lowQualScore : 3333 222222222222222222222222222 1 11111 1 44444444444444 3333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 333333333333333333333333 1111111 7777777777 44444 1 1 1
lowQualScore : 3 5 6666 33 2 6666 6666 777777777777777777777777777 33 88 2 6 2 2 77777 22 2 2 1 22 2 2 22 55555 66666666666666 77 0000 22 55 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000000 2 2 666 333 888888888888888888888888 1 999 1 3 3 1 22 2 888888888 9999999 6 4444 333 7777777777 7 333 2 5 99999 3 0 7
lowQualScore : . . .... .. . .... .... ........................... .. .. . . . . ..... .. . . . .. . . .. ..... .............. .. .... .. .. . ................................................................................... .......... . . ... ... ........................ . ... . . . . .. . ......... ....... . .... ... .......... . ... . . ..... . . .
lowQualScore : 1 4 1111 99 9 4444 1111 666666666666666666666666666 77 11 4 7 2 2 33333 99 1 1 8 88 1 1 99 33333 66666666666666 55 3333 88 22 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666666666 0 0 222 555 333333333333333333333333 9 888 9 8 8 9 88 0 000000000 1111111 7 7777 999 6666666666 6 777 4 6 33333 3 6 0
consensus : ATTCCAAA-ANAT----A--T-AA-TAGATA----CTTAA-------A-A-ATT-----AT-NA-TTTAAAA--AA-GAAAGA-AAATAGCTG-TG-ATAA---GGGA--A-TT-ATATTAA--TATTGAT-ATATC-T--A-----TTT--------T----TAAAAGAGC-CAACTTTAAT--AATTAT--CAAAAAA-TGTGATAAACATC---AA--C---T--A--------CN---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA-TT-TTT---AA---AAAA----ATTG-CC-----N----TTTG-T-T-A-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---TTGA-TA--T--TATTGTGTTTCATATG---AAAAG-AACTCGAGGTGAATAATAAA--AAGGTCATTATACAGTTCACTGTACA
Reference ( gi|4 ) : ATTCCAAA-AGAT----A--T-A----GATA----CTTAA-------A-A-ATT-----AT-TA-TCTAAAA--AA-GAAAGA-AAATAGCAG-TG-ATAT---GGGA--A-TT-ATAATAA--TATTGAT-ATATC-T--A-----TTT--------TG---TAAAAGAGC-AAACTTTAAT--AATTAT--CAAAAAA-TGTGATAAACATC---TA--C---T--A--------TC---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA-TT-TTT---AA---AAAA----ATTG-CC-----T----TTTG-T-T-A-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------TATT-TTAA----T---TTTA-TACATG-TATTATGTTTCATATG---AAAAG-AACTTGAGGTGAATAAT-----AATGTCATTATACAGTTCAATGAACA
gi|22 : ATTCCAAA-ACAT----A--T-AAATAGATA----CTTAA-------AGA-AAT-----AT-AA-TTTAAAA--AG-GAAAGA-AAATAGCTG-TG-ATAA---AGGA--A-TT-ATACTAA--TATTGAT-ATATA-TTGATATATTTT--------TT---TAAAAGAGC-CAACTTTAAT---ATTTT--C-AAAAA-TGTGATAAACATC---AA--C---T--A--------CA---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTTC-----C---GTA-TT-TTA---AA---ATTA----ATTA-CC-----A----TTTG-T-TAA-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------
gi|13 : tATTCCAAA-ACGTTTAAA--T-A----GATC----CTTAA-------A-A-AT------AT-AA-TTTAAAA--AA---AAGA-CAATAGCTG-TG-ATAA---AGGA--A-TT-ATATTAA--TATTGCT-ATATT-T--C-----TTT--------------AAAAGAGC-CAACTTTAAT--ATGAAT--AAAAAAA-TGTGATAAACATT---AA--C---T--A--------CA---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTTC-----C---ATA-TT-TTA---AA---AAAA----ATGA-CC-----A----TTTG-TAA-A-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------AATA-TTAA----T---CTGA--------TATTGCGTTTCATATG---AAAAG-AAC
gi|9 : ATTACAAA-AGAT----A--T-A----GTTA----CTTAA-------A-G-AGT-----AA-AA-TTTAAAA--AT-AAAATA-AAATAGCTG-TG-ATAT---GGGA--A-TT-ATATTAA--TATTGAT-ATATC-T--A-----TTT--------TT---TATAAGACC-AAATTTCAAC--A-TTAT--CCAAAAA-T------AA-------TA--C---T--A--------TC---------T------------GT--T----------------------------------------------------------------------ATT---------T----TTCG-T------------A-TT-T--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---TGAA-TA-------TTGTGTTTCATATG---AAAAA-AACTCGAGGTGAATGATAAA--AAGATCATTATACAAGTCA
gi|15 : ttATTCGAAA-ACAT----A--T-AAATAGATA----CTTAA-------A-A-AT------AT-AA-ATTAAAA--AA---AAGA-AAATAGCTG-TG-ATAA---AGGA--G-TT-ATAATAA--TATTGAT-ATATT-T--A-----TTT---------------AAAGAGC-CAACTGTAAT---ATTAT--CAAAAAA-TGT---------------------T--A--------T---------------------------------T----------------T--------TCC------C---GTA-TC-TTA---AA---GAAA----ATGA-TC-----G----TTTG-T-T-ACAA-TA-AA-TTGT--T-ATA---------TAA-------AAT-TTAA----C---TCTG------A-TATTGTGTTTGATATG---AAAAG-AACCCGAGATccgtacaatatggatgtttttgtactcgtca
gi|5 : tATTCCAAA-AGAT----A--T-AAATAGATA----CTTAA-------A-A-ATT-----AT-TA----------------------ATAGCTG-TG-ATAA---GGTA--A-TT-ATATTAA--TATTGAT-A-----------------------------------------AA-TTTAAT--A-TTAT--CAAAA-A-TGTGATAAACGTC---AA--C---T--A--------AC---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA-TT-TTT---TG---A---------------------------------A-AA-TA-AA-TTGT--T-TCA---------TAA------AATT-TTAA----T---TTGA-T---T----TTGTGTTTCATATGAAAAAAAA-AACACGAGGTGAATAATAAAA-AAAGTAATTTGACAGTTCATTGTACA
gi|12 : ATTCCAAA-ACAT----A--T-A----AATAGATCCTTTA-------A-A-AT------AT-AA-TTTAAAA--AACGAAAAA-AAATTGC---------T---GTGA--A-TT-ATATAAA--TATTGAT-ATATT-T--A-----TTT--------------AAAATAGC-CAACTTTTAT--A-TGAT--CAAAAA--TATGATAAACATC---AA--C---T--A--------CA---------T------------GT--T----ATTTCCGTTAGTTTTTTGT--------TTT------T---GTT-TT-TTT---AA---A---------TGACC-----A----TTTG-T-T-A-AA-AA-AAGTTGT--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---GTGA-TAT-TG-TA------TTCATATA---AAAAG-AACTCGActatttatttattgtactcgtcaatgttgaaaacctgt
gi|35 : tATTCCAAA-AGAT----A--T-A----GATA----CTTTA-------A-A-ATT-----ATATAATTTAAAA--AA-GAAAGA-AAATTGCTG-TG-ATAA---GGGA--A-TT-ATATTAA--TAT
gi|33 : attATTCCAAA-ACAT----A--T-AAATAGATG----CTTGA-------AGA-AGT-----AT-AA-T-TAAAAAAAA-GAAAGA-AAATAGATG-TG-ATATAAAAGGA--A-TT-ATATTAA--TACTGAT-ATA
gi|11 : ttTTCAAAA-AGAT----A--T-AATTGGATA----ATTAA-------A-ACATT-----AT-AA-TC-AAAA--AA-GAAAGA-GA-TAGCTA-TG-ACAA---AAGA--A-TT-ATA--------TTAAT-ATACT-T--A-----TTT--------TT---TAAAAGACC-AAACTTTAAT---ATTAT--CAAAAAA-T----CAA---------A--C---T--A--------CA---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA--G-TTG---AA---ATAA----ATTG--------T----TTTA-T-T-A-A--------------------------------------ATT-TTAA----T---TTGA-TAT---------TGTTTCATATA---AAAAG-AACTCGAGGTGAACAATAAA--AAGGTCAGTATACAGT
gi|7 : TTCCAAA-AGAT----A--T-AATTAGATA----CATAT-------T-A-ATTTCTGTAT-TA-ATTGAAA--AA--ATAGATAAATAGCTG-TG-ATAA---GGGATTG-TT-AT--TAA--TATTCAT-ATATC-T--A-----TTC--------C------AAAGAGC-CAACTTCA---------T--CAAAAC--TGTGATAAACATCAACTA--CACAT--A--------TT---------T------------TT--TTCAAATAAAAA-----------C--------TTT------C---GTA-TT-TTT---AA---AAGA---------CC-----GAAAATTTA-T-TAA-AA-TA-GA-ATGT--A-TTACAGAAAGTTTAT------TATTGTTTA----T---TTTA-AAT-TGATATCGTGTTTTATATG---AAAAgaactgtataataac
gi|10 : TCCAAA-ATAT----T--T-A----GATA----CTTAA-------T-A-A-------AA-TA-TATATAA--TG-GAAAAA-AAA--GCTG-TG-ATAA---GGGA--A-T--GT--TAA--TATTGAT-ATATC-T---------TT--------T----TAAAAGACC-AAACTTTA-T----TTA----AAAAAA-TGTGATAAATATC---AA--C---C--A--------CC---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA-TTGTTTGA-AA---AAAA----ATGA-CC-----T----TTTG-T-TAA-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------AATT-AAAAAAATT---TTT-----------TTTTGTCTCATATG---AAAAG-AACTCGAGGTGAATAATAAAA-AAGGTCATTATACAGTta
gi|23 : TCCAAACATAT----AAAT-A----GATA----CTTAAACAAGGGA-A-AT--------------TAAAA--AA-GAAAGA-AAATAGCTA-TG-ATAA---AGAA--A-TT-ATATTAA--TATTGAT-ATATT-T--A-----TT--------------TAAAAGAAC-CAACTGTAAT---ATTAT--C-AAAAA-TGTAA----------------------------------------------------------------GT----------------T--------TTC------C---GTA-TT-TTA---AT---AAAA----ATGA-CC-----A----TTTG-T-TAA-AA-TA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---GTTA--------TATTGTGTTTCATATG---AAAAG-A
gi|1 : A-ATAT----A--TTA----AATA----TTGAA-------C-A-ATT-----TT-AA-TATTATA--AA-TAAAAA-AAA-----G-TG-ATA-------A--A-CA-ACAACTACCTGTT-AT-ATTTCGT--A-----TTT--------T----TAA-----C-AA-CTTTAAT--A-TTAT--AAAAAGA-TGTTATGAACATC---AA--C---T--A--------CC---------T------------GT--T----AT----------------T--------TT-------C---GTAATT-TTT---A-------------TT---T-----T----TTTT-T-T-A-AA-TA-AA-ATGG--T-TTA---------TAA------AATT-TTA-----T---TTCA----AT----TTGTGTTTCATATG---AAAAG-AACTCGAGGTGAATAATACA--AAGGTCGTTATACAGTCCA
