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Reference ( gi|1 )            :                                                   CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGA----TGAATTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGA-TATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-A-GAA-GAAAG--ACGAGATT-TATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCGCA-GAAATGTT-TTT-TTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAA--TCAA-------------GAT---CC------T---------TGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGAGGATAAATTGGGTTTTCCACAAAT----T--TA--TGCA-ATTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCATTTACCTAA-C---GAGGACT---TGTATTGGTT-TCTGCCTATTTTTGTGTTTTTATT--------AAAA-CAAACAGT--T----------------------TTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCA-CTAGTTGCCATCAGTGTGA--AATT-GAC--AACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|7                          :                                                                                             A-TCTGTACGGCAA----GGACTT-TTAGTTGCTGTAAGACAAACAGAAAAAGCG-A-T-TTGTTGTTATTGCTC--------TAT---TT-----TA-A-GAA-GAAAG--A--AGACTCTAGGATTGAAAGCAAGTATTTTTTATATCGCA-GC----TTGTTT-TTATGCTGGTTTTTCCCAGAACCCAGAAC-TTTTCACAATATATA--TCAAAACAT--------GAT---ACAGCGAATG--------CGGGTATTTACACGTGTTTCATGGATTTTGCTGCTATCAAATAAGCATAAACTGGGGTTTCCATAAAT----A--TA--TGTAGATTTTGAC---A--GATGTAGTTGT--AGAAAA-ATCATTT--CT-G-CGTTGAGGACC---TGTGTTGATT-TCTGTCCATTTTTCTGaaa
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTGGTG-TCTGTCCATATGTGTGTTTATATT--------AAAAACAAACAGCAAT----------------------TTTCCTAATGCACTCCTAACTT--ATTGACTGTACAGCCAGTTGTATATGTACAT---------GTTGCTATCAG---AAATAATTAGACTTTACGTTGAGTTACTTACACGATCAAGCAAATATGGTaaataaccgtgcagtcgataaag
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatgcaagatatAGTTGTATGATCATATAAGCAACTAGGCGTTGTCAATTTCA--CACT-GAT--GGCAACTAGT-GATCATATGCACATACAACTaactgcatgctacacttaatcaatttaaatatat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cagtgtgggagcgtacagtattgaaaagcggaagttgctgatctgttcggtgatgaattgtcagttgctgtatgaaaacaacaaacgtggatattgtttatcactcagtttcattatacatttcagaagaaagacgagatttatgatttgtagttagtaatcttatatcgcagaaatgtttttttacactgatttgtctcagaaccgaaacattttcacaatatcaatcaagatccttggcttttacacctgtttagaggattttgttgcaatcaaatgaggataaattgggttttccacaaatttatgcaattgttacttagatgtttgtgcagaaaaatcatttacctaacgaggacttgtattggtttctgcctatttttgtgtttttattaaaacaaacagtttttgtcaatgcactcctcacttcaatactgtatgcctTGATCAGGTCGGATAGCTTACGTCAATTTCACGGG----GAG---------GGGTCGAATTAAAAAAATAATATTCTAAAACATCTGTCCACATGCACACATACACAACACTCATATATATACACCTCTTTAGATCTGACATTGGT-TATTTAT--TGA--AAATGACTCTATAAACCTTgtgattatgatcgcacaactatggtaacatagttacaaatatatgctgaagcaaatccattaagttaaatgaatagttaagtgaataggtcagtctcatgattttgtcaacctttaccatgttaagccattaaaacataattctatatctcggccagtttttgaatgcggctcattataaccaataggataacgggccatgaagtgatattgtttttacctcaaatcacaaattgtatatttttaacttaagagttaaaatatataaaacggacatttatatcagacacaatggcaatcgaaaaatttcagagtatttatatcaaaagagcatattacacacacacatgatcaggtcggatagctttcgtcaattccatgggtgtggggtttggaagagggtcgaattaaaaaaaaaatattgtaaaacatctgcccacacgcacacacacatacatagatctgacattggttatatattgaaaatgattctgtaaaccttgtgacgtcatattgaactaaacaggatcaaagatacaaatcatgttcatgtatattatatatttaaatacaaatagatattttattgaatgtcctatatgccacaccacgtagattgcttgagactagtggtaaatcagctgtcatcctctcactgcctgtttggggcccatatagaaatcaaaatagggttcctataagggtgactacaagaagattgcttgatactaggggcacatcagtggtcatcctctcactgcctatttggggtccatataaaaatcaatacagggttcctatatgggtcactccatgaagattgcctgatactaggggcacatcagctgtcatcctctcactgcctacttggggcccatatagaaatcaacatagggttcctatat
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         actataggcagatccaagattttCTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTATGACGTCACATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAAT--ACTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGttcgaacttgattatactgacatgtctaatatcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactctataaaccttttcgaacttgattataAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCACGTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATAT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|13 ): ACTGTACGCCTAATTGCATCTGTACGCAATCGTTAGTTGTGCGAAAGCATGAAAAAACTGTACGCATAGTT
Unaligned ( gi|15 ): ATGTTATTTGAAACATGTATATTTGTCGTTCGGCATAACTATCTC
