lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 333333 11111111 666666666666666666666666666666 1111 222222222 1 33333333333333333333333333333 22 4444444 22222222222222222222 1111 1111111111 222222222 11111111111111111111111111111111111 111111111 111111 1 22222222 1 11111111 1
lowQualScore : 5 888888 3 0 5 6 6 3 2 9999999 2 00000000 33 33 333333333333333333333333333333 77777 6666 7777 000000000 44 0 3 44 3 44 9 44 66666666666666666666666666666 44 7777 88888 1 5 9 3 99 4 3 9 5555555 1 8 555 4 3 555 555 22222222222222222222 6666 1111 44 6666 888888 44 88 4444444444 666666666 9 3 00000000000000000000000000000000000 2 666666666 4 555555 4 4 5 4 66666666 3 7777 3 3 3 5 8 555 33 2 2 2 99999999 555 5 5
lowQualScore : . ...... . . . . . . . ....... . ........ .. .. .............................. ..... .... .... ......... .. . . .. . .. . .. ............................. .. .... ..... . . . . .. . . . ....... . . ... . . ... ... .................... .... .... .. .... ...... .. .. .......... ......... . . ................................... . ......... . ...... . . . . ........ . .... . . . . . ... .. . . . ........ ... . .
lowQualScore : 0 999999 3 5 1 2 7 9 9 4444444 9 44444444 55 99 888888888888888888888888888888 77777 2222 8888 888888888 22 5 3 66 3 66 9 66 88888888888888888888888888888 66 1111 33333 2 2 4 3 22 4 3 2 3333333 5 3 444 9 1 444 444 88888888888888888888 5555 9999 22 5555 888888 22 55 6666666666 777777777 9 6 22222222222222222222222222222222222 5 000000000 4 333333 4 3 6 0 00000000 6 7777 3 3 0 5 5 444 77 5 9 5 88888888 222 7 0
consensus : TAGTGATGGGAA-TCGNNT-GATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC---GATTG-ATA--------AT-CG--G--------C-N---A-------A-------T-----AT---GGGTTTTAGTGATAAAGGGCCA------TT-AACT--TTGCATTTAAAA-TA--G-AA--TGAGAG--AG------A----------------------GAT--CA----AAT-----GAAAGACTTGTCTTTATGTCT-ATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAA-TTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAAAA-----ACATTCGGAGAGAACATGA---TAAA-GAG---GGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAAAATC-AT-----------TTAGGC-T-GA---------TG--TTCC---------CCATGTATACCT-GGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTAAGAAAA-TAAC-C-----GAAAA-AGTC----ACTG-T-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAA--CA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTAC---CA---ATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
Reference ( gi|4 ) : TAGTGATGTGAA-GCATAT-GATATTTTCACAATTGATTATCAGTTATAATCGGCTTGATT-CAACC---AACTG-ATA--------AT-TG--G--------C-A---A-------A-------T-----AT---GGGTTTTAGTGATTAAAGGCCA------AT-AACT--TTGGATTTAAAA-TA--G-AA--TGAAAG--AG------A----------------------GAT--CA----AAT-----GAAAGACTTGTCTATATGTCT-ATTTAATGTGCGATTCAAATAAATAA-TTAATTCATTTACTTCACATATGTAAAAAAG----ACATTCAGAGAGAACATAA---TGAA-GAG---GGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAGAATC-AT-----------TTA--C-T-GA---------TG--TTCC---------CCATGTATACCT-GGTA-----ATCT-AACATAAATTATTTGACAGTATGAAAA-TAAC-T-----GAAAA-AGTC----ACTG-T-GCAGCGACAGTGGAT---TGCTAACAAA--CA-CAATCGATAATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTAC---TA---ATTATC--GATAGTCTGA-GACAATGGGAACACCA
gi|6 : TAGTGATGGGAA-TCAGTT-GATATTTTCACAAT-------CAGTTACAATCGGTTTGGTT-CAAA----AATTG-ATA--------AC-TG--GATGAC---C-AGCCA-------A-------T-----AT---GGGATTTAGTGATAAAGGGCCATTAAGTATTAACT--TTGCATTTAAAA-TA--G-AATGTGAGAGACAG------A----------------------GAT--CA----AAT-----GAAAGAC-TG---ATTTGTCT-ATTAATTGTGTGATTAAAATGAGTTA-TACATTTATTTTCTTTACCTGTGTACAAAA-----ACATTCTGAGAGAACAAGA---TCGA-GAG---GGATACA---GA------G------A------TA----T----AT---AAA----T------A--TCATAAA----------TATAAAT---------TGAAAATA-AC-----------TTA------------------G--TT------------------TACTT-GGTT-----ATCT-AACATAAATTAACCGACAGCAAGAAAA-TAAC--------AAAA-ATCC----ACTA-T----------GTGGA--------GACAAT--CA-CAGTCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAGACCTAC---CA---ATTAAC--GGTAGTCCGA-GACTATCAAAACA
gi|9 : TAGTGATAGGGA-TCTTTT-GATATTTTTACAGTTGATTATGGGTGACATTCGGTTTGGTT-TAACC---AGTTG-ATA--------ATGTG--A--------T-A---ATTGATCAA-------T-----TT---GGGGTTTAGTGATAAAGGGCCG------TT-AAAT--TTGCATTTAAAT-AA--G-AA--TGAGAG--AGAGAGAGA----------------------GAT--CA----AAT-----GAAAGACTTGTCTTTATGTTT-ATGAAATGTGCGATTCAGA-AGA-AA-TTCATTTGTTTATTTCACAAATATAAAAA------CCATTCGGAGAAAACATCA---TAAA-GAG---GGAGACA---GA------GACAGAAA------TA----T----AT--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAAAATC-ATATAGGCTTAAATTA--C-T-TT---------AG--TTCC---------CCATGT
gi|11 : AGTGATGGGAC-TCGGTT-GCTAAGTCCGCAATCAATTATCGGTTTCAGTCAGTTCAAT--CAAATGAGAACTGGATA--------AT-CG--G--------C-C---A-------A-------T-----AT---TGGTTTTAGTGATAAAAGGCCA------TT-AACT--TGGCATTTAAAG-TA--C-AA--CGAGAG--AG------ACAGACAGAGAGAGAGCGAGAGAGAT--CA----AAT-----GAAAGTCTT-----TATGTCT-ATAAAATGTATGATTCAAATAAGTAA-TTAATTCATTTATTTCACCTGTGTAAAAA------ACATTTAGAGAGAACATGA---TAAA-GAG---GAAGA
gi|8 : GTGATAGGAA-TCGGCT-GATATTTTCACAATTG-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC---GTTTG-ACA--------AT-TGTAT--------C-A---G-------C-------C-----AC---GGGTTTTAGTGATTAAGGATCA------TT-AACT--AT-AATTCAAAt
gi|12 : tGTGATGGGAA-TC-TGTTGATATTTTCGCAATTGATTATCGGTTACAATCCATTTAGTT-TAACC---GATTG-ACA--------AT-CG--G----------------------A-------T-----A---------------ATT---GTCCA------GT-A------TGGGTTT-----TA--GTGA--TGAAGG--G-----------------------------------CA----ATT-----AAAA----TATC-ATATGTCT-ATGAAATGTGTGATTCTAATAAGTAA-ATAATTCATTTACTTCAACTATGTAAAAA------ACATTCGTAGTGAACATGA---TAAA-GAG---GGAGACA---GA------G-------------------T----AT--TGAA----A------A--TCAT--taagttattaattcatttacttcacttatgtaaaaaacattcagagagaacatgataaaagagggagacagagatatataaaaaatcatatatgtattgaaaatcatttaggcagaaataacttgaattccccatgtatacctggtgatttaacataagttatctgacagtaagaaaataacgggaaaaagtcactgtatggcgacgatggattactaacaaacacaattattgccaacttcaactcgaacctaccaattatcaataatctcagataatcagaatatc
gi|1 : gTGATGGGAATACGT-T-GATATTTTGATAATCGATTATCGGTAACAATCGATTTGGT---AATC---GATTT-ATA--------AT-CG--GATAAACGTC-C---A-------A-------T-----AT---GGATTTTGGTAATAAAGGGCCA------TT-AACT--TTGCATTTTAAG-TA--G-AA--CAAGAG--AG------A----------------------GAT--CA----AAT-----GAAA-ACTTATCTTAATGTCT-TTGAAATGTGCAAATCAAA--AATAAATTAATTCATA-ACTTCACCTATGTAAAAAAACTAAACGTTCGGAGAAAATATAA---CAAA-GAA---GGATACA---AA------G------ACTTAGATA----T----ATTAAAAA----A------A--GCAT--ACTACTGAGTATATGTGT---------TGAAAATC-AT-----------TTAGGC-T-GAAATTACT--TGAGTTCC---------CCATGTGTACCT-GGTA-----ATCT-TACATAACTTATCGGTCAGTAAGAAAA-TAAC-T-----GAAAAAAGTC----ACTG-T-GCGGAGACAATCAAT---TGCTAACAAA--CA-CAATCGATTGTCGT-CAACTTCAACTCAAACCTAC---CA---ATTATC--GATAGTCGGA-GACAATCGGAACACCtaaggctgaaatta
gi|20 : AT-GATATATTCACAATTGATCATCAGTTGCAATAGATTGGATTGCTACC---AATTA-ACA--------AT-CG--
gi|5 : atgggT-AATATTTTCACAATCGATTATCGGTTATAATCGGTTTGGTT-CAACT---GATTG-ATA--------AT-CG--G--------A-T---A-------A-------TCGGCCATTAAGGGTTATAGTGATAAAAGGCCA------TT-CACT--TTGCATTTGAAA-TA--G-AA--TGACAG--AG------A------------------------T--TA----AAT-----ATAAGACTTGTCTTTTTGATT-ATAAAATGTGCGATTCAAATAAGTAA-TTAATTCATTTACTTCATA-ATATAAA---------CATCCGGAGAGAACCTGA---TAAA-GAG---GGAGACA---GA------G------A------TAAAGAT----GT--AAAACAAAA------A--TCAT--A----------TATGT---------------------T-----------TTA--CCT-GA----------G--TTCC---------CCATGTATACCTTGGTA------TCC-AACATACATTACCTGATAGTACAAAAAACAAC-A-----GAAAA-ACTC----ACTG-T-GCGGCAACAATCGAT---TACTTACAAA--CA-CAAACGATGATCGA-CGACTTCAACTCAAACCTAC---AA---ATCATC--AATAGTCTGA-GACAATCTGAACACattataatctctcag
