lowQualScore : 1111111 111 1 1111111111111111 5555555555555555555555555555555 111 22 111111 11 1111111 1 333333333 111 333333333333
lowQualScore : 888 4 555 555 3 0000000 44 33 2 7777777 2 2 7 0 5555 4 33 222 0 3 4444444444444444 4444444444444444444444444444444 6666 77777 555 99999999999999 33 00 1 555 2 2 66666 2 2 777777 3 3 00 555 8888888 2 4 44 2 3 333333333 0 77 444 444 1 1 777777777777 4 2
lowQualScore : ... . ... ... . ....... .. .. . ....... . . . . .... . .. ... . . ................ ............................... .... ..... ... .............. .. .. . ... . . ..... . . ...... . . .. ... ....... . . .. . . ......... . .. ... ... . . ............ . .
lowQualScore : 555 4 444 444 1 0000000 22 11 2 2222222 2 5 2 6 0000 1 22 333 4 2 4444444444444444 7777777777777777777777777777777 5555 11111 111 88888888888888 99 11 3 000 9 7 44444 9 9 000000 1 1 22 444 3333333 8 0 66 9 3 777777777 1 33 111 555 1 0 666666666666 5 0
consensus : CAATATAACTTGAACAT---ATACA---GTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATACGA----GAGTG--AACATAAT-TATGTTACATACA-----------TG---AA-----------GTA---A----AT-------A----ATAA-----A-N-CATATAGTTACA----A--T------G--CACATTTA---CA-A-AT----CAG-TTGTTTGAAT-T--TAAAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAAT-GCC---TTN------ATACAAAATACAGCTNAT--TTAT-TTAAAAC------A-NTTANTTTGGAC-GNGTTTAAAAGGTCAATAAATT-TATA--CA--TACTCGGACGATGATAAAAA
Reference ( gi|4 ) : CAATATAACTTGAACAT---ATATA---GTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TGCATGCATGCAGCAATACGA----GAGCG--AACATAAT-TATGCTATATACA-----------TG---AA-----------GTA---A----AT-------A----ATAA-----A-A-CATATAGTTACA----A--T------G--CATTTTTA---CA-A-AT----CAG-TTGTTTGAAT-T--AAACGCATTTGATC-TTTGC-TTAAAT-GCC---TTG------ATACAAAATACAGCTTAT--TTCT-TTAAAAC------T-CTTACTTTAGAC-GCGTTTAAAAGGTCAATAAATT-TGTA--CA--TACTCGGACGATGGTAAAAA
gi|8 : CAATATAAC------AT---AAAGA---GTT---CATCG-T-------TA--CTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCAGCAATATGA----GAGTG--AACATGAT-TATGTTACATACA-----------TG---AATATATATTGAAGTA---A----AT-------A----ATAA-----A-T-CATATAGTTACA----A--T------G--TACATTTA---CA-A-AG----CAA-TTATCTGAAT-T--TAAAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAAT-GCC---TTG------ATACAAAATGC-GCTAAC--TTAT-TAAAAAC-----------AC-TTAGAC-ACGTT
gi|6 : ttCAGTATAACTTAAACAT---ATACA---GCT---TATCG-T-------TA--TTTACACT--A-A-------CAAT-ACA------TGCACACAGCAATACGA----GAGTG--AACATAAT-TATGTTACATACA-----------TG---AA-----------GTA---A----AT-------A----ATAA-----A-T-CATACAGTTACA----A--T------G--TACATTTA---CA-A-AT----CAG-TTATGTAAAT-T--TAGAGCTTTTGATC-TATGC-TTAAAT-ACC---TGT------ATACAAAATACTGTTT-T--ATAT-TTAAAAC--------ATTAAGTTAAGCAGTG-CTAAAAGGTCAATAAA
gi|13 : acagaacagaaattcaatCAATGTAACTTGAACAC---ATATT---GTT---CGTCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------TAAT-ACAA-TACATGCATGCAACAATACGA----GAGTG--GACATAAA-TATGTTACATATGTGAATATATTTTG---AA-----------GTA---A----AT-------G----A-AA-----A-T-CATATAGTTACA----A--T------GTACATTTT-----CA-A-AT----at
gi|1 : tttattatagaacagaacagaattttattCAATATAATATGACGAT---ATACA---GTTATACAT-A-T-------TA--TTTACACA--A-AAAAAACACAAC-ACAA-AGCGTGATTGCAGCAATACGA----GATTG--AACATAA--AATGATATATACA-----------TG---AA------------TA---T----ATGTTCA--A----ATAC-----A-C-CATATAATTATA----A--C------G--CA--CATA---AA-A-A-----AAG-TTGTTTCAAT-T--TAAAGTAGTTG--CATTTGC-TTCGAT-GCC---TTT------ATATAAA--ACTGTGAAT--TTAT-TTAAAAC------A-ATAAC-----------TTCAAAACGTCAATAAATT-GATA--CA--TA-TCAGACGATCATAAa
gi|7 : aataatagaacaaaacagtagagttttattCAATATAACTTGAACAT---ATACA---GTT---CATCT-T-------TA--TTGACACA--A-T-------CAAT-ACAA-TACAAACACGCAGCAATA-GA----GAGTG--AACATAAA-TATGTTACAtcgtactcaattcttaatatgcatagaaaggatattcactcataaaatgatatttgtcttcactgtcattatgatgacataaagtacatgttctttcagtcctagctaagtttctgtgtctgtcagtttcgatatataagtgatgcgaatattattatttttatagt
gi|2 : aacagaatagaataaaattgtattCAATAAAACAAGAACGT---ACACA---CTT---CATCT-T-------TA--GCGACACA--ATG-------CAAT-ACAC-TACATGCATAAAGCAATACCAGCGTGAGCGTAAACATGATAAATG-TATATACA-----------CGTACAT-----------GTA---T----ATACGTCCAA----ATAA-----A-G-TATATAATTACA----A--T------G------TGTA---TA-C-AT----AAA-TTGTTTGA---T--A--------------TTTTC-TTAAATAGCT---TTATT----ATATAATATTTATTTTATAATTCA-TTAAAAA------TAATTAATTTAGGT-AAGTTTAATAGCCAAAT-GAT--------CA--TATTCGGACGAAAGCAAAAaatggtcttttaaacacaaacaaatacacaaaccgatacatttctgttgataagtccacaataaatacaaaattatttttgttgatgatattttatgtttcctttttgttcttgcgtaatatctatgtt
gi|21 : gaatatacatatttagaacaaaacagaacagatctaaaatgCAATAGAACTTGAATAT---ATACA---GTT---CATCG-T-------TA--TTTTCACT--G-A-------CAAT-ACCA-TACATGCACGCAGCAAAACtatatatagcagcctattgaattcttaataatccacagaaaggaaatataagcacaacaatctgacttgtcctcagtatcatt
gi|23 : ttCAATATAAATTGAACATA--ACACA---GTT---CATTG-T-------TAATTTTACACA--A-A-------C-AT-GCAA-TACA
