lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1     111                              1111                                1111111                                            111                                       111                                                                       1                                     22222                                                  11111  11111111                 1111                                                                                                                                      1                                       1                  11                                11                 1111                                                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 6          7     777             2    2    888  2 4444      7                3  1     4444444             99                 3         6 333                  9      2             333       2   4   4         3 3 3                                         7             88888                   11111  3 55                   7         555  999999  3 66666  11111111 3 44 555  3     5555            0   5 44   3 3           0 1 555  77777             2                         33     6666                           8 2   1       2  2  8         33         3    5                  44                        0       88                 0000 2            9          6     333 333   3      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .          .     ...             .    .    ...  . ....      .                .  .     .......             ..                 .         . ...                  .      .             ...       .   .   .         . . .                                         .             .....                   .....  . ..                   .         ...  ......  . .....  ........ . .. ...  .     ....            .   . ..   . .           . . ...  .....             .                         ..     ....                           . .   .       .  .  .         ..         .    .                  ..                        .       ..                 .... .            .          .     ... ...   .      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 0          0     555             5    5    555  2 2222      5                2  8     7777777             22                 2         7 555                  3      5             333       5   5   0         6 6 6                                         1             33333                   22222  1 55                   7         888  666666  3 22222  22222222 1 22 444  1     3333            8   2 22   1 1           5 9 444  77777             1                         99     1111                           0 7   3       7  7  4         77         1    7                  44                        9       33                 0000 4            1          5     777 777   9      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTATTATATATTCTCCTNAAAANG-ATNA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCANTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGTAATAAAAAAA----TATA-NTATATTCAAAACCCACACAGACACATGTA---TA------TA-T-----TT--------T-T--T---TC-TTTTATTCCATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATACAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATAAT
Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CGAGGCAGACCTGTTTTTTTCACTCCTAATTA---AGTATTATATATTCTCCTCAAAAAG-ATTA----GATATCTCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAACAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTACGCAAGCAGTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATAGCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGTAATAAAAAAA----TACA-ATATATTCAAAACCCACACAAACACATGTA---TA------TA-T-----TT--------T-T--T---TC-TTTTATTCCATTATCTTCTCTCATCAA--CAA-A-TATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATAAAGAAATG-TA-GAGACAAAGACA--AAATACATA-TAAATATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTATAGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATAAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGACAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTATTAAGTAATATATATTCTCCTAAAAACG-ATTA----GATATCCCGCTATCCATAAATGCTTTCAAAAATA-GG--AAGCTTTGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-A-CAACAATTTACAATGTTTTGAAAAAGAGTGGCAACCTATAATGCAAGCATTTAGTTA-ATTATTTTT-T-TTGTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGACAGAAACGATTCCATAAAATAACTTTTTGAAGTTTGAAGTTATAAAAAG-----TATA-TTATATTCAAAACCCATACAGACACATGTA---TA------TA-TATA--TT--------T-T--T---TC-TATTATTC-ATTATCTTCTAT-ATTAA----A-A-------AAGCTATAT---AA-----AAAAA-GAACAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATATATTCCCC----TTTGCCATATATTTATTATATTAAAGA-A-ATACAGAAATG-TA--ATACAAAGACA--AAATACATA-TAAA-ATATATATTGCTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTATTTTTATAGTATTAAGGACCATAGAGAAATATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACA--TGTA---T---TTGATATAGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            cagttccttgaaattactgtttgacaattgtattaatttaaataaactagttaattttagacaagggtatggtgaatcatatttaatGAGGCAAACCTGTTCTTTTCACTCCAAATGA---AGTATTATATATTCTCCTAAAAAAATATCA----GATATCCCTTTATCCATAAATGCTTTAAAAGATAAGG--TAGCATGGGCTTT--TAAAACATATAGTCACTTTGCAATAAATA-AAAAAAAACTTACAATGTTT-GAAAAA-ATTCGCAACCAATAATGCAAGCATTTGGTTGTGTTTTTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACATGGTCAGATAATCCAGTAT-ATACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGCAATAAAAAAG----TACT-TTATTTTTAATCCCCTTAAAAA-ATAT-TA----A------TA-T-----TT--------T-TGTT---TT-TTTTTTTTGGTTTTTTTTTCT--TTAATTCATTA-TAT-TCTCTCTTTAA---AAGCTTGAAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCC
gi|8                          : tgttatgaactgcttaatacaaaaaatgaaatcccaacatcaaaatataaatgggaagaactttataatattgaatacaacacacggaaagagatatattactcatcatttaagtttgcaataggttctctattacagtggttccaagtgagaattaaccatagactaatgccaacttaagcctatttttataaaaaaataaagttaaagaaagtccgttttgcagtttgagacaattacgcatatgatgttgaccggtcccgaaactaaaatactttttcaagaaataaaagaaacactactgtcgaaaaatataccatataaattcaatgatgaagagttaatttttaatattggaaagcatttatgtGATGTAGACCTGTTCTTTTCCCTCCAAATTA---AGTATTATATATTCTCCTCAAGAGG-ATTA----GATGTTCCTCTATCCATAAATGCTTTTTAAAAAAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCGTGCAATAAA-AGAAAAACAACCTACAATGTTT-----------------------TGCAAGCATTTAGTTT-ATTATTATT-CTT-TTAAGATGTACAGATACTTGGTCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----
gi|6                          :                                                                                                                                                  agtttgcaatagcttctcaattacagtggttccaagtgagaattacacatagactattgccaacttaagcctatttatataaacttaaagttaaagaaagtcccctttgcagctcctgtcaactacacattttgtggacctgtcctggaaataatgtgcttctccaagaaataaaagaaactctactgttgaaaaatataccatatgtaatcaatgaagaagaatccatttttaataatggaaagcattttaatTA---AGTATTATATATT-TCTTCAAAACG-ATAA----GATATACCTCTATCCATAAATG--------------------------CTTT--TTAAACAAATAAAATCCTTGCAATAAA-A-TACAACAACTTATAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCATTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGAAACTTGGC-AGTCAGTCAGAAAGGACA-----AAGTAACTT-----AGCTTGAAATAATAAAAAG-----TATA-TTATATTCAAAACCCACACAGACACATGCA---TT------TT-T-----TT--------T-T--T---TTATTTTATT-CATTATCTTCTCTCATCGA--AAA-A-TATGTTAAGCTATAT---AA-----AAAAAAAAAGAGAAGTTTTACCTTAAAACCCATTTATAA--TTCCC----TTTGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGA-A-ATACAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TACAAATATATATTGATTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTGTTTTTATAATATCAAGGACCATATAGAAACATA----C-AATATCAAAATA-CAAATAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actgcagacagAAAAT-ATTATTGTGATATTGTTTTATCCATAAATGC-TTTAAAAAAATTGTCTAGCTAGGGTTTTAATAAAGC---TAAACACC-TATAATAAA-A-
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                           gcaaattaaagttaaagaatgtcccctttgtagtctatgtaaaccagaagagagacaattatctgtatgttgacccgtcctgaaatgaaatatattcttcaacaaataaaagatactcactcttataaacaatataattaatatatacatgtataatgtatatatacacattcaaaaaagcaattttaatattgg-ATAA----GATATCCCTCTTTTCATAAACGCTTGTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTC---AAAACATATAAACACTTTGCAATAAA-A-A-CAGCAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGCCATCCAATAATGCAAGCATTTAGTTG--TT-TTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGT---------AGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGTAATAAAAAAG----TATA-TTATATTCCAAACCTACACAGACACATGTA---TA------TA-TA----TT--------A-T--T---TC-TTTTATT-CATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAACTATAA---AA-----AAAGAAGAATAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCTC----TTTGACTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATACAGAAATG-TA-GAAACAAAGACC--AAATACATA-TATAAATATATATCGTTTGATA--AAGTTCACTGAAGGT----------------------CCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATG-TAAATACACA--TGTA---T---TTGATATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTTTC-T-GTAAGATTTACAGATACTTGGCCACTTAGTCAGAAATGATACCATAAAACAACTT-----AGTTTAAAGTAATAAAAAA-------TA-ATATATTTAAAACCCACACAGACACATGTA---TA------T--T-----TT--------T-T--T---TC-TTTTAG-CTATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATTTAAAGTTATAA---AA--------AAAGAAGAGAAGTTTTGCCTGAAAACTCATTTATAC--TTCCC----TTTGTCTTATTTTTGTTATATTAAAGA-A-ATACAGAAAAA-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA--AAACTTATATATTGTTTGATA-TAAATTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAACATTAAGGACCATAGAGAAACATA----CAAAAAACAAAATA-CAAATACACA--TGTA---T---TTGATATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGTAATAAAAAAA----TATA-ATATATTTTAAACCCACACAGACACATGTA---TA------TA-T-----TT--------T-T--T---TC-TTTTATTC-ATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATATAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATAt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGTAATAAAAAAA----TATA-ATATATTTTAAACCCACACAGACACATGTA---TA------TA-T-----TT--------T-T--T---TC-TTTTATTC-ATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATATAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTA-----AGTTTAAAGTAATAAAAAAAAA--TATA-ATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTA---TA------TA-TATTTTTT--------T-T--T---TC-TTTTAT-CCATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTACCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATATAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAATTA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGTAATAAAAAAA----TATA-ATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTA---TA------AA-T-----TT--------TAT--T---TC-TTTTA-TCCATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTG-AAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATATAGAAATG-TA-GAAACAAAGACG--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAAT---ACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGTAATAAAAAAG----TATA-ATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTA---TATATATATA--------T--------T-T--T---TC-TTTTA-TCCATTATCATCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCGAGCTATAAAACAA-----AGAAAAGAAGAGAAGCTTTACATGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTAATTTTATTATATTAAAGA-A-ATACAGAAACG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATGT--AGGTCACTGAAGGTCTTATTTTTATAACATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGT-T----T---TTGATATAGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGTTAGATAGTCAGAAAAGCTACGGTAAAA-A--TT-----CGTTTAAGTTAAAAAAAAAAAAATTACATGTTTATACAAAACCCACTCA---ACATGTAAGCT-------TG-T-----TTCAGGTGTGT-T--TACATT-TTTTGATCTATTATCT------ATT----CAA-ATTATATCAGGCC-TGA---AT-----TAGTAA-------------ATCTGAAAGCTCATTCA-AT--TTCTCCATTTTTG-TTTCCTTTGAGTATGTCAAGAA-C-ATGAAGAAACG-TA-GAAA-AAAGATAATAAATACATA-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tA---TA------TATT-----TT--------T-T--T---TC-TTTTA-TCAATTATCTTCTCTCATCGA--CAA-A-TATGTCAAGGTAT-A---AA-----AAAATAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTGATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGA-A-ATATAGAAATG-TA-GAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -----TT--------T-T--T---TC-TTTTATTC-ATTATATTCTCTTATCAA---AA-C-TATGTCAAGCT-TAA---AA-----AAA---GAGAAGAAGTTT-------------ATTCATAT--TTTCC----TTTGCCTTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cAACTCG---ATAT--TT-------TTTGTCCC-TTTTTGTTATATTAAGGACATATAAAAAAGTGCTA----ACAAAGACA--GAATATA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTC-ATAGAGAAA------GATACAAAAACA--AAATAC-----AAATACACATG-TATTTGATATga
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tagtatatattgtttgatatagttcactgaagGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACA-ATAGAGAAACG-T-----ACAAAGACA--AAATACAaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agacatccagaaattataaaacaaagacaaaatacataatatagatatatatggtttgatatagttcacagaagAGA-C-ATCCAGAAAT--TATAAAACAAAGACA--AAATACATAATATAGATATATATGGTTTGATAT--AGTTCACAGAAGGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACAATAGAGAAACGTA----C-AAAGACAAAATA-CAAACAaaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATATATTGTTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTCATAGAGAAAGATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACA--TGTA---T---TTGATATAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAA-ATATAGAAATGTAGAAAC-AAAGACGAAATA-CATATAAAAATATATATAGT---TTGATAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgcaagcagttagataattatttttctgtaagatgtacagatacttggccagttagtcagaaatgataccataaaataacttagtttaaagtaataaaaaaatataatatattcaaaacccacacagacacatgtataaattttatttcttttatccattatcttctctcatcgacaaatatgtcaagctattaaaaaaaaagaagagacgttttacctgaaactcatttatatttccctttGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGAA-ATACAGAAATGTAGAAAC-AAAGACAAAATA-CATATACAAATATATA---TTGATTGATATAGTtaagttcactgaaggtcttatttttagaatattaaggaccatagagaaacatacaaaaacaaaatacaaataca
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actgcagacagtaagtattatatatttcttcaaaacgataagatatacctctatccataaatgctttttaaacaaataaaatccttgcaataaaatacaacaacttataatgtttcgaaaaagattggcaaccaataatgcaagcatttaattaattatttttctgtaagatgtacagaaacttggcagtcagtcagaaaggacaaagtaacttagcttgaaataataaaaagtatattatattcaaaacccacacagacacatgcattttttttttttattttattcattatcttctctcatcgaaaaatatgttaagctatataaaaaaaaaaagagaagttttaccttaaaacccatttataattccctttTTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACA--TGTA---T---TTGATATAAtcactgaaggtattgtttttataatatcaaggaccatatagaaacatacaatatcaaaatacaaatac
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACA--TGTA---T---TTGATATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATA----C-AAAAACAAAATA-CAAATACACATGTGTA---T---TTGATATAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATATCAAATACACATGTGTA---T---TTG-TATa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgcaagcagttagataattatttttctgtaagatgtacagatacttggccagttagtcagaaatgataccataaaataacttagtttaaagtaataaaaaaatataatatattttaaacccacacagacacatgtatatatttttttcttttattcattatcttctctcatcgacaaatatgtcaagctattaaaaaaaaagaagagacgttttacctgaaaactcatttatatttccctttgccttatttttattatattaaagaaatatagaaatgtagaaacaaagacaaaatacatataaaaatatatatagtttgatattaagttcactgaaggtcttatttttagaatattaaggaccatagagaaacatacaaaaacaaaATATCAAATACACATGTGTA---T---TTG-TATa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgcaagcagttagataattatttttctgtaagatgtacagatacttggccagttagtcagaaatgataccataaaataacttagtttaaagtaataaaaaaatataatatattttaaacccacacagacacatgtatatatttttttcttttattcattatcttctctcatcgacaaatatgtcaagctattaaaaaaaaagaagagacgttttacctgaaaactcatttatatttccctttgccttatttttattatattaaagaaatatagaaatgtagaaacaaagacaaaatacatataaaaatatatatagtttgatattaagttcactgaaggtcttatttttagaatattaaggaccatagagaaacatacaaaaacaaaATATCAAATACACATGTGTA---T---TTG---TAATa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgcaagcagttagttaattatttttctgtaagatgtacagatacttggccagttagtcagaaatgataccataaaataactaagtttaaagtaataaaaaaaaatataatatattcaaaacccacacagacacatgtatatatattttttttttcttttatccattatcttctctcatcgacaaatatgtcaagctataaaaaaaaaagaagagacgttttacctgaaaactcatttatatttccctttaccttatttttattatattaaagaaatatagaaatgtagaaacaaagacaaaatacatataaaaatatatattgtatgatattaagttcactgaaggtcttatttttagaatattaaggaccatagagaaacatacaaaaacaaATATCAAATACACATGTGTA---T---TTG-TATaat
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atatattttttttcttttatcaattatcttctctcatcgacaaatatgtcaaggtataaaaaaatagaagagacgttttacctgaaaactcattgatatttccctttgccttatttttattatattaaagaaatatagaaatgtagaaacaaagacaaaatacatataaaaatatatattgtatgatattaagttcactgaaggtcttatttttagaatattaaggaccatagagaaacatacaaaaacaaaATATCAAATACACATGTGTA---T---TTG-TAT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATTGTTACAGATGGGCAATGGCAACTTTTAATAAACAACATTAAAAACATTTCAAATCTGAGTATTTGTTATTCGGAGGCCTTAGTTAAAAATATTAAAAGTCAGTTCTGAAAAGATGTTCTAAAATCTTGTATAAGTATTTTAACACACACTACGACCACAGCAGACAACTCACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTACAGTCTATTTTAACCCAAACATAAGAATTGGTGGCAGGGATATATTTTATAATATAAACTATAATACTTGTTAACTTTAGTAAATGATTTTATAAGAGAAGACGGAATGTTTCACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGATTTTTTTACAATATTATAGTGTGAAGTAAGCAATTAAAGTATACCTTAAACAATATAATATAACCGAATTCTAATCAAAGTTGAACTACCTAATTGTACCATCTCACATCCAAATATTTTTTAAATAGTAGAAATGGATCAAAAGACATGTGTGATATTCTTAACAGAAACAGAAGTTCACCTACATCAAAACTTAAATGGAATTTAGAATATAACTTTAGTGAGGAAACATGAAAAAAATCTACAAATTCCCATTTCAAAAACCAATAAGCACTCTATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAAATCATAGAATAATATCAAACAGACAATTTTTGCATAAAATCAAAATTAAAAATAATCTAATTTGCCTTTATTGCACACAACCGGAAACCATAACGCACATGTAATGGTCCTGCCTCAAGACACAGTCCATTACAAATGAGTTGAAAACCTGGCCATTTTCTATGAATCCAAAAGAAATTAGTGGAGAAACAATTATTTTTAATATAGGAAAGGGATTAACACAAGTACAATTATATTTACAGTTGGAAACAAAATATTCTTTACAAAACAACTCGAAACCCCTTTATCTATAG
Unaligned ( gi|3 ): GTTGTTTTAAATGAATGGACAATGGCATCGTTTAATAAACCATACAATTAACACTAAAACATTTCAAATATGGGTATTTGTTATTCTGAGGCCTTAGTTAAATATATTAAAAGTCAGTTCTGGTAAGATGTTTTAAACGCACACTACGACCACAGAAGACAACTTACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTCCAGTCTATTTCAACCCAAACTTAAGAATTGGTGGCAAGGATATATATTTTTTAAAATATACTATAATAATGGTTTAACTCAAATAAATGATTTTATAAGAGAAGACAGAATGTTTTACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGAAACTTTTACAATATCATAGTGTGGAGAAAGCAATTGAAGTATACCTAAAACAACACAAAATAACTAAATTTTCATTTGACTTACCCAATTGTACCATCTGACATCCATATATTTTTAAATAGTAACAAAGGATCAGAAGACATGTATGTTATTCTTAACATGAAGTTCATCAAAACTTAAGTGGAATTTAGAATATAACTTTAGTAAAGAAACATGGAAAAATATCTACAAATTTTCATTTCAATAAGCACTACATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAATTCAAAGCATATTAACAAACAGACAATTGTTTCATAAAATTAAAAATAAAAGTAACCCAATTTAGCTTTATTGCACACAAGAGGATACCATACCGCA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATGAACAGCTTAATAAAAATTATGAAGTCCAAACCTCAGTCAATAAATGGGAAGAACTTTGTACATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                          111    111                          1111                                                                                                                                                                                                                                                 111                                       11111111111111         11111      1111                                                                                                                                                                                                     11                                                                           11               
lowQualScore                  :                                                                                                                       0  111    111         6    1    1 5  1 2222                          3     4 5  77             77    0            1         5 888                  6      0             1         1       3         3 3 3                                                       77777     0    7777         111 555   1                               88888888888888   66    00000 2    5555       33    888888       444    2              555  77777             1                         33     5555                               0      2               33         3                       11                                                    2                      55               
lowQualScore                  :                                                                                                                       .  ...    ...         .    .    . .  . ....                          .     . .  ..             ..    .            .         . ...                  .      .             .         .       .         . . .                                                       .....     .    ....         ... ...   .                               ..............   ..    ..... .    ....       ..    ......       ...    .              ...  .....             .                         ..     ....                               .      .               ..         .                       ..                                                    .                      ..               
