lowQualScore : 33 11 111111111111 1 11111 2 222222222222222 1 444 1 1 1 1 1111 333333 1111 111111 1 11 1111111 111 1 11111 1 11 11 1 22222222 11111 55555555555 111 22222 111
lowQualScore : 8 77 888 4 4 55 88 4 11 9 44 333333333333 0 33333 99 2 6 1 2 1 666666666666666 99 4 9 000 0 55 2 9 4 6 55 2 6 0 99 3 3 0 2 2 3 3 5555 6 666666 44 2 2222 44 44 1 888888 4 44 3 3 2 7 8 9999999 777 0 3 3 88 3 777 3 3 1 1 3 44 1 88 4 5 1 2 5 6 3 6 5 3 11111 1 555 77 3 44 55 4 44 55 2 11111111 7 77 1 3 55 66666 99999 11111111111 111 6666 6666 88888 2 9 555
lowQualScore : . .. ... . . .. .. . .. . .. ............ . ..... .. . . . . . ............... .. . . ... . .. . . . . .. . . . .. . . . . . . . .... . ...... .. . .... .. .. . ...... . .. . . . . . ....... ... . . . .. . ... . . . . . .. . .. . . . . . . . . . . ..... . ... .. . .. .. . .. .. . ........ . .. . . .. ..... ..... ........... ... .... .... ..... . . ...
lowQualScore : 0 00 111 6 0 55 55 0 22 5 66 555555555555 3 55555 22 5 7 3 2 2 222222222222222 22 2 0 111 9 88 7 4 4 7 77 2 8 5 22 3 5 5 3 3 1 3 4444 7 444444 22 1 2222 22 22 5 555555 3 66 4 1 3 3 3 4444444 222 8 1 1 99 1 111 8 1 2 8 3 66 4 99 1 5 9 9 4 2 1 2 5 1 33333 6 444 33 1 11 99 8 22 33 7 00000000 3 55 3 6 00 44444 11111 33333333333 777 5555 5555 99999 8 2 888
consensus : ATGTTTGTTT-TATANTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCC--ATCTA-AAAAC-TTTAAGTATGTAT--AT--A---------TAGACGGTAGC---GTTTG--CAGGCAGACACAT-CGGATCCACAAT------CG---TTC-GGTCG--TAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTT-GTTTGTTCAATCTGTATCACCTTAGTT--ATATACATATANTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTACA--CGTA---GT--ACTT--GTTTCTGT-N----TGTATATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTC-TG-TCTTGTNTCTCT-TCC--TGATGCCCCACATAATGCTCAC-CATGCATTATCTGT--GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGTATCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGT-TGCTCTT----ATAACCGTTTATA---TTG--TT-TT-ATATTTATTACTC-AGATTCGTTGAATGAAGAACGT-C-GTCCTT-TA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAA-----AGGAATG-----AAATCAGTA-----AGTTAT---T----T----AAAATTATTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCA--GATATATT
Reference ( gi|1 ) : ATATTTGTTT-TATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCC--AT--A-AAAAC-GTTAAGTATGTAT--AT--A---------TAGGCGGTAGC---GATTG--CAGGCAGACACAT-TGTATTCACAAT------CG---TTA-GGTCG--TAATATCTATCGTTTTACAATGAAATATGGT-GTATGTGTAATGTGTATCTCCTTAGTT--ATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATA--CATT---GT--ACTT--GTTTCTGT-T----TGTATAGGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTC-TG-TCTTGCTTCTCT-TCC--AGATGTCCCACATAATGTTCAC-CATGCATTATCTGT--GTCTTTGTGTGAACATATGTCAGCGTGTATCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGT-TGCTCTT----GTAACCGTTAATA---TTG--TT-TA-ATATTCATTACTG-AGATTTGTTGACTGAAGAACGT-C-GTACTT-TA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAA-----AGGAATG-----AAA-----A-----AGTTAT---T----T----AAAATGATT-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCA--TATATATTC
gi|4 : ATATTTGTTT-TATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCC--AT--G-AAAAC-GTTAAGTTAGTAT--AT--A---------TAGGCGGTAGC---GATTG--CAGGCAGACACAT-TGTATTCACAAT------CG---TTA-GGTCG--TAATTTCTATCGTTTTACAATGAGATATGGT-GTATGTGTAATGTGTATCACCTTAGTT--ATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATG--CATT---GT--ACTT--GTTTCTGT-T----TGTATAGGTGTGTTGTTAGCCGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTC-TG-TCTTGCTTCTCT-TCC--AGATGTCCTACATAATGTTCAC-CATGCAGTATCTGT--GTCTTTTTGTGAACATATGTCAGCGTGTATCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGT-TGCTCTT----GTAACCGTTAATA---TTG--TT-TA-ATATTCATTACTG-AG------------------------TACTT-TA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAA-----AGGAATG-----AAA-----A-----AGTTAT---T----T----AAAATGATT-TGTCTGATTGTCACGCCCATTTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTGACATATCTGATTCA--TATATATT
gi|3 : TGTTT-TTT-TAT--TACAAGGCAT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCC--ATCTA-AAAAC-TTTAAGTATGTTT--AT--A---------CAGACGGTAGT---GTTTG--CAGGCAGACGCAT-CGGATCTACAAT------TG---TTC-GGTCG--TAATCTCGTTCGTTAT-CAATAGGATGTGTT-GTTTGTTTAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGTTATCTTGGCGTTGAAATAAATAT---ATTTGTATAAAACAGTTTCAGCTATA--CATT---GT----------TTCTGT-T----TGTAC---TTTTTTGTTAGCGGCTCGATT--------TATCGGCGTTCAAT-GCCTAGTTGCCTACAAGTACACGT-------ATATATGTCTACCTGTC-TG-TCTTATATCTCT-TCC--TGATGCCCCATATAATGCCCTC-TTTGCATTATCTGT--GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGTATGTGTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGT-TGCTCTA----ATAAATGTATATA---CTG--TT-TT-ATATTTATAACTC-AAATTCGTTGAATGAAGAACGT---ATGGTTATT-GCAAATGAAGTT-ATGAA--ATATTTTCGGCAAC----AGAAAGG-----AAG-----C-----AGTTAGCCAT----C----AAATTTATTGTGTCTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATATCTTATTCA--AATATA
gi|11 : TTTGTTC--ATACTACAACGCGT--ACACACACATTTTGATATTGTTTAAATGCCC--ATCTA-AAAAT-TTTATGTATGTAA--AC--A---------TAGACGGTAGC---GTTTG--CAGGCAGACACAT-CGGATCCACAAT------CG---TTC-GGTTG--TGATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTCAT-TATGTAATCTGTATCACCCTAGTT--ATATGCATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTT-AGATAAA-ATTA-ATTTG-AT-AAATAGTTACAGTTATA--CGTA---GT--ACTT--G-TTCTGT-G----TGAAGATGGGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTTTATCGGCG-TTTATCGTCTGGCTTCCTATCCGTATATGTCGAT---ATG----TCCACCTATC-TG-TCTTGTGTCTTT-CGC--TGATG--CAACAT-ATATT-ACTCATGCATTATCTGT--GTCCTCGTGTGTACATATATCGGTGTGTATCTGTCTC-T
gi|5 : ttgttttTTGTTTATATAA-A-AAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCC--ATCTA-AAAACTGTTA-GTGTATTT--AT--A---------TAGACGGTAGC---GTTTG--CAAGCACACACATCTG-ATCCACA--------------CA-GGTCG--TAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTT-GTTTGTTAAATCTGTATCACCTTACTT--TTATACTTATATTATTGATGTAGTAA---------------AAA-A------------AAAAGATAAACATTTACA--CTTTTACAT--ACTTTTGTCTTCAT-G----TGTATA--TGTGTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTCAGGCTGCCTACACGTACATGTA--T---ATGTC-A---ACCCGTC-TG-TCTTGTATCTCT-TCC--TGATGCTCCATATAATGTTCAC-CATGCATTTTTTGT--GTCCTTGTGTTTAAATATGTTAGTGT-TATCAGTCTCTTG-C-T-T-ACATGATGT-TGCTCTT----ATAACCGTTTATAGTGTTGT-TT-TT-ATATTTATT-TTGAAGATATGCTGGATGAAGAACGT-CTGCAGTC-T--ACAAATGAAGCGAAAAAA-AACA--TTGGACAA-----GAGATTG-----GAA-----GCAGTTAGTTAT---T----T----AAAAT--TG-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCTGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATATGATTCA--GATATA
gi|14 : tgacatttcTTGTTTATATAA-A-AAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCC--ATCTA-AAAACTGTTA-GTATATTT--AT--A---------TAGACGGTAGC---GTTTG--CCAGCACACACATCTG-ATCCACA--------------CA-GGTCG--TAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTT-GTTTGTTAAATCTGTATCACCTTACTT--TTATACTTATATTATTGATGTAGTAA---------------AAA-A------------AAAAAATACACATTTACA--C-TT---TT--ACAT--ACTTTTGT-CTTCATGTGTATATGTGTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTC
gi|21 : actaacctgtgacatttcTGTTT-TATAATACAAGGCGTACACACACACATTGTTATATTa
gi|17 : GTTT-TATATTACAAGGCGC--ACACACACATTGTTTTATTGTATAAATTATT--AT--ATAATAC-TTTAAGTATATATAAAT--ATATGTACGGTAGATGGTAGC---ATTTG--CAGGCAGACATAA-CGGATCCACAAT------CA---TTC-GGCCT--TAATTTCGACCATTAATCAATAGTATAT-GT-GTTTGGTTAATCTGTATCGCATCAGTT--ATATACGT
gi|2 : TTT-TATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCC--ATCTA-AAAAC-TTTAAGTATGTTT--AT--A---------CAGACGGTAGT---GTTTG--CAGGCAGATGCAT-CGGATCTACACT------TG---TTC-GGTCG--TAATCTCGTTCGTTAT-CAATAAGATGTGTT-GTTTGTTCAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGCTATCTTGACGTTGAAATAAA-A--ATATTTGTATAAAACAGTTGCAGCTATA--TATA---CT--ATTT--GTTTCTGT-T----TGTAC---TTTTTTGTTAGCGGCTCGATT--------TATCGGCGTTCCAT-GCCTAGTTCCCTACAAGTACACGT-------ATATATGTCTACCTGTC-TG-TCTTATATCTCT-TCC--TGATGCCCAATATAATGCCCTC-TATGCATTATCTGT--GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGTATGTGTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGT-TTCTCTA----ATAACTGTATATA---CTG--TT-TT-ATATTTATTACTC-AGATTCGTTAAATGAAGAACGT---ATGGTTATT-GCAAATGAAGTT-ATGAACTATT--TTCGGCAAC----AGAAAGG-----AAG-----C-----AGTTAGCCAT----C----AAATTTATTGTGTTTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATGTCTAATTCA--AATATAt
