lowQualScore : 11111 1 11111 11111 444444444444 1 1 11 11111111111 11 2222222 11111111 11 11 1 1 1
lowQualScore : 1 4 66666 1 2 0 5 6 55 1 00000 0 11111 666666666666 8 0 1 1 00 77777777777 3 22 2222222 1 555 77777 11111111 888888 3 22 44 0 555 2 2 2 5 5 4 3 2
lowQualScore : . . ..... . . . . . .. . ..... . ..... ............ . . . . .. ........... . .. ....... . ... ..... ........ ...... . .. .. . ... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 44444 5 5 0 2 9 55 5 11111 7 33333 777777777777 0 8 4 4 00 33333333333 6 55 3333333 4 444 77777 22222222 888888 1 00 88 1 000 8 8 9 0 0 0 4 6
consensus : TTCAAGGA-GTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCNAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCCGCATACT----TTCACGCTTA----CGATATATTACATA-------TN--ACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTTT--G-----------TAAA-TGTCATCTGTTNTTTA------ACTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTAGTTAGATG-ATTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTNAATTTT
Reference ( gi|1 ) : TTTAAGGA-GTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAGACCGGTCCAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACACAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCCACATACT----CTCACGCTTA----CGATATATTACATG-------TA--ACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTTT--G-----------TAAA-TGTCATCTGTTATTTA------ATTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTAGGTAGATG-CTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTACTTTGTATTGC-TTTATTATTAAGCTGATATA-GTTTTATTTTACTAAATTTTC
gi|6 : TTTAAGGA-GTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCCACATACT----CTCACGCTTA----CGATATATTACATG-------TA--ACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTTT--G-----------TAAA-TGTCATCTGTTATTTA------ATTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTAGGTAGATG-CTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTACTTTGTATTGC-TTT
gi|7 : TTTAAGGA-GTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCCACATACT----CTCACGCTTA----CGATATATTACATG-------TA--ACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTTT--G-----------TAAA-TGTCATCTGTTATTTA------ATTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTAGGTAGATG-CTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTACTTTGTATTGC-TT
gi|2 : TTCAAGGA-GTTTGCCGGGGTGACTAATCCGCACCTAGATCAGTCCAGCTTGTAGATGCTTTATGTGTATATAGATG--TGCCTCCTAT-------------T----CTCACGATTA----TGATATATTACATA-------TT--ACATGTGCATT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTTT--G-----------TAAAATGTCATCTGTTCTTTA------ACTGCACCACCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTCTAAC-ATACTTTAGTTAGATGATTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGCTCTGTATTAT-TTAATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTATTAAATTT
gi|5 : atTTCAAGGA-GTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCCGTATAAT----TTCATGCTAA----CAATATATTACATAATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGC----------------TTTA--G-----------TA----------TGT------------ACTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------ATTTAAC-ATGCTTTAGTTGGATG-ATTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGCTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTc
gi|4 : aaTTCAAGGA-GTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCCGTATAAT----TTCATGCTAA----CAATATATTACATAATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGC----------------TTTA--G-----------TA----------TGT------------ACTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------ATTTAAC-ATGCTTTAGTTGGATG-ATTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGCTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|11 : aaTTCAAAGG-GTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTTACATACT----TTCATGCTT-----CAATATATTACATA-------TT--ACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTGTTCTCTA------ACTGCACTGCCTT---AGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTATTTAGATG-ATTTATTGATTTATTCTCTGGCTcaaat
