lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 111 111 5555 555555555 111 1 11 111111 1 11 111 1 1 11 11 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11 4444444 22 1 1 22 3333 999999999999999999999999 222222 2222222222 1 1 55555555555555 2222 111 44444444444444 1 44 1 1
lowQualScore : 4 3 1 1 2 1 0 444 1 3333 3333 3333 333 0 9999 1 0 1 222 666666666 4 222 0 666 66 33 3 77 1 1 1 333333 1 1 1 1 22 22 1 555 9 1 444 1 4 1 4 7 33 6 99 44 6 3 4 4 4 2 77 1 4 8 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 88 3333333 7 33 6 3 3 77 8888 0 333333333333333333333333 3 2 0 333333 2222222222 9 3 2 6 6 5 2 44444444444444 7777 888 4 66666666666666 7 66 5 3 7 6 7
lowQualScore : . . . . . . . ... . .... .... .... ... . .... . . . ... ......... . ... . ... .. .. . .. . . . ...... . . . . .. .. . ... . . ... . . . . . .. . .. .. . . . . . . .. . . . . ............................................................ . . .. ....... . .. . . . .. .... . ........................ . . . ...... .......... . . . . . . . .............. .... ... . .............. . .. . . . . .
lowQualScore : 5 0 5 5 3 5 4 222 5 1111 1111 1111 666 6 3333 5 3 5 666 111111111 2 666 6 111 66 55 2 33 7 7 7 999999 7 7 7 5 33 00 8 333 4 9 333 2 8 8 5 2 22 7 99 00 0 0 0 0 0 5 55 0 7 3 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 33 3333333 3 77 0 3 3 77 7777 7 000000000000000000000000 2 5 2 000000 0000000000 0 3 5 0 0 0 5 77777777777777 7777 333 0 77777777777777 0 00 0 3 3 0 7
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATGA-AAAAACAG--TG-GTT----A----T----TTATGA-TATGCAG----TCGGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCCTA---------GTATACA---TATTACCGCGAATCGGCCA-NTC-AGACGGCTAG-AAA-TGGTGTCATC-A-G--A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TAT-TAAGCAAGTCCTGTA-T--GAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGC-ATGTGTGAGATAATGTTATTATGNTGTAATATGTATATCGCNGTNGNACGGTTATCTATGGGATAANACGGTATCGGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGA-TNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATNT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGG-TTTT-GG-GCTG-TT-TTTTAGATCACACGATGAATC---------TTTNGT------TGTAAATCAAGTTTANAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTANAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGNTGGTTA-ACC-CC-A-TTCATCTCCGAAACCGTTCCACC-TATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTTGATCGATTG-TGGT--GCGATCGTTCGGTTGCGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACGACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( gi|1 ) : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATGACAAAAACAC--TG-GTT----A----T----TTATTG-TATACAGCGACTCAGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCCTAATAT-----GTATATA---TATTACCGCAAACTTGCCA-ATT-ATACGGACAG-AAA-TGGTGTCATC-A-G--A-A-AAAT-AC-TGCT--ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TAG-TAAGCAAGTCATGTA-T--AAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGC-TTGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGA-TGTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACAATTTTTGG-TTTT-GGAACTGTCTGTTTTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTAACCTCCAATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGAC-TATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGTTGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|22 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAAAAAAACAGTG-GTT----A----T----TTATTA-CATGCAGTGACTCAGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCCAAGTAT-----GTATACA---TATTACCGCAAACTGGTTA-ATT-AGACG--------------GTCATC-AGG--A-A-AAAT-ACTTGTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TAG-TACGCAAGTCATGTA-T--
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATGA-AAAAACAG--CA-GTT----A----T----TTGTGA-TATGCAG----TCAGCC-ATTTTGT-TTT---TTTCCTA---------GTATACA---TATTACCACGAATTGGCCA-TTT-AGAAGGCTAG-AAAATGGTGTCATC-A-GG-A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TAT-TAAGTAAGTCCTGTA-T--GAAg
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATGG-AAAATCAG--TG-GCT----A----T----TTATGA-CATGCAG----TCAACC-ATTATGA-TTT---TTTCCT----T-----GTATACA---TATTACCGCAAATTGGCCA-TTC-AGATGGCTAG-AAG-TGGTTTCATC-AGG--A-A-AAAT-AA-TTGT--ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA--AGTTAAACAAGTCCTGAA-T--a
gi|7 : tCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATGA-AAAGACAG--TG-GTTAAAAA----A----TTA-TG--ATACAAAG--TCGGCC-ATTTTAA-TTT---TTTCCTA---------GTATACA---TATTACCGCAAAGTGGCCA-TGC-AGACGGTAAG-AAA-TGGTGCCATC-G-G--GTA-AAAT-AC-TGCT--ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T-T-TAAGTTAATCCTGTA-T--GAAg
gi|8 : CTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGGA-AGAAACAG--TG-ATT----A----T----TTATAA-TATACAG----TCAGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCTTAA---------TATACA---TATTACCGCGAATTGGCCA-TTC-AGAAGGCTAGAAAA-AGGTGACATC-AGG--A-A-AAAC-AC-TGGT--ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TTT-CAAGCAAGTCCTGTA-T--GAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|9 : CTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATGA-AAAGACAG--TG-GTT----A----------TAATGATACACAG----TCGGCC-ATTTTAATTTT---TTTCCTA---------GTATACA---TATTACCGCGAATCAGTCA-TTC-AGACGGCTAG-AAA-T-GTGTCATC-A-GT-A-A-AAAC-AC-TAAT--ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TTT-TAAGCAAGTGCTGTA-T--GAAaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|5 : tCTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATGA-AAAAGCAG--TG-GTT----A----T----TTATGA-TATGCAG----TCAGTC-ATTTTGA-TTT---TTTCCTA---------GTATACT---TATTACCGCGAATTGATCA-TTC-AGAAGGTTAG-AAA-TTGTGTCATC-AGG--A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TAT-CAAGCATGTTCTGTA-T--GAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
gi|18 : ttCTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATGA-AACAACAG--TG-GTT----A----T----TTATGA-TATGCAG----TCAGCC-ATTTTGA-TTA---ATCTCCAGTACCGGCGGTATACT---GATTACCGCAA-CTCAGCATATC-AAATGCCTAG-AAA-TGATGTCATC-A-GT-A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TAT-TAAGCAAGTCCTGTA-T--GAaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|26 : ttCTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT---------------TG-TTT----G----T----TTACGA-TATGCAG----TCAGAT-ATTTTGA-TTT---TGTCCTG---------GTATACA---TATTACCGCAAATCGGCCT-TTC-AGACAGCTAG-AAA-TGGTGTCACC-A-G--G-A-ATATTAC-TGGT--ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TAT-TAAGCAATCTCTGTA-T--GAA
gi|4 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTGA-AAAGACAG--TA-GTT----A----T----TAATAA-TAAACAG----TCAGCC--TTTTTA-TTTTTATTTTCTA---------GTATATA---TATAACCGCAAATCGGCCA-TTC-AGACGGCTAT-AAT-TGGTGAAATC-A-G--A-ATCTAT-AC-TGAT--AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TTT-TAAGCAATTCCTGTA-T--AAAa
gi|30 : ttCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCGA-AAAA----------------A----T----TTATGA-TATGCAG----TCAGCC-ATTTTTA-CTT---CTTCCTAATAT-----G----CA---TATTACCGCAAATCGGCTA-CTG-AGATGGCTAG-AAA-TGGTGTCATC-T-GA-A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTGGACTAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|33 : tCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATTA-AAAGACAG--TG-GTT----A----T----TTATGA-TACACAG----TCGGCC-ATTTTAA-TTT---TTTCTTA---------GTATATA---CATTACCAAGAATCTGCCA-tactt
gi|29 : tCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATGA-AACAACAT--TG-TTT----A----T----CTAAAA-TATGCAG----TCAGCC-ACACTGA-TTT---TCCCCCA---------GTATACA---TCTTACTGTGAATTGACAA-ATA-AGATGGCTAG-AAA-TGTTGTCATC-AGG--A-A-AAAT-AT-TGGC--ACTAGACTttcaatcggctag
gi|36 : tCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATGA-AAAAACAG--TG-ATT----A----G----TTATGA-TATACAG----TCAGCC-ATTTTGA-TTT---TATGCTA---------GTATACA---TATTACC
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG--AAAGACGG--TG-GTT----A----T----T--TTG-GATACACCG--TC-GCCAATTTTAA-TTT---TTTCCTAGTAT-----a
gi|12 : ccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATGACAAAAACAA--GG-GTT----A----T----TTTATG-TAT-CA-CGACTCAGCC-ATTTTAT-TTT---TTTCCTAGAAT-----GTATACA---TATTACCGCGAACTGGCCA-ATT-ATATAGATAG-AAA-TGGTGTCATC-A-G--A-A-AAAA-AC-AGGT--ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TAG-TAAGCAAGTCATGTA-T--AAAacaatcatacagatagctatagcattattga
gi|6 : TAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATGACAAAAACAA--TG-GTT----A----T----TTATTG-TAAACAGCGACTTGGCC-ATTTTGA-TTT---TTTATTAGTAT-----GTATACA---TATTACCGCGAACTGGCCA-ATT-ATACGGATAG-AAA-TGGTCTCATC-T-G--A-A-AAAT-AC-TGGA--ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA-----TAAGCTAGTCATGTA-T--AAAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|20 : TAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATGA--AAAACAA--TG-GTT----A----T----TTATTG-TATGCAGTGACACAGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCCTAGAAT-----GTATACA---TATTACCGCGAACCGGCAA-AGT-AAACGGATAG-AAA-TGATGTCATC-A-GGAA-A-AAAT-AC-TGGT--ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TAG-TAAGCAAGTGATGTA-T--GAAaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATGA-AAAGACAG--TG-GTT----AACAAT----TTAT-G--ATACAA--AATCGGCC-ATTTTAA-TTT---TT-CCTA---------GTATACA---TATCACCGCGAATTGGCCA-TTC-AGACGGGTAG-AAA-TGGTGCCATC-A-G--------------TGCT--ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TTT-TAAGTAAGCCATGTA-T--GAAa
gi|15 : tcaAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACTTATGA--------------------------------------TATGCAG----TCAGCC-ATTTTGA-TTT---TTTCCTA---------GAAAATA---TATTACCGCAAATCGGTCA-ATC-AGAAGGCTAG-AAA-TGGTGTCATC-AGG--A-A-AAAC-AC-TGGT--ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|27 : AAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAA----------------------------T----A----T----TTATGA-CATGCAG--AC--AGCA-ATATTTA-TTT---TTTTCCA---------GTATACA---TATTACTGCAAATCAGCCA-ATC-AGATAGCTAG-AAA-TGGTGTCATC-AGG--A-A-AAGT-AC-TGGT--TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTAT-TAAACAAGTCCTGTA-tgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|19 : ctgAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATGA-AAAGACAG--TG-GTT----A----AAAAATTATGA-TATAAAG----TCGGCC-ATTTT-A-TTT---TTTCCTAGTATACTA-GTATACA---TATTACCGCGAATTGGCCA-TTC-AGACGGTTAG-AAA-TGGTGCCATC-G-G--ATA-AAAT-AC-TGCT--ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TTT-TAAGTAAGTCTTGTA-T--GAAggt
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATGA-AACAACAT--TG-GTT----A----T----TTATGA-TATGTAG----TCTGCC-ATTTTGA-TAT---TTCCC----A------GTATAAA---TATTACTGCGAATCAGCCA-ATC-AGATGGCCAG-AAA-TGGTGTCATC-AGG--A-A-AAAT-AC-TGGT--ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TAT-TAAGCAAGTCCTATA-T--a
gi|35 : tAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTGAGAAAAAAAC--AGTGTT----T----T----TTATGA-TATGCAG----TCAGCC-ATTTTGA-TAT---TTTCTTA---------GTATACA---TATTACCta
gi|13 : tctAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATGAT--AAACAG--TT-GTA----G----T----TTGTGA-TATG--------CAGCC-ATTTTTA-TTT---TTTCCTA---------GTATACA---TAATACCACGAATCGGTCA-TTT-AGACGGCTAT-AAA-TGGTGTCATCAA-G--A-A-ATAT-GC-TGGT--ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TAT-TATGCCAGTTCTGTA-T--GAAa
gi|14 : TTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATGA-AATGACAG--TG-GTT----A----T----TTATGA-TATAC----ATTCGGCC-ATTTTAA-TCT---TTTTTT--TA------GTATACA---TATTACAGCGAA-TCGACC-ATT--------CAG-GA------------------A-A-AAAT-AC-TGAT--ACTGGATT-AA-AT--------------TAAGCAAGTCCTGTA-T--GAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|11 : CTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATGA-AAAGAC-T--TG-GTT----A----T----TTATGA-TACACAG----TCGGCC-ATTTTAA-TTT---CTTCTTA---------GTATACA---TAATACCGCGAA-TTGGCA-ATTCAGACGGCTAG-AAA-TGGTGTCATC-A-G--G-A-AAAT-AC-TGAT--ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CTT-TAAGCAAGTCCTGTATT--AAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|16 : T-----GTAAATAACGCATTACCGCGAATCGGCCA-TTC-AAACGACTAG-AAA-TTGTGTCATC-A-G--GTA-AAAT-AC-TGAT--ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TGT-TCAGCAAGTCCTGTA-TGCAAACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : tttctATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|6 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCca
gi|32 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGC-TTGTGTGAAATAg
gi|7 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaTTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGT
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAAT
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATACT
gi|5 : tcttaaagttatttcttgtaaatatacctttcaaaatgataaactcatgaaaagacagtggttataatgatacacagtcggccattttaatttttttcctagtatacatattaccgcgaatcagtcattcagacggctagaaatgtgtcatcagtaaaaacactaatactcgattaaatttttaaatacttttaagcaagtgctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGC-aagtgc
gi|15 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATat
gi|13 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattTTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTtct
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGC-ATGTGTGAAA
gi|37 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAG
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGC-ATGTGtgttaatgtg
gi|41 : aagaaatcttacttgtgtacagtattTTAAGTGCACC-ATT----TCAATTGTCACACTGT
gi|4 : gatgtacagttattAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAAATacc
gi|11 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAtcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|28 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAc
gi|40 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTC
gi|16 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgCACCCATT----TCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGct
gi|10 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGC-ATGTGTGAtg
gi|43 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGC-ATGTGa
gi|3 : GAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGA-TGTT-----CATTT---------------T-----TA------------ATGATGT-TTAT--TGTTC-------AATAAATATAACATTTCTTGGTTTTT-GGAACTG-CTTTATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|17 : AGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTC-------GACTCCT-----CATTT---------------TGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAATAC-AC--TTCTTGG-TTCT-GG-GCTGGTT-TTTTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGA-TTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGG-TTTTTGG--CTGTTT-TTTTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Tgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGGTTACACCTCCTAGTTCATCTCCCAAACCGTTCC-ACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCATTGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|3 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTGTT-------------GATCTCTGAAACCATTCCACC-TATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCGTGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGA
gi|25 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaGGTTAAACCGCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACC-TATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCT------AT-----------AAGTGTTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|39 ): GACGGCTAGAAATTACGTCCTCAGGGAAAATGCTGGAGTAGGCCTACTTCCGAATAACATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 33 222222 22222 00000000000000000000000000000000000000 1 444444444 1111 1 1 11 1 666666666666 222222 111111 1111111111 1 1 77777777777777 1 3333333333333 11
lowQualScore : 1 2 1 22 1 222 666 3333 3333 3333 1 1 1111 3333 1 1 1 1 222 55555555 444 222 888888 5555 2222 1 3 1 5 7777 1 1 22 222 22 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 0 8 1 1 1 1 6 00 1 4 2 888888 1 55555 33333333333333333333333333333333333333 1 0 000000000 33 1 2 7777 0 0 33 0 111111111111 1 888888 0 1 999999 0 8888888888 0 0 1 1 0 22222222222222 2 2 2 0 3 4 4444444444444 2 2 2 22 3 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... .... .... .... . . .... .... . . . . ... ........ ... ... ...... .... .... . . . . .... . . .. ... .. . ... ................................................................................................................................ . .. . . . . . . . .. . . . ...... . ..... ...................................... . . ......... .. . . .... . . .. . ............ . ...... . . ...... . .......... . . . . . .............. . . . . . . ............. . . . .. . .
lowQualScore : 0 9 4 99 4 555 888 0000 0000 0000 4 4 1111 0000 5 4 4 4 444 00000000 333 444 333333 9999 9999 0 0 5 4 1111 5 5 11 777 11 7 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 0 0 0 0 7 33 0 0 0 222222 0 00000 22222222222222222222222222222222222222 0 0 000000000 55 2 5 8888 0 0 88 0 000000000000 0 888888 8 0 222222 7 3333333333 8 0 0 0 0 00000000000000 5 0 5 0 2 2 0000000000000 0 5 0 00 2 0
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTT----A----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCATTCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATC-AGG--A-A-A-AATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CAT---------------TTT-----CA------------GTGATGT-TCAT---------TGTTCTATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNG-G--CT-G-TT--TT-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGG-TTA-A-CC-CC---GATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( family-80 ) : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTT----A----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCANTCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATC-A-G--A-A-A-AATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGNTGTAATATGTATATCGCNGTNGNACGGTTATCTATGGGATAANACGGTATCGGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CAT---------------TTT-----CA------------GTGATNT-TCAT---------TGTTCTATAAATACAACATTTCTTGGTTTTGG-G--CT-G-TT--TT-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTNGT------TGTAAATCAAGTTTANAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTANAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGNTGG-TTA-A-CC-CC---A--TTCATCTCCGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCT-TGATCGATTG-TGGT--GCGATCGTTCGGTTGCGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACGACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|1 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACACTGGTT----A----T----TT-ATTGTATACA-GCGACT----CAGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---AATAT--G----TAT----ATATATTACCGCAAACTTGCCAATTATACGGACAG-AAATGGTGTCATC-A-G--A-A-A-AATACTG--CT---ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGCT-TGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGATGTT-----CAT---------------TTT-----CA------------GTGATGT-TCAT---------TGTTCTATAAATACAACAATTTTTGGTTTTGGAA--CT-G-TCTGTT-TTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTA-A-CCTCC---AATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGACTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGT-TGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTT----AACAAT----TT-ATGATACAAA-A----T----CGGCCATTTTAA-T-T-T---T-TC--------C---T---A------G----TAT----ACATATCACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGGTAG-AAATGGTGCCATC-A-G-------------TG--CT---ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGCCATGTATGAA
gi|10 : tcaATTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGCA-TGTGTGAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|11 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtCTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGAC-TTGGTT----A----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-T-T---CTTC--------T---T---A------G----TAT----ACATAATACCGCGAATTGGCAATTCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATC-A-G--G-A-A-AATACTG--AT---ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CT--TTAAGCAAGTCCTGTATTAAa
gi|11 : TTATGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAAGGGTT----A----T----TTTATG-TAT-CACGAC--T----CAGCCATTTTAT-T-T-T---TTTC--------C---T---A------GAATGTAT----ACATATTACCGCGAACTGGCCAATTATATAGATAG-AAATGGTGTCATC-A-G--A-A-A-AAAACAG--GT---ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAAc
gi|12 : ATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|13 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATG---A---TAAA-CAGTTGTA----G----T----TT-GTGATATGCA-G------------CCATTTTTA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATAATACCACGAATCGGTCATTTAGACGGCTAT-AAATGGTGTCATCAA-G--A-A-A-TATGCTG--GT---ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TA--TTATGCCAGTTCTGTATGAAca
gi|13 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AATGACAGTGGTT----A----T----TT-ATGATATACA-T----T----CGGCCATTTTAA-TCT-T---TTTT--------T---T---A------G----TAT----ACATATTACAGCGAATCGACCATTCAG-------G-A------------------A-A-A-AATACTG--AT---ACTGGATTAA---------------A--TTAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|14 : TTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGCA-TGTGTGAAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|15 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACT---------------------------------------T-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----AAA----ATATATTACCGCAAATCGGTCAATCAGAAGGCTAG-AAATGGTGTCATC-AGG--A-A-A-AACACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TA--T
gi|15 : TTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|16 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacatt---TTTC--------T---TGTAA------A----TA-----ACGCATTACCGCGAATCGGCCATTCAAACGACTAG-AAATTGTGTCATC-A-G--GTA-A-AATACTG--AT---ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TG--TTCAGCAAGTCCTGTATGtct
gi|16 : CACCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|17 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTCG------ACTCCT-----CAT---------------TTTGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAAT---ACACTTCTTGGTTCTGG-G--CTGG-TT--TT-TTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATtg
gi|18 : CTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATG---A---AACAACAGTGGTT----A----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TAA---TCTC--------CAG-T---ACCGGCGG----TAT----ACTGATTACCGCAACTCAGCATATCAAATGCCTAG-AAATGATGTCATC-A-GT-A-A-A-AATACTG--GT---ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|19 : ttAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTAAAAA----A----TT-ATGATATAAA-G----T----CGGCCATTTT-A-T-T-T---TTTCCTAGTATAC---T---A------G----TAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCATTCAGACGGTTAG-AAATGGTGCCATC-G-G--ATA-A-AATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGTCTTGTATGAA
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGATTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT---------TGTTCTATAAATACAACATTTCTTGGTTTTTG-G--CT-GTTT--TT-TTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Ta
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGG-TTACA-CC-TCCTAG--TTCATCTCCCAAACCGTTCCACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCAT-TGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|20 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATG---A---AAAA-CAATGGTT----A----T----TT-ATTGTATGCA-G----TGACACAGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------GAATGTAT----ACATATTACCGCGAACCGGCAAAGTAAACGGATAG-AAATGATGTCATC-A-GGAA-A-A-AATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TA--GTAAGCAAGTGATGTATGAA
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATG---G---AAAATCAGTGGCT----A----T----TT-ATGACATGCA-G----T----CAACCATTATGA-T-T-T---TTTC--------C---T---T------G----TAT----ACATATTACCGCAAATTGGCCATTCAGATGGCTAG-AAGTGGTTTCATC-AGG--A-A-A-AATAATT--GT---ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA-AG--TTAAACAAGTCCTGAATGa
gi|22 : tCTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAA---AAAAACAGTGGTT----A----T----TT-ATTACATGCA-GTGACT----CAGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------CAAGT---AT-----G----TAT----ACATATTACCGCAAACTGGTTAATTAGACG-------------GTCATC-AGG--A-A-A-AATACTT--GTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--GTACGCAAGTCATGTATG
