lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 4444444444444444444 11111111 11 111111111 11 111111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222 111 2 33 1
lowQualScore : 5 2 5 6 6 3 77 2222222222222222222 22222222 4 1 11 555 555 2 2 66666 777777777 888 00 2 2 9 444 4 33 2 444 66 2 1 33 666666 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3 4 2 4 444 1 88 7 55 6
lowQualScore : . . . . . . .. ................... ........ . . .. ... ... . . ..... ......... ... .. . . . ... . .. . ... .. . . .. ...... . ................................................. . . . . ... . .. . .. .
lowQualScore : 7 5 0 0 7 3 99 9999999999999999999 44444444 8 0 55 777 000 9 7 77777 999999999 444 11 4 2 3 666 3 44 5 444 66 5 0 66 777777 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 0 6 4 666 7 00 5 55 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CNTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAAA---TA--TATATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATA--A---C-AATGT-A-----CAAA-A----TA-AAAATT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGA--TT-T---TTTAAAAA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTA-TNAAAAAAA-AAT-TA---TTTT-CCTG--AAAT-T----GTGTCCC---AA--ACATNG--GG-TGT-CCCAATACATA-GGGTAAATACGGTATATTCTTAGTTGACAA
Reference ( gi|1 ) : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAAA---TA--TATATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATA--A---C-AATGT-A-----CAAA-A----TG-AAAATT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAA--TT-T---TTTAAAAA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTA-TGAAGAAAA-AAT-TA---TTTG-CATG--AAAT-T----GTGTACC---AA-TACATTA--GG-TGT-CCCAATACATA-GGCTGAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|4 : ATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAACA---TA--TATATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAA--AAAAC-AATGT-A-----CAAA-A----TA-AAAATT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGA--TT-T---TTTTAAAA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTA-TAAAAAAAA-TAT-TA---TTTT-CCTGAAAAATAA----GGGT-CC---AATTACATCG--GG-TGT-CCCAATACATA-AGGTAAATA
gi|8 : ttggaaATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAAA---AAAATATATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATA--A---C-AATGT-A-----CAAA-A----TA-AAAATT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGA--CT-T---TTTTAAAA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTA-TCAAAAAAA-AAT-----------------AAAG------GTGTCGC---AA-TACATTG--GG-T
gi|14 : aATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAAA---TA--TATATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATA--A---C-AATGT-A-----CAAA-A----TA-AAAATT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTT
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAAA---TA--TAT--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATA--A---C-AATGT-A-----CAAACA----TT---TTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGA--TT-T---TTTAAAAA-ATTGTAAT
gi|17 : aATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT-----------------------TAAA-------------------TTATCAAAGAT-AGAAAATA--A---A-ACTGA-A-----CAAA-A----TA-AAAATT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAT
gi|3 : GAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA----TA--TATATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATT--A---C-AATCT-A-----CAAA-A----TGAAAAATT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--A-------AAAAAATTATCAGA--TT-T---ATTTTAAA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTA-TCAAAAAAATAAT-AA---TTTT-CCTGAAAAAT-TAG--GTGT-CT---AA--AAATGAAGGG-TGT-CCAAATACATG-GGATAAATA
gi|7 : ttTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAAAATTTA--TATATGCATAATTGTCAGAGAT-T-------------------T-A-----CTA-------TC-AAAATT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAA--TT-C---T------------------GTTTCAACTTTTATTA-TT--GAAAA-AAT--------------G--AA---T----GT-TATCCTCAA--AAATAA--GGATGT-CCCAAAACATA-GGGTAAATATGGTATGTTCTT--TTAACAc
gi|9 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatA---TC--TATGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATT--A---T-GATGT-ATCGTTCAAA-A----AGCAAAATA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATTTT-T---TTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTATAA---AAAAAAT-AATATA---TTTA-TCTG--AAAgga
gi|6 : --TAT-TGTGAAACTAACGGCAAT-TGAAAAC-------CTAAT-T-A-----C---------T-----ATG--TGTACATGT------------AGGTGC--ATAAAATTATGAGA--TG-T---TAT-------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTG----AAA-AAT-TATGGTTTT-CCTGA-AAAG-TAA--GTGTCCCA--AA-AACATTG--GG-TGT-ACAAA-AAATATGGC-GAATACGGTAaataaggctgtccaaaaagatcatatgtatggatacatacagggaatat
gi|2 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggtATGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATT--A---C-AATGT-T-----CAAA-A----AGTAAGATT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----A--TT-T---GTTAACAA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTA-TTGAAAATA-AAT------------ATG--G---------GTGTCCC---AA-AACATTG--GG-TGC-CAGAATGCAAT-GGTGAAATACTGTA-AT-CTTAGTTGACAAat