gi|10 : tTTCAAAGG-GTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTTACATACT----TTCATGCTT-----CAATATATTACATA-------TT--ACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTGTTCTCTA------ACTGCACTGCCTT---AGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTATTTAGATG-ATTTATTGATTTATTCTCTGGCTg
gi|9 : atTTCAAGGA-GTTTG----GGAGACTGATTGGCATCAGGACTGGTCCAGCCTGTAGATGTTATATGAGTACATAGACGTTTTTCTCTTAACTTTGC
gi|8 : cTTTAAAAAAGTTTG----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTTGGCGCTAAATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCGTGCAATGTACTTTAATTAATGCTTAACTGTGA-ATATT----------------GCATGTGCTTT-ATTCT-----CTTTGCTTTAGTATGCTCTAGTTTTT--GTATATCATCCCTAAA-TATCATCTG-TATTTGT-----ACCACACT----------TC-----TTTATCTGCACTTTATGAACCTTTA--------A------TTTTACC-ATGTTTAAATTAAATG--TTCAC----TTATCCTCTGTTTTTTATTA---TTGCTCTGTATTGT-TTTATTtttagtatgctttagtttttgtaaatgtcatccggtttttttttgtactgcactgcaagtcaactgtttttctgcacttatgtaaattttatcatgctttagttagatgatttactgatttatcctctggtttaaattcttgctctgtattgctttattattgacctgagatagtattattttacttaatttcaaat
gi|3 : cAAGGA-GTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCAAGCCTGTAGATGTTATA----------GATG--TGCCTCCTACCTTTGCCGTATACT----TTCATGCTTA----CAATATATTACATA-------TT--AGATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTTT--G-----------TAAA-TATCATTTTCT-TTTGT-----ACTGCACTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----GTA--------A------ATTTAAC-ATGCTTTAGTTAGGTG-ATTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTT---TTACTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTT
gi|9 : taATGTTATATG--------AGTACATAGACGTT-TTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTTT--G-----------TAAA-TGTCATCCGGTTTTTT------TTTGTACTGCACTGCAAGTCAACTGTTTTTCTGCACTT-ATG-----TAA--------A------TTTTATC-ATGCTTTAGTTAGATG-ATTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTGACCTGAGATA-GTATTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|12 : cttcaaggagtttgggagactgattggcatcaggactggtccagcctgtagTTTT--G-----------TAAA-TGCCATCCGT-ATTTGTAGGCTACTGTACTGCCTT---AGCCAAATGTTAATCTGCGCTTTATG-----TTACATCTTCTA------TTTTGACCATGTTTTA----------TTTACTGATTCATCCTCTGGTTTTAATTT---TCGCTTTGTTTTACTTTTATTATTAAcaaat
gi|13 : tGTCATCTGTTCTTTTTT----ACTGCGGTGCCTT---AGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------A------TTTTAAC-ATGCTTTAGTTAGATG-ATTCACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTC---TTGATCTGTATTGC-TTTATTATAAATCTGAGTTAGGTTTTTTTTTACTAAATTTcttatttctcatacgccaattaaaaaattaaggtgtacacgttatgttatccagatcatacacacaatataatatgactgctgcctatatgcacgtttgtagtgtagt
gi|14 : ------ATTGCACTACCTT---AGTCGACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTAGTTTTAAC-ATGTTT----TAAACG-TTCTACTGATTTATCATCTGGTTTTACTTC---CTGCTCTGTATTGC-TTTATCATTAACCTGAGATA-caaa
gi|16 : tgttcaatgtTTACTGATTTATCCTTTGGTTT-AATTCTTGTTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTAATC-GAGATA-GTATTGTTTTACTAAATTTTttg
gi|17 : CTGATTTATCCTCTGGTTAAAATTC---TTGCTCTGTATTTC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTACTATTTTACTAAAATTTaa
gi|18 : TGAGTTATCC-CTGGTTTAAATTA---TTGCTCTGTATTGT-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATAATTTTACTAAATaca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTAACATTTTTTTTGTCATATGCTTATGAAAATATTAAGATATAATCTCAGATCACACACAGAATCGAATTTGACTGCTGTTTATATGCATGTATATAGTGTAG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111111111 11111 11111111
lowQualScore : 88888 1 0 55 7777 7777 0 0 3 999999999 1 7 2 99 55555555555 3 999999 3 66666 77777 00000000 888888 2 1 66 444 2 3 0 1
lowQualScore : ..... . . .. .... .... . . . ......... . . . .. ........... . ...... . ..... ..... ........ ...... . . .. ... . . . .