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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----TC-AGAA-GAAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAC--------GATCC------T-TGGNT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAAT----NTATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCTANCGANGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTTTTATT--------A--AAA-CAAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGTATGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGTACAACTATG--AACATAGTTACAAATATA--TTCT--GAAGCAAATCAATTAAATTAAA-GAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTNCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAANAATATTNTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACACAACACTCATATATATACACCTCTT-----TAGAT----CTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAACGATTCTGTAAACCTTGT-GACGTCAC---ATTNNACTAAACAGGATCNAANATGCAAATCATGTTCATGTATATNAAATTATATTNAAATACATTAATAGACNTTTTATTGAATGTCCTNCATGCCANACCACGTAGATTGCTTGANACTAGNGGCANATCAGCNGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGNCCCATATAGAAATCGANATAGGGTTCCTACATAGGNCGCACCACAAGNAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGCCCATATAAAAATCGACGTAGGGTTCCTATATGGGTCGCNCCACGNAGATTGCCTGANACTAGGGGCACATCAGCNGTCATCCTCTCGCTGCCTACTTGGNGCCNATATAGAAATCGACGTAGGNTTCCTATAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTTGGTGTCTGTCCATATGTGTGTTTATATT--------A--AAAACAAACAGCAATTTTC----------------------CTAATGCACTCCTAACTT--ATTGACTGTACAGCCAGTTGTATATGTACAT--------GTTGC-TATCAG---AAATAATTAGACTTTACGTTGAGTTACTTACACGATCAAGCAAATATGGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                   tatgcaagatatCAGTGTCGGTGCGTGCAGT-----------CGGAAGTTG-TGAGTCTGTATGGTGAAGAT-----TTATATGTTGCAATAAGG-AAACAaactgcatgctacacttaatcaatttaaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                          aatcaTGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCATTTTCATTATACATT-----TCAAGAA-GAAAG--ACGATATTTAGGATTTGTAG-AAATAACCggaggaacgatttgacggttcagggcatttacacgtgtttcaaga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --ACTGTACGCCTAATTGCATCTGTACGCAATCGTTAGTTGTGCGAAAGCATGA--AA-A-AACTGTACGCATAGTTgtgcagtcgataaag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      GGAGCGTACAGT--CTTTAAACCAGGAAGTTGCCGA-TTTGTACGGT----AACCCTTTTGACAGTTGTTG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --ACTGTACGGCTAGTTGAACGTGTACAaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGATGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAA-GAAAG--ACGAGATTTATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCG-CAGAAATG-TTTTTTTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAATCAA-------------GATCC------T-TGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACAAAT----TTATGCAA-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTACCTAACGAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTTTTATT--------A--AAA-CAAACAGT--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACA--ACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA-----------TAGAT----CTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGT-GACGTCAT---ATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATATgactc
gi|3                          :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGGACAGT--ATTGAAAAGTGGAAGATGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTGTCAGTTGATGTATGA-AAACAACAAATGTGTATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----CG-AGAA-GAAAG--ACGATATTTAGGATATATAGTAAGTAATCCT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATATTCACAATATCGATCAAAATACGTCATGTTGATCC------C-AGAAT-TTTACACGTGTTTAGAGGTTTTTGTTGCAATCAAATGA--AGATAAAATGGGTTTTCCACGAATATAATTATGCAG-TTTTTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCTTATCGGTGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTTTTATTA-------A--AAA-CGAACAGC--TTTTGTCTTAAGAACGAACAGCATTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTGCGCCTTGTTGTATGTGTACATGATCAATGGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACACCTAGTTGCTTATATGATCATAAAACAATGATTATGATCGTACAACTATG--AGCATAGTTACAAA-ATA--TTTTTGGAAGCAAATAAATTAAA-TAAA-AAATA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atttaataaacattttgttatcgtgtaatcaTGATCAGGTCGGATAGCTTACGTCAATTTCACGGG----GAG---------GGGTCGAATTAAAAAAATAATATTCTAAAACATCTGTCCACATGCACACATACACAACACTCATATATATACACCTCTT-----TAGAT----CTGACATTGGT-TATTTAT--TGA--AAATGACTCTATAAACCTTTTCGA----ACTTGATTATACT-GACATG-TCTAATAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  