gi|3 : agtgttattggaatcggtT-GATTTATTCATAATCTAATATCGGTTTCAATCTGTTTGGTT-AAACA---GATTG-ATAATCAGATAAT-CG--A--------C-C---A-------A-------T-----AT---GGGTTTTAGTGATAAAGGGCCA------TT-AACCAAAAGCATTTAAAA-TA--G-AG--TGAGAG--AG------AGG--------------------GAT--CAAATTAAT-----TAAAAACTTGTCTGTATGTGT-ATGAAATGTGCGATTCAAATACGTAA-TTAACCCATTTATTTCACCTATGTAAAAA------ACATTTGGAGAGAATATGA---TAAA-GAG---GGATACA---GAGACGGCG------A------TA----T----AC--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAAAAACAATAAGGCTTTGA-TTA--CTT-GA----------A--TT-C---------CAATGTATACCT-GGCA-----ATCT-AA-ACAAATTATCTGACAGTAGGAAAA-TAAC-C-----AAAAA-AGTC----GCTG-T-GGGGCCACAATCAAT---TGTTGACAAA--CA-C-------AATCAC-CAGCTTAAACTCAAACCTAC---CA---ATAATC--TATAATCTGA-GACAATTGGAACACa
gi|14 : gtT-GATATTTTCACAACTGATTATTGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAATT---TCTTG-ATA--------AT-CG--GATAAT---C-AGCTA-------A-------T-----AC---TGGTTTTAGTTGTGAAGGGCCA------TT-A--C--TTGGATTTAAAA-TA--G-AA--TTAGAG--AC------A----------------------GATATCA----AAT-----ACAATAATTGTCTTTATGTCT-ACCAAATATGCAATTCAAATAAGTAA-TTAATTCATTTACTTCACCTA
gi|2 : atggtgggtaacggtT-GATATTTTCACAATCTATTATCGGTTAGAATCAATTTGGTT-CAACT---GATTG-ATA--------AT-CG--G--------T-G---A-------A-------T-----A------GTTC--GCTATAACAGATCA------TA-AACT--TTGCATTAAAAA-CAATG-AG--TG-AAG--AG------A----------------------GAC--C-------T-----G-TAGTTTTGTTTATA--TC-------GTGTGCCATTGAAATAACTTT-TCAATTTATTTACTTCGCATAT----AAAAA----ACAT--AAAAAGAACGTGATTCTAAA-GAG---GGAGAAT---GA------G------A------CA----A----AG--AAAC----ATTCCATA--TTATAAA----------TATGTAT---------
gi|17 : tcatgggaaaaggtT-GATATTTTTACATTTGATCAT-----------------GTT-CAACC---AATTG-GTA--------AA-TC--G--------CTC---A-------A-------T-----AT---GGGTTTTTGTAAT---AGACAA------AA-TAC-------ATTAAAAA-TA--G-----TTA--G--AA------A----------------------GAT--CA----AAC-----GAAGAACCTGTaaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctaagaactgaaacggtccgttactgtgcggcgacaatcgattgtggacaaacacaaatgaatatcgcgcaactaaatatagtctgagaaaatcggaacaccat
gi|16 : taggtaatgattggattcagtCGATTGATTATCGGTTACAGTCGGTTTGGTT-CAACC---AA-----TA--------AT-CC--G--------A-A---A-------AACGGCCTT-----AT---GTGTTTTAGTGATACAGGGCCA------TT-AACT--TTGCATTTAAAA-TA--A-AA--TTAGAG--GG------A----------------------GAT----------------------CTTGTCTTGCTGTCT-ATGAAATGTGCAATTCAAATAAGTAgtttttttccctataaa
gi|7 : tgatgggaatTTGGTT-CAACT---GATTG-ATA--------TT-TG--GATAATCGAC-C---A-------A-------T-----AT---GGGTTTTAGTGAT---------------A--AACT--TTGCATTTAAAAATA--G-AA--TGA--G--AG------A----------------------GAT--AA----AATTTGATGAAAGACTTGTCTTTCTGTCTGA---AATGTGTGATTCAAATAAGTAA-TTAATTCATTTACTTCACCAGTGTAAAAA-------TATTTGGCGAGAACAT----------GAG---GGTAACAAAGGA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCGATTCTATTGAAAATC-AT-----------TTAGGC-T-GAAATAACTAGTG--TTCC---------CCATGTATACCT-GGTATATATATCTTAACATAAATTATCGAAAAGTAAGAAAA-TAAC-T---------------------T--T-GCGGCGACAACTGAT----GCTAACAAA--AA-CAATCCATTATCGC-CAAATTTAACTTAACCCTAC---AA---ATTATCTATATAGTCTGA-GACAATCAGAACAgagttgttgaaaatcatcattta
gi|10 : tcaatatatcggcggttagatTTGTCTTTATATTT-ATGAAATGTGCAATTCAAGTAAGTA----------TTTACTTCACCTATGTAAAAAA------CATTCAGAGGAAACATGA---TGAA-G-G---TTAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------AAATCGT--A----------TTTGTAT---------TGAAAACC-AT-----------TAAGGC-C-GA---------TA--TTACTTGAGATCACCATGTAAACCT-AGTT-----ATTT-AACATAAATTATTTGACAATAAGAAAA-TAAC-C-----AAAAA-AGCC----AATG-T-GCAGCAATGATCAAT---TGCTAAAAAA--CA-CAATCGATTATCAC-CAACTTCAACTCAAACGTAC---CA---ATCTTT--GATAGTCTTA-GACAATTCAAACACC
gi|8 : tATTCAAATAAGTTA-TTAATTCATTTACTTCACTTATGTAAAAAA------CATTCAGAGAGAACATGA---TAAAAGAG---GGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAAAATC-AT-----------TTAGGC-A-GAAATAACT--TGAATTCC---------CCATGTATACCT-GGTG-----ATTT-AACATAAGTTATCTGACAGTAAGAAAA-TAACGG-----GAAAA-AGTC----ACTG-T-ATGGCGACGATGGAT---TACTAACAAA--CA-CAATT----ATTGC-CAACTTCAACTCGAACCTAC---CA---ATTATC--AATAATCTCA-GATAATCAGAATATC
gi|15 : tgtgataggaatcggctgatattttcacaattggttacaatcggtttggttcaaccgtttgacaattgtatcagccacgggttttagtgattaaggatcattaactataGAACATGA---TAAA-CAG---GGAGACA---AAAAGCA-G------A------TA----TCAT-AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCTTTTAGGCTGA-AATT-AC-----------TT-------GA----------G--ATCC---------TCATGTATACCT-AGAT-----ATAT-AACATAAATTATCTGACAGTAAGAAAA-TAAC-TCTACAGCAAC-ACTC----ATTGTT-GGAGCTATAATGTAT---TG
gi|23 : ttttgcaaatcttgaaagctataatgtattggtgA---TGAG-GGGTGCAGAGACA---GA------G------A------TA----TATATAT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------CAAAAAAT-AT-----------TTAAGC-T-GA---------gtg
gi|13 : GACA---GA-------------A------TA----T----AT--ACAA----A------A--TCAG--A----------TATAAAT---------TCAAAATC-ATAAAGGCTGAAATTA--C-TTGA----------G--TTCC---------CTATGTATACCT-GGTT-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTAAGAAAT-TACC--------AAAA-AGTC----ACTA-TTGCGCCGACAATTGATCATTGCTAACAAA--AAACAATCGATTATCGC-CAATATCAACTCAAACCTAC---CG---ATTATC--GATAGCCTGA-GACAATCGGAACaataac
gi|2 : atAA-GAAC-T-----GAAAC-GGTCCGTTACTG-T-GCGGCGACAATCGAT---TGTGGACAAA--CA-CAAATGAATATCGCGCAACT-------AAAT---------------------ATAGTCTGA-GAAAATCGGAACACCA
gi|19 : tcatgggaaaaggttgatattttcacaatctattatcggttagaatcaatttggttcaactgattgataatcggtgaatagttcgctataacagatcataaactttgcattaaaaacaatgagtgaagagagacctgtagttttgtttatatcgtgtgccattgaaataacttttcaatttatttacttcgcatataaaaaacataaaaagaacgtgattctaaagagggagaatgagacaaagaaacattccatattataaatatgtataaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctAAAA-AGTC----ACTG-T-GCGGTGACAATAGAT---TGCTAAAATA--CC-CTATCGATTTTCAC-TAACTTCAACCCAAACCTAC---CA---ATTATt
gi|18 : TG-T-GCAGCGATACTTGGT---TGCTAACAAA--CA-CAGTCTATTATTGC-CAACATCAACTCAAACATTC---TT---ATTATC--AACAGTCTGA-GATAAATGGAACAa
gi|24 : ctaGCGACAATCAAT---TGCGAACAAA--CA-CAATCAATTATCGC-CAACTTCAACTCAATCCTAC---CA---ATTATC--GA
gi|26 : gtctgTAAGAAAATCT-CAAACAA-AATCGC-CAACTTCAACTCAAACC--------------------ATAGTCTGT-GACAATCGGAACACCA
gi|22 : AG--CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAATATC--GCTAGT-TGACGACAGTct
gi|21 : --CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAATATC--GCTAGT-TGACGACAGTttaaatacagca
gi|27 : gA-CAATTGATTATTGC-CAGTT-------AAAGCTAC---CA---ATTATC--CATAGTTTGA-GACAATCAGAACACCttaaatacagcaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AATGAGTAAAATGCTAGTCTGAAATAAGGACCTTGTTCTCCCTATTGGAAGATAAGGTGCTGGGATAGACT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 44444444 3333333333333333333333 1 22222222222222222222 111111111 1111111111111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 1111111
lowQualScore : 44 3 99 1 0 2 66666 5555 1111 444 2 66666666 11111111 1 77777 2 555 1 9999999 33 3 3 44 6666666666666666666666 44 666666 44 6666 4 1 33 3 3 3 88888 555 3 555 11111111111111111111 111111111 33 88888888888 33 3333333333333 111111111 2 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 4 4 666 3 7777 3 3 555 2 2 5555555 444 5 0
lowQualScore : .. . .. . . . ..... .... .... ... . ........ ........ . ..... . ... . ....... .. . . .. ...................... .. ...... .. .... . . .. . . . ..... ... . ... .................... ......... .. ........... .. ............. ......... . . ..... ................................................. ...... . . ... . .... . . ... . . ....... ... . .