lowQualScore : 77777 0 3 00 4444 7777 8 5 6 111111111 0 3 5 22 88888888888 3 222222 2 77777 11111 44444444 222222 9 4 11 777 7 6 7 0
consensus : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
Reference ( family-11998 ) : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCNAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TNACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTNAATTTT
gi|1 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAGACCGGTCCAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACACAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTATTATTAAGCTGATATA-GTTTTATTTTACTAAATTTT
gi|10 : TTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCTc
gi|11 : atTTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCT
gi|12 : tTTTT--TG-----------TAAA-TGCCATCCG----TATTTGTAGGCTACTGTACTGCCTTAGCCAAATGTTAATCTGCGCTTTATG-----TTACATCTTCTATTTTG------ACCATGTTTTA----------TTTACTGATTCATCCTCTGGTTTTAATTTTCG---CTTTGTTTTACTTTTATTATTAACTTg
gi|13 : GTCATCTG----T-TCTTTTTT--ACTGCGGTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTCACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---ATCTGTATTGC-TTTATTATAAATCTGAGTTAGGTTTTTTTTTACTAAATTTatttctcatacgccaattaaaaaattaaggtgtacacgttatgttatccagatcatacacacaatataatatgactgctgcctatatgcacgtttgtagtgtagt
gi|14 : ----ATTGCACTACCTTAGTCGACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTAGTTTTAAC-ATGTTTTAA----ACGT-TCTACTGATTTATCATCTGGTTTTACTTCCTG---CTCTGTATTGC-TTTATCATTAACCTGAGATA-caaa
gi|16 : tgttcaatgtTTACTGATTTATCCTTTGGTTTAA-TTCTTGTTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTAATC-GAGATA-GTATTGTTTTACTAAATTTTttg
gi|17 : CTGATTTATCCTCTGGTTAAAATTCTTG---CTCTGTATTTC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTACTATTTTACTAAAATTTaa
gi|18 : TGAGTTATCC-CTGGTTTAAATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATAATTTTACTAAATaca
gi|2 : ttagaTTCAAGGAGTTTGCCGGGGTGACTAATCCGCACCTAGATCAGTCCAGCTTGTAGATGCTTTATGTGTATATAGATG--TGCCTCCTATTCT--------------------CACGATTATGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCATT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAAATGTCATCTG----T-TCTTTA----ACTGCACCACCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTCTA------AC-ATACTTTAGTTAGATGATTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTAT-TTAATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTATTAAATTT
gi|3 : atAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCAAGCCTGTAGATGTTATA----------GATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATACT----TTCATGCTTACAATATATTACAT-A---------TTAGATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TATCATTTT----C-TTTTGT----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----GTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGGTGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTTTTA---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTc
gi|4 : taTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|5 : aaTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|6 : aaTTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTcaaat
gi|7 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TT
gi|8 : TTAAAAAAGTTTG----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTTGGCGCTAAATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCGTGCA---ATGTACTTTAATTAATGCTTA--AC-TGTGA-AT-A---------TTGCATGTGCTTT-ATTCT-----CTTTGCTTTAGTATGCTCTAGTTTT--TGTATATCATCCCTAAA-TATCATCTG------TATTTGT---ACCACACT-------TC-----TTTATCTGCACTTTATGAACCTTTA--------ATTTTA------CC-ATGTTTAAATTAAATG--TTCAC----TTATCCTCTGTTTTTTATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATT
gi|9 : ctTTCAAGGAGTTTG----GGAGACTGATTGGCATCAGGACTGGTCCAGCCTGTAGATGTTATATGAGTACATAGACGTTTTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCT----TT
gi|9 : cATGTTATATGA---------GTACATAGACGTT-TTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCCGGTTTT-TTTTTGT---ACTGCACTGCA--AGTCAACTGTTTTTCTGCACTT-ATG-----TAA--------ATTTTA------TC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTGACCTGAGATA-GTATTATTTTACTTAATTTagtttttgtaaatgtcatccggtttttttttgtactgcactgcaagtcaactgtttttctgcacttatgtaaattttatcatgctttagttagatgatttactgatttatcctctggtttaaattcttgctctgtattgctttattattgacctgagatagtattattttacttaatttcaaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTAACATTTTTTTTGTCATATGCTTATGAAAATATTAAGATATAATCTCAGATCACACACAGAATCGAATTTGACTGCTGTTTATATGCATGTATATAGTGTAG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111111111 11111 11111111
lowQualScore : 88888 1 0 55 7777 7777 0 0 3 999999999 7 2 99 55555555555 3 999999 3 66666 77777 00000000 888888 2 1 66 444 2 3 0 1
lowQualScore : ..... . . .. .... .... . . . ......... . . .. ........... . ...... . ..... ..... ........ ...... . . .. ... . . . .