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATG---A---AAAAACAGCAGTT----A----T----TT-GTGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGT-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCACGAATTGGCCATTTAGAAGGCTAGAAAATGGTGTCATC-AGG--A-A-A-AATACTG--GT---ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TA--TTAAGTAAGTCCTGTATGAA
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATG---A---AACAACATTGGTT----A----T----TT-ATGATATGTA-G----T----CTGCCATTTTGA-T-A-T---TTCC--------C-------A------G----TAT----AAATATTACTGCGAATCAGCCAATCAGATGGCCAG-AAATGGTGTCATC-AGG--A-A-A-AATACTG--GT---ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTATATa
gi|25 : tGG-TTA-AACCGCC---AATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTATAA------G-T-----------GTTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAAta
gi|26 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT------------------TGTTT----G----T----TT-ACGATATGCA-G----T----CAGATATTTTGA-T-T-T---TGTC--------C---T---G------G----TAT----ACATATTACCGCAAATCGGCCTTTCAGACAGCTAG-AAATGGTGTCACC-A-G--G-A-ATATTACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TA--TTAAGCAATCTCTGTATGAAa
gi|27 : tAAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAAT-A-------------------------------------T----TT-ATGACATGCA-G----A----CAGCAATATTTA-T-T-T---TTTT--------C---C---A------G----TAT----ACATATTACTGCAAATCAGCCAATCAGATAGCTAG-AAATGGTGTCATC-AGG--A-A-A-AGTACTG--GT---TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTA--TTAAACAAGTCCTGTAa
gi|28 : ctgGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAggt
gi|29 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATG---A---AACAACATTGTTT----A----T----CT-AAAATATGCA-G----T----CAGCCACACTGA-T-T-T---TCCC--------C---C---A------G----TAT----ACATCTTACTGTGAATTGACAAATAAGATGGCTAG-AAATGTTGTCATC-AGG--A-A-A-AATATTG--GC---ACTAGACT
gi|3 : tGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGATGTT-----CAT---------------TTT-----TA------------ATGATGT-TTAT---------TGTTCAATAAATATAACATTTCTTGGTTTTTG-GAACT-G-CT--TTATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|3 : TTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTG-TTG-A----------------TCTCTGAAACCATTCCACCTATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCG-TGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGAattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|30 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCG---A---AAAAA-----------------T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTTA-C-T-T---CTTC--------C---T---A------A----TAT----GCATATTACCGCAAATCGGCTACTGAGATGGCTAG-AAATGGTGTCATC-T-GA-A-A-A-AATACTG--GT---ACTGGACTATA-CTT
gi|32 : tATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGCT-TGTGTGAAATA
gi|33 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATT---A---AAAGACAGTGGTT----A----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-T-T---TTTC--------T---T---A------G----TAT----ATACATTACCAAGAATCTGCCATTCAATCGGCTAG-
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG-------AAAGACGGTGGTT----A----T----TT-TGGATACACC-G----T----CGCCAATTTTAA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACA
gi|35 : ccttAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTG---AGAAAAAAACAGTGTTT---------T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-A-T---TTTC--------T---T---A------G----TAT----ACATATTACCatcatacagatagctatagcattattga
gi|36 : tctCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATG---A---AAAAACAGTGATT----A----G----TT-ATGATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-T-T---TATG--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCa
gi|37 : tTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAGTGTTAA-TGTGa
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGCA-TGTG
gi|39 : aagaaatcttacttgtgtacagtattGACGGCTAG-AAATTACGTCCTC-AGG--G-A-A-AATGCTGGAGT---A--GGCCT--A-CTTCCGAATAA-CATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
gi|4 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTG---A---AAAGACAGTAGTT----A----T----TA-ATAATAAACA-G----T----CAGCC-TTTTTA-T-T-TTTATTTT--------C---T---A------G----TAT----ATATATAACCGCAAATCGGCCATTCAGACGGCTAT-AATTGGTGAAATC-A-G--A-ATC-TATACTG--AT---AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TT--TTAAGCAATTCCTGTATAAA
gi|4 : ttTAAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAA--ATTCGAAGTGCGCAGTGTGTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|40 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattaGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTCCta
gi|41 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgTTAAGTGCACC-----ATTTCAATTGTCACACTGTACCt
gi|43 : gatgtacagttattACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGCA-TGTG
gi|5 : CTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATG---A---AAAAGCAGTGGTT----A----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGTCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACTTATTACCGCGAATTGATCATTCAGAAGGTTAG-AAATTGTGTCATC-AGG--A-A-A-AATACTG--GT---ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TA--TCAAGCATGTTCTGTATGAA
gi|5 : ttTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGCA-Taatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|6 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAATGGTT----A----T----TT-ATTGTAAACA-GCGACT----TGGCCATTTTGA-T-T-T---TTTA--------T---T---A------G----TATGTATACATATTACCGCGAACTGGCCAATTATACGGATAG-AAATGGTCTCATC-T-G--A-A-A-AATACTG--GA---ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA------TAAGCTAGTCATGTATAAA
gi|6 : ATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCGaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|7 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTT----A----AAAAATT-ATGATACAAA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCGCAAAGTGGCCATGCAGACGGTAAG-AAATGGTGCCATC-G-G--GTA-A-AATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T---TTAAGTTAATCCTGTATGAA
gi|7 : TTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattCTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGG---A---AGAAACAGTGATT----A----T----TT-ATAATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-T-T---TTTC--------T---T---A------A----TAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCATTCAGAAGGCTAGAAAAAGGTGACATC-AGG--A-A-A-AACACTG--GT---ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TT--TCAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|8 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAATaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattCTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTT----A---------TA-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAATT-T-T---TTTC--------C---T---A------G----TAT----ACATATTACCGCGAATCAGTCATTCAGACGGCTAG-AAAT-GTGTCATC-A-GT-A-A-A-AACACTA--AT---ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TT--TTAAGCAAGTGCTGTATGAA
gi|9 : tTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATA--CTAAGTGCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11 222222 22222 222222222222222222222222222222222222 1 11 3333333 22 1 1 1111 666666666666 222222 111111 1111111111 1 44444444444 1 222222222 1
lowQualScore : 1 2 1 22 1 222 666 666666666 1 1111 3333 1 1 1 1 222 444 222 444444 77777777 22 3 1 22 222 22 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 0 8 88 1 1 888888 1 55555 111111111111111111111111111111111111 0 0 33 2222222 33 1 1 33 0 0 4444 111111111111 0 888888 0 999999 0 8888888888 0 0 77777777777 3 2 1 0 3 4 8 0 111111111 2 0 3 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... ......... . .... .... . . . . ... ... ... ...... ........ .. . . .. ... .. . ... ................................................................................................................................ . .. . . .. . . ...... . ..... .................................... . . .. ....... .. . . .. . . .... ............ . ...... . ...... . .......... . . ........... . . . . . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 0 9 4 99 4 555 888 999999999 4 1111 0000 5 4 4 4 444 333 444 111111 99999999 11 0 5 11 777 11 7 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 33 2 0 222222 0 00000 222222222222222222222222222222222222 2 0 88 5555555 55 2 0 88 0 0 8888 000000000000 2 888888 8 222222 7 3333333333 8 0 55555555555 0 5 0 0 2 2 8 2 888888888 5 0 2 0
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TTATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGGA-CT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( family-80 ) : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TTATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG--CT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CC-CCGATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|1 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACACTGGTTA----T----TTATTGTATACA-GCGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---AATAT--G--------TATATATATTACCGCAAACTTGCCAA-TTATACGGACAG-AAATGGTGTCATCAG-AAAA-ATACTG--CT---ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGCT-TGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACAATTTTTGGTTTTGGAA-CT-G-TCTGTT-TTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTA-A-CCTCCAATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGACTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGT-TGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTAACAAT----TTATGATACAAA-A----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-T----TCC---T---A------G--------TATACATATCACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGGTAG-AAATGGTGCCATCAG----------TG--CT---ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGCCATGTATGAA
gi|10 : tcaATTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGCA-TGTGTGAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|11 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtCTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGAC-TTGGTTA----T----TTATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-CT---TCT---T---A------G--------TATACATAATACCGCGAATTGGCAAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGG-AAA-ATACTG--AT---ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CT--TTAAGCAAGTCCTGTATTAAa
gi|11 : TTATGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAAGGGTTAT---T----TTATG-TAT-CACGAC--T----CAGCCATTTTAT-T-TT-TT---TCC---T---AGAAT--G--------TATACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATATAGATAG-AAATGGTGTCATCAGAAAAA-A-ACAG--GT---ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAAc
gi|12 : ATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|13 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATG---A---TAAA-CAGTTGTAG----T----TTGTGATATGCA-G------------CCATTTTTA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATAATACCACGAATCGGTCAT-TTAGACGGCTAT-AAATGGTGTCATCAAGAAAT-ATGCTG--GT---ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TA--TTATGCCAGTTCTGTATGAAca
gi|13 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AATGACAGTGGTTA----T----TTATGATATACA-T----T----CGGCCATTTTAA-TCTT-TT---TTT---T---A------G--------TATACATATTACAGCGAATCGACCAT-TCAG-----------------------GAAAAA-ATACTG--AT---ACTGGATTAA---------------A--TTAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|14 : TTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGCA-TGTGTGAAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|15 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACT-----------------------------------TATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------AAAATATATTACCGCAAATCGGTCAA-TCAGAAGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TA--T
gi|15 : TTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|16 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacatt-TT---TCT---TGTAA------A--------TA-ACGCATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAAACGACTAG-AAATTGTGTCATCAGGTAAA-ATACTG--AT---ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TG--TTCAGCAAGTCCTGTATGtct
