lowQualScore : 11111 333333333333333333333333333333333333333 11111111 333333333
lowQualScore : 3 777777 77777 0 1 7 1 4444 444444444444444444444444444444444444444 44 55 9999 1 99999999999999 33333 2 444 33333333 5 3 333333333 5
lowQualScore : . ...... ..... . . . . .... ....................................... .. .. .... . .............. ..... . ... ........ . . ......... .
lowQualScore : 4 444444 33333 4 7 2 7 3333 000000000000000000000000000000000000000 44 55 2222 4 44444444444444 22222 7 111 88888888 8 1 666666666 0
consensus : AATTAACTT-----NATTGTAT---TGGCCTT-GTTAT-C---GAGG-A-AA-AT-------T--N-TG-----A---C---G-T--CAT-ATGA-CGCG-AACTCG-------------GCCAATACG-----AACT-G---AACT-------CGGCCAATACGAAANA-AACAAAC--CAAGGCNAATATG
Reference ( gi|11 ) : AATCAACTT-----TATTGTGC---TGGCCTT-GCTAT-C---AAAG-G-AA-AT-------T--A-TC-----A---C---A-T--CAT-GTGA-CTCG-AACTCA-------------GCCAATATG-----AACT-G---AACT-------TGGCCAATATGAAAGA-AACAAACCCCAAGGCAAATATG
gi|19 : AATTAACTT-----AATTATAT---TAGCCTT-GTTAT-C---GAAA-A-AT-AT-------T----TG-----A---C---G-T--CAT-ATGA-TGCG-AACTCA-------------GCCAATATG-----AACT-G---AATTAATGAACTGGTCAATATGA
gi|20 : aAATTAACTT-----AATTATAT---TAGCCTT-GTTAT-C---GAAA-A-AT-AT-------T----TG-----A---C---G-T--CAT-ATGA-TGCG-AACTCA-------------GCCAATATG-----AACT-G---AATTAATGAACTGGTCAATAT
gi|17 : aAATGAACTT-----CATTGTAT---TGGCCTT----------------------T-------T--G--------A---T---G-T--CAT-ATGA-TGCA-AACTCG-------------GGCAATGCG-----AACT-G---AACT-------CGGCCAATAC----GA-ATTGAACTC---GGCAAATATG
gi|31 : tattAATTAACTT-----TATTGCAT---TGACCTT-GTTAT-A---GAAG-A-AA-AA-------T--A-TG-----C---C---A-T--CAT-ATGA-TGCG-GGCTCG-------------GCCGATACG-----AAaa
gi|30 : tAATTAATTT-----TACTTTAT---TGGCATT-GTTAT-C---AAGG-A-CA-AT-------T--T-TG-----A---T---G-C--CAT-ATGA-TGCA-AAATCA-------------GCCAATACA-----AACT-
gi|25 : tAATTAACTT-----TAGTGTA----TGATCCT-GTTAT-C---AAGT-A-AA-GT-------T--A-TG-----A---T---G-C--CAT-ATGA-TACG-AAATTG-------------GCCAGTACG-----AACT-
gi|14 : cATCAACTT-----TATCGTAT---TAGCCTT-GTCAT-C---AAGGTA-AA-AA-------T--A-TG-----A---C---A-T--TAT-TTGA-CGCA-AACTCG-------------GCCAATACG-----AACA-G---AACT-------CGGCCAACATAAAAAA-AA-AA----CAAGGccatcattattaac
gi|8 : ATTAATTT-----TATTGTAT---TAGCTTT-------C---GAGG-A-AT-AT-------T--A-TG-----A---C---G-C--CAT-ATGA-CTGG-A-------------------CCAATACG-----AAAC-G---AATT-------TGGCCAATACGAAAAA----------CAAGGCAAA-ATGtc
gi|23 : ttgATTAATTT-----CATTGCATAATTAGCTCT-GTTAT-C---GGGG-A-AA-AT-------T--A-TG-----T---C---G-T--CAT-ATGA-CAAG-GACTCG-------------GTCCATAT------AACC-A---AACT-------TGGCCAATATGgaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
gi|7 : tgATCAATTTAACCATATTATAT---TTGCCTT-GTCA--C---TGAG-C-AATAT-------G--C-TC-----A---C---C-T--CAT-ATGG-CGCA-AACTGG-------------GCCAGTATG-----AACA-G---AACA-------AGACCAACA-GA---A-AACAAA
gi|28 : tcttgtATCAATGT-----AAGTTTGC---TAGCTTT-AGTAT-C---AAGA-A-AA-AT-------A--C-TC-----AACTC---A-T--AAT-G------CA-AACTCT-------------GCCAATATC-----AGCT-G---AAatatactggacctagtctaatgccaata
gi|32 : TTAACTT-----TATTG--------GCATT-GTTAT-T---GAGG-A-AA-AT-------T--T-TG-----A---C---G-T--CAT-ATGA-TGCA-AAATCA-------------GCCAATACA-----AACT-atg
gi|13 : attaatTTAACCT-----AACTATAT---TGGCCTT-GGTTT-C---AAT--------T-------T--G-TT-----TTT-C---T-T--CAT-ATAG-TGGG-AACTTG-------------GCCAATGCA-----AACT-G---AACT-------CAGCAAATATGAA
gi|12 : tatcacTTAACCT-----AACTATAT---TGGCCTT-GGTTT-C---AAT--------T-------T--G-TT-----TTT-C---T-T--CAT-ATAG-TGGG-AACTTG-------------GCCAATGCA-----AACT-G---AACT-------CAGCAAATATGAAttgaactctgccaatacgaa
gi|4 : ttatcacTTAACTG-----TATCG-AT---TAATCTT-GTTGT-C------G-A-AA-ATATGCTCGT--T-TC-----A---T---A-T--CA----AA-CT---AACTAG-------------ACTAATATGAATCAAACT-GGAAAACT-------TGACCACTACGAAAAA-AA-AA----CAATGCAAGTATGttgaactctgccaatacgaa
gi|21 : attgttgtCTT-----AACTGTAT---TGACATT-ATCAT-C---GAGT-A-AC-AG-------T--A-TC-----A---C---G-T--CAT-GCGA-ATCG-AACTCT-------------GCC---------------------ACT-------CGGCCAATGCG-AAGA-AA-------CAAGGCCAATATaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|16 : ttacTT-----TGTTGTCA---TGACTCT-GTTGT-C---GAGG-A-CA-AC-------T--T-TG-----A---C---G-TTTCAT-GT---CGCG-AAATCG-------------GCCAGTATG-----AATC-G---AATT-------AGGTCAATATGA
gi|18 : aaTT-----TGTTGTCA---TGACTCT-GTTGT-C---GAGG-A-CA-AC-------T--T-TG-----A---T---G-TTTCAT-GT---CGCG-AAATCG-------------GCCAGTATG-----AATC-G---AATT-------AGGTCAATATGAcaaatcaatgccaat
gi|2 : aaTT-----AATTGTAT---TAACCTTTGTCAT-TCAGAAAA-T-AA-AT-------G--C-TC-----A---CTTCA-T--CATTATGA-CGCG-AGCTGT-------------GCCAATATG-----AACC-G---AAAC-------TGGGCAA-AT--AATT-AGCAAAATACAAGGTCAATATcaaatcaatgccaa
gi|1 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgtaacataATTTTGT---TTGCCTT-GTCAT-C---AACA-A-TA-AT-------G--C-TCT----G---CTA-A-T--TGC-CTGA-CTGG-AACTGG-------------GTCAATATG-----AACC-A---AACT-------GGGCCAATAT----GA-ACCAAACC---GGGCTAATATGaaaccggaactgggacaatacgact
gi|15 : atggaagtttatagatacttctgtaatgca---TAGCCTT-GC-A--C---AAAG-GTAC-AT-------TCAA-TTTGCTAA---C---T-T--CAT-ATGA-CCTA-AACTTATGAATTTATCTTGGCCAATATG-----AACT-G---GACA-------GGGCCAATATGAAAaaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|22 : tgtttataGCCTT-GTCATTC---ACAG-G-AA-AA-------T--GCTC-----T---T---C-T--CAT-ACAA-CTGA-AACTGG-------------GCCAATATA-----AACT-G---AAAT-------GTGTCAATAca
gi|9 : atgaattaatactgttacatcaCCTA-GTTTT-C---AAGC-A-CA-AA-------T--A-TA-----A---C---G-T--CAT-ATGA-TGCA-AATTCA-------------GCCAATACA-----AACT-G---AACT-------CGGCCAATACAAAAAA-
gi|29 : gtcaatgattggcaaaattatT-GTTAT-T---GAGA-T-AA-AC-------T--A-CG-----A---C---G-T--CAT-ATGA-CGCA-AACTCG-------------GCCAGTGCA-----AACT-G---ATCT-------CGGCCAATACAAAAAA-Acgaggttaatacaaactggaactgagct
gi|6 : G-A-AA-ATA------C--A-TG-----A---C---AGT--TAT-G-AA-ATGG-AACTGG-------------GCCAATATG-----AACCGG---AACT-------GACCCAATATGAAggc