gi|25 : agaattcaattCAACATAACTTTAATAC---ATACA---GTT---CACCG-T-------TA--CATACACA--A-A-------CAAT-AC
gi|3 : tttattAACATAA-TTG--CATTCAATGTAATTGTT---CATCG-T-------TA--TTCACACA--A-T-------AAAT-ACAA-TGCATGCACGTAGCAATACGA----AAGTA--AATAT-AT-TATGATACAAACA------------A---AA-----------ATA---T----ATTTTAA--A----ATAA-----A-C-CATATAATTACA----A--T------G--CA----CA---AA-A-A-----CGG-TTGTTTTAAT-T--TAAAGCATTTGACA-TTTGC-TTAAA---CC---TTAAAGTTTATACAAATTATAGCATAT--TTAT-TTAAAAC------A-CTTAGTTTACAC-GC-TTTAAAATGTCATTTAATG-TATA--CA--TACTCTGACGATGATAAA
gi|20 : ttaacagaagagaagttaATAACTTGAACAT---ATGCA---GTT---TATCG-T-------TA--T---CATAGCA-A-------CATT-ACAgtatttaggtatgtactgaattctta
gi|22 : cagagcagaaatatattcactctgttcattcaaccACTCGAACAT---GTACA---GTT---CATTG-T-------TA--TTTACAGA--A-T-------TAATAACAAGTACACGCACGAAGGAATA-GA----GAGCG--ctaac
gi|11 : T---ATACA---GTT---CATCGGTACACACGTA--TGTACACA--T-A-------CAAT-ACAA-TCC-----CGCAGCACTACGA----GAATG--AA-------TATGTTACATACA-----------AG---AAT----------ATATTTA----AA-------G----ATAA-----ATC-CATATAGTTATA----AATC------G--CATTT--A---CA-A-AT----CAA-ATGTTTGAAT-T--TATAGCATTTGATC-TTTGC-TCAAAG-GCC---TTT------ATACAAA
gi|15 : agaacagaacaaaacagaacagtattcagTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-T--ATGCATGAAGCAATTTGA----GGATG--AACATA--------TATTT--------------TG---AA-----------GTA---A----AC-------A----ATGA-----A-T-CGTATAGTGACA----A--TATAAGTG--CACATTAA---CA-C-AT----CAA-TTGTTTGAAT-TTAAAAC---TTTGATC-TTGAC-TTTAAT-GCC---TTG------ATACGAAATACTGCTAAT--TTAT-TTAAAAc
gi|9 : TACACA--A-G-------CAAT-ACAA-TACATGCA------AA-ACGA----TAGTG--TACATACA-CGTGTTACATACA-----------AG---AA------------TA---T----ATTTTAA--A----ATAA-----A-T-CATACAGTTTCA----A--T------G--CACATTC----CA-A-AG----CAG-TTGTTTGAATAT--AAA-GCATTTGATC-TTTAT-TTAAAT-GCA---TTG------ATACAAAATACAGCTTA------T-CTAGA----------TTTACTTTGGAC-GGGTTTAAAAGGTCAATGAATT-T------A--TACTCGGACAAAGATAAt
gi|17 : TACACA--G-A-------CAAT-AAAA-AACATTCATGCATCAATACGA----GAGT----ACGTACT-TAAATTACATTCA-----------TG---AA------------TAT--ATGTTAT-------A----CTAA-----A-A-TATATAGTTACA----G--T------G--CACATTTT---CA-A-AT----CAG-TTGTTTGTAT-T--TAAAGC
gi|19 : ACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATGCGA----GAGTG--AACATA---TATGTTACATA
gi|24 : CACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCACCAATACGA----GAGTG--AACATACA-TATGTTACATACA-----------atatagacagatatcgtttaataaggaattccaatgta
gi|12 : tCATGCAGCAGTACGA----GAGTG--AACATAAT-TATGTTACATACA-----------TG---AGAATATCTTGCCGCA---A----GT-------A----ATAA-----A-T-CATACTGTTACA----AT-T------G--TACATTTA---CG-A-AT----CAG-TTGTTTGAAT-T--AAGAGCATTTGATC-TTTGC------------------------TACAAAATACAGCTAAT--TTAC-TTAGAAC------T-
gi|5 : CAACAATACAA----GGGTA--AACAAAAA-CATGATGCAT-CA-----------TAT--AA-----------GTA---C----AT-------ATCATATAATTAGAA-ATCATATAATTACATTTCA--T------A--CAATGTCAATGCA-A-ATTAATCAG-TAATT---AT-T--AAAT-TATTTGACT-TTTTC-TTCAAT-GGC---TTT------GTTTAAAATACAGTTAAT--TTAT-TTAAAAT------A-CTTAGTTTGCAC------TAAAAAGTCAAAAGATT-TATG--CATGTACTCAGACAATGATAAAagctagtcatgtacagtatccatgttatatatgca
gi|16 : acaCAGTACGA----GAGTG--AACATAAT-TATGTTACATACA-----------TG---AA-----------GTA---A----AT-------A----ATAA-----A-A-CATATAGTTACA----A--T------G--TACATTTA---CA-A-AT----CAG-TTGTTTGAAT-T--TAACGCATTTGATC-TTTAC-TTAAA----C---TTA------A-ACAACATGTAACcatatataggtacgtactgaatttttaataattcatagaaa
gi|14 : -----A-G-CATA-AGTTATA-------T------A--CATATTTA---CATACAT----AAACTTG---GAAT-T--CA-CGAAC--GATA-GTTGTATTAAA--ATCAAATTG------TT-CAAAATACAGCTTAT--TAAT-CTAAAACAATCACT-TTCACTTTGGTT-GGGTGTAAAAGTTCAATAAATG-TATA--CA--AAATCACACGACAGCAAAAAcatcactacagaaac
gi|10 : agtcaatcgg-AT----CAG-TTGTT-GAAT-T--TAAAGCATATGACA-CTTGC-CCAAAC-GCT---TTT------ATACAAAATACTGCTAAT--TTAT-TTCAAAC------A-CTAAATTCTGAC-ACGCTCAAAAGGTCAATAA-----------------TTGGACAATGATAAAtat
gi|18 : tcattgatAAAATACAGATTAT--TTATATTAAAAT------A-ATTTTTTTGTGC-AAGTCTAAAAG-----TAAATTATTTAATTAG-TACTTGGACAATGATAAAAActacttaaatatgtattaaattcttagtacttgtacatcatggaaaagttacacgcagcgatctgactggagaaaaaaactatcaaattt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAACATTGTCTTTTACAGAACAGAACAGAATTTTATTCAATATAAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111111111 55555555555555555555555555555555 111111 1111111 11111111111
lowQualScore : 3 555 2 9999999 33 22 2 6666666 2 2 0 666666 4444444 2 22222222222 5 44444444444444444444444444444444 555 1 2 88888888888 2 33 444 2 2 0 2 2 0 33 2 0 2 2 6 333333 2 2 9999999 1 1 3 3 0000000 0 5 2 88 2 0 55555555555 2
lowQualScore : . ... . ....... .. .. . ....... . . . ...... ....... . ........... . ................................ ... . . ........... . .. ... . . . . . . .. . . . . . ...... . . ....... . . . . ....... . . . .. . . ........... .
