lowQualScore : 1 22222 1 55555555555555555555555555555 222222222222 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555 222 55555555555555555555555555555555555555555555555 222 11
lowQualScore : 6 5 6 7 22222 8 5 3 33 66666666666666666666666666666 666666666666 0000000 44 555 55 6 66666666666666666666666666666666666666666666 3 555 333 66666666666666666666666666666666666666666666666 9 3 666 3 1 0 88
lowQualScore : . . . . ..... . . . .. ............................. ............ ....... .. ... .. . ............................................ . ... ... ............................................... . . ... . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 5 11111 2 0 9 33 33333333333333333333333333333 222222222222 0000000 22 444 99 2 66666666666666666666666666666666666666666666 5 666 888 22222222222222222222222222222222222222222222222 9 6 444 3 0 2 33
consensus : ATTGGCAAATTACACATA----AAAGCTGCAAATGGAGACTTTCTCTATATGTTGT----AT----NC-A--T------AAAATAGT-G--TGTGC--GTATAC---C--GATTCAATGC--C---ATAATTAACC-TAAGA-GTTAT--T---AAT--TAACA------C---TTA------N-CAAAATAT-TGACAATAA-TTTATCGCGGGA-CG-CG-----A-AA-AAA--------TATTGTG---------CAATATTT-ACATT-NGTC-TCCGTAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( gi|4 ) : ATCGCCGAACTACACATT----AAAGCTACACATGGAGACTTTCTTTATATGTTGT----AT----TA-A--T------AAAATAGT-G--TGTGC--GTATAC---C--AATTCAATGC--C---ATAATTAATC-TAAGT-GTTCT--TT--AAT--TAGCA------T---TTA------A-CAAAATGT-TGACAATAC-CTTATCGCTGGA-GT-TG-----A-AA-AAA--------TACTGT----------CAAAATTT-ACATT-TTTC-TCCGTAAAGGTTCCGAACATAGCTTCG
gi|12 : ATTGACAAAATACCAATA----AAAGGGGCAAATGAATTCTTTCTCTATATGTT------AT----TC-ACCT------GAAATAGT-G--TGTG----TATAC---C--GATTCAATGC--C---ATAATTAACC-TCAGC-ATTAT--TT--AAT--TAACA------C---TTA------
gi|19 : gggattaaATTGGCAAATTACACATA----AAAGCTGCAAATGGAca
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatCAAATTACGCATA----CAAGCTGCAAATGAAGATTTT-TCTATAT----------------------------AAAATAGAAG--TGCTC--ATTTGT---T--AATTAAATGT--CTGTATAA---GCC-GAAGA-GTTAT--TG--AAT--TAACA------TAAATTATAACTTA-CAAAATAT-TGACAACAG-TCTATCCCGGGA-CG-TG-----A-AA-AAC--------TATTGCATAACATAAACATAAGCT-ACGTT-T----------AACATTCCGAACATAGCTTC
gi|10 : tcattttaaggaagtttattagCAAATTACACATA----TAAGCTGCAAAGAGAGACTTTATTT-TATATAGT----ATG---CACA--T------AAAATAGG-GA-TTTA-----ATAC---C--GATTTGATGC--C---ATGATTAACC-TAAG--ACTTT--TTAAAAT--TAACA------
gi|3 : gtgtaataaaagggattacagtggAATTACACA------AAAACTTGAAATGGA----CTCTT-GTAAGATGT----ATAAGTTA-A--TGCAGATAAAACAGT-G--CTTG----TATAC---A--GATTCATTGC--C---ATAATTAACCATA----GTTGTAGTT--AAC--TA--A------T---T-----------AAAATAT-TGAAAAAAAGTTTGTCGC---ATGTCTC-----A-AA-AAA--------TATTGTG---------CAATATTT-ACA------CATCTGTAAAGCTTCTGAACATAGCTTCG
gi|13 : ttaaaataagtatagtggcaaatttAATTATACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTACTGTCCAAATTGT----GC----AC-A--T------AAAATAAT-G--ATTG----TTTAC---C--GATTCATTGC--C---ATACTTAACC-TAAGA-GTTAT--TA--AAT--TAcat
gi|6 : aagggggtatattggaaTACACTTC----AAAGCTGCCAATG---ACGTTCTCGAAATGCTGT----GC----AC-A--T------AACCTAGT----TCTG---ATGTAC---C--GATGCAATGCTTC---AT--TTAACC-GTAGA-GATAT------AATGCTAAGA------C---TAA------T-TAAATTAT-TGCAAATAC-TTTATGACGGGA-CA-TG-----ATGG-AAA--------TGTTGTG---------TAATATTA-ACATT-GGTC-TCC-TAAACATTCCGAACATAGTTTa
gi|7 : aACATA----AAAGCTGTAACTGGAGACTTTCTTTATA-----------------------------GAAA-----G--TGCTT--GTATAC---C--GACTCAAGGC--T---TTTATTAGCC-TAAGA-AAT---------AT--TG--A------T---TCA------A-CA----CT-TGACAATAA-TTTATCGCATAA-CT-CG-----G-AATAAA--------TATTGttta
gi|1 : tttaaagggagtatattgacaatttttATA----AAAGCTGCAAATAGAGATTTCCTCTATTTGTTAT----GC----AC-A--T------AATATAGT-G--CGTG----TATAC---A--GATTCAAT-T--C---AGAGTTA----TGA--------------AAT----------------------------CAAAACAT-TGGCAATAG-TTTATCGCAGCA-CA-CG-----A-AA-AAA--------TA-----------------AATAT-ACATT-TATC-TCTGCAAATATTCCAAATGTAGCTTcgtaa
gi|5 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatatcagcaaatagcctGCTGCAACTGGAGACATTTTCTATATGTTATGAAAAT----TA-A---------AAAGTACT-GGTTGCTC--ATATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAATTAACC-AGAGA-GAT--------AAT----GAA------T---TTA------A-CACA-TAT-TGA-AATAA-TTTATCGCAAGA-CG-TG-----A-AA-ACT--------TATTGCG---------CAATATTTTACATT-GGTC-TCCGTAAACGTTCCAAAC
gi|16 : tacacCTTTCTCAATATGTTGT----AT----AT-A--T------AAAATAGT-A--ATTAC--G--TGC---C--AATCCGATAC--C---GTAATT-ATCATAAGA-GTTA-------AAT--TAACA------C---TAA------T-TAAAATA--TGACAATAttgttcataggtctttgtt
gi|14 : --TGTTT--GTATAC---A--TATTCAATGC--C---ATAAATAATC-TAAGA-GTTAT--TA--AAT--AACCA------C---TTA------T-CAAAATAG-TGCCAAT--------------------------------AG--------TATTGT----------CAATATTT-ACATT-TATG-CCCAAAAACATTCTGAACATAG
gi|11 : GTGT--GTTTAC---C--GATTCAATGC--C---ATAATTAACC-TAAGA-GTTAT--TA--AAT--TAACA------C---TAA------A-CATATTGTATGAAAGTA
gi|20 : tagacgacgtcattttatgttagatgacgtcagaaaatggcattggtaaGTGCTTGTATAC---C--GATTTAATGC--C---ATCATCA--T-TAAACAGTTAT--TA--AAT--TAATACTAAGTC---TTA------T-AAAAATAC-AGACAATAG-TTTATCGtacagtactt
gi|17 : taagaCA------C---TTA------ATCAAACTAT-TGACAATAG-TTTATCTCAGGA-CG-CA-----A-TA-CAG--------TATTGT----------CAATTTTT-ATATC-AATC-TATGTAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|15 : a-CAATATAT-TGACAATAA-ATTATAGCGGGA----CGCAAAAA-AA-AAA--------TATTGCG---------CAATATTA-ACATT-TATC-TTCACAAACATTCTGTACATACCTTCca
gi|18 : actcatAAATTAT-TGACAATAA-TTTATCGCGAGA-CG-TG-----A-AA-AAAAAAACGATTAC-G-----------CAATATTT-ACAAT-GGTC-TTCATAAATATTCCGAACATAGGTTCacat
gi|9 : tAAATAT-TGTCAATAA-TTTATGACAGGA-AG-TG-----A-AA-AAA--------TGTTGTG---------CAATATTA-ACGTTGGGTC-T-GGTAAACATTCTGATCACAGCct
gi|23 : gttttgatttaatgtcctaatcattttaatataaaaccatattaaatccaaactaattgTGT----------CATAATGT-A--TT-TATC-TCCGTGAACATTCCGAACATAGCTTCGatagttcct
gi|24 : CATT-GGTC-TCCGTAAACATTCCGAACATAGCTTCca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACATTTCACTTTGAATCATCACGCGAACTATTTCTCTAAAATGGAGTGCTGTTTCGGAACTTTTTAAAGGGTATATGTTTGCAAATTGCATATAAAAGCTGTAAATTAATTTTTTTTTATATATGTTACATGTGTGTTCATAAAACAGTGCTTGTTGATTCA
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT
Unaligned ( gi|22 ): ATATTGCGCATTATGTAAATTGGTCTCTTAAACATTCTGAACATAGCTTCATACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222222222222222222222222 222222222222222 11111 1111111111111111
lowQualScore : 55 3 7777 3 22222222 3 7777777777777777777777777 3 777777777777777 6666 2 33 444 0 66666 0 2 2 66666 66 33 2 2 8888888888888888 44 2 11 3 3 555 77777 4 3 33 3 33
lowQualScore : .. . .... . ........ . ......................... . ............... .... . .. ... . ..... . . . ..... .. .. . . ................ .. . .. . . ... ..... . . .. . ..
lowQualScore : 00 6 7777 6 44444444 3 9999999999999999999999999 1 222222222222222 1111 7 77 777 2 77777 8 7 7 44444 33 77 7 5 3333333333333333 22 2 11 3 3 888 77777 7 3 99 0 44
consensus : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TGT----GCG----CA--TAAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CA----------CTNAT-CAAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( family-1104 ) : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TGT----ATN----CA--TAAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CA----------CTTAN-CAAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
gi|1 : ATCAGCAAATA--GC-CTAT----AAAAGCTGCAAATAGAGATTTC-C------TC-TATTTGT------TAT----GCA----CA--TAATATAGT-G--C------GT----GTATA----CAGA-TTCAATTC-----------------------AG-AGT-TA-TG--AA-------------------------AT-CAAAACATTGGCAATAG-TTTATCGCAGCACACGA-AA-A---AA-----TA------AATA---TACATT-TATCTCTG-CAAATATTCCAAATGTAGCTT
gi|10 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatTGGCAAATT--AC-ACAT----ATAAGCTGCAAAGAGAGACTTTAT------TT-TATATAG------TAT----GCA----CA--TAAAATAGG-GA-T------TTA-----ATA----CCGA-TTTGATGC--C---ATGAT-----TAACCTAAG-ACT-TT-TTAAAA--T--T-AA-CA----------
gi|11 : gtgtaataaaagggattacagTATGT------TAG----ATGACGTCA--GAAAATGGC-A--TTGGTAAGTGT--GTTTA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-CA----------CTAAA-C---ATATTG
gi|12 : tagacgacgtcatttATTGACAAAAT--AC-CAAT----AAAAGGGGCAAATGAATTCTTT-C------TC-TATATGT--------T----ATT----CACCTGAAATAGT-G--T------GT----GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTCAG-CAT-TATTT--AA--T--T-AA-CA----------CTTAtatgaaagtatacagtactt
gi|13 : gggattaaATTGGAAAATT--AT-ACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTA-C------TG-TCCAAAT------TGT----GCA----CA--TAAAATAAT-G--A------TTG----TTTA----CCGA-TTCATTGC--C---ATACT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-ca
gi|14 : aagggggtat--T------GTTT--GTATA----CATA-TTCAATGC--C---ATAAA-----TAATCTAAG-AGT-TA-TT--AA--A--T-AACCA----------CTTAT-CAAAATAGTGCCAAT----------------------------AG-----TATTGT-CAATA-TTTACATT-TATGCCCA-AAAACATTCTGAACATAG
gi|15 : A----------CTCAT-CAATATATTGACAATAA-ATTATAGCGGGACGCAA-AA-AAAAAA-----TATTGCGCAATA-TTAACATT-TATCTTCA-CAAACATTCTGTACATACCTTC
gi|16 : CTTT-C------TC-AATATGT------TGT----ATA----TA--TAAAATAGT-A--A------TTAC--G--TG----CCAA-TCCGATAC--C---GTAAT-----TATCATAAG-AGT-TA-----AA--T--T-AA-CA----------CTAAT-TAAAATA-TGACAATAacat
gi|17 : A-CA----------CTTAATCAAACTATTGACAATAG-TTTATCTCAGGACGCAA-TA-C---AG-----TATTGT-CAATT-TTTATATC-AATCTATG-TAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|18 : AAATTATTGACAATAA-TTTATCGCGAGACGTGA-AA-A---AAAAAACGATTACGCAATA-TTTACAAT-GGTCTTCA-TAAATATTCCGAACATAGGTTCca
gi|19 : tATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAct
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatATTAGCAAATT--AC-GCAT----ACAAGCTGCAAATGAAGATTTT--------TC-TATAT---------------------------AAAATAGAAG--T------GCTC--ATTTG----TTAA-TTAAATGT--CTGTATAA--------GCCGAAG-AGT-TA-TTG-AA--T--T-AA-CATAAATTATAACTTA--CAAAATATTGACAACAG-TCTATCCCGGGACGTGA-AA-A---AC-----TATTGCATAACA-TAAACATA-AG-CTACGTTTAACATTCCGAACATAGCTTC
gi|20 : tcattttaaggaagttt------GTGCTTGTATA----CCGA-TTTAATGC--C---ATCAT-----CA--TTAAACAGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-TACTAAGT----CTTAT-AAAAATACAGACAATAG-TTTATCG
gi|22 : taagaA-----TATTGCGCATTA-TGTAAATT-GGTCTCT--TAAACATTCTGAACATAGCTTC
gi|23 : ATT-TATCTCCG-TGAACATTCCGAACATAGCTTCGatacaa
gi|24 : tgtcataatgtCATT-GGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCca
gi|3 : TGGCAAATTTAATTACAC----AAAAACTTGAAATGGA--CTCT-TGTAAGATG-TATAAGT------TA-----ATG----CAGATAAAACAGT-G--C------TTG----TATA----CAGA-TTCATTGC--C---ATAAT-----TAACC--AT-AGT-TG--T--AG--T--T-A---A----------CTAAT-TAAAATATTGAAAAAAAGTTTGTCGCATGTCTC-A-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACA---CATCT--G-TAAAGCTTCTGAACATAGCTTCGatataa
gi|4 : ttaaaataagtatagATCGCCGAACT--AC-ACAT----TAAAGCTACACATGGAGACTTT-C------TT-TATATGT------TGT----ATT----AA--TAAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCAA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAATCTAAG-TGT-TCTTT--AA--T--T-AG-CA----------TTTAA-CAAAATGTTGACAATAC-CTTATCGCTGGAGTTGA-AA-A---AA-----TACTGT-CAAAA-TTTACATT-TTTCTCCG-TAAAGGTTCCGAACATAGCTTCGcat
gi|5 : GCTGCAACTGGAGACATT-T------TC-TATATGT------TATGAAAATT----AA---AAAGTACT-GGTT------GCTC--ATATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAAT-----TAACCAGAG-AGA-TA-AT--GAATT--T-AA-CA----------C---------ATATTGA-AATAA-TTTATCGCAAGACGTGA-AA-A---CT-----TATTGCGCAATATTTTACATT-GGTCTCCG-TAAACGTTCCAAAC
gi|6 : tacacT--AC-ACTT----CAAAGCTGCCAATG---ACGTT-C------TC-GAAATGC------TGT----GCA----CA--TAACCTAGT----T------CTG---ATGTA----CCGA-TGCAATGCTTC---AT--T-----TAACCGTAG-AGA-TA-T---AA--TGCT-AA-GA----------CTAAT-TAAATTATTGCAAATAC-TTTATGACGGGACATGATGG-A---AA-----TGTTGTGTAATA-TTAACATT-GGTCTCC--TAAACATTCCGAACATAGTTTttgttcataggtctttgtt
gi|7 : aATTGACAATTT--TT-ACAT----AAAAGCTGTAACTGGAGACTTT-C------TT-TATA----------------------------GAAA-----G--T------GCTT--GTATA----CCGA-CTCAAGGC--T---TTTAT-----TAGCCTAAG-AAA-TA-TT--GA--T--TCAA-CA----------C------------TTGACAATAA-TTTATCGCATAACTCGG-AATA---AA-----TATTGCGTAAttta
gi|8 : tttaaagggagtatTTTGCAAATT--GC-ATAT----AAAAGCTGTAAATTAATTTTTT-T------TTATATATGTTACATGTGT----GTT----CA--TAAAACAGT-G--
gi|9 : acatttcactttgaatcatcacgcgaactatttctctaaaatggagtgctgtttcggaactttttaaagggtatatgGA-TTTAATGT--C---CTAATCATTTTAATATAAA-ACCATA-TT--AAA-T--C-CA-AA----------CTAAT-TGAAATATTGTCAATAA-TTTATGACAGGAAGTGA-AA-A---AA-----TGTTGTGCAATA-TTAACGTTGGGTCT-GG-TAAACATTCTGATCACAGCcttgttgattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111111 222222222222222 11111 22222222222222222222
lowQualScore : 55 3 7777 3 22222222 3 9999999999999999 555 3 777777777777777 6666 2 33 444 0 66666 0 2 2 66666 66 33 2 2 33333333333333333333 44 2 11 3 3 555 77777 4 3 33 3 33
lowQualScore : .. . .... . ........ . ................ ... . ............... .... . .. ... . ..... . . . ..... .. .. . . .................... .. . .. . . ... ..... . . .. . ..
lowQualScore : 00 6 7777 6 44444444 3 0000000000000000 444 1 222222222222222 1111 7 77 777 2 77777 8 7 7 44444 33 77 7 5 22222222222222222222 22 2 11 3 3 888 77777 7 3 99 0 44
consensus : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT----TG--TG-CA--CAT---AAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( family-1104 ) : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT----TG--TG-CG--CAT---AAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
gi|1 : ATCAGCAAATA--GC-CTAT----AAAAGCTGCAAATAGAGATTTC-C------TC-TATTTGT----TA--TG-CA--CAT---AATATAGT-G--C------GT----GTATA----CAGA-TTCAATTC-----------------------AG-AGT-TA-TG--AA------------------A-T------C-----AAAACATTGGCAATAG-TTTATCGCAGCACACGA-AA-A---AA-----TA------AATA---TACATT-TATCTCTG-CAAATATTCCAAATGTAGCTT
gi|10 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatTGGCAAATT--AC-ACAT----ATAAGCTGCAAAGAGAGACTTTAT------TT-TATATAG----TA--TG-CA--CAT---AAAATAGG-GA-T------TTA-----ATA----CCGA-TTTGATGC--C---ATGAT-----TAACCTAAG-ACT-TT-TTAAAA--T--T-AA-CA
gi|11 : gtgtaataaaagggattacagTATGT----TAGATGACGT-CAG---AAAATGGC-A--TTGGTAAGTGT--GTTTA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-CAC---TA---------------AACATATTG
gi|12 : tagacgacgtcatttATTGACAAAAT--AC-CAAT----AAAAGGGGCAAATGAATTCTTT-C------TC-TATATGT----TA--TT-CA--CCT---GAAATAGT-G--T------GT----GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTCAG-CAT-TATTT--AA--T--T-AA-CAC---TTA-tatgaaagtatacagtactt
gi|13 : gggattaaATTGGAAAATT--AT-ACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTA-C------TG-TCCAAAT----TG--TG-CA--CAT---AAAATAAT-G--A------TTG----TTTA----CCGA-TTCATTGC--C---ATACT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-ca
gi|14 : aagggggtat--T------GTTT--GTATA----CATA-TTCAATGC--C---ATAAA-----TAATCTAAG-AGT-TA-TT--AA--A--T-AACCAC---TTA-T------C-----AAAATAGTGCCAAT----------------------------AG-----TATTGT-CAATA-TTTACATT-TATGCCCA-AAAACATTCTGAACATAG
gi|15 : AC---TCA-T------C-----AATATATTGACAATAA-ATTATAGCGGGACGCAA-AA-AAAAAA-----TATTGCGCAATA-TTAACATT-TATCTTCA-CAAACATTCTGTACATACCTTC
gi|16 : CTTT-C------TC-AATATGT----TG--TA-TA--TAT---AAAATAGT-A--A------TTAC--G--TG----CCAA-TCCGATAC--C---GTAAT-----TATCATAAG-AGT-TA-----AA--T--T-AA-CAC---TAA-T------T-----AAAATA-TGACAATAacat
gi|17 : A-CAC---TTAAT------C-----AAACTATTGACAATAG-TTTATCTCAGGACGCAA-TA-C---AG-----TATTGT-CAATT-TTTATATC-AATCTATG-TAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|18 : -----AAATTATTGACAATAA-TTTATCGCGAGACGTGA-AA-A---AAAAAACGATTACGCAATA-TTTACAAT-GGTCTTCA-TAAATATTCCGAACATAGGTTCca
gi|19 : tATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAct
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatATTAGCAAATT--AC-GCAT----ACAAGCTGCAAATGAAGATTTT--------TC-TATAT-----------------------AAAATAGAAG--T------GCTC--ATTTG----TTAA-TTAAATGT--CTGTATAA--------GCCGAAG-AGT-TA-TTG-AA--T--T-AA-CATAAATTA-TAACTTAC-----AAAATATTGACAACAG-TCTATCCCGGGACGTGA-AA-A---AC-----TATTGCATAACA-TAAACATA-AG-CTACGTTTAACATTCCGAACATAGCTTC
gi|20 : tcattttaaggaagttt------GTGCTTGTATA----CCGA-TTTAATGC--C---ATCAT-----CA--TTAAACAGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-TAC---TAAGT------CTTATAAAAATACAGACAATAG-TTTATCG
gi|22 : taagaA-----TATTGCGCATTA-TGTAAATT-GGTCTCT--TAAACATTCTGAACATAGCTTC
gi|23 : ATT-TATCTCCG-TGAACATTCCGAACATAGCTTCGatacaa
gi|24 : tgtcataatgtCATT-GGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCca
gi|3 : TGGCAAATTTAATTACAC----AAAAACTTGAAATGGA--CTCT-TGTAAGATG-TATAAGT----TAA-TG-CA--GAT---AAAACAGT-G--C------TTG----TATA----CAGA-TTCATTGC--C---ATAAT-----TAACC--AT-AGT-TG--T--AG--T--T-A---AC---TAA-T------T-----AAAATATTGAAAAAAAGTTTGTCGCATGTCTC-A-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACA---CATCT--G-TAAAGCTTCTGAACATAGCTTCGatataa
gi|4 : ttaaaataagtatagATCGCCGAACT--AC-ACAT----TAAAGCTACACATGGAGACTTT-C------TT-TATATGT----TG--TA-TT--AAT---AAAATAGT-G--T------GTGC--GTATA----CCAA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAATCTAAG-TGT-TCTTT--AA--T--T-AG-CAT---TTA-A------C-----AAAATGTTGACAATAC-CTTATCGCTGGAGTTGA-AA-A---AA-----TACTGT-CAAAA-TTTACATT-TTTCTCCG-TAAAGGTTCCGAACATAGCTTCGcat
gi|5 : GCTGCAACTGGAGACATT-T------TC-TATATGT----TA--TG-AA--AATTAAAAAGTACT-GGTT------GCTC--ATATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAAT-----TAACCAGAG-AGA-TA-AT--GAATT--T-AA-CAC-----------------------ATATTGA-AATAA-TTTATCGCAAGACGTGA-AA-A---CT-----TATTGCGCAATATTTTACATT-GGTCTCCG-TAAACGTTCCAAAC
gi|6 : tacacT--AC-ACTT----CAAAGCTGCCAATG---ACGTT-C------TC-GAAATGC----TG--TG-CA--CAT---AACCTAGT----T------CTG---ATGTA----CCGA-TGCAATGCTTC---AT--T-----TAACCGTAG-AGA-TA-T---AA--TGCT-AA-GAC---TAA-T------T-----AAATTATTGCAAATAC-TTTATGACGGGACATGATGG-A---AA-----TGTTGTGTAATA-TTAACATT-GGTCTCC--TAAACATTCCGAACATAGTTTttgttcataggtctttgtt
gi|7 : aATTGACAATTT--TT-ACAT----AAAAGCTGTAACTGGAGACTTT-C------TT-TATA------------------------GAAA-----G--T------GCTT--GTATA----CCGA-CTCAAGGC--T---TTTAT-----TAGCCTAAG-AAA-TA-TT--GA--T--TCAA-CAC--------------------------TTGACAATAA-TTTATCGCATAACTCGG-AATA---AA-----TATTGCGTAAttta
gi|8 : tttaaagggagtatTTTGCAAATT--GC-ATAT----AAAAGCTGTAAATTAATTTTTT-T------TTATATATGTTACATG--TG-TGTTCAT---AAAACAGT-G--
gi|9 : acatttcactttgaatcatcacgcgaactatttctctaaaatggagtgctgtttcggaactttttaaagggtatatgGA-TTTAATGT--C---CTAATCATTTTAATATAAA-ACCATA-TT--AAA-T--C-CA-AAC---TAA-T------T-----GAAATATTGTCAATAA-TTTATGACAGGAAGTGA-AA-A---AA-----TGTTGTGCAATA-TTAACGTTGGGTCT-GG-TAAACATTCTGATCACAGCcttgttgattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222 11111 22222222222222222222
lowQualScore : 55 3 7777 3 22222222 3 999999 44 0 1 555 3 77 1111 6666 2 33 444 0 66666 0 2 2 66666 66 33 2 2 33333333333333333333 44 2 11 3 3 555 77777 4 3 33 3 33
lowQualScore : .. . .... . ........ . ...... .. . . ... . .. .... .... . .. ... . ..... . . . ..... .. .. . . .................... .. . .. . . ... ..... . . .. . ..
lowQualScore : 00 6 7777 6 44444444 3 666666 22 2 8 888 3 33 8888 1111 7 77 777 2 77777 8 7 7 44444 33 77 7 5 22222222222222222222 22 2 11 3 3 888 77777 7 3 99 0 44
consensus : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( family-1104 ) : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
gi|1 : ATCAGCAAATA--GC-CTAT----AAAAGCTGCAAATAGAGATTTC-C------TC-TATTTGT------TA-TGCACAT---AATATAGT-G--CGT----GTATA----CAGA-TTCAATTC-----------------------AG-AGT-TA-TG--AA------------------A-T------C-----AAAACATTGGCAATAG-TTTATCGCAGCACACGA-AA-A---AA-----TA------AATA---TACATT-TATCTCTG-CAAATATTCCAAATGTAGCTT
gi|10 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatTGGCAAATT--AC-ACAT----ATAAGCTGCAAAGAGAGACTTTAT------TT-TATATAG------TA-TGCACAT---AAAATAGG-GA-TTTA-----ATA----CCGA-TTTGATGC--C---ATGAT-----TAACCTAAG-ACT-TT-TTAAAA--T--T-AA-CA
gi|11 : gtgtaataaaagggattacagGTGT--GTTTA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-CAC---TA---------------AACATATTG
gi|12 : tagacgacgtcattttatgttagatgacgtcagaaaatggcattggtaaATTGACAAAAT--AC-CAAT----AAAAGGGGCAAATGAATTCTTT-C------TC-TATATGT------TA-TTCACCT---GAAATAGT-G--TGT----GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTCAG-CAT-TATTT--AA--T--T-AA-CAC---TTA-tatgaaagtatacagtactt
gi|13 : gggattaaATTGGAAAATT--AT-ACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTA-C------TG-TCCAAAT------TG-TGCACAT---AAAATAAT-G--ATTG----TTTA----CCGA-TTCATTGC--C---ATACT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-ca
gi|14 : aagggggtat--TGTTT--GTATA----CATA-TTCAATGC--C---ATAAA-----TAATCTAAG-AGT-TA-TT--AA--A--T-AACCAC---TTA-T------C-----AAAATAGTGCCAAT----------------------------AG-----TATTGT-CAATA-TTTACATT-TATGCCCA-AAAACATTCTGAACATAG
gi|15 : AC---TCA-T------C-----AATATATTGACAATAA-ATTATAGCGGGACGCAA-AA-AAAAAA-----TATTGCGCAATA-TTAACATT-TATCTTCA-CAAACATTCTGTACATACCTTC
gi|16 : CTTT-C------TC-AATATGT------TG-TATATAT---AAAATAGT-A--ATTAC--G--TG----CCAA-TCCGATAC--C---GTAAT-----TATCATAAG-AGT-TA-----AA--T--T-AA-CAC---TAA-T------T-----AAAATA-TGACAATAacat
gi|17 : A-CAC---TTAAT------C-----AAACTATTGACAATAG-TTTATCTCAGGACGCAA-TA-C---AG-----TATTGT-CAATT-TTTATATC-AATCTATG-TAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|18 : -----AAATTATTGACAATAA-TTTATCGCGAGACGTGA-AA-A---AAAAAACGATTACGCAATA-TTTACAAT-GGTCTTCA-TAAATATTCCGAACATAGGTTCca
gi|19 : tATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAct
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatATTAGCAAATT--AC-GCAT----ACAAGCTGCAAATGAAGATTTT--------TC-TATAT---------------------AAAATAGAAG--TGCTC--ATTTG----TTAA-TTAAATGT--CTGTATAA--------GCCGAAG-AGT-TA-TTG-AA--T--T-AA-CATAAATTA-TAACTTAC-----AAAATATTGACAACAG-TCTATCCCGGGACGTGA-AA-A---AC-----TATTGCATAACA-TAAACATA-AG-CTACGTTTAACATTCCGAACATAGCTTC
gi|20 : tcattttaaggaagtttGTGCTTGTATA----CCGA-TTTAATGC--C---ATCAT-----CA--TTAAACAGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-TAC---TAAGT------CTTATAAAAATACAGACAATAG-TTTATCG
gi|22 : taagaA-----TATTGCGCATTA-TGTAAATT-GGTCTCT--TAAACATTCTGAACATAGCTTC
gi|23 : ATT-TATCTCCG-TGAACATTCCGAACATAGCTTCGatacaa
gi|24 : tgtcataatgtCATT-GGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCca
gi|3 : TGGCAAATTTAATTACAC----AAAAACTTGAAATGGA--CTCT-TGTAAGATG-TATAAGT------TAATGCAGAT---AAAACAGT-G--CTTG----TATA----CAGA-TTCATTGC--C---ATAAT-----TAACC--AT-AGT-TG--T--AG--T--T-A---AC---TAA-T------T-----AAAATATTGAAAAAAAGTTTGTCGCATGTCTC-A-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACA---CATCT--G-TAAAGCTTCTGAACATAGCTTCGatataa
gi|4 : ttaaaataagtatagATCGCCGAACT--AC-ACAT----TAAAGCTACACATGGAGACTTT-C------TT-TATATGT------TG-TATTAAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCAA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAATCTAAG-TGT-TCTTT--AA--T--T-AG-CAT---TTA-A------C-----AAAATGTTGACAATAC-CTTATCGCTGGAGTTGA-AA-A---AA-----TACTGT-CAAAA-TTTACATT-TTTCTCCG-TAAAGGTTCCGAACATAGCTTCGcat
gi|5 : GCTGCAACTGGAGACATT-T------TC-TATATGT------TA-TGAAAATTAAAAAGTACT-GGTTGCTC--ATATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAAT-----TAACCAGAG-AGA-TA-AT--GAATT--T-AA-CAC-----------------------ATATTGA-AATAA-TTTATCGCAAGACGTGA-AA-A---CT-----TATTGCGCAATATTTTACATT-GGTCTCCG-TAAACGTTCCAAAC
gi|6 : tacacT--AC-ACTT----CAAAGCTGCCAATG---ACGTT-C------TC-GAAATGC------TG-TGCACAT---AACCTAGT----TCTG---ATGTA----CCGA-TGCAATGCTTC---AT--T-----TAACCGTAG-AGA-TA--T--AA--TGCT-AA-GAC---TAA-T------T-----AAATTATTGCAAATAC-TTTATGACGGGACATGATGG-A---AA-----TGTTGTGTAATA-TTAACATT-GGTCTCC--TAAACATTCCGAACATAGTTTttgttcataggtctttgtt
gi|7 : aATTGACAATTT--TT-ACAT----AAAAGCTGTAACTGGAGACTTT-C------TT-TATA----------------------GAAA-----G--TGCTT--GTATA----CCGA-CTCAAGGC--T---TTTAT-----TAGCCTAAG-AAA-TA-TT--GA--T--TCAA-CAC--------------------------TTGACAATAA-TTTATCGCATAACTCGG-AATA---AA-----TATTGCGTAAttta
gi|8 : tttaaagggagtatTTTGCAAATT--GC-ATAT----AAAAGCTGTAAATTAATTTTTT-T------TTATATATGTTACATGTG-TGTTCAT---AAAACAGT-G--
gi|9 : acatttcactttgaatcatcacgcgaactatttctctaaaatggagtgctgtttcggaactttttaaagggtatatgGA-TTTAATGT--C---CTAATCATTTTAATATAAA-ACCATA-TT--AAA-T--C-CA-AAC---TAA-T------T-----GAAATATTGTCAATAA-TTTATGACAGGAAGTGA-AA-A---AA-----TGTTGTGCAATA-TTAACGTTGGGTCT-GG-TAAACATTCTGATCACAGCcttgttgattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222 11111 22222222222222222222
lowQualScore : 55 3 7777 3 22222222 3 999999 44 0 1 555 3 77 1111 6666 2 33 444 0 66666 0 2 2 66666 66 33 2 2 33333333333333333333 44 2 11 3 3 555 77777 4 3 33 3 33
lowQualScore : .. . .... . ........ . ...... .. . . ... . .. .... .... . .. ... . ..... . . . ..... .. .. . . .................... .. . .. . . ... ..... . . .. . ..
lowQualScore : 00 6 7777 6 44444444 3 666666 22 2 8 888 3 33 8888 1111 7 77 777 2 77777 8 7 7 44444 33 77 7 5 22222222222222222222 22 2 11 3 3 888 77777 7 3 99 0 44
consensus : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( family-1104 ) : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
gi|1 : ATCAGCAAATA--GC-CTAT----AAAAGCTGCAAATAGAGATTTC-C------TC-TATTTGT------TA-TGCACAT---AATATAGT-G--CGT----GTATA----CAGA-TTCAATTC-----------------------AG-AGT-TA-TG--AA------------------A-T------C-----AAAACATTGGCAATAG-TTTATCGCAGCACACGA-AA-A---AA-----TA------AATA---TACATT-TATCTCTG-CAAATATTCCAAATGTAGCTT
gi|10 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatTGGCAAATT--AC-ACAT----ATAAGCTGCAAAGAGAGACTTTAT------TT-TATATAG------TA-TGCACAT---AAAATAGG-GA-TTTA-----ATA----CCGA-TTTGATGC--C---ATGAT-----TAACCTAAG-ACT-TT-TTAAAA--T--T-AA-CA
gi|11 : gtgtaataaaagggattacagGTGT--GTTTA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-CAC---TA---------------AACATATTG
gi|12 : tagacgacgtcattttatgttagatgacgtcagaaaatggcattggtaaATTGACAAAAT--AC-CAAT----AAAAGGGGCAAATGAATTCTTT-C------TC-TATATGT------TA-TTCACCT---GAAATAGT-G--TGT----GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTCAG-CAT-TATTT--AA--T--T-AA-CAC---TTA-tatgaaagtatacagtactt
gi|13 : gggattaaATTGGAAAATT--AT-ACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTA-C------TG-TCCAAAT------TG-TGCACAT---AAAATAAT-G--ATTG----TTTA----CCGA-TTCATTGC--C---ATACT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-ca
gi|14 : aagggggtat--TGTTT--GTATA----CATA-TTCAATGC--C---ATAAA-----TAATCTAAG-AGT-TA-TT--AA--A--T-AACCAC---TTA-T------C-----AAAATAGTGCCAAT----------------------------AG-----TATTGT-CAATA-TTTACATT-TATGCCCA-AAAACATTCTGAACATAG
gi|15 : AC---TCA-T------C-----AATATATTGACAATAA-ATTATAGCGGGACGCAA-AA-AAAAAA-----TATTGCGCAATA-TTAACATT-TATCTTCA-CAAACATTCTGTACATACCTTC
gi|16 : CTTT-C------TC-AATATGT------TG-TATATAT---AAAATAGT-A--ATTAC--G--TG----CCAA-TCCGATAC--C---GTAAT-----TATCATAAG-AGT-TA-----AA--T--T-AA-CAC---TAA-T------T-----AAAATA-TGACAATAacat
gi|17 : A-CAC---TTAAT------C-----AAACTATTGACAATAG-TTTATCTCAGGACGCAA-TA-C---AG-----TATTGT-CAATT-TTTATATC-AATCTATG-TAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|18 : -----AAATTATTGACAATAA-TTTATCGCGAGACGTGA-AA-A---AAAAAACGATTACGCAATA-TTTACAAT-GGTCTTCA-TAAATATTCCGAACATAGGTTCca
gi|19 : tATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAct
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatATTAGCAAATT--AC-GCAT----ACAAGCTGCAAATGAAGATTTT--------TC-TATAT---------------------AAAATAGAAG--TGCTC--ATTTG----TTAA-TTAAATGT--CTGTATAA--------GCCGAAG-AGT-TA-TTG-AA--T--T-AA-CATAAATTA-TAACTTAC-----AAAATATTGACAACAG-TCTATCCCGGGACGTGA-AA-A---AC-----TATTGCATAACA-TAAACATA-AG-CTACGTTTAACATTCCGAACATAGCTTC
gi|20 : tcattttaaggaagtttGTGCTTGTATA----CCGA-TTTAATGC--C---ATCAT-----CA--TTAAACAGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-TAC---TAAGT------CTTATAAAAATACAGACAATAG-TTTATCG
gi|22 : taagaA-----TATTGCGCATTA-TGTAAATT-GGTCTCT--TAAACATTCTGAACATAGCTTC
gi|23 : ATT-TATCTCCG-TGAACATTCCGAACATAGCTTCGatacaa
gi|24 : tgtcataatgtCATT-GGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCca
gi|3 : TGGCAAATTTAATTACAC----AAAAACTTGAAATGGA--CTCT-TGTAAGATG-TATAAGT------TAATGCAGAT---AAAACAGT-G--CTTG----TATA----CAGA-TTCATTGC--C---ATAAT-----TAACC--AT-AGT-TG--T--AG--T--T-A---AC---TAA-T------T-----AAAATATTGAAAAAAAGTTTGTCGCATGTCTC-A-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACA---CATCT--G-TAAAGCTTCTGAACATAGCTTCGatataa
gi|4 : ttaaaataagtatagATCGCCGAACT--AC-ACAT----TAAAGCTACACATGGAGACTTT-C------TT-TATATGT------TG-TATTAAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCAA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAATCTAAG-TGT-TCTTT--AA--T--T-AG-CAT---TTA-A------C-----AAAATGTTGACAATAC-CTTATCGCTGGAGTTGA-AA-A---AA-----TACTGT-CAAAA-TTTACATT-TTTCTCCG-TAAAGGTTCCGAACATAGCTTCGcat
gi|5 : GCTGCAACTGGAGACATT-T------TC-TATATGT------TA-TGAAAATTAAAAAGTACT-GGTTGCTC--ATATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAAT-----TAACCAGAG-AGA-TA-AT--GAATT--T-AA-CAC-----------------------ATATTGA-AATAA-TTTATCGCAAGACGTGA-AA-A---CT-----TATTGCGCAATATTTTACATT-GGTCTCCG-TAAACGTTCCAAAC
gi|6 : tacacT--AC-ACTT----CAAAGCTGCCAATG---ACGTT-C------TC-GAAATGC------TG-TGCACAT---AACCTAGT----TCTG---ATGTA----CCGA-TGCAATGCTTC---AT--T-----TAACCGTAG-AGA-TA--T--AA--TGCT-AA-GAC---TAA-T------T-----AAATTATTGCAAATAC-TTTATGACGGGACATGATGG-A---AA-----TGTTGTGTAATA-TTAACATT-GGTCTCC--TAAACATTCCGAACATAGTTTttgttcataggtctttgtt
gi|7 : aATTGACAATTT--TT-ACAT----AAAAGCTGTAACTGGAGACTTT-C------TT-TATA----------------------GAAA-----G--TGCTT--GTATA----CCGA-CTCAAGGC--T---TTTAT-----TAGCCTAAG-AAA-TA-TT--GA--T--TCAA-CAC--------------------------TTGACAATAA-TTTATCGCATAACTCGG-AATA---AA-----TATTGCGTAAttta
gi|8 : tttaaagggagtatTTTGCAAATT--GC-ATAT----AAAAGCTGTAAATTAATTTTTT-T------TTATATATGTTACATGTG-TGTTCAT---AAAACAGT-G--
gi|9 : acatttcactttgaatcatcacgcgaactatttctctaaaatggagtgctgtttcggaactttttaaagggtatatgGA-TTTAATGT--C---CTAATCATTTTAATATAAA-ACCATA-TT--AAA-T--C-CA-AAC---TAA-T------T-----GAAATATTGTCAATAA-TTTATGACAGGAAGTGA-AA-A---AA-----TGTTGTGCAATA-TTAACGTTGGGTCT-GG-TAAACATTCTGATCACAGCcttgttgattca
blockSeqs : TA T TTAT G TGTAAGA A TACATG AA C TAA A GT GCTT TATG A TT TGT CATTT C A TTAA AT GC C C AAATTATAACTTAC AG G GC T T AAA AAAAC G T GG C GT
blockSeqs : . . . T AT . . A C . . A GT . . . . . . . TTA A . . . TAAGTCTTATA A A GC . . . . G . T T A
blockSeqs : . . . C C . . A C . . . TT . . . . . . . TTT . . . . TTAATC G G GT . . . . A . T A A
blockSeqs : . . . G C . . G T . . . AC . . . . . . . TTA . . . . TTATC A G GT . . . . G . A T G
blockSeqs : . . . G C . . G G . . . TC . . . . . . . TTG . . . . TCATC G A TC . . . . G . G A A
blockSeqs : . . . G C . . G A . . . GC . . . . . . . TTA . . . . TAATT G T TT . . . . G . A C G
blockSeqs : . . . G T . . A A . . . TC . . . . . . . TTT . . . . TAATT C A GT . . . . G . G C G
blockSeqs : . . . T C . . G C . . . TT . . . . . . . TT . . . . TTAAC A G AT . . . . G . T C G
blockSeqs : . . . . C . . G C . . . A . . . . . . . AT . . . . TAATT C A TC . . . . G . G C G
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . TAATT A A GT . . . . . . C C G
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . TA A . . . . . . . . T C G
blockSeqs : . G . . . . . . . T . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TC** TT*** TAATC***************
originalCons : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTGC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CAC---TNA-T------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
finalCons : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTTC--GTATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TATT---AA--T--T-AA-CACTAATC---------------AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111111 11111 222222222222222222222
lowQualScore : 55 3 7777 3 22222222 3 999999 44 0 1 555 2 55555555555 6666 2 33 444 0 66666 0 2 2 66666 66 33 2 2 000000000000000000000 44 2 11 3 3 555 77777 4 3 33 3 33
lowQualScore : .. . .... . ........ . ...... .. . . ... . ........... .... . .. ... . ..... . . . ..... .. .. . . ..................... .. . .. . . ... ..... . . .. . ..
lowQualScore : 00 6 7777 6 44444444 3 666666 22 2 8 888 9 99999999999 1111 7 77 777 2 77777 8 7 7 44444 33 77 7 5 222222222222222222222 22 2 11 3 3 888 77777 7 3 99 0 44
consensus : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTT-CG-TATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CACT-AA-T---------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
Reference ( family-1104 ) : ATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAGACTTT-C------TC-TATATGT------TG-TGCACAT---AAAATAGT-G--TGTT-CG-TATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TT--AA--T--T-AA-CACT-AA-T---------C-----AAAATATTGACAATAA-TTTATCGCGGGACGCGA-AA-A---AA-----TATTGCGCAATA-TTTACATT-NGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCG
gi|1 : ATCAGCAAATA--GC-CTAT----AAAAGCTGCAAATAGAGATTTC-C------TC-TATTTGT------TA-TGCACAT---AATATAGT-G--CGT---G-TATA----CAGA-TTCAATTC-----------------------AG-AGT-TA-TG--A----------------AA-T---------C-----AAAACATTGGCAATAG-TTTATCGCAGCACACGA-AA-A---AA-----TA------AATA---TACATT-TATCTCTG-CAAATATTCCAAATGTAGCTT
gi|10 : aatattggacttcataacagcacgcgacattatctccaagcttgccgacgttttgcagtatattaaagggagtatTGGCAAATT--AC-ACAT----ATAAGCTGCAAAGAGAGACTTTAT------TT-TATATAG------TA-TGCACAT---AAAATAG--G--GATT-TA--ATA----CCGA-TTTGATGC--C---ATGAT-----TAACCTAAG-ACT-TT-TTAAAA--T--T-AA-CA
gi|11 : gtgtaataaaagggattacagAGT-G--TGTT------TA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-CACT-A------------------AACATATTG
gi|12 : tagacgacgtcattttatgttagatgacgtcagaaaatggcattggtaATTGACAAAAT--AC-CAAT----AAAAGGGGCAAATGAATTCTTT-C------TC-TATATGT------TA-TTCACCT---GAAATAGT-G--TGT---G-TATA----CCGA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAACCTCAG-CAT-TATTT--AA--T--T-AA-CACT-tatgaaagtatacagtactt
gi|13 : gggattaaATTGGAAAATT--AT-ACATTTATAAAAGCTTCAAATGAACACTTA-C------TG-TCCAAAT------TG-TGCACAT---AAAATAAT-GATTGTT------TA----CCGA-TTCATTGC--C---ATACT-----TAACCTAAG-AGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-taca
gi|14 : aagggggtat--TGTT-TG-TATA----CATA-TTCAATGC--C---ATAAA-----TAATCTAAG-AGT-TA-TT--AA--A--T-AACCACT-TA-T---------C-----AAAATAGTGCCAAT----------------------------AG-----TATTGT-CAATA-TTTACATT-TATGCCCA-AAAACATTCTGAACATAG
gi|15 : ACT-CA-T---------C-----AATATATTGACAATAA-ATTATAGCGGGACGCAA-AA-AAAAAA-----TATTGCGCAATA-TTAACATT-TATCTTCA-CAAACATTCTGTACATACCTTC
gi|16 : CTTT-C------TC-AATATGT------TG-TATATAT---AAAATAGT-A---ATTACG---TG----CCAA-TCCGATAC--C---GTAAT-----TATCATAAG-AGT-TA-----AA--T--T-AA-CACT-AA-T---------T-----AAAATA-TGACAATAacat
gi|17 : A-CACTTAA-T---------C-----AAACTATTGACAATAG-TTTATCTCAGGACGCAA-TA-C---AG-----TATTGT-CAATT-TTTATATC-AATCTATG-TAAACATTTCGAACATAGCTTCG
gi|18 : -----AAATTATTGACAATAA-TTTATCGCGAGACGTGA-AA-A---AAAAAACGATTACGCAATA-TTTACAAT-GGTCTTCA-TAAATATTCCGAACATAGGTTCca
gi|19 : tATTGGCAAATT--AC-ACAT----AAAAGCTGCAAATGGAct
gi|2 : agtttataaatattaaaaggacttgctgatattcactagtttttattttaaagggagtatATTAGCAAATT--AC-GCAT----ACAAGCTGCAAATGAAGATTTT--------TC-TATAT---------------------AAAATAGAAG--TGCT-CA-TTTG----TTAA-TTAAATGT--CTGTATAA--------GCCGAAG-AGT-TA-TTG-AA--T--T-AA-CATA-AA-TTATAACTTAC-----AAAATATTGACAACAG-TCTATCCCGGGACGTGA-AA-A---AC-----TATTGCATAACA-TAAACATA-AG-CTACGTTTAACATTCCGAACATAGCTTC
gi|20 : tcattttaaggaagtttAGA-G--TGCT-TG-TATA----CCGA-TTTAATGC--C---ATCAT-----CA--TTAAACAGT-TA-TTA-AA--T--T-AA-TACT-AAGT---------CTTATAAAAATACAGACAATAG-TTTATCG
gi|22 : taA-----TATTGCGCATTA-TGTAAATT-GGTCTCT--TAAACATTCTGAACATAGCTTC
gi|23 : ATT-TATCTCCG-TGAACATTCCGAACATAGCTTCGatacaa
gi|24 : tgtcataatgtCATT-GGTCTCCG-TAAACATTCCGAACATAGCTTCca
gi|3 : TGGCAAATTTAATTACAC----AAAAACTTGAAATGGA--CTCT-TGTAAGATG-TATAAGT------TAATGCAGAT---AAAACAGT-G--C--T-TG-TATA----CAGA-TTCATTGC--C---ATAAT-----TAACC--AT-AGT-TG--T--AG--T--T-A---ACT-AA-T---------T-----AAAATATTGAAAAAAAGTTTGTCGCATGTCTC-A-AA-A---AA-----TATTGTGCAATA-TTTACA---CATCT--G-TAAAGCTTCTGAACATAGCTTCGatataa
gi|4 : ttaaaataagtatagATCGCCGAACT--AC-ACAT----TAAAGCTACACATGGAGACTTT-C------TT-TATATGT------TG-TATTAAT---AAAATAGT-G--TGTG-CG-TATA----CCAA-TTCAATGC--C---ATAAT-----TAATCTAAG-TGT-TCTTT--AA--T--T-AG-CATT-TA-A---------C-----AAAATGTTGACAATAC-CTTATCGCTGGAGTTGA-AA-A---AA-----TACTGT-CAAAA-TTTACATT-TTTCTCCG-TAAAGGTTCCGAACATAGCTTCGcat
gi|5 : GCTGCAACTGGAGACATT-T------TC-TATATGT------TA-TGAAAATTAAAAAGTACT-GGTTGCT-CA-TATATATGCTGAATTCAATGT--C---TTAAT-----TAACCAGAG-AGA-TA-AT--GAATT--T-AA-CAC------------------------ATATTGA-AATAA-TTTATCGCAAGACGTGA-AA-A---CT-----TATTGCGCAATATTTTACATT-GGTCTCCG-TAAACGTTCCAAAC
gi|6 : tacacT--AC-ACTT----CAAAGCTGCCAATG---ACGTT-C------TC-GAAATGC------TG-TGCACAT---AACCTAGT------TC-TGATGTA----CCGA-TGCAATGCTTC---AT--T-----TAACCGTAG-AGA-TA-T---AA--TGCT-AA-GACT-AA-T---------T-----AAATTATTGCAAATAC-TTTATGACGGGACATGATGG-A---AA-----TGTTGTGTAATA-TTAACATT-GGTCTCC--TAAACATTCCGAACATAGTTTttgttcataggtctttgtt
gi|7 : aATTGACAATTT--TT-ACAT----AAAAGCTGTAACTGGAGACTTT-C------TT-TATA----------------------GAAA-----G--TGCT-TG-TATA----CCGA-CTCAAGGC--T---TTTAT-----TAGCCTAAG-AAA-TA-TT--GA--T--TCAA-CAC---------------------------TTGACAATAA-TTTATCGCATAACTCGG-AATA---AA-----TATTGCGTAAttta
gi|8 : tttaaagggagtatTTTGCAAATT--GC-ATAT----AAAAGCTGTAAATTAATTTTTT-T------TTATATATGTTACATGTG-TGTTCAT---AAAACAGT-GCTTGTT-
gi|9 : acatttcactttgaatcatcacgcgaactatttctctaaaatggagtgctgtttcggaactttttaaagggtatatgGA-TTTAATGT--C---CTAATCATTTTAATATAAA-ACCATA-TT--AAA-T--C-CA-AACT-AA-T---------T-----GAAATATTGTCAATAA-TTTATGACAGGAAGTGA-AA-A---AA-----TGTTGTGCAATA-TTAACGTTGGGTCT-GG-TAAACATTCTGATCACAGCgattca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TGTATTAATTGCCAACTATTTGTGACGAGGAAAATAAAAAAAGATTGTGAACTATTTACAT