lowQualScore : 1 1 2 111 111 1 111 1
lowQualScore : 2 5 2 6 888 4 2 4 8888 222 44 3 6 3 44 555 7777 3 999 3 55 555 3 5 2 33 2 2
lowQualScore : . . . . ... . . . .... ... .. . . . .. ... .... . ... . .. ... . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 8 0 888 4 7 4 5555 555 66 3 7 3 66 888 1111 2 555 6 00 888 1 3 5 44 5 5
consensus : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Reference ( gi|3 ) : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACCATACCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCATCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCTTGCTGGACTGAACACAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTTCACA--TG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATAATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|1 : GACAACAACCTATACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACTATCCCACAGTCGAGTGTTAATTGTCATCTACATTCC---TTCTCGAGTACCATCAGATTCTGGAACAGCCATCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATTGGG-TTGCAGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-ATCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTT
gi|2 : acttagttcccatGACAACAACTTACACAAGAGTGCATACTTTGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCTGAGTACCATCAGACTCTTGAACAGCCTTCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAGCCTACCATCCTTCAAGGTGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTTATC----ATCCAAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TG-T--A-TGTGA--TTTTAACT---T----A----------------TAAACGCCACAAGTTCATA--CACTCAA---TTTGAG-AAAACCC-ATTT-T-TTTTTATGGATGAATTACTTGGA
gi|4 : acttggtacccatAGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGACTACCATTAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATAGCAACTCCCAACCTACCATCCTTTAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-GTCCTCAACGCGACATTAACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTAGA
gi|5 : TAGTTCCCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATCGCATCTCCCAACCTACCATCCTGCAAGATGGTG-TTGCGGGATGCCATG-AATTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|9 : CCTGCTGGACTGATCTCAACTGCCAGCCTACCATCCTTCAAGATCGGGTTTTC----------------AAT-------------ACCCAG---TTATCAACCTGTA--TA-TG---TGGGA--TTTTAACT---AGTAAAGCACACT--TG-GTCCTCAACGCCACATTAACATA--CACTCAA---TTCAAA-AATGCTC-A--A-T-TTTTGAGAGATGAATTACTTGGAaga
gi|7 : TGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTGAAGATGGGG-TTGCGGGAAGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAAACCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATA------------CTTGAGGGATGAATTACTTGGAag
gi|11 : TGCCGGACTGATAGCATCTCCTACCTTACCATCCTTCAAGTTGGGG-TTGCGTGATGCCATA-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAGTT-TTTTTAATATGCA--TA-TATA-TGGTA--TTTTAACT---A----AGa
gi|8 : GCTGGCCTGATCGCAACTCACAGCCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGTGGGATGCCATG-AAGTGATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTTTAACT---A----AGTGCACT--TG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CATTCAA---TTCAAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACcac
gi|6 : ACAATTTACCACTT-CCATCCTTCCAGATGGGG-TTACAATCTGCC-TGTTAGTTACCGGCAATCTTGGAACTTG-----TTATAAATTGTA--CATTA-ATTTTGA--TTTTTTTT---A----ACTGCACACCTGCATCTTCATCATCACATGAATGTA---AATCAAAAGTTTGAC-AATACCC-G--GAC-TTCTGAAAGATGA
gi|10 : acagtccttatggaACC----GCCCTGG--CCCAGACTCTTTTAAACTATA------A-A-TACGAAGTTTTAATTTGGA----ATGTCATT--CG-ATCCTCAACGGCACGTGTTCATAGTCACACAG---TTCAAATAATACCC-A--G-TAACCTGAATTATGAACT
gi|12 : TTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA--TTT-AACT---A----AGTGCACT--TG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGgaaaccggaagg
gi|13 : TGTAGCTA-TACA-T---A--TTTTAACT---A----AGCACTCT--TG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAA-AATACTTAA--G-T-TTTTTAGGGATTAAATACTT
gi|14 : AA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAAGAATGAATTACTTGGAt
gi|17 : -AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAa
gi|15 : ATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAat
gi|16 : ATACTC-A--G-T-TTTTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|18 : ATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 0 4 1 4 7777 111 44 3 6 3 44 6666 8888888 3 3 44 555 2 2 33 2 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. . . . .. .... ....... . . .. ... . . .. . .