lowQualScore : 77777 4 3 00 4444 7777 8 5 6 111111111 3 5 22 88888888888 3 222222 2 77777 11111 44444444 222222 9 4 11 777 7 6 7 4
consensus : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
Reference ( family-11998 ) : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
gi|1 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAGACCGGTCCAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACACAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTATTATTAAGCTGATATA-GTTTTATTTTACTAAATTTT
gi|10 : TTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCTc
gi|11 : atTTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCT
gi|12 : tTTTT--TG-----------TAAA-TGCCATCCG----TATTTGTAGGCTACTGTACTGCCTTAGCCAAATGTTAATCTGCGCTTTATG-----TTACATCTTCTATTTTG------ACCATGTTTTA----------TTTACTGATTCATCCTCTGGTTTTAATTTTCG---CTTTGTTTTACTTTTATTATTAACTTg
gi|13 : GTCATCTG----T-TCTTTTTT--ACTGCGGTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTCACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---ATCTGTATTGC-TTTATTATAAATCTGAGTTAGGTTTTTTTTTACTAAATTTatttctcatacgccaattaaaaaattaaggtgtacacgttatgttatccagatcatacacacaatataatatgactgctgcctatatgcacgtttgtagtgtagt
gi|14 : ----ATTGCACTACCTTAGTCGACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTAGTTTTAAC-ATGTTTTAA----ACGT-TCTACTGATTTATCATCTGGTTTTACTTCCTG---CTCTGTATTGC-TTTATCATTAACCTGAGATA-caaa
gi|16 : tgttcaatgtTTACTGATTTATCCTTTGGTTTAA-TTCTTGTTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTAATC-GAGATA-GTATTGTTTTACTAAATTTTttg
gi|17 : CTGATTTATCCTCTGGTTAAAATTCTTG---CTCTGTATTTC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTACTATTTTACTAAAATTTaa
gi|18 : TGAGTTATCC-CTGGTTTAAATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATAATTTTACTAAATaca
gi|2 : ttagaTTCAAGGAGTTTGCCGGGGTGACTAATCCGCACCTAGATCAGTCCAGCTTGTAGATGCTTTATGTGTATATAGATG--TGCCTCCTATTCT--------------------CACGATTATGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCATT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAAATGTCATCTG----T-TCTTTA----ACTGCACCACCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTCTA------AC-ATACTTTAGTTAGATGATTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTAT-TTAATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTATTAAATTT
gi|3 : atAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCAAGCCTGTAGATGTTATA----------GATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATACT----TTCATGCTTACAATATATTACAT-A---------TTAGATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TATCATTTT----C-TTTTGT----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----GTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGGTGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTTTTA---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTc
gi|4 : taTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|5 : aaTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|6 : aaTTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTcaaat
gi|7 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TT
gi|8 : TTAAAAAAGTTTG----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTTGGCGCTAAATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCGTGCA---ATGTACTTTAATTAATGCTTA--AC-TGTGA-AT-A---------TTGCATGTGCTTT-ATTCT-----CTTTGCTTTAGTATGCTCTAGTTTT--TGTATATCATCCCTAAA-TATCATCTG------TATTTGT---ACCACACT-------TC-----TTTATCTGCACTTTATGAACCTTTA--------ATTTTA------CC-ATGTTTAAATTAAATG--TTCAC----TTATCCTCTGTTTTTTATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATT
gi|9 : ctTTCAAGGAGTTTG----GGAGACTGATTGGCATCAGGACTGGTCCAGCCTGTAGATGTTATATGAGTACATAGACGTTTTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCT----TT