gi|8 : tTTC-TATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCC--ATTTA-CAAAC-TTTAAGTACGTAA--AC--A---------TAGACGGTAGC---GTTTG--CAGGTAGACATAC-CGGATCCACAATAATTATTG---TTC-GGTCG--TAATTTCGATCGTT----AATCAA-TGTGTT-GTTTGTGCAATCTGTATTACCCTATTT--ATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTATAATTAA-ATCA-ATTTA-ATAAATA-GTTACAGTTATA--CATA---GC--ACTT--GTTTCTGT-A----TGTATATGTGTGTTGATAGTGATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGTT-TC-TCTTGTTACTCT-TCC--TGATACCCCACACCATGCTGTC-CATGCATTATATGT--GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGTATCTGCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGG-TGCTCTT----ATAATCGATTATA---TTG--TT-TT-ATATGTATTTGTC-AGATT
gi|7 : tTTC-TATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCC--ATTTA-CAAAC-TTTAAGTACGTAA--AC--A---------AAGACGGTAGC---GTTTG--CAGGTAGATATAC-CGGATCCACAATAATTATTG---TTC-GGTCG--TAATTTCGATCGTT----AATCAA-TGTGTT-GTTTGTGCAATCTGTATTACCCTATTT--ATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTAAAATTAA-ATCA-ATTTG-ATAAACA-GTTACAGTTATA--CATA---GC--ACTT--GTTTCTGT-A----TGTATATGTGTGTTGATAGTTATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCATTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGT--TGCTCTTGTTACTCT-TTC--TGATACCCCACACCATGCTGTC-CATGCATTATATGT--GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGTATCTGCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGG-TGCTCTT----ATAATCGATTATA---TTG--TT-TT-ATATGTATTTGTC-AGATTCGTT
gi|18 : ttT--GTACACGCATTGTTATATTGTAAAAAATTCCTTCT--A-AAATC-TTTAAGCTTGTAT--AT--A---------TAGACGGTAGT---GTTTT--CAGGCAGACACAT-CGGATCCACAAT------CG---TTT-GGTCG--TAAT-TGGATCGTT
gi|8 : atatttcttatAAT-GTCA--TATGTAT--ATAAA---------TAG--GGTAATACAGATTGCACAAACA-ACACAT-TG-ATTAACGAT------CGAAATTACGACCGAACAATAATTATTGTaat
gi|7 : tttctatattacatggcgtacacacacattgttatattgattaaatggccatttacaaactttaagtacgtaaacatagacggtagcgtttgcaggtagacataccggatccAAT-GTCA--TATGTAT--ATAAA---------TAG--GGTAATACAGATTGCACAAACA-ACACAT-TG-ATTAACGAT------CGAAATTACGACCGAACAATAATTATTGTgatgtacttatcatggcgttataattaaatcaatttaataaatagttacagttatacatagcacttgtttctgtatgtatatgtgtgttgatagtgattcgatctcggcgtttatcggcgtttcatgtctggcagtctatctgcacatgtctctaagtctacctgtttctcttgttactcttcctgataccccacaccatgctgtccatgcattatatgtgtttttgtatatacatatgtcggtgtgtatctgcctctatgttgcataatggtgctcttataatcgattatattgttttatatgtatttgtcagatt
gi|12 : ttttctatattacatggcgtacacacacattgttatattgattaaatggccatttacaaactttaagtacgtaaacaaagacggtagcgtttgcaggtagatataccggatccATCATCTTAGTT--ATATGCATATAGTATTGAAGTAGTTATCGTGACGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACTATTACA--CATA---GT--ACTT--GGTTCTGTATA---TATATATGTATGCTGTTAGCGGCTCGATCGTTGTGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGCCTGTCTATCCGTACATGTCTAT---ATGTCCAT----CTGTC-GG-TCTTTTATCTCT-TCgatgtacttatcatggcgttaaaattaaatcaatttgataaacagttacagttatacatagcacttgtttctgtatgtatatgtgtgttgatagttattcgatctcggcgtttatcggcatttcatgtctggcagtctatctgcacatgtctctaagtctacctgttgctcttgttactctttctgataccccacaccatgctgtccatgcattatatgtgtttttgtatatacatatgtcggtgtgtatctgcctctatgttgcataatggtgctcttataatcgattatattgttttatatgtatttgtcagattcgtt
gi|9 : CTTAATT--ATACAAATATAGTATTGATGTAGTTATCGTG-------------------ATTTG-ATTAATA-GTTACAGATACA--CGTA---GT--ACTT--GTTTCTGT-A----TGTAAATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCATCTATTGACGTTTCTT-GTCTTGCTGCCAATCTGCACATATCTACGAGATGTATATATGTCTGTC-TG-TCTTGTGTCTCT-TCC--TGATGTCCCACATAATGCTCAC-CATACATTATCTGT--GTCCTTGTGTGAACACATTCCGGTGTGTATATGTCTC-TA-T-T-TGACACGATGA-TGCTCTTATAAATAACCGTTTATA---CTG--TT-TT-GTATTTGTTACTC-AGATTTGTTGGGTGAAGAACGA-C-GTCCTT-TA-ACAAATGAAGCGAATAAA-GACA--TTTAACAA-----AGGAATG-----AAATCAGTA-----AGTTTT---T----T----AAAATTATTGTGTCTGATTGTTACATCCATCTGCTAGCATGCATGATTGATGGTGTTTTTGCATATATGATTCA--GATATAtctgtctctattgacatggtctgcacttataaccgttgatattgttttatatttattactcagatttgttgaatgaagaacgtcgtcctttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaggaatgaaatcagtaagttatttaaaactattgtgtctgattgtcacatcaatctgcgggcatgcatacttgatggtgtatttgcatatctgattcagatag
gi|13 : T--ATATACAT--------GATACAGTTATCATAGTGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATGA-------ATAGTTACA-------------------------GT-T-------ATAAACA-GTTGTTAACG-----AT---------TATCGGCGTTCCAT-ATCTGGCTACTTATCTGCACATGTCTAT---ATGTCTA---AC-TGTC-TG-TCTTGTATCTTT-TCC--TGATGCCACACATATTACGCAC-CATGCATTCTCTGT--TTCCTTGTGCGAACATATGTCGGTTTATAACTGTCTG-TA-T-TAT-ACATGATGT-CG-TCTT----ATAAATGTTTATA---TTG--TT-CT-ATACTTGTTACTC-AGATACGTTGAATGAAATACA--C-ATTCAT-TGTACAAGTGAAGCGGATAGA-GAAA--TTCGACAATGGCCAGAAATA-----AGT-----A-----AGTTA----T----T----AAAATTACTATGTCTGATTGTCACGCCCGTC--------TGCATGTTTGACTGTGTATCTGTATATCTGATTCAGTTATAg
gi|10 : CATATAGTATTGATGTAGTTATCGTGACCTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACAGTTACA--CGTA---GT--ATTT--GTTTCTGT-A----TGTAAATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCTAT---ATGTGTATCTAC----A-TG-TCTTGCTT-TC----------TGTCCTACATAATGTTCAA-CATGTATTATCTGT--GTCCGTGTGTGAACACATGCCGGTGCGTATCTGTCTC-TA-T-T-TGACATGATGA-TGTTCTT----ATCATCGTTTATA---CTG--TT-TT-ATATTTGTTTCTC-AGATTTGTTGAATGAAGAACGT-C-GTCCTT-TA-ACAAATGAAGCAAATGAA-AACA--TTCAACAA-----AGGAATG-----CAATCAGTA-----AGTTAT---T----T----AAACTTATTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATTCATACTTGATGGTGTATTTTCATATCTGATTCA--GATATA
gi|6 : atcacgAGTTAAAGGCATT---ATTAATTA--GTCTTTGT-A----TATTTATGTGTGTTGTCAGCGGTTCGAGCTCGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GTCCTGCTGCCAATCCGCACATGTCTTT---CTGTCTATTTCCCTCTC-TG-TCTTTCATATCT-TCC--TGATGCCGAACGTTATGCTCTC-CATGAATTATCTGT--GTCCTTG----------TGTCGGTGTGCATCTGTCTC-TACT-T-T-ATATGATGT-TGATCTT----ATAACCGTTGATA---TTACTTT-TA---ATTTATTACTC-AGATGGTTTGCCTGAAGAACGA-C-GTCGTT-TA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAA-----AAGAATG-----AAATCAGTA-----AGTTAT---TAAAATATAAAAAATGTTTGTGTCTGATTGTCACACCAATATGCGGGCATGCATGATTGACTGTGTATTTGCATATCTTATTCA--GATATg
gi|12 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaggatcaacaatgttttggtcgtaattttgatcattaatcaatgatatgtgtggttagttggatctatattaccttT---GTGTCTATCGGCGTTTCATG-TCT-GCCTGTCTATCCGTACATGTCT---ATA-TGTCCA-----------TCTGTCGGTCTTT---------TATCTC----T-TCTCTGTCTC-TA-T-T-G-ACATG--GTCTGCACTT----ATAACCGTTGATA---TTG--TT-TT-ATATTTATTACTC-AGATTTGTTGAATGAAGAACGT-C-GTCCTT-TA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAA-----AGGAATG-----AAATCAGTA-----AGTTAT---T----T----AAAACTATTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATGCATACTTGATGGTGTATTTGCATATCTGATTCA--GATA
gi|15 : atcatcttagttatatgcatatagtattgaagtagttatcgtgacgttgaaataaaattaatttgataaatagttactattacacatagtacttggttctgtatatatatatgtatgctgttagcggctcgatcgtCCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTCCTATGTCTT-TAGT-T-T-ACACGATGT-TGCTCTT----ATAACCGTTGATA---GTG--CTATACATAT--ATTTCTC-AGATCAGTTGAATGAAGAACGT-AAGTCGTT-TA--CAAATGAAGCAAATAAA-GACA--TTGAACAA-----GAGATTA-----GAACAAGTA-----AGTTAT---T----T----AAAATTATGATGTCTGGTTGTTATGCCCATCTGTGGGCATGCGTG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCA--GATAg
gi|16 : gaTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTTCTCTGTCTT-TAGT-T-T-ACATAATGT-TGCTCTT----ATAACCGTTGATA---GTG--CT-AT-ATATATGTTTCTC-AGATCAGTTGGATGAAGGACGTAA-GT-CTT-TT-ACAAATGGAGCGAATAAT-GACA--TTGAACAA-----GAGATTGGAAGCAGA-----A-----AGTTAT---T----T----AAAATTATGATGTCTGGTTGTCATGCCCATCTGTGGGCATGCATG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCA--GATAa
gi|19 : c---T----T----AAAATAGTG-TGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTA--GAAATA
gi|20 : a----T----AAAATAGTG-TGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTA--GAAATAgt
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 1 11 111 1111 1 222222222 111 11111111
lowQualScore : 0 4 2 55 1 4 0 33333333 666 1 999999 1 1 33 66 88 3 2 1 1 2 3 00 3 6 888 0 8 1 2 1 1 33 55 2 2 1 0 555 8888 0 3 2 3 3 6666 1 2 8888888 2 4 5 2 5 6666 1 555 5 2 44 444444444 1 000 0 3 44 0 8 7 66 00000000 0 1 1
lowQualScore : . . . .. . . . ........ ... . ...... . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . . . . . . .. .. . . . . ... .... . . . . . .... . . ....... . . . . . .... . ... . . .. ......... . ... . . .. . . . .. ........ . . .
