lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444
lowQualScore : 33 77 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 44 999999999999
lowQualScore : .. .. . .................................................................................. .. .. ............
lowQualScore : 44 44 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 22 444444444444
consensus : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCTATGTATTACTA---CG-----------------C-TCATTT-GT-TTACA---ATGG----C----GAACG-C-----TA--C-------A--G--TAA--ACAGTAGTTTAA--ATAGATAAC-AAATCTGTTTGTCGATTTAAATTT
Reference ( gi|5 ) : AAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTATTACTA---CAGT-------ATAG-TAACTTCATTT-GT-TTACA---ATGG----C----AAACG-C-----TA--C-------A--G--TAA--ACAGTAGTTTAA--ATAGATAGCGAAATCTGTTTGTCGATTTAAATTT
gi|4 : AAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTATTACTA---CAGT-------ATAA-TAACTTCATTT-GT-TTACA---ACGG----C----AAACG-C-----AA--C-------A--G--TAA--GCAGTAGTTTAA--AAAGATAACGAAATCTGTTTGTTAATTTAAATTT
gi|8 : aAAAACCACCAT--GTTTTTGGGTTATATGTATTATTA---CA-------------------TCATTT-GT-TTACA---ATGG----C----AAACA-C-----CA--C-------T--G--TA--------AGTTTAA--AAAGATAACCAAACCTGTTTGGCGAATTATATTTtaga
gi|3 : agtAAAATCACCAC--ATTTTCATGTTCTTTGAATTATTA---TG------------------TTC-TTT-GT-TTACA---ATGG----C----GAATG-CAGCCATAAAC-------A--GCGTCA--GCAGTAGTTAAA--ACAGACAACCAAATCTGTTTATCAATTTGAATTTacta
gi|6 : tgtAAAATCACCAT--GTTTTCGCATTCTTTGTATAACTA----------------AG-T-----CATTT-GT-TTACA---ATGG----T----GAAAG-C-----CA--CCATAATAACTG--TAA--ATAGTAGTTTAA--ATAGAAAACCAAA----TTTGTCTATACAAATTTacta
gi|9 : cgtAAAAACACCAC--GTTTTCGTATTTCATATACTACTA---TGTT-------TT------CTT-ATTT-GT-TTATA---ACGT----CTTCAAAA---------TA--C-------C--G--TAA--ACAGTAGTT--A--ATA-------AAAACTATTTTTCGATTTAAATttt
gi|20 : cggtAAAATCACCTG--GTTTTCGAGTTCCGTGTATTACTACGCCAGTAGTTTAAATAGATAACTAAATAT-GT-TT
gi|13 : cggtAAAGTCACCAC--AGTTTCACGTTCCATGTATTACTA---CG-------------------TCATTTTGT-ATACACCGATAG----C----A---G-T--------------------G--TAA--ACGGTAGTTCAA----------C-AAATGTGTTTATCCATTTAAATTgtcgatttaaatttacta
gi|16 : aaAAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTTTAACTA---CG-------------------TCATTT-TTATGACA---ATGG----CG---AAATG-------TA----------------TAA--ACA----------------------AATCTGTTTGTCGATTTAAATTTa
gi|22 : tAAAATCACCAC--GTTTTCGTGTTCTAGGTATTACT----------------TTG------TCGTTT-GT-TTACA---ATGac
