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lowQualScore                  :                                                         7    7 3   33           111111 33 2  2             3                          
lowQualScore                  :                                                         .    . .   ..           ...... .. .  .             .                          
lowQualScore                  :                                                         0    8 2   22           888888 77 7  1             4                          
consensus                     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTGGTTTT--CGCACATTGAC-T-AN-T--A-TTGAATGGCTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
Reference ( gi|8 )            :                                       CTGCTATCACTTCGCTATTGATTAGCTTT--CGCACATTGAC-T-ATAT--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCTTTGACT
gi|15                         :                                       CCGCTTCCGCTTCTATATAGATTGGTTTT--CGCACAT---------------------GGCTTGACATGTTTATGACGTAG
gi|5                          :                           aattgctatcaacTGCTATCACTACACTATAGATTTGTTCT--CGCACTTTGAC-TGAT-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCCTTGACTaaaa
gi|12                         :                                       tTGCTATCACTTCGCTAAAGATTGGTTTT--CGCACATTGACTT-AT-T--A-TTGAATGGCTTGGCATTTTTATAGCCTAGTGTCACCTTTta
gi|10                         :                                       tTGCTGTTATTTCGCTATAGATTGGTTTT--CGCACATTGAC-TGAT-T--A-TTGAACGGCTTGGCATGTTTATGATGTAGCGTCATCTT
gi|9                          :                                      atTGCTATTACTTCGCTATAGATTGTTTTT--TGCAAATTGAC-T-AATT--A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGAC
gi|7                          :                                       aTGCTATTACTTCGCTATAGATTGTTTTT--TGCAAATTGAC-T-AATT--A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGACc
gi|16                         :                                       aTGCTATCACTTTGCTATAGATTAGTTTT--CGCACAATAAC-T-A-AT--AGTTGAATGGCGTGGCATATTTATGACGc
gi|11                         :                                       tTGCTATCACTTCGCAGTAGATTGGTTTC--CGCACACTGAC-T-A-ATTCA-T--ACTGGCTTGGCATACTTATGACGCAGTGACACCTCTcta
gi|17                         :                                      atTGCTATCACTTCTTTATAGATTGGTTTT--CGCACATTGAC-T-AACT--A-CTTAATAACTTGTCATATTTATGAC
gi|3                          :                                      atTGCTATCAATTCGTTATAAATTGACTTT--CGCACAATGACTT-AT-T--A-TTAAATGGCTT--C---TTTATGACGTAATGTa
gi|2                          :                                        TGCTATCACTTCGTCATAAATTGACTTT--CGCACAATGACTT-AT-T--A-TTAAATGACTT--C---TTTATGACGTAATGTaaagtaatattaataaccaatt
gi|1                          :                                        TGCTATCACTTCGTTATAAATTGGTTTT--CGCACATTGAT-T-Aaaagtaatattaataaccaattagta
gi|18                         : aatgtttgaaacttgaatgtagataaatcatattcaaatTGCTATCACTTCTCTATAAATTGGTTTT--CGCACATTGAC-T-atgcattttgtgtatgtaaggatcgatatttgg
gi|4                          :                                     aagTGCTATCAATTCATTATAGACT-GTTTTTTCACACATTGAC-T--T---------AATGGCTT
gi|6                          :               tgttgataaatcaattcgattcaaatGCTATCACTTTGTTATAAGTTGGTTTT--CACACATTGAC-T-AATT--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTAATGACGCAAAGTCACCATTGACTttattttttagacgata
gi|13                         :                                              CACTTCGTTAAAGATTGGCTTT--CGCACATTGAC-T-AGTT--A-TTTAATGGCTTGGCATATTTGTAAAGCAATGTCACTTtaa
gi|14                         :                                           gcaaaCTTCGTTATAAATTGGTTTT--CGCACAATCAC-C-AAGT--A-GTTAATGGCTCAGCTTATTTATGATGCAATGTC-CATTTGGCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTGGATCTTGACAAATTAATCCGATTCAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                               .                . ........ .  .             .                          