gi|16 : CACCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|17 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTCG------ACTCCT-----CATTT---------------TGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAAT---ACACTTCTTGGTTCTGGG--CTGG-TTT--T-TTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATtg
gi|18 : CTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATG---A---AACAACAGTGGTTA----T----TTATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TAATC---TCCAG-T---ACCGGCGG--------TATACTGATTACCGCAACTCAGC-ATATCAAATGCCTAG-AAATGATGTCATCAGTAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|19 : ttAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATTATGATATAAA-G----T----CGGCCATTTT-A-T-TT-TT---TCC---T---A------GTATACTAGTATACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGTTAG-AAATGGTGCCATCGGATAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGTCTTGTATGAA
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGATTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTTGG--CT-GTTTT--T-TTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Ta
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGGTT-ACA-CCTCCTAGTTCATCTCCCAAACCGTTCCACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCAT-TGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|20 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATG---A---AAAA-CAATGGTTA----T----TTATTGTATGCA-G----TGACACAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TATACATATTACCGCGAACCGGCAAA-GTAAACGGATAG-AAATGATGTCATCAGGAAAAAATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TA--GTAAGCAAGTGATGTATGAA
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATG---G---AAAATCAGTGGCTA----T----TTATGACATGCA-G----T----CAACCATTATGA-T-TT-TT---TCC---T---T------G--------TATACATATTACCGCAAATTGGCCAT-TCAGATGGCTAG-AAGTGGTTTCATCAGGAAAA-ATAATT--GT---ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA-AG--TTAAACAAGTCCTGAATGa
gi|22 : tCTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAA---AAAAACAGTGGTTA----T----TTATTACATGCA-GTGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCCAAGT---AT-----G--------TATACATATTACCGCAAACTGGTTAA-TTAGACG-------------GTCATCAGGAAAA-ATACTT--GTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--GTACGCAAGTCATGTATG
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATG---A---AAAAACAGCAGTTA----T----TTGTGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGT-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATATTACCACGAATTGGCCAT-TTAGAAGGCTAGAAAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TA--TTAAGTAAGTCCTGTATGAA
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATG---A---AACAACATTGGTTA----T----TTATGATATGTA-G----T----CTGCCATTTTGA-T-AT-TT---CCC-------A------G--------TATAAATATTACTGCGAATCAGCCAA-TCAGATGGCCAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTATATa
gi|25 : tGGTT-A-AACCGCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTATAA----------GT--G------TTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAAta
gi|26 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT------------------TGTTTG----T----TTACGATATGCA-G----T----CAGATATTTTGA-T-TT-TG---TCC---T---G------G--------TATACATATTACCGCAAATCGGCCTT-TCAGACAGCTAG-AAATGGTGTCACCAGGAATA-TTACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TA--TTAAGCAATCTCTGTATGAAa
gi|27 : tAAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAAT-A---------------------------------T----TTATGACATGCA-G----A----CAGCAATATTTA-T-TT-TT---TTC---C---A------G--------TATACATATTACTGCAAATCAGCCAA-TCAGATAGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-GTACTG--GT---TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTA--TTAAACAAGTCCTGTAa
gi|28 : ctgGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAggt
gi|29 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATG---A---AACAACATTGTTTA----T----CTAAAATATGCA-G----T----CAGCCACACTGA-T-TT-TC---CCC---C---A------G--------TATACATCTTACTGTGAATTGACAAA-TAAGATGGCTAG-AAATGTTGTCATCAGGAAAA-ATATTG--GC---ACTAGACT
gi|3 : tGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----TA------------ATGATGT-TTAT--TGTTC-------AATAAATATAACATTTCTTGGTTTTTGGAACT-G-CTT--TATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|3 : TTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTGTT-G-A-------------TCTCTGAAACCATTCCACCTATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCG-TGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGAattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|30 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCG---A---AAAAA-------------T----TTATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTTA-C-TT-CT---TCC---T---A------A--------TATGCATATTACCGCAAATCGGCTAC-TGAGATGGCTAG-AAATGGTGTCATCTGAAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTATA-CTT
gi|32 : tATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGCT-TGTGTGAAATA
gi|33 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATT---A---AAAGACAGTGGTTA----T----TTATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCT---T---A------G--------TATATACATTACCAAGAATCTGCCAT-TCAATCGGCTAG-
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG-------AAAGACGGTGGTTA----T----TTTGGATACACC-G----T----CGCCAATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACA
gi|35 : ccttAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTG---AGAAAAAAACAGTGTTT-----T----TTATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-AT-TT---TCT---T---A------G--------TATACATATTACCatcatacagatagctatagcattattga
gi|36 : tctCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATG---A---AAAAACAGTGATTA----G----TTATGATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TA---TGC---T---A------G--------TATACATATTACCa
gi|37 : tTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAGTGTTAA-TGTGa
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGCA-TGTG
gi|39 : aagaaatcttacttgtgtacagtattGACGGCTAG-AAATTACGTCCTCAGGGAAA-ATGCTGGAGT---A--GGCCT--A-CTTCCGAATAA-CATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
gi|4 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTG---A---AAAGACAGTAGTTA----T----TAATAATAAACA-G----T----CAGCC-TTTTTA-T-TT-TTATTTTC---T---A------G--------TATATATATAACCGCAAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAT-AATTGGTGAAATCAGAATCT-ATACTG--AT---AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TT--TTAAGCAATTCCTGTATAAA
gi|4 : ttTAAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAA--ATTCGAAGTGCGCAGTGTGTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|40 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattaGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTCCta
gi|41 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgTTAAGTGCACC-----ATTTCAATTGTCACACTGTACCt
gi|43 : gatgtacagttattACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGCA-TGTG
gi|5 : CTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATG---A---AAAAGCAGTGGTTA----T----TTATGATATGCA-G----T----CAGTCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACTTATTACCGCGAATTGATCAT-TCAGAAGGTTAG-AAATTGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TA--TCAAGCATGTTCTGTATGAA
gi|5 : ttTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGCA-Taatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|6 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAATGGTTA----T----TTATTGTAAACA-GCGACT----TGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TAT---T---AGTAT--G--------TATACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATACGGATAG-AAATGGTCTCATC-TGAAAA-ATACTG--GA---ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA------TAAGCTAGTCATGTATAAA
gi|6 : ATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCGaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|7 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATTATGATACAAA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATATTACCGCAAAGTGGCCAT-GCAGACGGTAAG-AAATGGTGCCATCGGGTAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T---TTAAGTTAATCCTGTATGAA
gi|7 : TTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattCTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGG---A---AGAAACAGTGATTA----T----TTATAATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCT---T---A------A--------TATACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGAAGGCTAGAAAAAGGTGACATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TT--TCAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|8 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAATaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattCTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA---------TAATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAATT-TT-TT---TCC---T---A------G--------TATACATATTACCGCGAATCAGTCAT-TCAGACGGCTAG-AAAT-GTGTCATCAGTAAAA-ACACTA--AT---ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TT--TTAAGCAAGTGCTGTATGAA
gi|9 : tTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATA--CTAAGTGCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11 222222 22222 222222222222222222222222222222222222 1 11 3333333 22 1 1 1111 666666666666 222222 111111 1111111111 1 111111 1 222222222 1
lowQualScore : 1 2 1 22 1 222 666 3333 6666 1 1 1111 3333 1 1 1 1 222 444 222 888888 00000000 2222 22 3 1 22 222 22 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 0 8 88 1 1 888888 1 55555 111111111111111111111111111111111111 0 0 33 2222222 33 1 1 55 0 0 4444 111111111111 0 888888 0 999999 0 8888888888 0 0 888888 3 3 3 2 1 0 3 4 8 0 111111111 2 0 3 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... .... .... . . .... .... . . . . ... ... ... ...... ........ .... .. . . .. ... .. . ... ................................................................................................................................ . .. . . .. . . ...... . ..... .................................... . . .. ....... .. . . .. . . .... ............ . ...... . ...... . .......... . . ...... . . . . . . . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 0 9 4 99 4 555 888 0000 1111 4 4 1111 0000 5 4 4 4 444 333 444 333333 99999999 9999 11 0 5 11 777 11 7 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 33 2 0 222222 0 00000 222222222222222222222222222222222222 2 0 88 5555555 55 2 0 55 0 0 8888 000000000000 2 888888 8 222222 7 3333333333 8 0 222222 0 5 0 5 0 0 2 2 8 2 888888888 5 0 2 0
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( family-80 ) : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|1 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACACTGGTTA----T----TT-ATTGTATACA-GCGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---AATAT--G--------TAT----ATATATTACCGCAAACTTGCCAA-TTATACGGACAG-AAATGGTGTCATCAG-AAAA-ATACTG--CT---ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGCT-TGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACAATTTTTGGTTTTGGA-ACT-G-TCTGTT-TTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTA-A-CCTCCAATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGACTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGT-TGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTAACAAT----TT-ATGATACAAA-A----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-T----TCC---T---A------G--------TAT----ACATATCACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGGTAG-AAATGGTGCCATCAG----------TG--CT---ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGCCATGTATGAA
gi|10 : tcaATTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGCA-TGTGTGAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|11 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtCTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGAC-TTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-CT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATAATACCGCGAATTGGCAAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGG-AAA-ATACTG--AT---ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CT--TTAAGCAAGTCCTGTATTAAa