gi|9 : cATGTTATATGA---------GTACATAGACGTT-TTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCCGGTTTT-TTTTTGT---ACTGCACTGCA--AGTCAACTGTTTTTCTGCACTT-ATG-----TAA--------ATTTTA------TC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTGACCTGAGATA-GTATTATTTTACTTAATTTagtttttgtaaatgtcatccggtttttttttgtactgcactgcaagtcaactgtttttctgcacttatgtaaattttatcatgctttagttagatgatttactgatttatcctctggtttaaattcttgctctgtattgctttattattgacctgagatagtattattttacttaatttcaaat
blockSeqs : GCCGG C TT TTAG TTAA G ATTTTGTTA T T TT TATATCATCCC A GTTTT C AGGCT AACCT CATCTTCT GTTTTA C T AT TTG T G A
blockSeqs : T C . A . . ATTTTGTTA T T TT . . TA C TTT . . . . T A . . . A
blockSeqs : T C . A . . . . T . . . T T GT . . . . T A . . . A
blockSeqs : C A . G . . . . T . . . T C GT . . . . T A . . . A
blockSeqs : C A . G . . . . A . . . T C A . . . . T T . . . A
blockSeqs : C A . G . . . . A . . . T T A . . . . T A . . . T
blockSeqs : A A . A . . . . T . . . C A A . . . . T A . . . T
blockSeqs : A A . A . . . . T . . . T A T . . . . G A . . . T
blockSeqs : G C . A . . . . . . . . T A A . . . . G C . . . T
blockSeqs : G C . . . . . . . . . . . T A . . . . T C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
finalCons : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTAACATTTTTTTTGTCATATGCTTATGAAAATATTAAGATATAATCTCAGATCACACACAGAATCGAATTTGACTGCTGTTTATATGCATGTATATAGTGTAG
Alignments
lowQualScore : 222222222 11111111111 11111 11111111
lowQualScore : 88888 1 0 55 7777 7777 0 0 3 999999999 7 2 99 55555555555 3 999999 3 66666 77777 00000000 888888 2 1 66 444 2 3 0 1
lowQualScore : ..... . . .. .... .... . . . ......... . . .. ........... . ...... . ..... ..... ........ ...... . . .. ... . . . .
lowQualScore : 77777 4 3 00 4444 7777 8 5 6 111111111 3 5 22 88888888888 3 222222 2 77777 11111 44444444 222222 9 4 11 777 7 6 7 4
consensus : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
Reference ( family-11998 ) : TTCAAGGAGTTTN----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTAGATGCTATATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCTTGCC---GCATACT----TTCACGCTTACGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TNTTTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTACTAAATTTT
gi|1 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAGACCGGTCCAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACACAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTATTATTAAGCTGATATA-GTTTTATTTTACTAAATTTT
gi|10 : TTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCTc
gi|11 : atTTCAAAGGGTTTT----TGAGACTGATCCGCACCTGGACCGATCCAGCCCGTATATGCTATATGTTTACATAAATG--TGCCTGCTACTCTTGTT---ACATACT----TTCATGCTT-CAATATATTACAT-A---------TTACATTTTTTTTTATTCTCTAAACTTTGATTTAGTATGCTTTAGTTTTTTTG-----------TAAA-TGTCATTTG----T-TCTCTA----ACTGCACTGCCTTAGTCAAATGTTTATCTGCACTTAATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTATTTAGATGA-TTTATTGATTTATTCTCTGGCT
gi|12 : tTTTT--TG-----------TAAA-TGCCATCCG----TATTTGTAGGCTACTGTACTGCCTTAGCCAAATGTTAATCTGCGCTTTATG-----TTACATCTTCTATTTTG------ACCATGTTTTA----------TTTACTGATTCATCCTCTGGTTTTAATTTTCG---CTTTGTTTTACTTTTATTATTAACTTg
gi|13 : GTCATCTG----T-TCTTTTTT--ACTGCGGTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTCACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---ATCTGTATTGC-TTTATTATAAATCTGAGTTAGGTTTTTTTTTACTAAATTTatttctcatacgccaattaaaaaattaaggtgtacacgttatgttatccagatcatacacacaatataatatgactgctgcctatatgcacgtttgtagtgtagt
gi|14 : ----ATTGCACTACCTTAGTCGACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTAGTTTTAAC-ATGTTTTAA----ACGT-TCTACTGATTTATCATCTGGTTTTACTTCCTG---CTCTGTATTGC-TTTATCATTAACCTGAGATA-caaa
gi|16 : tgttcaatgtTTACTGATTTATCCTTTGGTTTAA-TTCTTGTTGCTCTGTATTGC-TTTATTATTAATC-GAGATA-GTATTGTTTTACTAAATTTTttg
gi|17 : CTGATTTATCCTCTGGTTAAAATTCTTG---CTCTGTATTTC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTACTATTTTACTAAAATTTaa
gi|18 : TGAGTTATCC-CTGGTTTAAATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTATAATTTTACTAAATaca
gi|2 : ttagaTTCAAGGAGTTTGCCGGGGTGACTAATCCGCACCTAGATCAGTCCAGCTTGTAGATGCTTTATGTGTATATAGATG--TGCCTCCTATTCT--------------------CACGATTATGATATATTACAT-A---------TTACATGTGCATT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAAATGTCATCTG----T-TCTTTA----ACTGCACCACCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTCTA------AC-ATACTTTAGTTAGATGATTTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTAT-TTAATTATTAACCTGAGATA-GTATTATTTTATTAAATTT
gi|3 : atAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCAAGCCTGTAGATGTTATA----------GATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATACT----TTCATGCTTACAATATATTACAT-A---------TTAGATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTACTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TATCATTTT----C-TTTTGT----ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----GTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTAGGTGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTTTTA---CTCTGTATTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTc
gi|4 : taTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|5 : aaTTCAAGGAGTTTC----GGAGACTGATCCGCACCTGTACCGGTCAAGCATGTAGATGTTATACGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCTTTGCC---GTATAAT----TTCATGCTAACAATATATTACAT-AATTTTGTTATTACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACCTTGCTTT----------AGT---------------------A-TGT----------------------ACTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------AATTTA------AC-ATGCTTTAGTTGGATGA-TTTACTGATCTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTACTGC-TTTATTATTAACCTGAGATA-GTGTTATTTTACTTAATTTcaaat
gi|6 : aaTTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TTTcaaat
gi|7 : TTTAAGGAGTTTA----GGAGACTGATCCGCACCTAAACCGGTCAAGCCGGTAAATGCTATATGTGTACATAGATG--TGTCTCCTACCCTTGCC---ACATACT----CTCACGCTTACGATATATTACAT-G---------TAACATGTGCTTT-ATTCTCTAAACTTTGCTTTAGTATGCATTAGATTT--TG-----------TAAA-TGTCATCTG----T-TATTTA----ATTGCACTGCCTTAGTCAACTGTTTATCTGCACTTTATG-----TTA--------ATTTTA------AC-ATGCTTTAGGTAGATGC-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTA---CTTTGTATTGC-TT
gi|8 : TTAAAAAAGTTTG----GGAGACTGATCCGCACCTGGACCGGTCCAGCCTGTTGGCGCTAAATGTGTACATAGATG--TGCCTCCTACCCGTGCA---ATGTACTTTAATTAATGCTTA--AC-TGTGA-AT-A---------TTGCATGTGCTTT-ATTCT-----CTTTGCTTTAGTATGCTCTAGTTTT--TGTATATCATCCCTAAA-TATCATCTG------TATTTGT---ACCACACT-------TC-----TTTATCTGCACTTTATGAACCTTTA--------ATTTTA------CC-ATGTTTAAATTAAATG--TTCAC----TTATCCTCTGTTTTTTATTATTG---CTCTGTATTGT-TTTATT
gi|9 : ctTTCAAGGAGTTTG----GGAGACTGATTGGCATCAGGACTGGTCCAGCCTGTAGATGTTATATGAGTACATAGACGTTTTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCT----TT
gi|9 : cATGTTATATGA---------GTACATAGACGTT-TTTCTCTTAACTTTGCTTTAGTATGCTTTAGTTTT--TG-----------TAAA-TGTCATCCGGTTTT-TTTTTGT---ACTGCACTGCA--AGTCAACTGTTTTTCTGCACTT-ATG-----TAA--------ATTTTA------TC-ATGCTTTAGTTAGATGA-TTTACTGATTTATCCTCTGGTTTAAATTCTTG---CTCTGTATTGC-TTTATTATTGACCTGAGATA-GTATTATTTTACTTAATTTagtttttgtaaatgtcatccggtttttttttgtactgcactgcaagtcaactgtttttctgcacttatgtaaattttatcatgctttagttagatgatttactgatttatcctctggtttaaattcttgctctgtattgctttattattgacctgagatagtattattttacttaatttcaaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTAACATTTTTTTTGTCATATGCTTATGAAAATATTAAGATATAATCTCAGATCACACACAGAATCGAATTTGACTGCTGTTTATATGCATGTATATAGTGTAG