lowQualScore                  :                                                                                                                       8  777    777         7    0    0 7  0 1111                          9     0 1  99             99    1            4         7 444                  6      7             9         0       6         3 3 3                                                       77777     8    1111         666 888   0                               22222222222222   88    00000 9    5555       99    222222       666    9              000  11111             3                         77     7777                               4      9               99         1                       99                                                    5                      22               
consensus                     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT----AATAAAAAAA--T---ATAATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
Reference ( family-1262 )     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAANG-ATNA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCANTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT----AATAAAAAAA--T---ATANTATATTCAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTA-----AGTTTAAAGT----AATAAAAAAAAAT---ATAATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTATA------TATATTTTTTT--TTTC-----T-TTTAT-CCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTACCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAATTACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT----AATAAAAAAA--T---ATAATATATTTTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT----AATAAAAAAA--T---ATAATATATTTTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT----AATAAAAAAA--T---ATAATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTATA------AAT-----TTTA-TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTG-AAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACG--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAAT---ACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGT----AATAAAAAAG--T---ATAATATATTCAAAACCCACACAGACACATGTATATATATATA-------TT--TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCA--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCGAGCTATAAAACAA-----AGAAAAGAAGAGAAGCTTTACATGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTAATTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAC-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATGT--AGGTCACTGAAGGTCTTATTTTTATAACATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGT-T-TTTGATATAGT
gi|15                         :                                                                                                              CATTCAAAA--A---AGCAATTTTA-ATATT-----GGAAAAT-ATTATTGTGATATTGTTTTATCCATAAATGC-TTTAAAAAAATTGTCTAGCTAGGGTTTTAATAAAGC---TAAACACC-TATAATAAA-A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gcaaattaaagttaaagaatgtcccctttgtagtctatgtaaaccagaagagagacaattatctgtatgttgacccgtcctgaaatgaaatatattcttcaacaaataaaagatactcactcttataaacaatataattaatatatacatgtataatgtatatatacaTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAT-CAATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGGTATAA---AA-----AAATA-GAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTGATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTGGTTAGATAGTCAGAAAAGCTACGGTAAAA--A-TT-----CGTTT-AAGTTAAAAAAAAAAAAA--TTACATGTT-TATACAAAACCCACTCA---ACATGTA-A-------GC-----TTG--TTTCAGGTGTGTTTA---CATTTTTTGATCTA------TTATCTATTCAAATTATATCAGGCC-TGA---AT-----TAGTAA-------------ATCTGAAAGCTCATTCA-AT--TTCTCCATTTTTGT-TTCCTTTGAGTATGTCAAGAACATGAAGAAAC-GTAGAAA-AAAGATAATAAATACATA-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tAGACATCCAGAAATTATA-AAACAAAGACA--AAATACATAATATAGATATATATGGTTTGATAT--AGTTCACAGAAGGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACAATAGAGAAACGTAC-AAAGACAAAATACAAACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTATATATTGTTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTCATAGAGAAAGATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAT
gi|2                          :                                                                                          tGAGGCAAACCTGTTCTTTTCACTCCAAATGA---AGTA---TTATATATTCTCCTAAAAAAATATCA----GATATCCCTTTATCCATAAATGCTTTAAAAGATAAGG--TAGCATGGGCTTT--TAAAACATATAGTCACTTTGCAATAAATA-AAAAAAAACTTACAATGTTT-GAAAAA-ATTCGCAACCAATAATGCAAGCATTTGGTTGTGTTTTTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACATGGTCAGATAATCCAGTAT-ATACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGC----AATAAAAAAG--T---ACTTTATTTTTAATCCCCTTA-AAAAATAT-TA-A------TAT-----TTTTGTTTT-----T-TTTTTTTGGTTTTTT--TTTCTTTAATTCATT-------AT-AT-TCTCTCTTTAA---AAGCTTGAAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCC
gi|20                         :                                                                                    tgttatgaactgcttaatacaaaaaatgaaatcccaacatcaaaatataaatgggaagaactttataatattgaatacaacacacggaaagagatatattactcatcatttaagtttgcaataggttctctattacagtggttccaagtgagaattaaccatagactaatgccaacttaagcctatttttataaaaaaataaagttaaagaaagtccgttttgcagtttgagacaattacgcatatgatgttgaccggtcccgaaactaaaatactttttcaagaaataaaagaaacactactgtcgaaaaatataccatataaattcaatgatgaagagttaatttttaatattggaaagcatttatgt-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATAT--TCTC------TTATCAA---AACT-ATGTCAAGCT-TAA---AA-----AAA---GAGAAGAAGTTT-------------ATTCATAT--TTTCC----TTTGCCTTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cAACTCG---ATAT--TT-------TTTGTCCC-TTTTTGTTATATTAAGGACATATAAAAAA-GTGCTAACAAAGACA--GAATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAga
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|4                          :                                                                                           GAGACAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTATTAAGTA---ATATATATTCTCCTAAAAACG-ATTA----GATATCCCGCTATCCATAAATGCTTTCAAAAATA-GG--AAGCTTTGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-A-CAACAATTTACAATGTTTTGAAAAAGAGTGGCAACCTATAATGCAAGCATTTAGTTA-ATTATTTTT-T-TTGTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGACAGAAACGATTCCATAAAATAACTTTTTGAAGTTTGAAGT----TATAAAAAG---T---ATATTATATTCAAAACCCATACAGACACATGTATA------TATATA--TTT--TTTC-----T-ATTATTC-ATTATCT--TCTA------T-ATTAA----AA-------AAGCTATAT---AA-----AAAAA-GAACAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATATATTCCCC----TTTGCCATATATTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTA-ATACAAAGACA--AAATACATA-TAAAA-TATATATTGCTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTATTTTTATAGTATTAAGGACCATAGAGAAATATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAGTa
gi|5                          :    cagttccttgaaattactgtttgacaattgtattaatttaaataaactagttaattttagacaagggtatggtgaatcatatttaatGAGGCAGACCTGTTTTTTTCACTCCTAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAAAAG-ATTA----GATATCTCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAACAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTACGCAAGCAGTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATAGCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT----AATAAAAAAA--T---ACAATATATTCAAAACCCACACAAACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCAA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATAAAGAAAT-GTAGAGACAAAGACA--AAATACATA-TAAATATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTATAGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|6                          :                                                                                                                       cTA---AGTA---TTATATATT-TCTTCAAAACG-ATAA----GATATACCTCTATCCATAAATGCTTT-------------------------T--TAAA-CAAATAAAATCCTTGCAATAAA-A-TACAACAACTTATAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCATTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGAAACTTGGC-AGTCAGTCAGAAAGGACA-----AAGTAACTT-----AGCTTGAAAT----AATAAAAAG---T---ATATTATATTCAAAACCCACACAGACACATGCATT------TTT-----TTT--TTTTA----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--AAAAT-ATGTTAAGCTATAT---AA-----AAAAAAAAAGAGAAGTTTTACCTTAAAACCCATTTATAA--TTCCC----TTTGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TACAAATATATATTGATTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTGTTTTTATAATATCAAGGACCATATAGAAACATAC-AATATCAAAATACAAATAC
gi|7                          :                                                                                                                                              actgcagacag-ATAA----GATATCCCTCTTTTCATAAACGCTTGTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTC---AAAACATATAAACACTTTGCAATAAA-A-A-CAGCAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGCCATCCAATAATGCAAGCATTTAGTTG--TT-TTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGT---------AGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT----AATAAAAAAG--T---ATATTATATTCCAAACCTACACAGACACATGTATA------TATA----TTA--TTTC-----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAACTATAA---AA-----AAAGAAGAATAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCTC----TTTGACTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACC--AAATACATA-TATAAATATATATCGTTTGATA--AAGTTCACTGAAGGT----------------------CCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATGTAAATACACA--TGTATTTGATATAGT
gi|8                          :                                                                                           GATGTAGACCTGTTCTTTTCCCTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAGAGG-ATTA----GATGTTCCTCTATCCATAAATGCTTTTTAAAAAAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCGTGCAATAAA-AGAAAAACAACCTACAATGTTT-----------------------TGCAAGCATTTAGTTT-ATTATTATT-CTT-TTAAGATGTACAGATACTTGGTCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----