lowQualScore                  :                                                               2                7 22222222 5  4             9                          
consensus                     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-A-N-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
Reference ( family-1285 )     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-A-N-T--A-TTGAATGGCTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
gi|1                          :                                        TGCTATCACTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGAT-T-A-A-T--
gi|10                         : aatgtttgaaacttgaatgtagataaatcatattcaaatTGCTGTTATTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-TGA-T-T--A-TTGAACGGCTTGGCATGTTTATGATGTAGCGTCATCTTgcattttgtgtatgtaaggatcgatatttgg
gi|11                         :                                      atTGCTATCACTTCGCAGTAGATTG-GTTTCCGCACACTGAC-T-A-A-TTCA-T--ACTGGCTTGGCATACTTATGACGCAGTGACACCTCT
gi|12                         :                                      atTGCTATCACTTCGCTAAAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTT-A-T-T--A-TTGAATGGCTTGGCATTTTTATAGCCTAGTGTCACCTTT
gi|13                         :                                             tCACTTCGTTAAAGATTG-GCTTTCGCACATTGAC-T-AGT-T--A-TTTAATGGCTTGGCATATTTGTAAAGCAATGTCACTT
gi|14                         :                                           gcaaaCTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACAATCAC-CAA-G-T--A-GTTAATGGCTCAGCTTATTTATGATGCAATGTC-CATTTGGCT
gi|15                         :                                       CCGCTTCCGCTTCTATATAGATTG-GTTTTCGCAC----------------------ATGGCTTGACATGTTTATGACGTAG
gi|16                         :                           aattgctatcaacTGCTATCACTTTGCTATAGATTA-GTTTTCGCACAATAAC-T-A-A-T--AGTTGAATGGCGTGGCATATTTATGACGCaaaa
gi|17                         :                                       tTGCTATCACTTCTTTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-TAA-C-T--A-CTTAATAACTTGTCATATTTATGACta
gi|18                         :                                      atTGCTATCACTTCTCTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-a
gi|2                          :                                     aagTGCTATCACTTCGTCATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTT-A-T-T--A-TTAAATGACTT--C---TTTATGACGTAATGT
gi|3                          :                                        TGCTATCAATTCGTTATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTT-A-T-T--A-TTAAATGGCTT--C---TTTATGACGTAATGTaaagtaatattaataaccaattagta
gi|4                          :                                        TGCTATCAATTCATTATAGACTGTTTTTTCACACATTGAC-T-----T-------AATGGCTTaaagtaatattaataaccaatt
gi|5                          :              tgttgataaatcaattcgattcaaatTGCTATCACTACACTATAGATTT-GTTCTCGCACTTTGAC-TGA-T-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCCTTGACTttattttttagacgata
gi|6                          :                                        tGCTATCACTTTGTTATAAGTTG-GTTTTCACACATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGGCTTGGCATGTTAATGACGCAAAGTCACCATTGACTta
gi|7                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGACtaa
gi|8                          :                                      aCTGCTATCACTTCGCTATTGATTA-GCTTTCGCACATTGAC-T-A-TAT--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCTTTGACTc
gi|9                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTGGATCTTGACAAATTAATCCGATTCAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                               2                7 22222222 5  4             5                          
consensus                     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-A-N-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
Reference ( family-1285 )     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-A-N-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
gi|1                          :                                        TGCTATCACTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGAT-T-A-A-T--
gi|10                         : aatgtttgaaacttgaatgtagataaatcatattcaaatTGCTGTTATTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-TGA-T-T--A-TTGAACGGCTTGGCATGTTTATGATGTAGCGTCATCTTgcattttgtgtatgtaaggatcgatatttgg
gi|11                         :                                      atTGCTATCACTTCGCAGTAGATTG-GTTTCCGCACACTGAC-T-A-A-TTCA-T--ACTGGCTTGGCATACTTATGACGCAGTGACACCTCT
gi|12                         :                                      atTGCTATCACTTCGCTAAAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTT-A-T-T--A-TTGAATGGCTTGGCATTTTTATAGCCTAGTGTCACCTTT
gi|13                         :                                             tCACTTCGTTAAAGATTG-GCTTTCGCACATTGAC-T-AGT-T--A-TTTAATGGCTTGGCATATTTGTAAAGCAATGTCACTT
gi|14                         :                                           gcaaaCTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACAATCAC-CAA-G-T--A-GTTAATGGCTCAGCTTATTTATGATGCAATGTC-CATTTGGCT
gi|15                         :                                       CCGCTTCCGCTTCTATATAGATTG-GTTTTCGCAC----------------------ATGGCTTGACATGTTTATGACGTAG
gi|16                         :                           aattgctatcaacTGCTATCACTTTGCTATAGATTA-GTTTTCGCACAATAAC-T-A-A-T--AGTTGAATGGCGTGGCATATTTATGACGCaaaa
gi|17                         :                                       tTGCTATCACTTCTTTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-TAA-C-T--A-CTTAATAACTTGTCATATTTATGACta
gi|18                         :                                      atTGCTATCACTTCTCTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-a
gi|2                          :                                     aagTGCTATCACTTCGTCATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTT-A-T-T--A-TTAAATGACTT--C---TTTATGACGTAATGT
gi|3                          :                                        TGCTATCAATTCGTTATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTT-A-T-T--A-TTAAATGGCTT--C---TTTATGACGTAATGTaaagtaatattaataaccaattagta
gi|4                          :                                        TGCTATCAATTCATTATAGACTGTTTTTTCACACATTGAC-T-----T-------AATGGCTTaaagtaatattaataaccaatt
gi|5                          :              tgttgataaatcaattcgattcaaatTGCTATCACTACACTATAGATTT-GTTCTCGCACTTTGAC-TGA-T-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCCTTGACTttattttttagacgata
gi|6                          :                                        tGCTATCACTTTGTTATAAGTTG-GTTTTCACACATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGGCTTGGCATGTTAATGACGCAAAGTCACCATTGACTta
gi|7                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGACtaa
gi|8                          :                                      aCTGCTATCACTTCGCTATTGATTA-GCTTTCGCACATTGAC-T-A-TAT--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCTTTGACTc
gi|9                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGAC-T-A-A-TT-A-TTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGAC


blockSeqs                     :                                                               T                T AATTC    G  G             A
blockSeqs                     :                                                               .                T GATT     .  T             T
blockSeqs                     :                                                               .                T AGTT     .  T             A
blockSeqs                     :                                                               .                . AAGT     .  G             A
blockSeqs                     :                                                               .                . AACT     .  T             G
blockSeqs                     :                                                               .                . GATT     .  A             A
blockSeqs                     :                                                               .                . AATT     .  A             A
blockSeqs                     :                                                               .                . AATT     .  G             G
blockSeqs                     :                                                               .                . ATAT     .  G             G
blockSeqs                     :                                                               .                . AATT     .  G             A
blockSeqs                     :                                                               .                . ATT      .  G             G
blockSeqs                     :                                                               .                . AAT      .  G             A
blockSeqs                     :                                                               .                . ATT      .  .             .