actataggcagatccaagattttTATAAACCTTTTCGAACTTGATTATACTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTAT-GACGTCAC---ATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAATA--CTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactcAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CA--AGGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATAT--------GATATGTTGAAC-TGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGA-ATTATTTTAATCAGATTA--GTAT-AGTTATGTTTTGAATTAGT----ATCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATA---TTGT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTTAAGTCCCAGAGAGA--AAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATCC------T-GGCCG-TTTACAAATATATC-ATGGTTTTATTTCATTCAAATTAATGGAAATAT---ATTTTGCATGGCT----ATCTTCAA-GTGTTCC-TTC--AACCC--TTTTGTTGAAAA-CTCAAATCCCCCATCACAAGCA-----TATATTTGTTTTCGCCAATAC--ATGGTTTTATT--------ATCAAA--AAGAAGA--TTAT--------------------------ATGCACT---------GATA-ACTGAACCACCAGTAGAACGCATACATAATCACTGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAC--------GATCC--------CTGGCT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAATA----TATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCCATCGAGGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CAAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGNACGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TNCT--GAAGCAAATCNATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA-------------TATACACCTCTT-----TAGAT----CTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCACATTGNACTAAACAGGATCNAANATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCGAAATAGGGTTCCTATA-AGGGCG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCGATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --ACTGTACGGCTAGTTGAACGTGTACAaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGATGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGAGATTTATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCG-CAGAAATG-TTTTTTTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAATCAA-------------GATCC--------TTGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACAAATT----TATGCAA-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTACCTAACGAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CAAACAGT--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACA--ACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA-------------TACA-------------TAGAT----CTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATATgactc
gi|3                          :                                                                                                                                                                               CAGTGTGGGAGCGGACAGT--ATTGAAAAGTGGAAGATGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTGTCAGTTGATGTATGA-AAACAACAAATGTGTATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----CG-AGAAG-AAAG--ACGATATTTAGGATATATAGTAAGTAATCCT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATATTCACAATATCGATCAAAATACGTCATGTTGATCC--------CAGAAT-TTTACACGTGTTTAGAGGTTTTTGTTGCAATCAAATGA--AGATAAAATGGGTTTTCCACGAATATAATTATGCAG-TTTTTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCTTATCGGTGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATTA-------AAAA-CGAACAGC--TTTTGTCTTAAGAACGAACAGCATTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTGCGCCTTGTTGTATGTGTACATGATCAATGGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACACCTAGTTGCTTATATGATCATAAAACAATGATTATGATCGTACAACTATG--AGCATAGTTACAAA-ATA--TTTTTGGAAGCAAATAAATTAAATAAAA--AATA
gi|4                          :                                                                                                                             atatgcatttatttttgcaaattacttgacaaatatatattacttgatcaCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGAAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTTTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGGGGATTTTGAT--TAGCGCTCAATTTTATTATACATT-----TCAAGAAG-AACG--ACGATATTTAAGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCGAAAGTATTC-TTTTCTTACGCTGAATTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATTGATCAAAATACGTCATGGTGATCT--------CTGATT-TTTACATGTGTTTCGAAGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAATTTGAGGTTTCCACGAATA----TATGCAG-TT-TTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAG-ATCAT-TTCCCAATCAAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTTTGTTT--TTATTA-------AAAA-CATAAAGC--TT------------------------------------CTCACTTCAAT--ATTGTACGCCTAGTTGCATGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGGTTGTACAACTATG--AACATAGTTACAAATATATTTTCT--GAAGCAAATCAATTAAA-TAAAAAAATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atttaataaacattttgttatcgtgtaatcaTGATCAGGTCGGATAGCTTACGTCAATTTCACGGG----GAG---------GGGTCGAATTAAAAAAATAATATTCTAAAACATCTGTCCACATGCACACATACACAACACTCATATATATACACCTCTT-----TAGAT----CTGACATTGGT-TATTTAT--TGA--AAATGACTCTATAAACCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      