lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888 111 55555555555555555555555555555555555555555555555 44444 111111111111 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 1111 22 33333 111 7777777777777777777777777777777 1 22222 111 1 222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 3333333333 1 222 111111111 1111 11 1
lowQualScore : 6 0 6 99999 4 55 88 1 3 222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000 3 000 77 1 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 3 2 55555 1 555555555555 0 3 99999999999 6666 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 7777 0000 0 5555 1 3 11 1 2 0 00000 444 3 1 33 2222222222222222222222222222222 0 3 22222 3 777 1 3 0 55 3 000000 1 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666 777 0000000000 66 4 4 55 4 4 222 777 55 777777777 6666 55 8 3
lowQualScore : . . . ..... . .. .. . . ......... ................................................ . ... .. . . . ............................................... . . . ..... . ............ . . ........... .... ..................................................................... ... .... .... . .... . . .. . . . ..... ... . . .. ............................... . . ..... . ... . . . .. . ...... . . ............................................................................................................................................................................. ..... ... .......... .. . . .. . . ... ... .. ......... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0 11111 5 00 00 2 3 222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666 1 222 11 0 4 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 7 1 9 11111 2 888888888888 6 1 44444444444 5555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 7777 5555 4 5555 4 6 44 3 8 4 33333 000 4 1 00 6666666666666666666666666666666 2 3 55555 3 222 4 1 2 88 3 333333 4 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 000 1111111111 77 2 0 55 0 0 444 111 55 999999999 4444 00 2 9
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTG-TCGCAAT-----TATAT--TATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-ATTTTTATA-TTATATAAA-----A-----A---AANT-CAG----TGGACTGTTTTAATA-T-GTTTAAGATACAGT-------TG------TG--TAT------------AC-A-GG-GT---TCAT-TAACATCAAAG-GTCACG-TGTGTCAA------------CTTAATG-AGAT----------NAT----ATGAC------A------TGC--A--A------C-----G----------------GT----C--AT------TTAGAG---AT-GA-CA---GGTCGTGT--T-GGGGGTAAGATATGG-GCGTGTTTAATATGGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G--------G-N-------AGTAA-TGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGT--AG--TGTGGAGAG-CA-------GAGCTNGA-TA--G-TTAGTTNNAGACAGACCTT------GA------TT--A-CG-----T------------------TA----A--GATG------TT--------AG-----T-TT-------------------GTGANT---TAGAACTTATN-T--AGAG---ATAGAAACAA---TT---ATTGAG-AA-TTATAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAN------TGAAAC---CACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( gi|4 ) : TACAAAGAATACTAAAAAATATCACAGTTTTATATGTGTTAGCTGGCAGCTGATATCTTGATCACAAT-----TGTAT--TATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-ATTTTTATA-TTATATAAA-----A-----A---AAAT-CAG----TGGACCGCTTTAATA-T-GTTTAAGATGCAGT-------TG------TA--TAT------------AC-A-GG-AT---TCAT-TAACATCAAAG-GTGACGCTGTGTCAA------------CTTAATG-AGAT----------GAT----ATGAC------A------TGC--A--A------C-----G----------------GT----G--AT------TTAGAG---AT-AC-CA---AGTCATGT--T-GGGGATAAGATATGG-GTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G--------G-A-------AGTTA-TGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGT--TG--TGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGA-TA--G-TTAGTTACAGACAGACCTT------GG------TT--A-CG-----T------------------TA----A--GATG------TT--------AG-----C-TT-------------------GTGACT---TAAAACTTACT-T--AGTG---ATAGAAACAA---TT---ATTCAT-AA-TTAAAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CAGA-G-TT--AAT------TGAAAA---CACCCTGGTTTAAGTGTCTGTTTTGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATAT--CATTG----TATT-TT---G-AA-TTATTCATA-ATATTTAAA-----A-----A---ATAT-CA-----TGAGTTGCGTCAGTA-T-GTTTAAGATACAATAAGAAATTG------TG--TAC------------AC-A-TG-GT---TATT-TAACATCACAT--TAACA--GAGATAA------------CTTAATG-AGAT----------TAA----ATTACAAGCAAA------TGC--A--A------CCTCCAGATAATT----------GT----C--AT------TTAGAG---AT-GA-CA---GGTCGTGT--T-GGGAGTAAGATATGG----CG--TGATAGAT--TTAGTAA-CTATG-AATTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G--------G-T-------AGTGA-TGAGT--TTG-CCAAT-GTG---AAAATAAGGCTCGGGACCTT-ATTGAT--AGGATGTGG--AG-CA-------GGGTTGGA-AA--G-TT--TTATAA--AAACATT------GA------AT--A-TG-----T------------------TATGCCA--AATG------T------------------TT-------------------GTTAGG---TAGAACGTTGG-T--AGAG---ATAGAAACAA----T---ATTGAG-AA-TAATGT-A--AACCTTTG-AA-TAAA-CTGG-G--T--GATA-----TGAAAC---CATCCAAGTTTCAGTGTCTGTTATGC
gi|3 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatactAAT-----GGTATAGTATTA-AGT-GTT-TTG--GGAA-ATGGTTATA-ATATATA----------------------------------TGTTTTAA-A-T-GAGTAAGATGCATT-------TG------TG--TGT------------GCGA-GG-------CAT-TAACATTAAAG-GTCACGGTATGTCAATGATATGTCAGGCAGAATGGAGATATTATGGTAAGAC----ATTACCTT---A------TGC--ACTA------T-----C----------------AT----G--AT------GTAGAG---ATGACATA---GGTTATGT-------GAAAATATATGG-GCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G--------GTA-------A--TA-AAAG-----AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGT--AA--TGTGGAAAA-CA-------A----TGA-TAAGG-TCAGTTAGAGACAGACATG------TT------TT--AGCG-----T------------------TA----A--GATG------TT--------AG-----C-TT-------------------GTGACTTTATATAATATATA-T--AGT-----TAGAAACAA---TT---ATTGAG-AA-ATATAT-ATTAACATGTG-AA-TAAA-ATTA-C-TTTAAAT------T-AAAC---CACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCcacaat
gi|6 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataT-----TATAT--TATTG-AGT-GTT-TTT-----A-ATTGTTATA-TCAAATAAA-----G-----ATT-AAG---AGGGGTTGGAC-GCTTTAA-A-T-GTTTTAAATGCAAT-------TG------TT--TGT------------AC-A-G--AG---TCAT-TTACACCAA----------TG-GTCAA------------C--AACG-AGAT----------AAA----ATGAC------A------GGC--A---------------G----------------GT----GTAGC------CTAAAGCTTATCAC-CATTTAGAAATGA--C-AGCGATAAGATATGG-GCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T--------G-T-------AGTAA-TAAGT--T-GACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGT--TG--TGTGGAAAG-TA-------GAAC-TGATTA--A-TGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGAG------TCAGA-TGTGAGTT------------------TA----A--GATG------TT--------AG-----C-GT-------------------GAGACT---TTGAACTTATA-C--AGAGCAAATATAAACAA---TG---ATAGAG-AA-ATATAT-A--AACATGTC-AA-TAA-----A-G-TT--ACTTTAAAATGAAAA---TACCCT-GTTTAAGTGTTTGTTcaca
gi|2 : gT-----TATAT--TATTG----TGTT-TAG--G-A----TTTTATAATTATA---------------A---AAAT-CA-----TGAATTGGTTAAATA-T---TTGATATGCATT-------TAAAAT--TA--TGT------------AC-A-CC-ATCTTTAAT-TACCACCAATG-GTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AAAT----------TAT----ATGAC------AAGTAAATGT--A--G------C-----GTTAGGGCTCAT-----GT----C--AT------ATAGAA---AT-GG-CA---GGCTAGTT--T-GCAGGTTAGATAAGG-GTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTG-ATGT----AGTAA-TGAGT--T-GACCAAT-GAG--AAAA-TAAGCCTCAAACCATT-TTTGGT--AA--TGTATAGAT-TA-------GAGTCAAA-TA--GGCTGTTTAAAGA-AAACCTT------GA----------G-CGAA---T------------------TA----A--CATG------TA--------TG-----T-TT-------------------GT--------AGAACTTTTG-T--AGAG---ATAGAAACAA---TT---GTT--G-AA-TTATAT-A--CATATGTG-AA-TAAA-ATGA-T-TT--AA
gi|5 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATAT--TATTG----TGTT-TAG--G-A----TTTTATAATTATA---------------A---AAAT-CA-----TGAATTGGTTAAATA-T---TTGATATGCATT-------TAAAAT--TA--TGT------------AC-A-CC-ATCTTTAAT-TACCACCAATG-GTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AGAT----------TAT----ATGAC------AAGTAAATGT--A--G------C-----GTTAGGGCTCAT-----GT----C--AT------ATAGAA---AT-GG-CA---GGCTAGTT--T-GCAGGTTAGATATGG-GTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTAC----G-ACTGATGTAGTAA-TGAG---TTGACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGT--AA--TGTATAGAT-TA-------GAGTCAAA-TAG-G-CTGTTTAAAGA-AAACCTT------GA----------G-CGAA---T------------------TA----A--CATG------TA--------TG-----T-TT-------------------GTatatgtt
gi|9 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATAT--TATTGTAGTT-----TT--G-AA--TTTTTATG-T---ATTCA-----A-----A---AAAT-CA-----TG---------AGT--T-GTTTAAGATACAGT-------TAAAAATTTG--TGT------------AC---GA-ATGG-TTATATAACATCAAAG-GT----------CAG-------------TTAATG-AGAT-----------AT----ATGAC------A------AGC--AC-A------T-----GTAGCCTTTAGTTCATCGT----C--AT------TTAGAG---AT-GA-CA---GGTCATGG--T-CGGAGTTAGATATAT-GCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TT------------------AA------------G--------A-A-------A------------TTGACCAAT-GAG--AAAA-TAGAGCTCGATGCCTT-TTTGGT--AG--AATATAGAG-CA-------GAGCTCGA-TA--G-GCGGTTTTAGAAAGACCTT------TA------AC--A-TA-----T------------------TA----A--GACA------TA--------TG-----T-TT-------------------GTGAag
gi|13 : aatgctgtttgtatcatgtttaatattaataaaacaaaatctcgtaaaggtgacgcatatcaataagtgttgT-----TATAT--TATTG-AGTTGTT-TTG--G-AT-ATTTTT----TT-TATAAA-----AT----ATTCAAATACAGA---GGGACTGTTTTAAAA-TTGTGTATGATACAGT-------TC------TG--TACTGTTTGACATTAAC-A-GGGA-----CAT-TAACAGCAAAG-GT--CAATGTGTCCA------------CTTGATG-AAAT----------GATTGAAATGAT------A------TGg
gi|16 : ctgT-----TATAT--TATTC-AGTTGTT-TT------G-ATTTTT----TTTTATAAA-----CTGTCCA---AATT-CAGA---GGGGCTGTTTTAAAA-TTGTGTATGATACAGT-------CC------TG--AAC------------TG-A-GG-GG---TCAT-TAACATCAAAG-GT--CAATGTGTCAA------------CATAATA-AAAT----------GAT----ATGTC------A------AGC--A--tcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|17 : tgT-----TATAT--TATTG-AGTTA---TTT--GAAA-ATTTTTG-A-TGAAATAAC-----A-----A---AGTT-CAGAA--CGGCTCGTTTCAATT-T-TTGTATTATACAGTTC-----TG------TATGTAT------------GC-A-GG-GA---TCAT-CAACATAAAAG-GT--CATTGTTTCAA------------CTTGATA-AAAT----------GAT----gatgg
gi|20 : ttgT-----TATAT--TATTG-AGTTG-T-TTT--G-AATATTTT--------TATAAACTTTCA-----A---AATT-CAGA---AGGTCTGTTTTAAAATT-GTGTATGATACAGTTC-----TG------TATGTAT------------GC-A-GG-GA---TCAA-TAACATAAAAA-GTg
gi|21 : tg-----TATAT--TATTG-AGTTGTT-TTTTGG-GA-ATTTTTATG-ATATTTAAA-----A-----A---AATG-CAG-----GGGCCGATTCAATA-T-GTTTAAG---TATT-------TG------TG--TAT------------AC-A-GG-GT---TTAA-TAACACCAAAG-GTCACca
