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Reference ( gi|1 ) : AGTGATTAACGTTTCATAGCCGGGTGAAGTTGTAGGCGCATCGTCATATATGTT-TTGAAGAAAATAGTTAAAGTCCAGTATATTTTTGGATGCAGTT---TACAG-CA---T-ATGACTA--CATCAA-T--A-C--GT-T--TA--T-------CATG--TGCA-GG--AA-------------T------CCG-----AA---A---T-CAATAAA--TAAATT----TTA-TCA---T--AC-ATCA--T-T-CAG-AAACATGATGTTG-TTT-GCTTATGTATG----AAGGAACGTAGTAT-AA-G-------TTCTTTA--AATTAATATTGTAGAAAATCCTTCTTC-AAAACGCCGTAT-----TAAGTT-CTAATAATTCATATCGCAGAAAA--TCTTT--A---ATCGGTTAATGATGCTT-TATA--TCAATTTAAT-TAAC-TT-CATTTTT-ACTT--TCTGCATGAAGTAAATTGGAAAAGTTCT--GA--T--TTAAAACATAATT-TTGATTAATTCCATCTTTTGCATCTTGTC-CC--AAA--A--GCCTT-AACATG----AAC-TCTATC-GTCTTAAACCGCACACAAGCGGTGCACGTG-GGATTTG-TAAGCCACGTGATTTATGTAACTAATTGGAGTGCAGAAAGATGAAATCATGTTACTAAACATTAGACACATGATCA--A--ATTAACACCCGTTGCATTATGAATAAG--AAACCGGATT-AATC-TATCAAC-AAGAAATCCAAA-A-ATCTAACATTTAT-AT---G-CACTTAAA-CAATAT-TTT-TTACAGTCGAAGTATCTAGAT-C-A-TTTATTCTGAAAT-AATTCAATAACAA---AATTGCCGTTATTTTGAATAAAAGACACGATA-TA-T-AT-AT-G--CGTTGCTGTTTACGAT---TGAAAATTAACAAAAAGTAA--TGT---ACAACATTCCTAAATCCATAATGGTA-A-C-ATGGAAACATCT------TTAGTAAA-TATAGCGTGGTTATAGTTTTATTTT----TTAAAATAAACTTCCAAGAAGTAAATAATAAAAAACACGGATGACCTATTCTGTATGCATTCAAT
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Reference ( family-839 ) : AGTGATTAACGTTTCGTAGCCGGG-GGAAGTT-TAGGCGCATCGTCTTTTATGTTGTTGAAGAAAA-TAATNCAAGTCCA---GTATATTTTTGGATG----CAGTT---TACAN-CATATCCG----TGCATG---AA-T--A--C--GT--T----------------------T-----A--T-------------------CACG--C--G----CATGA----ATAC-----------GAA---NT-CAG---TAATCACATTTTATCAT-ACA-T-A---TN--CAGGAATCCGATGTT-G-TTT-GCTAATGTATGAAGAAACGTAGTATAA--G-------TTCTTGTAATTAAT-AT-TGTA-GAA-AATCC--TTC-T-CGA--AA--ACGTAGTATA------AANTTCTTGTAATTAATATCGCAGAAAA-TCCTTGCAT--------C-GGTTAATGATGTAATATATTAATTTTATGTAACATCCATTTTT-ACTTTCTTCGTAATGTAAATTTGAAAAGTTCT--A--ATTTAAAACATAATT-TTGATTAATTCCATCTTTTGCATCTTGT-CCCAAA-AA-GCC-TAAATAT----AAAC-TCTATC-GTCTTAATCCGCGCACAAGCGGTCCACGTGGT-ATTAG-AAAACCACGTGATAAACGTAACCAATTGGAGTGCAG-AAA-ATGAAGTCATGTGACCAA--A--TTAGTCACATGATCA--A--ATTAACACCCGTTGCATTATGGATAAGAAACCGGATTAATC-TATCAACAAGATATCCAAA-A-ATCTAACATTTATATGAATTAA--AACA----ATAT-TTT-----TTACAA----T---CGAAG-TATTTA----AATA--------AATTTA-T---CA-GAAATAATA--T----AATAACGA-------AATTGCCGTTATTTTGAATATAA-ACACGATA-T--A-T-A-AATG--CGTTACTTTTTATGAT---TGAAAAT-TAAC--GA--GATGTAA---TATACAACATT-CCTAAATTCATAATGGTAACCATGGAAATATAT------TTAGCAAA-TATAGCATGGTTACAG---TACTTTGGTATTAAAGTAAAC
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gi|6 : tcT-TGAA-GAATAATCC-------------AA--ATCCAGTATA------AAGTT-----------TAT-GAAGGTAA-TCCTTGCATT-AGTAAATGATGTAATCTATTAATTTCATGTCATGTCCATTTTTTGTTTTCTTCGTAATGTAAATTTGAAAAGTTTT--T--ATTTAAAACATAATT-TTGATTATTTCCACATTTTTCATCTTAT-CCCAAA-AA-GACAGAAATGT----AAAC-TATGTT-GTCTTTATCCGGGCACAAGCGGTCCATGTGGT-ATTAG-AAAAACACTTGATAAACGCAACCAGTTGGAGTGCAG-AAA-CTG-----------------------GTCACATGATCC--C--ATTAACACCCGTTGCATTATGGATAAGAAACC---CTAATC----GAACAA-------AAA-A-GT-TAAC-TTTATGTCAATGGT--GACA----CTGT-GTA-----ATA-AA----TATGCAAAGCCATTCAAT--AATT--------AGTCAA-TGTGCG-AAAATCATT--C----TATAACGAGGT----GATAGC----AATTTGAATCGGA-TCAAGATA-TCCA-T-A-AGT-----CTAACATTTATAAC---AATAAATGTGATAGGAATGATATAA---TA-ACGAAATTGCCTTTATTTTTTAT-ATAATCATG---ATATAT------TTacttttagtcaaaggtggcactgcgtcataaatatgctaggttattaagttattagtcaatgtgtgaaaatcaatctataacgacgaagtgatagcaatttgaattgg
gi|6 : gATTTATAACAATA--------AATGTG-A---TA-GGAATGATA--T----AATAACGA-------AATTGCCTTTATTTTTTATATAA-TCATGATA-T--ATT-T-CATG--CGTTATTTTTT-TTAT---TGAAAAT-TAAT--GA--GATGCAA---TATACAATGTT-CCTAAATTTATAATAGTAACCATGGCAATACAT------TTAGCAcatgcgttattttttttattgaaaattaatgagatgcaatatacaatgttcctaaatttataatagtaaccatggcaatacatttagca
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Reference ( family-839 ) : AGTGATTAACGTTTCGTAGCCGGG-GGAAGTT-TAGGCGCATCGTCTTTTATGTTGTTGAAGAAAA-TAATNCAAGTCCA---GTATAT-TTTTG-ATG----CAGTTT---ACAN-CATATCCG----TGCATG---AA-T--A--C--GT--T----------------------T-----A--T-------------------CACG--C--G----CATGA----ATAC-A-A-------------TT-CAG---TAATCACATTT---TATCATA--------TN--CAGGAATCCGATGTT-G-TTT-GCTAATGTATGAAGAAACGTAGTATAA--G-------TTCTTGTAATTAAT-AT-TGTA-GAA-AATCC--TT-CATCGG--AA--ACGTAGTATA------AANTTCTTGTAATTAATATCGCAGAAAA-TCCTTGCATC-GGTTAATGATGTAATATATTAATTTTATGTAACATCCATTTTT-ACTTTCTTCGTAATGTAAATTTGAAAAGTTC-T-ANATTTAAAACATAATT-TTGATTAATTCCATCTTTTGCATCTTGT-CCCAAA-AA-G-CCTAAATAT----AAAC-TCTATC-GTCTTAATCCGCGCACAAGCGGTCCACGTGGT-ATTAG-AAAACCACGTGATAAACGTAACCAATTGGAGTGCAGAAACATGA--A------TG--ACCAA----TGGTCACATGATCA--A--ATTAACACCCGTTGCATTATGGATAAGAAACCGGATTAATC-TATCAACAAGATATCCAAA-A-ATCTAACATTTATATGAATTAA--AACA----ATAT-TTT-----TTACAA----T---CGAAG-TATTTA----AATA--------AATTTA-T---CA-GAAATAATA--T----AATAACGA-------AATTGCCGTTATTTTGAATATAA-ACACGATA-T--A-T-A-AATG--CGTTACTTTTTATGAT---TGAAAAT-TAAC--GA--GATGTAA---TATACAACATT-CCTAAATTCATAATGGTAACCATGGAAATATAT------TTAGCAAA-TATAGCATGGTTACAG---TACTTTGGTATTAAAGTAAAC
