAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTAGGGTGGTGGTTAAATTTCACGTCAGATTAGGAAAGCCTTCACAAACATTAAATATGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGT
Unaligned ( gi|30 ): TAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAGGACTTAGCGTATTGTTTCATTAATTGACCTGCC
Unaligned ( gi|32 ): AATATGACATCAACTGGCAAACCGAAACAAGAGCAGTCATCAAGTTTTGTGTTGTATTAGG
Unaligned ( gi|34 ): AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGACAATTAAAGAAATGACGTCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GTTGTTCGGTAAGTGGAATTTAGTTATAATTGACGTATGGTAGTATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 22222222 4444444444444 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 11111111111 111111111111 1111 1111111 33333333333333333 22222222 11111111111111 111111 111 11111 333333333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111 2 44444444444444444444 555555555555555555555 11111 222222222 111 11111 11111111 11
lowQualScore : 3333 33 33 1111111 2 33 4 2 2 2 33333333 88888888 66666 2 555 3 2 6 5555 2 777777 0 8888888888888 66666 2 333 66666 444 33 99999999 5555555555555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 1 555 55 2 0 3 888888 44 11 0 0 88888888888888 1 1 2 22222222222 0 666666666666 0 66666 666 3 3 3 3 3 1 555 8888 4 4 4444444 11111111111111111 88888888 888888 0 1 0 3 7777 55555555555555 7777 000000 666 3 222 2 33333 111111111111111111111111 4444444 444444444444 6 4 5 22 4 2 2222222 2 0 55 8 22222222222222222222 22 1 3 1 5 1 5 3 888888888888888888888 44444 1 5 4 8 333333333 111 6 555 0 3 1 1 5 0 5 3 1 22222 5 0 88888888 11 9999 0
lowQualScore : .... .. .. ....... . .. . . . . ........ ........ ..... . ... . . . .... . ...... . ............. ..... . ... ..... ... .. ........ ............. . ............................................................................................. ... . ... .. . . . ...... .. .. . . .............. . . . ........... . ............ . ..... ... . . . . . . ... .... . . ....... ................. ........ ...... . . . . .... .............. .... ...... ... . ... . ..... ........................ ....... ............ . . . .. . . ....... . . .. . .................... .. . . . . . . . ..................... ..... . . . . ......... ... . ... . . . . . . . . . ..... . . ........ .. .... .
lowQualScore : 5555 11 11 9999999 2 11 5 2 2 4 55555555 11111111 44444 4 666 5 2 4 3333 5 777777 1 0000000000000 22222 5 666 77777 777 77 77777777 7777777777777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 0 444 88 5 7 1 888888 22 88 6 7 33333333333333 3 5 5 77777777777 1 111111111111 2 88888 444 6 3 3 3 3 6 888 0000 8 4 4444444 11111111111111111 33333333 888888 2 4 3 6 7777 33333333333333 7777 555555 444 0 444 6 99999 888888888888888888888888 4444444 999999999999 7 4 0 77 4 8 6666666 4 7 55 0 33333333333333333333 44 0 2 4 0 0 0 0 666666666666666666666 33333 4 7 0 4 000000000 777 7 777 7 7 7 7 7 7 0 1 4 55555 0 2 11111111 99 0000 4
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATTTA--TG---TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAA-T----TA-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAA--------G--AGCGG--CCATC-----AAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATT---GA---TGA---C--TCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG--AGTCAGAATGTGAA-------GACT--GAA----TCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT--GG---TACACGTC--GT-AAAAA-----TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAG--GCG-T--TT-C-TT-TGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( family-1309 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATTT---TG---TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATNACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAANT----TA-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAA--------G--AGCGG--CANTC-----AAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATT---GA---TGA---C--TCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGANTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACNGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCNCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG--AG-CAGAATGTGAA-------GACC--GAA----TCGAANAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATNATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-CGG---TACATCTC--GT-AAAAA-----TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAG--AC--T--TT-C-TT-TGTATAAAATGCGCGACGTGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTGGAA--T-T--TTG--CTGTAATTTACGAA------TGATAGTTTACA-ATTTCCTATTG--TGTGGTTT-TATT-GGTACGA-AA---------TTTATT--------TAAGATT----TA-AAATT--TAT-TAAAAATGATAACTTTACACTTTATA----A-ATGGTGCATTCATTTCCATG------GCAAAGCACACATTGCTACCCGGAGCATGTTGAATTTA--TG---TT---TAAT-----ATTCTCAACAAAATACAT--TGTTTG-----AATTA---AAA--TAACA--------AACTATC-------------A-GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A---------------------C-----C---------------------TG---CTGCATAACTAACGTCAT---GACATTGTTTT-----A-ATG------TAA--ACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGGAGTTACCACAGAAAGTTTAGAAGTATTCCTTTTAAAAATT----AA-A--G-AAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAA--------G--CG-GG--CCATC-----AAGTTTTGTGTCCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGA-AAAT-G-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTG-TTA--AAATGGCATGGTCGATT-TT------------GAACAA-----------------GATTCTATT---TA---TGATGTC--TCGGCATGTTGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--AGGG--A--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAAGACAGCTTTCGGTGGAGTTTGATG-TTCTGTTTCAACAATACAC---GATTT--C--AAAAAAAAAAAGAGAC------TTGAACATG-------AAC------A-----AAGTAAGCACTTGCTGGATTCC-GAGGCTACT-AAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCAT-CAAAAT-TGAAAAAAAGGAACA--AAA----AAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGCATAAT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAA-------------------T-AAAAAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGAGAG--AC--TTATC-C-TT-TGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTCCACAAACTTATCG-ACAACTCTC
gi|10 : TCGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TCCTGTTT-TATC-TGTAC---AAT-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAAT-AAAATGATAATTTCACTCTCCACATAATT-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGCATGCATCGCTATCCGGAGCACGTCGAGTCTA--TG---TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTGC-------------ACAA-------------------TTC------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATTACCAACATCAT---GACATCATTTCTAGTAA-ATT------TAA--AGTGAAAAATAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAA-T----TA-ATGA-AAAA-GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAA--------G--AGCGG--TCATT-----AAGTTTTGTGTTGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGA-CAATAA-AA-A-TTAT---TGAAATAGGAATGAAACAa
gi|11 : gTTGTTCGATAATTGTGTGGTA--T-T--TTT--CTTCAATTTACGTA------TAATATTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATA-GGTACAA-AAC-G-----ATATA-A---------CAGATAATTATA-CAAAC--TAAATACAAATATTAATTTTACGCGATATA----T-ATGCAGTATTCGTTTCCATG------GTAATACATGTATCTTTACCCGGTACACGTTGAATTTA--TAT--TT---AATA-----TT-CTAAACAAAATACAT--T-TTTA--------TA---AA-------A--------AGCTCATCCATTTTTGTGTAG-GA-------------------T--------------------TCAA---------------------T-----C---------------------TG---CCTCACTGTTAACGCCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAATATTGAATA-------------TGAAGT-------------TTAGAAGTATTGTTATTGACAAAT----
gi|12 : gg-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTCGAA-----------------CGG--CCATC-----AAGTTTTGAGTTAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCGTTTA--AA-TGTCATTGTTCATT-TCGGATTGCGTAAAGGACGA-----------------AATT--------------------------GA----GTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTTAAA--AAAAA-------AGA-------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AATATGGG-ACGAACTGCAAAAAAAGAG--------------TCTCGTGAGTTTGTTAAATGGTATG--AGTCAGAATattttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|13 : atTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGCATATT-GTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAAT-TGG---TA-------------ACA-----TGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTG--ACATT--TT-C-CTATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTATT---TGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGACT--A-GAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATG-----CACTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTAAAA--AA---A-TCA-GAA-TAATCGAACAACCCTCc
gi|14 : atTTCAATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTA--CTGTAATTTACATT------TGATAGTACATA-ATTTGGTATTG--TGCTTTTT-TACC-TGTACAA-AAA--------TATACA--------TCAGATA----TA-AAAATGATAAA-AAAAATGATAATTTTATGATTTGCA----T-ATGCACCATTCATATCTATG------GCAATGAATGTATCGCTACCTGGAGCATGTCACATTTA--TG---TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAAGACAT--TGTTTA-----AATTA---CAA--AAACA--------AGCTTAA-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----TTATTCTTTGCACTTTTTCGTATG---CTGCATAACTGACG---T---GACGCTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTA--ACTGAATAGCAGTATCCATGGCAAAGTTACAAGAGGAAGATTAGACATGTTGCTATTa
gi|15 : TGTTCGATAAATGCGTAAAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGACAGTATATA-ACTGCATATTG--TGCTATTT-TTTTCTGTACAA-AAA--------TGTATA--------TTA---------------T--T---------TGTT---TTTACTCTTTATA----T-ATGGAGCATTCGTTTCCGTG------GCAATACAT-TATCTCTACCTGGAACACATTGAATTCA--TG---TTTTAAAAA-----AT-TAAAACAAAATATAT--TGTTTG-----AATTA---TTA--TAACA--------AGTTTCA-------------G-GATATATTTTGCGCAATT---T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCACTACTAACGTCAT---GAAGTCGTAACCGACAATATT------AAA--ATTGTATAGCAGTATCTATTGC------------GGAAGTTTAGAAGTATTGCTATTGAAAA
gi|16 : ATAAGTTTGTGGAC--T-C--TGG--CTGTGATTTACGTA------TGAAAGTATATA-ATTGCATATCA--TGTGGTTT-TATT-TTT--AA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTA-----TATA----T-GTt
gi|16 : ccATGTCAAATATA--TG---TTT--AAAA-----AT-TTAAACAAAATATATATCGTTTA-----TATCA---AAA--TAACA--------AGCTTTC-------------G-GA-------------------T--------------------A--A---------------------TTTCAAC---------------------TG---TTGCATAATTTACGTCAT---GACGT---TTCTGTTAA-ATT------TAA--ACTAAATAGCAGTATTCATCGTGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTTTTGAAAA------TA-A--AGAAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAA--------G--AGCGcaaatatatgtttaaaaatttaaacaaaatatatatcgtttatatcaaaataacaagctttcggataatttcaactgttgcataatttacgtcatgacgtttctgttaaatttaaactaaatagcagtattcatcgtggagttacaacaggaagtttagaagtgttgtttttgaaaataaagaaaatgacatcaacttgcaacatcaaaacaagagcg
gi|17 : ccataagtttgtggactctggctgtgatttacgtatgaaagtatataattgcatatcatgtggttttatttttaaaaaaatatatatcagatataaaaattaaataaaaatgataactttatatTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TATT-TGTTCAC-AAA-T-----ATATATA--------TCAGATA-----A-AAAAT----------AATAATA-----ACACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATTTG--TGT--TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TATTTTTGCGCGATTA----CAT---GGCGATGCTTCTGTTAA-AGT------TAA--ACTGAAAAG-----------------------CAAGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGACAA-T----TA-A--A-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TGTT-TGTTCAC-AAA--------TATATA--------TCAGATA---------------AAA-AAAAATAATAAC-----ACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATTTG--TGT--TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------T
gi|19 : AAGTTCGTGGAC--A-T--TTA--CTGTAATTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTGCTTATTGAATG--GTTT-TGTT-CGTACAA-AAA-C-----ATGTATG----------AGAAA----TA-AAAAT--TAATTAAAAATGATAACTTTATACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAGCACGTCGAATTTAAAT----TT---AAAA-----AT-ATAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAG--TAACA--------AGCTatttttgcgcg
gi|2 : TTGTTCGATAAGTTCGTGTAC--T-T--TTC--CTGTAATTTACGTA------TTGTAGTATATA-ATTGCATAGTG--TGCGGTTTCTGTT-TGTACAACAGA-ATATATATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAA--TAGATAAAAGTGATAACTTTACACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGTATGTATCGCTACCCAGAGTACGTC-------------------AAAA-----AT-CCAAACAAAATACAT--TGTTTA-----AATTA---TAA--TCACA--------AGCTTAC-------------A-GA-------------------T--------------------C--A---------------------C-----C---------------------TG---ACGCATAACTAACGTCAT---AACGTTGTTTTCGATAA-ATT------TAA--ACTGTATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAA---------TGTTGCTTTTGAAAAATAAAATA-A--A-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAA--------A--AGCGG--CATTC-----ATGTTTTTTGTTAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGA-TAAT-C-AA-A-TGTT---TAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTGTT----AAATGGTATTGTCGATT-TTGGG-------AAGGACGA-----------------TATTATATT---GA---TGA---C--TCTCGATGTGGTAGAAC-ACTAT----TAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTAGAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATG-TGAATT--T--GGAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGAAAGCGCTCGCT----CCA-GAGGCTAC--AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG--AG----AATGTGAA-------GATC--GAA----TCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGTTTATT-TTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAAT-TGG---TAAATCTTCAGA-AAAAA-----TGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGAGAA--GC--T--TT-------GTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTA-GAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATA-----CCCCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAAG-AA---ATCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|20 : TATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTA-GGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATA-----TACTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTAAAA--AA---GTCGACGAACTTATAGAACAACC
gi|21 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaaTGTTCGATAAGTTCGTTGAC--T-T--TCG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTATATA-ATTGGGTAGTG--TATTGTTT-TATA-TGTACAA-TAA--------TATGTG--------TTAGATA----TA-AAAAT--GAAGTAAAAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCATCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGCATCGCTACCCAGAGCACGTCGAGTCTA--TG---TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--
gi|22 : ggcAGACGATATAAACATT--ATATAGAA------CTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATA-----CACTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTAAAA--AA----TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTC--CTACAATAAGCGTG------TTATATAATATATTTTGT-TATTT--TGCTGCGT-TATC-TG--------A-A-----GTGTATACAGATGTTTCATATA----TATAAAAT--GAACTAAAAATGATAATTTTAC
gi|24 : tgatggcGACGTC-AAACAATTTCGTTGGCCAGCGG--CGCTGTAAAAAAGTTTTGTGTAAAGCTTGA----CAAAAGGC---CAACACAAACCAAT-ACAA-A-CG-T---TGGAACAGttt
gi|25 : aaagttgcttcagctatatattggtagatat--A-AAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTA--------G--GGTGG--TGGTT-----AAATTTCACGTCAGATTAGG-----AAA--GC---CTTCACAAA-CATT-A-AATA-TGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGTa
gi|26 : tTTGTTCGATAAGTTCAAGGAT--T-T--TTG--CT-----TTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATCG--TGCAGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ACATATT--------TCTGCT---------GAAT--TAAAT
gi|27 : TTATTCAATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTATCG---TGATAGTATACA-ATTGCATATTG--GGCTGTTT-TCTC-TGTAC-A-AAA-A-----ATATACA--------T
gi|28 : A---TGA---C--TCGAGATGCGGAAGGCC-ATTAC----CAGT--CGGA--G--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGC
gi|29 : T----TA-AT-G-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTA--------T--GG-GGTTTGATT-----ACATTTTGTGTTGGATTAGG----AAA