lowQualScore : 5 8 0 4 0 7777 444 22 1 2 1 22 5555 7777777 3 3 66 444 9 4 22 4 4
consensus : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Reference ( family-11045 ) : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|1 : GACAACAACCTATACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACTATCCCACAGTCGAGTGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCT---CGAGTACCATCAGATTCTGGAACAGCCATCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATTGGG-TTGCAGGACGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-ATCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTT
gi|10 : acttagttcccatACC----GCCCTGG--CCCAGACTCTTTTAAACTATA------A-ATAC-GAAGTT----TTAATTTGG----AATGTCATTCG-ATCCTCAACGGCACGTGTTCATAGTCACACAG---TTCAAATAATACCC-A--G-TAACCTGAATTATGAACT
gi|11 : TGCCGGACTGATAGCATCTCCTACCTTACCATCCTTCAAGTTGGGG-TTGCGTGATGCCATAA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAGTT-TTTTTAATATGCA--TAT-ATATGG-TA--TT----TTAACT--A----AGgaaaccggaagg
gi|12 : TTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----T-AACT--A----AGTG-CACTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGcac
gi|13 : TGTAGCTAT-ACAT----A--TT----TTAACT--A----AGCA-CTCTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAA-AATACTTAA--G-T-TTTTTAGGGATTAAATACTT
gi|14 : AA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAAGAATGAATTACTTGGAt
gi|15 : ATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAa
gi|16 : ATACTC-A--G-T-TTTTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|17 : -AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|18 : TC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAat
gi|2 : aGACAACAACTTACACAAGAGTGCATACTTTGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCTGAGTACCATCAGACTCTTGAACAGCCTTCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAGCCTACCATCCTTCAAGGTGGGG-TTGCGGGACGCCATGA-AGTTATC----ATCCAAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TGT---ATGT-GA--TT----TTAACT--T----A---------------TAAACGCCACAAGTTCATA--CACTCAA---TTTGAG-AAAACCC-ATTT-T-TTTTTATGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|3 : acttggtacccatGACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACCATACCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCATCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCTTGCTGGACTGAACACAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTT-CACATG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATAATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|4 : AGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGACTACCATTAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATAGCAACTCCCAACCTACCATCCTTTAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCGACATTAACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTAGA
gi|5 : TAGTTCCCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATCGCATCTCCCAACCTACCATCCTGCAAGATGGTG-TTGCGGGATGCCATGA-ATTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|6 : CTTCCATCCTTCCAGATGGGG-TTACAATCTGCC-TGTTAGTTACCGGCAATCTTGGAACTTG-----TTATAAATTGTA--CATTA-ATTTTGA--TTTTTTTTAACT--------GCA-CACCTGCATCTTCATCATCACATGAATGTA---AATCAAAAGTTTGAC-AATACCC-G--GAC-TTCTGAAAGATGAaga
gi|7 : acagtccttatggaacaatttaccaTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTGAAGATGGGG-TTGCGGGAAGCCATGA-AGTAATC----ATCCTAGAAACCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACT------------TGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|8 : GCTGGCCTGATCGCAACTCACAGCCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGTGGGATGCCATGA-AGTGATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TAT-A-ATGT-GA--TT----TTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CATTCAA---TTCAAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACa
gi|9 : CCTGCTGGACTGATCTCAACTGCCAGCCTACCATCCTTCAAGATCGGGTTTTC----------------AAT-------------ACCCAG---TTATCAACCTGTA--TAT-G--TGG-GA--TT----TTAACT--AGTAAAGCA-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATTAACATA--CACTCAA---TTCAAA-AATGCTC-A--A-T-TTTTGAGAGATGAATTACTTGGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 1 0 4 1 4 7777 111 44 3 6 3 0000 8888888 333 3 44 555 2 2 33 2 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. . . . .... ....... ... . .. ... . . .. . .