gi|19 : cggtAAAATTATCAC--GTTTTAGCGTTCTATGTATTGCTA---CA-C-------A-----------ATTT-GT-CCACA---CTGG----T----GTACACC-----CA--C----------G--TAA--ACAGTG---TAA--ACAGa
gi|1 : tcagtAAAACCACCAT--AATTTCGCGTTCTA--TAT-ANNN---NNNN-------NNNN-NNNNNNNNNNN-NN-NNNNN---NNNN----N----NNNNN-N-----NN--N-------N--N--NNN--NNNNNNNNNNNN--NTAGATAACCAAATATGTTTGTCAATTTAAATTTttgtt
gi|23 : ccagtAAAATTGCCAT--GTTTTCGCGTTCCATGTATTACTA---CG-------------------TCATTT-GT-TTAactatt
gi|10 : cgtcagtAAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTA
gi|17 : gatggtAAAATCAACAC--ATTTTCTCATTCCATGTATTACT----------------------ACTTCACT----------------G----A----AAA---C-----TG----------G--G--TAA--ACAGTAGTATAATCAT-----------TCTGTTTGTCAATTAAAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgtttgtcaatttaaat
gi|24 : tAAAATCACCATATGTTCTCGCGTTCCATGTATTACTA---TAac
gi|27 : cgttggtAAAATCACCAA--GTTTTCGCATTCCACGTtcattt
gi|21 : gttggtGTTCAATGTATCACTA---C-------------G-CAA-----TTT-GT-TTACA---GTG----------------------------------------TAA--ACAGTAGTTTAA--ATA---------ACCTGTTTGTCGATTTAAATT
gi|15 : TTCTATGTATTAC----------------------AACGTTATTT-GT-TTGCA---ATGGATTGC----CGCCG-T-----TAA-C-------A--G--TGAGAACAGTAGTTTAA---TAGATAAT-ATATCTGTCTGTCGATTTAAATTac
gi|25 : --ACAGTAGTTTAA--A---------AATTCTGTTTGTCGATTTAAATTa
gi|20 : actgtgcatCAGTAGTTTAA--ATAGATAACTAAATATGTTTGTCGATTTAAATTTcc
gi|7 : cggtaaaatcacctggttttcgagttccgtgtattactacgcTCTGTTTGTCGATTTAAATTacta
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTGTCGGTAATATCACCACGTTTTCGCGCTTTATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAACCAAATGTTGTTGTCGATATAAATTCACT
Unaligned ( gi|11 ): AGTAAAATCACCATGTTTTTGCATTCCATGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTGTTTGTCGATTTTAAATA
Unaligned ( gi|12 ): GTTGGTAAAATCACCATGTTTTCCCATTCCATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTGTTTGTTGATTTGAATTACT
Unaligned ( gi|14 ): CCGTTGGTAAAATCACCACGCTTTCGCTTTTCATGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTTCGTCG
Unaligned ( gi|18 ): TGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATGTGTGTCCATTTAAATTACTA
Unaligned ( gi|26 ): ACAGTGTAAGCAGTTGCTCAAACACCTGTTTGTCGATTTTAATAAC
Unaligned ( gi|28 ): TCGGTAAAATCACCCCGTTTTCGCATTCTGTGT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 444444444444444444444444444444444444 22222222222222222
lowQualScore : 22 5555555 555555555555555 1 555555555555555555555555555555555555 22 2 77777777777777777 2
lowQualScore : .. ....... ............... . .................................... .. . ................. .