gi|11 : TTATGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAAGGGTTA----T----TTTATG-TAT-CACGAC--T----CAGCCATTTTAT-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATATAGATAG-AAATGGTGTCATCAGAAAAA-A-ACAG--GT---ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAAc
gi|12 : ATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|13 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATG---A---TAAA-CAGTTGTAG----T----TT-GTGATATGCA-G------------CCATTTTTA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATAATACCACGAATCGGTCAT-TTAGACGGCTAT-AAATGGTGTCATCAAGAAAT-ATGCTG--GT---ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TA--TTATGCCAGTTCTGTATGAAca
gi|13 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AATGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATACA-T----T----CGGCCATTTTAA-TCTT-TT---TTT---T---A------G--------TAT----ACATATTACAGCGAATCGACCAT-TCAG-----------------------GAAAAA-ATACTG--AT---ACTGGATTAA---------------A--TTAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|14 : TTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGCA-TGTGTGAAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|15 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACT-----------------------------------T-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------AAA----ATATATTACCGCAAATCGGTCAA-TCAGAAGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TA--T
gi|15 : TTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|16 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacatt-TT---TCT---TGTAA------A--------TA-----ACGCATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAAACGACTAG-AAATTGTGTCATCAGGTAAA-ATACTG--AT---ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TG--TTCAGCAAGTCCTGTATGtct
gi|16 : CACCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|17 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTCG------ACTCCT-----CATTT---------------TGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAAT---ACACTTCTTGGTTCTGGG--CTGG-TTT--T-TTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATtg
gi|18 : CTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATG---A---AACAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TAATC---TCCAG-T---ACCGGCGG--------TAT----ACTGATTACCGCAACTCAGC-ATATCAAATGCCTAG-AAATGATGTCATCAGTAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|19 : ttAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATATAAA-G----T----CGGCCATTTT-A-T-TT-TT---TCC---T---A------GTATACTAGTAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGTTAG-AAATGGTGCCATCGGATAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGTCTTGTATGAA
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGATTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTTGG--CT-GTTTT--T-TTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Ta
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGGTT-ACA-CCTCCTAGTTCATCTCCCAAACCGTTCCACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCAT-TGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|20 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATG---A---AAAA-CAATGGTTA----T----TT-ATTGTATGCA-G----TGACACAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACCGGCAAA-GTAAACGGATAG-AAATGATGTCATCAGGAAAAAATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TA--GTAAGCAAGTGATGTATGAA
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATG---G---AAAATCAGTGGCTA----T----TT-ATGACATGCA-G----T----CAACCATTATGA-T-TT-TT---TCC---T---T------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATTGGCCAT-TCAGATGGCTAG-AAGTGGTTTCATCAGGAAAA-ATAATT--GT---ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA-AG--TTAAACAAGTCCTGAATGa
gi|22 : tCTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAA---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATTACATGCA-GTGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCCAAGT---AT-----G--------TAT----ACATATTACCGCAAACTGGTTAA-TTAGACG-------------GTCATCAGGAAAA-ATACTT--GTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--GTACGCAAGTCATGTATG
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATG---A---AAAAACAGCAGTTA----T----TT-GTGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGT-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCACGAATTGGCCAT-TTAGAAGGCTAGAAAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TA--TTAAGTAAGTCCTGTATGAA
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATG---A---AACAACATTGGTTA----T----TT-ATGATATGTA-G----T----CTGCCATTTTGA-T-AT-TT---CCC-------A------G--------TAT----AAATATTACTGCGAATCAGCCAA-TCAGATGGCCAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTATATa
gi|25 : tGGTT-A-AACCGCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTATAA----------GT--G------TTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAAta
gi|26 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT------------------TGTTTG----T----TT-ACGATATGCA-G----T----CAGATATTTTGA-T-TT-TG---TCC---T---G------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATCGGCCTT-TCAGACAGCTAG-AAATGGTGTCACCAGGAATA-TTACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TA--TTAAGCAATCTCTGTATGAAa
gi|27 : tAAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAAT-A---------------------------------T----TT-ATGACATGCA-G----A----CAGCAATATTTA-T-TT-TT---TTC---C---A------G--------TAT----ACATATTACTGCAAATCAGCCAA-TCAGATAGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-GTACTG--GT---TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTA--TTAAACAAGTCCTGTAa
gi|28 : ctgGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAggt
gi|29 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATG---A---AACAACATTGTTTA----T----CT-AAAATATGCA-G----T----CAGCCACACTGA-T-TT-TC---CCC---C---A------G--------TAT----ACATCTTACTGTGAATTGACAAA-TAAGATGGCTAG-AAATGTTGTCATCAGGAAAA-ATATTG--GC---ACTAGACT
gi|3 : tGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----TA------------ATGATGT-TTAT--TGTTC-------AATAAATATAACATTTCTTGGTTTTTGGAACT-G-CTT--TATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|3 : TTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTGTT-G-A-------------TCTCTGAAACCATTCCACCTATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCG-TGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGAattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|30 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCG---A---AAAAA-------------T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTTA-C-TT-CT---TCC---T---A------A--------TAT----GCATATTACCGCAAATCGGCTAC-TGAGATGGCTAG-AAATGGTGTCATCTGAAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTATA-CTT
gi|32 : tATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGCT-TGTGTGAAATA
gi|33 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATT---A---AAAGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ATACATTACCAAGAATCTGCCAT-TCAATCGGCTAG-
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG-------AAAGACGGTGGTTA----T----TT-TGGATACACC-G----T----CGCCAATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACA
gi|35 : ccttAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTG---AGAAAAAAACAGTGTTT-----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-AT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATATTACCatcatacagatagctatagcattattga
gi|36 : tctCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATG---A---AAAAACAGTGATTA----G----TT-ATGATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TA---TGC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCa
gi|37 : tTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAGTGTTAA-TGTGa
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGCA-TGTG
gi|39 : aagaaatcttacttgtgtacagtattGACGGCTAG-AAATTACGTCCTCAGGGAAA-ATGCTGGAGT---A--GGCCT--A-CTTCCGAATAA-CATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
gi|4 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTG---A---AAAGACAGTAGTTA----T----TA-ATAATAAACA-G----T----CAGCC-TTTTTA-T-TT-TTATTTTC---T---A------G--------TAT----ATATATAACCGCAAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAT-AATTGGTGAAATCAGAATCT-ATACTG--AT---AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TT--TTAAGCAATTCCTGTATAAA
gi|4 : ttTAAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAA--ATTCGAAGTGCGCAGTGTGTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|40 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattaGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTCCta
gi|41 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgTTAAGTGCACC-----ATTTCAATTGTCACACTGTACCt
gi|43 : gatgtacagttattACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGCA-TGTG
gi|5 : CTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATG---A---AAAAGCAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGTCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACTTATTACCGCGAATTGATCAT-TCAGAAGGTTAG-AAATTGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TA--TCAAGCATGTTCTGTATGAA
gi|5 : ttTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGCA-Taatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|6 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAATGGTTA----T----TT-ATTGTAAACA-GCGACT----TGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TAT---T---A------G--------TATGTATACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATACGGATAG-AAATGGTCTCATC-TGAAAA-ATACTG--GA---ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA------TAAGCTAGTCATGTATAAA
gi|6 : ATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCGaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|7 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATACAAA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCAAAGTGGCCAT-GCAGACGGTAAG-AAATGGTGCCATCGGGTAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T---TTAAGTTAATCCTGTATGAA
gi|7 : TTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattCTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGG---A---AGAAACAGTGATTA----T----TT-ATAATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCT---T---A------A--------TAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGAAGGCTAGAAAAAGGTGACATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TT--TCAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|8 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAATaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattCTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA---------TA-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAATT-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCAGTCAT-TCAGACGGCTAG-AAAT-GTGTCATCAGTAAAA-ACACTA--AT---ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TT--TTAAGCAAGTGCTGTATGAA
gi|9 : tTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATA--CTAAGTGCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11 222222 22222 222222222222222222222222222222222222 1 11 3333333 22 1 1 1111 666666666666 222222 111111 1111111111 1 111111 1 222222222 1
lowQualScore : 1 2 1 22 1 222 666 3333 6666 1 1 1111 3333 1 1 1 1 222 444 222 888888 00000000 2222 22 3 1 22 222 22 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 0 8 88 1 1 888888 1 55555 111111111111111111111111111111111111 0 0 33 2222222 33 1 1 55 0 0 4444 111111111111 0 888888 0 999999 0 8888888888 0 0 888888 3 3 3 2 1 0 3 4 8 0 111111111 2 0 3 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... .... .... . . .... .... . . . . ... ... ... ...... ........ .... .. . . .. ... .. . ... ................................................................................................................................ . .. . . .. . . ...... . ..... .................................... . . .. ....... .. . . .. . . .... ............ . ...... . ...... . .......... . . ...... . . . . . . . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 0 9 4 99 4 555 888 0000 1111 4 4 1111 0000 5 4 4 4 444 333 444 333333 99999999 9999 11 0 5 11 777 11 7 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 33 2 0 222222 0 00000 222222222222222222222222222222222222 2 0 88 5555555 55 2 0 55 0 0 8888 000000000000 2 888888 8 222222 7 3333333333 8 0 222222 0 5 0 5 0 0 2 2 8 2 888888888 5 0 2 0