gi|7 : aTTGTTGTTT--G-AA--TTTTTATA-T-AT-TAA------------------------------GAC-----------T-GTTTAAGATACAGT-------TGAAATTGTA--TAC------------AC-ATGG-CT---ATAT-TAA-ATCAAAG-GCCA-ACTATGACAA------------CTTAATG-ATAT----------TAT----ATGACCAGCAAA------TGT--A--G------CCTTAAG----------------GT----T--ATCATCATTTAAAG---AT-GA-CA---GGTCGTGT--T-GGATGTAACATATGG-GCGTGGTTAACATG--------------AAAAAT--ACCAATCAGAA------------G--------G-G-------AGCTA-TAAGT--T-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGT--AA--AGCGTACAG-TA-------GAGCTGGA-TA--G-GTAGTTTAAGAAAAAA--T------GG------C---A-TG-----T------------------TA----A--GACG------TA--------TG-----T-TC-------------------GTGATA---TAAAACTT--T-TGGAGAG---ATAGAAAAAAAATTT---A---AG-AA-TTATGT-A--AATGTGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAA------TGAAAC---CACCCATGTTTGAGTACCGGTTGTG
gi|18 : tttgtttttcaT-------TG------T---TAC------------AC-ATGG-GT---TT-T-TAACATTAAAGAGCAAC--TGTGACAA------------CTTAATG-AGAT----------AAC----ATGAC------A------AGC--A--AATGTAGCCATAAG----------------GTTATCGTCAT------TTAGAG---AT----------GTCGTGT--T-GGGGGTAAGATATGG-taacac
gi|10 : ttG-GAGATGTTATGTCA-------------------G-ACAA----------GAT----ATAACCTT---A------CGCTTATCA------C-----C----------------GT----G-----------TAAAG---AT-GA-CA---GTTCGTGT--T-GGGGATAAGATATGG-GCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G--------G-A-------AGTAA-TGAA---TTGACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGG--AG--TGTGTAAAA-CA-------GAATGAGA-TG--G-TCAGAAGGAGACAGGCGTT------GC------TT--A-TA-----G------------------TA----A--CATGGTAAATTT--------AGATAGAC-TTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACT---TAAGATTTATA-T--AGAG---TTAGAAACTA---TT---ATTGA------GAAAT-A--TATATGTG-AA-CAAA-ATGACT-TT--AAG------TGAAAC---CACCCT-GTTTGAGTGTATGTTATGaa
gi|8 : TTAA------------CTTAATG-AGAT----------TAT----GTAAC------T------T----A--A------A-----GTTTAAT----------GT----C--AT------TTAGAG---TT-GA-CA---AGCTGTGT--TCGGGGA-AAGATGTGGCG--TGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAA-------AATGAGAA------------G--------G-T-------AGTAA-CGAG---TTGACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGT--AG--TGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAA-CAT-G-GGAGTTTTAGACAAACCTT------GACAAGGTTT--A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTA----ACTGATG------TTAACATGGGAG-----T-TT-------------------GTGAAT---TACAACTCAGA-A--AGAG---ATGGAAACAG---TT---ATTGAT-AA-TTACATAA--AACATGTG-AA-TAAATTTGA-A-TA--AAA------TGAAAC---CAACCAAGTTTTGGTG
gi|11 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaa----------------GT----C--AT------TTTGAG---AT-GA-CA---GTTGATGTCTT-GGG--TAAGATATGG-GCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G--------G-T-------AGTAA-TGAG---TTGATCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCAAAGTATT-TTTGAT------AGTGGAGAG--------------------A--G-TT--TT--AGACAGCCTTT------TG------TC--A-GG-----T------------------TA----A--CATA------GT--------AG-----T-GT-------------------GTGAAT---TAGG----ACT-C--AGAG---ATAGAAACAA---TT---ATTGAG-AA-ATATAT-A--AATATGTT-AA-TAAA-CTGT-GTTT--AAA------TGAAAC---CACCCTAGTTT
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatattTTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG--------G-C-------AGTAA-GGAGT--A-GGCCAAT-GAG--ACAA-TAGGTCTCGAGGCATT-TT-GATAATG--TGTCGAGAA-----------------A-T---G-TTAATTA--GACAG-------------------TT--A-AG-----G------------------AA----A----------------------AG-----CATT-------------------G-----------AATGTATTGT--AGAG---ATAGAGACAA---TTGCAATAGGTGAA-TTATAT-T--AACATATG-AAATAAA-CTGA-G-TT--AAT------ACAAAT---CACCCTAGTTTTAGTATATGTTATGg
gi|14 : aaatgacaggctgttttgtaggtcagataaagggtattttgtgaaaTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------GTTAC----G-ACTCG---GGTTAGTAAGTAGTTGACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAAT-ATTAAT--TA--TGTtca
gi|19 : aacggggaaaaaaagA----A--G-TG------TT---------------T-TT-------------------GTGAAG---CGAAATTTGTG-T--AGAG---ATAGAAACAA---GTACAATTGCT-GACCTATAA-A--AATATGTGAAA-TAAA-CTGA-G-TA--AAT---------AAATTTTACCCTAGTTCTGATGTCTGTTATGatatatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|27 : ------TAAAAT---CACCCT-GTTTGAGTGTATGTTATGCtcacaa
gi|28 : aaAAAC---CACCCTG-TTTGAGTGTCTGTTcac
gi|24 : ---CACCCTG-TTTGGGTGTCTGTTTTGCataccacat
gi|29 : cattaaatgtacc---CACCCTG-TTTGAGTGTCTGTTATGCcaca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTAAGCCGGATATGGGTGTGTTTATGTGGAGAGAATAAATAAAACATTGACTAATGAGAACATATGAGCCGACTTACTAAGAAGTTGACCTATGTAAAACTAGAGCTTAAGGCAATTACAGATTACAGTTATAGATGTATATCAAATAAACTGACTAAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TATATTATTGAGTGGTTTTGGATATATTTTTTATAAAGTATTAAAATAAAAAGGTACTGTATAAAAATTGTGTATGATACAGCTCTGAA
Unaligned ( gi|23 ): AATAATAGAAACATGGGAATAAAATGACTTTAAATAAAACCACACTGTGAGAGCGTCTGTTATGCCACA
Unaligned ( gi|25 ): CATATAAAACCACCATGTTTGAGTATCTGTTATACCACAA
Unaligned ( gi|26 ): TTAAATAAAACCACCCTCTTTGAATGTCTGTTATGCCACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1111111111 111111 55555555555555555555555555 111 333333333333333333333333333 111111111111 222 111111111111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777777777777777777777777 111 111 1 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 2
lowQualScore : 0 88888 66 3 8888888888 444444 66666666666666666666666666 3 0 0 4 111 5555 444444444444444444444444444 444444444444 99 777 555 2 555 555555555555 0 3 4 6666 4444444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 33 5 0 2 11 0 77 55 111111111111111111111111 2 888888 2 888 4 2 111 1 3 3 44 2 44 0000000000000000000 22 66 6 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 0 777 666 7777777 7 0 5555 6 55 111 66 1 0 33 0 2
lowQualScore : . ..... .. . .......... ...... .......................... . . . . ... .... ........................... ............ .. ... ... . ... ............ . . . .... .......... ................................................................ .... .. . . . .. . .. .. ........................ . ...... . ... . . ... . . . .. . .. ................... .. .. . . ........................................................................................................ ...... . ... ... ....... . . .... . .. ... .. . . .. . .
lowQualScore : 0 33333 66 1 8888888888 999999 11111111111111111111111111 9 1 2 1 111 2222 555555555555555555555555555 666666666666 66 999 777 9 666 888888888888 6 1 0 5555 6666666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 99 7 6 5 44 5 33 44 555555555555555555555555 0 222222 5 777 3 9 777 9 0 1 66 5 99 2222222222222222222 22 44 7 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 4 111 444 5555555 3 9 2222 7 11 333 88 0 9 22 8 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTAATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------AC--A---GGGTTCAT-TAACATCAAAGGTCANG-TGTGTCAA------------CTTAATG-AGATNAT----ATG----------AC------A------TGC-A-AC-----GT---------------GT-------------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------GTAG------TAATGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAG--TGTGNAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTATG-TAGAG---ATAGAAACAATT---A---TTGA-GAATTATAT-A--AACATGTGAA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATGAAA--CCACCCT-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( family-699 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTG-TCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTAATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAT------------AC--A---GGGTTCAT-TAACATCAAAGGTCACG-TGTGTCAA------------CTTAATG-AGATNAT----ATG----------AC------A------TGC-A-AC-----G----------------GT-------------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------GNAG------TAATGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAG--TGTGGAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTATN-TAGAG---ATAGAAACAATT---A---TTGA-GAATTATAT-A--AACATGTGAA-TAAA-CTGA-G-TT--AANTGAAA--CCACCCTAGTT-TGAGTGTCTGTTATGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATATCATTG----TATT-TT---G-AA-T-TATTCATAATATTTAAA-----A-----A--ATATCA-----TGAGTTGCGTCAGTA-T-GTTTAAGATACA------ATAAGAAATT----G------TGTAC------------AC--A---TGGTTATT-TAACATCACAT-TAACA--GAGATAA------------CTTAATG-AGATTAA----ATT----------AC------AAGCAAATGC-A-ACCTCCAGATAATT----------GT-------------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGAGTAAGATATGG-CGTG------ATAGATTTAGTAA-CTATGAA-TTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G-----------GTAG------TGATGAGT--TTG-CCAAT-GTG--AAAA-TAAGGCTCGGGACCTT-ATTGATAGGATGTGGAG---CA-------GGGTTGGAAA--GTT--TTATAAA--AACATT-----GA------AT---A-TG-----T------------------TA-----TG------CC--------AAATG-------TTTG-----------------TTAGGT---AGAACGTTGG-TAGAG---ATAGAAACAAT----A---TTGA-GAATAATGT-A--AACCTTTGAA-TAAA-CTGG-G-TG--ATATGAAA--CCATCCAAGTT-TCAGTGTCTGTTATGC
gi|10 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatact-TAAAGATGACA--GT-TCGTGTTGGGGATAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G-----------GAAG------TAATGAA---TTGACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGGAG--TGTGTAAAA-CA-------GAATGAGATG--GTCAGAAGGAGACAGGCGTT-----GC------TT---A-TA-----G------------------TAA--CATGGTAAATTT--------A---GATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACTT---AAGATTTATA-TAGAG---TTAGAAACTATT---A---TTGA-GAAATATAT-------ATGTGAA-CAAA-ATGACT-TT--AAGTGAAA--CCACCCT-GTT-TGAGTGTATGTTATGcacaat
gi|11 : ggagatgttatgtcagacaagatataaccttacgcttatcaccgtg----------------GT-------------------CAT--T-TTGAGATGACA--GT-TGATGTCTTGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G-----------GTAG------TAATGAGT--T-GATCAAT-GAG--AAAA-TAGAGCTCAAAGTATT-TTTGATAG--TG--GAGAG-------------------------AGTTTTAGACAGCCTTT-----TG------TC---A-GG-----T------------------TAA--CATA------GT--------A---G-------TGTG-----------------TGAATT---AGGACTCA-----GAG---ATAGAAACAATT---A---TTGA-GAAATATAT-A--AATATGTTAA-TAAA-CTGT-GTTT--AAATGAAA--CCACCCTAGTT-TG
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatattAAATGACA--GG-CTGTTTTGTAGGTCAGATAAAGG-GTATTT--TGTGAAATTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG-----------GCAG------TAAGGAGT--A-GGCCAAT-GAG--ACAA-TAGGTCTCGAGGCATT-TT-GATAA--TGTGTCGAG-AA--------------AT---GTTAATT--AGACAG------------------TT---A-AG-----G------------------AAA--AGCA------TT---------------------------------------------------GAATGTATTGTAGAG---ATAGAGACAATTGCAA---TAGGTGAATTATAT-T--AACATATGAAATAAA-CTGA-G-TT--AATACAAA--TCACCCTAGTT-TTAGTATATGTTATG