lowQualScore : 66 1 11 1 5 7 00000 7777 3333 777 7 33333333 44444444 0 11111 9 000 7 3333333 99 1 1 22 2222222222222222222222 22 666666 22 5555 0 7 99 4 3 3 33333 444 1 000 66666666666666666666 777777777 99 99999999999 99 1111111111111 444444444 9 8 55555 0000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 0 0 666 6 7777 3 3 444 5 4 3333333 222 3 9
consensus : TAGTG--ATGGGAAT-CGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGA---T-A--------ATCGG--------CCAAT-----A-T---GGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
Reference ( family-719 ) : TAGTG--ATGGGAAT-CGNNTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGA---T-A--------ATCGG--------CNAAT-----A-T---GGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
gi|1 : TG--ATGGGAATACGT-TGATATTTTGATAATCGATTATCGGTAACAATCGATTTGGT---AATC----GA----T----TTA---T-A--------ATCGGATAAACGTCCAAT-----A-T---GGATTTTGGTAATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTTAAG-TAG-AA--CAAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----A-ACTTATCTTAATGT--CTTTGAAATGTGCAAATCAAA-AATAAATTAATTCATA-ACTTCACCTATGTAAAA-AA-ACTAAACGTTCGGAGAAAATATAA---C-AAAGAAGGATACA---AA------G------ACTTAGATA----T----ATTAAAAA----A------A--GCAT--ACTACTGAGTATATGTGT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CCATGTGTACCTGGTA-----ATCT-TACATAACTTATCGGTCAGTA-AGAAAATAAC-TGAAAAAAGTC----ACTGT-GCGGAGACAATCAAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTGTCGT-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCGGA-GACAATCGGAACACC
gi|10 : TTGTCTTTATAT--TTATGAAATGTGCAATTCAAGTAAGTA---------TTTACTTCACCTATGTAAAA-AA--C-----ATTCAGAGGAAACATGA---T-GAAG-GTTAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------AAATCGT--A----------TTTGTAT---------TGAA-AACCATTAAGGC--C--GA---------T-------A--T-------T---------ACTTGAGATCACCATGTAAACCTAGTT-----ATTT-AACATAAATTATTTGACAATA-AGAAAATAAC-CAAAAA-AGCC----AATGT-GCAGCAATGATCAAT---TGCTAAAAAACA-CAATCGATTATCAC-CAACTTCAACTCAAACGTA-------CCAATCTTT--GATAGTCTTA-GACAATTCAAACACC
gi|11 : tAGTG--ATGGGACT-CGGTTGCTAAGTCCGCAATCAATTATCGGTTTCAGTCAGTTCAAT--CAAAT----GAGAACT----GGA---T-A--------ATCGG--------CCAAT-----A-T---TGGTTTTAGTGATAAAAGGCCATTA-------ACTTG--GCATTTAAAG-TAC-AA--CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAG--AGA---G--AT--CAAATGAA----AG-----TCTTTATGT--CTATAAAATGTATGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-AC-----ATTTAGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGAAGA
gi|12 : GTG--ATGGGAAT-CTGTTGATATTTTCGCAATTGATT----------ATCGGTTA-----CAATC----CA----T----TTAGTTT-A--------ACCGA--------TTGAC-----AAT---CGG--------ATAATTGTCCAGTA-----------T--GGGTTT-----TAGTGA--TGA---------------------------AGG---G------CAATTAAA----A----TATCAT-ATGT--CTATGAAATGTGTGATTCTAATAAGTAAATAATTCATTTACTTCAACTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCGTAGTGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA-------------------------------------------------------------------------GTAT---------TGAA-AATCATTAAGGC--T--GA---------t
gi|13 : gGACA---GA-------------A------TA----T----AT--ACAA----A------A--TCAG--A----------TATAAAT---------TCAA-AATCATAAAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CTATGTATACCTGGTT-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAATTA-C-C-AAAA-AGTC----ACTATTGCGCCGACAATTGATCATTGCTAACAAAAAACAATCGATTATCGC-CAATATCAACTCAAACCTA-------CCGATTATC--GATAGCCTGA-GACAATCGGAACaatta
gi|14 : atTG--GTGGGTAA-CGGTTGATATTTTCACAACTGATTATTGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAATT----TC----T----TGA---T-A--------ATCGGATAATCAGCTAAT-----A-C---TGGTTTTAGTTGTGAAGGGCCATTA---------CTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TTAGA----------------------G--ACA---G--ATATCAAATACA----ATAATTGTCTTTATGT--CTACCAAATATGCAATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTA
gi|15 : aGAACATGA---T-AAACAGGGAGACA---AAAAGCA-G------A------TA----TCAT-AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT-----------------CTTTTAGGC--T--GA---------A-------A--T-------TACTTGAGATCC---------TCATGTATACCTAGAT-----ATAT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-
gi|16 : ttttgcaaatcttgaaagctataatgtattggtgTG--ATGGGAAT-CG---------------ATTGATTATCGGTTACAGTCGGTTTGGTT-CAACC----AA----TAATCCGA---A-A--------AACGG--------CCT-T-----A-T---GTGTTTTAGTGATACAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAA-AA--TTAGA----------------------G--GGA---G--AT-----------------CTTGTCTTGCTGT--CTATGAAATGTGCAATTCAAATAAGTAtctacagcaacactcattgttggagctataatgtattggtg
gi|17 : TAATG--ATTGGATT-CAGTTGATATTTTTACATTTGATCAT-----------------GTT-CAACC----AA----T----TGG---TAA--------ATCGC--------TCAAT-----A-T---GGGTTTTTGTAATA---GACAA--A-------A---T--ACATTAAAAA-TAG-----T--TA----------------------G--AAA---G--AT--CAAACGAA----GAACCTGTGTTTTTTTCCCTATAAAgagttgttgaaaatcatcattta
gi|18 : taggTGT-GCAGCGATACTTGGT---TGCTAACAAACA-CAGTCTATTATTGC-CAACATCAACTCAAACATT-------CTTATTATC--AACAGTCTGA-GATAAATGGAACA
gi|19 : ctaAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGTGACAATAGAT---TGCTAAAATACC-CTATCGATTTTCAC-TAACTTCAACCCAAACCTA-------CCAATTAT
gi|2 : --ATGGGAAA-AGGTTGATATTTTCACAATCTATTATCGGTTAGAATCAATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGA---T-A--------ATCGG--------TGAAT-----A-------GTTC--GCTATAACAGATCATAA-------ACTTT--GCATTAAAAA-C---AA--TGAGT----------------------G--AA----------------GAG----AGACCTGTAGTTTTGT--TTATATCGTGTGCCATTGAAATAACTTTTCAATTTATTTACTTCGCATAT---AAA-AA-AC-----AT--AAAAAGAACGTGATTCT-AAAGAGGGAGAAT---GA------G------A------CA----A----AG--AAAC----ATTCCATA--TTATAAA----------TATGTAT---------AAAACAATCa
gi|2 : tcAAGAAC-TGAAAC-GGTCCGTTACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGTGGACAAACA-CAAATGAATATCGCGCAACT-------AAAT----------------------ATAGTCTGA-GAAAATCGGAACACCAtcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctaagaactgaaacggtccgttactgtgcggcgacaatcgattgtggacaaacacaaatgaatatcgcgcaactaaatatagtctgagaaaatcggaacaccat
gi|20 : tcatgggaaaaggttgatattttcacaatctattatcggttagaatcaatttggttcaactgattgataatcggtgaatagttcgctataacagatcataaactttgcattaaaaacaatgagtgaagagagacctgtagttttgtttatatcgtgtgccattgaaataacttttcaatttatttacttcgcatataaaaaacataaaaagaacgtgattctaaagagggagaatgagacaaagaaacattccatattataaatatgtataaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctAT-GGGATGATATATTCACAATTGATCATCAGTTGCAATAGATTGGATTGCTACC----AA----T----TAA---C-A--------ATCGt
gi|21 : CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACattataatctctcag
gi|22 : gAGCA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACagcaa
gi|23 : GAGACA---GA------G------A------TA----TATATAT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------CAAA-AAATATTTAAGC--T--GA---------agca
gi|24 : atgaggggtgcaGGCGACAATCAAT---TGCGAACAAACA-CAATCAATTATCGC-CAACTTCAACTCAATCCTA-------CCAATTATC--GAaataac
gi|26 : gtctATCGC-CAACTTCAACTCAAACC---------------------ATAGTCTGT-GACAATCGGAACACCA
gi|27 : taagaaaatctcaaacaaaA-CAATTGATTATTGC-CAGTT-------AAAGCTA-------CCAATTATC--CATAGTTTGA-GACAATCAGAACACCct
gi|3 : aaTGATTTATTCATAATCTAATATCGGTTTCAATCTGTTTGGTT-AAACA----GA----T----TGA---T-A--------ATCAGATAATCGACCAAT-----A-T---GGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACCAAAAGCATTTAAAA-TAG-AG--TGAGA----------------------G--AGA---GGGAT--CAAATTAATTAAAAACTTGTCTGTATGT--GTATGAAATGTGCGATTCAAATACGTAATTAACCCATTTATTTCACCTATGT-AAA-AA-AC-----ATTTGGAGAGAATATGA---T-AAAGAGGGATACA---GAGACGGCG------A------TA----T----AC--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AAACAATAAGGCTTT--GA---------T----------TACTTGAAT---------TC---------CAATGTATACCTGGCA-----ATCT-AA-ACAAATTATCTGACAGTA-GGAAAATAAC-CAAAAA-AGTC----GCTGT-GGGGCCACAATCAAT---TGTTGACAAACA-CA-------ATCAC-CAGCTTAAACTCAAACCTA-------CCAATAATC--TATAATCTGA-GACAATTGGAACAC
gi|4 : gtTAGTG--ATGTGAAG-CATATGATATTTTCACAATTGATTATCAGTTATAATCGGCTTGATT-CAACC----AA----C----TGA---T-A--------ATTGG--------CAAAT-----A-T---GGGTTTTAGTGATTAAAGGCCAATA-------ACTTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TGAAA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTATATGT--CTATTTAATGTGCGATTCAAATAAATAATTAATTCATTTACTTCACATATGTAAAA-AAGAC-----ATTCAGAGAGAACATAA---T-GAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAG-AATCATTTA--C--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTA-----ATCT-AACATAAATTATTTGACAGTA-TGAAAATAAC-TGAAAA-AGTC----ACTGT-GCAGCGACAGTGGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATAATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CTAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATGGGAACACCA
gi|5 : AGTGTTATTGGAAT-CGGTTAATATTTTCACAATCGATTATCGGTTATAATCGGTTTGGTT-CAACT----GA----T----TGA---T-A--------ATCGG--------ATAATCGGCCA-TTAAGGGTTATAGTGATAAAAGGCCATTC-------ACTTT--GCATTTGAAA-TAG-AA--TGACA----------------------G--AGA-------T--TAAATATA----AGACTTGTCTTTTTGA--TTATAAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCA------TAATATAA-AC-----ATCCGGAGAGAACCTGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TAAAGAT----GT--AAAACAAAA------A--TCAT--A----------TATGT---------------------TTTAC-C--T--GA-----------------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTTGGT-----ATCC-AACATACATTACCTGATAGTACAAAAAACAAC-AGAAAA-ACTC----ACTGT-GCGGCAACAATCGAT---TACTTACAAACA-CAAACGATGATCGA-CGACTTCAACTCAAACCTA-------CAAATCATC--AATAGTCTGA-GACAATCTGAACAC
gi|6 : TAGTG--ATGGGAAT-CAGTTGATATTTTCACAATCA-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAAA-----AA----T----TGA---T-A--------ACTGGATGACCAGCCAAT-----A-T---GGGATTTAGTGATAAAGGGCCATTAAGTATTAACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AATGTGAGA----------------------GACAGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTGATT----TGT--CTATTAATTGTGTGATTAAAATGAGTTATACATTTATTTTCTTTACCTGTGTACAA-AA-AC-----ATTCTGAGAGAACAAGA---T-CGAGAGGGATACA---GA------G------A------TA----T----AT---AAA----T------A--TCATAAA----------TATAAAT---------TGAA-AATAACTTA---------------------------G--T-------T---------------------------TACTTGGTT-----ATCT-AACATAAATTAACCGACAGCA-AGAAAATAAC---AAAA-ATCC----ACTAT-GTGGAGACAAT-----------------CA-CAGTCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAGACCTA-------CCAATTAAC--GGTAGTCCGA-GACTATCAAAACAa
gi|7 : CGGTTA-----GATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGA---T-ATTTGGATAATCGA--------CCAAT-----A-T---GGGTTTTAGTGATAAA-----------------CTTT--GCATTTAAAAATAG-AA--TGAGA----------------------G--AGATAAA--AT--TTGATGAA----AGACTTGTCTTTCTGT--CT--GAAATGTGTGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCAGTGTAAAA-A---T-----ATTTGGCGAGAACATGA----------GGGTAACAAAGGA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCGATTCTATTGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATAACTAGT-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTATATATATCTTAACATAAATTATCGAAAAGTA-AGAAAATAAC------------------TTT-GCGGCGACAACTGAT----GCTAACAAAAA-CAATCCATTATCGC-CAAATTTAACTTAACCCTA-------CAAATTATCTATATAGTCTGA-GACAATCAGAACA
gi|8 : tcaatatatcggGTG--ATAGGAAT-CGGCTGATATTTTCACAATTG-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GT----T----TGA---C-AATTGT---ATCAG--------CC--------A-C---GGGTTTTAGTGATTAAGGATCATTA-------ACTAT--A-ATTCAAA
gi|8 : tATTCAAATAAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCAGAGAGAACATGA---TAAAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--A--GAAATAACT--T-------GAAT-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTG-----ATTT-AACATAAGTTATCTGACAGTA-AGAAAATAACGGGAAAA-AGTC----ACTGT-ATGGCGACGATGGAT---TACTAACAAACA-CA----ATTATTGC-CAACTTCAACTCGAACCTA-------CCAATTATC--AATAATCTCA-GATAATCAGAATATCtaagttattaattcatttacttcacttatgtaaaaaacattcagagagaacatgataaaagagggagacagagatatataaaaaatcatatatgtattgaaaatcatttaggcagaaataacttgaattccccatgtatacctggtgatttaacataagttatctgacagtaagaaaataacgggaaaaagtcactgtatggcgacgatggattactaacaaacacaattattgccaacttcaactcgaacctaccaattatcaataatctcagataatcagaatatc
gi|9 : tgtgataggaatcggctgatattttcacaattggttacaatcggtttggttcaaccgtttgacaattgtatcagccacgggttttagtgattaaggatcattaactataTAGTG--ATAGGGAT-CTTTTGATATTTTTACAGTTGATTATGGGTGACATTCGGTTTGGTT-TAACCAGTTGA----TAATGTGA---T-A--------ATTGA--------TCAAT-----T-T---GGGGTTTAGTGATAAAGGGCCGTTA-------AATTT--GCATTTAAAT-AAG-AA--TGAGAGAGAGA----------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--TTATGAAATGTGCGATTCAG--AAGAAATTCATTTGTTTATTTCACAAATAT-AAA-AA-CC-----ATTCGGAGAAAACATCA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------GACAGAAA------TA----T----AT--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AATCATATAGGC--TTAAA---------TTACTTTAG--T-------T---------CC---------CCATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AATGAGTAAAATGCTAGTCTGAAATAAGGACCTTGTTCTCCCTATTGGAAGATAAGGTGCTGGGATAGACT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 55555555 3333333333333333333333 1 22222222222222222222 111111111 1111111111111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 1111111
lowQualScore : 44 1 2 66666 5555 1111 2 66666666 11111111 1 9999999 33 3 3 44 6666666666666666666666 44 666666 44 6666 4 1 33 3 3 3 88888 555 3 555 11111111111111111111 111111111 33 88888888888 33 3333333333333 111111111 2 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 4 4 666 3 7777 3 3 555 2 2 5555555 444 5 0
lowQualScore : .. . . ..... .... .... . ........ ........ . ....... .. . . .. ...................... .. ...... .. .... . . .. . . . ..... ... . ... .................... ......... .. ........... .. ............. ......... . . ..... ................................................. ...... . . ... . .... . . ... . . ....... ... . .
lowQualScore : 22 4 7 00000 7777 3333 7 33333333 88888888 7 3333333 99 1 1 22 2222222222222222222222 22 666666 22 5555 0 7 99 4 3 3 33333 444 1 000 66666666666666666666 777777777 99 99999999999 99 1111111111111 444444444 9 8 55555 0000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 0 0 666 6 7777 3 3 444 5 4 3333333 222 3 9
consensus : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
Reference ( family-719 ) : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
gi|1 : TG--ATGGGAATACGTTGATATTTTGATAATCGATTATCGGTAACAATCGATTTGGT---AATC----GA----T----TTAT-A--------ATCGGATAAACGTCCAATATGGATTTTGGTAATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTTAAG-TAG-AA--CAAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----A-ACTTATCTTAATGT--CTTTGAAATGTGCAAATCAAA-AATAAATTAATTCATA-ACTTCACCTATGTAAAA-AA-ACTAAACGTTCGGAGAAAATATAA---C-AAAGAAGGATACA---AA------G------ACTTAGATA----T----ATTAAAAA----A------A--GCAT--ACTACTGAGTATATGTGT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CCATGTGTACCTGGTA-----ATCT-TACATAACTTATCGGTCAGTA-AGAAAATAAC-TGAAAAAAGTC----ACTGT-GCGGAGACAATCAAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTGTCGT-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCGGA-GACAATCGGAACACC
gi|10 : TTGTCTTTATAT--TTATGAAATGTGCAATTCAAGTAAGTA---------TTTACTTCACCTATGTAAAA-AA--C-----ATTCAGAGGAAACATGA---T-GAAG-GTTAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------AAATCGT--A----------TTTGTAT---------TGAA-AACCATTAAGGC--C--GA---------T-------A--T-------T---------ACTTGAGATCACCATGTAAACCTAGTT-----ATTT-AACATAAATTATTTGACAATA-AGAAAATAAC-CAAAAA-AGCC----AATGT-GCAGCAATGATCAAT---TGCTAAAAAACA-CAATCGATTATCAC-CAACTTCAACTCAAACGTA-------CCAATCTTT--GATAGTCTTA-GACAATTCAAACACC
gi|11 : tAGTG--ATGGGACTCGGTTGCTAAGTCCGCAATCAATTATCGGTTTCAGTCAGTTCAAT--CAAAT----GAGAACT----GGAT-A--------ATCGG--------CCAATATTGGTTTTAGTGATAAAAGGCCATTA-------ACTTG--GCATTTAAAG-TAC-AA--CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAG--AGA---G--AT--CAAATGAA----AG-----TCTTTATGT--CTATAAAATGTATGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-AC-----ATTTAGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGAAGA
gi|12 : GTG--ATGGGAATCTGTTGATATTTTCGCAATTGATTATCGGTTACAATCCATTTAGTT-TAACC----GA----T----TGA-------------------------CAAT-CGG---------ATAATTGTCCAGTA-----------T--GGGTTT-----TAGTGA--TGA---------------------------AGG---G------CAATTAAA----A----TATCAT-ATGT--CTATGAAATGTGTGATTCTAATAAGTAAATAATTCATTTACTTCAACTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCGTAGTGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA-------------------------------------------------------------------------GTAT---------TGAA-AATCATTAAGGC--T--GA---------t
gi|13 : gGACA---GA-------------A------TA----T----AT--ACAA----A------A--TCAG--A----------TATAAAT---------TCAA-AATCATAAAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CTATGTATACCTGGTT-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAATTA-C-C-AAAA-AGTC----ACTATTGCGCCGACAATTGATCATTGCTAACAAAAAACAATCGATTATCGC-CAATATCAACTCAAACCTA-------CCGATTATC--GATAGCCTGA-GACAATCGGAACaatta
gi|14 : atTG--GTGGGTAACGGTTGATATTTTCACAACTGATTATTGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAATT----TC----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCAGCTAATACTGGTTTTAGTTGTGAAGGGCCATTA---------CTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TTAGA----------------------G--ACA---G--ATATCAAATACA----ATAATTGTCTTTATGT--CTACCAAATATGCAATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTA
gi|15 : aGAACATGA---T-AAACAGGGAGACA---AAAAGCA-G------A------TA----TCAT-AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT-----------------CTTTTAGGC--T--GA---------A-------A--T-------TACTTGAGATCC---------TCATGTATACCTAGAT-----ATAT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-
gi|16 : ttttgcaaatcttgaaagctataatgtattggtgTG--ATGGGAATCGATTGAT---------------TATCGGTTACAGTCGGTTTGGTT-CAACC----AA----TAATCCGAA-A--------AACGG--------CCT-TATGTGTTTTAGTGATACAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAA-AA--TTAGA----------------------G--GGA---G--AT-----------------CTTGTCTTGCTGT--CTATGAAATGTGCAATTCAAATAAGTAtctacagcaacactcattgttggagctataatgtattggtg