lowQualScore : 44 7777777 777777777777777 9 222222222222222222222222222222222222 88 8 11111111111111111 0
consensus : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG----------CTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
Reference ( family-656 ) : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCTATGTA-------TTACTACG----------CTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
gi|1 : AAAACCACCAT--AATTTCGCGTTCTATATA-------NNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAA-CCAAATATGTTTGTCAA-TTTAAATTT
gi|10 : ccagtAAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTA-------NNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNAT----------TGTTTGTCAA-TTTAAATactatt
gi|11 : gatggtAAAATCACCAT--GTTTTTGCATTCCATGTA--------------N----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNATCTGTTTGTCGATTTTAAAT
gi|12 : agtAAAATCACCAT--GTTTTCCCATTCCATGT-------------------------------NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNNTCTGTTTGTTGA-TTTGAATTa
gi|13 : gttggtAAAGTCACCAC--AGTTTCACGTTCCATGTA-------TTACTACG-----------TCATTTTGT-ATACA---------C-------CGA-----T--AGCAGT------GTAA--ACGGTAGTT---------------CAA-C-AAATGTGTTTATCCA-TTTAAATTact
gi|14 : aaAAAATCACCAC--GCTTTCGCTTTTCATGTA-------a
gi|15 : ccgttggtTTCTATGTA-------TTACAACG----------TT-A-TTTGT-TTGCAATGGATTGCC----GC-CGT-----T--AACA--------GTGAGAACAGTAGTTTAA--------TAGATAA-T-ATATCTGTCTGTCGA-TTTAAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgttcgtcg
gi|16 : AAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTT-------TAACTACG-----------TCA-TTTTTATGACAATGG-----C----GAA-----------A-T---------GTA-------TA-------------------AA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTa
gi|17 : tAAAATCAACAC--ATTTTCTCATTCCATGTA-------TTACTAC--------------------T-TCAC----------T----GAAAAC-----T--G--G--------GTAA--ACAGTAGT---------------ATAA-T-CATTCTGTTTGTCAA-TTAAAATTac
gi|19 : tAAAATTATCAC--GTTTTAGCGTTCTATGTA-------TTGCTACA----------C-AA-TTTGT-CCACACTGG-----T----GTACAC-----C----CAC-------GTAA--ACAGTG---TAAA-------CAGac
gi|2 : tcagtAATATCACCAC--GTTTTCGCGCTTTATATANNNNNNNNNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNATAACC-AAATGTTGTTGTCGA-TATAAATTttgtt
gi|20 : ctgtcggtAAAATCACCTG--GTTTTCGAGTTCCGTGTA-------TTACTACG----------C-CA-GTAGT-TTA-AATAG-----cact
gi|20 : cggtCAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-CTAAATATGTTTGTCGA-TTTAAATTTataactaaatatgtttgtcgatttaaatttacta
gi|21 : cggtaaaatcacctggttttcgagttccgtgtattactacgcGTTCAATGTA-------TCACTACG----------C-AA-TTTGT-TTACAGT--------------------------------------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------T----------AACCTGTTTGTCGA-TTTAAATTacta
gi|22 : AAAATCACCAC--GTTTTCGTGTTCTAGGTA-------TTACTTTG-----------TCG-TTTGT-TTACAATGac
gi|23 : cggtAAAATTGCCAT--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG-----------TCA-TTTGT-TTAa
gi|24 : cgtcagtAAAATCACCATATGTTCTCGCGTTCCATGTA-------TTACTATA-----------TCA-TTT
gi|25 : cgttggt--ACAGTAGTTTAAA-----------------AATTCTGTTTGTCGA-TTTAAATT
gi|26 : actgtgcat--------GTAA--GCAGTTGCTCAAA-------CA-----------CCTGTTTGTCGA-TTTTAATcc
gi|27 : acagtAAAATCACCAA--GTTTTCGCATTCCACGTaac
gi|28 : gttggtAAAATCACCCC--GTTTTCGCATTCTGTGT
gi|3 : tcggtAAAATCACCAC--ATTTTCATGTTCTTTGAA-------TTATTATG----------TTC--TTTGT-TTACAATGG-----C----GAATGCAGCCATAAA-CAGC------GTCA--GCAGTAGTTAAAA-------CAGACAACC-AAATCTGTTTATCAA-TTTGAATTT
gi|4 : tgtAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA-------TTACTACAGTATAATAACTTCA-TTTGT-TTACAACGG-----C----AAACGC-----A--A-CA--------GTAA--GCAGTAGTTTAAA-------AAGATAA-CGAAATCTGTTTGTTAA-TTTAAATTTacta
gi|5 : aAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA-------TTACTACAGTATAGTAACTTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAG-CGAAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTtaga
gi|6 : AAAATCACCAT--GTTTTCGCATTCTTTGTA-------TAACTAAG-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----T----GAAAGC-----C--ACCATAATAACTGTAA--ATAGTAGTTTAAA-------TAGAAAA-C-CAA---ATTTGTCTA-TACAAATTT
gi|7 : cgtAAAATCAACAT--GTTTTCGCACTCCATGTA--------CNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNGTCTGTTTGTCGA-TTTAAATTttt
gi|8 : cgtcggtAAAACCACCAT--GTTTTTGGGTTATATGTA-------TTATTACA-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACAC-----C--A-CT--------GTA--------AGTTTAAA-------AAGATAACC-AAACCTGTTTGGCGA-ATTATATTTc
gi|9 : agtAAAAACACCAC--GTTTTCGTATTTCATATA-------CTACTATGTTTT------CTTA-TTTGT-TTATAACGT-----CTTCAAAA--------T--A-CC--------GTAA--ACAGTAGTT--AA-------TA--------AAAACTATTTTTCGA-TTTAAATacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATGTGTGTCCATTTAAATTACTA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 444444444444444444444444444444444444 22222222222222222
lowQualScore : 22 5555555 555555555555555 1 555555555555555555555555555555555555 22 2 77777777777777777 2
lowQualScore : .. ....... ............... . .................................... .. . ................. .