gi|3 : ttcaagttTGTTTGATAAGTTTGTGGACAATAT--TTG--CTATAATTTACATA------TGATAGTATATA-ATTCCATATTG--TGA-GTTT-TATC-TGTACAA-AAATA-----AACTATA--------TCAGATA----CA-AAATT--TAAATAAAA----TAA--------------------ATGCAGTATTCATTTCCATG------GCAATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATTTA--TG---TTT--AAAA-----AT-ATATATAAAATATAT--TGTTTA-----AATAA---AAA--TAA-A--------AGCATAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTTTTTGGTGCCATTTCA--T-----C---------------------TG---CCGCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAA--ATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAGAGTTA-------------AGAAGTGTTTCTATTAAAAATT----AA-A--G-AAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAA--------G--AGCGG--CCATC-----AAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGA-CAAC-A-AA-A-TGTT---TGAAACAG-----------AAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATTAAATGGCACGGTCGATTATGGGA-------AAGGACAG-----------------GATTCTATTGAGGA---TGA---C--TCAGGATGC----AAACAACTAT----ATATAAA--A--G--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAAGAGATCTTTGGACGGAGTT---TGTTTTTGTTTCAACAATACACATTGATTT--TTAAAAAA-------AGAC------T------TA-------AAC------ATGAACAAGTAAGTGCTCACTGGGTCCC-GAGGC-A-T-AAA---TG-ATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTTCGC-------TACG--AGTCAGAA
gi|3 : AGAAACCCAATGTATT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAAT-GGGT--TACATGTC--GTAAAAAA-----TGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGAAAG--GCA-T--TTAC-TT-TGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGA--AA---GTTAAAGAACTT---GAACAACTCTTGTtaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|30 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAG-GACTTAGCGTATT-GTTTCATTAATTGAC-C
gi|31 : tACCGG-ATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG--AGTCTGAATtgcc
gi|32 : -AATATGACATCAACTGGCAA-ACCGAAACAA--------G--AGCAG--TCATC-----AAGTTTTGTGTTGTATTAGG----a
gi|33 : G------TCAGCGCTTTTCATGAGTTTGTTGAACGGTTCG--AGTCAGAAGGTGA
gi|34 : AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGACAA-T----TA-A--A-GAAATGACGTCAACgagctatttaga
gi|35 : TTGTTCGGTAAGT----GGAA--T-T--TAG--TTATAATTGACGTA------TGGTAGTATA
gi|4 : gATATA--------TCAGATA----CA-AAA--------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTCATA------GTAATGTATTTATTGCTACCCAGAGCATGTCGAATTTA--TG----------AA-----AT-CTAAACAAATTACAT--CGTTTT-----AGTTA---AAA--TGATA--------TGCTTAC-------------G-GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CTACTCAACTAAAGTCAT---GAGGTCATTTCTATTTA-ATT------TTA--ACTAAATAGCAGTATCAATCTCGGAGTTAAAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTAATGAAAATT----CA-A--G-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACAT--------G--AGCGG--C
gi|4 : TGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTGTTTA--AA-TGGCATGGTCGATT-TTGGA-------AAGGATGG-----------------GATTCGATT---GAGGCTGA---C--TCGAGAAGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAAGAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA-A--GATTT--T--AAAAAT------AGAC------T------TG-------AACATAAATA-----AAGTAAATGCACACAGGGTCCCAGAGGCTACT-AAAACTGG-ACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA--AGTCAGAATGTGAA-------GACT---------TTGGAT-AGAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGCGTATT-GTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAAT--GGAT-TACATGTC--AT-AGAAA-----TGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGAGAGGTGT--T--TT-C-TT-TGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATC---ATTATTTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTA-GACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTAAAA--AAAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACCccagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|5 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaTTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--A-T--TTG--CTGTACTTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTACATACTG--TATTGTTT-TATT-TGTATAA-AAA--------TATGCA--------TCAGAAA----TA-AAGAT--TAATTAAAAATGATAACTTTGTACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------ACAACGCATGTATCGCTACCCGGAGAATGTCGAATTC---TAAGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGCTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AATTTAC-------------G-GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A---------------------T-----T---------------------TG---CCGCATATCTAACGTCAT---GACGT---TTCCGTTAA-AT--------AA--TCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGACGTGTTGTTATTGAAAAGT----------A-AAGAT--------------------ATACAA--------C--AGCAG--CCATC-----AAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGA-CAAT-A-AT-A-TGTT---TAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTT---AATTGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGA-----------------GATTCCATTGAGGA---TGA---C--TCGAGATGTGGAAGAAC-ACTAA----CAAT--CAGA--G--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAAGAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAAAAC-------T--T--AAACA------------------------TG-------AGC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTTGGTCCC-GAAGTTACT--AAACAGA-ACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAATG-----------AGAACGTAGA-------GACT--GAA----TCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAA-----CGTATTAGTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAATGCGT---TACACGTC--AT--AAAA-----TGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAAt
gi|6 : gTCTATT---GA---GGA---TGATGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--G--A--G--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACTCTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATA-TGATTT--TGAAAAAA-------AGACATGAAAT------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCACTTGGTCCC-GAGGCTACTGAAAAATGA-ACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG--ACTCAGAGTGTGAA-------TACTTTGTA----TCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAAT---GTCTTACACATC--AT-AAAAA-----TG----------AAA----GAA---------------TGAAAG--ACG-T--TT-CATT-TGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTA-GAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTAAAAACAA---GTTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|7 : gtcaTTGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--CCG--CTGTAGTTTTCGTA------CAATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TTCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAGAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCAGCATTTATTTCCAAG------GCAATGCACGCATCCCTACCCAAAGTA-GTTG---TT---TA--------AAAACAATTAT-ATAAACTTAATT--T--TATTTA-----TATT-------------------------TTGC-------------GCGA-------------------TTC------------------C--T---------------------T-----C---------------------TG---CCACATTACCAACATCAT---GACGTCATTTCCAATAA-ATT------TAA--ACTGAAAAACAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGAAAGTTTTGAAGTGTTGCTATTGAAAA------------------TGACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAA--------G--AGCGG--TCATT-----AAGTTTTGTGTTGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGA-CAAT-A-AA-AATGAT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATGTT-A--AAATGGCATGATCTATT-TCGGA-------ATGGACAG-----------------GATTCTATT---GAAGATGA---A--TCTAGATGTGGTATATC-ATGAT----CAGT--C--A--G--AGATTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCTg
gi|8 : gAGTATAGA-ATTGGATATTG--TGTGGTTT-TATT-TGTACAt
gi|8 : aTACACTTTTTA----TTATGCAGCATTTGTTTCCATA------GCAATGCATGTATCGCTATCTGGAGTATGCCAAATTTA--TG---T----------------CTAAAAAAAATACAT--TGTTTA-----AACTA---AAC--TAATG--------AGCTTAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGCATGATTACAT-----T---------------------TG---CCACATGACCAATGTCAT---GACATTGTTTCTATTAA-ATT------TAA--TCTGAATAGCAGTATGCA--------TTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGAAAA-T----TATA--G-AGAAT---GTCAACTGGCAATGCCAAAACAA--------T--AGctttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|8 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTGTT-A--AAATGGCATGGTTGATT-TCTGA-------AAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATT---GAGGATGA---C--TTGAGATGTGGAAGAAC-ACTATAGATCAGT--C--A--G--AGATCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAAGAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTC--T--AAAAA-------AGAC------T------TGAACATAAAAC------A-----AAGTTGGCACTCGCTGTGTCCT-GATGCTACaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagAATAGCAGTATCCATTGCAGAGTTACAACAGGAAGTTAAGAAGTTTTGCTATTGATGA------TA-A--ATGAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAAA----------------------A--------AAGTTTTGTGT-AGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGA-CAAT-C-AA-A-TGTT---TGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGTTT---AAATGGCATGATCGATT-TCGGA-------ACGGACGG-----------------GATTCTATTGAGGA---TGA---T--TCGAGATTTTGTAGAAA-ACTAT----CAGT--G--A--AACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAAGAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACA-GGATTG--T--AAGACTT-----GAAC------A------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTGGCT-GGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGA-ACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA--AGTCAGAATGTAAA-------AA-----AATGGTTCGAATCAACGTAGAAAGTTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 22222222 222222 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111111 33333333333333333 22222222 11111111 11 111111 111 11111 333333333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111 11111111 1111 444444444444444444444 111 2222222222 11111 11111111 11
lowQualScore : 3333 33 33 999999 2 33 4 2 2 2 33333333 88888888 66666 2 555 3 2 6 5555 2 777777 0 2 33 000000 66666 2 333 66666 444 33 99999999 5555555555555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 1 555 55 2 0 3 888888 44 11 0 0 2 2 5555 3 3 0000 2 2 0 0 44 0 66666 2 666 3 6 3 3 1 555 1 2222 4 4 4444444 11111111111111111 88888888 888888 0 1 0 3 7777 77777777 55 00 7777 000000 666 3 222 33333 111111111111111111111111 4444444 444444444444 6 4 5 33 4 2 2222222 4 0 4 5 99999999 0000 1 1 3 1 5 1 5 3 999999999999999999999 000 1 5 4 1 5555555555 555 0 3 1 1 5 0 5 3 1 22222 5 0 88888888 11 9999 0
lowQualScore : .... .. .. ...... . .. . . . . ........ ........ ..... . ... . . . .... . ...... . . .. ...... ..... . ... ..... ... .. ........ ............. . ............................................................................................. ... . ... .. . . . ...... .. .. . . . . .... . . .... . . . . .. . ..... . ... . . . . . ... . .... . . ....... ................. ........ ...... . . . . .... ........ .. .. .... ...... ... . ... ..... ........................ ....... ............ . . . .. . . ....... . . . . ........ .... . . . . . . . . ..................... ... . . . . .......... ... . . . . . . . . . ..... . . ........ .. .... .
lowQualScore : 5555 11 11 444444 2 11 5 2 2 4 55555555 11111111 44444 4 666 5 2 4 3333 5 777777 1 5 44 000000 22222 5 666 77777 777 77 77777777 7777777777777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 3 444 88 5 7 1 888888 22 88 6 7 9 7 7777 1 1 6666 1 4 1 8 66 2 88888 5 444 6 7 3 3 6 888 9 6666 8 4 4444444 11111111111111111 99999999 888888 2 4 3 6 7777 88888888 00 00 7777 555555 444 0 444 99999 888888888888888888888888 4444444 999999999999 7 4 0 88 4 8 6666666 1 7 0 7 00000000 7777 4 0 2 4 0 4 0 0 666666666666666666666 000 4 7 0 4 3333333333 777 7 7 7 7 7 7 0 1 4 55555 0 2 11111111 99 0000 4
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTGA-GA---TGA---C--TCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( family-1309 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATT---GA---TGA---C--TCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTGGAA--T-T--TTG--CTGTAATTTACGAA------TGATAGTTTACA-ATTTCCTATTG--TGTGGTTT-TATT-GGTACGA-AA---------TTTATT--------TAAGATT----TA-AAATT--TAT-TAAAAATGATAACTTTACACTTTATA----A-ATGGTGCATTCATTTCCATG------GCAAAGCACACATTGCTACCCGGAGCATGTTGAATT-T--ATG-TT---TAAT-----ATTCTCAACAAAATACAT--TGTTTG-----AATTA---AAA--TAACA--------AACTATC-------------A-GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A---------------------C-----C---------------------TG---CTGCATAACTAACGTCAT---GACATTGTTTT-----A-ATG------TAA--ACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGGAGTTACCACAGAAAGTTTAGAAGTATTCCTTTTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAAGCG-GGCC--ATCAAGTTTTGTGTCCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGA-AAAT-G-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTG-TTA--AAATGGCATGGTCGATT-TT------------GAACAA-----------------GATTCTATT---TA---TGATGTC--TCGGCATGTTGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--AGGG--A--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAAGACAGCTTTCGGTGGAGTTTGATG-TTCTGTTTCAACAATACAC---GATTT--C--AAAAAAAAAAAGAGAC------TTGAACATG-------AAC------A-----AAGTAAGCACTTGCTGGATTCC-GAGGCTACT-AAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCATCAAAAT-T-GAAAAAAAGGAACA--AAAAAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGCATAAT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAAT-A--A---------------AAAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGAGAGACT-TATC--C-TTTGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTCCACAAACTTATCG-ACAACTCTC
gi|10 : TCGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TCCTGTTT-TATC-TGTAC---AAT-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAAT-AAAATGATAATTTCACTCTCCACATAATT-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGCATGCATCGCTATCCGGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTGC-------------ACAA-------------------TTC------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATTACCAACATCAT---GACATCATTTCTAGTAA-ATT------TAA--AGTGAAAAATAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-ATGA-AAAA-GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGA-CAATAA-AA-ATTAT---TGAAATAGGAATGAAACAa
gi|11 : gTTGTTCGATAATTGTGTGGTA--T-T--TTT--CTTCAATTTACGTA------TAATATTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATA-GGTACAA-AAC-G-----ATATA-A---------CAGATAATTATA-CAAAC--TAAATACAAATATTAATTTTACGCGATATA----T-ATGCAGTATTCGTTTCCATG------GTAATACATGTATCTTTACCCGGTACACGTTGAATT-T--ATATTT---AATA-----TT-CTAAACAAAATACAT--T-TTTA--------TA---AA-------A--------AGCTCATCCATTTTTGTGTAG-GA-------------------T--------------------TCAA---------------------T-----C---------------------TG---CCTCACTGTTAACGCCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAATATTGAATA-------------TGAAGT-------------TTAGAAGTATTGTTATTGACAAA-T----
gi|12 : gg-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTCGAA-------CGGCC--ATCAAGTTTTGAGTTAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCGTTTA--AA-TGTCATTGTTCATT-TCGGATTGCGTAAAGGACGA-----------------AATT--------------------------GA----GTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTTAAA--AAAAA-------AGA-------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AATATGGG-ACGAACTGCAAAAAAAGAG--------------TCTCGTGAGTTTGTTAAATGGTATG-AGTCAGAATattttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|13 : atTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGCATATT-GTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAATTG--G--TA-A-C-----------A---TGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTGACA-T-TTTCC-TATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTATT---TGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGACT--A-GAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATG-----CACTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTAAAA--AA---A-TCA-GAA-TAATCGAACAACCCTCc
gi|14 : atTTCAATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTA--CTGTAATTTACATT------TGATAGTACATA-ATTTGGTATTG--TGCTTTTT-TACC-TGTACAA-AAA--------TATACA--------TCAGATA----TA-AAAATGATAAA-AAAAATGATAATTTTATGATTTGCA----T-ATGCACCATTCATATCTATG------GCAATGAATGTATCGCTACCTGGAGCATGTCACATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAAGACAT--TGTTTA-----AATTA---CAA--AAACA--------AGCTTAA-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----TTATTCTTTGCACTTTTTCGTATG---CTGCATAACTGACG---T---GACGCTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTA--ACTGAATAGCAGTATCCATGGCAAAGTTACAAGAGGAAGATTAGACATGTTGCTATTa
gi|15 : TGTTCGATAAATGCGTAAAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGACAGTATATA-ACTGCATATTG--TGCTATTT-TTTTCTGTACAA-AAA--------TGTATA--------TTA---------------T--T---------TGTT---TTTACTCTTTATA----T-ATGGAGCATTCGTTTCCGTG------GCAATACAT-TATCTCTACCTGGAACACATTGAATT-C--ATG-TTTTAAAAA-----AT-TAAAACAAAATATAT--TGTTTG-----AATTA---TTA--TAACA--------AGTTTCA-------------G-GATATATTTTGCGCAATT---T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCACTACTAACGTCAT---GAAGTCGTAACCGACAATATT------AAA--ATTGTATAGCAGTATCTATTGC------------GGAAGTTTAGAAGTATTGCTATTGA-AAA-T----
gi|16 : ATAAGTTTGTGGAC--T-C--TGG--CTGTGATTTACGTA------TGAAAGTATATA-ATTGCATATCA--TGTGGTTT-TATT-TTT--AA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTA-----TATA----T-GT
gi|16 : ccATGTCAAATA-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-TTAAACAAAATATATATCGTTTA-----TATCA---AAA--TAACA--------AGCTTTC-------------G-GA-------------------T--------------------A--A---------------------TTTCAAC---------------------TG---TTGCATAATTTACGTCAT---GACGT---TTCTGTTAA-ATT------TAA--ACTAAATAGCAGTATTCATCGTGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTTTTGA-AAA-T----A-A-A--G-AAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAAGAGCGcaaatatatgtttaaaaatttaaacaaaatatatatcgtttatatcaaaataacaagctttcggataatttcaactgttgcataatttacgtcatgacgtttctgttaaatttaaactaaatagcagtattcatcgtggagttacaacaggaagtttagaagtgttgtttttgaaaataaagaaaatgacatcaacttgcaacatcaaaacaagagcg
gi|17 : ccataagtttgtggactctggctgtgatttacgtatgaaagtatataattgcatatcatgtggttttatttttaaaaaaatatatatcagatataaaaattaaataaaaatgataactttatatTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TATT-TGTTCAC-AAA-T-----ATATATA--------TCAGATA-----A-AAAAT----------AATAATA-----ACACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TATTTTTGCGCGATTA----CAT---GGCGATGCTTCTGTTAA-AGT------TAA--ACTGAAAAG-----------------------CAAGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TGTT-TGTTCAC-AAA--------TATATA--------TCAGATA---------------AAA-AAAAATAATAAC-----ACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------T
gi|19 : AAGTTCGTGGAC--A-T--TTA--CTGTAATTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTGCTTATTGAATG--GTTT-TGTT-CGTACAA-AAA-C-----ATGTATG----------AGAAA----TA-AAAAT--TAATTAAAAATGATAACTTTATACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAGCACGTCGAATT-TAAAT--TT---AAAA-----AT-ATAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAG--TAACA--------AGCTatttttgcgcg
gi|2 : TTGTTCGATAAGTTCGTGTAC--T-T--TTC--CTGTAATTTACGTA------TTGTAGTATATA-ATTGCATAGTG--TGCGGTTTCTGTT-TGTACAACAGA-ATATATATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAA--TAGATAAAAGTGATAACTTTACACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGTATGTATCGCTACCCAGAGTACGTC------------------AAAA-----AT-CCAAACAAAATACAT--TGTTTA-----AATTA---TAA--TCACA--------AGCTTAC-------------A-GA-------------------T--------------------C--A---------------------C-----C---------------------TG---ACGCATAACTAACGTCAT---AACGTTGTTTTCGATAA-ATT------TAA--ACTGTATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAA---------TGTTGCTTTTGA-AAAATAAAAT-A-A--A-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAAAAGCGGCA--TTCATGTTTTTTGTTAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGA-TAAT-C-AA-ATGTT---TAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTGTT----AAATGGTATTGTCGATT-TTGGG-------AAGGACGA-----------------TATTATATT---GA---TGA---C--TCTCGATGTGGTAGAAC-ACTAT----TAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTAGAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATG-TGAATT--T--GGAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGAAAGCGCTCGCT----CCA-GAGGCTAC--AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG-AG----AATGT-GAA-------GATC--GAATCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGTTTATT-TTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAATTG--G--TAAATCTTCAGA-AAAAA---TGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGAGAAGC----------TTTGTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTA-GAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATA-----CCCCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAAG-AA---ATCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|20 : TATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTA-GGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATA-----TACTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTAAAA--AA---GTCGACGAACTTATAGAACAACC
gi|21 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaaTGTTCGATAAGTTCGTTGAC--T-T--TCG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTATATA-ATTGGGTAGTG--TATTGTTT-TATA-TGTACAA-TAA--------TATGTG--------TTAGATA----TA-AAAAT--GAAGTAAAAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCATCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGCATCGCTACCCAGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--
gi|22 : ggcAGACGATATAAACATT--ATATAGAA------CTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATA-----CACTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTAAAA--AA----TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTC--CTACAATAAGCGTG------TTATATAATATATTTTGT-TATTT--TGCTGCGT-TATC-TG--------A-A-----GTGTATACAGATGTTTCATATA----TATAAAAT--GAACTAAAAATGATAATTTTAC
gi|24 : tgatggcAAGTTTTGTGTAAAGCTTGA----CAAAAGGC---CAACACAAACCAAT-ACAA-ACG-T---TGGAACAGttt
gi|25 : aaagttgcttcagctatatattggtagatatgacgtcaaacaatttcgttggccagcggcgctgtaaaa--A-AAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTAGGGTGGTG--GTTAAATTTCACGTCAGATTAGG-----AAA--GC---CTTCACAAA-CATT-A-AATATGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGTa
gi|26 : tTTGTTCGATAAGTTCAAGGAT--T-T--TTG--CT-----TTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATCG--TGCAGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ACATATT--------TCTGCT---------GAAT--TAAAT
gi|27 : TTATTCAATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTATCG---TGATAGTATACA-ATTGCATATTG--GGCTGTTT-TCTC-TGTAC-A-AAA-A-----ATATACA--------T
gi|28 : A---TGA---C--TCGAGATGCGGAAGGCC-ATTAC----CAGT--CGGA--G--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGC
gi|29 : -T----T-A-AT-G-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTATGG-GGTTTGATTACATTTTGTGTTGGATTAGG----AAA
gi|3 : ttcaagttTGTTTGATAAGTTTGTGGACAATAT--TTG--CTATAATTTACATA------TGATAGTATATA-ATTCCATATTG--TGA-GTTT-TATC-TGTACAA-AAATA-----AACTATA--------TCAGATA----CA-AAATT--TAAATAAAA----TAA--------------------ATGCAGTATTCATTTCCATG------GCAATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATT-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-ATATATAAAATATAT--TGTTTA-----AATAA---AAA--TAA-A--------AGCATAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTTTTTGGTGCCATTTCA--T-----C---------------------TG---CCGCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAA--ATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAGAGTTA-------------AGAAGTGTTTCTATTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGA-CAAC-A-AA-ATGTT---TGAAACAG-----------AAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATTAAATGGCACGGTCGATTATGGGA-------AAGGACAG-----------------GATTCTATTGAGGA---TGA---C--TCAGGATGC----AAACAACTAT----ATATAAA--A--G--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAAGAGATCTTTGGACGGAGTT---TGTTTTTGTTTCAACAATACACATTGATTT--TTAAAAAA-------AGAC------T------TA-------AAC------ATGAACAAGTAAGTGCTCACTGGGTCCC-GAGGC-A-T-AAA---TG-ATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTTCGC-------TACG-AGTCAGAA
gi|3 : AGAAACCCAATGTATT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--GGTTACA-TGTC-GTAAAAAA---TGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGAAAGGCA-T-TTA-C-TTTGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGA--AA---GTTAAAGAACTT---GAACAACTCTTGTtaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|30 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAG-GACTTAGCGTATT-GTTTCATTAATTGAC-C
gi|31 : tACCGG-ATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG-AGTCTGAATtgcc
gi|32 : -AATATGACATCAACTGGCAA-ACCGAAACAAGAGCAGTC--ATCAAGTTTTGTGTTGTATTAGG----a
gi|33 : G------TCAGCGCTTTTCATGAGTTTGTTGAACGGTTCG-AGTCAGAAGGT-GAG-------AGCT--
gi|34 : AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTCAACatttaga
gi|35 : TTGTTCGGTAAGT----GGAA--T-T--TAG--TTATAATTGACGTA------TGGTAGTATA
gi|4 : gATATA--------TCAGATA----CA-AAA--------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTCATA------GTAATGTATTTATTGCTACCCAGAGCATGTCGAATT-T--ATG--------AA-----AT-CTAAACAAATTACAT--CGTTTT-----AGTTA---AAA--TGATA--------TGCTTAC-------------G-GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CTACTCAACTAAAGTCAT---GAGGTCATTTCTATTTA-ATT------TTA--ACTAAATAGCAGTATCAATCTCGGAGTTAAAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTAATGA-AAA-T----TCA-A--G-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCC--
gi|4 : TGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTGTTTA--AA-TGGCATGGTCGATT-TTGGA-------AAGGATGG-----------------GATTCGATT---GAGGCTGA---C--TCGAGAAGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAAGAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA-A--GATTT--T--AAAAAT------AGAC------T------TG-------AACATAAATA-----AAGTAAATGCACACAGGGTCCCAGAGGCTACT-AAAACTGG-ACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT-----TTGGAT-AGAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGCGTATT-GTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAAT-G--GATTACA-TGTC-AT-AGAAA---TGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGAGAGGTGTT-TT--C-TTTGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATC---ATTATTTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTA-GACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTAAAA--AAAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACCcagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|5 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaTTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--A-T--TTG--CTGTACTTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTACATACTG--TATTGTTT-TATT-TGTATAA-AAA--------TATGCA--------TCAGAAA----TA-AAGAT--TAATTAAAAATGATAACTTTGTACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------ACAACGCATGTATCGCTACCCGGAGAATGTCGAATTCT--AAG-TTT--AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGCTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AATTTAC-------------G-GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A---------------------T-----T---------------------TG---CCGCATATCTAACGTCAT---GACGT---TTCCGTTAA-AT--------AA--TCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGACGTGTTGTTATTGA-AAA-G----T-A-A--A-GATAT----------------------ACAACAGCAGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGA-CAAT-A-AT-ATGTT---TAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTT---AATTGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGA-----------------GATTCCATTGAGGA---TGA---C--TCGAGATGTGGAAGAAC-ACTAA----CAAT--CAGA--G--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAAGAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAAAAC-------T--T--AAACA------------------------TG-------AGC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTTGGTCCC-GAAGTTACT--AAACAGA-ACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAATG----------AGAACGT-AGA-------GACT--GAATCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAA-----CGTATTAGTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAAT-GC-GT-TACA-CGTC-AT--AAAA---TGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAAt
gi|6 : gTCTATT---GA---GGA---TGATGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--G--A--G--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACTCTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATA-TGATTT--TGAAAAAA-------AGACATGAAAT------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCACTTGGTCCC-GAGGCTACTGAAAAATGA-ACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG-ACTCAGAGTGT-GAA-------TACTTTGTATCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAAT-GTCT--TACA-CATC-AT-AAAAA---TG----------AAA----GAAT-------GAAAGA--------CG-T-TT--CATTTGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTA-GAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTAAAAACAA---GTTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|7 : gtcaTTGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--CCG--CTGTAGTTTTCGTA------CAATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TTCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAGAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCAGCATTTATTTCCAAG------GCAATGCACGCATCCCTACCCAAAGTA-GTTG--TT-T--A--------AAAACAATTAT-ATAAACTTAATT--T--TATTTA-----TATT-------------------------TTGC-------------GCGA-------------------TTC------------------C--T---------------------T-----C---------------------TG---CCACATTACCAACATCAT---GACGTCATTTCCAATAA-ATT------TAA--ACTGAAAAACAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGAAAGTTTTGAAGTGTTGCTATTG--------------------AAAATGACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGA-CAATAA-AA-ATGAT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATG-TTA--AAATGGCATGATCTATT-TCGGA-------ATGGACAG-----------------GATTCTATTGAAGA---TGA---A--TCTAGATGTGGTATATC-ATGAT----CAGT--CAGA--G--A--TTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCTg
gi|8 : gAGTATAGA-ATTGGATATTG--TGTGGTTT-TATT-TGTACAt
gi|8 : aTACACTTTTTA----TTATGCAGCATTTGTTTCCATA------GCAATGCATGTATCGCTATCTGGAGTATGCCAAATT-T--ATG-T----------------CTAAAAAAAATACAT--TGTTTA-----AACTA---AAC--TAATG--------AGCTTAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGCATGATTACAT-----T---------------------TG---CCACATGACCAATGTCAT---GACATTGTTTCTATTAA-ATT------TAA--TCTGAATAGCAGTATGCA--------TTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-ATA--G-AGAAT---GTCAACTGGCAATGCCAAAACAATAGctttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|8 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTGTT-A--AAATGGCATGGTTGATT-TCTGA-------AAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATT---GAGGATGA---C--TTGAGATGTGGAAGAAC-ACTATAGATCAGT--C--A--G--AGATCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAAGAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTC--T--AAAAA-------AGAC------T------TGAACATAAAAC------A-----AAGTTGGCACTCGCTGTGTCCT-GATGCTACaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagAATAGCAGTATCCATTGCAGAGTTACAACAGGAAGTTAAGAAGTTTTGCTATTGA-TGA-T----A-A-A--T-GAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAAA-------------A--AAGTTTTGTGT-AGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGA-CAAT-C-AA-ATGTT---TGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGTTT---AAATGGCATGATCGATT-TCGGA-------ACGGACGG-----------------GATTCTATTGAGGA---TGA---T--TCGAGATTTTGTAGAAA-ACTAT----CAGT--G--A--AACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAAGAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACA-GGATTG--T--AAGACTT-----GAAC------A------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTGGCT-GGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGA-ACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGTAAAA-------AAAT--GGTTCGAATCAACGTAGAAAGTTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 22222222 222222 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111111 33333333333333333 22222 11111111 11 111111 111 11111 333333333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111 11111111 1111 444444444444444444444 111 2222222222 11111 11111111 11
lowQualScore : 3333 33 33 999999 2 33 4 2 2 2 33333333 88888888 66666 2 555 3 2 6 5555 2 777777 0 2 33 000000 66666 2 333 66666 444 33 99999999 5555555555555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 1 555 55 2 0 3 888888 44 11 0 0 2 2 5555 3 3 0000 2 2 0 0 44 0 66666 2 666 3 6 3 3 1 555 1 8888 4 4444444 11111111111111111 4 11111 0 0 1 0 3 7777 77777777 55 00 7777 000000 666 3 222 33333 111111111111111111111111 4444444 444444444444 6 4 5 33 4 2 2222222 4 0 4 5 99999999 0000 1 1 3 1 5 1 5 3 999999999999999999999 000 1 5 4 1 5555555555 555 0 3 1 1 5 0 5 3 1 22222 5 0 88888888 11 9999 0
lowQualScore : .... .. .. ...... . .. . . . . ........ ........ ..... . ... . . . .... . ...... . . .. ...... ..... . ... ..... ... .. ........ ............. . ............................................................................................. ... . ... .. . . . ...... .. .. . . . . .... . . .... . . . . .. . ..... . ... . . . . . ... . .... . ....... ................. . ..... . . . . . .... ........ .. .. .... ...... ... . ... ..... ........................ ....... ............ . . . .. . . ....... . . . . ........ .... . . . . . . . . ..................... ... . . . . .......... ... . . . . . . . . . ..... . . ........ .. .... .