lowQualScore : 1 000 9 3333333 99 99 1 8888888 1 2 8 111111 1111111 4 77777777777 7 00000000000000000000000000000000 000 0 7 66666666666 7 55 777 7 5 2 7 7 1 77 7 9 9 9 0 222222 0 9 3333333 9 0 1 3 6666666 7 4 6 55 6 8 22222222222 9
consensus : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNA-TACAAAATA-------CAGCTNATTTAT-TTAAAAC-A------CTTANTTTGGACGCGTTTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
Reference ( family-1057 ) : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAANC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNA-TACAAAATA-------CAGCTNATTTAT-TTAAAAC-A------NTTANTTTGGACGNGTTTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
gi|1 : CAATATAATATGACGAT-ATACAGTTATACAT-A-T-------TA--TTTACACA--A-AAAAAACACAAC-ACAA-AGCGTGATTGCAGCAATAC------GAGATTGAACATAA------AATGA-TATATACA-----------TG-AA------------TA------T----ATGTTCAAAT---ACACC-ATATAATTATA----A------C-GCACA---TA---AA-A-A-AAG-TT-GTTTCAATT--TA-AAGTAGTTG--CATTTGC-TTCGATGCC------TTTA-TATAAA--A-------CTGTGAATTTAT-TTAAAAC-A------AT-------AAC---TTCAAAACGTCAATAAATTGA--TACA--TA-TCAGACGATCATAA
gi|10 : aataatagaacaaaacagtagagttttatt-ATCAG-TT-GTT-GAATT--TA-AAGCATATGACA-CTTGC-CCAAACGCT------TTTA-TACAAAATA-------CTGCTAATTTAT-TTCAAAC-A------CTAAATTCTGACACGCTCAAAAGGTCAATAA----------------TTGGACAATGATAAAtcgtactcaattcttaatatgcatagaaaggatattcactcataaaatgatatttgtcttcactgtcattatgatgacataaagtacatgttctttcagtcctagctaagtttctgtgtctgtcagtttcgatatataagtgatgcgaatattattatttttatagt
gi|11 : tcattgatT-ATACAGTT---CATCGGTACACACGTA--TGTACACA--T-A-------CAAT-ACAA-TCC-----CGCAGCACTAC------GAGAATGAA-----------TATGT-TACATACA-----------AG-AAT----------ATATTT---A----AA-----GAT---AAATCCATATAGTTATA----A------A-TCGCAT-TTA---CA-A-ATCAA-AT-GTTTGAATT--TA-TAGCATTTGATC-TTTGC-TCAAAGGCC------TTTA-TACAAActacttaaatatgtattaaattcttagtacttgtacatcatggaaaagttacacgcagcgatctgactggagaaaaaaactatcaaattt
gi|12 : agaacagaacaaaacagaacagtattcagCATGCAGCAGTAC------GAGAGTGAACATAAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AGAATATCTTGCCGCA------A----GT-----AAT---AAATC-ATACTGTTACA----A------TTGTACAT-TTA---CG-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-GAGCATTTGATC-TTTGC---------------------TACAAAATA-------CAGCTAATTTAC-TTAGAACTA------GCTAGTc
gi|13 : CAATGTAACTTGAACAC-ATATTGTT---CGTCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------TAAT-ACAA-TACATGCATGCAACAATAC------GAGAGTGGACATAAA-----TATGT-TACATATGTGAATATATTTTG-AA-----------GTA------A----AT-----GA----AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTT---CA-A-ATcatgtacagtatccatgttatatatgca
gi|14 : tttattatagaacagaacagaattttattAGC-ATA-AGTTATA-----------T-ACATAT-TTA---CATACATAAACTT-G---GAATT--CACGAAC----GATA-GTTGTATTAAA-ATCAAA---TTGT-T-CAAAATA-------CAGCTTATTAAT-CTAAAAC-AATCACTTTCACTTTGGTTGGGTGTAAAAGTTCAATAAATGTA--TACA--AAATCACACGACAGCAAAAAa
gi|15 : agtcaatcggTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-T--ATGCATGAAGCAATTT------GAGGATGAACATA-------TAT-T-T------------------TG-AA-----------GTA------A----AC-----AAT---GAATC-GTATAGTGACA----ATATAAGT-GCACAT-TAA---CA-C-ATCAA-TT-GTTTGAATT--TA-AAAC-TTTGATC-TTGAC-TTTAATGCC------TTGA-TACGAAATA-------CTGCTAATTTAT-TTAAAAtat
gi|16 : CAGTAC------GAGAGTGAACATAAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-ACGCATTTGATC-TTTAC-TTAAA---C------TTAA--ACAACATG-------TAACt
gi|17 : TACACA--G-A-------CAAT-AAAA-AACATTCATGCATCAATAC------GAGAGT--ACGTACT-----TAAAT-TACATTCA-----------TG-AA------------TAT-----ATGTTAT-----ACT---AAAAT-ATATAGTTACA----G------T-GCACAT-TTT---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGTATT--TA-AAGCcatcactacagaaac
gi|18 : AAAATA-------CAGATTATTTATATTAAAAT-A------ATTTTTTTGTGCAAGTCTAAAAG-TAAATTA-TTTAATTA-G--TACTTGGACAATGATAAAAA
gi|19 : ACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATGC------GAGAGTGAACATA-------TATGT-TACATAtatatagatacattgagtatgta
gi|2 : CAATAAAACAAGAACGT-ACACACTT---CATCT-T-------TA--GCGACACA--ATG-------CAAT-ACAC-TACATGCATAAAGCAATACCAGCGTGAGCGTAAACATGATAAATGTATATACACGTACA-----------TGTAT-----------ATA------C----GTCCA--AAT---AAAGT-ATATAATTACA----A------T-GTGTA---TA---CA---------------TAAATT---------GTTTGATA-TTTTC-TTAAATAGC------TTTATTATATAATATTTATTTTA--TAATTCAT-TAAAAAT-A------ATTAATTTAGGTAAGTTTAATAGCCAAAT-GAT-------CA--TATTCGGACGAAAGCAAAAatatagacagatatcgtttaataaggaattccaatgta
gi|20 : gaatatacatatttagaacaaaacagaacagatctaaaatgATAACTTGAACAT-ATGCAGTT---TATCG-T-------TA--T---CATAGCA-A-------CATT-ACAC-TAtatatatagcagcctattgaattcttaataatccacagaaaggaaatataagcacaacaatctgacttgtcctcagtatcatt
gi|21 : cagagcagaaatatattcactctgttcattcaaccCAATAGAACTTGAATAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTTCACT--G-A-------CAAT-ACCA-TACATGCACGCAGCAAAAC------ac
gi|22 : ttACTCGAACAT-GTACAGTT---CATTG-T-------TA--TTTACAGA--A-T-------TAATAACAAGTACACGCACGAAGGAATA-------GAGAGCG
gi|23 : CAATATAAATTGAACATAACACAGTT---CATTG-T-------TAATTTTACACA--A-A-------C-AT-GCAA-TACA
gi|24 : agaattcaattCACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCACCAATAC------GAGAGTGAACATACA-----TATGT-TACATACA-----------
gi|25 : tCAACATAACTTTAATAC-ATACAGTT---CACCG-T-------TA--CATACACA--A-A-------CAAT-AC
gi|3 : tttattGTT---CATCG-T-------TA--TTCACACA--A-T-------AAAT-ACAA-TGCATGCACGTAGCAATAC------GAAAGTAAATAT-AT-----TATGA-TACAAACA------------A-AA-----------ATA------T----ATTTTAAAAT---AAACC-ATATAATTACA----A------T-GCACA---------A-A-AACGG-TT-GTTTTAATT--TA-AAGCATTTGACA-TTTGC-TTAAA--CCTTAAAGTTTA-TACAAATTA-------TAGCATATTTAT-TTAAAAC-A------CTTAGTTTACACGC-TTTAAAATGTCATTTAATGTA--TACA--TACTCTGACGATGATAAA
