lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 22222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 11 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 111 333333333 11 111111111
lowQualScore : 6 66666 2 1 6 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666 0 33 33 77777 3 66666 2 1 2222222222 1 55 11 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 0 3333333333333 5 000 777777777 22 4 222222222 4
lowQualScore : . ..... . . . . ............................................................. .... . .. .. ..... . ..... . . .......... . .. .. . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ............. . ... ......... .. . ......... .
lowQualScore : 0 55555 5 0 8 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 6 55 22 77777 1 77777 1 4 7777777777 4 00 11 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 9 1 8888888888888 7 000 000000000 00 7 000000000 0
consensus : NNNNNNCAAATGACANTANATATGAAATAAGTGTCACCTAAATAACGGGCAAA--G--------CA----T------A------TATT-----A--ATCAGA----GN---TA-T----CAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATA-----TAA--TAANCTATCCCACCA-AG-----A-AT-----ATAAGCATAAAATAGCG-A------TTTTG-----NGA------A-------TC--T-------TTT-------AA-T--TA-CAT--TT-CGC-------T--GT---TCTCA-TT---TCG-CACTTTACGTC----CCATTTCGGTAAA-----ATTG-GTCTCAAA--TTATCTN---AT-TCAT--TAGA-CGCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAACTAACC-AATCGA---GCGTCT----GG-CGTTT-ATTTCTT-------T---TT---NTT-G----TAA-AGATTT-GTTTCAATTGA-TGCGAAAACCTTA-C-------AA------------G----CAC-TTATT-----T----AAAACT-------C----------GT-------------------A-------------------TA-------------CA----GAA---AAAT-----CAACTGAA----T-TGAA--A-----CANTG-TAA--ATA-G---TT-TTCG-----T--C--------TC-GTC---T-----GATC---T----CGCATT---TCG-----A-----CC-T--A-ACAA-GATCTAAGAT-G--T-G---ACG--G---ANG--A-T---GACACACAGATT-CATAGT----C--GA---TG--A--T--N-------------CGTC-AATGATGATTTACATAA--------TCG--GA-AATTT---AAC-----TCGAGCTCATGTNTGTCA--TAC--ACTANAGTCAG
Reference ( gi|2 ) : CACACACGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATAACAGGCAAA--A--------CA----T------A------TATT-----A--ATCAGA----GT---TC-T----CAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATA-----TAA--TAAATTATCCAACCACAGTTTTTAAATTTTTCGTAAGCATAGAATAAAG-A------TTTTG-----CAA------A-------TC----------TTT-------AA-T--TA-CAT--TT-CAC-------T--GT---TCTCA-TT---TCA-AACTTTACGTA----CCATTTCAGTAAA-----ACTG-GTCTCAAA--TT-TCTT---AT-TCAT--TAGA-TGTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAACTAACT-AATCAA---GTGTCA----GG-TGTTA-ATTTCTT-------T---TT---CTT-GCT--TAA-AGATTT-GTTTCTATTTA-TGCAGCAACCTTA-C-------AA------------G----CAC-TTATT-----T----AAAACT------------------GT-------------------A-------------------TA-------------CA----GAA---AAAT-----CAACTGAA----T-TAAA--A-----TATTG-TAA--ATA-G---TT-TTAA-----T--T--------AC-GTC---T-----GAAC---T----TGTATT---TCA-----A-----C-----A-ACAA-AATCTAAGAT-A--T-G---ACG--A---AAG--A-A---GGCACACAGGTT-CTTAGT----T--GA---TG--A--T--T-------------TGTC-AATAATGATTTACATAA--------TTG--GA-AATTT---AAT-----TCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAG
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCTAA-TAACGGCTAAT--G--------CA----TTTCACTA------TGTT-----A--CTCAGA-----T---ACAT----CAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT------TA---TAAACTATCCAACTGAAGAT---ACATCT-----------AGAATAAAA-ACTTCGCTTTTGGTAGCCAAT-----G-------TCGCTA------TTT-------AAAT--CA-CAT--TT-CCCA------C--AT---T-TCA-GT---TCG-CTCTTTACGTC----TCATTTTGGT-AC-----ACTA-ATCTCAAA--TT-TTATCAGAT-TAAT--TAGT-CTCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGACGCACC-AATTA
gi|1 : acaaacattgtATG-CAATACATGTAATCTAAATATAAT-TAAATTACAG-CAAA--G--------CA----T------ACTATTATGTT-----A--ATCAA------T---TA-TACACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTG-----TAA--TAATTGATCCCACCA--------ATAT------TAAGCAAAAAATAGTA-A------TTTTT--------------A-------GC----------TTC-------TA-TTCTA-TAT--TTAAAT-------T--AT---CCTAATTT---TCC-AACTGAACATG----TCAATTCAG-ATC-----ATCA-GTCTCACA--TCATTTA---AT-TCAT--AAGA-AGCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAACTGATTCAAT-AA---ATGTCT----TG-CGT----TTCCTT-------T---TT---------T--TAA-A-ATTG-GTTTCAATTGA-TGCACAAAAATTA-T-------GAGTTCACATAATTG----TAC-TTATT-----T----ACAACT-------------------T-------------------A-----------------------------------------AA---ACAT-----CAA--GG--------AAA--A-----T-CTG-TAA--ATA-GT--TT-TTCA-----TGGC--------AC-ATC---T-----GACC---T----GATCTT---TCATT---T-----C-----A-AC----ATCAAAGAT-G--TCG---ACG--G---ATG--A-T---GAATTACAAATT-C-TA------T--GA---TA--A-----T-------------AGTC-AATGATGATc
gi|11 : acATATGAAATAAGTGTTACATAT-TATTGGACATA--T--------CA----T-------------TATT-----ATTATCCAA----ATATGCA-C----CAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTT-----TGA--TAAAGAACTCCACCA----------AT-----ATAATCATATAATAAAT-A------TTTTA-----TGACTTAACA-------TCGCTTC-----TTA-------AA-T--TT-CTT--TT-CGCATTTTTAT--GT---TAT-A-TC---TTG-CACTTAACGTC----CCATTTTGATAA-------TTA-GTCTCA-----T-TCCT---AT-CAGT--CAGA-CGCTTTATTA------TA---T---GTTA---aaaaatcatgcttatgtgcattacctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|3 : aACGAAATAACTGTCTCCTTAATAACAGGCAAA--A--------CA----T---------------TT-----A---TCAAA----GT---TA-T----CAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTA-----TCA--TAATATATCCA
gi|27 : aactataaaATAAAATAAATGTTACCTTAATAACGGG-AAA--A--------CA----TGTTATTA------TATT-----A--ATCAGA----GA---TT-T----AAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAA----------AA--TGAATTtatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATAAAAGGCAAA--G--------CA----T------ACTTG--TATT--------ATTA-----------TA-T----CAGAAA--AATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATA-----T
gi|13 : aAAATAAGTGTCATCCAAACAATGGGCAAA--C--------CA----TTTTCTCA------TTTT-----C---TCAGA----GTGTGTT-T----CAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATA-----TAACGTAAACTACCC---CACAA-----AGAT-----ATAAGAATAAAATA--GCA------TTTTA-----TGA------C-------TCCGTTGCGCTATTT-------AAAT--TA-CAT--TT-CGCAT-----T--GTGCGTTCCA-GT---TTA-CATTTTATGTC----CCATTTtaacacttcgaggttcaagataagcataaattagcgacttcatgactccacttcgttgttaaaatta
gi|17 : AAATAAGTAACACCTAAATAACGGACAAC--G--------TGT---T------G------TATTACATAA--ATCAGA----GA---TA-T----CAGAAAAC--T------------------------TGT---CATG-----TAA--TGATCTACCTCACCA-A--------------CGTAAGCATAAAATAGCG-A------TATTG-----TGA------A-------TC-----------------------------CAT--TT-CGC-------C--AT---TGATA-TTACATTA-AATTTTAgattcgtatataattttcaaat
gi|5 : AATAGATGTCACCTAAATAATGGGCAAT--G--------CA----TTTCATTA------TACT-----T--ATCAGT----TA---TA-T----CAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-C------A-GTGAACATAATTTATAA--TAATCTATTC--CCACA------AAG------GTGAACATCAAGT---G-A------TTTTG-----GGACTCC--A-------TT----------TTTCTATTTAAA-T--TAACAT--TTTCAC----------AT---TC-CA-TT---TTG-CACTTTA-GTT----CCATTTCAGTATGCATGTATTT-GTCTCAAA--TTATTTG---AT-TTAT--TAGA-CGCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAACTAATC-AGT-GA---GCGTCT----GC-CATTA-A----TT-------T---TT---ATT-G--------AGATTT-GGT---------TGAA--AACTTTATC-------AA------------G----CAC-TTGTT-----T----AAAAC-------------------GTAAATCACTCTCATTTAAACA-------------------TA-------------CT----GGA---AAA------CAACTAAA----TGT--G--A-----TAATG-CAA--GTACT---TT-TTCA-----T--C--------TC-TCC---T-----GACC---T----CACATT---TTA-----C-----C-----A-ATAT-AA--CGAGAT-----------CA--A---AGGCCA-T---AGCACACAGATT-CACA------C--GA---TG--A--A--T-------------TAC------ATGAT---CATAA--------ATGTTGA-AATAA---AAC-----TCAAGCTCAAGCGTGTC---TAC---CTATAGTTtcttgtttcttattgcatattacttcttgtttcggtaaataggtttt
gi|26 : AATAGGTGTCACTTAAATAATGGGCAAA--G--------CA----T------ACCA---TGTC-----A--ACCAAA----GA---CA-T----CAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAAT
gi|29 : GATGTCACCTAAATAATGGGCAAA--GCAGTATTTCA----T------A------TGTA-----A--ATCAGATTGCGT---T--T----CAGACAATGATaatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|14 : tTAAATAACTGGCAAATCA--------CACTGTT------A------TATC-----C--CTCAGA----GC---TG-T----CAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA-A-----T--------CTATCCCACCA-AG--------------ATAAGCATAAAAACACG-A------TTTTG-----AGA------A-------TT-----------------------------CAC--TT-CAC-------T--AT---TGAAA-TT---CCA-----TTACGCATGTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAATTT-TCTG---ATATC-T--CAGA-CACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAACTAATC-AATtt
gi|4 : ----T------A------TATT-----C--ATCAGA----GA---TA-T----CGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATA-----TAA--TAATATGTCTCACCG-AG--------------ATAAGCTTAAAATAGCG-A------TTTTGG----TAT------T-------TCCCTA------TTT-------AAAT--TA-CAT--TT-CGC-------TTGGT---TCTCT-TT---CCA-CACTCTTCGTC----CCATTGCGGTAAA------TTG-GCATTAAA--TTGTCCT---AT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGACTAATC-AA-CGA---CT-TGA----GT-TTATA-TTTTATC-------T---CT---TTT-GC----AA-AGATTT-GTTTCACTTGA-TGCGAAAACCTTA-A-------AA------------G----CAA-ATATT-----T----AAAACTTGAATTACCCCCCTTAA-GC-------------------A-------------------TA-------------CA----GGA---AAAT-----TAACAGAA------TAAA--A-----AAATG-TAA--ATA-GT--TT-TTCG-----T--T--------TC-GTC---T-----GAGCGCTC----CATACT---CCAT----A-----C-----A-ACAC-GATTGAAGAT---------------G---AAG--T-T---GACACACAGATT-CATAGTATTCT--GA---TGTAG--T--TTATGATACATGTATGTC-AGTTATAATTTACATAA--------TCA--GA-AATTT---a
gi|6 : attatAGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TC-----TTA--TAAACTACCTCACCAAAG--------------ATAAGCATAAAA-AGCG-A------TTTCG-----GGG------AATCACTGTC----------GCT-------AT-T--TA-C-TGGTT-CGC-------T--GG---TTTCA-TT---TCGCAATTTT----------CATT-CGGTAAA-----AATG-GTCTGAA---------T---GT--------ACA-CGCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAACTAACCAAATTGA---ATACCGGTATGG-TGTCT-ATTTCTT-------G---TC---ATT-ATTCGTAA-A-ATGT-GTTAAAATTGA-TGCGAAAATATTA-C-------A------------------CATGTTTTT-----T----AAAACT--------------------------------------------------------------------------TA----AAACTTAAATTATTCCAATTTAAGCATT-TAGA--ATTTTTTTTTT-TAA--ATA-GATACT-GTAA-----T--TTTTTTTTGTC-ATC---T-----AATC---TGATCTCCATTTTGTCG-----A-----CCGTACA-TCAA-CATCTAAGAT-GC-T-A---ACGGAA---AAA--A-A---GACACACCAATC-CATAGC----C--TG---TG--A-----T-------------CG-C-AGTGATAATTAACATAA--------CCA--GA-AATTT---AAtgaaataaaattcgaattcatgtgcgg
gi|28 : A-T--TA-CAT--TT-CGC-------T--GG---TTTCG-TT---TCG-CTCTTTATATA----CCATTTCTGTAAA-------TGTGTCTCAAC--TTATCTG---CT-TCATTCTAAA-CATTTGGGTA------aaaaaaaatatcgagcaaatgtacgttta
gi|3 : A-TAT--TT-CAT-------T--AT---TCTCA-TT---TCT-TATTTTACGTT----CGATTTTAGTAAA------TTG-ATATCAAA--CAATCAT---AT-TCATA-TAGA-GCCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAACT---------------TATCT----GG-CGTTT-ATCCATT-------T---TTATATTT-G----TAAGAGTTTT-GTTTCTGTTGA-TGCAA-AACCTCA-C-------AA------------G----GAT-TTGTT-----T----ACAACTTAGAATACTTTCATTTAAGC-------------------A-------------------TA-------------CA----GAA---AAAT-----CAACTGAA------TAAA--A-----CATTG-TAA--ATA-GT--TT-TTCA-----T--C--------TC-GTC---T-----GATT---T----CGCATT---TCAACTACA-----C-----A-ACAA-AATCTAAGATGG--C-G---ACG--G---AAA--A-A---GAAATACTGATT-CATAGT----C--TT---TG--A--T--A-------------TGCCAAATAG-GATTTACATAA--------T
gi|10 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc-GTCTCAAA--TTATCTC---AT-TGAT--TGAA-TGCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GA-TTAA----ATCAATGAGCATCT----GC-CATTT-ATTTCTT-------T---TT---GTC--------A-AGATTC-GTTTCAATTTAATGCAA-GACTTTA-C-------AA------------G----AAC-TTATT-----TTTTAAAAATTAAATTACCTTCATTTAA-AT-------------------A-------------------TA-------------TA----GGG---AAAT-----CAATTGAA------TGAA--T-----TAATG-TAA--ATA-----TT-TT-------T--T---------C-GTC---TCGCTCGATG---G----TGGATT---TCA-----A-----C-----T-AT-A-GATCTAAGAT-C--T-G---GCA--A---CAG--ACAAT-GGCACATATGTT-CATAGT----cacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|8 : AT--GAGA-CGCTTTAGAA------TG---T---GTT-----------TAAC--AATCAATGAGCGTCT----GGATG----ATTTTTTGGTGTTTT---TT---TTT-GC-----A-ATATTTTGTTTCAGTTGA-TACGGAAATCT-A-C-------AA------------G----CAC-TTATA-----T----AAAACT-------------------T-------------------AAATTAGATTCATTTAAACGTA-------------CA----GGA---AAATT----CAACTGAA----T--GGA--A-----CAATG-TAA--ATT-G---TTCTTTG-----T--C--------TC-GCC---T-----AGTT---T----CGCATT---TCG-----AACATAC-----A-ACGA-GACGTAAGAT-GGCT-GTC-ACG--GTTTACG--G-T---GACACACAGATT-CATAGT----CTAGACTATG--A--T--A-------------CATC-TATGGTGATTTACATAA--------T
gi|25 : AGA-TGCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACT-CATCAATTAGCGTTA----GG-CGTTTTGTTTGTT-------TATATT---TTT---C--TAA-AGATTT--TTTCAACTGA-TGCAAAAACCTCG-C-------AT------------T----CAC-TTATT-----T----AAAACT------------------TT-------------------A-------------------cagccgcaataaaaatagagttcatatgcattacctt
gi|7 : accTA------TA---T---GTTT---T--GAACTAATC-AAT-AA---GCACCT----GG-CGTTT-ATTTCGT-------T---TT---CTTTGTT--TAA-AGATTCAACTTCAATTCA-TACGAAAACCCTA-CATTAAATAA------------GAAGCCAT-TTATTAATTAT----AAAGTTAAATAACCATCATTTAA-AT-------------------A-------------------TA-------------CA----GAA---ACCT-----CAACGGAA----T---AC--A-----CTTTGTTAAATATA-G---TT-TCAT-----C--T--------A--GTC---T-----GATG---T----CGCATT---TCA-----A-----CCATATA-ACAA-TATCTAAG---A--T-G---GCG--A---CAG--A-ACATGACACAC---TTGCTTA------------------------T-------------AGTC-AACGCTGATTTACGTAA--------TCA--GA-CATTT---
gi|12 : tCAACCTTG-C-------GA------------A----CAC-TTATA-----T----AAAGCT------------------TTCTAG---------------A-------------------TAATCCAAACTTAAGCACGGTGAA---AAAT-----CTACTGAA----T--GCA--A-----TATTG-TAA--ATA-G---GT-TCGGCGTCTT--C--------TC-GTC---T-----GCTC---T----CGCATT---TCA-----C-----CCATAAA-ACAA-TATCCAAGATGG--C-G---ACA--G---AAG--A-T---GACACACAAAGT-CATAGT----C--TA---TG--A--T--A-------------TGGC-AATGGTGATTAACATAACCAGATCTTTT--GA-AATAA---AAC-----TCGAGCGCATGTAtgaaatgaaaagcgtgctattgtgtgttgtgctataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|15 : aTT-----T----CAAAC-------------------GT-------------------A-------------------TT-------------------GAA---AATT-----TAACCGAA----T-TGAATGA-----CAT-----A--ATA-G---TT-TTAA-----A--T--------ATTGCC---T-----GATC---C----CTCAGT---TCG-----A-----CC----ATACAATGATATCAAAC-A--T-GTCAACG--A---ATG--A-----GACATATAG--T-GATAGTCAT-T--GA----A--A--T--C-------------AATC-AATAATGATTTATATAc
gi|20 : gtcccaatcaatatgaaaactttacaggcaaataatagtaaaacttaaagtccG-TAA--ACA-T---TA-TT-------T--T--------AT-CTCAATT-----GATC---T----CGCATT---TTA-----A-----CTGT--A-CTAG-AGTC-AAGAT-GG-T-A---ACG--C---ACA--A-T---GGCATACAGATA-CATAGT----C--TA---TG--A--CACT-------------AATT-AAAAATGATTTACATAA--------gatcgac
gi|24 : aaaaaaaC-GTT---T-----AATC---T----AGCATT---TCA-----G-----CC----ATACAA-AA---ACGGT------G---ATT--A---ATT--A-T---GGCACAAATATT-CCTGGT----T--AA---TG--AACT--A-------------TGTC-AGTGATGATTGACATAA--------TTT--GACACTTT---AAatattcaagaagatttgaataaaaaatttgagctcatctgcattatttacagtca
gi|19 : ataagcaacttctC---T-----GATC---T----CGTGTT---ACG-----A-----CCATGCA-ACAA-GACCCAAGAT-G--GAG---ACA--G---AAG--C-A---GGCACACAGATT-CATAGT----C--TA---TA----------------------TATT-AATGATGATTTACTTAA--------TCA--CG-AATTTTAAAATAAAAATTAAGCTCATGTTTGTTA-------ACTAAAGTCAGaataaaaattgagctca
