lowQualScore : 1111 44444444444444444444444444444 3333333333333333333333 1111 111 11111111 111111111 4444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777 444444444 1 1 1 1 22222222222 111111111111111111 1 11 2 111 22222222222222222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 2 8 1 4 0 2 1111 4 1 3 2 88888888888888888888888888888 55555 55555 55555 2 2 333 22 6666666666666666666666 3 555 666666 2 4 5555 2 333 777777777 2 88888 777777 55555 33 22 00000000 22 777 555 1 888888888 1 333 555 5555555555555555555555555 2 33 0 7777777 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333 1 333333333 5 1 3 3 0 6 8 99999999999 1 9 2 333333333333333333 333 44444 5555555 1 5 6 2 7777 33 3 1 1 3 222 1 0 44444 1 3333 3333 77777777777777777 4 3333333 0 666 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444 66 7 1 1 1 333 5
lowQualScore : . . . . . . .... . . . . ............................. ..... ..... ..... . . ... .. ...................... . ... ...... . . .... . ... ......... . ..... ...... ..... .. .. ........ .. ... ... . ......... . ... ... ......................... . .. . ....... . .................................................. . ......... . . . . . . . ........... . . . .................. ... ..... ....... . . . . .... .. . . . . ... . . ..... . .... .... ................. . ....... . ... ....................................................................................................................................................... . ... .. . . . . ... .
lowQualScore : 9 1 1 2 4 4 5555 4 9 1 1 44444444444444444444444444444 33333 33333 33333 1 0 555 88 1111111111111111111111 3 222 444444 2 8 7777 1 444 000000000 2 66666 222222 33333 11 99 55555555 88 000 555 7 888888888 7 777 888 2222222222222222222222222 2 11 8 2222222 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555 9 666666666 1 9 3 8 1 0 0 00000000000 8 2 1 444444444444444444 000 33333 7777777 7 7 1 7 4444 66 8 6 2 2 444 7 8 22222 7 5555 5555 11111111111111111 3 8888888 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 777 88 3 8 8 8 555 2
consensus : CTCACACTCAGACGAAG-ACCATGAAGACCGCACTGCGTCCT-G--AAAA-TTTCGATGAACGCAGC-GGGGACGTGGTCAAAA-TGG-AAAAAAA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--CG-----TCC----TT-AC-TACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGT--CTAA------C-ACGTCCCCAC-TAA-TTTCTT---AC----CACG-C-----GCA-T--GAT-----CACGCGCGC-ACCA--CG---TC--C--AAC-GC---GTTCTTAC----TACGTCCTTAC---TACGTTCT---TAC---N-ACGA--------CC-AA---T-CAGAT--CTCA-------A-CA-CGCGCT---TAC---------ACGCGCTTACCAC---------------GCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAG-TT--ACG--TT-GATACTACGTCAATGCCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCG-ACCACGTCCTCACTACGT-TT-TT-TTN--A-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----GTCCATGGA---G---ACCATTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---G--------TT-GTAC-A--------A---GTTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TGA-GGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
Reference ( gi|3 ) : CTCACACTCAGACGAAG-ACAATGAAGATCGCACTGCGTCCT-G--ACAA-TTTCGATGAACGCAGC-GAGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAAAAAA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--CG-----ACT----TT-AT-CATGTCCCTGCCAAGTTCTCACTGCGT--CTAA------C-ATGTCCCCAA-TAA-TTTTTT---AC----CACG-C-----GCA-T--GAT-----CACGCGCGT-ACCA--CA---CC--C--AAC-GC---GTTCTTAA----TACATCCTTAC---TACGTTCT---TAC---G-TCGA--------CC-A----T-CAGAT--CTCA-------A-CA-CACGCT---CACG--------ACGCGCTTATCGC---------------GCTTACAACCCAGTGACATCATAGTGAGAACGCCATGCAATCAT-TCCCGTCAGCACCACGCGTGTACTGCGTCAATGAGGTCCCTACTAGGATTTAA-TG--AAA--TT-GATACTACGCCAATGTCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTGAGTTCTTTCTGCATCC----TGATTCT-ACCACGTCCTCACTGCGT-TTGTT-TTG--A-ACATGTTC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TTC-GA----GTCCATGAA---G---ACAATTCCAC-A-T----------------------C--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---C--------TT-GTAC-T--------A---GTTCTTACTG-CGTCCACCTA-A--TT-T-T-TGA-GGACGTAGTGGGAACGT---GACTGAGTGTGATTAG
gi|1 : CTCACACTCAGACGAAG-ACAATGAAAACCGCACTGCGTCCT-A--ATAA-TTTCGAAGAACGCAGC-GGGGATGTGGTCGAAA-TGCTAAAAA----------------------TAT-----ACA-----ATTT-----T-CTAGTT-CGTA---CTG--TG-----TCT----TT-AC-TACGTCTCTACCAGGTTCTCACTGCGT--TTAA------C-ACGTCCCCAC-TAA-TTTCTT---AC----CACT-C-----GCA-T--GAT-----CACGCGCGC-ATCA--CG---TC--C--AGT-GG---TTTCTTAC----AACGTCCTTAC---TACATCCT---TAC---T-AAGA--------CC-AA---T-CAGAT--CACA-------A-AA-TGCGCT---TTCC--------ACGCGCTTACCAC---------------ACTTACAGCCCAGTGACAACGCAATGAGAACGACATGCAATAGT-TTCCGTCAGCGCCACGCTGGTACTCAGTCAATGAAGTCTTTACGAAGTTATAG-TT--ACG--TT-GATACTACGCCAGTGCCG------------------TCGT---TA-----CTGC-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGCATTC----TGATTTG-ACAACATCTTCACTACGT-TT-TT-TTT--A-ATATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCT-AC----GTCCTTGTA---G---ACCACTCCAC-G-TCCTTATCGAACCACTTCACGTCC--TT-ATCG-----------GTTTT-----------T-----------TA---------------C---------------T-----------GC---C--------TTCCTAC-TACAAGTTCA---ATTCTTACTG-CGTCCA-ATA-ATTTT-T-T-TGA-AGACTTAGTGGGAACGTGGCGGCTGAATGTGA
gi|7 : actCCCACATTCAGACGAAG-ACCATAAAGACCGCTATGTTTTCC-G--AAAA-TGTCGATGACCACAGT-GGGGACATGGTCAAAA-TGGTAAAAC----------------------TAT-----GTA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--TA-----TTC----TT-AC-TACATCTCTGCCAGATTCTCACTGCGT--T-----------------CCAACTAA-TTACTT---AC----CACG-C-----ACA-T--GAT-----CACGCACGC-ATCA--CG---TT--C--AAT-GC---GTTCTTAC----TGCATTCTTAC---TACG------------------A--------CC-AA---T-CAGAT-----A-------A-CATCACGCT---TACA--------ACCCA------GT---------------G---ACAACGCAGTAACAACGCAATGAGAACGCCATGCAATCTT-CCCCGTCAGTACCACGCCTGTACCCCGTCAATGAATTCCCTACTAGGTTTT---TGCTACG--TT-GAGACTACGTCAATGCCG------------------CCGTAACTA-----CTAC-------GT-CTTTATTAAGTTCTTATTGCATCC----TGATTCA-CCCACGCCCTCACTACGT-TTTTT-CTA--A-ACATGTCC-----AAAATT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----GGCCATGGA---T---ACCATTTCAC-G-T----------------------CT-TT-ATCG-----------gagg
gi|11 : cccaCTCACACTCAGACGAAG-ACCACGAAGACCGCACTGCGTCCT-G--GAAA-TTTCGATGAACGCAGC-GGGCA------CAAAA-TGAAAAAAAAA---------------------GT-----GAA-----ATTT-----T-CATATT-CATA---CTA--C----------------------ATCCTTGACAGGTTGTAACTGCGT--CTAA------C-ACATCCCCAC-TAA-TGTCTT---AC----CACG-C-----GTATT--TAT-----CATGCACAC-ACCA--CG---TC--C--AAT-GC---GTTCTT----------TCTCAAC---T-CGCGCT---TAC-----------------------------------------------CA-TGCGCT---TACA--------AC--------------------------GCTTATAACGCA-----------GTGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCCGTCAGCGCCACCCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCATACTAGGTTTTAG-TT--ACG--TT-GATACTACGTCAATGTCGTCGTTGTCGTTAAGTACTTCGT---TA-----CTAC-------GC-CCTTATTAAGTTTTTACTGCGTCC----TGATTCG-ACCACGTTTTCA---CAT-TTTTT-TTA--T-AAATGTCC------AAGTT-TG----GCCA----CGTCT-------TCC-AC----GTCCcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|16 : cccCTCAGAGTCAAACGAAGTACA-TGAATATCACACTGCATCCT-G--AAAA-TTTTGAAGAAAGCTGC-GGAGACGTGGTTAAAG-TTGAAAA------------------------TTTTTTTTGCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--TG-----ATT-------------------GCCAGGTTCTCACTGCAA--CTAA------C-ATGTCCCCA----------CT---AC----AACG-C-----GCA-T--GAT-----AACGCGTGT-ACAA--AT---TC--C--AAT-G-------------------ATTCTTAC---TACGTTCT---TAC---T-ACGA--------TC-A----TTCAGAT--CTCA-------A-CA-C----------------------GCGGTTACCAC---------------ACTTACAACCCAGTGACAACGCAATGAGAATGCCAAGCAATCTT-TCCCTTCAGCGCAACGCTTGTACTATGTCAATGGAGTCCCTACTAGGTTTTAG-TT--ACA--TT-GATACTATGTCAATGCTG------------------TTGT---TA-----CTAC-------GT-CCttttcggtttctaatgcgt
gi|17 : ccaacCTCACACTCAGACAAAG-ACCATGAAGACCGCACTGCGTCCA-G--AAAG-TTTTG
gi|14 : ccccCTCACACTCAAACAAAG-ACCATTAAGACAGCACTGCGTCCT-G---TAATTTTTTATGAATGAAGT-GGGAACATGGTCAAAA-TCG----AAAA---A---------------ATGT-----GTA-----ATTT-----T-CAAGTA-CATA---CTA--C----------------------ATCCCTGCCAGGTTCTCACTGCAT--CTAA------C-ACCTCCCC------------T---AC----TACGAC-----CAA-TCAGATTTCAACACGCGCTT-ACCA--CA---CTTAC--AAC-GC---caatttttcaagttcatgctacgtccttactatatccctgcaaggctctcactgcgtctaacacgttcccgttgattttttacaacgcgcatgaatacgcgcgcatatcgtctaacgcgttcttactacgtccttactacgttcttactacgaccaagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|23 : ccccCTCACACACAGACGAAG-ATCATGGAGACCGCTCTGCGTCCT-G--AAAA-TTCCGATGAACGCAGC-GGGGAAGTGGTCGAAA-TGTAAAAAATA---T---------------ATGT-------A-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--CG-----TCC----TT-AC-TACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGT--CTAA------C-ACGTCCCAAC-TAA-TTTATT---Aagtgtcagagaacgccatgcaatctttcctgtcagtgccacgcttgtactacatcaatgaagtctctactaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
gi|24 : tcccCTCACACTCAGCCG-----CA-T-----TCCCACTATGTTCTCA--AAAA-TTTTG-TGAACGCAGT-AAGAACTTGTACAAGG-TAGTAGAAAtgcttccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|26 : ccttataaagttctgactgatttgacaacaccctcactattttttttttttcaatatgtccaaagtttcaccacgttcttcatgtacatggagacaattccatgtccttatcagCTCACACTCAGACGGAG-GCCATGAAGACAGCCCTGCGTCCT-GAAAAAA-AATCGATGAACGCAGC-GGGGACGTGGTCAAAA-TGCTAA-----------------------------------A-----ACTT-----T-CAAGTT-CATA---TTA--Cag
gi|9 : TCAAACTCAGACGAAC-ACCATGAA-----------ATCCT-G--AACA-TTTCGATG-ACGCAGC-GGGGACGTGGTCAAAA-TGG-----AAA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA----TA--CG-----TCC----TT-AA-CACGTCCCCACTTATTTCTTACCACG-------------------CGC--A-TAA-T--------------CAAG-C-----GC--------------------GC-ATCA--CG---CC--C--AAT-GC---GTT---------------CTTAC---TACGTTCG---TAC-----------------CA-A----T-CAGAT--CTCA-------A-C-----------------------ACGCGCTTACCAC---------------GCTTACAACCC-----------AGCGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAG-TT--ACG--GT-GATATTTCGTCCATCTC-------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTG-ACCACGTCTTCTATACGC-TTTTTGTTA--G-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----GTCCAAGGA---G---ACCACTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCGGCTTCTACTGCG-TTC-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---G--------TT-ATAC-A--------A---GTTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TGA-GGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGA
gi|8 : ccgTCAAACTCAGACGAAC-ACCATGAA-----------ATCCT-G--AACA-TTTCGATG-ACGCAGC-GGGGACGTGGTCAAAA-TGG-----AAA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA----TA--CG-----TCC----TT-AA-CACGTCCCCACTTATTTCTTACCACG-------------------CGC--A-TAA-T--------------CAAG-C-----GC--------------------GC-ATCA--CG---CC--C--AAT-GC---GTT---------------CTTAC---TACGTTCG---TAC-----------------CA-A----T-CAGAT--CTCA-------A-C-----------------------ACGCGCTTACCAC---------------GCTTACAACCC-----------AGCGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAG-TT--ACG--GT-GATATTTCGTCCATCTC-------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTG-ACCACGTCTTCTATACGC-TTTTTGTTA--G-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----GTCCAAGGA---G---ACCACTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCGGCTTCTACTGCG-TTC-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---G--------TT-ATAC-A--------A---GTTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TGA-GGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAg
gi|2 : ccccgCACATTCATAAGAAG-ACCA---AGACTAAAA---GTCCT-A--AAGA-TTTCGATGAACGCAGC-GGGGACGTGGTCAAAA-CGGAAAAAA----------------------CGT-----GCG-----ATTT-----T-TAAGTT-CATA---CTA--CG-----TCC----TT-AC-TACATCGCTTCCAGATTATCACTGCGT--CTAA------C-ACGTCCCCGC-TAA-TATCTT---AC----CACG-C-----GCA-T--AAT-----CACGCGCGC-ACCA--CG---TC--A--AAT-GC---GTTCTTAC----TACGTCCTTAC---TACGTTCTTATTAC---GACCAA--------TC-ATATCT-CAANN--NNNN-------N-NN-NNNNNN---NNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAGTCTT-TCCCATCAGCACCATGCTTGTACTACTTCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTTAT-TT--ACG--TT-GATACTGCGTCATTGCTG------------------TCAT---TA-----TCTC-------GT-CATTATTAGGTTCTTACTGCTTTC----TGATTCA-ACCATGTCCTCACTACGT-TT-TT-TT---A-ACATGTTC-----AAAGTT-TA----ACCA----CGTCT-------TCC-AC----GTCCATGTA---T---ACCATTCCACGA-C----------------------C--TT-ATCG-----------A-TTT-----------CCACTGCGTTATTA---------------C---------------T-----------AC---A--------CT-GTAC-A--------A---ATTCTTACTG-CGTCCACCTG-A--TT-T-T-TAA-GGACGTTGTGGGAACGT---GGCTGATTGTGAgt
gi|4 : CACTCAGACGAAG-ACAATGATGACGGCTCTGCATCCT-G--AAAA-TTTTGATGAATGCAGC-GGGGACATGGTCCAAA-TGG----TAAA---A---------------ATAT-----GC-------------------AGTC-CTTA---CTA--C----------------------ATCCTTACCAGGTTCTCAAGGTTT--CTAA------C-ATGTCCCAAC-TTA-TTTCTT---AC----CACG-C-----ACA-T--GAT-----CACACGCGC-ATCA--CG---TC--C--ATT-GC---TTTTTTAC----TATGTCCTTAC---AACATTCT---TAC---T-ACAA--------CCAA----T-CAGCT--CACA-------A-CA-CACGCT---TAC-------------------CAC---------------GCTAACTGCCCAGTGACAATGCAATAAGAATGCCATCCAATCTT-TCCCGTCGGTACCACACTTCTACTATGTCAATGAAGT-CATACTACGTTTTAG-T-------------TAC-ATG-CAATGTCC------------------TTAT---TAAGTTTTTACATGCAATGT-CCTTATTAAGTTC-TTCTGCGTCC----TGATTTG-ACCACATCCTCACTACA---TACT-TTT--A-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACTA----CATCC-------TCC-AT----GTCCATGGA---G---ACCACTCCAC-G-TCCTTATCGGACCACTCCATGTCC--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------GCGTTCCTACTATATT-GTAC----------A---ATTTCTATTG-CGTCCACCCA-AT-TT-T-T-TGA-GAATGTAGTTGGAATGT---GGCTGAGTGTGAgat
gi|6 : cccACGAAT-ACCATGAAGACCGCATTGCGTCAT-A--A-AA-TT-CGATGAACGCAGC-GGGAACGTGGTCAAAAATG-----AAGA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-TATA---CTA--CG-----TCC----TT-AC-TACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGT--CTAA------C-ACGTTCCAAT-TAA-TTTCTT----------------------------AA-----CACGCGCATGATCA--C--------------------GTCTTTA-----------CTTA-------GTTCT---CAC---A-ACGA--------CC-A----T-CAGAT--CTCA-------A-C--C---------------------CGCGCTTACTAC---------------GTTTACAACTCAGTGACAACGCAGTGAGAACGTCATGCAATCTT-TCACAACAGCACCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCCCTACAATGTTTTAG-TT--ACG--TT-GATACTACGTTAATGCCG------------------TCGT---TA-----CAAC-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGCGCCC----TGATTCG-ACCAAGTTCTCACTACGTCTTTTT-TTT--A-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTGT-------TTC-GC----GTTCCTGGA---G---ACTATTCCAC-G-TCCTTATCAGACCACTCCACGTCC--TT-ATCG-----------G-TTT-----------T-----------TACTGCGTCTCAGTCTAC---------------T-----------AC---G--------TT-GTAC-G--------A---GTTCTTACTG-AGTACAACCA-A--------------GACGTAATGGGAACTT---GGCTAAGTGTGAggg
gi|19 : AAGTTCTTATTGCGTCCA-C--CCAC-TTTTGA-GAACGTAGT-GGGAACGTGGggg
gi|13 : gaacgtcatgcaatatgtcatgtcagtgcaacgcttgtaccacgtcaatgaactccctgctgggattaagatacgtcgacactacagctatgccgtcgttactacgtccatttaaagttcttgctgcgtctcgattccatcacgtcctcactacgtttttataacatatccaaagtttgaccacgtcctccacatccacggagaccactccacgtccttatcggaccacttcaagtccttatcggtttctactgtgttccaactacatacgttgtacCGTACTGCGTCCA-C--CCAATTTTTGA-GGACGTAGT-GGGAACGTGGTctgagtgtgaggg
gi|5 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaagttcatactacgccctttctacatcctgccaggttctcactgcctaacacgtccccattaatttctcagaacattacacgcgcttaccacgcgcttaccacgttaacaacccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactaGCGTCTT-G--AAAA-GTTCGATGAACGCAGC-GGGGACATGGTCGAAA-TG----ATAAA---A---------------ATAT-----GCA-----ATTG-----T-CAAGTT-CATA---TTATGCG-----TCT----TA-AC-TTCGTCCCTGCCAGGTTCGTGCTGCGT--CTAA------C-ACGTCCCCAC-TAC-TTTCTT---AC----GACG-C-----GCA-T--GAT-----TACGCGCGC-AACA--CG---CC--C--T-T-GC---GTTCTTAC----TACGTCCTTAC---AACATTCT---TAC---T-ATGA--------CC-AA---T-CAGAT--CCCA-------A--A-CGCGCT---TACC--------ACGCACTTACCAC---------------GCTAACAACGCAGTGACAACGCGATGAGAAAGCTATACAATATT-TTCCGTCAGCGCCACACGTGTACTACGTCAATGAAGTTTCTACTAGGTTTTAG-TT--ACG--TTTGGTACTACGTCGATGACG------------------TAAT---AA-----CTAC-------GT-CTTTATTAAGTTCTTACTGCCTTC----TAATTCG-ACCACGTCCTCATTACGT-TT-TT-TT---A-TCATGTTC-----AAAGTT-TA----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----GTCCATGGA---T---ACCCCTCCAC-G-T----------------------CC-TT-ACCG-----------G-TTT-----------C-----------TG---------------C---------------TGCGTTCCTAATAC---G--------TT-GGAC-A--------G---GTTCTTAATG-CGTCCACCCA-A--TT-TGT-TGA-GGACGTAGTGGGAACAT---GGCAGAGTGTGAtgagtgtgaga
gi|10 : --ACAA-TTT-GATGAACACAGCTGAGA--GTAGTCAAAA-TGGAAAAAA----------------------TGT-----GCA-----ATTT-------CAAGTT-CATA---CTA--CA-----TCC----TT-AC-TATGCCCCAGCCAGGTTCTCACTGTGT--CTAA------C-AAGTCTCCAT-TGA-TATCTT---AA----CACA-T-----ACA-T--AAT-----TACGCATGC-ACCA--CA---TC--C--A---------------A----TGCAT--------------TCT---TAC---G-ACGA--------CC-AA---T-CAGAT--CTCA-------A-CA----------------------A-GCGCTTACTAC---------------GCTTACAACGC-----------AGTGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCTGTCAGTGCTACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAG-TT--ACA--TT-GATACTACGTCAATGTCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTACTAAGTTCTTATTGCGTCC----TGAACTG-ACCACGTCCTCGCTACAT-TT-TT-TTT--C-ACATGTCC-----AAAAAT-TG----ACCA----C---------------------GTCCATAGA---G---ACCATTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------CTGCGTTCCTAT----T-----------AC---A--------TT-GTTC-A--------C---GTTCTTACTG-CATCCACCCA-A------------------TAGTGGGTACGT---GGCTGAGTGTGAagg
