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lowQualScore : . . . . ... . . . . ... ...... .............. . .......... .. ... .. .. ..... . .... .. ... . ........ .... ............................ . .. ..... .. ... . . .. ........ .. . .. .. ... .. . ........ ................................................. . ............ ........ . . ...... . ..... . .
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Reference ( gi|5 ) : ATACTTTTTCTCCGAGA--TTT-GAACTTCGGAGT-TT-CAGA---CA------CCAAATT--ATGAGTTCCAAGGTTTTGA-G-A-G-AA--AA---A--AC--A-----CATGGACATT----T--G--CA-CA--------AGG----T-A---GG-----G--A------AA-ATTTCT-GCAGAAA-----TTGG--T---A-TA-AA--AA---CTGCGGA--AATTTTTGCAAA--CCTT-GGA---GTATT--CAGA---C----ATTC------A-G-T-G--------TT--G------T-T--------------GTTT-TT------------TTT--------TATTA-TCC------TCA-G-----AAAATATCATACAAACATT
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gi|14 : TTCTCTGAGG--TAT-GAACCTTGGG-------AGA---AT------TCAGGTC--TTGAATTCTAAGGTTTTGA-G-A-T-AA--AACA-A--AC--G-----CATGGACATT----T--G--TT-CA--------AGG----T-G---G-----------------------------GAAA-----TTGG--T---A-TA-AA--AA---ACAAAGG--ATTTTTTATAAA--C----AGA---GTATT--TGGA---C----ATTC------A-G-T-G--------TT--A-----------------------G----TT------------TTT--------TATAA-TCC------TCA-G-----AAAATATTATACAAACttccgtgatttaaatgacatgttgatgttaaccttggaaataattgtagaccttg
gi|1 : gtatacaTTTTCCATGG--TTTCGAACTTCGTAGT-AT-AAAGGTGTA------CCAAATT--------TCCATGGTTT--G-G-A-A-AA--AA---A--AC--AAGCAACATTAAT-TT----T--G--TA-CA--------AGG----T-T---GA-----A--A------AA-AATT-T-GCAGAAA-----CTGG--T---A-TAAAA--AA---CT-TGGA--AATTCTTGTAAA--TCTT-GGA---ATATT--CTGA---CAAAAATTC------A-A-T-AAACC----TT--GGAAAATT-T--------------GCTTATTCCATGTGTTATATTT--------TATAA-TCC------TAA-A-----AAGATATCATACAActcggagaat
gi|11 : gtacaTTTTCCATGG--TTT-GAATATCAGTGTATT-CGGA---CG------CCAACTTGCATG-GTT-------TTTGA-G-AAG-AA--AA---A--AC--A-----CA---------------G---A-CA--------AAG----T-A---GG-----G--AG-----AA-AAATGT-ACAGAAA-----TTGG--T---A-TA-AC--AA---TCACAAA--AATTCTTATAAA--CCTT-TGT---GTTAT--CAGG---C----ATTC------T-G-T-G---------T--G------T-T--------------CTTT-TT------------TTT--------T-TTA--------------------ATAAT-TTATACAACCATTcccttggaaaatgtacac
gi|13 : aaaTTTCCGAGG--TTT-GAACCTCAGAGAATT-CAGA---CA------ACAAATT---------TCGAGGTTTTGA-G-A-A-AA--AA---ACAAC--A-----CATGAACATA----T--G--TA-CA--------AGG----T-GGGTGG-----G--AGGAGGCGA-A--TCT-GTGGAGA-----TTGG----------------G---TTG--------TTTT---------CTT-------GTATT--AGGA---C----AATA------A-G-T-G------------------------------------GGTT-TC------------TTT--------AATAA-TTC------TCG-G-----AAAACATTATTCAAAggaaaatgtac
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gi|7 : ggagtattcagacaaaaaaTTCTGAGGTTTTGA-G---G-AA--AA---A--AC--A-----CACGGGAATT----T--G--TA-CA--------AGG----T-T---GG-----GGAA------AA-ATCAAA-AAAAAAA-----TTGA--TAAAA-AA-AA--AA---CCATGGA--AATTCTTGTAAA--CCTT-GGA---GTATT--TGGA---T----ATTC------C-G-T-G---------T--G--------------------------T-TT------------TTT--------TATAA-TCC------TAA-G-----AAAATGTTTTACAAACaatattttacaacccatggaaaatgtacac