actataggcagatccaagatttt-------------TATAAACCTTTTCGAACTTGATTATACTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTATGACGTCACATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAATA--CTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGttcgaacttgattatactgacatgtctaatatcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactcAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CAA--GGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATAT--------GATATGTTGAA--CTGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGA-ATTATTTTAATCAGATTA--GTAT-AGTTATGTTTTGAATTAGTA----TCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATA---TTGT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTT--AAGTCCCAGAGAGAAAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                         A-TCTGTACGGCAAGGAC-----TT-TTAGTTGCTGTAAGACAAACAGAAAAAGCGA--TTTGTTGTTATTGCTC--------TAT---TT-----TA-AGAAG-AAAG--AAGAC-TCTAGGATTGAAAGCAAGTATTTTTTATATCG-CAGC-TTG-TTTT--TATGCTGGTTTTTCCCAGAACCCAGAAC-TTTTCACAATATATATCAAAACAT--------GATACAGCGAATGCGGGTA-TTTACACGTGTTTCATGGATTTTGCTGCTATCAAATAA--GCATAAACTGGGGTTTCCATAAATA----TATGTAGATTTTGAC---A--GATGTAGTTGT--AGAAAA-ATCAT-TTCTGCGTTGAGGACC-----TGTGTTGATTTCTGTCCATTTTTCTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                              tCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGTAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGAGGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATAA-AAACAACAAACCTGGATTTTGTT--TATCGTTCAGTTTTATTATACATT-----TC-TGAAG-AAAG--ACGAGATTTATTATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTGTTTTTCTTACGGTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAA--------G--TC--------ATGGTT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCATGAATA----TATGCCG-TTGTTTT-TTA--GATGT--TTGTGCAGACAA-ATCAT-TTCTCTATCGATGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTAcccttctcacattacgacttaatcgactgtaaagctagttaacagttagaaataccagttctatcaatgga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C--------CTGGCCGTTTACAAATATATC-ATGGTTTTATTTCATTCAAATTAATGGAAATAT---ATTTTGCATGGCTA----TCTTCAA-GTGTTCC-TTC--AACCC--TTTTGTTGAAAA-CTCAAATCCCCCATCACAAGCA-----TATATTTGTTTTCGCCAATACATG-GTTTTATTATC--------AAAA-AGAAGA------TTA----------------------T--ATGCACT---------GATA-ACTGAACCACCAGTAGAACGCATACATAATCACTGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): ACGTTATGAAATATATATTTATGTGTAAATTGTTCCACTTTTTTA






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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAC--------GATCC--------CTGGCT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAATA----TATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCCATCGAGGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CGAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGNACGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TNCT--GAAGCAAATCNATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACATA-----CA---------ACCTCTTTAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCGAAATAGGGTTCCTATA-AGGGCG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCGATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTTGGTGTCTGTCCATATGTGTGTTT--ATATT--------AAAAACAAACAGCAATTTTC----------------------CTAATGCACTCCTAACTT--ATTGACTGTACAGCCAGTTGTATATGTACAT--------GTTGC-TATCAG---AAATAATTAGACTTTACGTTGAGTTACTTACACGATCAAGCAAATATGGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                             tatgcaagatatCAGTGTCGGTGCGTGCAGT-----------CGGAAGTTG-TGAGTCTGTATGGTGAAGAT-----TTATATGTTGCAATAAGG-AAACAaactgcatgctacacttaatcaatttaaatatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatcaAC--------GGTTC--------AGGGCA-TTTACACGTGTTTCAAGggaggaacgatttgacggttcagggcatttacacgtgtttcaaga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                               aatcacagtgtcggtgcgtgcagtcggaagttgtgagtctgtatggtgaagatttatatgttgcaataaggaaacaggaggaacgatttgTGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCATTTTCATTATACATT-----TCAAGAAG-AAAG--ACGATATTTAGGATTTGTAG-AAATAACCa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --ACTGTACGCCTAATTGCATCTGTACGCAATCGTTAGTTGTGCGAAAGCATGA--AA-A-AACTGTACGCATAGTTgtgcagtcgataaag
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --ACTGTACGGCTAGTTGAACGTGTACAaaa