gi|9                          : agtttgcaatagcttctcaattacagtggttccaagtgagaattacacatagactattgccaacttaagcctatttatataaacttaaagttaaagaaagtcccctttgcagctcctgtcaactacacattttgtggacctgtcctggaaataatgtgcttctccaagaaataaaagaaactctactgttgaaaaatataccatatgtaatcaatgaagaagaatccatttttaataatggaaagcattttaatTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTTTC-T-GTAAGATTTACAGATACTTGGCCACTTAGTCAGAAATGATACCATAAAACAACTT-----AGTTTAAAGT----AATAAAAAA--------TAATATATTTAAAACCCACACAGACACATGTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAG-CTATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATTTAAAGTTATAA---AA--------AAAGAAGAGAAGTTTTGCCTGAAAACTCATTTATAC--TTCCC----TTTGTCTTATTTTTGTTATATTAAAGAAATACAGAAAA-ATAGAAACAAAGACA--AAATACATA--AAACTTATATATTGTTTGATA-TAAATTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAACATTAAGGACCATAGAGAAACATACAAAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATTGTTACAGATGGGCAATGGCAACTTTTAATAAACAACATTAAAAACATTTCAAATCTGAGTATTTGTTATTCGGAGGCCTTAGTTAAAAATATTAAAAGTCAGTTCTGAAAAGATGTTCTAAAATCTTGTATAAGTATTTTAACACACACTACGACCACAGCAGACAACTCACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTACAGTCTATTTTAACCCAAACATAAGAATTGGTGGCAGGGATATATTTTATAATATAAACTATAATACTTGTTAACTTTAGTAAATGATTTTATAAGAGAAGACGGAATGTTTCACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGATTTTTTTACAATATTATAGTGTGAAGTAAGCAATTAAAGTATACCTTAAACAATATAATATAACCGAATTCTAATCAAAGTTGAACTACCTAATTGTACCATCTCACATCCAAATATTTTTTAAATAGTAGAAATGGATCAAAAGACATGTGTGATATTCTTAACAGAAACAGAAGTTCACCTACATCAAAACTTAAATGGAATTTAGAATATAACTTTAGTGAGGAAACATGAAAAAAATCTACAAATTCCCATTTCAAAAACCAATAAGCACTCTATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAAATCATAGAATAATATCAAACAGACAATTTTTGCATAAAATCAAAATTAAAAATAATCTAATTTGCCTTTATTGCACACAACCGGAAACCATAACGCACATGTAATGGTCCTGCCTCAAGACACAGTCCATTACAAATGAGTTGAAAACCTGGCCATTTTCTATGAATCCAAAAGAAATTAGTGGAGAAACAATTATTTTTAATATAGGAAAGGGATTAACACAAGTACAATTATATTTACAGTTGGAAACAAAATATTCTTTACAAAACAACTCGAAACCCCTTTATCTATAG
Unaligned ( gi|3 ): GTTGTTTTAAATGAATGGACAATGGCATCGTTTAATAAACCATACAATTAACACTAAAACATTTCAAATATGGGTATTTGTTATTCTGAGGCCTTAGTTAAATATATTAAAAGTCAGTTCTGGTAAGATGTTTTAAACGCACACTACGACCACAGAAGACAACTTACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTCCAGTCTATTTCAACCCAAACTTAAGAATTGGTGGCAAGGATATATATTTTTTAAAATATACTATAATAATGGTTTAACTCAAATAAATGATTTTATAAGAGAAGACAGAATGTTTTACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGAAACTTTTACAATATCATAGTGTGGAGAAAGCAATTGAAGTATACCTAAAACAACACAAAATAACTAAATTTTCATTTGACTTACCCAATTGTACCATCTGACATCCATATATTTTTAAATAGTAACAAAGGATCAGAAGACATGTATGTTATTCTTAACATGAAGTTCATCAAAACTTAAGTGGAATTTAGAATATAACTTTAGTAAAGAAACATGGAAAAATATCTACAAATTTTCATTTCAATAAGCACTACATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAATTCAAAGCATATTAACAAACAGACAATTGTTTCATAAAATTAAAAATAAAAGTAACCCAATTTAGCTTTATTGCACACAAGAGGATACCATACCGCA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATGAACAGCTTAATAAAAATTATGAAGTCCAAACCTCAGTCAATAAATGGGAAGAACTTTGTACATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                          111    111                          1111                                                                                                                                                                                                                                               111                                        11111111111111         11111      1111                                                                                                                                                                                                     11                                                                           11               
lowQualScore                  :                                                                                                                       0  111    111         6    1    1 5  0 2222                          3     3 5  77             77    0            1         5 888                  6      0             1         1       3         3 3 3                                                       77777     0    44         111           7777                         88888888888888   66    00000 2    5555       33    888888       444    2              555  77777             1                         33     5555                               0      2               33         3                       11                                                    2                      55               
lowQualScore                  :                                                                                                                       .  ...    ...         .    .    . .  . ....                          .     . .  ..             ..    .            .         . ...                  .      .             .         .       .         . . .                                                       .....     .    ..         ...           ....                         ..............   ..    ..... .    ....       ..    ......       ...    .              ...  .....             .                         ..     ....                               .      .               ..         .                       ..                                                    .                      ..               
lowQualScore                  :                                                                                                                       8  777    777         7    0    5 7  6 1111                          9     0 1  99             99    1            4         7 444                  6      7             9         4       6         3 3 3                                                       77777     8    66         666           1111                         22222222222222   88    00000 9    5555       99    222222       666    9              000  11111             3                         77     7777                               4      9               99         1                       99                                                    5                      22               
consensus                     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
Reference ( family-1262 )     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTA-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAAAATATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TATATTTTTTT--TTTC-----T-TTTAT-CCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTACCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAATTACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------AAT-----TTTA-TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTG-AAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACG--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAAT---ACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATATATATATA-------TT--TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCA--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCGAGCTATAAAACAA-----AGAAAAGAAGAGAAGCTTTACATGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTAATTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAC-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATGT--AGGTCACTGAAGGTCTTATTTTTATAACATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGT-T-TTTGATATAGT
gi|15                         :                                                                                                              CATTCAAAA--A---AGCAATTTTA-ATATT-----GGAAAAT-ATTATTGTGATATTGTTTTATCCATAAATGC-TTTAAAAAAATTGTCTAGCTAGGGTTTTAATAAAGC---TAAACACC-TATAATAAA-A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                gcaaattaaagttaaagaatgtcccctttgtagtctatgtaaaccagaagagagacaattatctgtatgttgacccgtcctgaaatgaaatatattcttcaacaaataaaagatactcactcttataaacaatataattaatatatacatgtataatgtatatatacaTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAT-CAATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGGTATAA---AA-----AAATA-GAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTGATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTGGTTAGATAGTCAGAAAAGCTACGGTAAAA--A-TT-----CGTTT-AAGTTAAAAAAAAAAA--AATTACATGTTTATACAAAACCCACTCA---ACATGTA-A-------GC-----TTG--TTTCAGGTGTGTTTA---CATTTTTTGATCTA------TTATCTATTCAAATTATATCAGGCC-TGA---AT-----TAGTAA-------------ATCTGAAAGCTCATTCA-AT--TTCTCCATTTTTGT-TTCCTTTGAGTATGTCAAGAACATGAAGAAAC-GTAGAAA-AAAGATAATAAATACATA-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tAGACATCCAGAAATTATA-AAACAAAGACA--AAATACATAATATAGATATATATGGTTTGATAT--AGTTCACAGAAGGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACAATAGAGAAACGTAC-AAAGACAAAATACAAACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTATATATTGTTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTCATAGAGAAAGATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAT
gi|2                          :                                                                                          tGAGGCAAACCTGTTCTTTTCACTCCAAATGA---AGTA---TTATATATTCTCCTAAAAAAATATCA----GATATCCCTTTATCCATAAATGCTTTAAAAGATAAGG--TAGCATGGGCTTT--TAAAACATATAGTCACTTTGCAATAAATA-AAAAAAAACTTACAATGTTT-GAAAAA-ATTCGCAACCAATAATGCAAGCATTTGGTTGTGTTTTTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACATGGTCAGATAATCCAGTAT-ATACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGC--AATAAAAAAG--TACTTTATTTT----TAATCCCCTTA-AAAAATAT-TA-A------TAT-----TTTTGTTTT-----T-TTTTTTTGGTTTTTT--TTTCTTTAATTCATT-------AT-AT-TCTCTCTTTAA---AAGCTTGAAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCC
gi|20                         :                                                                                   tgttatgaactgcttaatacaaaaaatgaaatcccaacatcaaaatataaatgggaagaactttataatattgaatacaacacacggaaagagatatattactcatcatttaagtttgcaataggttctctattacagtggttccaagtgagaattaaccatagactaatgccaacttaagcctatttttataaaaaaataaagttaaagaaagtccgttttgcagtttgagacaattacgcatatgatgttgaccggtcccgaaactaaaatactttttcaagaaataaaagaaacactactgtcgaaaaatataccatataaattcaatgatgaagagttaatttttaatattggaaagcatttatgt-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATAT--TCTC------TTATCAA---AACT-ATGTCAAGCT-TAA---AA-----AAA---GAGAAGAAGTTT-------------ATTCATAT--TTTCC----TTTGCCTTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cAACTCG---ATAT--TT-------TTTGTCCC-TTTTTGTTATATTAAGGACATATAAAAAA-GTGCTAACAAAGACA--GAATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAga
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|4                          :                                                                                           GAGACAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTATTAAGTA---ATATATATTCTCCTAAAAACG-ATTA----GATATCCCGCTATCCATAAATGCTTTCAAAAATA-GG--AAGCTTTGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-A-CAACAATTTACAATGTTTTGAAAAAGAGTGGCAACCTATAATGCAAGCATTTAGTTA-ATTATTTTT-T-TTGTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGACAGAAACGATTCCATAAAATAACTTTTTGAAGTTTGAAGT--TATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCATACAGACACATGTATA------TATATA--TTT--TTTC-----T-ATTATTC-ATTATCT--TCTA------T-ATTAA----AA-------AAGCTATAT---AA-----AAAAA-GAACAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATATATTCCCC----TTTGCCATATATTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTA-ATACAAAGACA--AAATACATA-TAAAA-TATATATTGCTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTATTTTTATAGTATTAAGGACCATAGAGAAATATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAGTa
gi|5                          :    cagttccttgaaattactgtttgacaattgtattaatttaaataaactagttaattttagacaagggtatggtgaatcatatttaatGAGGCAGACCTGTTTTTTTCACTCCTAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAAAAG-ATTA----GATATCTCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAACAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTACGCAAGCAGTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATAGCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TACAATATATT----CAAAACCCACACAAACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCAA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATAAAGAAAT-GTAGAGACAAAGACA--AAATACATA-TAAATATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTATAGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|6                          :                                                                                                                       cTA---AGTA---TTATATATT-TCTTCAAAACG-ATAA----GATATACCTCTATCCATAAATGCTTT-------------------------T--TAAA-CAAATAAAATCCTTGCAATAAA-A-TACAACAACTTATAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCATTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGAAACTTGGC-AGTCAGTCAGAAAGGACA-----AAGTAACTT-----AGCTTGAAAT--AATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCACACAGACACATGCATT------TTT-----TTT--TTTTA----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--AAAAT-ATGTTAAGCTATAT---AA-----AAAAAAAAAGAGAAGTTTTACCTTAAAACCCATTTATAA--TTCCC----TTTGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TACAAATATATATTGATTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTGTTTTTATAATATCAAGGACCATATAGAAACATAC-AATATCAAAATACAAATAC
gi|7                          :                                                                                                                                              actgcagacag-ATAA----GATATCCCTCTTTTCATAAACGCTTGTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTC---AAAACATATAAACACTTTGCAATAAA-A-A-CAGCAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGCCATCCAATAATGCAAGCATTTAGTTG--TT-TTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGT---------AGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATATTATATT----CCAAACCTACACAGACACATGTATA------TATA----TTA--TTTC-----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAACTATAA---AA-----AAAGAAGAATAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCTC----TTTGACTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACC--AAATACATA-TATAAATATATATCGTTTGATA--AAGTTCACTGAAGGT----------------------CCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATGTAAATACACA--TGTATTTGATATAGT
gi|8                          :                                                                                           GATGTAGACCTGTTCTTTTCCCTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAGAGG-ATTA----GATGTTCCTCTATCCATAAATGCTTTTTAAAAAAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCGTGCAATAAA-AGAAAAACAACCTACAATGTTT-----------------------TGCAAGCATTTAGTTT-ATTATTATT-CTT-TTAAGATGTACAGATACTTGGTCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----
gi|9                          : agtttgcaatagcttctcaattacagtggttccaagtgagaattacacatagactattgccaacttaagcctatttatataaacttaaagttaaagaaagtcccctttgcagctcctgtcaactacacattttgtggacctgtcctggaaataatgtgcttctccaagaaataaaagaaactctactgttgaaaaatataccatatgtaatcaatgaagaagaatccatttttaataatggaaagcattttaatTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTTTC-T-GTAAGATTTACAGATACTTGGCCACTTAGTCAGAAATGATACCATAAAACAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAA-----TAATATATT----TAAAACCCACACAGACACATGTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAG-CTATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATTTAAAGTTATAA---AA--------AAAGAAGAGAAGTTTTGCCTGAAAACTCATTTATAC--TTCCC----TTTGTCTTATTTTTGTTATATTAAAGAAATACAGAAAA-ATAGAAACAAAGACA--AAATACATA--AAACTTATATATTGTTTGATA-TAAATTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAACATTAAGGACCATAGAGAAACATACAAAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATTGTTACAGATGGGCAATGGCAACTTTTAATAAACAACATTAAAAACATTTCAAATCTGAGTATTTGTTATTCGGAGGCCTTAGTTAAAAATATTAAAAGTCAGTTCTGAAAAGATGTTCTAAAATCTTGTATAAGTATTTTAACACACACTACGACCACAGCAGACAACTCACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTACAGTCTATTTTAACCCAAACATAAGAATTGGTGGCAGGGATATATTTTATAATATAAACTATAATACTTGTTAACTTTAGTAAATGATTTTATAAGAGAAGACGGAATGTTTCACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGATTTTTTTACAATATTATAGTGTGAAGTAAGCAATTAAAGTATACCTTAAACAATATAATATAACCGAATTCTAATCAAAGTTGAACTACCTAATTGTACCATCTCACATCCAAATATTTTTTAAATAGTAGAAATGGATCAAAAGACATGTGTGATATTCTTAACAGAAACAGAAGTTCACCTACATCAAAACTTAAATGGAATTTAGAATATAACTTTAGTGAGGAAACATGAAAAAAATCTACAAATTCCCATTTCAAAAACCAATAAGCACTCTATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAAATCATAGAATAATATCAAACAGACAATTTTTGCATAAAATCAAAATTAAAAATAATCTAATTTGCCTTTATTGCACACAACCGGAAACCATAACGCACATGTAATGGTCCTGCCTCAAGACACAGTCCATTACAAATGAGTTGAAAACCTGGCCATTTTCTATGAATCCAAAAGAAATTAGTGGAGAAACAATTATTTTTAATATAGGAAAGGGATTAACACAAGTACAATTATATTTACAGTTGGAAACAAAATATTCTTTACAAAACAACTCGAAACCCCTTTATCTATAG
Unaligned ( gi|3 ): GTTGTTTTAAATGAATGGACAATGGCATCGTTTAATAAACCATACAATTAACACTAAAACATTTCAAATATGGGTATTTGTTATTCTGAGGCCTTAGTTAAATATATTAAAAGTCAGTTCTGGTAAGATGTTTTAAACGCACACTACGACCACAGAAGACAACTTACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTCCAGTCTATTTCAACCCAAACTTAAGAATTGGTGGCAAGGATATATATTTTTTAAAATATACTATAATAATGGTTTAACTCAAATAAATGATTTTATAAGAGAAGACAGAATGTTTTACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGAAACTTTTACAATATCATAGTGTGGAGAAAGCAATTGAAGTATACCTAAAACAACACAAAATAACTAAATTTTCATTTGACTTACCCAATTGTACCATCTGACATCCATATATTTTTAAATAGTAACAAAGGATCAGAAGACATGTATGTTATTCTTAACATGAAGTTCATCAAAACTTAAGTGGAATTTAGAATATAACTTTAGTAAAGAAACATGGAAAAATATCTACAAATTTTCATTTCAATAAGCACTACATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAATTCAAAGCATATTAACAAACAGACAATTGTTTCATAAAATTAAAAATAAAAGTAACCCAATTTAGCTTTATTGCACACAAGAGGATACCATACCGCA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATGAACAGCTTAATAAAAATTATGAAGTCCAAACCTCAGTCAATAAATGGGAAGAACTTTGTACATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                          111    111                          1111                                                                                                                                                                                                                                               111                                        11111111111111         11111      1111                                                                                                                                                                                                     11                                                                           11               
lowQualScore                  :                                                                                                                       0  111    111         6    1    1 5  0 2222                          3     3 5  77             77    0            1         5 888                  6      0             1         1       3         3 3 3                                                       77777     0    44         111           7777                         88888888888888   66    00000 2    5555       33    888888       444    2              555  77777             1                         33     5555                               0      2               33         3                       11                                                    2                      55               
lowQualScore                  :                                                                                                                       .  ...    ...         .    .    . .  . ....                          .     . .  ..             ..    .            .         . ...                  .      .             .         .       .         . . .                                                       .....     .    ..         ...           ....                         ..............   ..    ..... .    ....       ..    ......       ...    .              ...  .....             .                         ..     ....                               .      .               ..         .                       ..                                                    .                      ..               