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( family-80 ) : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|1 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACACTGGTTA----T----TT-ATTGTATACA-GCGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---AATAT--G--------TAT----ATATATTACCGCAAACTTGCCAA-TTATACGGACAG-AAATGGTGTCATCAG-AAAA-ATACTG--CT---ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGCT-TGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACAATTTTTGGTTTTGGA-ACT-G-TCTGTT-TTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTA-A-CCTCCAATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGACTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGT-TGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTAACAAT----TT-ATGATACAAA-A----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-T----TCC---T---A------G--------TAT----ACATATCACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGGTAG-AAATGGTGCCATCAG----------TG--CT---ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGCCATGTATGAA
gi|10 : tcaATTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGCA-TGTGTGAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|11 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtCTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGAC-TTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-CT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATAATACCGCGAATTGGCAAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGG-AAA-ATACTG--AT---ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CT--TTAAGCAAGTCCTGTATTAAa
gi|11 : TTATGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAAGGGTTA----T----TTTATG-TAT-CACGAC--T----CAGCCATTTTAT-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATATAGATAG-AAATGGTGTCATCAGAAAAA-A-ACAG--GT---ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAAc
gi|12 : ATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|13 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATG---A---TAAA-CAGTTGTAG----T----TT-GTGATATGCA-G------------CCATTTTTA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATAATACCACGAATCGGTCAT-TTAGACGGCTAT-AAATGGTGTCATCAAGAAAT-ATGCTG--GT---ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TA--TTATGCCAGTTCTGTATGAAca
gi|13 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AATGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATACA-T----T----CGGCCATTTTAA-TCTT-TT---TTT---T---A------G--------TAT----ACATATTACAGCGAATCGACCAT-TCAG-----------------------GAAAAA-ATACTG--AT---ACTGGATTAA---------------A--TTAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|14 : TTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGCA-TGTGTGAAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|15 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACT-----------------------------------T-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------AAA----ATATATTACCGCAAATCGGTCAA-TCAGAAGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TA--T
gi|15 : TTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|16 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacatt-TT---TCT---TGTAA------A--------TA-----ACGCATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAAACGACTAG-AAATTGTGTCATCAGGTAAA-ATACTG--AT---ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TG--TTCAGCAAGTCCTGTATGtct
gi|16 : CACCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|17 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTCG------ACTCCT-----CATTT---------------TGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAAT---ACACTTCTTGGTTCTGGG--CTGG-TTT--T-TTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATtg
gi|18 : CTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATG---A---AACAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TAATC---TCCAG-T---ACCGGCGG--------TAT----ACTGATTACCGCAACTCAGC-ATATCAAATGCCTAG-AAATGATGTCATCAGTAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|19 : ttAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATATAAA-G----T----CGGCCATTTT-A-T-TT-TT---TCC---T---A------GTATACTAGTAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGTTAG-AAATGGTGCCATCGGATAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGTCTTGTATGAA
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGATTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTTGG--CT-GTTTT--T-TTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Ta
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGGTT-ACA-CCTCCTAGTTCATCTCCCAAACCGTTCCACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCAT-TGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|20 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATG---A---AAAA-CAATGGTTA----T----TT-ATTGTATGCA-G----TGACACAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACCGGCAAA-GTAAACGGATAG-AAATGATGTCATCAGGAAAAAATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TA--GTAAGCAAGTGATGTATGAA
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATG---G---AAAATCAGTGGCTA----T----TT-ATGACATGCA-G----T----CAACCATTATGA-T-TT-TT---TCC---T---T------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATTGGCCAT-TCAGATGGCTAG-AAGTGGTTTCATCAGGAAAA-ATAATT--GT---ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA-AG--TTAAACAAGTCCTGAATGa
gi|22 : tCTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAA---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATTACATGCA-GTGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCCAAGT---AT-----G--------TAT----ACATATTACCGCAAACTGGTTAA-TTAGACG-------------GTCATCAGGAAAA-ATACTT--GTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--GTACGCAAGTCATGTATG
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATG---A---AAAAACAGCAGTTA----T----TT-GTGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGT-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCACGAATTGGCCAT-TTAGAAGGCTAGAAAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TA--TTAAGTAAGTCCTGTATGAA
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATG---A---AACAACATTGGTTA----T----TT-ATGATATGTA-G----T----CTGCCATTTTGA-T-AT-TT---CCC-------A------G--------TAT----AAATATTACTGCGAATCAGCCAA-TCAGATGGCCAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTATATa
gi|25 : tGGTT-A-AACCGCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTATAA----------GT--G------TTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAAta
gi|26 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT------------------TGTTTG----T----TT-ACGATATGCA-G----T----CAGATATTTTGA-T-TT-TG---TCC---T---G------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATCGGCCTT-TCAGACAGCTAG-AAATGGTGTCACCAGGAATA-TTACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TA--TTAAGCAATCTCTGTATGAAa
gi|27 : tAAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAAT-A---------------------------------T----TT-ATGACATGCA-G----A----CAGCAATATTTA-T-TT-TT---TTC---C---A------G--------TAT----ACATATTACTGCAAATCAGCCAA-TCAGATAGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-GTACTG--GT---TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTA--TTAAACAAGTCCTGTAa
gi|28 : ctgGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAggt
gi|29 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATG---A---AACAACATTGTTTA----T----CT-AAAATATGCA-G----T----CAGCCACACTGA-T-TT-TC---CCC---C---A------G--------TAT----ACATCTTACTGTGAATTGACAAA-TAAGATGGCTAG-AAATGTTGTCATCAGGAAAA-ATATTG--GC---ACTAGACT
gi|3 : tGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----TA------------ATGATGT-TTAT--TGTTC-------AATAAATATAACATTTCTTGGTTTTTGGAACT-G-CTT--TATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|3 : TTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTGTT-G-A-------------TCTCTGAAACCATTCCACCTATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCG-TGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGAattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|30 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCG---A---AAAAA-------------T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTTA-C-TT-CT---TCC---T---A------A--------TAT----GCATATTACCGCAAATCGGCTAC-TGAGATGGCTAG-AAATGGTGTCATCTGAAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTATA-CTT
gi|32 : tATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGCT-TGTGTGAAATA
gi|33 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATT---A---AAAGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ATACATTACCAAGAATCTGCCAT-TCAATCGGCTAG-
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG-------AAAGACGGTGGTTA----T----TT-TGGATACACC-G----T----CGCCAATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACA
gi|35 : ccttAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTG---AGAAAAAAACAGTGTTT-----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-AT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATATTACCatcatacagatagctatagcattattga
gi|36 : tctCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATG---A---AAAAACAGTGATTA----G----TT-ATGATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TA---TGC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCa
gi|37 : tTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAGTGTTAA-TGTGa
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGCA-TGTG
gi|39 : aagaaatcttacttgtgtacagtattGACGGCTAG-AAATTACGTCCTCAGGGAAA-ATGCTGGAGT---A--GGCCT--A-CTTCCGAATAA-CATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
gi|4 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTG---A---AAAGACAGTAGTTA----T----TA-ATAATAAACA-G----T----CAGCC-TTTTTA-T-TT-TTATTTTC---T---A------G--------TAT----ATATATAACCGCAAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAT-AATTGGTGAAATCAGAATCT-ATACTG--AT---AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TT--TTAAGCAATTCCTGTATAAA
gi|4 : ttTAAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAA--ATTCGAAGTGCGCAGTGTGTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|40 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattaGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTCCta
gi|41 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgTTAAGTGCACC-----ATTTCAATTGTCACACTGTACCt
gi|43 : gatgtacagttattACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGCA-TGTG
gi|5 : CTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATG---A---AAAAGCAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGTCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACTTATTACCGCGAATTGATCAT-TCAGAAGGTTAG-AAATTGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TA--TCAAGCATGTTCTGTATGAA
gi|5 : ttTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGCA-Taatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|6 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAATGGTTA----T----TT-ATTGTAAACA-GCGACT----TGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TAT---T---A------G--------TATGTATACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATACGGATAG-AAATGGTCTCATC-TGAAAA-ATACTG--GA---ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA------TAAGCTAGTCATGTATAAA
gi|6 : ATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCGaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|7 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATACAAA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCAAAGTGGCCAT-GCAGACGGTAAG-AAATGGTGCCATCGGGTAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T---TTAAGTTAATCCTGTATGAA
gi|7 : TTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattCTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGG---A---AGAAACAGTGATTA----T----TT-ATAATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCT---T---A------A--------TAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGAAGGCTAGAAAAAGGTGACATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TT--TCAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|8 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAATaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattCTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA---------TA-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAATT-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCAGTCAT-TCAGACGGCTAG-AAAT-GTGTCATCAGTAAAA-ACACTA--AT---ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TT--TTAAGCAAGTGCTGTATGAA