gi|17 : TAATG--ATTGGATTCAGTTGATATTTTTACATTTGATCAT-----------------GTT-CAACC----AA----T----TGGTAA--------ATCGC--------TCAATATGGGTTTTTGTAATA---GACAA--A-------A---T--ACATTAAAAA-TAG-----T--TA----------------------G--AAA---G--AT--CAAACGAA----GAACCTGTGTTTTTTTCCCTATAAAgagttgttgaaaatcatcattta
gi|18 : taggTGT-GCAGCGATACTTGGT---TGCTAACAAACA-CAGTCTATTATTGC-CAACATCAACTCAAACATT-------CTTATTATC--AACAGTCTGA-GATAAATGGAACA
gi|19 : ctaAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGTGACAATAGAT---TGCTAAAATACC-CTATCGATTTTCAC-TAACTTCAACCCAAACCTA-------CCAATTAT
gi|2 : --ATGGGAAAAGGTTGATATTTTCACAATCTATTATCGGTTAGAATCAATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------TGAATA---GTTC--GCTATAACAGATCATAA-------ACTTT--GCATTAAAAA-C---AA--TGAGT----------------------G--AA----------------GAG----AGACCTGTAGTTTTGT--TTATATCGTGTGCCATTGAAATAACTTTTCAATTTATTTACTTCGCATAT---AAA-AA-AC-----AT--AAAAAGAACGTGATTCT-AAAGAGGGAGAAT---GA------G------A------CA----A----AG--AAAC----ATTCCATA--TTATAAA----------TATGTAT---------AAAACAATCa
gi|2 : tcAAGAAC-TGAAAC-GGTCCGTTACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGTGGACAAACA-CAAATGAATATCGCGCAACT-------AAAT----------------------ATAGTCTGA-GAAAATCGGAACACCAtcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctaagaactgaaacggtccgttactgtgcggcgacaatcgattgtggacaaacacaaatgaatatcgcgcaactaaatatagtctgagaaaatcggaacaccat
gi|20 : tcatgggaaaaggttgatattttcacaatctattatcggttagaatcaatttggttcaactgattgataatcggtgaatagttcgctataacagatcataaactttgcattaaaaacaatgagtgaagagagacctgtagttttgtttatatcgtgtgccattgaaataacttttcaatttatttacttcgcatataaaaaacataaaaagaacgtgattctaaagagggagaatgagacaaagaaacattccatattataaatatgtataaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatct--ATGGGA------TGATATATTCACAATTGATCATCAGTTGCAATAGATTGGATTGCTACC----AA----T----TAAC-A--------ATCGt
gi|21 : CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACattataatctctcag
gi|22 : gAGCA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACagcaa
gi|23 : GAGACA---GA------G------A------TA----TATATAT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------CAAA-AAATATTTAAGC--T--GA---------agca
gi|24 : atgaggggtgcaGGCGACAATCAAT---TGCGAACAAACA-CAATCAATTATCGC-CAACTTCAACTCAATCCTA-------CCAATTATC--GAaataac
gi|26 : gtctATCGC-CAACTTCAACTCAAACC---------------------ATAGTCTGT-GACAATCGGAACACCA
gi|27 : taagaaaatctcaaacaaaA-CAATTGATTATTGC-CAGTT-------AAAGCTA-------CCAATTATC--CATAGTTTGA-GACAATCAGAACACCct
gi|3 : aaGTTGATTTATTCATAATCTAATATCGGTTTCAATCTGTTTGGTT-AAACA----GA----T----TGAT-A--------ATCAGATAATCGACCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACCAAAAGCATTTAAAA-TAG-AG--TGAGA----------------------G--AGA---GGGAT--CAAATTAATTAAAAACTTGTCTGTATGT--GTATGAAATGTGCGATTCAAATACGTAATTAACCCATTTATTTCACCTATGT-AAA-AA-AC-----ATTTGGAGAGAATATGA---T-AAAGAGGGATACA---GAGACGGCG------A------TA----T----AC--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AAACAATAAGGCTTT--GA---------T----------TACTTGAAT---------TC---------CAATGTATACCTGGCA-----ATCT-AA-ACAAATTATCTGACAGTA-GGAAAATAAC-CAAAAA-AGTC----GCTGT-GGGGCCACAATCAAT---TGTTGACAAACA-CA-------ATCAC-CAGCTTAAACTCAAACCTA-------CCAATAATC--TATAATCTGA-GACAATTGGAACAC
gi|4 : TAGTG--ATGTGAAGCATATGATATTTTCACAATTGATTATCAGTTATAATCGGCTTGATT-CAACC----AA----C----TGAT-A--------ATTGG--------CAAATATGGGTTTTAGTGATTAAAGGCCAATA-------ACTTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TGAAA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTATATGT--CTATTTAATGTGCGATTCAAATAAATAATTAATTCATTTACTTCACATATGTAAAA-AAGAC-----ATTCAGAGAGAACATAA---T-GAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAG-AATCATTTA--C--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTA-----ATCT-AACATAAATTATTTGACAGTA-TGAAAATAAC-TGAAAA-AGTC----ACTGT-GCAGCGACAGTGGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATAATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CTAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATGGGAACACCA
gi|5 : AGTGTTATTGGAATCGGTTAATATTTTCACAATCGATTATCGGTTATAATCGGTTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCGGCCATTAAGGGTTATAGTGATAAAAGGCCATTC-------ACTTT--GCATTTGAAA-TAG-AA--TGACA----------------------G--AGA-------T--TAAATATA----AGACTTGTCTTTTTGA--TTATAAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCA------TAATATAA-AC-----ATCCGGAGAGAACCTGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TAAAGAT----GT--AAAACAAAA------A--TCAT--A----------TATGT---------------------TTTAC-C--T--GA-----------------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTTGGT-----ATCC-AACATACATTACCTGATAGTACAAAAAACAAC-AGAAAA-ACTC----ACTGT-GCGGCAACAATCGAT---TACTTACAAACA-CAAACGATGATCGA-CGACTTCAACTCAAACCTA-------CAAATCATC--AATAGTCTGA-GACAATCTGAACAC
gi|6 : TAGTG--ATGGGAATCAGTTGATATTTTCACAATCA-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAAA-----AA----T----TGAT-A--------ACTGGATGACCAGCCAATATGGGATTTAGTGATAAAGGGCCATTAAGTATTAACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AATGTGAGA----------------------GACAGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTGATT----TGT--CTATTAATTGTGTGATTAAAATGAGTTATACATTTATTTTCTTTACCTGTGTACAA-AA-AC-----ATTCTGAGAGAACAAGA---T-CGAGAGGGATACA---GA------G------A------TA----T----AT---AAA----T------A--TCATAAA----------TATAAAT---------TGAA-AATAACTTA---------------------------G--T-------T---------------------------TACTTGGTT-----ATCT-AACATAAATTAACCGACAGCA-AGAAAATAAC---AAAA-ATCC----ACTAT-GTGGAGACAAT-----------------CA-CAGTCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAGACCTA-------CCAATTAAC--GGTAGTCCGA-GACTATCAAAACAa
gi|7 : CGGTTA-----GATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-ATTTGGATAATCGA--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAA-----------------CTTT--GCATTTAAAAATAG-AA--TGAGA----------------------G--AGATAAA--AT--TTGATGAA----AGACTTGTCTTTCTGT--CT--GAAATGTGTGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCAGTGTAAAA-A---T-----ATTTGGCGAGAACATGA----------GGGTAACAAAGGA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCGATTCTATTGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATAACTAGT-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTATATATATCTTAACATAAATTATCGAAAAGTA-AGAAAATAAC------------------TTT-GCGGCGACAACTGAT----GCTAACAAAAA-CAATCCATTATCGC-CAAATTTAACTTAACCCTA-------CAAATTATCTATATAGTCTGA-GACAATCAGAACA
gi|8 : tcaatatatcggGTG--ATAGGAATCGGCTGATATTTTCACAATTG-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GT----T----TGAC-AATTGT---ATCAG--------CC---ACGGGTTTTAGTGATTAAGGATCATTA-------ACTAT--A-ATTCAAA
gi|8 : tATTCAAATAAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCAGAGAGAACATGA---TAAAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--A--GAAATAACT--T-------GAAT-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTG-----ATTT-AACATAAGTTATCTGACAGTA-AGAAAATAACGGGAAAA-AGTC----ACTGT-ATGGCGACGATGGAT---TACTAACAAACA-CA----ATTATTGC-CAACTTCAACTCGAACCTA-------CCAATTATC--AATAATCTCA-GATAATCAGAATATCtaagttattaattcatttacttcacttatgtaaaaaacattcagagagaacatgataaaagagggagacagagatatataaaaaatcatatatgtattgaaaatcatttaggcagaaataacttgaattccccatgtatacctggtgatttaacataagttatctgacagtaagaaaataacgggaaaaagtcactgtatggcgacgatggattactaacaaacacaattattgccaacttcaactcgaacctaccaattatcaataatctcagataatcagaatatc
gi|9 : tgtgataggaatcggctgatattttcacaattggttacaatcggtttggttcaaccgtttgacaattgtatcagccacgggttttagtgattaaggatcattaactataTAGTG--ATAGGGATCTTTTGATATTTTTACAGTTGATTATGGGTGACATTCGGTTTGGTT-TAACCAGTTGA----TAATGTGAT-A--------ATTGA--------TCAATTTGGGGTTTAGTGATAAAGGGCCGTTA-------AATTT--GCATTTAAAT-AAG-AA--TGAGAGAGAGA----------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--TTATGAAATGTGCGATTCAG--AAGAAATTCATTTGTTTATTTCACAAATAT-AAA-AA-CC-----ATTCGGAGAAAACATCA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------GACAGAAA------TA----T----AT--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AATCATATAGGC--TTAAA---------TTACTTTAG--T-------T---------CC---------CCATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AATGAGTAAAATGCTAGTCTGAAATAAGGACCTTGTTCTCCCTATTGGAAGATAAGGTGCTGGGATAGACT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 55555555 3333333333333333333333 1 22222222222222222222 111111111 1111111111111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 1111111
lowQualScore : 44 1 2 66666 5555 1111 2 66666666 11111111 1 9999999 33 3 3 44 6666666666666666666666 44 666666 44 6666 4 1 33 3 3 3 88888 555 3 555 11111111111111111111 111111111 33 88888888888 33 3333333333333 111111111 2 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 4 4 666 3 7777 3 3 555 2 2 5555555 444 5 0
lowQualScore : .. . . ..... .... .... . ........ ........ . ....... .. . . .. ...................... .. ...... .. .... . . .. . . . ..... ... . ... .................... ......... .. ........... .. ............. ......... . . ..... ................................................. ...... . . ... . .... . . ... . . ....... ... . .
lowQualScore : 22 4 7 00000 7777 3333 7 33333333 88888888 7 3333333 99 1 1 22 2222222222222222222222 22 666666 22 5555 0 7 99 4 3 3 33333 444 1 000 66666666666666666666 777777777 99 99999999999 99 1111111111111 444444444 9 8 55555 0000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 0 0 666 6 7777 3 3 444 5 4 3333333 222 3 9
consensus : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
Reference ( family-719 ) : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
gi|1 : TG--ATGGGAATACGTTGATATTTTGATAATCGATTATCGGTAACAATCGATTTGGT---AATC----GA----T----TTAT-A--------ATCGGATAAACGTCCAATATGGATTTTGGTAATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTTAAG-TAG-AA--CAAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----A-ACTTATCTTAATGT--CTTTGAAATGTGCAAATCAAA-AATAAATTAATTCATA-ACTTCACCTATGTAAAA-AA-ACTAAACGTTCGGAGAAAATATAA---C-AAAGAAGGATACA---AA------G------ACTTAGATA----T----ATTAAAAA----A------A--GCAT--ACTACTGAGTATATGTGT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CCATGTGTACCTGGTA-----ATCT-TACATAACTTATCGGTCAGTA-AGAAAATAAC-TGAAAAAAGTC----ACTGT-GCGGAGACAATCAAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTGTCGT-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCGGA-GACAATCGGAACACC
gi|10 : TTGTCTTTATAT--TTATGAAATGTGCAATTCAAGTAAGTA---------TTTACTTCACCTATGTAAAA-AA--C-----ATTCAGAGGAAACATGA---T-GAAG-GTTAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------AAATCGT--A----------TTTGTAT---------TGAA-AACCATTAAGGC--C--GA---------T-------A--T-------T---------ACTTGAGATCACCATGTAAACCTAGTT-----ATTT-AACATAAATTATTTGACAATA-AGAAAATAAC-CAAAAA-AGCC----AATGT-GCAGCAATGATCAAT---TGCTAAAAAACA-CAATCGATTATCAC-CAACTTCAACTCAAACGTA-------CCAATCTTT--GATAGTCTTA-GACAATTCAAACACC
gi|11 : tAGTG--ATGGGACTCGGTTGCTAAGTCCGCAATCAATTATCGGTTTCAGTCAGTTCAAT--CAAAT----GAGAACT----GGAT-A--------ATCGG--------CCAATATTGGTTTTAGTGATAAAAGGCCATTA-------ACTTG--GCATTTAAAG-TAC-AA--CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAG--AGA---G--AT--CAAATGAA----AG-----TCTTTATGT--CTATAAAATGTATGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-AC-----ATTTAGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGAAGA
gi|12 : GTG--ATGGGAATCTGTTGATATTTTCGCAATTGATTATCGGTTACAATCCATTTAGTT-TAACC----GA----T----TGA-------------------------CAAT-CGG---------ATAATTGTCCAGTA-----------T--GGGTTT-----TAGTGA--TGA---------------------------AGG---G------CAATTAAA----A----TATCAT-ATGT--CTATGAAATGTGTGATTCTAATAAGTAAATAATTCATTTACTTCAACTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCGTAGTGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA-------------------------------------------------------------------------GTAT---------TGAA-AATCATTAAGGC--T--GA---------t
gi|13 : gGACA---GA-------------A------TA----T----AT--ACAA----A------A--TCAG--A----------TATAAAT---------TCAA-AATCATAAAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CTATGTATACCTGGTT-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAATTA-C-C-AAAA-AGTC----ACTATTGCGCCGACAATTGATCATTGCTAACAAAAAACAATCGATTATCGC-CAATATCAACTCAAACCTA-------CCGATTATC--GATAGCCTGA-GACAATCGGAACaatta
gi|14 : atTG--GTGGGTAACGGTTGATATTTTCACAACTGATTATTGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAATT----TC----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCAGCTAATACTGGTTTTAGTTGTGAAGGGCCATTA---------CTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TTAGA----------------------G--ACA---G--ATATCAAATACA----ATAATTGTCTTTATGT--CTACCAAATATGCAATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTA
gi|15 : aGAACATGA---T-AAACAGGGAGACA---AAAAGCA-G------A------TA----TCAT-AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT-----------------CTTTTAGGC--T--GA---------A-------A--T-------TACTTGAGATCC---------TCATGTATACCTAGAT-----ATAT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-
gi|16 : ttttgcaaatcttgaaagctataatgtattggtgTG--ATGGGAATCGATTGAT---------------TATCGGTTACAGTCGGTTTGGTT-CAACC----AA----TAATCCGAA-A--------AACGG--------CCT-TATGTGTTTTAGTGATACAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAA-AA--TTAGA----------------------G--GGA---G--AT-----------------CTTGTCTTGCTGT--CTATGAAATGTGCAATTCAAATAAGTAtctacagcaacactcattgttggagctataatgtattggtg
gi|17 : TAATG--ATTGGATTCAGTTGATATTTTTACATTTGATCAT-----------------GTT-CAACC----AA----T----TGGTAA--------ATCGC--------TCAATATGGGTTTTTGTAATA---GACAA--A-------A---T--ACATTAAAAA-TAG-----T--TA----------------------G--AAA---G--AT--CAAACGAA----GAACCTGTGTTTTTTTCCCTATAAAgagttgttgaaaatcatcattta
gi|18 : taggTGT-GCAGCGATACTTGGT---TGCTAACAAACA-CAGTCTATTATTGC-CAACATCAACTCAAACATT-------CTTATTATC--AACAGTCTGA-GATAAATGGAACA
gi|19 : ctaAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGTGACAATAGAT---TGCTAAAATACC-CTATCGATTTTCAC-TAACTTCAACCCAAACCTA-------CCAATTAT
gi|2 : --ATGGGAAAAGGTTGATATTTTCACAATCTATTATCGGTTAGAATCAATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------TGAATA---GTTC--GCTATAACAGATCATAA-------ACTTT--GCATTAAAAA-C---AA--TGAGT----------------------G--AA----------------GAG----AGACCTGTAGTTTTGT--TTATATCGTGTGCCATTGAAATAACTTTTCAATTTATTTACTTCGCATAT---AAA-AA-AC-----AT--AAAAAGAACGTGATTCT-AAAGAGGGAGAAT---GA------G------A------CA----A----AG--AAAC----ATTCCATA--TTATAAA----------TATGTAT---------AAAACAATCa
gi|2 : tcAAGAAC-TGAAAC-GGTCCGTTACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGTGGACAAACA-CAAATGAATATCGCGCAACT-------AAAT----------------------ATAGTCTGA-GAAAATCGGAACACCAtcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctaagaactgaaacggtccgttactgtgcggcgacaatcgattgtggacaaacacaaatgaatatcgcgcaactaaatatagtctgagaaaatcggaacaccat
gi|20 : tcatgggaaaaggttgatattttcacaatctattatcggttagaatcaatttggttcaactgattgataatcggtgaatagttcgctataacagatcataaactttgcattaaaaacaatgagtgaagagagacctgtagttttgtttatatcgtgtgccattgaaataacttttcaatttatttacttcgcatataaaaaacataaaaagaacgtgattctaaagagggagaatgagacaaagaaacattccatattataaatatgtataaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatct--ATGGGA------TGATATATTCACAATTGATCATCAGTTGCAATAGATTGGATTGCTACC----AA----T----TAAC-A--------ATCGt
gi|21 : CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACattataatctctcag
gi|22 : gAGCA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACagcaa
gi|23 : GAGACA---GA------G------A------TA----TATATAT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------CAAA-AAATATTTAAGC--T--GA---------agca
gi|24 : atgaggggtgcaGGCGACAATCAAT---TGCGAACAAACA-CAATCAATTATCGC-CAACTTCAACTCAATCCTA-------CCAATTATC--GAaataac
gi|26 : gtctATCGC-CAACTTCAACTCAAACC---------------------ATAGTCTGT-GACAATCGGAACACCA
gi|27 : taagaaaatctcaaacaaaA-CAATTGATTATTGC-CAGTT-------AAAGCTA-------CCAATTATC--CATAGTTTGA-GACAATCAGAACACCct
gi|3 : aaGTTGATTTATTCATAATCTAATATCGGTTTCAATCTGTTTGGTT-AAACA----GA----T----TGAT-A--------ATCAGATAATCGACCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACCAAAAGCATTTAAAA-TAG-AG--TGAGA----------------------G--AGA---GGGAT--CAAATTAATTAAAAACTTGTCTGTATGT--GTATGAAATGTGCGATTCAAATACGTAATTAACCCATTTATTTCACCTATGT-AAA-AA-AC-----ATTTGGAGAGAATATGA---T-AAAGAGGGATACA---GAGACGGCG------A------TA----T----AC--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AAACAATAAGGCTTT--GA---------T----------TACTTGAAT---------TC---------CAATGTATACCTGGCA-----ATCT-AA-ACAAATTATCTGACAGTA-GGAAAATAAC-CAAAAA-AGTC----GCTGT-GGGGCCACAATCAAT---TGTTGACAAACA-CA-------ATCAC-CAGCTTAAACTCAAACCTA-------CCAATAATC--TATAATCTGA-GACAATTGGAACAC
gi|4 : TAGTG--ATGTGAAGCATATGATATTTTCACAATTGATTATCAGTTATAATCGGCTTGATT-CAACC----AA----C----TGAT-A--------ATTGG--------CAAATATGGGTTTTAGTGATTAAAGGCCAATA-------ACTTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TGAAA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTATATGT--CTATTTAATGTGCGATTCAAATAAATAATTAATTCATTTACTTCACATATGTAAAA-AAGAC-----ATTCAGAGAGAACATAA---T-GAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAG-AATCATTTA--C--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTA-----ATCT-AACATAAATTATTTGACAGTA-TGAAAATAAC-TGAAAA-AGTC----ACTGT-GCAGCGACAGTGGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATAATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CTAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATGGGAACACCA
gi|5 : AGTGTTATTGGAATCGGTTAATATTTTCACAATCGATTATCGGTTATAATCGGTTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCGGCCATTAAGGGTTATAGTGATAAAAGGCCATTC-------ACTTT--GCATTTGAAA-TAG-AA--TGACA----------------------G--AGA-------T--TAAATATA----AGACTTGTCTTTTTGA--TTATAAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCA------TAATATAA-AC-----ATCCGGAGAGAACCTGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TAAAGAT----GT--AAAACAAAA------A--TCAT--A----------TATGT---------------------TTTAC-C--T--GA-----------------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTTGGT-----ATCC-AACATACATTACCTGATAGTACAAAAAACAAC-AGAAAA-ACTC----ACTGT-GCGGCAACAATCGAT---TACTTACAAACA-CAAACGATGATCGA-CGACTTCAACTCAAACCTA-------CAAATCATC--AATAGTCTGA-GACAATCTGAACAC
gi|6 : TAGTG--ATGGGAATCAGTTGATATTTTCACAATCA-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAAA-----AA----T----TGAT-A--------ACTGGATGACCAGCCAATATGGGATTTAGTGATAAAGGGCCATTAAGTATTAACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AATGTGAGA----------------------GACAGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTGATT----TGT--CTATTAATTGTGTGATTAAAATGAGTTATACATTTATTTTCTTTACCTGTGTACAA-AA-AC-----ATTCTGAGAGAACAAGA---T-CGAGAGGGATACA---GA------G------A------TA----T----AT---AAA----T------A--TCATAAA----------TATAAAT---------TGAA-AATAACTTA---------------------------G--T-------T---------------------------TACTTGGTT-----ATCT-AACATAAATTAACCGACAGCA-AGAAAATAAC---AAAA-ATCC----ACTAT-GTGGAGACAAT-----------------CA-CAGTCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAGACCTA-------CCAATTAAC--GGTAGTCCGA-GACTATCAAAACAa
gi|7 : CGGTTA-----GATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-ATTTGGATAATCGA--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAA-----------------CTTT--GCATTTAAAAATAG-AA--TGAGA----------------------G--AGATAAA--AT--TTGATGAA----AGACTTGTCTTTCTGT--CT--GAAATGTGTGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCAGTGTAAAA-A---T-----ATTTGGCGAGAACATGA----------GGGTAACAAAGGA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCGATTCTATTGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATAACTAGT-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTATATATATCTTAACATAAATTATCGAAAAGTA-AGAAAATAAC------------------TTT-GCGGCGACAACTGAT----GCTAACAAAAA-CAATCCATTATCGC-CAAATTTAACTTAACCCTA-------CAAATTATCTATATAGTCTGA-GACAATCAGAACA
gi|8 : tcaatatatcggGTG--ATAGGAATCGGCTGATATTTTCACAATTG-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GT----T----TGAC-AATTGT---ATCAG--------CC---ACGGGTTTTAGTGATTAAGGATCATTA-------ACTAT--A-ATTCAAA
gi|8 : tATTCAAATAAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCAGAGAGAACATGA---TAAAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--A--GAAATAACT--T-------GAAT-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTG-----ATTT-AACATAAGTTATCTGACAGTA-AGAAAATAACGGGAAAA-AGTC----ACTGT-ATGGCGACGATGGAT---TACTAACAAACA-CA----ATTATTGC-CAACTTCAACTCGAACCTA-------CCAATTATC--AATAATCTCA-GATAATCAGAATATCtaagttattaattcatttacttcacttatgtaaaaaacattcagagagaacatgataaaagagggagacagagatatataaaaaatcatatatgtattgaaaatcatttaggcagaaataacttgaattccccatgtatacctggtgatttaacataagttatctgacagtaagaaaataacgggaaaaagtcactgtatggcgacgatggattactaacaaacacaattattgccaacttcaactcgaacctaccaattatcaataatctcagataatcagaatatc
gi|9 : tgtgataggaatcggctgatattttcacaattggttacaatcggtttggttcaaccgtttgacaattgtatcagccacgggttttagtgattaaggatcattaactataTAGTG--ATAGGGATCTTTTGATATTTTTACAGTTGATTATGGGTGACATTCGGTTTGGTT-TAACCAGTTGA----TAATGTGAT-A--------ATTGA--------TCAATTTGGGGTTTAGTGATAAAGGGCCGTTA-------AATTT--GCATTTAAAT-AAG-AA--TGAGAGAGAGA----------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--TTATGAAATGTGCGATTCAG--AAGAAATTCATTTGTTTATTTCACAAATAT-AAA-AA-CC-----ATTCGGAGAAAACATCA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------GACAGAAA------TA----T----AT--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AATCATATAGGC--TTAAA---------TTACTTTAG--T-------T---------CC---------CCATGT
blockSeqs : TT G G CAGTT GAAC AATC A TTTGGATA ATAATCAG A AGTATTA AA A T TG GAGACAGACAGAGAGAGAGCGA AC TAAA AT TTAA G A CC A T G . TTC A AAG GACGGCGA TATAT . ATTCCAT AA AAA CGATTCTAT C TTT TATTACTTGAGATCA ATATAT T C GGG . CGTT T C CAT A G CATGTAC TAT C
blockSeqs : . T . T . AATG . ATTGT ATAATCGA T . . . . . GAGAGA . GGG . . T A . A . . . . . . GACAGAAA AAGAT . CAAAA . AAA . . TTA AATTACTTGAGTTCC T . . CA . . . T . . . CATGTAC G C
blockSeqs : . G . C . . . . ATAATCGG G . . . . . . . G . . A A . A . . . . . . AAGCAGA TCAT . A . A . . C AATTACTTGAGATCC T . . TG . . . T . . . . G .