lowQualScore : 0 8 0 4 0 7777 444 22 1 2 1 8888 7777777 666 3 66 444 9 4 22 4 4
consensus : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Reference ( family-11045 ) : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|1 : GACAACAACCTATACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACTATCCCACAGTCGAGTGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCT---CGAGTACCATCAGATTCTGGAACAGCCATCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATTGGG-TTGCAGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-ATCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTT
gi|10 : acttagttcccatACC----GCCCTGG--CCCAGACTCTTTTAAACTATA------A-A-TACGAAG--TTTTAATTTGG----AATGTCATTCG-ATCCTCAACGGCACGTGTTCATAGTCACACAG---TTCAAATAATACCC-A--G-TAACCTGAATTATGAACT
gi|11 : TGCCGGACTGATAGCATCTCCTACCTTACCATCCTTCAAGTTGGGG-TTGCGTGATGCCATA-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAGTT-TTTTTAATATGCA--TA-TATA-TGGTA----TTTTAACT--A----AGCA-Cgaaaccggaagg
gi|12 : TTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTT-AACT--A----AGTG-CACTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGG
gi|13 : TGTAGCTA-TACA-T---A----TTTTAACT--A----AGCA-CTCTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAA-AATACTTAA--G-T-TTTTTAGGGATTAAATACTT
gi|14 : AA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAAGAATGAATTACTTGGAt
gi|15 : ATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAa
gi|16 : ATACTC-A--G-T-TTTTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|17 : -AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|18 : TC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAat
gi|2 : aGACAACAACTTACACAAGAGTGCATACTTTGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCTGAGTACCATCAGACTCTTGAACAGCCTTCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAGCCTACCATCCTTCAAGGTGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTTATC----ATCCAAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TG-T--A-TGTGA----TTTTAACT--T----A---------------TAAACGCCACAAGTTCATA--CACTCAA---TTTGAG-AAAACCC-ATTT-T-TTTTTATGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|3 : acttggtacccatGACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACCATACCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCATCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCTTGCTGGACTGAACACAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTT-CACATG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATAATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|4 : AGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGACTACCATTAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATAGCAACTCCCAACCTACCATCCTTTAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCGACATTAACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTAGA
gi|5 : TAGTTCCCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATCGCATCTCCCAACCTACCATCCTGCAAGATGGTG-TTGCGGGATGCCATG-AATTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|6 : CTTCCATCCTTCCAGATGGGG-TTACAATCTGCC-TGTTAGTTACCGGCAATCTTGGAACTTG-----TTATAAATTGTA--CATTA-ATTTTGATTTTTTTTAACT--------GCA-CACCTGCATCTTCATCATCACATGAATGTA---AATCAAAAGTTTGAC-AATACCC-G--GAC-TTCTGAAAGATGAaga
gi|7 : acagtccttatggaacaatttaccaTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTGAAGATGGGG-TTGCGGGAAGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAAACCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACT------------TGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|8 : GCTGGCCTGATCGCAACTCACAGCCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGTGGGATGCCATG-AAGTGATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CATTCAA---TTCAAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACa
gi|9 : CCTGCTGGACTGATCTCAACTGCCAGCCTACCATCCTTCAAGATCGGGTTTTC----------------AAT-------------ACCCAG---TTATCAACCTGTA--TA-TG---TGGGA----TTTTAACT--AGTAAAGCA-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATTAACATA--CACTCAA---TTCAAA-AATGCTC-A--A-T-TTTTGAGAGATGAATTACTTGGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 1 0 4 1 4 7777 111 44 3 6 3 0000 8888888 333 3 44 555 2 2 33 2 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. . . . .... ....... ... . .. ... . . .. . .