gi|12 : gaTTTGATGAATGCAGC-GGGAATGAGGTCAAAA-TG---AAAAAA---A---------------ATGT-----GCA-----ATTT-----T-CAAGTT-CATA---CTA--CT-----TCC----TT-AC-TACTTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCTTTCTTAA------C-ATGTAC---A-TGA-T--------------CACG-CGT---GCA-T----T-----CTTACGTGG-ACCAATCAGATCT--C--AAC-AA---GCACTTAC----TACG--CTTAC---AACGggg
gi|15 : accgTTGATGAACGCAGT-GGGGACGTGGTCAATA-TGGTAAAAAAT---ATACTCATTTCTTACCACGC-----GCATGATCACTTGCGCAT-CACGTC-CA-A----TA--CG-----TTC----TT-AC-TACGTCCTTACTACATTCTTACTACGA--CTAA------TTATATCAC-AA-CAC-GCGCTT---AC----CACG-C-----GC--T--TAC-----CACGCGCTT-ACCA--CG---CTTAC--AAC-cagtgagaacgccatgcaatctttcctgtcatcaccacatttgttctacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatactaggtcaatgccgtcgttactacatccttattaagttcctaccgcatcctgattcgaccacatcctcaccacgtccatggagaccattcaacgtccttatcagtttctactgcgttcttattacattgttcttactacgtccacccaatttttttaaggacataatgggaacgtgactgagtgtggggg
gi|7 : GAACGCAGT-GAGAATCTGGCAGAGA-TGTAGTAAGAATATA---------------GTAT-----G-A-----ACTT-----G-AAAATTACATAGTTTTA--CC-----ATT----TTGAC-CATGTCCCccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|10 : cccacccacattcagacgaagaccataaagaccgctatgttttccgaaaatgtcgatgaccacagtgAATGTAGC-GAGGACGTGGTCAcaactaattacttaccacgcacatgatcacgcacgcatcacgttcaatgcgttcttactgcattcttactacgaccaatcagataacatcacgcttacaacccagtgacaacgcagtaacaacgcaatgagaacgccatgcaatcttccccgtcagtaccacgcctgtaccccgtcaatgaattccctactaggtttttgctacgttgagactacgtcaatgccgccgtaactactacgtctttattaagttcttattgcatcctgattcacccacgccctcactacgttttttctaaacatgtccaaaatttgaccacgtcctccacggccatggataccatttcacgtctttatcgcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|13 : gaacaatttgatgaacacagctgagagtagtcaaaatggaaaaaatgtgcaatttcaagttcatactacatccttactatgccccagccaggttctcactgtgtctaacaagtctccattgatatcttaacacatacataattacgcatgcaccacatccaatgcattcttacgacgaccaatcagatctcaacaagcgcttactacgcttacaacgcagtgagaacgccatgcaatctttcctgtcagtgctacatttgttctacgtcaatgaagtccctactaggttttagttacattgatactacgtcaatgtcgtcgttactacgtccttactaagttcttattgcgtcctgaacCGAAA-TGGTAAAAA----------------------TAT-----GCA-----ATTT-----T-AAAGTT-CATA---CTA--CGC----CCT----TT-CTACAT---CCTGCCAGGTTCTCACTGC----CTAA------C-ACGTCCCCAT-TAA-TTTCTCAGAACATTACACG-C-----GC--T--TAC-----CACGCGCTT-ACCA--Cttttttcacatgtccaaaaattgaccacgtccatagagaccattccacgtccttatcggtttctactgcgttcctattacattgttcacgttcttactgcatccacccaatagtgggtacgtggctgagtgtgaggg
gi|17 : AGAAA---G---------------TTTT-----GCA-----ATTT-----TTCAAGTT-CATG---CTA--CG-----TCC----TT-AC-TATATCCCTGCAAGGCTCTCACTGCGT--CTAA------C-ACGTTCCCGT-TGA-TTTTTT---AC----AACG-C-----GCA-T--GAA-----TACGCGCGC-ATAT--CG---TC--T--AAC-GC---GTTCTTAC----TACGTCCTTAC---TACGTTCT---TAC---T-ACGA--------CCAA----G-CAGAT--CACA-------A-CA-CACG--------G---------------TA-----------------------ACAACCCAGTGAC--------GAG-ACGCCATGCAATATT-TCTCGTCAGCCCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAT-TA--ACG--TA-TATACGACGTCAATGCCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GC-CCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TCATgttaacaacccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactacgtactgcgtccacccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|13 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtccGTT-GATA---CTA--CGTCAATACCGTCGTT-AC-TACGTCTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTC-CTGATACCACC-ACGTCCTCAC-TAAGTTTTTTTA-AA----CATG-TCCAAAGTA-C--GAC-----CACGT-CTT--CCA--CG---TC--CTTATC-G----GTTTCTAC----TGCGTTCCTAC---TACGTAC----TGC---G-TCCA--------CC-
gi|18 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaagttcatactacgccctttctacatcctgccaggttctcactgcctaacacgtccccattaatttctcagaacattacacgcgcttaccacgcgcttaccacgttaacaacccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttac----TT-AC-TATGTCCTTATTAAGTTCTTACTGTGT--Ccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|15 : gctcttactacgaccaatcagatctcaacacgtgcttaccacactttcaacccagtgacaacgccatgcaatttttcccgtcagccccacacttgtactatgtcaatgaagtctctactaagttttagttaatatgctgatacgtcaatgccattgA-TTTCTT---AC----CACG-C-----GCA-T--GAT-----CACTTGCGC-ATCA--CG---TC--C--AAT-AC---GTTCTTAC----TACGTCCTTAC---TACATTCT---TAC---T-ACGA--------CT-AA---T-TATAT--CACA-------A-CA-CGCGCTTACCACGCGCTTACCACGCGCTTACCAC---------------GCTTACAACCCAATGACAGCGTAATGAGAACGCCATGCAATCTT-TACCGTCAGCGTTACGTTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAG-TT--ACG--TT-GATATCACGGCAATGCCG------------------TCGT---TA-----CCAC-------GT-CCTTATTAAATTCTTACTGCGTCC----TGATTCG-ACCACATTCTCACTACGT-TT-TT-TTT--A-ACATGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----TTCCATctgattcgaccacatcctcactacgctcttcttaacatgttcaaagtttgaccctgtccatgaagaccattccacgtccttattggtttctacagcattcctactacgttgtacaagttcttactgtgtccacccaattatttaaggatgtagtcataatgtggctgactatga
gi|14 : ttgatgaacgcagtggggacgtggtcaatatggtaaaaaatatactcT-----CAAGTACAT-ACTA--CA---TC--C----CTGCCAGGTTCTCAC----TGCATC--TAA---CACCTCCCC--TAC---T-ACGA--------CC-AA---T-CAGAT--TTCA-------A-CA-C----------------------GCGCTTACCAC---------------ACTTACAACGCAGTG---TCA----GAGAACGCCATGCAATCTT-TCCTGTCAGTGCCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCTCTACTAGG-TTTAAGTT--ATG--TT-GATACAACGTCAATGCTG------------------TCGC---TA-----CAAT-------GC-CTTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTTG-ACCACATCCTCACTACGT-GTTTT-TTT--A-ACATGTTC-----AAAGTT-TG----ACCA----CATCC-------TCC-AC----GTCCATGGA---G---ACCATTCCAC-T-T----------------------C--TT-
gi|12 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagcactgcgtcctgtaattttttatgaatgaagtgggaacatggtcaaaatcgaaaaaatgtgtaattt---CT--C--ACT-GC---TTTCTTAACATGTACATGATCACGCGTGCATTCT---TAC---G-TGGA--------CC-AA---T-CAGAT--CTCA-------A-CA----------------------A-GCACTTACTAC---------------GCTTACAACGC-----------AGTGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCTGTCATCACCACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAG-TT--ACG--TT-GATACTAGGTCAATGCCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------AT-CCTTATTAAGTTCCTACCGCATCC----TGATTCG-ACCACATCCTCACCACGT-CCATG-GAG--A-CCA--TTC-----A---------------A----CGTCC-------TT------------AT-----------CAGTTTC--------------------------------T-ACTGC----------G-TTC-----------T-----------TA---------------T---------------T-----------AC---A--------TT-------------------GTTCTTACTA-CGTCCACCCA-ATTTT-T-T-TAA-GGACATAATGGGAACGT---GACTGAGTGTG
gi|18 : accgtttgatgaatgcagcgggaatgaggtcaaaatgaaaaaaaatgtgcaattttcaagttcatactacttccttactacttccctgccaggtt--C--AAT-GCC--ATTGTTAC----TATGTCCTTAT---TAAGTTCT---TACTGTG-TC--------------------CTGAT---TCG-------ACCA-CATCCT---CACT--------ACGCTCTTgggg
gi|13 : gctcttactacgaccaatcagatctcaacacgtgcttaccacactttcaacccagtgacaacgccatgcaatttttcccgtcagccccacacttgtactatgtcaatgaagtctctactaagttttagttaatatgctgatacgtC---GCCCTTTC----TACATCCT-GC---CAGGTTCT---CACT--G-CCTAACACGTCCCC-A----T-TA-ATTTCTCAGAACATTA-CA-CGCGCT---TACC--------ACGCGCTTACCAC---------------GTTAACAACCCAGTGACAACTCAATGAGAACGCCATGCAATCTT-TCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTTAATGAAGTCCCTACTAGG-TTTAAGTT--ACG--TT-GATACTACGTCAATACCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTCC----TGATACC-ACCACGTCCTCACTAAGT-TT-TT-TTA--A-ACATGTCC-----AAAGTA-CG----ACCA----CGTC--------------------------------------TTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------GC---G--------TTCCTAC-T--------A------CGTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TGA-GGACGTAGTGGGAACGT---GGTTGAGTGTGActtaacatgttcaaagtttgaccctgtccatgaagaccattccacgtccttattggtttctacagcattcctactacgttgtacaagttcttactgtgtccacccaattatttaaggatgtagtcataatgtggctgactatga
gi|18 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaagttcatactaGCTCT---TAC---T-ACGA--------CC-AA---T-CAGAT--CTCA-------A-CA-C----------------------GTGCTTACCAC---------------ACTTTCAACCCAGTGACA-----------ACGCCATGCAATTTT-TCCCGTCAGCCCCACACTTGTACTATGTCAATGAAGTCTCTACTAAGTTTTAG-TT--AAT--AT-GCTGATACGTCAATGCCA------------------TTGT---TA-----CTAT-------GT-CCTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTCG-ACCACATCCTCACTACGC-TC-TT-CTT--A-ACATGTTC-----AAAGTT-TG----AC---------CC-------T---------GTCCATGAA---G---ACCATTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATTG-----------G-TTTCTACAGCATTCC-----------TA---------------C---------------T-----------AC---G--------TT-GTAC-A--------A---GTTCTTACTG-TGTCCACCCA-A--TTAT-T-TAA-GGATGTAGTCATAATGT---GGCTGACTATGAga
gi|20 : C---------------GCTTACAACCCAGTAA-----------AAACGCCATGCAATCCT-TCTTGCCAGTGCCACGCTTGTACTACGTCAAAGAAGTCCCTGCTAGGTTTTAG-TA--ACG--CT-GATACTACGTCAACGCCG------------------AC-T---TA-----CTAC-------GTCCCTTATTGAG-TCTT-------------------------------CACTACGT----TT-TTG--AGAC-----C-----AAAGTT-TG----ACCA----CGACC-------TCC-AC----GTCCATTAA---G---ACTATTCCAC-G-TC---------------------C--TT-ATCGTTTTCTCCTACG-TTC-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---G--------CT-GTAC-A--------A---GTTCTTACTGACATCCATCT-----TT-A-T-TGA-GAATGTAGTGGTAACGC---TGTTGAGTGT
gi|19 : ttacaaGAACGTCATGCAAT-ATGTCATGTCAGTGCAACGCTTGTACCACGTCAATGAACTCCCTGCTGGGATT-AA--G--ATACGTC-GACACTACAGCTATGCCG------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCATTTAAAGTTCTTGCTGCGTCT----CGATTCC-ATCACGTCCTCACTACGT-TT-TT-AT---A-ACATATCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCC-AC----ATCCACGGA---G---ACCACTCCAC-G-TCCTTATCGGACCACTTCAAGTCC--TT-ATCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------CTGTGTTCCAACTACAT-----------AC---G--------TT-GTAC-A--------A---GTTCTTATTG-CGTCCACCC--A--CT-T-T-TGA-GAACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGAtagtgg
gi|22 : CATGCAATCTT-TCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAG-TT--ACA--TT-GATACTACATCAATGTCA------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCG-ACCACATCCTCACTACGT-TTGTT-TTT--A-ACCTGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTAC-------TCC-AT----GTCTATGGA---G---AACATTCCAC-A-TC---------------------C--TT-ACCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------A---------------T-----------GC---G--------TT--CAC-TTAA-----A---GTT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TGA-GGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGTggg
gi|21 : CATGCAATCTT-TCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAG-TT--ACA--TT-GATACTACATCAATGTCA------------------TCGT---TA-----CTAC-------GT-CCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCG-ACCACATCCTCACTACGT-TTGTT-TTT--A-ACCTGTCC-----AAAGTT-TG----ACCA----CGTAC-------TCC-AT----GTCTATGGA---G---AACATTCCAC-A-TC---------------------C--TT-ACCG-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------A---------------T-----------GC---G--------TT--CAC-TTAA-----A---GTT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TGA-GGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGT
gi|23 : --AAG--TT-CATACTACG---------------------------TCCT---TA-----CTAC-------GT-CCCTGCCAGGTTCTCACTGCG-----------TCT-AACACGTCCCAACTA-AT-TTATT-ATG--
gi|17 : tcccctcacacacagacgaagatcatggagaccgctctgcgtcctgaaaattccgatgaacgcagcggggaagtggtcgaaatgtaaaaaatatatgtaattttc---TG-----CTAC-------GT-CCTTA-----------CTATATCC---------CT-GCAAGGCTCTCACTGCGT-CT---------A-ACACGTTCCCGTTGATTTT-TT----ACAA----CG------------C-G--------CATGAA---T---ACGCGCGCAT-A-T----------------------CGTCT-AACGC----------G-TTC-----------T-----------TA---------------C---------------T-----------ACGT-C--------CT--TAC-T--------AC--GTTCTTACTA-CGACCActtccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|24 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtccagaaagttttgcaatttttcaagttca-CCTTATAAAGTTCT----G-A--C----TGATTTG-ACAACACCCTCACTATTT-TTTTT-TTTTCA-ATATGTCC-----AAAGTT-TC----ACCA----CGTTC-------TTC-AT----GTACATGGA---G---ACAATTCCAT-G-T----------------------CC-TT-ATCA-----------G-TTT-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---C--------TT-GTAC-A--------A---GTTCTTACTG-CGTTCACAAA-A--TT-T-T-TGA-GAACATAGTGGGAATGC---GGCTGAGTGTGAagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|9 : ATTTTGACCACGTCCCCGCTGCGT----CA-TCG--A-A-ATGTTC-----AGGATT-TC----ATGG----TGTTC-------GTCTGA----GTgag
gi|8 : ccgtcaaATTTTGACCACGTCCCCGCTGCGT----CA-TCG--A-A-ATGTTC-----AGGATT-TC----ATGG----TGTTC-------GTCTGA----GTggaaaaatgtgcaattttcaagttcatatacgtccttaacacgtccccacttatttcttaccacgcgcataatcaagcgcgcatcacgcccaatgcgttcttactacgttcgtaccaatcagatctcaacacgcgcttaccacgcttacaacccagcgagaacgccatgcaatctttcccatcagcgctacggttgtactacgtcaatgaaaacactactaggtcttagttacggtgatatttcgtccatctctcgttactacgtccttattaagttcttactgcgtcctgatttgaccacgtcttctatacgctttttgttagacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacgtccaaggagaccactccacgtccttatcggcttctactgcgttcctactacgttatacaagttcttactgcgtccaatttttttgaggacgtagtggggacgcagctgagtgtgag
gi|15 : ccccgtcaa-ACCACGTCCCCACTGCGT-Tggaaaaatgtgcaattttcaagttcatatacgtccttaacacgtccccacttatttcttaccacgcgcataatcaagcgcgcatcacgcccaatgcgttcttactacgttcgtaccaatcagatctcaacacgcgcttaccacgcttacaacccagcgagaacgccatgcaatctttcccatcagcgctacggttgtactacgtcaatgaaaacactactaggtcttagttacggtgatatttcgtccatctctcgttactacgtccttattaagttcttactgcgtcctgatttgaccacgtcttctatacgctttttgttagacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacgtccaaggagaccactccacgtccttatcggcttctactgcgttcctactacgttatacaagttcttactgcgtccaatttttttgaggacgtagtggggacgcagctgagtgtgagt
gi|25 : ttgatg-TTG--A-ACAGGCTC-----AAAGTTCTGGAACACCATTCCCGTTCAAACCCGTCC-GAGTTCGTCCATGAA---GTTCGTAAT--CAG-A-C----------------------C--TTAAAAG-----------G---T-----------C-----------CA---------------C---------------T-----------CC---CGT------TT-GCACAC--------A---GTT-TGAGCC-CGTTCGGCTACA--TT-T-T-TCA-GAACGTAGTGAGAACGcaatatggtaaaaaatatactcatttcttaccacgcgcatgatcacttgcgcatcacgtccaatacgttcttactacgtccttactacattcttactacgactaattatatcacaacacgcgcttaccacgcgcttaccacgcgcttaccacgcttacaacccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|5 : ATGAACTTG---ACAATTGCAT-ATT----------------------T--TT-ATC------------A-TTT-----------C-----------GA---------------C---------------C-----------AT---------------------------------GTCCCCGCTG-CGTTCATCGA-A--CT-T-T-TCA-AGACGagttcggtgtaaagggggt
gi|28 : g-T----------------------T--TT-ACTGC----------G-TTC-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------AC---A--------TT-GTAC-A--------A---GTTCTTTCTT-CGTCCACCAA-A--TTGT-T-TGA-AGACGTAGTAGGAACGT---GGCTTAGTGTGAattatgcgtcttaacttcgtccctgccaggttcgtgctgcgtctaacacgtccccactactttcttacgacgcgcatgattacgcgcgcaacacgcccttgcgttcttactacgtccttacaacattcttactatgaccaatcagatcccaaacgcgcttaccacgcacttaccacgctaacaacgcagtgacaacgcgatgagaaagctatacaatattttccgtcagcgccacacgtgtactacgtcaatgaagtttctactaggttttagttacgtttggtactacgtcgatgacgtaataactacgtctttattaagttcttactgccttctaattcgaccacgtcctcattacgtttttttatcatgttcaaagtttaaccacgtcctccacgtccatggatacccctccacgtccttaccggtttctgctgcgttcctaatacgttggacaggttcttaatgcgtccacccaatttgttgaggacgtagtgggaacatggcagagtgtgaagg
gi|27 : tTC-----------C-----------TA---------------C---------------T-----------TC---A--------TT-GT-C-T--------AAATGTTCTTACTT-CGTCCACTTA-A--TT-T-TCTGA-GGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGAggg
gi|14 : ttctactgcgttcataACTG-CGTCC-TGTA-A--TT-T-T-TTATGAATGAAGTGGGAACAT---Ggggg
gi|7 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagc--TT-T-T-TTA-GGACGGAGTGGGAACGT---GGCTGAGTATGAgtcaaaatcgaaaaaatgtgtaattttcaagtacatactacatccctgccaggttctcactgcatctaacacctcccctactacgaccaatcagatttcaacacgcgcttaccacacttacaacgcagtgtcagagaacgccatgcaatctttcctgtcagtgccacgcttgtactacatcaatgaagtctctactaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGG
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333333333 111111111111 111111111111111111111111 111111111111111111 66666666666666666666666666 111111111111111111 1111 1111111111111111111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 1 33 2 2 11 2 333333333333333333333 55555 55555 2 22 1 2 2 000000000000 333 4444 0 22 5555 333 22 333 666 33 999999 000000000000000000000000 555 99999999 2 55555 2 444444444444444444 6666666 33333333333333333333333333 22 99999999 333 1 22 333333333333333333 333 1 333 7777 22 1 5 55 1 1111 1 1 3333 3333 5555555555555555555555555555 3333 22 22 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 2 22 55555 2 555555 8888888888888888 7 3 555 1 777777777 333
lowQualScore : . . .. . . .. . ..................... ..... ..... . .. . . . ............ ... .... . .. .... ... .. ... ... .. ...... ........................ ... ........ . ..... . .................. ....... .......................... .. ........ ... . .. .................. ... . ... .... .. . . .. . .... . . .... .... ............................ .... .. .. ................................................................................................................................................. ... . .. ..... . ...... ................ . . ... . ......... ...