blockSeqs : . G . T . . . . ATGACCAG G . . . . . . . G . . G A . A . . . . . . GA T . A . A . . T AATAACTAGTGTTCC T . . CA . . . A . . . . A .
blockSeqs : . A . C . . . . . A . . . . . . . G . . A C . A . . . . . . GA T . A . A . . T AATAACTTGAATTCC A . . TG . . . C . . . . G .
blockSeqs : . G . C . . . . . G . . . . . . . G . . G T . . . . . . . . GA A . A . A . . T TTACTTTAGTTCC A . . AG . . . C . . . . G .
blockSeqs : . A . T . . . . . A . . . . . . . G . . G T . . . . . . . . GA T . A . A . . T TTACTTGAATTC T . . C . . . C . . . . G .
blockSeqs : . G . C . . . . . A . . . . . . . G . . G A . . . . . . . . GA T . A . A . . T TGTTCC T . . . . . . G . . . . C .
blockSeqs : . A . A . . . . . G . . . . . . . G . . G A . . . . . . . . GA T . T . A . . T GTTCC G . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . G . C . . . . . G . . . . . . . G . . G T . . . . . . . . GA T . A . A . . T GTT . . . T . . . . G .
blockSeqs : . T . T . . . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . GA T . A . A . . A . G . . . . A .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A T . A . A . . . . . . . . G .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ******** ***** GA****************** ** A************
originalCons : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
finalCons : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GAGA------------------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCATA------------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AATGAGTAAAATGCTAGTCTGAAATAAGGACCTTGTTCTCCCTATTGGAAGATAAGGTGCTGGGATAGACT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 55555555 3333333333333333333333 1 22222222222222222222 111111111 1111111111111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111 1111111
lowQualScore : 44 1 2 66666 5555 1111 2 66666666 11111111 1 9999999 33 3 3 44 6666666666666666666666 44 666666 44 6666 4 1 33 3 3 3 88888 555 3 555 11111111111111111111 111111111 33 88888888888 33 3333333333333 111111111 2 0 44444 0000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 4 4 666 3 7777 3 3 555 2 2 5555555 444 5 0
lowQualScore : .. . . ..... .... .... . ........ ........ . ....... .. . . .. ...................... .. ...... .. .... . . .. . . . ..... ... . ... .................... ......... .. ........... .. ............. ......... . . ..... ................................................. ...... . . ... . .... . . ... . . ....... ... . .
lowQualScore : 22 4 7 00000 7777 3333 7 33333333 88888888 7 3333333 99 1 1 22 2222222222222222222222 22 666666 22 5555 0 7 99 4 3 3 33333 444 1 000 66666666666666666666 777777777 99 99999999999 99 1111111111111 444444444 9 8 55555 0000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 0 0 666 6 7777 3 3 444 5 4 3333333 222 3 9
consensus : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
Reference ( family-719 ) : TAGTG--ATGGGAATCGGTTGATATTTTCACAATCGATTATCGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AA--TGAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--CTATGAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTATGTAAAA-AA-AC-----ATTCGGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTN-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-CGAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATCGGAACACCA
gi|1 : TG--ATGGGAATACGTTGATATTTTGATAATCGATTATCGGTAACAATCGATTTGGT---AATC----GA----T----TTAT-A--------ATCGGATAAACGTCCAATATGGATTTTGGTAATAAAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTTAAG-TAG-AA--CAAGA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----A-ACTTATCTTAATGT--CTTTGAAATGTGCAAATCAAA-AATAAATTAATTCATA-ACTTCACCTATGTAAAA-AA-ACTAAACGTTCGGAGAAAATATAA---C-AAAGAAGGATACA---AA------G------ACTTAGATA----T----ATTAAAAA----A------A--GCAT--ACTACTGAGTATATGTGT---------TGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CCATGTGTACCTGGTA-----ATCT-TACATAACTTATCGGTCAGTA-AGAAAATAAC-TGAAAAAAGTC----ACTGT-GCGGAGACAATCAAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATTGTCGT-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CCAATTATC--GATAGTCGGA-GACAATCGGAACACC
gi|10 : TTGTCTTTATAT--TTATGAAATGTGCAATTCAAGTAAGTA---------TTTACTTCACCTATGTAAAA-AA--C-----ATTCAGAGGAAACATGA---T-GAAG-GTTAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------AAATCGT--A----------TTTGTAT---------TGAA-AACCATTAAGGC--C--GA---------T-------A--T-------T---------ACTTGAGATCACCATGTAAACCTAGTT-----ATTT-AACATAAATTATTTGACAATA-AGAAAATAAC-CAAAAA-AGCC----AATGT-GCAGCAATGATCAAT---TGCTAAAAAACA-CAATCGATTATCAC-CAACTTCAACTCAAACGTA-------CCAATCTTT--GATAGTCTTA-GACAATTCAAACACC
gi|11 : tAGTG--ATGGGACTCGGTTGCTAAGTCCGCAATCAATTATCGGTTTCAGTCAGTTCAAT--CAAAT----GAGAACT----GGAT-A--------ATCGG--------CCAATATTGGTTTTAGTGATAAAAGGCCATTA-------ACTTG--GCATTTAAAG-TAC-AA--CGAGAGAGACAGACAGAGAGAGAGCGAG--AGA---G--AT--CAAATGAA----AG-----TCTTTATGT--CTATAAAATGTATGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTATTTCACCTGTGT-AAA-AA-AC-----ATTTAGAGAGAACATGA---T-AAAGAGGAAGA
gi|12 : GTG--ATGGGAATCTGTTGATATTTTCGCAATTGATTATCGGTTACAATCCATTTAGTT-TAACC----GA----T----TGA-------------------------CAAT-CGG---------ATAATTGTCCAGTA-----------T--GGGTTT-----TAGTGA--TGA---------------------------AGG---G------CAATTAAA----A----TATCAT-ATGT--CTATGAAATGTGTGATTCTAATAAGTAAATAATTCATTTACTTCAACTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCGTAGTGAACATGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA-------------------------------------------------------------------------GTAT---------TGAA-AATCATTAAGGC--T--GA---------t
gi|13 : gGACA---GA-------------A------TA----T----AT--ACAA----A------A--TCAG--A----------TATAAAT---------TCAA-AATCATAAAGGC--T--GAAATTACT--T-------GAGT-------T---------CC---------CTATGTATACCTGGTT-----ATCT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAATTA-C-C-AAAA-AGTC----ACTATTGCGCCGACAATTGATCATTGCTAACAAAAAACAATCGATTATCGC-CAATATCAACTCAAACCTA-------CCGATTATC--GATAGCCTGA-GACAATCGGAACaatta
gi|14 : atTG--GTGGGTAACGGTTGATATTTTCACAACTGATTATTGGTTACAATCGGTTTGGTT-CAATT----TC----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCAGCTAATACTGGTTTTAGTTGTGAAGGGCCATTA---------CTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TTAGA----------------------G--ACA---G--ATATCAAATACA----ATAATTGTCTTTATGT--CTACCAAATATGCAATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCTA
gi|15 : aGAACATGA---T-AAACAGGGAGACA---AAAAGCA-G------A------TA----TCAT-AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT-----------------CTTTTAGGC--T--GA---------A-------A--T-------TACTTGAGATCC---------TCATGTATACCTAGAT-----ATAT-AACATAAATTATCTGACAGTA-AGAAAATAAC-
gi|16 : ttttgcaaatcttgaaagctataatgtattggtgTG--ATGGGAATCGATTGAT---------------TATCGGTTACAGTCGGTTTGGTT-CAACC----AA----TAATCCGAA-A--------AACGG--------CCT-TATGTGTTTTAGTGATACAGGGCCATTA-------ACTTT--GCATTTAAAA-TAA-AA--TTAGA----------------------G--GGA---G--AT-----------------CTTGTCTTGCTGT--CTATGAAATGTGCAATTCAAATAAGTAtctacagcaacactcattgttggagctataatgtattggtg
gi|17 : TAATG--ATTGGATTCAGTTGATATTTTTACATTTGATCAT-----------------GTT-CAACC----AA----T----TGGTAA--------ATCGC--------TCAATATGGGTTTTTGTAATA---GACAA--A-------A---T--ACATTAAAAA-TAG-----T--TA----------------------G--AAA---G--AT--CAAACGAA----GAACCTGTGTTTTTTTCCCTATAAAgagttgttgaaaatcatcattta
gi|18 : taggTGT-GCAGCGATACTTGGT---TGCTAACAAACA-CAGTCTATTATTGC-CAACATCAACTCAAACATT-------CTTATTATC--AACAGTCTGA-GATAAATGGAACA