gi|6 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagctgtgacatggaaattgtattaatatt----A--T-A----GATA----CTT--------------TT------T-TA-T-TAGAA--AA-GAACAA-AAATAACTG-TA-ATGA---GGAA--T-TT-GTATTAA--TATTGAT-----C-T--A-----TTT--------------GAAATAGC-CAACTTTAAT--A-TTAT--CAAAAAAATGTGATAAACTTC---AA--C---T--A--------TA---------A------------GTAAT----TT----------------T--------TTT------C---GTA-TT-TTT----A---AAAG----ATTA-CCATTAAT----TTTG-T-TAA-AA-TATAT-TTTT--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---TTGA--------TATTGTGTTACCTATG---ATAAG-ACCTCGGAGTGAATAA------AA-GTCATTATACAGTTCACTGcagtgtaataacc
gi|24 : taaaT-TA-ATTAAAA--AG-AAGAAA-AAATAGCTGTTA-ATAA---GGGA--A-CT-tataataa
gi|26 : ttAAAGA-CAATAGCTG-TG-ATAA---GGGA--AATT-ATAATAA--TATTGAT-ATATC-T--A-----TGA--------TA---TATA------TAACTTTAAT---TTTAT--CAAAAAA-T-TGATAAACATC---AA--C---T--A--------TG---------TTTTCAA------GT--T----A--------------------------TTT------G---GTA-TA-TTT---AA---AGA-------TGACC-----A----TATATT-T-A-AA-TA-GA-TTGT--T-T-----------TGA------TATT-GT-------------------TG-TATTGTGT------------AAAG-AACTCGAGGTGAATAAT-----AAgagagccaactttaatattatcaaaaatgaaataaacatcaactacatgttatttttttaattcaaattattaaaaaatgttcagtaaaataaattgtgttataactttattattgttaattttaatacatgtattgtgtttcatatgaaaagaactcgagttga
gi|2 : aAAAGA-AAATAA-AG-TACATTT---------A-TTGATAGTGA--TATGGATGATATA-T--A-----TTTAAGTAAAGTT---TAAAAGAGCCAAA--TTAAT--TATTAT--CAAACA--TGTGATAAACAT----TA--A---TCAA--------TCCCTTACACAT------------GT--T-----T----------------C--------TTT------T---GTA-CT-TTT---GA---AAAA----ATGG-AC-----A----TTGA-T-C-A-AATTA-AA-TTGTGAC-TGC---------T--------TATT-TGAA----T---TTGA--------TATTGTGTTTCATATA---AAAAGAAAC--GAGGTGAATAATAAAAAAAGGTCACAATATAGTTTACTGTACA
gi|8 : aattagatacatactaatagtctttttaattG-TG-ACAA---TGGT--A-TT-GTATTAA--TATTGAT-ATATC-T--A-----TT--------------TAAAAGAGC-AAAC-TTAAT--AA-TAT---AAAATA-TGTGATAAACTTC---AA--T---T--ACATGGTGCTC---------T------------CG--T----GT----------------T--------TTT--------------TT-TTT---AA---AAAA----ATGA-CC-----A----TTAA-T-T-A-AA--A-AG-TTgtatggctttttattgtaatcttcaatgttgtcgtggaaacctgtattgaacgagacgcca
gi|27 : aatgttgaataatattcttttttatttaaaaaattgattGGA--G-TT-GTATTAA--TATTGAG-ATATC-G--A-----TTT--------------AAAAGAGC-CAACGTTAAT--T-TTAT--CATGAAA-TGAAA-AAAAATC---AA--C---T--A--------CA---------T------------TT--T----AT----------------T--------TTT------TCAAGTT-TC-TTTCGTAATTCAAAATG--ATTG---------------TG-T-T-A-AA--A-CT-TTGT--T-ATT---------TTT------TATT-TTAA----T---TTAA-TA-ATT-TATTGTGTTTCATATC---AAAAtaagttgataaaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatattgtacagttaactgtataaaaact
gi|3 : ATAA--AATTGAT-ATGTC-T--A-----TTTAACTTAATTT---TTAAAGATC-AAACTGAAAT--A-TTAT--TAACAA--TATAATAAGCATT---AA--C---T--C--------TC---------TATAGATTTACATGT--T----ATATTTTCATGTTA----C--------TTT------C---GTA-TT-TAT---AA---AAAATACAATTA-AT-----T----TATA-T-T-A-AT-TGTGA-TAGA--T-CTA---------TAACTG---TATTATTGA----TAAATTTA--ATTTGATATTGTGATTCCGATG---AAAAG-AACTCGGGATGAATAATAAAA-AATGTCAATATCCAATTCACTGTACA
gi|29 : aatatataaaactaataaacatctgtgataacacaattatattcatactaaggcg--TATTGAT-ATATC-T--A-----TTT--------TT---AAAAAGAGA-AAACTTTAAT---ATTATAAAAAAAAA-TGTAATAAACATCAATTAGTC---T--A--------CC---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTT------C---GTA-TT-TTT---TA---AAAA----A-TG-AC-----T----TTTA-T-T-A-AA-TA-TT-GTGT--T-TCA---------TAatatag
gi|25 : TT-T--A-----TTT--------TAAAATAAAA-AGC-CAACTTTAATCAAAATAT--AAAAAAA-TATGATAAACATC---AA--C---T--ACAT-----TA---------T------------TT--T----AT----------------TCAAGTTACTTT------C---GTA-TT-TTT---AA---AA--------TG-C--------------G-A-C-A-AT-T---A-TTAT--TGTTA-------------------ATT-TTAA----T---TTGA--------TATTGTGTTTTGTATG---AAAAG-AACTCAAAGTGAATAAT-----AAtgaaaagaacttaaggtgaataataa
gi|24 : attccaaaagatatgtacatgcaattagaatttAGAGC-CAACTTTAAT--A-TTAT--CAAAAA--TGAAATAAACATC---AA--C---T--A--------CA---------T------------GT--T----AT----------------T--------TTTTTAATTC---AAA-TT-ATT---AA---AAAA------TG--------T----TCAG-T-A-A-AA-TA-AA-TTGT--G-TTA---------TAACTTTATTATTGTTAA----T---TTTAATACATG-TATTGTGTTTCATATG---AAAAG-AACTCGAGTTGAaa
gi|31 : ttttaattaaaaagaagaaaaaatagctgttaataagggaactgTTA-CC-----T----TTTG-T-T-A-AAATA-AA-TTGT--T-TTA---------TAA------AATT-TTAA----T---TTGA-TA-------TTGTGTTTCATATT---AAAAG-AACTCGAGGTGAATAATAA---AAAATCATCATACAGTTC
gi|29 : TGTTTCATATG---AAAAG-AACTTAAGGTGAATAAT-----AAtttgtataataa
gi|38 : tattgatatatctatttttaaaaagagaaaactttaatattataaaaaaaaatgtaataaacatcaattagtctacctgttatttttcgtattttttaaaaaatgacttttattaaatattgAGGTGAATAATGAA--AATGGCATTATAAAGTTCA
gi|36 : T-----AAGGTTATTATACAGTTCAATGTACAtccgtcaacatgtatcttattgtactcatca
22 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCCTGGAAACCCTGATAGATTTTTCACATTGGACAGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
Unaligned ( gi|16 ): GTCACGAAAATCCGGATAGATTTCACATAAGTGACGGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|17 ): GTCCCAAAAACCCGGATAGACGTTTCGTTTTGAACGGTTCGACCGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): GTCCCGAAAATATGAATAGATTTTTCATATTGGACGGTTTGGCTGTCCCAAATATTTGATTATAATTTCATTTTGAACGTTATGGAACGGTTACTCAAATTATATAAATACTCTGCATATCTTAGATATAGCATATAAGAGAAACTACTGAGGCACTCCTAATGAACACTGTGTCGTTTGAAACAACAAGCAACATGTATATGTTGAGAAATTGAAGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TCCCAAAAATCCGCATAGAATTTTCGTATTGGACGATTCGACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|20 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTGGACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|21 ): ACCCGAAAATCCAGATAGATTTTTCGTATTGGATGGTTTGACCGTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|28 ): ACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|30 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): AATAATATAATTTGAAAGTAATTACATAGTGTACAGTACAAAAGGGATTTTTATTGTACGGGTCTTTGTTGTGGTGATAACGTATATAGGAAGAGACGC
Unaligned ( gi|34 ): TATTCCAAAAGATATAAATAATTACAAATTGCTTTTTCTTTTTTATTAAAAACTAATACATAGCTGTGATAAGGTTTTATATTGATGTATCTAT
Unaligned ( gi|37 ): ATTATTCCTAAAGATATAATTAGATAATAGTCAATTTCAATTAATGAAACAGAAAAATAGCTGTGA
Unaligned ( gi|39 ): TAATTTTAATGATTGAATGTTGTGGAGAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCACAG
Unaligned ( gi|40 ): GTCCAGAAAAACCGGATAGATTTTTCGTATTGGACGGTTCGACTGT
Unaligned ( gi|41 ): TCCTGAAAATCCAGATGGATTTTTCGTATTAGCCGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|42 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTCG
Unaligned ( gi|43 ): CGTCCCGTAAATCCGGATATATTTTTCGTATTCGACCG
Unaligned ( gi|44 ): GTCCCGAAAATCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGT
Unaligned ( gi|45 ): TCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|46 ): GTCCCGAAATCCGGATAGAATTTTCGTATTGGACC
Unaligned ( gi|47 ): CGTCCCAAAAATCCGGATAGATTTTTCGTAT
Unaligned ( gi|48 ): GAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111111 11111111111111 11111111111111111111111111111 2222 1111111 111111111111 333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333 11111 3333333333
lowQualScore : 2 1 8888 2 5 2 33333333333333 444 33 2 77 1 1 333 22 1 44 00000000000000 5555555 11 99999999999999999999999999999 777777 1 8888 22 3333 22 0000000 555555555555 2 555555 333 22 0 333333333333333333333333333333 888888 333 66666 1 333 22 333 666666666666666666666666666666 1 44444 00000 1 1 5555555 44444 3333 3333 22 1 777777777 22 0000000000 333 99 66 44
lowQualScore : . . .... . . . .............. ... .. . .. . . ... .. . .. .............. ....... .. ............................. ...... . .... .. .... .. ....... ............ . ...... ... .. . .............................. ...... ... ..... . ... .. ... .............................. . ..... ..... . . ....... ..... .... .... .. . ......... .. .......... ... .. .. ..