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGCATACAGGAAATCCAATAAATGGAATAATAAAAAATAGTTTTTCAAATCACCTGATCTCGAATTTCAACAAGATTAAAATGGTAACGGACCAACAAATCCCGATTTAAAAATTTTAATATGTCCATGATGATTTACATTATCAGACATATGTGCATTACCTATAGTTTGGCTTAGACCACTGAACGGGTTTTTCCCGTATTCA
Unaligned ( gi|18 ): TTATTTAAACTTACAGGAAAGTCAAGAAAATGGAATAATAAAAATAGATTTGATAATTTCATTCTACCTGATCTCATATTTCAAATGACGAGAAACAACCTGGCAACTGAGACACAGATTTATAGTCCATTGACTGACAAATGTGATGGTGCATTGTCCATCACCTGTCATAAGCATAGTTTTCACATAGATGCTTTT
Unaligned ( gi|21 ): ATGAGACGTTGTATGCTGTATACTTATCAATGGACGTCTGTCGTCAATTTTGATATATATATTTCAAGATTTGTTTCAATTGATATGAAAATTTGTATAACCAGCTATTTAAATTTTAAATTACCGTTAGGTTAACAATGTCAACCGAAAGGAATGAATAATGCAAATATATTCT
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAACATATAACAAATCCAAATGAATGGAATAATGTCAATCATTTTTATTCTCTTGCCTGATTTTGCAATTTAAACATACATCGATATCCAAGTAGAAATCATGGTTCTAGTAAATGATGACTTTGGTAGATAAGACAATTTGAATTTAAAAATAGATCATATACTTTACC
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 55555555555555555555 111111111 111111111 5555555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 222222222 22222222222222 222222222222222222222222 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 111111111111 33333333333333333333333333333333333 44444444444444 2222222222 33333333333333333333333333333333 111111 66666666 555555555
lowQualScore : 5 1 1 0 11111111 33333333333333333333 0 222222222 2 33 222222222 444 5 2 77777 2 99999 333 4 6666 88 3 0000000000000000000000000 555 666 2 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 88 3 555555555 3 33 666 333333333 666 4 11111111111111 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 77777777777 6666 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 555 33 2 44 111 444 33 2 1 33 666666666666 33 2 2 11111111111111111111111111111111111 666 666666666 33 1 2 444 22222222222222 2 2 66666 2 4444444444 99999 5555 33 00000000000000000000000000000000 3 6666 555555 0 55555555 5 1 222222222 1
lowQualScore : . . . . ........ .................... . ......... . .. ......... ... . . ..... . ..... ... . .... .. . ......................... ... ... . ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... .. . ......... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... .. ...................................................................................... ... ... .. . .. ... ... .. . . .. ............ .. . . ................................... ... ......... .. . . ... .............. . . ..... . .......... ..... .... .. ................................ . .... ...... . ........ . . ......... .
lowQualScore : 5 0 0 8 22222222 33333333333333333333 5 444444444 9 99 000000000 999 2 9 11111 9 44444 777 6 2222 00 1 0000000000000000000000000 888 444 8 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 00 1 555555555 6 99 444 444444444 444 5 22222222222222 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 55555555555 1111 99 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 000 99 9 22 111 777 77 5 0 77 333333333333 77 7 7 11111111111111111111111111111111111 999 444444444 44 4 5 444 11111111111111 5 5 99999 5 9999999999 99999 4444 44 88888888888888888888888888888888 1 5555 666666 4 99999999 4 0 888888888 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTANATATGAAATAAGTGTCACCTAAATAACGGGCAAAG--------CA------T------A------TATT-----A--ATC-AG--A----G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AA--T-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TC-AAT-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----G---GA---AAA--T-CAACCGAAT-TGA---A--ACANT--G------------TAA--A-TA-G-------------T-T-T-----T--------CG-TC---TC--GC-----CTGATC--TCGCAT-T---TCGACC----CA----A-CAA-GATCT--AA-GAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------ATGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GAAATTT--A-A-AAAANTCGAGCTCATGTGCGTCAT----ACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCAAATGACANTANATATGAAATAAGTGTCACCTAAATAACGGGCAAAG--------CA------T------A------TATT-----A--ATC-AG--A----G---NT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CA-AG------AA--T-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CC-AATCGAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----G---AA---AAA--T-CAACTGAAT-TGA---A--ACANT--G------------TAA--A-TA-G-------------T-T-T-----T--------CG-TC---TC--GT-----CTGATC--TCGCAT-T---TCGACC----TA----A-CAA-GATCT--AA-GAT-G--T-G---ACGG---ANGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------ATGA--TNC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GAAATTT--------AACTCGAGCTCATGTNTGTCAT----ACACTANAGTCAG
gi|1 : ATG-CAATACATGTAATCTAAATATAAT-TAAATTACAG-CAAAG--------CA------T------ACTATTATGTT-----A--ATC-AATTA----T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AA--T-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTTA--G---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTC-AAT-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A-------------------AA---ACA--T-CAA--G-----GA---A--AATCT--G------------TAA--A-TA-G-------------T-T-T-----TTCATGGCACA-TC---TG--AC-----CTGATC--TTTCAT-T---TCAAC------------------ATCA--AA-GAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------ATAA--TA-------GTCAATGATGAT
gi|10 : ac-G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TC-AAT-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT---TT----------G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------A---TAT----A----G---GG---AAA--T-CAATTGAA--TGA---A--TTAAT--G------------TAA--A-TATT-------------T-T-T-----T--------CG-TC---TC--GC-----TCGATG--GTGGAT-T---TCAA-C----TA-------TA-GATCT--AA-GAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------aaaaatcatgcttatgtgcattacctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : ATATGAAATAAGTGTTACATAT-TATTGGACATAT--------CA------T-------------TATT-----ATTATCCAA--A----T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--CA-A-----------T-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTAT--G--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : aAACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------A---AGC----ACGGTG---AA---AAA--T-CTACTGAAT--GC---A--ATATT--G------------TAA--A-TA-G-------------G-T-TCGGCGT--------CT-TC---TC--GT-----CTGCTC--TCGCAT-T---TC-ACC----CATAAAA-CAA-TATCC--AA-GAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------ATGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GATCTTTTGAAATAAAACTCGAGCGCATGT
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACAATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA------T-TT-----T--CTC-AG--A----GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------A--T-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTAT--G--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTTac
gi|14 : TAAATAACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A------TATC-----C--CTC-AG--A----G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A-----------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTGA--G--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TC-AATgattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------A---TT----------G---AA---AAT--T-TAACCGAAT-TGA---ATGACAT------------------A--A-TA-G-------------T-T-T-----T--------AAATA---TT--GC-----CTGATC--CCTCAG-T---TCGACC----AT----A-CAATGATATCAAA-CAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------TTGAAATCA------ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------A---TAC----A----G---GA---AAT--C-CAA-TAAAT--GG---A--ATAAT--A------------AAA--AATA-G-------------T-T-T-----T-----------TCAAATC--AC-----CTGATC--TCGAAT-T---TC---------A----A-CAA-GAT-T--AA-AATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------TTAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GACATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATAACGGACAACG--------TGT-----T------G------TATTACATAA--ATC-AG--A----G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AA--C-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTGT--G--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T--------------------------------------------------------------TAC----A----G---GA---AAG--T-CAA--GAAAATGG---A--ATAAT--A------------AAA--A-TA-GA------------T-T-TGA---T--------AA-TT---TC--ATTCTACCTGATC--TCATAT-T---TCAA-A----TG----A-CGA-GA-----AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------ATtaggtttt
gi|19 : -TC---TC--AC-----CTGATC--TCGTGT-T---ACGACCATG-CA----A-CAA-GACCC--AA-GAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------AT-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--A---CGAATTTTAAAATAAAAATTAAGCTCATGTTTGTTA-------ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATAACAGGCAAAA--------CA------T------A------TATT-----A--ATC-AG--A----G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAA--TTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTGC--A--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CT-AATCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------A---TAC----A----G---AA---AAA--T-CAACTGAAT-TAA---A--ATATT--G------------TAA--A-TA-G-------------T-T-T-----T--------AA-TT---AC--GT-----CTGAAC--TTGTAT-T---TCAAC------A----A-CAA-AATCT--AA-GAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------ATGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GAAATTT--------AATTCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaA---A--AAAAA--G------------TAA--A-CA-T-------------TAT-T-----T--------TA-TC---TC--AA-----TTGATC--TCGCAT-T---TTAACT----GT----A-CTA-GAGTC--AA-GAT-GG-T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------ATGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AAGATTTGAATAAAAAATTTGAGCTCATCTGCATTAT-------TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TC-AATGGA-C----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA---------------T----------------T-----------------T----------------T------AAATTACCGTTA----GGTTAA---CAATGT-CAACCGAAA-GGAATGA--ATAAT--G------------CAA--A-TA-
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATAAAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTG--TATT-----A---TT-A-------------T--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AA--G-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCAT--G--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tattct
gi|24 : a-TC---TC--GT-----TTAATC--TAGCAT-T---TCAGCC----AT----A-CAA-AA-----AC-G---G--T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------ATGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTTTAAAATAAAAATTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TC-AATT-AGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATAATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA---TGTC-----A--ACC-AA--A----G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATA----------A--TCAC--AT-CCCAC--CA-GT------AACGT-----A-TA---GACAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATAACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA------TATT-----A--ATC-AG--A----G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATctgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : TGTCACCTAAATAATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A------TGTA-----A--ATC-AG--ATTGCG---TT---TCAGACAATGAT
gi|3 : tgaACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATAACAGGCAAAA--------CA------T---------------TT-----A---TC-AA--A----G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-----------------TCTGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------A---TAC----A----G---AA---AAA--T-CAACTGAA--TAA---A--ACATT--G------------TAA--A-TA-GT------------T-T-T-----T--------CA-TC---TC--GT-----CTGATT--TCGCAT-T---TCAACTACA-CA----A-CAA-AATCT--AA-GATGG--C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------TTGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CAA--TT--------AAatatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A------TATT-----C--ATC-AG--A----G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A-----------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTGG--T--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TC-AA-CGA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------A---TAC----A----G---GA---AAA--T-TAACAGAAT--AA---A--AAAAT--G------------TAA--A-TA-G-------------T-T-T-----TT-------CG-TT---TC--GT-----CTGAGCGCTC-CATAC---TCCATA----CA----A-CAC-GATTG--AA-GAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTATGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GAAATTTTGAAATAAAATTCGAATTCATGTGCGgaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATAATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA------TACT-----T--ATC-AG--T----T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G-----------TG---AACATCAA------GTGATTTTGG--G--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TC-AGT-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACA---TAC----T----G---GA---AAA----CAACTAAATGTGA-------TAAT--G------------CAA--G-TA-C-------------T-T-T-----TT-------CA-TC---TC--TC-----CTGACC--TCACAT-T---TT-ACCAATATA----A-CGA-GATCA--AA-G--------G---CC--------ATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------ATGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GAAATAA--------AACTCAAGCTCAAGCGTGTC-T----AC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------A--G-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCGG--GG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATTGAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------------------------------------T----A----A---AACTTAAA--T-TATTCCAAT-TTA---A--GCATTTAGAATTTTTTTTTTTAA--A-TA-GATACTGTAATTTTT-T-T-----T--------TG-TCA--TCTAAT-----CTGATC--TC-CAT-TTTGTCGACCG---TAC---ATCAA-CATCT--AA-GAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------GTGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GAAATTT--------AAt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TC-AAT-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATA---TAC----A----G---AA---ACC--T-CAACGGAAT---A---C--ACTTT--GT-----------TAAATA-TA-G---------------T-T-----T--------CA-TC---TA--GT-----CTGATG--TCGCAT-T---TCAACCATA-TA----A-CAA-TATCT--AA-GATGG--C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------CTTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GACATTT--------aaaaaaaatatcgagcaaatgtacgttta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TC-AAT-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACG---TAC----A----G---GA---AAA--TTCAACTGAAT--GG---A--ACAAT--G------------TAA--A-TT-G-------------T-TCT-----T--------TG-TC---TC--GC-----CTAGTT--TCGCAT-T---TCGAACATA-CA----A-CGA-GACGT--AA-GAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAGACT---ATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGCAATAA--------AAATAGAGTTCATATtgaaatgaaaagcgtgctattgtgtgttgtgctataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCTAA-TAACGGCTAATG--------CA------TTTCACTA------TGTT-----A--CTC-AG--A----T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-TA---TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GA--T-----A-CATCTAGAATAAAAACTTCGC--TTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----T-------A--------AAT-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CC-AATgcattacctt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAACATATAACAAATCCAAATGAATGGAATAATGTCAATCATTTTTATTCTCTTGCCTGATTTTGCAATTTAAACATACATCGATATCCAAGTAGAAATCATGGTTCTAGTAAATGATGACTTTGGTAGATAAGACAATTTGAATTTAAAAATAGATCATATACTTTACC