gi|6 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatAT-ATGA-ACCGGAACTGA-------------CCCAATATG-----AATT-GG--AACT-------TGGCCAGTATGAAATACAAGCAACTTCAAttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|33 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatgaaaatacatgacagttatgaaatggaactgggccaAT-ATGAACTCA-AAATTA-------------GCCAGTATG-----AAC--A---AAC---------GGTCAATATGAAatgaa
gi|13 : atgtgaacagtgtcaA-CT-G-AACTCA-------------GCAAATATG-----AATT-G---AACT-------CTGCCAATACGAAtca
gi|12 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaA-CT-G-AACTCA-------------GCAAATATG-----AATT-G---AACT-------CTGCCAATACGAA
gi|33 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaa-------------GTCAATATG-----AACTCA---AAAT-------TAGCCAGTATG------AACAAAC-----GGTCAATATG
gi|10 : atgtgaacagt-------------GCCAATATG-----AACA-G---AAC--------TGGACAAC-TCGAACA-AGCAAACCCaatca
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GATACAGCTGTTGTTAACATTGTAATTGTTTACAATCAATCCTATTGAGGAAAATACTCGTTTCGTACAACGTGAACTTGACCAAGGTGAACCAAACTAGGCCATTATGGAAAGCAAAATAAGGCCAAAATGAACCAGCACTGGACCAATATTATTTAAATATACAACTACTCCCTGTTGAG
Unaligned ( gi|5 ): TTAATTAATTAACTCTATAATAATTATTAGCCATGTCATTGATCAATCTGCTCAATTCATATAACGCAAACTGGGCGAATATTAACCGAACTTTGTTAATAGAAAAAAAAATGCCAATATAAACCGGAAGTGGACCAAAACGATATACTTCCGG
Unaligned ( gi|24 ): GTATTTATTTGATTATATTAGCATTGTCACTGAAGAAAATGCTCACATAAAATGAAGCGAACTGGATCAGTACGAAATAAGCAAGACCATA
Unaligned ( gi|26 ): TACTCTGCTAATGTAGCTAGGTCAATACGAACCTGGACTGGGCCAAATACGAACCTAGACCAAAACGAATCAGAACTGGGTCGAT
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|34 ): CGTGTATATTTAATTATACTAGCATTGTCACTGAGGAAAATGCTCACTTCATATG
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 222222222222
lowQualScore : 333 1 222 1 1 1 333 222 3333333 1 1 66666 11 2222 555555555 33333 0 1 44444 2 444 22222222 1 1 1 888888888888 1
lowQualScore : ... . ... . . . ... ... ....... . . ..... .. .... ......... ..... . . ..... . ... ........ . . . ............ .
lowQualScore : 000 0 777 5 4 4 444 333 8888888 9 3 22222 88 7777 777777777 00000 8 2 22222 7 111 22222222 6 2 7 555555555555 0
consensus : AATTAAC---TTNATTGTAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TGA-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAA-----CC-G---AACT-------NGGCC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCNAATATG
Reference ( family-1059 ) : AATTAAC---TTNATTGTAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TGA-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAA-----CT-G---AACT-------CGGCC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCNAATATG
gi|1 : ATTTTGT---TTGCCTT-GTCAT-CA-ACA-ATA---ATGCTC---TG--CTAA--T--TGC----CTGAC--------TGGAA-----CTGG-GTCAATATGAA-----CC-A---AACT-------GGGCC-AATATG----AACCAAA--CC-GGGCTAATATG
gi|10 : atggaagtttatagatacttctgtaatgcaTCATTGTAT---TATTCTC-TTCAA-AG-AGA-CAA---AT--GC---TCA-CTTG--C--CAC----A--------------GAA------TGGCGCCAATATGAA-----CA-G---AACT--------GGAC-AACTCG-AACAAGCAAA--CCaaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|11 : AATCAAC---TTTATTGTGC---TGGCCTT-GCTAT-CA-AAG-GAA---AT--TA---TCA-C--A--T--CAT----GTGAC--------TCGAA-----CTCA-GCCAATATGAA-----CT-G---AACT-------TGGCC-AATATGAAAGAAACAAACCCCAAGGCAAATATGcatatgaaccgtaggtgggccaatgcattcattt
gi|12 : TTAAC---CTAACTATAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTTT-C--T--T--CAT----ATAGT--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAA-----CT-G---AACT-------CAGCA-AATATGAATTGAAC
gi|12 : ttatcacAT----ATGAA--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAA-----tctgccaatacgaa
gi|13 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaTTAAC---CTAACTATAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTTT-C--T--T--CAT----ATAGT--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAA-----CT-G---AACT-------CAGCA-AATATGAATTGAAC
gi|13 : tatcacAT----ATGAA--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAA-----tctgccaatacgaa
gi|14 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaATCAAC---TTTATCGTAT---TAGCCTT-GTCAT-CA-AGGTAAA---AA--TA---TGA-C--A--T--TAT----TTGAC--------GCAAA-----CTCG-GCCAATACGAA-----CA-G---AACT-------CGGCC-AACATAAAAAAAA-AA----CAAGG
gi|15 : A---AT--TTGC-TAA-C--T--T--CAT----ATGACCTAAACTTATGAATTTATCTTG-GCCAATATGAA-----CT-G---GACA-------GGGCC-AATATGAAACAtc
gi|16 : tgtttatatagccttgcacaaaggtacattc---TTTGTTGTCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TGA-C--G--T--TTC----ATGTC--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAA-----TC-G---AATT-------AGGTC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAT
gi|17 : aaAATGAAC---TTCATTGTAT---TGGCCTT-------------------------T---TGA-T--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----CTCG-GGCAATGCGAA-----CT-G---AACT-------CGGCC-AATACGAATTGAAC-----TC--GGCAAATATG
gi|18 : tatt---TTTGTTGTCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TGA-T--G--T--TTC----ATGTC--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAA-----TC-G---AATT-------AGGTC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAaa
gi|19 : aaAATTAAC---TTAATTATAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TGA-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAA-----CT-G---AATTAATGAACTGGTC-AATATGA
gi|2 : aTAACATATTAATTGTAT---TAACCTTTGTCAT-TC-AGA-AAATAAAT--GC---TCA-C--T--T--CATCATTATGAC--------GCGAG-----CTGT-GCCAATATGAA-----CC-GA--AACT-------GGGCA-AAT----AATTAGCAAAATACAAGGTCAATAT
gi|20 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgAATTAAC---TTAATTATAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TGA-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAA-----CT-G---AATT-------aaaccggaactgggacaatacgact
gi|21 : aTTACC---TTAACTGTAT---TGACATT-ATCAT-CG-AGT-AAC---AG--TA---TCA-C--G--T--CAT----GCGAA--------TCGAA-----CTCT-GCC---------------------ACT-------CGGCC-AATGCGAAGAAA--------CAAGGCCAATATaatgaactggtcaatat