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gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactctataaaccttttcgaacttgattataAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CAA--GGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATAT--------GATATGTTGAA--CTGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGA-ATTATTTTAATCAGATTA--GTAT-AGTTATGTTTTGAATTAGTA----TCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATA---TTGT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTT--AAGTCCCAGAGAGAAAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAC--------GATCC--------CTGGCT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAATA----TATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCCATCGAGGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CGAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGNACGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TNCT--GAAGCAAATCNATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCGAAATAGGGTTCCTATA-AGGGCG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCGATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGATGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGAGATTTATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCG-CAGAAATG-TTTTTTTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAATCAA-------------GATCC--------TTGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACAAATT----TATGCAA-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTACCTAACGAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CAAACAGT--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACA--ACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATATgactc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGGACAGT--ATTGAAAAGTGGAAGATGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTGTCAGTTGATGTATGA-AAACAACAAATGTGTATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----CG-AGAAG-AAAG--ACGATATTTAGGATATATAGTAAGTAATCCT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATATTCACAATATCGATCAAAATACGTCATGTTGATCC--------CAGAAT-TTTACACGTGTTTAGAGGTTTTTGTTGCAATCAAATGA--AGATAAAATGGGTTTTCCACGAATATAATTATGCAG-TTTTTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCTTATCGGTGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATTA-------AAAA-CGAACAGC--TTTTGTCTTAAGAACGAACAGCATTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTGCGCCTTGTTGTATGTGTACATGATCAATGGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACACCTAGTTGCTTATATGATCATAAAACAATGATTATGATCGTACAACTATG--AGCATAGTTACAAA-ATA--TTTTTGGAAGCAAATAAATTAAATAAAA--AATA
gi|4                          :                                                                                                                                                       atatgcatttatttttgcaaattacttgacaaatatatattacttgatcaCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGAAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTTTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGGGGATTTTGAT--TAGCGCTCAATTTTATTATACATT-----TCAAGAAG-AACG--ACGATATTTAAGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCGAAAGTATTC-TTTTCTTACGCTGAATTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATTGATCAAAATACGTCATGGTGATCT--------CTGATT-TTTACATGTGTTTCGAAGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAATTTGAGGTTTCCACGAATA----TATGCAG-TT-TTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAG-ATCAT-TTCCCAATCAAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTTTGTTT--TTATT--------AAA----AACA-------------------------------TAAA---GCTTCTCACTTCAAT--ATTGTACGCCTAGTTGCATGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGGTTGTACAACTATG--AACATAGTTACAAATATATTTTCT--GAAGCAAATCAATTAAA-TAAAAAAATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atttaataaacattttgttatcgtgtaatcaTGATCAGGTCGGATAGCTTACGTCAATTTCACGGG----GAG---------GGGTCGAATTAAAAAAATAATATTCTAAAACATCTGTCCACATGCACACATACACAACACTCATATATATACACCTCTTTAGATCTGACATTGGT-TATTTAT--TGA--AAATGACTCTATAAACCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actataggcagatccaagattttCTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTATGACGTCACATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAATA--CTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGttcgaacttgattatactgacatgtctaatatcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactctataaaccttttcgaacttgattataAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CAA--GGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATAT--------GATATGTTGAA--CTGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGA-ATTATTTTAATCAGATTA--GTAT-AGTTATGTTTTGAATTAGTA----TCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATA---TTGT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTT--AAGTCCCAGAGAGAAAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                   A-TCTGTACGGCAAGGAC-----TT-TTAGTTGCTGTAAGACAAACAGAAAAAGCGA--TTTGTTGTTATTGCTC--------TAT---TT-----TA-AGAAG-AAAG--AAGAC-TCTAGGATTGAAAGCAAGTATTTTTTATATCG-CAGC-TTG-TTTT--TATGCTGGTTTTTCCCAGAACCCAGAAC-TTTTCACAATATATATCAAAACAT--------GATACAGCGAATGCGGGTA-TTTACACGTGTTTCATGGATTTTGCTGCTATCAAATAA--GCATAAACTGGGGTTTCCATAAATA----TATGTAGATTTTGAC---A--GATGTAGTTGT--AGAAAA-ATCAT-TTCTGCGTTGAGGACC-----TGTGTTGATTTCTGTCCATTTTTCTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                        tCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGTAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGAGGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATAA-AAACAACAAACCTGGATTTTGTT--TATCGTTCAGTTTTATTATACATT-----TC-TGAAG-AAAG--ACGAGATTTATTATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTGTTTTTCTTACGGTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAA--------G--TC--------ATGGTT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCATGAATA----TATGCCG-TTGTTTT-TTA--GATGT--TTGTGCAGACAA-ATCAT-TTCTCTATCGATGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTAcccttctcacattacgacttaatcgactgtaaagctagttaacagttagaaataccagttctatcaatgga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C--------CTGGCCGTTTACAAATATATC-ATGGTTTTATTTCATTCAAATTAATGGAAATAT---ATTTTGCATGGCTA----TCTTCAA-GTGTTCC-TTC--AACCC--TTTTGTTGAAAA-CTCAAATCCCCCATCACAAGCA-----TATATTTGTTTTCGCCAATACATG-GTTTTATTATC--------AAAA-AGAAGA------TTA----------------------T--ATGCACT---------GATA-ACTGAACCACCAGTAGAACGCATACATAATCACTGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGTTATTTGAAACATGTATATTTGTCGTTCGGCATAACTATCTC
Unaligned ( gi|16 ): ACGTTATGAAATATATATTTATGTGTAAATTGTTCCACTTTTTTA






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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAC--------GATCC--------CTGGCT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAATA----TATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCCATCGAGGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CGAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGNACGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TNCT--GAAGCAAATCNATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCGAAATAGGGTTCCTATA-AGGGCG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCGATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGATGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGAGATTTATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCG-CAGAAATG-TTTTTTTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAATCAA-------------GATCC--------TTGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACAAATT----TATGCAA-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTACCTAACGAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CAAACAGT--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACA--ACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATATgactc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGGACAGT--ATTGAAAAGTGGAAGATGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTGTCAGTTGATGTATGA-AAACAACAAATGTGTATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----CG-AGAAG-AAAG--ACGATATTTAGGATATATAGTAAGTAATCCT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATATTCACAATATCGATCAAAATACGTCATGTTGATCC--------CAGAAT-TTTACACGTGTTTAGAGGTTTTTGTTGCAATCAAATGA--AGATAAAATGGGTTTTCCACGAATATAATTATGCAG-TTTTTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCTTATCGGTGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATTA-------AAAA-CGAACAGC--TTTTGTCTTAAGAACGAACAGCATTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTGCGCCTTGTTGTATGTGTACATGATCAATGGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACACCTAGTTGCTTATATGATCATAAAACAATGATTATGATCGTACAACTATG--AGCATAGTTACAAA-ATA--TTTTTGGAAGCAAATAAATTAAATAAAA--AATA
gi|4                          :                                                                                                                                                       atatgcatttatttttgcaaattacttgacaaatatatattacttgatcaCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGAAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTTTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGGGGATTTTGAT--TAGCGCTCAATTTTATTATACATT-----TCAAGAAG-AACG--ACGATATTTAAGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCGAAAGTATTC-TTTTCTTACGCTGAATTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATTGATCAAAATACGTCATGGTGATCT--------CTGATT-TTTACATGTGTTTCGAAGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAATTTGAGGTTTCCACGAATA----TATGCAG-TT-TTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAG-ATCAT-TTCCCAATCAAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTTTGTTT--TTATT--------AAA----AACA-------------------------------TAAA---GCTTCTCACTTCAAT--ATTGTACGCCTAGTTGCATGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGGTTGTACAACTATG--AACATAGTTACAAATATATTTTCT--GAAGCAAATCAATTAAA-TAAAAAAATA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actataggcagatccaagattttCTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTATGACGTCACATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAATA--CTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGttcgaacttgattatactgacatgtctaatatcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactctataaaccttttcgaacttgattataAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CAA--GGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATAT--------GATATGTTGAA--CTGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGA-ATTATTTTAATCAGATTA--GTAT-AGTTATGTTTTGAATTAGTA----TCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATA---TTGT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTT--AAGTCCCAGAGAGAAAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                   