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111111 111111 55555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 33333333333333333333333333333333333333 44444444444444 22222222 22222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333 111111 4444444444
lowQualScore : 7 1 1 3 1 3333333333 11111111 333333333333333333 0 000000000 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6666 55 3 55555555555555555555555 666 666 2 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 111111111 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 77777777777 6666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 33 2 2 7 8888888 33 2 1 33 555555555555555 2 2 22222222222222222222222222222222222222 666 33 33 1 2 444 22222222222222 0 0 333 2 2 88888888 1 777 7777 33 44444444444444444444444444444444444 3 6666 9999999999999999999999999 55 000000 1111111111 1
lowQualScore : . . . . . .......... ........ .................. . ......... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . .... .. . ....................... ... ... . ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ............................................................................................ .. . .. . . . ....... .. . . .. ............... . . ...................................... ... .. .. . . ... .............. . . ... . . ........ . ... .... .. ................................... . .... ......................... .. ...... .......... .
lowQualScore : 3 0 0 8 0 5555555555 22222222 333333333333333333 5 777777777 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 2222 22 3 11111111111111111111111 444 444 8 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 111111111 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 55555555555 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 99 9 9 6 8888888 77 5 0 77 444444444444444 7 7 55555555555555555555555555555555555555 999 44 44 4 5 444 66666666666666 9 8 555 5 5 22222222 8 888 5555 44 66666666666666666666666666666666666 1 5555 2222222222222222222222222 00 111111 2222222222 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATT-----A--ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--A-----------C--T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-C-AACCGAAT-TGA---A--ACANT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----T--------CG-TC---TC--GCCTGATC--TCGCAT-T---TCGACCA---CA----ACGAGATCTAA-GAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----NTCGAGCTCATGTGCGTTAT----ACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTANATATGAAATAAGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATT-----A--ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--A-----------C--T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-C-AACCGAAT-TGA---A--ACANT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----T--------CG-TC---TC--GCCTGATC--TCGCAT-T---TCGACC----CA----ACAAGATCTAA-GAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----NTCGAGCTCATGTGCGTCAT----ACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTT-----A--ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AAT-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTTA--G---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--A-----------C--T---------------------------------------------------T------A----------------A--AA-CA--T-C-AA--G-----GA---A--AATCT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----TTCATGGCACA-TC---TG--ACCTGATC--TTTCAT-T---TCAAC----------------ATCAAA-GAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------A---TAA--TA-------GTCAATGATGAT
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--A-----------T--TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------A---TAT----A----GG--GA-AA--T-C-AATTGAA--TGA---A--TTAAT--G------------T--AA-A-TATT-------------T--T-T-----T--------CG-TC---TC--GCTCGATG--GTGGAT-T---TCAACT----------AT-AGATCTAA-GAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------aaaaatcatgcttatgtgcattacctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : ATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATT-----ATTATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--C----------AAT-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTAT--G--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : aAACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--G-----------C--TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------A---AGC----ACGGTGA--AA-AA--T-C-TACTGAAT--GC---A--ATATT--G------------T--AA-A-TA-G-------------G--T-TCGGCGT--------CT-TC---TC--GTCTGCTC--TCGCAT-T---TC-ACC----CATAAAACAATATCCAA-GAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------A---TGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GA-TCTT----TTGAAAT-A--AAA-----CTCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TT-----T--CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------AT-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTAT--G--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATC-----C--CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A---------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTGA--G--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--A-----------C--TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------A---T-----------TG--AA-AA--T-TTAACCGAAT-TGA---ATGACAT--------------------A-A-TA-G-------------T--T-T-----T--------AAATA---TT--GCCTGATC--CCTCAG-T---TCGACCATA-CA----ATGATATCAAA-CAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------T---TGA--AATCA----ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------A---TAC----A----GG--AA-AT--C-C-AAT--AAA-TGG---A--ATAAT--A------------A--AA-AATA-G-------------T--T-T-----T-----------TCAAATC--ACCTGATC--TCGAAT-T---TC---------A----ACAAGAT-TAA-AATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------T---TAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GA-CATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TGT-----T------G----TATTACATAA--ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AAC-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTGT--G--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA--------------C--T--------------------------------------------------------------TAC----A----GG--AA-AG--T-C-AAGAAAAT--GG---A--ATAAT--A------------A--AA-A-TA-GATTTGA-------TAAT-T-----T--------CA-TT---CT--ACCTGATC--TCATAT-T---TCAA-A----TG----ACGAGA---AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------A---Ttaggtttt
gi|19 : -TC---TC--ACCTGATC--TCGTGT-T---ACGACCATG-CA----ACAAGACCCAA-GAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------A---T-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--AC--GA-ATTT----T--AAAATA--AAA-----ATTAAGCTCATGTTTGTTA-------ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATT-----A--ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAATTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTGC--A--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--A-----------C--T----------------------------------G----------------T------A---TAC----A----GA--AA-AA--T-C-AACTGAAT-TAA---A--ATATT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----T--------AA-TT---AC--GTCTGAAC--TTGTAT-T---TCAA------CA----ACAAAATCTAA-GAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------A---TGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GA-AATT----T-----------AA-----TTCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaA---A--AAAAA--G------------T--AA-A-CA-T-------------TA-T-T-----T--------TA-TC---TC--AATTGATC--TCGCAT-T---TTAACT----GT----ACTAGAGTCAA-GAT-GG-T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------A---TGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AA-GATTTGAAT--AA---A--AAA-----TTTGAGCTCATCTGCATTAT-------TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA-----------------T----------------T-----------------T----------------T------AAATTACCGTTA----GGTTAACAATGT-C-AACCGAAA-GGAATGA--ATAAT--G------------C--AA-A-TA-
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATT-----A--TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AAG-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCAT--G--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tattct
gi|24 : a-TC---TC--GTTTAATC--TAGCAT-T---TCAGCC----AT----ACAAAA---AC-G---G--T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------A---TGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTT----T--AAAATA--AAA-----ATTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--A-----------C--T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTC-----A--ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATT-----A--ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : TGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTA-----A--ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tgaACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TT-----A---TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--A-----------C--T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------A---TAC----A----GA--AA-AA--T-C-AACTGAAT--AA---A--ACATT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----TT-------CA-TC---TC--GTCTGATT--TCGCAT-T---TCAACTACA-CA----ACAAAATCTAA-GAT-GG-C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------T---TGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CA-A--T----T--AA---G--AAA-----AAAGAGCTCCTGTACGTatatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATT-----C--ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A---------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTGG--T--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--A-----------C--T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-T-AACAGAAT--AA---A--AAAAT--G------------T--AA-A-TA-G-------------T--T-T-----TT-------CG-TT---TC--GTCTGAGCGCTC-CATAC---TCCATA----CA----ACACGATTGAA-GAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTA---TGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GA-AATT----TTGAAAT-A--AAA-----TTCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACT-----T--ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G---------TG---AACATCAA------GTGATTTTGG--G--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-A---------------TTT---TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTC--T----------------C-----------------A----------------TTTAAACA---TAC----T----GG--AA-AA----C-AACTAAATGTG-------ATAAT--G------------C--AA-G-TACT-------------T--T-T-----T--------CA-TC---TC--TCCTGACC--TCACAT-T---TT-ACCAATATA----ACGAGATCAAA-----------------G---GCCATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------A---TGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GA-AAT-------------A--AAA-----CTCAAGCTCAAGCGTGTC-T----AC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------AG-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCGG--GG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--A-----------C--T---------------------------------------------------T------A----AA----A----CT--TA-AA--T-T-ATTCCAAT-TTA---A--GCATTTAGAATTTTTTTTTTT--AA-A-TA-GATACTGTAATTTTT--T-T-----T--------TG-TCA--TCTAATCTGATC--TC-CAT-TTTGTCGACCGTA-CA----TCAACATCTAA-GAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------G---TGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GA-AATT----T--AA---A--AAAAAAATATCGAGCAAATGTACGTt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAA-----------CCAT----------------C-----------------A----------------TTTAAATA---TAC----A----GA--AA-CC--T-C-AACGGAAT---A---C--ACTTT--G------------TTAAATA-TA-G-------------T--T-T--------------CA-TC---TA--GTCTGATG--TCGCAT-T---TCAACCATA-TA----ACAATATCTAA-GAT-GG-C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------C---TTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GA-CATT----TTGAA---ATGAAA-----AGCGTGCTATTGTGTGTTGT----GCtta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--A-----------C--TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACG---TAC----A----GG--AA-AA--TTC-AACTGAAT--GG---A--ACAAT--G------------T--AA-A-TT-G-------------T--TCT-----T--------TG-TC---TC--GCCTAGTT--TCGCAT-T---TCGAACATA-CA----ACGAGACGTAA-GAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAG------ACTATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGC-AAT-------------A--AAA-----ATAGAGTTCATATGCATTAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCTAA-TA----------ACGGCTAATG--------CA------TTTCACTA----TGTT-----A--CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-TA---TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GAT-----A-CATCTAGAATAAAAACTTCGC--TTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----T-------A--------AAT-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTTAAACATATAACAAATCCAAATGAATGGAATAATGTCAATCATTTTTATTCTCTTGCCTGATTTTGCAATTTAAACATACATCGATATCCAAGTAGAAATCATGGTTCTAGTAAATGATGACTTTGGTAGATAAGACAATTTGAATTTAAAAATAGATCATATACTTTACC
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111 111111 55555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111111111111 333333333333333333333333333333333333 2222222222222222 2222222222 22222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444 2222222222
lowQualScore : 7 1 3 0 3333333333 11111111 333333333333333333 0 222222 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6 44 55 3 55555555555555555555555 666 666 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 333333333 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 66666666666 5555 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 777777777 33 2 33 2 2 7 999 444 33 2 1 55 333333333333333 2 2 000000000000000000000000000000000000 444 666 33 33 0 2 2 444 5 8888888888888888 2 1 3 2 6666666666 88888 7777 33 44444444444444444444444444444444 2 6666 7777777777777777777777777 44 999999 7777777777 1
lowQualScore : . . . . .......... ........ .................. . ...... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . . .. .. . ....................... ... ... ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ... ...................................................................... ... ......... .. . .. . . . ... ... .. . . .. ............... . . .................................... ... ... .. .. . . . ... . ................ . . . . .......... ..... .... .. ................................ . .... ......................... .. ...... .......... .