gi|4 : ttaacagaagagaagttaaacataattgcattcaatgtaattCAATATAACTTGAACAT-ATATAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TGCATGCATGCAGCAATAC------GAGAGCGAACATAAT-----TATGC-TATATACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GCATTT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-ACGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGA-TACAAAATA-------CAGCTTATTTCT-TTAAAAC-T------CTTACTTTAGACGCGTTTAAAAGGTCAATAAATTTG--TACA--TACTCGGACGATGGTAAAAAgtatttaggtatgtactgaattctta
gi|5 : ACACAACAATAC------AAGGGTAAACAAAAA-----CATGA-TGCAT-CA-----------TATAA-----------GTACATATCAT---AT-----AATTAGAAATC-ATATAATTACATTTCA------T-ACA-ATGTCAATGCA-A-ATTAA-TCAGT---AATTATTA-AATTATTTGACT-TTTTC-TTCAATGGC------TTTG-TTTAAAATA-------CAGTTAATTTAT-TTAAAAT-A------CTTAGTTTGCAC-----TAAAAAGTCAAAAGATTTA--TGCATGTACTCAGACAATGATAAA
gi|6 : CAGTATAACTTAAACAT-ATACAGCT---TATCG-T-------TA--TTTACACT--A-A-------CAA-------TACATGCACACAGCAATAC------GAGAGTGAACATAAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATACAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-ATGTAAATT--TA-GAGCTTTTGATC-TATGC-TTAAATACC------TGTA-TACAAAATA-------CTGTTT-TATAT-TTAAAAC-A------TTAAGTTAAGCAGTG-CTAAAAGGTCAATAAAcatatataggtacgtactgaatttttaataattcatagaaa
gi|7 : acagaacagaaattcaatCAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCT-T-------TA--TTGACACA--A-T-------CAAT-ACAA-TACAAACACGCAGCAATA-------GAGAGTGAACATAAA-----TATGT-TACAat
gi|8 : aacagaatagaataaaattgtattCAATATAAC------AT-AAAGAGTT---CATCG-T-------TA--CTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCAGCAATAT------GAGAGTGAACATGAT-----TATGT-TACATACA-----------TG-AATATATATTGAAGTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-AGCAA-TT-ATCTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGA-TACAAAATG-------C-GCTAACTTAT-TAAAAAC-A------CTTA-----GACACGTTaatggtcttttaaacacaaacaaatacacaaaccgatacatttctgttgataagtccacaataaatacaaaattatttttgttgatgatattttatgtttcctttttgttcttgcgtaatatctatgtt
gi|9 : ttTACACA--A-G-------CAAT-ACAA-TACATGCA------AA-AC------GATAGTGTACATACA-----CGTGT-TACATACA-----------AG-AA------------TA------T----ATTTTAAAAT---AAATC-ATACAGTTTCA----A------T-GCACAT-TC----CA-A-AGCAG-TT-GTTTGAATA--TA-AAGCATTTGATC-TTTAT-TTAAATGCA------TTGA-TACAAAATA-------CAGCTTATCT--------AG-A------TTTACTTTGGACGGGTTTAAAAGGTCAATGAATTT------A--TACTCGGACAAAGATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAACATTGTCTTTTACAGAACAGAACAGAATTTTATTCAATATAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111 55555555555555555555555555555555 111111 11111111 111 1111111111111
lowQualScore : 3 555 2 9999999 33 22 2 6666666 2 2 0 666666 88 2 444 33 22222222222 2 66666666666666666666666666666666 555 0 2 88888888888 2 2 444 2 2 0 2 2 0 33 2 0 2 2 6 333333 2 2 11111111 1 3 7777 66666 555 222 3 4444444444444 2
lowQualScore : . ... . ....... .. .. . ....... . . . ...... .. . ... .. ........... . ................................ ... . . ........... . . ... . . . . . . .. . . . . . ...... . . ........ . . .... ..... ... ... . ............. .
lowQualScore : 1 000 9 3333333 99 99 1 8888888 1 2 8 111111 22 4 111 22 77777777777 9 99999999999999999999999999999999 000 4 7 66666666666 7 7 777 7 5 2 7 7 1 77 7 9 9 9 0 222222 0 9 22222222 0 1 7777 55555 222 222 6 6666666666666 9
consensus : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
Reference ( family-1057 ) : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
gi|1 : CAATATAATATGACGAT-ATACAGTTATACAT-A-T-------TA--TTTACACA--A-AAAAAACACAAC-ACAA-AGCGTGATTGCAGCAATAC------GAGATTGAACATAA-AA-TGA---TATA--TACA-----------TG-AA------------TA------T----ATGTTCAAAT---ACACC-ATATAATTATA----A------C-GCACA---TA---AA-A-A-AAG-TT-GTTTCAATT--TA-AAGTAGTTG--CATTTGC-TTCGATGCC------TTTAT-ATAAA--AC-------TGTGAATTTAT-TTAAAACA----AT---------AAC----T-TCAAAACGTCAATAAATTGA--TACA--TA-TCAGACGATCATAA
gi|10 : aataatagaacaaaacagtagagttttatt-ATCAG-TT-GTT-GAATT--TA-AAGCATATGACA-CTTGC-CCAAACGCT------TTTAT-ACAAAATAC-------TGCTAATTTAT-TTCAAACA----CTA--AATTCTGACAC-GC-TCAAAAGGTCAATAA----------------TTGGACAATGATAAAtcgtactcaattcttaatatgcatagaaaggatattcactcataaaatgatatttgtcttcactgtcattatgatgacataaagtacatgttctttcagtcctagctaagtttctgtgtctgtcagtttcgatatataagtgatgcgaatattattatttttatagt
gi|11 : tcattgatT-ATACAGTT---CATCGGTACACACGTA--TGTACACA--T-A-------CAAT-ACAA-TCC-----CGCAGCACTAC------GAGAATGAA------TA-TGT---TACA--TACA-----------AG-AAT----------ATATTT---A----AA-----GAT---AAATCCATATAGTTATA----A------A-TCGCAT-TTA---CA-A-ATCAA-AT-GTTTGAATT--TA-TAGCATTTGATC-TTTGC-TCAAAGGCC------TTTAT-ACAAActacttaaatatgtattaaattcttagtacttgtacatcatggaaaagttacacgcagcgatctgactggagaaaaaaactatcaaattt
gi|12 : agaacagaacaaaacagaacagtattcagCATGCAGCAGTAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AGAATATCTTGCCGCA------A----GT-----AAT---AAATC-ATACTGTTACA----A------TTGTACAT-TTA---CG-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-GAGCATTTGATC-TTTGC--------------------T-ACAAAATAC-------AGCTAATTTAC-TTAGAACc
gi|13 : CAATGTAACTTGAACAC-ATATTGTT---CGTCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------TAAT-ACAA-TACATGCATGCAACAATAC------GAGAGTGGACATAAATA-TGT---TACA--TATGTGAATATATTTTG-AA-----------GTA------A----AT-----GA----AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTT---CA-A-ATtagctagtcatgtacagtatccatgttatatatgca
gi|14 : tttattatagaacagaacagaattttattC-ATA-AGTTATA-----------T-ACATAT-TTA---CATACATAAACTT-G---GAATT--CACGAAC----GATA-GTTGTATTAAA-ATCAAA---TTGTT--CAAAATAC-------AGCTTATTAAT-CTAAAACAATCACTTTCACTTTGGTTGG-GT-GTAAAAGTTCAATAAATGTA--TACA--AAATCACACGACAGCAAAAAa
gi|15 : agtcaatcggagTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-T--ATGCATGAAGCAATTT------GAGGATGAACATA--TA-T-T---T--------------------TG-AA-----------GTA------A----AC-----AAT---GAATC-GTATAGTGACA----ATATAAGT-GCACAT-TAA---CA-C-ATCAA-TT-GTTTGAATT--TA-AAAC-TTTGATC-TTGAC-TTTAATGCC------TTGAT-ACGAAATAC-------TGCTAATTTAT-TTAAAAtat
gi|16 : CAGTAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-ACGCATTTGATC-TTTAC-TTAAA---C------TTAA--ACAACATGT-------AACt
gi|17 : TACACA--G-A-------CAAT-AAAA-AACATTCATGCATCAATAC------GAGAGT--ACGTACTTA-AAT---TACA--TTCA-----------TG-AA------------TAT-----ATGTTAT-----ACT---AAAAT-ATATAGTTACA----G------T-GCACAT-TTT---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGTATT--TA-AAGCcatcactacagaaac
gi|18 : AAAATAC-------AGATTATTTATATTAAAATA----ATT--TTTTTGTGCAA-GT-CTAAAAG-TAAATTA-TTTAATTA-G--TACTTGGACAATGATAAAAA
gi|19 : ACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATGC------GAGAGTGAACATA--TA-TGT---TACA--TAtatatagatacattgagtatgta
gi|2 : CAATAAAACAAGAACGT-ACACACTT---CATCT-T-------TA--GCGACACA--ATG-------CAAT-ACAC-TACATGCATAAAGCAATACCAGCGTGAGCGTAAACATGATAAATGTATATACACGTACA-----------TG-TAT----------ATA------C----GTCCA--AAT---AAAGT-ATATAATTACA----A------T-GTGTAT---A---CA---------------TAAATT---------GTTTGATA-TTTTC-TTAAATAGC------TTTATTATATAATATTTATTTTA--TAATTCAT-TAAAAATA----ATT--AATTTAGGTAA-GT-TTAATAGCCAAATGA-------T-CA--TATTCGGACGAAAGCAAAAatatagacagatatcgtttaataaggaattccaatgta
gi|20 : gaatatacatatttagaacaaaacagaacagatctaaaatgATAACTTGAACAT-ATGCAGTT---TATCG-T-------TA--T---CATAGCA-A-------CATT-ACAC-TAtatatatagcagcctattgaattcttaataatccacagaaaggaaatataagcacaacaatctgacttgtcctcagtatcatt
gi|21 : cagagcagaaatatattcactctgttcattcaaccCAATAGAACTTGAATAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTTCACT--G-A-------CAAT-ACCA-TACATGCACGCAGCAAAAC------ac
gi|22 : ttACTCGAACAT-GTACAGTT---CATTG-T-------TA--TTTACAGA--A-T-------TAATAACAAGTACACGCACGAAGGAATA-------GAGAGCG
gi|23 : CAATATAAATTGAACATAACACAGTT---CATTG-T-------TAATTTTACACA--A-A-------C-AT-GCAA-TACA
gi|24 : agaattcaattCACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCACCAATAC------GAGAGTGAACATACATA-TGT---TACA--TACA-----------
gi|25 : tCAACATAACTTTAATAC-ATACAGTT---CACCG-T-------TA--CATACACA--A-A-------CAAT-AC
gi|3 : tttattGTT---CATCG-T-------TA--TTCACACA--A-T-------AAAT-ACAA-TGCATGCACGTAGCAATAC------GAAAGTAAATAT-ATTA-TGA---TACA--AACA------------A-AA-----------ATA------T----ATTTTAAAAT---AAACC-ATATAATTACA----A------T-GCACA---------A-A-AACGG-TT-GTTTTAATT--TA-AAGCATTTGACA-TTTGC-TTAAA--CCTTAAAGTTTAT-ACAAATTAT-------AGCATATTTAT-TTAAAACA----CTT--AGTTTACACGC--T-TTAAAATGTCATTTAATGTA--TACA--TACTCTGACGATGATAAA
gi|4 : ttaacagaagagaagttaaacataattgcattcaatgtaattCAATATAACTTGAACAT-ATATAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TGCATGCATGCAGCAATAC------GAGAGCGAACATAATTA-TGC---TATA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GCATTT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-ACGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGAT-ACAAAATAC-------AGCTTATTTCT-TTAAAACT----CTT--ACTTTAGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTG--TACA--TACTCGGACGATGGTAAAAAgtatttaggtatgtactgaattctta
gi|5 : ACACAACAATAC------AAGGGTAAACAAAAACA-TGA---TGCA--T-CA-----------TATAA-----------GTACATATCAT---AT-----AATTAGAAATC-ATATAATTACATTTCA------T-ACA-ATGTCAATGCA-A-ATTAA-TCAGT---AATTATTA-AATTATTTGACT-TTTTC-TTCAATGGC------TTTGT-TTAAAATAC-------AGTTAATTTAT-TTAAAATA----CTT--AGTTTGCAC-------TAAAAAGTCAAAAGATTTA--TGCATGTACTCAGACAATGATAAA
gi|6 : CAGTATAACTTAAACAT-ATACAGCT---TATCG-T-------TA--TTTACACT--A-A-------CAA-------TACATGCACACAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATACAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-ATGTAAATT--TA-GAGCTTTTGATC-TATGC-TTAAATACC------TGTAT-ACAAAATAC-------TGTTT-TATAT-TTAAAACA----TTA--AGTT---AAGCAGTGCTAAAAGGTCAATAAAcatatataggtacgtactgaatttttaataattcatagaaa
gi|7 : acagaacagaaattcaatCAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCT-T-------TA--TTGACACA--A-T-------CAAT-ACAA-TACAAACACGCAGCAATA-------GAGAGTGAACATAAATA-TGT---TACA--at
gi|8 : aacagaatagaataaaattgtattCAATATAAC------AT-AAAGAGTT---CATCG-T-------TA--CTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCAGCAATAT------GAGAGTGAACATGATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AATATATATTGAAGTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-AGCAA-TT-ATCTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGAT-ACAAAATGC--------GCTAACTTAT-TAAAAACA----CTT--A-----GACAC-GT-Taatggtcttttaaacacaaacaaatacacaaaccgatacatttctgttgataagtccacaataaatacaaaattatttttgttgatgatattttatgtttcctttttgttcttgcgtaatatctatgtt
gi|9 : ttTACACA--A-G-------CAAT-ACAA-TACATGCA------AA-AC------GATAGTGTACATACACG-TGT---TACA--TACA-----------AG-AA------------TA------T----ATTTTAAAAT---AAATC-ATACAGTTTCA----A------T-GCACAT-TC----CA-A-AGCAG-TT-GTTTGAATA--TA-AAGCATTTGATC-TTTAT-TTAAATGCA------TTGAT-ACAAAATAC-------AGCTTATCT--------AGA----TTT--ACTTTGGACGG-GT-TTAAAAGGTCAATGAATTT------A--TACTCGGACAAAGATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAACATTGTCTTTTACAGAACAGAACAGAATTTTATTCAATATAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111 55555555555555555555555555555555 111111 11111111 111 1111111111111
lowQualScore : 3 555 2 9999999 33 22 2 6666666 2 2 0 666666 88 2 444 33 22222222222 2 66666666666666666666666666666666 555 0 2 88888888888 2 2 444 2 2 0 2 2 0 33 2 0 2 2 6 333333 2 2 11111111 1 3 7777 66666 555 222 3 4444444444444 2
lowQualScore : . ... . ....... .. .. . ....... . . . ...... .. . ... .. ........... . ................................ ... . . ........... . . ... . . . . . . .. . . . . . ...... . . ........ . . .... ..... ... ... . ............. .
lowQualScore : 1 000 9 3333333 99 99 1 8888888 1 2 8 111111 22 4 111 22 77777777777 9 99999999999999999999999999999999 000 4 7 66666666666 7 7 777 7 5 2 7 7 1 77 7 9 9 9 0 222222 0 9 22222222 0 1 7777 55555 222 222 6 6666666666666 9
consensus : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
Reference ( family-1057 ) : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
gi|1 : CAATATAATATGACGAT-ATACAGTTATACAT-A-T-------TA--TTTACACA--A-AAAAAACACAAC-ACAA-AGCGTGATTGCAGCAATAC------GAGATTGAACATAA-AA-TGA---TATA--TACA-----------TG-AA------------TA------T----ATGTTCAAAT---ACACC-ATATAATTATA----A------C-GCACA---TA---AA-A-A-AAG-TT-GTTTCAATT--TA-AAGTAGTTG--CATTTGC-TTCGATGCC------TTTAT-ATAAA--AC-------TGTGAATTTAT-TTAAAACA----AT---------AAC----T-TCAAAACGTCAATAAATTGA--TACA--TA-TCAGACGATCATAA
gi|10 : aataatagaacaaaacagtagagttttatt-ATCAG-TT-GTT-GAATT--TA-AAGCATATGACA-CTTGC-CCAAACGCT------TTTAT-ACAAAATAC-------TGCTAATTTAT-TTCAAACA----CTA--AATTCTGACAC-GC-TCAAAAGGTCAATAA----------------TTGGACAATGATAAAtcgtactcaattcttaatatgcatagaaaggatattcactcataaaatgatatttgtcttcactgtcattatgatgacataaagtacatgttctttcagtcctagctaagtttctgtgtctgtcagtttcgatatataagtgatgcgaatattattatttttatagt
gi|11 : tcattgatT-ATACAGTT---CATCGGTACACACGTA--TGTACACA--T-A-------CAAT-ACAA-TCC-----CGCAGCACTAC------GAGAATGAA------TA-TGT---TACA--TACA-----------AG-AAT----------ATATTT---A----AA-----GAT---AAATCCATATAGTTATA----A------A-TCGCAT-TTA---CA-A-ATCAA-AT-GTTTGAATT--TA-TAGCATTTGATC-TTTGC-TCAAAGGCC------TTTAT-ACAAActacttaaatatgtattaaattcttagtacttgtacatcatggaaaagttacacgcagcgatctgactggagaaaaaaactatcaaattt
gi|12 : agaacagaacaaaacagaacagtattcagCATGCAGCAGTAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AGAATATCTTGCCGCA------A----GT-----AAT---AAATC-ATACTGTTACA----A------TTGTACAT-TTA---CG-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-GAGCATTTGATC-TTTGC--------------------T-ACAAAATAC-------AGCTAATTTAC-TTAGAACc
gi|13 : CAATGTAACTTGAACAC-ATATTGTT---CGTCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------TAAT-ACAA-TACATGCATGCAACAATAC------GAGAGTGGACATAAATA-TGT---TACA--TATGTGAATATATTTTG-AA-----------GTA------A----AT-----GA----AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTT---CA-A-ATtagctagtcatgtacagtatccatgttatatatgca
gi|14 : tttattatagaacagaacagaattttattC-ATA-AGTTATA-----------T-ACATAT-TTA---CATACATAAACTT-G---GAATT--CACGAAC----GATA-GTTGTATTAAA-ATCAAA---TTGTT--CAAAATAC-------AGCTTATTAAT-CTAAAACAATCACTTTCACTTTGGTTGG-GT-GTAAAAGTTCAATAAATGTA--TACA--AAATCACACGACAGCAAAAAa
gi|15 : agtcaatcggagTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-T--ATGCATGAAGCAATTT------GAGGATGAACATA--TA-T-T---T--------------------TG-AA-----------GTA------A----AC-----AAT---GAATC-GTATAGTGACA----ATATAAGT-GCACAT-TAA---CA-C-ATCAA-TT-GTTTGAATT--TA-AAAC-TTTGATC-TTGAC-TTTAATGCC------TTGAT-ACGAAATAC-------TGCTAATTTAT-TTAAAAtat
gi|16 : CAGTAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-ACGCATTTGATC-TTTAC-TTAAA---C------TTAA--ACAACATGT-------AACt
gi|17 : TACACA--G-A-------CAAT-AAAA-AACATTCATGCATCAATAC------GAGAGT--ACGTACTTA-AAT---TACA--TTCA-----------TG-AA------------TAT-----ATGTTAT-----ACT---AAAAT-ATATAGTTACA----G------T-GCACAT-TTT---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGTATT--TA-AAGCcatcactacagaaac
gi|18 : AAAATAC-------AGATTATTTATATTAAAATA----ATT--TTTTTGTGCAA-GT-CTAAAAG-TAAATTA-TTTAATTA-G--TACTTGGACAATGATAAAAA
gi|19 : ACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATGC------GAGAGTGAACATA--TA-TGT---TACA--TAtatatagatacattgagtatgta
gi|2 : CAATAAAACAAGAACGT-ACACACTT---CATCT-T-------TA--GCGACACA--ATG-------CAAT-ACAC-TACATGCATAAAGCAATACCAGCGTGAGCGTAAACATGATAAATGTATATACACGTACA-----------TG-TAT----------ATA------C----GTCCA--AAT---AAAGT-ATATAATTACA----A------T-GTGTAT---A---CA---------------TAAATT---------GTTTGATA-TTTTC-TTAAATAGC------TTTATTATATAATATTTATTTTA--TAATTCAT-TAAAAATA----ATT--AATTTAGGTAA-GT-TTAATAGCCAAATGA-------T-CA--TATTCGGACGAAAGCAAAAatatagacagatatcgtttaataaggaattccaatgta
gi|20 : gaatatacatatttagaacaaaacagaacagatctaaaatgATAACTTGAACAT-ATGCAGTT---TATCG-T-------TA--T---CATAGCA-A-------CATT-ACAC-TAtatatatagcagcctattgaattcttaataatccacagaaaggaaatataagcacaacaatctgacttgtcctcagtatcatt
gi|21 : cagagcagaaatatattcactctgttcattcaaccCAATAGAACTTGAATAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTTCACT--G-A-------CAAT-ACCA-TACATGCACGCAGCAAAAC------ac
gi|22 : ttACTCGAACAT-GTACAGTT---CATTG-T-------TA--TTTACAGA--A-T-------TAATAACAAGTACACGCACGAAGGAATA-------GAGAGCG
gi|23 : CAATATAAATTGAACATAACACAGTT---CATTG-T-------TAATTTTACACA--A-A-------C-AT-GCAA-TACA
gi|24 : agaattcaattCACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCACCAATAC------GAGAGTGAACATACATA-TGT---TACA--TACA-----------
gi|25 : tCAACATAACTTTAATAC-ATACAGTT---CACCG-T-------TA--CATACACA--A-A-------CAAT-AC
gi|3 : tttattGTT---CATCG-T-------TA--TTCACACA--A-T-------AAAT-ACAA-TGCATGCACGTAGCAATAC------GAAAGTAAATAT-ATTA-TGA---TACA--AACA------------A-AA-----------ATA------T----ATTTTAAAAT---AAACC-ATATAATTACA----A------T-GCACA---------A-A-AACGG-TT-GTTTTAATT--TA-AAGCATTTGACA-TTTGC-TTAAA--CCTTAAAGTTTAT-ACAAATTAT-------AGCATATTTAT-TTAAAACA----CTT--AGTTTACACGC--T-TTAAAATGTCATTTAATGTA--TACA--TACTCTGACGATGATAAA
gi|4 : ttaacagaagagaagttaaacataattgcattcaatgtaattCAATATAACTTGAACAT-ATATAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TGCATGCATGCAGCAATAC------GAGAGCGAACATAATTA-TGC---TATA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GCATTT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-ACGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGAT-ACAAAATAC-------AGCTTATTTCT-TTAAAACT----CTT--ACTTTAGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTG--TACA--TACTCGGACGATGGTAAAAAgtatttaggtatgtactgaattctta
gi|5 : ACACAACAATAC------AAGGGTAAACAAAAACA-TGA---TGCA--T-CA-----------TATAA-----------GTACATATCAT---AT-----AATTAGAAATC-ATATAATTACATTTCA------T-ACA-ATGTCAATGCA-A-ATTAA-TCAGT---AATTATTA-AATTATTTGACT-TTTTC-TTCAATGGC------TTTGT-TTAAAATAC-------AGTTAATTTAT-TTAAAATA----CTT--AGTTTGCAC-------TAAAAAGTCAAAAGATTTA--TGCATGTACTCAGACAATGATAAA
