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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-10004 )    :     TTTTTATACAGATGATATA-TAATCCCTTTGTTTGAAATCTGATAAT----------A---A-TCATTCGCTT--TAATAGTCAAAACTTT-AAAAATGGAATCTTAATTAC-----ATAACAAGTTCATTATTCATAATTGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCATGGAGATCAATCTGAGCGGACTATACNNTNCNAATTTNTTNAATAAAACTGTGATAGGTCAGTTATCNAATTAANCAATTT-----TA-GTT----ANTT----GTTTGTACATCT---------GATCAATC--A--G--TCA-T-A-TCAGGGATTAGCGACCTTCCATCGAGAACACTCCAAACACAGCGTTTGTTTACATGCGACTGATAGCTG--TT---TGTCGACTTTT-CATAGAC--T--CACACGTTTAGGTGCATAAAACCAGTCAGTGGATA--AAATAAACACAT--AGAGGATAAACCAGTCCACAGAGTACGAAAATAATATT---GGAAA-A-ACCCGAATT------TTAACA-T---T-TCAC---NAAATAG---AATTTCTTTG-GCCCTTTT-ATTTATTTTTTACA--ATATA--AGAGGTGACATGGTCATTTTATTATGCATTGT-ACCGCATGTTT-GGTGTTTG-------------A-----TT--------C----------ATTTATTATGTG-----TT--TTC--TTCCGTTGNAACA-----------A-----------CTACGCATAG-GGCTAACGTATAAGCGTAT
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGGAACA-----------A-----------CTACGCGTAA-AGCTGATGTATAAGGGTAT
gi|2                          : cccaTTTTTATACAGATGACAT-TTAATCGCTTGGTTTGAAATCTTATAA---A------------A--CATTCACTT---AATAATCAAAAATCT-AAAAATGAAATCTTAATTAA-----TTAACAAGTTCATTATTCAT---TGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCTTTGAGATCAATTTGAGTGGGCTATACAATTTTAATTTGTTCAATAAAACTGTGATAGGTCAGTTATCTAATTAAGCAATTTTAT----TTT----AATT----GTTTGGACATCT---------GAACAATG--AG--TCATT-ATCAGGCATAAGCAACCTTCCATCTAAAACACTCCAAACACTGCATTTGTTTCCATGCGACGCATA------------GTCGACTTTT-AGTAGACTGTCACATGTTTAGGTGCATAAAACGAATCAATGGACA--AAATAAACACAC--AGAGGATAAACCAA---ACAGAGTATGAAAAC------------------CCCAAATT------TTAACA-C---T-TCCA---CAAATAG---AATTTCTTTG---CGTTCT--TTTATTTTTT-----ATAGA--AGAGGTGACAAGGTCATCATAATGTGCACTGTAACCCTA-GTTT-GATGTTTG-------------AGCC--TT--------TTAAAGTATAAATTTATTATGTA-----TT--TTC--CACCCATGGAACA-----------A-----------CTGCATATAG-GGCTAAAATATAAGCGTATatcaagt
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Reference ( family-10004 )    :     TTTTTATACAGATGATAT-ATAATCCCTTTGTTTGAAATCTGATAA-T-A------------A-TCATTCACTT--TAATAGTCAAAANTCT-AAAAATGGAATCTTAATTAC-----ATAACAAGTTCATTATTCATAATTGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCATNGAGATCAATCTGAGCGGACTATACGCTGTTAATTTNTTNAATAAAACTGTGATAGGTCAGTNATCCAATTAAGCAATTT-CAT----GTT----ANTT----GTTTGTACANCT---------GATCAATC--AG--TCA-T-ATCAGGGATTAGCGACCTTCCATCGAGAACACTCCAAACACAGCGTTTGTTTACATGCGACTGATAGCTG--TT---TGTCGACTTTT-CATAGACTGTCACACGTTTAGGTGCATAAAACCAGTCAGTGGATA--AAATAAACACAT--AGAGGATAAACCAGTCCACAGAGTACGAAAATAATATT---GGAAA-A-ACCCGAATT------TTAACA-T---T-TCAC---NAAATAG---AATTTCTTTG-GCCCTTTT-ATTTATTTTTTACA--ATATA--AGAGGTGACATGGTCATTNTATTATGCATTGT-ACCGCATGTTT-GGTGTTTG-------------A-----TT--------C----------ATTTATTATGTG-----TT--TTC--TTCCGTTGNAACA-----------A-----------CTACGCGTAG-GGCTAATGTATAAGCGTAT
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gi|10                         :     TTTTTATACAGATGATATAATTATCCTTTTGTTCAAAACCTGATAATT-AACATGATAATTTA-TTATTCAC-T--TAATAGTCAAAACTTT-ACAACTGGAATCATAATAACTTATTATAACA--TTCATTATTCATAATT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                     CAATGTACAT----GCT----ATTTACGGGTTGGTACAACA---------GATCAAGC--AGAGCCA-TTATCAGGGACTAGCGACCT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAGACCAGCCAGTGGATA--AAATGAACACAT--AG--GAAAAACCAATCAACAGAGTAAAAAAATAATATTG--GGAAA-A-ACCAGATTT------TCTACA-T---T-TTACTATTAAATAA---AATCTCTTTG-acaatgtacatgttatttacggnnnnnnnnnngtgtacatgttatttacgggtttgtacaact
gi|13                         :     TTTTTTTACAGATGATAT-ATAATCCCTTTGTTTGAAATCTG---A-T-A------------A-TTATTCA-TT--TAATAGTCAAAAATCT-GAAAATGACACCTTAATTAT-----TTAACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A--ATAAA--AGACATGACATGGTCATTATATTGTGCATTGT-ACTGCATGTTT-AGTGTTTG-------------A-----