gi|22 : AATTAAT---ACTGTTACAT---CAGCCTT-GTCATTCACAGG-AAA---AT--GC---TCT-T--C--T--CAT----ACAAC--------TGAAA-----CTGG-GCCAATATAAA-----CT-G---AAAT-------GTGTC-AATA
gi|23 : atgATTAAT---TTCATTGCATAATTAGCTCT-GTTAT-CG-GGG-AAA---AT--TA---TGT-C--G--T--CAT----ATGAC--------AAGGA-----CTCG-GTCCATAT-AA-----CC-A---AACT-------TGGCC-AATATG
gi|24 : tgATTTAT---TTGATTATAT---TAGCATT-GTCAC-TG-AAG-AAA---AT--GC---TCA-C--A--T--AAA----ATGAA--------GCGAA-----CTGG-ATCAGTACGAA-----AT-A---AGCA-------AGACC-A
gi|25 : gtAATTAAC---TTTAGTGTAT----GATCCT-GTTAT-CA-AGT-AAA---GT--TA---TGA-T--G--C--CAT----ATGAT--------ACGAA-----ATTG-GCCAGTACGAA-----CT-ta
gi|26 : cAG-----CTAG-GTCAATACGAAC----CT-G---GACT-------GGGCCAAATACGAACC---TAGA--CCAAAACGAATccatcattattaac
gi|28 : tactctgctaatgtATCAAT---GTAAGTTTGC---TAGCTTT-AGTAT-CA-AGA-AAA---AT--AC---TCA-A--C--T--CAT----A--AT--------GCAAA-----CTCT-GCCAATATCAG-----CT-G---AAcagaactgggtcgat
gi|29 : T-GTTAT-TG-AGA-TAA---AC--TA---CGA-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCAAA-----CTCG-GCCAGTGCAAA-----CT-G---ATCT-------CGGCC-AATACAAAAAAAatg
gi|3 : TAT-TG-AGG-AAA---AT--AC---T---C--GTTT--CGT----ACAAC--------GTGAA-----CTTG-ACCAAGGTGAA-----CC-A---AACT-------AGGCC-ATTATGGA--AAGCAAA--ATAAGGCCAAAATGggc
gi|30 : gatacagctgttgttaacattgtaattgtttacaatcaatccAATTAAT---TTTACTTTAT---TGGCATT-GTTAT-CA-AGG-ACA---AT--TT---TGA-T--G--C--CAT----ATGAT--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAA-----CT-aaccagcactggaccaatattatttaaatatacaactactccctgttgag
gi|31 : tAATTAAC---TTTATTGCAT---TGACCTT-GTTAT-AG-AAG-AAA---AA--TA---TGC-C--A--T--CAT----ATGAT--------GCGGG-----CTCG-GCCGATACGAA-----
gi|32 : tATTAAT---TTAACTTTAT---TGGCATT-GTTAT-TG-AGG-AAA---AT--TT---TGA-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAA-----CT-
gi|34 : AT---TTAATTATAC---TAGCATT-GTCAC-TG-AGG-AAA---AT--GC---TCA-C--T--T--CAT----ATG
gi|4 : cgtgtatTTAAC---TGTATCG-AT---TAATCTT-GTTGT-CG-A----AA---AT---A---TGCTC--G--TTTCAT----ATCAA--------ACTAA-----CTAG-ACTAATATGAATCAAACT-GGAAAACT-------TGACC-ACTACGAAAAAAA-AA----CAATGCAAGTATG
gi|6 : attgttgtAA-----CTGG-GCCAATATGAA-----CCAG---AACT-------AGGCC-AGTATGAAAaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|6 : G-AAA---ATA-CA---TGA-CA-G--T--TAT----GAAAT--------G-GAA-----CTGG-GCCAATATGAA-----CCGG---AACT-------GACCC-AATATGAAatacatgacagttatgaaatggaactgggccaatatgaaccggaactgacccaatatgaattggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|7 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatTTAAC---CATATTATAT---TTGCCTT-GTCAC-TG-AGC-AAT---AT--GC---TCA-C--C--T--CAT----ATGGC--------GCAAA-----CTGG-GCCAGTATGAA-----CA-G---AACA-------AGACC-AACAGAAAACAAAttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|8 : tcttgtatcaatATTAAT---TTTATTGTAT---TAGCTTT-------CG-AGG-AAT---AT--TA---TGA-C--G--C--CAT----ATGAC-------------------TGG-ACCAATACGAA-----AC-G---AATT-------TGGCC-AATACGAAAAA---------CAAGGCAAA-ATGatatactggacctagtctaatgccaata
gi|9 : ttgAT---TATCCTA-GTTTT-CA-AGC-ACA---AA--TA---TAA-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----TTCA-GCCAATACAAA-----CT-G---AACT-------CGGCC-AATACAAAAAA---------CGAGGTTAATAgaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTAATTAATTAACTCTATAATAATTATTAGCCATGTCATTGATCAATCTGCTCAATTCATATAACGCAAACTGGGCGAATATTAACCGAACTTTGTTAATAGAAAAAAAAATGCCAATATAAACCGGAAGTGGACCAAAACGATATACTTCCGG
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|33 ): ATGTGAACAGTGTCAATATGAACTCAAAATTAGCCAGTATGAACAAACGGTCAATATGAATCA
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 222222222222
lowQualScore : 222 1 22 22 222 0 1 1 1 444 222 3333333 3333 1 66666 11 2222 66666666666 0 22222 1 1 44 4 11111111 55555555 1 2 0 999999999999 1
lowQualScore : ... . .. .. ... . . . . ... ... ....... .... . ..... .. .... ........... . ..... . . .. . ........ ........ . . . ............ .
lowQualScore : 999 0 11 11 666 1 4 4 4 333 333 1111111 8888 3 55555 88 5555 44444444444 3 99999 6 1 33 0 33333333 00000000 4 5 4 333333333333 0
consensus : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAACC-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
Reference ( family-1059 ) : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAACC-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCNAATATG
gi|1 : AT--TT--TGT---TTGCCTT-GTCAT-CA-ACA-ATA---ATGCTC---TG-----CTAA--T--TGC----CTGA--C--------TGGAA-----CTGG-GTCAATATGAACC-A-AACT-------GGG--------CC-AATATG----AACCAAA--CC-GGGCTAATATG
gi|10 : atggaagtttatagatacttctgtaatgcaTCAT--TG--TAT---TATTCTC-TTCAA-AG-AGA-CAA---AT--GC---TC---A-CTTG--C--CAC----A----------------GAA------TGGCGCCAATATGAACA-G-AACT--------GG--------AC-AACTCG-AACAAGCAAA--CCaaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|11 : AATCAAC---TTTAT--TG--TGC---TGGCCTT-GCTAT-CA-AAG-GAA---AT--TA---TC---A-C--A--T--CAT----GTGA--C--------TCGAA-----CTCA-GCCAATATGAACT-G-AACT-------TGG--------CC-AATATGAAAGAAACAAACCCCAAGGCAAATATGcatatgaaccgtaggtgggccaatgcattcattt
gi|12 : TTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAACT-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|12 : ttatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|13 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaTTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAACT-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|13 : tatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|14 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaATCAAC---TTTAT--CG--TAT---TAGCCTT-GTCAT-CA-AGGTAAA---AA--TA---TG---A-C--A--T--TAT----TTGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAATACGAACA-G-AACT-------CGG--------CC-AACATAAAAAAAA-AA----CAAGG
gi|15 : A---AT--TTGC-TA---A-C--T--T--CAT----ATGA--CCTAAACTTATGAATTTATCTTG-GCCAATATGAACT-G-GACA-------GGG--------CC-AATATGAAACAtc