gi|16 : ggtgttacattttttaaggtttgaaccataA---A--CC--A-----CA-GAGTATT----C--G--GA-CA--------GGT----T-G---GG-----G--A------AA-AAATCG-GCAGAAA-----TTGG--TAAAA-AA-AA--AA---CCACAGA--AATTCTTGTAAA--CCTC---A---GTATT--TGGA---C----ATTC------C-A-TGG--------TT--G------T-T--------------G-----T------------TTT--------GATAA-TCC------TTG-G-----AAAATATTATACAActcggaaaaagtatac
gi|19 : tttctacggtttgGACAGT----T--G--AA-CA--------AGG----T-GT--GG-----A--A------AA-AAATAT-GTGGAAA-----TTGG--T-----TT-AA--AA---CCATAGA--AATTCTTGTAAA--CATC-AGA---GTATT--TGGA---T----ATTC------C-A-T-G--------TG--G-----------------------GTTT-TT------------TTT--------TAAT--TCC------CCA-G-----GAAATATTATACAActcttggaaaatgtacc
gi|12 : t-ACTTCT-GAAGAAAAATATTTGG--G---A-CA-AA--AATC-CT--------ATTT------A--CCTT-GGA---AAAGT--TA------------TC------A-A-T-----------T--A------TAT--------------GTGT-TT------------TTT--------TAATAATGC------TCT-G-----AAAATATCATACAAcccttgggaaatgtac
gi|20 : ttttatgtatgaattttccaagcttttttccaagtttttttaatccacagaataatttcaaatgttttaactatcaagcttggattaagtA-GA--AA---TCACGGA--AATTCTTGTAAA--CCTTGGGA---GTATT--CAGA---A----AT--------A-A-C-G------------A------G-T--------------GTTT-TT------------TTA--------TGTAA-TCC------TTG-A-----AAAATATTATGCAAcccttggaaaatg
gi|26 : gggggaatcagcTTTG--AA--CCTC-CAA---GTATT--TGGA---C----ATTC------A-G-T-G--------tccttggaaaatat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TTTGAACCTCTGATATTCAAACATTGTCTGTGGTTTATTATGTCATCTGAATAAAAGTCTCAGAAAAAAATGTAGACCTTTCACAT
Unaligned ( gi|24 ): TTATTCACACATTTCCCAAGGTTTAAATGACATCTGAAAAATAACCTCAGAAATAACTGCAGACCTTGGACA
Unaligned ( gi|25 ): CCTCCAAGTATTTGGACATTCAGTGGAGTTTTATTGATTATATTATACAAACCTAGGAAAATGTTTACCC
Alignments
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Reference ( family-6969 ) : ATACATTTTCTCCGAGGTTT-GAACCTCGG-AGTATTCGGAC--ACCAAATT-TA--TTCCGAGGTTTT-GA-G-A-G-AA--AA--AA----C-A-----CATGGACATT----TGTACA--------AGGT-G---GG---G-A-AA-A----NNTCTGCGGA--AA--TTGGTATA--AAAA---CCACGGA--AA-TTCTTGTAAA-CCTCGG-A---GTATT--CGGA---C----A--TT-------CCGT----G--------T---TGT-T-------------------G-TT-TTT-----------------TTTT---------A-TAAT-CCTC-GG------------AAAATATTATACAAACATT
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gi|10 : gTTT-TAATCTTAG-AGTATTCAGAC--ATTAAATT-------CTAAGGTTTT-GA-G-A---AC--AA--TA----C-A-----CTTGGAAGTT----TGTACA--------AGATGG---GG---G-A-AA-A----ATTCTGTGAA--AA--TTGATATT--AAAA---ACATGGA--CA-TTTTTGT------------------TT--CAGA---T----G--TT-------CCAT----G--------T---TGT-----------------------TT-TTT-----------------TTTT---------A-TAAT-CATC-AG------------AAAATATTATACAAACTTTcccttggaaaatgtacac
gi|11 : gggtatatatTTTTCCATGGTTT-GAATATCAG-TGTATTCGGAC--GCCAACTTGCA--T-----GGTTTTTGA-G-AAG-AA--AA--AA----C-A-----CA-------------G-ACA--------AAGT-A---GG---G-AGAA-A----AATGTACAGA--AA--TTGGTATA--ACAA---TCACAAA--AA-TTCTTATAAA-CCTTTG-T---GTTAT--CAGG---C----A--TT-------CTGT----G------------TGT-T-------------------C-TT-TTT-----------------TTTT---------T-TAAT----------------------AAT-TTATACAACCATTagaaaatgtatac
gi|12 : aaa-T-------------------G-TG-TTT-----------------TTTT---------AATAAT-GCTC-TG------------AAAATATCATACAAggaaaatgtac
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gi|16 : A--AC----C-A-----CA-GAGTATT----CGGACA--------GGTT-G---GG---G-A-AA-A----AATCGGCAGA--AA--TTGGTAAA--AAAAAAACCACAGA--AA-TTCTTGTAAA-CCTC---A---GTATT--TGGA---C----A--TT-------CCATG---G--------T---TGT-T-------------------G------T-----------------TTTG---------A-TAAT-CCTT-GG------------AAAATATTATACAAggttggggaaaaaatcggcagaaattggtaaaaaaaaaaccacagaaattcttgtaaacctcagtatttggacattccatggttgttgttttgataatccttggaaaatattatacaactcttggaaaatgtacc
gi|17 : tttctacggtttgATACATTTTCCC--AGGTTT-GAATGTCTG-AGTATTTGGAC--ACCAAATT-------CCGAAGTTTT-AA---A-G-AA--AA--A-----C-A-----CATAGGCATT----TGTACA--------AGGT-G---GG---G-A-AA-A----AATCTGTGGA--AA--TTGGTATA----------------------------AAA-CTTCAG-A---GTATT--CAGA---C----G--TT-------CTGT----G-------------G--T-------------------G-TT-TTT-----------------TTTT---------A-ctcttggaaaatgtacc
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gi|20 : gaagGGG--AA--TCAGCA----GAAA---TCACGGA--AA-TTCTTGTAAA-CCTTGGGA---GTATT--CAGA---A----A--TA-------ACGA----G--------T---------------------------G-TT-TTT-----------------TTAT---------G-TAAT-CCTT-GA------------AAAATATTATGCAAccctcagaaaatgtacac
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gi|23 : ggtATATATTTTTTCCGTGGTTT-GAACTTTGG-AGTATCCGGAT--ACCAA-----A--TTCCGATGCT--------A-G-GA--AA--AA----A-A-----CATGGA
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gi|4 : tctatggatgaagtttttttaaatgtccatggttttaaacaatatatccaaagaataatttcgaagattttaataaccaacctcaatatttttgtacttctaaagaaaattccttggacaaatatctagaaaaccttggacaaacttccagaaATACATTTTCT--GAGATGT-TAATCTCAG-AGCATGCGGAC--ACCAAAGT-------CTGAGG--TTTT-GA-G-G-G-AA--AA---A--AC-A-----TATGGACTTT----CGT--ACA--------AGATG---GA---G-ATGG-A----TA-TCTGT-GAAA--TT-G--T---ATTAAAA---GCACGGAAATTTTTGAAAACCTCAG-A----TATT--CGGT---G----A--TT-------C--T----G--------T---TTT-T-------------------G-TTGTTT-----------------TTTT---------A-TAATATCTG-GGGGATGAGGGGGAGAGAGATTATACAAACATTtccttggaaaatg
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|24 ): TTATTCACACATTTCCCAAGGTTTAAATGACATCTGAAAAATAACCTCAGAAATAACTGCAGACCTTGGACA
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Reference ( family-6969 ) : ATACATTTTCTCCGAGGTTT-GAACCTCGG-AGTATTCGGAC--ACCAAATT-------CCGAGG--TTTT-GA-G-A-G-AA--AA---A--AC-A-----CATGGACATT----TGT--ACA--------AGGTG---GG---G-A-AA-A----AA-TCTGCGGAAA--TTGG--T---ATAAAAA---CCACGGAAATTCTTGTAAACCTCGG-A---GTATT--CGGA---C----A--TT-------CCGT----G--------T---TGT-T-------------------G-TT-TTT-----------------TTTT---------A-TAAT-CCTC-GG------------AAAATATTATACAAACATT
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