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gi|10 : TGTTGTTGAAAAAAA-------AA----A---GTATAT-TTTT--ATG----CAGTTT---A-AT-TATAACTG----TGCATG---AAAT--AA-C--GT--CCAAGCAAGGAAACACATAATAGT-----A--T--------------------ACGACT--G----TATGA----ATA--A-A-------------GT-CAAACTTAATCACAATA---TATCATA--------TA--CAGGAATCCGATGTT-GCTTT-GCTAATGTATTAAGAAATGTAGTATAA--AC------TTTCTATAATTAAT-AT-CGTA-GAA-AATCttccaagaagtaaataataaaaaacacggatgacctattctgtatgcattcaat
gi|10 : ttG--AA--ATGTAGTATA------AACTTTCTATAATTAATATCGTAGAAAA-TC---AAATC-GGATAATACTGTTATCTATTACTTTTGTGTCACATCCTTTTTT-ACTTTCTTCATAACGTAAGCTTGAAAATTACTT-AAATCTAAGATATAATTATGGATTAATTTCATGTTTTGCAACTTGT-C-----------TCCAAATAT---------TATATC--TCT--ATTAG---AAAA-----CCACGCG---ATTA--------ACGT---------AGCCAATCGGAGTGCAGAAAC-TG---------------------------TACATGATTA--A--ATTATCATCCGTTGCATTATAGATAAGATACaaatcggataatactgttatctattacttttgtgtcacatccttttttactttcttcataacgtaagcttgaaaattacttaaatctaagatataattatggattaatttcatgttttgcaacttgtctccaaatattatatctctattagaaaaccacgcgattaacgtagccaatcggagtgcagaaactgtacatgattaaattatcatccgttgcattatagataagatacttctaacaaagatgata
gi|11 : tttgttgttgaaaaaaaaaagtatatttttatgcagtttaattataactgtgcatgaaataacgtccaagcaaggaaacacataatagtatacgactgtatgaataaagtcaaacttaatcacaatatatcatatacaggaatccgatgttgctttgctaatgtattaaATATCCA----TAGA-----AA-C--A--C--ATAAT----------------------A-----A--TA------------------CACG--TTTG----CATAA----ATAC-A---------------TT-CAG---TAATCGCATTA---TATCATAACACAGTTTC--CAGAAATCGAATGTT-G-TTT-ACTttctaacaaagatgata
gi|11 : gtATAATACTT----AATATCGATGTATCAAATT-TCGTTGTTTTGAATATCA-ACGTGATA-T--A-TTA-AATG--CGGTA-TTTTAATGAT---TGAAAAT-TTAC--AA--AATGTAAAA-TATGCAACGTT-TCTTAATTCATAATGGTAACCATGGACATATAT------TTAGCAAA-TATAGCATGGTTACAA---TACTTTGGTATTAAAGTAAACttaataccaaagtattgtaaccatgctatatttgctaaatatatgtccatggttaccattatgaattaagaaacgttgcatattttacattttgtaaattttcaatcattaaaataccgcatttaatatatcacgttgatattcaaaacaacgaaatttgatacatcgatattaagtattataaaactttttatgatgactgaaaataaacaaaatgtaatattatgcatcattgctaaattcataatggtaaccatggacatatatttagcaaaaatagaatggttaa
gi|11 : gtatatccatagaaacacataataatacacgtttgcataaatacattcagtaatcgcattatatcataacacagtttccagaaatcgaatgttTATGAATTAAGAAACGTTGCATAT-TTTACATTTTGTAAATTTT---C-AAT-CATTAA----AATACCGCATTTAATATA-T---CACGT--TGATA--TTCAAAACAACGA-------AATT--TGATACATCG-ATATTA-A----GTATT--A-T-A-AA--------ACTTTTTATGATGACTGAAAAT-AAAC--AA--AATGTAATATTATGCATCATT-GCTAAATTCATAATGGTAACCATGGACATATAT------TTAGCAAA-AATAGAATGGTTAaaaactttttatgatgactgaaaataaacaaaatgtaatattatgcatcattgctaaattcataatggtaaccatggacatatatttagcaaaaatagaatggttaa
gi|12 : gtatatccatagaaacacataataatacacgtttgcataaatacattcagtaatcgcattatatcataacacagtttccagaaatcgaatgttgtttactttaataccaaagtattgtaaccatgctatatttgctaaatatatgtccatggttaccatAATCGGATTAATT-TATCAACAACATATCCAAATA-AT-TAACATGTATATGAATTAA--AACA----ATATGTTT-----TTACAA----T---CGAAG-TATTTA----GATA--------AATTTA-T---AA-GAAATAACA--T----AATAACGA-------A-TTGCCGTTATCTTGAATATAA-ACATGATATT--T-T-A-AATA--CTTTAC-ATTTATGAT---TGAAAAC-TAAC--AA--GATGTAA---TATACAACATT-ACTCAATTTAAAATAGTAACCATGGAAATATAT------TTAGCAAA-TATGGCATGGTTACa
gi|13 : gtacaaaacagaaggctatagcgaaatagcgtcatgaatatgccacgccattcaataattagtcaatgtgcgaaaactaatctatagctaagtgatagcaatttgAACCGGATTAAAC-TATTAACAAGATATCCAAA-A-ATCTAACATTTATTTGCACTTA--AACA----ATAT-TTT-----TTACAG----T---CTAAG-TATCTT----GAT---------AATTTATT---CT-GAAATAATG--A----AATAACGA-------AATTGCCGTTATTTTTAATAAAATACACGATA-T--A-T-A-TATG--CGTTGCTGTTTACGAT---TGAAAAT-TAAC--AG--AAAATAA---TGTACAACATT-CTTAAATTCATAATGGTAACCGCGGAAACATAT------TTAGTAAA-TATAGCGTGGTTA
gi|14 : TGTTGTTAATGAACA-T--TCCAAGTCCA---GTATGT-TTTGG-ATG----CAGTTT---A-AT-CATATCCG----TGCATG---AA-TTAA--T--GT--T----------------------TCAGCAA--G-------------------CAAA--C--A----CATAACTGCATAC-A-AGTGCATAAAGAAGTT-CAGCT-TAATCA--TTT---GATCAAA--------TG--CAGGAATCCGATGTT-G---------ATGAATAAAGAAATGTAGCATAAA-G-------TTTTAGTAATTAAT-AT-TGTA-GAA-AATCA--TT-
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gi|20 : catcgtctttttgttgttgaaaaataatccaaatccagtgtatttttatgcactttaatcatatccgtgcttgaatgaacgcctaactaaggaaacacgattgcataaataagttcagtaatgacattttatcattgataggaatccgctgttggcttgctaatgtagctagaaacgtagtataggcctaaatttcttgtaattgatatagtagaaaaaccctttcatcggttaattacgtaatatattacttttatgtaacatccatttttgctttcttcttaatgtaaatttgaaaaatttcaaaacatagttttgattaattccatattttgcatctagtcccaaaaaggcctaaatatacacatatacttaatccgcgcacaagcggtccatgtgctgattaggaaaccacttgataaacctaaccaattggagtgcataaagatgaagatgaccgatactttaacacccgttgcactacggataagaaaccttaatcaaaccaagaagataacttgcgaaaccattaaataattattcaatgtgcgaaaatcaatctataaataagtgatagcagtttgaatctgataaaAAAAA-TAAC--GG--TATGTAA---TATACAACTTT-CCTAAATTGATAATGGTAACCATAGAAATTTAT------TCAGCAAACTATAGCATGGTTACA
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gi|8 : AT-A-G-------------TT-CAAC--TTATTACATTT---TATCGTACATTA---TG--CAGGAATCCGGTGTT-G-TTTTGCTAATGTATGACGGAACGTAGTATAAC-T-------TTCTTGTATTTAAT-AA-TGTA-GCA-AACCT--TT-
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