gi|13 : T-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTG--G-AT-A-TTTTT---TT-TATAAA-----ATATTCA--AATACAGA---GGGACTGTTTTAAAA-TTGTGTATGATACA------GT-------T----C------TGTACTGTTTGACATTAAC--A---GGGA-CAT-TAACAGCAAAGGTCA-A-TGTGTCCA------------CTTGATG-AAATGATTGAAATG----------AT------A------TGtca
gi|13 : ctgAT--G-TAGAGATGACA--TG-TAGGTTTTGTGATAAGATATGGGCGGGTTTAATtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|14 : ctgttatattattgagttgttttggatattttttttataaaatattcaaatacagagggactgttttaaaattgtgtatgatacagttctgtactgtttgacattaacagggacattaacagcaaaggtcaatgtgtccacttgatgaaatgattgaaatgatatgtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgAA-GTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------GTTACGACTC--GGGT------TAGTAAGTAGTTGACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAggacta
gi|15 : aacggggaaaaaGATATGGGTGTGTTTA-TGTGGAGAGAATAA-ATAAAACATTGACTAATGAGAACATATG------A-----------GCCGACTTACTAA-GAAG--TTGACCTAT-G-T--AAAACTAGAGCTTAAGGCAAT-Tatattaattatgtatatatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|16 : tgtaagccgT-----TATATTATTC-AGTTGTT-TT------G-A-TTTTT---TTTTATAAACTGTCC-----A--AATTCAGA---GGGGCTGTTTTAAAATT-GTGTATGATACA------GT-------C----C------TGAAC------------TG--A---GGGGTCAT-TAACATCAAAGGTCA-A-TGTGTCAA------------CATAATA-AAATGAT----ATG----------TC------A------AGC-A-acagattacagttatagatgtatatcaaataaactgactaaataaaa
gi|17 : tgT-----TATATTATTG-AGTTATT-T----G-AA-AATTTTTG-ATGAAATAAC-----A-----A--AGTTCAGAA--CGGCTCGTTTCAATT-T-TTGTATTATACA------GT-------TCTGTA------TGTAT------------GC--A---GGGATCAT-CAACATAAAAGGTCAT--TGTTTCAA------------CTTGATA-AAATGAT----gatgg
gi|18 : ttgT-------T----G------T-TAC------------AC--AT--GGGTTT-T-TAACATTAAAGAGCAAC-TGTGACAA------------CTTAATG-AGATAAC----ATG----------AC------A------AGCAA-AT-----GTAGCCATAAGGTTATCGT-------------------CAT--T-TAGAGAT-------G-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGg
gi|19 : ttAA--G-TG------TT--------------------TTTG-----------------TGAAGC---GAAATTTGTG-TAGAG---ATAGAAACAAGT---ACAATTGCTGACCTATAA-A--AATATGTGAAATAAA-CTGA-G--T--AAAT-AAATTTTACCCTAGTTCTGA-TGTCTGTTATGaa
gi|2 : T-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAAATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACC-A---TCTTTAAT-TACCACCAATGGTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AAATTAT----ATG----------AC------AAGTAAATGT-A-GC-----GTTAGGGCTCAT-----GT-------------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATAAGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATGTAG------TAATGAG---TTGACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAA--TGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG----------------------T---AGAACTTTTG-TAGAG---ATAGAAACAATT---G---TT---GAATTATAT-A--CATATGTGAA-TAAA-ATGA-T-TT--AAATtcacaa
gi|20 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGTTG-T-TTT--G-AATA-TTTT-------TATAAACTTTCA-----A--AATTCAGA---AGGTCTGTTTTAAAATT-GTGTATGATACA------GTTCTG---T----A------TGTAT------------GC--A---GGGATCAA-TAACATAAAAAGTCAatgtt
gi|21 : tg-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTTTGG-GA-A-TTTTTATGATATTTAAA-----A-----A--AATGCAG-----GGGCCGATTCAATA-T-GTTTAAG-TAT--------T-------T----G------TGTAT------------AC--A---GGGTTTAA-TAACACCAAAGGTCAC
gi|23 : aAATAATAG-A--AACATGGGAA-TAAA-ATGA-C-TTT-AAATAAAA--CCACACT-GTG-AGAGCGTCTGTTATGC
gi|24 : -TT--AAATGTAC--CCACCCT-GTT-TGGGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|25 : caTAAAA--CCACCAT-GTT-TGAGTATCTGTTATACcaca
gi|26 : cata-TT--AAATAAAA--CCACCCTC-TT-TGAATGTCTGTTATGCcacaa
gi|27 : AATAAAA--TCACCCT-GTT-TGAGTGTATGTTATGCcaca
gi|28 : AAA--CCACCCT-GTT-TGAGTGTCTGTTATACcac
gi|29 : --CCACCCT-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcacat
gi|3 : ac-----TATAGTATTA-AGT-GTT-TTG--GGAA-A-TGGTTATAATATATA--------------------------------TGTTTTAA-A-T-GAGTAAGATGCA------TT-------T----G------TGTGT------------GC--G---AGG--CAT-TAACATTAAAGGTCACGGTATGTCAATGATATGTCAGGCAGAATGGAGATATT----ATGGTAAGACATTACCTT---A------TGC-A--C-----T----------------AT-------------------CATGATGTAGAGATGACATAGG-TTATGT----GAAAATATATGGGCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G-----------GTAA------TAA-AAG-----AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGTAA--TGTGGAAAA-CA-------A----TGATAAGGTCAGTTAGAGACAGACATG-----TT------TT---AGCG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTTTATATAA--TATA-TATAG---TTAGAAACAATT---A---TTGA-GAAATATAT-ATTAACATGTGAA-TAAA-ATTACT-TT--AAATTAAA--CCACCCT-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcaca
gi|4 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataaatggTCTTGATCACAAT-----TGTATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AAATCAG----TGGACCGCTTTAATA-T-GTTTAAGATGCA------GT-------T----G------TATAT------------AC--A---GGATTCAT-TAACATCAAAGGTGACGCTGTGTCAA------------CTTAATG-AGATGAT----ATG----------AC------A------TGC-A-AC-----G----------------GT-------------------GAT--T-TAGAGATACCA--AG-TCATGTTGGGGATAAGATATGGGTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G-----------GAAG------TTATGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGTTG--TGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGATA--GTTAGTTACAGACAGACCTT-----GG------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTT---AAAACTTACT-TAGTG---ATAGAAACAATT---A---TTCA-TAATTAAAT-A--AACATGTGAA-TAAA-CAGA-G-TT--AATTGAAA--ACACCCTGGTT-TAAGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|5 : tacaaagaatactaaaaaatatcacagttttatatgtgttagctggcagctgataT-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAAATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACC-A---TCTTTAAT-TACCACCAATGGTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AGATTAT----ATG----------AC------AAGTAAATGT-A-GC-----GTTAGGGCTCAT-----GT-------------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATATGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATGTAG------TAATGAG---TTGACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAA--TGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG-----------------T
gi|6 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGT-GTT-TTT-----A-A-TTGTTATATCAAATAAA-----G-----ATTAAG--AGGGGTTGGAC-GCTTTAA-A-T-GTTTTAAATGCA------AT-------T----G------TTTGT------------AC--A---GAGT-CAT-TTACACCAA---------TG-GTCAA------------C--AACG-AGATAAA----ATG----------AC------A------GGC-A--------G----------------GTGTAGCCTAAAGCTTATCACCAT--T-TAGAAATGACA--G---CG--------ATAAGATATGGGCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T-----------GTAG------TAATAAG---TTGACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTTG--TGTGGAAAG-TA-------GAACTGATTA--ATGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGA------GTCAGA-TGTGAGTT------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CGTG-----------------AGACTT---TGAACTTATA-CAGAGCAAATATAAACAATG---A---TAGA-GAAATATAT-A--AACATGTCAA-TAAA-GTTA-C-TTTAAAATGAAA--ATACCCT-GTT-TAAGTGTTTGTTag
gi|7 : gTTGTTGTTT--G-AA---TTTTTATAT-AT-TAA----------------------------GACTGTTT------------AAGATACA------GT-------T----GAAAT--TGTAT------------AC--ACATGGCTATAT-TAA-ATCAAAGGCCAAC-TATGACAA------------CTTAATG-ATATTAT----ATG----------ACCAGCAAA------TGT-A-GCCTTAAG----------------GTTATCAT-------------CAT--T-TAAAGATGACA--GG-TCGTGTTGGATGTAACATATGGGCGTGGTTAACATGAA--------------AAAT--ACCAATCAGAA------------G-----------GGAG------CTATAAGT--T-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGTAA--AGCGTACAG-TA-------GAGCTGGATA--GGTAGTTTAAGAAAAAA--T-----GG------C----A-TG-----T------------------TAA--GACG------TA--------T---G-------TTCG-----------------TGATAT---AAAACTTTTG-GAGAG---ATAGAAAAAAAA---T---TTAA-GAATTATGT-A--AATGTGTGAA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATGAAA--CCACCCATGTT-TGAGTACCGGTTGTG
gi|8 : tttgtttttcaTTAA------------CTTAATG-AGATTAT----GTA----------AC------T------T---A-AA-----GTTTAAT----------GT-------------------CAT--T-TAGAGTTGACA--AG-CTGTGTTCGGGGAAAGATGTGG-CGTGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAA-------AATGAGAA------------G-----------GTAG------TAACGAG---TTGACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGTAG--TGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAACAT-GGGAGTTTTAGACAAACCTT-----GACAAGGTTT---A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATG------TTAACATGGGA---G-------TTTG-----------------TGAATT---ACAACTCAGA-AAGAG---ATGGAAACAGTT---A---TTGA-TAATTACATAA--AACATGTGAA-TAAATTTGA-A-TA--AAATGAAA--CCAACCAAGTT-TTGGTGtaacac
gi|9 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaaT-----TATATTATTGTAGTT-----TT--G-AA---TTTTTATGT---ATTCA-----A-----A--AAATCA-----TGA---GTT---------GTTTAAGATACA------GT-------T----AAAAATTTGTGT------------ACGAA---TGGTT-ATATAACATCAAAGGTCA------GT-----------------TAATG-AGAT-AT----ATG----------AC------A------AGC-ACAT-----GTAGCCTTTAGTTCATCGT-------------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCATGGTCGGAGTTAGATATATGCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA--------------------------AA------TA--GAGC--TCGAT--------------------------GCCTT-TTTGGTAG--AATATAGAG-CA-------GAGCTCGATA--GGCGGTTTTAGAAAGACCTT-----TA------AC---A-TA-----T------------------TAA--GACA------TA--------T---G-------TTTG-----------------TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATTATTGAGTGGTTTTGGATATATTTTTTATAAAGTATTAAAATAAAAAGGTACTGTATAAAAATTGTGTATGATACAGCTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 111111 55555555555555555555555555 222222222222222222222222222 111111111111 222 111111111111 1111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666 11111111 222 111 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 88888 66 3 8888888888 444444 66666666666666666666666666 1 0 4 3 99999999 999999999999999999999999999 444444444444 5 22 7777 2 444 3 555555555555 3 4 4444444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 33 5 0 2 11 1 4 55 11111111111111111111111111111111 2 00000000 2 222 2 777 6 1 3 0 1 44 0000000000000000000 22 66 4 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 0 4444 666 222 7 0 5555 3 3 55 777 99 22 33 2 4 9 2
lowQualScore : . ..... .. . .......... ...... .......................... . . . . ........ ........................... ............ . .. .... . ... . ............ . . .......... .......................................................................... .... .. . . . .. . . .. ................................ . ........ . ... . ... . . . . . .. ................... .. .. . . ........................................................................................................ ...... . .... ... ... . . .... . . .. ... .. .. .. . . . .