lowQualScore : 1 7 44 5 2 11 1 222222222222222222222 33333 33333 1 99 5 2 1 555555555555 777 7777 5 77 7777 777 99 777 666 99 777777 999999999999999999999999 555 66666666 0 00000 0 888888888888888888 8888888 66666666666666666666666666 99 99999999 222 8 55 444444444444444444 222 8 222 7777 66 9 7 00 8 9999 8 8 9999 9999 0000000000000000000000000000 9999 55 66 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 0 88 00000 0 888888 2222222222222222 6 8 222 9 666666666 333
consensus : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-AAAA-T----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCT---TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TT--T-TT---A-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGTCC--ATGGAGACCAT--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------GC-G-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTACTG-C------GTCCAC---------CCA-A--TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
Reference ( family-10039 ) : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-AAAAAT----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCT---TACN-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TT--T-TN---A-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGTCC--ATGGAGACCAT--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------AC-G-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTACTG-C------GTCCAC---------CCA-A--TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|1 : CTCACACTCAGACGAAGACAATGAAAACCGCACTGCGTCCTA--AT-AATTTCGAAGAACGCAGCGGGGATGTGGTCGAAA-TGCTAAA-AA---T----------------ATACA-----ATTT-----T-CTAGTTCGTACTG--TGTCTTTACTACGTCTCTACCAGGTTCTCACTGCGTTTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACTCGCATG-ATCACGCGCGCA---TCAC---G--T---C---CAGT-GG------TTTCTTACAACGTCC----TTAC---TAC----------ATCCT---TACT-------A-AGACC-----A-ATC------------------AGATCACA-------AAA-TGCGC-----------TTTC-C-ACGCGCTTACCA--CACTTACAGCCCAGTGACAACGCAATGAGAACGACATGCAATAGTTTCCGTCAGCGCCACGCTGGTACTCAGTCAATGAAGTCTTTACGAAGTTATAGT---TACG-TTGATACTACGCCAGTGCC--GT------------------CGT---TAC-TGC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCATTC----TGATTTGACAACATCTTCACTACG--T-TT-TT--T-TT---A-ATATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CTA----CGTCC--TTGTAGACCAC--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------AACCACTTCACGTCCTTATCGGTTTT-----------T-----------TAC-----------T---------------GC-C-----------T-----------TCCTACTAC---A-A--GTTCAATTCTTACTG-C------GTCCA----------ATA-ATTTT-T-T---TG-AA---------GACTTAGTGGGAACGTGGCGGCTGAATGTGA
gi|10 : actG--AACAATTT-GATGAACACAGCTGAGA-GTAGTCAAAA-TGGAAAA-AA---T----------------GTGCA-----ATTT-------CAAGTTCATACTA--CATCCTTACTATGCCCCAGCCAGGTTCTCACTGTGTCTAA-CAAGTCTCC-ATTG-----------ATATCTT---AA----CACATACATA-ATTACGCATGCA---CCAC---A--T---C---CAAT-GC------ATTCTTAC------------------------------------------G-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCGCTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCTACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACGTCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTACTAAGTTCTTATTGCGTCC----TGAACTGACCACGTCCTCGCTACA--T-TT-TT--T-TT---C-ACATGTCCAAAAAT-TG----A----------------------------------------CCA----CGTCC--ATAGAGACCAT--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------GC-GTTCCTATTACAT-----------T----GTTC---A-C--G-----TTCTTACTG-C------ATCCAC---------CCA-A-----------------------------TAGTGGGTACGT---GGCTGAGTGTGAgagg
gi|11 : CTCACACTCAGACGAAGACCACGAAGACCGCACTGCGTCCTG--GA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGCAC------AAAA-TGAAAAA-AAAA------------------GTGAA-----ATTT-----T-CATATTCATACTA--CATCCTT-----------GACAGGTTGTAACTGCGTCTAA-CACATCCCC-ACTA-----------ATGTCTT---AC----CACGCGTATTTATCATGCACACA---CC--------------------------------------ACGTCC------AA---TGC----------GTTCT---T------------------------------------------------TCTCA-------AC-------------------T------CGCGCTTACCATGCGCTTACAACGC--TTATAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACCCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCATACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGTC--GTCGTTGTCGTTAAGTACTTCGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTTTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTTTTC---ACA--T-TT-TT--T-TT---ATAAATGTCC-AAGTT-TG----GCCA----CGTC-----------------------------------------------------T--TCCACGTCCTTTTC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAA-----------T---------------GC-G-----------T-----------ggg
gi|12 : cccTTTGATGAATGCAGCGGGAATGAGGTCAAAA-TG--AAA-AAAAAT----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CTTCCTTACTACTTCCCTGCCAGGTTCTCACTGC---------------------------------TTTCTT---AA----CATGTACATG-ATCACGCGTGCATTCTTAC---G--TGGAC---CAAT-CA------GATCTCAACAAGCAC----TTAC---TAC----------G--CT---TACA-------A-CG--C-----A-GTG------------------AGA
gi|12 : accg-GC------TTTCTTAACATGTACATGATCACGCGTGC----------ATTCT---TACG-------T-GGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCACTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCATCACCACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTAGGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---ATCCTTATTAAGTTCCTACCGCATCC----TGATTCGACCACATCCTCACCACG--T-C----------------CATG---GA------G----ACCA--------T-------T--------------------CAA----CGTCC--TT----ATCA--------GTTTCTACT---------------------GC----------G----------------------TTC-----------T-----------TAT-----------T---------------AC-A-----------T-----------T----------------G-----TTCTTACTA-C------GTCCAC---------CCA-ATTTT-T-T---TA-AG---------GACATAATGGGAACGT---GACTGAGTGTGacgccatgcaatctttcctgtcatcaccacatttgttctacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatactaggtcaatgccgtcgttactacatccttattaagttcctaccgcatcctgattcgaccacatcctcaccacgtccatggagaccattcaacgtccttatcagtttctactgcgttcttattacattgttcttactacgtccacccaatttttttaaggacataatgggaacgtgactgagtgtggggg
gi|13 : accgtttgatgaatgcagcgggaatgaggtcaaaatgaaaaaaaatgtgcaattttcaagttcatactacttccttactacttccctgccaggttctcactCGAAA-TGGTAAA-AA---T----------------ATGCA-----ATTT-----T-AAAGTTCATACTA--CGCCCTTTCTACAT-CCTGCCAGGTTCTCACTGC--CTAA-CACGTCCCC-ATTA-----------ATTTCTCAGAACATTACACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---G--T---TAA-CAAC-gggg
gi|13 : ------GTTCATACTACGCCC----TTTC---TACATCCTGCCAGGTTCT---CACTGCCTAACA-CGTCCCCATTA-ATT---------------------TCTCAGAACATTACA-CGCGC-----------TT-A-CCACGCGCTTACCA--CGTTAACAACCCAGTGACAACTCAATGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTTAATGAAGTCCCTACTAGGTTTAAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATACC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTCC----TGATACCACCACGTCCTCACTAAG--T-TT-TT--T-TA---A-ACATGTCCAAAGTA-CG----ACCA----CGTC-----------------------------------------------------T--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------GC-G-----------T-----------TC---CTAC--------------TACGTACTG-C------GTCCAC---------CCA-A--TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGAACGT---GGTTGAGTGTGAccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactacgtactgcgtccacccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|14 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaaCTCACACTCAAACAAAGACCATTAAGACAGCACTGCGTCCTG--TA-ATTTTTTATGAATGAAGTGGGAACATGGTCAAAA-TCG---A-AAAAAT----------------GTGTA-----ATTT-----T-CAAGTACA-------------TACTACATCCCTGCCAGGTTCTCACTGCATCTAA-CACCTCCCCTACTACGACCAATCAGATTTC-----AA----CACGCGC-TT-ACCACACTTACA---ACGCAGTG--T---CAGAGAAC-GCCATGCAATCTTTCCT--GTCA----GTGC---CAC----------GCTTG---TACT-------A-C-ATC-----A-ATG------------------AAGTCTCT-------ACga
gi|14 : ccccTCAAGTACATA---CTAC---A--T---C---C--CTGCCAG---GTTCTCACTGCATC------TAA---CAC----------CTCCCC--TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATTTCA-------ACA-C------------------------GCGCTTACCA--CACTTACAACGCAGTGTCA-------GAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTAAGT---TATG-TTGATACAACGTCAATGCT--GT------------------CGC---TAC-AAT---GCCTTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACG--TGTT-TT--T-TT---A-ACATGTTCAAAGTT-TG----ACCA----CATCC-------T--------------------CCA----CGTCC--ATGGAGACCAT--TCCACTTCTTtaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
gi|15 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagcactgcgtcctgtaattttttatgaatgaagtgggaacatggtcaaaatcgaaaaaatgtgtaatttTTGATGAACGCAGTGGGGACGTGGTCAATA-TGGTAAA-AAATATACTCATTTCTTACCACGCGCATGATCACTTGCGCAT-CACGTCCA-A-TA--CGTTCTTACTACGTCCTTACTACATTCTTACTACGACTAATTATATCACA-AC-A-----------CGCGCTT---AC----CACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---GCTT---A---CAAC-
gi|15 : -ACTC-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACTTGCGCA---TCAC---G--T---C---CAAT-AC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------ATTCT---TACT-------A-CGACT-----A-ATT------------------ATATCACA-------ACA-CGCGCTTACCACGCGCTT-A-CCACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAATGACAGCGTAATGAGAACGCCATGCAATCTTTACCGTCAGCGTTACGTTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATATCACGGCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-CAC---GTCCTTATTAAATTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACATTCTCACTACG--T-TT-TT--T-TT---A-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CTTCC--ATccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|16 : ttgatgaacgcagtggggacgtggtcaatatggtaaaaaatatCTCAGAGTCAAACGAAGTACATGAATATCACACTGCATCCTG--AA-AATTTTGAAGAAAGCTGCGGAGACGTGGTTAAAG-TTGAAAA-TTTTTT----------------TTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TG----------AT---TGCCAGGTTCTCACTGCAACTAA-CATGTCCCC-AC-------------------T---AC----AACGCGCATG-ATAACGCGTGTA---CAAA---T--T---C---CAAT-G------------------ATTC----TTAC---TAC----------GTTCT---TACT-------A-CGATC-----A-TTC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCG---------------------G---TTACCA--CACTTACAACCCAGTGACAACGCAATGAGAATGCCAAGCAATCTTTCCCTTCAGCGCAACGCTTGTACTATGTCAATGGAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTATGTCAATGCT--GT------------------TGT---TAC-TAC---GTCC
gi|17 : ccaacCTCACACTCAGACAAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCAG--AA-AGTTTTG
gi|17 : ccccAG-AAAGTT----------------TTGCA-----ATTT-----TTCAAGTTCATGCTA--CGTCCTTACTATATCCCTGCAAGGCTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCC-GTTG-----------ATTTTTT---AC----AACGCGCATG-AATACGCGCGCA---TATC---G--T---C---TAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCT---TACT-------A-CGACC-----A-AGC------------------AGATCACA-------ACA----------------------------------CA--CGGTAACAACCCAGTGAC--------GAG-ACGCCATGCAATATTTCTCGTCAGCCCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTATT---AACG-TATATACGACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TCATcaatttttcaagttcatgctacgtccttactatatccctgcaaggctctcactgcgtctaacacgttcccgttgattttttacaacgcgcatgaatacgcgcgcatatcgtctaacgcgttcttactacgtccttactacgttcttactacgaccaagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|18 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtcc----------GCTCT---TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA------------------------------A-C-ACGTGCTTACCA--CACTTTCAACCCAGTGAC-----------AACGCCATGCAATTTTTCCCGTCAGCCCCACACTTGTACTATGTCAATGAAGTCTCTACTAAGTTTTAGTTAATATG-CTGA---TACGTCAATGCC--AT------------------TGT---TAC-TAT---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTCGACCACATCCTCACTACG--C-TC-TT--C-TT---A-ACATGTTCAAAGTT-TG----AC---------CC-------T----------------------------GTCC--ATGAAGACCAT--TCCACGTCCTTATT---------------------G-----------G----------------------TTTCTACAGCATTCC-----------TAC-----------T---------------AC-G-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTACTG-T------GTCCAC---------CCA-A--TTAT-T---TA-AG---------GATGTAGTCATAATGT---GGCTGACTATGA
gi|19 : GAACGTCATGCAATATGTCATGTCAGTGCAACGCTTGTACCACGTCAATGAACTCCCTGCTGGGATTAAGA---TACG-TCGACACTACAGCTATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCATTTAAAGTTCTTGCTGCGTCT----CGATTCCATCACGTCCTCACTACG--T-TT-TT--A-T----A-ACATATCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------TCCACATCCACGGAGACCACTCCA----CGTCCTTATCG-GACCAC--TTCAAGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------TGTGTTCCAACTACATAC-G-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTATTG-C------GTCCAC---------CCA----CT-T-T---TG-AG---------AACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|2 : CACATTCATAAGAAGACCA---AGACTAAAA---GTCCTA--AA-GATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-CGGAAAA-AA---C----------------GTGCG-----ATTT-----T-TAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACATCGCTTCCAGATTATCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-GCTA-----------ATATCTT---AC----CACGCGCATA-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---AAAT-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCTTATTACG-------ACCAATC-----ATATCTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNN-NNNNN-----------NN-N-N-NNNNNNNNNNNN--TGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAGTCTTTCCCATCAGCACCATGCTTGTACTACTTCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTTATT---TACG-TTGATACTGCGTCATTGCT--GT------------------CAT---TAT-CTC---GTCATTATTAGGTTCTTACTGCTTTC----TGATTCAACCATGTCCTCACTACG--T-TT-TT--T-T----A-ACATGTTCAAAGTT-TA----ACCA----CGTCT-------T--------------------CCA----CGTCC--ATGTATACCAT--TCCACGACCTTATC---------------------G-----------A----------------------TTT-----------C-----------CAC-----------T---------------GC-G-----------TTATTACTACACT----GTAC---A-A--A-----TTCTTACTG-C------GTCCAC---------CTG-A--TT-T-T---TA-AG---------GACGTTGTGGGAACGT---GGCTGATTGTGAggg