lowQualScore : 3 0 8 8 5555555555 22222222 333333333333333333 5 666666 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 6 66 22 3 11111111111111111111111 444 444 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 444444444 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 33333333333 7777 555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 333333333 77 7 77 7 7 5 111 444 44 7 0 99 999999999999999 5 5 888888888888888888888888888888888888 111 555 22 22 7 4 4 111 3 2222222222222222 9 6 4 4 4444444444 33333 5555 44 66666666666666666666666666666666 9 1111 9999999999999999999999999 66 333333 3333333333 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-C-AACCGAAT-TGA---A--ATANT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCCTGATC--TCGC-AT-T---TCAAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAA-GAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------ATGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----ATCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-C-AACCGAAT-TGA---A--ACANT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCCTGATC--TCGC-AT-T---TCGAC--C--A---CA--A--CGAGATCTAA-GAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------ATGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----NTCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTTA-----ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AAT-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTT--AG---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A----------------A--AA-CA--T-C-AA--G-----GA---A--AATCT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----TTCATGGCACA-T---C---TG--ACCTGATC--TTTC-AT-T---TCAAC--------------------ATCAAA-GAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------ATAA--TA-------GTCAATGATGAT----------------------------------------A--AAA-----ATCATGCTTATGTGCAT----TA
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------A---TAT----A----GG--GA-AA--T-C-AATTGAA--TGA---A--TTAAT--G------------T--AA-ATATT-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCTCGATG--GTGG-AT-T---TCAAC--T--A---T--------AGATCTAA-GAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------cctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : AATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATTATT---ATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--C----------AAT-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTA--TG--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : AACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------A---AGC----ACGGTGA--AA-AA--T-C-TACTGAAT--GC---A--ATATT--G------------T--AA-ATA-G-------------G--T-TCGGCGT--------CT-T---C---TC--GTCTGCTC--TCGC-AT-T---TCACC--C--A---TA--AAACAATATCCAA-GAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------ATGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GA-TCTT----TTGAAAT-A--AAA-----CTCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TTT-----CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------AT-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTA--TG--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATCC-----CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A---------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTG--AG--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------A---T-----------TG--AA-AA--T-TTAACCGAAT-TGA---ATGACAT--------------------A-ATA-G-------------T--T-T-----T--------AAAT---A---TT--GCCTGATC--CCTC-AG-T---TCGAC--CATA---CA--A--TGATATCAAA-CAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------TTGA--AATCA----ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------A---TAC----A----GG--AA-AT--C-C-AAT--AAA-TGG---A--ATAATA-A------------A--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T-----------T---CAAATC--ACCTGATC--TCGA-AT-T---T-------------CA--A--CAAGAT-TAA-AATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------TTAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GA-CATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TG------TT-----G----TATTACATAAATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AAC-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTG--TG--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T--------------------------------------------------------------TAC----A----GG--AA-AG--T-C-AAGAAAAT--GG---A--ATAAT--A------------A--AA-ATA-GATTTGA-------TAAT-T-----T--------CA-T---T---CT--ACCTGATC--TCAT-AT-T---TCAA------A---TG--A--CGAGA---AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------ATtaggtttt
gi|19 : -T---C---TC--ACCTGATC--TCGT-GT-T---ACGAC--C--ATG-CA--A--CAAGACCCAA-GAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------AT-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--AC--GA-ATTT----T--AAAATA--AAA-----ATTAAGCTCATGTTTGT----TA---ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAATTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTG--CA--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------A---TAC----A----GA--AA-AA--T-C-AACTGAAT-TAA---A--ATATT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------AA-T---T---AC--GTCTGAAC--TTGT-AT-T---TCAAC----------A--A--CAAAATCTAA-GAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------ATGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GA-AATT----T-----------AA-----TTCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaA---A--AAAAA--G------------T--AA-ACA-T-------------TA-T-T-----T--------TA-T---C---TC--AATTGATC--TCGC-AT-T---TTAAC--T--G---T---A--CTAGAGTCAA-GATGG--T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------ATGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AA-GATTTGAAT--AA---A--AAA-----TTTGAGCTCATCTGCAT----TAT---TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA---------------T----------------T-----------------T----------------T------AAATTACCGTTA----GGTTAACAATGT-C-AACCGAAA-GGAATGA--ATAAT--G------------C--AA-ATA-
gi|22 : TT-----------T----AAA-------------------------------------------------------------------C------A---TAT----A----AC--AA-AT--C-C-AAATGAAT--GG---A--ATAAT--G------------T--CA-ATC-A-------------T--T-T-----T--------TA-TTCTC---TT--GCCTGATT--TTGCAAT-T---TAAACA-T--A---CA--T--CGATATCCAA-Gtattct
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATTA-----TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AAG-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCA--TG--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tagaaatcatggttctagtaaatgatgactttggtagataagacaatttgaatttaaaaatagatcatatactttacc
gi|24 : a-T---C---TC--GTTTAATC--TAGC-AT-T---TCAGC--C--A---TA-----CAAAA---AC-G---G--T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------ATGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTT----T--AAAATA--AAA-----ATTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTCA-----ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : GATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTAA-----ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TTA------TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------A---TAC----A----GA--AA-AA--T-C-AACTGAA--TAA---A--ACATT--G------------T--AA-ATA-GT------------T--T-T-----T--------CA-T---C---TC--GTCTGATT--TCGC-AT-T---TCAACTAC--A---CA--A--CAAAATCTAA-GATGG--C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------TTGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CA-A--T----T--AA---G--AAA-----AAAGAGCTCCTGTACGT----atatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATTC-----ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A---------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTG--GT--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------A---TAC----A----GG--AA-AA--T-T-AACAGAAT--AA---A--AAAAT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----TT-------CG-T---T---TC--GTCTGAGCGCTC-C-ATAC---TCCAT-----A---CA--A--CACGATTGAA-GAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTATGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GA-AATT----TTGAAAT-A--AAA-----TTCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACTT-----ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G---------TG---AACATCAA------GTGATTTTG--GG--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACA---TAC----T----GG--AA-AA----C-AACTAAATGTGA-------TAAT--G------------C--AA-GTA-C-------------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TC--TCCTGACC--TCAC-AT-T---TT-AC--C--AATATA--A--CGAGATCAAA-GG-------------------CCATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------ATGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GA-AAT-------------A--AAA-----CTCAAGCTCAAGCGTGT----C-TAC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------AG-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCG--GGG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A----AA----A----CT--TA-AA--T-T-ATTCCAAT-TTA---A--GCATTTAGAATTTTTTTTTTT--AA-ATA-GATACTGTAATTTTT--T-T-----T--------TG-T---CA--TCTAATCTGATC--TC-C-AT-TTTGTCGAC--CGTA---CA--T--CAACATCTAA-GAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------GTGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GA-AATT----T--AA---A--AAAAAAATATCGAGCAAATGTACGT----Tt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATA---TAC----A----GA--AA-CC--T-C-AACGGAAT---A---C--ACTTT--G------------TTAAATATA-G-------------T--T-T--------------CA-T---C---TA--GTCTGATG--TCGC-AT-T---TCAAC--C--A---TATAA--CAATATCTAA-GAT-GG-C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------CTTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GA-CATT----TTGAA---ATGAAA-----AGCGTGCTATTGTGTGT----TGTGCta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACG---TAC----A----GG--AA-AA--TTC-AACTGAAT--GG---A--ACAAT--G------------T--AA-ATT-G-------------T--TCT-----T--------TG-T---C---TC--GCCTAGTT--TCGC-AT-T---TCGAA--CATA---CA--A--CGAGACGTAA-GAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAGACT---ATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGC-AAT-------------A--AAA-----ATAGAGTTCATATGCAT----TAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCT-AATA----------ACGGCTAATG--------CATTTCACT------A----TGTTA-----CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-T-A--TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GAT-----A-CATCTAGAATAAAAACTT--CGCTTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----TA------A--------A-T-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111 111111 55555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111111111111 333333333333333333333333333333333333 2222222222222222 2222222222 22222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444 1111111 2222222222
lowQualScore : 7 1 3 0 3333333333 11111111 333333333333333333 0 222222 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6 44 55 3 55555555555555555555555 666 666 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 333333333 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 66666666666 5555 333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 777777777 33 2 66 2 7 999 444 1 55 222222222222 33 2 2 000000000000000000000000000000000000 444 666 33 33 0 2 33 444 2 0 6666666666666666 3 2 1 8888888888 88888 7777 33 44444444444444444444444444444444444 2 6666 4444444444444444444444444444 2222222 7777777777 1
lowQualScore : . . . . .......... ........ .................. . ...... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . . .. .. . ....................... ... ... ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ... ...................................................................... . ......... .. . .. . . ... ... . .. ............ .. . . .................................... ... ... .. .. . . .. ... . . ................ . . . .......... ..... .... .. ................................... . .... ............................ ....... .......... .
lowQualScore : 3 0 8 8 5555555555 22222222 333333333333333333 5 666666 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 6 66 22 3 11111111111111111111111 444 444 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 444444444 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 33333333333 7777 999 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 333333333 77 7 33 7 5 222 444 0 99 888888888888 44 5 5 888888888888888888888888888888888888 111 555 22 22 7 4 22 111 4 5 2222222222222222 4 2 0 9999999999 33333 5555 44 66666666666666666666666666666666666 9 1111 2222222222222222222222222222 3333333 3333333333 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGA---AATAAT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCCTGATC--TCGC-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGA---AATANT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCCTGATC--TCGC-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTTA-----ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AAT-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTT--AG---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--------------A--AA-CAT--C-AA--GGA----A---AAT-CT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----TTCATGGCACA-T---C---TG--ACCTGATC--TTTC-AT--T---TC-AAC--------------------ATCAAAGAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------A---TAA--TA-------GTCAATGATGAT----------------------------------------A--AAA-----A-TCATGCTTATGTGCAT----TA
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------AT-AT----A----GG--GA-AAT--C-AATTGAA--TGA---ATTAAT--G------------T--AA-ATATT-------------T--T-T-----T--------CG-T---C---TC--GCTCGATG--GTGG-AT--T---TC-AAC--T--A---T--------AGATCTAAGAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------cctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : AATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATTATT---ATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--C----------AAT-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTA--TG--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : AACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------AA-GC----ACGGTGA--AA-AAT--C-TACTGAAT--GC---AATATT--G------------T--AA-ATA-G-------------G--T-TCGGCGT--------CT-T---C---TC--GTCTGCTC--TCGC-AT--T---TC-ACC--C--A---TA--AAACAATATCCAAGAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------A---TGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GA-TCTT----TTGAA---AT-AAA-----ACTCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TTT-----CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------AT-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTA--TG--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATCC-----CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A---------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTG--AG--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------AT------------TG--AA-AAT--TTAACCGAAT-TGA---A-TGAC--A------------T--AA--TA-G-------------T--T-T-----T--------AAAT---A---TT--GCCTGATC--CCTC-AG--T---TC-GAC--CATA---CA--A--TGATATCAAACAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------T---TGA--AATCA----ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------AT-AC----A----GG--AA-ATC--C-AAT--AAA-TGG---AATAATA-A------------A--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T-----------T---CAAATC--ACCTGATC--TCGA-AT--T---T--------------CA--A--CAAGAT-TAAAATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------T---TAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GA-CATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TG------TT-----G----TATTACATAAATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AAC-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTG--TG--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T-----------------------------------------------------------T-AC----A----GG--AA-AGT--C-AAGAAAAT--GG---AATAAT--A------------A--AA-ATA-GATTTGA-------TAAT-T-----T--------CA-T---T---CT--ACCTGATC--TCAT-AT--T---TC-AA------A---TG--A--CGAGA--AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------A---Ttaggtttt
gi|19 : -T---C---TC--ACCTGATC--TCGT-GT--T---AC-GAC--C--ATG-CA--A--CAAGACCCAAGAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------A---T-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--AC--GA-ATTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTAAGCTCATGTTTGT----TA---ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAATTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTG--CA--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT-TAA---AATATT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----T--------AA-T---T---AC--GTCTGAAC--TTGT-AT--T---TC-AAC----------A--A--CAAAATCTAAGAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------A---TGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GA-AATT----T-----------AA-----T-TCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaA---AAAAAA--G------------T--AA-ACA-T-------------TA-T-T-----T--------TA-T---C---TC--AATTGATC--TCGC-AT--T---TT-AAC--T--G---T---A--CTAGAGTCAAGATGG--T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------A---TGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AA-GATTTGAAT--AA---A--AAA-----T-TTGAGCTCATCTGCAT----TAT---TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA--TT-----------T----------------T-----------------A----------------A------ATTACCGTTA----GGTTAACAATGTC-AACCGAAA-GGAATGAATAAT--G------------C--AA-ATA-
gi|22 : TT-----------T----AAA-------------------------------------------------------------------C------AT-AT----A----AC--AA-ATC--C-AAATGAAT--GG---AATAAT--G------------T--CA-ATC-A-------------T--T-T-----T--------TA-TTCTC---TT--GCCTGATT--TTGCAAT--T---TA-AACA-T--A---CA--T--CGATATCCAAGtattct
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATTA-----TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AAG-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCA--TG--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tagaaatcatggttctagtaaatgatgactttggtagataagacaatttgaatttaaaaatagatcatatactttacc
gi|24 : a-T---C---TC--GTTTAATC--TAGC-AT--T---TC-AGC--C--A---TA-----------CAAAAAC-GG-T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------A---TGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTCA-----ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : GATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTAA-----ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TTA------TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT--AA---AACATT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TC--GTCTGATT--TCGC-AT--T---TC-AACTAC--A---CA--A--CAAAATCTAAGATGG--C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------T---TGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CA-A--T----T--AA---G--AAA-----A-AAGAGCTCCTGTACGT----atatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATTC-----ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A---------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTG--GT--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------AT-AC----A----GG--AA-AAT--T-AACAGAAT-AAA---AA-AAT--G------------T--AA-ATA-G-------------T--T-T-----TT-------CG-T---T---TC--GTCTGAGCGCTC-C-ATACT---CC-A----T--A---CA--A--CACGATTGAAGAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTA---TGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GA-AATT----TTGAA---AT-AAA-----ATTCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACTT-----ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G---------TG---AACATCAA------GTGATTTTG--GG--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACAT-AC----T----GG--AA-AA---C-AACTAAATGTGA-----TAAT--G------------C--AA-GTA-C-------------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TC--TCCTGACC--TCAC-AT--T---TT-A-C--C--AATATA--A--CGAGATCAAAGG-------------------CCATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------A---TGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GA-AAT-------------A--AAA-----C-TCAAGCTCAAGCGTGT----C-TAC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------AG-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCG--GGG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--AA----A----CT--TA-AAT--T-ATTCCAAT-TTA---AGCATTTAGAATTTTTTTTTTT--AA-ATA-GATACTGTAATTTTT--T-T-----T--------TG-T---CA--TCTAATCTGATC--TC-C-AT--TTTGTC-GAC--CGTA---CA--T--CAACATCTAAGAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------G---TGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GA-AATT----T--AA---A--AAAAAAATA-TCGAGCAAATGTACGT----Tt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATAT-AC----A----GA--AA-CCT--C-AACGGAAT---A---CACTTT--G------------TTAAATATA-G-------------T--T-T--------------CA-T---C---TA--GTCTGATG--TCGC-AT--T---TC-AAC--C--A---TATAA--CAATATCTAAGAT-GG-C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------C---TTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GA-CATT----TTGAA---ATGAAA-----A-GCGTGCTATTGTGTGT----TGTGCta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACGT-AC----A----GG--AA-AATT-C-AACTGAAT--GG---AACAAT--G------------T--AA-ATT-G-------------T--TCT-----T--------TG-T---C---TC--GCCTAGTT--TCGC-AT--T---TCGAACA-T--A---CA--A--CGAGACGTAAGAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAG------ACTATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGC-AAT-------------A--AAA-----A-TAGAGTTCATATGCAT----TAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCT-AATA----------ACGGCTAATG--------CATTTCACT------A----TGTTA-----CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-T-A--TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GAT-----A-CATCTAGAATAAAAACTT--CGCTTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----TA------A--------A-T-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111 111111 55555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 2222222222222222 2222222222 22222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444 1111111 2222222222
lowQualScore : 7 1 3 0 3333333333 11111111 333333333333333333 0 222222 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6 44 55 3 55555555555555555555555 666 666 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 333333333 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 66666666666 5555 333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 777777777 33 2 66 2 7 2222222222222222222222222 2 33 2 2 0000000000000000000000000000000000 444 444 33 55555 2 33 444 2 0 6666666666666666 3 2 1 8888888888 88888 7777 33 44444444444444444444444444444444444 2 6666 4444444444444444444444444444 2222222 7777777777 1
lowQualScore : . . . . .......... ........ .................. . ...... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . . .. .. . ....................... ... ... ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ... ...................................................................... . ......... .. . .. . . ......................... . .. . . .................................. ... ... .. ..... . .. ... . . ................ . . . .......... ..... .... .. ................................... . .... ............................ ....... .......... .
