lowQualScore : 1 111 1 222222222222222 11111 111 11 222
lowQualScore : 555 0 888888 2 999 2 5 1 777 22 1 22 666666666666666 3333 22222 5555 0 6 99 5 55 444 1 1 11 1 1 999 222 333333 1 11 4444444 11 1 333333 11 1 0 1 1 222 555555555 1 111 444 1 1
lowQualScore : ... . ...... . ... . . . ... .. . .. ............... .... ..... .... . . .. . .. ... . . .. . . ... ... ...... . .. ....... .. . ...... .. . . . . ... ......... . ... ... . .
lowQualScore : 888 5 888888 2 999 2 2 5 444 66 9 66 888888888888888 9999 33333 4444 6 0 66 6 55 222 7 5 77 4 0 777 000 888888 3 88 2222222 00 3 777777 88 3 6 1 4 555 777777777 5 777 333 6 7
consensus : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACA-AA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAACT--------------TA----CCCACATGA---TCCCT----CCTTGAACGACCTTCTGTATGG-NAATG-AAA---CTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TC-AT-ATTCGATGCT
Reference ( gi|7 ) : AGACTATTTCAC---CAGTATAG------ACA-AA-A-A-TAATGACTGATA---TAAA--A-T--TAACG--------------TA----CCCACATGA---TTCCT----CCTTGAACGACCTTCTATATGG-CAATG-GAA---CTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAATC-TAC--A------TTA-T--AA-------AAAA-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTGAATA-G---A---------TAATG-A-A-TTA--TC-AT-ATTCGATGCT
gi|3 : AAACTATTTCGC---AATTATAG------ACA-AA-GTA-TGATGACCGAAA---TAAA--A-T--TGACT--------------TA----GCCACATGA---ACCCT----CCTTAAACGACCTTCTATATGG-AAAGG-AAA---CTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTGGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-AAC--A------TTA-C--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTCGA-ATATGGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG-A-CTTTG--TC-AT-ATTCAATGTT
gi|4 : agttgcAGACTATTTCAT---AAATATAGTCTAAGACA-AAGA-A-TGATGACTGAAA---TATA--A-T--TAAAT--------------TA----CTCAAATGA---ATTCT----CCTTGAATTACCGCCTGTCTGG-AAAAG-AAA---CACTTACACTAA-TTGACAAAAACCCGTTTTTT-ATGG-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TAA-T--AA-------AAAA---AA------A--CATTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TC-AT-ATTCGATGCT
gi|1 : acAGACTATTTTGC---CACTATAG------ACA-AA-GTA-TGAT-ACTGAAACAATAAA--A-T--CGACT--------------TA----CCTACATGAACCTTCCT----CCTTAAATGACCTTCTGTATGG-AAAGG-AAA---CCCTTTCACTAA-CTGACAACAACGTGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-TAC--A------TTA-C--AA-------AAAA-A-CA------A--CATTTCGA-GTATCATATACAATTGAATA-G---A---------CAATG-ATT-TTG--TC-AC-ATCTGATGTT
gi|6 : tgcAGACTATTTCAC---CAATATAG------ACA-AA-GGA-TGATGACTGAAA---TAAA--A-TATTAGCT--------------TATCCACCCACATGA---TCCTT----CCTTGAATGATCTTCTGTATGG-AAAT----------TTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-A-GT-CAGTCAAAATTATATTTA------TTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGCTCACAGTTAAATA-GATAA---------TAATG-A-C-TTG--TC-AT-GTatg
gi|5 : tgcAGACTTTTTCGT---TATTATAG------ACA-AA-GTA-TGATGACCGAAA---AAAA--AAT--TGACT--------------TG----AACACAGGA---ACCCCA---CCTTAAACGACCTTCTGTATGG-AAAGG-AAA---CTCTTTCACTTA-CTGACAACAACTCGACTGTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-TAC--A------TTT-C--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG-ATT-TTA--TC-AC-ATTCGATG
gi|11 : ttgcAGACTATTTCGC---CACTATAG------ACA-AA-GTA-TGATGATAGAAA---TAAA--A-T--TGACT--------------TA----CCCACATGA---ACCCT----CCTTAAACGACCTTCTGTATGG-AAAGG-AAA---CTCTT---TTCA-CTT------ACTCGATTT----TGG-CAGTGTAAAAT-TAC--A------TAA-C--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------TCTTG-ATT-TTG--TC-AA-GTTCGATGTTt
gi|2 : AGACTATTCCAGAAATAATAAAG------ACACAG-A-A-TAATGACTGAAA---TAAA--A-A--TAGCT--------------TA----CCCACATGA---ACTCT----CCTATAATGACATTCT-------TAATGAGAA---CTCTTACACTAA-CTGACAACAACTTTATTTTT-ATGG-CTGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CATTTTTA-GTATCGTACCTAATTAACTA-G---A---------TAATG-A-
gi|17 : gtgcAGACTATTTCAC---CACTATAT------ACA-GA-GTA-TGATGATTGAAA---TA---------TAAC---------------TA----TCCAAATGA---ACCCT----CCTTAAACAACCTTCTTTGTGG-AAAGG-AAA---CTCTTTCACTAA-CTGACAACA-----GTTTTT-ATGG-TAGTGCAAAAT-TAT--A------TCA-T---A-------AAAC-C-AA------A--CATTTTGA-GTATTGTACACtacactttttgtcactattttagatgt
gi|29 : ttgtAGACTATTTCAC---CAATATGG------AAA-AA-A-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAACT--------------TA----CCCACATGA---TCCCT----CCTTGAATGATCTTCTGTATGG-TA
gi|12 : gtgcACAATTTCAC---CAATATAG------ACA-AAGA-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAGCT--------------TA----TCCAGATGA---TCCTT----CGTTGAATGATCTTCTGTATAG-TAATG-AAA---GTCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAAC-TAC--A------TTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATTGCCGACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TC-A
gi|8 : ATTATTTCAC---CGATATAG------ACA-AATA-A-TGATGACTAAAA---TAAGTCA-T--T------------------TA----CTCACTTGA---ACCCT----CCTTGAATGACCTTCTGTTTGG-AAA-G-GA----------CAATAA-ATGACAACAACCCGATTTTTTATGA-CAGTTCAAAAT-TTT--G------TTA-T--AA-------AAAAAC-AA------A--CGTTT-GG-GTATCGTACACATTTAAAAAGG---G---------TAATT-A-C-CTT--TT-AA-ATTCGACGTT
gi|10 : cat---CACTATAG------ACA-AA-GGA-TGATGACGGATA---NNNN--N-N--NNNNGGATGATGACTGATATA----CTCACAGGAGCCCTCCTTATACCTTAAACGGCCTTTGGTATGGACAA-G-AAA---TATTTCCATTTA-CTGACAGCAACTTAATTGAC-ATTG--AGTAGAAACT-TAT--A------TTA-T--AA-------CAA----AA------A--CGTTTTGATGTATCGTACACAGTTGGACA-G---A---------ttgt