lowQualScore : 9 0 2222 5 0 5 33333333333333 222 11 2 99 9 8 222 44 7 33 22222222222222 9999999 99 33333333333333333333333333333 444444 8 1111 88 9999 55 5555555 000000000000 3 222222 222 55 3 333333333333333333333333333333 999999 222 44444 8 222 55 222 444444444444444444444444444444 8 55555 77777 8 8 9999999 55555 2222 9999 66 9 666666666 22 2222222222 333 00 22 66
consensus : ATTCCAAA-ANATATAAAT-AGATACTTAA-A-A-ATT-----A-------TA--ATTTA--AAA-AA-GAAAGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT--A-TTATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------ACAT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---AAAA----ATTG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
Reference ( family-660 ) : ATTCCAAA-ANATATAA-T-AGATACTTAA-A-A-ATT-----A-------TN--ATTTA--AAA-AA-GAAAGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT--AATTATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------ACNT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---AAAA----ATTG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
gi|1 : AATAGCTG-TGAC---ATGGAA--A-TTG--TATTAATA--------------TTAAT-------ATATT-A--A------AT---------A---T----TGA------A------CAATTTTAAT--A-TTATA-AATAAAAAAA--AGTGATAAACAACAA-------CT------------ACCT------G---T--TAT----------------A-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---CAA
gi|1 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATATAT-T-AAATATTGAA-C-A-ATT-----T-------TA--ATATT--ATA-AA-TAAAAA-AAA-----G-TGAT---AAACAACAA-CTACCTGTTA-TA--------------TT-------------TCGT--A------TT---------T---T----TAA-------------CAACTTTAAT--A-TTATA-AA----AAGA--TGTTATGAACATCAA-------CT------------ACCT------G---T--TAT----------------T-------------TT-------C---GTAA----TT-TT---T--A-------------TT-----T-----TTTTTT-T-A-A-----A-----TA-AA-A-------TGG-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------TTTC-AAT---------TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--ACAAAG-GTCGTTATACAGTCCACAGTGTActttaatattataaaaagatgttatgaacatcaactacctgttattttcgtaatttttattttttttttaaataaaatggtttataaaattttatttcaatttgtgtttcatatgaaaagaactcgaggtgaataatacaaaggtcgttatacagtccacagtgtaataacc
gi|10 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagctgtgacatggaaattgtattaatattaTCCAAA-ATAT-T---T-AGATACTTAATA-A-AAT-----A-------TA-----TA--TAA-TG-GAAAAA-AAA--GCTG-TGAT---AAGGGA--A-T-----GTTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T----------T---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTA-T----TTA---AA----AAAA--TGTGATAAATATCAA-------CC------------ACCT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TTGTT---TGAAA---AAAA----ATGA-C--C-----TTTTGT-TAA-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--A---TTA---------AAAA-AATT--T---TTTTTTGTCTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAATA-AAAAAG-GTCATTATACAGTataacc
gi|11 : TTCAAAA-AGATATAA-TTGGATAATTAA-A-ACATT-----A-------TA--ATC-A--AAA-AA-GAAAGA-GA-TAGCTA-TGAC---AAAAGA--A-TTA--TATTAATA--------------T--AC-------TTAT------------TT---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTAAT--A-TTATC-AA----AAAA--T--------CA--AA-------CT------------ACAT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GT-------------------------A----GTTG-------------------A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--T-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T--------TGTTTCATATA---AAAAGAACTCGAGGTGAACAAT--AAAAAG-GTCAGTATACAGTGAAC--TGTATA
gi|11 : -GTTATTATACAGTTCAC--TGTATAataac
gi|12 : ttcaaaaagatataattggataattaaaacattataatcaaaaaagaaagagatagctatgacaaaagaattatattaatatacttattttttaaaagaccaaactttaatattatcaaaaaatcaaactacatgttatttttcgtagttgaaataaattgttttattaaattttaatttgatattgtttcatataaaaagaactcgaggtgaacaataaaaaggtcagATTCCAAA-ACATATAAAT-AGATCCTTTA-A-A-AT------A-------TA--ATTTA--AAA-AACGAAAAA-AAATTGCTG-TGA------------A-TTA--TATAAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A------TT---------T---------AA------AA-TAGCCAACTTTTAT--A-TGATC-AA----AAA---TATGATAAACATCAA-------CT------------ACAT------G---T--TATTTCCGTTAGTTTTTTGT-------------TTT------T---GTT-----TT-TT---T--AA---A---------TGAC--C-----ATTTGT-T-A-A-----A-----AA-AAGT-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT-GA--------TATTGTA-TTCATATA---AAAAGAACTCGA
gi|13 : tATTCCAAA-ACGTTTAAAT-AGATCCTTAA-A-A-AT------A-------TA--ATTTA--AAA-AA---AAGA-CAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGCT-------ATATT-T----------C---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT--ATGAATA-AA----AAAA--TGTGATAAACATTAA-------CT------------ACAT------G---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---ATA-----TT-TT---A--AA---AAAA----ATGA-C--C-----ATTTGTAA-A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATA-TTA---------ATCT-GA--------TATTGCGTTTCATATG---AAAAGAAC
gi|15 : ATTCGAAA-ACATATAAAT-AGATACTTAA-A-A-AT------A-------TA--AATTA--AAA-AA---AAGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--G-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A------TT---------T----------A------AA-GAGCCAACTGTAAT---ATTATC-AA----AAAA--TGTTAT-------------------------------------------------T----------------T-------------TCC------C---GTA-----TC-TT---A--AA---GAAA----ATGA-T--C-----GTTTGT-T-ACA-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TATAT--A-A----A--ATT-TAA---------CTCT-GA--------TATTGTGTTTGATATG---AAAAGAACCCGAGAT
gi|2 : tAAAGA-AAATA------------AAGTAC--A-TT---TATTGATA--------------GTGATATGGATGATATA-T--A------TTTAAGTAAAGT---T----TAA------AA-GAGCCAAA-TTAAT--TATTATC--A----AACA--TGTGATAAACATTAATCAATCCCTTAC---------ACAT------G---T--T-T----------------C-------------TTT------T---GTA-----CT-TT---T--GA---AAAA----ATGG-A--C-----ATTGAT-C-A-A-----AT----TA-AA-T-------TGTGACTGCTT--------------ATT-TGA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTTCATATA---AAAAGAAA-CGAGGTGAATAATAAAAAAAG-GTCACAATATAGTTTAC--TGTACA
gi|22 : aattagatacatactaatagtctttttaattATTCCAAA-ACATATAAAT-AGATACTTAA-AGA-AAT-----A-------TA--ATTTA--AAA-AG-GAAAGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TACTAATA--------------TTGAT-------ATATA-TTGATATATTTT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---ATTTTC--A----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------ACAT------G---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---GTA-----TT-TT---A--AA---ATTA----ATTA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----gtatggctttttattgtaatcttcaatgttgtcgtggaaacctgtattgaacgagacgcca
gi|23 : tTCCAAACATATA-AA-T-AGATACTTAA-A-C-AAG-----G-------GA--AATTA--AAA-AA-GAAAGA-AAATAGCTA-TGAT---AAAGAA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAACCAACTGTAAT---ATTATC--A----AAAA--TGTAA-------------------------------------------------GT----------------T-------------TTC------C---GTA-----TT-TT---A--AT---AAAA----ATGA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT---TA------TATTGTGTTTCATATG---AAAAGA
gi|24 : TTA--AAA-AG-AAGAAA-AAATAGCTGTTAAT---AAGGGA--A-CT
gi|24 : ttttaaA-GAGCCAACTTTAAT--A-TTATC-AA----AAA---TGAAATAAACATCAA-------CT------------ACAT------G---T--TAT----------------T-------------TTTTTAATTC---AAA-----TT-AT---T--AA---AAAA------TG----------TTCAGT-A-A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----GTTAT--A-ACTTTATTATTGTTA---------ATTTTAATA--CATGTATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGTTGAgagagccaactttaatattatcaaaaatgaaataaacatcaactacatgttatttttttaattcaaattattaaaaaatgttcagtaaaataaattgtgttataactttattattgttaattttaatacatgtattgtgtttcatatgaaaagaactcgagttga
gi|25 : ttttaattaaaaagaagaaaaaatagctgttaataagggaactgTT-T--A------TT---------T---TAAAATAA------AA--AGCCAACTTTAATCAAAATATA-AA----AAAA--TATGATAAACATCAA-------CT------------ACAT------TATTT--TAT----------------TCAAGTTAC-----TTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---AA--------TG-CGAC-----AATTAT-T-A-------------------T-------TGT-----T-------------A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTTGTATG---AAAAGAACTCAAAGTGAATAAT--AAAA
gi|26 : attccaaaagatatgtacatgcaattagaatttAAAGA-CAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--AATTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------T--------------------GA------TA-TATATAACTTTAAT--T-TTATC-AA----AAAA--T-TGATAAACATCAA-------CT------------ATGTTTTCAAG---T--TAT----------------T-------------TG-----------GTA-----TA-TT---T--AA---AGA-------TGAC--C-----ATATAT-TTA-A-----A-----TA-GA-T-------TGT-----TTT-----------------------------------GATA--T---TGTTGTATT----GTG---TAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AA
gi|27 : aGGA--G-TTG--TATTAATA--------------TTGAG-------ATATC-G--A-----------------T---T----TAA------AA-GAGCCAACGTTAAT---TTTATC-AT----GAAA--TG-AAAAAAAATCAA-------CT------------ACAT------T---T--TAT----------------T-------------TTT------TCAAGTT-----TC-TTTCGT--AATTCAAAATG--ATTG-------------TGT-T-A-A-----AAC---TT-TG-T-------TAT-----TTTTT------------ATT-TTA---------ATTT-AATAATT---TATTGTGTTTCATATC---AAAA
gi|29 : TA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AAAGAGAAAACTTTAAT--A-TTATA-AA----AAAAAATGTAATAAACATCAATTAGT--CT------------ACCT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--TA---AAAA----ATGA-C-----------------------------------------------T-----TTTAT--T-A----A--AT------------------------------ATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTTAAGGTGAATAAT--AA
gi|3 : -AAACATCTG-TGAT---AACACA--A-TTA--TATTCATACTAAGGCGATAAAATTGAT-------ATGTC-T--A------TT---------TAACT----TAATTTTTAAA-GATCAAACTGAAAT--A-TTATT-AA----CAA---TATAATAAGCATTAA-------CTCTCTATAGATTTACAT------G---T--TATATTTTCATGTTA----C-------------TTT------C---GTA-----TT-TA---T--AA---AAAATACAATTA-A--T-----TTATAT-T-A-ATTGTGA-----TA-GA-TCTATAACTGT-----ATTATTGA-T----A--AAT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGATTCCGATG---AAAAGAACTCGGGATGAATAAT--AAAAAATGTCAATATCCAATTCAC--TGTACA
gi|31 : aatatataaaactaatTTA-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----AA----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTCATATT---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAA--ATCATCATACAGTTCTT--TGTATAatatag
gi|33 : ATTCCAAA-ACATATAAAT-AGATGCTTGA-AGA-AGT-----A-------TA--ATTAA--AAAAAA-GAAAGA-AAATAGATG-TGATATAAAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------CTGAT-------ATAataa
gi|34 : ttATTCCAAA-AGATATAA-----ATAATTAC-A-A-ATT-----GCTTTTTCTT--TTTTATTAAA-AA-CTAAT--ACATAGCTG-TGAT---AAGG------TT-----TT-ATA--------------TTGAT-------GTATC-T--A------T
gi|35 : tATTCCAAA-AGATATA-----GATACTTTA-A-A-ATT-----A-------TATAATTTA--AAA-AA-GAAAGA-AAATTGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------T
gi|36 : attAAG-GTTATTATACAGTTCAA--TGTACA
gi|38 : tAGGTGAATAAT--GAAAAT-GGCATTATAAAGTTCAatacggatttatattgtacaagtcaatgttgtggtgaaaacctgt
gi|4 : ATTCCAAA-AGATATA-----GATACTTAA-A-A-ATT-----A-------TT--ATCTA--AAA-AA-GAAAGA-AAATAGCAG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---TG---TAA------AA-GAGCAAACTTTAAT--AATTATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCTA-------CT------------ATCT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---AAAA----ATTG-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----T--ATT-TTA---------ATTT-TATA--CATGTATTATGTTTCATATG---AAAAGAACTTGAGGTGAATAAT-----AAT-GTCATTATACAGTTCAA--TGAACAtccgtcaacatgtatcttattgtactcatca
gi|5 : ATTCCAAA-AGATATAAAT-AGATACTTAA-A-A-ATT-----A-------TT--A----------------------ATAGCTG-TGAT---AAGGTA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------A----------------------------------------------------AA-TTTAAT--A-TTATC-AA----AA-A--TGTGATAAACGTCAA-------CT------------AACT------G---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T--TG---A------------------------------A-A-----A-----TA-AA-T-------TGT-----TTCAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GAT---T-----TTGTGTTTCATATGAAAAAAAAAACACGAGGTGAATAATA-AAAAAA-GTAATTTGACAGTTCAT--TGTACA
gi|6 : TAAAA-T-AGATACTT--------TT-------------TT--ATT-A--GAA-AA-GAACAA-AAATAACTG-TAAT---GAGGAA--T-TTG--TATTAATA--------------TTGAT-----------C-T--A------TT---------T---------GA------AA-TAGCCAACTTTAAT---ATTATCAAA----AAAA--TGTGATAAACTTCAA-------CT------------ATAA------G---TAATTT----------------T-------------TTT------C---GTA-----TT-TT---T---A---AAAG----ATTA-C--CATTAATTTTGT-TAA-A-----A-----TATAT-T-------TTT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTACCTATG---ATAAGACCTCGGAGTGAAT-------AAAA-GTCATTATACAGTTCAC--TGTATActatttatttattgtactcgtcaatgttgaaaacctgt
gi|7 : TTCCAAA-AGATATAA-TTAGATACATAT-T-A-ATTTCTGTA-------TT--AATTG--AAA-AA--ATAGATAAATAGCTG-TGAT---AAGGG---A-TTGT-TATTAATA--------------TTCAT-------ATATC-T--A------TT---------C---C------A------AA-GAGCCAACT---------TCATC--A----AAAC--TGTGATAAACATCAA-------CTAC----------ACAT------A---T--TTT----------------TTTCAAATAAAAACTTT------C---GTA-----TT-TT---T--AA---AAGA---------C--CGAAA-ATTTAT-TAA-A-----A-----TA-GA-A-------TGT-----ATTAC--AGA----A--AGT-TTATTATTGTTTATTT-TAAA--TTGATATCGTGTTTTATATG---AAAAataa
gi|8 : TT-----T-------TT--ATTTA--AAA-AA-T---------TGATTG-TGAC---AATGGT--A-TTG--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAGCAAAC-TTAAT--AA-TAT--AA----AATA--TGTGATAAACTTCAA-------TT------------ACAT------G---G--TG-----------------C-------------TCT------C---GTGTTTTTTT-TT---T--AA---AAAA----ATGA-C--C-----ATTAAT-T-A-A-----AAAGTTTA-AG-T-------TG---------AT--A-A----A--A----TA---------NNNN-NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNA------TATTGTACAGTTAAC--TGTATAta
gi|9 : aatgttgaataatattctATTACAAA-AGATATAG-T----TACTTAA-A-G-AGT-----A-------AA--ATTTA--AAA-AT-AAAATA-AAATAGCTG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TTAT-----AA-GACCAAATTTCAAC--A-TTATC-CA----AAAA----TAATA---------------CT------------ATCT------G---T--T-----------------------------------------------A-----TT-TT---T-----------------------C-----GT-------------------------A-T-------T-T-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTG-AATA--T---T---GTGTTTCATATG---AAAAAAACTCGAGGTGAATGAT--AAAAAG-ATCATTATACAAGTCAC--CGTACAaaaact
21 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCCTGGAAACCCTGATAGATTTTTCACATTGGACAGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
Unaligned ( gi|16 ): GTCACGAAAATCCGGATAGATTTCACATAAGTGACGGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|17 ): GTCCCAAAAACCCGGATAGACGTTTCGTTTTGAACGGTTCGACCGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): GTCCCGAAAATATGAATAGATTTTTCATATTGGACGGTTTGGCTGTCCCAAATATTTGATTATAATTTCATTTTGAACGTTATGGAACGGTTACTCAAATTATATAAATACTCTGCATATCTTAGATATAGCATATAAGAGAAACTACTGAGGCACTCCTAATGAACACTGTGTCGTTTGAAACAACAAGCAACATGTATATGTTGAGAAATTGAAGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TCCCAAAAATCCGCATAGAATTTTCGTATTGGACGATTCGACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|20 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTGGACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|21 ): ACCCGAAAATCCAGATAGATTTTTCGTATTGGATGGTTTGACCGTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|28 ): ACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|30 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): AATAATATAATTTGAAAGTAATTACATAGTGTACAGTACAAAAGGGATTTTTATTGTACGGGTCTTTGTTGTGGTGATAACGTATATAGGAAGAGACGC
Unaligned ( gi|37 ): ATTATTCCTAAAGATATAATTAGATAATAGTCAATTTCAATTAATGAAACAGAAAAATAGCTGTGA
Unaligned ( gi|39 ): TAATTTTAATGATTGAATGTTGTGGAGAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCACAG
Unaligned ( gi|40 ): GTCCAGAAAAACCGGATAGATTTTTCGTATTGGACGGTTCGACTGT
Unaligned ( gi|41 ): TCCTGAAAATCCAGATGGATTTTTCGTATTAGCCGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|42 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTCG
Unaligned ( gi|43 ): CGTCCCGTAAATCCGGATATATTTTTCGTATTCGACCG
Unaligned ( gi|44 ): GTCCCGAAAATCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGT
Unaligned ( gi|45 ): TCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|46 ): GTCCCGAAATCCGGATAGAATTTTCGTATTGGACC
Unaligned ( gi|47 ): CGTCCCAAAAATCCGGATAGATTTTTCGTAT
Unaligned ( gi|48 ): GAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111111111 22222222222222222222222222 1111111 111111111111 333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333 1 11111 3333333333
lowQualScore : 1 55 2 2 2 2 0 1111111111111 2 33 55 33 44 1 1 1 333 22 1 44 00000000000000 5555555 22 22 11111111111111111111111111 555555 1 0 333 1 1 444 3333 22 3333 9999999999999 0000000 444444444444 555555 0 333 22 000000000000000000000000000000 888888 333 66666 5555555 1 333 22 444444444444444444444444444444444 1 0 1 44444 00000 333 1 1 5555555 44444 2222 3333 22 1 777777777 22 0000000000 333 99 66 44
lowQualScore : . .. . . . . . ............. . .. .. .. .. . . . ... .. . .. .............. ....... .. .. .......................... ...... . . ... . . ... .... .. .... ............. ....... ............ ...... . ... .. .............................. ...... ... ..... ....... . ... .. ................................. . . . ..... ..... ... . . ....... ..... .... .... .. . ......... .. .......... ... .. .. ..