gi|20 : TTACAA--CGCTTACAACCCAGTAA-----------AAACGCCATGCAATCCTTCTTGCCAGTGCCACGCTTGTACTACGTCAAAGAAGTCCCTGCTAGGTTTTAGT---AACG-CTGATACTACGTCAACGCC--GA------------------C-T---TAC-TAC---GTCC----------CTTATTGAGTCT----T----------------CACTACG-----T-TT--T-TG---A-----GACCAAAGTT-TG----ACCA----CGACC-------T--------------------CCA----CGTCC--ATTAAGACTAT--TCCACGTCCTTATC---------------------GTTTTCTCCTACG----------------------TTC-----------C-----------TAC-----------T---------------AC-G-----------C-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTACTGAC------ATCCAT---------C------TT-TAT---TG-AG---------AATGTAGTGGTAACGC---TGTTGAGTGTgat
gi|21 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTT--T-TT---A-ACCTGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTAC-------T--------------------CCA----TGTCT--ATGGAGAACAT--TCCACATCCTTACC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAA-----------T---------------GC-G-----------T-----------T-----CACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-C------ATCCAC---------CCA-A--TTAT-T---TG-AG---------GATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGTtagtgg
gi|22 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTT--T-TT---A-ACCTGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTAC-------T--------------------CCA----TGTCT--ATGGAGAACAT--TCCACATCCTTACC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAA-----------T---------------GC-G-----------T-----------T-----CACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-C------ATCCAC---------CCA-A--TTAT-T---TG-AG---------GATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGT
gi|23 : CTCACACACAGACGAAGATCATGGAGACCGCTCTGCGTCCTG--AA-AATTCCGATGAACGCAGCGGGGAAGTGGTCGAAA-TGTAAAA-AATA-T----------------ATGTA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCA-ACTA-----------ATTTATT---A
gi|24 : tcccCCTTATAAAGTTCTGACTG-----------ATTTGACAACACCCTCACTATT--T-TT-TT--T-TTTTCA-ATATGTCCAAAGTT-TC----ACCA----CGTTC-------T--------------------TCA----TGTAC--ATGGAGACAAT--TCCATGTCCTTATC---------------------A-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------AC-C-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTACTG-C------GTTCAC---------AAA-A--TT-T-T---TG-AG---------AACATAGTGGGAATGC---GGCTGAGTGTGAtgcttccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|25 : --T-TG---A-ACAGGCTCAAAGTTCTGGAACACCATTCCCGTTCAAACCCGT--------------------CCGAGTTCGTCC--ATGAAGTTCGTAATC-A-GACCTTAAAA--------------------G-----------G----------------------T-------------C-----------CAC-----------T---------------CCCG-----------T-----------TT---GCAC---ACA--G-----TT-TGAGCC-C------GTTCGG---------CTACA--TT-T-T---TC-AG---------AACGTAGTGAGAACG----AGTTCGGTGTAAgag
gi|26 : CTCACACTCAGACGGAGGCCATGAAGACAGCCCTGCGTCCTGAAAA-AAAATCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGCTAA----------------------------A-----ACTT-----T-CAAGTTCATATTA--Cagggggt
gi|27 : CGTTCATATC----------------------------------------------------------------------C-----------TAC-----------T---------------TC-A-----------T-----------T----GTCT---A-AATG-----TTCTTACTT-C------GTCCAC---------TTA-A--TT-T-TC--TG-AG---------GACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|28 : ttctactg-----------G----------------------TTC-----------C-----------TAC-----------T---------------AC-A-----------T-----------T----GTAC---A-A--G-----TTCTTTCTT-C------GTCCAC---------CAA-A--TTGT-T---TG-AA---------GACGTAGTAGGAACGT---GGCTTAGTGTGAgggg
gi|3 : tttttactgcCTCACACTCAGACGAAGACAATGAAGATCGCACTGCGTCCTG--AC-AATTTCGATGAACGCAGCGAGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAAAAAAAAT----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGACTTTATCATGTCCCTGCCAAGTTCTCACTGCGTCTAA-CATGTCCCC-AATA-----------ATTTTTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGTA---CCAC---A--C---C---CAAC-GC------GTTCTTAATACATCC----TTAC---TAC----------GTTCT---TACG-------T-CGACC-------ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CACGC-----------TC-A-CGACGCGCTTATCG--CGCTTACAACCCAGTGACATCATAGTGAGAACGCCATGCAATCATTCCCGTCAGCACCACGCGTGTACTGCGTCAATGAGGTCCCTACTAGGATTTAAT---GAAA-TTGATACTACGCCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTGAGTTCTTTCTGCATCC----TGATTCTACCACGTCCTCACTGCG--T-TTGTT--T-TG---A-ACATGTTCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------TCG----AGTCC--ATGAAGACAAT--TCCACAT-CTTATC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------AC-C-----------T-----------T----GTAC---T-A--G-----TTCTTACTG-C------GTCCAC---------CTA-A--TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGAACGT---GACTGAGTGTGAggg
gi|4 : CACTCAGACGAAGACAATGATGACGGCTCTGCATCCTG--AA-AATTTTGATGAATGCAGCGGGGACATGGTCCAAA-TGG---T-AAAAAT----------------ATGCA--------------------------------GTCCTTACTACATCCTTACCAGGTTCTCAAGGTTTCTAA-CATGTCCCA-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCACATG-ATCACACGCGCA---TCAC---G--T---C---CATT-GC------TTTTTTACTATGTCC----TTAC---AAC----------ATTCT---TACT-------A-CAACC-----A-ATC------------------AG--CTC--------ACA--------------------A-C-ACACGCTTACCA--CGCTAACTGCCCAGTGACAATGCAATAAGAATGCCATCCAATCTTTCCCGTCGGTACCACACTTCTACTATGTCAATGAAGT-CATACTACGTTTTAGT---TAC-----ATGCAATGTCCTTATTAAGT------------------TTT---TACATGCAATGTCCTTATTAAGTTCTT-CTGCGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACA--T-AC-TT--T-T----A-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACTA----CATCC-------T--------------------CCA----TGTCC--ATGGAGACCAC--TCCACGTCCTTATCGGACCACTCCATGTCCTTATCG-----------G----------------------TTT-----------C-----------TAC-----------T---------------GC-GTTCCTACTATAT-----------T----GTAC---A-A--T-----TTC-TATTG-C------GTCCAC---------CCA-AT-TT-T-T---TG-AG---------AATGTAGTTGGAATGT---GGCTGAGTGTGAttag
gi|5 : cccGCGTCTTG--AA-AAGTTCGATGAACGCAGCGGGGACATGGTCGAAA-TG---AT-AAAAAT----------------ATGCA-----ATTG-----T-CAAGTTCATATTATGCGTCTTAACTTCGTCCCTGCCAGGTTCGTGCTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------CTTTCTT---AC----GACGCGCATG-ATTACGCGCGCA---ACAC---G--C---C---CT-T-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---AAC----------ATTCT---TACT-------A-TGACC-----A-ATC------------------AGATCCCA-------A-A-CGCGC-----------TT-ACC-ACGCACTTACCA--CGCTAACAACGCAGTGACAACGCGATGAGAAAGCTATACAATATTTTCCGTCAGCGCCACACGTGTACTACGTCAATGAAGTTTCTACTAGGTTTTAGT---TACGTTTGGTACTACGTCGATGAC--GT------------------AAT---AAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTACTGCCTTC----TAATTCGACCACGTCCTCATTACG--T-TT-TT--T-T----A-TCATGTTCAAAGTT-TA----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGTCC--ATGGATACCCC--TCCACGTCCTTACC---------------------G-----------G----------------------TTT-----------C-----------TGCTGCGTTCCTAAT---------------AC-G-----------T-----------T----GGAC---A-G--G-----TTCTTAATG-C------GTCCAC---------CCA-A--TT-TGT---TG-AG---------GACGTAGTGGGAACAT---GGCAGAGTGTGAggg
gi|6 : ACGAATACCATGAAGACCGCATTGCGTCATA--AA-A--TTCGATGAACGCAGCGGGAACGTGGTCAAAAATG----A-AGAAAT----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTTATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCA-ATTA-----------ATTTCTT---A-------------------ACACGCGCA--------------------------------------TGATCACGTCT----TTAC---TTA----------GTTCT---CACA-------A-CGACC-----A--TC------------------AGATCTCA-------AC-----------------------C--CGCGCTTACTA--CGTTTACAACTCAGTGACAACGCAGTGAGAACGTCATGCAATCTTTCACAACAGCACCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCCCTACAATGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTTAATGCC--GT------------------CGT---TAC-AAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGCCC----TGATTCGACCAAGTTCTCACTACGTCT-TT-TT--T-TT---A-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTGT-------T--------------------TCG----CGTTC--CTGGAGACTAT--TCCACGTCCTTATC---------------------A-----------G------------------------A-----------C-----------CAC-----------TCC-------------AC-G-----------TC----------C----TTAT---C-G--G-----TTTTTACTG-CGTCTCAGTCTACTACGTTGTACGA-G--TT-C-TTACTG-AGTACAACCAAGACGTAATGGGAACTT---GGCTAAGTGTGAagg
gi|7 : CCCACATTCAGACGAAGACCATAAAGACCGCTATGTTTTCCG--AA-AATGTCGATGACCACAGTGGGGACATGGTCAAAA-TGGTAAA-AC---T----------------ATGTA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TATTCTTACTACATCTCTGCCAGATTCTCACTGCGTT----------CCA-ACTA-----------ATTACTT---AC----CACGCACATG-ATCACGCACGCA---TCAC---G--T---T---CAAT-GC------GTTCTTACTGCAT----------------------------TCT---TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGAT---A-------ACATCACGC-----------TT-A-C-A-------ACC---CAGTGACAACGCAGTAACAACGCAATGAGAACGCCATGCAATCTTCCCCGTCAGTACCACGCCTGTACCCCGTCAATGAATTCCCTACTAGGTTTTTGC---TACG-TTGAGACTACGTCAATGCC--GC------------------CGTAACTAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTATTGCATCC----TGATTCACCCACGCCCTCACTACG--T-TT-TT--TCTA---A-ACATGTCCAAAATT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGGCC--ATGGATACCAT--TTCACGTCTTTATC---------------------G-----------ggg
gi|7 : cccaCA-A--TT-T-T---TTTAG---------GACGGAGTGGGAACGT---GGCTGAGTATGAcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|8 : cccacccacattcagacgaagaccataaagaccgctatgttttccgaaaatgtcgatgaccacagtggggacatggtcaaaatggtaaaactatgtaattttcaagttcatactatattcttactacatctctgccagattctcactgcgttccaactaattacttaccacgcacatgatcacgcacgcatcacgttcaatgcgttcttactgcattcttactacgaccaatcagataacatcacgcttacaacccagtgacaacgcagtaacaacgcaatgagaacgccatgcaatcttccccgtcagtaccacgcctgtaccccgtcaatgaattccctactaggtttttgctacgttgagactacgtcaatgccgccgtaactactacgtctttattaagttcttattgcatcctgattcacccacgccctcactacgttttttctaaacatgtccaaaatttgaccacgtcctccacggccatggataccatttcacgtctttatcgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-A----T----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT---------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCAT-CT--CT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGT-TA---G-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGTCC--AAGGAGACCAC--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------CTT-----------CTACTGCGTTCCTAC-----------T---------------AC-G-----------T-----------T----ATAC---A-A--G-----TTCTTACTG-C------GTCCAA---------TT-----TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgggg
gi|9 : ccccgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-A----T----------------GTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT---------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCAT-CT--CT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGT-TA---G-ACATGTCCAAAGTT-TG----ACCA----CGTCC-------T--------------------CCA----CGTCC--AAGGAGACCAC--TCCACGTCCTTATC---------------------G-----------G----------------------CTT-----------CTACTGCGTTCCTAC-----------T---------------AC-G-----------T-----------T----ATAC---A-A--G-----TTCTTACTG-C------GTCCAA---------TT-----TT-T-T---TG-AG---------GACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111111111 111111111111111111 66666666666666666666666666 111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111 5555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 1 33 2 2 99 99999999999999999999999999 55555 55555 2 22 1 2 2 00000000000 333 4444 0 22 5555 333 22 333 666 33 999999 000000000000000000000000 333 2 88888888 2 55555 2 444444444444444444 6666666 33333333333333333333333333 22 99999999 333 1 22 333333333333333333 333 1 333 7777 9999 5 3 555 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999999999 222222222222222 5555555555555555555555555555555555555 333 777 2 22 55555 2 0 1 77 7 3 1 1 333
lowQualScore : . . .. . . .. .......................... ..... ..... . .. . . . ........... ... .... . .. .... ... .. ... ... .. ...... ........................ ... . ........ . ..... . .................. ....... .......................... .. ........ ... . .. .................. ... . ... .... .... . . ... . ......................................................................................... ........... ............... ..................................... ... ... . .. ..... . . . .. . . . . ...
lowQualScore : 1 7 44 5 2 77 55555555555555555555555555 33333 33333 1 99 5 2 1 00000000000 777 7777 5 77 7777 777 99 777 666 99 777777 999999999999999999999999 555 0 55555555 0 00000 0 888888888888888888 8888888 66666666666666666666666666 99 99999999 222 8 55 444444444444444444 222 8 222 7777 3333 7 8 222 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 555555555555555 0000000000000000000000000000000000000 555 000 0 88 00000 0 1 9 11 6 8 9 9 333
consensus : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
Reference ( family-10039 ) : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|1 : CTCACACTCAGACGAAGACAATGAAAACCGCACTGCGTCCTA--AT-AATTTCGAAGAACGCAGCGGGGATGTGGTCGAAA-TGCTAAA-----AA-------------------TATACA-----ATTT-----T-CTAGTTCGTACTG--TGTCTTTACTACGTCTCTACCAGGTTCTCACTGCGTTTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACTCGCATG-ATCACGCGCGCA---TCAC---G--T---C---CAGT-GG------TTTCTTACAACGTCC----TTAC---TAC----------ATCC---T-TACT-------A-AGACC-----A-ATC------------------AGATCACA-------AAA-TGCGC-----------TTTC-C-ACGCGCTTACCA--CACTTACAGCCCAGTGACAACGCAATGAGAACGACATGCAATAGTTTCCGTCAGCGCCACGCTGGTACTCAGTCAATGAAGTCTTTACGAAGTTATAGT---TACG-TTGATACTACGCCAGTGCC--GT------------------CGT---TAC-TGC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCATTC----TGATTTGACAACATCTTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ATATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCTACGTCCTTGTAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------AACCACTTCACGTCCTTATCGGTTTT-----------TTACTG---------------CC-----------T---------------TCCTA----CT---AC---A-A--GTTCAATTCTTACTG-CGTCCA-ATA-ATTTT-T-T-TG-AAGACTTAGTGGGAACGTGGCGGCTGAATGTGA
gi|10 : actG--AACAATTT-GATGAACACAGCTGAGA-GTAGTCAAAA-TGGAAAA-----AA-------------------TGTGCA-----ATTT-------CAAGTTCATACTA--CATCCTTACTATGCCCCAGCCAGGTTCTCACTGTGTCTAA-CAAGTCTCC-ATTG-----------ATATCTT---AA----CACATACATA-ATTACGCATGCA---CCAC---A--T---C---CAAT-GC------ATTCTTAC-------------------------------G-------------------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCGCTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCTACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACGTCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTACTAAGTTCTTATTGCGTCC----TGAACTGACCACGTCCTCGCTACA--T-TT-TTT-TT---C-ACATGTCCAAAAATTGA---------CCACGTCCATAGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTATTACAT---------------T--------GT---TC---A-C--G-----TTCTTACTG-CATCCACCCA-A------------------TAGTGGGTACGT---GGCTGAGTGTGAgagg
gi|11 : CTCACACTCAGACGAAGACCACGAAGACCGCACTGCGTCCTG--GA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGCAC------AAAA-TGAAAAA-----AAA-----------------A-GTGAA-----ATTT-----T-CATATTCATACTA--CATCCTT-----------GACAGGTTGTAACTGCGTCTAA-CACATCCCC-ACTA-----------ATGTCTT---AC----CACGCGTATTTATCATGCACACA---CC--------------------------------------ACGTCC------AA---TGC----------GTTC---T-T------------------------------------------------TCTCA-------AC-------------------T------CGCGCTTACCATGCGCTTACAACGC--TTATAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACCCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCATACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGTC--GTCGTTGTCGTTAAGTACTTCGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTTTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTTTTC---ACA--T-TT-TTT-TT---ATAAATGTCC-AAGTTTGGCCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTT---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------ggg
gi|12 : cccTTTGATGAATGCAGCGGGAATGAGGTCAAAA-TG-AAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CTTCCTTACTACTTCCCTGCCAGGTTCTCACTGC---------------------------------TTTCTT---AA----CATGTACATG-ATCACGCGTGCATTCTTAC---G--TGGAC---CAAT-CA------GATCTCAACAAGCAC----TTAC---TAC----------G--C---T-TACA-------A-CG--C-----A-GTG------------------AGA
gi|12 : accg-GC------TTTCTTAACATGTACATGATCACGCGTGC----------ATTC---T-TACG-------T-GGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCACTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCATCACCACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTAGGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---ATCCTTATTAAGTTCCTACCGCATCC----TGATTCGACCACATCCTCACCACG--T-C--------------CATG---GA-----GACCA----TTCAACGTCCTT----ATCA------GTTTCTA---------------------CT---------------------GC--------------------G----------------------TTC-----------TTATTA---------------CA-----------T---------------T-----------------------G-----TTCTTACTA-CGTCCACCCA-ATTTT-T-T-TA-AGGACATAATGGGAACGT---GACTGAGTGTGacgccatgcaatctttcctgtcatcaccacatttgttctacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatactaggtcaatgccgtcgttactacatccttattaagttcctaccgcatcctgattcgaccacatcctcaccacgtccatggagaccattcaacgtccttatcagtttctactgcgttcttattacattgttcttactacgtccacccaatttttttaaggacataatgggaacgtgactgagtgtggggg
gi|13 : accgtttgatgaatgcagcgggaatgaggtcaaaatgaaaaaaaatgtgcaattttcaagttcatactacttccttactacttccctgccaggttctcactCGAAA-TGGTAAA-----AA-------------------TATGCA-----ATTT-----T-AAAGTTCATACTA--CGCCCTTTCTACAT-CCTGCCAGGTTCTCACTGC--CTAA-CACGTCCCC-ATTA-----------ATTTCTCAGAACATTACACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---G--T---TAA-CAAC-gggg
gi|13 : ------GTTCATACTACGCCC----TTTC---TACATCCTGCCAGGTTC---T-CACTGCCTAACA-CGTCCCCATTA-ATT---------------------TCTCAGAACATTACA-CGCGC-----------TT-A-CCACGCGCTTACCA--CGTTAACAACCCAGTGACAACTCAATGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTTAATGAAGTCCCTACTAGGTTTAAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATACC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTCC----TGATACCACCACGTCCTCACTAAG--T-TT-TTT-TA---A-ACATGTCCAAAGTACGACCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------TC-------CT---AC--------------TACGTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGTTGAGTGTGAccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactacgtactgcgtccacccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|14 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaaCTCACACTCAAACAAAGACCATTAAGACAGCACTGCGTCCTG--TA-ATTTTTTATGAATGAAGTGGGAACATGGTCAAAA-TCG--AA-----AAA-----------------ATGTGTA-----ATTT-----T-CAAGTACA-------------TACTACATCCCTGCCAGGTTCTCACTGCATCTAA-CACCTCCCCTACTACGACCAATCAGATTTC-----AA----CACGCGC-TT-ACCACACTTACA---ACGCAGTG--T---CAGAGAAC-GCCATGCAATCTTTCCT--GTCA----GTGC---CAC----------GCTT---G-TACT-------A-C-ATC-----A-ATG------------------AAGTCTCT-------ACga
gi|14 : ccccTCAAGTACATA---CTAC---A--T---C---C--CTGCCAG---GTTCTCACTGCATC------TAA---CAC----------CTCC---CCTACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATTTCA-------ACA-C------------------------GCGCTTACCA--CACTTACAACGCAGTGTCA-------GAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTAAGT---TATG-TTGATACAACGTCAATGCT--GT------------------CGC---TAC-AAT---GCCTTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACG--TGTT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACATCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACTTCTTtaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
gi|15 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagcactgcgtcctgtaattttttatgaatgaagtgggaacatggtcaaaatcgaaaaaatgtgtaatttTTGATGAACGCAGTGGGGACGTGGTCAATA-TGGTAAA-----AAATATACTCATTTCTTACCACGCGCATGATCACTTGCGCAT-CACGTCCA-A-TA--CGTTCTTACTACGTCCTTACTACATTCTTACTACGACTAATTATATCACA-AC-A-----------CGCGCTT---AC----CACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---GCTT---A---CAAC-
gi|15 : -ACTC-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACTTGCGCA---TCAC---G--T---C---CAAT-AC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------ATTC---T-TACT-------A-CGACT-----A-ATT------------------ATATCACA-------ACA-CGCGCTTACCACGCGCTT-A-CCACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAATGACAGCGTAATGAGAACGCCATGCAATCTTTACCGTCAGCGTTACGTTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATATCACGGCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-CAC---GTCCTTATTAAATTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACATTCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACTTCCATccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|16 : ttgatgaacgcagtggggacgtggtcaatatggtaaaaaatatCTCAGAGTCAAACGAAGTACATGAATATCACACTGCATCCTG--AA-AATTTTGAAGAAAGCTGCGGAGACGTGGTTAAAG-TTGAAAATTTTT---------------------TTTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TG----------AT---TGCCAGGTTCTCACTGCAACTAA-CATGTCCCC-ACTA----------------------C----AACGCGCATG-ATAACGCGTGTA---CAAA---T--T---C---CAAT-G------------------ATTC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGATC-----A-TTC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCG-----------------------G-TTACCA--CACTTACAACCCAGTGACAACGCAATGAGAATGCCAAGCAATCTTTCCCTTCAGCGCAACGCTTGTACTATGTCAATGGAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTATGTCAATGCT--GT------------------TGT---TAC-TAC---GTCC
gi|17 : ccaacCTCACACTCAGACAAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCAG--AA-AGTTTTG
gi|17 : ccccAGA-----AAG-----------------TTTTGCA-----ATTT-----TTCAAGTTCATGCTA--CGTCCTTACTATATCCCTGCAAGGCTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCC-GTTG-----------ATTTTTT---AC----AACGCGCATG-AATACGCGCGCA---TATC---G--T---C---TAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-AGC------------------AGATCACA-------ACA----------------------------------CA--CGGTAACAACCCAGTGAC--------GAG-ACGCCATGCAATATTTCTCGTCAGCCCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTATT---AACG-TATATACGACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TCATcaatttttcaagttcatgctacgtccttactatatccctgcaaggctctcactgcgtctaacacgttcccgttgattttttacaacgcgcatgaatacgcgcgcatatcgtctaacgcgttcttactacgtccttactacgttcttactacgaccaagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|18 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtcc----------GCTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA------------------------------A-C-ACGTGCTTACCA--CACTTTCAACCCAGTGAC-----------AACGCCATGCAATTTTTCCCGTCAGCCCCACACTTGTACTATGTCAATGAAGTCTCTACTAAGTTTTAGTTAATATG-CTGA---TACGTCAATGCC--AT------------------TGT---TAC-TAT---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTCGACCACATCCTCACTACG--C-TC-TTC-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGAC-----CCT----GTCCATGAAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TT---------------------G---------------------G----------------------TTTCTACAGCATTCCTACTA---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-TGTCCACCCA-A--TTAT-T-TA-AGGATGTAGTCATAATGT---GGCTGACTATGA
gi|19 : GAACGTCATGCAATATGTCATGTCAGTGCAACGCTTGTACCACGTCAATGAACTCCCTGCTGGGATTAAGA---TACG-TCGACACTACAGCTATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCATTTAAAGTTCTTGCTGCGTCT----CGATTCCATCACGTCCTCACTACG----TT-TTT-AT---A-ACATATCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACATCCACGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GGACCACTTCAAGTCCTTATCGG----------------------TTT-----------CTACTGTGTTCCAACTACATACG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTATTG-CGTCCACCC--A--CT-T-T-TG-AGAACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|2 : CACATTCATAAGAAGACCA---AGACTAAAA---GTCCTA--AA-GATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-CGGAAAA-----AA-------------------CGTGCG-----ATTT-----T-TAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACATCGCTTCCAGATTATCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-GCTA-----------ATATCTT---AC----CACGCGCATA-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---AAAT-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCTTAT-TACG-------ACCAATC-----ATATCTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNN-NNNNN-----------NN-N-N-NNNNNNNNNNNN--TGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAGTCTTTCCCATCAGCACCATGCTTGTACTACTTCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTTATT---TACG-TTGATACTGCGTCATTGCT--GT------------------CAT---TAT-CTC---GTCATTATTAGGTTCTTACTGCTTTC----TGATTCAACCATGTCCTCACTACG----TT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTAACCACGTCTTCCACGTCCATGTATACCATTCCACGACCTTA---------------------TC---------------------G---------------------A----------------------TTT-----------CCACTG---------------CG-----------TTATTACTACAC----T--------GT---AC---A-A--A-----TTCTTACTG-CGTCCACCTG-A--TT-T-T-TA-AGGACGTTGTGGGAACGT---GGCTGATTGTGAggg
gi|20 : TTACAA--CGCTTACAACCCAGTAA-----------AAACGCCATGCAATCCTTCTTGCCAGTGCCACGCTTGTACTACGTCAAAGAAGTCCCTGCTAGGTTTTAGT---AACG-CTGATACTACGTCAACGCC--GA------------------C-T---TAC-TAC---GTCC----------CTTATTGAGTCT----T----------------CACTACG-------TTT-TT---G-AGA---CCAAAGTTTGACCACGACCTCCACGTCCATTAAGACTATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GTTTTCTCCTAC----------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CG-----------C---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTGACATCCATC------TT-TAT-TG-AGAATGTAGTGGTAACGC---TGTTGAGTGTgat
gi|21 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGTtagtgg
gi|22 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGT
gi|23 : CTCACACACAGACGAAGATCATGGAGACCGCTCTGCGTCCTG--AA-AATTCCGATGAACGCAGCGGGGAAGTGGTCGAAA-TGTAAAA-----AAT-----------------ATATGTA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCA-ACTA-----------ATTTATT---A
gi|24 : tcccCCTTATAAAGTTCTGACTG-----------ATTTGACAACACCCTCACTATT--T-TT-TTT-TTTTCA-ATATGTCCAAAGTTTCACCACGTTCTTCATGTACATGGAGACAATTCCATGTCCTTA---------------------TC---------------------A---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTTCACAAA-A--TT-T-T-TG-AGAACATAGTGGGAATGC---GGCTGAGTGTGAtgcttccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|25 : -----------T---------------T--------GC---AC---ACA--G-----TT-TGAGCC-CGTTCGGCTACA--TT-T-T-TC-AGAACGTAGTGAGAACG----AGTTCGGTGTAAgag
gi|26 : ttgaacaggctcaaagttctggaacaccattcccgttcaaacccgtccgagttcgtccatgaagttcgtaatcagaccttaaaaggtccactcccgtCTCACACTCAGACGGAGGCCATGAAGACAGCCCTGCGTCCTGAAAA-AAAATCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGCTAA--------------------------------A-----ACTT-----T-CAAGTTCATATTA--Cagggggt
gi|27 : CGTTCATA---------------------TC--------------------------------------------------------------------------------CTACTT---------------CA-----------T---------------T--------GT---CT---A-AATG-----TTCTTACTT-CGTCCACTTA-A--TT-T-TCTG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|28 : ttctactg---------------------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CA-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTTCTT-CGTCCACCAA-A--TTGT-T-TG-AAGACGTAGTAGGAACGT---GGCTTAGTGTGAgggg
gi|3 : tttttactgcCTCACACTCAGACGAAGACAATGAAGATCGCACTGCGTCCTG--AC-AATTTCGATGAACGCAGCGAGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAAAA---AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGACTTTATCATGTCCCTGCCAAGTTCTCACTGCGTCTAA-CATGTCCCC-AATA-----------ATTTTTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGTA---CCAC---A--C---C---CAAC-GC------GTTCTTAATACATCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACG-------T-CGACC-------ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CACGC-----------TC-A-CGACGCGCTTATCG--CGCTTACAACCCAGTGACATCATAGTGAGAACGCCATGCAATCATTCCCGTCAGCACCACGCGTGTACTGCGTCAATGAGGTCCCTACTAGGATTTAAT---GAAA-TTGATACTACGCCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTGAGTTCTTTCTGCATCC----TGATTCTACCACGTCCTCACTGCG--T-TTGTTT-TG---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACGTCCTTCGAGTCCATGAAGACAATTCCACAT-CTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---T-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCTA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GACTGAGTGTGAggg
gi|4 : CACTCAGACGAAGACAATGATGACGGCTCTGCATCCTG--AA-AATTTTGATGAATGCAGCGGGGACATGGTCCAAA-TGG--TA-----AAA-----------------ATATGCA--------------------------------GTCCTTACTACATCCTTACCAGGTTCTCAAGGTTTCTAA-CATGTCCCA-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCACATG-ATCACACGCGCA---TCAC---G--T---C---CATT-GC------TTTTTTACTATGTCC----TTAC---AAC----------ATTC---T-TACT-------A-CAACC-----A-ATC------------------AG--CTC--------ACA--------------------A-C-ACACGCTTACCA--CGCTAACTGCCCAGTGACAATGCAATAAGAATGCCATCCAATCTTTCCCGTCGGTACCACACTTCTACTATGTCAATGAAGT-CATACTACGTTTTAGT---TAC-----ATGCAATGTCCTTATTAAGT------------------TTT---TACATGCAATGTCCTTATTAAGTTCTT-CTGCGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACA----TA-CTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACTACATCCTCCATGTCCATGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TCGGACCACTCCATGTCCTTATCG---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTACTATAT---------------T--------GT---AC---A-A--T-----TTC-TATTG-CGTCCACCCA-AT-TT-T-T-TG-AGAATGTAGTTGGAATGT---GGCTGAGTGTGAttag
gi|5 : cccGCGTCTTG--AA-AAGTTCGATGAACGCAGCGGGGACATGGTCGAAA-TG--ATA-----AAA-----------------ATATGCA-----ATTG-----T-CAAGTTCATATTATGCGTCTTAACTTCGTCCCTGCCAGGTTCGTGCTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------CTTTCTT---AC----GACGCGCATG-ATTACGCGCGCA---ACAC---G--C---C---CT-T-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---AAC----------ATTC---T-TACT-------A-TGACC-----A-ATC------------------AGATCCCA-------A-A-CGCGC-----------TT-ACC-ACGCACTTACCA--CGCTAACAACGCAGTGACAACGCGATGAGAAAGCTATACAATATTTTCCGTCAGCGCCACACGTGTACTACGTCAATGAAGTTTCTACTAGGTTTTAGT---TACGTTTGGTACTACGTCGATGAC--GT------------------AAT---AAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTACTGCCTTC----TAATTCGACCACGTCCTCATTACG----TT-TTT-TT---A-TCATGTTCAAAGTTTAACCACGTCCTCCACGTCCATGGATACCCCTCCACGTCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTGCTG---------------CG-----------T---------------TCCTAATACGTTGGAC---A-G--G-----TTCTTAATG-CGTCCACCCA-A--TT-TGT-TG-AGGACGTAGTGGGAACAT---GGCAGAGTGTGAggg
gi|6 : ACGAATACCATGAAGACCGCATTGCGTCATA--AA-A--TTCGATGAACGCAGCGGGAACGTGGTCAAAAATG---AA-----GAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTTATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCA-ATTA-----------ATTTCTT---A-------------------ACACGCGCA--------------------------------------TGATCACGTCT----TTAC---TTA----------GTTC---T-CACA-------A-CGACC-----A--TC------------------AGATCTCA-------AC-----------------------C--CGCGCTTACTA--CGTTTACAACTCAGTGACAACGCAGTGAGAACGTCATGCAATCTTTCACAACAGCACCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCCCTACAATGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTTAATGCC--GT------------------CGT---TAC-AAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGCCC----TGATTCGACCAAGTTCTCACTACGTCT-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTGTTTCGCGTTCCTGGAGACTATTCCACGTCCTTATCAGACCACTCCACGTCCTTATC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------TTACTG---------------CG-----------TCTCAGTCTACTACGTT--------GT---AC---G-A--G-----TTCTTACTG-AGTACAACCA-A--------------GACGTAATGGGAACTT---GGCTAAGTGTGAagg
gi|7 : CCCACATTCAGACGAAGACCATAAAGACCGCTATGTTTTCCG--AA-AATGTCGATGACCACAGTGGGGACATGGTCAAAA-TGGTAAA-----ACT-----------------ATGT--A-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TATTCTTACTACATCTCTGCCAGATTCTCACTGCGTT----------CCA-ACTA-----------ATTACTT---AC----CACGCACATG-ATCACGCACGCA---TCAC---G--T---T---CAAT-GC------GTTCTTACTGCAT----------------------------TC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGAT---A-------ACATCACGC-----------TT-A-C-A-------ACC---CAGTGACAACGCAGTAACAACGCAATGAGAACGCCATGCAATCTTCCCCGTCAGTACCACGCCTGTACCCCGTCAATGAATTCCCTACTAGGTTTTTGC---TACG-TTGAGACTACGTCAATGCC--GC------------------CGTAACTAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTATTGCATCC----TGATTCACCCACGCCCTCACTACG--T-TT-TTT-CTA--A-ACATGTCCAAAATTTGACCACGTCCTCCACGGCCATGGATACCATTTCACGTCTTTA---------------------TC---------------------G---------------------ggg
gi|7 : cccaCA-A--TT-T-T-TTTAGGACGGAGTGGGAACGT---GGCTGAGTATGAcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|8 : cccacccacattcagacgaagaccataaagaccgctatgttttccgaaaatgtcgatgaccacagtggggacatggtcaaaatggtaaaactatgtaattttcaagttcatactatattcttactacatctctgccagattctcactgcgttccaactaattacttaccacgcacatgatcacgcacgcatcacgttcaatgcgttcttactgcattcttactacgaccaatcagataacatcacgcttacaacccagtgacaacgcagtaacaacgcaatgagaacgccatgcaatcttccccgtcagtaccacgcctgtaccccgtcaatgaattccctactaggtttttgctacgttgagactacgtcaatgccgccgtaactactacgtctttattaagttcttattgcatcctgattcacccacgccctcactacgttttttctaaacatgtccaaaatttgaccacgtcctccacggccatggataccatttcacgtctttatcgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A--------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT----------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgggg
gi|9 : ccccgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A--------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT----------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111111111 111111111111111111 66666666666666666666666666 111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111 5555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 1 33 2 2 99 99999999999999999999999999 55555 55555 2 22 1 2 2 00000000000 333 4444 0 22 5555 333 22 333 666 33 999999 000000000000000000000000 333 2 88888888 2 55555 2 444444444444444444 6666666 33333333333333333333333333 22 99999999 333 1 22 333333333333333333 333 1 333 7777 9999 5 3 555 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999999999 222222222222222 5555555555555555555555555555555555555 333 777 2 22 55555 2 0 1 77 7 3 1 1 333
lowQualScore : . . .. . . .. .......................... ..... ..... . .. . . . ........... ... .... . .. .... ... .. ... ... .. ...... ........................ ... . ........ . ..... . .................. ....... .......................... .. ........ ... . .. .................. ... . ... .... .... . . ... . ......................................................................................... ........... ............... ..................................... ... ... . .. ..... . . . .. . . . . ...
lowQualScore : 1 7 44 5 2 77 55555555555555555555555555 33333 33333 1 99 5 2 1 00000000000 777 7777 5 77 7777 777 99 777 666 99 777777 999999999999999999999999 555 0 55555555 0 00000 0 888888888888888888 8888888 66666666666666666666666666 99 99999999 222 8 55 444444444444444444 222 8 222 7777 3333 7 8 222 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 555555555555555 0000000000000000000000000000000000000 555 000 0 88 00000 0 1 9 11 6 8 9 9 333
consensus : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
Reference ( family-10039 ) : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|1 : CTCACACTCAGACGAAGACAATGAAAACCGCACTGCGTCCTA--AT-AATTTCGAAGAACGCAGCGGGGATGTGGTCGAAA-TGCTAAA-----AA-------------------TATACA-----ATTT-----T-CTAGTTCGTACTG--TGTCTTTACTACGTCTCTACCAGGTTCTCACTGCGTTTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACTCGCATG-ATCACGCGCGCA---TCAC---G--T---C---CAGT-GG------TTTCTTACAACGTCC----TTAC---TAC----------ATCC---T-TACT-------A-AGACC-----A-ATC------------------AGATCACA-------AAA-TGCGC-----------TTTC-C-ACGCGCTTACCA--CACTTACAGCCCAGTGACAACGCAATGAGAACGACATGCAATAGTTTCCGTCAGCGCCACGCTGGTACTCAGTCAATGAAGTCTTTACGAAGTTATAGT---TACG-TTGATACTACGCCAGTGCC--GT------------------CGT---TAC-TGC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCATTC----TGATTTGACAACATCTTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ATATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCTACGTCCTTGTAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------AACCACTTCACGTCCTTATCGGTTTT-----------TTACTG---------------CC-----------T---------------TCCTA----CT---AC---A-A--GTTCAATTCTTACTG-CGTCCA-ATA-ATTTT-T-T-TG-AAGACTTAGTGGGAACGTGGCGGCTGAATGTGA
gi|10 : actG--AACAATTT-GATGAACACAGCTGAGA-GTAGTCAAAA-TGGAAAA-----AA-------------------TGTGCA-----ATTT-------CAAGTTCATACTA--CATCCTTACTATGCCCCAGCCAGGTTCTCACTGTGTCTAA-CAAGTCTCC-ATTG-----------ATATCTT---AA----CACATACATA-ATTACGCATGCA---CCAC---A--T---C---CAAT-GC------ATTCTTAC-------------------------------G-------------------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCGCTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCTACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACGTCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTACTAAGTTCTTATTGCGTCC----TGAACTGACCACGTCCTCGCTACA--T-TT-TTT-TT---C-ACATGTCCAAAAATTGA---------CCACGTCCATAGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTATTACAT---------------T--------GT---TC---A-C--G-----TTCTTACTG-CATCCACCCA-A------------------TAGTGGGTACGT---GGCTGAGTGTGAgagg
gi|11 : CTCACACTCAGACGAAGACCACGAAGACCGCACTGCGTCCTG--GA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGCAC------AAAA-TGAAAAA-----AAA-----------------A-GTGAA-----ATTT-----T-CATATTCATACTA--CATCCTT-----------GACAGGTTGTAACTGCGTCTAA-CACATCCCC-ACTA-----------ATGTCTT---AC----CACGCGTATTTATCATGCACACA---CC--------------------------------------ACGTCC------AA---TGC----------GTTC---T-T------------------------------------------------TCTCA-------AC-------------------T------CGCGCTTACCATGCGCTTACAACGC--TTATAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACCCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCATACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGTC--GTCGTTGTCGTTAAGTACTTCGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTTTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTTTTC---ACA--T-TT-TTT-TT---ATAAATGTCC-AAGTTTGGCCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTT---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------ggg
gi|12 : cccTTTGATGAATGCAGCGGGAATGAGGTCAAAA-TG-AAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CTTCCTTACTACTTCCCTGCCAGGTTCTCACTGC---------------------------------TTTCTT---AA----CATGTACATG-ATCACGCGTGCATTCTTAC---G--TGGAC---CAAT-CA------GATCTCAACAAGCAC----TTAC---TAC----------G--C---T-TACA-------A-CG--C-----A-GTG------------------AGA
gi|12 : accg-GC------TTTCTTAACATGTACATGATCACGCGTGC----------ATTC---T-TACG-------T-GGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA------------------------A-GCACTTACTA--CGCTTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCATCACCACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTAGGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---ATCCTTATTAAGTTCCTACCGCATCC----TGATTCGACCACATCCTCACCACG--T-C--------------CATG---GA-----GACCA----TTCAACGTCCTT----ATCA------GTTTCTA---------------------CT---------------------GC--------------------G----------------------TTC-----------TTATTA---------------CA-----------T---------------T-----------------------G-----TTCTTACTA-CGTCCACCCA-ATTTT-T-T-TA-AGGACATAATGGGAACGT---GACTGAGTGTGacgccatgcaatctttcctgtcatcaccacatttgttctacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatactaggtcaatgccgtcgttactacatccttattaagttcctaccgcatcctgattcgaccacatcctcaccacgtccatggagaccattcaacgtccttatcagtttctactgcgttcttattacattgttcttactacgtccacccaatttttttaaggacataatgggaacgtgactgagtgtggggg
gi|13 : accgtttgatgaatgcagcgggaatgaggtcaaaatgaaaaaaaatgtgcaattttcaagttcatactacttccttactacttccctgccaggttctcactCGAAA-TGGTAAA-----AA-------------------TATGCA-----ATTT-----T-AAAGTTCATACTA--CGCCCTTTCTACAT-CCTGCCAGGTTCTCACTGC--CTAA-CACGTCCCC-ATTA-----------ATTTCTCAGAACATTACACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---G--T---TAA-CAAC-gggg
gi|13 : ------GTTCATACTACGCCC----TTTC---TACATCCTGCCAGGTTC---T-CACTGCCTAACA-CGTCCCCATTA-ATT---------------------TCTCAGAACATTACA-CGCGC-----------TT-A-CCACGCGCTTACCA--CGTTAACAACCCAGTGACAACTCAATGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTTAATGAAGTCCCTACTAGGTTTAAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATACC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTCC----TGATACCACCACGTCCTCACTAAG--T-TT-TTT-TA---A-ACATGTCCAAAGTACGACCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------TC-------CT---AC--------------TACGTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGTTGAGTGTGAccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactacgtactgcgtccacccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|14 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaaCTCACACTCAAACAAAGACCATTAAGACAGCACTGCGTCCTG--TA-ATTTTTTATGAATGAAGTGGGAACATGGTCAAAA-TCG--AA-----AAA-----------------ATGTGTA-----ATTT-----T-CAAGTACA-------------TACTACATCCCTGCCAGGTTCTCACTGCATCTAA-CACCTCCCCTACTACGACCAATCAGATTTC-----AA----CACGCGC-TT-ACCACACTTACA---ACGCAGTG--T---CAGAGAAC-GCCATGCAATCTTTCCT--GTCA----GTGC---CAC----------GCTT---G-TACT-------A-C-ATC-----A-ATG------------------AAGTCTCT-------ACga
gi|14 : ccccTCAAGTACATA---CTAC---A--T---C---C--CTGCCAG---GTTCTCACTGCATC------TAA---CAC----------CTCC---CCTACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATTTCA-------ACA-C------------------------GCGCTTACCA--CACTTACAACGCAGTGTCA-------GAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTAAGT---TATG-TTGATACAACGTCAATGCT--GT------------------CGC---TAC-AAT---GCCTTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACG--TGTT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACATCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACTTCTTtaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
gi|15 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagcactgcgtcctgtaattttttatgaatgaagtgggaacatggtcaaaatcgaaaaaatgtgtaatttTTGATGAACGCAGTGGGGACGTGGTCAATA-TGGTAAA-----AAATATACTCATTTCTTACCACGCGCATGATCACTTGCGCAT-CACGTCCA-A-TA--CGTTCTTACTACGTCCTTACTACATTCTTACTACGACTAATTATATCACA-AC-A-----------CGCGCTT---AC----CACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---GCTT---A---CAAC-
gi|15 : -ACTC-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACTTGCGCA---TCAC---G--T---C---CAAT-AC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------ATTC---T-TACT-------A-CGACT-----A-ATT------------------ATATCACA-------ACA-CGCGCTTACCACGCGCTT-A-CCACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAATGACAGCGTAATGAGAACGCCATGCAATCTTTACCGTCAGCGTTACGTTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATATCACGGCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-CAC---GTCCTTATTAAATTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACATTCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACTTCCATccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|16 : ttgatgaacgcagtggggacgtggtcaatatggtaaaaaatatCTCAGAGTCAAACGAAGTACATGAATATCACACTGCATCCTG--AA-AATTTTGAAGAAAGCTGCGGAGACGTGGTTAAAG-TTGAAAATTTTT---------------------TTTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TG----------AT---TGCCAGGTTCTCACTGCAACTAA-CATGTCCCC-ACTA----------------------C----AACGCGCATG-ATAACGCGTGTA---CAAA---T--T---C---CAAT-G------------------ATTC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGATC-----A-TTC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCG-----------------------G-TTACCA--CACTTACAACCCAGTGACAACGCAATGAGAATGCCAAGCAATCTTTCCCTTCAGCGCAACGCTTGTACTATGTCAATGGAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTATGTCAATGCT--GT------------------TGT---TAC-TAC---GTCC
gi|17 : ccaacCTCACACTCAGACAAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCAG--AA-AGTTTTG
gi|17 : ccccAGA-----AAG-----------------TTTTGCA-----ATTT-----TTCAAGTTCATGCTA--CGTCCTTACTATATCCCTGCAAGGCTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCC-GTTG-----------ATTTTTT---AC----AACGCGCATG-AATACGCGCGCA---TATC---G--T---C---TAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-AGC------------------AGATCACA-------ACA----------------------------------CA--CGGTAACAACCCAGTGAC--------GAG-ACGCCATGCAATATTTCTCGTCAGCCCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTATT---AACG-TATATACGACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TCATcaatttttcaagttcatgctacgtccttactatatccctgcaaggctctcactgcgtctaacacgttcccgttgattttttacaacgcgcatgaatacgcgcgcatatcgtctaacgcgttcttactacgtccttactacgttcttactacgaccaagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|18 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtcc----------GCTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA------------------------------A-C-ACGTGCTTACCA--CACTTTCAACCCAGTGAC-----------AACGCCATGCAATTTTTCCCGTCAGCCCCACACTTGTACTATGTCAATGAAGTCTCTACTAAGTTTTAGTTAATATG-CTGA---TACGTCAATGCC--AT------------------TGT---TAC-TAT---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTCGACCACATCCTCACTACG--C-TC-TTC-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGAC-----CCT----GTCCATGAAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TT---------------------G---------------------G----------------------TTTCTACAGCATTCCTACTA---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-TGTCCACCCA-A--TTAT-T-TA-AGGATGTAGTCATAATGT---GGCTGACTATGA
gi|19 : GAACGTCATGCAATATGTCATGTCAGTGCAACGCTTGTACCACGTCAATGAACTCCCTGCTGGGATTAAGA---TACG-TCGACACTACAGCTATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCATTTAAAGTTCTTGCTGCGTCT----CGATTCCATCACGTCCTCACTACG----TT-TTT-AT---A-ACATATCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACATCCACGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GGACCACTTCAAGTCCTTATCGG----------------------TTT-----------CTACTGTGTTCCAACTACATACG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTATTG-CGTCCACCC--A--CT-T-T-TG-AGAACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|2 : CACATTCATAAGAAGACCA---AGACTAAAA---GTCCTA--AA-GATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-CGGAAAA-----AA-------------------CGTGCG-----ATTT-----T-TAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACATCGCTTCCAGATTATCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-GCTA-----------ATATCTT---AC----CACGCGCATA-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---AAAT-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTCTTAT-TACG-------ACCAATC-----ATATCTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNN-NNNNN-----------NN-N-N-NNNNNNNNNNNN--TGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAGTCTTTCCCATCAGCACCATGCTTGTACTACTTCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTTATT---TACG-TTGATACTGCGTCATTGCT--GT------------------CAT---TAT-CTC---GTCATTATTAGGTTCTTACTGCTTTC----TGATTCAACCATGTCCTCACTACG----TT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTAACCACGTCTTCCACGTCCATGTATACCATTCCACGACCTTA---------------------TC---------------------G---------------------A----------------------TTT-----------CCACTG---------------CG-----------TTATTACTACAC----T--------GT---AC---A-A--A-----TTCTTACTG-CGTCCACCTG-A--TT-T-T-TA-AGGACGTTGTGGGAACGT---GGCTGATTGTGAggg
gi|20 : TTACAA--CGCTTACAACCCAGTAA-----------AAACGCCATGCAATCCTTCTTGCCAGTGCCACGCTTGTACTACGTCAAAGAAGTCCCTGCTAGGTTTTAGT---AACG-CTGATACTACGTCAACGCC--GA------------------C-T---TAC-TAC---GTCC----------CTTATTGAGTCT----T----------------CACTACG-------TTT-TT---G-AGA---CCAAAGTTTGACCACGACCTCCACGTCCATTAAGACTATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GTTTTCTCCTAC----------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CG-----------C---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTGACATCCATC------TT-TAT-TG-AGAATGTAGTGGTAACGC---TGTTGAGTGTgat
gi|21 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGTtagtgg
gi|22 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGT
gi|23 : CTCACACACAGACGAAGATCATGGAGACCGCTCTGCGTCCTG--AA-AATTCCGATGAACGCAGCGGGGAAGTGGTCGAAA-TGTAAAA-----AAT-----------------ATATGTA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCA-ACTA-----------ATTTATT---A
gi|24 : tcccCCTTATAAAGTTCTGACTG-----------ATTTGACAACACCCTCACTATT--T-TT-TTT-TTTTCA-ATATGTCCAAAGTTTCACCACGTTCTTCATGTACATGGAGACAATTCCATGTCCTTA---------------------TC---------------------A---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTTCACAAA-A--TT-T-T-TG-AGAACATAGTGGGAATGC---GGCTGAGTGTGAtgcttccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|25 : -----------T---------------T--------GC---AC---ACA--G-----TT-TGAGCC-CGTTCGGCTACA--TT-T-T-TC-AGAACGTAGTGAGAACG----AGTTCGGTGTAAgag
gi|26 : ttgaacaggctcaaagttctggaacaccattcccgttcaaacccgtccgagttcgtccatgaagttcgtaatcagaccttaaaaggtccactcccgtCTCACACTCAGACGGAGGCCATGAAGACAGCCCTGCGTCCTGAAAA-AAAATCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGCTAA--------------------------------A-----ACTT-----T-CAAGTTCATATTA--Cagggggt
gi|27 : CGTTCATA---------------------TC--------------------------------------------------------------------------------CTACTT---------------CA-----------T---------------T--------GT---CT---A-AATG-----TTCTTACTT-CGTCCACTTA-A--TT-T-TCTG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|28 : ttctactg---------------------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CA-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTTCTT-CGTCCACCAA-A--TTGT-T-TG-AAGACGTAGTAGGAACGT---GGCTTAGTGTGAgggg
gi|3 : tttttactgcCTCACACTCAGACGAAGACAATGAAGATCGCACTGCGTCCTG--AC-AATTTCGATGAACGCAGCGAGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAAAA---AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGACTTTATCATGTCCCTGCCAAGTTCTCACTGCGTCTAA-CATGTCCCC-AATA-----------ATTTTTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGTA---CCAC---A--C---C---CAAC-GC------GTTCTTAATACATCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACG-------T-CGACC-------ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CACGC-----------TC-A-CGACGCGCTTATCG--CGCTTACAACCCAGTGACATCATAGTGAGAACGCCATGCAATCATTCCCGTCAGCACCACGCGTGTACTGCGTCAATGAGGTCCCTACTAGGATTTAAT---GAAA-TTGATACTACGCCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTGAGTTCTTTCTGCATCC----TGATTCTACCACGTCCTCACTGCG--T-TTGTTT-TG---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACGTCCTTCGAGTCCATGAAGACAATTCCACAT-CTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---T-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCTA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GACTGAGTGTGAggg
gi|4 : CACTCAGACGAAGACAATGATGACGGCTCTGCATCCTG--AA-AATTTTGATGAATGCAGCGGGGACATGGTCCAAA-TGG--TA-----AAA-----------------ATATGCA--------------------------------GTCCTTACTACATCCTTACCAGGTTCTCAAGGTTTCTAA-CATGTCCCA-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCACATG-ATCACACGCGCA---TCAC---G--T---C---CATT-GC------TTTTTTACTATGTCC----TTAC---AAC----------ATTC---T-TACT-------A-CAACC-----A-ATC------------------AG--CTC--------ACA--------------------A-C-ACACGCTTACCA--CGCTAACTGCCCAGTGACAATGCAATAAGAATGCCATCCAATCTTTCCCGTCGGTACCACACTTCTACTATGTCAATGAAGT-CATACTACGTTTTAGT---TAC-----ATGCAATGTCCTTATTAAGT------------------TTT---TACATGCAATGTCCTTATTAAGTTCTT-CTGCGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACA----TA-CTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACTACATCCTCCATGTCCATGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TCGGACCACTCCATGTCCTTATCG---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTACTATAT---------------T--------GT---AC---A-A--T-----TTC-TATTG-CGTCCACCCA-AT-TT-T-T-TG-AGAATGTAGTTGGAATGT---GGCTGAGTGTGAttag
gi|5 : cccGCGTCTTG--AA-AAGTTCGATGAACGCAGCGGGGACATGGTCGAAA-TG--ATA-----AAA-----------------ATATGCA-----ATTG-----T-CAAGTTCATATTATGCGTCTTAACTTCGTCCCTGCCAGGTTCGTGCTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------CTTTCTT---AC----GACGCGCATG-ATTACGCGCGCA---ACAC---G--C---C---CT-T-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---AAC----------ATTC---T-TACT-------A-TGACC-----A-ATC------------------AGATCCCA-------A-A-CGCGC-----------TT-ACC-ACGCACTTACCA--CGCTAACAACGCAGTGACAACGCGATGAGAAAGCTATACAATATTTTCCGTCAGCGCCACACGTGTACTACGTCAATGAAGTTTCTACTAGGTTTTAGT---TACGTTTGGTACTACGTCGATGAC--GT------------------AAT---AAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTACTGCCTTC----TAATTCGACCACGTCCTCATTACG----TT-TTT-TT---A-TCATGTTCAAAGTTTAACCACGTCCTCCACGTCCATGGATACCCCTCCACGTCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTGCTG---------------CG-----------T---------------TCCTAATACGTTGGAC---A-G--G-----TTCTTAATG-CGTCCACCCA-A--TT-TGT-TG-AGGACGTAGTGGGAACAT---GGCAGAGTGTGAggg
gi|6 : ACGAATACCATGAAGACCGCATTGCGTCATA--AA-A--TTCGATGAACGCAGCGGGAACGTGGTCAAAAATG---AA-----GAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTTATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCA-ATTA-----------ATTTCTT---A-------------------ACACGCGCA--------------------------------------TGATCACGTCT----TTAC---TTA----------GTTC---T-CACA-------A-CGACC-----A--TC------------------AGATCTCA-------AC-----------------------C--CGCGCTTACTA--CGTTTACAACTCAGTGACAACGCAGTGAGAACGTCATGCAATCTTTCACAACAGCACCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCCCTACAATGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTTAATGCC--GT------------------CGT---TAC-AAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGCCC----TGATTCGACCAAGTTCTCACTACGTCT-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTGTTTCGCGTTCCTGGAGACTATTCCACGTCCTTATCAGACCACTCCACGTCCTTATC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------TTACTG---------------CG-----------TCTCAGTCTACTACGTT--------GT---AC---G-A--G-----TTCTTACTG-AGTACAACCA-A--------------GACGTAATGGGAACTT---GGCTAAGTGTGAagg
gi|7 : CCCACATTCAGACGAAGACCATAAAGACCGCTATGTTTTCCG--AA-AATGTCGATGACCACAGTGGGGACATGGTCAAAA-TGGTAAA-----ACT-----------------ATGT--A-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TATTCTTACTACATCTCTGCCAGATTCTCACTGCGTT----------CCA-ACTA-----------ATTACTT---AC----CACGCACATG-ATCACGCACGCA---TCAC---G--T---T---CAAT-GC------GTTCTTACTGCAT----------------------------TC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGAT---A-------ACATCACGC-----------TT-A-C-A-------ACC---CAGTGACAACGCAGTAACAACGCAATGAGAACGCCATGCAATCTTCCCCGTCAGTACCACGCCTGTACCCCGTCAATGAATTCCCTACTAGGTTTTTGC---TACG-TTGAGACTACGTCAATGCC--GC------------------CGTAACTAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTATTGCATCC----TGATTCACCCACGCCCTCACTACG--T-TT-TTT-CTA--A-ACATGTCCAAAATTTGACCACGTCCTCCACGGCCATGGATACCATTTCACGTCTTTA---------------------TC---------------------G---------------------ggg
gi|7 : cccaCA-A--TT-T-T-TTTAGGACGGAGTGGGAACGT---GGCTGAGTATGAcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|8 : cccacccacattcagacgaagaccataaagaccgctatgttttccgaaaatgtcgatgaccacagtggggacatggtcaaaatggtaaaactatgtaattttcaagttcatactatattcttactacatctctgccagattctcactgcgttccaactaattacttaccacgcacatgatcacgcacgcatcacgttcaatgcgttcttactgcattcttactacgaccaatcagataacatcacgcttacaacccagtgacaacgcagtaacaacgcaatgagaacgccatgcaatcttccccgtcagtaccacgcctgtaccccgtcaatgaattccctactaggtttttgctacgttgagactacgtcaatgccgccgtaactactacgtctttattaagttcttattgcatcctgattcacccacgccctcactacgttttttctaaacatgtccaaaatttgaccacgtcctccacggccatggataccatttcacgtctttatcgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A--------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT----------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgggg
gi|9 : ccccgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A--------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTACTACGTTC------------------------GT----------------------ACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-----------CA--CGCTTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgt
blockSeqs : A AA C A GA AAATATACTCATTTCTTACCA TGATC GCGCA T TG G T T CGACCAATCAG AGA ATTA TT TTCT AGT CT GGA AGA CT CATGCA TTTCTACATCCTGCCAG TTA C TGCCTAAC C CCATT T TCAANNNNNNNNNNNNNN GAACATT CGCGCTTACCACGCGCTTACCAC TG TAACGCAG TAA T AA CGTTGTCGTTAAGTACTT AAC A AAT TGCA TCT G G TTC T TCGGACCACTTCAAGTCCTTATCGG CTACAGCATTC TGTTCCAACTACATA TCTCAGTCTACTACGTTG TGG TTA C AT . A C TT A A C T .