gi|13 : TACAA------ATA-AA-G-ACTGATGACTGATA---TAAA--A-T--TAACT--------------TG----CCCACACGT---TCCCT----TCTTGAATGACCTTCTGTATGG-CAATA-GAA---TTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCCATTTTT-ATGG-CAGTCCAAAAC-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTA--TC-AT-ATTCGATccaagcc
gi|14 : A-AG-A-A-TGATGACTGATA---TAAA--A-T--TAACT--------------TG----CCCACATGA---TCCCT----CCTTGAATGACCTTCTGTATGG-CAATG-GAA---CTCTTACACTTA-CTGACAAGAAATCGA-TTTT-ATGG-CAGTACAAAAC-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TATTG-A-C-TTA--TC-AT-AGTCGATGC
gi|21 : A-AG-A-A-TGATGACTAAAA---TAAA--A-T--TAACT--------------TA----CCCGCAGGA---TACCT----CCTTGAATGACCTTCTATATGG-CAATG-AAA---CTATTACACTAA-TTG---ACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAAAC-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATC
gi|35 : A-AG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAGCT--------------TA----TCCACATGA---TCCTT----CCTTGAATGATCTTCT
gi|15 : -AG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAGCT--------------TA----TCCACATGA---TCCTT----CCTTGAACGATCTTCTGTATGG-TAATG-AAA---ATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TT-AT-g
gi|16 : -AG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAA--A-T--TAGCT--------------TA----TCCACATGA---TCCTT----CCTTGAATGATCTTCTGTATGG-TAATG-AAA---ATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ACGA-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TT-AT-g
gi|28 : GACTGATAGCGTGAA--A-A--TAAC---------------TA----CAAACA-GA---TCCTT----CCTTGAACGATCTTCTGTATGG-TAATG-AAA---ATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAg
gi|18 : tgcaAGA--A-T--TGACT--------------TA----CCCACATAG---ACCCT----CCTTAAACGACTTTCTGTGCAG-AAAGG-AAA---CTCTTTTACTAA-CTGGCAACAACTCGATTGTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-TAC--ATTTAATTTA-C--AA-------ACAC-C-AA------A--CGATTCGA-AAATCGTTCACAATTGAAatta
gi|19 : attgAAA--A-T--TAACT--------------TA----CCAACATGA---AATAT----CCTTAAAAGACTTACTGCATGG-AAA-G-TAACCGCTCTCACA--GA-CTTACAACTGCTCGATTTTC-AAGG-CAGCTCAAAAC-TAT--A------ATA-C----------------C-AA------A--GGTTTTGC-GTATTGTTAACAATTGAATA-G---A---------Tgtcacactcgatgt
gi|20 : agaaatcataataaaACT--------------TA----TCCTCATGA---TCCTT----CATTGAATGATCTTCTGTATGG-TAATG-AAA---ATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAAT-TAT--A------GTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTCAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TT-AT-GTca
gi|9 : A---TTTTT----CTTTGAATGGCCTTCTACATAA-AAAGG-TAA---CTCTAACACTAAACTGACAACAACTCGACTTTT-GTGG-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--AGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-C---A---------TCGTA-A-C-TTG--TC-AT-ATTCGATGTT
gi|22 : aaataaagtaatactaatccaaaacatattttaacaatcttaaaagaaaatTTGAATGACCTTCTGTATGG-TAATG-AAA---CTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTCT-ATGG-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTA--TC-AT-ATTCGGTGCTatg
gi|24 : AACGACCTTCTGTATGG-AAAGG-AAA---CTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-TAC--T------TTA-C--AA-------AAAC-G-AA------A--CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTAAATA-G---A---------CCATG-ATT-TTG--TC-AC-ATTCGATG
gi|23 : GACCTTCTGTATGG-AAATG-AAA---CTCTTACACTTA-CTGACAACAAATCAACTTTT-ATGGACAATCAAAAT--TAT--A------TTA-TAAAA-------AAAA-C-AA------A--CGTATTGA-GTATCACACACAATTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TC-AT-ATTCGATGC
gi|26 : tTGG-TAATG-AAA---ATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AGAC-C-AA------A--CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTG--TT-AT-GT
gi|25 : G-GAAT--CTCT--CACTTG-CTGACGACAACTCCATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAAT-TGC--A------TTA-T--AA-------AAAA-C-AA------A--CGTTTTGA-GCATTTTTCACAATTGAATA-G---A---------CCTTGTT-A-TTG--TC-AC-ATACGATGTT
gi|27 : aT-ATGG-CATTTCAAAAT-TAC--A------TTA-C--AA-------AAAT-C-AA------A--CGTTTTGA-ATATAGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG-A-C-TTA--TC-AT-ATTCGATGCT
gi|30 : caattattgatgaacatgaagttagttag-CAGTTTGAAAT-TAT--A------TTT-T--TA-------AGAA-CTAA------C--CATATTGA-ATATAGCACAC--TTGAATA-G---ACCCTGATTTTGATA-A-C-TTA--TC-ATCATTCAAatgt
gi|33 : GTTCAAAAT-TAT--A------TTA-T--AA-------AAAC-C-AA------A--CGTTTTGA-GAATCGTACACAA-----------------------AATG-A-C-TTA--TCAAC-A-TCGATGCTattata
gi|31 : attgttAAACC-TGC--A------TTGGT--AA-------AGGA-C-AAGTTTAAA--TGTTTCGA-GTACCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCATG-ACA-TTG--TC-AC-ATTCAATGTTatg
gi|32 : C--A------TTA-T--AACAAAACAAAAA-C-AA------AAATGTATTGA-GTATCATACACAATTAAATA-G---A---------AAATG-A-C-TTT--TC-AT-ACTCGATGCTat
gi|34 : ttt-------AAAC-C-AA------A--CGTTCC-A-GTATCGTACAAAATTAAATA-G---A---------TCGTG---A-TTATGTC-AC-ATTCGATGTTatgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAATAAAGAACGATCCCATTTCATTTTAACTTACAGT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 1111111
lowQualScore : 0 555 1 888888 2 4 8 666 1 0000000000 3333 3333 5555 1 5555555 0 1 2 1 22 1 1 1 1 1 555555 2222 33 1 1 1 222 555555555 22 0000000 2 1 111 1 22
lowQualScore : . ... . ...... . . . ... . .......... .... .... .... . ....... . . . . .. . . . . . ...... .... .. . . . ... ......... .. ....... . . ... . ..