gi|9 : tTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATA--CTAAGTGCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
blockSeqs : C A G AT T AAA GAA ACAA AAAA T C TGAC GACA G T C A ATT AAG GTA CCGGCG TATACTAG GTAT TA A A GA TAG TT T ATT C AT T CT A T ACTCCT C GAAGA TGAAGACATATCGATCCCTCG C GA ATTGTTT AC C G AA G T TA ATCATTAGTTTA TTATTA CATTTC TGTATACA T ACAC T T G C A A T G C TTGCAATTG C T T A
blockSeqs : T T . C . . C . AAAA . . CGAC . G . . . . AG . T AATG . T A . . . A . T C GT G . T T T T . CGACTTCTCGACATTTCA . . . AT T T . . . T ATC . . ACGTA . AAAC G A T C C . T A . GTGATCT C . T G
blockSeqs : G . . T . . C . . . . AC . A . . . . . . . AATG . T . . . . A . T A AT . C A . G . TTAA . . . . T T . . . T . . . ATG . GA . . . . C . . . . G C . . T
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . . . C . A C AC . . ATG
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . C . A C AT . . TG
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . T . A A AT .
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . . . C . A A AT .
blockSeqs : T . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . T . G C AT .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . C . A T . .
blockSeqs : A . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . C . T C .
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . C . A A .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . C . G C .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . C . A C .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . C . A A .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . A . A C .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . C . A .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . . . C . A .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . T . T .
blockSeqs : T . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . C . A
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . A . T
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . T . T
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . T . .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : G . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : T . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : *** **** ******
originalCons : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
finalCons : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11 222222 22222 222222222222222222222222222222222222 1 11 3333333 22 1 1 1111 666666666666 222222 111111 1111111111 1 111111 1 222222222 1
lowQualScore : 1 2 1 22 1 222 666 3333 6666 1 1 1111 3333 1 1 1 1 222 444 222 888888 00000000 2222 22 3 1 22 222 22 1 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55 0 8 88 1 1 888888 1 55555 111111111111111111111111111111111111 0 0 33 2222222 33 1 1 55 0 0 4444 111111111111 0 888888 0 999999 0 8888888888 0 0 888888 3 3 3 2 1 0 3 4 8 0 111111111 2 0 3 1
lowQualScore : . . . .. . ... ... .... .... . . .... .... . . . . ... ... ... ...... ........ .... .. . . .. ... .. . ... ................................................................................................................................ . .. . . .. . . ...... . ..... .................................... . . .. ....... .. . . .. . . .... ............ . ...... . ...... . .......... . . ...... . . . . . . . . . . ......... . . . .
lowQualScore : 0 9 4 99 4 555 888 0000 1111 4 4 1111 0000 5 4 4 4 444 333 444 333333 99999999 9999 11 0 5 11 777 11 7 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88 2 0 33 2 0 222222 0 00000 222222222222222222222222222222222222 2 0 88 5555555 55 2 0 55 0 0 8888 000000000000 2 888888 8 222222 7 3333333333 8 0 222222 0 5 0 5 0 0 2 2 8 2 888888888 5 0 2 0
consensus : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
Reference ( family-80 ) : CTAAAAGTTATTTCTNGTAAATATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTAAGTGCACCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTCTAAGTGCGCA-TGTGTGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATGGGATAATACGGNATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCG-----TGATNTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTNGG-ACT-G-TTT--T-TTAGATCACACGATGAATC---------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AACGAT-----ACG--TTTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGGTGGTT-A-A-CCTCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCNT-TGATCGATTGCTGGT--GCGATCGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATANTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|1 : CTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACACTGGTTA----T----TT-ATTGTATACA-GCGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---AATAT--G--------TAT----ATATATTACCGCAAACTTGCCAA-TTATACGGACAG-AAATGGTGTCATCAG-AAAA-ATACTG--CT---ACTGGACTAAA-ATTTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTTCAGTGCACCCATTCAGTTCAATTGTCACACTGTCTCCAGGTAAGAAATATTGTAAGCCTGCT-TGTGCGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATCGCAGTAGTAGGGTTAT--ATAGGATAATACGGAATCAGGACATCTTGACCCCTCGAAATTTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----CA------------GTGATGT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACAATTTTTGGTTTTGGA-ACT-G-TCTGTT-TTAGATCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--TCTACA-ATACGTAACACTTACTTGTACAGCAAAAGTCTTGCAAATTGCCTGGTGGTTTA-A-CCTCCAATTTAATCTCTGAAACCGTTCCGACTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCGT-TGATCAATTGCTGGT--GCAAATGTTCGGTTGTGATCTCTCTTTTTCAATA-TTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACTTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGTGCATGCGCGAATATTTTCGTATATCTTCGGAA
gi|10 : AGAAGTTATTTTTC-TAACTTTACC-TT-TGAAAA-CACT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTAACAAT----TT-ATGATACAAA-A----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-T----TCC---T---A------G--------TAT----ACATATCACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGGTAG-AAATGGTGCCATCAG----------TG--CT---ACTGGATGAAA-AGTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGCCATGTATGAA
gi|10 : tcaATTTCAATTGTTACACTTTCCTTAGGTTAGAA--ATTCTAAGCGTGCA-TGTGTGAgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtatttcaattgttacactttccttaggttagaaattctaagcgtgcatgtgtgaa
gi|11 : tcaagaagttatttttctaactttacctttgaaaacactaaactcatgaaaagacagtggttaacaatttatgatacaaaatcggccattttaatttttcctagtatacatatcaccgcgaattggccattcagacgggtagaaatggtgccatcagtgctactggatgaaaagttcaaataattttaagtaagccatgtatgaagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggagtCTTGTAAATGTACG-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGAC-TTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-CT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATAATACCGCGAATTGGCAAT-TCAGACGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGG-AAA-ATACTG--AT---ACTGGA-TAAATTTTTCAAATAA-CT--TTAAGCAAGTCCTGTATTAAa
gi|11 : TTATGTGCCTCCATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGCAATAAATAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactttatgtgcctccatccatttcaattgtcacactgtccccaggcaataaatac
gi|12 : cttgtaaatgtacgtttgaaaatgataaactcatgaaaagacttggttatttatgatacacagtcggccattttaatttcttcttagtatacataataccgcgaattggcaattcagacggctagaaatggtgtcatcaggaaaatactgatactggataaatttttcaaataactttaagcaagtcctgtattaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtactTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAAGGGTTA----T----TTTATG-TAT-CACGAC--T----CAGCCATTTTAT-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATATAGATAG-AAATGGTGTCATCAGAAAAA-A-ACAG--GT---ACTGGACTAAA-ACGTCAAATAA-TA--GTAAGCAAGTCATGTATAAAc
gi|12 : ATGTGTACAGTGCACCCATTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacatgtgtacagtgcacccattcatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaca
gi|13 : taaaagttatttctggtaaatatacctttaaaaataataaactcatgacaaaaacaagggttattttatgtatcacgactcagccattttatttttttcctagaatgtatacatattaccgcgaactggccaattatatagatagaaatggtgtcatcagaaaaaaacaggtactggactaaaacgtcaaataatagtaagcaagtcatgtataaaaaatatcattaaagattcatatcaacataaacagtgtacacttaagaaattttgtactgattctagttttgctagacagagggcacaaacatgttgacccactcacaagatatcttacAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-TAACTCATG---A---TAAA-CAGTTGTAG----T----TT-GTGATATGCA-G------------CCATTTTTA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATAATACCACGAATCGGTCAT-TTAGACGGCTAT-AAATGGTGTCATCAAGAAAT-ATGCTG--GT---ACTGAACTATA-CATTCAAATAT-TA--TTATGCCAGTTCTGTATGAAca
gi|13 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCATTTGTCACACTGTTCCAAGGTAAGGAGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcatttgtcacactgttccaaggtaaggagt
gi|14 : agttatttcttgtaaatatacctttgaaaatgattaactcatgataaacagttgtagtttgtgatatgcagccatttttattttttcctagtatacataataccacgaatcggtcatttagacggctataaatggtgtcatcaagaaatatgctggtactgaactatacattcaaatattattatgccagttctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggcgtacagtattTTTCTTGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AATGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATACA-T----T----CGGCCATTTTAA-TCTT-TT---TTT---T---A------G--------TAT----ACATATTACAGCGAATCGACCAT-TCAG-----------------------GAAAAA-ATACTG--AT---ACTGGATTAA---------------A--TTAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|14 : TTAAGTGCACC-ATCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGAAAGAA--ATTCAAAGTGTGCA-TGTGTGAAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcaccatccatttcaattgtcacactgtccccaggaaagaaattcaaagtgtgcatgtgtgaaa
gi|15 : tttcttgtaaatatacctttgaaaatgataaactcatgaaatgacagtggttatttatgatatacattcggccattttaatcttttttttagtatacatattacagcgaatcgaccattcaggaaaaaatactgatactggattaaattaagcaagtcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattAAAAGTAACTTCTGGTAAATATACC-TT--GAAAA-TGAT-AAACT-----------------------------------T-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------AAA----ATATATTACCGCAAATCGGTCAA-TCAGAAGGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATAC-TA--T
gi|15 : TTAAGTGCACCCATCCATTTCAATAGTCAAACTGTCCCAAGGTAAGAAATgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacattttaagtgcacccatccatttcaatagtcaaactgtcccaaggtaagaaattct
gi|16 : aaaagtaacttctggtaaatataccttgaaaatgataaacttatgatatgcagtcagccattttgattttttcctagaaaatatattaccgcaaatcggtcaatcagaaggctagaaatggtgtcatcaggaaaaacactggtactggactaaactttcaaatactatgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaacatt-TT---TCT---TGTAA------A--------TA-----ACGCATTACCGCGAATCGGCCAT-TCAAACGACTAG-AAATTGTGTCATCAGGTAAA-ATACTG--AT---ACTGAATTAAA-TTTTCAAATAA-TG--TTCAGCAAGTCCTGTATGtct
gi|16 : CACCCATTTCAATTGTCACACTGTCCCCAGGTAAGAA--ATTCTAAGTGCGCATTGTGTGcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacccatttcaattgtcacactgtccccaggtaagaaattctaagtgcgcattgtgtgtg
gi|17 : tttcttgtaaataacgcattaccgcgaatcggccattcaaacgactagaaattgtgtcatcaggtaaaatactgatactgaattaaattttcaaataatgttcagcaagtcctgtatgcaaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTAATGTTATTATACTGTAATATGTATATCGTTATTGTAGAGTTAT--ATGGGATAAAACGGTATCGGGACATCTCGACCCTTCGAAGTTTCG------ACTCCT-----CATTT---------------TGAAGACATATCGATCCCTCGAAATTTCTCATGATGTTCATTGTTTTATAAAT---ACACTTCTTGGTTCTGGG--CTGG-TTT--T-TTAGATCACACAATAAATC---------TTTAGTTTATTATGTAAATCAAGTTTAAAGTTAATTTAGAT------AATGAT-----ACGTATTTATA-ATtg
gi|18 : CTTAAAGTTGTTTCTGATTAGTATACC-AT-TAAAAA-CAAT-AAAATCATG---A---AACAACAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TAATC---TCCAG-T---ACCGGCGG--------TAT----ACTGATTACCGCAACTCAGC-ATATCAAATGCCTAG-AAATGATGTCATCAGTAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTTAA-CTTCCAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTGTATGAgatttgaaattgcgtctttcctattttttgatcactt