blockSeqs : A . . . AA AAAAAA . . . . G . . . . . A C . . . AA T CAG ATGATCACGCGTGC . . A . . . . . CGCGCTTACCAC . CAACTCAA . . . . . . . TGCA TG G G A G TCGGACCACTCCATGTCCTTATCGG . . TTCCTATTACATTG . TTA . . . . . T A G . . .
blockSeqs : A . . . GT TTTTT . . . . A . . . . . G C . . . . T . TTACTAC . . G . . . . . CACGCTCACGAC . CAGCGTAA . . . . . . . . T G . . G TCAGACCACTCCACGTCCTTATCGG . . TTATTACTACACTG . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : A . . . GT AAAA . . . . G . . . . . T C . . . . C . GTGCCAC . . T . . . . . CGCGCTTACCAC . CAACGCAA . . . . . . . . T . . . . TCGTTTTCTCCTACG . . TTCCTACTATATTG . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : A . . . GA AAAA . . . . A . . . . . T A . . . . C . TTACTAC . . T . . . . . NNNNNNNNNNN . CAACGCAG . . . . . . . . T . . . . CTGCG . . TTCCTACTACGTTA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . GA AAAA . . . . G . . . . . T C . . . . C . TTACTAC . . T . . . . . TCACGCTTACA . CATCATAG . . . . . . . . T . . . . TCGG . . TTCCTACTACGTTA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . TA AAGT . . . . G . . . . . G C . . . . T . TTACTAC . . T . . . . . CGCGCTTAC . CAATGCAA . . . . . . . . T . . . . TCGG . . TTCCTAATACG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . CT AATA . . . . G . . . . . G T . . . . T . TTACTAC . . T . . . . . CGCGCTTAC . CAACGCGA . . . . . . . . C . . . . TCGG . . TTCC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . GA AAAA . . . . G . . . . . G C . . . . C . TTACTAC . . T . . . . . CGCG . CAACGCAG . . . . . . . . T . . . . TTGG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . GT AAAA . . . . T . . . . . A T . . . . T . TTACAAC . . G . . . . . ACAC . CAACGCAA . . . . . . . . T . . . . TCGA . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . GA GAAA . . . . G . . . . . G C . . . . C . TTACAAC . . G . . . . . ACAC . CGCAG . . . . . . . . T . . . . CCGG . . CTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GA ACTA . . . . G . . . . . G C . . . . T . TTACTTA . . T . . . . . TC . CGCAG . . . . . . . . T . . . . CCGG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A AA . . . . G . . . . . G T . . . . T . TAACAC . . T . . . . . CC . CA . . . . . . . . T . . . . TCAG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G AA . . . . . . . . . . G A . . . . T . AATGC . . A . . . . . A . C . . . . . . . . C . . . . TCGG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G AA . . . . . . . . . . A T . . . . T . . . . T . . . . . A . C . . . . . . . . C . . . . CCGG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . A T . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TCGG . . TTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGG . . TT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . TT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : AAAA********************** CGCGCTAC****************** TTG********************************** ***** ** ***
originalCons : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------ATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACA-CGCGC-----------TT-A-C-ACGCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
finalCons : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAAAAAA----------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTACTACGTCC----TTAC---TAC----------GTTC---T-TACT-------A-CGACC-----A-ATC------------------AGATCTCA-------ACACGCGCTAC------------------GCGCTTACCA--CGCTTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTG----------------------------------T---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGG
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 11111111111 11111111111 11111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666 111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111 5555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 0 1 33 2 2 99 55555 000000000000000000000 55555 55555 2 22 1 2 2 00000000000 333 4444 0 22 5555 66666666666666 33 999999 00000000000 66666666666666666666666666666666666 2 999999999999999 55555 6666666 666666666666666666666666 22 22 99999999 333 1 22 333333333333333333 333 1 333 7777 9999 5 3 555 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999999999 222222222222222 5555555555555555555555555555555555555 333 777 2 22 55555 2 0 1 77 7 3 1 1 333
lowQualScore : . . .. . . .. ..... ..................... ..... ..... . .. . . . ........... ... .... . .. .... .............. .. ...... ........... ................................... . ............... ..... ....... ........................ .. .. ........ ... . .. .................. ... . ... .... .... . . ... . ......................................................................................... ........... ............... ..................................... ... ... . .. ..... . . . .. . . . . ...
lowQualScore : 1 7 44 5 2 77 33333 000000000000000000000 33333 33333 1 99 5 2 1 00000000000 777 7777 5 77 7777 99999999999999 99 777777 00000000000 00000000000000000000000000000000000 0 111111111111111 00000 8888888 111111111111111111111111 99 99 99999999 222 8 55 444444444444444444 222 8 222 7777 3333 7 8 222 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555 555555555555555 0000000000000000000000000000000000000 555 000 0 88 00000 0 1 9 11 6 8 9 9 333
consensus : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------A--TGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTAC-----------TACGTCC----TTAC---TAC----------G--------T-TCT-TA------CT-------ACGACC-----AATCAGATCTCA-------ACACGCGCT---------------ACGCGCTTACCA--CGC--TTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
Reference ( family-10039 ) : CTCACACTCAGACGAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCTG--AA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------A--TGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---CAAC-GC------GTTCTTAC-----------TACGTCC----TTAC---TAC----------G--------T-TCT-TA------CT-------ACGACC-----AATCAGATCTCA-------ACACGCGCT---------------ACGCGCTTACCA--CGC--TTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTCCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|1 : CTCACACTCAGACGAAGACAATGAAAACCGCACTGCGTCCTA--AT-AATTTCGAAGAACGCAGCGGGGATGTGGTCGAAA-TGCTAAA-----AA---------------------TATACA-----ATTT-----T-CTAGTTCGTACTG--TGTCTTTACTACGTCTCTACCAGGTTCTCACTGCGTTTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------ATTTCTT---AC----CACTCGCATG-ATCACGCGCGCA---TCAC---G--T---C---CAGT-GG------TTTCTTAC-----------AACGTCC----TTAC---TAC----------A--------T-CCT-TA------CT-------AAGACC-----AATCAGATCACA-------AAATGCGCTTTCC-----------ACGCGCTTACCA--CAC--TTACAGCCCAGTGACAACGCAATGAGAACGACATGCAATAGTTTCCGTCAGCGCCACGCTGGTACTCAGTCAATGAAGTCTTTACGAAGTTATAGT---TACG-TTGATACTACGCCAGTGCC--GT------------------CGT---TAC-TGC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCATTC----TGATTTGACAACATCTTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ATATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCTACGTCCTTGTAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------AACCACTTCACGTCCTTATCGGTTTT-----------TTACTG---------------CC-----------T---------------TCCTA----CT---AC---A-A--GTTCAATTCTTACTG-CGTCCA-ATA-ATTTT-T-T-TG-AAGACTTAGTGGGAACGTGGCGGCTGAATGTGA
gi|10 : actG--AACAATTT-GATGAACACAGCTGAGA-GTAGTCAAAA-TGGAAAA-----AA---------------------TGTGCA-----ATTT-------CAAGTTCATACTA--CATCCTTACTATGCCCCAGCCAGGTTCTCACTGTGTCTAA-CAAGTCTCC-ATTG-----------ATATCTT---AA----CACATACATA-ATTACGCATGCA---CCAC---A--T---C---CAAT-GC------ATTCTTAC------------------------------------------G-------------------------------ACGACC-----AATCAGATCTCA-------ACA---------------------A-GCGCTTACTA--CGC--TTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCTACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACGTCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTACTAAGTTCTTATTGCGTCC----TGAACTGACCACGTCCTCGCTACA--T-TT-TTT-TT---C-ACATGTCCAAAAATTGA---------CCACGTCCATAGAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTATTACAT---------------T--------GT---TC---A-C--G-----TTCTTACTG-CATCCACCCA-A------------------TAGTGGGTACGT---GGCTGAGTGTGAgagg
gi|11 : CTCACACTCAGACGAAGACCACGAAGACCGCACTGCGTCCTG--GA-AATTTCGATGAACGCAGCGGGCAC------AAAA-TGAAAAA-----AAA-----------------A---GTGAA-----ATTT-----T-CATATTCATACTA--CATCCTT-----------GACAGGTTGTAACTGCGTCTAA-CACATCCCC-ACTA-----------ATGTCTT---AC----CACGCGTATTTATCATGCACACA---CCAC-------------------------------------------------GTCC------AA---TGC----------G--------T-TCT-T----------------------------------TCTCA-------AC------T----------------CGCGCTTACCATGCGC--TTACAACGC--TTATAACGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACCCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCATACTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATGTC--GTCGTTGTCGTTAAGTACTTCGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTTTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACGTTTTC---ACA--T-TT-TTT-TT---ATAAATGTCC-AAGTTTGGCCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTT---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------ggg
gi|12 : cccTTTGATGAATGCAGCGGGAATGAGGTCAAAA-TG-AAAA-----AAA-----------------A--TGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CTTCCTTACTACTTCCCTGCCAGGTTCTCACTGC---------------------------------TTTCTT---AA----CATGTACATG-ATCACGCGTGCATTCTTAC---G--TGGAC---CAAT-CA------GATCTCAA-----------CAAGCAC----TTAC---TAC----------G-----------CT-TA------CA-------ACG--C-----AGTGAGA
gi|12 : accg-GC------TTTCTTAA-----------CATGTACATGATCACGCGTGC----------A--------T-TCT-TA------CG-------TGGACC-----AATCAGATCTCA-------ACA---------------------A-GCACTTACTA--CGC--TTACAA-----------CGCAGTGAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCATCACCACATTTGTTCTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATACTAGGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---ATCCTTATTAAGTTCCTACCGCATCC----TGATTCGACCACATCCTCACCACG--T-C--------------CATG---GA-----GACCA----TTCAACGTCCTT----ATCA------GTTTCTA---------------------CT---------------------GC--------------------G----------------------TTC-----------TTATTA---------------CA-----------T---------------T-----------------------G-----TTCTTACTA-CGTCCACCCA-ATTTT-T-T-TA-AGGACATAATGGGAACGT---GACTGAGTGTGacgccatgcaatctttcctgtcatcaccacatttgttctacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatactaggtcaatgccgtcgttactacatccttattaagttcctaccgcatcctgattcgaccacatcctcaccacgtccatggagaccattcaacgtccttatcagtttctactgcgttcttattacattgttcttactacgtccacccaatttttttaaggacataatgggaacgtgactgagtgtggggg
gi|13 : accgtttgatgaatgcagcgggaatgaggtcaaaatgaaaaaaaatgtgcaattttcaagttcatactacttccttactacttccctgccaggttctcactCGAAA-TGGTAAA-----AA---------------------TATGCA-----ATTT-----T-AAAGTTCATACTA--CGCCCTTTCTACAT-CCTGCCAGGTTCTCACTGC--CTAA-CACGTCCCC-ATTA-----------ATTTCTCAGAACATTACACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---G--T---TAA-CAAC-gggg
gi|13 : ------GTTCATAC-----------TACGCCC----TTTC---TACATCCTGCCAGG--------T-TCT-CA------CTGCCTAACACGTCCCCATTAATT---TCTCAGAACATTACACGCGCTTACC-----------ACGCGCTTACCA--CGT--TAACAACCCAGTGACAACTCAATGAGAACGCCATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCACGCTTGTACTACGTTAATGAAGTCCCTACTAGGTTTAAGT---TACG-TTGATACTACGTCAATACC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTCCTGCGTCC----TGATACCACCACGTCCTCACTAAG--T-TT-TTT-TA---A-ACATGTCCAAAGTACGACCACGTC--------------------TTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CG-----------T---------------TC-------CT---AC--------------TACGTACTG-CGTCCACCCA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGTTGAGTGTGAccagtgacaactcaatgagaacgccatgcaatctttcccgtcagcgccacgcttgtactacgttaatgaagtccctactaggtttaagttacgttgatactacgtcaataccgtcgttactacgtctttattaagttcttcctgcgtcctgataccaccacgtcctcactaagtttttttaaacatgtccaaagtacgaccacgtcttccacgtccttatcggtttctactgcgttcctactacgtactgcgtccacccaatttttgaggacgtagtgggaacgtggttgagtgtgaga
gi|14 : cgaaatggtaaaaatatgcaattttaaaCTCACACTCAAACAAAGACCATTAAGACAGCACTGCGTCCTG--TA-ATTTTTTATGAATGAAGTGGGAACATGGTCAAAA-TCG--AA-----AAA-----------------A--TGTGTA-----ATTT-----T-CAAGTACA-------------TACTACATCCCTGCCAGGTTCTCACTGCATCTAA-CACCTCCCCTACTACGACCAATCAGATTTC-----AA----CACGCGC-TT-ACCACACTTACA---ACGCAGTG--T---CAGAGAAC-GCCATGCAATCTTTCC-----------T--GTCA----GTGC---CAC----------G--------C-TTG-TA------CT-------AC-ATC-----AATGAAGTCTCT-------ACga
gi|14 : ccccTCAAGTACATA---CTAC---A--T---C---C--CTGCCAG---GTTCTCAC-----------TGCATC------TAA---CAC----------C--------T-CCCCTA------CT-------ACGACC-----AATCAGATTTCA-------AC----------------------ACGCGCTTACCA--CAC--TTACAACGCAGTGTCA-------GAGAACGCCATGCAATCTTTCCTGTCAGTGCCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTAAGT---TATG-TTGATACAACGTCAATGCT--GT------------------CGC---TAC-AAT---GCCTTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACG--TGTT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACATCCTCCACGTCCATGGAGACCATTCCACTTCTTtaggtttaagttatgttgatacaacgtcaatgctgtcgctacaatgcctttattaagttcttactgtgtcctgatttgaccacatcctcactacgtgtttttttaacatgttcaaagtttgaccacatcctccacgtccatggagaccattccacttctt
gi|15 : ccccctcacactcaaacaaagaccattaagacagcactgcgtcctgtaattttttatgaatgaagtgggaacatggtcaaaatcgaaaaaatgtgtaatttTTGATGAACGCAGTGGGGACGTGGTCAATA-TGGTAAA-----AAATATACTCATTTCTTACCA--CGCGCATGATCACTTGCGCAT-CACGTCCA-A-TA--CGTTCTTACTACGTCCTTACTACATTCTTACTACGACTAATTATATCACA-AC-A-----------CGCGCTT---AC----CACGCGC-TT-ACCACGCGCTTA---CCAC---GCTT---A---CAAC-
gi|15 : -ACTC-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATG-ATCACTTGCGCA---TCAC---G--T---C---CAAT-AC------GTTCTTAC-----------TACGTCC----TTAC---TAC----------A--------T-TCT-TA------CT-------ACGACT-----AATTATATCACA-------ACACGCGCTTACCACGCGCTTACCACGCGCTTACCA--CGC--TTACAACCCAATGACAGCGTAATGAGAACGCCATGCAATCTTTACCGTCAGCGTTACGTTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTATTAGGTTTTAGT---TACG-TTGATATCACGGCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-CAC---GTCCTTATTAAATTCTTACTGCGTCC----TGATTCGACCACATTCTCACTACG--T-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACTTCCATccaatgacagcgtaatgagaacgccatgcaatctttaccgtcagcgttacgtttgtactacgtcaatgaagtccctattaggttttagttacgttgatatcacggcaatgccgtcgttaccacgtccttattaaattcttactgcgtcctgattcgaccacattctcactacgttttttttaacatgtccaaagtttgaccacgtcctccacttccat