gi|16 : tgtttatatagccttgcacaaaggtacattc---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-C--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAATC-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAT
gi|17 : aaAATGAAC---TTCAT--TG--TAT---TGGCCTT-------------------------T---TG---A-T--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----CTCG-GGCAATGCGAACT-G-AACT-------CGG--------CC-AATACGAATTGAAC-----TC--GGCAAATATG
gi|18 : tatt---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-T--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAATC-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAaa
gi|19 : aaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAACT-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATATGA
gi|2 : aTAACATATTAAT--TG--TAT---TAACCTTTGTCAT-TC-AGA-AAATAAAT--GC---TC---A-C--T--T--CATCATTATGA--C--------GCGAG-----CTGT-GCCAATATGAACC-GAAACT-------GGG--------CA-AAT----AATTAGCAAAATACAAGGTCAATAT
gi|2 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgG-GTCAATATAAACC-GGAACT-------GGG--------AC-AATACGAaaaccggaactgggacaatacgact
gi|20 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgtaacatattaattgtattaacctttgtcattcagaaaataaatgctcacttcatcattatgacgcgagctgtgccaatatgaaccgaaactgggcaaataattagcaaaatacaaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAACT-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATAct
gi|21 : aTTACC---TTAAC--TG--TAT---TGACATT-ATCAT-CG-AGT-AAC---AG--TA---TC---A-C--G--T--CAT----GCGA--A--------TCGAA-----CTCT-GCC--------------ACT-------CGG--------CC-AATGCGAAGAAA--------CAAGGCCAATATt
gi|22 : AATTAAT---ACTGT--TA--CAT---CAGCCTT-GTCATTCACAGG-AAA---AT--GC---TC---T-T--C--T--CAT----ACAA--C--------TGAAA-----CTGG-GCCAATATAAACT-G-AAAT-------GTG--------TC-AATA
gi|23 : atgATTAAT---TTCAT--TG--CATAATTAGCTCT-GTTAT-CG-GGG-AAA---AT--TA---TG---T-C--G--T--CAT----ATGA--C--------AAGGA-----CTCG-GTCCATAT-AACC-A-AACT-------TGG--------CC-AATATG
gi|24 : tgATTTAT---TTGAT--TA--TAT---TAGCATT-GTCAC-TG-AAG-AAA---AT--GC---TC---A-C--A--T--AAA----ATGA--A--------GCGAA-----CTGG-ATCAGTACGAAAT-A-AGCA-------AGA--------CC-A
gi|25 : gtAATTAAC---TTTAG--TG--TAT----GATCCT-GTTAT-CA-AGT-AAA---GT--TA---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------ACGAA-----ATTG-GCCAGTACGAACta
gi|26 : cAG-----CTAG-GTCAATACGAACCTG-GACT-------GGG--------CCAAATACGAACC---TAGA--CCAAAACGAATtccatcattattaac
gi|28 : tactctgctaatgtATCAAT---GTAAG--TT--TGC---TAGCTTT-AGTAT-CA-AGA-AAA---AT--AC---TC---A-A--C--T--CAT----A--A--T--------GCAAA-----CTCT-GCCAATATCAGCT-G-AAcagaactgggtcgat
gi|29 : T-GTTAT-TG-AGA-TAA---AC--TA---CG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAGTGCAAACT-G-ATCT-------CGG--------CC-AATACAAAAAAAatg
gi|3 : TAT-TG-AGG-AAA---AT--AC---T------C--GTTT--CGT----ACAA--C--------GTGAA-----CTTG-ACCAAGGTGAACC-A-AACT-------AGG--------CC-ATTATGGA--AAGCAAA--ATAAGGCCAAAATGggc
gi|30 : gatacagctgttgttaacattgtaattgtttacaatcaatccAATTAAT---TTTAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-CA-AGG-ACA---AT--TT---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAACaaccagcactggaccaatattatttaaatatacaactactccctgttgag
gi|31 : tAATTAAC---TTTAT--TG--CAT---TGACCTT-GTTAT-AG-AAG-AAA---AA--TA---TG---C-C--A--T--CAT----ATGA--T--------GCGGG-----CTCG-GCCGATACGAAt
gi|32 : tATTAAT---TTAAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-TG-AGG-AAA---AT--TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC
gi|34 : AT---TTAAT--TA--TAC---TAGCATT-GTCAC-TG-AGG-AAA---AT--GC---TC---A-C--T--T--CAT----ATGt
gi|4 : cgtgtatTTAAC---TGTAT--CG---AT---TAATCTT-GTTGT-CG-A----AA---AT---A---TG---CTC--G--TTTCAT----ATCA--A--------ACTAA-----CTAG-ACTAATATGAATC-A-AACT-------GGAAAACTTGACC-ACTACGAAAAAAA-AA----CAATGCAAGTATG
gi|5 : attgttgtAATTAAC---TCTATAATAATTAT---TAGCCAT-GTCAT-TG-ATC-AA--------TC---TGCTCA-A--T--T--CAT----ATAA--C--------GCAAA-----CTGG-GCGAATATTAACC-G-AACT-------TTG--------TT-AATA-GAAAAAAA--------AATGCCAATATaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|6 : ttaattAA-----CTGG-GCCAATATGAACCAG-AACT-------AGG--------CC-AGTATGAAAaaaccggaagtggaccaaaacgatatacttccgg
gi|6 : G-AAA---ATA-CA---TG---A-CA-G--T--TAT----GAAA--T--------G-GAA-----CTGG-GCCAATATGAACCGG-AACT-------GAC--------CC-AATATGAAatacatgacagttatgaaatggaactgggccaatatgaaccggaactgacccaatatgaattggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|6 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatAT----ATGAACC--------G-GAA-----CTGA-CCCAATATGAATT-GGAACT-------TGG--------CC-AGTATGAAAT--ACAAG--Cttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|7 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatgaaaatacatgacagttatgaaatggaactgggccaTTAAC---CATAT--TA--TAT---TTGCCTT-GTCAC-TG-AGC-AAT---AT--GC---TC---A-C--C--T--CAT----ATGG--C--------GCAAA-----CTGG-GCCAGTATGAACA-G-AACA-------AGA--------CC-AACAGAAAACAAAaacttcaaatgaa
gi|8 : tcttgtatcaatATTAAT---TTTAT--TG--TAT---TAGCTTT-------CG-AGG-AAT---AT--TA---TG---A-C--G--C--CAT----ATGA--C-------------------TGG-ACCAATACGAAAC-G-AATT-------TGG--------CC-AATACGAAAAA---------CAAGGCAAA-ATGatatactggacctagtctaatgccaata
gi|9 : ttgAT---TATCCTA-GTTTT-CA-AGC-ACA---AA--TA---TA---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----TTCA-GCCAATACAAACT-G-AACT-------CGG--------CC-AATACAAAAAA---------CGAGGTTAATAgaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|33 ): ATGTGAACAGTGTCAATATGAACTCAAAATTAGCCAGTATGAACAAACGGTCAATATGAATCA
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 222222222222
lowQualScore : 222 1 22 22 222 0 1 1 1 444 222 3333333 3333 1 66666 11 2222 66666666666 0 22222 1 1 555 3 11111111 44444444 1 2 444444444444 0
lowQualScore : ... . .. .. ... . . . . ... ... ....... .... . ..... .. .... ........... . ..... . . ... . ........ ........ . . ............ .