lowQualScore : 7 444 0 222222 4 7 4 777 8 5555555555 7777 7777 3333 7 0000000 2 0 2 5 00 3 5 4 4 3 333333 8888 22 2 2 3 333 333333333 00 4444444 9 4 555 6 55
consensus : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGA---NCCCT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
Reference ( family-829 ) : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGA---TCCCT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAATGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|1 : AGACTATTTTGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGAT-ACTGAAACAATAAAA-T----------CGACT----TA----CCTACATGAACCTTCCT-CCTTA-------AATGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACCCTTTCACTAA-CTGACAACAACGTGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----AC--AAAAAAACAA-CATTTCGA-GTATCATATACAATTGAATA-G---A---------CAATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-CT--GATGTT
gi|10 : tgc---CACTATAG------ACAAA-GGA-TGATGACGGATA---NNNNN-NNNNNGGATGATGACTGATATA----CTCACAGGA---GCCCT-CCTTATACCTTAAACGGCCTTTGGTATGGACAAGA-A--ATATTTCCATTTA-CTGACAGCAACTTAATTGAC-ATTG--AGTAGAAACTTATA------TT----AT--AACAA--AAA-CGTTTTGATGTATCGTACACAGTTGGACA-G---A---------atg
gi|11 : AGACTATTTCGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGATGATAGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----CCCACATGA---ACCCT-CCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTT---TTCA-CTT------ACTCGATTT----TGG-CAGTGTAAAATTACA------TA----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------TCTTG--AT------T-T-TGTCA-A-GT-TC--GATGTTccaagcc
gi|12 : ACAATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCAGATGA---TCCTT-CGTTG-------AATGATCTTCTGTATAGTAATGA-A--AGTCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAACTACA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATTGCCGACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-
gi|13 : TACAA------ATAAA-G-ACTGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACACGT---TCCCT-TCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATAG-A--ATTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCCATTTTT-ATGG-CAGTCCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GAT
gi|14 : AAG-A-A-TGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACATGA---TCCCT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAAGAAATCGATTTT--ATGG-CAGTACAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TATTG--A-------C-T-TATCA-T-AG-TC--GATGC
gi|15 : -A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGA---TCCTT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-
gi|16 : aga-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGA---TCCTT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ACGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-g
gi|17 : agaAGACTATTTCAC---CACTATAT------ACAGA-GTA-TGATGATTGAAA---TA---------------TAACT-----A----TCCAAATGA---ACCCT-CCTTA-------AACAACCTTCTTTGTGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACA-----GTTTTT-ATGG-TAGTGCAAAATTATA------TC----AT---AAAACCAAA-CATTTTGA-GTATTGTACACg
gi|18 : ttgtAGAA-T----------TGACT----TA----CCCACATAG---ACCCT-CCTTA-------AACGACTTTCTGTGCAGAAAGGA-A--ACTCTTTTACTAA-CTGGCAACAACTCGATTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACATTTAATTT----AC--AAACACCAAA-CGATTCGA-AAATCGTTCACAATTGAA-------------------------------------GTCA-C-AC-TC--GATG
gi|19 : attgAAA----AAAA-T----------TAACT----TA----CCAACATGA---AATAT-CCTTA-------AAAGACTTACTGCATGGAAAGTA-ACCGCTCTCACA--GA-CTTACAACTGCTCGATTTTC-AAGG-CAGCTCAAAACTATA------------AT------ACCAAA-GGTTTTGC-GTATTGTTAACAATTGAATA-G---A---------Tt
gi|2 : agaaatcataatAGACTATTCCAGAAATAATAAAG------ACACA-G-AATAATGACTGAAA---TAAAA-A----------TAGCT----TA----CCCACATGA---ACTCT-CCTAT-------AATGACATTCT------TAATGAGA--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTTTATTTTT-ATGG-CTGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CATTTTTA-GTATCGTACCTAATTAACTA-G---A---------TAATG--ATACACTTT-T-TGTCACT-AT-TTTAGATGca
gi|20 : gtgcACT----TA----TCCTCATGA---TCCTT-CATTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------GT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTCAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-t
gi|21 : AAG-A-A-TGATGACTAAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCGCAGGA---TACCT-CCTTG-------AATGACCTTCTATATGGCAATGA-A--ACTATTACACTAA-TTG---ACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATC
gi|22 : TTG-------AATGACCTTCTGTATGGTAATGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTCT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GGTGCT
gi|23 : GACCTTCTGTATGGAAATGA-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAACAAATCAACTTTT-ATGGACAA-TCAAAATTATA------TT----ATAAAAAAAACAAA-CGTATTGA-GTATCACACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGC
gi|24 : t-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACT------TT----AC--AAAAACGAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTAAATA-G---A---------CCATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-TC--GATG
gi|25 : GA-A--TCTCT--CACTTG-CTGACGACAACTCCATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTGCA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GCATTTTTCACAATTGAATA-G---A---------CCTTGTTA---------T-TGTCA-C-AT-AC--GATGTT
gi|26 : agTGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-
gi|27 : -ATGG-CATTTCAAAATTACA------TT----AC--AAAAATCAAA-CGTTTTGA-ATATAGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|28 : caattattgatgaacatgaagttagttagtGACTGATAGCGTGAAA-A----------TAACT-----A----CAAACA-GA---TCCTT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTAatgt
gi|29 : tgcaAGACTATTTCAC---CAATATGG------AAAAA-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGA---TCCCT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTA
gi|3 : gtgcAAACTATTTCGC---AATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----GCCACATGA---ACCCT-CCTTA-------AACGACCTTCTATATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTGGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATAACA------TT----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATGGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--A-------CTT-TGTCA-T-AT-TC--AATGTT
gi|30 : agttgc-CAGTTTGAAATTATAT-----TT----TT--AAGAACTAAC-CATATTGA-ATATAGCACAC--TTGAATA-G---ACCCTGATTTTGATA--A-------C-T-TATCA-TCAT-TC--AA