lowQualScore : 44 7777777 777777777777777 9 222222222222222222222222222222222222 88 8 11111111111111111 0
consensus : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG----------CTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
Reference ( family-656 ) : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG----------CTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
gi|1 : AAAACCACCAT--AATTTCGCGTTCTATATA-------NNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAA-CCAAATATGTTTGTCAA-TTTAAATTT
gi|10 : ccagtAAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTA-------NNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNAT----------TGTTTGTCAA-TTTAAATactatt
gi|11 : gatggtAAAATCACCAT--GTTTTTGCATTCCATGTA--------------N----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNATCTGTTTGTCGATTTTAAAT
gi|12 : agtAAAATCACCAT--GTTTTCCCATTCCATGT-------------------------------NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNNTCTGTTTGTTGA-TTTGAATTa
gi|13 : gttggtAAAGTCACCAC--AGTTTCACGTTCCATGTA-------TTACTACG-----------TCATTTTGT-ATACA---------C-------CGA-----T--AGCAGT------GTAA--ACGGTAGTT---------------CAA-C-AAATGTGTTTATCCA-TTTAAATTact
gi|14 : aaAAAATCACCAC--GCTTTCGCTTTTCATGTA-------a
gi|15 : ccgttggtTTCTATGTA-------TTACAACG----------TT-A-TTTGT-TTGCAATGGATTGCC----GC-CGT-----T--AACA--------GTGAGAACAGTAGTTTAA--------TAGATAA-T-ATATCTGTCTGTCGA-TTTAAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgttcgtcg
gi|16 : AAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTT-------TAACTACG-----------TCA-TTTTTATGACAATGG-----C----GAA-----------A-T---------GTA-------TA-------------------AA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTa
gi|17 : tAAAATCAACAC--ATTTTCTCATTCCATGTA-------TTACTAC--------------------T-TCAC----------T----GAAAAC-----T--G--G--------GTAA--ACAGTAGT---------------ATAA-T-CATTCTGTTTGTCAA-TTAAAATTac
gi|19 : tAAAATTATCAC--GTTTTAGCGTTCTATGTA-------TTGCTACA----------C-AA-TTTGT-CCACACTGG-----T----GTACAC-----C----CAC-------GTAA--ACAGTG---TAAA-------CAGac
gi|2 : tcagtAATATCACCAC--GTTTTCGCGCTTTATATANNNNNNNNNNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNATAACC-AAATGTTGTTGTCGA-TATAAATTttgtt
gi|20 : ctgtcggtAAAATCACCTG--GTTTTCGAGTTCCGTGTA-------TTACTACG----------C-CA-GTAGT-TTA-AATAG-----cact
gi|20 : cggtCAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-CTAAATATGTTTGTCGA-TTTAAATTTataactaaatatgtttgtcgatttaaatttacta
gi|21 : cggtaaaatcacctggttttcgagttccgtgtattactacgcGTTCAATGTA-------TCACTACG----------C-AA-TTTGT-TTACAGT--------------------------------------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------T----------AACCTGTTTGTCGA-TTTAAATTacta