lowQualScore : 5 33333 66 1 8888888888 999999 11111111111111111111111111 3 2 2 1 77777777 222222222222222222222222222 666666666666 7 99 8888 9 888 0 888888888888 1 0 6666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 99 7 6 5 44 4 8 44 22222222222222222222222222222222 9 44444444 5 999 9 000 7 2 1 8 0 99 2222222222222222222 22 44 6 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 4 5555 444 777 3 9 2222 3 3 11 999 66 88 22 4 7 4 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGTCAA--TGTGTCAA------------CTTAATG-AGATNATATG----------AC------A------TGCA-A-------C------G-----T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G-------TA-G--------TAATGAG---TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( family-699 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------AC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGTCANG-TGTGTCAA------------CTTAATG-AGATNATATG----------AC------A------TGCA-A-------C------G-----T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G-------TA-G--------TAATGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGNAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATATCATTG----TATT-TT---G-AA-T-TATTCATAATATTTAAA-----A-----A--ATATCA-----TGAGTTGCGTCA-GTA-T-GTTTAAGATACA------ATAAGAAATT----G------TGTAC------------AC-A-TGGTT-ATT-TAACATCACA--TTAAC-AGAGATAA------------CTTAATG-AGATTAAATT----------ACAAGCAAA------TGCA-A-------CCTCCA-GATAATT---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGAGTAAGATAT-GGCGTG------ATAGATTTAGTAA-CTATG-AATTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G-----------G-------TA-G--------TGATGAGT--TTG-CCAAT-GTG---AAAATAAGGCTCGGGACCTT-ATTGATAGGATGTGGAG-CA-------GGGTTGGAAA--GTT--TTATAA--AAACATT-----GA------AT---A-TG-----T------------------T-----ATG------CC--------AAATG-------TTTG-----------------TTAGGT---AGAACGTTG-GTAGAG---ATAGAAACAA-T---ATTGA-GAATAATGT-A--AACCTTTG-AA-TAAA-CTGG-G-TG--ATATG-AAA--CC-ATCCAA-GTT-TCAGTGTCTGTTATGC
gi|10 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatact-TAAAGATGACA--GT-TCGTGTTGGGGATAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G-----------G-------AA-G--------TAATGAA---TTGACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGGAGTGTGTAAAA-CA-------GAATGAGATG--GTCAGAAGGAGACAGGCGTT-----GC------TT---A-TA-----G------------------TAA--CATGGTAAATTT--------A---GATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACTT---AAGATTTAT-ATAGAG---TTAGAAACTATT---ATTGA-GAAATATAT-------ATGTG-AA-CAAA-ATGACT-TT--AAGTG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGcacaat
gi|11 : ggagatgttatgtcagacaagatataaccttacgcttatcaccgtg-----T---------------GT-----------------CAT--T-TTGAGATGACA--GT-TGATGTCTTGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G-----------G-------TA-G--------TAATGAG---TTGATCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCAAAGTATT-TTTGATA--GTGGAGAG-------------------------AGTTTTAGACAGCCTTT-----TG------TC---A-GG-----T------------------TAA--CATA------GT--------A---G-------TGTG-----------------TGAATT---AGGACT-----CAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-A--AATATGTT-AA-TAAA-CTGT-GTTT--AAATG-AAA--CC-ACCC-TAGTT-TG
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatatAAATGACA--GG-CTGTTTTGTAGGTCAGATAAAGG-GTATTT--TGTGAAATTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG-----------G-------CA-G--------TAAGGAGT--A-GGCCAAT-GAG--ACAA-TAGGTCTCGAGGCATT-TT-GATAATGTGTCGAG-AA--------------AT---GTTAATT--AGACAG------------------TT---A-AG-----G------------------AAA--AGCA------TT---------------------------------------------------GAATGTATTGTAGAG---ATAGAGACAATTGCAATAGGTGAATTATAT-T--AACATATG-AAATAAA-CTGA-G-TT---AATACAAA--TC-ACCC-TAGTT-TTAGTATATGTTATG
gi|13 : T-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTG--G-AT-A-TTTTT---TT-TATAAA-----ATATTCA--AATACAGA---GGGACTGTTTTA-AAA-TTGTGTATGATACA------GT-------T----C------TGTACTGTTTGACATTAAC-A-GGGA--CAT-TAACAGCAAAGGTCAA--TGTGTCCA------------CTTGATG-AAATGAT-TG----------AA------A------TG---A-------T------A-----T---------------GT-----------------CAtca
gi|13 : ctgAT--G-TAGAGATGACA--TG-TAGGTTTTGTGATAAGATATGGGCGGGTTTA--ATGGACTgaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|14 : ctgttatattattgagttgttttggatattttttttataaaatattcaaatacagagggactgttttaaaattgtgtatgatacagttctgtactgtttgacattaacagggacattaacagcaaaggtcaatgtgtccacttgatgaaatgattgaaatgatatgtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgAA-GTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------G-----------T-------TACGACTCGGGTTAGTAAGTAGTTGACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAa
gi|15 : aacggggaaaaaGATATGGGTGTGTTTA-TGTGGAGAGAATAA-ATAAAACATTGACTAATGAGAACATAT-------G-----------AGCCGACTTA-C--------TAA-GAAG--TTGACCTAT-G-T--AAAACTAGAGCTTAAGGCAAT-Tatattaattatgtatatatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|16 : tgtaagccgT-----TATATTATTC-AGTTGTT-TT------G-A-TTTTT---TTTTATAAACTGTCC-----A--AATTCAGA---GGGGCTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GT-------C----C------TGAAC------------TG-A-GGGGT-CAT-TAACATCAAAGGTCAA--TGTGTCAA------------CATAATA-AAATGATATG----------TC------A------AGCA-acagattacagttatagatgtatatcaaataaactgactaaataaaa
gi|17 : tgT-----TATATTATTG-AGTTATT-T----G-AA-AATTTTTG-ATGAAATAAC-----A-----A--AGTTCAGAA--CGGCTCGTTTCA-ATT-T-TTGTATTATACA------GT-------TCTGTA------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAT-CAACATAAAAGGTCAT--TGTTTCAA------------CTTGATA-AAATGATgatgg
gi|18 : ttgT-------T----G------T-TAC------------AC-ATGGGTT-T-T-TAACATTAAAGAGCAAC-TGTGACAA------------CTTAATG-AGATAACATG----------AC------A------AGCA-AATGTAGCC------A-----TAAGGTTATC------GT-----------------CAT--T-TAGAGATG--------TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGg
gi|19 : ttAA--G-TG------TT--------------------TTTG-----------------TGAAGC---GAAATTTGT-GTAGAG---ATAGAAACAAGTACAATTGCTGACCTATAA-A--AATATGTGAAA-TAAA-CTGA-G--T--AAAT--AAATTTT-ACCC-TAGTTCTGA-TGTCTGTTATGaa
gi|2 : T-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AAATTATATG----------AC------AAGTAAATGTA-G-------C------G-----TTAGGGCTCAT-----GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATAAGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG-------TA-G--------TAATGAG---TTGACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG----------------------T---AGAACTTTT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---GTT---GAATTATAT-A--CATATGTG-AA-TAAA-ATGA-T-TT--AAATtcacaa
gi|20 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGTTG-T-TTT--G-AATA-TTTT-------TATAAACTTTCA-----A--AATTCAGA---AGGTCTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GTTCTG---T----A------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAA-TAACATAAAAAGTCAatgtt
gi|21 : tg-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTTTGG-GA-A-TTTTTATGATATTTAAA-----A-----A--AATGCAG-----GGGCCGATTCA-ATA-T-GTTTAAG-TAT--------T-------T----G------TGTAT------------AC-A-GGGTT-TAA-TAACACCAAAGGTCA
gi|23 : aAATAATAG-A--AACATGGG-AA-TAAA-ATGA-C-TTT-AAATA-AAA--CC-ACAC-T-GTG-AGAGCGTCTGTTATGCc
gi|24 : -TT--AAATG-TAC--CC-ACCC-T-GTT-TGGGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|25 : caATA-AAA--CC-ACCA-T-GTT-TGAGTATCTGTTATACcaca
gi|26 : cat-TT--AAATA-AAA--CC-ACCC-T-CTT-TGAATGTCTGTTATGCcacaa
gi|27 : AATA-AAA--TC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGCcaca
gi|28 : -AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATACcac
gi|29 : --CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcacat
gi|3 : ac-----TATAGTATTA-AGT-GTT-TTG--GGAA-A-TGGTTATAATATATA--------------------------------TGTTTTA-A-A-T-GAGTAAGATGCA------TT-------T----G------TGTGT------------GC-G-AGG---CAT-TAACATTAAAGGTCACGGTATGTCAATGATATGTCAGGCAGAATGGAGATATTATGGTAAGACATTACCTT---A------TGCA---------C------------T---------------AT-----------------CATGATGTAGAGATGACATAGG-TTATGT----GAAAATATATGGGCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G-----------G-------TA-A--------TAA-AAG-----AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGTAATGTGGAAAA-CA-------A----TGATAAGGTCAGTTAGAGACAGACATG-----TT------TT---AGCG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTTTATATAA--TAT-ATATAG---TTAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-ATTAACATGTG-AA-TAAA-ATTA-C-TTT-AAATT-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcaca
gi|4 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataaatggTCTTGATCACAAT-----TGTATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AAATCAG----TGGACCGCTTTA-ATA-T-GTTTAAGATGCA------GT-------T----G------TATAT------------AC-A-GGATT-CAT-TAACATCAAAGGTGACGCTGTGTCAA------------CTTAATG-AGATGATATG----------AC------A------TGCA-A-------C------G---------------------GT-----------------GAT--T-TAGAGATACCA--AG-TCATGTTGGGGATAAGATATGGGTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G-----------G-------AA-G--------TTATGAGT--TTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGATA--GTTAGTTACAGACAGACCTT-----GG------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTT---AAAACTTAC-TTAGTG---ATAGAAACAATT---ATTCA-TAATTAAAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CAGA-G-TT--AATTG-AAA--AC-ACCC-TGGTT-TAAGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|5 : tacaaagaatactaaaaaatatcacagttttatatgtgttagctggcagctgataT-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGTCAAG-TGTGCCAA------------CTTAATG-AGATTATATG----------AC------AAGTAAATGTA-G-------C------G-----TTAGGGCTCAT-----GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATATGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG-------TA-G--------TAATGAG---TTGACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG-----------------T
gi|6 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGT-GTT-TTT-----A-A-TTGTTATATCAAATAAA-----G-----ATTAAG--AGGGGTTGGAC-GCTTTA-A-A-T-GTTTTAAATGCA------AT-------T----G------TTTGT------------AC-A-GAGT--CAT-TTACACCAATGGTCAA-------CAA------------C-----G-AGATAAAATG----------AC------A------GGCA-G--------------G-----T---------------GTAGCCTAAAGCTTATCACCAT--T-TAGAAATGACA--G---CG--------ATAAGATATGGGCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T-----------G-------TA-G--------TAATAAG---TTGACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-TA-------GAACTGATTA--ATGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGA------GTCAGA-TGTGAGTT------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CGTG-----------------AGACTT---TGAACTTAT-ACAGAGCAAATATAAACAATG---ATAGA-GAAATATAT-A--AACATGTC-AA-TAAA-GTTA-C-TTTAAAATG-AAA--AT-ACCC-T-GTT-TAAGTGTTTGTTag
gi|7 : gTTGTTGTTT--G-AA---TTTTTATAT-AT-TAA----------------------------GACTGTTT-------------AAGATACA------GT-------T----GAAATTGTATAC------------AC-A-TGGCTATAT-TAA-ATCAAAGGCCAAC-TATGACAA------------CTTAATG-ATATTATATG----------ACCAGCAAA------TGTA-G-------CCTTAAGG-----TTATC-----------AT-----------------CAT--T-TAAAGATGACA--GG-TCGTGTTGGATGTAACATATGGGCGTGGTTAACATGAA--------------AAAT--ACCAATCAGAA------------G-----------G-------GA-G--------CTATAAGT--T-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGTAAAGCGTACAG-TA-------GAGCTGGATA--GGTAGTTTAAGAAAAAA--T-----GG------C----A-TG-----T------------------TAA--GACG------TA--------T---G-------TTCG-----------------TGATAT---AAAACTTTT-GGAGAG---ATAGAAAAAAAA---TTTAA-GAATTATGT-A--AATGTGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCCAT-GTT-TGAGTACCGGTTGTG
gi|8 : tttgtttttcaTTAA------------CTTAATG-AGATTATGTA----------AC------T------T--A-A-------A------G-----TTTAAT----------GT-----------------CAT--T-TAGAGTTGACA--AG-CTGTGTTCGGGGAAAGATGT-GGCGTGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAA-------AATGAGAA------------G-----------G-------TA-G--------TAACGAG---TTGACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGTAGTGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAACAT-GGGAGTTTTAGACAAACCTT-----GACAAGGTTT---A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATG------TTAACATGGGA---G-------TTTG-----------------TGAATT---ACAACTCAG-AAAGAG---ATGGAAACAGTT---ATTGA-TAATTACATAA--AACATGTG-AA-TAAATTTGA-A-TA--AAATG-AAA--CCAACCA-A-GTT-TTGGTGtaacac
gi|9 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaaT-----TATATTATTGTAGTT-----TT--G-AA---TTTTTATGT---ATTCA-----A-----A--AAATCA-----TGAGTTGTTTAAGATA-C-AGTTAAAA---A------TT-------T----G------TGTAC------------GA-A-TGGTT--ATATAACATCAAAGGTCAG-----------------------TTAATG-AGAT-ATATG----------AC------A------AGCACA-------T------G-----TAGCCTTTAGTTCATCGT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCATGGTCGGAGTTAGATATATGCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TTA---------------AGAA------------A-----------------------------------------TTGACCAAT-GAG--AAAA-TAGAGCTCGATGCCTT-TTTGGTAGAATATAGAG-CA-------GAGCTCGATA--GGCGGTTTTAGAAAGACCTT-----TA------AC---A-TA-----T------------------TAA--GACA------TA--------T---G-------TTTG-----------------TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATTATTGAGTGGTTTTGGATATATTTTTTATAAAGTATTAAAATAAAAAGGTACTGTATAAAAATTGTGTATGATACAGCTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 111111 55555555555555555555555555 222222222222222222222222222 1111111111111 222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777 222 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 88888 66 3 8888888888 444444 66666666666666666666666666 1 0 4 3 99999999 999999999999999999999999999 6666666666666 5 22 7777 2 33 555555555555555 3 3 3 0 3 4 4444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 33 5 0 2 11 1 4 55 333333333333333333333333333333333 2 2 2 1 222 1 3 2 2 44 0000000000000000000 22 66 4 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 0 4444 666 222 7 0 5555 6 55 777 99 22 33 2 4 9 2
lowQualScore : . ..... .. . .......... ...... .......................... . . . . ........ ........................... ............. . .. .... . .. ............... . . . . . . .......... ................................................................... .... .. . . . .. . . .. ................................. . . . . ... . . . . .. ................... .. .. . . ........................................................................................................ ...... . .... ... ... . . .... . .. ... .. .. .. . . . .