lowQualScore : 3 0 8 8 5555555555 22222222 333333333333333333 5 666666 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 6 66 22 3 11111111111111111111111 444 444 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 444444444 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 33333333333 7777 999 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 333333333 77 7 33 7 5 7777777777777777777777777 5 44 5 5 4444444444444444444444444444444444 111 111 22 99999 4 22 111 4 5 2222222222222222 4 2 0 9999999999 33333 5555 44 66666666666666666666666666666666666 9 1111 2222222222222222222222222222 3333333 3333333333 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGAA---AT----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGAA---AT----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTTA-----ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AAT-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTT--AG---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--------------A--AA-CAT--C-AA--GGA----AA---AT-----C--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TTCATGGCACA-T---C---TGACCTGATC--TTT-----C-AT--T---TC-AAC--------------------ATCAAAGAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------A---TAA--TA-------GTCAATGATGAT----------------------------------------A--AAA-----A-TCATGCTTATGTGCAT----TA
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------AT-AT----A----GG--GA-AAT--C-AATTGAA--TGAA---TT----AA--------T-GT--AA-ATATT-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCTCGATG--GTG-----G-AT--T---TC-AAC--T--A---T--------AGATCTAAGAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------cctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : AATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATTATT---ATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--C----------AAT-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTA--TG--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : AACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------AA-GC----ACGGTGA--AA-AAT--C-TACTGAAT--GCA---AT----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------G--T-TCGGCGT--------CT-T---C---TCGTCTGCTC--TCG-----C-AT--T---TC-ACC--C--A---TA--AAACAATATCCAAGAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------A---TGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GA-TCTT----TTGAA---AT-AAA-----ACTCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TTT-----CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------AT-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTA--TG--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATCC-----CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A---------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTG--AG--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------AT------------TG--AA-AAT--TTAACCGAAT-TGAA----T----GA--------C-AT--AA--TA-G-----------T--T-T-----T--------AAAT---A---TTGCCTGATC--CCT-----C-AG--T---TC-GAC--CATA---CA--A--TGATATCAAACAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------T---TGA--AATCA----ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------AT-AC----A----GG--AA-ATC--C-AAT--AAA-TGGA---AT----AA--------TAAA--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T-----------T---CAAATCACCTGATC--TCG-----A-AT--T---T--------------CA--A--CAAGAT-TAAAATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------T---TAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GA-CATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TG------TT-----G----TATTACATAAATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AAC-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTG--TG--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T-----------------------------------------------------------T-AC----A----GG--AA-AGT--C-AAGAAAAT--GGA---AT----AA--------T-AA--AA-ATA-GATTTGA-----TAAT-T-----T--------CA-T---T---CTACCTGATC--TCA-----T-AT--T---TC-AA------A---TG--A--CGAGA--AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------A---Ttaggtttt
gi|19 : -T---C---TCACCTGATC--TCG-----T-GT--T---AC-GAC--C--ATG-CA--A--CAAGACCCAAGAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------A---T-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--AC--GA-ATTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTAAGCTCATGTTTGT----TA---ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAATTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTG--CA--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT-TAAA---AT----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------AA-T---T---ACGTCTGAAC--TTG-----T-AT--T---TC-AAC----------A--A--CAAAATCTAAGAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------A---TGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GA-AATT----T-----------AA-----T-TCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaAA---AA----AA--------A-GT--AA-ACA-T-----------TA-T-T-----T--------TA-T---C---TCAATTGATC--TCG-----C-AT--T---TT-AAC--T--G---T---A--CTAGAGTCAAGATGG--T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------A---TGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AA-GATTTGAAT--AA---A--AAA-----T-TTGAGCTCATCTGCAT----TAT---TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA--TT-----------T----------------T-----------------A----------------A------ATTACCGTTA----GGTTAACAATGTC-AACCGAAA-GGAATGAAT----AA--------T-GC--AA-ATA-
gi|22 : TT-----------T----AAA-------------------------------------------------------------------C------AT-AT----A----AC--AA-ATC--C-AAATGAAT--GGA---AT----AA--------T-GT--CA-ATC-A-----------T--T-T-----T--------TA-TTCTC---TTGCCTGATT--TTG-----CAAT--T---TA-AACA-T--A---CA--T--CGATATCCAAGtattct
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATTA-----TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AAG-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCA--TG--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tagaaatcatggttctagtaaatgatgactttggtagataagacaatttgaatttaaaaatagatcatatactttacc
gi|24 : a-T---C---TCGTTTAATC--TAG-----C-AT--T---TC-AGC--C--A---TA-----------CAAAAAC-GG-T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------A---TGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTCA-----ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : GATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTAA-----ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TTA------TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT--AAA---AC----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TCGTCTGATT--TCG-----C-AT--T---TC-AACTAC--A---CA--A--CAAAATCTAAGATGG--C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------T---TGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CA-A--T----T--AA---G--AAA-----A-AAGAGCTCCTGTACGT----atatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATTC-----ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A---------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTG--GT--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------AT-AC----A----GG--AA-AAT--T-AACAGAAT-AAAA---A-----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TT-------CG-T---T---TCGTCTGAGCGCTC------C-ATACT---CC-A----T--A---CA--A--CACGATTGAAGAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTA---TGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GA-AATT----TTGAA---AT-AAA-----ATTCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACTT-----ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G---------TG---AACATCAA------GTGATTTTG--GG--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACAT-AC----T----GG--AA-AA---C-AACTAAATGTGA-----T----AA--------T-GC--AA-GTA-C-----------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TCTCCTGACC--TCA-----C-AT--T---TT-A-C--C--AATATA--A--CGAGATCAAAGG-------------------CCATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------A---TGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GA-AAT-------------A--AAA-----C-TCAAGCTCAAGCGTGT----C-TAC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------AG-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCG--GGG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--AA----A----CT--TA-AAT--T-ATTCCAAT-TTAAGC-ATTTAGAATTTTTTTTT-TT--AA-ATA-GATACTGTAATTT--T-T-----T--------TT-T---G---TCATCTAATC--T-GATCTCC-AT--TTTGTC-GAC--CGTA---CA--T--CAACATCTAAGAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------G---TGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GA-AATT----T--AA---A--AAAAAAATA-TCGAGCAAATGTACGT----Tt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATAT-AC----A----GA--AA-CCT--C-AACGGAAT---AC---AC----TT--------T-GTTAAATATA-G-----------T--T-T--------------CA-T---C---TAGTCTGATG--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---TATAA--CAATATCTAAGAT-GG-C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------C---TTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GA-CATT----TTGAA---ATGAAA-----A-GCGTGCTATTGTGTGT----TGTGCta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACGT-AC----A----GG--AA-AATT-C-AACTGAAT--GGA---AC----AA--------T-GT--AA-ATT-G-----------T--TCT-----T--------TG-T---C---TCGCCTAGTT--TCG-----C-AT--T---TCGAACA-T--A---CA--A--CGAGACGTAAGAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAG------ACTATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGC-AAT-------------A--AAA-----A-TAGAGTTCATATGCAT----TAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCT-AATA----------ACGGCTAATG--------CATTTCACT------A----TGTTA-----CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-T-A--TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GAT-----A-CATCTAGAATAAAAACTT--CGCTTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----TA------A--------A-T-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111 111111 55555555555555555555555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333 2222222222222222 2222222222 22222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444 1111111 2222222222
lowQualScore : 7 1 3 0 3333333333 11111111 333333333333333333 0 222222 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6 44 55 3 55555555555555555555555 666 666 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 333333333 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 66666666666 5555 333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 777777777 33 2 66 2 7 2222222222222222222222222 2 33 2 2 0000000000000000000000000000000000 444 444 33 55555 2 33 444 2 0 6666666666666666 3 2 1 8888888888 88888 7777 33 44444444444444444444444444444444444 2 6666 4444444444444444444444444444 2222222 7777777777 1
lowQualScore : . . . . .......... ........ .................. . ...... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . . .. .. . ....................... ... ... ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ... ...................................................................... . ......... .. . .. . . ......................... . .. . . .................................. ... ... .. ..... . .. ... . . ................ . . . .......... ..... .... .. ................................... . .... ............................ ....... .......... .