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                       atagaaAT----GTT----ATTTACGGGTTTGTACAACT---------GATCAAGCAAAG--CCA-TAATCAGGGACTAGCGACCTgctttgtaaaatattc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGGAACA-----------A-----------CTACGCGTAA-AGCTGATGTATAAGGGTAT
gi|2                          : cccaTTTTTATACAGATGACAT-TTAATCGCTTGGTTTGAAATCTTATAA---A------------A--CATTCACTT---AATAATCAAAAATCT-AAAAATGAAATCTTAATTAA-----TTAACAAGTTCATTATTCAT---TGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCTTTGAGATCAATTTGAGTGGGCTATACAATTTTAATTTGTTCAATAAAACTGTGATAGGTCAGTTATCTAATTAAGCAATTT-TAT----TTT----AATT----GTTTGGACATCT---------GAACAATG--AG--TCATT-ATCAGGCATAAGCAACCTTCCATCTAAAACACTCCAAACACTGCATTTGTTTCCATGCGACGCATA------------GTCGACTTTT-AGTAGACTGTCACATGTTTAGGTGCATAAAACGAATCAATGGACA--AAATAAACACAC--AGAGGATAAACCAA---ACAGAGTATGAAAAC------------------CCCAAATT------TTAACA-C---T-TCCA---CAAATAG---AATTTCTTTG---CGTTCT--TTTATTTTTT-----ATAGA--AGAGGTGACAAGGTCATCATAATGTGCACTGTAACCCTA-GTTT-GATGTTTG-------------AGCC--TT--------TTAAAGTATAAATTTATTATGTA-----TT--TTC--CACCCATGGAACA-----------A-----------CTGCATATAG-GGCTAAAATATAAGCGTATatcaagt
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                        AACTGTGATAAGTCAGTTATCGAATTAAAAAATTT-CATTTTAGGT----AATT----ATTTGTACATCTCTGCTATCTGATCAATC--AGAGTCA-T---CAGGGATTAGCGATGTTCCATCGAGAACACTCCAAACACAGCATTTGTTTACATGCG---GAT----G--TT---TGTCAACATTT-CATAGACTGTCACACGTTTAGTTGCATAAACCCAGTCAGGGAATA--AAATAAACTCAT--AGAGGA-AAAACAGTCTACAGAGTATGAAAATAAAATT---GGAAG-A-ACCCGAATA------TTTACACT---T-TCTC---CAAATAAAATAATTTCTTTG-gaaca
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAGA--ATATAGAAGAGGTGACCTGGTCATCATATTATGCATTAT-ACTGCATGTTT-GGTGTTTG-------------A------G--------C----------TTTTA-AAAATA-----TTCATTCAACACCCATGGAACA-----------A-----------ATACGCATAG-GGTTAATGTTTAAGCATATta


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blockSeqs                     :                       .  A    C                   TCA              T          T            AA   .                    .          A             A                           G               A        C          C  A                      A                 .   .      .    T  ACGG         A  .                AG  AG   TA                    T                T    A  G              A     CGCTGTT                .              CG               C             .         A   .   A   T       TCT   G    T      A     G       AT    C     A          ACT    .    C         .            TG       A    T    T ACA   T G GA                  A             .           A        AGCCTTTTAAAATATTC                                   TTCA        .    G    G    GCCATGGAACAT                     .
blockSeqs                     :                       .  A    C                   TA               T          T            AA   .                    .          A             T                           G               A                                             T                 .   .      .    A  .            T  .                .   .    TT                    C                A    A  A              G     GTT                    .              TT               C             .         T   .   A   C       TCC   G    T      A     .       A     T     .          ACT    .    G         .            .        A    A    T AGA   A T .                   T             .           G        AGGCTGTTAAAATATGC                                   TTA         .    T    T    A                                .
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lowQualScore                  :                       .  .    .               .   ................ ..       . ... .        ..   .    .               .....      .             .                           .    .          .        .          .  .                      .   .             .   ....   .... .  ....         .  .........        ..... ...  . .                   .                .    .  .              . .   ................        .              ..  .            .   .         ..        .   ..  .   .       ...   .    .      .     ...     ...   .     ......       ..   ..   . .    ...          ...       ..   . .  . ..... . . ..                  .             .   .       ..                      .         .   .......      .    ............     ...........      .   .                   
lowQualScore                  :                       0  4    4               8   8888888888888888 88       8 888 8        88   0    6               77777      2             0                           0    8          0        7          0  0                      0   2             0   2222   2222 0  3333         0  777777777        33333 333  7 0                   4                0    0  6              8 6   4444444444444444        0              66  6            0   3         99        7   99  7   9       111   3    7      7     777     999   4     444444       99   99   9 1    888          666       88   0 8  0 00000 7 6 77                  0             7   4       11                      0         7   3333333      0    111111111111     11111111111      7   7                   
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Reference ( family-10004 )    :     TTTTTATACAGATGATAT-ATAATCCCTTTGTTTGAAATCTGATAA-T-A------------A-TCATTCACTT--TAATAGTCAAAANTCT-AAAAATGGAATCTTAATTAC-----ATAACAAGTTCATTATTCATAATTGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCATNGAGATCAATCTGAGCGGACTATACGCTGTTAATTTNTTNAATAAAACTGTGATAGGTCAGTNATCCAATTAAGCAATTT-CAT----GTT----ANTT----GTTTGTACANCT---------GATCAATC--A--G--TCA-TTATCAGGGATTAGCGACCTTCCATCGAGAACACTCCAAACACAGCGTTTGTTTACATGCGACTGAT--CTG--TT-GT----CGACTTTT-CATAGACTGTCACACGTTTAGGTGCATAAAACCAGTCAGTGGATA--AAATAAACACAT--AGAGGATAAACCAGTCCACAGAGTACGAAAATAATATT---GGAAA-A-ACCCGAATT------TTAACAC--TTT--CACNAAATAG---AATTTCTTTG-G-CCCTTTT-ATTTATTTTTTACA--ATATA--AGAGGTGACATGGTCATTNTATTATGCATTGT-ACCGCATGTTT-GGTGTTTGAGCCTTTTAAAATATNCATTTATTATGTGT----TATTCTTCCGTTG-----------NAACAA-----------CTACGCGTAG-GGCTAATGTATAAGCGTAT
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gi|2                          : cccaTTTTTATACAGATGACAT-TTAATCGCTTGGTTTGAAATCTTATAA---A------------A--CATTCACTT---AATAATCAAAAATCT-AAAAATGAAATCTTAATTAA-----TTAACAAGTTCATTATTCAT---TGTCAGTCGCTGAAAGTGTTTCCTTTGAGATCAATTTGAGTGGGCTATACAATTTTAATTTGTTCAATAAAACTGTGATAGGTCAGTTATCTAATTAAGCAATTT-TAT----TTT----AATT----GTTTGGACATCT---------GAACAATG--A--G--TCA-TTATCAGGCATAAGCAACCTTCCATCTAAAACACTCCAAACACTGCATTTGTTTCCATGCGACGCAT--A-------GT----CGACTTTT-AGTAGACTGTCACATGTTTAGGTGCATAAAACGAATCAATGGACA--AAATAAACACAC--AGAGGATAAACCAA---ACAGAGTATGAAAAC------------------CCCAAATT------TTAACAC--TTC--CAC-AAATAG---AATTTCTTTG----CGTTCT--TTTATTTTTT-----ATAGA--AGAGGTGACAAGGTCATCATAATGTGCACTGTAACCCTA-GTTT-GATGTTTGAGCCTTTTAAAGTATAAATTTATTATGTAT----T-TTCCACCCATG-----------GAACAA-----------CTGCATATAG-GGCTAAAATATAAGCGTATatcaagt
gi|3                          :                                                                                                        aGAATCTTAATTAC-----ATAACAAGTTCATTATTCATAATTGCCAGTCACAGAAAATGTTTCCATGGAGATCAATCTGAGCAGACTATACCCTGCAAATTTCTTAAATAAAACTGTGATAGGTCAGTAATCCAATTAAACAATTT-CAT----GTTAATGACTT----GTTTGTACACCT---------GGTCAATCAGA--G--TCA-TTATCAGGGATTAGTGACCTCTGACAGAGAACAATCCATACAGAGTGTTTGTTTACATGTGACTGACCGCTGT-TT-GT----CAACTTTT-CATAGACTGTCA---------------AAAA----------GAGA--GAATAAAC-C------AGAACA---CAG-------AGTTTGAAAATAATATT---GAAAATG-ACCTGAATT------TTA--AC--TTT--CACGCCATAG---AATTTCTTTGAG-CCCTATT-ATTCTTTTTTTACA--G---A--AGAGCTGACATGGTCATTTTATCATGCATTGT-ACCACATGTTT-TGTGTTTGAGCCTTTTAAAATATTCTTTTATTATGTGTTTGCTTTTCTTTGGTTG-----------TAACAC-----------CCATGatcatatatgagcg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                        AACTGTGATAAGTCAGTTATCGAATTAAAAAATTT-CATTTTAGGT----AATT----ATTTGTACATCTCTGCTATCTGATCAATC--A--G----AGTCATCAGGGATTAGCGATGTTCCATCGAGAACACTCCAAACACAGCATTTGTTTACATGCG---GAT--GT---TT-GT----CAACATTT-CATAGACTGTCACACGTTTAGTTGCATAAACCCAGTCAGGGAATA--AAATAAACTCAT--AGAGGA-AAAACAGTCTACAGAGTATGAAAATAAAATT---GGAAG-A-ACCCGAATA------TTTACAC--TTT--CTCCAAATAAAATAATTTCTTTG-gaaca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAAAACGGTCAATGAATA--AAATAAACACAC--AGAGGATAAACCAGTCCACA-----CGGAAACAATATTTGGGGAAA-A-A---AAATTA-----TTAGCGC--TAT--TACTA------------------------TTTT-ATTAAT-------A--GAATA--AGAGTCGACATGGTCATTTTATTATGCATTGT-ACTACATGTTTTAGTGTTTGAGGCTGTTAAAATATGCATTTATTATGTGT----TATTATTGTGTTGTAACACCCATAGAACAA-----------CTATGCATAG-GGCTAACGTATAAGCGTAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcacatattttcgtgaaatactaAAA-ATATCCGAACTAAGTATTCAACAC--TTT--CACCAAATAA---AATTTCTTTGTG-CCCTTTTTATTT-TTTTTTACAGAATATAGAAGAGGTGACATGGT--------TATGCATTGT-ACTGTATGTTT-GGTATTTGAGCCTTTTAATATATTCATTTATTATGTG------ATTCTTTGGTTG-----------TAACAGCCATGGAACATCTATGTGTAGTGGC-AATGTTTAAGCGTAatgaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attatcaaccaTTTCATCAAGAACACTC-----------TTTGTTTATATACAGCTGATACCTGGATT-GTGTATTGATTTTTTCACAGTCTGTCACATTTTTATGCGCATAAAACCAGACAGTGGATACAAGAAAAATACATTCAGTGGATAAACCAGTCCACATAGTATGAAAATTATATT---GAAAA-A-TCAAGATTT------TTAACACAAGTT--TACAAAATGG---AATTT
gi|8                          :                       -ATAATCTATTTGTTTAAAGTCTGATAC-TCA------------A-TCATTTGCTT--TA-TAGCCAAA-GTCT-AAAAATAAAATTGTAATTGC-----ATAA---GTTCAGTATTCATTATTGTCAGTAGCTGAAAGTGTTTCCATGGAGACCAATCTGAGCAGACTGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAGA--ATATAGAAGAGGTGACCTGGTCATCATATTATGCATTAT-ACTGCATGTTT-GGTGTTTGAGCTTTTAAAAATATTCATTCAACA----------------CCCATG-----------GAACAA-----------ATACGCATAG-GGTTAATGTTTAAGCATATta