lowQualScore : 5 33333 66 1 8888888888 999999 11111111111111111111111111 3 2 2 1 77777777 222222222222222222222222222 7777777777777 7 99 8888 9 99 555555555555555 3 0 1 6 1 0 6666666666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 99 7 6 5 44 4 8 44 444444444444444444444444444444444 4 9 9 7 222 4 0 9 2 99 2222222222222222222 22 44 6 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 4 5555 444 777 3 9 2222 7 11 999 66 88 22 4 7 4 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( family-699 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATATCATTG----TATT-TT---G-AA-T-TATTCATAATATTTAAA-----A-----A--ATATCA-----TGAGTTGCGTCA-GTA-T-GTTTAAGATACA------ATAAGAAATT----G------TGTAC------------AC-A-TGGTT-ATT-TAACATCACA--T--TA-------------A-CAGAGATAA-CTTAATG-AGATTAAATT----------ACAAGCAAATGC-A-ACCTCCA-GATAAT-----T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGAGTAAGATAT-GGCGTG------ATAGATTTAGTAA-CTATG-AATTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G-----------G--------TAGTGATGAGTT-TGCCAAT-GTG---AAAATAAGGCTCGGGACCTT-ATTGATAGGATGTGGAG-CA-------GGGTTGGAAA--GTT--TTATAA--AAACATT-----GA------AT---A-TG-----T------------------T-----ATG------CC--------AAATG-------TTTG-----------------TTAGGT---AGAACGTTG-GTAGAG---ATAGAAACAA-T---ATTGA-GAATAATGT-A--AACCTTTG-AATAAA-CTGG-G-TG--ATATG-AAA--CC-ATCCAA-GTT-TCAGTGTCTGTTATGC
gi|10 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatact-TAAAGATGACA--GT-TCGTGTTGGGGATAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G-----------G--------AAGTAATGAATT-GACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGGAGTGTGTAAAA-CA-------GAATGAGATG--GTCAGAAGGAGACAGGCGTT-----GC------TT---A-TA-----G------------------TAA--CATGGTAAATTT--------A---GATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACTT---AAGATTTAT-ATAGAG---TTAGAAACTATT---ATTGA-GAAATATAT-------ATGTG-AACAAA-ATGACT-TT--AAGTG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGcacaat
gi|11 : ggagatgttatgtcagacaagatataaccttacgcttatcaccgtg----------T---------------GT-----------------CAT--T-TTGAGATGACA--GT-TGATGTCTTGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GATCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCAAAGTATT-TTTGATAGTG-G-AGAG-------------------------AGTTTTAGACAGCCTTT-----TG------TC---A-GG-----T------------------TAA--CATA------GT--------A---G-------TGTG-----------------TGAATT---AGGACT-----CAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-A--AATATGTT-AATAAA-CTGT-GTTT--AAATG-AAA--CC-ACCC-TAGTT-TG
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatatAAATGACA--GG-CTGTTTTGTAGGTCAGATAAAGG-GTATTT--TGTGAAATTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG-----------G--------CAGTAAGGAGTA-GGCCAAT-GAG---ACAATAGGTCTCGAGGCA-T-TTTGATAATGTGTCGAG-AA--------------AT---GTTAATT--AGACAG------------------TT---A-AG-----G------------------AAA--AGCA------TT---------------------------------------------------GAATGTATTGTAGAG---ATAGAGACAATTGCAATAGGTGAATTATAT-T--AACATATGAAATAAA-CTGA-G-TT---AATACAAA--TC-ACCC-TAGTT-TTAGTATATGTTATG
gi|13 : T-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTG--G-AT-A-TTTTT---TT-TATAAA-----ATATTCA--AATACAGA---GGGACTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GT-------T----C------TGTACTGTTTGACATTAAC-A-GGG-A-CAT-TAACAGCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCCA-CTTGATG-AAATGAT-TG----------AA------ATG----AT------A----------T---------------GT-----------------CAtca
gi|13 : ctgAT--G-TAGAGATGACA--TG-TAGGTTTTGTGATAAGATATGGGCGGGTTTA--ATGGACTgaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|14 : ctgttatattattgagttgttttggatattttttttataaaatattcaaatacagagggactgttttaaaattgtgtatgatacagttctgtactgtttgacattaacagggacattaacagcaaaggtcaatgtgtccacttgatgaaatgattgaaatgatatgtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgAA-GTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------GTTAC-------GACTCGGGTTAGTAAGTAGTT-GACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAAT-ATTAATTATGTATAa
gi|15 : aacggggaaaaaGATATGGGTGTGTTTA-TGTGGAGAGAATAA-ATAAAACATTGACTAATGAGAACATAT-------G-----------AGCCGACT-TACTAAGAAGTT-GACCTAT-G-T--AAAACTAGAGCTTAAGGCAAT-Ttatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|16 : tgtaagccgT-----TATATTATTC-AGTTGTT-TT------G-A-TTTTT---TTTTATAAA-----CTGTCCA--AATTCAGA---GGGGCTGTTTTA-AAA-TTGTGTATGATACA------GT-------C----C------TGAAC------------TG-A-GGGGT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CATAATA-AAATGATATG----------TC------AAGC-A-acagattacagttatagatgtatatcaaataaactgactaaataaaa
gi|17 : tgT-----TATATTATTG-AGTTATT-T----G-AA-AATTTTTG-ATGAAATAAC-----A-----A--AGTTCAGAA--CGGCTCGTTTCA-ATT-T-TTGTATTATACA------GT-------TCTGTA------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAT-CAACATAAAAGGT--CA-------------T-T-GTTTCAA-CTTGATA-AAATGATgatgg
gi|18 : ttgT-------T----G------T-TAC------------AC-ATGGGTT-T-T-TAACATTAAAGAG--CA-------------ACT-GTGACAA-CTTAATG-AGATAACATG----------AC------AAGCAA-AT------G----------TAGCCATAAGGTTATCGT-----------------CAT--T-TAGAGAT-------G-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGg
gi|19 : ttAA--G-TG------TT--------------------TTTG-----------------TGAAGC---GAAATTTGT-GTAGAG---ATAGAAACAAGTACAATTGCTGACCTATAA-A--AATATGTGAAATAAA-CTGA-G--T--AAAT--AAATTTT-ACCC-TAGTTCTGA-TGTCTGTTATGaa
gi|2 : T-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AAATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATAAGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG----------------------T---AGAACTTTT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---GTT---GAATTATAT-A--CATATGTG-AATAAA-ATGA-T-TT--AAATtcacaa
gi|20 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGTTG-T-TTT--G-AATA-TTTT-------TATAAACTTTCA-----A--AATTCAGA---AGGTCTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GTTCTG---T----A------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAA-TAACATAAAAAGT--CA-------------atgtt
gi|21 : tg-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTTTGG-GA-A-TTTTTATGATATTTAAA-----A-----A--AATGCAG-----GGGCCGATTCA-ATA-T-GTTTAAG-TAT--------T-------T----G------TGTAT------------AC-A-GGGTT-TAA-TAACACCAAAGGT--CA-------------
gi|23 : aAATAATAG-A--AACATGGG-AATAAA-ATGA-C-TTT-AAATA-AAA--CC-ACAC-T-GTG-AGAGCGTCTGTTATGCc
gi|24 : -TT--AAATG-TAC--CC-ACCC-T-GTT-TGGGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|25 : caATA-AAA--CC-ACCA-T-GTT-TGAGTATCTGTTATACcaca
gi|26 : cat-TT--AAATA-AAA--CC-ACCC-T-CTT-TGAATGTCTGTTATGCcacaa
gi|27 : AATA-AAA--TC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGCcaca
gi|28 : -AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATACcac
gi|29 : --CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcacat
gi|3 : ac-----TATAGTATTA-AGT-GTT-TTG--GGAA-A-TGGTTATAATATATA--------------------------------TGTTTTA-A-A-T-GAGTAAGATGCA------TT-------T----G------TGTGT------------GC-G-AGG---CAT-TAACATTAAAGGT--CACGGTATGTCAATGA-T-ATGTCAGGCAGAATGGAGATATTATGGTAAGACATTACCTT---ATGC-A--C-----------------T---------------AT-----------------CATGATGTAGAGATGACATAGG-TTATGT----GAAAATATATGGGCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G-----------G--------TAATAA-AAG---AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGTAATGTGGAAAA-CA-------A----TGATAAGGTCAGTTAGAGACAGACATG-----TT------TT---AGCG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTTTATATAA--TAT-ATATAG---TTAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-ATTAACATGTG-AATAAA-ATTA-C-TTT-AAATT-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcaca
gi|4 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataaatggTCTTGATCACAAT-----TGTATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AAATCAG----TGGACCGCTTTA-ATA-T-GTTTAAGATGCA------GT-------T----G------TATAT------------AC-A-GGATT-CAT-TAACATCAAAGGTGACG-------------C-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATGATATG----------AC------ATGC-A-AC------G--------------------------GT-----------------GAT--T-TAGAGATACCA--AG-TCATGTTGGGGATAAGATATGGGTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G-----------G--------AAGTTATGAGTTTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGATA--GTTAGTTACAGACAGACCTT-----GG------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTT---AAAACTTAC-TTAGTG---ATAGAAACAATT---ATTCA-TAATTAAAT-A--AACATGTG-AATAAA-CAGA-G-TT--AATTG-AAA--AC-ACCC-TGGTT-TAAGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|5 : tacaaagaatactaaaaaatatcacagttttatatgtgttagctggcagctgataT-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AGATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATATGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG-----------------T
gi|6 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGT-GTT-TTT-----A-A-TTGTTATATCAAATAAA-----G-----ATTAAG--AGGGGTTGGAC-GCTTTA-A-A-T-GTTTTAAATGCA------AT-------T----G------TTTGT------------AC-A-GAGT--CAT-TTACACCAATGGT--CA-------------A-------CAA-C-----G-AGATAAAATG----------AC------AGGC-A-G-------G----------T---------------GTAGCCTAAAGCTTATCACCAT--T-TAGAAATGACA--G---CG--------ATAAGATATGGGCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T-----------G--------TAGTAATAAGTT-GACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-TA-------GAACTGATTA--ATGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGA------GTCAGA-TGTGAGTT------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CGTG-----------------AGACTT---TGAACTTAT-ACAGAGCAAATATAAACAATG---ATAGA-GAAATATAT-A--AACATGTC-AATAAA-GTTA-C-TTTAAAATG-AAA--AT-ACCC-T-GTT-TAAGTGTTTGTTag
gi|7 : gTTGTTGTTT--G-AA---TTTTTATAT-AT-TAA----------------------------GACTGTTT-------------AAGATACA------GT-------T----GAAATTGTATAC------------AC-A-TGGCTATAT-TAA-ATCAAAGGC--CA-------------ACT-ATGACAA-CTTAATG-ATATTATATG----------ACCAGCAAATGT-A-GCCTTAAGG----------TTATC-----------AT-----------------CAT--T-TAAAGATGACA--GG-TCGTGTTGGATGTAACATATGGGCGTGGTTAACATGAA--------------AAAT--ACCAATCAGAA------------G-----------G--------GAGCTATAAGTT-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGTAAAGCGTACAG-TA-------GAGCTGGATA--GGTAGTTTAAGAAAAAA--T-----GG------C----A-TG-----T------------------TAA--GACG------TA--------T---G-------TTCG-----------------TGATAT---AAAACTTTT-GGAGAG---ATAGAAAAAAAA---TTTAA-GAATTATGT-A--AATGTGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCCAT-GTT-TGAGTACCGGTTGTG
gi|8 : tttgtttttcaTTAA-CTTAATG-AGATTATGTA----------AC------TT---A-AA------G----------TTTAAT----------GT-----------------CAT--T-TAGAGTTGACA--AG-CTGTGTTCGGGGAAAGATGTGG-CGTGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAAA-------ATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAACGAGTT-GACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGTAGTGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAACAT-GGGAGTTTTAGACAAACCTT-----GACAAGGTTT---A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATG------TTAACATGGGA---G-------TTTG-----------------TGAATT---ACAACTCAG-AAAGAG---ATGGAAACAGTT---ATTGA-TAATTACATAA--AACATGTG-AATAAATTTGA-A-TA--AAATG-AAA--CCAACCA-A-GTT-TTGGTGtaacac
gi|9 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaaT-----TATATTATTGTAGTT-----TT--G-AA---TTTTTATGT---ATTCA-----A-----A--AAATCA-----TGAGTTGTTTAAGATA-C-AGTTAAAA---A------TT-------T----G------TGTAC------------GA-A-TGGTT--ATATAACATCAAAGGT--CA-------------G-T-----------TAATG-AGAT-ATATG----------AC------AAGC-ACAT------G----------TAGCCTTTAGTTCATCGT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCATGGTCGGAGTTAGATATATGCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------A-----------A--------TA-----GAGCT----CGAT-G---------------------CCTT-TTTGGTAGAATATAGAG-CA-------GAGCTCGATA--GGCGGTTTTAGAAAGACCTT-----TA------AC---A-TA-----T------------------TAA--GACA------TA--------T---G-------TTTG-----------------TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATTATTGAGTGGTTTTGGATATATTTTTTATAAAGTATTAAAATAAAAAGGTACTGTATAAAAATTGTGTATGATACAGCTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 111111 55555555555555555555555555 222222222222222222222222222 1111111111111 222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777 222 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 88888 66 3 8888888888 444444 66666666666666666666666666 1 0 4 3 99999999 999999999999999999999999999 6666666666666 5 22 7777 2 33 555555555555555 3 3 3 0 3 4 4444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 33 5 0 2 11 1 4 55 333333333333333333333333333333333 2 2 2 1 222 1 3 2 2 44 0000000000000000000 22 66 4 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 0 4444 666 222 7 0 5555 6 55 777 99 22 33 2 4 9 2
lowQualScore : . ..... .. . .......... ...... .......................... . . . . ........ ........................... ............. . .. .... . .. ............... . . . . . . .......... ................................................................... .... .. . . . .. . . .. ................................. . . . . ... . . . . .. ................... .. .. . . ........................................................................................................ ...... . .... ... ... . . .... . .. ... .. .. .. . . . .
lowQualScore : 5 33333 66 1 8888888888 999999 11111111111111111111111111 3 2 2 1 77777777 222222222222222222222222222 7777777777777 7 99 8888 9 99 555555555555555 3 0 1 6 1 0 6666666666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 99 7 6 5 44 4 8 44 444444444444444444444444444444444 4 9 9 7 222 4 0 9 2 99 2222222222222222222 22 44 6 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 4 5555 444 777 3 9 2222 7 11 999 66 88 22 4 7 4 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( family-699 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATATCATTG----TATT-TT---G-AA-T-TATTCATAATATTTAAA-----A-----A--ATATCA-----TGAGTTGCGTCA-GTA-T-GTTTAAGATACA------ATAAGAAATT----G------TGTAC------------AC-A-TGGTT-ATT-TAACATCACA--T--TA-------------A-CAGAGATAA-CTTAATG-AGATTAAATT----------ACAAGCAAATGC-A-ACCTCCA-GATAAT-----T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGAGTAAGATAT-GGCGTG------ATAGATTTAGTAA-CTATG-AATTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G-----------G--------TAGTGATGAGTT-TGCCAAT-GTG---AAAATAAGGCTCGGGACCTT-ATTGATAGGATGTGGAG-CA-------GGGTTGGAAA--GTT--TTATAA--AAACATT-----GA------AT---A-TG-----T------------------T-----ATG------CC--------AAATG-------TTTG-----------------TTAGGT---AGAACGTTG-GTAGAG---ATAGAAACAA-T---ATTGA-GAATAATGT-A--AACCTTTG-AATAAA-CTGG-G-TG--ATATG-AAA--CC-ATCCAA-GTT-TCAGTGTCTGTTATGC
gi|10 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatact-TAAAGATGACA--GT-TCGTGTTGGGGATAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G-----------G--------AAGTAATGAATT-GACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGGAGTGTGTAAAA-CA-------GAATGAGATG--GTCAGAAGGAGACAGGCGTT-----GC------TT---A-TA-----G------------------TAA--CATGGTAAATTT--------A---GATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACTT---AAGATTTAT-ATAGAG---TTAGAAACTATT---ATTGA-GAAATATAT-------ATGTG-AACAAA-ATGACT-TT--AAGTG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGcacaat
gi|11 : ggagatgttatgtcagacaagatataaccttacgcttatcaccgtg----------T---------------GT-----------------CAT--T-TTGAGATGACA--GT-TGATGTCTTGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GATCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCAAAGTATT-TTTGATAGTG-G-AGAG-------------------------AGTTTTAGACAGCCTTT-----TG------TC---A-GG-----T------------------TAA--CATA------GT--------A---G-------TGTG-----------------TGAATT---AGGACT-----CAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-A--AATATGTT-AATAAA-CTGT-GTTT--AAATG-AAA--CC-ACCC-TAGTT-TG
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatatAAATGACA--GG-CTGTTTTGTAGGTCAGATAAAGG-GTATTT--TGTGAAATTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG-----------G--------CAGTAAGGAGTA-GGCCAAT-GAG---ACAATAGGTCTCGAGGCA-T-TTTGATAATGTGTCGAG-AA--------------AT---GTTAATT--AGACAG------------------TT---A-AG-----G------------------AAA--AGCA------TT---------------------------------------------------GAATGTATTGTAGAG---ATAGAGACAATTGCAATAGGTGAATTATAT-T--AACATATGAAATAAA-CTGA-G-TT---AATACAAA--TC-ACCC-TAGTT-TTAGTATATGTTATG
gi|13 : T-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTG--G-AT-A-TTTTT---TT-TATAAA-----ATATTCA--AATACAGA---GGGACTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GT-------T----C------TGTACTGTTTGACATTAAC-A-GGG-A-CAT-TAACAGCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCCA-CTTGATG-AAATGAT-TG----------AA------ATG----AT------A----------T---------------GT-----------------CAtca
gi|13 : ctgAT--G-TAGAGATGACA--TG-TAGGTTTTGTGATAAGATATGGGCGGGTTTA--ATGGACTgaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|14 : ctgttatattattgagttgttttggatattttttttataaaatattcaaatacagagggactgttttaaaattgtgtatgatacagttctgtactgtttgacattaacagggacattaacagcaaaggtcaatgtgtccacttgatgaaatgattgaaatgatatgtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgAA-GTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------GTTAC-------GACTCGGGTTAGTAAGTAGTT-GACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAAT-ATTAATTATGTATAa
gi|15 : aacggggaaaaaGATATGGGTGTGTTTA-TGTGGAGAGAATAA-ATAAAACATTGACTAATGAGAACATAT-------G-----------AGCCGACT-TACTAAGAAGTT-GACCTAT-G-T--AAAACTAGAGCTTAAGGCAAT-Ttatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|16 : tgtaagccgT-----TATATTATTC-AGTTGTT-TT------G-A-TTTTT---TTTTATAAA-----CTGTCCA--AATTCAGA---GGGGCTGTTTTA-AAA-TTGTGTATGATACA------GT-------C----C------TGAAC------------TG-A-GGGGT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CATAATA-AAATGATATG----------TC------AAGC-A-acagattacagttatagatgtatatcaaataaactgactaaataaaa
gi|17 : tgT-----TATATTATTG-AGTTATT-T----G-AA-AATTTTTG-ATGAAATAAC-----A-----A--AGTTCAGAA--CGGCTCGTTTCA-ATT-T-TTGTATTATACA------GT-------TCTGTA------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAT-CAACATAAAAGGT--CA-------------T-T-GTTTCAA-CTTGATA-AAATGATgatgg
gi|18 : ttgT-------T----G------T-TAC------------AC-ATGGGTT-T-T-TAACATTAAAGAG--CA-------------ACT-GTGACAA-CTTAATG-AGATAACATG----------AC------AAGCAA-AT------G----------TAGCCATAAGGTTATCGT-----------------CAT--T-TAGAGAT-------G-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGg
gi|19 : ttAA--G-TG------TT--------------------TTTG-----------------TGAAGC---GAAATTTGT-GTAGAG---ATAGAAACAAGTACAATTGCTGACCTATAA-A--AATATGTGAAATAAA-CTGA-G--T--AAAT--AAATTTT-ACCC-TAGTTCTGA-TGTCTGTTATGaa
gi|2 : T-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AAATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATAAGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG----------------------T---AGAACTTTT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---GTT---GAATTATAT-A--CATATGTG-AATAAA-ATGA-T-TT--AAATtcacaa
gi|20 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGTTG-T-TTT--G-AATA-TTTT-------TATAAACTTTCA-----A--AATTCAGA---AGGTCTGTTTTA-AAATT-GTGTATGATACA------GTTCTG---T----A------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAA-TAACATAAAAAGT--CA-------------atgtt
gi|21 : tg-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTTTGG-GA-A-TTTTTATGATATTTAAA-----A-----A--AATGCAG-----GGGCCGATTCA-ATA-T-GTTTAAG-TAT--------T-------T----G------TGTAT------------AC-A-GGGTT-TAA-TAACACCAAAGGT--CA-------------
gi|23 : aAATAATAG-A--AACATGGG-AATAAA-ATGA-C-TTT-AAATA-AAA--CC-ACAC-T-GTG-AGAGCGTCTGTTATGCc
gi|24 : -TT--AAATG-TAC--CC-ACCC-T-GTT-TGGGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|25 : caATA-AAA--CC-ACCA-T-GTT-TGAGTATCTGTTATACcaca
gi|26 : cat-TT--AAATA-AAA--CC-ACCC-T-CTT-TGAATGTCTGTTATGCcacaa
gi|27 : AATA-AAA--TC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGCcaca
gi|28 : -AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATACcac
gi|29 : --CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcacat
gi|3 : ac-----TATAGTATTA-AGT-GTT-TTG--GGAA-A-TGGTTATAATATATA--------------------------------TGTTTTA-A-A-T-GAGTAAGATGCA------TT-------T----G------TGTGT------------GC-G-AGG---CAT-TAACATTAAAGGT--CACGGTATGTCAATGA-T-ATGTCAGGCAGAATGGAGATATTATGGTAAGACATTACCTT---ATGC-A--C-----------------T---------------AT-----------------CATGATGTAGAGATGACATAGG-TTATGT----GAAAATATATGGGCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G-----------G--------TAATAA-AAG---AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGTAATGTGGAAAA-CA-------A----TGATAAGGTCAGTTAGAGACAGACATG-----TT------TT---AGCG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTTTATATAA--TAT-ATATAG---TTAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-ATTAACATGTG-AATAAA-ATTA-C-TTT-AAATT-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcaca
gi|4 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataaatggTCTTGATCACAAT-----TGTATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AAATCAG----TGGACCGCTTTA-ATA-T-GTTTAAGATGCA------GT-------T----G------TATAT------------AC-A-GGATT-CAT-TAACATCAAAGGTGACG-------------C-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATGATATG----------AC------ATGC-A-AC------G--------------------------GT-----------------GAT--T-TAGAGATACCA--AG-TCATGTTGGGGATAAGATATGGGTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G-----------G--------AAGTTATGAGTTTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGATA--GTTAGTTACAGACAGACCTT-----GG------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTT---AAAACTTAC-TTAGTG---ATAGAAACAATT---ATTCA-TAATTAAAT-A--AACATGTG-AATAAA-CAGA-G-TT--AATTG-AAA--AC-ACCC-TGGTT-TAAGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|5 : tacaaagaatactaaaaaatatcacagttttatatgtgttagctggcagctgataT-----TATATTATTG----TGTT-TAG--G-A-----TTTTATAAT-TATAAA-----A-----A-----TCA-----TGAATTGGTTAA-ATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T----A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AGATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATATGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG-----------------T
gi|6 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTG-AGT-GTT-TTT-----A-A-TTGTTATATCAAATAAA-----G-----ATTAAG--AGGGGTTGGAC-GCTTTA-A-A-T-GTTTTAAATGCA------AT-------T----G------TTTGT------------AC-A-GAGT--CAT-TTACACCAATGGT--CA-------------A-------CAA-C-----G-AGATAAAATG----------AC------AGGC-A-G-------G----------T---------------GTAGCCTAAAGCTTATCACCAT--T-TAGAAATGACA--G---CG--------ATAAGATATGGGCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T-----------G--------TAGTAATAAGTT-GACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-TA-------GAACTGATTA--ATGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGA------GTCAGA-TGTGAGTT------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CGTG-----------------AGACTT---TGAACTTAT-ACAGAGCAAATATAAACAATG---ATAGA-GAAATATAT-A--AACATGTC-AATAAA-GTTA-C-TTTAAAATG-AAA--AT-ACCC-T-GTT-TAAGTGTTTGTTag
gi|7 : gTTGTTGTTT--G-AA---TTTTTATAT-AT-TAA----------------------------GACTGTTT-------------AAGATACA------GT-------T----GAAATTGTATAC------------AC-A-TGGCTATAT-TAA-ATCAAAGGC--CA-------------ACT-ATGACAA-CTTAATG-ATATTATATG----------ACCAGCAAATGT-A-GCCTTAAGG----------TTATC-----------AT-----------------CAT--T-TAAAGATGACA--GG-TCGTGTTGGATGTAACATATGGGCGTGGTTAACATGAA--------------AAAT--ACCAATCAGAA------------G-----------G--------GAGCTATAAGTT-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGTAAAGCGTACAG-TA-------GAGCTGGATA--GGTAGTTTAAGAAAAAA--T-----GG------C----A-TG-----T------------------TAA--GACG------TA--------T---G-------TTCG-----------------TGATAT---AAAACTTTT-GGAGAG---ATAGAAAAAAAA---TTTAA-GAATTATGT-A--AATGTGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCCAT-GTT-TGAGTACCGGTTGTG
gi|8 : tttgtttttcaTTAA-CTTAATG-AGATTATGTA----------AC------TT---A-AA------G----------TTTAAT----------GT-----------------CAT--T-TAGAGTTGACA--AG-CTGTGTTCGGGGAAAGATGTGG-CGTGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAAA-------ATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAACGAGTT-GACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGTAGTGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAACAT-GGGAGTTTTAGACAAACCTT-----GACAAGGTTT---A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATG------TTAACATGGGA---G-------TTTG-----------------TGAATT---ACAACTCAG-AAAGAG---ATGGAAACAGTT---ATTGA-TAATTACATAA--AACATGTG-AATAAATTTGA-A-TA--AAATG-AAA--CCAACCA-A-GTT-TTGGTGtaacac
gi|9 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaaT-----TATATTATTGTAGTT-----TT--G-AA---TTTTTATGT---ATTCA-----A-----A--AAATCA-----TGAGTTGTTTAAGATA-C-AGTTAAAA---A------TT-------T----G------TGTAC------------GA-A-TGGTT--ATATAACATCAAAGGT--CA-------------G-T-----------TAATG-AGAT-ATATG----------AC------AAGC-ACAT------G----------TAGCCTTTAGTTCATCGT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCATGGTCGGAGTTAGATATATGCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------A-----------A--------TA-----GAGCT----CGAT-G---------------------CCTT-TTTGGTAGAATATAGAG-CA-------GAGCTCGATA--GGCGGTTTTAGAAAGACCTT-----TA------AC---A-TA-----T------------------TAA--GACA------TA--------T---G-------TTTG-----------------TGA
blockSeqs : A . TA G TTGGGAA ATGATA ATATTCAAATACAGAG A T G AATTGTG TTTAAAATTA TGTTTGACATTAA C TG CTAT A GA CGGTATGTCAATGA . T G G G GTAAGACATT AAGCAAATGTAGCCATAAGGTTATCGT GATG TA C G GG A T AT AATATGACCTGAGG T T C A GTA A G G T TC ATTTTATGAGGTTAACAT TC GG C G GACAAGGTTTACATAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATGTTAACATGGGAGTTTG CTTTAT ATTG CAA GCA T ATT A TT CT TA AC TT A A A C
blockSeqs : . A . TGAATA ATAATA CTGTCCAAATTCAGAG G T . AATTGTG TTTAAAATTA T C G GTC . . AC . T . . G . AAGTAAATGTAGCGTTAGGGCTCATGT T . C G TT A A T GTTACGACTCGGGT T . . A G A T . T C GAGTCAAATAG TT TT C T GCTTATAGTAACATGGTAAATTTAGATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTG CTT ATA . ACA T AA A A GT T G . . . A .
blockSeqs : . A . GGGAAA ATATTA CTTTCAAAATTCAGAA C C . AATTGTG GTTGAAATTG G . G ATC . . AG . T . . G . AAGTAAATGTAGCGTTAGGGCTCATGT G . . T GT A C T CATATGAGCCGACT G . . A A A T . T A GAGTCAAATAG CT AA C C ACATAGAGTCAGATGTGAGTTTAAGATGTTAGCGTG ATT GTG . . . A . C G T G . . . A .
blockSeqs : . A . GGATA ATATCA GATTAAGAGGGGTT A A . TTTTTG GTTCTGTA A . G TTT . . AG . A . . A . AGGCAGGTGTAGCCTAAAGCTTATCAC T . . T TG A G G GCTACGACTGATG G . . T A C G . T T GAATGAGATG TC AG C A TTTTAGCGTTAAGATGTTAGCTTG AGC TTG . . . T . C G . A . . . G .
blockSeqs : . A . GAAAA GATGA AAAGTTCAGAAC T T . TATGTT GTTCTGTA A . T TTA . . AC . C . . T . CAGCAAATGTAGCCTTAAGGTTATCAT A . . G GG A G A GCTACGACTGATG G . . A A A C . G C GAGCTTGATA TT AC C C TGTCAGGTTAACATAGTAGTGTG CTT ATA . . . A . C T . G . . . . .
blockSeqs : . A . TGAAA ATAAT AAAAATCAGT G C . TATGTT GTTC G . G ATC . . A . T . . A . AAGCACATGTAGCCTTTAGTTCATCGT T . . G GC A T G GG T . . A A A A . G C GAACTGATTA CT AA C C GAGCGAATTAACATGTATGTTTG CTT ACT . . . A . A C . A . . . . .
blockSeqs : . A . TGAA ATAAT AAAATGCAG A T . TACAGT GTCC A . G TTT . . A . T . . G . TTAAAGTTTAATGT A . . G GG A C T GG T . . A . A G . T T GAGCTGGATA TG GC A C GGTTACGTTAAGATGTTAGCTTG TAT ATA . . . A . A C . A . . . . .
blockSeqs : . A . TGAA ATATA AAAAATCAT A T . ATGAG TTTG G . A TTC . . T . C . . T . CTTATGCACTAT T . . G GC A G G GG T . . A . A C . G T GAGCTCGATA GT TA C C GAGCGAATTAACATGTATGTTTG ATT TTG . . . A . A G . A . . . . .
blockSeqs : . A . GGA ATGT AATCAT A A . ATGTT GTTG A . G TTA . . C . A . . A . ATGCAACGGT T . . G GG A C T GG T . . A . A G . T T ATGATAAG GG TT A C TAACATATTAAGACATATGTTTG T AGA . . . A . C C . T . . . . .
blockSeqs : . . . GGA TTT AATCAT A T . TATT ATTG A . T AC . . A . T . . T . ATGATATGT T . . G CG A G T TG T . . A . A A . G C AT GC TT . . GGCATGTTAAGACGTATGTTCG . . . . . A . G G . G . . . . .
blockSeqs : . . . TAA TT . G A . TATT TTTG A . G TC . . G . . . . T . T . . . CG . G T GG C . . A . . G . T . . . . . . TTAAGGAAAAGCATT . . C A . G . . . . .
blockSeqs : . GA . . . . . . TTG A . T TT . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : G . T C . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ***** A* NGAAA***** AAAATCAGAN**************** GTTG*********************** GG*******************************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTG-AGTTGTT-TTT--G-AA-A-TTTTTATATTATATAAA-----A-----A--AANTCAG----TGGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T----G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTGA-GTTGTT-TTNGAAA-----TTTTTATATTATATAAAAAAATCAGAN----------------GGACTGTTTTA-ATA-T-GTTTAAGATACAGTTG-----------------------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAAGG-------------------------------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AATAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TATATTATTGAGTGGTTTTGGATATATTTTTTATAAAGTATTAAAATAAAAAGGTACTGTATAAAAATTGTGTATGATACAGCTCTGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222 333333333333333333333333333333333333333333 11111 111 3333333333333333333333333333333 1111111111111 222222222222222 1111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777 222 2222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 77777 6 2 2222222 3 555555555555555555555555555555555555555555 55 3 00000 1 444 2 1 0 5555555555555555555555555555555 6666666666666 5 22 7777 2 33 555555555555555 3 3 3 0 3 4 4444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 33 5 0 2 11 1 4 55 444444444444444444444444444444444 2 2 2 000 3 1 2 2 44 0000000000000000000 22 66 4 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666 0 4444 666 222 7 0 5555 3 3 55 777 99 22 33 2 4 9 2
lowQualScore : . ..... . . ....... . .......................................... .. . ..... . ... . . . ............................... ............. . .. .... . .. ............... . . . . . . .......... ................................................................... .... .. . . . .. . . .. ................................. . . . ... . . . . .. ................... .. .. . . ........................................................................................................ ...... . .... ... ... . . .... . . .. ... .. .. .. . . . .
lowQualScore : 5 77777 1 4 1111111 1 555555555555555555555555555555555555555555 55 1 55555 5 999 9 3 3 2222222222222222222222222222222 7777777777777 7 99 8888 9 99 555555555555555 3 0 1 6 1 0 6666666666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 99 7 6 5 44 4 8 44 777777777777777777777777777777777 4 9 9 555 2 2 9 2 99 2222222222222222222 22 44 6 8 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 4 5555 444 777 3 9 2222 3 3 11 999 66 88 22 4 7 4 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTGAGTTGTTTTG--G-AAATT-TTTATA-TTATATAA-----A------A-----AA-A-T-CAGANGG-GCT-G----TTTTAATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T--------G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
Reference ( family-699 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTGATCGCAAT-----TATATTATTGAGTTGTTTTN--G-AAATT-TTTATA-TTATATAA-----A------A-----AA-A-T-CAGANGG-ACT-G----TTTTAATA-T-GTTTAAGATACA------GT-------T--------G------TGTAC------------GC-A-GGGTT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATNATATG----------AC------ATGC-A-AC------G----------T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGANTTAGTAA-TTAAGAAATTGACCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTAGTGTGTAGAG-CA-------GAGCTNGATA--GTTAGTTNNAGACAGACCTT-----GA------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------TTTG-----------------TGANTT---AGAACTTAT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAATTATAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGC
gi|1 : TTTTG-TCGCAATACTGCTATATCATTG---TATTTTG-----AATTATTCATA-ATATTTAA-----A------A-----AATA-T-CA--TGA-GTT-G----CGTCAGTA-T-GTTTAAGATACA------ATAAGAAATT--------G------TGTAC------------AC-A-TGGTT-ATT-TAACATCACA--T--TA-------------A-CAGAGATAA-CTTAATG-AGATTAAATT----------ACAAGCAAATGC-A-ACCTCCA-GATAAT-----T---------------GT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCGTGTTGGGAGTAAGATAT-GGCGTG------ATAGATTTAGTAA-CTATG-AATTGACCAAAGAGAATATACAACTGG-G-----------G--------TAGTGATGAGTT-TGCCAAT-GTG---AAAATAAGGCTCGGGACCTT-ATTGATAGGATGTGGAG-CA-------GGGTTGGAAA--GTT--TTATAA--AAACATT-----GA------AT---A-TG-----T------------------T-----ATG------CC--------AAATG-------TTTG-----------------TTAGGT---AGAACGTTG-GTAGAG---ATAGAAACAA-T---ATTGA-GAATAATGT-A--AACCTTTG-AA-TAAA-CTGG-G-TG--ATATG-AAA--CC-ATCCAA-GTT-TCAGTGTCTGTTATGC
gi|10 : aatgccatatgtatatttgcatgttatataactccaaaacaaacctaatttgaaatatgatatgcatact-TAAAGATGACA--GT-TCGTGTTGGGGATAAGATATGGGCGTGTTTAATATGGATTTAGTAA-TTAAGAAATTGAACAATAGCCT------------G-----------G--------AAGTAATGAATT-GACCAATCAAG--GAAA---------GAGACCTT-TTTGGGAGTGTGTAAAA-CA-------GAATGAGATG--GTCAGAAGGAGACAGGCGTT-----GC------TT---A-TA-----G------------------TAA--CATGGTAAATTT--------A---GATAGACTTTTGTTTAAGATGTTAGCTTGTGACTT---AAGATTTAT-ATAGAG---TTAGAAACTATT---ATTGA-GAAATATAT-------ATGTG-AA-CAAA-ATGACT-TT--AAGTG-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGcacaat
gi|11 : ggagatgttatgtcagacaagatataaccttacgcttatcaccgtg----------T---------------GT-----------------CAT--T-TTGAGATGACA--GT-TGATGTCTTGGGTAAGATATGGGCGTGTTTAAT---------------TAAGAAATTGATCAATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAATGAGTT-GATCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCAAAGTATT-TTTGATAGTG-G-AGAG-------------------------AGTTTTAGACAGCCTTT-----TG------TC---A-GG-----T------------------TAA--CATA------GT--------A---G-------TGTG-----------------TGAATT---AGGACT-----CAGAG---ATAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-A--AATATGTT-AA-TAAA-CTGT-GTTT--AAATG-AAA--CC-ACCC-TAGTT-TG
gi|12 : ttatgttatataatgttatgttatatAAATGACA--GG-CTGTTTTGTAGGTCAGATAAAGG-GTATTT--TGTGAAATTAGTAA-TTTAGAAATTGATCAATGAGAAAATATGACCTGAG-----------G--------CAGTAAGGAGTA-GGCCAAT-GAG--ACAA-TAGGTCTCGAGGCATT-TT-GATAATGTGTCGAG-AA--------------AT---GTTAATT--AGACAG------------------TT---A-AG-----G------------------AAA--AGCA------TT---------------------------------------------------GAATGTATTGTAGAG---ATAGAGACAATTGCAATAGGTGAATTATAT-T--AACATATG-AAATAAA-CTGA-G-TT---AATACAAA--TC-ACCC-TAGTT-TTAGTATATGTTATG
gi|13 : T-----TATATTATTGAGTTGTTTTG--G-ATATT-TTT----TT-TATAA-----A------ATATTCAA-A-TACAGAGGG-ACT-G----TTTTAAAATT-GTGTATGATACA------GT-------T--------C------TGTACTGTTTGACATTAAC-A-GGG-A-CAT-TAACAGCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCCA-CTTGATG-AAATGAT-TG----------AA------ATG----AT------A----------T---------------GT-----------------CAtca
gi|13 : ctgAT--G-TAGAGATGACA--TG-TAGGTTTTGTGATAAGATATGGGCGGGTTTA--ATGGACTgaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgatgtagagatgacatgtaggttttgtgataagatatgggcgggtttaatggacta