lowQualScore                  :                                                                                                                       8  777    777         7    0    5 7  6 1111                          9     0 1  99             99    1            4         7 444                  6      7             9         4       6         3 3 3                                                       77777     8    66         666           1111                         22222222222222   88    00000 9    5555       99    222222       666    9              000  11111             3                         77     7777                               4      9               99         1                       99                                                    5                      22               
consensus                     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
Reference ( family-1262 )     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTA-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAAAATATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TATATTTTTTT--TTTC-----T-TTTAT-CCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTACCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAATTACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------AAT-----TTTA-TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTG-AAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACG--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAAT---ACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATATATATATA-------TT--TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCA--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCGAGCTATAAAACAA-----AGAAAAGAAGAGAAGCTTTACATGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTAATTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAC-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATGT--AGGTCACTGAAGGTCTTATTTTTATAACATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGT-T-TTTGATATAGT
gi|15                         :                                                                                                              CATTCAAAA--A---AGCAATTTTA-ATATT-----GGAAAAT-ATTATTGTGATATTGTTTTATCCATAAATGC-TTTAAAAAAATTGTCTAGCTAGGGTTTTAATAAAGC---TAAACACC-TATAATAAA-A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                gcaaattaaagttaaagaatgtcccctttgtagtctatgtaaaccagaagagagacaattatctgtatgttgacccgtcctgaaatgaaatatattcttcaacaaataaaagatactcactcttataaacaatataattaatatatacatgtataatgtatatatacaTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAT-CAATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGGTATAA---AA-----AAATA-GAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTGATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTGGTTAGATAGTCAGAAAAGCTACGGTAAAA--A-TT-----CGTTT-AAGTTAAAAAAAAAAA--AATTACATGTTTATACAAAACCCACTCA---ACATGTA-A-------GC-----TTG--TTTCAGGTGTGTTTA---CATTTTTTGATCTA------TTATCTATTCAAATTATATCAGGCC-TGA---AT-----TAGTAA-------------ATCTGAAAGCTCATTCA-AT--TTCTCCATTTTTGT-TTCCTTTGAGTATGTCAAGAACATGAAGAAAC-GTAGAAA-AAAGATAATAAATACATA-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tAGACATCCAGAAATTATA-AAACAAAGACA--AAATACATAATATAGATATATATGGTTTGATAT--AGTTCACAGAAGGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACAATAGAGAAACGTAC-AAAGACAAAATACAAACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTATATATTGTTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTCATAGAGAAAGATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAT
gi|2                          :                                                                                          tGAGGCAAACCTGTTCTTTTCACTCCAAATGA---AGTA---TTATATATTCTCCTAAAAAAATATCA----GATATCCCTTTATCCATAAATGCTTTAAAAGATAAGG--TAGCATGGGCTTT--TAAAACATATAGTCACTTTGCAATAAATA-AAAAAAAACTTACAATGTTT-GAAAAA-ATTCGCAACCAATAATGCAAGCATTTGGTTGTGTTTTTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACATGGTCAGATAATCCAGTAT-ATACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGC--AATAAAAAAG--TACTTTATTTT----TAATCCCCTTA-AAAAATAT-TA-A------TAT-----TTTTGTTTT-----T-TTTTTTTGGTTTTTT--TTTCTTTAATTCATT-------AT-AT-TCTCTCTTTAA---AAGCTTGAAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCC
gi|20                         :                                                                                   tgttatgaactgcttaatacaaaaaatgaaatcccaacatcaaaatataaatgggaagaactttataatattgaatacaacacacggaaagagatatattactcatcatttaagtttgcaataggttctctattacagtggttccaagtgagaattaaccatagactaatgccaacttaagcctatttttataaaaaaataaagttaaagaaagtccgttttgcagtttgagacaattacgcatatgatgttgaccggtcccgaaactaaaatactttttcaagaaataaaagaaacactactgtcgaaaaatataccatataaattcaatgatgaagagttaatttttaatattggaaagcatttatgt-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATAT--TCTC------TTATCAA---AACT-ATGTCAAGCT-TAA---AA-----AAA---GAGAAGAAGTTT-------------ATTCATAT--TTTCC----TTTGCCTTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cAACTCG---ATAT--TT-------TTTGTCCC-TTTTTGTTATATTAAGGACATATAAAAAA-GTGCTAACAAAGACA--GAATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAga
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|4                          :                                                                                           GAGACAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTATTAAGTA---ATATATATTCTCCTAAAAACG-ATTA----GATATCCCGCTATCCATAAATGCTTTCAAAAATA-GG--AAGCTTTGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-A-CAACAATTTACAATGTTTTGAAAAAGAGTGGCAACCTATAATGCAAGCATTTAGTTA-ATTATTTTT-T-TTGTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGACAGAAACGATTCCATAAAATAACTTTTTGAAGTTTGAAGT--TATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCATACAGACACATGTATA------TATATA--TTT--TTTC-----T-ATTATTC-ATTATCT--TCTA------T-ATTAA----AA-------AAGCTATAT---AA-----AAAAA-GAACAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATATATTCCCC----TTTGCCATATATTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTA-ATACAAAGACA--AAATACATA-TAAAA-TATATATTGCTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTATTTTTATAGTATTAAGGACCATAGAGAAATATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAGTa
gi|5                          :    cagttccttgaaattactgtttgacaattgtattaatttaaataaactagttaattttagacaagggtatggtgaatcatatttaatGAGGCAGACCTGTTTTTTTCACTCCTAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAAAAG-ATTA----GATATCTCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAACAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTACGCAAGCAGTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATAGCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TACAATATATT----CAAAACCCACACAAACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCAA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATAAAGAAAT-GTAGAGACAAAGACA--AAATACATA-TAAATATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTATAGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|6                          :                                                                                                                       cTA---AGTA---TTATATATT-TCTTCAAAACG-ATAA----GATATACCTCTATCCATAAATGCTTT-------------------------T--TAAA-CAAATAAAATCCTTGCAATAAA-A-TACAACAACTTATAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCATTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGAAACTTGGC-AGTCAGTCAGAAAGGACA-----AAGTAACTT-----AGCTTGAAAT--AATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCACACAGACACATGCATT------TTT-----TTT--TTTTA----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--AAAAT-ATGTTAAGCTATAT---AA-----AAAAAAAAAGAGAAGTTTTACCTTAAAACCCATTTATAA--TTCCC----TTTGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TACAAATATATATTGATTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTGTTTTTATAATATCAAGGACCATATAGAAACATAC-AATATCAAAATACAAATAC
gi|7                          :                                                                                                                                              actgcagacag-ATAA----GATATCCCTCTTTTCATAAACGCTTGTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTC---AAAACATATAAACACTTTGCAATAAA-A-A-CAGCAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGCCATCCAATAATGCAAGCATTTAGTTG--TT-TTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGT---------AGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATATTATATT----CCAAACCTACACAGACACATGTATA------TATA----TTA--TTTC-----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAACTATAA---AA-----AAAGAAGAATAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCTC----TTTGACTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACC--AAATACATA-TATAAATATATATCGTTTGATA--AAGTTCACTGAAGGT----------------------CCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATGTAAATACACA--TGTATTTGATATAGT
gi|8                          :                                                                                           GATGTAGACCTGTTCTTTTCCCTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAGAGG-ATTA----GATGTTCCTCTATCCATAAATGCTTTTTAAAAAAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCGTGCAATAAA-AGAAAAACAACCTACAATGTTT-----------------------TGCAAGCATTTAGTTT-ATTATTATT-CTT-TTAAGATGTACAGATACTTGGTCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----
gi|9                          : agtttgcaatagcttctcaattacagtggttccaagtgagaattacacatagactattgccaacttaagcctatttatataaacttaaagttaaagaaagtcccctttgcagctcctgtcaactacacattttgtggacctgtcctggaaataatgtgcttctccaagaaataaaagaaactctactgttgaaaaatataccatatgtaatcaatgaagaagaatccatttttaataatggaaagcattttaatTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTTTC-T-GTAAGATTTACAGATACTTGGCCACTTAGTCAGAAATGATACCATAAAACAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAA-----TAATATATT----TAAAACCCACACAGACACATGTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAG-CTATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATTTAAAGTTATAA---AA--------AAAGAAGAGAAGTTTTGCCTGAAAACTCATTTATAC--TTCCC----TTTGTCTTATTTTTGTTATATTAAAGAAATACAGAAAA-ATAGAAACAAAGACA--AAATACATA--AAACTTATATATTGTTTGATA-TAAATTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAACATTAAGGACCATAGAGAAACATACAAAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATA


blockSeqs                     :                                                                                                                          TTA    .           C    A    A T    .                             A     T A  .              .                  T         T GAA                  T                    A         G       T         T T T                                                       TTTGA          TA         A             TATA                         TATATATA         TG    AGGTG G    TTTG       GA    TTTAAT       TTC    T              AAC  GCTTG             C                         AT     CATT                                      T               AT         A                       TA                                                    A                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                          .      .           C    A    C .    .                             C     T A  .              .                  T         . AA                   C                    T         G       .         . . .                                                       .              .          A             .                            TATATA           A     A     .    TTCC       .     .            C      .              .    .                 C                         .      .                                         .               .          .                       TA                                                    .                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                          .      .           C    C    A .    .                             T     C A  .              .                  T         . TA                   C                    A         G       .         . . .                                                       .              .          A             .                            TATA             .     .     .    TTC        .     .            C      .              .    .                 C                         .      .                                         .               .          .                       TA                                                    .                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                          .      .           C    C    C .    .                             T     T A  .              .                  T         . A                    C                    A         T       .         . . .                                                       .              .          G             .                            TAT              .     .     .    TTC        .     .            C      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       TA                                                    .                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                          .      .           .    C    G .    .                             T     A .  .              .                  T         . A                    C                    T         T       .         . . .                                                       .              .          A             .                            TAT              .     .     .    TCC        .     .            C      .              .    .                 C                         .      .                                         .               .          .                       TA                                                    .                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                                                         .    .                             .     . .  .              .                  G         .                      .                    .         G       .         . . .                                                       .              .          G             .                            AAT              .     .     .    TCC        .     .            C      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       TA                                                    .                      TG
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T       .         . . .                                                       .              .          A             .                            TAT              .     .     .    TCA        .     .            C      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       A                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T       .         . . .                                                       .              .          G             .                            TAT              .     .     .    TTC        .     .            A      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       .                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T       .         . . .                                                       .              .          .             .                            TTT              .     .     .    TTC        .     .            C      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       .                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         G       .         . . .                                                       .              .          .             .                            TT               .     .     .    TTC        .     .            C      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       .                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . .                                                       .              .          .             .                            GC               .     .     .    TTC        .     .            .      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       .                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                                                                    TT               .     .     .    GCT        .     .            .      .              .    .                 A                         .      .                                         .               .          .                       .                                                     .                      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .     .     .    C          .     .            .      .              .    .                 .                         .      .                                         .               .                                                                                        .                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .      .                                                                                                                                                  .                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                 ***                          ****                                     **             **                             NA*                                                                                                                                                         A**                                        TAT***********
originalCons                  :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
finalCons                     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-ANA-CAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATATAT-----------TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATTGTTACAGATGGGCAATGGCAACTTTTAATAAACAACATTAAAAACATTTCAAATCTGAGTATTTGTTATTCGGAGGCCTTAGTTAAAAATATTAAAAGTCAGTTCTGAAAAGATGTTCTAAAATCTTGTATAAGTATTTTAACACACACTACGACCACAGCAGACAACTCACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTACAGTCTATTTTAACCCAAACATAAGAATTGGTGGCAGGGATATATTTTATAATATAAACTATAATACTTGTTAACTTTAGTAAATGATTTTATAAGAGAAGACGGAATGTTTCACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGATTTTTTTACAATATTATAGTGTGAAGTAAGCAATTAAAGTATACCTTAAACAATATAATATAACCGAATTCTAATCAAAGTTGAACTACCTAATTGTACCATCTCACATCCAAATATTTTTTAAATAGTAGAAATGGATCAAAAGACATGTGTGATATTCTTAACAGAAACAGAAGTTCACCTACATCAAAACTTAAATGGAATTTAGAATATAACTTTAGTGAGGAAACATGAAAAAAATCTACAAATTCCCATTTCAAAAACCAATAAGCACTCTATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAAATCATAGAATAATATCAAACAGACAATTTTTGCATAAAATCAAAATTAAAAATAATCTAATTTGCCTTTATTGCACACAACCGGAAACCATAACGCACATGTAATGGTCCTGCCTCAAGACACAGTCCATTACAAATGAGTTGAAAACCTGGCCATTTTCTATGAATCCAAAAGAAATTAGTGGAGAAACAATTATTTTTAATATAGGAAAGGGATTAACACAAGTACAATTATATTTACAGTTGGAAACAAAATATTCTTTACAAAACAACTCGAAACCCCTTTATCTATAG
Unaligned ( gi|3 ): GTTGTTTTAAATGAATGGACAATGGCATCGTTTAATAAACCATACAATTAACACTAAAACATTTCAAATATGGGTATTTGTTATTCTGAGGCCTTAGTTAAATATATTAAAAGTCAGTTCTGGTAAGATGTTTTAAACGCACACTACGACCACAGAAGACAACTTACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTCCAGTCTATTTCAACCCAAACTTAAGAATTGGTGGCAAGGATATATATTTTTTAAAATATACTATAATAATGGTTTAACTCAAATAAATGATTTTATAAGAGAAGACAGAATGTTTTACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGAAACTTTTACAATATCATAGTGTGGAGAAAGCAATTGAAGTATACCTAAAACAACACAAAATAACTAAATTTTCATTTGACTTACCCAATTGTACCATCTGACATCCATATATTTTTAAATAGTAACAAAGGATCAGAAGACATGTATGTTATTCTTAACATGAAGTTCATCAAAACTTAAGTGGAATTTAGAATATAACTTTAGTAAAGAAACATGGAAAAATATCTACAAATTTTCATTTCAATAAGCACTACATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAATTCAAAGCATATTAACAAACAGACAATTGTTTCATAAAATTAAAAATAAAAGTAACCCAATTTAGCTTTATTGCACACAAGAGGATACCATACCGCA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATGAACAGCTTAATAAAAATTATGAAGTCCAAACCTCAGTCAATAAATGGGAAGAACTTTGTACATA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                          111    111                          1111                                                                                   11                                                                                                                                                          111                                        11111111111111         11111      1111                                                                                                                                                                                                     11                                                                           11               
lowQualScore                  :                                                                                                                       0  111    111         6    1    1 5  0 2222                          3     3 5  77             77    0            1         5 99                   6      0             1         1       3         3 3 3                                                       77777     0    44         111           7777                         88888888888888   66    00000 2    5555       33    888888       444    2              555  77777             1                         33     5555                               0      2               33         3                       11                                                    2                      55               
lowQualScore                  :                                                                                                                       .  ...    ...         .    .    . .  . ....                          .     . .  ..             ..    .            .         . ..                   .      .             .         .       .         . . .                                                       .....     .    ..         ...           ....                         ..............   ..    ..... .    ....       ..    ......       ...    .              ...  .....             .                         ..     ....                               .      .               ..         .                       ..                                                    .                      ..               
lowQualScore                  :                                                                                                                       8  777    777         7    0    5 7  6 1111                          9     0 1  99             99    1            4         7 77                   6      7             9         4       6         3 3 3                                                       77777     8    66         666           1111                         22222222222222   88    00000 9    5555       99    222222       666    9              000  11111             3                         77     7777                               4      9               99         1                       99                                                    5                      22               
consensus                     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