lowQualScore : 0 8 0 4 0 7777 444 22 1 2 1 8888 7777777 666 3 66 444 9 4 22 4 4
consensus : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Reference ( family-11045 ) : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|1 : GACAACAACCTATACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACTATCCCACAGTCGAGTGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCT---CGAGTACCATCAGATTCTGGAACAGCCATCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATTGGG-TTGCAGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-ATCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTT
gi|10 : acttagttcccatACC----GCCCTGG--CCCAGACTCTTTTAAACTATA------A-A-TACGAAG--TTTTAATTTGG----AATGTCATTCG-ATCCTCAACGGCACGTGTTCATAGTCACACAG---TTCAAATAATACCC-A--G-TAACCTGAATTATGAACT
gi|11 : TGCCGGACTGATAGCATCTCCTACCTTACCATCCTTCAAGTTGGGG-TTGCGTGATGCCATA-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAGTT-TTTTTAATATGCA--TA-TATA-TGGTA----TTTTAACT--A----AGCA-Cgaaaccggaagg
gi|12 : TTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTT-AACT--A----AGTG-CACTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGG
gi|13 : TGTAGCTA-TACA-T---A----TTTTAACT--A----AGCA-CTCTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAA-AATACTTAA--G-T-TTTTTAGGGATTAAATACTT
gi|14 : AA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAAGAATGAATTACTTGGAt
gi|15 : ATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAa
gi|16 : ATACTC-A--G-T-TTTTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|17 : -AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|18 : TC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAat
gi|2 : aGACAACAACTTACACAAGAGTGCATACTTTGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCTGAGTACCATCAGACTCTTGAACAGCCTTCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAGCCTACCATCCTTCAAGGTGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTTATC----ATCCAAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TG-T--A-TGTGA----TTTTAACT--T----A---------------TAAACGCCACAAGTTCATA--CACTCAA---TTTGAG-AAAACCC-ATTT-T-TTTTTATGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|3 : acttggtacccatGACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACCATACCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCATCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCTTGCTGGACTGAACACAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTT-CACATG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATAATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|4 : AGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGACTACCATTAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATAGCAACTCCCAACCTACCATCCTTTAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCGACATTAACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTAGA
gi|5 : TAGTTCCCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATCGCATCTCCCAACCTACCATCCTGCAAGATGGTG-TTGCGGGATGCCATG-AATTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|6 : CTTCCATCCTTCCAGATGGGG-TTACAATCTGCC-TGTTAGTTACCGGCAATCTTGGAACTTG-----TTATAAATTGTA--CATTA-ATTTTGATTTTTTTTAACT--------GCA-CACCTGCATCTTCATCATCACATGAATGTA---AATCAAAAGTTTGAC-AATACCC-G--GAC-TTCTGAAAGATGAaga
gi|7 : acagtccttatggaacaatttaccaTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTGAAGATGGGG-TTGCGGGAAGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAAACCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACT------------TGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|8 : GCTGGCCTGATCGCAACTCACAGCCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGTGGGATGCCATG-AAGTGATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CATTCAA---TTCAAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACa
gi|9 : CCTGCTGGACTGATCTCAACTGCCAGCCTACCATCCTTCAAGATCGGGTTTTC----------------AAT-------------ACCCAG---TTATCAACCTGTA--TA-TG---TGGGA----TTTTAACT--AGTAAAGCA-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATTAACATA--CACTCAA---TTCAAA-AATGCTC-A--A-T-TTTTGAGAGATGAATTACTTGGA
blockSeqs : G T T T GGCA ACT GC T T T TTTT AGTAA TGT C GT AAG T A TT A A
blockSeqs : C . C . . TT . . C . AG TGG CA . . . . . . . .
blockSeqs : G . C . . . . . . . . A TG . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . A CA . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A TT . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . T TG . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . A TG . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
finalCons : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 1 0 4 1 4 7777 111 44 3 6 3 0000 8888888 333 3 44 555 2 2 33 2 2
lowQualScore : . . . . . .... ... .. . . . .... ....... ... . .. ... . . .. . .