lowQualScore : 0 11 4 4 4 4 7 2222222222222 2 11 33 11 22 9 8 7 222 44 7 33 22222222222222 7777777 00 44 22222222222222222222222222 222222 7 5 000 7 7 999 7777 44 7777 6666666666666 0000000 333333333333 000000 4 000 44 444444444444444444444444444444 555555 000 11111 7777777 7 000 44 222222222222222222222222222222222 7 4 7 33333 22222 000 7 7 7777777 33333 7777 9999 66 9 666666666 22 2222222222 333 00 22 66
consensus : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
Reference ( family-660 ) : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
gi|1 : AATAGCTG-TGAC---ATGGAA--A-TTG--TATTAATA--------------TTAAT-------ATATT-A--A------AT---------A---T----TGA------A------CAATTTTAAT---A-TT-ATA-AATAAAAAAA--A----GTGATA-------------AACAACAA-------CT------------A------CCTG---T--TAT----------------A-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------CAA
gi|1 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATATAT---TAAATATTG-AA-C-A-ATT-----T-------T-A--ATA--TT--ATAAA-TAA-AAA-AAA-----G-TGAT---AAACAACAA-CTACCTGTTA-TA--------------TT-------------TCGT--A------TT---------T---T----TAA-------------CAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAGA--T----GTTATG-------------AACATCAA-------CT------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TT-------C---GTAA----T-------T-TT---T--A------------------T--T-----T-----TTTTTT-T-A-A-----A-----T---A-AA-A-------TGG-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------TTTC-AAT---------TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--ACAAAG-GTCGTTATACAGTCCACAGTGTActttaatattataaaaagatgttatgaacatcaactacctgttattttcgtaatttttattttttttttaaataaaatggtttataaaattttatttcaatttgtgtttcatatgaaaagaactcgaggtgaataatacaaaggtcgttatacagtccacagtgtaataacc
gi|10 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagctgtgacatggaaattgtattaatattTCCAAAATAT-T---TAGATACTT-AATA-A-AAT-----A-------T-A-------TA--TAATG-GAA-AAA-AAA--GCTG-TGAT---AAGGGA--A-T-----GTTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T----------T---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTA-T-----TT-A---AA----AAAA--T----GTGATA-------------AATATCAA-------CC------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------TGTT---TGAAA--------AAAA----AT--GA-C--C-----TTTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--A---TTA---------AAAA-AATT--T---TTTTTTGTCTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAATA-AAAAAG-GTCATTATACAGTataacc
gi|11 : TTCAAAAAGATATAATTGGATAATT-AA-A-ACATT-----A-------T-A--ATC---A--AAAAA-GAA-AGA-GA-TAGCTA-TGAC---AAAAGA--A-TTA--TATTAATA--------------T--AC-------TTAT------------TT---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T-------------------------CA--AA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GT-------------------------------------A----GT--TG-------------------A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--T-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T--------TGTTTCATATA---AAAAGAACTCGAGGTGAACAAT--AAAAAG-GTCAGTATACAGTGAAC--TGTATA
gi|11 : -GTTATTATACAGTTCAC--TGTATAataac
gi|12 : ttcaaaaagatataattggataattaaaacattataatcaaaaaagaaagagatagctatgacaaaagaattatattaatatacttattttttaaaagaccaaactttaatattatcaaaaaatcaaactacatgttatttttcgtagttgaaataaattgttttattaaattttaatttgatattgtttcatataaaaagaactcgaggtgaacaataaaaaggtcagATTCCAAAACATATAAATAGATCCTT-TA-A-A-A-T-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAACGAA-AAA-AAATTGCTG-T----------GA--A-TTA--TATAAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-TAGCCAACTTTTAT---A-TG-ATC--A----AAAA--T----ATGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TATTTCCGTTAGTTTTTTGT-------------TTT------T---GTT-----T-------T-TT---T--AA--------A-----------TGAC--C-----ATTTGT-T-A-A-----A-----A---A-AAGT-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT-GA--------TATTGTA-TTCATATA---AAAAGAACTCGA
gi|13 : tATTCCAAAACGTTTAAATAGATCCTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--ATT--TA--AAAAA---A-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGCT-------ATATT-----------TC---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TGAATA-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATTAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---ATA-----T-------T-TT---A--AA--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTTGTAA-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATA-TTA---------ATCT-GA--------TATTGCGTTTCATATG---AAAAGAAC
gi|15 : ATTCGAAAACATATAAATAGATACTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--AAT--TA--AAAAA---A-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--G-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A------TT---------T----------A------AA-GAGCCAACTGTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTTAT--------------------------------------------------------------T----------------T-------------TCC------C---GTA-----T-------C-TT---A--AA--------GAAA----AT--GA-T--C-----GTTTGT-T-ACA-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TATAT--A-A----A--ATT-TAA---------CTCT-GA--------TATTGTGTTTGATATG---AAAAGAACCCGAGAT
gi|2 : tAA-AGA-AAATA------------AAGTAC--A-TT---TATTGATA--------------GTGATATGGATGATATA-T--A------TTTAAGTAAAGT---T----TAA------AA-GAGCCAAATTAATT---A-TT-ATC--A----AACA--T----GTGATA-------------AACATTAATCAATCCCTTAC---------A------CATG---T--T-T----------------C-------------TTT------T---GTA-----C-------T-TT---T--GA--------AAAA----AT--GG-A--C-----ATTGAT-C-A-A-----AT----T---A-AA-T-------TGTGACTGCTT--------------ATT-TGA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTTCATATA---AAAAGAAA-CGAGGTGAATAATAAAAAAAG-GTCACAATATAGTTTAC--TGTACA
gi|22 : aattagatacatactaatagtctttttaattATTCCAAAACATATAAATAGATACTT-AA-AGA-AAT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAG-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TACTAATA--------------TTGAT-------ATATA-TTGATATATTTT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-TTC--A----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---GTA-----T-------T-TT---A--AA--------ATTA----AT--TA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----gtatggctttttattgtaatcttcaatgttgtcgtggaaacctgtattgaacgagacgcca
gi|23 : tTCCAAA-CATATAAATAGATACTT-AA-A-C-AAG-----G-------G-A--AAT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTA-TGAT---AAAGAA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAACCAACTGTAAT---A-TT-ATC--A----AAAA--T----GTAA--------------------------------------------------------------GT----------------T-------------TTC------C---GTA-----T-------T-TT---A--AT--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT---TA------TATTGTGTTTCATATG---AAAAGA
gi|24 : TT-----T-------T-A--ATT------AAAAA-GAAGAAA-AAATAGCTGTTAAT---AAGGGA--A-CT
gi|24 : A-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAA---T----GAAATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTTTAATTC---AAA-----T-------T-AT---T--AA--------AAAA--------TG----------TTCAGT-A-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----GTTAT--A-ACTTTATTATTGTTA---------ATTTTAATA--CATGTATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGTTGAgagagccaactttaatattatcaaaaatgaaataaacatcaactacatgttatttttttaattcaaattattaaaaaatgttcagtaaaataaattgtgttataactttattattgttaattttaatacatgtattgtgtttcatatgaaaagaactcgagttga
gi|25 : ttttaattaaaaagaagaaaaaatagctgttaataagggaactgTT-T--A------TT---------T---TAAAATAA------AA--AGCCAACTTTAATCAAA-AT-ATA-AA----AAAA--T----ATGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATTATTT--TAT----------------TCAAGTTAC-----TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AA----------TG-CGAC-----AATTAT-T-A----------------------T-------TGT-----T-------------A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTTGTATG---AAAAGAACTCAAAGTGAATAAT--AAAA
gi|26 : attccaaaagatatgtacatgcaattagaatttAA-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--AATTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------T--------------------GA------TA-TATATAACTTTAAT---T-TT-ATC-AA----AAAA--T-----TGATA-------------AACATCAA-------CT------------ATGTTTTCAAG---T--TAT----------------T-------------TG-----------GTA-----T-------A-TT---T--AA--------AGA---------TGAC--C-----ATATAT-TTA-A-----A-----T---A-GA-T-------TGT-----TTT-----------------------------------GATA--T---TGTTGTATT----GTG---TAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AA
gi|27 : aGGA--G-TTG--TATTAATA--------------TTGAG-------ATATC-G--A------TT---------T---------AA------AA-GAGCCAACGTTAAT---T-TT-ATC-AT----GAAA--T----G-AAAA-------------AAAATCAA-------CT------------A------CATT---T--TAT----------------T-------------TTT------TCAAGTT-----T-------C-TTTCGT--AATTC-----AAAATG--AT--TG-------------TGT-T-A-A-----AAC---T---T-TG-T-------TAT-----TTTTT------------ATT-TTA---------ATTT-AATAATT---TATTGTGTTTCATATC---AAAA
gi|29 : TA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AAAGAGAAAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAAAAAT----GTAATA-------------AACATCAATTAGT--CT------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TA--------AAAA----AT--GA-C--------------------------------------------------T-----TTTAT--T-A----A--AT------------------------------ATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTTAAGGTGAATAAT--AA
gi|3 : -AAACATCTG-TGAT---AACACA--A-TTA--TATTCATACTAAGGCGATAAAATTGAT-------ATGTC-T--A------TT---------TAACT----TAATTTTTAAA-GATCAAACTGAAAT---A-TT-ATT-AA----CAA---T----ATAATA-------------AGCATTAA-------CTCTCTATAGATTTA------CATG---T--TATATTTTCATGTTA----C-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TA---T--AA--------AAAATACAAT--TA-A--T-----TTATAT-T-A-ATTGTGA-----T---A-GA-TCTATAACTGT-----ATTATTGA-T----A--AAT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGATTCCGATG---AAAAGAACTCGGGATGAATAAT--AAAAAATGTCAATATCCAATTCAC--TGTACA
gi|31 : aatatataaaactaatT--TA-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----AA----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTCATATT---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAA--ATCATCATACAGTTCTT--TGTATAatatag
gi|33 : ATTCCAAAACATATAAATAGATGCTTGAA-G-A-AGT-----A-------T-A--ATTA-AA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGATG-TGATATAAAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------CTGAT-------ATAataa
gi|34 : ttATTCCAAAAGATATAAATAA----TT-AC-A-A-ATT-----GCTTTTTCT-T--TTT--TATTAAAAA-CTA-ATA-CA-TAGCTG-TGAT---AAGG------TT-----TT-ATA--------------TTGAT-------GTATC-T--A------T
gi|35 : tATTCCAAAAGATATA----GATACTT-TA-A-A-ATT-----A-------T-ATAATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATTGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------T
gi|36 : attAAG-GTTATTATACAGTTCAA--TGTACA
gi|37 : tATTCCTAAAGATATAATTAGATAATA-GT-C-A-ATT-----T-------C-A--ATTAATG--AAACA-GA----A-AAATAGCTG-TGAatacggatttatattgtacaagtcaatgttgtggtgaaaacctgt
gi|38 : attAGGTGAATAAT--GAAAAT-GGCATTATAAAGTTCA
gi|4 : ATTCCAAAAGATATA----GATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-T--ATC--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCAG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---TG---TAA------AA-GAGCAAACTTTAAT---AATT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCTA-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----T--ATT-TTA---------ATTT-TATA--CATGTATTATGTTTCATATG---AAAAGAACTTGAGGTGAATAAT-----AAT-GTCATTATACAGTTCAA--TGAACAtccgtcaacatgtatcttattgtactcatca
gi|5 : ATTCCAAAAGATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T---------TA--A----------------TAGCTG-TGAT---AAGGTA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------A----------------------------------------------------AA-TTTAAT---A-TT-ATC-AA----AA-A--T----GTGATA-------------AACGTCAA-------CT------------A------ACTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TG--------A--------------------------------A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTCAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GAT---T-----TTGTGTTTCATATGAAAAAAAAAACACGAGGTGAATAATA-AAAAAA-GTAATTTGACAGTTCAT--TGTACA
gi|6 : AAATAGATACTT---------TT-----T-------T-A----T--TA--GAAAA-GAA-CAA-AAATAACTG-TAAT---GAGGAA--T-TTG--TATTAATA--------------TTG-----------ATC-T--A-----------------T---T----TGA------AA-TAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATCAAA----AAAA--T----GTGATA-------------AACTTCAA-------CT------------A------TAAG---TAATTT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T---A--------AAAG----AT--TA-C--CATTAATTTTGT-TAA-A-----A-----T---ATAT-T-------TTT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTACCTATG---ATAAGACCTCGGAGTGAAT-------AAAA-GTCATTATACAGTTCAC--TGTATActatttatttattgtactcgtcaatgttgaaaacctgt
gi|7 : taTTCCAAAAGATATAATTAGATACAT-AT-T-A-ATTTCTGTA-------TTA--ATT--GA--AAAAA-TA---GATAAATAGCTG-TGAT---AAGGG---A-TTGT-TATTAATA--------------TTCAT-------ATATC-T--A------TT---------C---C------A------AA-GAGCCAACT----------TC-ATC--A----AAAC--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CTAC----------A------CATA---T--TTT----------------TTTCAAATAAAAACTTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAGA-----------C--CGAAA-ATTTAT-TAA-A-----A-----T---A-GA-A-------TGT-----ATTAC--AGA----A--AGT-TTATTATTGTTTATTT-TAAA--TTGATATCGTGTTTTATATG---AAAAataa
gi|8 : A-AAA-AATTGATTG-TGAC---AATGGT--A-TTG--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAGCAAAC-TTAAT---A-AT-AT--AA----AATA--T----GTGATA-------------AACTTCAA-------TT------------A------CATG---G--TG-----------------C-------------TCT------C---GTGTTTTTT-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTAAT-T-A-A-----AAAGTTT---A-AG-T-------TG---------AT--A-A----A--A----TA---------NNNN-NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNA------TATTGTACAGTTAAC--TGTATAta
gi|9 : aatgttgaataatattcttttttatttATTACAAAAGATATA----GTTACTT-AA-A-G-AGT-----A-------A-A--ATT--TA--AAAAT-AAA-ATA-AAATAGCTG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--AT-----TT---------T---T----TAT------AA-GACCAAATTTCAAC---A-TT-ATC-CA----AAAA--------TAAT---------------------A-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TA--------TAAA----AT--T------------TTAAT-T-G-A-----A-----T---A-TT-G-------TGT-----TTCAT--A-aaaact
gi|9 : ttGAT-------ATAGT-T--A------CT---------T----------A------AA-GAGTAAAATTTAAA---A-AT-AAA-AT----AAAA--TAGCTGTGATATGGGAATTATATTAATATTGA--------T------------A------TAT----C--TAT----------------T-------------TTT------T---ATA-----AGACCAAAT-TT---C--AACATTATCCAAAA----ATAATA-C--T-----ATCTGT-T-A-T-----T-----TTTCG-TA-T-------T-T-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTG-AATA--T---T---GTGTTTCATATG---AAAAAAACTCGAGGTGAATGAT--AAAAAG-ATCATTATACAAGTCAC--CGTACAtgaaaaaaactcgaggtgaatgataaaaagatcattatacaagtcaccgtacaatatggatgtttttgtactcgtca
20 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCCTGGAAACCCTGATAGATTTTTCACATTGGACAGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
Unaligned ( gi|16 ): GTCACGAAAATCCGGATAGATTTCACATAAGTGACGGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|17 ): GTCCCAAAAACCCGGATAGACGTTTCGTTTTGAACGGTTCGACCGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): GTCCCGAAAATATGAATAGATTTTTCATATTGGACGGTTTGGCTGTCCCAAATATTTGATTATAATTTCATTTTGAACGTTATGGAACGGTTACTCAAATTATATAAATACTCTGCATATCTTAGATATAGCATATAAGAGAAACTACTGAGGCACTCCTAATGAACACTGTGTCGTTTGAAACAACAAGCAACATGTATATGTTGAGAAATTGAAGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TCCCAAAAATCCGCATAGAATTTTCGTATTGGACGATTCGACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|20 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTGGACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|21 ): ACCCGAAAATCCAGATAGATTTTTCGTATTGGATGGTTTGACCGTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|28 ): ACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|30 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): AATAATATAATTTGAAAGTAATTACATAGTGTACAGTACAAAAGGGATTTTTATTGTACGGGTCTTTGTTGTGGTGATAACGTATATAGGAAGAGACGC
Unaligned ( gi|39 ): TAATTTTAATGATTGAATGTTGTGGAGAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCACAG
Unaligned ( gi|40 ): GTCCAGAAAAACCGGATAGATTTTTCGTATTGGACGGTTCGACTGT
Unaligned ( gi|41 ): TCCTGAAAATCCAGATGGATTTTTCGTATTAGCCGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|42 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTCG
Unaligned ( gi|43 ): CGTCCCGTAAATCCGGATATATTTTTCGTATTCGACCG
Unaligned ( gi|44 ): GTCCCGAAAATCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGT
Unaligned ( gi|45 ): TCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|46 ): GTCCCGAAATCCGGATAGAATTTTCGTATTGGACC
Unaligned ( gi|47 ): CGTCCCAAAAATCCGGATAGATTTTTCGTAT
Unaligned ( gi|48 ): GAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111111111 22222222222222222222222222 1111111 111111111111 333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333 1 11111 3333333333
lowQualScore : 1 55 2 2 2 2 0 1111111111111 2 33 55 33 44 1 1 1 333 22 1 44 00000000000000 5555555 22 22 11111111111111111111111111 555555 1 0 333 1 1 444 3333 22 3333 9999999999999 0000000 444444444444 555555 0 333 22 000000000000000000000000000000 888888 333 66666 5555555 1 333 22 444444444444444444444444444444444 1 0 1 44444 00000 333 1 1 5555555 44444 2222 3333 22 1 777777777 22 0000000000 333 99 66 44
lowQualScore : . .. . . . . . ............. . .. .. .. .. . . . ... .. . .. .............. ....... .. .. .......................... ...... . . ... . . ... .... .. .... ............. ....... ............ ...... . ... .. .............................. ...... ... ..... ....... . ... .. ................................. . . . ..... ..... ... . . ....... ..... .... .... .. . ......... .. .......... ... .. .. ..
lowQualScore : 0 11 4 4 4 4 7 2222222222222 2 11 33 11 22 9 8 7 222 44 7 33 22222222222222 7777777 00 44 22222222222222222222222222 222222 7 5 000 7 7 999 7777 44 7777 6666666666666 0000000 333333333333 000000 4 000 44 444444444444444444444444444444 555555 000 11111 7777777 7 000 44 222222222222222222222222222222222 7 4 7 33333 22222 000 7 7 7777777 33333 7777 9999 66 9 666666666 22 2222222222 333 00 22 66
consensus : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
Reference ( family-660 ) : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
gi|1 : AATAGCTG-TGAC---ATGGAA--A-TTG--TATTAATA--------------TTAAT-------ATATT-A--A------AT---------A---T----TGA------A------CAATTTTAAT---A-TT-ATA-AATAAAAAAA--A----GTGATA-------------AACAACAA-------CT------------A------CCTG---T--TAT----------------A-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------CAA
gi|1 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATATAT---TAAATATTG-AA-C-A-ATT-----T-------T-A--ATA--TT--ATAAA-TAA-AAA-AAA-----G-TGAT---AAACAACAA-CTACCTGTTA-TA--------------TT-------------TCGT--A------TT---------T---T----TAA-------------CAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAGA--T----GTTATG-------------AACATCAA-------CT------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TT-------C---GTAA----T-------T-TT---T--A------------------T--T-----T-----TTTTTT-T-A-A-----A-----T---A-AA-A-------TGG-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------TTTC-AAT---------TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--ACAAAG-GTCGTTATACAGTCCACAGTGTActttaatattataaaaagatgttatgaacatcaactacctgttattttcgtaatttttattttttttttaaataaaatggtttataaaattttatttcaatttgtgtttcatatgaaaagaactcgaggtgaataatacaaaggtcgttatacagtccacagtgtaataacc
gi|10 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagctgtgacatggaaattgtattaatattTCCAAAATAT-T---TAGATACTT-AATA-A-AAT-----A-------T-A-------TA--TAATG-GAA-AAA-AAA--GCTG-TGAT---AAGGGA--A-T-----GTTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T----------T---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTA-T-----TT-A---AA----AAAA--T----GTGATA-------------AATATCAA-------CC------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------TGTT---TGAAA--------AAAA----AT--GA-C--C-----TTTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--A---TTA---------AAAA-AATT--T---TTTTTTGTCTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAATA-AAAAAG-GTCATTATACAGTataacc
gi|11 : TTCAAAAAGATATAATTGGATAATT-AA-A-ACATT-----A-------T-A--ATC---A--AAAAA-GAA-AGA-GA-TAGCTA-TGAC---AAAAGA--A-TTA--TATTAATA--------------T--AC-------TTAT------------TT---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T-------------------------CA--AA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GT-------------------------------------A----GT--TG-------------------A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--T-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T--------TGTTTCATATA---AAAAGAACTCGAGGTGAACAAT--AAAAAG-GTCAGTATACAGTGAAC--TGTATA
gi|11 : -GTTATTATACAGTTCAC--TGTATAataac
gi|12 : ttcaaaaagatataattggataattaaaacattataatcaaaaaagaaagagatagctatgacaaaagaattatattaatatacttattttttaaaagaccaaactttaatattatcaaaaaatcaaactacatgttatttttcgtagttgaaataaattgttttattaaattttaatttgatattgtttcatataaaaagaactcgaggtgaacaataaaaaggtcagATTCCAAAACATATAAATAGATCCTT-TA-A-A-A-T-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAACGAA-AAA-AAATTGCTG-T----------GA--A-TTA--TATAAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-TAGCCAACTTTTAT---A-TG-ATC--A----AAAA--T----ATGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TATTTCCGTTAGTTTTTTGT-------------TTT------T---GTT-----T-------T-TT---T--AA--------A-----------TGAC--C-----ATTTGT-T-A-A-----A-----A---A-AAGT-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT-GA--------TATTGTA-TTCATATA---AAAAGAACTCGA
gi|13 : tATTCCAAAACGTTTAAATAGATCCTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--ATT--TA--AAAAA---A-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGCT-------ATATT-----------TC---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TGAATA-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATTAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---ATA-----T-------T-TT---A--AA--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTTGTAA-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATA-TTA---------ATCT-GA--------TATTGCGTTTCATATG---AAAAGAAC
gi|15 : ATTCGAAAACATATAAATAGATACTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--AAT--TA--AAAAA---A-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--G-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A------TT---------T----------A------AA-GAGCCAACTGTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTTAT--------------------------------------------------------------T----------------T-------------TCC------C---GTA-----T-------C-TT---A--AA--------GAAA----AT--GA-T--C-----GTTTGT-T-ACA-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TATAT--A-A----A--ATT-TAA---------CTCT-GA--------TATTGTGTTTGATATG---AAAAGAACCCGAGAT
gi|2 : tAA-AGA-AAATA------------AAGTAC--A-TT---TATTGATA--------------GTGATATGGATGATATA-T--A------TTTAAGTAAAGT---T----TAA------AA-GAGCCAAATTAATT---A-TT-ATC--A----AACA--T----GTGATA-------------AACATTAATCAATCCCTTAC---------A------CATG---T--T-T----------------C-------------TTT------T---GTA-----C-------T-TT---T--GA--------AAAA----AT--GG-A--C-----ATTGAT-C-A-A-----AT----T---A-AA-T-------TGTGACTGCTT--------------ATT-TGA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTTCATATA---AAAAGAAA-CGAGGTGAATAATAAAAAAAG-GTCACAATATAGTTTAC--TGTACA
gi|22 : aattagatacatactaatagtctttttaattATTCCAAAACATATAAATAGATACTT-AA-AGA-AAT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAG-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TACTAATA--------------TTGAT-------ATATA-TTGATATATTTT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-TTC--A----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTC-----C---GTA-----T-------T-TT---A--AA--------ATTA----AT--TA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----gtatggctttttattgtaatcttcaatgttgtcgtggaaacctgtattgaacgagacgcca
gi|23 : tTCCAAA-CATATAAATAGATACTT-AA-A-C-AAG-----G-------G-A--AAT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTA-TGAT---AAAGAA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAACCAACTGTAAT---A-TT-ATC--A----AAAA--T----GTAA--------------------------------------------------------------GT----------------T-------------TTC------C---GTA-----T-------T-TT---A--AT--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTTGT-TAA-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATGT---TA------TATTGTGTTTCATATG---AAAAGA
gi|24 : TT-----T-------T-A--ATT------AAAAA-GAAGAAA-AAATAGCTGTTAAT---AAGGGA--A-CT
gi|24 : A-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAA---T----GAAATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTTTAATTC---AAA-----T-------T-AT---T--AA--------AAAA--------TG----------TTCAGT-A-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----GTTAT--A-ACTTTATTATTGTTA---------ATTTTAATA--CATGTATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGTTGAgagagccaactttaatattatcaaaaatgaaataaacatcaactacatgttatttttttaattcaaattattaaaaaatgttcagtaaaataaattgtgttataactttattattgttaattttaatacatgtattgtgtttcatatgaaaagaactcgagttga
gi|25 : ttttaattaaaaagaagaaaaaatagctgttaataagggaactgTT-T--A------TT---------T---TAAAATAA------AA--AGCCAACTTTAATCAAA-AT-ATA-AA----AAAA--T----ATGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATTATTT--TAT----------------TCAAGTTAC-----TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AA----------TG-CGAC-----AATTAT-T-A----------------------T-------TGT-----T-------------A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTTGTATG---AAAAGAACTCAAAGTGAATAAT--AAAA
gi|26 : attccaaaagatatgtacatgcaattagaatttAA-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--AATTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------T--------------------GA------TA-TATATAACTTTAAT---T-TT-ATC-AA----AAAA--T-----TGATA-------------AACATCAA-------CT------------ATGTTTTCAAG---T--TAT----------------T-------------TG-----------GTA-----T-------A-TT---T--AA--------AGA---------TGAC--C-----ATATAT-TTA-A-----A-----T---A-GA-T-------TGT-----TTT-----------------------------------GATA--T---TGTTGTATT----GTG---TAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AA
gi|27 : aGGA--G-TTG--TATTAATA--------------TTGAG-------ATATC-G--A------TT---------T---------AA------AA-GAGCCAACGTTAAT---T-TT-ATC-AT----GAAA--T----G-AAAA-------------AAAATCAA-------CT------------A------CATT---T--TAT----------------T-------------TTT------TCAAGTT-----T-------C-TTTCGT--AATTC-----AAAATG--AT--TG-------------TGT-T-A-A-----AAC---T---T-TG-T-------TAT-----TTTTT------------ATT-TTA---------ATTT-AATAATT---TATTGTGTTTCATATC---AAAA
gi|29 : TA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AAAGAGAAAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAAAAAT----GTAATA-------------AACATCAATTAGT--CT------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TA--------AAAA----AT--GA-C--------------------------------------------------T-----TTTAT--T-A----A--AT------------------------------ATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTTAAGGTGAATAAT--AA
gi|3 : -AAACATCTG-TGAT---AACACA--A-TTA--TATTCATACTAAGGCGATAAAATTGAT-------ATGTC-T--A------TT---------TAACT----TAATTTTTAAA-GATCAAACTGAAAT---A-TT-ATT-AA----CAA---T----ATAATA-------------AGCATTAA-------CTCTCTATAGATTTA------CATG---T--TATATTTTCATGTTA----C-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TA---T--AA--------AAAATACAAT--TA-A--T-----TTATAT-T-A-ATTGTGA-----T---A-GA-TCTATAACTGT-----ATTATTGA-T----A--AAT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGATTCCGATG---AAAAGAACTCGGGATGAATAAT--AAAAAATGTCAATATCCAATTCAC--TGTACA
gi|31 : aatatataaaactaatT--TA-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----AA----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---T---GTGTTTCATATT---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAA--ATCATCATACAGTTCTT--TGTATAatatag
gi|33 : ATTCCAAAACATATAAATAGATGCTTGAA-G-A-AGT-----A-------T-A--ATTA-AA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGATG-TGATATAAAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------CTGAT-------ATAataa
gi|34 : ttATTCCAAAAGATATAAATAA----TT-AC-A-A-ATT-----GCTTTTTCT-T--TTT--TATTAAAAA-CTA-ATA-CA-TAGCTG-TGAT---AAGG------TT-----TT-ATA--------------TTGAT-------GTATC-T--A------T
gi|35 : tATTCCAAAAGATATA----GATACTT-TA-A-A-ATT-----A-------T-ATAATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATTGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------T
gi|36 : attAAG-GTTATTATACAGTTCAA--TGTACA
gi|37 : tATTCCTAAAGATATAATTAGATAATA-GT-C-A-ATT-----T-------C-A--ATTAATG--AAACA-GA----A-AAATAGCTG-TGAatacggatttatattgtacaagtcaatgttgtggtgaaaacctgt
gi|38 : attAGGTGAATAAT--GAAAAT-GGCATTATAAAGTTCA
gi|4 : ATTCCAAAAGATATA----GATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-T--ATC--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCAG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---TG---TAA------AA-GAGCAAACTTTAAT---AATT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCTA-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----TTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----T--ATT-TTA---------ATTT-TATA--CATGTATTATGTTTCATATG---AAAAGAACTTGAGGTGAATAAT-----AAT-GTCATTATACAGTTCAA--TGAACAtccgtcaacatgtatcttattgtactcatca
gi|5 : ATTCCAAAAGATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T---------TA--A----------------TAGCTG-TGAT---AAGGTA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------A----------------------------------------------------AA-TTTAAT---A-TT-ATC-AA----AA-A--T----GTGATA-------------AACGTCAA-------CT------------A------ACTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TG--------A--------------------------------A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTCAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GAT---T-----TTGTGTTTCATATGAAAAAAAAAACACGAGGTGAATAATA-AAAAAA-GTAATTTGACAGTTCAT--TGTACA
gi|6 : AAATAGATACTT---------TT-----T-------T-A----T--TA--GAAAA-GAA-CAA-AAATAACTG-TAAT---GAGGAA--T-TTG--TATTAATA--------------TTG-----------ATC-T--A-----------------T---T----TGA------AA-TAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATCAAA----AAAA--T----GTGATA-------------AACTTCAA-------CT------------A------TAAG---TAATTT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T---A--------AAAG----AT--TA-C--CATTAATTTTGT-TAA-A-----A-----T---ATAT-T-------TTT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GA--------TATTGTGTTACCTATG---ATAAGACCTCGGAGTGAAT-------AAAA-GTCATTATACAGTTCAC--TGTATActatttatttattgtactcgtcaatgttgaaaacctgt
gi|7 : taTTCCAAAAGATATAATTAGATACAT-AT-T-A-ATTTCTGTA-------TTA--ATT--GA--AAAAA-TA---GATAAATAGCTG-TGAT---AAGGG---A-TTGT-TATTAATA--------------TTCAT-------ATATC-T--A------TT---------C---C------A------AA-GAGCCAACT----------TC-ATC--A----AAAC--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CTAC----------A------CATA---T--TTT----------------TTTCAAATAAAAACTTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAGA-----------C--CGAAA-ATTTAT-TAA-A-----A-----T---A-GA-A-------TGT-----ATTAC--AGA----A--AGT-TTATTATTGTTTATTT-TAAA--TTGATATCGTGTTTTATATG---AAAAataa
gi|8 : A-AAA-AATTGATTG-TGAC---AATGGT--A-TTG--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAGCAAAC-TTAAT---A-AT-AT--AA----AATA--T----GTGATA-------------AACTTCAA-------TT------------A------CATG---G--TG-----------------C-------------TCT------C---GTGTTTTTT-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--GA-C--C-----ATTAAT-T-A-A-----AAAGTTT---A-AG-T-------TG---------AT--A-A----A--A----TA---------NNNN-NNNN--N---NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNA------TATTGTACAGTTAAC--TGTATAta
gi|9 : aatgttgaataatattcttttttatttATTACAAAAGATATA----GTTACTT-AA-A-G-AGT-----A-------A-A--ATT--TA--AAAAT-AAA-ATA-AAATAGCTG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--AT-----TT---------T---T----TAT------AA-GACCAAATTTCAAC---A-TT-ATC-CA----AAAA--------TAAT---------------------A-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--TA--------TAAA----AT--T------------TTAAT-T-G-A-----A-----T---A-TT-G-------TGT-----TTCAT--A-aaaact
gi|9 : ttGAT-------ATAGT-T--A------CT---------T----------A------AA-GAGTAAAATTTAAA---A-AT-AAA-AT----AAAA--TAGCTGTGATATGGGAATTATATTAATATTGA--------T------------A------TAT----C--TAT----------------T-------------TTT------T---ATA-----AGACCAAAT-TT---C--AACATTATCCAAAA----ATAATA-C--T-----ATCTGT-T-A-T-----T-----TTTCG-TA-T-------T-T-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTG-AATA--T---T---GTGTTTCATATG---AAAAAAACTCGAGGTGAATGAT--AAAAAG-ATCATTATACAAGTCAC--CGTACAtgaaaaaaactcgaggtgaatgataaaaagatcattatacaagtcaccgtacaatatggatgtttttgtactcgtca
blockSeqs : T AT G T G C GCTTTTTC T TA AA TT CG G T T ATA CA A CC CTAAGGCGATAAAA ATGGATG CG TG TTTAAGTAAAGTT TTTTTA A CAA A A CAA . AA AGCT TGGGAATTATATT TCAATCC CTCTATAGATTT TGTTTT ATT AA TTCCGTTAGTTTTTTGT TTAATT CAA TTTTT GACCAAA G TCG GA CATTATCCAAAAATAATACTA A A C TTGTG AAGTT TTC T G CTATAAC GACTG TGA CTTT TT G TTATTGTTT TA TACATGTA AAA AA AT .