lowQualScore : 5555 11 11 444444 2 11 5 2 2 4 55555555 11111111 44444 4 666 5 2 4 3333 5 777777 1 5 44 000000 22222 5 666 77777 777 77 77777777 7777777777777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 3 444 88 5 7 1 888888 22 88 6 7 9 7 7777 1 1 6666 1 4 1 8 66 2 88888 5 444 6 7 3 3 6 888 9 0000 4 4444444 11111111111111111 0 11111 5 2 4 3 6 7777 88888888 00 00 7777 555555 444 0 444 99999 888888888888888888888888 4444444 999999999999 7 4 0 88 4 8 6666666 1 7 0 7 00000000 7777 4 0 2 4 0 4 0 0 666666666666666666666 000 4 7 0 4 3333333333 777 7 7 7 7 7 7 0 1 4 55555 0 2 11111111 99 0000 4
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( family-1309 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTGGAA--T-T--TTG--CTGTAATTTACGAA------TGATAGTTTACA-ATTTCCTATTG--TGTGGTTT-TATT-GGTACGA-AA---------TTTATT--------TAAGATT----TA-AAATT--TAT-TAAAAATGATAACTTTACACTTTATA----A-ATGGTGCATTCATTTCCATG------GCAAAGCACACATTGCTACCCGGAGCATGTTGAATT-T--ATG-TT---TAAT-----ATTCTCAACAAAATACAT--TGTTTG-----AATTA---AAA--TAACA--------AACTATC-------------A-GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A---------------------C-----C---------------------TG---CTGCATAACTAACGTCAT---GACATTGTTTT-----A-ATG------TAA--ACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGGAGTTACCACAGAAAGTTTAGAAGTATTCCTTTTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAAGCG-GGCC--ATCAAGTTTTGTGTCCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGA-AAAT-G-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTG-TTA--AAATGGCATGGTCGATT-TT------------GAACAA-----------------GATTCTATTT-ATG-A-TGTCTCGGCATGTTGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--AGGG--A--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAAGACAGCTTTCGGTGGAGTTTGATG-TTCTGTTTCAACAATACAC---GATTT--C--AAAAAAAAAAAGAGAC------TTGAACATG-------AAC------A-----AAGTAAGCACTTGCTGGATTCC-GAGGCTACT-AAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCATCAAAAT-T-GAAAAAAAGGAACA--AAAAAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGCATAAT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAAT-A--A---------------AAAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGAGAGACT-TATC--C-TTTGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTCCACAAACTTATCG-ACAACTCTC
gi|10 : TCGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TCCTGTTT-TATC-TGTAC---AAT-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAAT-AAAATGATAATTTCACTCTCCACATAATT-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGCATGCATCGCTATCCGGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTGC-------------ACAA-------------------TTC------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATTACCAACATCAT---GACATCATTTCTAGTAA-ATT------TAA--AGTGAAAAATAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-ATGA-AAAA-GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGA-CAATAA-AA-ATTAT---TGAAATAGGAATGAAACAa
gi|11 : gTTGTTCGATAATTGTGTGGTA--T-T--TTT--CTTCAATTTACGTA------TAATATTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATA-GGTACAA-AAC-G-----ATATA-A---------CAGATAATTATA-CAAAC--TAAATACAAATATTAATTTTACGCGATATA----T-ATGCAGTATTCGTTTCCATG------GTAATACATGTATCTTTACCCGGTACACGTTGAATT-T--ATATTT---AATA-----TT-CTAAACAAAATACAT--T-TTTA--------TA---AA-------A--------AGCTCATCCATTTTTGTGTAG-GA-------------------T--------------------TCAA---------------------T-----C---------------------TG---CCTCACTGTTAACGCCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAATATTGAATA-------------TGAAGT-------------TTAGAAGTATTGTTATTGACAAA-T----
gi|12 : gg-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTCGAA-------CGGCC--ATCAAGTTTTGAGTTAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCGTTTA--AA-TGTCATTGTTCATT-TCGGATTGCGTAAAGGACGA-----------------AATT---------------------GA----GTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTTAAA--AAAAA-------AGA-------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AATATGGG-ACGAACTGCAAAAAAAGAG--------------TCTCGTGAGTTTGTTAAATGGTATG-AGTCAGAATattttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|13 : atTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGCATATT-GTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAATTG--G--TA-A-C-----------A---TGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTGACA-T-TTTCC-TATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTATT---TGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGACT--A-GAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATG-----CACTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTAAAA--AA---A-TCA-GAA-TAATCGAACAACCCTCc
gi|14 : atTTCAATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTA--CTGTAATTTACATT------TGATAGTACATA-ATTTGGTATTG--TGCTTTTT-TACC-TGTACAA-AAA--------TATACA--------TCAGATA----TA-AAAATGATAAA-AAAAATGATAATTTTATGATTTGCA----T-ATGCACCATTCATATCTATG------GCAATGAATGTATCGCTACCTGGAGCATGTCACATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAAGACAT--TGTTTA-----AATTA---CAA--AAACA--------AGCTTAA-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----TTATTCTTTGCACTTTTTCGTATG---CTGCATAACTGACG---T---GACGCTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTA--ACTGAATAGCAGTATCCATGGCAAAGTTACAAGAGGAAGATTAGACATGTTGCTATTa
gi|15 : TGTTCGATAAATGCGTAAAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGACAGTATATA-ACTGCATATTG--TGCTATTT-TTTTCTGTACAA-AAA--------TGTATA--------TTA---------------T--T---------TGTT---TTTACTCTTTATA----T-ATGGAGCATTCGTTTCCGTG------GCAATACAT-TATCTCTACCTGGAACACATTGAATT-C--ATG-TTTTAAAAA-----AT-TAAAACAAAATATAT--TGTTTG-----AATTA---TTA--TAACA--------AGTTTCA-------------G-GATATATTTTGCGCAATT---T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCACTACTAACGTCAT---GAAGTCGTAACCGACAATATT------AAA--ATTGTATAGCAGTATCTATTGC------------GGAAGTTTAGAAGTATTGCTATTGA-AAA-T----
gi|16 : ATAAGTTTGTGGAC--T-C--TGG--CTGTGATTTACGTA------TGAAAGTATATA-ATTGCATATCA--TGTGGTTT-TATT-TTT--AA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTA-----TATA----T-GT
gi|16 : ccATGTCAAATA-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-TTAAACAAAATATATATCGTTTA-----TATCA---AAA--TAACA--------AGCTTTC-------------G-GA-------------------T--------------------A--A---------------------TTTCAAC---------------------TG---TTGCATAATTTACGTCAT---GACGT---TTCTGTTAA-ATT------TAA--ACTAAATAGCAGTATTCATCGTGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTTTTGA-AAA-T----A-A-A--G-AAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAAGAGCGcaaatatatgtttaaaaatttaaacaaaatatatatcgtttatatcaaaataacaagctttcggataatttcaactgttgcataatttacgtcatgacgtttctgttaaatttaaactaaatagcagtattcatcgtggagttacaacaggaagtttagaagtgttgtttttgaaaataaagaaaatgacatcaacttgcaacatcaaaacaagagcg
gi|17 : ccataagtttgtggactctggctgtgatttacgtatgaaagtatataattgcatatcatgtggttttatttttaaaaaaatatatatcagatataaaaattaaataaaaatgataactttatatTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TATT-TGTTCAC-AAA-T-----ATATATA--------TCAGATA-----A-AAAAT----------AATAATA-----ACACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TATTTTTGCGCGATTA----CAT---GGCGATGCTTCTGTTAA-AGT------TAA--ACTGAAAAG-----------------------CAAGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TGTT-TGTTCAC-AAA--------TATATA--------TCAGATA---------------AAA-AAAAATAATAAC-----ACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------T
gi|19 : AAGTTCGTGGAC--A-T--TTA--CTGTAATTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTGCTTATTGAATG--GTTT-TGTT-CGTACAA-AAA-C-----ATGTATG----------AGAAA----TA-AAAAT--TAATTAAAAATGATAACTTTATACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAGCACGTCGAATT-TAAAT--TT---AAAA-----AT-ATAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAG--TAACA--------AGCTatttttgcgcg
gi|2 : TTGTTCGATAAGTTCGTGTAC--T-T--TTC--CTGTAATTTACGTA------TTGTAGTATATA-ATTGCATAGTG--TGCGGTTTCTGTT-TGTACAACAGA-ATATATATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAA--TAGATAAAAGTGATAACTTTACACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGTATGTATCGCTACCCAGAGTACGTC------------------AAAA-----AT-CCAAACAAAATACAT--TGTTTA-----AATTA---TAA--TCACA--------AGCTTAC-------------A-GA-------------------T--------------------C--A---------------------C-----C---------------------TG---ACGCATAACTAACGTCAT---AACGTTGTTTTCGATAA-ATT------TAA--ACTGTATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAA---------TGTTGCTTTTGA-AAAATAAAAT-A-A--A-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAAAAGCGGCA--TTCATGTTTTTTGTTAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGA-TAAT-C-AA-ATGTT---TAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTGTT----AAATGGTATTGTCGATT-TTGGG-------AAGGACGA-----------------TATTATATTG-A-----TGACTCTCGATGTGGTAGAAC-ACTAT----TAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTAGAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATG-TGAATT--T--GGAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGAAAGCGCTCGCT----CCA-GAGGCTAC--AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG-AG----AATGT-GAA-------GATC--GAATCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGTTTATT-TTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAATTG--G--TAAATCTTCAGA-AAAAA---TGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGAGAAGC----------TTTGTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTA-GAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATA-----CCCCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAAG-AA---ATCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|20 : TATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTA-GGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATA-----TACTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTAAAA--AA---GTCGACGAACTTATAGAACAACC
gi|21 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaaTGTTCGATAAGTTCGTTGAC--T-T--TCG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTATATA-ATTGGGTAGTG--TATTGTTT-TATA-TGTACAA-TAA--------TATGTG--------TTAGATA----TA-AAAAT--GAAGTAAAAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCATCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGCATCGCTACCCAGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--
gi|22 : ggcAGACGATATAAACATT--ATATAGAA------CTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATA-----CACTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTAAAA--AA----TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTC--CTACAATAAGCGTG------TTATATAATATATTTTGT-TATTT--TGCTGCGT-TATC-TG--------A-A-----GTGTATACAGATGTTTCATATA----TATAAAAT--GAACTAAAAATGATAATTTTAC
gi|24 : tgatggcAAGTTTTGTGTAAAGCTTGA----CAAAAGGC---CAACACAAACCAAT-ACAA-ACG-T---TGGAACAGttt
gi|25 : aaagttgcttcagctatatattggtagatatgacgtcaaacaatttcgttggccagcggcgctgtaaaa--A-AAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTAGGGTGGTG--GTTAAATTTCACGTCAGATTAGG-----AAA--GC---CTTCACAAA-CATT-A-AATATGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGTa
gi|26 : tTTGTTCGATAAGTTCAAGGAT--T-T--TTG--CT-----TTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATCG--TGCAGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ACATATT--------TCTGCT---------GAAT--TAAAT
gi|27 : TTATTCAATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTATCG---TGATAGTATACA-ATTGCATATTG--GGCTGTTT-TCTC-TGTAC-A-AAA-A-----ATATACA--------T
gi|28 : -A-TGACTCGAGATGCGGAAGGCC-ATTAC----CAGT--CGGA--G--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGC
gi|29 : -T----T-A-AT-G-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTATGG-GGTTTGATTACATTTTGTGTTGGATTAGG----AAA
gi|3 : ttcaagttTGTTTGATAAGTTTGTGGACAATAT--TTG--CTATAATTTACATA------TGATAGTATATA-ATTCCATATTG--TGA-GTTT-TATC-TGTACAA-AAATA-----AACTATA--------TCAGATA----CA-AAATT--TAAATAAAA----TAA--------------------ATGCAGTATTCATTTCCATG------GCAATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATT-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-ATATATAAAATATAT--TGTTTA-----AATAA---AAA--TAA-A--------AGCATAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTTTTTGGTGCCATTTCA--T-----C---------------------TG---CCGCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAA--ATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAGAGTTA-------------AGAAGTGTTTCTATTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGA-CAAC-A-AA-ATGTT---TGAAACAG-----------AAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATTAAATGGCACGGTCGATTATGGGA-------AAGGACAG-----------------GATTCTATTG-AGG-A-TGACTCAGGATGC----AAACAACTAT----ATATAAA--A--G--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAAGAGATCTTTGGACGGAGTT---TGTTTTTGTTTCAACAATACACATTGATTT--TTAAAAAA-------AGAC------T------TA-------AAC------ATGAACAAGTAAGTGCTCACTGGGTCCC-GAGGC-A-T-AAA---TG-ATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTTCGC-------TACG-AGTCAGAA
gi|3 : AGAAACCCAATGTATT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--GGTTACA-TGTC-GTAAAAAA---TGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGAAAGGCA-T-TTA-C-TTTGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGA--AA---GTTAAAGAACTT---GAACAACTCTTGTtaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|30 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAG-GACTTAGCGTATT-GTTTCATTAATTGAC-C
gi|31 : tACCGG-ATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG-AGTCTGAATtgcc
gi|32 : -AATATGACATCAACTGGCAA-ACCGAAACAAGAGCAGTC--ATCAAGTTTTGTGTTGTATTAGG----a
gi|33 : G------TCAGCGCTTTTCATGAGTTTGTTGAACGGTTCG-AGTCAGAAGGT-GAG-------AGCT--
gi|34 : AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTCAACatttaga
gi|35 : TTGTTCGGTAAGT----GGAA--T-T--TAG--TTATAATTGACGTA------TGGTAGTATA
gi|4 : gATATA--------TCAGATA----CA-AAA--------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTCATA------GTAATGTATTTATTGCTACCCAGAGCATGTCGAATT-T--ATG--------AA-----AT-CTAAACAAATTACAT--CGTTTT-----AGTTA---AAA--TGATA--------TGCTTAC-------------G-GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CTACTCAACTAAAGTCAT---GAGGTCATTTCTATTTA-ATT------TTA--ACTAAATAGCAGTATCAATCTCGGAGTTAAAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTAATGA-AAA-T----TCA-A--G-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCC--
gi|4 : TGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTGTTT---AAATGGCATGGTCGATT-TTGGA-------AAGGATGG-----------------GATTCGATTG-A-G-GCTGACTCGAGAAGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAAGAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA-A--GATTT--T--AAAAAT------AGAC------T------TG-------AACATAAATA-----AAGTAAATGCACACAGGGTCCCAGAGGCTACT-AAAACTGG-ACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT-----TTGGAT-AGAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGCGTATT-GTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAAT-G--GATTACA-TGTC-AT-AGAAA---TGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGAGAGGTGTT-TT--C-TTTGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATC---ATTATTTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTA-GACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTAAAA--AAAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACCcagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|5 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaTTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--A-T--TTG--CTGTACTTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTACATACTG--TATTGTTT-TATT-TGTATAA-AAA--------TATGCA--------TCAGAAA----TA-AAGAT--TAATTAAAAATGATAACTTTGTACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------ACAACGCATGTATCGCTACCCGGAGAATGTCGAATTCT--AAG-TTT--AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGCTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AATTTAC-------------G-GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A---------------------T-----T---------------------TG---CCGCATATCTAACGTCAT---GACGT---TTCCGTTAA-AT--------AA--TCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGACGTGTTGTTATTGA-AAA-G----T-A-A--A-GATAT----------------------ACAACAGCAGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGA-CAAT-A-AT-ATGTT---TAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTT---AATTGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGA-----------------GATTCCATTG-AGG-A-TGACTCGAGATGTGGAAGAAC-ACTAA----CAAT--CAGA--G--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAAGAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAAAAC-------T--T--AAACA------------------------TG-------AGC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTTGGTCCC-GAAGTTACT--AAACAGA-ACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAATG----------AGAACGT-AGA-------GACT--GAATCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAA-----CGTATTAGTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAAT-GC-GT-TACA-CGTC-AT--AAAA---TGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAAt
gi|6 : gTCTATTG-A-GGA-TGA-TGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--G--A--G--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACTCTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATA-TGATTT--TGAAAAAA-------AGACATGAAAT------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCACTTGGTCCC-GAGGCTACTGAAAAATGA-ACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG-ACTCAGAGTGT-GAA-------TACTTTGTATCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAAT-GTCT--TACA-CATC-AT-AAAAA---TG----------AAA----GAAT-------GAAAGA--------CG-T-TT--CATTTGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTA-GAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTAAAAACAA---GTTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|7 : gtcaTTGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--CCG--CTGTAGTTTTCGTA------CAATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TTCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAGAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCAGCATTTATTTCCAAG------GCAATGCACGCATCCCTACCCAAAGTA-GTTG--TT-T--A--------AAAACAATTAT-ATAAACTTAATT--T--TATTTA-----TATT-------------------------TTGC-------------GCGA-------------------TTC------------------C--T---------------------T-----C---------------------TG---CCACATTACCAACATCAT---GACGTCATTTCCAATAA-ATT------TAA--ACTGAAAAACAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGAAAGTTTTGAAGTGTTGCTATTG--------------------AAAATGACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGA-CAATAA-AA-ATGAT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATG-TTA--AAATGGCATGATCTATT-TCGGA-------ATGGACAG-----------------GATTCTATTGAA-G-A-TGAATCTAGATGTGGTATATC-ATGAT----CAGT--CAGA--G--A--TTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCTg
gi|8 : gAGTATAGA-ATTGGATATTG--TGTGGTTT-TATT-TGTACAt
gi|8 : aTACACTTTTTA----TTATGCAGCATTTGTTTCCATA------GCAATGCATGTATCGCTATCTGGAGTATGCCAAATT-T--ATG-T----------------CTAAAAAAAATACAT--TGTTTA-----AACTA---AAC--TAATG--------AGCTTAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGCATGATTACAT-----T---------------------TG---CCACATGACCAATGTCAT---GACATTGTTTCTATTAA-ATT------TAA--TCTGAATAGCAGTATGCA--------TTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-ATA--G-AGAAT---GTCAACTGGCAATGCCAAAACAATAGctttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|8 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTGTT-A--AAATGGCATGGTTGATT-TCTGA-------AAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATTG-A-GGA-TGACTTGAGATGTGGAAGAAC-ACTATAGATCAGT--C--A--G--AGATCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAAGAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTC--T--AAAAA-------AGAC------T------TGAACATAAAAC------A-----AAGTTGGCACTCGCTGTGTCCT-GATGCTACaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagAATAGCAGTATCCATTGCAGAGTTACAACAGGAAGTTAAGAAGTTTTGCTATTGA-TGA-T----A-A-A--T-GAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAAA-------------A--AAGTTTTGTGT-AGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGA-CAAT-C-AA-ATGTT---TGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGTTT---AAATGGCATGATCGATT-TCGGA-------ACGGACGG-----------------GATTCTATTG-AGG-A-TGATTCGAGATTTTGTAGAAA-ACTAT----CAGT--G--A--AACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAAGAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACA-GGATTG--T--AAGACTT-----GAAC------A------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTGGCT-GGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGA-ACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGTAAAA-------AAAT--GGTTCGAATCAACGTAGAAAGTTTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 22222222 222222 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 1111111 33333333333333333 22222 11111111 11 111111 111 11111 333333333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111 11111111 1111 444444444444444444444 111 2222222222 11111 11111111 11
lowQualScore : 3333 33 33 999999 2 33 4 2 2 2 33333333 88888888 66666 2 555 3 2 6 5555 2 777777 0 2 33 000000 66666 2 333 66666 444 33 99999999 5555555555555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 1 555 55 2 0 3 888888 44 11 0 0 2 2 5555 3 3 0000 2 2 0 0 44 0 66666 2 666 3 6 3 3 1 555 1 8888 4 4444444 11111111111111111 4 11111 0 0 1 0 3 7777 77777777 55 00 7777 000000 666 3 222 33333 111111111111111111111111 4444444 444444444444 6 4 5 33 4 2 2222222 4 0 4 5 99999999 0000 1 1 3 1 5 1 5 3 999999999999999999999 000 1 5 4 1 5555555555 555 0 3 1 1 5 0 5 3 1 22222 5 0 88888888 11 9999 0
lowQualScore : .... .. .. ...... . .. . . . . ........ ........ ..... . ... . . . .... . ...... . . .. ...... ..... . ... ..... ... .. ........ ............. . ............................................................................................. ... . ... .. . . . ...... .. .. . . . . .... . . .... . . . . .. . ..... . ... . . . . . ... . .... . ....... ................. . ..... . . . . . .... ........ .. .. .... ...... ... . ... ..... ........................ ....... ............ . . . .. . . ....... . . . . ........ .... . . . . . . . . ..................... ... . . . . .......... ... . . . . . . . . . ..... . . ........ .. .... .