gi|11 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA---C-AATGTAA-----TAAA-T----TA-AAAGTT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGA--TTAT---TTTTAAAA-ATTGTAATGTATa
gi|19 : T-CGGAGATA--A---C-AATGT-C-----CAAA-AAAAATA-AAAAT----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGA--TT-T---TTTAAAAA-ATTCTAATtttcctgaaatgtaaggatgtcccaaaatataggttgcccaaatatatggggta
gi|18 : cttcgcattttT-CGGAGATA--A---C-AATGT-C-----CAAA-AA---TA-AAAAAAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGA--TT-T---TTTAAAAA-ATTCTAATG
gi|12 : tttcgcattttGAAAATA--A---A-GATGT-A-----CAAA-A----TG-AAAAAAAATATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA-----T------TT-T---TTTA------TTAT----TATC-----TTTTATTA-TCAAAAAAATAAT-TA---TTTTTCAGA--AAAA-TAAGAGTGTCCT---AA-AACATAG--GG-TGT-CCCATCACATA-GGGTAAATACG
gi|13 : attgATGT-A-----CAAACA----TT-ACAAAT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGA--TT-T---TTAAAAAA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTA-T--CGAAAA-AAT-----------------AAAT----------------AA-------G--GG-TGTCCCCAATATATA-GAGTAAATACGGTATATtt
gi|16 : agTGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGA--TT-TGTTTTTAAA----TTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAAAATAGT-TG---TTT-----------T-T----TTTTA-----AA--ACA-AA--GG-TGT-CCCAAAACAtttaggttcaagat
gi|5 : -CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCAT--TT-T---TTTTTAAA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTA-TTAAAAAAA-AA--TA---TTTT-CCTG--AAA-----------------AA-TA-A--G--GG-TGT-CCAAATACAGT-GGATAAATACTGTA
gi|15 : ttttacattacctttattttacctattagtcattgtataaagatatgacattgtgaaaaattatcctagattaaaaattattttaaCAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAA--TT-T---TTTAAAAATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCA-TAAAAATAA-----TA---TTTT-CTTG--AAAcatcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|21 : -TACATAG--GG-TGT-CCCAATACATA-TGGTAAATATaataatagtttttcaaaactacgggagtccaagtatgcata
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTATCGAAAAAATAATCATTTTTCTAAAAAAAAATGCGGGTGTTCCAAAACATTTGGTATGTCAT
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 444 55555 2 2 2 0 2 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 2 00000 2 2 0 33 1 3 0 2 22 3
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ... ..... . . . . . . ..................................................................... .. . ..... . . . .. . . . . .. .
lowQualScore : 7 7 0 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 111 44444 2 2 9 4 7 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 7 88888 7 9 7 99 1 3 7 5 00 7
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-T---TTTAAA--AA-ATTG-TAATGTGTCCC-AACTTTTATTA-TCGAAAAAA-A------AT-TATT--------------------TTCCTG--A-----AAT-T----GT-GTCC-C--AA--A-CAT--N-GGG-TGT-CCCA--ATACATAGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CNTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-T---TTTAAA--AA-ATTG-TAATGTGTCCC-AACTTTTATTA-TNAAAAAAA-A------AT-TATT--------------------TTCCTG--A-----AAT-T----GT-GTCC-C--AA--A-CAT--N-GGG-TGT-CCCA--ATACATAGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTGACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-T---TTTAAA--AA-ATTG-TAATGTGTCCC-AATTTTTATTA-TGAAGAAAA-A------AT-TATT--------------------TGCATG--A-----AAT-T----GT-GTAC-C--AAT-A-CAT--T-AGG-TGT-CCCA--ATACATAGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-T---TTTAAA--AA-ATTG-TAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTAT---TTTTAA--AA-ATTG-TAATGTAT
gi|11 : AA--AA-GTTGATAG-GTGTCCCAAACCTTTG-GA-TCAAAAAAA-ATTTCAGAT-TATTTTTAAAAATTGTAATGTATTTTCCTG--A-----AATGTAAGGAT-GTCC-CA-AA--A-TAT--A-GGT-TGC-CCAA--ATATATGGGGT-Atttcctgaaatgtaaggatgtcccaaaatataggttgcccaaatatatggggta
gi|12 : atatgcgaacttatcggagatagaaaaaaatacaatgtaataaattT-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA-----T----TT-T---TTTA--------TTA-TTAT----------CTTTTATTA-TCAAAAAAATA------AT-TATT--------------------TTTCAG--A-----AAAATAAGAGT-GTCC-T--AA--AACAT--A-GGG-TGT-CCCA--TCACATAGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-T---TTAAAA--AA-ATTG-TTATGTGTGCC-AAATTTTATTA-TCGAAAAAA------------------------------------------------------------------T--AA--A-TA---A-GGG-TGTCCCCA--ATATATAGAGT-AAATACGGTATATT-TTAGtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTgttcaagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-T---TTTAAA--AATATTG-TAAAG-----C-A--TTTTATCA-TAAAAATAA-----------TATT--------------------TTCTTG--AAAAATAAT-A----GT-TTTT-C--AA--A-ACTA-C-GGG-AGT-CCAAGTATGCATA
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTTAAA------TTG-TTATGTTTCTC-AATTTTTATTACTGAAAAAAATA------GT-TGTT--------------------TTTTT-----------T-T----A----------AA--A-CA---A-AGG-TGT-CCCA--AAACA
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTA
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-T---TTTAAA--AA-ATTC-TAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-T---TTTAAA--AA-ATTC-TAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-T---GTTAAC--AA-ATTG-TAATGTGTCCA-AACTTTTTTTA-TTGAAAATA-A------A--TA--------------------------TG--G--------------GT-GTCC-CA-AA--A-CAT--T-GGG-TGC-CAGA--ATGCA-ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTA-TCGAAAAAATA------AT-CATT--------------------TTTCTA--A-----AA------------------AA--A-AAT--GCGGG-TGT-TCCA--AAACATTTGGT-Aa
gi|21 : --A-CAT--A-GGG-TGT-CCCA--ATACATATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-T---ATTTTA--AA-ATTG-TAATGTGACCC-ATTTTTTATTA-TCAAAAAAATA------AT-AATT--------------------TTCCTGAAA-----AAT-TAG--GT-GT-C-T--AA--A-AATGAA-GGG-TGT-CCAA--ATACATGGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-T---TTTTAA--AA-TTTG-TAATGTGTCCC-AATTCTTATTA-TAAAAAAAA-T------AT-TATT--------------------TTCCTGAAA-----AAT-A----AG-GGTC-C--AATTA-CAT--C-GGG-TGT-CCCA--ATACATAAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-T---TTTTTA--AA-ACTG-TAATTTGTCCC-AACTTTTATTA-TTAAAAAAA-A------A--TATT--------------------TTCCTG--A-----A-------------------AA--A-TA---A-GGG-TGT-CCAA--ATACAGTGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-T---TAT---------TTG-TAATGTGCCGT-ATTTTATATTA-TTGAAAAAT-T------AT-GGTT--------------------TTCCTGA-A-----AAG-TAA--GT-GTCC-CAAAA--A-CAT--T-GGG-TGT-ACAA--A-AAATATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-C---T---------------------GTTTC-AACTTTTATTA-TTGAAAAAA---------------------------------------TG--A-----A---T----GTTATCCTC--AA--A-AAT--A-AGGATGT-CCCA--AAACATAGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-T---TTTTAA--AA-ATTG-TAATGTGTCCC-AATTTTTATTA-TCAAAAAAA-A------AT---------------------------------A-----AA--G----GT-GTCG-C--AAT-A-CAT--T-GGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-T---TTTTTGTTAA-ATTG-TACTGTGGCCC-GACTT---TTA-TAAAAAAAATA------ATATATT--------------------TATCTG--A-----AA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888 1111 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 444 2 22222 2 0 1 5 88888888888888888888888888888888888888888888888 99 2 0000 2 2 0 33 1 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... ... . ..... . . . . ............................................... .. . .... . . . .. . . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 111 4 22222 4 8 6 3 66666666666666666666666666666666666666666666666 00 7 8888 7 9 7 99 1 3 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGAT---T-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCTG--A-----AA--T----GT-GTCC-C--AA--A-CAT--NGGG-TGT-CCCA--ATACATAGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGAT---T-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCTG--A-----AAT-T----GT-GTCC-C--AA--A-CAT--NGGG-TGT-CCCA--ATACATAGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAAT---T-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAAA--AAT----TATTTGCATG--A-----AAT-T----GT-GTAC-C--AAT-A-CAT--TAGG-TGT-CCCA--ATACATAGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGAT---T-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGAT---TATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA--------------------TG--T-----AAG-G----AT-GTCC-CA-AA--A-TAT--AGGT-TGC-CCAA--ATATATGGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA-----T----T---T-TTTTA--------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----TATTTTTCAG--A-----AAAATAAGAGT-GTCC-T--AA--AACAT--AGGG-TGT-CCCA--TCACATAGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGAT---T-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAA--------------------------------------------T--AA--A-TA---AGGG-TGTCCCCA--ATATATAGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAAT---T-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAAT--AA-----TATTTTCTTG--AAAAATAAT-A----GT-TTTT-C--AA--A-ACTA-CGGG-AGT-CCAAGTATGCATA
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATTTGT-TTTT-----AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAAAATAGT----TGTTTTTTT-----------T-T----A----------AA--A-CA---AAGG-TGT-CCCA--AAACA
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTA
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGAT---T-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGAT---T-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----AT---T-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAATA--AA-----TA------TG--G--------------GT-GTCC-CA-AA--A-CAT--TGGG-TGC-CAGA--ATGCA-ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAAAT-AAT----CATTTTTCTA--A-----AA------------------AA--A-AATG-CGGG-TGT-TCCA--AAACATTTGGT-Aa