Reference ( family-1262 )     :                                                                                          NGAGGCAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTNAAAAAG-ATTA----GATATCCCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAANAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-NACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTA-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAAAATATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------TATATTTTTTT--TTTC-----T-TTTAT-CCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTACCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAATTACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----TTAAACCCACACAGACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCAAGCAGTTAGATA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAAA--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATA------AAT-----TTTA-TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGCTATTA---AA-----AAAAAAGAAGAGACGTTTTACCTG-AAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACG--AAATACATA-TAAAAATATATATAGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAAT---ACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATAATATATT----CAAAACCCACACAGACACATGTATATATATATA-------TT--TTTC-----T-TTTA-TCCATTATCA--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCGAGCTATAAAACAA-----AGAAAAGAAGAGAAGCTTTACATGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTAATTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAC-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTTTGATGT--AGGTCACTGAAGGTCTTATTTTTATAACATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGT-T-TTTGATATAGT
gi|15                         :                                                                                                              CATTCAAAA--A---AGCAATTTTA-ATATT-----GGAAAAT-ATTATTGTGATATTGTTTTATCCATAAATGC-TTTAAAAAAATTGTCTAGCTAGGGTTTTAATAAAGC---TAAACACC-TATAATAAA-A-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                gcaaattaaagttaaagaatgtcccctttgtagtctatgtaaaccagaagagagacaattatctgtatgttgacccgtcctgaaatgaaatatattcttcaacaaataaaagatactcactcttataaacaatataattaatatatacatgtataatgtatatatacaTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAT-CAATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAGGTATAA---AA-----AAATA-GAAGAGACGTTTTACCTGAAAACTCATTGATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATATAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TAAAAATATATATTGTATGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTTGGTTAGATAGTCAGAAAAGCTACGGTAAAA--A-TT-----CGTTT-AAGTTAAAAAAAAAAA--AATTACATGTTTATACAAAACCCACTCA---ACATGTA-A-------GC-----TTG--TTTCAGGTGTGTTTA---CATTTTTTGATCTA------TTATCTATTCAAATTATATCAGGCC-TGA---AT-----TAGTAA-------------ATCTGAAAGCTCATTCA-AT--TTCTCCATTTTTGT-TTCCTTTGAGTATGTCAAGAACATGAAGAAAC-GTAGAAA-AAAGATAATAAATACATA-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tAGACATCCAGAAATTATA-AAACAAAGACA--AAATACATAATATAGATATATATGGTTTGATAT--AGTTCACAGAAGGTCTTATTTTTATAATATTAAGGACAATAGAGAAACGTAC-AAAGACAAAATACAAACA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTATATATTGTTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTAAGGTTCATAGAGAAAGATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAT
gi|2                          :                                                                                          tGAGGCAAACCTGTTCTTTTCACTCCAAATGA---AGTA---TTATATATTCTCCTAAAAAAATATCA----GATATCCCTTTATCCATAAATGCTTTAAAAGATAAGG--TAGCATGGGCTTT--TAAAACATATAGTCACTTTGCAATAAATA-AAAAAAAACTTACAATGTTT-GAAAAA-ATTCGCAACCAATAATGCAAGCATTTGGTTGTGTTTTTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACATGGTCAGATAATCCAGTAT-ATACCATGAAATAACTT-----AGTTTGAAGC--AATAAAAAAG--TACTTTATTTT----TAATCCCCTTA-AAAAATAT-TA-A------TAT-----TTTTGTTTT-----T-TTTTTTTGGTTTTTT--TTTCTTTAATTCATT-------AT-AT-TCTCTCTTTAA---AAGCTTGAAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCC
gi|20                         :                                                                                   tgttatgaactgcttaatacaaaaaatgaaatcccaacatcaaaatataaatgggaagaactttataatattgaatacaacacacggaaagagatatattactcatcatttaagtttgcaataggttctctattacagtggttccaagtgagaattaaccatagactaatgccaacttaagcctatttttataaaaaaataaagttaaagaaagtccgttttgcagtttgagacaattacgcatatgatgttgaccggtcccgaaactaaaatactttttcaagaaataaaagaaacactactgtcgaaaaatataccatataaattcaatgatgaagagttaatttttaatattggaaagcatttatgt-----TTT--TTTC-----T-TTTATTC-ATTATAT--TCTC------TTATCAA---AACT-ATGTCAAGCT-TAA---AA-----AAA---GAGAAGAAGTTT-------------ATTCATAT--TTTCC----TTTGCCTTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cAACTCG---ATAT--TT-------TTTGTCCC-TTTTTGTTATATTAAGGACATATAAAAAA-GTGCTAACAAAGACA--GAATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAAga
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTAGAATATTATGGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|4                          :                                                                                           GAGACAGACCTGTTCTTTTCACTCCAAATTATTAAGTA---ATATATATTCTCCTAAAAACG-ATTA----GATATCCCGCTATCCATAAATGCTTTCAAAAATA-GG--AAGCTTTGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A--ACAACAATTTACAATGTTTTGAAAAAGAGTGGCAACCTATAATGCAAGCATTTAGTTA-ATTATTTTT-T-TTGTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGACAGAAACGATTCCATAAAATAACTTTTTGAAGTTTGAAGT--TATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCATACAGACACATGTATA------TATATA--TTT--TTTC-----T-ATTATTC-ATTATCT--TCTA------T-ATTAA----AA-------AAGCTATAT---AA-----AAAAA-GAACAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATATATTCCCC----TTTGCCATATATTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTA-ATACAAAGACA--AAATACATA-TAAAA-TATATATTGCTTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTATTTTTATAGTATTAAGGACCATAGAGAAATATAC-AAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATAGTa
gi|5                          :    cagttccttgaaattactgtttgacaattgtattaatttaaataaactagttaattttagacaagggtatggtgaatcatatttaatGAGGCAGACCTGTTTTTTTCACTCCTAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAAAAG-ATTA----GATATCTCTCTATCCATAAATGCTTTTAAAAACAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCTTGCAATAAA-A-AACAACAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTACGCAAGCAGTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGCCAGTTAGTCAGAAATGATAGCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAA--TACAATATATT----CAAAACCCACACAAACACATGTATA------TAT-----TTT--TTTC-----T-TTTATTCCATTATCT--TCTC------TCATCAA--CAAAT-ATGTCAAGCTATAA---AA-----AAAAAAGAAGAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCCC----TTTGCCTTATTTTTATTATATTAAAGAAATAAAGAAAT-GTAGAGACAAAGACA--AAATACATA-TAAATATATATATTGTTTGATATTAAGTTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAATATTATAGACCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATACAAATACACATGTGTATTTGATATAAT
gi|6                          :                                                                                                                       cTA---AGTA---TTATATATT-TCTTCAAAACG-ATAA----GATATACCTCTATCCATAAATGCTTT-------------------------T--TAAA-CAAATAAAATCCTTGCAATAAA-A-TACAACAACTTATAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATAATGCAAGCATTTAATTA-ATTATTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGAAACTTGGC-AGTCAGTCAGAAAGGACA-----AAGTAACTT-----AGCTTGAAAT--AATAAAAAG---TATATTATATT----CAAAACCCACACAGACACATGCATT------TTT-----TTT--TTTTA----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--AAAAT-ATGTTAAGCTATAT---AA-----AAAAAAAAAGAGAAGTTTTACCTTAAAACCCATTTATAA--TTCCC----TTTGCCTTGTTTTTATTATATCAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACA--AAATACATA-TACAAATATATATTGATTGATAT--AGTTCACTGAAGGTATTGTTTTTATAATATCAAGGACCATATAGAAACATAC-AATATCAAAATACAAATAC
gi|7                          :                                                                                                                                              actgcagacag-ATAA----GATATCCCTCTTTTCATAAACGCTTGTAAAAATAAGG--TAGCTTGGGCTTC---AAAACATATAAACACTTTGCAATAAA-A--ACAGCAACTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGCCATCCAATAATGCAAGCATTTAGTTG--TT-TTTTT-C-T-GTAAGATGTACAGATACTTGGT---------AGAAATGATACCATAAAATAACTT-----AGTTTGAAGT--AATAAAAAAG--TATATTATATT----CCAAACCTACACAGACACATGTATA------TATA----TTA--TTTC-----T-TTTATT-CATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATGTCAAACTATAA---AA-----AAAGAAGAATAGAAGTTTTACCTGAAAACTCATTTATAT--TTCTC----TTTGACTTATTTTTATTATATTAAAGAAATACAGAAAT-GTAGAAACAAAGACC--AAATACATA-TATAAATATATATCGTTTGATA--AAGTTCACTGAAGGT----------------------CCATAGAGAAACATAC-AAAAACAAAATGTAAATACACA--TGTATTTGATATAGT
gi|8                          :                                                                                           GATGTAGACCTGTTCTTTTCCCTCCAAATTA---AGTA---TTATATATTCTCCTCAAGAGG-ATTA----GATGTTCCTCTATCCATAAATGCTTTTTAAAAAAAGG--TAGCTTGGGCTTT--TAAAACATATAAACACCGTGCAATAAA-AGAAAAACAACCTACAATGTTT-----------------------TGCAAGCATTTAGTTT-ATTATTATT-CTT-TTAAGATGTACAGATACTTGGTCAGTTAGTCAGAAATGATACCATAAAATAACTT-----
gi|9                          : agtttgcaatagcttctcaattacagtggttccaagtgagaattacacatagactattgccaacttaagcctatttatataaacttaaagttaaagaaagtcccctttgcagctcctgtcaactacacattttgtggacctgtcctggaaataatgtgcttctccaagaaataaaagaaactctactgttgaaaaatataccatatgtaatcaatgaagaagaatccatttttaataatggaaagcattttaatTTACAATGTTTCGAAAAAGATTGGCAACCAATTATGCAAGCAGTTAGTTA-ATTATTTTTTC-T-GTAAGATTTACAGATACTTGGCCACTTAGTCAGAAATGATACCATAAAACAACTT-----AGTTTAAAGT--AATAAAAAA-----TAATATATT----TAAAACCCACACAGACACATGTATA------T-T-----TTT--TTTC-----T-TTTAG-CTATTATCT--TCTC------TCATCGA--CAAAT-ATTTAAAGTTATAA---AA--------AAAGAAGAGAAGTTTTGCCTGAAAACTCATTTATAC--TTCCC----TTTGTCTTATTTTTGTTATATTAAAGAAATACAGAAAA-ATAGAAACAAAGACA--AAATACATA--AAACTTATATATTGTTTGATA-TAAATTCACTGAAGGTCTTATTTTTAGAACATTAAGGACCATAGAGAAACATACAAAAAACAAAATACAAATACACA--TGTATTTGATATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATTGTTACAGATGGGCAATGGCAACTTTTAATAAACAACATTAAAAACATTTCAAATCTGAGTATTTGTTATTCGGAGGCCTTAGTTAAAAATATTAAAAGTCAGTTCTGAAAAGATGTTCTAAAATCTTGTATAAGTATTTTAACACACACTACGACCACAGCAGACAACTCACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTACAGTCTATTTTAACCCAAACATAAGAATTGGTGGCAGGGATATATTTTATAATATAAACTATAATACTTGTTAACTTTAGTAAATGATTTTATAAGAGAAGACGGAATGTTTCACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGATTTTTTTACAATATTATAGTGTGAAGTAAGCAATTAAAGTATACCTTAAACAATATAATATAACCGAATTCTAATCAAAGTTGAACTACCTAATTGTACCATCTCACATCCAAATATTTTTTAAATAGTAGAAATGGATCAAAAGACATGTGTGATATTCTTAACAGAAACAGAAGTTCACCTACATCAAAACTTAAATGGAATTTAGAATATAACTTTAGTGAGGAAACATGAAAAAAATCTACAAATTCCCATTTCAAAAACCAATAAGCACTCTATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAAATCATAGAATAATATCAAACAGACAATTTTTGCATAAAATCAAAATTAAAAATAATCTAATTTGCCTTTATTGCACACAACCGGAAACCATAACGCACATGTAATGGTCCTGCCTCAAGACACAGTCCATTACAAATGAGTTGAAAACCTGGCCATTTTCTATGAATCCAAAAGAAATTAGTGGAGAAACAATTATTTTTAATATAGGAAAGGGATTAACACAAGTACAATTATATTTACAGTTGGAAACAAAATATTCTTTACAAAACAACTCGAAACCCCTTTATCTATAG
Unaligned ( gi|3 ): GTTGTTTTAAATGAATGGACAATGGCATCGTTTAATAAACCATACAATTAACACTAAAACATTTCAAATATGGGTATTTGTTATTCTGAGGCCTTAGTTAAATATATTAAAAGTCAGTTCTGGTAAGATGTTTTAAACGCACACTACGACCACAGAAGACAACTTACTGCAATCAAACATACTGAAAAGTCCAGTCTATTTCAACCCAAACTTAAGAATTGGTGGCAAGGATATATATTTTTTAAAATATACTATAATAATGGTTTAACTCAAATAAATGATTTTATAAGAGAAGACAGAATGTTTTACACTTGTGAGGAACTGAACACAATATGCAATATTAAAATGAAACTTTTACAATATCATAGTGTGGAGAAAGCAATTGAAGTATACCTAAAACAACACAAAATAACTAAATTTTCATTTGACTTACCCAATTGTACCATCTGACATCCATATATTTTTAAATAGTAACAAAGGATCAGAAGACATGTATGTTATTCTTAACATGAAGTTCATCAAAACTTAAGTGGAATTTAGAATATAACTTTAGTAAAGAAACATGGAAAAATATCTACAAATTTTCATTTCAATAAGCACTACATTACAATGGTTTCAGGCTAGAATAATTCAAAGCATATTAACAAACAGACAATTGTTTCATAAAATTAAAAATAAAAGTAACCCAATTTAGCTTTATTGCACACAAGAGGATACCATACCGCA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTATGAACAGCTTAATAAAAATTATGAAGTCCAAACCTCAGTCAATAAATGGGAAGAACTTTGTACATA