gi|31 : AAA-TGTTTCGA-GTACCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCATG--A-------CAT-TGTCA-C-AT-TC--AATGTTattata
gi|32 : aaacctgcattggtaaaggacaagttt----AC--AAAAACAAAAATGTATTGA-GTATCATACACAATTAAATA-G---A---------AAATG--A-------C-T-TTTCA-T-AC-TC--GATGCTat
gi|33 : tttcattataacaaaGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GAATCGTACACAA-----------------------AATG--A-------C-T-TATCA---ACATC--GATGCTatgt
gi|34 : attgttAAACCAAA-CGTTCC-A-GTATCGTACAAAATTAAATA-G---A---------TCGTG--A-------T-TATGTCA-C-AT-TC--GATGTTatg
gi|35 : tgccaaaaactctcctAAG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGA---TCCTT-CCTTG-------AATGATCTTCTGat
gi|4 : AGACTATTTCAT---AAATATAGTCTAAGACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TATAA-T----------TAAAT----TA----CTCAAATGA---ATTCT-CCTTG-------AATTACCGCCTGTCTGGAAAAGA-A--ACACTTACACTAA-TTGACAAAAACCCGTTTTTT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TA----AT--AAAAA-AAAA-CATTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|5 : acAGACTTTTTCGT---TATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---AAAAAAT----------TGACT----TG----AACACAGGA---ACCCCACCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTTA-CTGACAACAACTCGACTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----TC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--AT------T-T-TATCA-C-AT-TC--GATG
gi|6 : ttgcAGACTATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-GGA-TGATGACTGAAA---TAAAA-TAT--------TAGCT----TATCCACCCACATGA---TCCTT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGAAAT---------TTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-A-GT-CAGT-CAAAATTATA------TTTATTAT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGCTCACAGTTAAATA-GATAA---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-GT-t
gi|7 : tgcAGACTATTTCAC---CAGTATAG------ACAAA-A-A-TAATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACG----TA----CCCACATGA---TTCCT-CCTTG-------AACGACCTTCTATATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAATCTACA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTGAATA-G---A---------TAATG--A-------A-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|8 : ATTATTTCAC---CGATATAG------ACAAATA-A-TGATGACTAAAA---TAAG-------------TCATT----TA----CTCACTTGA---ACCCT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTTTGGAAAGGA-----------CAATAA-ATGACAACAACCCGATTTTTTATGA-CAGTTCAAAATTTTG------TT----ATA-AAAAAACAAA-CG-TTTGG-GTATCGTACACATTTAAAAAGG---G---------TAATT--A-------C-C-TTTTA-A-AT-TC--GACGTT
gi|9 : catT-CTTTG-------AATGGCCTTCTACATAAAAAGGT-A--ACTCTAACACTAAACTGACAACAACTCGACTTTT-GTGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-AGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-C---A---------TCGTA--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGTTttgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAATAAAGAACGATCCCATTTCATTTTAACTTACAGT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 1111111
lowQualScore : 0 555 1 888888 2 4 8 666 1 0000000000 3333 3333 1 333 1 5555555 0 1 2 1 22 1 1 1 1 1 555555 2222 33 1 1 0 1 222 555555555 22 0000000 2 1 111 1 22
lowQualScore : . ... . ...... . . . ... . .......... .... .... . ... . ....... . . . . .. . . . . . ...... .... .. . . . . ... ......... .. ....... . . ... . ..
lowQualScore : 7 444 0 222222 4 7 4 777 8 5555555555 7777 7777 0 000 7 0000000 2 0 4 5 00 3 5 4 4 3 333333 8888 22 2 2 2 3 333 333333333 00 4444444 9 4 555 6 55
consensus : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
Reference ( family-829 ) : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|1 : AGACTATTTTGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGAT-ACTGAAACAATAAAA-T----------CGACT----TA----CCTACATGAACCTTCCT-CCTTA-------AATGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACCCTTTCACTAA-CTGACAACAACGTGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----AC--AAAAAAACAA-CATTTCGA-GTATCATATACAATTGAATA-G---A---------CAATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-CT--GATGTT
gi|10 : tgc---CACTATAG------ACAAA-GGA-TGATGACGGATA---NNNNN-NNNNNGGATGATGACTGATATA----CTCACAGGAGCC---CT-CCTTATACCTTAAACGGCCTTTGGTATGGACAAGA-A--ATATTTCCATTTA-CTGACAGCAACTTAATTGAC-ATTG--AGTAGAAACTTATA------TT----AT--AACAA--AAA-CGTTTTGATGTATCGTACACAGTTGGACA-G---A---------atg
gi|11 : AGACTATTTCGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGATGATAGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----CCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTT---TTCA-CTT------ACTCGATTT----TGG-CAGTGTAAAATTACA------TA----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------TCTTG--AT------T-T-TGTCA-A-GT-TC--GATGTTccaagcc
gi|12 : ACAATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCAGATGATCC---TT-CGTTG-------AATGATCTTCTGTATAGTAATGA-A--AGTCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAACTACA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATTGCCGACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-
gi|13 : TACAA------ATAAA-G-ACTGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACACGTTCC---CT-TCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATAG-A--ATTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCCATTTTT-ATGG-CAGTCCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GAT
gi|14 : AAG-A-A-TGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAAGAAATCGATTTT--ATGG-CAGTACAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TATTG--A-------C-T-TATCA-T-AG-TC--GATGC
gi|15 : -A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-
gi|16 : aga-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ACGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-g
gi|17 : agaAGACTATTTCAC---CACTATAT------ACAGA-GTA-TGATGATTGAAA---TA---------------TAACT-----A----TCCAAATGAACC---CT-CCTTA-------AACAACCTTCTTTGTGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACA-----GTTTTT-ATGG-TAGTGCAAAATTATA------TC----AT---AAAACCAAA-CATTTTGA-GTATTGTACACg
gi|18 : ttgtAGAA-T----------TGACT----TA----CCCACATAGACC---CT-CCTTA-------AACGACTTTCTGTGCAGAAAGGA-A--ACTCTTTTACTAA-CTGGCAACAACTCGATTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACATTTAATTT----AC--AAACACCAAA-CGATTCGA-AAATCGTTCACAATTGAA-------------------------------------GTCA-C-AC-TC--GATG