lowQualScore : 3 0 8 8 5555555555 22222222 333333333333333333 5 666666 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 6 66 22 3 11111111111111111111111 444 444 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 444444444 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 33333333333 7777 999 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 333333333 77 7 33 7 5 7777777777777777777777777 5 44 5 5 4444444444444444444444444444444444 111 111 22 99999 4 22 111 4 5 2222222222222222 4 2 0 9999999999 33333 5555 44 66666666666666666666666666666666666 9 1111 2222222222222222222222222222 3333333 3333333333 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGAA---AT----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGAA---AT----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTTA-----ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAATTGAT-CCCAC--C----------AAT-----ATTA---AGCAAAAAA---TAGTAATTTTT--AG---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--------------A--AA-CAT--C-AA--GGA----AA---AT-----C--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TTCATGGCACA-T---C---TGACCTGATC--TTT-----C-AT--T---TC-AAC--------------------ATCAAAGAT-G--TCG---ACGG---ATGATGAATTA--CAAATTC-TA---------T--G------A---TAA--TA-------GTCAATGATGAT----------------------------------------A--AAA-----A-TCATGCTTATGTGCAT----TA
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------AT-AT----A----GG--GA-AAT--C-AATTGAA--TGAA---TT----AA--------T-GT--AA-ATATT-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCTCGATG--GTG-----G-AT--T---TC-AAC--T--A---T--------AGATCTAAGAT-C--T-GGCAACAG---ACAATGGCACA--TATGTTCATAGT-------cctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : AATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATTATT---ATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAAAGAAC-TCCAC--C----------AAT-----A-TA---ATCATATAA---TAAATATTTTA--TG--ACTTAACAT----CGCT-------T-CT-----T-------A--------AAT-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : AACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------AA-GC----ACGGTGA--AA-AAT--C-TACTGAAT--GCA---AT----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------G--T-TCGGCGT--------CT-T---C---TCGTCTGCTC--TCG-----C-AT--T---TC-ACC--C--A---TA--AAACAATATCCAAGAT-GG-C-G---ACAG---AAGATGACACA--CAAAGTCATAGT-------C--T------A---TGA--TAT------GGCAATGGTGATTAACATA-A----CC--A---GA-TCTT----TTGAA---AT-AAA-----ACTCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TTT-----CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAAACTAC-CCCAC--AA-AG-------AT-----A-TA---AGAATAAAA---TAGC-ATTTTA--TG--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATCC-----CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------ATCTAT-CCCAC--CA-AG------A---------TA---AGCATAAAA---ACACGATTTTG--AG--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------AT------------TG--AA-AAT--TTAACCGAAT-TGAA----T----GA--------C-AT--AA--TA-G-----------T--T-T-----T--------AAAT---A---TTGCCTGATC--CCT-----C-AG--T---TC-GAC--CATA---CA--A--TGATATCAAACAT-G--TCA---ACGA---ATGA-GACATA--TAG--TGATAGT-------C--A------T---TGA--AATCA----ATCAATAATGATTTATATAGA----TC--G---a
gi|16 : -----------------G----------------C------AT-AC----A----GG--AA-ATC--C-AAT--AAA-TGGA---AT----AA--------TAAA--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T-----------T---CAAATCACCTGATC--TCG-----A-AT--T---T--------------CA--A--CAAGAT-TAAAATGG--T-A---ACGG---ACCA--ACAAATCCCGATTTAAAAA-------T--T------T---TAA--TAT------GTCCATGATGATTTACATT-A----TC--A---GA-CATac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TG------TT-----G----TATTACATAAATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------T---------CATGTAA--TGATCTAC-CTCAC--C----------AAC-----G-TA---AGCATAAAA---TAGCGATATTG--TG--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T-----------------------------------------------------------T-AC----A----GG--AA-AGT--C-AAGAAAAT--GGA---AT----AA--------T-AA--AA-ATA-GATTTGA-----TAAT-T-----T--------CA-T---T---CTACCTGATC--TCA-----T-AT--T---TC-AA------A---TG--A--CGAGA--AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--TGAGACA--CAGATTTATAGT-------C--C------A---Ttaggtttt
gi|19 : -T---C---TCACCTGATC--TCG-----T-GT--T---AC-GAC--C--ATG-CA--A--CAAGACCCAAGAT-G--GAG---ACAG---AAGCAGGCACA--CAGATTCATAGT-------C--T------A---T-A--TA--------TTAATGATGATTTACTTA-A----TC--AC--GA-ATTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTAAGCTCATGTTTGT----TA---ACTAAAGTCAGtgactgacaaatgtgatggtgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAAATTAT-CCAAC--CACAGTTTTTAAATTTTTCG-TA---AGCATAGAA---TAAAGATTTTG--CA--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT-TAAA---AT----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------AA-T---T---ACGTCTGAAC--TTG-----T-AT--T---TC-AAC----------A--A--CAAAATCTAAGAT-A--T-G---ACGA---AAGAAGGCACA--CAGGTTCTTAGT-------T--G------A---TGA--TTT------GTCAATAATGATTTACATA-A----TT--G---GA-AATT----T-----------AA-----T-TCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaAA---AA----AA--------A-GT--AA-ACA-T-----------TA-T-T-----T--------TA-T---C---TCAATTGATC--TCG-----C-AT--T---TT-AAC--T--G---T---A--CTAGAGTCAAGATGG--T-A---ACGC---ACAATGGCATA--CAGATACATAGT-------C--T------A---TGA--CACTA----ATTAAAAATGATTTACATA-AATATTCAAG---AA-GATTTGAAT--AA---A--AAA-----T-TTGAGCTCATCTGCAT----TAT---TTACAGTCA
gi|21 : AT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA--TT-----------T----------------T-----------------A----------------A------ATTACCGTTA----GGTTAACAATGTC-AACCGAAA-GGAATGAAT----AA--------T-GC--AA-ATA-
gi|22 : TT-----------T----AAA-------------------------------------------------------------------C------AT-AT----A----AC--AA-ATC--C-AAATGAAT--GGA---AT----AA--------T-GT--CA-ATC-A-----------T--T-T-----T--------TA-TTCTC---TTGCCTGATT--TTG-----CAAT--T---TA-AACA-T--A---CA--T--CGATATCCAAGtattct
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATTA-----TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAA--------CACTTCG-AGGTTC--AAG-----A-TA---AGCATAAAT---TAGCGACTTCA--TG--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----tagaaatcatggttctagtaaatgatgactttggtagataagacaatttgaatttaaaaatagatcatatactttacc
gi|24 : a-T---C---TCGTTTAATC--TAG-----C-AT--T---TC-AGC--C--A---TA-----------CAAAAAC-GG-T-G---ATTA---ATTATGGCACA--AATATTCCTGGT-------T--A------A---TGAACTAT------GTCAGTGATGATTGACATA-A----TT--T---GACACTT----T--AAAATA--AAA-----A-TTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTCA-----ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : GATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTAA-----ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TTA------TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAATATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT--AAA---AC----AT--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TCGTCTGATT--TCG-----C-AT--T---TC-AACTAC--A---CA--A--CAAAATCTAAGATGG--C-G---ACGG---AAAAAGAAATA--CTGATTCATAGT-------C--T------T---TGA--TAT------GCCAAATAGGATTTACATA-A----TC--A---CA-A--T----T--AA---G--AAA-----A-AAGAGCTCCTGTACGT----atatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATTC-----ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAATATGT-CTCAC--CG-AG------A---------TA---AGCTTAAAA---TAGCGATTTTG--GT--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------AT-AC----A----GG--AA-AAT--T-AACAGAAT-AAAA---A-----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----TT-------CG-T---T---TCGTCTGAGCGCTC------C-ATACT---CC-A----T--A---CA--A--CACGATTGAAGAT-G---------------AAGTTGACACA--CAGATTCATAGTATTCTGAT--GTAGTTTA---TGA--TACATGTATGTCAGTTATAATTTACATA-A----TC--A---GA-AATT----TTGAA---AT-AAA-----ATTCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACTT-----ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAATCTATTCCCAC--AA-AG------G---------TG---AACATCAA------GTGATTTTG--GG--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACAT-AC----T----GG--AA-AA---C-AACTAAATGTGA-----T----AA--------T-GC--AA-GTA-C-----------T--T-T-----TT-------CA-T---C---TCTCCTGACC--TCA-----C-AT--T---TT-A-C--C--AATATA--A--CGAGATCAAAGG-------------------CCATAGCACA--CAGATTCACA---------C--G------A---TGAATTAC----------ATGAT------CATA-A----AT--GTT-GA-AAT-------------A--AAA-----C-TCAAGCTCAAGCGTGT----C-TAC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAAACTAC-CTCAC--CA-A--------AG-----A-TA---AGCATAAAA----AGCGATTTCG--GGG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--AA----A----CT--TA-AAT--T-ATTCCAAT-TTAAGC-ATTTAGAATTTTTTTTT-TT--AA-ATA-GATACTGTAATTT--T-T-----T--------TT-T---G---TCATCTAATC--T-GATCTCC-AT--TTTGTC-GAC--CGTA---CA--T--CAACATCTAAGAT-GC-T-A---ACGGAA-AAAAAGACACA--CCAATCCATAGC-------C--T------G---TGA--T-C------G-CAGTGATAATTAACATA-A----CC--A---GA-AATT----T--AA---A--AAAAAAATA-TCGAGCAAATGTACGT----Tt
gi|7 : TA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATAT-AC----A----GA--AA-CCT--C-AACGGAAT---AC---AC----TT--------T-GTTAAATATA-G-----------T--T-T--------------CA-T---C---TAGTCTGATG--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---TATAA--CAATATCTAAGAT-GG-C-G---ACAG---AACATGACACA--C----------T-------T--G------C---TTA--TA-------GTCAACGCTGATTTACGTA-A----TC--A---GA-CATT----TTGAA---ATGAAA-----A-GCGTGCTATTGTGTGT----TGTGCta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACGT-AC----A----GG--AA-AATT-C-AACTGAAT--GGA---AC----AA--------T-GT--AA-ATT-G-----------T--TCT-----T--------TG-T---C---TCGCCTAGTT--TCG-----C-AT--T---TCGAACA-T--A---CA--A--CGAGACGTAAGAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGTGACACA--CAGATTCATAGT-------CTAG------ACTATGA--TAC------ATCTATGGTGATTTACATA-A----TC--AGCCGC-AAT-------------A--AAA-----A-TAGAGTTCATATGCAT----TAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCT-AATA----------ACGGCTAATG--------CATTTCACT------A----TGTTA-----CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-T-A--TAAACTAT-CCAAC--TG-AA------GAT-----A-CATCTAGAATAAAAACTT--CGCTTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----TA------A--------A-T-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
blockSeqs : A A T . CAGTATTT TTTTCTCA CATAAA C . GTGT GC G C CTTAC A CGCG T T G CG AG T CACAGTTTTTAAATTTTTCG TCT ACT GTA ACTTAACATCGCTTCTTAAA . A T AAATTTTA T G ATTTTTATGTTA . C C A CATGTA T A TT TA C A TC T TGAACG AAA TAT . CT AGCA . AT C ATACCG A TT ATT TGATA ATA C TATTCGT G A T G G T ATTAAATAAGAA C G AATTATAAAGT TTTA TAA TTAGAATACTTTCATTTAAGC T ACGGT TT C GT T T TTTAAGCATTTAGAATTTTTTTT A TA T T ATACTGTAATTTTTTTT TCT AAA GC ATCTC A AC TTG G CAATATAA A G T GGCTGTC GGTTT CAAT TC ATTCTGATGTAGTTTATGATACATGTAT G ATAT AAGAAGATTTGAATAAA AAAATA CATGTACATA A
blockSeqs : A C T . . CACTGTTA TTA . . TTGC . A . . . CAG A A A . AC . TTCGAGGTTCAAGA . . T ACTCCGTTGCGCTATTTAAA . . . . . G ATTGTGCGTT . T C A A . . . TT T . A . AAATT . . . . . . . . GC . T . GGTGT . A ATTTGT . . . A . . AA . . AG . A GTAAATCACTCTCATTTAAAC . CGTTA . . T . T AGGAATGAATAA . . . . ATTTGATAATTTCA . . . . . . . . CATAAAA G T C CTGGCA GGAA AGAT . CTAGACTATGATAC . . ACGAATTTTAAAATA AC CTAC C
blockSeqs : T . . TGTTATTA C . . T . A . . . AT A G A . TC . TGAAGATA . . T AATCCATTTCGCCATTGATA . . . . . A TATTGAAATT . C T A A . . . TA G . . . . . . . . . . . . GT . A . CG . T TGCTT . . . G . . GA . . . . G TTAAATTAGATTCATTTAAAC . A . . . . C ATGGAATAA . . . . GTTCGGCGTCT . . . . . . . . CATACAA A T A GGCG AG AGCA . CATTGAAATCA . . TGACACTTTAAAATA AT TAT T
blockSeqs : . . . TTTCATTA C . . G . A . . . A A A A . TC . AAAGATA . . A ACTCCATTTTTCTATTTAAA . . . . . A TTGGTTC . C C A A . . . AA T . . . . . . . . . . . . AC . A . C . A TGTTT . . . A . . AG . . . . A TAAATTACCTTCATTTAAAT . A . . . . A TTAAAATAT . . . . TTTTAAA . . . . . . . . CATGCAA G G T GTCA AG AGAA . CTATGACACTA . . AGACATTTTGAAATG A
blockSeqs : . . TTTCACTA A . . G . A . . . C A A C . AT . CAAAGA . . T CCAATGTCGCTATTTAAA . . . . . G TGTTTC . T A A A . . . TG G . . . . . . . . . . . . GC . T . C . T TGT . . . G . . AA . . . . A TTTCTAGATAATCCAAACTT . A . . . . T TGAATTAA . . . . TATTTTA . . . . . . . . TACACAA A G A GGTA GA CAAT . TAATGAACTAT . . AGATCTTTTGAAAT T
blockSeqs : . . TACTTG T . . G . A . . . C A A A . TA . CAATA . . C GAATCACTGTCGCTAT . . . . . G TGTTC . C A A A . . . TA T . . . . . . . . . . . . GC . T . G . A TCT . . . G . . AA . . . . T TTGAATTACCCCCCTTAAGC . A . . . . C TGCAATAT . . . . TTTTTCA . . . . . . . . CGTACAT A G C GGAG GG TTAT . CGATGAATTAC . . AGAAATTTTGAAAT T
blockSeqs : . . TACCA A . . G . G . . . C A A A . TA . CAAGA . . T ATTTCCCTATTTAAA . . . . . A TGGTT . C T A . . . . TA T . . . . . . . . . . . . GC . A . A . A TGC . . . G . . AT . . . . A TTAAAGTCCTTTCAAACGT . A . . . . T TTGAATGA . . . . TTTTTCG . . . . . . . . CATATAA T A T GGTA AG AAAA . CTATGATAT . . AGAAATTTAAA A
blockSeqs : . . TTG A . . G . A . . . C C A T . TC . CAACG . . G AATCTTTAA . . . . . G TATTC . C C . . . . . T G . . . . . . . . . . . . GC . T . A . T TGC . . . G . . AA . . . . A CATCATTTAAAT . A . . . . T TGGAATAA . . . . TTTTTCA . . . . . . . . ATACAT G G C GGTG GA AGTT . TTTTAATAT . . AGCCGCAATA A
blockSeqs : . . TA A . . G . A . . . C A C . . AC . CGAGA . . G AATT . . . . . A TGGTT . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . C . T TT . . . G . . AA . . . . A TTAA . A . . . . A TGGAATAA . . . . TTCTTTG . . . . . . . . ATACAA A T C GGCG GC CCAT . TGATGATTT . . ACAATTAAG C
blockSeqs : . . TA A . . G . G . . . C T . . . AC . AAAGG . . G ACTC . . . . . G ACATT . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TG . . . . . . AA . . . . A TGT . T . . . . T TAAAACAT . . . . TTTTCG . . . . . . . . TACAA A A A GCTA TA AAAA . CTTTGATAT . . GTTGAAATA A
blockSeqs : . . TA A . . T . G . . . T G . . . . . . . . . . C ATTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . A TT . A . . . . C TAAAAAAA . . . . TTTTAA . . . . . . . . ATGA G G T GGCG GG ACAT . CTGTGATC . . GGAAATTT A
blockSeqs : . . T C . . T . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A T . A . . . . G TGTGATAA . . . . TTTTTA . . . . . . . . TGTA A G G CTG AG CGGT . TGCTTATA . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . T TGGAACAA . . . . TTTCA . . . . . . . . CATA A C A ATG A TGA . CTATATA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TACACTT . . . . TTTT . . . . . . . . TAT G T T G . CCA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CAA . G T . . CT .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . . T
blockSeqCons : ********** ** CAAGA****************** *** T* TGT*********** AA********************** A******** TGGAATAA***************** TTTTTCG*************************** CATACAA********* CTATGATAT************************** AGAAATTTTGAAATA*************
originalCons : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCAC--CG-AG------AAT-----A-TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-TGAA---AT----AA--------T-GT--AA-ATA-G-----------T--T-T-----T--------CG-T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AAC--C--A---CA--A--CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGT-------C--G------A---TGA--TAC------GTCAATGATGATTTACATA-A----TC--G---GA-AATT----T--AA---A--AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
finalCons : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAANCTAT-CCCACCAAGA------------------TA---AGCATAAAA---TAGCGATTTTG--NG--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNTTGT-----------AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-CAA----------------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-ACA--------GG--AA-AAT--C-AACCGAATGGAATAA-----------------T-GT--AA-ATA-GTTTTTCG---------------------------T---C---TCGCCTGATC--TCG-----C-AT--T---TC-AACCATACAA---------CGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGATGACACA--CAGATTCATAGTCTATGATAT--------------------------GTCAATGATGATTTACATA-A----TCAGAAATTTTGAAATA-------------AAA-----A-TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111 555555555555555555 111111 111111 2222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 11111111111111111111111 111111 111111 222222222 11111111111111 222222222222222222222222 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333 2222222222
lowQualScore : 7 1 3 0 3333333333 11111111 333333333333333333 0 222222 2 33 000000 33 5 2 77777 2 99999 1 3 6666 44 3 666 3 3 6666666666666666 3 99999 666 2 666 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 3 11111111 6 1 88888888888888888888888 3 1 2 4 444444 3 3 55 44 1 3 0 77 2 0 444444 555 555 555 44 6666 3 44 3 777777 3 33 666 333333333 666 2 99999999999999 3 3 3 2 3 3 000000000000000000000000 3 2 66666666666 5555 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888888888 33 2 66 2 8 2 5555 333 2 2 2 777777 55555555555555 33 444 2 777 0 33 2 4 333333333333333333333333 33 2 1111111111111111111111111111111111 444 5 5555 2 444 0 3 5555 1 5555555555 1
lowQualScore : . . . . .......... ........ .................. . ...... . .. ...... .. . . ..... . ..... . . .... .. . ... . . ................ . ..... ... . ... ...................................................... . . . ........ . . ....................... . . . . ...... . . .. .. . . . .. . . ...... ... ... ... .. .... . .. . ...... . .. ... ......... ... . .............. . . . . . . ........................ . . ........... .... ... ...................................................................... . ......... .. . .. . . . .... ... . . . ...... .............. .. ... . ... . .. . . ........................ .. . .................................. ... . .... . ... . . .... . .......... .