lowQualScore : 5555 11 11 444444 2 11 5 2 2 4 55555555 11111111 44444 4 666 5 2 4 3333 5 777777 1 5 44 000000 22222 5 666 77777 777 77 77777777 7777777777777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 3 444 88 5 7 1 888888 22 88 6 7 9 7 7777 1 1 6666 1 4 1 8 66 2 88888 5 444 6 7 3 3 6 888 9 0000 4 4444444 11111111111111111 0 11111 5 2 4 3 6 7777 88888888 00 00 7777 555555 444 0 444 99999 888888888888888888888888 4444444 999999999999 7 4 0 88 4 8 6666666 1 7 0 7 00000000 7777 4 0 2 4 0 4 0 0 666666666666666666666 000 4 7 0 4 3333333333 777 7 7 7 7 7 7 0 1 4 55555 0 2 11111111 99 0000 4
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( family-1309 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTGGAA--T-T--TTG--CTGTAATTTACGAA------TGATAGTTTACA-ATTTCCTATTG--TGTGGTTT-TATT-GGTACGA-AA---------TTTATT--------TAAGATT----TA-AAATT--TAT-TAAAAATGATAACTTTACACTTTATA----A-ATGGTGCATTCATTTCCATG------GCAAAGCACACATTGCTACCCGGAGCATGTTGAATT-T--ATG-TT---TAAT-----ATTCTCAACAAAATACAT--TGTTTG-----AATTA---AAA--TAACA--------AACTATC-------------A-GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A---------------------C-----C---------------------TG---CTGCATAACTAACGTCAT---GACATTGTTTT-----A-ATG------TAA--ACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGGAGTTACCACAGAAAGTTTAGAAGTATTCCTTTTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAAGCG-GGCC--ATCAAGTTTTGTGTCCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGA-AAAT-G-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTG-TTA--AAATGGCATGGTCGATT-TT------------GAACAA-----------------GATTCTATTT-ATG-A-TGTCTCGGCATGTTGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--AGGG--A--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAAGACAGCTTTCGGTGGAGTTTGATG-TTCTGTTTCAACAATACAC---GATTT--C--AAAAAAAAAAAGAGAC------TTGAACATG-------AAC------A-----AAGTAAGCACTTGCTGGATTCC-GAGGCTACT-AAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCATCAAAAT-T-GAAAAAAAGGAACA--AAAAAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGCATAAT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAAT-A--A---------------AAAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGAGAGACT-TATC--C-TTTGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTCCACAAACTTATCG-ACAACTCTC
gi|10 : TCGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TCCTGTTT-TATC-TGTAC---AAT-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAAT-AAAATGATAATTTCACTCTCCACATAATT-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGCATGCATCGCTATCCGGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTGC-------------ACAA-------------------TTC------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATTACCAACATCAT---GACATCATTTCTAGTAA-ATT------TAA--AGTGAAAAATAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-ATGA-AAAA-GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGA-CAATAA-AA-ATTAT---TGAAATAGGAATGAAACAa
gi|11 : gTTGTTCGATAATTGTGTGGTA--T-T--TTT--CTTCAATTTACGTA------TAATATTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATA-GGTACAA-AAC-G-----ATATA-A---------CAGATAATTATA-CAAAC--TAAATACAAATATTAATTTTACGCGATATA----T-ATGCAGTATTCGTTTCCATG------GTAATACATGTATCTTTACCCGGTACACGTTGAATT-T--ATATTT---AATA-----TT-CTAAACAAAATACAT--T-TTTA--------TA---AA-------A--------AGCTCATCCATTTTTGTGTAG-GA-------------------T--------------------TCAA---------------------T-----C---------------------TG---CCTCACTGTTAACGCCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAATATTGAATA-------------TGAAGT-------------TTAGAAGTATTGTTATTGACAAA-T----
gi|12 : gg-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTCGAA-------CGGCC--ATCAAGTTTTGAGTTAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCGTTTA--AA-TGTCATTGTTCATT-TCGGATTGCGTAAAGGACGA-----------------AATT---------------------GA----GTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTTAAA--AAAAA-------AGA-------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AATATGGG-ACGAACTGCAAAAAAAGAG--------------TCTCGTGAGTTTGTTAAATGGTATG-AGTCAGAATattttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|13 : atTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGCATATT-GTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAATTG--G--TA-A-C-----------A---TGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTGACA-T-TTTCC-TATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTATT---TGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGACT--A-GAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATG-----CACTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTAAAA--AA---A-TCA-GAA-TAATCGAACAACCCTCc
gi|14 : atTTCAATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTA--CTGTAATTTACATT------TGATAGTACATA-ATTTGGTATTG--TGCTTTTT-TACC-TGTACAA-AAA--------TATACA--------TCAGATA----TA-AAAATGATAAA-AAAAATGATAATTTTATGATTTGCA----T-ATGCACCATTCATATCTATG------GCAATGAATGTATCGCTACCTGGAGCATGTCACATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAAGACAT--TGTTTA-----AATTA---CAA--AAACA--------AGCTTAA-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----TTATTCTTTGCACTTTTTCGTATG---CTGCATAACTGACG---T---GACGCTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTA--ACTGAATAGCAGTATCCATGGCAAAGTTACAAGAGGAAGATTAGACATGTTGCTATTa
gi|15 : TGTTCGATAAATGCGTAAAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGACAGTATATA-ACTGCATATTG--TGCTATTT-TTTTCTGTACAA-AAA--------TGTATA--------TTA---------------T--T---------TGTT---TTTACTCTTTATA----T-ATGGAGCATTCGTTTCCGTG------GCAATACAT-TATCTCTACCTGGAACACATTGAATT-C--ATG-TTTTAAAAA-----AT-TAAAACAAAATATAT--TGTTTG-----AATTA---TTA--TAACA--------AGTTTCA-------------G-GATATATTTTGCGCAATT---T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCACTACTAACGTCAT---GAAGTCGTAACCGACAATATT------AAA--ATTGTATAGCAGTATCTATTGC------------GGAAGTTTAGAAGTATTGCTATTGA-AAA-T----
gi|16 : ATAAGTTTGTGGAC--T-C--TGG--CTGTGATTTACGTA------TGAAAGTATATA-ATTGCATATCA--TGTGGTTT-TATT-TTT--AA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTA-----TATA----T-GT
gi|16 : ccATGTCAAATA-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-TTAAACAAAATATATATCGTTTA-----TATCA---AAA--TAACA--------AGCTTTC-------------G-GA-------------------T--------------------A--A---------------------TTTCAAC---------------------TG---TTGCATAATTTACGTCAT---GACGT---TTCTGTTAA-ATT------TAA--ACTAAATAGCAGTATTCATCGTGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTTTTGA-AAA-T----A-A-A--G-AAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAAGAGCGcaaatatatgtttaaaaatttaaacaaaatatatatcgtttatatcaaaataacaagctttcggataatttcaactgttgcataatttacgtcatgacgtttctgttaaatttaaactaaatagcagtattcatcgtggagttacaacaggaagtttagaagtgttgtttttgaaaataaagaaaatgacatcaacttgcaacatcaaaacaagagcg
gi|17 : ccataagtttgtggactctggctgtgatttacgtatgaaagtatataattgcatatcatgtggttttatttttaaaaaaatatatatcagatataaaaattaaataaaaatgataactttatatTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TATT-TGTTCAC-AAA-T-----ATATATA--------TCAGATA-----A-AAAAT----------AATAATA-----ACACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TATTTTTGCGCGATTA----CAT---GGCGATGCTTCTGTTAA-AGT------TAA--ACTGAAAAG-----------------------CAAGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TGTT-TGTTCAC-AAA--------TATATA--------TCAGATA---------------AAA-AAAAATAATAAC-----ACTTTATA----T-ATGCATCATTCTTTTCCATG------GCAACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-T--GTGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------T
gi|19 : AAGTTCGTGGAC--A-T--TTA--CTGTAATTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTGCTTATTGAATG--GTTT-TGTT-CGTACAA-AAA-C-----ATGTATG----------AGAAA----TA-AAAAT--TAATTAAAAATGATAACTTTATACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAGCACGTCGAATT-TAAAT--TT---AAAA-----AT-ATAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAG--TAACA--------AGCTatttttgcgcg
gi|2 : TTGTTCGATAAGTTCGTGTAC--T-T--TTC--CTGTAATTTACGTA------TTGTAGTATATA-ATTGCATAGTG--TGCGGTTTCTGTT-TGTACAACAGA-ATATATATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAA--TAGATAAAAGTGATAACTTTACACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTAATG------GCAATGTATGTATCGCTACCCAGAGTACGTC------------------AAAA-----AT-CCAAACAAAATACAT--TGTTTA-----AATTA---TAA--TCACA--------AGCTTAC-------------A-GA-------------------T--------------------C--A---------------------C-----C---------------------TG---ACGCATAACTAACGTCAT---AACGTTGTTTTCGATAA-ATT------TAA--ACTGTATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAA---------TGTTGCTTTTGA-AAAATAAAAT-A-A--A-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAAAAGCGGCA--TTCATGTTTTTTGTTAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGA-TAAT-C-AA-ATGTT---TAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTGTT----AAATGGTATTGTCGATT-TTGGG-------AAGGACGA-----------------TATTATATTG-A-----TGACTCTCGATGTGGTAGAAC-ACTAT----TAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTAGAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATG-TGAATT--T--GGAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGAAAGCGCTCGCT----CCA-GAGGCTAC--AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG-AG----AATGT-GAA-------GATC--GAATCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGTTTATT-TTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAATTG--G--TAAATCTTCAGA-AAAAA---TGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGAGAAGC----------TTTGTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTA-GAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATA-----CCCCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAAG-AA---ATCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|20 : TATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTA-GGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATA-----TACTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTAAAA--AA---GTCGACGAACTTATAGAACAACC
gi|21 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaaTGTTCGATAAGTTCGTTGAC--T-T--TCG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTATATA-ATTGGGTAGTG--TATTGTTT-TATA-TGTACAA-TAA--------TATGTG--------TTAGATA----TA-AAAAT--GAAGTAAAAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCATCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGCATCGCTACCCAGAGCACGTCGAGTC-T--ATG-TTA--AAAA-----AT-CCAAACAAAAGACAT--
gi|22 : ggcAGACGATATAAACATT--ATATAGAA------CTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATA-----CACTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTAAAA--AA----TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTC--CTACAATAAGCGTG------TTATATAATATATTTTGT-TATTT--TGCTGCGT-TATC-TG--------A-A-----GTGTATACAGATGTTTCATATA----TATAAAAT--GAACTAAAAATGATAATTTTAC
gi|24 : tgatggcAAGTTTTGTGTAAAGCTTGA----CAAAAGGC---CAACACAAACCAAT-ACAA-ACG-T---TGGAACAGttt
gi|25 : aaagttgcttcagctatatattggtagatatgacgtcaaacaatttcgttggccagcggcgctgtaaaa--A-AAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTAGGGTGGTG--GTTAAATTTCACGTCAGATTAGG-----AAA--GC---CTTCACAAA-CATT-A-AATATGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGTa
gi|26 : tTTGTTCGATAAGTTCAAGGAT--T-T--TTG--CT-----TTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATCG--TGCAGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ACATATT--------TCTGCT---------GAAT--TAAAT
gi|27 : TTATTCAATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTATCG---TGATAGTATACA-ATTGCATATTG--GGCTGTTT-TCTC-TGTAC-A-AAA-A-----ATATACA--------T
gi|28 : -A-TGACTCGAGATGCGGAAGGCC-ATTAC----CAGT--CGGA--G--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGC
gi|29 : -T----T-A-AT-G-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTATGG-GGTTTGATTACATTTTGTGTTGGATTAGG----AAA
gi|3 : ttcaagttTGTTTGATAAGTTTGTGGACAATAT--TTG--CTATAATTTACATA------TGATAGTATATA-ATTCCATATTG--TGA-GTTT-TATC-TGTACAA-AAATA-----AACTATA--------TCAGATA----CA-AAATT--TAAATAAAA----TAA--------------------ATGCAGTATTCATTTCCATG------GCAATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATT-T--ATG-TTT--AAAA-----AT-ATATATAAAATATAT--TGTTTA-----AATAA---AAA--TAA-A--------AGCATAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTTTTTGGTGCCATTTCA--T-----C---------------------TG---CCGCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAA--ATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAGAGTTA-------------AGAAGTGTTTCTATTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGA-CAAC-A-AA-ATGTT---TGAAACAG-----------AAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATTAAATGGCACGGTCGATTATGGGA-------AAGGACAG-----------------GATTCTATTG-AGG-A-TGACTCAGGATGC----AAACAACTAT----ATATAAA--A--G--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAAGAGATCTTTGGACGGAGTT---TGTTTTTGTTTCAACAATACACATTGATTT--TTAAAAAA-------AGAC------T------TA-------AAC------ATGAACAAGTAAGTGCTCACTGGGTCCC-GAGGC-A-T-AAA---TG-ATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTTCGC-------TACG-AGTCAGAA
gi|3 : AGAAACCCAATGTATT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--GGTTACA-TGTC-GTAAAAAA---TGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGAAAGGCA-T-TTA-C-TTTGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGA--AA---GTTAAAGAACTT---GAACAACTCTTGTtaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|30 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAG-GACTTAGCGTATT-GTTTCATTAATTGAC-C
gi|31 : tACCGG-ATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG-AGTCTGAATtgcc
gi|32 : -AATATGACATCAACTGGCAA-ACCGAAACAAGAGCAGTC--ATCAAGTTTTGTGTTGTATTAGG----a
gi|33 : G------TCAGCGCTTTTCATGAGTTTGTTGAACGGTTCG-AGTCAGAAGGT-GAG-------AGCT--
gi|34 : AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTCAACatttaga
gi|35 : TTGTTCGGTAAGT----GGAA--T-T--TAG--TTATAATTGACGTA------TGGTAGTATA
gi|4 : gATATA--------TCAGATA----CA-AAA--------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTTCATA------GTAATGTATTTATTGCTACCCAGAGCATGTCGAATT-T--ATG--------AA-----AT-CTAAACAAATTACAT--CGTTTT-----AGTTA---AAA--TGATA--------TGCTTAC-------------G-GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CTACTCAACTAAAGTCAT---GAGGTCATTTCTATTTA-ATT------TTA--ACTAAATAGCAGTATCAATCTCGGAGTTAAAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTAATGA-AAA-T----TCA-A--G-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCC--
gi|4 : TGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTGTTT---AAATGGCATGGTCGATT-TTGGA-------AAGGATGG-----------------GATTCGATTG-A-G-GCTGACTCGAGAAGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAAGAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA-A--GATTT--T--AAAAAT------AGAC------T------TG-------AACATAAATA-----AAGTAAATGCACACAGGGTCCCAGAGGCTACT-AAAACTGG-ACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT-----TTGGAT-AGAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGCGTATT-GTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAAT-G--GATTACA-TGTC-AT-AGAAA---TGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGAGAGGTGTT-TT--C-TTTGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATC---ATTATTTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTA-GACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTAAAA--AAAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACCcagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|5 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaTTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--A-T--TTG--CTGTACTTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTACATACTG--TATTGTTT-TATT-TGTATAA-AAA--------TATGCA--------TCAGAAA----TA-AAGAT--TAATTAAAAATGATAACTTTGTACTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------ACAACGCATGTATCGCTACCCGGAGAATGTCGAATTCT--AAG-TTT--AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGCTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AATTTAC-------------G-GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A---------------------T-----T---------------------TG---CCGCATATCTAACGTCAT---GACGT---TTCCGTTAA-AT--------AA--TCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGACGTGTTGTTATTGA-AAA-G----T-A-A--A-GATAT----------------------ACAACAGCAGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGA-CAAT-A-AT-ATGTT---TAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTT---AATTGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGA-----------------GATTCCATTG-AGG-A-TGACTCGAGATGTGGAAGAAC-ACTAA----CAAT--CAGA--G--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAAGAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAAAAC-------T--T--AAACA------------------------TG-------AGC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTTGGTCCC-GAAGTTACT--AAACAGA-ACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAATG----------AGAACGT-AGA-------GACT--GAATCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAA-----CGTATTAGTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAAT-GC-GT-TACA-CGTC-AT--AAAA---TGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAAt
gi|6 : gTCTATTG-A-GGA-TGA-TGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--G--A--G--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACTCTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATA-TGATTT--TGAAAAAA-------AGACATGAAAT------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCACTTGGTCCC-GAGGCTACTGAAAAATGA-ACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG-ACTCAGAGTGT-GAA-------TACTTTGTATCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAAT-GTCT--TACA-CATC-AT-AAAAA---TG----------AAA----GAAT-------GAAAGA--------CG-T-TT--CATTTGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTA-GAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTAAAAACAA---GTTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|7 : gtcaTTGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--CCG--CTGTAGTTTTCGTA------CAATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TTCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAGAATGATAATTTCACTCTCCACA----T-ATGCAGCATTTATTTCCAAG------GCAATGCACGCATCCCTACCCAAAGTA-GTTG--TT-T--A--------AAAACAATTAT-ATAAACTTAATT--T--TATTTA-----TATT-------------------------TTGC-------------GCGA-------------------TTC------------------C--T---------------------T-----C---------------------TG---CCACATTACCAACATCAT---GACGTCATTTCCAATAA-ATT------TAA--ACTGAAAAACAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGAAAGTTTTGAAGTGTTGCTATTG--------------------AAAATGACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGA-CAATAA-AA-ATGAT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATG-TTA--AAATGGCATGATCTATT-TCGGA-------ATGGACAG-----------------GATTCTATTGAA-G-A-TGAATCTAGATGTGGTATATC-ATGAT----CAGT--CAGA--G--A--TTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCTg
gi|8 : gAGTATAGA-ATTGGATATTG--TGTGGTTT-TATT-TGTACAt
gi|8 : aTACACTTTTTA----TTATGCAGCATTTGTTTCCATA------GCAATGCATGTATCGCTATCTGGAGTATGCCAAATT-T--ATG-T----------------CTAAAAAAAATACAT--TGTTTA-----AACTA---AAC--TAATG--------AGCTTAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGCATGATTACAT-----T---------------------TG---CCACATGACCAATGTCAT---GACATTGTTTCTATTAA-ATT------TAA--TCTGAATAGCAGTATGCA--------TTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-ATA--G-AGAAT---GTCAACTGGCAATGCCAAAACAATAGctttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|8 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTGTT-A--AAATGGCATGGTTGATT-TCTGA-------AAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATTG-A-GGA-TGACTTGAGATGTGGAAGAAC-ACTATAGATCAGT--C--A--G--AGATCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAAGAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTC--T--AAAAA-------AGAC------T------TGAACATAAAAC------A-----AAGTTGGCACTCGCTGTGTCCT-GATGCTACaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagAATAGCAGTATCCATTGCAGAGTTACAACAGGAAGTTAAGAAGTTTTGCTATTGA-TGA-T----A-A-A--T-GAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAAA-------------A--AAGTTTTGTGT-AGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGA-CAAT-C-AA-ATGTT---TGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGTTT---AAATGGCATGATCGATT-TCGGA-------ACGGACGG-----------------GATTCTATTG-AGG-A-TGATTCGAGATTTTGTAGAAA-ACTAT----CAGT--G--A--AACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAAGAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACA-GGATTG--T--AAGACTT-----GAAC------A------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTGGCT-GGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGA-ACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGTAAAA-------AAAT--GGTTCGAATCAACGTAGAAAGTTTGAAT
blockSeqs : AATA GT TT ATGCTA T AA T C C C ATATATA CAGATGTT ATTAT T GAT A T T TAAT T ACTATC C AA TTTTA CAATT . ATC AAAAC TAT CT TCATTCAT CCATTTTTGTGTA C TCATTTATTCTTTGCACTTTTTCGTA TTT T GAA CA T T TTTCTG AT CT C A AAAA C T TGA G C TG ACATC A GAG C A C T A ACA T TATT A TTGCGTA GTTTCTATTGAGGATGA A GGA G A AGAT CATA AC AA GAAA TACATG GCC T ATT AAA AGACATGAAAT AACATAA ATAAATA G A G TG . A TATTACT T . A G TTGT A C A A A C G C TGGTAAATCTTCAGAA . T G T T ATTTTCC GTG G A C T T C T CTGCG T CTTAAAGT AC AATG
blockSeqs : T . . ATGCTA . . T . . . TAA . T . G A T G . . . . . TTA . . A . . . . . C TCATTTATTTTATGCATGATTACATT . T . CG C . . . TG . . . . . TG G C . T A . . A . . T . T TA . . . . GGC G . . CGGA . GA . . . T AT TTA TTGAACA . ATGAAC G . . CC . A T A . . A GA A A A C . C . C GGGTTACATGTCGTAA . T . T T ATTTAC GCT A A C . . T A . . . G A
blockSeqs : T . . ATACTA . . T . . . AA . T . T A T G . . . . . TTT . . T . . . . . . TCATTTTTTTGGTGCCATTTCATC . A . TA T . . . TT . . . . . AG A C . C G . . . . . T . T TA . . . . GGA G . . AAAA . . . . . T GT TGA TAGACT . A G . . CC . A T G . . G GA A T A C . A . C GGATTACATGTCATA . T . T T GTTTTC ACA A T C . . T G . . . . A
blockSeqs : T . . ATACTA . . T . . . GA . T . T A C T . . . . . TTT . . T . . . . . . TCTTTTTTTTTATGCGATTTCATC . T . CG C . . . TC . . . . . G A C . C G . . . . . A . T T . . . . GGA G . . CAGA . . . . . C AT T AGACT . A T . . CT . A T G . . G GG A A A T . T . C GTCTTACACATCATA . T . C T GTTTCA GAG G A T . . T G . . . . G
blockSeqs : T . . TCG . . G . . . AA . T . T A C A . . . . . TTT . . T . . . . . . TATATTTTGCGCAATTTCATC . A . TG T . . . TC . . . . . A A A . C G . . . . . T . T T . . . . GGA G . . CAGA . . . . . T AT T AGACT . A T . . CA . . T G . . T . C C A C . A . A GCGTTACACGTCAT . . . C . . . . A T . . T G . . . . G
blockSeqs : T . . . . . G . . . TA . T . T T C A . . . . . TTT . . C . . . . . . ACATTTATTTGTTACATT . G . TG T . . . TC . . . . . A A A . A A . . . . . T . T A . . . . GGA G . . CA . . . . . T AG T AGACT . A G . . AT . . T C . . A . A . C . C . . TGGTAAC . . . . . . C . . T C . . . . G
blockSeqs : A . . . . . G . . . CA . T . T A C A . . . . . TTA . . C . . . . . . TAATTTCAAC . A . TT C . . . TC . . . . . A A T . C A . . . . . T . T T . . . . GA G . . CA . . . . . C A T AGAT . A . . . CC . . T T . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . G . . . AG . T . G G T A . . . . . TTT . . C . . . . . . TTCCATC . A . CA T . . . TC . . . . . A A C . C A . . . . . A . . . . . . . . T . . GA . . . . . C . T . . A . . . . . A G .
blockSeqs : A . . . . . T . . . AA . C . G C T T . . . . . TTT . . T . . . . . . TTCAATC . A . CA T . . . CT . . . . . G G T . T A . . . . . T . . . . . . CA . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . . AA . C . T A C G . . . . . TT . . T . . . . . . TTCCTTC . A . TG C . . . TT . . . . . A A T . T . . . . . . T . . . . GA . . . . .
blockSeqs : T . . . . . A . . . . . T . T A C A . . . . . TT . . C . . . . . . TCATC . T . . C . . . . . . . . . G A C . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . T . . . . . T . T T T T . . . . . T . . C . . . . . . TCATC . G . . T . . . . . . . . . T G .
blockSeqs : T . . . . . T . . . . . . . G A . A . . . . . . . . T . . . . . . TCACC . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA****** TTT*** A*** T*** CGA***** AT* AGACT******************* G******* GGGTTACACGTCATAA***** ***
originalCons : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATG-TT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTTA--AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--C--A--G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAAT-G--G--TACA-CGTC-GT-AAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
finalCons : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAAAA------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATA----T-ATGCAGCATTCGTTTCCATG------GCAATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-T--ATGTTT---AAAA-----AT-CTAAACAAAATACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-AA---AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-ATGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGTTT---AAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTG-A-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGTCGA-----G--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACAT-GATTT--T--AAAAAAGACT-------------------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAAG-------ACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAATGGGTTACACGTCATAA-----AAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 22222222 1111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111 33333333333333333 22222 1111 2222 111111 111 11111 333333333333333333333333 1111111 111111111111 1 1111111 11111111 1111 22222222222 111 2222222222 11111 11111111 11
lowQualScore : 3333 33 33 999999 2 33 4 2 2 2 77777777 88888888 66666 2 555 3 2 6 2 5555 777777 0 2 33 33 33 333 66666 444 33 99999999 5555555555555 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 1 555 55 2 0 3 888888 44 11 0 0 2 2 777777 3 0000 2 2 0 0 44 0 66666 2 666 3 3 3 3 3 1 555 777 5 4 4444444 11111111111111111 55555 0 0 1 0 3 4444 5555 55 55 7777 000000 666 3 222 33333 111111111111111111111111 4444444 444444444444 6 4 5 33 4 2 2222222 4 0 4 5 99999999 0000 1 1 3 1 5 1 5 3 4 11111111111 000 1 5 4 1 5555555555 555 0 3 1 1 5 0 5 3 1 22222 5 0 88888888 11 9999 0
lowQualScore : .... .. .. ...... . .. . . . . ........ ........ ..... . ... . . . . .... ...... . . .. .. .. ... ..... ... .. ........ ............. . ............................................................................................. ... . ... .. . . . ...... .. .. . . . . ...... . .... . . . . .. . ..... . ... . . . . . . ... ... . . ....... ................. ..... . . . . . .... .... .. .. .... ...... ... . ... ..... ........................ ....... ............ . . . .. . . ....... . . . . ........ .... . . . . . . . . . ........... ... . . . . .......... ... . . . . . . . . . ..... . . ........ .. .... .
lowQualScore : 5555 11 11 444444 2 11 5 2 2 4 88888888 11111111 44444 4 666 5 2 4 5 3333 777777 1 5 44 44 44 666 77777 777 77 77777777 7777777777777 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 3 444 88 5 7 1 888888 22 88 6 7 9 7 555555 1 6666 1 4 1 8 66 2 88888 5 444 6 3 3 3 3 6 888 888 1 4 4444444 11111111111111111 11111 5 2 4 3 6 1111 2222 00 00 7777 555555 444 0 444 99999 888888888888888888888888 4444444 999999999999 7 4 0 88 4 8 6666666 1 7 0 7 00000000 7777 4 0 2 4 0 4 0 0 3 77777777777 000 4 7 0 4 3333333333 777 7 7 7 7 7 7 0 1 4 55555 0 2 11111111 99 0000 4
consensus : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-------ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATGGC------AATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-TATGTTT--AAAAAT--CTAAACAAAAT--ACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGT---TTAAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTGA-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGTC-G-AG--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAATGGGTTACACGTCATAAAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
Reference ( family-1309 ) : TTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTA------TGATAGTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTACGCTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATGGC------AATGCATGTATCGCTACCCGGAGCACGTCGAATT-TATGTTT--AAAAAT--CTAAACAAAAT--ACAT--CGTTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AGCTTAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATAACTAACGTCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-ATT------TAA--ACTGAATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-A--A-AAAATGACGTCAACTGGCGACGTCGAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGT---TTAAATGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGG-----------------GATTCTATTGA-G-A-TGACTCGAGATGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGTC-G-AG--A--TCCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGACTAACTGTAAGAGATCTTTCGGCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTT--T--AAAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACG-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT--GAATCGAATAAGAGTAGAAAGTTTGAATCCGTAGATGAACTTNAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCATTTGAC-CAGTCATGGTATGAAGTTACATTTAACAAATGGGTTACACGTCATAAAAAA---TGCATAC-GAATAAACGGCGAATACCTCGAGAAAGAATGAGAGGCG-T-TT--C-TTTGTATAAAATGCGCGACGTGGTACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGGTAGCCGTTGCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCCGTATTTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTTCGAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTTCACGAACTTATCGAACAACCCTCGT
gi|1 : TGTTTAATAAGTTTGTGGAA--T-T--TTG--CTGTAATTTACGAA------TGATAGTTTACA-ATTTCCTATTG--TGTGGTTT-TATT-GGTACGA-AA---------TTTATT--------TAAGATT----TA-AAATT--TAT-TAAAAATGATAACTTTACACTTTATAA-A----TGGTGCATTCATTTCCATGGC------AAAGCACACATTGCTACCCGGAGCATGTTGAATT-TATGTTT--AATATT--CTCAACAAAAT--ACAT--TGTTTG-----AATTA---AAA--TAACA--------AACTATC-------------A-GA-------------------TTATTTATTTTTGAGTGATTTC--A---------------------C-----C---------------------TG---CTGCATAACTAACGTCAT---GACATTGTTTT-----A-ATG------TAA--ACTGAATAGAAGTTTCCATCGCGGAGTTACCACAGAAAGTTTAGAAGTATTCCTTTTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAATGACGTCAAATGGCAACGTTGAAACAAGCG-GGCC--ATCAAGTTTTGTGTCCGAATAGG----CAAAATAC---TGACTCAGA-AAAT-G-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATTAAACATATATGCAGTTGTTCCTTATTGT---TAAAATGGCATGGTCGATT-TT------------GAACAA-----------------GATTCTATTTATG-A-TGTCTCGGCATGTTGTAGAAC-ACTAT----CAGTCAG-GG--A--TCCGCTATCACAAAAGGT----TAGACATAC------T---ATTTATCCAGACAGGCGACTAACTGTAAGACAGCTTTCGGTGGAGTTTGATG-TTCTGTTTCAACAATACAC---GATTT--C--AAAAAAAAAAAGAGAC------TTGAACATG-------AAC------A-----AAGTAAGCACTTGCTGGATTCC-GAGGCTACT-AAAAATGGAAAAAATTAAAGAAAATAAG------AAAGCCCTTCTTGGGAAATTTTTGAAAGATACGCCATCAAAAT-T-GAAAAAAAGGAACA--AAAAAAAAAAAGAGTAGGAAAATTGAATCTGCAAATGAACTTTAGGTTGAAACCAAGCATAAT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGGTGTGAAGTTACATTTTATAAATA-------------AAAAAATAGTGCATAC-AAATGAACGGTGAATACCATGAGAAAGAATGAGAGACT-TATC--C-TTTGTATAAAATGCACGACATGATACATGACGTCGTTATTATTTGTGCCGTG-TTCGGGTAACCGTTCCAGACTGTA-GAATATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATA--TTTTCCATATCTAAAAGAGAATTGAATA-----CACTTTTACCAGATA-TATAATTGTTTTGTTTTTATTTCAAAAGTCA--------CTCTCTATTAAAA--AA---GTCCACAAACTTATCG-ACAACTCTC
gi|10 : TCGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TCCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAAA-TGATAATTTCACTCTCCACAT-AATTATGCAGCATTCGTTTTAATGGC------AATGCATGCATCGCTATCCGGAGCACGTCGAGTC-TATGTTA--AAAAAT--CCAAACAAAAG--ACAT--AGTTTAAAAACAATTATATAAACTTAATATCATTCATATTTTGC-------------ACAA-------------------TTC------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCATTACCAACATCAT---GACATCATTTCTAGTAA-ATT------TAA--AGTGAAAAATAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-A-ATGA-AAAA-GACGTCAACTGGTGACGTTGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATACGA----TAAAACAC---CTACCCGGA-CAATAA-AA-A-TTAT---TGAAATAGGAATGAAACAa
gi|11 : gTTGTTCGATAATTGTGTGGTA--T-T--TTT--CTTCAATTTACGTA------TAATATTATATA-ATTGCATATTG--TGCTGTTT-TATA-GGTACAA-AAC-G-----ATATA-A---------CAGATAATTATA-CAAAC--TAAATACAAATATTAATTTTACGCGATATAT-A----TGCAGTATTCGTTTCCATGGT------AATACATGTATCTTTACCCGGTACACGTTGAATT-TATATTT--AATATT--CTAAACAAAAT--ACAT--T-TTTA--------TA---AA-------A--------AGCTCATCCATTTTTGTGTAG-GA-------------------T--------------------TCAA---------------------T-----C---------------------TG---CCTCACTGTTAACGCCAT---GACGTCGTTTCCGTTAA-AAT------TAAATATTGAATA-------------TGAAGT-------------TTAGAAGTATTGTTATTGACAAA-T----
gi|12 : gg-AAAAGGACGTCAACTGGCGACGTCGAA-------CGGCC--ATCAAGTTTTGAGTTAGATTAGG----CA-----C---CGACCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTCGTTTATTAGCGT---TTAAATGTCATTGTTCATT-TCGGATTGCGTAAAGGACGA-----------------AATT--------------------GA----GTAGAAC-ACTAT----CAGTC-ATAG--A--TCTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATTC------T---ATTTATCAAGAAAGTCGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGGGGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTTAAA--AAAAA-------AGA-------T------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTGGGTCCC-GAGGCTACT-AATATGGG-ACGAACTGCAAAAAAAGAG--------------TCTCGTGAGTTTGTTAAATGGTATG-AGTCAGAATattttttcatgaatactagcatatttataatagagatcataacagtattgatgtcggaaaatatatcaccgggtaattgagatgatgga
gi|13 : atTTTGAATCCAGAGATGAACTTCAGATAGAAACCAAGCATATT-GTCTCATCATTCGAC-CAGTCATGGTTTGAAGATACATTTAACAAATTGGT------------AACA---TGCATAT-GAATAAATGGCGAATATGTCAAGAAAGAATGAGTGACA-T-TTTCC-TATGTATTAAATGTGTGACATGATACATGACATTGTTATT---TGTACCATGCTCCCGTGAGCTATTGCAGACT--A-GAATATTTGATACAGAATTTTAATTGTTTTGTGCATCAAACTATAG-TTTCTCGTATCTAAAAGATAATTGAATG-----CACTTTTAAGAGATA-TATAACTGTTTTATTTTTATTTTGGAAGTCACTTAAAGTCTTTCTATTAAAA--AA---A-TCA-GAA-TAATCGAACAACCCTCc
gi|14 : atTTCAATAAGTTTGTGGAC--T-T--TTA--CTGTAATTTACATT------TGATAGTACATA-ATTTGGTATTG--TGCTTTTT-TACC-TGTACAA-AAA--------TATACA--------TCAGATA----TA-AAAATGATAAA-AAAAATGATAATTTTATGATTTGCAT-A----TGCACCATTCATATCTATGGC------AATGAATGTATCGCTACCTGGAGCATGTCACATT-TATG-TT--AAAAAT--CTAAACAAAAG--ACAT--TGTTTA-----AATTA---CAA--AAACA--------AGCTTAA-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----TTATTCTTTGCACTTTTTCGTATG---CTGCATAACTGACG---T---GACGCTATTTCTGTTAA-ATTTTTCTGTTA--ACTGAATAGCAGTATCCATGGCAAAGTTACAAGAGGAAGATTAGACATGTTGCTATTa
gi|15 : TGTTCGATAAATGCGTAAAC--T-TGTTCGTTCTGTAACTTA-GTA------TGACAGTATATA-ACTGCATATTG--TGCTATTT-TTTTCTGTACAA-AAA--------TGTATA--------TTA---------------T--T---------TGTT---TTTACTCTTTATAT-A----TGGAGCATTCGTTTCCGTGGC------AATACAT-TATCTCTACCTGGAACACATTGAATT-CATGTTTTAAAAAAT--TAAAACAAAAT--ATAT--TGTTTG-----AATTA---TTA--TAACA--------AGTTTCA-------------G-GATATATTTTGCGCAATT---T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CCGCACTACTAACGTCAT---GAAGTCGTAACCGACAATATT------AAA--ATTGTATAGCAGTATCTATTGC------------GGAAGTTTAGAAGTATTGCTATTGA-AAA-T----
gi|16 : ATAAGTTTGTGGAC--T-C--TGG--CTGTGATTTACGTA------TGAAAGTATATA-ATTGCATATCA--TGTGGTTT-TATT-TTT--AA-AAA-A-----ATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--TAAATAAAAATGATAACTTTA-----TATAT-G----T
gi|16 : ccATGTCAAATA-TATGTTT--AAAAAT--TTAAACAAAAT--ATATATCGTTTA-----TATCA---AAA--TAACA--------AGCTTTC-------------G-GA-------------------T--------------------A--A---------------------TTTCAAC---------------------TG---TTGCATAATTTACGTCAT---GACGT---TTCTGTTAA-ATT------TAA--ACTAAATAGCAGTATTCATCGTGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTTTTGA-AAA-T----A-A-A--G-AAAATGACATCAACTTGCAACATCAAAACAAGAGCGcaaatatatgtttaaaaatttaaacaaaatatatatcgtttatatcaaaataacaagctttcggataatttcaactgttgcataatttacgtcatgacgtttctgttaaatttaaactaaatagcagtattcatcgtggagttacaacaggaagtttagaagtgttgtttttgaaaataaagaaaatgacatcaacttgcaacatcaaaacaagagcg
gi|17 : ccataagtttgtggactctggctgtgatttacgtatgaaagtatataattgcatatcatgtggttttatttttaaaaaaatatatatcagatataaaaattaaataaaaatgataactttatatTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TATT-TGTTCAC-AAA-T-----ATATATA--------TCAGATA-----A-AAAAT----------AATAATA-----ACACTTTATAT-A----TGCATCATTCTTTTCCATGGC------AACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-TGTGTTT--AAAAAT--CTAAACAAAAT--ACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TATTTTTGCGCGATTA----CAT---GGCGATGCTTCTGTTAA-AGT------TAA--ACTGAAAAG-----------------------CAAGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTC
gi|18 : gTTGTTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTG--CTGTAATTTACGTAATGCTATGATACTGTATA-ATTGCATATTA--TGCGGTTT-TGTT-TGTTCAC-AAA--------TATATA--------TCAGATA---------------AAA-AAAAATAATAAC-----ACTTTATAT-A----TGCATCATTCTTTTCCATGGC------AACGCATGTATCGCTACCTGGGGCACGTCGAATT-TGTGTTT--AAAAAT--CTAAACAAAAT--ACAT--CGTTTA-----AACTA---AAA--TAACA--------AGCTAAC-------------G-GA-------------------T--------------------C--A---------------------T-----C---------------------T
gi|19 : AAGTTCGTGGAC--A-T--TTA--CTGTAATTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTGCTTATTGAATG--GTTT-TGTT-CGTACAA-AAA-C-----ATGTATG----------AGAAA----TA-AAAAT--TAATTAAAAATGATAACTTTATACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATGACTATCACAATGCACGTATCGTTATCCGGAGCACGTCGAATT-TAAATTT--AAAAAT--ATAAACAAAAT--ACAT--CGTTTA-----AATTA---AAG--TAACA--------AGCTatttttgcgcg
gi|2 : TTGTTCGATAAGTTCGTGTAC--T-T--TTC--CTGTAATTTACGTA------TTGTAGTATATA-ATTGCATAGTG--TGCGGTTTCTGTT-TGTACAACAGA-ATATATATATATA--------TCAGATA----TA-AAAAA--TAGATAAAAGTGATAACTTTACACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTTAATGGC------AATGTATGTATCGCTACCCAGAGTACGTC---------------AAAAAT--CCAAACAAAAT--ACAT--TGTTTA-----AATTA---TAA--TCACA--------AGCTTAC-------------A-GA-------------------T--------------------C--A---------------------C-----C---------------------TG---ACGCATAACTAACGTCAT---AACGTTGTTTTCGATAA-ATT------TAA--ACTGTATAGCAGTATCCATCGCGGAGTTACAACAGGAA---------TGTTGCTTTTGA-AAAATAAAAT-A-A--A-AAAATGACGTCAACTTGCAACGTTAGAACAAAAGCGGCA--TTCATGTTTTTTGTTAGATTAGG----CAAAACAT---CGACCAAGA-TAAT-C-AA-A-TGTT---TAGAACAAGAACAAAACAAAAATGCAGTTGTTCATTAGTGT---T-AAATGGTATTGTCGATT-TTGGG-------AAGGACGA-----------------TATTATATTGA-----TGACTCTCGATGTGGTAGAAC-ACTAT----TAGTC---AG--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACGTGC------T---ATCTATCAAGACAGGCGATTAACTGTTAGAGATATTTCGGCGGAGTTTG-T-TTTCTGTTTCAACAATACATG-TGAATT--T--GGAAA-------AGAC------T------TG-------AAC------A-----AAGAAAGCGCTCGCT----CCA-GAGGCTAC--AAAACCGG-ACGAACTGGAAAAAACGAG------TAAGCTCTTCACGTGAGTGTGTTGAATGGTACG-AG----AATGT-GAA-------GATC--GAATCGAATACGAATAGAAAGTTTGAATCCATAGATGAACTTAAGGTAGAAACCCAGTTTATT-TTCTCATCATTTGAC-CAATAATGGTATGGAGTTAAATTTAACAAATTGGTAAATCTTCAGAAAAAA---TGCATAC-GAATAAATGGCAAATACCTCGAGAAAGAATGAGAAGC----------TTTGTATAAAATGCTCGACGTGGTACATGGCATCATTATAACTTGTGCCGTGCTCCAGGTAGCCGTTGTAGACTGTA-GAATATCTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAACTATAG-TTTTCTGTATTTAAGAGAAAATTTAATA-----CCCCTTCAAAAGATA-TATAAATGTTTTATTTTTATTCCAAAAGTCG--------CTCTCTATTAAAAG-AA---ATCCCCGAATTCATCTAACAACCCTTGT
gi|20 : TATTTGTATCGTGCTCCGGGTAGCCTTTGCATACTGTA-GGATATTT-------AATTTTAACTGTGTTGTGTATAAAACTATAG-TGTCCTGTATTTAAAAGAGAGTTGAATA-----TACTTTCAAGAGATATTATAATTGTTTCATTTTAATTACGAAAGTCG--------CTTTCTATTAAAA--AA---GTCGACGAACTTATAGAACAACC
gi|21 : gagtcagaatctggatcgacgtttcctttgtattactttatgtaaaTGTTCGATAAGTTCGTTGAC--T-T--TCG--CTGTAATTTTCGTA------CGATAGTATATA-ATTGGGTAGTG--TATTGTTT-TATA-TGTACAA-TAA--------TATGTG--------TTAGATA----TA-AAAAT--GAAGTAAAAATGATAATTTCACTCTCCACAT-A----TGCATCATTCGTTTCCATGGC------AATGCATGCATCGCTACCCAGAGCACGTCGAGTC-TATGTTA--AAAAAT--CCAAACAAAAG--ACAT--