gi|19 : attgAAA----AAAA-T----------TAACT----TA----CCAACATGAAAT---AT-CCTTA-------AAAGACTTACTGCATGGAAAGTA-ACCGCTCTCACA--GA-CTTACAACTGCTCGATTTTC-AAGG-CAGCTCAAAACTATA------------AT------ACCAAA-GGTTTTGC-GTATTGTTAACAATTGAATA-G---A---------Tt
gi|2 : agaaatcataatAGACTATTCCAGAAATAATAAAG------ACACA-G-AATAATGACTGAAA---TAAAA-A----------TAGCT----TA----CCCACATGAACT---CT-CCTAT-------AATGACATTCT------TAATGAGA--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTTTATTTTT-ATGG-CTGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CATTTTTA-GTATCGTACCTAATTAACTA-G---A---------TAATG--ATACACTTT-T-TGTCACT-AT-TTTAGATGca
gi|20 : gtgcACT----TA----TCCTCATGATCC---TT-CATTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------GT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTCAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-t
gi|21 : AAG-A-A-TGATGACTAAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCGCAGGATAC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTATATGGCAATGA-A--ACTATTACACTAA-TTG---ACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATC
gi|22 : TTG-------AATGACCTTCTGTATGGTAATGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTCT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GGTGCT
gi|23 : GACCTTCTGTATGGAAATGA-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAACAAATCAACTTTT-ATGGACAA-TCAAAATTATA------TT----ATAAAAAAAACAAA-CGTATTGA-GTATCACACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGC
gi|24 : t-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACT------TT----AC--AAAAACGAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTAAATA-G---A---------CCATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-TC--GATG
gi|25 : AGGA-A--TCTCT--CACTTG-CTGACGACAACTCCATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTGCA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GCATTTTTCACAATTGAATA-G---A---------CCTTGTTA---------T-TGTCA-C-AT-AC--GATGTT
gi|26 : TGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-
gi|27 : -ATGG-CATTTCAAAATTACA------TT----AC--AAAAATCAAA-CGTTTTGA-ATATAGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|28 : caattattgatgaacatgaagttagttagtGACTGATAGCGTGAAA-A----------TAACT-----A----CAAACA-GATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTAatgt
gi|29 : tgcaAGACTATTTCAC---CAATATGG------AAAAA-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTA
gi|3 : gtgcAAACTATTTCGC---AATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----GCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTATATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTGGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATAACA------TT----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATGGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--A-------CTT-TGTCA-T-AT-TC--AATGTT
gi|30 : agttgc-CAGTTTGAAATTATAT-----TT----TT--AAGAACTAAC-CATATTGA-ATATAGCACAC--TTGAATA-G---ACCCTGATTTTGATA--A-------C-T-TATCA-TCAT-TC--AA
gi|31 : AAA-TGTTTCGA-GTACCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCATG--A-------CAT-TGTCA-C-AT-TC--AATGTTattata
gi|32 : aaacctgcattggtaaaggacaagttt----AC--AAAAACAAAAATGTATTGA-GTATCATACACAATTAAATA-G---A---------AAATG--A-------C-T-TTTCA-T-AC-TC--GATGCTat
gi|33 : tttcattataacaaaGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GAATCGTACACAA-----------------------AATG--A-------C-T-TATCA---ACATC--GATGCTatgt
gi|34 : attgttAAACCAAA-CGTTCC-A-GTATCGTACAAAATTAAATA-G---A---------TCGTG--A-------T-TATGTCA-C-AT-TC--GATGTTatg
gi|35 : tgccaaaaactctcctAAG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGat
gi|4 : AGACTATTTCAT---AAATATAGTCTAAGACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TATAA-T----------TAAAT----TA----CTCAAATGAATT---CT-CCTTG-------AATTACCGCCTGTCTGGAAAAGA-A--ACACTTACACTAA-TTGACAAAAACCCGTTTTTT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TA----AT--AAAAA-AAAA-CATTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|5 : acAGACTTTTTCGT---TATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---AAAAAAT----------TGACT----TG----AACACAGGAACC---CCACCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTTA-CTGACAACAACTCGACTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----TC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--AT------T-T-TATCA-C-AT-TC--GATG
gi|6 : ttgcAGACTATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-GGA-TGATGACTGAAA---TAAAA-TAT--------TAGCT----TATCCACCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGAAA---------TTTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-A-GT-CAGT-CAAAATTATA------TTTATTAT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGCTCACAGTTAAATA-GATAA---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-GT-t
gi|7 : tgcAGACTATTTCAC---CAGTATAG------ACAAA-A-A-TAATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACG----TA----CCCACATGATTC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTATATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAATCTACA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTGAATA-G---A---------TAATG--A-------A-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|8 : ATTATTTCAC---CGATATAG------ACAAATA-A-TGATGACTAAAA---TAAG-------------TCATT----TA----CTCACTTGAACC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTTTGGAAAGGA-----------CAATAA-ATGACAACAACCCGATTTTTTATGA-CAGTTCAAAATTTTG------TT----ATA-AAAAAACAAA-CG-TTTGG-GTATCGTACACATTTAAAAAGG---G---------TAATT--A-------C-C-TTTTA-A-AT-TC--GACGTT
gi|9 : catT-CTTTG-------AATGGCCTTCTACATAAAAAGGT-A--ACTCTAACACTAAACTGACAACAACTCGACTTTT-GTGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-AGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-C---A---------TCGTA--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGTTttgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAATAAAGAACGATCCCATTTCATTTTAACTTACAGT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 1111111
lowQualScore : 0 555 1 888888 2 4 8 666 1 0000000000 3333 3333 1 333 1 5555555 0 1 2 1 22 1 1 1 1 1 555555 2222 33 1 1 0 1 222 555555555 22 0000000 2 1 111 1 22
lowQualScore : . ... . ...... . . . ... . .......... .... .... . ... . ....... . . . . .. . . . . . ...... .... .. . . . . ... ......... .. ....... . . ... . ..