lowQualScore : 3 0 8 8 5555555555 22222222 333333333333333333 5 666666 9 99 777777 99 2 9 11111 9 44444 8 8 2222 33 3 444 6 6 8888888888888888 6 11111 444 8 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 1 22222222 2 9 22222222222222222222222 3 0 3 4 888888 6 6 00 99 0 6 5 33 9 7 333333 000 000 000 22 5555 1 22 1 888888 6 99 444 444444444 444 3 00000000000000 6 3 3 3 1 1 555555555555555555555555 1 9 33333333333 7777 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 444444444 99 9 88 9 7 7 7777 999 5 5 7 777777 11111111111111 22 111 4 888 2 22 2 1 000000000000000000000000 22 4 3333333333333333333333333333333333 444 3 7777 7 888 3 1 8888 4 0000000000 0
consensus : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAA-NCTAT-CCCA---CC-A-A-G--------------A-TA-----AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACTGAAT-G----GAATAA--TGT-AAA-TAG-TT------TT----T-------CATCTC--GCCTGATCTCGCATTT---CA-AC--CATACAACGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGAT--GACACA--CAGATTCATAG-T-------------CTA-TGA--T-A------T--GTCAA---TGATGATTTACATA-A----TC-AGAAATTTTGAA-ATAAAA-A--TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
Reference ( family-1198 ) : NNNNNNCGAATGACANTAAATATGAAATAGGTGTCACCTAAATA----------ACGGGCAAAG--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGAACATATAA--TAA-NCTAT-CCCA---CC-A-A-G--------------A-TA-----AGCATAAAA---TAGCGATTTTGN--G--A------AT----C----------T-TT-----T-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-T---T-----CTCATTTCGC-ACTTTACGTCCCATTTCGGTAAA-----ATTG-G-TCTCAAA--TTATCTNAT-TCAT--TAGAC-GCTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-TCAA--T-GAGC----GTCTGG-CGTTT-AT---TT----C----TTT---TTNT---T----G--T--AA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATGCGAAAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------C-----------------G----------------T------AT-AC----A----GG--AA-AAT--C-AACCGAAT-G----GAATAA--TGT-AAA-TAG-TT------TT----T-------CGTCTC--GCCTGATCTCGCATTT---CA-AC--CATACAACGAGATCNAAGAT-G--T-G---ACGG---ACGAT--GACACA--CAGATTCATAG-T-------------CTA-TGA--T-A------T--GTCAA---TGATGATTTACATA-A----TC-AGAAATTTTGAA-ATAAAA-A--TCGAGCTCATGTGCGT----TATACACTANAGTCAG
gi|1 : ACATGCAATACATGTAATCTAAATATAATTAAATTAC-AGCAAAG--------CATACTATT------A----TGTTA-----ATC-AATTA--T---AC--ACCAGAAAACAATA-AATTG-----G-C-A---TAAATGTGAACTTGTAA--TAA-TTGAT-CCCA---CC-A-A-T--------------ATTA-----AGCAAAAAA---TAGTAATTTTTA--G---------------C----------T-TC-----T-------A--------T-TCTA-T-ATT--------TAAAT-------T--A-T---C-----CTAATTTTCCAACTGAACATGTCAATTCAG-ATC-----ATCA-G-TCTCACA--TCATTTAAT-TCAT--AAGAA-GCTTTATTA------TA---T---ATTATCCT--AAA----CTGATTCAA--T-AAAT----GTCTTG-CGT----T---TC----C----TTT---TTTT---------------A-AAATTGG-TTTCAA-TTGATGCACAAAAAT-TA-T----------GAGTTCACATAATTGT-AC-TTATT-----------T----ACA--AC-----------T---------------------------------------------------T------A--------------A--AA-CAT--C-AA-------G----GAA-AATCTGT-AAA-TAG-TT------TT----TCATGGCACATCTG--ACCTGATCTTTCATTT---CA-AC-------------ATCAAAGAT-G--TCG---ACGG---ATGAT--GAATTA--CAAAT-------T-------------CTA-TGA--TAA------TA-GTCAA---TGATG-------------------------------ATAAAA-A--TCATGCTTATGTGCAT----TA
gi|10 : -G-TCTCAAA--TTATCTCAT-TGAT--TGAAT-GCTTTGTTT------GG---C---GTTA---T--GAT----TAAA-TCAA--T-GAGC----ATCTGC-CATTT-AT---TT----C----TTT------T---T----G--T--CA-AGATTCG-TTTCAATTTAATGC-AAGACTT-TA-C----------AA------------GA-AC-TTATT-----------TTTTAAAA--AT-----------TAAATTA----------CCTTCATTTAA-------A----------------T------AT-AT----A----GG--GA-AAT--C-AATTGAAT-G----AATTAA--TGT-AAA-TAT-TT------TT----T-------CGTCTC--GCTCGATGGTGGATTT---CA-AC--TAT------AGATCTAAGAT-C--T-GGCAACAG---ACAAT--GGCACA--TATGTTCATAG-T-------------cctttagtatgggcctcaatcaaaatggtctttggccactaaatggactttgcccagattaa
gi|11 : AATATGAAATAAGTGTTACATAT-TA----------TTGGACATAT--------CA------T-----------TATTATT---ATCCAA--A--T---ATGCACCAGAAAACGATG-AGC-------A-C-A---TACATATGAACTTTTGA--TAA-AGAAC-TCCA---CC-A-A-T--------------A-TA-----ATCATATAA---TAAATATTTTAT--G--ACTTAACATCG--C----------T-TC-----TTA-----A--------A-T-TT-C-TTT--------T-CGCATTTTTAT--G-T---T-----AT-ATCTTGC-ACTTAACGTCCCATTTTGAT--A-----ATTA-G-TCTC--A--T--TCCTAT-CAGT--CAGAC-GCTTTATTA------TA---T---GTTA---
gi|12 : AACCT-TG-C----------GA------------AC-AC-TTATA-----------T----AAA--GC-----------TTTCTAGATAATCCAAAC-----------------T----------------T------AA-GC----ACGGTGA--AA-AAT--C-TACTGAAT-G----CAATAT--TGT-AAA-TAG-GT------TCGGCGT-------CTTCTC--GTCTGCTCTCGCATTT---CA-CC--CATAAAACAATATCCAAGAT-GG-C-G---ACAG---AAGAT--GACACA--CAAAGTCATAG-T-------------CTA-TGA--T-A------T--GGCAA---TGGTGATTAACATA-A----CC-AGATCTTTTGAA-ATAAAA-C--TCGAGCGCATGTAC
gi|13 : acAAATAAGTGTCATCCAAACA----------ATGGGCAAAC--------CA------TTTTCTCA----T-TTT-----CTC-AG--A--GTGTGT--TTCAGTAAATAATACAAATGCTTACG-CAT---TACATATGCGAATATAACGTAA-ACTAC-CCCA---CA-A-A-GAT------------A-TA-----AGAATAAAA---TAGC-ATTTTAT--G--A------CT----CCGTTGCGCTAT-TT-----A-------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CGCAT-----T--G-TGCGT-----TCCAGTTTAC-ATTTTATGTCCCATTT
gi|14 : TAAATA----------ACTGGCAAAT--------CACACTGTT------A----TATCC-----CTC-AG--A--G---CT--GTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---AAAATATGAACA---------A-TCTAT-CCCA---CC-A-A-G--------------A-TA-----AGCATAAAA---ACACGATTTTGA--G--A------AT----T-------------------------------------------C-ACT--------T-CAC-------T--A-T---TGAAATTCCATTACGC-AT-----GTTCCATTTCGGT-AA-----ATTG-GAAATAAAA--TTTTCTGATATC-T--CAGAC-ACTTTGGCATGAACGTA---T---GTTA---T--AAA----CTAA-TCAA--T-gattcgtatataattttcaaat
gi|15 : G-TCCCAA-TCAATATGAAAACTT-TA-C----------AG------------GC-AA-ATAATAG---------T----AAA--AC-----------TTAAAGTCCTTTCAAA-C-----------------G----------------T------AT------------TG--AA-AAT--TTAACCGAAT-T----GAATGA--CAT-AA--TAG-TT------TT----A-------AATATT--GCCTGATCCCTCAGTT---CG-AC--CATACAATGATATCAAACAT-G--TCA---ACGA---ATGA---GACATA--TAG--TGATAG-T-------------CAT-TGA--A-A------TCAATCAA---TAATGATTTATATAGA----TC-a
gi|16 : -----------------G----------------C------AT-AC----A----GG--AA-ATC--C-AAT-AAAT-G----GAATAA--TAA-AAAATAG-TT------TT----T-------CAAATC--ACCTGATCTCGAATTT---CA-AC----------AAGATTAAA-AT-GG-T-A---ACGG---ACCA----ACAAATCCCGATTTAAAA-A-------------TTT-TAA--T-A------T--GTCCA---TGATGATTTACATT-A----TC-AGACATgac
gi|17 : aAAATAAGTAACACCTAAATA----------ACGGACAACG--------TG------TT-----G----TATTACATAAATC-AG--A--G---AT--ATCAGAAAAC-------TTG-------------------T---CATGTAA--TGA-TCTAC-CTCA---CC-A-A-C--------------G-TA-----AGCATAAAA---TAGCGATATTGT--G--A------AT----CCA--------T-TT-----C-------GCCATTGATA-T-TA-C-ATTAAATTTTAT-C-T-------T--GTT---T-----CTTATT--GC-ATATTACTTCTTGTTTCGGTAAA-----atgtgcattacctatagtttggcttagaccactgaacgggtttttcccgtattca
gi|18 : -TTATT-----------T----AAA---C-----------T-----------------------------------------------------------T-AC----A----GG--AA-AGT--C-AAGAAAAT-G----GAATAA--TAA-AAA-TAGATTTGATAATT----T-------CATTCT--ACCTGATCTCATATTT---CA-A------ATGACGAGA--AACAAC-C--T-G---GC-A---AC--T--GAGACA--CAGATTTATAG-T-------------CCATTGA--C--------T--GACAAATGTGATGGTtaggtttt
gi|19 : TCTC--ACCTGATCTCGTGTTA---CG-AC--CATGCAACAAGACCCAAGAT-G--GAG---ACAG---AAGCA--GGCACA--CAGATTCATAG-T-------------CTA-T------A------T--ATTAA---TGATGATTTACTTA-A----TC-ACGAATTTTAAA-ATAAAA-A--TTAAGCTCATGTTTGT----TA---ACTAAAGTCAGgcattgtccatcacctgtcataagcatagttttcacatagatgctttt
gi|2 : CGAATG-CATCACATATGAAATAGGTGTCGCCTAAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T------A----TATTA-----ATC-AG--A--G---TT--CTCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATGTGAACATATAA--TAA-ATTAT-CCAA---CC-ACA-GTTTTTAAATTTTTCG-TA-----AGCATAGAA---TAAAGATTTTGC--A--A------AT----C----------T-TT-------------A--------A-T-TA-C-ATT--------T-CAC-------T--G-T---T-----CTCATTTCAA-ACTTTACGTACCATTTCAGTAAA-----ACTG-G-TCTCAAA--TT-TCTTAT-TCAT--TAGAT-GTTTTGGTA------TA---T---GTTA---T--GAA----CTAA-CTAA--TCAAGT----GTCAGG-TGTTA-AT---TT----C----TTT---TTCT---T----GCTT--AA-AGATTTG-TTTCTA-TTTATGCAGCAACCT-TA-C----------AA------------GC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------------------------G----------------T------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAATTA----AAATAT--TGT-AAA-TAG-TT------TT------------AATTAC--GTCTGAACTTGTATTT---CA-AC-------AACAAAATCTAAGAT-A--T-G---ACGA---AAGAA--GGCACA--CAGGTTCTTAG-T-------------TGA-TGA--T-T------T--GTCAA---TAATGATTTACATA-A----TT-GGAAATTT---A-AT--------TCTAGCTTGTGTATGTCATGTACATACTAAAGTTAGactttgctagtataatgtttaacaatgaatttacattacatttat
gi|20 : cacacaAAAAA--AGT-AAA-CAT-TA------TT----T-------TATCTC--AATTGATCTCGCATTT---TA-AC--TGTACTA-GAG-TC-AAGAT-GG-T-A---ACGC---ACAAT--GGCATA--CAGATACATAG-T-------------CTA-TGA--C-A------CTAATTAA---AAATGATTTACATA-AATATTCAAGAAGATTTG-A-ATAAAA-AATTTGAGCTCATCTGCAT----TAT---TTACAGTCA