gi|14 : ctgttatattattgagttgttttggatattttttttataaaatattcaaatacagagggactgttttaaaattgtgtatgatacagttctgtactgtttgacattaacagggacattaacagcaaaggtcaatgtgtccacttgatgaaatgattgaaatgatatgtcagaaagctggaaatgatatggcagtcagtggtagccttaggcttatcatgAA-GTAAGAAATTGACCAATCAGAA------------GTTAC-------GACTCGGGTTAGTAAGTAGTT-GACATAT-GTG---AAAATAGGTCTCGATGCAAT-ATTAATTATGTATAa
gi|15 : aacggggaaaaaGATATGGGTGTGTTTA-TGTGGAGAGAATAA-ATAAAACATTGACTAATGAGAACATAT-------G-----------AGCCGACT-TACTAAGAAGTT-GACCTAT-G-T--AAAACTAGAGCTTAAGGCAAT-Ttatggaatagatacatgtcaaacatttttcgtagaatagtccagttaaaaggtattagtttgacttttacatagat
gi|16 : tgtaagccgT-----TATATTATTCAGTTGTTTTG------ATT-TTT----TTTTATAA-----ACTGTCCA-----AA-T-T-CAGAGGG-GCT-G----TTTTAAAA-TTGTGTATGATACA------GT-------C--------C------TGAAC------------TG-A-GGGGT-CAT-TAACATCAAAGGT--CA-------------A-T-GTGTCAA-CATAATA-AAATGATATG----------TC------AAGC-A-acagattacagttatagatgtatatcaaataaactgactaaataaaa
gi|17 : tgT-----TATATTATTGAGTTATTT-G--A-AAATT-TTTG-A-TGAAATAA-----C------A-----AA-G-TTCAGAACG-GCTCG----TTTCAATT-T-TTGTATTATACA------GT-------TCTGT----A------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAT-CAACATAAAAGGT--CA-------------T-T-GTTTCAA-CTTGATA-AAATGATgatgg
gi|18 : ttgT-------T--------G------T-TAC------------AC-ATGGGTT-T-T-TAACATTAAAGAG--CA-------------ACT-GTGACAA-CTTAATG-AGATAACATG----------AC------AAGCAA-AT------G----------TAGCCATAAGGTTATCGT-----------------CAT--T-TAGAGAT-------G-TCGTGTTGGGGGTAAGATATGGg
gi|19 : ttAA--G-TG------TT--------------------TTTG-----------------TGAAGC---GAAATTTGT-GTAGAG---ATAGAAACAAGTACAATTGCTGACCTATAA-A--AATATGTGAAA-TAAA-CTGA-G--T--AAAT--AAATTTT-ACCC-TAGTTCTGA-TGTCTGTTATGaa
gi|2 : T-----TATATTATTG---TGTTTAG--G-A---T-TTTATAATTATA---------------A-----AA-A-T-CA--TGA-ATT-G----GTTAAATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T--------A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AAATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATAAGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG----------------------T---AGAACTTTT-GTAGAG---ATAGAAACAATT---GTT---GAATTATAT-A--CATATGTG-AA-TAAA-ATGA-T-TT--AAATtcacaa
gi|20 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttttgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTGAGTTGTTTTG--A-ATATT-TTTATA-------AACTTTCA------A-----AA-T-T-CAGAAGG-TCT-G----TTTTAAAATT-GTGTATGATACA------GTTCTG---T--------A------TGTAT------------GC-A-GGGAT-CAA-TAACATAAAAAGT--CA-------------atgtt
gi|21 : tg-----TATATTATTGAGTTGTTTTTTGG-GAATT-TTTATG-ATATTTAA-----A------A-----AA-A-TGCAG--GG-GCC-G----ATTCAATA-T-GTTTAAG-TAT--------T-------T--------G------TGTAT------------AC-A-GGGTT-TAA-TAACACCAAAGGT--CA-------------
gi|22 : a-----TATATTATTGAGTGGTTTTG--G-ATATA-TTT----TT-TATAA-----AGTATT-A-----AA-A-T-AAAAAGGTACT-G----TATAAAAATT-GTGTATGATACA------GC-------T--------C------TGc
gi|23 : AATAATAG-A--AACATGGG-AA-TAAA-ATGA-C-TTT-AAATA-AAA--CC-ACAC-T-GTG-AGAGCGTCTGTTATGCaa
gi|24 : -TT--AAATG-TAC--CC-ACCC-T-GTT-TGGGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|25 : caATA-AAA--CC-ACCA-T-GTT-TGAGTATCTGTTATACcaca
gi|26 : cat-TT--AAATA-AAA--CC-ACCC-T-CTT-TGAATGTCTGTTATGCcacaa
gi|27 : AATA-AAA--TC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTATGTTATGCcaca
gi|28 : -AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATACcac
gi|29 : --CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcacat
gi|3 : ac-----TATAGTATTAAGT-GTTTTG--GGAAATG-GTTATA-ATATATA------------------------------------T-G----TTTTAA-A-T-GAGTAAGATGCA------TT-------T--------G------TGTGT------------GC-G-AGG---CAT-TAACATTAAAGGT--CACGGTATGTCAATGA-T-ATGTCAGGCAGAATGGAGATATTATGGTAAGACATTACCTT---ATGC-A--C-----------------T---------------AT-----------------CATGATGTAGAGATGACATAGG-TTATGT----GAAAATATATGGGCTTGTTTAATATTGATTTGATAAATTTGGAAATTGACAAATAGCCA------------G-----------G--------TAATAA-AAG---AAC--AC-GAGGTAAAAAAAGGACTCGAGGCATTGTTTGGTAATGTGGAAAA-CA-------A----TGATAAGGTCAGTTAGAGACAGACATG-----TT------TT---AGCG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTTTATATAA--TAT-ATATAG---TTAGAAACAATT---ATTGA-GAAATATAT-ATTAACATGTG-AA-TAAA-ATTA-C-TTT-AAATT-AAA--CC-ACCC-T-GTT-TGAGTGTCTGTTATGCcaca
gi|4 : attttaaaccaagaaaaaatgtaacaaaataaaatatttaattatgaggagcaatgcaataagcataaatggTCTTGATCACAAT-----TGTATTATTGAGTTGTTTTT--G-AAATT-TTTATA-TTATATAA-----A------A-----AA-AAT-CAG-TGG-ACC-G----CTTTAATA-T-GTTTAAGATGCA------GT-------T--------G------TATAT------------AC-A-GGATT-CAT-TAACATCAAAGGTGACG-------------C-T-GTGTCAA-CTTAATG-AGATGATATG----------AC------ATGC-A-AC------G--------------------------GT-----------------GAT--T-TAGAGATACCA--AG-TCATGTTGGGGATAAGATATGGGTCTGTTTGATATATACTTAGTAG-TTAAGAAATTGACCAATGGGAA------------G-----------G--------AAGTTATGAGTTTGACCAAT-GAG--AAAAATAGGGCTCGAGGTATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-CA-------GAGCTTGATA--GTTAGTTACAGACAGACCTT-----GG------TT---A-CG-----T------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CTTG-----------------TGACTT---AAAACTTAC-TTAGTG---ATAGAAACAATT---ATTCA-TAATTAAAT-A--AACATGTG-AA-TAAA-CAGA-G-TT--AATTG-AAA--AC-ACCC-TGGTT-TAAGTGTCTGTTTTGCcaca
gi|5 : tacaaagaatactaaaaaatatcacagttttatatgtgttagctggcagctgataT-----TATATTATTG---TGTTTAG--G-A---T-TTTATAATTATA---------------A-----AA-A-T-CA--TGA-ATT-G----GTTAAATA-T---TTGATATGCATTTAAAAT-------T--------A------TGTAC------------ACCA-TCTTT-AAT-TACCACCAATGGT--CA-------------AGT-GTGCCAA-CTTAATG-AGATTATATG----------ACAAGTAAATGT-A-GC------GTTAGGGCTCAT---------------GT-----------------CAT--A-TAGAAATGGCA--GGCTAGT-TTGCAGGTTAGATATGGGTATGCTCAATGTGGAGATAGTAT-GTAAACAATTGACCAATGAGAA------------GCTACGACTGATG--------TAGTAATGAGTT-GACCAAT-GAG---AAAATAAGCCTCAAACCATT-TTTGGTAATGTATAGAT-TA-------GAGTCAAATAG-GCTGTTTAAAGA-AAACCTT-----GA-----------G-CGAA---T------------------TAA--CATG------TA--------T---G-------TTTG-----------------T
gi|6 : ataagtaattgaatttcttcatcatggttcataaataactaattttctgctgtgctttactgtctttatatttaacttaaagtagaaagtaaaaaaagagcacattT-----TATATTATTGAGT-GTTTTT-----AATT-GTTATA-TCAAATAA-----A------G-----AT---T-AAGAGGG-GTT-GGACGCTTTAA-A-T-GTTTTAAATGCA------AT-------T--------G------TTTGT------------AC-A-GAGT--CAT-TTACACCAATGGT--CA-------------A-------CAA-C-----G-AGATAAAATG----------AC------AGGC-A-G-------G----------T---------------GTAGCCTAAAGCTTATCACCAT--T-TAGAAATGACA--G---CG--------ATAAGATATGGGCGTGTTTGATATGAACTTAATAA-TTAAGAAATTGACAAATAGCCA------------T-----------G--------TAGTAATAAGTT-GACCAAC-GAG--AGGAA-AGGGCTCGAGGCATT-TTTGGTTGTGTGGAAAG-TA-------GAACTGATTA--ATGAGTTGCGGACAGGCCTTACATAGA------GTCAGA-TGTGAGTT------------------TAA--GATG------TT--------A---G-------CGTG-----------------AGACTT---TGAACTTAT-ACAGAGCAAATATAAACAATG---ATAGA-GAAATATAT-A--AACATGTC-AA-TAAA-GTTA-C-TTTAAAATG-AAA--AT-ACCC-T-GTT-TAAGTGTTTGTTag
gi|7 : gTTAAGACT-GTTTAAGATACA------GT-------T--------GAAATTGTATAC------------AC-A-TGGCTATAT-TAA-ATCAAAGGC--CA-------------ACT-ATGACAA-CTTAATG-ATATTATATG----------ACCAGCAAATGT-A-GCCTTAAGG----------TTATC-----------AT-----------------CAT--T-TAAAGATGACA--GG-TCGTGTTGGATGTAACATATGGGCGTGGTTAACATGAA--------------AAAT--ACCAATCAGAA------------G-----------G--------GAGCTATAAGTT-GACCAAT-GAG--AAAA-TAGAACTCGAGGCCTT-TTTGGTAAAGCGTACAG-TA-------GAGCTGGATA--GGTAGTTTAAGAAAAAA--T-----GG------C----A-TG-----T------------------TAA--GACG------TA--------T---G-------TTCG-----------------TGATAT---AAAACTTTT-GGAGAG---ATAGAAAAAAAA---TTTAA-GAATTATGT-A--AATGTGTG-AA-TAAA-CTGA-G-TT--AAATG-AAA--CC-ACCCAT-GTT-TGAGTACCGGTTGTG
gi|8 : tttgtttttcattgttgtttgaatttttatataTTAA-CTTAATG-AGATTATGTA----------AC------TT---A-AA------G----------TTTAAT----------GT-----------------CAT--T-TAGAGTTGACA--AG-CTGTGTTCGGGGAAAGATGTGG-CGTGTTTAATATAGAGTTAGTTA-TTCAGAAA-------ATGAGAA------------G-----------G--------TAGTAACGAGTT-GACCTAT-AAG---AAAATAAAGCTCATTGCCTT-TTCGGTAGTGTTGAGGGTCAATTTTATGAGGTTAACAT-GGGAGTTTTAGACAAACCTT-----GACAAGGTTT---A-CA-----TAGGAGTTTTAGACAGACCTAACTGATG------TTAACATGGGA---G-------TTTG-----------------TGAATT---ACAACTCAG-AAAGAG---ATGGAAACAGTT---ATTGA-TAATTACATAA--AACATGTG-AA-TAAATTTGA-A-TA--AAATG-AAA--CCAACCA-A-GTT-TTGGTGtaacac
gi|9 : aattgttgaaatagcatgttaaataacatatgatttggtaaT-----TATATTATTG--TAGTTTTG-----AATT-TTTATG-T-AT-TCA-----A------A-----AA-A-T-CA--------T-G--------AGT--T-GTTTAAGATACA------GT-------TAAAAATTTG------TGTAC------------GA-A-TGGTT--ATATAACATCAAAGGT--CA-------------G-T-----------TAATG-AGAT-ATATG----------AC------AAGC-ACAT------G----------TAGCCTTTAGTTCATCGT-----------------CAT--T-TAGAGATGACA--GG-TCATGGTCGGAGTTAGATATATGCGTGTTTAATGTAGAGTTAGTAA-TTAAGAAATTG----------------------------------------------------------ACCAAT-GAG---AAAATAGAGCTCGATGCCTT-TTTGGTAGAATATAGAG-CA-------GAGCTCGATA--GGCGGTTTTAGAAAGACCTT-----TA------AC---A-TA-----T------------------TAA--GACA------TA--------T---G-------TTTG-----------------TGA