gi|21 : --A-CAT--AGGG-TGT-CCCA--ATACATATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGAT---T-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----AATTTTCCTGAAA-----AAT-TAG--GT-GT-C-T--AA--A-AATGAAGGG-TGT-CCAA--ATACATGGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGAT---T-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAAA--TAT----TATTTTCCTGAAA-----AAT-A----AG-GGTC-C--AATTA-CAT--CGGG-TGT-CCCA--ATACATAAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATT---T-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAAA--AA-----TATTTTCCTG--A-----A-------------------AA--A-TA---AGGG-TGT-CCAA--ATACAGTGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGAT---G-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAAT--TAT----GGTTTTCCTGA-A-----AAG-TAA--GT-GTCC-CAAAA--A-CAT--TGGG-TGT-ACAA--A-AAATATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAAT---T-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAAA-----------------TG--A-----A---T----GTTATCCTC--AA--A-AAT--AAGGATGT-CCCA--AAACATAGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGAC---T-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAAA--AAT----------------A-----AA--G----GT-GTCG-C--AAT-A-CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGAT---T-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAAA--AATAATATATTTATCTG--A-----AA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 77777 2 0 1 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9999999 888 2 1 44 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ..... . . . . ...................................................... ....... ... . . .. . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 88888 4 8 6 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999999 888 9 5 22 1 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCT------G--AAA--N----G----T---GTCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCCAATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCT------G--AAA--T----G----T---GTCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCCAATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAAA--AAT----TATTTGCAT------G--AAAT-T----G----T---GTAC-C--AAT-A----CAT--TAGG-TGTCCCAATACAT--AGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA--------------------T------G--TAA--G----GA---T---GTCC-CA-AA--A----TAT--AGGT-TGCCCAAATATAT--GGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA----------TT-TTTTTA-------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----TATTTTTCA------G--AAAAATAAGAG----T---GTCC-T--AA--AA---CAT--AGGG-TGTCCCATCACAT--AGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAATAAAT----------------------AAG--G----G----T---GTC---------------------------CCCAATATAT--AGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAAT--AA-----TATTTTCTT------G--AAA--
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTT--AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAAAATAGT----TGTTTTTTTTTAAAAC--AAA--G----G----T---GTCC-C--AA--A----aataatagtttttcaaaactacgggagtccaagtatgcata
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAaca
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAATA--AA-----TA------T------G--G---------G----T---GTCC-CA-AA--A----CAT--TGGG-TGCCAGAATGCA---ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAAAT-AAT----CATTTTTCT------A--AAA------------------------AA--A----AATG-CGGG-TGTTCCAAAACAT--TTGGT-Aa
gi|21 : --A----CAT--AGGG-TGTCCCAATACAT--ATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----AATTTTCCT------GAAAAA--TTAG-G----T---GT-C-T--AA--A----AATGAAGGG-TGTCCAAATACAT--GGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAAA--TAT----TATTTTCCT------G--AAA--A----A----TAAGGGTC-C--AATTA----CAT--CGGG-TGTCCCAATACAT--AAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAAA--AA-----TATTTTCCT------G--AA-------------------------AA--A----TA---AGGG-TGTCCAAATACAG--TGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAAT--TAT----GGTTTTCCT------G--AAAAGTAA--G----T---GTCC-CAAAA--A----CAT--TGGG-TGTACAAA-AAAT--ATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAAA-----------------T------G--AA---T----G----TT--ATCCTC--AA--A----AAT--AAGGATGTCCCAAAACAT--AGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAAA--AAT----------------------AAA--G----G----T---GTCG-C--AAT-A----CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAAA--AATAATATATTTATCT------GAAAAA--T----AAGGCT---GTCC-A--AA--AAGATCAT--A----TGTATGGATACATACAGGG---AATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 77777 2 0 1 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888888 888 2 2 33 33 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ..... . . . . ................................................................... ....... ... . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 88888 4 8 6 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888888 333 7 5 99 99 1 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCT------GAA-----A-G------G------T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAAA--AAT----TATTTTCCT------GAA-----A-N------G------T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCCA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAAA--AAT----TATTTGCAT------GAA-----ATT------G------T---G-------TAC-C--AAT-A----CAT--TAGG-TGTCCCA--ATACAT--AGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA--------------------T------GTA-----A-G------GA-----T---G-------TCC-CA-AA--A----TAT--AGGT-TGCCCAA--ATATAT--GGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA----------TT-TTTTTA-------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----TATTTTTCA------GAA-----A-AATAAGAG------T---G-------TCC-T--AA--AA---CAT--AGGG-TGTCCCA--TCACAT--AGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAATAAAT--------------------AA-----G-G------G------T---G-------TC---------------------------CCCA--ATATAT--AGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAAT--AA-----TATTTTCTT------GAA-----A-A------A------T---AATAGTTTTTC-A--AA--A----CTA--CGGG-AGTCCAAGTATGCAT--A
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTT--AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAAAATAGT----TGTTTTTTTTTAAAACAA-----A-G------G------T---G-------TCC-C--AA--A----
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAaca
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAATA--AA-----TAT--------------------G-G------G------T---G-------TCC-CA-AA--A----CAT--TGGG-TGCCAGA--ATGCA---ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAAAT-AAT----CATTTTTCT------AAA-----A----------------------------------AA--A----AATG-CGGG-TGTTCCA--AAACAT--TTGGT-Aa
gi|21 : --A----CAT--AGGG-TGTCCCA--ATACAT--ATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAAAT-AAT----AATTTTCCT------GAAAAATTA-G------G------T---G-------T-C-T--AA--A----AATGAAGGG-TGTCCAA--ATACAT--GGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAAA--TAT----TATTTTCCT------GAA-----A-A------A------TAAGG-------GTC-C--AATTA----CAT--CGGG-TGTCCCA--ATACAT--AAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAAA--AA-----TATTTTCCT------GAA----------------------------------------AA--A----TA---AGGG-TGTCCAA--ATACAG--TGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAAT--TAT----GGTTTTCCT------GAAAAGT-A-A------G------T---G-------TCC-CAAAA--A----CAT--TGGG-TGTACAA--A-AAAT--ATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAAA-----------------T------GAA-----T-G------T------T---A-------TCCTC--AA--A----AAT--AAGGATGTCCCA--AAACAT--AGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAAA--AAT--------------------AA-----A-G------G------T---G-------TCG-C--AAT-A----CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAAA--AATAATATATTTATCT------GAA-----A-A------ATAAGGCT---G-------TCC-A--AA--AAGATCAT--A----TGTATGG--ATACATACAGGG---AATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 77777 2 0 1 5 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 888 2 1 33 33 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ..... . . . . .. ................................................................... ....... ... . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 88888 4 8 6 3 77 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 333 7 0 99 99 1 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAA--A--AAT----TATTTGCAT------GA-----A-----ATT------G-T---G-------TAC-C--AAT-A----CAT--TAGG-TGTCCCA--ATACAT--AGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA----------------------T------GT-----A-----A-G------GAT---G-------TCC-CA-AA--A----TAT--AGGT-TGCCCAA--ATATAT--GGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA----------TT-TTTTTA-------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----TATTTTTCA------GA-----A-----A-AATAAGAG-T---G-------TCC-T--AA--AA---CAT--AGGG-TGTCCCA--TCACAT--AGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAATA--AAT--------------------A-----A-----G-G------G-T---G-------TC---------------------------CCCA--ATATAT--AGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAA--T--AA-----TATTTTCTT------GA-----A-----A-A------A-T---AATAGTTTTTC-A--AA--A----CTA--CGGG-AGTCCAAGTATGCAT--A
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTT--AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAA--AATAGT----TGTTTTTTTTTAAAACA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAaca
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAAT--A--AAT-----AT-------------------------G-G------G-T---G-------TCC-C--AA--AA---CAT--TGGG-TGCCAGA--ATGCA---ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAA--AT-AAT----CATTTTTCT------AA-----A-----A-----------------------------AA--A----AATG-CGGG-TGTTCCA--AAACAT--TTGGT-Aa