gi|22 : ggcAGACGATATAAACATT--ATATAGAA------CTGTTTTATATATCAAACTACAG-TTTTCTGCATTGAAGAAAGAACTGAATA-----CACTTTCACGAGATA-TATAATTGTTTTATTTTTATTCCGAAAGTAT--------CTCGCTATTAAAA--AA----TTCACGAACTTATGGAACAACCCTCG
gi|23 : TATTCGATAAGTTCATGGAC--A-T--TTC--CTACAATAAGCGTG------TTATATAATATATTTTGT-TATTT--TGCTGCGT-TATC-TG--------A-A-----GTGTATACAGATGTTTCATATA----TATAAAAT--GAACTAAAAATGATAATTTTAC
gi|24 : tgatggcAAGTTTTGTGTAAAGCTTGA----CAAAAGGC---CAACACAAACCAAT-ACAA-A-CG-T---TGGAACAGttt
gi|25 : aaagttgcttcagctatatattggtagatatgacgtcaaacaatttcgttggccagcggcgctgtaaaa--A-AAAATGATGTCAGCCGGCAAAGTAAAAACTAGGGTGGTG--GTTAAATTTCACGTCAGATTAGG-----AAA--GC---CTTCACAAA-CATT-A-AATA-TGATACATGAATCTGATGTGAGACATAAATGTAGTa
gi|26 : tTTGTTCGATAAGTTCAAGGAT--T-T--TTG--CT-----TTACGTA------CGATAGTATATA-ATTGCATATCG--TGCAGTTT-TATT-TGTACAA-AAA-A-----ACATATT--------TCTGCT---------GAAT--TAAAT
gi|27 : TTATTCAATAAGTTCGTGGAC--T-T--TTG--CTGTAATTTACGTATCG---TGATAGTATACA-ATTGCATATTG--GGCTGTTT-TCTC-TGTAC-A-AAA-A-----ATATACA--------T
gi|28 : -A-TGACTCGAGATGCGGAAGGCC-ATTAC----CAGTC-GGAG--A--TCCATTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATTTATCAAAACAGGC
gi|29 : -T----T-A-AT-G-AAAATGATGTCAATCAGCAAAGTCGAAACTATGG-GGTTTGATTACATTTTGTGTTGGATTAGG----AAA
gi|3 : ttcaagttTGTTTGATAAGTTTGTGGACAATAT--TTG--CTATAATTTACATA------TGATAGTATATA-ATTCCATATTG--TGA-GTTT-TATC-TGTACAA-AAATA-----AACTATA--------TCAGATA----CA-AAATT--TAAATAAAA----TAA----------------A----TGCAGTATTCATTTCCATGGC------AATGCATGTATAACTATCTGGAGCTTGTCGAATT-TATGTTT--AAAAAT--ATATATAAAAT--ATAT--TGTTTA-----AATAA---AAA--TAA-A--------AGCATAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTTTTTGGTGCCATTTCA--T-----C---------------------TG---CCGCATAATGAATGTCATGAAGAAGTTTTTTTTATTAA-ATT------TAA--ATTG-ATAGCAGTATTCATCGCAGAGTTA-------------AGAAGTGTTTCTATTAA-AAA-T----T-A-A--AGAAAAGGATGCCAGCTGGCAATATCAAAACAAGAGCGGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACGC---CAACCCAGA-CAAC-A-AA-A-TGTT---TGAAACAG-----------AAATGCAGTCTTACATTAGTGTTTATTAAATGGCACGGTCGATTATGGGA-------AAGGACAG-----------------GATTCTATTGAGG-A-TGACTCAGGATGC----AAACAACTATATA-TAA---A-AG--A--TTTGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------C---AACTATCAAGACAGGTAATTAACTGTAAGAGATCTTTGGACGGAGTT---TGTTTTTGTTTCAACAATACACATTGATTT--TTAAAAAA-------AGAC------T------TA-------AAC------ATGAACAAGTAAGTGCTCACTGGGTCCC-GAGGC-A-T-AAA---TG-ATGAACTGG-AAAAACAAG------TAAACACTTCTCGTGAGTTCGC-------TACG-AGTCAGAA
gi|3 : AGAAACCCAATGTATT-GTCTCATAATTTGAC-CAGTCATGATATGAAGTTACATTTAACAAATGGGTTACATGTCGTAAAAAA---TGCATAT-GAACAAATGGTGAATACCTCAAGAGAGAATGAAAGGCA-T-TTA-C-TTTGTTTAAAAT-------GTGGTACATGATGTCATTATTTTCTGTGCCATGTTCacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgttctaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|3 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcTTCTAACT-TTTTGTGTATCAAATTACAG-TTTTCTTTATTTAAAAGAGAATTGAATACTGCGCACTTTCAAGAGATG-TATAATTATTTTATTTCTATTTCATATGTTG---------TCTCTGTTAAGA--AA---GTTAAAGAACTT---GAACAACTCTTGTtaactttttgtgtatcaaattacagttttctttatttaaaagagaattgaatactgcgcactttcaagagatgtataattattttatttctatttcatatgttgtctctgttaagaaagttaaagaacttgaacaactcttgt
gi|30 : tgtttgataagtttgtggacaatatttgctataatttacatatgatagtatataattccatattgtgagttttatctgtacaaaaataaactatatcagatacaaaatttaaataaaataaatgcagtattcatttccatggcaatgcatgtataactatctggagcttgtcgaatttatgtttaaaaatatatataaaatatattgtttaaataaaaataaaagcatatggatcatttttttggtgccatttcatctgccgcataatgaatgtcatgaagaagttttttttattaaatttaaattgatagcagtattcatcgcagagttaagaagtgtttctattaaaaattaaagaaaaggatgccagctggcaatatcaaaacaagagcggccatcaagttttgtgttagattaggcaaaacgccaacccagacaacaaaatgtttgaaacagaaatgcagtcttacattagtgtttattaaatggcacggtcgattatgggaaaggacaggattctattgaggatgactcaggatgcaaacaactatatataaaagatttgttaccacaaaaggttagacatgccaactatcaagacaggtaattaactgtaagagatctttggacggagtttgtttttgtttcaacaatacacattgatttttaaaaaaagacttaaacatgaacaagtaagtgctcactgggtcccgaggcataaatgatgaactggaaaaacaagtaaacacttctcgtgagttcgctacgagtcagaaacccaatgtattgtctcataatttgaccagtcatgatatgaagttacatttaacaaatgggttacatgtcgtaaaaaatgcatatgaacaaatggtgaatacctcaagagagaatgaaaggcatttactttgtttaaaatgtggtacatgatgtcattattttctgtgccatgAATAAGAGTAGACAATTTAAATCCGCAGATAAACTTTTGGTAG-GACTTAGCGTATT-GTTTCATTAATTGAC-C
gi|31 : tACCGG-ATGAACTGGAAAA-ACGAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGAGTGTTAAATGGTACG-AGTCTGAATtgcc
gi|32 : -AATATGACATCAACTGGCAA-ACCGAAACAAGAGCAGTC--ATCAAGTTTTGTGTTGTATTAGG----a
gi|33 : G------TCAGCGCTTTTCATGAGTTTGTTGAACGGTTCG-AGTCAGAAGGT-GAG-------AGCT--
gi|34 : AGGAAGTTTAAAAGTGTTGTTATTGA-CAA-T----T-A-A--A-GAAATGACGTCAACatttaga
gi|35 : TTGTTCGGTAAGT----GGAA--T-T--TAG--TTATAATTGACGTA------TGGTAGTATA
gi|4 : gATATA--------TCAGATA----CA-AAA--------TAAAAATGTTAACTTATTGCTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTTCATAGT------AATGTATTTATTGCTACCCAGAGCATGTCGAATT-TATG-------AAAT--CTAAACAAATT--ACAT--CGTTTT-----AGTTA---AAA--TGATA--------TGCTTAC-------------G-GATCTTTTTTTTTATGCGATTT--------------------C--A---------------------T-----C---------------------TG---CTACTCAACTAAAGTCAT---GAGGTCATTTCTATTTA-ATT------TTA--ACTAAATAGCAGTATCAATCTCGGAGTTAAAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGTTAATGA-AAA-T----TCA-A--G-AAAATAATGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCC--
gi|4 : TGTCAACTTAGGACATCAAAACATGAGCGGCCCAGA-CAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAGGAATGAAACATATATGCATTCGTTCATTAGTGT---TTAAATGGCATGGTCGATT-TTGGA-------AAGGATGG-----------------GATTCGATTGA-G-GCTGACTCGAGAAGTGGTAGAAC-ACTAT----CAGTC---AG--A--TTCGTTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACGGGCGA-TAACTGTAAGAGATATTTCGGCAAAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACA-A--GATTT--T--AAAAAT------AGAC------T------TG-------AACATAAATA-----AAGTAAATGCACACAGGGTCCCAGAGGCTACT-AAAACTGG-ACAAACTGG-AAAAACAAG------TAAGCGCTTCTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGT-GAA-------GACT-----TTGGAT-AGAGTAAAAAGTTTGAATCCATAAATGAACTTAAGGTAG-AACCCAGCGTATT-GTCTCATATTTTGAC-CTGTCATGGTATGATGTTACATTTAACAAATGGATTACATGTCAT-AGAAA---TGCATAC-AAATAAACAGCCAA-ACCTTGAGAAAGAATGAGAGGTGTT-TT--C-TTTGTATAAAATACACGATTTGGTACATGACATC---ATTATTTGTTCCATGTTCCGGGTAGCCATGGCAGACTGTA-GACTATTTGATACAGAATTTTAACTGTTTTGTGTATCAAAC--TAG-TT-------TTTAAAA------------------------AAGAGATA-TATAATTGTCCTATTTTTATTTCGAAAGTTG--------CTCTATATTAAAA--AAAATGTTCACTAACTTTTCGAACAACCcagacaataaaatgtttgaaacaggaatgaaacatatatgcattcgttcattagtgtttaaatggcatggtcgattttggaaaggatgggattcgattgaggctgactcgagaagtggtagaacactatcagtcagattcgttaccacaaaaggttagacatgctatctatcaagacgggcgataactgtaagagatatttcggcaaagtttgatgtttctgtttcaacaatacaagattttaaaaatagacttgaacataaataaagtaaatgcacacagggtcccagaggctactaaaactggacaaactggaaaaacaagtaagcgcttctcgtgagtttgttgaatggtacaagtcagaatgtgaagactttggatagagtaaaaagtttgaatccataaatgaacttaaggtagaacccagcgtattgtctcatattttgacctgtcatggtatgatgttacatttaacaaatggattacatgtcatagaaatgcatacaaataaacagccaaaccttgagaaagaatgagaggtgttttctttgtataaaatacacgatttggtacatgacatcattatttgttccatgttccgggtagccatggcagactgtagactatttgatacagaattttaactgttttgtgtatcaaactagtttttaaaaaagagatatataattgtcctatttttatttcgaaagttgctctatattaaaaaaaatgttcactaacttttcgaacaacct
gi|5 : atatatcagatacaaaataaaaatgttaacttattgctttatatatgcagcattcgttttcatagtaatgtatttattgctacccagagcatgtcgaatttatgaaatctaaacaaattacatcgttttagttaaaatgatatgcttacggatctttttttttatgcgatttcatctgctactcaactaaagtcatgaggtcatttctatttaattttaactaaatagcagtatcaatctcggagttaaaacaggaagtttagaagtgttgttaatgaaaattcaagaaaataaTTGTTCGATAAGTTCGTGGAC--A-T--TTG--CTGTACTTTAAGTAATACTATGATAGTATATA-ATTACATACTG--TATTGTTT-TATT-TGTATAA-AAA--------TATGCA--------TCAGAAA----TA-AAGAT--TAATTAAAAATGATAACTTTGTACTTTATAT-A----TGCAGCATTCGTTTCCATGAC------AACGCATGTATCGCTACCCGGAGAATGTCGAATTCTAAGTTT--AAAAAT--CTAAACAAAAT--ACAT--CGCTTA-----AATTA---AAA--TAACA--------AATTTAC-------------G-GAACATTTATTTGT-------TA-------------------C--A---------------------T-----T---------------------TG---CCGCATATCTAACGTCAT---GACGT---TTCCGTTAA-AT--------AA--TCTGAATAGCAGTATCCGTCGCGGAGTTACAACAGGAAGTTTAGACGTGTTGTTATTGA-AAA-G----T-A-A--A-GATAT----------------------ACAACAGCAGCC--ATCAAGTTTTGTGTTAGATTAGG----CAAAACAC---CGACCTAGA-CAAT-A-AT-A-TGTT---TAAAATAGGAATAAAACATAAATGCAGTCGTTCATTAGTGT---TTAATTGGCATGGTCGATT-TCGGA-------AAGGACGA-----------------GATTCCATTGAGG-A-TGACTCGAGATGTGGAAGAAC-ACTAA----CAATCAG-AG--A--TCCGTTACCATAAAAGGT----TAGATATGC------T---ATCTATCAACACAGGCTACCAACTGTAAGAGATCTTTCGTCGGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAGAAAAAAAC-------T--T--AAACA------------------------TG-------AGC------A-----AAGTAAGCGCTCGCTTGGTCCC-GAAGTTACT--AAACAGA-ACGAACTTG--AAAACGAG------TATGCCCTTCTGGTGAGTTTGTTGAATG----------AGAACGT-AGA-------GACT--GAATCGAAAAAGAGTCAAAAGTTTGATTCCGT---TTAACTTCAGGTTCAAA-----CGTATTAGTCTTATCATTTTTC-CAGTCATGGTATGAAATAACATTTAA-AAATGCGTTACACGTCAT--AAAA---TGCA-ACGGAATAAACGTCAA--ACTTCGAGAAAt
gi|6 : gTCTATTGA-GGA-TGA-TGGAGAAATGGTAGAAC-ACTAT----CAGT--G-AG--AAATCAGTTAACACAAAAGGTGAAATAGACATGC------TGCCATCTATCAAGACAGGCGATGAACTCTATGAGATCTTTCAGTGGAGTTTGAT-TTTCAATTTCAACAATAAATA-TGATTT--TGAAAAAA-------AGACATGAAAT------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTCACTTGGTCCC-GAGGCTACTGAAAAATGA-ACAAACTGGATAAA-TGAG------AAAACTCTTCTCATGAGTTTGTT-AATGGTATG-ACTCAGAGTGT-GAA-------TACTTTGTATCGACTAAGAGTAGAAAGTTTGAATGAGTAGATGAAGTTAAGGTAGAAACCCAGCGTATT-GTCTCATCACCTAATGCAGTAATGGAATGAAGTAACATTTAAAAAATGTCTTACACATCAT-AAAAA---TG----------AAA----GAAT-------GAAAGA--------CG-T-TT--CATTTGAATAAAATGAGCGACGCTATACACAACATAGTTATTATTTGTGCCGTGCTCCGGATAGCCGTTGCAGACAGTA-GAACATTTGGTAAAGAATTTTAACTGTTTTACATATCAAACTATAGTTTTTTTGTATTTAAAAGACAATTGAATA-----CACTTTCAAGAGATA-TATAATTGTTTTATTT---TTTCGAAAGCAG--------CTCTCTATTAAAAACAA---GTTCACAAACTTATCTAACAACCCT
gi|7 : gtcaTTGTTCGATAAGTTTGTGGAC--T-T--CCG--CTGTAGTTTTCGTA------CAATAGTTTATA-ATTGGGTAGTG--TTCTGTTT-TATC-TGTACAA-TAA--------TATATA--------TCAGATA----TA-AAAAT--GAAATAAGAATGATAATTTCACTCTCCACAT-A----TGCAGCATTTATTTCCAAGGC------AATGCACGCATCCCTACCCAAAGTA-GT---------TGTTT--AAAAACAATTATATAAACTTAATTT--TATTTA-----TATT-------------------------TTGC-------------GCGA-------------------TTC------------------C--T---------------------T-----C---------------------TG---CCACATTACCAACATCAT---GACGTCATTTCCAATAA-ATT------TAA--ACTGAAAAACAATTTCCACTGCGAAGTTACAACAGAAAGTTTTGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T------------------GACGTCAACTGGCAATGTCGAAACAAGAGCGGTC--ATTAAGTTTTGTGTTGGATTAAG----TAAAACAC---CTACCCAGA-CAAT-A-AA-AATGAT---TGAAACAGGAATGAAACATAAATGTAGTTGTTTGTTAATGT---TAAAATGGCATGATCTATT-TCGGA-------ATGGACAG-----------------GATTCTATTGAAG-A-TGAATCTAGATGTGGTATATC-ATGAT----CAGTCAG-AG--A--TTCGCTACCACAAAAGGT----TAGACATGC------T---ATCTATCAAGACAGGTGATTAACTGTAAGAGATCTTTCGAAAGTGTTTGATGTTTCTGTCTg
gi|8 : gAGTATAGA-ATTGGATATTG--TGTGGTTT-TATT-TGTACAt
gi|8 : aTACACTTTTTATTA----TGCAGCATTTGTTTCCATAGC------AATGCATGTATCGCTATCTGGAGTATGCCAAATT-TATGTCT--AAAAA----------AAAT--ACAT--TGTTTA-----AACTA---AAC--TAATG--------AGCTTAT-------------G-GA-------------------T--------------------C--ATTTATTTTATGCATGATTACAT-----T---------------------TG---CCACATGACCAATGTCAT---GACATTGTTTCTATTAA-ATT------TAA--TCTGAATAGCAGTATGCA--------TTACAACAGGAAGTTTAGAAGTGTTGCTATTGA-AAA-T----T-ATA--G-AGAAT---GTCAACTGGCAATGCCAAAACAATAGctttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|8 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgAAT-A-AA-A-TGTT---TGAAACAAGAATGAAACATAAATGCAGTCATTCATTAGTGT---TAAAATGGCATGGTTGATT-TCTGA-------AAAGATGGGTTTCTATTGAGGATGAGATTCTATTGA-GGA-TGACTTGAGATGTGGAAGAAC-ACTATAGATCAGTCAG-AG--A--TCTGTTACCACAAAAGAT----TAGACATGC------T---ATCTATATAGACAGATGACTAATAGAAAGAGATTTTTTGGCAGAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATACACA-TGATTC--T--AAAAA-------AGAC------T------TGAACATAAAAC------A-----AAGTTGGCACTCGCTGTGTCCT-GATGCTACaataaaatgtttgaaacaagaatgaaacataaatgcagtcattcattagtgttaaaatggcatggttgatttctgaaaagatgggtttctattgaggatgagattctattgaggatgacttgagatgtggaagaacactatagatcagtcagagatctgttaccacaaaagattagacatgctatctatatagacagatgactaatagaaagagattttttggcagagtttgatgtttctgtttcaacaatacacatgattctaaaaaagacttgaacataaaacaaagttggcactcgctgtgtcctgatgctac
gi|9 : aagtatagaattggatattgtgtggttttatttgtacactttttattatgcagcatttgtttccatagcaatgcatgtatcgctatctggagtatgccaaatttatgtctaaaaaaaatacattgtttaaactaaactaatgagcttatggatcatttattttatgcatgattacatttgccacatgaccaatgtcatgacattgtttctattaaatttaatctgaatagcagtatgcattacaacaggaagtttagaagtgttgctattgaaaattatagagaatgtcaactggcaatgccaaaacaatagAATAGCAGTATCCATTGCAGAGTTACAACAGGAAGTTAAGAAGTTTTGCTATTGA-TGA-T----A-A-A--T-GAAATGACGTCAACAGGCGACGTCAAAA-------------A--AAGTTTTGTGT-AGATTAGG----TAAAACAC---CGACACAGA-CAAT-C-AA-A-TGTT---TGAAACAGAAATGAAATATAAATGCAGTCGTTTATTTGTGT---TTAAATGGCATGATCGATT-TCGGA-------ACGGACGG-----------------GATTCTATTGAGG-A-TGATTCGAGATTTTGTAGAAA-ACTAT----CAGT--G-AAACA--TCTGTTACCACAAAATGT----TAGACATGCTACATGT---ATCTATCAAGACAGGTGACTAACTATAAGAGACCTTTCGGCATAGTTTGATGTTTCTGTTTCAACAATATACA-GGATTG--T--AAGACTT-----GAAC------A------TG-------AAC------A-----AAGTAAGCGCTGGCT-GGTCCC-GAGGCTACT-AAAACCGA-ACAAACTGG-AAATGCGAGTATTACTAGGCGCTTTTCGTGAGTTTGTTGAATGGTACA-AGTCAGAATGTAAAA-------AAAT--GGTTCGAATCAACGTAGAAAGTTTGAAT