blockSeqs                     :                                                               .                . ATT      .  .             .
blockSeqs                     :                                                               .                . T        .  .              
blockSeqs                     :                                                               .                . .                          
blockSeqs                     :                                                               .                .                            


blockSeqCons                  :                                                                                  AATT****
originalCons                  :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-T-A-N-T--A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
finalCons                     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGAC-TAATT----A-TTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTGGATCTTGACAAATTAATCCGATTCAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                                                               .                 .   .   .             .                          
lowQualScore                  :                                                               2                 6   5   4             5                          
consensus                     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTAATT-ATTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
Reference ( family-1285 )     :                                       CTGCTATCACTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTAATT-ATTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGCAGTGTCACCTTTGACT
gi|1                          :                                        TGCTATCACTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGATTAAT
gi|10                         : aatgtttgaaacttgaatgtagataaatcatattcaaatTGCTGTTATTTCGCTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTGATT-ATTGAACGGCTTGGCATGTTTATGATGTAGCGTCATCTTgcattttgtgtatgtaaggatcgatatttgg
gi|11                         :                                      atTGCTATCACTTCGCAGTAGATTG-GTTTCCGCACACTGACTAATTCAT--ACTGGCTTGGCATACTTATGACGCAGTGACACCTCT
gi|12                         :                                      atTGCTATCACTTCGCTAAAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTTATT-ATTGAATGGCTTGGCATTTTTATAGCCTAGTGTCACCTTT
gi|13                         :                                             tCACTTCGTTAAAGATTG-GCTTTCGCACATTGACTAGTT-ATTTAATGGCTTGGCATATTTGTAAAGCAATGTCACTT
gi|14                         :                                           gcaaaCTTCGTTATAAATTG-GTTTTCGCACAATCACCAAGT-AGTTAATGGCTCAGCTTATTTATGATGCAATGTC-CATTTGGCT
gi|15                         :                                       CCGCTTCCGCTTCTATATAGATTG-GTTTTCGCAC-----------------ATGGCTTGACATGTTTATGACGTAG
gi|16                         :                           aattgctatcaacTGCTATCACTTTGCTATAGATTA-GTTTTCGCACAATAACTAATA-GTTGAATGGCGTGGCATATTTATGACGCaaaa
gi|17                         :                                       tTGCTATCACTTCTTTATAGATTG-GTTTTCGCACATTGACTAACT-ACTTAATAACTTGTCATATTTATGACta
gi|18                         :                                      atTGCTATCACTTCTCTATAAATTG-GTTTTCGCACATTGACTa
gi|2                          :                                     aagTGCTATCACTTCGTCATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTTATT-ATTAAATGACTT--C---TTTATGACGTAATGT
gi|3                          :                                        TGCTATCAATTCGTTATAAATTG-ACTTTCGCACAATGACTTATT-ATTAAATGGCTT--C---TTTATGACGTAATGTaaagtaatattaataaccaattagta
gi|4                          :                                        TGCTATCAATTCATTATAGACTGTTTTTTCACACATTGACT--T------AATGGCTTaaagtaatattaataaccaatt
gi|5                          :              tgttgataaatcaattcgattcaaatTGCTATCACTACACTATAGATTT-GTTCTCGCACTTTGACTGATT-ATTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCCTTGACTttattttttagacgata
gi|6                          :                                        tGCTATCACTTTGTTATAAGTTG-GTTTTCACACATTGACTAATT-ATTGAATGGCTTGGCATGTTAATGACGCAAAGTCACCATTGACTta
gi|7                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGACTAATT-ATTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGACtaa
gi|8                          :                                      aCTGCTATCACTTCGCTATTGATTA-GCTTTCGCACATTGACTATAT-ATTGAATGGCTTGGCATGTTTATGACGTAGTGTCACCTTTGACTc
gi|9                          :                                        TGCTATTACTTCGCTATAGATTG-TTTTTTGCAAATTGACTAATT-ATTGAATGACTTGGCATATTTATGACGCAGTGTCGCCTATGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTTGGATCTTGACAAATTAATCCGATTCAAA