lowQualScore : 7 444 0 222222 4 7 4 777 8 5555555555 7777 7777 0 000 7 0000000 2 0 4 5 00 3 5 4 4 3 333333 8888 22 2 2 2 3 333 333333333 00 4444444 9 4 555 6 55
consensus : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
Reference ( family-829 ) : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|1 : AGACTATTTTGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGAT-ACTGAAACAATAAAA-T----------CGACT----TA----CCTACATGAACCTTCCT-CCTTA-------AATGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACCCTTTCACTAA-CTGACAACAACGTGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----AC--AAAAAAACAA-CATTTCGA-GTATCATATACAATTGAATA-G---A---------CAATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-CT--GATGTT
gi|10 : tgc---CACTATAG------ACAAA-GGA-TGATGACGGATA---NNNNN-NNNNNGGATGATGACTGATATA----CTCACAGGAGCC---CT-CCTTATACCTTAAACGGCCTTTGGTATGGACAAGA-A--ATATTTCCATTTA-CTGACAGCAACTTAATTGAC-ATTG--AGTAGAAACTTATA------TT----AT--AACAA--AAA-CGTTTTGATGTATCGTACACAGTTGGACA-G---A---------atg
gi|11 : AGACTATTTCGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGATGATAGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----CCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTT---TTCA-CTT------ACTCGATTT----TGG-CAGTGTAAAATTACA------TA----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------TCTTG--AT------T-T-TGTCA-A-GT-TC--GATGTTccaagcc
gi|12 : ACAATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCAGATGATCC---TT-CGTTG-------AATGATCTTCTGTATAGTAATGA-A--AGTCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAACTACA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATTGCCGACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-
gi|13 : TACAA------ATAAA-G-ACTGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACACGTTCC---CT-TCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATAG-A--ATTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCCATTTTT-ATGG-CAGTCCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GAT
gi|14 : AAG-A-A-TGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAAGAAATCGATTTT--ATGG-CAGTACAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TATTG--A-------C-T-TATCA-T-AG-TC--GATGC
gi|15 : -A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-
gi|16 : aga-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ACGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-g
gi|17 : agaAGACTATTTCAC---CACTATAT------ACAGA-GTA-TGATGATTGAAA---TA---------------TAACT-----A----TCCAAATGAACC---CT-CCTTA-------AACAACCTTCTTTGTGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACA-----GTTTTT-ATGG-TAGTGCAAAATTATA------TC----AT---AAAACCAAA-CATTTTGA-GTATTGTACACg
gi|18 : ttgtAGAA-T----------TGACT----TA----CCCACATAGACC---CT-CCTTA-------AACGACTTTCTGTGCAGAAAGGA-A--ACTCTTTTACTAA-CTGGCAACAACTCGATTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACATTTAATTT----AC--AAACACCAAA-CGATTCGA-AAATCGTTCACAATTGAA-------------------------------------GTCA-C-AC-TC--GATG
gi|19 : attgAAA----AAAA-T----------TAACT----TA----CCAACATGAAAT---AT-CCTTA-------AAAGACTTACTGCATGGAAAGTA-ACCGCTCTCACA--GA-CTTACAACTGCTCGATTTTC-AAGG-CAGCTCAAAACTATA------------AT------ACCAAA-GGTTTTGC-GTATTGTTAACAATTGAATA-G---A---------Tt
gi|2 : agaaatcataatAGACTATTCCAGAAATAATAAAG------ACACA-G-AATAATGACTGAAA---TAAAA-A----------TAGCT----TA----CCCACATGAACT---CT-CCTAT-------AATGACATTCT------TAATGAGA--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTTTATTTTT-ATGG-CTGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CATTTTTA-GTATCGTACCTAATTAACTA-G---A---------TAATG--ATACACTTT-T-TGTCACT-AT-TTTAGATGca
gi|20 : gtgcACT----TA----TCCTCATGATCC---TT-CATTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------GT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTCAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-t
gi|21 : AAG-A-A-TGATGACTAAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCGCAGGATAC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTATATGGCAATGA-A--ACTATTACACTAA-TTG---ACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATC
gi|22 : TTG-------AATGACCTTCTGTATGGTAATGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTCT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GGTGCT
gi|23 : GACCTTCTGTATGGAAATGA-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAACAAATCAACTTTT-ATGGACAA-TCAAAATTATA------TT----ATAAAAAAAACAAA-CGTATTGA-GTATCACACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGC
gi|24 : t-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACT------TT----AC--AAAAACGAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTAAATA-G---A---------CCATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-TC--GATG
gi|25 : AGGA-A--TCTCT--CACTTG-CTGACGACAACTCCATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTGCA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GCATTTTTCACAATTGAATA-G---A---------CCTTGTTA---------T-TGTCA-C-AT-AC--GATGTT
gi|26 : TGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-
gi|27 : -ATGG-CATTTCAAAATTACA------TT----AC--AAAAATCAAA-CGTTTTGA-ATATAGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|28 : caattattgatgaacatgaagttagttagtGACTGATAGCGTGAAA-A----------TAACT-----A----CAAACA-GATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTAatgt
gi|29 : tgcaAGACTATTTCAC---CAATATGG------AAAAA-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTA
gi|3 : gtgcAAACTATTTCGC---AATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----GCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTATATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTGGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATAACA------TT----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATGGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--A-------CTT-TGTCA-T-AT-TC--AATGTT
gi|30 : agttgc-CAGTTTGAAATTATAT-----TT----TT--AAGAACTAAC-CATATTGA-ATATAGCACAC--TTGAATA-G---ACCCTGATTTTGATA--A-------C-T-TATCA-TCAT-TC--AA
gi|31 : AAA-TGTTTCGA-GTACCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCATG--A-------CAT-TGTCA-C-AT-TC--AATGTTattata
gi|32 : aaacctgcattggtaaaggacaagttt----AC--AAAAACAAAAATGTATTGA-GTATCATACACAATTAAATA-G---A---------AAATG--A-------C-T-TTTCA-T-AC-TC--GATGCTat
gi|33 : tttcattataacaaaGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GAATCGTACACAA-----------------------AATG--A-------C-T-TATCA---ACATC--GATGCTatgt
gi|34 : attgttAAACCAAA-CGTTCC-A-GTATCGTACAAAATTAAATA-G---A---------TCGTG--A-------T-TATGTCA-C-AT-TC--GATGTTatg
gi|35 : tgccaaaaactctcctAAG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGat
gi|4 : AGACTATTTCAT---AAATATAGTCTAAGACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TATAA-T----------TAAAT----TA----CTCAAATGAATT---CT-CCTTG-------AATTACCGCCTGTCTGGAAAAGA-A--ACACTTACACTAA-TTGACAAAAACCCGTTTTTT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TA----AT--AAAAA-AAAA-CATTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|5 : acAGACTTTTTCGT---TATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---AAAAAAT----------TGACT----TG----AACACAGGAACC---CCACCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTTA-CTGACAACAACTCGACTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----TC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--AT------T-T-TATCA-C-AT-TC--GATG
gi|6 : ttgcAGACTATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-GGA-TGATGACTGAAA---TAAAA-TAT--------TAGCT----TATCCACCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGAAA---------TTTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-A-GT-CAGT-CAAAATTATA------TTTATTAT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGCTCACAGTTAAATA-GATAA---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-GT-t
gi|7 : tgcAGACTATTTCAC---CAGTATAG------ACAAA-A-A-TAATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACG----TA----CCCACATGATTC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTATATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAATCTACA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTGAATA-G---A---------TAATG--A-------A-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|8 : ATTATTTCAC---CGATATAG------ACAAATA-A-TGATGACTAAAA---TAAG-------------TCATT----TA----CTCACTTGAACC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTTTGGAAAGGA-----------CAATAA-ATGACAACAACCCGATTTTTTATGA-CAGTTCAAAATTTTG------TT----ATA-AAAAAACAAA-CG-TTTGG-GTATCGTACACATTTAAAAAGG---G---------TAATT--A-------C-C-TTTTA-A-AT-TC--GACGTT
gi|9 : catT-CTTTG-------AATGGCCTTCTACATAAAAAGGT-A--ACTCTAACACTAAACTGACAACAACTCGACTTTT-GTGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-AGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-C---A---------TCGTA--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGTTttgt
blockSeqs : AAA C TCTAAG T G A GCG A NNNNGGATGA GATA TCCA G . A TACCTTA A A G CC C A T A A TTTAAT TATT AA A T G ATA CCCTGATTT TT TACACTT T A CT A TA
blockSeqs : . C . . T C . . AT . . A . . . A G . . A . . . G T . A . . . . . . T A . TC . .
blockSeqs : . A . . T A . . . . . T . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . C . . T A . . . . . T . . . C T . . A . . . C . . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . A . . T . . . . . . T . . . C T . . A . . . A . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . G . . . . . . T . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . T . . . T T . . T . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A . . . A G . . T . . . G . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . A . . . A G . . A . . . G . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A . . . A G . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . A . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . T . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . C T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . A T . . T . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A G . . A . . . G . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . T G . . A . . . G . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . T T . . T . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . T T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . T . . . A G . . T . . . T . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . T . . . A A . . A . . . G . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . . . A G . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A T . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . C G . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . A G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** *** *******
originalCons : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
finalCons : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAATAAAGAACGATCCCATTTCATTTTAACTTACAGT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 1111111
lowQualScore : 0 555 1 888888 2 4 8 666 1 0000000000 3333 3333 1 333 1 5555555 0 1 2 1 22 1 1 1 1 1 555555 2222 33 1 1 0 1 222 555555555 22 0000000 2 1 111 1 22
lowQualScore : . ... . ...... . . . ... . .......... .... .... . ... . ....... . . . . .. . . . . . ...... .... .. . . . . ... ......... .. ....... . . ... . ..
lowQualScore : 7 444 0 222222 4 7 4 777 8 5555555555 7777 7777 0 000 7 0000000 2 0 4 5 00 3 5 4 4 3 333333 8888 22 2 2 2 3 333 333333333 00 4444444 9 4 555 6 55
consensus : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
Reference ( family-829 ) : AGACTATTTCGC---CANTATAG------ACAAA-G-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGANCC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTGTATGGNAANGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|1 : AGACTATTTTGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGAT-ACTGAAACAATAAAA-T----------CGACT----TA----CCTACATGAACCTTCCT-CCTTA-------AATGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACCCTTTCACTAA-CTGACAACAACGTGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----AC--AAAAAAACAA-CATTTCGA-GTATCATATACAATTGAATA-G---A---------CAATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-CT--GATGTT
gi|10 : tgc---CACTATAG------ACAAA-GGA-TGATGACGGATA---NNNNN-NNNNNGGATGATGACTGATATA----CTCACAGGAGCC---CT-CCTTATACCTTAAACGGCCTTTGGTATGGACAAGA-A--ATATTTCCATTTA-CTGACAGCAACTTAATTGAC-ATTG--AGTAGAAACTTATA------TT----AT--AACAA--AAA-CGTTTTGATGTATCGTACACAGTTGGACA-G---A---------atg
gi|11 : AGACTATTTCGC---CACTATAG------ACAAA-GTA-TGATGATAGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----CCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTT---TTCA-CTT------ACTCGATTT----TGG-CAGTGTAAAATTACA------TA----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------TCTTG--AT------T-T-TGTCA-A-GT-TC--GATGTTccaagcc
gi|12 : ACAATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCAGATGATCC---TT-CGTTG-------AATGATCTTCTGTATAGTAATGA-A--AGTCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTTCAAAACTACA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATTGCCGACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-
gi|13 : TACAA------ATAAA-G-ACTGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACACGTTCC---CT-TCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATAG-A--ATTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCCATTTTT-ATGG-CAGTCCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GAT
gi|14 : AAG-A-A-TGATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACT----TG----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAAGAAATCGATTTT--ATGG-CAGTACAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TATTG--A-------C-T-TATCA-T-AG-TC--GATGC
gi|15 : -A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-
gi|16 : aga-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ACGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-g
gi|17 : agaAGACTATTTCAC---CACTATAT------ACAGA-GTA-TGATGATTGAAA---TA---------------TAACT-----A----TCCAAATGAACC---CT-CCTTA-------AACAACCTTCTTTGTGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACA-----GTTTTT-ATGG-TAGTGCAAAATTATA------TC----AT---AAAACCAAA-CATTTTGA-GTATTGTACACg
gi|18 : ttgtAGAA-T----------TGACT----TA----CCCACATAGACC---CT-CCTTA-------AACGACTTTCTGTGCAGAAAGGA-A--ACTCTTTTACTAA-CTGGCAACAACTCGATTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACATTTAATTT----AC--AAACACCAAA-CGATTCGA-AAATCGTTCACAATTGAA-------------------------------------GTCA-C-AC-TC--GATG
gi|19 : attgAAA----AAAA-T----------TAACT----TA----CCAACATGAAAT---AT-CCTTA-------AAAGACTTACTGCATGGAAAGTA-ACCGCTCTCACA--GA-CTTACAACTGCTCGATTTTC-AAGG-CAGCTCAAAACTATA------------AT------ACCAAA-GGTTTTGC-GTATTGTTAACAATTGAATA-G---A---------Tt
gi|2 : agaaatcataatAGACTATTCCAGAAATAATAAAG------ACACA-G-AATAATGACTGAAA---TAAAA-A----------TAGCT----TA----CCCACATGAACT---CT-CCTAT-------AATGACATTCT------TAATGAGA--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTTTATTTTT-ATGG-CTGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CATTTTTA-GTATCGTACCTAATTAACTA-G---A---------TAATG--ATACACTTT-T-TGTCACT-AT-TTTAGATGca
gi|20 : gtgcACT----TA----TCCTCATGATCC---TT-CATTG-------AATGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------GT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTCAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-t
gi|21 : AAG-A-A-TGATGACTAAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCGCAGGATAC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTATATGGCAATGA-A--ACTATTACACTAA-TTG---ACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAAACTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATC
gi|22 : TTG-------AATGACCTTCTGTATGGTAATGA-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTCT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GGTGCT
gi|23 : GACCTTCTGTATGGAAATGA-A--ACTCTTACACTTA-CTGACAACAAATCAACTTTT-ATGGACAA-TCAAAATTATA------TT----ATAAAAAAAACAAA-CGTATTGA-GTATCACACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGC
gi|24 : t-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACT------TT----AC--AAAAACGAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTAAATA-G---A---------CCATG--AT------T-T-TGTCA-C-AT-TC--GATG
gi|25 : AGGA-A--TCTCT--CACTTG-CTGACGACAACTCCATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATTGCA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GCATTTTTCACAATTGAATA-G---A---------CCTTGTTA---------T-TGTCA-C-AT-AC--GATGTT
gi|26 : TGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-ATATCGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTTA-T-GT-
gi|27 : -ATGG-CATTTCAAAATTACA------TT----AC--AAAAATCAAA-CGTTTTGA-ATATAGCACACAGTTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|28 : caattattgatgaacatgaagttagttagtGACTGATAGCGTGAAA-A----------TAACT-----A----CAAACA-GATCC---TT-CCTTG-------AACGATCTTCTGTATGGTAATGA-A--AATCTTACATTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-ATGA-CAGTTCAAAATTAatgt
gi|29 : tgcaAGACTATTTCAC---CAATATGG------AAAAA-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAACT----TA----CCCACATGATCC---CT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGTA
gi|3 : gtgcAAACTATTTCGC---AATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---TAAAA-T----------TGACT----TA----GCCACATGAACC---CT-CCTTA-------AACGACCTTCTATATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTAA-CTGACAACAACTGGATTTTC-ATGG-CAGTGCAAAATAACA------TT----AC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATGGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--A-------CTT-TGTCA-T-AT-TC--AATGTT
gi|30 : agttgc-CAGTTTGAAATTATAT-----TT----TT--AAGAACTAAC-CATATTGA-ATATAGCACAC--TTGAATA-G---ACCCTGATTTTGATA--A-------C-T-TATCA-TCAT-TC--AA
gi|31 : AAA-TGTTTCGA-GTACCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCATG--A-------CAT-TGTCA-C-AT-TC--AATGTTattata
gi|32 : aaacctgcattggtaaaggacaagttt----AC--AAAAACAAAAATGTATTGA-GTATCATACACAATTAAATA-G---A---------AAATG--A-------C-T-TTTCA-T-AC-TC--GATGCTat
gi|33 : tttcattataacaaaGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-CGTTTTGA-GAATCGTACACAA-----------------------AATG--A-------C-T-TATCA---ACATC--GATGCTatgt
gi|34 : attgttAAACCAAA-CGTTCC-A-GTATCGTACAAAATTAAATA-G---A---------TCGTG--A-------T-TATGTCA-C-AT-TC--GATGTTatg
gi|35 : tgccaaaaactctcctAAG-A-A-TGATGACTGAAA---TAAAA-T----------TAGCT----TA----TCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGat
gi|4 : AGACTATTTCAT---AAATATAGTCTAAGACAAA-G-AATGATGACTGAAA---TATAA-T----------TAAAT----TA----CTCAAATGAATT---CT-CCTTG-------AATTACCGCCTGTCTGGAAAAGA-A--ACACTTACACTAA-TTGACAAAAACCCGTTTTTT-ATGG-CAGTTCAAAATTATA------TA----AT--AAAAA-AAAA-CATTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-G---A---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|5 : acAGACTTTTTCGT---TATTATAG------ACAAA-GTA-TGATGACCGAAA---AAAAAAT----------TGACT----TG----AACACAGGAACC---CCACCTTA-------AACGACCTTCTGTATGGAAAGGA-A--ACTCTTTCACTTA-CTGACAACAACTCGACTGTC-ATGG-CAGTGCAAAATTACA------TT----TC--AAAAACCAAA-CGTTTCGA-ATATCGTACACAATTGAATA-G---A---------CCTTG--AT------T-T-TATCA-C-AT-TC--GATG
gi|6 : ttgcAGACTATTTCAC---CAATATAG------ACAAA-GGA-TGATGACTGAAA---TAAAA-TAT--------TAGCT----TATCCACCCACATGATCC---TT-CCTTG-------AATGATCTTCTGTATGGAAA---------TTTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTC-A-GT-CAGT-CAAAATTATA------TTTATTAT--AAAGACCAAA-CGTTTTGA-GTATCGCTCACAGTTAAATA-GATAA---------TAATG--A-------C-T-TGTCA-T-GT-t
gi|7 : tgcAGACTATTTCAC---CAGTATAG------ACAAA-A-A-TAATGACTGATA---TAAAA-T----------TAACG----TA----CCCACATGATTC---CT-CCTTG-------AACGACCTTCTATATGGCAATGG-A--ACTCTTACACTAA-CTGACAACAACTCGATTTTT-ATGG-CAGTTCAAATCTACA------TT----AT--AAAAAACAAA-CGTTTTGA-GTATCGTACACAGTTGAATA-G---A---------TAATG--A-------A-T-TATCA-T-AT-TC--GATGCT
gi|8 : ATTATTTCAC---CGATATAG------ACAAATA-A-TGATGACTAAAA---TAAG-------------TCATT----TA----CTCACTTGAACC---CT-CCTTG-------AATGACCTTCTGTTTGGAAAGGA-----------CAATAA-ATGACAACAACCCGATTTTTTATGA-CAGTTCAAAATTTTG------TT----ATA-AAAAAACAAA-CG-TTTGG-GTATCGTACACATTTAAAAAGG---G---------TAATT--A-------C-C-TTTTA-A-AT-TC--GACGTT
gi|9 : catT-CTTTG-------AATGGCCTTCTACATAAAAAGGT-A--ACTCTAACACTAAACTGACAACAACTCGACTTTT-GTGG-CAGTTCAAAATTATA------TT----AT--AAAAACCAAA-AGTTTTGA-GTATCGTACACAATTAAATA-C---A---------TCGTA--A-------C-T-TGTCA-T-AT-TC--GATGTTttgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): AAATAAAGAACGATCCCATTTCATTTTAACTTACAGT