lowQualScore : 7 4 3 00 0 3 5 22222222 444 2 222222 0 7 22 00 55 0 5 4 4 1 1 66 1 2 777 3 1 9 9 0 4 99 88 9 1 0 4 444 7777 8 1 1 1 8 5555 9 7 7777777 7 3 7 9 7 1111 6 000 7 1 11 777777777 0 999 4 3 66 9 4 3 00 44444444 6 9 3
consensus : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTANTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
Reference ( family-10477 ) : ATGTTTGTTTTATANTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTCAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATANTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTACACGTAGTACTT-GTTTCTGTNTGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCACCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
gi|1 : ATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--AAAAACGTTAAGTATGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATATCTATCGTTTTACAATGAAATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCTCCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATACATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCCACATAATGTTCACCATGCATTATCTGT----GTCTTTGTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACTGAGATTTGTTGACTGAAGAACG--T-C----GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCATATATATT
gi|10 : CATATAGTATTGATGTAGTTATCGTGACCTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACAGTTACACGTAGTATTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCTAT---ATGTGTATCTACATGTCT-----TG-----CTTT-CTG---TCCTACATAATGTTCAACATGTATTATCTGT----GTCCGTGTGTGAACACATGCCGGTGCGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-TGACATGATGATGTTCTTATCA----TCGTTTATA---CTG-TTTTATATTTGTTTCTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCAAATGAA-AACA--TTCAACAAAGGAATGCAATCAGTAAGTTATTTAAACT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATTCATACTTGATGGTGTATTTTCATATCTGATTCAGATATAc
gi|11 : atcacgTTTGTTC-ATACTACAACGCGT--ACACACACATTTTGATATTGTTTAAATGCCCATCTAAAAATTTTATGTATGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTTGTGATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTCATTATGTAATCTGTATCACCCTAG--TTATATGCATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTT-AGATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAAT-AGTTACAGTTATACGTAGTACTT-G-TTCTGTGTGAAGATGGGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTT-ATCGTCTGGCTTCCTATCCGTATATGTCGAT---ATG----TCCACCTATCTG-TCTTGTGTCTTTCG-CTGATGCAACATATATTACT---CATGCATTATCTGT----GTCCTCGTGTGTACATATATCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-Tg
gi|12 : ttgttttATCATCTTAG--TTATATGCATATAGTATTGAAGTAGTTATCGTGACGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACTATTACACATAGTACTT-GGTTCTGTATATATATATGTATGCTGTTAGCGGCTCGATCGTTGTGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGCCTGTCTATCCGTACATGTCTAT---ATGTCCAT----CTGTCGG-TCTTTTATCTCTTCTCTG
gi|12 : TATCCGTACATGTC--TATATGTCCATCTGTCGGTCTTTTATCTCTTCTCTGTCTC-TA-T-T-G-ACATGGT-CTGCACTTATAA----CCGTTGATA---TTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTATTTAAAAC-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATGCATACTTGATGGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATAtctctattgacatggtctgcacttataaccgttgatattgttttatatttattactcagatttgttgaatgaagaacgtcgtcctttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaggaatgaaatcagtaagttatttaaaactattgtgtctgattgtcacatcaatctgcgggcatgcatacttgatggtgtatttgcatatctgattcagatag
gi|13 : atcatcttagttatatgcatatagtattgaagtagttatcgtgacgttgaaataaaattaatttgataaatagttactattacacatagtacttggttctgtatatatatatgtatgctgttagcggctcgatcgttgtgtctatcggcgtttcatgtctgcctgtcTATATACAT--------GATACAGTTATCATAGTGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATGAATA-------GTTACA-----------GTT-----ATAAACA-------GTTGTTAACG-----AT---------TATCGGCGTTCCAT-ATCTGGCTACTTATCTGCACATGTCTAT---ATGTCTA---AC-TGTCTG-TCTTGTATCTTTTC-CTGATGCCACACATATTACGCACCATGCATTCTCTGT----TTCCTTGTGCGAACATATGTCGGTTTAT-AACT-------GTCTG-TA-T-TAT-ACATGATGTCG-TCTTATAA----ATGTTTATA---TTG-TTCTATACTTGTTACTCAGATACGTTGAATGAAATACA----C----ATTCATTGTACAAGTGAAGCGGATAGA-GAAA--TTCGACAATGGCCAGAAATAAGTAAGTTA-TTAAAAT-TA--------CTATGTCTGATTGTCACGCCCGTC--------TGCATGTTTGACTGTGTATCTGTATATCTGATTCAGTTATAg
gi|14 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTATATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCCAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---A-ATACAC-ATTTACACTTTTAC---ATACTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTC
gi|15 : actaacctgtgacatttcCCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTC-CTAT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACACGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATACATATATTTCTCAGATCAGTTGAATGAAGAACG--TAA----GTCGTTT--ACAAATGAAGCAAATAAA-GACA--TTGAACAAGAGATTAGAACAAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTTATGCCCATCTGTGGGCATGCGTG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|16 : gaCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTT-CTCT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACATAATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATATATATGTTTCTCAGATCAGTTGGATGAAGGACG--TAA----GTCTTTT--ACAAATGGAGCGAATAAT-GACA--TTGAACAAGAGATTGGAAGCAGAAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTCATGCCCATCTGTGGGCATGCATG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|17 : GTTTTATATTACAAGGCGC--ACACACACATTGTTTTATTGTATAAATTATTATATAATA-CTTTAAGTATATATAAATATATGTACGGTAGATGGTAGCATTTGCAGGCAGACATAACGGATCCACAAT------CATTCGGCCTTAATTTCGACCATTAATCAATAGTATATG-TGTTTGGTTAATCTGTATCGCATCAG--TTATATACGT
gi|18 : ACACGCATTGTTATATTGTAAAAAATTCCTTCTAAAATCTTTAAGCTTGTATA--------TA---TAGACGGTAGTGTTTTCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTTGGTCGTAA-TTGGATCGTTAt
gi|19 : atatttcttattgtTTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATAat
gi|2 : aTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGATGCATCGGATCTACACT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTTA-TCAATAAGATGTGTTGTTTGTTCAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGCTATCTTGACGTTGAAATAAA-A--ATATTTGTATAAAACAGTTGCAGCTATATATACTATTT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCCAT-GCCTAGTTCCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCAATATAATGCCCTCTATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTTCTCTAATAA----CTGTATATA---CTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTCGTTAAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAACTATT--TTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTTTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATGTCTAATTCAAATATAgt
gi|20 : tTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|21 : TGTTTTATAATACAAGGCGTACACACACACATTGTTATATTgt
gi|3 : TGTTT-TTTTAT--TACAAGGCAT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGACGCATCGGATCTACAAT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTTA-TCAATAGGATGTGTTGTTTGTTTAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGTTATCTTGGCGTTGAAATAAATAT---ATTTGTATAAAACAGTTTCAGCTATACA------TT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCAAT-GCCTAGTTGCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCCATATAATGCCCTCTTTGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTGCTCTAATAA----ATGTATATA---CTG-TTTTATATTTATAACTCAAATTCGTTGAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAA--ATATTTTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTCTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATATCTTATTCAAATATA
gi|4 : ATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--GAAAACGTTAAGTTAGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATTTCTATCGTTTTACAATGAGATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATGCATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCCGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCTACATAATGTTCACCATGCAGTATCTGT----GTCTTTTTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACT--GA---------------------------GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATTTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTGACATATCTGATTCATATATATT
gi|5 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTGTATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---G-ATAAACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTCAGGCTGCCTACACGTACATGT--AT---ATGTC-A---ACCCGTCTG-TCTTGTATCTCTTC-CTGATGCTCCATATAATGTTCACCATGCATTTTTTGT----GTCCTTGTGTTTAAATATGTTAGTGT-T-ATCA-------GTCTCTTG-C-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATAGTGTTGTTTTTATATTTATTTTGAAGATATGCTGGATGAAGAACG--T-CTGCAGTCT-----ACAAATGAAGCGAAAAAA-AACA--TTGGACAAGAGATTGGAAGCAGTTAGTTATTTAAA----A--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCTGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATATGATTCAGATATA
gi|6 : tgacatttcGGATCAACAAT------GTTTTGGTCGTAATTTTGATCATTAATCAATGATATGTGTGGTTAGTTGGATCTATATTACCTTAG--TTAAAGGCAT----TATTAAT-TAGT
gi|6 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaAGTTAAAG--GCAT-TATTAATTAGTCTTTGTATATTTATGTGT--GTTGTCAGCGGTTCGAGCTCGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GTCCTGCTGCCAATCCGCACATGTCTTT---CTGTCTATTTCCCTCTCTG-TCTTTCATATCTTC-CTGATGCCGAACGTTATGCTCTCCATGAATTATCTGT----GTCCTTG----------TGTCGGTGTGC-ATCT-------GTCTC-TACT-T-T-ATATGATGTTGATCTTATAA----CCGTTGATA---TTACTTTTA-ATTTATTACTCAGATGGTTTGCCTGAAGAACG--A-C----GTCGTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAAGAATGAAATCAGTAAGTTA-TTAAAATATAAAAAATGTTTGTGTCTGATTGTCACACCAATATGCGGGCATGCATGATTGACTGTGTATTTGCATATCTTATTCAGATATctttgtatatttatgtgtgttgtcagcggttcgagctcggcgtctatcggcgttttatgtcctgctgccaatccgcacatgtctttctgtctatttccctctctgtctttcatatcttcctgatgccgaacgttatgctctccatgaattatctgtgtccttgtgtcggtgtgcatctgtctctactttatatgatgttgatcttataaccgttgatattacttttaatttattactcagatggtttgcctgaagaacgacgtcgtttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaagaatgaaatcagtaagttattaaaatataaaaaatgtttgtgtctgattgtcacaccaatatgcgggcatgcatgattgactgtgtatttgcatatcttattcagatat