gi|19 : ttAAAGTTATTTCTTGTAACTATACC-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATATAAA-G----T----CGGCCATTTT-A-T-TT-TT---TCC---T---A------GTATACTAGTAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGACGGTTAG-AAATGGTGCCATCGGATAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTCAAATAA-TT--TTAAGTAAGTCTTGTATGAA
gi|2 : TGGGATAATACGGTATCAGGACATCTCGACCCCTCGAAATTTCGACTCCTGATTTTGAAGACATTTCGACTTCTCGACATTT-----CA-------------TGATAT-TCAT--TGTTC-------TATAAATACAACATTTCTTGGTTTTTGG--CT-GTTTT--T-TTAGATCACACAATGAATCATTAGTTTATTTTAT------TTTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTCAAAT------AATGAT-----ATG--Ta
gi|2 : TAAATCA-TTTTAATGATTGTTTACAC------GACGATTGTATACA--TGTACA-ATACGTAACACTTACTTGTAAAGCAGAAGTCTCGCAAATTCCCTGTTGGTT-ACA-CCTCCTAGTTCATCTCCCAAACCGTTCCACATATTCATTTCTATGCCAATATTTATCAT-TGATCGATTGCTGGT--GTGATCTTTCTGTTGTGTTCTCTCTTTTTCAATGCTTTACGATATTTTCGGACGACCAAGCCTCTCAGAAATACGTCGCTATTTGTTA-TTTTCTGTCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAATTTCGTATATCTTCGGAAattcatactggtttgaaattgagacctttaaatcattttaatgattgtttacacgacgattgtatacatgtacaatacgtaacacttacttgtaaagcagaagtctcgcaaattccctgttggttacacctcctagttcatctcccaaaccgttccacatattcatttctatgccaatatttatcattgatcgattgctggtgtgatctttctgttgtgttctctctttttcaatgctttacgatattttcggacgaccaagcctctcagaaatacgtcgctatttgttattttctgtcaagtgacaggcgcatgcgcgaataatttcgtatatcttcggaa
gi|20 : tgggataatacggtatcaggacatctcgacccctcgaaatttcgactcctgattttgaagacatttcgacttctcgacatttcatgatattcattgttctataaatacaacatttcttggtttttggctgtttttttagatcacacaatgaatcattagtttattttattttaaatcaagtttacagttcgttcaaataatgatatgtattcatactggtttgaaattgagaccttTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TTAT-GAACTCATG---A---AAAA-CAATGGTTA----T----TT-ATTGTATGCA-G----TGACACAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------GAATG----TAT----ACATATTACCGCGAACCGGCAAA-GTAAACGGATAG-AAATGATGTCATCAGGAAAAAATACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTCAAATGA-TA--GTAAGCAAGTGATGTATGAA
gi|21 : CTAAAAGTTATTTCCAGTAAATATACC-TT-TGAAAAATGGT-AAACTCATG---G---AAAATCAGTGGCTA----T----TT-ATGACATGCA-G----T----CAACCATTATGA-T-TT-TT---TCC---T---T------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATTGGCCAT-TCAGATGGCTAG-AAGTGGTTTCATCAGGAAAA-ATAATT--GT---ACTAGGCTAAA-CTTTCAAATAA-AG--TTAAACAAGTCCTGAATGa
gi|22 : tCTAAAAGTTATTTCTGGTAAATATACC-TT-TGAAAA-TAAG-AAACTCCTGAAAA---AAAAACAGTGGTTA----T----TT-ATTACATGCA-GTGACT----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCCAAGT---AT-----G--------TAT----ACATATTACCGCAAACTGGTTAA-TTAGACG-------------GTCATCAGGAAAA-ATACTT--GTTAGACTGGACTAAA-CTTTCAAATAA-TA--GTACGCAAGTCATGTATG
gi|23 : CTAAAAGCTATTTCTTGTAAATATACC-TTGT----A-TGGT-AAACTCATG---A---AAAAACAGCAGTTA----T----TT-GTGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGT-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCACGAATTGGCCAT-TTAGAAGGCTAGAAAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTTGATTAAG-CTTTAAAATAA-TA--TTAAGTAAGTCCTGTATGAA
gi|24 : AAAGTTATTTATGGTAAACATAGTATC-TAAATA-CAAT-AAACTCATG---A---AACAACATTGGTTA----T----TT-ATGATATGTA-G----T----CTGCCATTTTGA-T-AT-TT---CCC-------A------G--------TAT----AAATATTACTGCGAATCAGCCAA-TCAGATGGCCAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGACTAAA-CTTCTAAATAA-TA--TTAAGCAAGTCCTATATa
gi|25 : tGGTT-A-AACCGCCAATTTCATCTCTGAAACCGTTCCACCTATTCATTTCAATGCCAATATTTATCCTATAA----------GT--G------TTTGGTTGCGTTCTCTCTTTCTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCG-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAATAGTTTCGTATATCTTTGGAAta
gi|26 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAAGATTCC-CT-TGAAAA-TGAT-AAACTT------------------TGTTTG----T----TT-ACGATATGCA-G----T----CAGATATTTTGA-T-TT-TG---TCC---T---G------G--------TAT----ACATATTACCGCAAATCGGCCTT-TCAGACAGCTAG-AAATGGTGTCACCAGGAATA-TTACTG--GT---ACTGGACTAAA-CTTTTAAATAA-TA--TTAAGCAATCTCTGTATGAAa
gi|27 : tAAAGGTTATC-CTGGTAG-TATACC-TT-TAAAAA-CAAT-A---------------------------------T----TT-ATGACATGCA-G----A----CAGCAATATTTA-T-TT-TT---TTC---C---A------G--------TAT----ACATATTACTGCAAATCAGCCAA-TCAGATAGCTAG-AAATGGTGTCATCAGGAAAA-GTACTG--GT---TCTAGACTAAA-ATTTCAACTAATTA--TTAAACAAGTCCTGTAa
gi|28 : ctgGTGCAC--ATCCAATGCAATTGTCAAACTGTCCTCAAATAggt
gi|29 : tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgCTGAAAGTTAACCCTGGTAAATATACC-TT-TAAAAA-CATT-GAAATAATG---A---AACAACATTGTTTA----T----CT-AAAATATGCA-G----T----CAGCCACACTGA-T-TT-TC---CCC---C---A------G--------TAT----ACATCTTACTGTGAATTGACAAA-TAAGATGGCTAG-AAATGTTGTCATCAGGAAAA-ATATTG--GC---ACTAGACT
gi|3 : tGAGATAATGTTATTATGATGTAATATGTATATTGCAGTAGAACGGTTATCTATAGGATAACACGGAATCAGTACATTTCGACCCCTCGAAAATTCA-----TGATGTT-----CATTT---------------T-----TA------------ATGATGT-TTAT--TGTTC-------AATAAATATAACATTTCTTGGTTTTTGGAACT-G-CTT--TATTAGTTCACACGATGA------------TTTCGT------TGTAAATCAAGTTTACAGTTCGTTTAAAT------AATGAT-----ATG--T
gi|3 : TTAAATCATTTCAACGAT------TG--TTTACATACATGTAACACTTACTTGTACAGCAGAAGTTTCGCAAATTCCCTGGTTGTT-G-A-------------TCTCTGAAACCATTCCACCTATTCATTTCAGTGCCAATATTTATCCG-TGATCAATTG-TAATTTGCAATTGTTCGGTTGTGTTCTCTCTTGTTCAATGCTTTACCATATTTTCGGACAACCAACCCTCTCAGCAATACGTCGCCA-TTGTTATTTTTCTATCAAGTGACAGGCGCATGCGCGAACATTTTCGTATATCTTCGGAattcatactagtctgaaattgcgactattaaatcatttcaacgattgtttacatacatgtaacacttacttgtacagcagaagtttcgcaaattccctggttgttgatctctgaaaccattccacctattcatttcagtgccaatatttatccgtgatcaattgtaatttgcaattgttcggttgtgttctctcttgttcaatgctttaccatattttcggacaaccaaccctctcagcaatacgtcgccattgttatttttctatcaagtgacaggcgcatgcgcgaacattttcgtatatcttcgga
gi|30 : gagataatgttattatgatgtaatatgtatattgcagtagaacggttatctataggataacacggaatcagtacatttcgacccctcgaaaattcatgatgttcatttttaatgatgtttattgttcaataaatataacatttcttggtttttggaactgctttattagttcacacgatgatttcgttgtaaatcaagtttacagttcgtttaaataatgatatgtattcatactagtctgaaattgcgactaCTTAAAGTTATTTTTTGTAGATATACC-TT-TGAAAA-TGTT-AAACTCGCG---A---AAAAA-------------T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTTA-C-TT-CT---TCC---T---A------A--------TAT----GCATATTACCGCAAATCGGCTAC-TGAGATGGCTAG-AAATGGTGTCATCTGAAAAA-ATACTG--GT---ACTGGACTATA-CTT
gi|32 : tATATTTTAAGTGCACCAACCCATATCCATTGTGAGACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTTAGTCCGCT-TGTGTGAAATA
gi|33 : taaaattaacaattcaagtctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacaCTAAAAGTTATTTCTTATAAATATACT-TT-TGAAAA-TGAT-AAACTCATT---A---AAAGACAGTGGTTA----T----TT-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ATACATTACCAAGAATCTGCCAT-TCAATCGGCTAG-
gi|34 : tCTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATACCTTT-TAAAAA-CCAT-AAACTCATG-------AAAGACGGTGGTTA----T----TT-TGGATACACC-G----T----CGCCAATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACA
gi|35 : ccttAAAGTTATTTTTGATAAATAAACA-TT-TGAAAT-TGA--GATCTCTTG---AGAAAAAAACAGTGTTT-----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-AT-TT---TCT---T---A------G--------TAT----ACATATTACCatcatacagatagctatagcattattga
gi|36 : tctCTAAAAGTTATTTCTGATAAATATACC-TT-TGTAAA-TGAT-AACATCATG---A---AAAAACAGTGATTA----G----TT-ATGATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TA---TGC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCa
gi|37 : tTTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCATACTGACACCAGGTAAGAA--ATTGTAAGTGTTAA-TGTGa
gi|38 : cgttgatctacattcaagatatcttactggtgtacattacttTTAAGTGCACACATCCATTCCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTAAG--ACATTCTAAGTGTGCA-TGTG
gi|39 : aagaaatcttacttgtgtacagtattGACGGCTAG-AAATTACGTCCTCAGGGAAA-ATGCTGGAGT---A--GGCCT--A-CTTCCGAATAA-CATTTTAAGCAAATCCTGTATTAA
gi|4 : CTAAAAGTTATTTCTTGTAAATATGGT-AT-TGAAAA-TGAT-AAACTCGTG---A---AAAGACAGTAGTTA----T----TA-ATAATAAACA-G----T----CAGCC-TTTTTA-T-TT-TTATTTTC---T---A------G--------TAT----ATATATAACCGCAAATCGGCCAT-TCAGACGGCTAT-AATTGGTGAAATCAGAATCT-ATACTG--AT---AATGGATTAAA-TTTTAAAATAA-TT--TTAAGCAATTCCTGTATAAA
gi|4 : ttTAAGTGCACCTATCCATTTCAATTGTCACACTGTCATCAGGTAAGAA--ATTCGAAGTGCGCAGTGTGTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattataagtgcacctatccatttcaattgtcacactgtcatcaggtaagaaattcgaagtgcgcagtgtgtgta
gi|40 : ttctaaaagttatttcttgtaaatatggtattgaaaatgataaactcgtgaaaagacagtagttattaataataaacagtcagcctttttatttttattttctagtatatatataaccgcaaatcggccattcagacggctataattggtgaaatcagaatctatactgataatggattaaattttaaaataattttaagcaattcctgtataaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattaGCACCCATTCATTTAAATTGTCACACTGTCCta
gi|41 : cacannnnnnnnnncccactccaaagatatcttacgctgTTAAGTGCACC-----ATTTCAATTGTCACACTGTACCt
gi|43 : gatgtacagttattACTGTCCCCAGGTAAGAAATATTGTAAGTGTGCA-TGTG
gi|5 : CTAAAGGCTATTTCTTGTAAATATAAC-TT-TGAAAA-TGTTTAAAGTCATG---A---AAAAGCAGTGGTTA----T----TT-ATGATATGCA-G----T----CAGTCATTTTGA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACTTATTACCGCGAATTGATCAT-TCAGAAGGTTAG-AAATTGTGTCATCAGGAAAA-ATACTG--GT---ACTAGATTAAA-CTTTCATATGT-TA--TCAAGCATGTTCTGTATGAA
gi|5 : ttTTAAATGCACCAATCCATTTCAATTGTGACACTGTCCCCAGATAAGGA--ATTCTAAGTCTGCA-Taatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaaatgcaccaatccatttcaattgtgacactgtccccagataaggaattctaagtctgcat
gi|6 : ttctaaaggctatttcttgtaaatataactttgaaaatgtttaaagtcatgaaaaagcagtggttatttatgatatgcagtcagtcattttgattttttcctagtatacttattaccgcgaattgatcattcagaaggttagaaattgtgtcatcaggaaaaatactggtactagattaaactttcatatgttatcaagcatgttctgtatgaaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattTAAAAGTTAATTCTGGTAAATATACT-TT-TGAAAA-TAAT-AAACTCATG---AC--AAAAACAATGGTTA----T----TT-ATTGTAAACA-GCGACT----TGGCCATTTTGA-T-TT-TT---TAT---T---A------G--------TATGTATACATATTACCGCGAACTGGCCAA-TTATACGGATAG-AAATGGTCTCATC-TGAAAA-ATACTG--GA---ACTGGTCTAAA-ATTTCACATAA------TAAGCTAGTCATGTATAAA
gi|6 : ATGTGTACAGTGTACCCGTTCATTTCAATTGTCACACTGTCCCAAGATAAGAAATAGTGTAAGCGaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtgtacagtgtacccgttcatttcaattgtcacactgtcccaagataagaaatagtgtaagcg
gi|7 : taaaagttaattctggtaaatatacttttgaaaataataaactcatgacaaaaacaatggttatttattgtaaacagcgacttggccattttgattttttattagtatgtatacatattaccgcgaactggccaattatacggatagaaatggtctcatctgaaaaatactggaactggtctaaaatttcacataataagctagtcatgtataaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTAAAAGTTGTTTCTTGTAACAATACG-TT-TGAAAA-CGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA----AAAAATT-ATGATACAAA-G----T----CGGCCATTTTAA-T-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCAAAGTGGCCAT-GCAGACGGTAAG-AAATGGTGCCATCGGGTAAA-ATACTG--CT---ACTGGATTAAA-TTTTTAAATAA-T---TTAAGTTAATCCTGTATGAA
gi|7 : TTAAGTGCATCCTTCCATTTCAATTGTTACACTGTCCCTAGGTaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattttaagtgcatccttccatttcaattgttacactgtccctaggt
gi|8 : ctaaaagttgtttcttgtaacaatacgtttgaaaacgataaactcatgaaaagacagtggttaaaaaattatgatacaaagtcggccattttaattttttcctagtatacatattaccgcaaagtggccatgcagacggtaagaaatggtgccatcgggtaaaatactgctactggattaaatttttaaataatttaagttaatcctgtatgaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgtacagtattCTAAAAGCTATTTATTGTAAATATACC-TT-TGGAAA-TGAT-AAACATAGG---A---AGAAACAGTGATTA----T----TT-ATAATATACA-G----T----CAGCCATTTTGA-T-TT-TT---TCT---T---A------A--------TAT----ACATATTACCGCGAATTGGCCAT-TCAGAAGGCTAGAAAAAGGTGACATCAGGAAAA-ACACTG--GT---ACTGGATTAAC-TTTTTAAATAT-TT--TCAAGCAAGTCCTGTATGAA
gi|8 : TTAAGTGCACCAATCCATTTCAATTGTCACTTTGTCCCCAAGTAAGAAATaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattttaagtgcaccaatccatttcaattgtcactttgtccccaagtaagaaat
gi|9 : ctaaaagctatttattgtaaatatacctttggaaatgataaacataggaagaaacagtgattatttataatatacagtcagccattttgattttttcttaatatacatattaccgcgaattggccattcagaaggctagaaaaaggtgacatcaggaaaaacactggtactggattaactttttaaatattttcaagcaagtcctgtatgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggtgtacagtattCTTAAAGTTATTTCTTGTAAATATACC-TT-TCAAAA-TGAT-AAACTCATG---A---AAAGACAGTGGTTA---------TA-ATGATACACA-G----T----CGGCCATTTTAATT-TT-TT---TCC---T---A------G--------TAT----ACATATTACCGCGAATCAGTCAT-TCAGACGGCTAG-AAAT-GTGTCATCAGTAAAA-ACACTA--AT---ACTCGATTAAA-TTTTTAAATAC-TT--TTAAGCAAGTGCTGTATGAA
gi|9 : tTTAAGTGCACTCATCCATTTCAATTGTCACACTGTGCCCAGGTAAGAAATA--CTAAGTGCaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggtgtacagtattttaagtgcactcatccatttcaattgtcacactgtgcccaggtaagaaatactaagtgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTGTACAGTGGACCAATTCATTTCAATGGT
Unaligned ( gi|42 ): ATGCTATAATATGTGCATTCTCGGTAATACCTATATCGCAG