lowQualScore : 999 0 11 11 666 1 4 4 4 333 333 1111111 8888 3 55555 88 5555 44444444444 3 99999 6 1 000 9 00000000 88888888 3 6 222222222222 1
consensus : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
Reference ( family-1059 ) : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
gi|1 : AT--TT--TGT---TTGCCTT-GTCAT-CA-ACA-ATA---ATGCTC---TG-----CTAA--T--TGC----CTGA--C--------TGGAA-----CTGG-GTCAATATGAAC-C-A-AACT-------GGG--------CC-AATATG----AACCAAA--CC-GGGCTAATATG
gi|10 : atggaagtttatagatacttctgtaatgcaTCAT--TG--TAT---TATTCTC-TTCAA-AG-AGA-CAA---AT--GC---TC---A-CTTG--C--CAC----A----------------GAA------TGGCGCCAATATGAAC-A-G-AACT--------GG--------AC-AACTCG-AACAAGCAAA--Caaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|11 : AATCAAC---TTTAT--TG--TGC---TGGCCTT-GCTAT-CA-AAG-GAA---AT--TA---TC---A-C--A--T--CAT----GTGA--C--------TCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AACT-------TGG--------CC-AATATGAAAGAAACAAACCCCAAGGCAAATATGcatatgaaccgtaggtgggccaatgcattcattt
gi|12 : TTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|12 : ttatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|13 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaTTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|13 : tatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|14 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaATCAAC---TTTAT--CG--TAT---TAGCCTT-GTCAT-CA-AGGTAAA---AA--TA---TG---A-C--A--T--TAT----TTGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-A-G-AACT-------CGG--------CC-AACATAAAAAAAA-AA----CAAGGTC
gi|15 : A---AT--TTGC-TA---A-C--T--T--CAT----ATGA--CCTAAACTTATGAATTTATCTTG-GCCAATATGAAC-T-G-GACA-------GGG--------CC-AATATGAAACA
gi|16 : tgtttatatagccttgcacaaaggtacattc---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-C--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAT
gi|17 : aaAATGAAC---TTCAT--TG--TAT---TGGCCTT-------------------------T---TG---A-T--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----CTCG-GGCAATGCGAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACGAATTGAAC-----TC--GGCAAATATG
gi|18 : tatt---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-T--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAaa
gi|19 : aaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATATGA
gi|2 : aTAACATATTAAT--TG--TAT---TAACCTTTGTCAT-TC-AGA-AAATAAAT--GC---TC---A-C--T--T--CATCATTATGA--C--------GCGAG-----CTGT-GCCAATATGAAC-C-GAAACT-------GGG--------CA-AAT----AATTAGCAAAATACAAGGTCAATAT
gi|2 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgG-GTCAATATAAAC-C-GGAACT-------GGG--------AC-AATACGAaaaccggaactgggacaatacgact
gi|20 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgtaacatattaattgtattaacctttgtcattcagaaaataaatgctcacttcatcattatgacgcgagctgtgccaatatgaaccgaaactgggcaaataattagcaaaatacaaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATAct
gi|21 : aTTACC---TTAAC--TG--TAT---TGACATT-ATCAT-CG-AGT-AAC---AG--TA---TC---A-C--G--T--CAT----GCGA--A--------TCGAA-----CTCT-GCC---------------ACT-------CGG--------CC-AATGCGAAGAAA--------CAAGGCCAATATt
gi|22 : AATTAAT---ACTGT--TA--CAT---CAGCCTT-GTCATTCACAGG-AAA---AT--GC---TC---T-T--C--T--CAT----ACAA--C--------TGAAA-----CTGG-GCCAATATAAAC-T-G-AAAT-------GTG--------TC-AATA
gi|23 : atgATTAAT---TTCAT--TG--CATAATTAGCTCT-GTTAT-CG-GGG-AAA---AT--TA---TG---T-C--G--T--CAT----ATGA--C--------AAGGA-----CTCG-GTCCATAT-AAC-C-A-AACT-------TGG--------CC-AATATG
gi|24 : tgATTTAT---TTGAT--TA--TAT---TAGCATT-GTCAC-TG-AAG-AAA---AT--GC---TC---A-C--A--T--AAA----ATGA--A--------GCGAA-----CTGG-ATCAGTACGAAA-T-A-AGCA-------AGA--------CC-A
gi|25 : gtAATTAAC---TTTAG--TG--TAT----GATCCT-GTTAT-CA-AGT-AAA---GT--TA---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------ACGAA-----ATTG-GCCAGTACGAAC-ta
gi|26 : cAG-----CTAG-GTCAATACGAAC-CTG-GACT-------GGG--------CCAAATACGAACC---TAGA--CCAAAACGAATtccatcattattaac
gi|28 : tactctgctaatgtATCAAT---GTAAG--TT--TGC---TAGCTTT-AGTAT-CA-AGA-AAA---AT--AC---TC---A-A--C--T--CAT----A--A--T--------GCAAA-----CTCT-GCCAATATCAGC-T-G-AAcagaactgggtcgat
gi|29 : T-GTTAT-TG-AGA-TAA---AC--TA---CG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAGTGCAAAC-T-G-ATCT-------CGG--------CC-AATACAAAAAAAatg
gi|3 : TAT-TG-AGG-AAA---AT--AC---T------C--GTTT--CGT----ACAA--C--------GTGAA-----CTTG-ACCAAGGTGAAC-C-A-AACT-------AGG--------CC-ATTATGGA--AAGCAAA--ATAAGGCCAAAATGggc
gi|30 : gatacagctgttgttaacattgtaattgtttacaatcaatccAATTAAT---TTTAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-CA-AGG-ACA---AT--TT---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-aaccagcactggaccaatattatttaaatatacaactactccctgttgag
gi|31 : tAATTAAC---TTTAT--TG--CAT---TGACCTT-GTTAT-AG-AAG-AAA---AA--TA---TG---C-C--A--T--CAT----ATGA--T--------GCGGG-----CTCG-GCCGATACGAAt
gi|32 : tATTAAT---TTAAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-TG-AGG-AAA---AT--TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-
gi|33 : -GTCAATATGAACTC-A-AAAT-------TAG--------CC-AGTATGAA-----CAAA--C---GGTCAATATGt
gi|34 : atgtgaacagtAT---TTAAT--TA--TAC---TAGCATT-GTCAC-TG-AGG-AAA---AT--GC---TC---A-C--T--T--CAT----ATGaatca
gi|4 : cgtgtatTTAAC---TGTAT--CG---AT---TAATCTT-GTTGT-CG-A----AA---AT---A---TG---CTC--G--TTTCAT----ATCA--A--------ACTAA-----CTAG-ACTAATATGAAT-C-A-AACT-------GGAAAACTTGACC-ACTACGAAAAAAA-AA----CAATGCAAGTATG
gi|5 : attgttgtAATTAAC---TCTATAATAATTAT---TAGCCAT-GTCAT-TG-ATC-AA--------TC---TGCTCA-A--T--T--CAT----ATAA--C--------GCAAA-----CTGG-GCGAATATTAAC-C-G-AACT-------TTG--------TT-AATA-GAAAAAAA--------AATGCCAATATaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|6 : ttaattAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CAG-AACT-------AGG--------CC-AGTATGAAAaaaccggaagtggaccaaaacgatatacttccgg
gi|6 : G-AAA---ATA-CA---TG---A-CA-G--T--TAT----GAAA--T--------G-GAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CGG-AACT-------GAC--------CC-AATATGAAatacatgacagttatgaaatggaactgggccaatatgaaccggaactgacccaatatgaattggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|6 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatAT----ATGAACC--------G-GAA-----CTGA-CCCAATATGAAT-T-GGAACT-------TGG--------CC-AGTATGAAAT--ACAAG--Cttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|7 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatgaaaatacatgacagttatgaaatggaactgggccaTTAAC---CATAT--TA--TAT---TTGCCTT-GTCAC-TG-AGC-AAT---AT--GC---TC---A-C--C--T--CAT----ATGG--C--------GCAAA-----CTGG-GCCAGTATGAAC-A-G-AACA-------AGA--------CC-AACAGAAAACAAAaacttcaaatgaa
gi|8 : tcttgtatcaatATTAAT---TTTAT--TG--TAT---TAGCTTT-------CG-AGG-AAT---AT--TA---TG---A-C--G--C--CAT----ATGA--C-------------------TGG-ACCAATACGAAA-C-G-AATT-------TGG--------CC-AATACGAA--AAACAAG--GCAAatatactggacctagtctaatgccaata
gi|9 : ttgAT---TATCCTA-GTTTT-CA-AGC-ACA---AA--TA---TA---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----TTCA-GCCAATACAAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACAAAAAA---------CGAGGTTAATAaatggaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111 222222222222
lowQualScore : 222 1 22 22 222 0 1 1 1 444 222 3333333 3333 1 66666 11 2222 66666666666 0 22222 1 1 555 3 11111111 44444444 1 2 444444444444 0
lowQualScore : ... . .. .. ... . . . . ... ... ....... .... . ..... .. .... ........... . ..... . . ... . ........ ........ . . ............ .