gi|21 : aAT--GAGAC-G--TTG---------TA---T---GCTG---T--ATA----CTTA-TCAA--T-GGAC----GTCTGT-CGTCA-AT---TT----TGATATAT---ATAT---T-------T--CA-AGATTTG-TTTCAA-TTGATATGAAAATTTGTA-T----------AA------------CC-AG-CTATT-----------T----AAA--TT-----------T----------------T-----------------A----------------A------ATTACCGTTA----GGTTAACAATGTC-AACCGAAA-GGAATGAATAA--TGC-AAA-TA
gi|22 : TT-----------T----AAA-------------------------------------------------------------------C------AT-AT----A----AC--AA-ATC--C-AAATGAAT-G----GAATAA--TGT-CAA-TCA-TT------TT----T-------ATTCTCTTGCCTGATTTTGCAATT---TA-AA--CATACATCGATATCCAAG------------------------------TA--GAAA-TCATGGTT-------------CTA------------------GTAAA---TGATGACTTTGGTAGA----TA-AGACAATTTGAATTTAAAA-A--T--AGATCATATACTT----TAtattct
gi|23 : AAATAGGTTTCACCTAAATA----------AAAGGCAAAG--------CA------T------ACTTGTATTA-----TT-------------AT--ATCAGAAAA--ATA-----G-----G-C-C---TACACATAAAAATAT----TAACAC--T-TCGAGGTTC-A-A-G--------------A-TA-----AGCATAAAT---TAGCGACTTCAT--G--A------CT----C-------------------------------------------C-ACT--------T-CGT-------T--G-T---T-----cc
gi|24 : aTCTC--GTTTAATCTAGCATTT---CA-GC--CATACAA--------AAACG-G--T-G---ATTA---ATTAT--GGCACA--AATATTCCTGG-T-------------TAA-TGAACT-A------T--GTCAG---TGATGATTGACATA-A----TT-TGACACTTTAAA-ATAAAA-A--TTGAGCTCAaaaatta
gi|25 : ataagcaactAGAT-GCTTTTGTT------TA---T---GTTA---TCTGAAAGCACTCA-TCAA--T-TAGC----GTTAGG-CGTTTTGT---TT----G----TTTATATTTT---T----C--T--AA-AGATTT--TTTCAA-CTGATGCAAAAACCT-CG-C----------AT------------TC-AC-TTATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------
gi|26 : accAATAGGTGTCACTTAAATA----------ATGGGCAAAG--------CA------T------ACCA-TGTCA-----ACC-AA--A--G---AC--ATCAGAAAACAATA-AACTG-----G-C-C---TAAATAtta
gi|27 : ATAAAATAAATGTTACCTTAATA----------ACGGG-AAAA--------CA------TGTTATTA----TATTA-----ATC-AG--A--G---AT--TTAAGAAAACAATA-AACAG-----T-C-C---TAAATATGAAAATatcacatcccaccagtaacgtatagacactgatctt
gi|28 : --------A-T-TA-C-ATT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCGTTTCGC-TCTTTATATACCATTTCTGTAAA-------TGTG-TCTCAAC--TTATCTGCT-TCATTCTAAAC-ATTTGGGTA------gaatt
gi|29 : GATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAAAGCAGTATTTCA------T------A----TGTAA-----ATC-AG--ATTGC--GT--TTCAGACAATGAT
gi|3 : tACTATAAA-ACGAAATAACTGTCTCCTTAATA----------ACAGGCAAAA--------CA------T-------------TTA------TC-AA--A--G---TT--ATCAGAAAACAATA-AACTT-----G-C-C---TAAATTTGATCCTATCA--TAA-TATAT-CCtt
gi|3 : aA-T-ATT--------T-CAT-------T--A-T---T-----CTCATTTCTT-ATTTTACGTTCGATTTTAGTAAA------TTG-A-TATCAAA--CAATCATAT-TCATA-TAGAG-CCTCTGGTA------TA---T---GTTA---T--AAA----CTTA-TC-----------------TGG-CGTTT-AT---CC----A----TTT---TTATATTT----G--T--AAGAGTTTTG-TTTCTG-TTGATGC-AAAACCT-CA-C----------AA------------GG-AT-TTGTT-----------T----ACA--AC-----------T----------------TAGAATACTTTCATTTAAG----------------C------AT-AC----A----GA--AA-AAT--C-AACTGAAT-A----AAACAT--TGT-AAA-TAG-TT------TT----T-------CATCTC--GTCTGATTTCGCATTT---CA-AC--TACACAACAAAATCTAAGATGG--C-G---ACGG---AAAAA--GAAATA--CTGATTCATAG-T-------------CTT-TGA--T-A------T--GCCAA---ATAGGATTTACATA-A----TC-ACAA---TTAAG-A-AAAA-A----GAGCTCCTGTACGT----atatttcattattctcatttcttattttacgttcgattttagtaaattgatatcaaacaatcatattcatatagagcctctggtatatgttataaacttatctggcgtttatccatttttatatttgtaagagttttgtttctgttgatgcaaaacctcacaaggatttgtttacaacttagaatactttcatttaagcatacagaaaaatcaactgaataaaacattgtaaatagtttttcatctcgtctgatttcgcatttcaactacacaacaaaatctaagatggcgacggaaaaagaaatactgattcatagtctttgatatgccaaataggatttacataatcacaattaagaaaaaagagctcctgtacgtaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|4 : aactataaaacgaaataactgtctccttaataacaggcaaaacatttatcaaagttatcagaaaacaataaacttgcctaaatttgatcctatcataatatatcc------T------A----TATTC-----ATC-AG--A--G---AT--ATCGGAAAGCAATA-CATAG-----G-C-T---TACATATGAACATATAA--TAA-TATGT-CTCA---CC-G-A-G--------------A-TA-----AGCTTAAAA---TAGCGATTTTGG--T--A------TTTCC-C----------TATT-----T-------A--------AAT-TA-C-ATT--------T-CGC-------TTGG-T---T-----CTCTTTCCAC-ACTCTTCGTCCCATTGCGGTAAA------TTG-G-CATTAAA--TTGTCCTAT-TCAT--TTGACTGTTTTTGTA------TAAAAT---ATCA---T--GGA----CTAA-TCAA--C-GA--------CTTG-AGTTT-ATATTTT----A----TCT---CTTT---T----G--C--AA-AGATTTG-TTTCAC-TTGATGCGAAAACCT-TA-A----------AA------------GC-AA-ATATT-----------T----AAA--AC-----------T----------------T-----------------GAATTACCCCCCTTAAGC------AT-AC----A----GG--AA-AAT--T-AACAGAAT-A----AAAAAA--TGT-AAA-TAG-TT------TT----T-------CGTTTC--GTCTGA----GCGCTC---CATACTCCATACAACACGATTGAAGAT-G---------------AAGTT--GACACA--CAGATTCATAG-TATTCTGATGTAGTTTA-TGA--T-ACATGTAT--GTCAG---TTATAATTTACATA-A----TC-AGAAATTTTGAA-ATAAAA-T--TCGAATTCATGTGCGaacctatcgtgttcggtttgtggcttaaacttgaacggtcttggcaagtaata
gi|5 : attatAATAGATGTCACCTAAATA----------ATGGGCAATG--------CA------TTTCATTA----TACTT-----ATC-AG--T--T---AT--ATCAGAAAATGATC-TATTG-----G-C-CAG-TGAACAT-AATTTATAA--TAA-TCTATTCCCA---CA-A-A-G--------------G-TG-----AACATCAA------GTGATTTTGG--G--A------CT----CCAT-------T-TT-----TCTATTTAA--------A-T-TAAC-ATT--------TTCAC----------A-T---T-----C-CATTTTGC-ACTTTA-GTTCCATTTCAGTATGCATGTATTT-G-TCTCAAA--TTATTTGAT-TTAT--TAGAC-GCTTTGTTA------TA---TTATGTTA---T--GAA----CTAA-TCAG--T-GAGC----GTCTGC-CATTA-AT---TT---------------TTAT---T----G--------AGATTTG-GTT-----------GAAAACTT-TATC----------AA------------GC-AC-TTGTT-----------T----AAA--ACGTAAATCACTCT----------------C-----------------A----------------TTTAAACAT-AC----T----GG--AA-AA---C-AACTAAAT-G----TGATAA--TGC-AAG-TAC-TT------TT----T-------CATCTC--TCCTGACCTCACATTT---TA-CC--AATATAACGAGATCAAAGG-------------------CCAT--AGCACA--CAGATTCAC------------------------------------------A---CGATGAATTACATG-A----TC-ATAAATGTTGAA-ATAAAA-C--TCAAGCTCAAGCGTGT----C-TAC-CTATAGTg
gi|6 : AGGAAACGATA-AACTG-----G-C-C---TAAATATGA---TCTTA--TAA-ACTAC-CTCA---CC-A-AAG--------------A-TA-----AGCATAAAA----AGCGATTTCGG--GG-A------AT----C----------A-CTGTCGCT-------A--------T-T-TA-CTGGT--------T-CGC-------T--G-G---T-----TTCATTTCGC-AATTT-----TCATT-CGGTAAA-----AATG-G-TCTGAA--------TG---------TACAC-GCTTCGGTA------TA---T---GCTT---T--GAA----CTAA-CCAAATT-GAATACCGGTATGG-TGTCT-AT---TT----C----TTG---TCAT---TATTCG--T--AA-A-ATGTG-TTAAAA-TTGATGCGAAAATAT-TA-C----------A--------------C-ATGTTTTT-----------T----AAA--AC-----------T----------------t
gi|6 : AAT-A----GA-TAC--TGT-AAT-TTT-TT------TT----TGT-----CATCTA--ATCTGATCTC-CATTTTGTCG-AC--CGTACATCAACATCTAAGAT-GC-T-A---ACGG---AAAAAAAGACACA--CCAATCCATAG-C-------------CTG-TGA--T--------C--G-CAG---TGATAATTAACATA-A----CC-AGAAATTTAAAA-AAAAAATA--TCGAGCAAATGTACGT----Ttaaaacttaaattattccaatttaagcatttagaatttttttttttaaatagatactgtaatttttttttgtcatctaatctgatctccattttgtcgaccgtacatcaacatctaagatgctaacggaaaaaaagacacaccaatccatagcctgtgatcgcagtgataattaacataaccagaaatttaaaaaaaaaatatcgagcaaatgtacgttta
gi|7 : aggaaacgataaactggcctaaatatgatcttataaactacctcaccaaagataagcataaaaagcgatttcggggaatcactgtcgctatttactggttcgctggtttcatttcgcaattttcattcggtaaaaatggtctgaatgtacacgcttcggtatatgctttgaactaaccaaattgaataccggtatggtgtctatttcttgtcattattcgtaaaatgtgttaaaattgatgcgaaaatattacacatgttttttaaaacttaaaacttaaattattccaatttaagcatttagaatttttttttttaTA------TA---T---GTTT---T--GAA----CTAA-TCAA--T-AAGC----ACCTGG-CGTTT-AT---TT----CG---TTT---TCTT---T----G--TTTAA-AGATTCAACTTCAA-TTCATACGAAAACCC-TA-CATTAAATAAGAA------------GCCAT-TTATTAATTATAAAGTT----AAATAACCA---------T----------------C-----------------A----------------TTTAAATAT-AC----A----GA--AA-CCT--C-AACGGAAT-A----CACTT---TGTTAAA-TAT-AG------TT----T-------CATCTA--GTCTGATGTCGCATTT---CA-AC--CATATAACAATATCTAAGATGG--C-G---ACAG---AACAT--GACACA--C---TT----G-C-------------TTA-TA---------------GTCAA---CGCTGATTTACGTA-A----TC-AGACATTTTGAA-ATGAAA-A--GCGTGCTATTGTGTGT----TGTGCta
gi|8 : tAT--GAGAC-GCTTTAGAA------TG---T---GTT----T---AA----C-AA-TCAA--T-GAGC----GTCTGGATGATT-TT---TTGGTGT----TTT---TTTT---T----G--C--AA-TATTTTG-TTTCAG-TTGATACGGAAATCT--A-C----------AA------------GC-AC-TTATA-----------T----AAA--AC-----------TTAAATTAGATT-----C-----------------A----------------TTTAAACGT-AC----A----GG--AA-AATT-C-AACTGAAT-G----GAACAA--TGT-AAA-TTG-TT------CT----T-------TGTCTC--GCCTAGTTTCGCATTT---CG-AA--CATACAACGAGACGTAAGAT-GGCT-GTC-ACGGTTTACGGT--GACACA--CAGATTCATAG-TCTAGA--------CTA-TGA--T-A------C--ATCTA---TGGTGATTTACATA-A----TC-AG-----CCGCA-ATAAAA-A--TAGAGTTCATATGCAT----TAtataattggacactacgtgcgtctggctcgtaataatagcttttaccaaatgatactttatttacttttataatgt
gi|9 : CAAATGATACTAAATATGGAATATATTTGACCTAA-TA----------ACGGCTAATG--------CA------TTTCACTA----TGTTA-----CTC-AG--A--T---AC--ATCAGAAAACTTTT-AATTG-----GAC-CGCGTAATTGTGAACGT-TA---TAA-ACTAT-CCAA---CTGA-A-G--------------A-TACATCTAGAATAAAAACTTCGC--TTTTGGTAGCCA------ATGTCGC----------TATT-----T-------A--------AAT-CA-C-ATT--------T-CCCA------C--A-T---T------TCAGTTCGC-TCTTTACGTCTCATTTTGGT-AC-----ACTA-A-TCTCAAATTTTATCAGAT-TAAT--TAGTC-TCTTTGGTAAAATT-TA---T---GTTA---T--AGA----CGCA-CCAA--T-cctt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): TCTGATAATTAGATGTTCTGTTTATTTTCACTATAATGCATTTATACTTATTTAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGATGAAGATAATGATGATGAAGATATGAATTATCAACAATGATTTA