gi|16 : ttgatgaacgcagtggggacgtggtcaatatggtaaaaaatatCTCAGAGTCAAACGAAGTACATGAATATCACACTGCATCCTG--AA-AATTTTGAAGAAAGCTGCGGAGACGTGGTTAAAG-TTGAAAATTTTT-----------------------TTTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TG----------AT---TGCCAGGTTCTCACTGCAACTAA-CATGTCCCC-ACTA----------------------C----AACGCGCATG-ATAACGCGTGTA---CAAA---T--T---C---CAAT-G-----------------------------ATTC----TTAC---TAC----------G--------T-TCT-TA------CT-------ACGATC-----ATTCAGATCTCA-------ACACGCG---------------------G-TTACCA--CAC--TTACAACCCAGTGACAACGCAATGAGAATGCCAAGCAATCTTTCCCTTCAGCGCAACGCTTGTACTATGTCAATGGAGTCCCTACTAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTATGTCAATGCT--GT------------------TGT---TAC-TAC---GTCC
gi|17 : ccaacCTCACACTCAGACAAAGACCATGAAGACCGCACTGCGTCCAG--AA-AGTTTTG
gi|17 : ccccAGA-----AAG-----------------T--TTTGCA-----ATTT-----TTCAAGTTCATGCTA--CGTCCTTACTATATCCCTGCAAGGCTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCC-GTTG-----------ATTTTTT---AC----AACGCGCATG-AATACGCGCGCA---TATC---G--T---C---TAAC-GC------GTTCTTAC-----------TACGTCC----TTAC---TAC----------G--------T-TCT-TA------CT-------ACGACC-----AAGCAGATCACA-------ACACACGGT---------------A--------------------ACAACCCAGTGAC--------GAG-ACGCCATGCAATATTTCTCGTCAGCCCCACGCTTGTACTACGTCAATGAAGTCCCTACTAGGTTTTATT---AACG-TATATACGACGTCAATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GCCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TCATcaatttttcaagttcatgctacgtccttactatatccctgcaaggctctcactgcgtctaacacgttcccgttgattttttacaacgcgcatgaatacgcgcgcatatcgtctaacgcgttcttactacgtccttactacgttcttactacgaccaagcagatcacaacacacggtaacaacccagtgacgagacgccatgcaatatttctcgtcagccccacgcttgtactacgtcaatgaagtccctactaggttttattaacgtatatacgacgtcaatgccgtcgttactacgcccttattaagttcttactgcgtcctcat
gi|18 : ccccctcacactcagacaaagaccatgaagaccgcactgcgtcc----------G--------C-TCT-TA------CT-------ACGACC-----AATCAGATCTCA-------AC----------------------ACGTGCTTACCA--CAC--TTTCAACCCAGTGAC-----------AACGCCATGCAATTTTTCCCGTCAGCCCCACACTTGTACTATGTCAATGAAGTCTCTACTAAGTTTTAGTTAATATG-CTGA---TACGTCAATGCC--AT------------------TGT---TAC-TAT---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGTGTCC----TGATTCGACCACATCCTCACTACG--C-TC-TTC-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTGAC-----CCT----GTCCATGAAGACCATTCCACGTCCTTA---------------------TT---------------------G---------------------G----------------------TTTCTACAGCATTCCTACTA---------------CG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-TGTCCACCCA-A--TTAT-T-TA-AGGATGTAGTCATAATGT---GGCTGACTATGA
gi|19 : GAACGTCATGCAATATGTCATGTCAGTGCAACGCTTGTACCACGTCAATGAACTCCCTGCTGGGATTAAGA---TACG-TCGACACTACAGCTATGCC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCATTTAAAGTTCTTGCTGCGTCT----CGATTCCATCACGTCCTCACTACG----TT-TTT-AT---A-ACATATCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACATCCACGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GGACCACTTCAAGTCCTTATCGG----------------------TTT-----------CTACTGTGTTCCAACTACATACG-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTATTG-CGTCCACCC--A--CT-T-T-TG-AGAACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|2 : CACATTCATAAGAAGACCA---AGACTAAAA---GTCCTA--AA-GATTTCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-CGGAAAA-----AA---------------------CGTGCG-----ATTT-----T-TAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACATCGCTTCCAGATTATCACTGCGTCTAA-CACGTCCCC-GCTA-----------ATATCTT---AC----CACGCGCATA-ATCACGCGCGCA---CCAC---G--T---C---AAAT-GC------GTTCTTACTACGTCCTTACTACGTTC----TTAT---TAC----------GACCAATCATATCT-CAANNNNNNN-------NNNNNN-----NNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNN--TGC--TTACAACCCAGTGACAACGCAGTGAGAACGCCATGCAGTCTTTCCCATCAGCACCATGCTTGTACTACTTCAATGAAGTCTCTACTAGGTTTTATT---TACG-TTGATACTGCGTCATTGCT--GT------------------CAT---TAT-CTC---GTCATTATTAGGTTCTTACTGCTTTC----TGATTCAACCATGTCCTCACTACG----TT-TTT-TT---A-ACATGTTCAAAGTTTAACCACGTCTTCCACGTCCATGTATACCATTCCACGACCTTA---------------------TC---------------------G---------------------A----------------------TTT-----------CCACTG---------------CG-----------TTATTACTACAC----T--------GT---AC---A-A--A-----TTCTTACTG-CGTCCACCTG-A--TT-T-T-TA-AGGACGTTGTGGGAACGT---GGCTGATTGTGAggg
gi|20 : TTACAA--CGC--TTACAACCCAGTAA-----------AAACGCCATGCAATCCTTCTTGCCAGTGCCACGCTTGTACTACGTCAAAGAAGTCCCTGCTAGGTTTTAGT---AACG-CTGATACTACGTCAACGCC--GA------------------C-T---TAC-TAC---GTCC----------CTTATTGAGTCT----T----------------CACTACG-------TTT-TT---G-AGA---CCAAAGTTTGACCACGACCTCCACGTCCATTAAGACTATTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------GTTTTCTCCTAC----------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CG-----------C---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTGACATCCATC------TT-TAT-TG-AGAATGTAGTGGTAACGC---TGTTGAGTGTgat
gi|21 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGTtagtgg
gi|22 : CATGCAATCTTTCCCGTCAGCGCCATGCTTTTATT-TGTCAATGAAGTCCCTAATAGGTTTTAGT---TACA-TTGATACTACATCAATGTC--AT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTATGTCCTTACTGCATCCTGCATGATTCGACCACATCCTCACTACG--T-TTGTTT-TT---A-ACCTGTCCAAAGTTTGACCACGTACTCCATGTCTATGGAGAACATTCCACATCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTAATG---------------CG-----------T---------------T---------C---ACTTAA-A--G-----TT-GTA--G-CATCCACCCA-A--TTAT-T-TG-AGGATGTAGTGGGAATGT---TGCTGAGGGT
gi|23 : CTCACACACAGACGAAGATCATGGAGACCGCTCTGCGTCCTG--AA-AATTCCGATGAACGCAGCGGGGAAGTGGTCGAAA-TGTAAAA-----AAT-----------------A--TATGTA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTCCCA-ACTA-----------ATTTATT---A
gi|24 : tcccCCTTATAAAGTTCTGACTG-----------ATTTGACAACACCCTCACTATT--T-TT-TTT-TTTTCA-ATATGTCCAAAGTTTCACCACGTTCTTCATGTACATGGAGACAATTCCATGTCCTTA---------------------TC---------------------A---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTTCACAAA-A--TT-T-T-TG-AGAACATAGTGGGAATGC---GGCTGAGTGTGAtgcttccgttacaccagactagttctcagaacgtccgaccccgtcctacaa
gi|25 : -----------T---------------T--------GC---AC---ACA--G-----TT-TGAGCC-CGTTCGGCTACA--TT-T-T-TC-AGAACGTAGTGAGAACG----AGTTCGGTGTAAgag
gi|26 : ttgaacaggctcaaagttctggaacaccattcccgttcaaacccgtccgagttcgtccatgaagttcgtaatcagaccttaaaaggtccactcccgtCTCACACTCAGACGGAGGCCATGAAGACAGCCCTGCGTCCTGAAAA-AAAATCGATGAACGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGCTAA----------------------------------A-----ACTT-----T-CAAGTTCATATTA--Cagggggt
gi|27 : CGTTCATA---------------------TC--------------------------------------------------------------------------------CTACTT---------------CA-----------T---------------T--------GT---CT---A-AATG-----TTCTTACTT-CGTCCACTTA-A--TT-T-TCTG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GGCTGAGTGTGA
gi|28 : ttctactg---------------------G----------------------TTC-----------CTACTA---------------CA-----------T---------------T--------GT---AC---A-A--G-----TTCTTTCTT-CGTCCACCAA-A--TTGT-T-TG-AAGACGTAGTAGGAACGT---GGCTTAGTGTGAgggg
gi|3 : tttttactgcCTCACACTCAGACGAAGACAATGAAGATCGCACTGCGTCCTG--AC-AATTTCGATGAACGCAGCGAGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----AAA-----------------AAATGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--CGACTTTATCATGTCCCTGCCAAGTTCTCACTGCGTCTAA-CATGTCCCC-AATA-----------ATTTTTT---AC----CACGCGCATG-ATCACGCGCGTA---CCAC---A--C---C---CAAC-GC------GTTCTTAA-----------TACATCC----TTAC---TAC----------G--------T-TCT-TA------CG-------TCGACC-----A-TCAGATCTCA-------ACACACGCTCACG-----------ACGCGCTTATCG--CGC--TTACAACCCAGTGACATCATAGTGAGAACGCCATGCAATCATTCCCGTCAGCACCACGCGTGTACTGCGTCAATGAGGTCCCTACTAGGATTTAAT---GAAA-TTGATACTACGCCAATGTC--GT------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTGAGTTCTTTCTGCATCC----TGATTCTACCACGTCCTCACTGCG--T-TTGTTT-TG---A-ACATGTTCAAAGTTTGACCACGTCCTTCGAGTCCATGAAGACAATTCCACAT-CTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTACTA---------------CC-----------T---------------T--------GT---AC---T-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCACCTA-A--TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGAACGT---GACTGAGTGTGAggg
gi|4 : CACTCAGACGAAGACAATGATGACGGCTCTGCATCCTG--AA-AATTTTGATGAATGCAGCGGGGACATGGTCCAAA-TGG--TA-----AAA-----------------A--TATGCA--------------------------------GTCCTTACTACATCCTTACCAGGTTCTCAAGGTTTCTAA-CATGTCCCA-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCACATG-ATCACACGCGCA---TCAC---G--T---C---CATT-GC------TTTTTTAC-----------TATGTCC----TTAC---AAC----------A--------T-TCT-TA------CT-------ACAACC-----AATCAGCTCACA-------AC----------------------ACACGCTTACCA--CGC--TAACTGCCCAGTGACAATGCAATAAGAATGCCATCCAATCTTTCCCGTCGGTACCACACTTCTACTATGTCAATGAAGT-CATACTACGTTTTAGT---TAC-----ATGCAATGTCCTTATTAAGT------------------TTT---TACATGCAATGTCCTTATTAAGTTCTT-CTGCGTCC----TGATTTGACCACATCCTCACTACA----TA-CTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACTACATCCTCCATGTCCATGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TCGGACCACTCCATGTCCTTATCG---------------------G----------------------TTT-----------CTACTG---------------CGTTCCTACTATAT---------------T--------GT---AC---A-A--T-----TTC-TATTG-CGTCCACCCA-AT-TT-T-T-TG-AGAATGTAGTTGGAATGT---GGCTGAGTGTGAttag
gi|5 : cccGCGTCTTG--AA-AAGTTCGATGAACGCAGCGGGGACATGGTCGAAA-TG--ATA-----AAA-----------------A--TATGCA-----ATTG-----T-CAAGTTCATATTATGCGTCTTAACTTCGTCCCTGCCAGGTTCGTGCTGCGTCTAA-CACGTCCCC-ACTA-----------CTTTCTT---AC----GACGCGCATG-ATTACGCGCGCA---ACAC---G--C---C---C-TT-GC------GTTCTTAC-----------TACGTCC----TTAC---AAC----------A--------T-TCT-TA------CT-------ATGACC-----AATCAGATCCCA-------A-ACGCGCTTACC-----------ACGCACTTACCA--CGC--TAACAACGCAGTGACAACGCGATGAGAAAGCTATACAATATTTTCCGTCAGCGCCACACGTGTACTACGTCAATGAAGTTTCTACTAGGTTTTAGT---TACGTTTGGTACTACGTCGATGAC--GT------------------AAT---AAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTACTGCCTTC----TAATTCGACCACGTCCTCATTACG----TT-TTT-TT---A-TCATGTTCAAAGTTTAACCACGTCCTCCACGTCCATGGATACCCCTCCACGTCCTTA---------------------CC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------CTGCTG---------------CG-----------T---------------TCCTAATACGTTGGAC---A-G--G-----TTCTTAATG-CGTCCACCCA-A--TT-TGT-TG-AGGACGTAGTGGGAACAT---GGCAGAGTGTGAggg
gi|6 : ACGAATACCATGAAGACCGCATTGCGTCATA--AA-A--TTCGATGAACGCAGCGGGAACGTGGTCAAAAATG---AA-----GAA-----------------A--TGTGCA-----ATTT-----T-CAAGTTTATACTA--CGTCCTTACTACGTCCCTGCCAGGTTCTCACTGCGTCTAA-CACGTTCCA-ATTA-----------ATTTCTT---A-------------------ACACGCGCA--------------------------------------TGAT-----------CACGTCT----TTAC---TTA----------G--------T-TCT-CA------CA-------ACGACC-----A-TCAGATCTCA-------AC-----C-----------------CGCGCTTACTA--CGT--TTACAACTCAGTGACAACGCAGTGAGAACGTCATGCAATCTTTCACAACAGCACCACGCTTGTACTACATCAATGAAGTCCCTACAATGTTTTAGT---TACG-TTGATACTACGTTAATGCC--GT------------------CGT---TAC-AAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGCCC----TGATTCGACCAAGTTCTCACTACGTCT-TT-TTT-TT---A-ACATGTCCAAAGTTTGACCACGTGTTTCGCGTTCCTGGAGACTATTCCACGTCCTTATCAGACCACTCCACGTCCTTATC---------------------G---------------------G----------------------TTT-----------TTACTG---------------CG-----------TCTCAGTCTACTACGTT--------GT---AC---G-A--G-----TTCTTACTG-AGTACAACCA-A--------------GACGTAATGGGAACTT---GGCTAAGTGTGAagg
gi|7 : CCCACATTCAGACGAAGACCATAAAGACCGCTATGTTTTCCG--AA-AATGTCGATGACCACAGTGGGGACATGGTCAAAA-TGGTAAA-----ACT-----------------A--TGT--A-----ATTT-----T-CAAGTTCATACTA--TATTCTTACTACATCTCTGCCAGATTCTCACTGCGTT----------CCA-ACTA-----------ATTACTT---AC----CACGCACATG-ATCACGCACGCA---TCAC---G--T---T---CAAT-GC------GTTCTTAC-----------TGCAT-------------------------------------TCT-TA------CT-------ACGACC-----AATCAGAT---A-------ACAT---------------------CACGCTTACAA--CCCAGTGACAACGCAGTAACAACGCAATGAGAACGCCATGCAATCTTCCCCGTCAGTACCACGCCTGTACCCCGTCAATGAATTCCCTACTAGGTTTTTGC---TACG-TTGAGACTACGTCAATGCC--GC------------------CGTAACTAC-TAC---GTCTTTATTAAGTTCTTATTGCATCC----TGATTCACCCACGCCCTCACTACG--T-TT-TTT-CTA--A-ACATGTCCAAAATTTGACCACGTCCTCCACGGCCATGGATACCATTTCACGTCTTTA---------------------TC---------------------G---------------------ggg
gi|7 : cccaCA-A--TT-T-T-TTTAGGACGGAGTGGGAACGT---GGCTGAGTATGAcaatttttttaggacggagtgggaacgtggctgagtatgagggg
gi|8 : cccacccacattcagacgaagaccataaagaccgctatgttttccgaaaatgtcgatgaccacagtggggacatggtcaaaatggtaaaactatgtaattttcaagttcatactatattcttactacatctctgccagattctcactgcgttccaactaattacttaccacgcacatgatcacgcacgcatcacgttcaatgcgttcttactgcattcttactacgaccaatcagataacatcacgcttacaacccagtgacaacgcagtaacaacgcaatgagaacgccatgcaatcttccccgtcagtaccacgcctgtaccccgtcaatgaattccctactaggtttttgctacgttgagactacgtcaatgccgccgtaactactacgtctttattaagttcttattgcatcctgattcacccacgccctcactacgttttttctaaacatgtccaaaatttgaccacgtcctccacggccatggataccatttcacgtctttatcgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A----------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTAC-----------TACGTTC------------------------G--------T-------------------------ACC-----AATCAGATCTCA-------ACACGCGCT----------------------TACCA--CGC--TTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgggg
gi|9 : ccccgTCAAACTCAGACGAACACCATGAAA-----------TCCTG--AA-CATTTCGATGA-CGCAGCGGGGACGTGGTCAAAA-TGGAAAA-----A----------------------TGTGCA-----ATTT-----T-CAA-------------GTTCATA-TACGTCCTT--------------------AA-CACGTCCCC-ACTT-----------ATTTCTT---AC----CACGCGCATA-ATCAAGCGCGCA---TCAC---G--C---C---CAAT-GC------GTTCTTAC-----------TACGTTC------------------------G--------T-------------------------ACC-----AATCAGATCTCA-------ACACGCGCT----------------------TACCA--CGC--TTACAACCCAGCGA-----------GAACGCCATGCAATCTTTCCCATCAGCGCTACGGTTGTACTACGTCAATGAAAACACTACTAGGTCTTAGT---TACG-GTGATATTTCGTCCATCTC---T------------------CGT---TAC-TAC---GTCCTTATTAAGTTCTTACTGCGTCC----TGATTTGACCACGTCTTCTATACG--C-TT-TTTGTT---AGACATGTCCAAAGTTTGACCACGTCCTCCACGTCCAAGGAGACCACTCCACGTCCTTA---------------------TC---------------------G---------------------G----------------------CTT-----------CTACTG---------------CG-----------TTCCTACTACGT----T--------AT---AC---A-A--G-----TTCTTACTG-CGTCCAATT-----TT-T-T-TG-AGGACGTAGTGGGGACGC---AGCTGAGTGTGAgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGG