lowQualScore : 111 1 1 1 2222222 33333333 22222222 11 555555555555555555 1111 2 2222222 11 1 111 1111 22222222 111111 555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 0 999 5 3 2 5555555 7 4 22222222 00000000 11 1 2 9999 666666666666666666 7777 0 8 0000000 3 6 55 0 5 000 2 2 888 0000 888 5 22222222 66 000000 4 4 333333333333333333333333333333333333333333 1 1111111111111111111 4 0 1 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77777 33 7 3 1 44 1
lowQualScore : . . ... . . . ....... . . ........ ........ .. . . .... .................. .... . . ....... . . .. . . ... . . ... .... ... . ........ .. ...... . . .......................................... . ................... . . . .. ......................................................................... ..... .. . . . .. .
lowQualScore : 7 7 333 0 3 0 3333333 3 0 33333333 44444444 00 0 2 0000 222222222222222222 0000 6 0 6666666 0 7 00 1 7 000 2 2 888 6666 888 0 99999999 11 222222 4 4 888888888888888888888888888888888888888888 6 2222222222222222222 3 2 0 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777 88 2 6 6 33 6
consensus : ATAANAATTAAATATTT-ATT-AT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATNT---AAA-CTTGAAACGGTCTTNTGAA--CTAGAAATTGTTTTCAAAGAA----A--AC----C--A-TCTCCCC----ACTGTCCT-CTT-TATCCAATTTAGGAGTTGCANAG-AGATAATATATNTT-T---AAATCAAAG---A----G---ACATAACT-GT--TTNAN-AA--AC--CATCGG-A-CCAGAAAGCC------GCA--------AC--------TA---TATGCACAACTAGA---CTTCA-T-GCCGATACTTCCTACAAAGTTTCAT--CAA-AAT------------C-CAATGAACG--GTTAA-------G------A---A------G-TG-----T----GG-----ACAAGATTTCTATTTT-AAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
Reference ( gi|3 ) : ATAAGAATTGAATATGT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAA----A--AC----C----TCTCCCT----ACTGTCCTACTT-TATCAAAACTGGGAGTTGCAAAA-AGATAATATATGTT-T---AAATCAAAG---A----G---ACATAACT-GT--TTGAT-AA--AC--TATTGG-A-CTAGTAAGTC------GCA--------AC--------TA---CATGCACAACTAGA---TTTCC-T-ATCAAAATTTCCTACAAATTTTCAT--CAA-TAT------------T-CAATGAACG--ATTAA-------G------A---A------G-TG-----T----GG-----ACAAGGTTTTTATTTT-AAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|4 : ATAAGAATTGCATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CCAGAAATTATTTTCAAAGAA----A--AC----G----TCTCCTT----ACTGTCCTACTT-TATCAAAACTGGGAATTGCAAAG-AGATAATATATGTT-T---AAATCAAAG---A----G---ACGTAACT-GT--TTAAT-AA--AC--TATTGG-A-CTAGTAAGTC------GCA--------AC--------TA---CATGCACAACTAGA-----TCCAT-ATCAAAATTTCCTACAAATTTTCAT--CAA-TAT------------T-CAATGAACG--ATTAA-------G------A---A------A-TG-----T----GG-----ACAAGGTTTCTATTTT-AAAACATTGAAAGGGGCATAATTCTTT
gi|2 : ATAACAATTAACCATTTTATTAATGCTTTAAACT--GTTACAAATATGT---A-----TGGACCA--TTTAT-AA--CTAGAAATCGTCATTAAAGAA----A--ACATGTC----T-TCCCTGGTGACTGTCCT-CTTAAACCCAATTTAGGAGTTGGACAG-GGAAAATATATTTT-TGAAAAATAGAAG---A----G---TCATTACG-GT--TTTA--AA--AC--CACTGG-A-C-AATAAAACCACTGGACAATAAAACCAC--------TACAGCATGTAGAACTAGA---CTGAA-T-GTTACTACTT-TTACAAAGTTTTAA--CAA--AC------------C-AAATGAAAG--GTTAA-------GGATATAA---A------G-TG-----C----AG-----ATAA------TATTTTCAGAAAATTGAAAGGAGCATAACTCTCTTTAAa
gi|5 : aAAAATAAAATATTT-GTT-AT-TAT-AAATCAT----CAAAT-TCTCACAAAACTTGAGATGGT------AA--CACGACATTGT----GAAAAA----A--AG----CATA-TCTTCCC----ATTGTCCTTTTT-TATCATATTTCGGTGTTAGACAA-ATA-AACATATATAAT---ACATCAAAA---A----G---ATATAACT-GT--C--ATAAA--AC--AATCGT-A-CCTGAAAGAC------ACA--------ATTATAATTATA---TATACACAACTATA------CCGTAATTAATTCTTCCTACAAGTGTT-AT--CAA-AAT------------C-CAACGAGCA--ATTAAAGGAGATA------A---A------A-TG-----C----GA-----ACACGACTTTTA---T-AAAACAT--AATGGGATATAA--CTCTTAAA
gi|1 : TCTTTTAAAAACTATATTTTTTTTTCAAAGAAAATGA--AT----A----TCTCCCC----ACTGACCT-CTT-TATCCA-------AGTTGCAAAATAGAC----TATTTT-T---ATACC-------A----G---ACATACTT-GT--CTTA--AA--ACTTTACTGATA-C-AGAAAGCCACTT--GTA--------AC--------TA---TGTGTAGAACTACA---GTTCG-T-GCTTATACGTCATACAAAGTTTGAT--CG-------------------CA------------GA-------G------A---A---------------T----GA-----AC-----TTATATATC-AAAATATTTAAAGAGGCGTAACTCTCTCAAca
gi|19 : A--CTAGAAATTATTTAAAAAAAA----ACAAC----CCAAGTCTTCCC----ACTGTCCTCTTT-TACCCAATTTAAGAGTTACACAG-AGAttcatctgaccaagaccctgtgatgacatgcacaactaaacttcacaatgaaaatacctacaaagttccatcagcatccataatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|7 : AGA-AAATTATAAATTTC-T---AAA--AAAGCACA----GCTGATATAACT-TTCTTTAAT-AT---C--CATCAG-A-CCAG-AA-----------A--------AC--------TA---TATACACAACTATA---ATTCA-T-ACTGAAATTTTCTTCAAAATTTAAT--TAC-AGT------------G-CAATGAAAGTTTTTGA-------G------ATGGA------G-TG-----T----AG-----ACAAAATTTCTATTTC-AAAAAATTAAAAGGGaa
gi|9 : gTAT-TT-T---AAAACAAAG---AAAGGG---GCTTAACC-CT--TTTAA-AA--AT--CGTAAG-A-TCAA-AACAC------TCA--------CC--------GT---CATACACAACTAGA---CTTC----AT---------------ACTTTCAT--CAA--AT------------TCCACTGAGTG--GTAAA-------G------A---A------GATGAAGTTT----GG-----ACAACGTTTtaaattcaaggtaaattcaattaaattcagcagactggaa
gi|6 : gacacaatttcTGTT-T---AAATCAAAC---A----G---ACATAACT-GT--CTTAG-AA--AT--CA--GA-AGCCAGAAAACT------ACT--------TC--------TA---TATGTAAAGCAAGA---CTTCA-T-ACTTATACTTCCTACAAAGTTTCAT--AAA-AAA------------C-AAACAAACA--GTTAA-------G------A---A------AATGAAACAT----GG-----ACAAGATTTCTATTTA-AAGAAATTAAAAGGGTTATTACTCTccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
gi|10 : gaaaacatgtttccacactgtcttctttcacccaatatagcagtttttAATCTAAG---A----G---TCACAACTCAT--TCAAA-AATAAT--AATAGG-A-CAAGAATGCC------GCA--------AC--------AA---TCTGCACAACTACAATGTTTGC-T-TTCTATATGT---AAAAGGTTTTATAACAAATAT---------------GATGAACG--GT----------A------A---A------G-TG-----TAATAGGCTGAAACAAGATCTGAATCAT-AAAACATACAGAAGGTCATAACTCTTCTAAA
gi|11 : A--AC--TAT-GA-A-C-AGAACGCT------GCT--------AT--------GA---TATGCAAAACTAAC---CTTCA-T-GCCGATACTTCCTATAAAATTTCAT--CAA-AATCTGTTTGACTTGT-CAAGGA--G--ATGAA-------A------A-------------G-----T----GG-----AGATGGTTTCTACTTT-A----ATTCATAGCGCTATAACTCTagcca
gi|13 : aatGCACAAATAGA---CTTCA-T-GCTGA--CTTTCTAAAAAGTTTCAT--CAA-------------------AATGAATG--GTTAATGAGGC-A------A---A------G-TG-----T----AG-----GCAAGATTTCTCTTTT-A
gi|16 : cagcagactggaaatgtatgatataaaTTCCTACAAAGTTTCAT--CAA-AAT------------C-CAATGAGTG--GTTAC-------G------A---G------A-TG-----ctcttttaaaaact
gi|14 : TTCAT--TAA-AAT------------T-TAATAAATG--ATTAA-------G------A---AAATGACA-TG-----T----TG-----ATAAGACTTCTaaatgtgttttaagtttttttaacagacagatggacaagacaaaaacaatatatatcacccc
gi|22 : ataaaga----GG-----ACAAGATTTCTGTTTT-AAAACATTGAAAGGGGCATAACTCgactgacagatggacggacttacggatggacagatgccaacatttaaacagtcagacagaacaaaaaata
gi|9 : G-----ACACAATTTCTATTTT-AAAACAAAGAAAGGGGCTTAACCCTTTTAAA
gi|8 : AAAGGGCCATAACTCTCTCAAAaatcgtaagatcaaaacactcaccgtcatacacaactagacttcatactttcatcaaattccactgagtggtaaagaagatgaagtttggacaacgtttccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTGAAAGGTTCATCATTCTCTAAAAAGTCATCAGACATGAACAATGGCCAAACAATATGCACCCCTAAACTTTGTACTACTGATGTTGCCTAAAAAGTTTCATCCAAATCTCATAAGCAGTTGGGGATGAAG
Unaligned ( gi|15 ): GTAAGTTTCATCAAAATTCAATAAGTGGTTAAAGAGATTTCTGAATGACAGACAAATGGAAAGGACAAAAAAGTATGTCACCTGCAGAAAATGGGGAGACATAAATA
Unaligned ( gi|17 ): ACTTCGTACTTATATTTCCTAGCATGTTTCATAAAAATCAGATGAATACTAACTGTCGAGGTTCAGAAATATAAAATATGGACAGA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCAAAACTGCTCTTGATACAGACACATTCCATCAGTTTCATCAAATCTGTTGAATTATATGTACAAGGAGATATTAAATGGA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCTGATGACCAGACAGACAAACAGGACAAAAACAATATATCATCGCAGAAAAGGGGAGACATAAATAT
Unaligned ( gi|21 ): CACCAGACAAGTACCCCACATTGAATGATAAGCCTAAGTATACTTCATACATTAACTTCCTACA
Alignments
lowQualScore : 1 2 11 1 22222222222 5555555555555 11111 1 1 1 111111 22222222222222222222 11111111 111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 0 0 33 6 3 2 0 3 1 44444444444 44 3 3 8 99 2 777 2222222222222 44444 1 7 5 0 77 2 4 2 777 9999 5 777 777 666 88888888 7777 2 3 1 4 222222 3 3 33333333333333333333 3 888888 00000000 555 0 1 2 999999999 777777 2 444 2 33 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000 0 22
lowQualScore : . . . .. . . . . . . ........... .. . . . .. . ... ............. ..... . . . . .. . . . ... .... . ... ... ... ........ .... . . . . ...... . . .................... . ...... ........ ... . . . ......... ...... . ... . .. . .................................................. . ..
lowQualScore : 0 0 0 88 5 2 5 0 2 0 88888888888 55 2 8 2 22 2 777 3333333333333 33333 4 1 7 7 99 1 5 8 222 1111 3 888 000 444 66666666 0000 5 3 0 0 555555 1 1 33333333333333333333 5 222222 44444444 000 6 1 7 333333333 222222 4 111 4 44 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000 5 22
consensus : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCATT--TTCAAATTATGTT-CAAATATTT----AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAA-----CG--CG--TCTCCCC-----ACTGTCCT-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNT-CTTAAAAACCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----------AACNA------TA--------T---GCACAACTAGACT-TCATACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
Reference ( family-854 ) : ATAANAATTAAATATTT-ATT-ATT--TTCAAATTATGTT-CAAATATNT----AAACTT-GAAACGGTCTTNTGAA--CTAGAAATTGTTTTCAAAGAAAA-----C---CA--TCTCCCC-----ACTGTCCT-CTTT-A-TCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTGT-TTNANAAACCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----------AACTA------TA--------T---GCACAACTAGACT-TCATGCC---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|1 : TCTTTTAAAAACTATATTTTTTTTTCAAAGAAAA-----TGAATA--TCTCCCC-----ACTGACCT-CTTT-A-TCCAA-------GTTGCAAA---ATAG---ACTATTTTT---AT---AC---CA-----------G---ACATACTTGT-CTTA-AAACTTTAC---TGA-TACAGAA----AGCCACTTGT------AACTA------TG--------T---GTAGAACTACAGT-TCGTGCT---TATACGTCATAC------AAAGTTTGATC----------------GCA--G----A-------G------A---A--------------T----G-----A-----AC-----TTATATATCAAAATATTTAAAGAGGCGTAACTCTCTCAA
gi|1 : TCGCAGAGA-ATGAACTTATATATCA---AA---ATATTTAAAG---A----G---GCGTAACTCT-CTCA--ATTCAT-C---TGA-C-CAAGA----CCCTGT----------GATGA------CA--------T---GCACAACTAAACT-TCACAAT---GAAAATACCTAC------AAAGTTCCATCA-GCATCC---ATAATATT--GTTATATATT---G------A---AG-T-----A-----T----G-----T-----CCAATATTTCCAttcatctgaccaagaccctgtgatgacatgcacaactaaacttcacaatgaaaatacctacaaagttccatcagcatccataatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|10 : tcttttaaaaactatatttttttttcaaagaaaatgaatatctccccactgacctctttatccaagttgcaaaatagactatttttataccagacatacttgtcttaaaactttactgatacagaaagccacttgtaactatgtgtagaactacagttcgtgcttatacgtcatacaaagtttgaA---AT---CTAAG---A----G---TCACAACTCA-TTCAAAAATAAT-AATAGGA-C-AAGAA----TGCCGC----------AACAA------TC--------T---GCACAACTACA-----ATGTT-----TGCTTTCTATATGTAAAAGGTTTTATAACAAATAT-G-ATGA-ACG--GT-----------A------A---AG-T-----G-----TAATAG-----GCTGAAACAAGATCTGAATCATAAAACATACAGAAGGTCATAACTCTTCTAAAatgaatag
gi|11 : AACTAT------GA-A-CAGAA----CGCTGC----------TATGA------TA--------T---GCAAAACTAACCT-TCATGCC---GATACTTCCTAT------AAAATTTCATCA-AAATCT-GTTTGA-CTT--GTCA-A-------G------G---AGATGAAAAG-----T----G-----G-----AGATGGTTTCTACTTTA----ATTCATAGCGCTATAACTCTagcca
gi|12 : aatCATCATTCT-CTAAAAAGTCAT-C---AGA-C-ATGAACAATGGCCA-----------AACAA------TA--------T---GCACCCCTAAACT-TTGTACTACTGATGTTGCCTAA------AAAGTTTCATCC-AAATCT-C-ATAA-GCA--GTTG-G-------G------G---A
gi|13 : ttgaaaggttA------TA--------TAAAGCACAAATAGACT-TCATGCT---GA--CTTTCTAA------AAAGTTTCATCA-A------A-ATGA-ATG--GTTA-ATGAGGC-A------A---AG-T-----G-----T----A-----G-----GCAAGATTTCTCTTTTAtgaag
gi|15 : cagcagactggaaatgtatgAAGTTTCATCA-AAATTC-A-ATAA-GTG--GTTA-A-------A------G---AG-ctcttttaaaaact
gi|16 : gtTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-GTG--GTTA-C-------G------A---GA-T-----G-----atttctgaatgacagacaaatggaaaggacaaaaaagtatgtcacctgcagaaaatggggagacataaata
gi|17 : ACT-TCGTACT---TATATTTCCTAG------CATGTTTCATAA-AAATCA-G-ATGA-Aaaatgtgttttaagtttttttaacagacagatggacaagacaaaaacaatatatatcacccc
gi|19 : A--CTAGAAATTATTT--AAAAAAAAACAACC---CAAGTCTTCCC-----ACTGTCCT-CTTTTA-CCCAATTTAAGAGTTACACAGAGAtactaactgtcgaggttcagaaatataaaatatggacaga
gi|2 : ATAACAATTAACCATTTTATT-AATGCTTTAAACT--GTTACAAATATGT----A----T-GGACCA--TTTAT-AA--CTAGAAATCGTCATTAAAGAAAA-----CA--TG--TCTTCCCTGGTGACTGTCCT-CTTA-AACCCAATTTAGGAGTTGGACAGGGAAAA---TATATTTTTGAAAA---AT---AGAAG---A----G---TCATTACGGT-TTTA-AAACCAC-T---GGA-C-AATAA----AACCACTGGACAATAAAACCACTACAGCA--------T---GTAGAACTAGACT-GAATGTT---ACTACTT-TTAC------AAAGTTTTAACA-AA--CCAA-ATGA-AAG--GTTA-A-------GGATATAA---AG-T-----G-----C----A-----G-----ATAATAT-----TTTCAGAAAATTGAAAGGAGCATAACTCTCTTTAAaa
gi|22 : a----G-----G-----ACAAGATTTCTGTTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTC
gi|3 : ATAAGAATTGAATATGT-ATTCATT--TTCAAATTATGTT-TAAATATTT----AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAA-----C---C---TCTCCCT-----ACTGTCCTACTTT-A-TCAAAACTGGGAGTTGCAAAAAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTGT-TTGATAAACTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----------AACTA------CA--------T---GCACAACTAGATT-TCCTATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTTTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|4 : ATAAGAATTGCATATTT-ATTCATT--TTCAAATTATGTT-TAAATATTT----AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CCAGAAATTATTTTCAAAGAAAA-----C----G--TCTCCTT-----ACTGTCCTACTTT-A-TCAAAACTGGGAATTGCAAAGAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACGTAACTGT-TTAATAAACTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----------AACTA------CA--------T---GCACAACTAGA-T-CCATATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AA-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAATTCTTT
gi|5 : AAAATAAAATATTT-GTT-ATT--AT-AAATCAT----CAAAT-TCTCACAAAACTT-GAGATGGT------AA--CACGACATTGTG---AAAAAAAG-----CA--TA--TCTTCCC-----ATTGTCCT-TTTTTA-TCATATTTCGGTGTT--AGACAAATAA----ACATATAT---AATACAT---CAAAA---A----G---ATATAACTGT-CATA-AAACAAT-C---GTA-C-CTGAA----AGACAC----------AATTA------TAATTATATAT---ACACAACTATACCGTAAT--T---AATTCTTCCTAC------AA-GTGTTATCA-AAATCC-A-ACGA-GCA--ATTA-AAGGAGATA------A---AA-T-----G-----C----G-----A-----ACACGACTTTTA---TAAAACAT--AATGGGATATAA--CTCTTAAAa
gi|6 : GAAAA-----CA--TG--TTTCCAC-----ACTGTCTT-CTTTCA-CCCAATATAGCAGTT---------------TTT-TGTTT---AA---AT---CAAAC---A----G---ACATAACTGT-CTTAGAAATCA------GAAGC-CAGAA----AACTAC----------TTCTA------TA--------T---GTAAAGCAAGACT-TCATACT---TATACTTCCTAC------AAAGTTTCATAA-AAAACA-A-ACAA-ACA--GTTA-A-------GA-----A---AA-T-----GAAACAT----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTAAAGAAATTAAAAGGGTTATTACTCTca
gi|7 : AAATTA---TAAATTTCT---AA---A-----AAAGCACA----GCTGATATAACTTTCTTTAATATCCAT-C---AGA-C-CAGAA----A----------------ACTA------TA--------T---ACACAACTATAAT-TCATACT---GAAATTTTCTTC------AAAATTTAATTA-CAGTGC-A-ATGA-AAGTTTTTG-A-------G------ATGGAG-T-----G-----T----A-----G-----ACAAAATTTCTATTTCAAAAAATTAAAAGGG
gi|8 : gaga---CAAAG---G----G---CCATAACTCT-CTCAAAGCTCAT-C---AGA-T-TCGAA----CACTGT----------GATGG------TA--------T---GCACTAATAGACT-AC----------TACTTTCTGT------AAGGATTTATCA-AAATCT-A-ATG--ACT--GTTA-T-------G------G---AGAT-----G-----A----GGCACTG-----ACAAGATTTCTtaaattcaaggtaaattcaattaaattcagcagactggaa
gi|9 : -----G-----ACACAATTTCTATTTTAAAACAAAGAAAGGGGCTTAACCCTTTTAAAgacagacagacagatgaatggacaggacaaaaacagcatgttcccacccagaaagggagaaaaat
gi|9 : TAT-TTT---AA---AA---CAAAG---AAAGGG---GCTTAACCCT-TTTAAAAATCGT-A---AGA-T-CAAAA----CACT-C----------ACCGT------CA--------T---ACACAACTAGACT-TCATAC--------------------------TTTCATCA-AATTCC-A-CTGA-GTG--GTAA-A-------G------A---AGAT-----GAAGTTT----G-----G-----ACAACGTTTCaatcgtaagatcaaaacactcaccgtcatacacaactagacttcatactttcatcaaattccactgagtggtaaagaagatgaagtttggacaacgtttccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAAAGATTCATTAAAATTTAATAAATGATTAAGAAAATGACATGTTGATAAGACTTCTGACTGACAGATGGACGGACTTACGGATGGACAGATGCCAACATTTAAACAGTCAGACAGAACAAAAAATA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCAAAACTGCTCTTGATACAGACACATTCCATCAGTTTCATCAAATCTGTTGAATTATATGTACAAGGAGATATTAAATGGA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCTGATGACCAGACAGACAAACAGGACAAAAACAATATATCATCGCAGAAAAGGGGAGACATAAATAT
Unaligned ( gi|21 ): CACCAGACAAGTACCCCACATTGAATGATAAGCCTAAGTATACTTCATACATTAACTTCCTACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 111 22222222222 11111 1 1 222222222222222 111111 11111111111111111111111111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 0 8 0 6 22 0 3 0 777 4444 44 3 3 8 99 3 1 88888888888 44444 5 1 1 5 0 77 2 4 2 777 9999 5 777 777 666 88888888 7777 1 222222222222222 3 111111 2 2 88888888888888888888888888 555 0 1 2 1111111 777777 2 444 2 33 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000 0 22
lowQualScore : . . . . . .. . . . ... .... .. . . . .. . . ........... ..... . . . . . .. . . . ... .... . ... ... ... ........ .... . ............... . ...... . . .......................... ... . . . ....... ...... . ... . .. . .................................................. . ..
lowQualScore : 2 0 8 0 5 55 0 2 8 555 5555 55 2 2 2 22 5 0 11111111111 33333 7 4 4 7 7 99 1 5 8 222 1111 3 888 000 444 66666666 0000 0 333333333333333 1 333333 9 9 11111111111111111111111111 000 6 1 7 3333333 222222 4 111 4 44 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000 5 22
consensus : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--ACG--C--GTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----AAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
Reference ( family-854 ) : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--ACG--C--GTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----AAC--------NATAT---GCACAACTAGACTTCAT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|1 : TCTTTTAAAAACTATATTTTTTTTTCAAAGAAA--ATGAAT--ATCTCCCC-----ACTGACC-T-CTTT-A-TCCAA-------GTTGCAAA---ATAG---ACTATTTTT---AT---AC---CA-----------G---ACATACTTGTCTTAA---------------AA--CTTTAC---TGA-TACAGAA----AGCCACTTGTAAC--------TATGT---GTAGAACTACAGTTCGT-GCT---TATACGTCATAC------AAAGTTTGATC----------------GCA--G----A-------G------A---A--------------T----G-----A-----AC-----TTATATATCAAAATATTTAAAGAGGCGTAACTCTCTCAA
gi|1 : TCGCAGAGA-ATGAACTTATATATCA---AA---ATATTTAAAG---A----G---GCGTAACTCTCTCAA---------------T---TCAT-C---TGA-C-CAAGA----CCCTGT----GAT--------GACAT---GCACAACTAAACTTCAC-AAT---GAAAATACCTAC------AAAGTTCCATCA-GCATCC---ATAATATT--GTTATATATT---G------A---AG-T-----A-----T----G-----T-----CCAATATTTCCAttcatctgaccaagaccctgtgatgacatgcacaactaaacttcacaatgaaaatacctacaaagttccatcagcatccataatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|10 : tcttttaaaaactatatttttttttcaaagaaaatgaatatctccccactgacctctttatccaagttgcaaaatagactatttttataccagacatacttgtcttaaaactttactgatacagaaagccacttgtaactatgtgtagaactacagttcgtgcttatacgtcatacaaagtttgaA---AT---CTAAG---A----G---TCACAACTCATTCAA---------------AAA-TAAT-AATAGGA-C-AAGAA----TGCCGC----AAC--------AATCT---GCACAACTACA----AT-GTT-----TGCTTTCTATATGTAAAAGGTTTTATAACAAATAT-G-ATGA-ACG--GT-----------A------A---AG-T-----G-----TAATAG-----GCTGAAACAAGATCTGAATCATAAAACATACAGAAGGTCATAACTCTTCTAAAatgaatag
gi|11 : AA---------------TAA-CTAT------GA-A-CAGAA----CGCTGC----TAT--------GATAT---GCAAAACTAACCTTCAT-GCC---GATACTTCCTAT------AAAATTTCATCA-AAATCT-GTTTGA-CTT--GTCA-A-------G------G---AGATGAAAAG-----T----G-----G-----AGATGGTTTCTACTTTA----ATTCATAGCGCTATAACTCTagcca
gi|12 : CATCATTCTCTAAA---------------AAG-TCAT-C---AGA-C-ATGAACAATGGCCA-----AAC--------AATAT---GCACCCCTAAACTTTGT-ACTACTGATGTTGCCTAA------AAAGTTTCATCC-AAATCT-C-ATAA-GCA--GTTG-G-------G------G---A
gi|13 : ttgaaaggttCAG-C---AGA-C-TGGAA----A--TGT----A-T--------GATATAAAGCACAAATAGACTTCAT-GCT---GA--CTTTCTAA------AAAGTTTCATCA-A------A-ATGA-ATG--GTTA-ATGAGGC-A------A---AG-T-----G-----T----A-----G-----GCAAGATTTCTCTTTTAtgaag
gi|15 : AAGTTTCATCA-AAATTC-A-ATAA-GTG--GTTA-A-------A------G---AG-ctcttttaaaaact
gi|16 : gtTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-GTG--GTTA-C-------G------A---GA-T-----G-----atttctgaatgacagacaaatggaaaggacaaaaaagtatgtcacctgcagaaaatggggagacataaata
gi|17 : ACTTCGT-ACT---TATATTTCCTAG------CATGTTTCATAA-AAATCA-G-ATGA-Aaaatgtgttttaagtttttttaacagacagatggacaagacaaaaacaatatatatcacccc
gi|19 : A--CTAGAAATTATTTAAAAAAAAACAACC--CAAGTCTTCCC-----ACTGTCC-T-CTTTTA-CCCAATTTAAGAGTTACACAGAGAtactaactgtcgaggttcagaaatataaaatatggacaga
gi|2 : ATAACAATTAACCATTTTATTAATGCTTTAAACT--GTTACAAATATGT---A-----TGGACCA--TTTAT-AA--CTAGAAATCGTCATTAAAGAAA--ACA--T--GTCTTCCCTGGTGACTGTCC-T-CTTA-AACCCAATTTAGGAGTTGGACAGGGAAAA---TATATTTTTGAAAA---AT---AGAAG---A----G---TCATTACGGTTTTAAAACCACTGGACAATAAAA-CCAC-T---GGA-C-AATAA----AACCAC----TAC--------AGCAT---GTAGAACTAGACTGAAT-GTT---ACTACTT-TTAC------AAAGTTTTAACA-AA--CCAA-ATGA-AAG--GTTA-A-------GGATATAA---AG-T-----G-----C----A-----G-----ATAATAT-----TTTCAGAAAATTGAAAGGAGCATAACTCTCTTTAAaa
gi|22 : a----G-----G-----ACAAGATTTCTGTTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTC
gi|3 : ATAAGAATTGAATATGT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--AC---C---TCTCCCT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAGTTGCAAAAAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTGTTTGAT---------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGATTTCCT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTTTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|4 : ATAAGAATTGCATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CCAGAAATTATTTTCAAAGAAA--A----C--GTCTCCTT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAATTGCAAAGAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACGTAACTGT-TTAAT--------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGA-TCCAT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AA-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAATTCTTT
gi|5 : AAAATAAAATATTT-GTT-AT-TAT-AAATCA---T-CAAAT-TCTCACAAAACTTGAGATGGT------AA--CACGA---CATTGTGAAAAAAA--GCA--T--ATCTTCCC-----ATTGTCCTT-TTTT-A-TCATATTTCGGTGTT--AGACAAATAA----ACATATAT---AATACAT---CAAAA---A----G---ATATAACTGTCAT-A---------------AAA-CAAT-C---GTA-C-CTGAA----AGACAC----AATTATAATTATATAT---ACACAACTATAC--CGTAATT---AATTCTTCCTAC-------AAGTGTTATCA-AAATCC-A-ACGA-GCA--ATTA-AAGGAGATA------A---AA-T-----G-----C----G-----A-----ACACGACTTTTA---TAAAACAT--AATGGGATATAA--CTCTTAAAa
gi|6 : GAAA--ACA--T--GTTTCCAC-----ACTGTCT-T-CTTTCA-CCCAATATAGCAGTT---------------TTT-TGTTT---AA---AT---CAAAC---A----G---ACATAACTGTCTTAG---------------AAA-TCA------GAAGC-CAGAA----AACTAC----TTC--------TATAT---GTAAAGCAAGACTTCAT-ACT---TATACTTCCTAC------AAAGTTTCATAA-AAAACA-A-ACAA-ACA--GTTA-A-------GA-----A---AA-T-----GAAACAT----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTAAAGAAATTAAAAGGGTTATTACTCTca
gi|7 : AAATTA---TAAATTTCT---AA---A-----AAAGCACA----GCTGATATAACTTTCTTTA---------------ATATCCAT-C---AGA-C-CAGAA----A----------AC--------TATAT---ACACAACTATAATTCAT-ACT---GAAATTTTCTTC------AAAATTTAATTA-CAGTGC-A-ATGA-AAGTTTTTG-A-------G------ATGGAG-T-----G-----T----A-----G-----ACAAAATTTCTATTTCAAAAAATTAAAAGGG
gi|8 : gaga---CAAAG---G----G---CCATAACTCTCTCAA---------------AGC-TCAT-C---AGA-T-TCGAA----CACTGT----GAT--------GGTAT---GCACTAATAGAC----T-AC------TACTTTCTGT------AAGGATTTATCA-AAATCT-A-ATG--ACT--GTTA-T-------G------G---AGAT-----G-----A----GGCACTG-----ACAAGATTTCTtaaattcaaggtaaattcaattaaattcagcagactggaa
gi|9 : -----G-----ACACAATTTCTATTTTAAAACAAAGAAAGGGGCTTAACCCTTTTAAAgacagacagacagatgaatggacaggacaaaaacagcatgttcccacccagaaagggagaaaaat
gi|9 : TAT-TTT---AA---AA---CAAAG---AAAGGG---GCTTAACCCTTTTAA---------------AAA-TCGT-A---AGA-T-CAAAA----CACT-C----ACC--------GTCAT---ACACAACTAGACTTCAT-AC--------------------------TTTCATCA-AATTCC-A-CTGA-GTG--GTAA-A-------G------A---AGAT-----GAAGTTT----G-----G-----ACAACGTTTCaatcgtaagatcaaaacactcaccgtcatacacaactagacttcatactttcatcaaattccactgagtggtaaagaagatgaagtttggacaacgtttccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAAAGATTCATTAAAATTTAATAAATGATTAAGAAAATGACATGTTGATAAGACTTCTGACTGACAGATGGACGGACTTACGGATGGACAGATGCCAACATTTAAACAGTCAGACAGAACAAAAAATA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCAAAACTGCTCTTGATACAGACACATTCCATCAGTTTCATCAAATCTGTTGAATTATATGTACAAGGAGATATTAAATGGA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCTGATGACCAGACAGACAAACAGGACAAAAACAATATATCATCGCAGAAAAGGGGAGACATAAATAT
Unaligned ( gi|21 ): CACCAGACAAGTACCCCACATTGAATGATAAGCCTAAGTATACTTCATACATTAACTTCCTACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 111 22222222222 11111 1 1 222222222222222 111111 22222222222222222222222222 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 0 8 0 6 22 0 3 0 777 4444 44 3 3 8 99 3 1 88888888888 44444 5 1 1 5 0 77 2 4 2 777 9999 5 777 777 666 88888888 7777 1 222222222222222 3 111111 2 2 11111111111111111111111111 555 0 0 1 2 1111111 777777 2 444 2 33 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000 0 22
lowQualScore : . . . . . .. . . . ... .... .. . . . .. . . ........... ..... . . . . . .. . . . ... .... . ... ... ... ........ .... . ............... . ...... . . .......................... ... . . . . ....... ...... . ... . .. . .................................................. . ..
lowQualScore : 2 0 8 0 5 55 0 2 8 555 5555 55 2 2 2 22 5 0 11111111111 33333 7 4 4 7 7 99 1 5 8 222 1111 3 888 000 444 66666666 0000 0 333333333333333 1 333333 9 9 33333333333333333333333333 000 6 1 9 7 3333333 222222 4 111 4 44 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000 5 22
consensus : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--ACG--C--GTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----AAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
Reference ( family-854 ) : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--ACG--C--GTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----AAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|1 : TCTTTTAAAAACTATATTTTTTTTTCAAAGAAA--ATGAAT--ATCTCCCC-----ACTGACC-T-CTTT-A-TCCAA-------GTTGCAAA---ATAG---ACTATTTTT---AT---AC---CA-----------G---ACATACTTGTCTTAA---------------AA--CTTTAC---TGA-TACAGAA----AGCCACTTGTAAC--------TATGT---GTAGAACTACAGTTCGT-GCT---TATACGTCATAC------AAAGTTTGATC----------------GCA--G----A-------G------A---A--------------T----G-----A-----AC-----TTATATATCAAAATATTTAAAGAGGCGTAACTCTCTCAA
gi|1 : TCGCAGAGA-ATGAACTTATATATCA---AA---ATATTTAAAG---A----G---GCGTAACTCTCTCAA---------------T---TCAT-C---TGA-C-CAAGA----CCCTGT----GAT--------GACAT---GCACAACTAAACTTCAC-AAT---GAAAATACCTAC------AAAGTTCCATCA-GCATCC---ATAATATT--GTTATATATT---G------A---AG-T-----A-----T----G-----T-----CCAATATTTCCAttcatctgaccaagaccctgtgatgacatgcacaactaaacttcacaatgaaaatacctacaaagttccatcagcatccataatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|10 : tcttttaaaaactatatttttttttcaaagaaaatgaatatctccccactgacctctttatccaagttgcaaaatagactatttttataccagacatacttgtcttaaaactttactgatacagaaagccacttgtaactatgtgtagaactacagttcgtgcttatacgtcatacaaagtttgaA---AT---CTAAG---A----G---TCACAACTCATTCAA---------------AAA-TAAT-AATAGGA-C-AAGAA----TGCCGC----AAC--------AATCT---GCACAACTACAAT--GT--TT---G---CTTTCTATATGTAAAAGGTTTTATAACAAATAT-G-ATGA-ACG--GT-----------A------A---AG-T-----G-----TAATAG-----GCTGAAACAAGATCTGAATCATAAAACATACAGAAGGTCATAACTCTTCTAAAatgaatag
gi|11 : AA---------------TAA-CTAT------GA-A-CAGAA----CGCTGC----TAT--------GATAT---GCAAAACTAACCTTCAT-GCC---GATACTTCCTAT------AAAATTTCATCA-AAATCT-GTTTGA-CTT--GTCA-A-------G------G---AGATGAAAAG-----T----G-----G-----AGATGGTTTCTACTTTA----ATTCATAGCGCTATAACTCTagcca
gi|12 : CATCATTCTCTAAA---------------AAG-TCAT-C---AGA-C-ATGAACAATGGCCA-----AAC--------AATAT---GCACCCCTAAACTTTGT-ACTACTGATGTTGCCTAA------AAAGTTTCATCC-AAATCT-C-ATAA-GCA--GTTG-G-------G------G---A
gi|13 : ttgaaaggttCAG-C---AGA-C-TGGAA----A--TGT----A-T--------GATATAAAGCACAAATAGACTTCAT-GCT---GA--CTTTCTAA------AAAGTTTCATCA-A------A-ATGA-ATG--GTTA-ATGAGGC-A------A---AG-T-----G-----T----A-----G-----GCAAGATTTCTCTTTTAtgaag
gi|15 : AAGTTTCATCA-AAATTC-A-ATAA-GTG--GTTA-A-------A------G---AG-ctcttttaaaaact
gi|16 : gtTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-GTG--GTTA-C-------G------A---GA-T-----G-----atttctgaatgacagacaaatggaaaggacaaaaaagtatgtcacctgcagaaaatggggagacataaata
gi|17 : ACTTCGT-ACT---TATATTTCCTAG------CATGTTTCATAA-AAATCA-G-ATGA-Aaaatgtgttttaagtttttttaacagacagatggacaagacaaaaacaatatatatcacccc
gi|19 : A--CTAGAAATTATTTAAAAAAAAACAACC--CAAGTCTTCCC-----ACTGTCC-T-CTTTTA-CCCAATTTAAGAGTTACACAGAGAtactaactgtcgaggttcagaaatataaaatatggacaga
gi|2 : ATAACAATTAACCATTTTATTAATGCTTTAAACT--GTTACAAATATGT---A-----TGGACCA--TTTAT-AA--CTAGAAATCGTCATTAAAGAAA--ACA--T--GTCTTCCCTGGTGACTGTCC-T-CTTA-AACCCAATTTAGGAGTTGGACAGGGAAAA---TATATTTTTGAAAA---AT---AGAAG---A----G---TCATTACGGTTTTAAAACCACTGGACAATAAAA-CCAC-T---GGA-C-AATAA----AACCAC----TAC--------AGCAT---GTAGAACTAGACTGAAT-GTT---ACTACTT-TTAC------AAAGTTTTAACA-AA--CCAA-ATGA-AAG--GTTA-A-------GGATATAA---AG-T-----G-----C----A-----G-----ATAATAT-----TTTCAGAAAATTGAAAGGAGCATAACTCTCTTTAAaa
gi|22 : a----G-----G-----ACAAGATTTCTGTTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTC
gi|3 : ATAAGAATTGAATATGT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--AC---C---TCTCCCT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAGTTGCAAAAAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTGTTTGAT---------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGATTTCCT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTTTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|4 : ATAAGAATTGCATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CCAGAAATTATTTTCAAAGAAA--A----C--GTCTCCTT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAATTGCAAAGAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACGTAACTGT-TTAAT--------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTA----AGTCGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGA-TCCAT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCATCA-ATATTC-A-ATGA-ACG--ATTA-A-------G------A---AA-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGGTTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAATTCTTT
gi|5 : AAAATAAAATATTT-GTT-AT-TAT-AAATCA---T-CAAAT-TCTCACAAAACTTGAGATGGT------AA--CACGA---CATTGTGAAAAAAA--GCA--T--ATCTTCCC-----ATTGTCCTT-TTTT-A-TCATATTTCGGTGTT--AGACAAATAA----ACATATAT---AATACAT---CAAAA---A----G---ATATAACTGTCAT-A---------------AAA-CAAT-C---GTA-C-CTGAA----AGACAC----AATTATAATTATATAT---ACACAACTATAC--CGTAATT---AATTCTTCCTAC-------AAGTGTTATCA-AAATCC-A-ACGA-GCA--ATTA-AAGGAGATA------A---AA-T-----G-----C----G-----A-----ACACGACTTTTA---TAAAACAT--AATGGGATATAA--CTCTTAAAa
gi|6 : GAAA--ACA--T--GTTTCCAC-----ACTGTCT-T-CTTTCA-CCCAATATAGCAGTT---------------TTT-TGTTT---AA---AT---CAAAC---A----G---ACATAACTGTCTTAG---------------AAA-TCA------GAAGC-CAGAA----AACTAC----TTC--------TATAT---GTAAAGCAAGACTTCAT-ACT---TATACTTCCTAC------AAAGTTTCATAA-AAAACA-A-ACAA-ACA--GTTA-A-------GA-----A---AA-T-----GAAACAT----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTAAAGAAATTAAAAGGGTTATTACTCTca
gi|7 : AAATTA---TAAATTTCT---AA---A-----AAAGCACA----GCTGATATAACTTTCTTTA---------------ATATCCAT-C---AGA-C-CAGAA----A----------AC--------TATAT---ACACAACTATAATTCAT-ACT---GAAATTTTCTTC------AAAATTTAATTA-CAGTGC-A-ATGA-AAGTTTTTG-A-------G------ATGGAG-T-----G-----T----A-----G-----ACAAAATTTCTATTTCAAAAAATTAAAAGGG
gi|8 : gaga---CAAAG---G----G---CCATAACTCTCTCAA---------------AGC-TCAT-C---AGA-T-TCGAA----CACTGT----GAT--------GGTAT---GCACTAATAGAC----T-AC------TACTTTCTGT------AAGGATTTATCA-AAATCT-A-ATG--ACT--GTTA-T-------G------G---AGAT-----G-----A----GGCACTG-----ACAAGATTTCTtaaattcaaggtaaattcaattaaattcagcagactggaa
gi|9 : -----G-----ACACAATTTCTATTTTAAAACAAAGAAAGGGGCTTAACCCTTTTAAAgacagacagacagatgaatggacaggacaaaaacagcatgttcccacccagaaagggagaaaaat
gi|9 : TAT-TTT---AA---AA---CAAAG---AAAGGG---GCTTAACCCTTTTAA---------------AAA-TCGT-A---AGA-T-CAAAA----CACT-C----ACC--------GTCAT---ACACAACTAGACTTCAT-AC--------------------------TTTCATCA-AATTCC-A-CTGA-GTG--GTAA-A-------G------A---AGAT-----GAAGTTT----G-----G-----ACAACGTTTCaatcgtaagatcaaaacactcaccgtcatacacaactagacttcatactttcatcaaattccactgagtggtaaagaagatgaagtttggacaacgtttccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
blockSeqs : . C . C AT . A CAC AATT AG T A G . A A CAACCCAAG TGGTG T A T A TT A G G GAG ACTT A GAA TAC ATT AAAGG CTGA C AACCACTGGACAATA T AATAG G . AGACACAATTATAATTAT AAA A A TACTGAT ATGTAA C GT T TT T AAAGTGTAATAGGCTGAA AC
blockSeqs : . C . C AT . A . AATT AG C C G . A T ACATG . . A C . TT A A C GGG T T . . . CACA G C T . CT . . CAATGGCCAAACA . G . TGAA . . AA . . . AGGAGATAAAATGCGA TC
blockSeqs : . . . . A . . . AAAC GG C C . . A C GCATA . . . . . AC G G C AAG T G . . . A T C . . CA . . CCCTGTGATG . A . CGAT . . G . . . GGAGATGAAAAGTGG TG
blockSeqs : . . . . A C ACATG . . . . . AC G G A GAG T G . . . A T G . . CA . . TGCCGCAACA . G . TTAT . . C . . . TGAGGCAAAGTGTAG TG
blockSeqs : . . G ACC . . . . . TT C G A CAA T A . . . A A G . . TG . . CGCTGCTATG . A . TACT . . A . . . GGATATAAAGTGCAG TG
blockSeqs : ACG . . . . . TA A . G GA T G . . . A A G . . TG . . AACCACTACA . G . CAAA . . A . . . GAAAATGAAACATGG TG
blockSeqs : . . . . T . . . A A G . . TG . . AGTCGCAACT . A . CAAA . . A . . . GGAGATGAGGCACTG TA
blockSeqs : . . . . A A G . . CG . . AGTCGCAACT . C . TAAT . . G . . . GAAGATGAAGTTTGG TA
blockSeqs : . . A C T . . CA . . AACTACTTCT . A . TTAT . . A . . . TATTGAAGTATGT AG
blockSeqs : . G G C . . CA . . CACTGTGATG . G . TGAA . . A . . . GATGGAGTGTAG .
blockSeqs : C . . AA . . CACTCACCG . A . TGA . . A . . . GAAGTGTGG
blockSeqs : . . G . . ATGTATG . A . TG . . A . . . GAAATGTGG
blockSeqs : . . . AACT . A . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . .
blockSeqs : . . A . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** ACATG****** TT GAG A******* CG**** CGCCGCGACG**************** A** GGAGATGAAGCGCGG***********************************
originalCons : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAA--ACG--C--GTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAA----AGCCGC----AAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCC-A-ATGA-ACG--GTTA-A-------G------A---AG-T-----G-----T----G-----G-----ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
finalCons : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAACATG------TCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAGA-------G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCATCG----GA-C-CAGAACGCCGCGACG----------------ATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCATCA-AAATCCA--ATGA-ACG--GTTA-AGGAGATGAAGCGCGG-----------------------------------ACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAAAGATTCATTAAAATTTAATAAATGATTAAGAAAATGACATGTTGATAAGACTTCTGACTGACAGATGGACGGACTTACGGATGGACAGATGCCAACATTTAAACAGTCAGACAGAACAAAAAATA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCAAAACTGCTCTTGATACAGACACATTCCATCAGTTTCATCAAATCTGTTGAATTATATGTACAAGGAGATATTAAATGGA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCTGATGACCAGACAGACAAACAGGACAAAAACAATATATCATCGCAGAAAAGGGGAGACATAAATAT
Unaligned ( gi|21 ): CACCAGACAAGTACCCCACATTGAATGATAAGCCTAAGTATACTTCATACATTAACTTCCTACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 111 1111111111 11111 1 1 222222222222222 111111 222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 0 0 8 0 6 22 0 3 0 777 4444 44 3 3 8 99 3 1 8888888888 1 44444 5 1 1 5 0 77 2 4 2 777 9999 5 777 777 666 88888888 7777 1 222222222222222 3 222222 3 3 555555555555555555555555555 555 0 0 1 2 1111111 777777 33 2 0 2 2 11 88888 5555 666 1 44
lowQualScore : . . . . . .. . . . ... .... .. . . . .. . . .......... . ..... . . . . . .. . . . ... .... . ... ... ... ........ .... . ............... . ...... . . ........................... ... . . . . ....... ...... .. . . . . .. ..... .... ... . ..
lowQualScore : 2 0 8 0 5 55 0 2 8 555 5555 55 2 2 2 22 5 0 0000000000 7 33333 7 4 4 7 7 99 1 5 8 222 1111 3 888 000 444 66666666 0000 0 333333333333333 1 555555 1 1 222222222222222222222222222 000 6 1 9 7 3333333 222222 22 4 2 4 4 33 33333 7777 000 4 44
consensus : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAA------C--ATGTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAAC----GC-CGC----AAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCAT--CA-AAATCC-A-ATGAACGGTT-AAG-GAGA----TGAAGCGCGGACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
Reference ( family-854 ) : ATAAGAATTGAATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-CAAATATTT---AAATTTTGAAACGGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAA------C--ATGTCTCCCC-----ACTGTCC-T-CTTT-A-CCCAATTTAGGAGTTGCANAGAGATAA---TATATNTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTNTCTTAA---------------AAA-CCAT-C---GGA-C-CAGAAC----GC-CGC----GAC--------GATAT---GCACAACTAGACTTCGT-ACT---GATACTTCCTAC------AAAGTTTCAT--CA-AAATCC-A-ATGAACGGTT-AAG-GAGA----TGAAGCGCGGACAAGATTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|1 : TCTTTTAAAAACTATATTTTTTTTTCAAAGAAAA------TGAATATCTCCCC-----ACTGACC-T-CTTT-A-TCCAA-------GTTGCAAA---ATAG---ACTATTTTT---AT---AC---CA-----------G---ACATACTTGTCTTAA---------------AA--CTTTAC---TGA-TACAGAAA----GC-CACTTGTAAC--------TATGT---GTAGAACTACAGTTCGT-GCT---TATACGTCATAC------AAAGTTTGATCGCA-GAG----A-ATGAAC--TT-A---TATA----T----------CAAAA----TATTT----------AAAGAGGCGTAACTCTCTCAA
gi|1 : TCGCAGAGA-ATGAACTTATATATCA---AA---ATATTTAAAG---A----G---GCGTAACTCTCTCAA---------------T---TCAT-C---TGA-C-CAAGAC----CC-TGT----GAT--------GACAT---GCACAACTAAACTTCAC-AAT---GAAAATACCTAC------AAAGTTCCAT--CA-GCATCC-A-ttcatctgaccaagaccctgtgatgacatgcacaactaaacttcacaatgaaaatacctacaaagttccatcagcatccataatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|10 : tcttttaaaaactatatttttttttcaaagaaaatgaatatctccccactgacctctttatccaagttgcaaaatagactatttttataccagacatacttgtcttaaaactttactgatacagaaagccacttgtaactatgtgtagaactacagttcgtgcttatacgtcatacaaagtttgaA---AT---CTAAG---A----G---TCACAACTCATTCAA---------------AAA-TAAT-AATAGGA-C-AAGAAT----GC-CGC----AAC--------AATCT---GCACAACTACAAT--GT--TT---G---CTTTCTATATGTAAAAGGTTTTAT--AACAAATAT-G-ATGAACGGTA-AAGTGTAA----T-AGGCTGAAACAAGATCTGAATCATAAAACATACAGAAGGTCATAACTCTTCTAAAtaatattgttatatattgaagtatgtccaatatttccaatgaatag
gi|11 : AA---------------TAA-CTAT------GA-A-CAGAAC----GC-TGC----TAT--------GATAT---GCAAAACTAACCTTCAT-GCC---GATACTTCCTAT------AAAATTTCAT--CA-AAATCT-GTTTGACTTGTC-AAG-GAGA----TGAAAAGTGGAGATGGTTTCTACTTTA----ATTCATAGCGCTATAACTCTagcca
gi|12 : CATCATTCTCTAAA---------------AAG-TCAT-C---AGA-C-ATGAACAATGGC-CA-----AAC--------AATAT---GCACCCCTAAACTTTGT-ACTACTGATGTTGCCTAA------AAAGTTTCAT--CC-AAATCT-C-ATAAGCAGTT---G-GGGA----TGAAG
gi|13 : ttgaaaggttAT--------GATATAAAGCACAAATAGACTTCAT-GCT---GA--CTTTCTAA------AAAGTTTCAT--CA-AAAT-------GAATGGTT-AAT-GAGG----CAAAGTGTAGGCAAGATTTCTCTTTTA
gi|15 : cagcagactggaaatgtAAGTTTCAT--CA-AAATTC-A-ATAAGTGGTT-AAA-GAGATTTCTGAATGACAGACAActcttttaaaaact
gi|16 : gtTTCCTAC------AAAGTTTCAT--CA-AAATCC-A-ATGAGTGGTT--AC-GAGA----TGAAATGTGatggaaaggacaaaaaagtatgtcacctgcagaaaatggggagacataaata
gi|17 : ACTTCGT-ACT---TATATTTCCTAG------CATGTTTCAT--AA-AAATCA-G-ATGAAttttaagtttttttaacagacagatggacaagacaaaaacaatatatatcacccc
gi|19 : A--CTAGAAATTATTT--AAAAAAAAACAACCC--AAGTCTTCCC-----ACTGTCC-T-CTTTTA-CCCAATTTAAGAGTTACACAGAGAtactaactgtcgaggttcagaaatataaaatatggacaga
gi|2 : ATAACAATTAACCATTTTATTAATGCTTTAAACT--GTTACAAATATGT---A-----TGGACCA--TTTAT-AA--CTAGAAATCGTCATTAAAGAAAA------C--ATGTCTTCCCTGGTGACTGTCC-T-CTTA-AACCCAATTTAGGAGTTGGACAGGGAAAA---TATATTTTTGAAAA---AT---AGAAG---A----G---TCATTACGGTTTTAAAACCACTGGACAATAAAA-CCAC-T---GGA-C-AATAAA----AC-CAC----TAC--------AGCAT---GTAGAACTAGACTGAAT-GTT---ACTACTT-TTAC------AAAGTTTTAA--CA-AA--CCAA-ATGAAAGGTT-AAG-GATA----TAAAGTGCAGATAATAT-----TTTCAGAAAATTGAAAGGAGCATAACTCTCTTTAAaa
gi|22 : aGGACAAGATTTCTGTTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTC
gi|3 : ATAAGAATTGAATATGT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CTAGAAATTATTTTCAAAGAAAA------C--CT--CTCCCT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAGTTGCAAAAAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACATAACTGTTTGAT---------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTAA----GT-CGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGATTTCCT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCAT--CA-ATATTC-A-ATGAACGATT-AA-----------GAAGTGTGGACAAGGTTTTTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAACTCTCTTAAA
gi|4 : ATAAGAATTGCATATTT-ATTCAT-TTTCAAATTATGTT-TAAATATTT---AAATTTTGAAACAGTCTTCTGAA--CCAGAAATTATTTTCAAAGAAAA------C----GTCTCCTT-----ACTGTCC-TACTTT-A-TCAAAACTGGGAATTGCAAAGAGATAA---TATATGTTT---AA---AT---CAAAG---A----G---ACGTAACTGT-TTAAT--------------AAA-CTAT-T---GGA-C-TAGTAA----GT-CGC----AAC--------TACAT---GCACAACTAGA-TCCAT-ATC---AAAATTTCCTAC------AAATTTTCAT--CA-ATATTC-A-ATGAACGATT-AA-----------GAAATGTGGACAAGGTTTCTATTTTAAAACATTGAAAGGGGCATAATTCTTT
gi|5 : AAAATAAAATATTT-GTT-AT-TAT-AAATCA---T-CAAAT-TCTCACAAAACTTGAGATGGT------AA--CACGA---CATTGTGAAAAAAAG------C--ATATCTTCCC-----ATTGTCCTT-TTTT-A-TCATATTTCGGTGTT--AGACAAATAA----ACATATAT---AATACAT---CAAAA---A----G---ATATAACTGTCAT-A---------------AAA-CAAT-C---GTA-C-CTGAAA----GA-CAC----AATTATAATTATATAT---ACACAACTATAC--CGTAATT---AATTCTTCCTAC-------AAGTGTTAT--CA-AAATCC-A-ACGAGCAATTAAAG-GAGA----TAAAATGCGAACACGACTTTTA---TAAAACAT--AATGGGATATAA--CTCTTAAAa
gi|6 : GAAAA------C--ATGTTTCCAC-----ACTGTCT-T-CTTTCA-CCCAATATAGCAGTT---------------TTT-TGTTT---AA---AT---CAAAC---A----G---ACATAACTGTCTTAG---------------AAA-TCA------GAAGC-CAGAAA----AC-TAC----TTC--------TATAT---GTAAAGCAAGACTTCAT-ACT---TATACTTCCTAC------AAAGTTTCAT--AA-AAAACA-A-ACAAACAGTT-AAG-AAAA----TGAAACATGGACAAGATTTCTATTTAAAGAAATTAAAAGGGTTATTACTCTca
gi|7 : AAATTA---TAAATTTCT---AA---A-----AAAGCACA----GCTGATATAACTTTCTTTA---------------ATATCCAT-C---AGA-C-CAGAA---------------AAC--------TATAT---ACACAACTATAATTCAT-ACT---GAAATTTTCTTC------AAAATTTAAT--TA-CAGTGC-A-ATGAA-AGTT-TTT-GAGA----TGGAGTGTAGACAAAATTTCTATTTCAAAAAATTAAAAGGG
gi|8 : gaga---CAAAG---G----G---CCATAACTCTCTCAA---------------AGC-TCAT-C---AGA-T-TCGAAC----AC-TGT----GAT--------GGTAT---GCACTAATAGAC----T-AC------TACTTTCTGT------AAGGATTTAT--CA-AAATCT-A-ATG-ACTGTT-ATG-GAGA----TGAGGCACTGACAAGATTTCTtaaattcaaggtaaattcaattaaattcagcagactggaa
gi|9 : GACACAATTTCTATTTTAAAACAAAGAAAGGGGCTTAACCCTTTTAAAgacagacagacagatgaatggacaggacaaaaacagcatgttcccacccagaaagggagaaaaat
gi|9 : TAT-TTT---AA---AA---CAAAG---AAAGGG---GCTTAACCCTTTTAA---------------AAA-TCGT-A---AGA-T-CAAAAC----ACTCAC------C--------GTCAT---ACACAACTAGACTTCAT-AC--------------------------TTTCAT--CA-AATTCC-A-CTGAGTGGTA-AAG-AAGA----TGAAGTTTGGACAACGTTTCaatcgtaagatcaaaacactcaccgtcatacacaactagacttcatactttcatcaaattccactgagtggtaaagaagatgaagtttggacaacgtttccgacagacatgacaaaacagagatggggagacataataaacaactaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAAAGATTCATTAAAATTTAATAAATGATTAAGAAAATGACATGTTGATAAGACTTCTGACTGACAGATGGACGGACTTACGGATGGACAGATGCCAACATTTAAACAGTCAGACAGAACAAAAAATA
Unaligned ( gi|18 ): ATGCAAAACTGCTCTTGATACAGACACATTCCATCAGTTTCATCAAATCTGTTGAATTATATGTACAAGGAGATATTAAATGGA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCTGATGACCAGACAGACAAACAGGACAAAAACAATATATCATCGCAGAAAAGGGGAGACATAAATAT
Unaligned ( gi|21 ): CACCAGACAAGTACCCCACATTGAATGATAAGCCTAAGTATACTTCATACATTAACTTCCTACA