gi|6 : CAGTATAACTTAAACAT-ATACAGCT---TATCG-T-------TA--TTTACACT--A-A-------CAA-------TACATGCACACAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATACAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-ATGTAAATT--TA-GAGCTTTTGATC-TATGC-TTAAATACC------TGTAT-ACAAAATAC-------TGTTT-TATAT-TTAAAACA----TTA--AGTT---AAGCAGTGCTAAAAGGTCAATAAAcatatataggtacgtactgaatttttaataattcatagaaa
gi|7 : acagaacagaaattcaatCAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCT-T-------TA--TTGACACA--A-T-------CAAT-ACAA-TACAAACACGCAGCAATA-------GAGAGTGAACATAAATA-TGT---TACA--at
gi|8 : aacagaatagaataaaattgtattCAATATAAC------AT-AAAGAGTT---CATCG-T-------TA--CTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCAGCAATAT------GAGAGTGAACATGATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AATATATATTGAAGTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-AGCAA-TT-ATCTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGAT-ACAAAATGC--------GCTAACTTAT-TAAAAACA----CTT--A-----GACAC-GT-Taatggtcttttaaacacaaacaaatacacaaaccgatacatttctgttgataagtccacaataaatacaaaattatttttgttgatgatattttatgtttcctttttgttcttgcgtaatatctatgtt
gi|9 : ttTACACA--A-G-------CAAT-ACAA-TACATGCA------AA-AC------GATAGTGTACATACACG-TGT---TACA--TACA-----------AG-AA------------TA------T----ATTTTAAAAT---AAATC-ATACAGTTTCA----A------T-GCACAT-TC----CA-A-AGCAG-TT-GTTTGAATA--TA-AAGCATTTGATC-TTTAT-TTAAATGCA------TTGAT-ACAAAATAC-------AGCTTATCT--------AGA----TTT--ACTTTGGACGG-GT-TTAAAAGGTCAATGAATTT------A--TACTCGGACAAAGATAA
blockSeqs : A . G ACACACG AT GC T . A G CAGCGT AT A ATA CG TGAATATATTT T AATATCTTGCCGCAAGT TAG C ATATAAG T G ATG T C C A AT C . A C TTAAAG T T TTATTTTA A A ATCA TTCAC CTG GCA G ATTTATGCATG A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . TATATATTGAAGTAAAT . . TTTCA . . . . . . . . . . . G AAA T . T A . . AAA TGG AC . ATGTATACA C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . GTACATATCATAT . . A . . . . . . . . . . . T . G . A T . . TTT TGT GG . TTTAATTAG T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CT . . . . . ATATATTTTAA . . A . . . . . . . . . . . T . G . A A . . TAA TAG AA . ATGTATACA C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . TATATTTAAA . . A . . . . . . . . . . . T . A . T T . . TAG TAC AA . ATTTGTACA C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CA . . . . . TATATGTTAT . . A . . . . . . . . . . . T . T . A A . . TAC TAG GC . ATTTA C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . TATACGTCCA . . G . . . . . . . . . . . T . T . A T . . TAG TGC GC . TCA C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . TATATTTTAA . . A . . . . . . . . . . . T . G . A T . . AAG TGG AC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . GTAAAT . . A . . . . . . . . . . . T . T . A A . . TAC G GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . GTAAAC . . A . . . . . . . . . . . . . T . A T . . TA . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . GTAAAT . . A . . . . . . . . . . . . . G . T A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . GTAAAT . . A . . . . . . . . . . . . . G . A T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . . . GTAAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : *** ******* AT GTANATTTAA********************** TAN** TGG GN*
originalCons : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AA-----------GTA------A----AT-----AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGACGC-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
finalCons : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATAC------GAGAGTGAACATAATTA-TGT---TACA--TACA-----------TG-AAGTANATTTAA----------------------AAT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNAT-ACAAAATAC-------AGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTTAN--TTTGGACGN-GT-TTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAACATTGTCTTTTACAGAACAGAACAGAATTTTATTCAATATAAC
Alignments
lowQualScore : 11 555555555555555555 111111 11111 111 11111111111
lowQualScore : 3 555 2 9999999 33 22 2 6666666 2 2 0 99 2 55555 777 2 44 1 2 777777777777777777 2 888 0 2 88888888888 2 33 444 2 2 0 2 2 0 33 2 0 2 2 6 333333 2 2 9999999 1 1 3 00000 6666 2 222 2 0 55555555555 2
lowQualScore : . ... . ....... .. .. . ....... . . . .. . ..... ... . .. . . .................. . ... . . ........... . .. ... . . . . . . .. . . . . . ...... . . ....... . . . ..... .... . ... . . ........... .
lowQualScore : 1 000 9 3333333 99 99 1 8888888 1 2 8 77 4 99999 999 9 11 0 9 111111111111111111 9 999 4 7 66666666666 7 55 777 7 5 2 7 7 1 77 7 9 9 9 0 222222 0 9 3333333 9 0 1 55555 4444 6 111 6 8 22222222222 9
consensus : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATACGAGAGTGAACATAANTATG-T-----TACATACATG---A-A-GTATA-T---T----T--A---A--A-AT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNA-TACAAAATA-------CAGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGAC-GCGTTTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
Reference ( family-1057 ) : CAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATACGAGAGTGAACATAATTATG-T-----TACATACATG---A-A-GTANA-T---T----T--A---A--A-AT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GCACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTNA-TACAAAATA-------CAGCTNATTTAT-TTAAAACA----CTT--ANTTTGGAC-GNGTTTAAAAGGTCAATAAATTTA--TACA--TACTCGGACGATGATAAAAA
gi|1 : CAATATAATATGACGAT-ATACAGTTATACAT-A-T-------TA--TTTACACA--A-AAAAAACACAAC-ACAA-AGCGTGATTGCAGCAATACGAGATTGAACATAA-AATG-A-----TATATACATG---A-A--TATA-TG--T----T--C---A--A-AT---ACACC-ATATAATTATA----A------C-GCACA---TA---AA-A-A-AAG-TT-GTTTCAATT--TA-AAGTAGTTG--CATTTGC-TTCGATGCC------TTTA-TATAAA--A-------CTGTGAATTTAT-TTAAAACA----AT---------AAC----TTCAAAACGTCAATAAATTGA--TACA--TA-TCAGACGATCATAA
gi|10 : aataatagaacaaaacagtagagttttatt-ATCAG-TT-GTT-GAATT--TA-AAGCATATGACA-CTTGC-CCAAACGCT------TTTA-TACAAAATA-------CTGCTAATTTAT-TTCAAACA----CTA--AATTCTGAC-ACGCTCAAAAGGTCAATAA----------------TTGGACAATGATAAAtcgtactcaattcttaatatgcatagaaaggatattcactcataaaatgatatttgtcttcactgtcattatgatgacataaagtacatgttctttcagtcctagctaagtttctgtgtctgtcagtttcgatatataagtgatgcgaatattattatttttatagt
gi|11 : tcattgatT-ATACAGTT---CATCGGTACACACGTA--TGTACACA--T-A-------CAAT-ACAA-TCC-----CGCAGCACTACGAGAATGAA------TATG-T-----TACATACAAG---A-A--TATA-T---T----T--A---A--AGAT---AAATCCATATAGTTATA----A------A-TCGCAT-TTA---CA-A-ATCAA-AT-GTTTGAATT--TA-TAGCATTTGATC-TTTGC-TCAAAGGCC------TTTA-TACAAActacttaaatatgtattaaattcttagtacttgtacatcatggaaaagttacacgcagcgatctgactggagaaaaaaactatcaaattt
gi|12 : agaacagaacaaaacagaacagtattcagCATGCAGCAGTACGAGAGTGAACATAATTATG-T-----TACATACATG---AGA-ATATC-T---TGCCGC--A---AGTA-AT---AAATC-ATACTGTTACA----A------TTGTACAT-TTA---CG-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-GAGCATTTGATC-TTTGC---------------------TACAAAATA-------CAGCTAATTTAC-TTAGAACc
gi|13 : CAATGTAACTTGAACAC-ATATTGTT---CGTCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------TAAT-ACAA-TACATGCATGCAACAATACGAGAGTGGACATAAATATG-T-----TACATATGTG---A-A--TATA-T---T----TTGAAGTA--A-ATGA-AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTT---CA-A-ATtagctagtcatgtacagtatccatgttatatatgca
gi|14 : tttattatagaacagaacagaattttattC-ATA-AGTTATA-----------T-ACATAT-TTA---CATACATAAACTT-G---GAATT--CACGAAC----GATA-GTTGTATTAAA-ATCAAA---TTGT-T-CAAAATA-------CAGCTTATTAAT-CTAAAACAATCACTTTCACTTTGGTT-GGGTGTAAAAGTTCAATAAATGTA--TACA--AAATCACACGACAGCAAAAAa
gi|15 : agtcaatcggagTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-T--ATGCATGAAGCAATTTGAGGATGAACATA--TAT--T-----T-------TG---A-A-GTAAA-C------------------A-AT---GAATC-GTATAGTGACA----ATATAAGT-GCACAT-TAA---CA-C-ATCAA-TT-GTTTGAATT--TA-AAAC-TTTGATC-TTGAC-TTTAATGCC------TTGA-TACGAAATA-------CTGCTAATTTAT-TTAAAAtat
gi|16 : CAGTACGAGAGTGAACATAATTATG-T-----TACATACATG---A-A-GTAAA-T------------------A-AT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--TA-ACGCATTTGATC-TTTAC-TTAAA---C------TTAA--ACAACATG-------TAACt
gi|17 : TACACA--G-A-------CAAT-AAAA-AACATTCATGCATCAATACGAGAGT--ACGTACTTAAA-T-----TACATTCATG---A-A--TATA-TG--T----T--A---T--A-CT---AAAAT-ATATAGTTACA----G------T-GCACAT-TTT---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGTATT--TA-AAGCcatcactacagaaac
gi|18 : AAAATA-------CAGATTATTTATATTAAAATA----ATT--TTTTTGTGC-AAGTCTAAAAG-TAAATTA-TTTAATTA-G--TACTTGGACAATGATAAAAA
gi|19 : ACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCACGCAGCAATGCGAGAGTGAACATA--TATG-T-----TACATAtatatagatacattgagtatgta
gi|2 : CAATAAAACAAGAACGT-ACACACTT---CATCT-T-------TA--GCGACACA--ATG-------CAAT-ACAC-TACATGCATAAAGCAATACCAGCGTGAGCGTAAACATGATAAATGTATATACACGTACA-T-GTATA-TACGT----C--C---A--A-AT---AAAGT-ATATAATTACA----A------T-GTGTA---TA---CA---------------TAAATT---------GTTTGATA-TTTTC-TTAAATAGC------TTTATTATATAATATTTATTTTA--TAATTCAT-TAAAAATA----ATT--AATTTAGGT-AAGTTTAATAGCCAAAT-GAT-------CA--TATTCGGACGAAAGCAAAAatatagacagatatcgtttaataaggaattccaatgta
gi|20 : gaatatacatatttagaacaaaacagaacagatctaaaatgATAACTTGAACAT-ATGCAGTT---TATCG-T-------TA--T---CATAGCA-A-------CATT-ACAC-TAtatatatagcagcctattgaattcttaataatccacagaaaggaaatataagcacaacaatctgacttgtcctcagtatcatt
gi|21 : cagagcagaaatatattcactctgttcattcaaccCAATAGAACTTGAATAT-ATACAGTT---CATCG-T-------TA--TTTTCACT--G-A-------CAAT-ACCA-TACATGCACGCAGCAAAACac
gi|22 : ttACTCGAACAT-GTACAGTT---CATTG-T-------TA--TTTACAGA--A-T-------TAATAACAAGTACACGCACGAAGGAATA-GAGAGCG
gi|23 : CAATATAAATTGAACATAACACAGTT---CATTG-T-------TAATTTTACACA--A-A-------C-AT-GCAA-TACA
gi|24 : agaattcaattCACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCACCAATACGAGAGTGAACATACATATG-T-----TACATACA
gi|25 : tCAACATAACTTTAATAC-ATACAGTT---CACCG-T-------TA--CATACACA--A-A-------CAAT-AC
gi|3 : tttattGTT---CATCG-T-------TA--TTCACACA--A-T-------AAAT-ACAA-TGCATGCACGTAGCAATACGAAAGTAAATAT-ATTATG-A-----TACAAACA-A---A-A-ATATATT---T----T--A---A--A-AT---AAACC-ATATAATTACA----A------T-GCACA---------A-A-AACGG-TT-GTTTTAATT--TA-AAGCATTTGACA-TTTGC-TTAAA--CCTTAAAGTTTA-TACAAATTA-------TAGCATATTTAT-TTAAAACA----CTT--AGTTTACAC-GC-TTTAAAATGTCATTTAATGTA--TACA--TACTCTGACGATGATAAA
gi|4 : ttaacagaagagaagttaaacataattgcattcaatgtaattCAATATAACTTGAACAT-ATATAGTT---CATCG-T-------TA--TTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TGCATGCATGCAGCAATACGAGAGCGAACATAATTATG-C-----TATATACATG---A-A-GTAAA-T------------------A-AT---AAAAC-ATATAGTTACA----A------T-GCATTT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-GTTTGAATT--AA-ACGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGA-TACAAAATA-------CAGCTTATTTCT-TTAAAACT----CTT--ACTTTAGAC-GCGTTTAAAAGGTCAATAAATTTG--TACA--TACTCGGACGATGGTAAAAAgtatttaggtatgtactgaattctta
gi|5 : ACACAACAATACAAGGGTAAACAAAAACATG-A-----TGCAT-CATAT--A-A-GTACA-TA--TCA--T--A---T--A-ATTAGAAATC-ATATAATTACATTTCA------T-ACA-ATGTCAATGCA-A-ATTAA-TCAGT---AATTATTA-AATTATTTGACT-TTTTC-TTCAATGGC------TTTG-TTTAAAATA-------CAGTTAATTTAT-TTAAAATA----CTT--AGTTTGCAC------TAAAAAGTCAAAAGATTTA--TGCATGTACTCAGACAATGATAAA
gi|6 : CAGTATAACTTAAACAT-ATACAGCT---TATCG-T-------TA--TTTACACT--A-A-------CAAT-ACA------TGCACACAGCAATACGAGAGTGAACATAATTATG-T-----TACATACATG---A-A-GTAAA-T------------------A-AT---AAATC-ATACAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-ATCAG-TT-ATGTAAATT--TA-GAGCTTTTGATC-TATGC-TTAAATACC------TGTA-TACAAAATA-------CTGTTT-TATAT-TTAAAACA-----TT--AAGTTAAGCAGTG-CTAAAAGGTCAATAAAcatatataggtacgtactgaatttttaataattcatagaaa
gi|7 : acagaacagaaattcaatCAATATAACTTGAACAT-ATACAGTT---CATCT-T-------TA--TTGACACA--A-T-------CAAT-ACAA-TACAAACACGCAGCAATA-GAGAGTGAACATAAATATG-T-----TACAat
gi|8 : aacagaatagaataaaattgtattCAATATAAC------AT-AAAGAGTT---CATCG-T-------TA--CTTACACA--A-A-------CAAT-ACAA-TACATGCATGCAGCAATATGAGAGTGAACATGATTATG-T-----TACATACATG---A-ATATATA-T---TGAAGT--A---AATA-AT---AAATC-ATATAGTTACA----A------T-GTACAT-TTA---CA-A-AGCAA-TT-ATCTGAATT--TA-AAGCATTTGATC-TTTGC-TTAAATGCC------TTGA-TACAAAATG-------C-GCTAACTTAT-TAAAAACA----CTT--A-----GAC-ACGTTaatggtcttttaaacacaaacaaatacacaaaccgatacatttctgttgataagtccacaataaatacaaaattatttttgttgatgatattttatgtttcctttttgttcttgcgtaatatctatgtt
gi|9 : ttTACACA--A-G-------CAAT-ACAA-TACATGCA------AA-ACGATAGTGTACATACACGTG-T-----TACATACAAG---A-A--TATA-T---T----TT-A---A--A-AT---AAATC-ATACAGTTTCA----A------T-GCACAT-TC----CA-A-AGCAG-TT-GTTTGAATA--TA-AAGCATTTGATC-TTTAT-TTAAATGCA------TTGA-TACAAAATA-------CAGCTTATCT--------AGA----TTT--ACTTTGGAC-GGGTTTAAAAGGTCAATGAATTT------A--TACTCGGACAAAGATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAACATTGTCTTTTACAGAACAGAACAGAATTTTATTCAATATAAC