gi|7 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaggatcaacaatgttttggtcgtaattttgatcattaatcaatgatatgtgtggttagttggatctatattaccttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---AAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGATATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTAAAATTAA-ATCA-ATTTG-ATAAACA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTTATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCATTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGT-TGCTCTTGTTACTCTTT-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATTCGTT
gi|8 : ttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGACATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTATAATTAA-ATCA-ATTTA-ATAAATA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTGATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGTTTC-TCTTGTTACTCTTC-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATT
gi|9 : tCTTAA--TTATACAAATATAGTATTGATGTAGTTATCGTG-------------------ATTTG-ATTAATA-GTTACAGATACACGTAGTACTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCATCTATTGACGTTTCTT-GTCTTGCTGCCAATCTGCACATATCTACGAGATGTATATATGTCTGTCTG-TCTTGTGTCTCTTC-CTGATGTCCCACATAATGCTCACCATACATTATCTGT----GTCCTTGTGTGAACACATTCCGGTGTGT-ATAT-------GTCTC-TA-T-T-TGACACGATGATGCTCTTATAAATAACCGTTTATA---CTG-TTTTGTATTTGTTACTCAGATTTGTTGGGTGAAGAACG--A-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATAAA-GACA--TTTAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTTTTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTTACATCCATCTGCTAGCATGCATGATTGATGGTGTTTTTGCATATATGATTCAGATATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 11 222 1111 1 222222222 111 11111111
lowQualScore : 4 55 1 4 0 33333333 666 1 999999 1 7 33 22 88 1 2 1 1 2 3 00 3 6 000 2 2 1 33 55 2 2 1 0 555 8888 0 3 2 3 2 6666 1 2 8888888 2 4 5 2 5 6666 1 555 5 1 44 444444444 1 000 0 3 44 0 0 7 7 66 00000000 0 1 1
lowQualScore : . .. . . . ........ ... . ...... . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . . . .. .. . . . . ... .... . . . . . .... . . ....... . . . . . .... . ... . . .. ......... . ... . . .. . . . . .. ........ . . .
lowQualScore : 4 00 0 3 5 22222222 444 2 222222 0 5 22 99 55 6 5 4 4 1 1 66 1 2 777 5 9 4 99 88 9 1 0 4 444 7777 8 1 1 1 2 5555 9 7 7777777 7 3 7 9 7 1111 6 000 7 0 11 777777777 0 999 4 3 66 9 1 5 3 00 44444444 6 9 3
consensus : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
Reference ( family-10477 ) : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTANTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
gi|1 : ATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--AAAAACGTTAAGTATGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATATCTATCGTTTTACAATGAAATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCTCCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATACATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCCACATAATGTTCACCATGCATTATCTGT----GTCTTTGTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACTGAGATTTGTTGACTGAAGAACG--T-C----GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCATATATATT
gi|10 : CATATAGTATTGATGTAGTTATCGTGACCTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACAGTTACACGTAGTATTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCTAT---ATGTGTATCTACATGTCT-----TG-----CTTT-CTG---TCCTACATAATGTTCAACATGTATTATCTGT----GTCCGTGTGTGAACACATGCCGGTGCGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-TGACATGATGATGTTCTTATCA----TCGTTTATA---CTG-TTTTATATTTGTTTCTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCAAATGAA-AACA--TTCAACAAAGGAATGCAATCAGTAAGTTATTTAAACT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATTCATACTTGATGGTGTATTTTCATATCTGATTCAGATATAc
gi|11 : atcacgTTTGTTC-ATACTACAACGCGT--ACACACACATTTTGATATTGTTTAAATGCCCATCTAAAAATTTTATGTATGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTTGTGATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTCATTATGTAATCTGTATCACCCTAG--TTATATGCATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTT-AGATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAAT-AGTTACAGTTATACGTAGTACTT-G-TTCTGTGTGAAGATGGGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTT-ATCGTCTGGCTTCCTATCCGTATATGTCGAT---ATG----TCCACCTATCTG-TCTTGTGTCTTTCG-CTGATGCAACATATATTACT---CATGCATTATCTGT----GTCCTCGTGTGTACATATATCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-Tg
gi|12 : ttgttttATCATCTTAG--TTATATGCATATAGTATTGAAGTAGTTATCGTGACGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACTATTACACATAGTACTT-GGTTCTGTATATATATATGTATGCTGTTAGCGGCTCGATCGTTGTGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGCCTGTCTATCCGTACATGTCTAT---ATGTCCAT----CTGTCGG-TCTTTTATCTCTTCTCTG
gi|12 : TATCCGTACATGTC--TATATGTCCATCTGTCGGTCTTTTATCTCTTCTCTGTCTC-TA-T-T-G-ACATGGT-CTGCACTTATAA----CCGTTGATA---TTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTATTTAAAAC-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATGCATACTTGATGGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATAtctctattgacatggtctgcacttataaccgttgatattgttttatatttattactcagatttgttgaatgaagaacgtcgtcctttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaggaatgaaatcagtaagttatttaaaactattgtgtctgattgtcacatcaatctgcgggcatgcatacttgatggtgtatttgcatatctgattcagatag
gi|13 : atcatcttagttatatgcatatagtattgaagtagttatcgtgacgttgaaataaaattaatttgataaatagttactattacacatagtacttggttctgtatatatatatgtatgctgttagcggctcgatcgttgtgtctatcggcgtttcatgtctgcctgtcTATATACAT--------GATACAGTTATCATAGTGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATGAAT-------AGTTACA-----------GTT-----ATAAACA-------GTTGTTAACG-----AT---------TATCGGCGTTCCAT-ATCTGGCTACTTATCTGCACATGTCTAT---ATGTCTA---AC-TGTCTG-TCTTGTATCTTTTC-CTGATGCCACACATATTACGCACCATGCATTCTCTGT----TTCCTTGTGCGAACATATGTCGGTTTAT-AACT-------GTCTG-TA-T-TAT-ACATGATGTCG-TCTTATAA----ATGTTTATA---TTG-TTCTATACTTGTTACTCAGATACGTTGAATGAAATACA----C----ATTCATTGTACAAGTGAAGCGGATAGA-GAAA--TTCGACAATGGCCAGAAATAAGTAAGTTA-TTAAAAT-TA--------CTATGTCTGATTGTCACGCCCGTC--------TGCATGTTTGACTGTGTATCTGTATATCTGATTCAGTTATAg
gi|14 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTATATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCCAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---A-ATACAC-ATTTACACTTTTACA---TACTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTC
gi|15 : actaacctgtgacatttcCCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTC-CTAT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACACGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATACATATATTTCTCAGATCAGTTGAATGAAGAACG--TAA----GTCGTTT--ACAAATGAAGCAAATAAA-GACA--TTGAACAAGAGATTAGAACAAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTTATGCCCATCTGTGGGCATGCGTG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|16 : gaCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTT-CTCT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACATAATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATATATATGTTTCTCAGATCAGTTGGATGAAGGACG--TAA----GTCTTTT--ACAAATGGAGCGAATAAT-GACA--TTGAACAAGAGATTGGAAGCAGAAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTCATGCCCATCTGTGGGCATGCATG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|17 : GTTTTATATTACAAGGCGC--ACACACACATTGTTTTATTGTATAAATTATTATATAATA-CTTTAAGTATATATAAATATATGTACGGTAGATGGTAGCATTTGCAGGCAGACATAACGGATCCACAAT------CATTCGGCCTTAATTTCGACCATTAATCAATAGTATATG-TGTTTGGTTAATCTGTATCGCATCAG--TTATATACGT
gi|18 : ACACGCATTGTTATATTGTAAAAAATTCCTTCTAAAATCTTTAAGCTTGTATA--------TA---TAGACGGTAGTGTTTTCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTTGGTCGTAA-TTGGATCGTTAATt
gi|19 : atatttcttattgtTTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|2 : aTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGATGCATCGGATCTACACT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTTA-TCAATAAGATGTGTTGTTTGTTCAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGCTATCTTGACGTTGAAATAAA-A--ATATTTGTATAAAACAGTTGCAGCTATATATACTATTT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCCAT-GCCTAGTTCCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCAATATAATGCCCTCTATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTTCTCTAATAA----CTGTATATA---CTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTCGTTAAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAACTATT--TTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTTTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATGTCTAATTCAAATATAgt
gi|20 : tTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|21 : TGTTTTATAATACAAGGCGTACACACACACATTGTTATATTgt
gi|3 : TTTTTTATTACAAGGCAT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGACGCATCGGATCTACAAT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTTA-TCAATAGGATGTGTTGTTTGTTTAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGTTATCTTGGCGTTGAAATAAATAT---ATTTGTATAAAACAGTTTCAGCTATACA------TT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCAAT-GCCTAGTTGCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCCATATAATGCCCTCTTTGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTGCTCTAATAA----ATGTATATA---CTG-TTTTATATTTATAACTCAAATTCGTTGAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAA--ATATTTTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTCTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATATCTTATTCAAATATA
gi|4 : tgtATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--GAAAACGTTAAGTTAGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATTTCTATCGTTTTACAATGAGATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATGCATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCCGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCTACATAATGTTCACCATGCAGTATCTGT----GTCTTTTTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACT--GA---------------------------GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATTTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTGACATATCTGATTCATATATATT
gi|5 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTGTATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---G-ATAAACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTCAGGCTGCCTACACGTACATGT--AT---ATGTC-A---ACCCGTCTG-TCTTGTATCTCTTC-CTGATGCTCCATATAATGTTCACCATGCATTTTTTGT----GTCCTTGTGTTTAAATATGTTAGTGT-T-ATCA-------GTCTCTTG-C-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATAGTGTTGTTTTTATATTTATTTTGAAGATATGCTGGATGAAGAACG--T-CTGCAGTCT-----ACAAATGAAGCGAAAAAA-AACA--TTGGACAAGAGATTGGAAGCAGTTAGTTATTTAAA----A--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCTGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATATGATTCAGATATA
gi|6 : tgacatttcGGATCAACAAT------GTTTTGGTCGTAATTTTGATCATTAATCAATGATATGTGTGGTTAGTTGGATCTATATTACCTTAG--TTAAAGGCAT-TATTA
gi|6 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaAGTTAAAGGCAT---TATTAATTAGTCTTTGTATATTTATGTGT--GTTGTCAGCGGTTCGAGCTCGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GTCCTGCTGCCAATCCGCACATGTCTTT---CTGTCTATTTCCCTCTCTG-TCTTTCATATCTTC-CTGATGCCGAACGTTATGCTCTCCATGAATTATCTGT----GTCCTTG----------TGTCGGTGTGC-ATCT-------GTCTC-TACT-T-T-ATATGATGTTGATCTTATAA----CCGTTGATA---TTACTTTTA-ATTTATTACTCAGATGGTTTGCCTGAAGAACG--A-C----GTCGTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAAGAATGAAATCAGTAAGTTA-TTAAAATATAAAAAATGTTTGTGTCTGATTGTCACACCAATATGCGGGCATGCATGATTGACTGTGTATTTGCATATCTTATTCAGATATattagtctttgtatatttatgtgtgttgtcagcggttcgagctcggcgtctatcggcgttttatgtcctgctgccaatccgcacatgtctttctgtctatttccctctctgtctttcatatcttcctgatgccgaacgttatgctctccatgaattatctgtgtccttgtgtcggtgtgcatctgtctctactttatatgatgttgatcttataaccgttgatattacttttaatttattactcagatggtttgcctgaagaacgacgtcgtttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaagaatgaaatcagtaagttattaaaatataaaaaatgtttgtgtctgattgtcacaccaatatgcgggcatgcatgattgactgtgtatttgcatatcttattcagatat
gi|7 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaggatcaacaatgttttggtcgtaattttgatcattaatcaatgatatgtgtggttagttggatctatattaccttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---AAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGATATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTAAAATTAA-ATCA-ATTTG-ATAAACA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTTATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCATTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGT-TGCTCTTGTTACTCTTT-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATTCGTT
gi|8 : ttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGACATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTATAATTAA-ATCA-ATTTA-ATAAATA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTGATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGTTTC-TCTTGTTACTCTTC-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATT
gi|9 : tCTTAA--TTATACAAATATAGTATTGATGTAGTTATCGTG-------------------ATTTG-ATTAATA-GTTACAGATACACGTAGTACTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCATCTATTGACGTTTCTT-GTCTTGCTGCCAATCTGCACATATCTACGAGATGTATATATGTCTGTCTG-TCTTGTGTCTCTTC-CTGATGTCCCACATAATGCTCACCATACATTATCTGT----GTCCTTGTGTGAACACATTCCGGTGTGT-ATAT-------GTCTC-TA-T-T-TGACACGATGATGCTCTTATAAATAACCGTTTATA---CTG-TTTTGTATTTGTTACTCAGATTTGTTGGGTGAAGAACG--A-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATAAA-GACA--TTTAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTTTTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTTACATCCATCTGCTAGCATGCATGATTGATGGTGTTTTTGCATATATGATTCAGATATA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 11 222 1111 1 222222222 111 11111111
lowQualScore : 4 55 1 4 0 33333333 666 1 999999 1 3 33 22 88 1 2 1 1 2 3 00 3 6 000 4 2 1 33 55 2 2 1 0 555 8888 0 3 2 3 2 6666 1 2 8888888 2 4 5 2 5 6666 1 555 5 1 44 444444444 1 000 0 3 44 0 0 7 7 66 00000000 0 1 1
lowQualScore : . .. . . . ........ ... . ...... . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . . . .. .. . . . . ... .... . . . . . .... . . ....... . . . . . .... . ... . . .. ......... . ... . . .. . . . . .. ........ . . .
lowQualScore : 4 00 0 3 5 22222222 444 2 222222 0 5 22 99 55 6 5 4 4 1 1 66 1 2 444 3 9 4 99 88 9 1 0 4 444 7777 8 1 1 1 2 5555 9 7 7777777 7 3 7 9 7 1111 6 000 7 0 11 777777777 0 999 4 3 66 9 1 5 3 00 44444444 6 9 3
consensus : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
Reference ( family-10477 ) : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
gi|1 : ATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--AAAAACGTTAAGTATGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATATCTATCGTTTTACAATGAAATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCTCCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATACATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCCACATAATGTTCACCATGCATTATCTGT----GTCTTTGTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACTGAGATTTGTTGACTGAAGAACG--T-C----GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCATATATATT
gi|10 : CATATAGTATTGATGTAGTTATCGTGACCTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACAGTTACACGTAGTATTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCTAT---ATGTGTATCTACATGTCT-----TG-----CTTT-CTG---TCCTACATAATGTTCAACATGTATTATCTGT----GTCCGTGTGTGAACACATGCCGGTGCGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-TGACATGATGATGTTCTTATCA----TCGTTTATA---CTG-TTTTATATTTGTTTCTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCAAATGAA-AACA--TTCAACAAAGGAATGCAATCAGTAAGTTATTTAAACT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATTCATACTTGATGGTGTATTTTCATATCTGATTCAGATATAc
gi|11 : atcacgTTTGTTC-ATACTACAACGCGT--ACACACACATTTTGATATTGTTTAAATGCCCATCTAAAAATTTTATGTATGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTTGTGATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTCATTATGTAATCTGTATCACCCTAG--TTATATGCATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTT-AGATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAAT-AGTTACAGTTATACGTAGTACTT-G-TTCTGTGTGAAGATGGGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTT-ATCGTCTGGCTTCCTATCCGTATATGTCGAT---ATG----TCCACCTATCTG-TCTTGTGTCTTTCG-CTGATGCAACATATATTACT---CATGCATTATCTGT----GTCCTCGTGTGTACATATATCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-Tg
gi|12 : ttgttttATCATCTTAG--TTATATGCATATAGTATTGAAGTAGTTATCGTGACGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATAAATA-GTTACTATTACACATAGTACTT-GGTTCTGTATATATATATGTATGCTGTTAGCGGCTCGATCGTTGTGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGCCTGTCTATCCGTACATGTCTAT---ATGTCCAT----CTGTCGG-TCTTTTATCTCTTCTCTG
gi|12 : TATCCGTACATGTC--TATATGTCCATCTGTCGGTCTTTTATCTCTTCTCTGTCTC-TA-T-T-G-ACATGGT-CTGCACTTATAA----CCGTTGATA---TTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTATTTAAAAC-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATGCATACTTGATGGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATAtctctattgacatggtctgcacttataaccgttgatattgttttatatttattactcagatttgttgaatgaagaacgtcgtcctttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaggaatgaaatcagtaagttatttaaaactattgtgtctgattgtcacatcaatctgcgggcatgcatacttgatggtgtatttgcatatctgattcagatag
gi|13 : atcatcttagttatatgcatatagtattgaagtagttatcgtgacgttgaaataaaattaatttgataaatagttactattacacatagtacttggttctgtatatatatatgtatgctgttagcggctcgatcgttgtgtctatcggcgtttcatgtctgcctgtcTATATACAT--------GATACAGTTATCATAGTGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-ATGAAT-------AGTTACA-----------GTT-----ATAAACA-------GTTGTTAACG-----AT---------TATCGGCGTTCCAT-ATCTGGCTACTTATCTGCACATGTCTAT---ATGTCTA---AC-TGTCTG-TCTTGTATCTTTTC-CTGATGCCACACATATTACGCACCATGCATTCTCTGT----TTCCTTGTGCGAACATATGTCGGTTTAT-AACT-------GTCTG-TA-T-TAT-ACATGATGTCG-TCTTATAA----ATGTTTATA---TTG-TTCTATACTTGTTACTCAGATACGTTGAATGAAATACA----C----ATTCATTGTACAAGTGAAGCGGATAGA-GAAA--TTCGACAATGGCCAGAAATAAGTAAGTTA-TTAAAAT-TA--------CTATGTCTGATTGTCACGCCCGTC--------TGCATGTTTGACTGTGTATCTGTATATCTGATTCAGTTATAg
gi|14 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTATATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCCAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---A-ATACACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTC
gi|15 : actaacctgtgacatttcCCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTC-CTAT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACACGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATACATATATTTCTCAGATCAGTTGAATGAAGAACG--TAA----GTCGTTT--ACAAATGAAGCAAATAAA-GACA--TTGAACAAGAGATTAGAACAAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTTATGCCCATCTGTGGGCATGCGTG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|16 : gaCTTGTGTTGACATATGTCAGTGTTT-CTCT-------GTCTT-TAGT-T-T-ACATAATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATATATATGTTTCTCAGATCAGTTGGATGAAGGACG--TAA----GTCTTTT--ACAAATGGAGCGAATAAT-GACA--TTGAACAAGAGATTGGAAGCAGAAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTCATGCCCATCTGTGGGCATGCATG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|17 : GTTTTATATTACAAGGCGC--ACACACACATTGTTTTATTGTATAAATTATTATATAATA-CTTTAAGTATATATAAATATATGTACGGTAGATGGTAGCATTTGCAGGCAGACATAACGGATCCACAAT------CATTCGGCCTTAATTTCGACCATTAATCAATAGTATATG-TGTTTGGTTAATCTGTATCGCATCAG--TTATATACGT
gi|18 : ACACGCATTGTTATATTGTAAAAAATTCCTTCTAAAATCTTTAAGCTTGTATA--------TA---TAGACGGTAGTGTTTTCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTTGGTCGTAA-TTGGATCGTTAATt
gi|19 : atatttcttattgtTTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|2 : aTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGATGCATCGGATCTACACT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTT-ATCAATAAGATGTGTTGTTTGTTCAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGCTATCTTGACGTTGAAATAAA-A--ATATTTGTATAAAACAGTTGCAGCTATATATACTATTT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCCAT-GCCTAGTTCCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCAATATAATGCCCTCTATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTTCTCTAATAA----CTGTATATA---CTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTCGTTAAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAACTATT--TTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTTTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATGTCTAATTCAAATATAgt
gi|20 : tTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|21 : TGTTTTATAATACAAGGCGTACACACACACATTGTTATATTgt
gi|3 : TTTTTTATTACAAGGCAT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGACGCATCGGATCTACAAT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTT-ATCAATAGGATGTGTTGTTTGTTTAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGTTATCTTGGCGTTGAAATAAATAT---ATTTGTATAAAACAGTTTCAGCTATACA------TT-GTTTCTGTTTGTAC---TTT--TTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCAAT-GCCTAGTTGCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCCATATAATGCCCTCTTTGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGTGTGT-ATGT-------GTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTGCTCTAATAA----ATGTATATA---CTG-TTTTATATTTATAACTCAAATTCGTTGAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAA--ATATTTTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTCTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATATCTTATTCAAATATA
gi|4 : tgtATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--GAAAACGTTAAGTTAGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATTTCTATCGTTTTACAATGAGATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAAAAAGAAACAGTTATGCATTGTACTT-GTTTCTGTTTGTATAGGTGT--GTTGTTAGCCGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCTACATAATGTTCACCATGCAGTATCTGT----GTCTTTTTGTGAACATATGTCAGCGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACT--GA---------------------------GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATTTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTGACATATCTGATTCATATATATT
gi|5 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTGTATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---G-ATAAACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTTCATGTGTATATGT--GTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTCAGGCTGCCTACACGTACATGT--AT---ATGTC-A---ACCCGTCTG-TCTTGTATCTCTTC-CTGATGCTCCATATAATGTTCACCATGCATTTTTTGT----GTCCTTGTGTTTAAATATGTTAGTGT-T-ATCA-------GTCTCTTG-C-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATAGTGTTGTTTTTATATTTATTTTGAAGATATGCTGGATGAAGAACG--T-CTGCAGTCT-----ACAAATGAAGCGAAAAAA-AACA--TTGGACAAGAGATTGGAAGCAGTTAGTTATTTAAA----A--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCTGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATATGATTCAGATATA
gi|6 : tgacatttcGGATCAACAAT------GTTTTGGTCGTAATTTTGATCATTAATCAATGATATGTGTGGTTAGTTGGATCTATATTACCTTAG--TTAAAGGCAT-TATTA
gi|6 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaAGTTAAAGGCAT---TATTAATTAGTCTTTGTATATTTATGTGT--GTTGTCAGCGGTTCGAGCTCGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GTCCTGCTGCCAATCCGCACATGTCTTT---CTGTCTATTTCCCTCTCTG-TCTTTCATATCTTC-CTGATGCCGAACGTTATGCTCTCCATGAATTATCTGT----GTCCTTG----------TGTCGGTGTGC-ATCT-------GTCTC-TACT-T-T-ATATGATGTTGATCTTATAA----CCGTTGATA---TTACTTTTA-ATTTATTACTCAGATGGTTTGCCTGAAGAACG--A-C----GTCGTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAAGAATGAAATCAGTAAGTTA-TTAAAATATAAAAAATGTTTGTGTCTGATTGTCACACCAATATGCGGGCATGCATGATTGACTGTGTATTTGCATATCTTATTCAGATATattagtctttgtatatttatgtgtgttgtcagcggttcgagctcggcgtctatcggcgttttatgtcctgctgccaatccgcacatgtctttctgtctatttccctctctgtctttcatatcttcctgatgccgaacgttatgctctccatgaattatctgtgtccttgtgtcggtgtgcatctgtctctactttatatgatgttgatcttataaccgttgatattacttttaatttattactcagatggtttgcctgaagaacgacgtcgtttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaagaatgaaatcagtaagttattaaaatataaaaaatgtttgtgtctgattgtcacaccaatatgcgggcatgcatgattgactgtgtatttgcatatcttattcagatat
gi|7 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaggatcaacaatgttttggtcgtaattttgatcattaatcaatgatatgtgtggttagttggatctatattaccttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---AAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGATATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTAAAATTAA-ATCA-ATTTG-ATAAACA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTTATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCATTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGT-TGCTCTTGTTACTCTTT-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATTCGTT
gi|8 : ttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGACATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTATAATTAA-ATCA-ATTTA-ATAAATA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGATAGTGATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGTTTC-TCTTGTTACTCTTC-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATT
gi|9 : tCTTAA--TTATACAAATATAGTATTGATGTAGTTATCGTG-------------------ATTTG-ATTAATA-GTTACAGATACACGTAGTACTT-GTTTCTGTATGTAAATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCATCTATTGACGTTTCTT-GTCTTGCTGCCAATCTGCACATATCTACGAGATGTATATATGTCTGTCTG-TCTTGTGTCTCTTC-CTGATGTCCCACATAATGCTCACCATACATTATCTGT----GTCCTTGTGTGAACACATTCCGGTGTGT-ATAT-------GTCTC-TA-T-T-TGACACGATGATGCTCTTATAAATAACCGTTTATA---CTG-TTTTGTATTTGTTACTCAGATTTGTTGGGTGAAGAACG--A-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATAAA-GACA--TTTAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTTTTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTTACATCCATCTGCTAGCATGCATGATTGATGGTGTTTTTGCATATATGATTCAGATATA
blockSeqs : T AC T C AATATATG CGG A AATTAT C A AG GT TT G T G A G T TT T T ACA G A T AT TC C T A GAG TGTA C G T A ACAT A T CTTCTCT T G G A G ATAA T GTG T T TT TCTGCA C TGT C TT T T AT AAAAATGT C T
blockSeqs : T . A C . . A AATTAT C A AG TA TT T T G G G . TT . T ACA G . T . TC . G T . TCCA . A . A . T . . . G G . G . G . C A TT TATG C TA . . T T T . C T
blockSeqs : T . A A . . A . T A GT TT . G T G A G . TT . . AAA G . T . GT . G T . TCTA . A . T . T . . . G . . . . T . . A AC TATG C TA . . T T T . T T
blockSeqs : T . A C . . C . C A AG TC . T T A G G . TT . . TA C . T . GT . G T . TCTA . A . T . A . . . G . . . . G . . T CA TAA G TA . . C T T . C T
blockSeqs : T . T C . . A . C T GG TT . T T T A G . TC . . TA G . G . GT . A T . TCTA . A . A . G . . . C . . . . G . . T CA TAA T TA . . G T T . C G
blockSeqs : T . T C . . A . A A AG GT . T T T G G . TC . . TA T . T . GT . A T . TATA . T . A . G . . . . . . . . T . . A TC TC A TA . . G T T . C T
blockSeqs : T . A C . . A . T A AG TA . T A G G A . TC . . CA G . T . TC . T A . TCA . A . T . T . . . . . . . . T . . A TC TC A T . . G T T . C G
blockSeqs : . . A T . . A . C A AT TG . T T A G A . T . . CA G . T . TC . G T . . . A . T . T . . . . . . . . A . . A AT AC C T . . G . T . C G
blockSeqs : . . T T . . A . C A . GC . T T A G . . . . . CA G . T . TC . T A . . . T . T . A . . . . . . . . T . . T GG AC T . . . T . G . C T
blockSeqs : . . T . . . . . . . . GC . A T G . . . . . . TA . . T . TC . G T . . . T . A . T . . . . . . . . G . . A TC C G . . . T . T . A T
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . TA . . . . . . G T . . . G . . . T . . . . . . . . T . . T TT . C . . . . . . . A T
blockSeqs : . G . . . . . . . . T . . . . . . T A . . . . . . T . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TA*
originalCons : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAANAAGTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
finalCons : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-ATAAATA-GTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTGTATGTATATGTGT--GTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGTGTGT-ATCT-------GTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111111 11 1111 1 222222222 111 11111111
lowQualScore : 4 55 1 4 0 33333333 666 1 999999 1 3 33 22 88 1 2 1 1 2 3 00 3 6 6 0 5 4 2 33 1 55 2 2 1 0 555 8888 0 3 2 3 2 6666 1 2 8888888 2 4 5 2 5 6666 1 555 5 1 44 444444444 1 000 0 3 44 0 0 7 7 66 00000000 0 1 1
lowQualScore : . .. . . . ........ ... . ...... . . .. .. .. . . . . . . .. . . . . . . . .. . .. . . . . ... .... . . . . . .... . . ....... . . . . . .... . ... . . .. ......... . ... . . .. . . . . .. ........ . . .
lowQualScore : 4 00 0 3 5 22222222 444 2 222222 0 5 22 99 55 6 5 4 4 1 1 66 1 2 2 1 7 3 9 99 4 88 9 1 0 4 444 7777 8 1 1 1 2 5555 9 7 7777777 7 3 7 9 7 1111 6 000 7 0 11 777777777 0 999 4 3 66 9 1 5 3 00 44444444 6 9 3
consensus : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-AT-AAACA-GTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTG--TATGTATATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGT-GTGTA-------TCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
Reference ( family-10477 ) : ATATTTGTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTNTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTATA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTGTTTGTTNAATCTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-AT-AAATA-GTTACAGTTATACATAGTACTT-GTTTCTG--TATGTATATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCTGCCTATCCGCACATGTCTAT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGTNTCTCTTC-CTGATGCCCCACATAATGCTCNCCATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGNACATATGTCGGT-GTGTA-------TCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATA---TTG-TTTTATATTTATTNCTCAGATTCGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGGAANCAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATATATT
gi|1 : ATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--AAAAACGTTAAGTATGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATATCTATCGTTTTACAATGAAATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCTCCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-AT-AAAAAAGAAACAGTTATACATTGTACTT-GTTTCTG--TTTGTATAGGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCCACATAATGTTCACCATGCATTATCTGT----GTCTTTGTGTGAACATATGTCAGC-GTGTA-------TCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACTGAGATTTGTTGACTGAAGAACG--T-C----GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTTGCATATCTGATTCATATATATT
gi|10 : CATATAGTATTGATGTAGTTATCGTGACCTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-AT-AAATA-GTTACAGTTACACGTAGTATTT-GTTTCTG--TATGTAAATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCTAT---ATGTGTATCTACATGTCT-----TG-----CTTT-CTG---TCCTACATAATGTTCAACATGTATTATCTGT----GTCCGTGTGTGAACACATGCCGGT-GCGTA-------TCTGTCTC-TA-T-T-TGACATGATGATGTTCTTATCA----TCGTTTATA---CTG-TTTTATATTTGTTTCTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCAAATGAA-AACA--TTCAACAAAGGAATGCAATCAGTAAGTTATTTAAACT-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATTCATACTTGATGGTGTATTTTCATATCTGATTCAGATATAc
gi|11 : atcacgTTTGTTC-ATACTACAACGCGT--ACACACACATTTTGATATTGTTTAAATGCCCATCTAAAAATTTTATGTATGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTCGGTTGTGATTTCGATCGTTAATCAATGAGATGTGTTCATTATGTAATCTGTATCACCCTAG--TTATATGCATATATTATTGATGTAGTTATCGTGGCGTT-AGATAAA-ATTA-ATTTG-AT-AAATA-GTTACAGTTATACGTAGTACTT-G-TTCTG--TGTGAAGATGGGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTT-ATCGTCTGGCTTCCTATCCGTATATGTCGAT---ATG----TCCACCTATCTG-TCTTGTGTCTTTCG-CTGATGCAACATATATTACT---CATGCATTATCTGT----GTCCTCGTGTGTACATATATCGGT-GTGTA-------TCTGTCTC-Tg
gi|12 : ttgttttATCATCTTAG--TTATATGCATATAGTATTGAAGTAGTTATCGTGACGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-AT-AAATA-GTTACTATTACACATAGTACTT-GGTTCTGTATATATATATGTATGCTGTTAGCGGCTCGATCGTTGTGTCTATCGGCGTTTCAT-GTCTGCCTGTCTATCCGTACATGTCTAT---ATGTCCAT----CTGTCGG-TCTTTTATCTCTTCTCTG
gi|12 : TATCCGTACATGTC--TATATGTCCATCTGTCGGTCTTTTATCTCTTCTCTGTCTC-TA-T-T-G-ACATGGT-CTGCACTTATAA----CCGTTGATA---TTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTTGTTGAATGAAGAACG--T-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTATTTAAAAC-TA--------TTGTGTCTGATTGTCACATCAATCTGCGGGCATGCATACTTGATGGTGTATTTGCATATCTGATTCAGATAtctctattgacatggtctgcacttataaccgttgatattgttttatatttattactcagatttgttgaatgaagaacgtcgtcctttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaggaatgaaatcagtaagttatttaaaactattgtgtctgattgtcacatcaatctgcgggcatgcatacttgatggtgtatttgcatatctgattcagatag
gi|13 : atcatcttagttatatgcatatagtattgaagtagttatcgtgacgttgaaataaaattaatttgataaatagttactattacacatagtacttggttctgtatatatatatgtatgctgttagcggctcgatcgttgtgtctatcggcgtttcatgtctgcctgtcTATATACAT--------GATACAGTTATCATAGTGTTGAAATAAA-ATTA-ATTTG-AT-GAATA-------GTTACA-----------GTT-------ATAAACA-----GTTGTTAACG-----AT---------TATCGGCGTTCCAT-ATCTGGCTACTTATCTGCACATGTCTAT---ATGTCTA---AC-TGTCTG-TCTTGTATCTTTTC-CTGATGCCACACATATTACGCACCATGCATTCTCTGT----TTCCTTGTGCGAACATATGTCGGT-TTATA-------ACTGTCTG-TA-T-TAT-ACATGATGTCG-TCTTATAA----ATGTTTATA---TTG-TTCTATACTTGTTACTCAGATACGTTGAATGAAATACA----C----ATTCATTGTACAAGTGAAGCGGATAGA-GAAA--TTCGACAATGGCCAGAAATAAGTAAGTTA-TTAAAAT-TA--------CTATGTCTGATTGTCACGCCCGTC--------TGCATGTTTGACTGTGTATCTGTATATCTGATTCAGTTATAg
gi|14 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTATATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCCAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---A-AT-ACACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTT--CATGTGTATATGTGTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTC
gi|15 : actaacctgtgacatttcCCTTGTGTTGACATATGTCAGT-GTTCC-------TATGTCTT-TAGT-T-T-ACACGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATACATATATTTCTCAGATCAGTTGAATGAAGAACG--TAA----GTCGTTT--ACAAATGAAGCAAATAAA-GACA--TTGAACAAGAGATTAGAACAAGTAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTTATGCCCATCTGTGGGCATGCGTG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|16 : gaCTTGTGTTGACATATGTCAGT-GTTTC-------TCTGTCTT-TAGT-T-T-ACATAATGTTGCTCTTATAA----CCGTTGATA---GTG-CTATATATATGTTTCTCAGATCAGTTGGATGAAGGACG--TAA----GTCTTTT--ACAAATGGAGCGAATAAT-GACA--TTGAACAAGAGATTGGAAGCAGAAAGTTATTTAAAAT-TA--------TGATGTCTGGTTGTCATGCCCATCTGTGGGCATGCATG-----CTGTGTATTAGCATATATGATTCAGATAa
gi|17 : GTTTTATATTACAAGGCGC--ACACACACATTGTTTTATTGTATAAATTATTATATAATA-CTTTAAGTATATATAAATATATGTACGGTAGATGGTAGCATTTGCAGGCAGACATAACGGATCCACAAT------CATTCGGCCTTAATTTCGACCATTAATCAATAGTATATG-TGTTTGGTTAATCTGTATCGCATCAG--TTATATACGT
gi|18 : ACACGCATTGTTATATTGTAAAAAATTCCTTCTAAAATCTTTAAGCTTGTATA--------TA---TAGACGGTAGTGTTTTCAGGCAGACACATCGGATCCACAAT------CGTTTGGTCGTAA-TTGGATCGTTAATt
gi|19 : atatttcttattgtTTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|2 : aTTTTATATTACAAGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGATGCATCGGATCTACACT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTT-ATCAATAAGATGTGTTGTTTGTTCAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGCTATCTTGACGTTGAAATAAA-A--ATATTTGTATAAAACA-GTTGCAGCTATATATACTATTT-GTTTCTG--TTTGTAC---TTTTTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCCAT-GCCTAGTTCCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCAATATAATGCCCTCTATGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGT-GTGTA-------TGTGTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTTCTCTAATAA----CTGTATATA---CTG-TTTTATATTTATTACTCAGATTCGTTAAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAACTATT--TTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTTTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATGTCTAATTCAAATATAgt
gi|20 : tTAAAAT--A--------GTGTGT---ATTGTTACGTCCATCTGCGGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTCCATATCTGATTTAGAAATA
gi|21 : TGTTTTATAATACAAGGCGTACACACACACATTGTTATATTgt
gi|3 : TTTTTTATTACAAGGCAT--ACACACACATTGTTATATTGTTTAAATTTCCATCTAAAAACTTTAAGTATGTTTA--------TA---CAGACGGTAGTGTTTGCAGGCAGACGCATCGGATCTACAAT------TGTTCGGTCGTAATCTCGTTCGTT-ATCAATAGGATGTGTTGTTTGTTTAATCTTTATCACTTTAGTTTTATATGCATATATTAATGATGTTGTTATCTTGGCGTTGAAATAAATAT---ATTTGTATAAAACA-GTTTCAGCTATACA------TT-GTTTCTG--TTTGTAC---TTTTTTGTTAGCGGCTCGA--------TTTATCGGCGTTCAAT-GCCTAGTTGCCTACAAGTACACGTATAT---ATG----TCTACCTGTCTG-TCTTATATCTCTTC-CTGATGCCCCATATAATGCCCTCTTTGCATTATCTGT----GTCCTTGTGTGTAGATATGTCGGT-GTGTA-------TGTGTCTC-AAGT-T-T-GCATAATGTTGCTCTAATAA----ATGTATATA---CTG-TTTTATATTTATAACTCAAATTCGTTGAATGAAGAACGTAT-G----GTTATT---GCAAATGAAGTT-ATGAA--ATATTTTCGGCAACAGAAAGGAAGCAGTTAGCCA-TCAAATT-TA--------TTGTGTCTTGTTGTCACCCCCATCTGCTGGCATGCATGCTGGGCTGTGTTTTTGCATATCTTATTCAAATATA
gi|4 : tgtATATTTGTTTTATAATACAAGGCGT--GCACATACATTGTTATATTGTATAAATTTCCAT--GAAAACGTTAAGTTAGTATA--------TA---TAGGCGGTAGCGATTGCAGGCAGACACATTGTATTCACAAT------CGTTAGGTCGTAATTTCTATCGTTTTACAATGAGATATGGTGTATGTGTAATGTGTATCACCTTAG--TTATATACATATATTATTGATATAGTAATCGTGGCGTTGAAATAAA-ATCA-ATTTG-AT-AAAAAAGAAACAGTTATGCATTGTACTT-GTTTCTG--TTTGTATAGGTGTGTTGTTAGCCGCTCGATCGTGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GCCTTGCTGCCAATCCGCACATGTCCCT---ATGTCTATCTACCTGTCTG-TCTTGCTTCTCTTC-CAGATGTCCTACATAATGTTCACCATGCAGTATCTGT----GTCTTTTTGTGAACATATGTCAGC-GTGTA-------TCTGTCTC-TA-T-T-T-ACATGACGTTGCTCTTGTAA----CCGTTAATA---TTG-TTTAATATTCATTACT--GA---------------------------GTACTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCGACAAAGGAATGAAA-----AAGTTATTTAAAAT-GA--------TT-TGTCTGATTGTCACGCCCATTTGCGGGCATGCATGCTGGACTGTGTATTGACATATCTGATTCATATATATT
gi|5 : TTGTTT-ATATAAAAAGACGT--ACACACACATTGTTATATTGTATAAATTTCCATCTAAAAACTGTTAGTGTATTTA--------TA---TAGACGGTAGCGTTTGCAAGCACACACATCTGATCCACA--------CA---GGTCGTAATTTCGATCGTTATTCAATGAGATGTGTTGTTTGTTAAATCTGTATCACCTTAC--TTTTATACTTATATTATTGATGTAGT-------------AAAAAAA-A--A-A---G-AT-AAACA-TTTACACTTTTACATA---CTT-TTGTCTT--CATGTGTATATGTGTTGTCAGCGGCTCGATCGTGACGTCTATCGGCGCTTCAT-GTCAGGCTGCCTACACGTACATGT--AT---ATGTC-A---ACCCGTCTG-TCTTGTATCTCTTC-CTGATGCTCCATATAATGTTCACCATGCATTTTTTGT----GTCCTTGTGTTTAAATATGTTAGT-GT-TA-------TCAGTCTCTTG-C-T-T-ACATGATGTTGCTCTTATAA----CCGTTTATAGTGTTGTTTTTATATTTATTTTGAAGATATGCTGGATGAAGAACG--T-CTGCAGTCT-----ACAAATGAAGCGAAAAAA-AACA--TTGGACAAGAGATTGGAAGCAGTTAGTTATTTAAA----A--------TTGTGTCTGATTGTCACGCCCATCTGCTGGCATGCATGCTTGACTGTGTATTTGCATATATGATTCAGATATA
gi|6 : tgacatttcGGATCAACAAT------GTTTTGGTCGTAATTTTGATCATTAATCAATGATATGTGTGGTTAGTTGGATCTATATTACCTTAG--TTAAAGGCAT-TATTA
gi|6 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaTA-GTTAAAGGCAT---TATTAATTAGTCTTTG--TATATTTATGTGTGTTGTCAGCGGTTCGAGCTCGGCGTCTATCGGCGTTTTAT-GTCCTGCTGCCAATCCGCACATGTCTTT---CTGTCTATTTCCCTCTCTG-TCTTTCATATCTTC-CTGATGCCGAACGTTATGCTCTCCATGAATTATCTGT----GTCCTTG----------TGTCGGT-GTGCA-------TCTGTCTC-TACT-T-T-ATATGATGTTGATCTTATAA----CCGTTGATA---TTACTTTTA-ATTTATTACTCAGATGGTTTGCCTGAAGAACG--A-C----GTCGTTTA-ACAAATGAAGCGAATGAA-GACA--TTCAACAAAAGAATGAAATCAGTAAGTTA-TTAAAATATAAAAAATGTTTGTGTCTGATTGTCACACCAATATGCGGGCATGCATGATTGACTGTGTATTTGCATATCTTATTCAGATATattagtctttgtatatttatgtgtgttgtcagcggttcgagctcggcgtctatcggcgttttatgtcctgctgccaatccgcacatgtctttctgtctatttccctctctgtctttcatatcttcctgatgccgaacgttatgctctccatgaattatctgtgtccttgtgtcggtgtgcatctgtctctactttatatgatgttgatcttataaccgttgatattacttttaatttattactcagatggtttgcctgaagaacgacgtcgtttaacaaatgaagcgaatgaagacattcaacaaaagaatgaaatcagtaagttattaaaatataaaaaatgtttgtgtctgattgtcacaccaatatgcgggcatgcatgattgactgtgtatttgcatatcttattcagatat
gi|7 : acattatacataatacagtctttgattctataatagcagtgcattaatgaagtcataatgtatcatatgagactgaaagagtgtttggttctaggatcaacaatgttttggtcgtaattttgatcattaatcaatgatatgtgtggttagttggatctatattacctTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---AAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGATATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTAAAATTAA-ATCA-ATTTG-AT-AAACA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTG--TATGTATATGTGTGTTGATAGTTATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCATTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGT-TGCTCTTGTTACTCTTT-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGT-GTGTA-------TCTGCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATTCGTT
gi|8 : ttTTCTATATTACATGGCGT--ACACACACATTGTTATATTGATTAAATGGCCATTTACAAACTTTAAGTACGTAAA--------CA---TAGACGGTAGCGTTTGCAGGTAGACATACCGGATCCACAATAATTATTGTTCGGTCGTAATTTCGATCGTTAATCAATG-----TGTTGTTTGTGCAATCTGTATTACCCTAT--TTATATACATATGACATTGATGTACTTATCATGGCGTTATAATTAA-ATCA-ATTTA-AT-AAATA-GTTACAGTTATACATAGCACTT-GTTTCTG--TATGTATATGTGTGTTGATAGTGATTCGATCTCGGCGTTTATCGGCGTTTCAT-GTCTGGCAGTCTATCTGCACATGTCTCT---AAG----TCTACCTGTTTC-TCTTGTTACTCTTC-CTGATACCCCACACCATGCTGTCCATGCATTATATGT----GTTTTTGTATATACATATGTCGGT-GTGTA-------TCTGCCTC-TA-TGT-T-GCATAATGGTGCTCTTATAA----TCGATTATA---TTG-TTTTATATGTATTTGTCAGATT
gi|9 : tCTTAA--TTATACAAATATAGTATTGATGTAGTTATCGTG-------------------ATTTG-AT-TAATA-GTTACAGATACACGTAGTACTT-GTTTCTG--TATGTAAATGTGTGTTGTTAGCGGCTCGATCTCGGCATCTATTGACGTTTCTT-GTCTTGCTGCCAATCTGCACATATCTACGAGATGTATATATGTCTGTCTG-TCTTGTGTCTCTTC-CTGATGTCCCACATAATGCTCACCATACATTATCTGT----GTCCTTGTGTGAACACATTCCGGT-GTGTA-------TATGTCTC-TA-T-T-TGACACGATGATGCTCTTATAAATAACCGTTTATA---CTG-TTTTGTATTTGTTACTCAGATTTGTTGGGTGAAGAACG--A-C----GTCCTTTA-ACAAATGAAGCGAATAAA-GACA--TTTAACAAAGGAATGAAATCAGTAAGTTTTTTAAAAT-TA--------TTGTGTCTGATTGTTACATCCATCTGCTAGCATGCATGATTGATGGTGTTTTTGCATATATGATTCAGATATA