A-TCTGTACGGCAAGGAC-----TT-TTAGTTGCTGTAAGACAAACAGAAAAAGCGA--TTTGTTGTTATTGCTC--------TAT---TT-----TA-AGAAG-AAAG--AAGAC-TCTAGGATTGAAAGCAAGTATTTTTTATATCG-CAGC-TTG-TTTT--TATGCTGGTTTTTCCCAGAACCCAGAAC-TTTTCACAATATATATCAAAACAT--------GATACAGCGAATGCGGGTA-TTTACACGTGTTTCATGGATTTTGCTGCTATCAAATAA--GCATAAACTGGGGTTTCCATAAATA----TATGTAGATTTTGAC---A--GATGTAGTTGT--AGAAAA-ATCAT-TTCTGCGTTGAGGACC-----TGTGTTGATTTCTGTCCATTTTTCTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                        tCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGTAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGAGGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATAA-AAACAACAAACCTGGATTTTGTT--TATCGTTCAGTTTTATTATACATT-----TC-TGAAG-AAAG--ACGAGATTTATTATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTGTTTTTCTTACGGTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATAA--------G--TC--------ATGGTT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCATGAATA----TATGCCG-TTGTTTT-TTA--GATGT--TTGTGCAGACAA-ATCAT-TTCTCTATCGATGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTAcccttctcacattacgacttaatcgactgtaaagctagttaacagttagaaataccagttctatcaatgga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         C--------CTGGCCGTTTACAAATATATC-ATGGTTTTATTTCATTCAAATTAATGGAAATAT---ATTTTGCATGGCTA----TCTTCAA-GTGTTCC-TTC--AACCC--TTTTGTTGAAAA-CTCAAATCCCCCATCACAAGCA-----TATATTTGTTTTCGCCAATACATG-GTTTTATTATC--------AAAA-AGAAGA------TTA----------------------T--ATGCACT---------GATA-ACTGAACCACCAGTAGAACGCATACATAATCACTGG


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGTTATTTGAAACATGTATATTTGTCGTTCGGCATAACTATCTC
Unaligned ( gi|16 ): ACGTTATGAAATATATATTTATGTGTAAATTGTTCCACTTTTTTA






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Reference ( family-1121 )     :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGANGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATTTTGTT--TATCGCTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGANATTTANGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCGATCAAAATACG-T-AC-G-T-GA-CCCTGGCT-TTTACACGTGTTTCGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACGAATA----TATGCAG-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCCCATCGAGGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CGAACAGC--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCGAT--ACTGTACGCCTAGTTGNACGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TNCT--GAAGCAAATCNATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCACGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCGAAATAGGGTTCCTATA-AGGGCG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCGATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATAT
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGGAAGTTGCTGA-TCTGTTCGGTGATGAA-----TTGTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGTGGATATTGTT--TATCACTCAGTTTCATTATACATT-----TC-AGAAG-AAAG--ACGAGATTTATGATTTGTAGTTAGTAATCTT-ATATCG-CAGAAATG-TTTTTTTACACTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATCAATCAAGAT----------------CCTTGGCT-TTTACACCTGTTTAGAGGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAAATTGGGTTTTCCACAAATT----TATGCAA-TTGTTAC-TTA--GATGT--TTGTGCAGAAAA-ATCAT-TTACCTAACGAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATT--------AAAA-CAAACAGT--TTTTG----------------------TCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTATGCCTAGTTGTATGTGCATATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACA--ACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTGTGATTATGATCGCACAACTATGGTAACATAGTTACAAATATA--TGCT--GAAGCAAATCCATTAAGTTAAATGAATAGTTAAGTGAATAGGTCAGTCTCATGATTTTGTCAACCTTTACCATGTTAAGCCATTAAAACATAATTCTATATCTCGGCCAGTTTTTGAATGCGGCTCATTATAACCAATAGGATAACGGGCCATGAAGTGATATTGTTTTTACCTCAAATCACAAATTGTATATTTTTAACTTAAGAGTTAAAATATATAAAACGGACATTTATATCAGACACAATGGCAATCGAAAAATTTCAGAGTATTTATATCAAAAGAGCATATTACACACACACATGATCAGGTCGGATAGCTTTCGTCAATTCCATGGGTGTGGGGTTTGGAAGAGGGTCGAATTAAAAAAAAAATATTGTAAAACATCTGCCCACACGCACACACACA---------------TACA------TAGATCTGACATTGGT-TATATAT--TGA--AAATGATTCTGTAAACCTTGTGACGTCATATTGAACTAAACAGGATCAAAGATACAAATCATGTTCATGTATATTA---TATATTTAAATACA--AATAGATATTTTATTGAATGTCCTATATGCCACACCACGTAGATTGCTTGAGACTAGTGGTAAATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTGTTTGGGGCCCATATAGAAATCAAAATAGGGTTCCTATA-AGGGTG-ACTACAAGAAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGTGGTCATCCTCTCACTGCCTATTTGGGGTCCATATAAAAATCAATACAGGGTTCCTATATGGGTCACTCCATGAAGATTGCCTGATACTAGGGGCACATCAGCTGTCATCCTCTCACTGCCTACTTGGGGCCCATATAGAAATCAACATAGGGTTCCTATATgactc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                         CAGTGTGGGAGCGGACAGT--ATTGAAAAGTGGAAGATGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTGTCAGTTGATGTATGA-AAACAACAAATGTGTATTTTGTT--TATCGCTCAATTTCATTATACATT-----CG-AGAAG-AAAG--ACGATATTTAGGATATATAGTAAGTAATCCT-ATATCG-CAGTATTG-TTTTCTTACGCTGATTTGTCTCAGAACCGA-AACATATTCACAATATCGATCAAAATACG-TCAT-GTT-GATCCCAGAAT-TTTACACGTGTTTAGAGGTTTTTGTTGCAATCAAATGA--AGATAAAATGGGTTTTCCACGAATATAATTATGCAG-TTTTTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAA-ATCAT-TTCCTTATCGGTGACT-----TGTGTTGGTTTCTGCCTATTTTTGTGTTT--TTATTA-------AAAA-CGAACAGC--TTTTGTCTTAAGAACGAACAGCATTTGTCAATGCACTCCTCACTTCAAT--ACTGTGCGCCTTGTTGTATGTGTACATGATCAATGGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACACCTAGTTGCTTATATGATCATAAAACAATGATTATGATCGTACAACTATG--AGCATAGTTACAAA-ATA--TTTTTGGAAGCAAATAAATTAAATAAAA--AATA
gi|4                          :                                                                                                                                                       atatgcatttatttttgcaaattacttgacaaatatatattacttgatcaCAGTGTGGGAGCGTACAGT--ATTGAAAAGCGAAAGTTGCTGA-TCTGTACGGCGATGAA-----TTTTCAGTTGCTGTATGA-AAACAACAAACGGGGATTTTGAT--TAGCGCTCAATTTTATTATACATT-----TCAAGAAG-AACG--ACGATATTTAAGATTTGTAGTAAGTAATCTT-ATATCGAAAGTATTC-TTTTCTTACGCTGAATTGTCTCAGAACCGA-AACATTTTCACAATATTGATCAAAATACG-TCATGG-T-GATCTCTGATT-TTTACATGTGTTTCGAAGATTTTGTTGCAATCAAATGA--GGATAATTTGAGGTTTCCACGAATA----TATGCAG-TT-TTAC-TTA--GATGT--TGGTGCAGAAAG-ATCAT-TTCCCAATCAAGGACT-----TGTATTGGTTTCTGCCTATTTTTTTGTTT--TTATT--------AAA----AACA-------------------------------TAAA---GCTTCTCACTTCAAT--ATTGTACGCCTAGTTGCATGTGTACATGATCACTAGTTGC-CATCAGTGTGA--AATT-GACTGTACGCCTAGTTGCTTATATGATCATACAACTATGATTATGGTTGTACAACTATG--AACATAGTTACAAATATATTTTCT--GAAGCAAATCAATTAAA-TAAAAAAATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atttaataaacattttgttatcgtgtaatcaTGATCAGGTCGGATAGCTTACGTCAATTTCACGGG----GAG---------GGGTCGAATTAAAAAAATAATATTCTAAAACATCTGTCCACATGCACACATACACAACACTCATATATATACACCTCTTTAGATCTGACATTGGT-TATTTAT--TGA--AAATGACTCTATAAACCTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         actataggcagatccaagattttCTGACAT--GTCTA-ATATCATGATTATACGATTCTGTTGACCTTATGACGTCACATTTTACTAAACAGGATCTAATATGCAAATCATGTTTA---ATATAAAATTATATTAAAATACATTAATA--CTTTTTATTAAATGTCCTTCATGCCAAACCATGTAGATTGCTTGATACTAGGGGCACATCAGCGGTCATCCTCTTACTGCCTATTTGGGTCCCATATAAAAATCGACATAGGGTTCCTACATAGGTCGCACCAC--GTAGATTGCTTAAGACTAGGGGTACATCAGCGGTCATCCTCTCGCTGCCTATTTGGCGCCAATATAGAAATCGACGTAGGTTTCCTATATGttcgaacttgattatactgacatgtctaatatcatgattatacgattctgttgaccttatgacgtcacattttactaaacaggatctaatatgcaaatcatgtttaatataaaattatattaaaatacattaatactttttattaaatgtccttcatgccaaaccatgtagattgcttgatactaggggcacatcagcggtcatcctcttactgcctatttgggtcccatataaaaatcgacatagggttcctacataggtcgcaccacgtagattgcttaagactaggggtacatcagcggtcatcctctcgctgcctatttggcgccaatatagaaatcgacgtaggtttcctatatg
gi|6                          : actataggcagatccaagatttttgatcaggtcggatagcttacgtcaatttcacggggaggggtcgaattaaaaaaataatattctaaaacatctgtccacatgcacacatacacaacactcatatatatacacctctttagatctgacattggttatttattgaaaatgactctataaaccttttcgaacttgattataAATGTGTGAGCTTGCAGTCAAT--AAAAGCGGAAATTGCGGA-TCTGTACGGCCACTAT-----TTGTTAATTAC-----------CAA--GGTGTGAACTATTTT--TATT-TTGAATCTC--TAAACATTCATGATT-AAAATCAAAGCCATGCAACAAATGAATGGTATCAAGTG--TTT-ACGTTG-TGGTAGTG-TTTGCAAATACTTGTTTCTCCTTGAAATGA-GATATTTTCACGACAACAAAGTAAATATGAT-AT-G-TTGA-AC-TGGCTGTTTACGCCATTTTCAAGGAATT-ATTTTAATCAGATTA--GTATAG-TTATGTTTTGAATTAGTA----TCTGAAA-TTGTTCCGTTATCAATAT--T-GT----AAAATATCAT-TTCCCCATC-ATGACCCCATATATGTT-GTTTAT--CTAATATAATGTTT--AAGTCCCAGAGAGAAAA-AAAATA-----TTTG----------------------TGTATATACTATACA-TCTGATA-ACTGTACGGCTAGTTGAGCGTGTACAGAATCACTA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                   A-TCTGTACGGCAAGGAC-----TT-TTAGTTGCTGTAAGACAAACAGAAAAAGCGA--TTTGTTGTTATTGCTC--------TAT---TT-----TA-AGAAG-AAAG--AAGAC-TCTAGGATTGAAAGCAAGTATTTTTTATATCG-CAGC-TTG-TTTT--TATGCTGGTTTTTCCCAGAACCCAGAAC-TTTTCACAATATATATCAAAACATGAT-ACAG-C-GA-ATGCGGGTATTTACACGTGTTTCATGGATTTTGCTGCTATCAAATAA--GCATAAACTGGGGTTTCCATAAATA----TATGTAGATTTTGAC---A--GATGTAGTTGT--AGAAAA-ATCAT-TTCTGCGTTGAGGACC-----TGTGTTGATTTCTGTCCATTTTTCTG
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Unaligned ( gi|16 ): ACGTTATGAAATATATATTTATGTGTAAATTGTTCCACTTTTTTA