blockSeqs : G AA . . . . TCTGTA . . A . G . . . . . . T . . C . TATATTTTTT . . . . . AA . . . . TTAGT TAC . . . TTTCAAATAAAAAC C . A . . . . AAAGATTACCATTAAT . A . . AC . . . . . AG . . . . A TACATGTA . A G .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . T . TTTTAAAA . . . . . CA . . . . . AC . . . ATTTTCATGTTAC C . . . . . . AAAATACAATTAATT . A . . T . . . . . A . . . . G AATTGATA . A G .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . T . TTTAACT . . . . . AA . . . . . . . . . TCAAGTTAC . . . . . . . TTCAAAATGATTG . T . . A . . . . . T . . . . G TAATTTA . . G .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . T . TTTTG . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATGACCT . A . . . . . . . . A . . . . G TTTTT . . G .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . A . TTTTT . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATGACCA . A . . . . . . . . A . . . . G TATTG . . T .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . A . TTTT . . . . . AA . . . . . . . . . T . . . . . . . GAAAATGATCG . . . . . . . . . . A . . . . G NNNNN . . T .
blockSeqs : C AA . . . . A . . . . C . . . . . . . . . T . TTTT . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATGGACA . . . . . . . . . . A . . . . G TATA . . A .
blockSeqs : G AT . . . . G . . . . G . . . . . . . . . T . TCTT . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . ATTAATTACCA . . . . . . . . . . A . . . . G TATT . . A .
blockSeqs : G AA . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . TTTT . . . . . AA . . . . . . . . . C . . . . . . . AAAAATGACCA . . . . . . . . . . A . . . . A TATT . . G .
blockSeqs : G AA . . . . A . . . . G . . . . . . . . . C . TTCC . . . . . TA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATTGCCT . . . . . . . . . . T . . . . G TATT . . . .
blockSeqs : G AT . . . . A . . . . G . . . . . . . . . C . TTT . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAGACCGAAAA . . . . . . . . . . A . . . . G TATT . . .
blockSeqs : G . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . C . TTT . . . . . CA . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATGACCA . . . . . . . . . . A . . . . T TAT . .
blockSeqs : G . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . C . TTT . . . . . CC . . . . . . . . . T . . . . . . . AATGCGACA . . . . . . . . . . A . . . . G TA . .
blockSeqs : G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . CTT . . . . . AA . . . . . . . . . T . . . . . . . AGATGACCA . . . . . . . . . . A . . . . G TA .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . TT . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAAATGAC . . . . . . . . . . A . . . . T TA .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . C . TT . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . ATGACCA . . . . . . . . . . A . . . . N TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . TT . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . AAAATGT . . . . . . . . . . A . . . . A TT .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . TT . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . TAAAATT . . . . . . . . . . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . AGTTG . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA **** AAAAATGACCA********************** TATT****** **
originalCons : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AA--------AAAA----AT--TG-C--C-----NTTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATA--T---TATTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
finalCons : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T----GTGATA-------------AACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT------C---GTA-----T-------T-TT---T--AAAAAAATGACCA----------------------TTTGT-T-A-A-----A-----T---A-AA-T-------TGT-----TTTAT--A-A----A--ATT-TTA---------ATTT-GATATT------TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
20 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCCTGGAAACCCTGATAGATTTTTCACATTGGACAGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
Unaligned ( gi|16 ): GTCACGAAAATCCGGATAGATTTCACATAAGTGACGGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|17 ): GTCCCAAAAACCCGGATAGACGTTTCGTTTTGAACGGTTCGACCGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): GTCCCGAAAATATGAATAGATTTTTCATATTGGACGGTTTGGCTGTCCCAAATATTTGATTATAATTTCATTTTGAACGTTATGGAACGGTTACTCAAATTATATAAATACTCTGCATATCTTAGATATAGCATATAAGAGAAACTACTGAGGCACTCCTAATGAACACTGTGTCGTTTGAAACAACAAGCAACATGTATATGTTGAGAAATTGAAGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TCCCAAAAATCCGCATAGAATTTTCGTATTGGACGATTCGACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|20 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTGGACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|21 ): ACCCGAAAATCCAGATAGATTTTTCGTATTGGATGGTTTGACCGTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|28 ): ACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|30 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): AATAATATAATTTGAAAGTAATTACATAGTGTACAGTACAAAAGGGATTTTTATTGTACGGGTCTTTGTTGTGGTGATAACGTATATAGGAAGAGACGC
Unaligned ( gi|39 ): TAATTTTAATGATTGAATGTTGTGGAGAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCACAG
Unaligned ( gi|40 ): GTCCAGAAAAACCGGATAGATTTTTCGTATTGGACGGTTCGACTGT
Unaligned ( gi|41 ): TCCTGAAAATCCAGATGGATTTTTCGTATTAGCCGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|42 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTCG
Unaligned ( gi|43 ): CGTCCCGTAAATCCGGATATATTTTTCGTATTCGACCG
Unaligned ( gi|44 ): GTCCCGAAAATCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGT
Unaligned ( gi|45 ): TCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|46 ): GTCCCGAAATCCGGATAGAATTTTCGTATTGGACC
Unaligned ( gi|47 ): CGTCCCAAAAATCCGGATAGATTTTTCGTAT
Unaligned ( gi|48 ): GAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCTCAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111111111 22222222222222222222222222 1111111 111111111111 333333333333333333333333333333 111111111 1 11111 2222222222222222222222222222222222 22222222
lowQualScore : 1 55 2 2 2 2 0 1111111111111 2 33 55 33 44 1 0 1 1 333 22 1 44 00000000000000 5555555 11 22 00000000000000000000000000 555555 1 333 1 1 55 3333 22 0000000 555555555555 555555 0 333 22 222222222222222222222222222222 3 333 1 44444 1 3333 333 99999 22 1 0 000000000 22 1 2 1 44444 00000 7777777 1 44444 1111111111111111111111111111111111 333 1 1 99999999 333 99 66 44
lowQualScore : . .. . . . . . ............. . .. .. .. .. . . . . ... .. . .. .............. ....... .. .. .......................... ...... . ... . . .. .... .. ....... ............ ...... . ... .. .............................. . ... . ..... . .... ... ..... .. . . ......... .. . . . ..... ..... ....... . ..... .................................. ... . . ........ ... .. .. ..
lowQualScore : 0 11 4 4 4 4 7 2222222222222 2 11 33 11 22 9 5 8 7 222 44 7 33 22222222222222 9999999 99 55 99999999999999999999999999 555555 8 222 8 8 00 9999 55 5555555 000000000000 222222 8 222 55 222222222222222222222222222222 6 222 8 55555 8 9999 222 00000 55 9 3 000000000 55 8 7 8 55555 77777 7777777 8 55555 2222222222222222222222222222222222 333 6 9 99999999 333 00 22 66
consensus : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--AAAA-ATGACC-A-----TT--TGT-T-A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A----T---TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
Reference ( family-660 ) : ATTCCAAAANATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--AAAA-ATGACC-A-----TT--TGT-T-A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A----TT--TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAAG-GTCATTATACAGTTCAC--TGTACA
gi|1 : AATAGCTG-TGAC---ATGGAA--A-TTG--TATTAATA--------------TTAAT-------ATATT-A--A------AT---------A---T----TGA------A------CAATTTTAAT---A-TT-ATA-AATAAAAAAA--AGTGATAAACAACAA-------CT------------A------CCTG---T--TAT----------------A-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--CAA
gi|1 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATATAT---TAAATATTG-AA-C-A-ATT-----T-------T-A--ATA--TT--ATAAA-TAA-AAA-AAA-----G-TGAT---AAACAACAA-CTACCTGTTA-TA--------------TT-------------TCGT--A------TT---------T---T----TAA-------------CAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAGA--TGTTATGAACATCAA-------CT------------A------CCTG---T--TA-----------------T-------------TTT-C---GTAA-----TT-T----T---T-------------AT--TT-T-----TT--TTT-T-A-A-----A-----TA-------AA-ATGG-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTATTTCAA--------T--TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--ACAAAG-GTCGTTATACAGTCCACAGTGTActttaatattataaaaagatgttatgaacatcaactacctgttattttcgtaatttttattttttttttaaataaaatggtttataaaattttatttcaatttgtgtttcatatgaaaagaactcgaggtgaataatacaaaggtcgttatacagtccacagtgtaataacc
gi|10 : actgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagctgtgacatggaaattgtattaatattTCCAAAATAT-T---TAGATACTT-AATA-A-AAT-----A-------T-A-------TA--TAATG-GAA-AAA-AAA--GCTG-TGAT---AAGGGA--A-T-----GTTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T----------T---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTA-T-----TT-A---AA----AAAA--TGTGATAAATATCAA-------CC------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TTGT----T---TGAA--A--AAAA-ATGACC-T-----TT--TGT-TAA-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATTAAAAAAATTT---------TT--TTTTGTCTCATATG---AAAAGAACTCGAGGTGAATAATA-AAAAAG-GTCATTATACAGTataacc
gi|11 : TTCAAAAAGATATAATTGGATAATT-AA-A-ACATT-----A-------T-A--ATC---A--AAAAA-GAA-AGA-GA-TAGCTA-TGAC---AAAAGA--A-TTA--TATTAATA--------------T--AC-------TTAT------------TT---------T---T----TAA------AA-GACCAAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--T--------CA--AA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-------------------------------------------------GT-TGA-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--TA-------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A----T------TGTTTCATATA---AAAAGAACTCGAGGTGAACAAT--AAAAAG-GTCAGTATACAGTGAAC--TGTATA
gi|11 : -GTTATTATACAGTTCAC--TGTATAataac
gi|12 : ttcaaaaagatataattggataattaaaacattataatcaaaaaagaaagagatagctatgacaaaagaattatattaatatacttattttttaaaagaccaaactttaatattatcaaaaaatcaaactacatgttatttttcgtagttgaaataaattgttttattaaattttaatttgatattgtttcatataaaaagaactcgaggtgaacaataaaaaggtcagATTCCAAAACATATAAATAGATCCTT-TA-A-A-A-T-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAACGAA-AAA-AAATTGCTG-T----------GA--A-TTA--TATAAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-TAGCCAACTTTTAT---A-TG-ATC--A----AAAA--TATGATAAACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TATTTCCGTTAGTTTTTTGT-------------TTT-T---GT-T-----TT-T----T---T----------AA-ATGACC-A-----TT--TGT-T-A-A-----A-----AA-------AAGTTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATGTGAT-A--------TTGTA-TTCATATA---AAAAGAACTCGA
gi|13 : tATTCCAAAACGTTTAAATAGATCCTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--ATT--TA--AAAAA---A-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGCT-------ATATT-----------TC---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TGAATA-AA----AAAA--TGTGATAAACATTAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTCC---AT-A-----TT-T----T---A--A--A--AAAA-ATGACC-A-----TT--TGTAA-A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATA---TTAATCTGAT-A--------TTGCGTTTCATATG---AAAAGAAC