gi|21 : --A----CAT--AGGG-TGTCCCA--ATACAT--ATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----AATTTTCCT------GA-----AAAATTA-G------G-T---G-------T-C-T--AA--A----AATGAAGGG-TGTCCAA--ATACAT--GGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAA--A--TAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-A------A-TAAGG-------GTC-C--AATTA----CAT--CGGG-TGTCCCA--ATACAT--AAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAA--A--AAT-----ATTTTCCT------GA-----A-----A------------------------------A--A----TA---AGGG-TGTCCAA--ATACAG--TGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAA--T--TAT----GGTTTTCCT------GA-----AAAGT-A-A------G-T---G-------TCC-CAAAA--A----CAT--TGGG-TGTACAA--A-AAAT--ATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAA--A-----------------T------GA-----A-----T-G------T-T---A-------TCCTC--AA--A----AAT--AAGGATGTCCCA--AAACAT--AGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAA--A--AAT--------------------A-----A-----A-G------G-T---G-------TCG-C--AAT-A----CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAA--A--AATAATATATTTATCT------GAAAAATA-----A-G------GCT---G-------TCC-A--AA--AAGATCAT--A----TGTATGG--ATACATACAGGG---AATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 77777 2 0 1 5 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 888 2 1 33 33 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ..... . . . . .. ................................................................... ....... ... . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 88888 4 8 6 3 77 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 333 7 0 99 99 1 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAA--A--AAT----TATTTGCAT------GA-----A-----ATT------G-T---G-------TAC-C--AAT-A----CAT--TAGG-TGTCCCA--ATACAT--AGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA----------------------T------GT-----A-----A-G------GAT---G-------TCC-CA-AA--A----TAT--AGGT-TGCCCAA--ATATAT--GGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA----------TT-TTTTTA-------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----TATTTTTCA------GA-----A-----A-AATAAGAG-T---G-------TCC-T--AA--AA---CAT--AGGG-TGTCCCA--TCACAT--AGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAATA--AAT--------------------A-----A-----G-G------G-T---G-------TC---------------------------CCCA--ATATAT--AGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAA--T--AA-----TATTTTCTT------GA-----A-----A-A------A-T---AATAGTTTTTC-A--AA--A----CTA--CGGG-AGTCCAAGTATGCAT--A
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTT--AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAA--AATAGT----TGTTTTTTTTTAAAACA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAaca
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAAT--A--AAT-----AT-------------------------G-G------G-T---G-------TCC-C--AA--AA---CAT--TGGG-TGCCAGA--ATGCA---ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAA--AT-AAT----CATTTTTCT------AA-----A-----A-----------------------------AA--A----AATG-CGGG-TGTTCCA--AAACAT--TTGGT-Aa
gi|21 : --A----CAT--AGGG-TGTCCCA--ATACAT--ATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----AATTTTCCT------GA-----AAAATTA-G------G-T---G-------T-C-T--AA--A----AATGAAGGG-TGTCCAA--ATACAT--GGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAA--A--TAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-A------A-TAAGG-------GTC-C--AATTA----CAT--CGGG-TGTCCCA--ATACAT--AAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAA--A--AAT-----ATTTTCCT------GA-----A-----A------------------------------A--A----TA---AGGG-TGTCCAA--ATACAG--TGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAA--T--TAT----GGTTTTCCT------GA-----AAAGT-A-A------G-T---G-------TCC-CAAAA--A----CAT--TGGG-TGTACAA--A-AAAT--ATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAA--A-----------------T------GA-----A-----T-G------T-T---A-------TCCTC--AA--A----AAT--AAGGATGTCCCA--AAACAT--AGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAA--A--AAT--------------------A-----A-----A-G------G-T---G-------TCG-C--AAT-A----CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAA--A--AATAATATATTTATCT------GAAAAATA-----A-G------GCT---G-------TCC-A--AA--AAGATCAT--A----TGTATGG--ATACATACAGGG---AATA
blockSeqs : T C TT CTATTCTACCT CATTG AATT AA ACAT AA A AAA TCGTT AAAAATA TTT AA C T A T AAA A TTGTT T T C AT AATAATATATTTATCTGAAAAATAAGGCTGTCCA AAGAT GAA A A GT AC G GG C
blockSeqs : . T . TC A GA . . A A TA A ATGAA . . G . . G G . AAA . C C . ATAGTTGTTTTTTTTTAAAACAAAGGTGTCCC TTA GC . C . . . AG G
blockSeqs : . A . . A A . . A A . . AAGTA . . G . . A G . TAA . A T . TAATTATTTTTCAGAAAAATAAGAGTGTCCT AA A . C . . . . A
blockSeqs : . A . . G A . . G A . . CATT . . G . . G A . AAA . T T . AATATTTTCTTGAAAAATAATAGTTTTTCA AA A . A . . .
blockSeqs : . A . . A A . . A A . . AATA . . C . . C A . AAA . C C . TATGGTTTTCCTGAAAAGTAAGTGTCCCAA TA C . G . . .
blockSeqs : . C . . G A . . C A . . ATGA . . T . . A A . TTT . T C . TAATAATTTTCCTGAAAAATTAGGTGTCT A T . C . . .
blockSeqs : . . . A . . C A . . AAGC . . G . . G G . AAA . T A . TATTATTTTCCTGAAAAATAAGGGTCC A A . C . . .
blockSeqs : . . . . T T . . CAT . . G . . G G . AAA . C T . TAATCATTTTTCTAAAA A C . A . . .
blockSeqs : . . . A T . . TTA . . G . . A G . AAC . T T . TGTAAGGATGTCCCA A A . C . . .
blockSeqs : . A A . . ATA . . A . . T A . TTA . C T . AATATTTTCCTGAAA A T . A . . .
blockSeqs : . T A . . ATA . . C . . T A . TAA . T C . AATATGGGTGTCCC A A . A . . .
blockSeqs : T T . . ATA . . A . . G G . TTA . C . . TGAATGTTATCCTC A T . C . . .
blockSeqs : A . . . ATA . . G . . A G . TAA . . . . AATAAAGGTGTCGC A A . G . .
blockSeqs : T . . . TA . . C . . T A . TA . . . AATAAGGGTGTC A . .
blockSeqs : . TC . . G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A******
originalCons : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
finalCons : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AAA------CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11
lowQualScore : 0 5 1 66 00000000000 33333 99999 55 7777 0 0 33 1 888 88888 333333333333 222 33 1 2 2 3 444 2 77777 2 0 1 5 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 888 2 1 33 33 3 0 55 1
lowQualScore : . . . .. ........... ..... ..... .. .... . . .. . ... ..... ............ ... .. . . . . ... . ..... . . . . .. ................................................................... ....... ... . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 7 6 99 66666666666 11111 33333 55 1111 8 8 77 1 333 88888 444444444444 888 44 4 4 2 3 222 4 88888 4 8 6 3 77 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 333 7 0 99 99 1 7 88 0
consensus : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
Reference ( family-1050 ) : ATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-NGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATAGGTGTC-CCAAAA-CTTANGAGC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTNAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAACTTTTATTATCGAAAAA--A--AAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----CAT--NGGG-TGTCCNA--ATACAT--AGGGT-AAATACGGTATATTCTTAGTTNACAA
gi|1 : ATAGAAAATTAAGATGTACAGACACTGCTTTT-CATGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----GTATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTATCGGAGAT-CGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--G--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAAATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATGAAGAAA--A--AAT----TATTTGCAT------GA-----A-----ATT------G-T---G-------TAC-C--AAT-A----CAT--TAGG-TGTCCCA--ATACAT--AGGCT-GAATATGGTATGTGCTTA-TTTACAA
gi|10 : ACAGAAAATTATGATGCAGAGACAATGTTTTT-CCTGGATATTTTTTTTGATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----T--GTGAAATTATCAGAGAC-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAACA----T---------TTTTT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTGTGAGT--GAAAAA-TATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTGTAAT
gi|11 : aA----TATGCGAACTTATCGGAGAT-AGAAAAAAATA-CAATGTAA----TAAA-T----T--A--AAAG---TT--GATAGGTGTC-CCAAAC-CTTTGGATCAAAAAAAATT-TCAGATTATTTTTAA--AA-ATTGTAATGT------ATTTTCCT----GAAA----------------------T------GT-----A-----A-G------GAT---G-------TCC-CA-AA--A----TAT--AGGT-TGCCCAA--ATATAT--GGGGT-A
gi|12 : T-GGAAAATAA---AGATGTA-----CAAA-A----TGAA--AAAA---AA--TATAGGTATC-CCAAAA-CTTAAGGGT--GAAA----------TT-TTTTTA-------TTATTAT---------CTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----TATTTTTCA------GA-----A-----A-AATAAGAG-T---G-------TCC-T--AA--AA---CAT--AGGG-TGTCCCA--TCACAT--AGGGT-AAATACG
gi|13 : atATGTA-----CAAACA----T--T--ACAA---AT--TATTGGTATT-CAAAAA-CTTAGGAGC--AAAAAAATATCTGATT-TTTAAAA--AA-ATTGTTATGTGTGCCAAATTTTATTATCGAAAAAATA--AAT--------------------A-----A-----G-G------G-T---G-------TC---------------------------CCCA--ATATAT--AGAGT-AAATACGGTATATTTTAGGTTCtt
gi|14 : agATATAAAATTACGATGAACAGACAATGTTATT-CTTGGATATTTTGG--GATTAA-----------AAC----ATATAAA-A---TA--TA----TATGCGAAATTGTCGGAGATAAAAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTagat
gi|15 : CAAAA-CATGCAAGC--AAAAGATTGTTAAATT-TTTTAAA--AATATTGTAAAG-----CA--TTTTATCAT--AAAAA--T--AA-----TATTTTCTT------GA-----A-----A-A------A-T---AATAGTTTTTC-A--AA--A----CTA--CGGG-AGTCCAAGTATGCAT--A
gi|16 : TGTT-CCAAAAACTTAAAAGC--AAAAAACTATCAGATT-TGTTTTT--AA-ATTGTTATGTTTCTCAATTTTTATTACTGAAAAA--AATAGT----TGTTTTTTTTTAAAACA-----A-----A-G------G-T---G-------TCC-C--AA--A----