gi|19 : ctaAAAA-AGTC----ACTGT-GCGGTGACAATAGAT---TGCTAAAATACC-CTATCGATTTTCAC-TAACTTCAACCCAAACCTA-------CCAATTAT
gi|2 : --ATGGGAAAAGGTTGATATTTTCACAATCTATTATCGGTTAGAATCAATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGG--------TGAATA---GTTC--GCTATAACAGATCATAA-------ACTTT--GCATTAAAAA-C---AA--TGAGT----------------------G--AA----------------GAG----AGACCTGTAGTTTTGT--TTATATCGTGTGCCATTGAAATAACTTTTCAATTTATTTACTTCGCATAT---AAA-AA-AC-----AT--AAAAAGAACGTGATTCT-AAAGAGGGAGAAT---GA------G------A------CA----A----AG--AAAC----ATTCCATA--TTATAAA----------TATGTAT---------AAAACAATCa
gi|2 : tcAAGAAC-TGAAAC-GGTCCGTTACTGT-GCGGCGACAATCGAT---TGTGGACAAACA-CAAATGAATATCGCGCAACT-------AAAT----------------------ATAGTCTGA-GAAAATCGGAACACCAtcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatctaagaactgaaacggtccgttactgtgcggcgacaatcgattgtggacaaacacaaatgaatatcgcgcaactaaatatagtctgagaaaatcggaacaccat
gi|20 : tcatgggaaaaggttgatattttcacaatctattatcggttagaatcaatttggttcaactgattgataatcggtgaatagttcgctataacagatcataaactttgcattaaaaacaatgagtgaagagagacctgtagttttgtttatatcgtgtgccattgaaataacttttcaatttatttacttcgcatataaaaaacataaaaagaacgtgattctaaagagggagaatgagacaaagaaacattccatattataaatatgtataaaacaatctcagtgacaccagtctacagtccccaatgtgtatgagtgtcagtctgtagtagggacccggctctccctatttgttacatatcaggggctggggtagactatatgtatatct--ATGGGA------TGATATATTCACAATTGATCATCAGTTGCAATAGATTGGATTGCTACC----AA----T----TAAC-A--------ATCGt
gi|21 : CA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACattataatctctcag
gi|22 : gAGCA-CAATCGATTGT-GT-CAACTTTAACTCACCCTTACATGTACCCAA-TATC--GCTAGT-TGACGACAGTTTAAATACagcaa
gi|23 : GAGACA---GA------G------A------TA----TATATAT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------CAAA-AAATATTTAAGC--T--GA---------agca
gi|24 : atgaggggtgcaGGCGACAATCAAT---TGCGAACAAACA-CAATCAATTATCGC-CAACTTCAACTCAATCCTA-------CCAATTATC--GAaataac
gi|26 : gtctATCGC-CAACTTCAACTCAAACC---------------------ATAGTCTGT-GACAATCGGAACACCA
gi|27 : taagaaaatctcaaacaaaA-CAATTGATTATTGC-CAGTT-------AAAGCTA-------CCAATTATC--CATAGTTTGA-GACAATCAGAACACCct
gi|3 : aaGTTGATTTATTCATAATCTAATATCGGTTTCAATCTGTTTGGTT-AAACA----GA----T----TGAT-A--------ATCAGATAATCGACCAATATGGGTTTTAGTGATAAAGGGCCATTA-------ACCAAAAGCATTTAAAA-TAG-AG--TGAGA----------------------G--AGA---GGGAT--CAAATTAATTAAAAACTTGTCTGTATGT--GTATGAAATGTGCGATTCAAATACGTAATTAACCCATTTATTTCACCTATGT-AAA-AA-AC-----ATTTGGAGAGAATATGA---T-AAAGAGGGATACA---GAGACGGCG------A------TA----T----AC--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AAACAATAAGGCTTT--GA---------T----------TACTTGAAT---------TC---------CAATGTATACCTGGCA-----ATCT-AA-ACAAATTATCTGACAGTA-GGAAAATAAC-CAAAAA-AGTC----GCTGT-GGGGCCACAATCAAT---TGTTGACAAACA-CA-------ATCAC-CAGCTTAAACTCAAACCTA-------CCAATAATC--TATAATCTGA-GACAATTGGAACAC
gi|4 : TAGTG--ATGTGAAGCATATGATATTTTCACAATTGATTATCAGTTATAATCGGCTTGATT-CAACC----AA----C----TGAT-A--------ATTGG--------CAAATATGGGTTTTAGTGATTAAAGGCCAATA-------ACTTT--GGATTTAAAA-TAG-AA--TGAAA----------------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTATATGT--CTATTTAATGTGCGATTCAAATAAATAATTAATTCATTTACTTCACATATGTAAAA-AAGAC-----ATTCAGAGAGAACATAA---T-GAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAG-AATCATTTA--C--T--GA---------T-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTA-----ATCT-AACATAAATTATTTGACAGTA-TGAAAATAAC-TGAAAA-AGTC----ACTGT-GCAGCGACAGTGGAT---TGCTAACAAACA-CAATCGATAATCGC-CAACTTCAACTCAAACCTA-------CTAATTATC--GATAGTCTGA-GACAATGGGAACACCA
gi|5 : AGTGTTATTGGAATCGGTTAATATTTTCACAATCGATTATCGGTTATAATCGGTTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-A--------ATCGGATAATCGGCCATTAAGGGTTATAGTGATAAAAGGCCATTC-------ACTTT--GCATTTGAAA-TAG-AA--TGACA----------------------G--AGA-------T--TAAATATA----AGACTTGTCTTTTTGA--TTATAAAATGTGCGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCA------TAATATAA-AC-----ATCCGGAGAGAACCTGA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TAAAGAT----GT--AAAACAAAA------A--TCAT--A----------TATGT---------------------TTTAC-C--T--GA-----------------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTTGGT-----ATCC-AACATACATTACCTGATAGTACAAAAAACAAC-AGAAAA-ACTC----ACTGT-GCGGCAACAATCGAT---TACTTACAAACA-CAAACGATGATCGA-CGACTTCAACTCAAACCTA-------CAAATCATC--AATAGTCTGA-GACAATCTGAACAC
gi|6 : TAGTG--ATGGGAATCAGTTGATATTTTCACAATCA-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAAA-----AA----T----TGAT-A--------ACTGGATGACCAGCCAATATGGGATTTAGTGATAAAGGGCCATTAAGTATTAACTTT--GCATTTAAAA-TAG-AATGTGAGA----------------------GACAGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTGATT----TGT--CTATTAATTGTGTGATTAAAATGAGTTATACATTTATTTTCTTTACCTGTGTACAA-AA-AC-----ATTCTGAGAGAACAAGA---T-CGAGAGGGATACA---GA------G------A------TA----T----AT---AAA----T------A--TCATAAA----------TATAAAT---------TGAA-AATAACTTA---------------------------G--T-------T---------------------------TACTTGGTT-----ATCT-AACATAAATTAACCGACAGCA-AGAAAATAAC---AAAA-ATCC----ACTAT-GTGGAGACAAT-----------------CA-CAGTCGATTATCGC-CAACTTCAACTCAGACCTA-------CCAATTAAC--GGTAGTCCGA-GACTATCAAAACAa
gi|7 : CGGTTA-----GATTTGGTT-CAACT----GA----T----TGAT-ATTTGGATAATCGA--------CCAATATGGGTTTTAGTGATAAA-----------------CTTT--GCATTTAAAAATAG-AA--TGAGA----------------------G--AGATAAA--AT--TTGATGAA----AGACTTGTCTTTCTGT--CT--GAAATGTGTGATTCAAATAAGTAATTAATTCATTTACTTCACCAGTGTAAAA-A---T-----ATTTGGCGAGAACATGA----------GGGTAACAAAGGA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTATCGATTCTATTGAA-AATCATTTAGGC--T--GAAATAACTAGT-------G--T-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTATATATATCTTAACATAAATTATCGAAAAGTA-AGAAAATAAC------------------TTT-GCGGCGACAACTGAT----GCTAACAAAAA-CAATCCATTATCGC-CAAATTTAACTTAACCCTA-------CAAATTATCTATATAGTCTGA-GACAATCAGAACA
gi|8 : tcaatatatcggGTG--ATAGGAATCGGCTGATATTTTCACAATTG-------GTTACAATCGGTTTGGTT-CAACC----GT----T----TGAC-AATTGT---ATCAG--------CC---ACGGGTTTTAGTGATTAAGGATCATTA-------ACTAT--A-ATTCAAA
gi|8 : tATTCAAATAAGTTATTAATTCATTTACTTCACTTATGT-AAA-AA-AC-----ATTCAGAGAGAACATGA---TAAAAGAGGGAGACA---GA------G------A------TA----T----AT--AAAA----A------A--TCAT--A----------TATGTAT---------TGAA-AATCATTTAGGC--A--GAAATAACT--T-------GAAT-------T---------CC---------CCATGTATACCTGGTG-----ATTT-AACATAAGTTATCTGACAGTA-AGAAAATAACGGGAAAA-AGTC----ACTGT-ATGGCGACGATGGAT---TACTAACAAACA-CA----ATTATTGC-CAACTTCAACTCGAACCTA-------CCAATTATC--AATAATCTCA-GATAATCAGAATATCtaagttattaattcatttacttcacttatgtaaaaaacattcagagagaacatgataaaagagggagacagagatatataaaaaatcatatatgtattgaaaatcatttaggcagaaataacttgaattccccatgtatacctggtgatttaacataagttatctgacagtaagaaaataacgggaaaaagtcactgtatggcgacgatggattactaacaaacacaattattgccaacttcaactcgaacctaccaattatcaataatctcagataatcagaatatc
gi|9 : tgtgataggaatcggctgatattttcacaattggttacaatcggtttggttcaaccgtttgacaattgtatcagccacgggttttagtgattaaggatcattaactataTAGTG--ATAGGGATCTTTTGATATTTTTACAGTTGATTATGGGTGACATTCGGTTTGGTT-TAACCAGTTGA----TAATGTGAT-A--------ATTGA--------TCAATTTGGGGTTTAGTGATAAAGGGCCGTTA-------AATTT--GCATTTAAAT-AAG-AA--TGAGAGAGAGA----------------G--AGA---G--AT--CAAATGAA----AGACTTGTCTTTATGT--TTATGAAATGTGCGATTCAG--AAGAAATTCATTTGTTTATTTCACAAATAT-AAA-AA-CC-----ATTCGGAGAAAACATCA---T-AAAGAGGGAGACA---GA------GACAGAAA------TA----T----AT--AAAA----A------A--ACAT--A----------CATGTAT---------TGAA-AATCATATAGGC--TTAAA---------TTACTTTAG--T-------T---------CC---------CCATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AATGAGTAAAATGCTAGTCTGAAATAAGGACCTTGTTCTCCCTATTGGAAGATAAGGTGCTGGGATAGACT