gi|15 : ATTCGAAAACATATAAATAGATACTT-AA-A-A-AT------A-------T-A--AAT--TA--AAAAA---A-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--G-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A------TT---------T----------A------AA-GAGCCAACTGTAAT---A-TT-ATC-AA----AAAA--TGTTAT-------------------------------------------------T----------------T-------------TCC-C---GT-A-----TC-T----T---A--A--A--GAAA-ATGATC-G-----TT--TGT-T-ACA-----A-----TA-------AA-TTGT-----TATAT--AA-------------A----------------ATT---TAACTCTGAT-A--------TTGTGTTTGATATG---AAAAGAACCCGAGAT
gi|2 : tAA-AGA-AAATA------------AAGTAC--A-TT---TATTGATA--------------GTGATATGGATGATATA-T--A------TTTAAGTAAAGT---T----TAA------AA-GAGCCAAATTAATT---A-TT-ATC--A----AACA--TGTGATAAACATTAATCAATCCCTTAC---------A------CATG---T--T-T----------------C-------------TTT-T---GT-A-----CT-T----T---T--G--A--AAAA-ATGGAC-A-----TT--GAT-C-A-A-----AT----TA-------AA-TTGTGACTGCTT------------------------------------ATT---TGAATTTGAT-A--------TTGTGTTTCATATA---AAAAGAAA-CGAGGTGAATAATAAAAAAAG-GTCACAATATAGTTTAC--TGTACA
gi|22 : aattagatacatactaatagtctttttaattATTCCAAAACATATAAATAGATACTT-AA-AGA-AAT-----A-------T-A--ATT--TA--AAAAG-GAA-AGA-AAATAGCTG-TGAT---AAAGGA--A-TTA--TACTAATA--------------TTGAT-------ATATA-TTGATATATTTT---------T---T----TAA------AA-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-TTC--A----AAAA--TGTGATAAACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTTCC---GT-A-----TT-T----T---A--A--A--ATTA-ATTACC-A-----TT--TGT-TAA-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------gtatggctttttattgtaatcttcaatgttgtcgtggaaacctgtattgaacgagacgcca
gi|23 : tTCCAAA-CATATAAATAGATACTT-AA-A-C-AAG-----G-------G-A--AAT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCTA-TGAT---AAAGAA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATT-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAACCAACTGTAAT---A-TT-ATC--A----AAAA--TGTAA-------------------------------------------------GT----------------T-------------TTC-C---GT-A-----TT-T----T---A--A--T--AAAA-ATGACC-A-----TT--TGT-TAA-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATGTTAT-A--------TTGTGTTTCATATG---AAAAGA
gi|24 : TT-----T-------T-A--ATT------AAAAA-GAAGAAA-AAATAGCTGTTAAT---AAGGGA--A-CT
gi|24 : A-GAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATC-AA----AAA---TGAAATAAACATCAA-------CT------------A------CATG---T--TAT----------------T-------------TTT-T----T-A-----AT-TCAAAT---T--ATTA--AAAA-ATGTTC-A----------GT-A-A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----GTTAT--AACTTTATTATTGTTA----------------ATT---TTAATAC-AT-G----TA--TTGTGTTTCATATG---AAAAGAACTCGAGTTGAgagagccaactttaatattatcaaaaatgaaataaacatcaactacatgttatttttttaattcaaattattaaaaaatgttcagtaaaataaattgtgttataactttattattgttaattttaatacatgtattgtgtttcatatgaaaagaactcgagttga
gi|25 : ttttaattaaaaagaagaaaaaatagctgttaataagggaactgTT-T--A------TT---------T---TAAAATAA------AA--AGCCAACTTTAATCAAA-AT-ATA-AA----AAAA--TATGATAAACATCAA-------CT------------A------CATTATTT--TAT----------------TCAAGTTAC-----TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--AATG--CGACA-A-----TT---AT-T-A-------------------------TTGT-----T---------------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A----TT----GTGTTTTGTATG---AAAAGAACTCAAAGTGAATAAT--AAAA
gi|26 : attccaaaagatatgtacatgcaattagaatttAA-AGA-CAATAGCTG-TGAT---AAGGGA--AATTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------T--------------------GA------TA-TATATAACTTTAAT---T-TT-ATC-AA----AAAA--T-TGATAAACATCAA-------CT------------ATGTTTTCAAG---T--TAT----------------T-------------TG------GT-A-----TA-T----T---T--A--A--AGA---TGACC-A-----TA--TAT-TTA-A-----A-----TA-------GA-TTGT-----TTT-------------------------------------------------GAT-A----TTG-TTGTATT----GTG---TAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AA
gi|27 : aGGA--G-TTG--TATTAATA--------------TTGAG-------ATATC-G--A------TT---------T---------AA------AA-GAGCCAACGTTAAT---T-TT-ATC-AT----GAAA--TG-AAAAAAAATCAA-------CT------------A------CATT---T--TAT----------------T-------------TTT-TCAAGT-T-----TC-T----TTCGT--A--ATTCAAA-ATGAT--------TG--TGT-T-A-A-----AAC---TT-------TG-TTAT-----TTTTT----------------------------------ATT---TTAATTTAATAA----TTTATTGTGTTTCATATC---AAAA
gi|29 : TA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---T----TAA------AAAGAGAAAACTTTAAT---A-TT-ATA-AA----AAAAAATGTAATAAACATCAATTAGT--CT------------A------CCTG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--T--A--AAAA-ATGACT-------TT--TAT-T-A-A-----A-----T---------A-TTGT-----------------------------------------------------GTTTCAT-A----T----------------G---AAAAGAACTTAAGGTGAATAAT--AA
gi|3 : -AAACATCTG-TGAT---AACACA--A-TTA--TATTCATACTAAGGCGATAAAATTGAT-------ATGTC-T--A------TT---------TAACT----TAATTTTTAAA-GATCAAACTGAAAT---A-TT-ATT-AA----CAA---TATAATAAGCATTAA-------CTCTCTATAGATTTA------CATG---T--TATATTTTCATGTTA----C-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----A---T--A--A--AAAATACAATTAA-----TTTATAT-T-A-ATTGTGA-----TAGATCTATAA-CTGT-----ATTATTGAT-------------A----------------AAT---TTAATTTGAT-A--------TTGTGATTCCGATG---AAAAGAACTCGGGATGAATAAT--AAAAAATGTCAATATCCAATTCAC--TGTACA
gi|31 : aatatataaaactaatACC-T-----TT--TGT-T-A-A-----AA----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A----TT----GTGTTTCATATT---AAAAGAACTCGAGGTGAATAAT--AAAAA--ATCATCATACAGTTCTT--TGTATAatatag
gi|33 : ttATTCCAAAACATATAAATAGATGCTTGAA-G-A-AGT-----A-------T-A--ATTA-AA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGATG-TGATATAAAAGGA--A-TTA--TATTAATA--------------CTGAT-------ATAataa
gi|34 : ttATTCCAAAAGATATAAATAA----TT-AC-A-A-ATT-----GCTTTTTCT-T--TTT--TATTAAAAA-CTA-ATA-CA-TAGCTG-TGAT---AAGG------TT-----TT-ATA--------------TTGAT-------GTATC-T--A------T
gi|35 : tATTCCAAAAGATATA----GATACTT-TA-A-A-ATT-----A-------T-ATAATT--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATTGCTG-TGAT---AAGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------T
gi|36 : attAAG-GTTATTATACAGTTCAA--TGTACA
gi|37 : tATTCCTAAAGATATAATTAGATAATA-GT-C-A-ATT-----T-------C-A--ATTAATG--AAACA-GAA-A----AATAGCTG-TGAatacggatttatattgtacaagtcaatgttgtggtgaaaacctgt
gi|38 : attAGGTGAATAAT--GAAAAT-GGCATTATAAAGTTCA
gi|4 : ATTCCAAAAGATATA----GATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T-T--ATC--TA--AAAAA-GAA-AGA-AAATAGCAG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TAATAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A------TT---------T---TG---TAA------AA-GAGCAAACTTTAAT---AATT-ATC-AA----AAAA--TGTGATAAACATCTA-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--AAAA-ATTGCC-T-----TT--TGT-T-A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTTAT--AA-------------T----------------ATT---TTAATTTTAT-ACATGTA--TTATGTTTCATATG---AAAAGAACTTGAGGTGAATAAT-----AAT-GTCATTATACAGTTCAA--TGAACAtccgtcaacatgtatcttattgtactcatca
gi|5 : ATTCCAAAAGATATAAATAGATACTT-AA-A-A-ATT-----A-------T---------TA--A----------------TAGCTG-TGAT---AAGGTA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------A----------------------------------------------------AA-TTTAAT---A-TT-ATC-AA----AA-A--TGTGATAAACGTCAA-------CT------------A------ACTG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--------------TGA-------------------A-A-----A-----TA-------AA-TTGT-----TTCAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATTTG---A----TT--TTGTGTTTCATATGAAAAAAAAAACACGAGGTGAATAATA-AAAAAA-GTAATTTGACAGTTCAT--TGTACA
gi|6 : AAATAGATACTT---------TT-----T-------T-A----T--TA--GAAAA-GAA-CAA-AAATAACTG-TAAT---GAGGAA--T-TTG--TATTAATA--------------TTG-----------ATC-T--A-----------------T---T----TGA------AA-TAGCCAACTTTAAT---A-TT-ATCAAA----AAAA--TGTGATAAACTTCAA-------CT------------A------TAAG---TAATTT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T-----A--AAAG-ATTACC-ATTAATTT--TGT-TAA-A-----A-----TAT------AT-TTTT-----TTTAT--AA-------------A----------------ATT---TTAATTTGAT-A--------TTGTGTTACCTATG---ATAAGACCTCGGAGTGAAT-------AAAA-GTCATTATACAGTTCAC--TGTATActatttatttattgtactcgtcaatgttgaaaacctgt
gi|7 : taTTCCAAAAGATATAATTAGATACAT-AT-T-A-ATTTCTGTA-------TTA--ATT--GA--AAAAA-TA---GATAAATAGCTG-TGAT---AAGGG---A-TTGT-TATTAATA--------------TTCAT-------ATATC-T--A------TT---------C---C------A------AA-GAGCCAACT----------TC-ATC--A----AAAC--TGTGATAAACATCAA-------CTAC----------A------CATA---T--TTT----------------TTTCAAATAAAAACTTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--A--A--AAGA-CCGAAA-A-----TT--TAT-TAA-A-----A-----TA-------GA-ATGT-----ATTAC--AG-------------AAAGTTTATTATTGTTTATT---TTAAATTGAT-A--------TCGTGTTTTATATG---AAAAataa
gi|8 : A-AAA-AATTGATTG-TGAC---AATGGT--A-TTG--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--A-----------------T---T----TAA------AA-GAGCAAAC-TTAAT---A-AT-AT--AA----AATA--TGTGATAAACTTCAA-------TT------------A------CATG---G--TG-----------------C-------------TCT-C---GT-GTTTTTTT-T----T---T--A--A--AAAA-ATGACC-A-----TT--AAT-T-A-A-----AAAGTTTA-------AG-TTG---------AT--AA-------------A----------------A------TANNNNNNN-N----NN--NNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNA-----TATTGTACAGTTAAC--TGTATAta
gi|9 : aatgttgaataatattcttttttatttATTACAAAAGATATA----GTTACTT-AA-A-G-AGT-----A-------A-A--ATT--TA--AAAAT-AAA-ATA-AAATAGCTG-TGAT---ATGGGA--A-TTA--TATTAATA--------------TTGAT-------ATATC-T--AT-----TT---------T---T----TAT------AA-GACCAAATTTCAAC---A-TT-ATC-CA----AAAA----TAAT--------A-------CT------------A------TCTG---T--TAT----------------T-------------TTT-C---GT-A-----TT-T----T---T--T--A--TAAA-AT-----------TT--T----------------------------AA-TTG----------------------------A----------------AT-------ATT----------------GTGTTTCATATG---AAAAAAACTCGAGGTGAATGAT--AAAAAG-ATCATTATACAAGTCAC--CGTACAaaaact
20 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTCCTGGAAACCCTGATAGATTTTTCACATTGGACAGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAT
Unaligned ( gi|16 ): GTCACGAAAATCCGGATAGATTTCACATAAGTGACGGTTTGACTGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|17 ): GTCCCAAAAACCCGGATAGACGTTTCGTTTTGAACGGTTCGACCGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): GTCCCGAAAATATGAATAGATTTTTCATATTGGACGGTTTGGCTGTCCCAAATATTTGATTATAATTTCATTTTGAACGTTATGGAACGGTTACTCAAATTATATAAATACTCTGCATATCTTAGATATAGCATATAAGAGAAACTACTGAGGCACTCCTAATGAACACTGTGTCGTTTGAAACAACAAGCAACATGTATATGTTGAGAAATTGAAGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TCCCAAAAATCCGCATAGAATTTTCGTATTGGACGATTCGACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|20 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTGGACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|21 ): ACCCGAAAATCCAGATAGATTTTTCGTATTGGATGGTTTGACCGTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|28 ): ACCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|30 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): AATAATATAATTTGAAAGTAATTACATAGTGTACAGTACAAAAGGGATTTTTATTGTACGGGTCTTTGTTGTGGTGATAACGTATATAGGAAGAGACGC
Unaligned ( gi|39 ): TAATTTTAATGATTGAATGTTGTGGAGAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCACAG
Unaligned ( gi|40 ): GTCCAGAAAAACCGGATAGATTTTTCGTATTGGACGGTTCGACTGT
Unaligned ( gi|41 ): TCCTGAAAATCCAGATGGATTTTTCGTATTAGCCGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|42 ): TCCCGAAAATCCGGATAGATGTTTCGTATTGGACGGTTCG
Unaligned ( gi|43 ): CGTCCCGTAAATCCGGATATATTTTTCGTATTCGACCG
Unaligned ( gi|44 ): GTCCCGAAAATCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGT
Unaligned ( gi|45 ): TCCGGATAGATTTTTCGTATTAGACGGTTCGACCG
Unaligned ( gi|46 ): GTCCCGAAATCCGGATAGAATTTTCGTATTGGACC
Unaligned ( gi|47 ): CGTCCCAAAAATCCGGATAGATTTTTCGTAT
Unaligned ( gi|48 ): GAAAACCTGTATTGGACGAGACGCCTCAG