lowQualScore : 0 8 0 4 0 7777 444 22 1 2 1 8888 7777777 666 3 66 444 9 4 22 4 4
consensus : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
Reference ( family-11045 ) : GACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACNATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGCG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|1 : GACAACAACCTATACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACTATCCCACAGTCGAGTGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCT---CGAGTACCATCAGATTCTGGAACAGCCATCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATTGGG-TTGCAGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-ATCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTT
gi|10 : acttagttcccatACC----GCCCTGG--CCCAGACTCTTTTAAACTATA------A-A-TACGAAG--TTTTAATTTGG----AATGTCATTCG-ATCCTCAACGGCACGTGTTCATAGTCACACAG---TTCAAATAATACCC-A--G-TAACCTGAATTATGAACT
gi|11 : TGCCGGACTGATAGCATCTCCTACCTTACCATCCTTCAAGTTGGGG-TTGCGTGATGCCATA-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAGTT-TTTTTAATATGCA--TA-TATA-TGGTA----TTTTAACT--A----AGCA-Cgaaaccggaagg
gi|12 : TTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTT-AACT--A----AGTG-CACTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGG
gi|13 : TGTAGCTA-TACA-T---A----TTTTAACT--A----AGCA-CTCTTG-GTCTTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAA-AATACTTAA--G-T-TTTTTAGGGATTAAATACTT
gi|14 : AA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAAGAATGAATTACTTGGAt
gi|15 : ATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAa
gi|16 : ATACTC-A--G-T-TTTTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|17 : -AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|18 : TC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGAat
gi|2 : aGACAACAACTTACACAAGAGTGCATACTTTGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCTGAGTACCATCAGACTCTTGAACAGCCTTCCTGCTAAACTGATCGCAACTCCCAGCCTACCATCCTTCAAGGTGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTTATC----ATCCAAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TG-T--A-TGTGA----TTTTAACT--T----A---------------TAAACGCCACAAGTTCATA--CACTCAA---TTTGAG-AAAACCC-ATTT-T-TTTTTATGGATGAATTACTTGGAagaag
gi|3 : acttggtacccatGACAACAACCTACACAAGAGGGCATACTTCGAGATTCACCATACCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCATCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCTTGCTGGACTGAACACAACTCCCAACCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTT-CACATG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATAATC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|4 : AGAGGGCATACTTCGAGATTCACGATCCCACAGTCGAATGTTAATTGTCATCTACATTCCTTCTTCCCGACTACCATTAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATAGCAACTCCCAACCTACCATCCTTTAAGATGGGG-TTGCGGGACGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCGACATTAACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTAGA
gi|5 : TAGTTCCCATCTACATTCCTTCTTCCCGAGTACCATCAGACTCTGGAACAGCCTTCCTGTTGGACTGATCGCATCTCCCAACCTACCATCCTGCAAGATGGTG-TTGCGGGATGCCATG-AATTAATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|6 : CTTCCATCCTTCCAGATGGGG-TTACAATCTGCC-TGTTAGTTACCGGCAATCTTGGAACTTG-----TTATAAATTGTA--CATTA-ATTTTGATTTTTTTTAACT--------GCA-CACCTGCATCTTCATCATCACATGAATGTA---AATCAAAAGTTTGAC-AATACCC-G--GAC-TTCTGAAAGATGAaga
gi|7 : acagtccttatggaacaatttaccaTGCTGGACTGATCGCAACTCCCAACCTACCATCCTTGAAGATGGGG-TTGCGGGAAGCCATG-AAGTAATC----ATCCTAGAAACCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CACTCAA---TTCGAG-AATACT------------TGAGGGATGAATTACTTGGA
gi|8 : GCTGGCCTGATCGCAACTCACAGCCTACCATCCTTCAAGATGGGG-TTGTGGGATGCCATG-AAGTGATC----ATCCTAGAACCCAG---TTTTTAACCTGTA--TA-TA-A-TGTGA----TTTTAACT--A----AGTG-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATGTACATA--CATTCAA---TTCAAG-AATATTC-A--G-T-TCCTGAGGGATGAATTACa
gi|9 : CCTGCTGGACTGATCTCAACTGCCAGCCTACCATCCTTCAAGATCGGGTTTTC----------------AAT-------------ACCCAG---TTATCAACCTGTA--TA-TG---TGGGA----TTTTAACT--AGTAAAGCA-CACTTG-GTCCTCAACGCCACATTAACATA--CACTCAA---TTCAAA-AATGCTC-A--A-T-TTTTGAGAGATGAATTACTTGGA