gi|22 : AAAATCACCAC--GTTTTCGTGTTCTAGGTA-------TTACTTTG-----------TCG-TTTGT-TTACAATGac
gi|23 : cggtAAAATTGCCAT--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG-----------TCA-TTTGT-TTAa
gi|24 : cgtcagtAAAATCACCATATGTTCTCGCGTTCCATGTA-------TTACTATA-----------TCA-TTT
gi|25 : cgttggt--ACAGTAGTTTAAA-----------------AATTCTGTTTGTCGA-TTTAAATT
gi|26 : actgtgcat--------GTAA--GCAGTTGCTCAAA-------CA-----------CCTGTTTGTCGA-TTTTAATcc
gi|27 : acagtAAAATCACCAA--GTTTTCGCATTCCACGTaac
gi|28 : gttggtAAAATCACCCC--GTTTTCGCATTCTGTGT
gi|3 : tcggtAAAATCACCAC--ATTTTCATGTTCTTTGAA-------TTATTATG----------TTC--TTTGT-TTACAATGG-----C----GAATGCAGCCATAAA-CAGC------GTCA--GCAGTAGTTAAAA-------CAGACAACC-AAATCTGTTTATCAA-TTTGAATTT
gi|4 : tgtAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA-------TTACTACAGTATAATAACTTCA-TTTGT-TTACAACGG-----C----AAACGC-----A--A-CA--------GTAA--GCAGTAGTTTAAA-------AAGATAA-CGAAATCTGTTTGTTAA-TTTAAATTTacta
gi|5 : aAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA-------TTACTACAGTATAGTAACTTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAG-CGAAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTtaga
gi|6 : AAAATCACCAT--GTTTTCGCATTCTTTGTA-------TAACTAAG-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----T----GAAAGC-----C--ACCATAATAACTGTAA--ATAGTAGTTTAAA-------TAGAAAA-C-CAA---ATTTGTCTA-TACAAATTT
gi|7 : cgtAAAATCAACAT--GTTTTCGCACTCCATGTA--------CNNNNNN----------NNNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NNNN--NNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-N-NNGTCTGTTTGTCGA-TTTAAATTttt
gi|8 : cgtcggtAAAACCACCAT--GTTTTTGGGTTATATGTA-------TTATTACA-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACAC-----C--A-CT--------GTA--------AGTTTAAA-------AAGATAACC-AAACCTGTTTGGCGA-ATTATATTTc
gi|9 : agtAAAAACACCAC--GTTTTCGTATTTCATATA-------CTACTATGTTTT------CTTA-TTTGT-TTATAACGT-----CTTCAAAA--------T--A-CC--------GTAA--ACAGTAGTT--AA-------TA--------AAAACTATTTTTCGA-TTTAAATacta
blockSeqs : AT NNNNNNN GTATAATAACTTCA A CGAATGCAGCCATAAACAGC GA N NNNATAACC T
blockSeqs : . . GTATAGTAACTTCA . TGAAAGCCACCATAATAACT . N TAGATAACT .
blockSeqs : . . TTTTCTTA . ATTGCCGCCGTTAACA . N CAGACAACC .
blockSeqs : . . NNNN . CTTCAAAATACC . T AAGATAACG .
blockSeqs : . . NNNN . NNNNNNNNNNN . T TAGATAGCG .
blockSeqs : . . TCAT . NNNNNNNNNNN . N AAGATAACC .
blockSeqs : . . NNNN . NNNNNNNNNNN . T NNNNNNNN .
blockSeqs : . . NNNN . CCGATAGCAGT . T NNNNNNNN .
blockSeqs : . . TTA . TGTACACCCAC . T TAGATAAT .
blockSeqs : . . TCA . NNNNNNNNNNN . C TAGAAAAC .