gi|17 : ATAGAAAATTATGATATACAGACAATGTTTTT-CATTGATATTTTGG--GATT---------------------T--------------------------AAATTATCAAAGAT-AGAAAATAA---AACTGAA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATATGTGTC-TCAAAA-CTTAaca
gi|18 : T-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AA---T--A--AAAA---AAAATATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAGAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAATGt
gi|19 : tttcgcattttT-CGGAGATAA---CAATGTC-----CAAA-AAAAAT--A--AAAA---T----ATAGGTGTC-CCAAAA-CTTAGGGAC--GAAAAATTATCAGATT-TTTTAAA--AA-ATTCTAAT
gi|2 : cttcgcattttA----TGTGTGAAATTTTCGGAGAT-TCAAAATTA---CAATGTT-----CAAA-AAG--T--A--AGA----TT--TATAGGTGTC-C-AAAA---TA-GA-C--GAAAAATTA----ATT-TGTTAAC--AA-ATTGTAATGTGTCCAAACTTTTTTTATTGAAAAT--A--AAT-----AT-------------------------G-G------G-T---G-------TCC-C--AA--AA---CAT--TGGG-TGCCAGA--ATGCA---ATGGTGAAATAC--TGTAATCTTAGTTGACAA
gi|20 : ttaatgaacaaagcaagcagcaattttacctgatcagtgtataaatttattagttcaaggacatttattattttctttgctgATTATCGAAAAA--AT-AAT----CATTTTTCT------AA-----A-----A-----------------------------AA--A----AATG-CGGG-TGTTCCA--AAACAT--TTGGT-Aa
gi|21 : --A----CAT--AGGG-TGTCCCA--ATACAT--ATGGT-AAATAtgtcat
gi|3 : aatgtGAAAATCACTATGTACAGGCAATATTTTT-TATGGATATTTTAG--GATTAACTATTCTACCTAATCATTGTATAAA-----TA--TA----TATGCGGAACTATTGGAGAT-AGAAAATTA---CAATCTA-----CAAA-A----TG-A--AAAA---TT--TATAAGTGTCTCCAAAG-C--AA-------AAAAATTATCAGATT-TATTTTA--AA-ATTGTAATGTGACCCATTTTTTATTATCAAAAAA--AT-AAT----AATTTTCCT------GA-----AAAATTA-G------G-T---G-------T-C-T--AA--A----AATGAAGGG-TGTCCAA--ATACAT--GGGAT-AAATACt
gi|4 : ttATAGAAAATTACGATGTA--GACAATGTTTTTTCATGGAAACTTTGG--GATTAA-----------AAC------ATAAC-A---TA--TA----TATGTGAAATTATTGGAGAT-AGAAAAAAAAAACAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACATGTC-CCAAAA-CTTATGAGC---AAAAATTATCAGATT-TTTTTAA--AA-TTTGTAATGTGTCCCAATTCTTATTATAAAAAAA--A--TAT----TATTTTCCT------GA-----A-----A-A------A-TAAGG-------GTC-C--AATTA----CAT--CGGG-TGTCCCA--ATACAT--AAGGT-AAATA
gi|5 : ttggaa----GTATAAAGA---TA--TGACATTGTGAAAAATTATCCTAGAT-TAAAAAT---------------------------T--A---------TT--T-TAA------CCAAAA-CTTATCAGC--AAAAAATTATCCATTT-TTTTTTA--AA-ACTGTAATTTGTCCCAACTTTTATTATTAAAAAA--A--AAT-----ATTTTCCT------GA-----A-----A------------------------------A--A----TA---AGGG-TGTCCAA--ATACAG--TGGAT-AAATACTGTACAT
gi|6 : ttttacattacctttattttacctattagtcattTAGGTGC--ATAAAATTATGAGATG-TTAT---------TTGTAATGTGCCGTATTTTATATTATTGAAAAA--T--TAT----GGTTTTCCT------GA-----AAAGT-A-A------G-T---G-------TCC-CAAAA--A----CAT--TGGG-TGTACAA--A-AAAT--ATGGC-GAATACGGTAcaaataaccctaatattgaagtcttcaatataaaatct
gi|7 : ttaattaacaaagagagcagctattttaccatgtaccatatggtaattaaagattttgttattggttattgtgaaactaacggcaattgaaaacctaattactatgtgtacatgTATTTTAC----TTAATC---------ACC----ATATAAA-AATTTA--TA----TATGCATAATTGTCAGAGAT-T----------------TA-----CTA-------T--C--AAAA---TT--TATAGGTGCC-CAAAAA-CGTAACAGT--GAAAAATTATCAAATT-CT--------------------GTTTCAACTTTTATTATTGAAAAA--A-----------------T------GA-----A-----T-G------T-T---A-------TCCTC--AA--A----AAT--AAGGATGTCCCA--AAACAT--AGGGT-AAATATGGTATGTTCTT--TTAACAat
gi|8 : ttataggtacttcagtttaagagagcaatATAGAAAATTACGATGTACAGACAATGTTTTT-CCTGTTAATTTTGG--GATAAA-----------AAC----GTATAAA-A---AAAATA----TATGTGAAATTATCAGAGAT-AGAAAATAA---CAATGTA-----CAAA-A----T--A--AAAA---TT--TATACGTGTC-CCAAAA-CTTATGAGC--GAAAAATTATCAGACT-TTTTTAA--AA-ATTGTAATGTGTCCCAATTTTTATTATCAAAAAA--A--AAT--------------------A-----A-----A-G------G-T---G-------TCG-C--AAT-A----CAT--TGGG-Tgga
gi|9 : a-A---TC--TA----TGTGTGAAATTTTCTCATAT-TGAAAATTA---TGATGTATCGTTCAAA-A-------AGCAAAA---TA--TATAGGTGTC-A-AAAA-CTTCTAAGC--AAAAGATGATTAGATT-TTTTTTGTTAA-ATTGTACTGTGGCCCGACTTTTAT-----AAAAA--A--AATAATATATTTATCT------GAAAAATA-----A-G------GCT---G-------TCC-A--AA--AAGATCAT--A----TGTATGG--ATACATACAGGG---AATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CTTGGATCATATTTACCCGTTATTTAATCAATA