lowQualScore : 999 0 11 11 666 1 4 4 4 333 333 1111111 8888 3 55555 88 5555 44444444444 3 99999 6 1 000 9 00000000 88888888 3 6 222222222222 1
consensus : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
Reference ( family-1059 ) : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
gi|1 : AT--TT--TGT---TTGCCTT-GTCAT-CA-ACA-ATA---ATGCTC---TG-----CTAA--T--TGC----CTGA--C--------TGGAA-----CTGG-GTCAATATGAAC-C-A-AACT-------GGG--------CC-AATATG----AACCAAA--CC-GGGCTAATATG
gi|10 : atggaagtttatagatacttctgtaatgcaTCAT--TG--TAT---TATTCTC-TTCAA-AG-AGA-CAA---AT--GC---TC---A-CTTG--C--CAC----A----------------GAA------TGGCGCCAATATGAAC-A-G-AACT--------GG--------AC-AACTCG-AACAAGCAAA--Caaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|11 : AATCAAC---TTTAT--TG--TGC---TGGCCTT-GCTAT-CA-AAG-GAA---AT--TA---TC---A-C--A--T--CAT----GTGA--C--------TCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AACT-------TGG--------CC-AATATGAAAGAAACAAACCCCAAGGCAAATATGcatatgaaccgtaggtgggccaatgcattcattt
gi|12 : TTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|12 : ttatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|13 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaTTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAG--T--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGAATTGAAC
gi|13 : tatcacAT----ATGA--A--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAtctgccaatacgaa
gi|14 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaATCAAC---TTTAT--CG--TAT---TAGCCTT-GTCAT-CA-AGGTAAA---AA--TA---TG---A-C--A--T--TAT----TTGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-A-G-AACT-------CGG--------CC-AACATAAAAAAAA-AA----CAAGGTC
gi|15 : A---AT--TTGC-TA---A-C--T--T--CAT----ATGA--CCTAAACTTATGAATTTATCTTG-GCCAATATGAAC-T-G-GACA-------GGG--------CC-AATATGAAACA
gi|16 : tgtttatatagccttgcacaaaggtacattc---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-C--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAT
gi|17 : aaAATGAAC---TTCAT--TG--TAT---TGGCCTT-------------------------T---TG---A-T--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----CTCG-GGCAATGCGAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACGAATTGAAC-----TC--GGCAAATATG
gi|18 : tatt---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-T--G--T--TTC----ATGT--C--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG------ACAAA--TCAATGCCAAaa
gi|19 : aaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATATGA
gi|2 : aTAACATATTAAT--TG--TAT---TAACCTTTGTCAT-TC-AGA-AAATAAAT--GC---TC---A-C--T--T--CATCATTATGA--C--------GCGAG-----CTGT-GCCAATATGAAC-C-GAAACT-------GGG--------CA-AAT----AATTAGCAAAATACAAGGTCAATAT
gi|2 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgG-GTCAATATAAAC-C-GGAACT-------GGG--------AC-AATACGAaaaccggaactgggacaatacgact
gi|20 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgtaacatattaattgtattaacctttgtcattcagaaaataaatgctcacttcatcattatgacgcgagctgtgccaatatgaaccgaaactgggcaaataattagcaaaatacaaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATAct
gi|21 : aTTACC---TTAAC--TG--TAT---TGACATT-ATCAT-CG-AGT-AAC---AG--TA---TC---A-C--G--T--CAT----GCGA--A--------TCGAA-----CTCT-GCC---------------ACT-------CGG--------CC-AATGCGAAGAAA--------CAAGGCCAATATt
gi|22 : AATTAAT---ACTGT--TA--CAT---CAGCCTT-GTCATTCACAGG-AAA---AT--GC---TC---T-T--C--T--CAT----ACAA--C--------TGAAA-----CTGG-GCCAATATAAAC-T-G-AAAT-------GTG--------TC-AATA
gi|23 : atgATTAAT---TTCAT--TG--CATAATTAGCTCT-GTTAT-CG-GGG-AAA---AT--TA---TG---T-C--G--T--CAT----ATGA--C--------AAGGA-----CTCG-GTCCATAT-AAC-C-A-AACT-------TGG--------CC-AATATG
gi|24 : tgATTTAT---TTGAT--TA--TAT---TAGCATT-GTCAC-TG-AAG-AAA---AT--GC---TC---A-C--A--T--AAA----ATGA--A--------GCGAA-----CTGG-ATCAGTACGAAA-T-A-AGCA-------AGA--------CC-A
gi|25 : gtAATTAAC---TTTAG--TG--TAT----GATCCT-GTTAT-CA-AGT-AAA---GT--TA---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------ACGAA-----ATTG-GCCAGTACGAAC-ta
gi|26 : cAG-----CTAG-GTCAATACGAAC-CTG-GACT-------GGG--------CCAAATACGAACC---TAGA--CCAAAACGAATtccatcattattaac
gi|28 : tactctgctaatgtATCAAT---GTAAG--TT--TGC---TAGCTTT-AGTAT-CA-AGA-AAA---AT--AC---TC---A-A--C--T--CAT----A--A--T--------GCAAA-----CTCT-GCCAATATCAGC-T-G-AAcagaactgggtcgat
gi|29 : T-GTTAT-TG-AGA-TAA---AC--TA---CG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCAAA-----CTCG-GCCAGTGCAAAC-T-G-ATCT-------CGG--------CC-AATACAAAAAAAatg
gi|3 : TAT-TG-AGG-AAA---AT--AC---T------C--GTTT--CGT----ACAA--C--------GTGAA-----CTTG-ACCAAGGTGAAC-C-A-AACT-------AGG--------CC-ATTATGGA--AAGCAAA--ATAAGGCCAAAATGggc
gi|30 : gatacagctgttgttaacattgtaattgtttacaatcaatccAATTAAT---TTTAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-CA-AGG-ACA---AT--TT---TG---A-T--G--C--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-aaccagcactggaccaatattatttaaatatacaactactccctgttgag
gi|31 : tAATTAAC---TTTAT--TG--CAT---TGACCTT-GTTAT-AG-AAG-AAA---AA--TA---TG---C-C--A--T--CAT----ATGA--T--------GCGGG-----CTCG-GCCGATACGAAt
gi|32 : tATTAAT---TTAAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-TG-AGG-AAA---AT--TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-
gi|33 : -GTCAATATGAACTC-A-AAAT-------TAG--------CC-AGTATGAA-----CAAA--C---GGTCAATATGt
gi|34 : atgtgaacagtAT---TTAAT--TA--TAC---TAGCATT-GTCAC-TG-AGG-AAA---AT--GC---TC---A-C--T--T--CAT----ATGaatca
gi|4 : cgtgtatTTAAC---TGTAT--CG---AT---TAATCTT-GTTGT-CG-A----AA---AT---A---TG---CTC--G--TTTCAT----ATCA--A--------ACTAA-----CTAG-ACTAATATGAAT-C-A-AACT-------GGAAAACTTGACC-ACTACGAAAAAAA-AA----CAATGCAAGTATG
gi|5 : attgttgtAATTAAC---TCTATAATAATTAT---TAGCCAT-GTCAT-TG-ATC-AA--------TC---TGCTCA-A--T--T--CAT----ATAA--C--------GCAAA-----CTGG-GCGAATATTAAC-C-G-AACT-------TTG--------TT-AATA-GAAAAAAA--------AATGCCAATATaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|6 : ttaattAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CAG-AACT-------AGG--------CC-AGTATGAAAaaaccggaagtggaccaaaacgatatacttccgg
gi|6 : G-AAA---ATA-CA---TG---A-CA-G--T--TAT----GAAA--T--------G-GAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CGG-AACT-------GAC--------CC-AATATGAAatacatgacagttatgaaatggaactgggccaatatgaaccggaactgacccaatatgaattggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|6 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatAT----ATGAACC--------G-GAA-----CTGA-CCCAATATGAAT-T-GGAACT-------TGG--------CC-AGTATGAAAT--ACAAG--Cttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|7 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatgaaaatacatgacagttatgaaatggaactgggccaTTAAC---CATAT--TA--TAT---TTGCCTT-GTCAC-TG-AGC-AAT---AT--GC---TC---A-C--C--T--CAT----ATGG--C--------GCAAA-----CTGG-GCCAGTATGAAC-A-G-AACA-------AGA--------CC-AACAGAAAACAAAaacttcaaatgaa
gi|8 : tcttgtatcaatATTAAT---TTTAT--TG--TAT---TAGCTTT-------CG-AGG-AAT---AT--TA---TG---A-C--G--C--CAT----ATGA--C-------------------TGG-ACCAATACGAAA-C-G-AATT-------TGG--------CC-AATACGAA--AAACAAG--GCAAatatactggacctagtctaatgccaata
gi|9 : ttgAT---TATCCTA-GTTTT-CA-AGC-ACA---AA--TA---TA---A-C--G--T--CAT----ATGA--T--------GCAAA-----TTCA-GCCAATACAAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACAAAAAA---------CGAGGTTAATAaatggaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
blockSeqs : ATA T AA AT AAT T T C GGT TAA TTGTT GCTC T TTG TT CATT CCTAAACTT TTTAT G C CT A AATGAACT AAACTTGA A C AGAAACAAACCC
blockSeqs : . A . . . . . . GA . TTGTT C . GTT . . ACC . C . TC G AATGAACT . . T ATTAGCAAAATA
blockSeqs : . A . . . . . . AG . TTGC C . AG . . C . T . CA G T . . T ACAAGCAAAC
blockSeqs : . T . . . . . . GG . ATT T . A . . T . C . CG . C . . T AAGCAAAA
blockSeqs : . T . . . . . . GG . ATT T . T . . A . T . A . C . . T ATACAAGC
blockSeqs : . C . . . . . . GA . ACA G . T . . T . C . T . C . . T AAACAAGG
blockSeqs : . T . . . . . . GT . GC A . A . . A . C . T . G . . T AAAAAAA
blockSeqs : . A . . . . . . GG . TA G . T . . C . T . T . A . . C TTGAACT
blockSeqs : . A . . . . . . GG . TA G . G . . C . C . A . C . . T CCTAGAC
blockSeqs : . A . . . . . . AG . TT G . G . . T . C . T . A . . T AAAAAAA
blockSeqs : . A . . . . . . GT . TT G . G . . C . C . C . G . . C ACAAAT
blockSeqs : . T . . . . . . GA . GC C . G . . T . C . T . G . . C ACAAAT
blockSeqs : . C . . . . . . GA . TA G . T . . C . G . C . C . . T CAAAC
blockSeqs : . G . . . . . . GG . GC C . G . . T . C . T . G . . C AAAAA
blockSeqs : . T . . . . . . GG . TA C . G . . A . C . C . T . . C GAAA
blockSeqs : . A . . . . . . AG . GC G . C . . C . G . C . A . . T AAA
blockSeqs : . T . . . . . . GG . TA C . G . . C . C . T . G . . T
blockSeqs : . T . . . . . . GG . AC G . A . . A . G . T . C . . C
blockSeqs : . A . . . . . . TC . TA C . G . . T . T . C . A . . T
blockSeqs : . A . . . . . . GC . AC G . C . . T . A . T . T . . T
blockSeqs : . T . . . . . . GG . TT G . G . . C . C . T . G . . T
blockSeqs : . T . . . . . . GC . TA G . G . . C . C . T . T . . G
blockSeqs : . T . . . . . . . . TT G . A . . T . T . C . A . . C
blockSeqs : T . . . . . . . . GC C . G . . T . C . C . G . . C
blockSeqs : . . . . . . . . TC G . T . . T . C . C . T . . .
blockSeqs : . . . . . . GC G . G . . A . C . T . A . . .
blockSeqs : . . . . . TA C . T . . C . A . A . T . .
blockSeqs : . . . . TA G . C . . T . G . C . C . .
blockSeqs : . T A . G . . C . G . T . . . .
blockSeqs : . A . . G . . C . G . . .
blockSeqs : . T . G .
blockSeqs : . . . G .
blockSeqs : . . G .
blockSeqs : . C .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TN***** G**** AAACAAAN****
originalCons : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAANAAACAAA--CCAAGGCCAATATG
finalCons : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---ATTN-----TG---A-CG----T--CAT----ATGA--C--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGAAAAACAAAN----CAAGGCCAATATG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111
lowQualScore : 222 1 22 22 222 0 1 1 1 444 222 3333333 3333 1 66666 11 2222 555555555 22222 1 1 444 2 11111111 55555555 1 2 8888888888888 2 777 0
lowQualScore : ... . .. .. ... . . . . ... ... ....... .... . ..... .. .... ......... ..... . . ... . ........ ........ . . ............. . ... .
lowQualScore : 999 0 11 11 666 1 4 4 4 333 333 1111111 8888 3 55555 88 6666 222222222 99999 2 1 999 7 33333333 00000000 4 5 5555555555555 1 999 7
consensus : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGA---------A--AA-ACAAA--NCAAGGCCAATATG
Reference ( family-1059 ) : AATTAAC---TTNAT--TG--TAT---TGGCCTT-GTTAT-CG-AGG-AAA---AT--TN---TG---A-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCGAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-C-G-AACT-------NGG--------CC-AATACGA---------A--AA-ACAAA--NCAAGGCCAATATG
gi|1 : AT--TT--TGT---TTGCCTT-GTCAT-CA-ACA-ATA---ATGCTC---TG-----CTAA--T--TGC----CTGAC--------TGGAA-----CTGG-GTCAATATGAAC-C-A-AACT-------GGG--------CC-AATATG-------------AA-CCAAA--CC-GGGCTAATATG
gi|10 : atggaagtttatagatacttctgtaatgcaTCAT--TG--TAT---TATTCTC-TTCAA-AG-AGA-CAA---AT--GC---TC---A-CTTG--C--CAC----A--------------GAA------TGGCGCCAATATGAAC-A-G-AACT--------GG--------AC-AACTCGA---------AC-AA-GCAAA--Caaccaaactgggtcggtaggaagactgacgaggccaaactgaaccagaactgggcttattatttgggccaataataca
gi|11 : AATCAAC---TTTAT--TG--TGC---TGGCCTT-GCTAT-CA-AAG-GAA---AT--TA---TC---A-C--A--T--CAT----GTGAC--------TCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AACT-------TGG--------CC-AATATGA---------AAGAA-ACAAACCCCAAGGCAAATATGcatatgaaccgtaggtgggccaatgcattcattt
gi|12 : TTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAGT--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGA---------A--
gi|12 : ttatcacAT----ATGAA--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAttgaactctgccaatacgaa
gi|13 : ttatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaTTAAC---CTAAC--TA--TAT---TGGCCTT-GGTTT-C--------A---AT--TTGTTTT---T-C--T--T--CAT----ATAGT--------GGGAA-----CTTG-GCCAATGCAAAC-T-G-AACT-------CAG--------CA-AATATGA---------A--
gi|13 : tatcacAT----ATGAA--------TTGAA-----CTCT-GCCAATACGAAttgaactctgccaatacgaa
gi|14 : tatcacttaacctaactatattggccttggtttcaatttgtttttcttcatatagtgggaacttggccaatgcaaactgaactcagcaaATCAAC---TTTAT--CG--TAT---TAGCCTT-GTCAT-CA-AGGTAAA---AA--TA---TG---A-C--A--T--TAT----TTGAC--------GCAAA-----CTCG-GCCAATACGAAC-A-G-AACT-------CGG--------CC-AACATAA---------A--AA-A-AAA--ACAAGGTC
gi|15 : A---AT--TTGC-TA---A-C--T--T--CAT----ATGACCTAAACTTATGAATTTATCTTG-GCCAATATGAAC-T-G-GACA-------GGG--------CC-AATATGA---------A--A
gi|16 : tgtttatatagccttgcacaaaggtacattc---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-C--G--T--TTC----ATGTC--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG----------------ACAAA--TCAATGCCAATca
gi|17 : aaAATGAAC---TTCAT--TG--TAT---TGGCCTT-------------------------T---TG---A-T--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----CTCG-GGCAATGCGAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACGA---------ATTGA-AC-----TC--GGCAAATATG
gi|18 : tatt---TTTGT--TG--TCA---TGACTCT-GTTGT-CG-AGG-ACA---AC--TT---TG---A-T--G--T--TTC----ATGTC--------GCGAA-----ATCG-GCCAGTATGAAT-C-G-AATT-------AGG--------TC-AATATG----------------ACAAA--TCAATGCCAAaa
gi|19 : aaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATATGA---------
gi|2 : aTAACATATTAAT--TG--TAT---TAACCTTTGTCAT-TC-AGA-AAATAAAT--GC---TC---A-C--T--T--CATCATTATGAC--------GCGAG-----CTGT-GCCAATATGAAC-C-GAAACT-------GGG--------CA-AATA--A---------T--TA-GCAAAATACAAGGTCAATAT
gi|2 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgG-GTCAATATAAAC-C-GGAACT-------GGG--------AC-AATACGA---------aaaccggaactgggacaatacgact
gi|20 : aaaaggggaattaaaaatgtattttaaaaaatgaatgtatatttatatatgtaacatattaattgtattaacctttgtcattcagaaaataaatgctcacttcatcattatgacgcgagctgtgccaatatgaaccgaaactgggcaaataattagcaaaatacaaAATTAAC---TTAAT--TA--TAT---TAGCCTT-GTTAT-CG-A---AAA---ATA-TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCGAA-----CTCA-GCCAATATGAAC-T-G-AATTAATGAACTGG--------TC-AATAct
gi|21 : aTTACC---TTAAC--TG--TAT---TGACATT-ATCAT-CG-AGT-AAC---AG--TA---TC---A-C--G--T--CAT----GCGAA--------TCGAA-----CTCT-GCC---------------ACT-------CGG--------CC-AATGCGA---------A-------GAA--ACAAGGCCAATATt
gi|22 : AATTAAT---ACTGT--TA--CAT---CAGCCTT-GTCATTCACAGG-AAA---AT--GC---TC---T-T--C--T--CAT----ACAAC--------TGAAA-----CTGG-GCCAATATAAAC-T-G-AAAT-------GTG--------TC-AATA
gi|23 : atgATTAAT---TTCAT--TG--CATAATTAGCTCT-GTTAT-CG-GGG-AAA---AT--TA---TG---T-C--G--T--CAT----ATGAC--------AAGGA-----CTCG-GTCCATAT-AAC-C-A-AACT-------TGG--------CC-AATATG
gi|24 : tgATTTAT---TTGAT--TA--TAT---TAGCATT-GTCAC-TG-AAG-AAA---AT--GC---TC---A-C--A--T--AAA----ATGAA--------GCGAA-----CTGG-ATCAGTACGAAA-T-A-AGCA-------AGA--------CC-A
gi|25 : gtAATTAAC---TTTAG--TG--TAT----GATCCT-GTTAT-CA-AGT-AAA---GT--TA---TG---A-T--G--C--CAT----ATGAT--------ACGAA-----ATTG-GCCAGTACGAAC-ta
gi|26 : cAG-----CTAG-GTCAATACGAAC-CTG-GACT-------GGG--------CCAAATACGAACCTAGACCA--AA-ACGAA--TCAtccatcattattaac
gi|28 : tactctgctaatgtATCAAT---GTAAG--TT--TGC---TAGCTTT-AGTAT-CA-AGA-AAA---AT--AC---TC---A-A--C--T--CAT----A--AT--------GCAAA-----CTCT-GCCAATATCAGC-T-G-AAgaactgggtcgat
gi|29 : T-GTTAT-TG-AGA-TAA---AC--TA---CG---A-C--G--T--CAT----ATGAC--------GCAAA-----CTCG-GCCAGTGCAAAC-T-G-ATCT-------CGG--------CC-AATACAA---------A--AA-Aatg
gi|3 : TAT-TG-AGG-AAA---AT--AC---T------C--GTTT--CGT----ACAAC--------GTGAA-----CTTG-ACCAAGGTGAAC-C-A-AACT-------AGG--------CC-ATTATGG---------A--AA-GCAAA--ATAAGGCCAAAATGaggc
gi|30 : gatacagctgttgttaacattgtaattgtttacaatcaatccAATTAAT---TTTAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-CA-AGG-ACA---AT--TT---TG---A-T--G--C--CAT----ATGAT--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-aaccagcactggaccaatattatttaaatatacaactactccctgttgag
gi|31 : tAATTAAC---TTTAT--TG--CAT---TGACCTT-GTTAT-AG-AAG-AAA---AA--TA---TG---C-C--A--T--CAT----ATGAT--------GCGGG-----CTCG-GCCGATACGAAt
gi|32 : tATTAAT---TTAAC--TT--TAT---TGGCATT-GTTAT-TG-AGG-AAA---AT--TT---TG---A-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----ATCA-GCCAATACAAAC-
gi|33 : -GTCAATATGAACTC-A-AAAT-------TAG--------CC-AGTATGA---------A------CAAA--C---GGTCAATATGt
gi|34 : atgtgaacagtAT---TTAAT--TA--TAC---TAGCATT-GTCAC-TG-AGG-AAA---AT--GC---TC---A-C--T--T--CAT----ATGaatca
gi|4 : cgtgtatTTAAC---TGTAT--CG---AT---TAATCTT-GTTGT-CG-A----AA---AT---A---TG---CTC--G--TTTCAT----ATCAA--------ACTAA-----CTAG-ACTAATATGAAT-C-A-AACT-------GGAAAACTTGACC-ACTACGA---------A--AA-A-AAA--ACAATGCAAGTATG
gi|5 : attgttgtAATTAAC---TCTATAATAATTAT---TAGCCAT-GTCAT-TG-ATC-AA--------TC---TGCTCA-A--T--T--CAT----ATAAC--------GCAAA-----CTGG-GCGAATATTAAC-C-G-AACT-------TTG--------TT-AATA-GA---------A--AA-AAAAA--T----GCCAATATaaccggaacttgaccaataaaactatttccg
gi|6 : ttaattAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CAG-AACT-------AGG--------CC-AGTATGA---------A--AATACAaaaccggaagtggaccaaaacgatatacttccgg
gi|6 : G-AAA---ATA-CA---TG---A-CA-G--T--TAT----GAAAT--------G-GAA-----CTGG-GCCAATATGAAC-CGG-AACT-------GAC--------CC-AATATGA---------A--tgacagttatgaaatggaactgggccaatatgaaccggaactgacccaatatgaattggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|7 : aactgggccaatatgaaccagaactaggccagtatTTAAC---CATAT--TA--TAT---TTGCCTT-GTCAC-TG-AGC-AAT---AT--GC---TC---A-C--C--T--CAT----ATGGC--------GCAAA-----CTGG-GCCAGTATGAAC-A-G-AACA-------AGA--------CC-A--ACAG---------A--AA-ACAAA--ATAttggaacttggccagtatgaaatacaagcaacttcaaatgaa
gi|8 : tcttgtatcaatATTAAT---TTTAT--TG--TAT---TAGCTTT-------CG-AGG-AAT---AT--TA---TG---A-C--G--C--CAT----ATGAC-------------------TGG-ACCAATACGAAA-C-G-AATT-------TGG--------CC-AATACGA---------A--AA-ACAAG--GCAAtactggacctagtctaatgccaata
gi|9 : ttgAT---TATCCTA-GTTTT-CA-AGC-ACA---AA--TA---TA---A-C--G--T--CAT----ATGAT--------GCAAA-----TTCA-GCCAATACAAAC-T-G-AACT-------CGG--------CC-AATACAA---------A--AA-ACGAaatggaaccaaaactgggcaaatacaactacttccggtt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TGGGTCAATACAAATCGAGCTGAGAGAATTGGAAATGAAAAAAAAGGTAACATGAACAGGACTTGGGACACTACGACTATT
Unaligned ( gi|35 ): TGAGGAGAATATAATCTTTAGTTTTCATTGTATAACACAGACATTTAA
Unaligned ( gi|36 ): AAAGGCAAAATACAATACACGTGATTATTAATTAA