blockSeqs : . . CAA . CAAACGCAACA . A NNNNNNNN .
blockSeqs : . . CCA . CAAACGCTACA . T NNNAT .
blockSeqs : . . CAA . NNNNNNNNNNN . T ATAAT .
blockSeqs : . . TCG . CAAACACCACT . T CAAC .
blockSeqs : . . TCA . TGAAAACTGG . N AAC .
blockSeqs : . . TCA . CGAAAT . T CA .
blockSeqs : . . TTC . . . . TA .
blockSeqs : . . TCA . . . T .
blockSeqs : . . TCA . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TCA************ NAGATAAC*********
originalCons : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACG----------CTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAA-------TAGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
finalCons : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA-------TTACTACGTCA------------TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GTAA--ACAGTAGTTTAAANAGATAAC---------AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATGTGTGTCCATTTAAATTACTA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 444444444444444444444444444444444444 1111111111111111111111
lowQualScore : 22 66666666 11111111111 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 9999999999999999999999 2
lowQualScore : .. ........ ........... . . .................................... .. ...................... .
lowQualScore : 44 33333333 88888888888 8 9 888888888888888888888888888888888888 99 3333333333333333333333 0
consensus : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA--------TTACTACG-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GT--AAACAGTAGTTTAAAN--------AGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
Reference ( family-656 ) : AAAATCACCAC--GTTTTCGCGTTCCATGTA--------TTACTACG-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAACGC-----T--A-CA--------GT--AAACAGTAGTTTAAAN--------AGATAA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTT
gi|1 : AAAACCACCAT--AATTTCGCGTTCTATATA--------NNNNNNNN-----------NNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAA-CCAAATATGTTTGTCAA-TTTAAATTT
gi|10 : ccagtAAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATG--------------TANN-----------NNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN-N-NNAT-TGTTTGTCAA-TTTAAATactatt
gi|11 : gatggtAAAATCACCAT--GTTTTTGCATTCCATG--------------TANN-----------NNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN-N-NNATCTGTTTGTCGATTTTAAAT
gi|12 : agtAAAATCACCAT--GTTTTCCCATTCCATGT--------------------------------NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN-N-NNNTCTGTTTGTTGA-TTTGAATTa
gi|13 : gttggtAAAGTCACCAC--AGTTTCACGTTCCATGTA--------TTACTACG-----------TCATTTTGT-ATACA---------C-------CGA-----T--AGCAGT------GT--AAACGGTAGTT----------------CAA-C-AAATGTGTTTATCCA-TTTAAATTact
gi|14 : aaAAAATCACCAC--GCTTTCGCTTTTCATGTA--------a
gi|15 : ccgttggtTTCTATGTA--------TTACAACG-----------TTA-TTTGT-TTGCAATGGATTGCC----G-CCGT-----TA-A-CA--------GTGAGAACAGTAGTTT-AAT--------AGATAA-T-ATATCTGTCTGTCGA-TTTAAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgttcgtcg
gi|16 : AAAATCACCAC--GTTTTCGCATTCTATGTT--------TAACTACG-----------TCA-TTTTTATGACAATGG-----C----GAA-----------A-T---------GT--A-----TA--------------------AA-C-AAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTa
gi|17 : tAAAATCAACAC--ATTTTCTCATTCCATGTA--------TTACTACT-----------TCA-CT-----------------------GAAAAC-----T--G--G--------GT--AAACAGTAGT----------------ATAA-T-CATTCTGTTTGTCAA-TTAAAATTac
gi|19 : tAAAATTATCAC--GTTTTAGCGTTCTATGTA--------TTGCTACA-----------CAA-TTTGT-CCACACTGG-----T----GTACAC-----CC-A-C---------GT--AAACAGTG---TAAAC--------AGac
gi|2 : tcagtAATATCACCAC--GTTTTCGCGCTTTATATANNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNN--------NNATAACC-AAATGTTGTTGTCGA-TATAAATTttgtt
gi|20 : ctgtcggtAAAATCACCTG--GTTTTCGAGTTCCGTGTA--------TTACTACG-----------CCA-GTAGT-TTA-AATAG-----cact
gi|20 : cggtCAGTAGTTTAAAT--------AGATAA-CTAAATATGTTTGTCGA-TTTAAATTTataactaaatatgtttgtcgatttaaatttacta
gi|21 : cggtaaaatcacctggttttcgagttccgtgtattactacgcGTTCAATGTA--------TCACTACG-----------CAA-TTTGT-TTACAGT--------------------------------------GT--AAACAGTAGTTTAA------------ATAA-C-----CTGTTTGTCGA-TTTAAATTacta
gi|22 : AAAATCACCAC--GTTTTCGTGTTCTAGGTA--------TTACTTTG-----------TCG-TTTGT-TTACAATGac
gi|23 : cggtAAAATTGCCAT--GTTTTCGCGTTCCATGTA--------TTACTACG-----------TCA-TTTGT-TTAa
gi|24 : cgtcagtAAAATCACCATATGTTCTCGCGTTCCATGTA--------TTACTATA-----------TCA-TTT
gi|25 : cgttggtACAGTAGTTTAAA------------------AATTCTGTTTGTCGA-TTTAAATT
gi|26 : actgtgcat--------GT--AAGCAGTTGCTCAAAC--------A-----------CCTGTTTGTCGA-TTTTAATcc
gi|27 : acagtAAAATCACCAA--GTTTTCGCATTCCACGTaac
gi|28 : gttggtAAAATCACCCC--GTTTTCGCATTCTGTGT
gi|3 : tcggtAAAATCACCAC--ATTTTCATGTTCTTTGAA--------TTATTATG-----------TTC-TTTGT-TTACAATGG-----C----GAATGCAGCCATAAA-CAGC------GT--CAGCAGTAGTTAAAAC--------AGACAACC-AAATCTGTTTATCAA-TTTGAATTT
gi|4 : tgtAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA--------TTACTACAGTATAATAACTTCA-TTTGT-TTACAACGG-----C----AAACGC-----A--A-CA--------GT--AAGCAGTAGTTTAAAA--------AGATAA-CGAAATCTGTTTGTTAA-TTTAAATTTacta
gi|5 : aAAAATCACCAC--GTTTTCATGTTCTACGTA--------TTACTACAGTATAGTAACTTCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACGC-----T--A-CA--------GT--AAACAGTAGTTTAAAT--------AGATAG-CGAAATCTGTTTGTCGA-TTTAAATTTtaga
gi|6 : AAAATCACCAT--GTTTTCGCATTCTTTGTA--------TAACTAAG-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----T----GAAAGC-----C--ACCATAATAACTGT--AAATAGTAGTTTAAAT--------AGAAAA-C-CAA---ATTTGTCTA-TACAAATTT
gi|7 : cgtAAAATCAACAT--GTTTTCGCACTCCATGTA--------CNNNNNNN-----------NNN-NNNNN-NNNNNNNNN-----N----NNNNNN-----N--N-NN--------NN--NNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNN-N-NNGTCTGTTTGTCGA-TTTAAATTttt
gi|8 : cgtcggtAAAACCACCAT--GTTTTTGGGTTATATGTA--------TTATTACA-----------TCA-TTTGT-TTACAATGG-----C----AAACAC-----C--A-CT--------GT--A------AGTTTAAAA--------AGATAACC-AAACCTGTTTGGCGA-ATTATATTTc
gi|9 : agtAAAAACACCAC--GTTTTCGTATTTCATATA--------CTACTATGTTTTC------TTA-TTTGT-TTATAACGT-----CTTCAAAA--------T--A-CC--------GT--AAACAGTAGTT--------------AATAA---AAA-CTATTTTTCGA-TTTAAATacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATGTGTGTCCATTTAAATTACTA