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lowQualScore                  :       .           .....                .        .......     .           ......   .  .......    ...  .       ..       ......    .       .....  .  ......     ......              ..  ......  .                .   ... .              ....  .. .   .                ...   .   .  . ....    .       .     ..                                         . . .......       .. ..                    .                                             ...  .                      ..        ..      .                                            .                                         .      .  .             
lowQualScore                  :       0           77777                4        0000000     2           888888   6  4444444    222  5       22       555555    0       88888  0  111111     222222              77  999999  2                8   555 3              7777  22 7   5                555   8   0  7 2222    8       0     88                                         1 4 6666666       11 11                    4                                             111  4                      44        77      3                                            9                                         8      9  9             
consensus                     :    TTC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGGTGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAANAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
Reference ( gi|5 )            :    TTC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCTG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGGC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGTGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|14                         :    TTC-TTCTTCCATAT-----TCTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------GAC-TA-------GGCGTGTTG-GTGGTGG--TGCACTG-----GAGTC-TCAAATG-----T
gi|2                          :    TTT-TTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTGGGCTCTC--AAAGAAT-------GT-CGATAGCTCAACGA------GAC-TG-------GGTC---TGCATGATGG--CCTGCAGTCTCCAAGT--TAAAATG-----GT-AA------AATTTAAAGA-TAAAATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGTGATGT--GT---GGTCAGGTCACCCCGCG---AG--G-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTA-ACTG----TCACTACGCTAG-TGGGG--AGACAGTTCCACTCTCTTATCGTCCTTGGGTAGAAGGAGTT-GGC-------GTAGGTA--GCATCGTTGATGTGTTTTTGGAAGAAACTGTGTTGACCTCGAGTGCGC------------TGAAGATAC---CT-GCCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTGTACATCATAGCTAGTCTGCTGCATCTTCGGCGACATTCGAGGGACTCCCAACCAAGGTATGACATCATATTGGTGACACATCCTGGGGTCTTG-GT-AGAATAGTCGTTGaaggttactccaccaggagtgacctgaaggcatccaaggtaggtgcagataccgtgctggcaggaagaagattccattcttgcactgtcctttggaagaaggagtttgacagtatctgggctacgctcctggaatagcctatgttatcctctggtacgtgcgtcgccgctttggaggaactagtcggctttaatgtctacaagattgttgcggatcttttacatcacggagagccggctgtgttttcgacgctattcaagggtatcccagtttagttctttaagaatattggagatacatcctggggtcttagtcaaatagttgttg
gi|10                         :    TTC-TTCTTCCAAAT-----AGCGAACTTGGATCTT-CCAAGATC-------GTAAA-TAGCTCAGTGATTAAA-AACATA-------T-CA---TG-GTGATGG--CGTACAG-----CATTT-CCAAGTGGCTA-TT-TA------CAATT------TAAAAGTATGTACA--ATCTCTTGAGCTCTAGTTTGGTCA-GA----------CAGATCAC---ACCCGAAG--G-AGAGATCTGAACTCGTCCAATAAGGT-GGC-A--G----ACAC--TACT---CTGGATGAGATGATTTCAGTCCCTTACTGTCATGTGGAAGAAGGAGTT-GG----A---ATACGTGCCG--GCTTGTATTCTCTACTGGTAGAATCTGTGTTGTCCTTGGGTAGGACTATCACCATCATGCAGGTATCGGTT-GTTTG-G--GATGTCTACTAGGCCTTGTT--G--AATTCTATACAACATTGAAAGTC-----TGTTT-----GCT-----AGCGGTTCCCAGTTAAGGTCCTTTACTATTTTCATGACACACCCTGAGATTTTG-CTGCG-GTAGTCGTTGaagacgtatctggccactctcctctgcacctgtttgagggtctgaatactggatttggtgtgggggtcccaaacagttgaggctttttccataatgggccataatatggctttgtaggaggcatccttgactgttggcgtgcactctctaaggttcctatggagaaagccaacagtacggctggctttgctggcaatgttgttcacatgtgtgtcccatgaaagtgagtttgtgattgtcactctcaggtacttgcttgcttcaacgacttccagttgttgcccatggaggtaatactctgtgctgatgaccttcttttggctgtgtggagcaatgccaatgaca
gi|50                         :   tTTC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAa
gi|51                         :    TTC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAA
gi|45                         :    TTC-TTCTCCCATAT-----ACTGAACTGGGCTCTTAAAAAGAACCTAATAATTATG-TAGCTCAACa
gi|35                         :    TTCATTTTTTCAAAT-----AATGAACTGGAATCTT-TCCAGATC-------GGAAA-CAGCTCAGCGATTATAAAATGTAAT-----GGTG---TCTGTGATGG--CCTACAG-----CATTT-CCAAATG-----CT-AA------AA--------------CTACTTAAA--GT------AG-
gi|4                          : ttccTC-TCCTTCCATAT-----ACTTAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCATAG-----TAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACACCACC---AG--G-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTGGGC-GCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGA--AGAATATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---T---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCATGAAATAGACTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTCA-GT-CGAATAGTCGTTGgtgc
gi|6                          :     TC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-CAGCTCAACGA------GAC-TA-------GGCG---TG-GTTGTGG--TGCACAG-----AAGCC-GAAAATG-----TT-AA------AAAATA-----TTAAACTATATACA--GT------AG-TTATGTCTGGTGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCGCA---AG--T-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAAGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGAAACGCATCTGGAATAGCTTATGTTGTCTTCTGGTACGCGCTTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGGCGCTGTTCAA-GGGATCCCAGTTCAGTTCTATAAGCATGTTGGAGATACATCATGGGGT-TTATGT-AGACTAGTTGTTGaa
gi|18                         :     TC-ATCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------TG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAATCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGa
gi|24                         :     TC-TTCTTCCAACT-----AATGAACTGGGATATT-TCCAGACC-------ATAAA-TAGCTCAGC--------AAT-TAAAAATGTGTCC---TG-GTCATGG--CATACAG-----CATTT-CCAAATGGCTATTT-AC------AA--C------TAAAAGTAAGTACA--ATCTCGG-AG-TTGTGGTTCAGTCAGA----------CAGAT--CT-CACCTGAAA--A-AGGAATCTGAACTCTTCC-A---GTTAGGTGGCTG----ACCCTACTCTGG-AAG----AGATGGTTCCA
gi|7                          :  tgtgC-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---A-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTAACCTGAAAGCATCCAA---CGTAGGT-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGCCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|11                         :      C-TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAACGAT-------GTATG-TAACTCAACAA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AATTC-TTAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AA-TCATGTCTGGTGAAGAAAGT---G-TAAGGTTA-GCCA-T---AG--G-AGTGACCCGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACCGTACTGG-CAGGA--AGAAGATTTCACTCTCACACTGTCCTTGGGAAGAAGG-----------A---GTATCTG--G--TCTTTGATATGCTCCTGGAATAGCCTATGTTGTCCTCTGGTAAGGGTGTCACGGCTATGGAGGAAC---TT-GTCTGCATTGATGTCTACAATA--TTGTTGCGGAGATCCTGTACATCATGGAGAGCCCGCTGTGTTTTCGACACTGTTCAAAGGGACCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATA-TGGAGATACATTCTTGGGTCTTT-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|37                         :      C-TTCTTCCATATGGTATACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAATGA------GAC-TA-------GGCA---TC-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAa
gi|39                         :      C-TTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTAGGCTCTC--AAAGAAC-------AT-CGATAGCTCAACGA------GAC-TG-------GGTG---TGCGTGATGGCCTGC----------AGTC-TCCAA-G-----TT-AA------A
gi|48                         :      C-TTTTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGCTCAT-AATAGAAT-------GTATG-TACCTC
gi|32                         :       -TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTTGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAAGT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--
gi|40                         :       -TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---T
gi|49                         :       -TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-cattaatgaagcaagtcaaaagtatc
gi|47                         :       -TTCTTCCATAT-----ACAGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAT-------GTATG-TAG
gi|9                          :          CTTCCATAT-----ACTGAGTTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACA-TAGCTCAACGA------GAA-TA-------GGCG---TG-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TTTAA------AAAAT------TAAAACTATATAGA--TT------AG-TCATGTTTGGTGAAGAAAGT---G-TCAAGTAACTCCGCG---AG--G-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGT-GGC-GCAG----AAACTGTGCTGG-CAGGA--AAAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAG---GAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGGCATGCTCCTGGAATAGCCTTTGTTGCCCTCTGGTACGTGTGTCGACGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGTGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCA--GATCTTGTACATCATGGAGGGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATAATGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCGTTGacttc
gi|38                         :          CTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACaa
gi|8                          :           TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAACC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAATAGCTCATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTATTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACTCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTTGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|19                         :           TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACTG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-Aa
gi|25                         :               ATAT-----ACTGAGCTTGGCTCTT-AATAGAGC-------GTATT-TAGCTCAACGA------GAC-TC-------GGTG---TG-GTCGTGG--CGCACAG-------TTCATTAAATG-----TT-AA------AATTT------CAAAACTATTAACA--TT-------T-TTATGTCTGGTGAAT-AAGT---G-TCGGGGT-TTCTACTTG-AG--G-ATTGACCCGAAGTCATCCCG---GTTTTGC-TCAGATCAATACTGTGCTGGATAGG---GGAAGATTCCATTTTCggttactccaccaggaatgacatgaaggcatccaaggtaggcgcagttaccgtgctagcaggaagattccattcttgcactgtccttcggaagaacgagtttgacagtatctggtctttgatacgctcctggaacagcttatgctgtcctctggtacgcgcgtcgacgctttgaaggaacttgtctacgttgatgtatacaagattgttg
gi|15                         :             ttaTAT-----ATTAAGCTGGGCTCTC--AAAGAAC-------GT-CGATAGTTCAACGA------GAC-TG-------GATC---TGCGTGATGGCCTGC----------AGTC-TCCAA-G-----TT-AAATTGGTAAATTTAAAGATAAAATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGT----AATGTGTGG-TCAGGTCACCCCGCG---AG--G-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTA-GCTG----TCACTACGCTAG-TGGGG--AGACAGTTCCACTCTCTTATTGTCCTTGGGTAGAAGGAGTT-GGCGTTG---GTAGC----A--TCGTTGATGCGTTCTTGGAAGAACCTATGTTGACCTCGAGTGCGGGTGTCGCTGCGCTGGAGATAC---CT-GTCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTCTACATCATAGCTAGTCTGCTGCGTCTTCAGCGACATTCGAGGGATTCCCAG
gi|44                         :               cTAT-----ACTGAGCTGGGCTCA--GAAAGAAC-------GT-CGATAGCTCAACGA------GAC-TG-------GGTC---TGCGTGATGG--cc
gi|12                         :                          ccAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA------AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAATG-----TT-AA------AAATT------TAAAACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGT---A-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTAACCTGAAAGCATCCAA---CGTAGGT-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGCCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTGATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGc
gi|13                         :                                                                                                                                   AAAT------TT-AA------AAAT--------AAAACTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGTGATGT--GT---GGTCAGGCCAACCCGCA---AGCAG-AGT--CCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTA-GCTG----GCACTACACTAG-TGGGG--AGATAGTTCCACTCTCTTATCGTCCTTTGGTAGAAGGAGTT-GGC---GTAGGTAGC----G--TCAATGATGCGTTCTTGGAAGAAACTGTGTTGACCTCGAGTGCGGTTGTTGCTGCGCTGGAGGTAC---CT-GTCTGAGAGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTGAACATCATAGCTAGTCTGCTGCATCTTTGGTGACATTAGAAGGACTCCCAGTCAAGGTCTGACATCATATTGGTGACACATCCTGG------G-GT-AGAATAGTCATTGa
gi|3                          :                                                                                                                              ggtctgcgtgatggcctgcagtctccaagttaaaatggtaAACTATATACA--GT------AG-TCATGATTGGTGAAGAAAAT---G-TAAGGTTAC-GCAGT---AG--GTAGTGACCTGAAGGTATCAAA---GGTAAGT-GCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATACCTTTCTCGTACTATCCTTAGGAAGAAGGAGTTCAAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACACTCCTGGAACAGCCTATGTTATCCTCTGGTATGCGTGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TTAAT-----TTGATGTCTACGTGG--TTGTTGCA--GATC-TATACATCATGGAGAGCTGGCTGTGTATTCAATGCTGTTCAAAGGG-CCCCAGTTGAGTTCTTTTAGCACATTGGAGATACATCTTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCATTGaagacgtatctggctgctc
gi|1                          :                                                                                                                                                                                    T------AG-TCATGTCTGGTGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACCGTGCTGG-CA-----AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAAAAGGAGTTTGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATATGCTCCTGGAATAGCCTATGTTGACCTCTGGTACGTGTGGCGCCGCTTTGGAGGAGC---TT-GTTTGCATTGATGTCTACAAGA--TTGTTGTG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCTGGCTGTGTTTTC-----TGT--------ATCCCAGTTCAGTTCTATAAACATATTTGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGaaaaaagctggccgcgcgacgctgaacctgctcaatactgttaccgtggttaagctggtatgtgtgacggcattctcgagtttggggtggaccatggccttataggaagcttacatgacaggtggcatccattccctcaggtttctgtgaatgaaccccagagtccaactggctttgcccgtgatgttgcctatttgtttctctcaggttagactttctgtgatggtgactccaaggtatttgcttgcgtcaaccacttcaagtgtgtggccgtggagactgtatgtggtgtgaatggttttctgacatcgaggggcgattctgatgacagtggactaagtggggttaaagctcatctgccatgtctctttccactttttccagtgccgtgatgtcttcctggaggagctgtctgtcatggtcattcttgatca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                   TCTGATGAAGAAAGT---G-TCAGGTTACTCCACC---AG--G-ATTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTTCGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGTTCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGATGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGGG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCTAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCATA-GT-CGAATAGTCGTTGaaaataaagcgggccgctcggtgctgaacctgctcaatagtgttgattggtttagctggtatggatcacagacggtggcggcattctcaagttgggggcggaccatgactttaaaggaagtttccttgacaggtggcgtgcattccttcaggtttctgcaaatgaaccccagagtccgggaggccttgttgtgatgttgcctagatgtgtttctcccaggtgaggctttctgtgatggtgactccaaggtttttactcccatccaccacctcaagagggtggccatggagactgtatgtggtgtcgatgatttttcgacatcgaggggcgatcttgatgacagtgcactaagtggggttgaagctcatctgccgtatctcttcccacttttccagtgctgtgaggtcttcctggaggagctgtctgtcatgtttgttctggatcaccttgaagactgcgctgtcatcagcaaacagtttggaggatga
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                              AAAT---G-TAAGGTTACTCCACC---AG--G-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGT-GCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTTGCACTGTCCTTTGGAAGAAGGAGTTTGAC---A---GTATCTG--G--GCT-----ACGCTCCTGGAATAGCCTATGTTATCCTCTGGTACGTGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TA-GTCGGCTTTAATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTTTACATCACGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTATTCAAGGGTATCCCAGTTTAGTTCTTTAAGAATATTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CAAATAGTTGTTGaa
gi|19                         :                                                                                                                     ttcttcttccatattctgagctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtgttggtggtggtgcactggagtctcAAAT---G-TTAGGTTACTCCACC---AG--G-AATGACATGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----TTACCGTGCTAG-CAGGA--AG---ATTCCATTCTTGCACTGTCCTTCGGAAGAACGAGTTTGAC---A---GTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAACAGCTTATGCTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGACGCTTTGAAGGAAC---TT-GTCTACGTTGATGTATACAAGA--TTGTTG
gi|7                          :                                                                                                                                      ttccatatactgagctgggtttttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtggtggtggtgcactgaagtctc-TCAGGTTACTCCTGG---TG--G-AGTAACCTGA
gi|8                          :                                                                             cttcttccatatactgagctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtggtggtggtgcacagaagtctcaaatgttaaaaatttaaaactatatacagtagtcatgtctgatgaagaaagta-TCAGGTTACTCCTGG---TG--G-AGTAACCTGAaagcatccaacgtaggtgcagatacggtgctggcaggaagaagattccattctcgcactgtccttgggaagaaggagttcgacagtatctggtctttgatacgctcctggaaaagcctatgttgccctctggtacgcgcgtcgccgctttggaggaacttgtctgcgttgatgtctacaagattgttgcggatcttatacatcatggagagccggctgtgttttcgacgctgttcaaggggatcccagttcagttctttaagcatgttggagatacatcctggggtcttagtcgaatagtcgttga
gi|12                         :                                                                                 ttccatatactgagctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgaaactaggcgtggtggtggtgcacagaaacctcaaatgttaaaaatttaaaactatatacagtagtcatgtctgatgaagaaagtg-TCAGGTTACTCCTGG---TG--G-AGTAACCTGAaggcatccaaggtaggcgcagatacggtgctggcaggaagaagattccattctcgcactgtccttgggaagaaggagttcgacagtatctggtctttgatacgctcctggaatagctcatgttgtcctctggtacgcgcgtcgccgctttggaggaacttgtctgcgttgatgtctacaagattattgcggatcttgtacatcatggagagccggctgtgttttcgactctgttcaaggggatcccagttcagttctttaagcatgttggagatacatccttgggtcttagtcgaatagtcgttga
gi|18                         :                                                                                             agctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgaaactaggcgtggtggtggtgcacagaagtctcaaatgttaaaaatttaaaactatatacagtagtcatgtctgatgaagaaagta-TCAGGTTACTCCTGG---TG--G-AGTAACCTGAaagcatccaacgtaggtgcagatacggtgctggcaggaagaagattccattctcgcactgtccttgggaagaaggagttcgacagtatctggtctttgatacgctcctggaaaagcctatgttgccctctggtacgcgcgtcgccgctttggaggaacttgtctgcgttgatgtctacaagattgttgcggatctgatacatcatggagagccggctgtgttttcgacgctgttcaaggggatcccagttcagttctttaagcatgttggagatacatcctggggtcttagtcgaatagtcgttga
gi|41                         :                                                                                           tcatcttccatatactgagctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgaaactaggcgtggtggtggtgcacagaagtctcaaatgttaaaaatttaaaactatatacagttgtcatgtctgatgaagaaagtgC---AG--G-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGC-GCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGA--AGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTaggcatccaaggtaggcgcagatacggtgctggcaggaagaagattccattctcgcactgtccttgggaagaaggagttcgacagtatctggtctttgatacgctcctggaaaatcctatgttgtcctctggtacgcg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTCCACTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAATAGTTTGTC---A---GTTCTTG--G--TCAGTTATACCCTCCTGGAACAGCCTGTGCTGTATTCCGGTATGACCGTTACCGC-TTGGAGGATT---CT-GTCTGCGTTGATG
16 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|30 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTT
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Reference ( family-637 )      :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAANAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
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gi|11                         :                                                                                  tCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAACGAT-------GTATG-TAACTCAACAA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AATTC-TTAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AA-TCATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---AAGGTTA-GCCA-T---AGG-AGTGACCCGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTACTGG-CAGGAAGAAGATTTCACTCTCACACTGTCCTTGGGAAGAAGG----------AGTATCTG--G--TCTTTGATATGCTCCTGGAATAGCCTATGTTGTCCTCTGGTAAGGGTGTCACGGCTATGGAGGAAC---TT-GTCTGCATTGATGTCTACAATA--TTGTTGCGGAGATCCTGTACATCATGGAGAGCCCGCTGTGTTTTCGACACTGTTCAAAGGGACCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATA-TGGAGATACATTCTTGGGTCTTT-GT-CGAATAGTCGTTGa
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gi|14                         :                                         ggtctgcgtgatggcctgcagtctccaagttaaaatggtaTTCTTCTTCCATAT-----TCTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCGTGTTG-GTGGTGG--TGCACTG-----GAGTC-TCAAAT-G----Taagacgtatctggctgctc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAATG-T---AAGGTTACTCCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGTGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTTGCACTGTCCTTTGGAAGAAGGAGTT--TGACAGTATCTG--G--GCT-----ACGCTCCTGGAATAGCCTATGTTATCCTCTGGTACGTGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TA-GTCGGCTTTAATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTTTACATCACGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTATTCAAGGGTATCCCAGTTTAGTTCTTTAAGAATATTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CAAATAGTTGTTGaaggttactccaccaggagtgacctgaaggcatccaaggtaggtgcagataccgtgctggcaggaagaagattccattcttgcactgtcctttggaagaaggagtttgacagtatctgggctacgctcctggaatagcctatgttatcctctggtacgtgcgtcgccgctttggaggaactagtcggctttaatgtctacaagattgttgcggatcttttacatcacggagagccggctgtgttttcgacgctattcaagggtatcccagtttagttctttaagaatattggagatacatcctggggtcttagtcaaatagttgttg
gi|15                         :   ttcttcttccatattctgagctgggttcttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtgttggtggtggtgcactggagtctcTAT-----ATTAAGCTGGGCTCTC--AAAGAAC-------GT-CGATAGTTCAACGA-----GAC-TG-------GATC---TGCGTGATGGCCTGCA----------GTC-TCCAA--G----TT-AAATTGGTAAATT-----TAAAGATAAAATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGT----AATGTG-TGGTCAGGTCACCCCGCG---AGG-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTAGCTG----TCACTACGCTAG-TGGGGAGACAGTTCCACTCTCTTATTGTCCTTGGGTAGAAGGAGTTGGCGTTGGTAGC----A--TCGTTGATGCGTTCTTGGAAGAACCTATGTTGACCTCGAGTGCGGGTGTCGCTGCGCTGGAGATAC---CT-GTCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTCTACATCATAGCTAGTCTGCTGCGTCTTCAGCGACATTCGAGGGATTCCCAG
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gi|18                         :                                                                                  TCATCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------TG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAATCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGaa
gi|19                         :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACTG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAATG-T---TAGGTTACTCCACC---AGG-AATGACATGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----TTACCGTGCTAG-CAGGAAG---ATTCCATTCTTGCACTGTCCTTCGGAAGAACGAGTT--TGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAACAGCTTATGCTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGACGCTTTGAAGGAAC---TT-GTCTACGTTGATGTATACAAGA--TTGTTGggttactccaccaggaatgacatgaaggcatccaaggtaggcgcagttaccgtgctagcaggaagattccattcttgcactgtccttcggaagaacgagtttgacagtatctggtctttgatacgctcctggaacagcttatgctgtcctctggtacgcgcgtcgacgctttgaaggaacttgtctacgttgatgtatacaagattgttg
gi|2                          : ttccatatactgagctgggtttttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtggtggtggtgcactgaagtctcTTTTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTGGGCTCTC--AAAGAAT-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCATGATGG--CCTGCAGTCTCCAAGT--TAAAAT-G----GT-AAA------ATTTAAAGATAAA------ATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGTGATGT--GTGGT---CAGGTCACCCCGCG---AGG-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTAACTG----TCACTACGCTAG-TGGGGAGACAGTTCCACTCTCTTATCGTCCTTGGGTAGAAGGAGTT---GGC-GTAGGTA--GCATCGTTGATGTGTTTTTGGAAGAAACTGTGTTGACCTCGAGTGCGC------------TGAAGATAC---CT-GCCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTGTACATCATAGCTAGTCTGCTGCATCTTCGGCGACATTCGAGGGACTCCCAACCAAGGTATGACATCATATTGGTGACACATCCTGGGGTCTTG-GT-AGAATAGTCGTTG
gi|24                         :                                                                                  TCTTCTTCCAACT-----AATGAACTGGGATATT-TCCAGACC-------ATAAA-TAGCTCAGC-------AAT-TAAAAATGTGTCC---TG-GTCATGG--CATACAG-----CATTT-CCAAATGG----CT-----------ATT-----TACA------ACTAaagacgtatctggccactctcctctgcacctgtttgagggtctgaatactggatttggtgtgggggtcccaaacagttgaggctttttccataatgggccataatatggctttgtaggaggcatccttgactgttggcgtgcactctctaaggttcctatggagaaagccaacagtacggctggctttgctggcaatgttgttcacatgtgtgtcccatgaaagtgagtttgtgattgtcactctcaggtacttgcttgcttcaacgacttccagttgttgcccatggaggtaatactctgtgctgatgaccttcttttggctgtgtggagcaatgccaatgaca
gi|25                         :                                                                                       tgtgATAT-----ACTGAGCTTGGCTCTT-AATAGAGC-------GTATT-TAGCTCAACGA-----GAC-TC-------GGTG---TG-GTCGTGG--CGCACAG-------TTCATTAAAT-G----TT-AAA------ATTT-----CAAA------ACTATTAACA--TT-------T-TTATGTCTGGTGAAT-AAGTG-T---CGGGGT-TTCTACTTG-AGG-ATTGACCCGAAGTCATCCCG---GTTTTGCTCAGATCAATACTGTGCTGGATAGG-GGAAGATTCCATTTTCaaagtaagtacaatctcggagttgtggttcagtcagacagatctcacctgaaaaaggaatctgaactcttccagttaggtggctgaccctactctggaagagatggttcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                             ttaA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGATTGGTGAAGAAAATG-T---AAGGTTAC-GCAGT---AGGTAGTGACCTGAAGGTATCAAA---GGTAAGTGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATACCTTTCTCGTACTATCCTTAGGAAGAAGGAGTT--CAACAGTATCTG--G--TCTTTGATACACTCCTGGAACAGCCTATGTTATCCTCTGGTATGCGTGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TTAAT-----TTGATGTCTACGTGG--TTGTTGCA--GATC-TATACATCATGGAGAGCTGGCTGTGTATTCAATGCTGTTCAAAGGG-CCCCAGTTGAGTTCTTTTAGCACATTGGAGATACATCTTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCATTG
gi|32                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTTGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AAGT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGaaaaaagctggccgcgcgacgctgaacctgctcaatactgttaccgtggttaagctggtatgtgtgacggcattctcgagtttggggtggaccatggccttataggaagcttacatgacaggtggcatccattccctcaggtttctgtgaatgaaccccagagtccaactggctttgcccgtgatgttgcctatttgtttctctcaggttagactttctgtgatggtgactccaaggtatttgcttgcgtcaaccacttcaagtgtgtggccgtggagactgtatgtggtgtgaatggttttctgacatcgaggggcgattctgatgacagtggactaagtggggttaaagctcatctgccatgtctctttccactttttccagtgccgtgatgtcttcctggaggagctgtctgtcatggtcattcttgatca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTCCACTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAATAGTT--TGTCAGTTCTTG--G--TCAGTTATACCCTCCTGGAACAGCCTGTGCTGTATTCCGGTATGACCGTTACCGC-TTGGAGGATT---CT-GTCTGCGTTGATG
gi|37                         :                                                                                 gtCTTCTTCCATATGGTATACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAATGA-----GAC-TA-------GGCA---TC-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAc
gi|38                         :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------AC
gi|39                         :                                                                                   CTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTAGGCTCTC--AAAGAAC-------AT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTG---TGCGTGATGGCCTGC----------AGTC-TCCAA--G----TT-AAA------
gi|4                          :                                                                                  TCTCCTTCCATAT-----ACTTAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCATAG-----TAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACACCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTGGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAATATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACTGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCATGAAATAGACTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTCA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|40                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---Taa
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTcattaatgaagcaagtcaaaagtatc
gi|44                         :                                                                                            TAT-----ACTGAGCTGGGCTCA--GAAAGAAC-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCGTGATGG--
gi|45                         :                                                                               ccTTCTTCTCCCATAT-----ACTGAACTGGGCTCTTAAAAAGAACCTAATAATTATG-TAGCTCAACc
gi|47                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACAGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAT-------GTATG-TAG
gi|48                         :                                                                                   CTTTTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGCTCAT-AATAGAAT-------GTATG-TACCTCacttc
gi|49                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-
gi|5                          :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCTG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGGCAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGTGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|50                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGA
gi|51                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAA
gi|6                          :                                                                                  TCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-CAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTTGTGG--TGCACAG-----AAGCC-GAAAAT-G----TT-AAA------AAATA----TTAA------ACTATATACA--GT------AG-TTATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCGCA---AGT-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAAGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGAAACGCATCTGGAATAGCTTATGTTGTCTTCTGGTACGCGCTTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGGCGCTGTTCAA-GGGATCCCAGTTCAGTTCTATAAGCATGTTGGAGATACATCATGGGGT-TTATGT-AGACTAGTTGTTGa
gi|7                          :                                                                                   CTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTA-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAAGCATCCAA---CGTAGGTGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGCCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|8                          :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAACC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAATAGCTCATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTATTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACTCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTTGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|9                          :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGTTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACA-TAGCTCAACGA-----GAA-TA-------GGCG---TG-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TTTAAA------AAAT-----TAAA------ACTATATAGA--TT------AG-TCATGTTTGGTGAAGAAAGTG-T---CAAGTAACTCCGCG---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGT-GGCGCAG----AAACTGTGCTGG-CAGGAAAAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAG---GAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGGCATGCTCCTGGAATAGCCTTTGTTGCCCTCTGGTACGTGTGTCGACGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGTGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCA--GATCTTGTACATCATGGAGGGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATAATGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCGTTGa
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACCATGGCTTTATAGGAAGTTTCCTTGACAGGTGGCGTGCATTCCCTCAGGTTTCGGCGAATGAACCCCAGAGTCCGGCTGGCCTTTGCTCGCGATGTTGCCTATGTGTTTCTCCCAGATGAGGCTTTCTGTGATGGTGACTCCAGGGTATTTTCTTGCATCCACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACTGTATGTGGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAAGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATTGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCGCTGTCATTAGCAAACAGTTTGGAGAATGACGACTTGATCATAT
Unaligned ( gi|20 ): TGCTTTCTGTGATGGTGACTCTAAAGTATTTACTTGCATCCACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACTGTATGGAGACTGTACGTGGTGTTGATGATTTTCCAACATCGAGAGGCGATCCGGATGACAGTGGACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCTCCCAAATTTCAGGTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACGGCGCTGTCATCAGTAAACAATTTAGAGGATGACGATTTAAAGTTGATCATATC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTTGCGTCCACCACTTCAAGTGTGTGGCCATAAAAACTGCATGTGGTGTCAATCATTTTCTGACATCGAGGGGCGACCCTGATTACAGTGCACTTAATGGGTTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCTACTTTTCCAGTGCTGCGAGGTCTTCCTGGAACACCTTTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACTGCGCTATCATTGGCAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATCACAT
Unaligned ( gi|22 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAATGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATTCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGATTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGTGGTCTTTCTGGATGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCGCTGTCATCAGCAAACAGTTTGGAGGACGACGACTTGATCATAT
Unaligned ( gi|23 ): ACCACCTCAAGTGGGTGACAATAGAGAATGTATGTGGTGTTGATGATTTTCCAACACCGAGGGGCGATCCGGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGTTCATTTGCCATGCCTCTTCTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTTTCGGTCACATTGAAGACTGCGCTGTCATGAGGAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATC
Unaligned ( gi|26 ): ACCACCTCAATTGTATGGCCATGGAGACTGTATGTGGTGTCAATGATTTTCCAACATCAAGTAGCGATCCCGATGACAGTGCACCTAGTGAAGCTCATCTGCTATGTCTCTTCTCACTTTTCCAGTTCTGTGAGACTCTGACATGGTCGTTCTCGATCGCCTTGAAGACTGCACTGTCATCGGCAGTTTAGAGGATGATGACTTGATC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGTGTCCAGCATTTCCAAATGGCTATTTACAATTTAAAAGTATGTACATTCTTTTGTGTCCTAGTTCAGTCAGACACATTATAGCCAAAAGAGGGATTTGAACTCGTCCAGCGAGGTGGCAGACCCTATTCCGGATGAGAGATGTTCCAGTCCCTTAATTTCTATCCTGTGTTGGAAGTATTCTCTTCTGGTTGAATT
Unaligned ( gi|28 ): ACCACCTCACGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|29 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|30 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTT
Unaligned ( gi|31 ): ACTTGCTTCTTCAATTTCTAAGGTGTGACCATGCAGCTTGTAGTTTGTGTGTAAGACTCTCGTTCTGTTCTTTGGGACAATGTTTAGCACTGTGCATTTGGAGTGAATGAAACTCATCTGCCAGGTTTTTTCCCAGGTTTCAAGGGCTGTAAGGTATTCCCAGAGAA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGTCTGTCAATGGATTGTATATTGCTTGTTGATGGGCCCCCTCTTGCAGGTTATCCCCATGACCTTGCTCTTGGAAGGGTTGAAATGCATTTGCTAGGCGACTTTCCATTGTTCCAGGCATCTGAGATCTTCTTGCAGAATG
Unaligned ( gi|35 ): TTCCTTCATTTTTTCAAATAATGAACTGGAATCTTTCCAGATCGGAAACAGCTCAGCGATTATAAAATGTAATGGTGTCTGTGATGGCCTACAGCATTTCCAAATGCTAAAACTACTTAAAGTAGGTGC
Unaligned ( gi|36 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCAATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCA
Unaligned ( gi|42 ): CTCCTTCTTTCTAATAATGAACTTGGATATTTCCAGATAGTAAATAGCTCAGTGATTAAAAACGTGTT
Unaligned ( gi|43 ): CTTGCACTTGGAAGGTGCCTTCGCCAGCCGGATTCCCATTGTTCCAAGATCTTTCTGCAGAATGTCA
Unaligned ( gi|46 ): CTTCAAGTGTGTGGCCATGGACACTGTATGTGGGGTCAATTATTTTCCGACATCGAG






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Reference ( family-637 )      :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAANAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
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gi|19                         :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACTG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAATG-T---TAGGTTACTCCACC---AGG-AATGACATGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----TTACCGTGCTAG-CAGGAAG---ATTCCATTCTTGCACTGTCCTTCGGAAGAACGAGTT--TGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAACAGCTTATGCTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGACGCTTTGAAGGAAC---TT-GTCTACGTTGATGTATACAAGA--TTGTTGggttactccaccaggaatgacatgaaggcatccaaggtaggcgcagttaccgtgctagcaggaagattccattcttgcactgtccttcggaagaacgagtttgacagtatctggtctttgatacgctcctggaacagcttatgctgtcctctggtacgcgcgtcgacgctttgaaggaacttgtctacgttgatgtatacaagattgttg
gi|2                          : ttccatatactgagctgggtttttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtggtggtggtgcactgaagtctcTTTTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTGGGCTCTC--AAAGAAT-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCATGATGG--CCTGCAGTCTCCAAGT--TAAAAT-G----GT-AAA------ATTTAAAGATAAA------ATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGTGATGT--GTGGT---CAGGTCACCCCGCG---AGG-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTAACTG----TCACTACGCTAG-TGGGGAGACAGTTCCACTCTCTTATCGTCCTTGGGTAGAAGGAGTT---GGC-GTAGGTA--GCATCGTTGATGTGTTTTTGGAAGAAACTGTGTTGACCTCGAGTGCGC------------TGAAGATAC---CT-GCCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTGTACATCATAGCTAGTCTGCTGCATCTTCGGCGACATTCGAGGGACTCCCAACCAAGGTATGACATCATATTGGTGACACATCCTGGGGTCTTG-GT-AGAATAGTCGTTG
gi|24                         :                                                                                  TCTTCTTCCAACT-----AATGAACTGGGATATT-TCCAGACC-------ATAAA-TAGCTCAGC-------AAT-TAAAAATGTGTCC---TG-GTCATGG--CATACAG-----CATTT-CCAAATGG----CT-----------ATT-----TACA------ACTAaagacgtatctggccactctcctctgcacctgtttgagggtctgaatactggatttggtgtgggggtcccaaacagttgaggctttttccataatgggccataatatggctttgtaggaggcatccttgactgttggcgtgcactctctaaggttcctatggagaaagccaacagtacggctggctttgctggcaatgttgttcacatgtgtgtcccatgaaagtgagtttgtgattgtcactctcaggtacttgcttgcttcaacgacttccagttgttgcccatggaggtaatactctgtgctgatgaccttcttttggctgtgtggagcaatgccaatgaca
gi|25                         :                                                                                       tgtgATAT-----ACTGAGCTTGGCTCTT-AATAGAGC-------GTATT-TAGCTCAACGA-----GAC-TC-------GGTG---TG-GTCGTGG--CGCACAG-------TTCATTAAAT-G----TT-AAA------ATTT-----CAAA------ACTATTAACA--TT-------T-TTATGTCTGGTGAAT-AAGTG-T---CGGGGT-TTCTACTTG-AGG-ATTGACCCGAAGTCATCCCG---GTTTTGCTCAGATCAATACTGTGCTGGATAGG-GGAAGATTCCATTTTCaaagtaagtacaatctcggagttgtggttcagtcagacagatctcacctgaaaaaggaatctgaactcttccagttaggtggctgaccctactctggaagagatggttcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                             ttaA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGATTGGTGAAGAAAATG-T---AAGGTTAC-GCAGT---AGGTAGTGACCTGAAGGTATCAAA---GGTAAGTGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATACCTTTCTCGTACTATCCTTAGGAAGAAGGAGTT--CAACAGTATCTG--G--TCTTTGATACACTCCTGGAACAGCCTATGTTATCCTCTGGTATGCGTGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TTAAT-----TTGATGTCTACGTGG--TTGTTGCA--GATC-TATACATCATGGAGAGCTGGCTGTGTATTCAATGCTGTTCAAAGGG-CCCCAGTTGAGTTCTTTTAGCACATTGGAGATACATCTTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCATTG
gi|32                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTTGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AAGT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGaaaaaagctggccgcgcgacgctgaacctgctcaatactgttaccgtggttaagctggtatgtgtgacggcattctcgagtttggggtggaccatggccttataggaagcttacatgacaggtggcatccattccctcaggtttctgtgaatgaaccccagagtccaactggctttgcccgtgatgttgcctatttgtttctctcaggttagactttctgtgatggtgactccaaggtatttgcttgcgtcaaccacttcaagtgtgtggccgtggagactgtatgtggtgtgaatggttttctgacatcgaggggcgattctgatgacagtggactaagtggggttaaagctcatctgccatgtctctttccactttttccagtgccgtgatgtcttcctggaggagctgtctgtcatggtcattcttgatca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTCCACTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAATAGTT--TGTCAGTTCTTG--G--TCAGTTATACCCTCCTGGAACAGCCTGTGCTGTATTCCGGTATGACCGTTACCGC-TTGGAGGATT---CT-GTCTGCGTTGATG
gi|37                         :                                                                                 gtCTTCTTCCATATGGTATACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAATGA-----GAC-TA-------GGCA---TC-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAc
gi|38                         :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------AC
gi|39                         :                                                                                   CTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTAGGCTCTC--AAAGAAC-------AT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTG---TGCGTGATGGCCTGC----------AGTC-TCCAA--G----TT-AAA------
gi|4                          :                                                                                  TCTCCTTCCATAT-----ACTTAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCATAG-----TAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACACCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTGGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAATATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACTGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCATGAAATAGACTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTCA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|40                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---Taa
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTcattaatgaagcaagtcaaaagtatc
gi|44                         :                                                                                            TAT-----ACTGAGCTGGGCTCA--GAAAGAAC-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCGTGATGG--
gi|45                         :                                                                               ccTTCTTCTCCCATAT-----ACTGAACTGGGCTCTTAAAAAGAACCTAATAATTATG-TAGCTCAACc
gi|47                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACAGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAT-------GTATG-TAG
gi|48                         :                                                                                   CTTTTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGCTCAT-AATAGAAT-------GTATG-TACCTCacttc
gi|49                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-
gi|5                          :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCTG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGGCAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGTGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|50                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGA
gi|51                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAA
gi|6                          :                                                                                  TCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-CAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTTGTGG--TGCACAG-----AAGCC-GAAAAT-G----TT-AAA------AAATA----TTAA------ACTATATACA--GT------AG-TTATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCGCA---AGT-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAAGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGAAACGCATCTGGAATAGCTTATGTTGTCTTCTGGTACGCGCTTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGGCGCTGTTCAA-GGGATCCCAGTTCAGTTCTATAAGCATGTTGGAGATACATCATGGGGT-TTATGT-AGACTAGTTGTTGa
gi|7                          :                                                                                   CTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTA-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAAGCATCCAA---CGTAGGTGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGCCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|8                          :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAACC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAATAGCTCATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTATTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACTCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTTGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|9                          :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGTTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACA-TAGCTCAACGA-----GAA-TA-------GGCG---TG-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TTTAAA------AAAT-----TAAA------ACTATATAGA--TT------AG-TCATGTTTGGTGAAGAAAGTG-T---CAAGTAACTCCGCG---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGT-GGCGCAG----AAACTGTGCTGG-CAGGAAAAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAG---GAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGGCATGCTCCTGGAATAGCCTTTGTTGCCCTCTGGTACGTGTGTCGACGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGTGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCA--GATCTTGTACATCATGGAGGGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATAATGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCGTTGa


blockSeqs                     :                                                                                               GGTAT                A        CTAATAA     A           .       .  AAAATGT    TGT  C       CC       TCTCCA    A      G .     T   TTGGTA    AAAGA    GATAAA          AT  CTCTTG  C                     G GGT              CGA   T                    TAA           ATCA    T       A                                              GG            CC CA                    G                                             CGG  A                      CC        GA                                                                                                    T  G
blockSeqs                     :                                                                                               .                    .        .           A           .       .  .          .    C       CC       A         .      . .     .   .         A        .               AT  .       .                     G .                TG    .                    .             .       C       .                                              GG            .  .                     T                                             .    .                      .         .                                                                                                     .  .
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17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|20 ): TGCTTTCTGTGATGGTGACTCTAAAGTATTTACTTGCATCCACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACTGTATGGAGACTGTACGTGGTGTTGATGATTTTCCAACATCGAGAGGCGATCCGGATGACAGTGGACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCTCCCAAATTTCAGGTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACGGCGCTGTCATCAGTAAACAATTTAGAGGATGACGATTTAAAGTTGATCATATC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTTGCGTCCACCACTTCAAGTGTGTGGCCATAAAAACTGCATGTGGTGTCAATCATTTTCTGACATCGAGGGGCGACCCTGATTACAGTGCACTTAATGGGTTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCTACTTTTCCAGTGCTGCGAGGTCTTCCTGGAACACCTTTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACTGCGCTATCATTGGCAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATCACAT
Unaligned ( gi|22 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAATGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATTCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGATTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGTGGTCTTTCTGGATGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCGCTGTCATCAGCAAACAGTTTGGAGGACGACGACTTGATCATAT
Unaligned ( gi|23 ): ACCACCTCAAGTGGGTGACAATAGAGAATGTATGTGGTGTTGATGATTTTCCAACACCGAGGGGCGATCCGGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGTTCATTTGCCATGCCTCTTCTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTTTCGGTCACATTGAAGACTGCGCTGTCATGAGGAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATC
Unaligned ( gi|26 ): ACCACCTCAATTGTATGGCCATGGAGACTGTATGTGGTGTCAATGATTTTCCAACATCAAGTAGCGATCCCGATGACAGTGCACCTAGTGAAGCTCATCTGCTATGTCTCTTCTCACTTTTCCAGTTCTGTGAGACTCTGACATGGTCGTTCTCGATCGCCTTGAAGACTGCACTGTCATCGGCAGTTTAGAGGATGATGACTTGATC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGTGTCCAGCATTTCCAAATGGCTATTTACAATTTAAAAGTATGTACATTCTTTTGTGTCCTAGTTCAGTCAGACACATTATAGCCAAAAGAGGGATTTGAACTCGTCCAGCGAGGTGGCAGACCCTATTCCGGATGAGAGATGTTCCAGTCCCTTAATTTCTATCCTGTGTTGGAAGTATTCTCTTCTGGTTGAATT
Unaligned ( gi|28 ): ACCACCTCACGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|29 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|30 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTT
Unaligned ( gi|31 ): ACTTGCTTCTTCAATTTCTAAGGTGTGACCATGCAGCTTGTAGTTTGTGTGTAAGACTCTCGTTCTGTTCTTTGGGACAATGTTTAGCACTGTGCATTTGGAGTGAATGAAACTCATCTGCCAGGTTTTTTCCCAGGTTTCAAGGGCTGTAAGGTATTCCCAGAGAA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGTCTGTCAATGGATTGTATATTGCTTGTTGATGGGCCCCCTCTTGCAGGTTATCCCCATGACCTTGCTCTTGGAAGGGTTGAAATGCATTTGCTAGGCGACTTTCCATTGTTCCAGGCATCTGAGATCTTCTTGCAGAATG
Unaligned ( gi|35 ): TTCCTTCATTTTTTCAAATAATGAACTGGAATCTTTCCAGATCGGAAACAGCTCAGCGATTATAAAATGTAATGGTGTCTGTGATGGCCTACAGCATTTCCAAATGCTAAAACTACTTAAAGTAGGTGC
Unaligned ( gi|36 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCAATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCA
Unaligned ( gi|42 ): CTCCTTCTTTCTAATAATGAACTTGGATATTTCCAGATAGTAAATAGCTCAGTGATTAAAAACGTGTT
Unaligned ( gi|43 ): CTTGCACTTGGAAGGTGCCTTCGCCAGCCGGATTCCCATTGTTCCAAGATCTTTCTGCAGAATGTCA
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Reference ( family-637 )      :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAANAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
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gi|19                         :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACTG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAATG-T---TAGGTTACTCCACC---AGG-AATGACATGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----TTACCGTGCTAG-CAGGAAG---ATTCCATTCTTGCACTGTCCTTCGGAAGAACGAGTT--TGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAACAGCTTATGCTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGACGCTTTGAAGGAAC---TT-GTCTACGTTGATGTATACAAGA--TTGTTGggttactccaccaggaatgacatgaaggcatccaaggtaggcgcagttaccgtgctagcaggaagattccattcttgcactgtccttcggaagaacgagtttgacagtatctggtctttgatacgctcctggaacagcttatgctgtcctctggtacgcgcgtcgacgctttgaaggaacttgtctacgttgatgtatacaagattgttg
gi|2                          : ttccatatactgagctgggtttttgaaagaacgtacgtagctcaacgagactaggcgtggtggtggtgcactgaagtctcTTTTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTGGGCTCTC--AAAGAAT-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCATGATGG--CCTGCAGTCTCCAAGT--TAAAAT-G----GT-AAA------ATTTAAAGATAAA------ATTATGTACAATGT------TG-TCCTGTTTGGTGATGT--GTGGT---CAGGTCACCCCGCG---AGG-AGAGTCCTGAAGGCTTCCAG---AGTTGTAACTG----TCACTACGCTAG-TGGGGAGACAGTTCCACTCTCTTATCGTCCTTGGGTAGAAGGAGTT---GGC-GTAGGTA--GCATCGTTGATGTGTTTTTGGAAGAAACTGTGTTGACCTCGAGTGCGC------------TGAAGATAC---CT-GCCTGAGGGGATGTCTACAAGG--TTGTTCTG--TATCTTGTACATCATAGCTAGTCTGCTGCATCTTCGGCGACATTCGAGGGACTCCCAACCAAGGTATGACATCATATTGGTGACACATCCTGGGGTCTTG-GT-AGAATAGTCGTTG
gi|24                         :                                                                                  TCTTCTTCCAACT-----AATGAACTGGGATATT-TCCAGACC-------ATAAA-TAGCTCAGC-------AAT-TAAAAATGTGTCC---TG-GTCATGG--CATACAG-----CATTT-CCAAATGG----CT-----------ATT-----TACA------ACTAaagacgtatctggccactctcctctgcacctgtttgagggtctgaatactggatttggtgtgggggtcccaaacagttgaggctttttccataatgggccataatatggctttgtaggaggcatccttgactgttggcgtgcactctctaaggttcctatggagaaagccaacagtacggctggctttgctggcaatgttgttcacatgtgtgtcccatgaaagtgagtttgtgattgtcactctcaggtacttgcttgcttcaacgacttccagttgttgcccatggaggtaatactctgtgctgatgaccttcttttggctgtgtggagcaatgccaatgaca
gi|25                         :                                                                                       tgtgATAT-----ACTGAGCTTGGCTCTT-AATAGAGC-------GTATT-TAGCTCAACGA-----GAC-TC-------GGTG---TG-GTCGTGG--CGCACAG-------TTCATTAAAT-G----TT-AAA------ATTT-----CAAA------ACTATTAACA--TT-------T-TTATGTCTGGTGAAT-AAGTG-T---CGGGGT-TTCTACTTG-AGG-ATTGACCCGAAGTCATCCCG---GTTTTGCTCAGATCAATACTGTGCTGGATAGG-GGAAGATTCCATTTTCaaagtaagtacaatctcggagttgtggttcagtcagacagatctcacctgaaaaaggaatctgaactcttccagttaggtggctgaccctactctggaagagatggttcca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                             ttaA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGATTGGTGAAGAAAATG-T---AAGGTTAC-GCAGT---AGGTAGTGACCTGAAGGTATCAAA---GGTAAGTGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATACCTTTCTCGTACTATCCTTAGGAAGAAGGAGTT--CAACAGTATCTG--G--TCTTTGATACACTCCTGGAACAGCCTATGTTATCCTCTGGTATGCGTGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TTAAT-----TTGATGTCTACGTGG--TTGTTGCA--GATC-TATACATCATGGAGAGCTGGCTGTGTATTCAATGCTGTTCAAAGGG-CCCCAGTTGAGTTCTTTTAGCACATTGGAGATACATCTTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCATTG
gi|32                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTTGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AAGT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGaaaaaagctggccgcgcgacgctgaacctgctcaatactgttaccgtggttaagctggtatgtgtgacggcattctcgagtttggggtggaccatggccttataggaagcttacatgacaggtggcatccattccctcaggtttctgtgaatgaaccccagagtccaactggctttgcccgtgatgttgcctatttgtttctctcaggttagactttctgtgatggtgactccaaggtatttgcttgcgtcaaccacttcaagtgtgtggccgtggagactgtatgtggtgtgaatggttttctgacatcgaggggcgattctgatgacagtggactaagtggggttaaagctcatctgccatgtctctttccactttttccagtgccgtgatgtcttcctggaggagctgtctgtcatggtcattcttgatca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTCCACTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAATAGTT--TGTCAGTTCTTG--G--TCAGTTATACCCTCCTGGAACAGCCTGTGCTGTATTCCGGTATGACCGTTACCGC-TTGGAGGATT---CT-GTCTGCGTTGATG
gi|37                         :                                                                                 gtCTTCTTCCATATGGTATACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAATGA-----GAC-TA-------GGCA---TC-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAc
gi|38                         :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------AC
gi|39                         :                                                                                   CTTCTCCC-TAT-----ACTGAGCTAGGCTCTC--AAAGAAC-------AT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTG---TGCGTGATGGCCTGC----------AGTC-TCCAA--G----TT-AAA------
gi|4                          :                                                                                  TCTCCTTCCATAT-----ACTTAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCATAG-----TAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACACCACC---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTGGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAATATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACTGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCATGAAATAGACTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTCA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|40                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---Taa
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     C---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTcattaatgaagcaagtcaaaagtatc
gi|44                         :                                                                                            TAT-----ACTGAGCTGGGCTCA--GAAAGAAC-------GT-CGATAGCTCAACGA-----GAC-TG-------GGTC---TGCGTGATGG--
gi|45                         :                                                                               ccTTCTTCTCCCATAT-----ACTGAACTGGGCTCTTAAAAAGAACCTAATAATTATG-TAGCTCAACc
gi|47                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACAGAGCTGGGTTTTT-GAAAGAAT-------GTATG-TAG
gi|48                         :                                                                                   CTTTTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGCTCAT-AATAGAAT-------GTATG-TACCTCacttc
gi|49                         :                                                                                    TTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-
gi|5                          :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCTG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGGCAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGTGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTG
gi|50                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGA
gi|51                         :                                                                                 TTCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAA
gi|6                          :                                                                                  TCTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-CAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTTGTGG--TGCACAG-----AAGCC-GAAAAT-G----TT-AAA------AAATA----TTAA------ACTATATACA--GT------AG-TTATGTCTGGTGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCGCA---AGT-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACCGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAAGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGAAACGCATCTGGAATAGCTTATGTTGTCTTCTGGTACGCGCTTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGGCGCTGTTCAA-GGGATCCCAGTTCAGTTCTATAAGCATGTTGGAGATACATCATGGGGT-TTATGT-AGACTAGTTGTTGa
gi|7                          :                                                                                   CTTCTTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----GAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTA-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAAGCATCCAA---CGTAGGTGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAAAAGCCTATGTTGCCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCG--GATCTTATACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|8                          :                                                                                       TTCCATAT-----ACTGAGCTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACG-TAGCTCAACGA-----AAC-TA-------GGCG---TG-GTGGTGG--TGCACAG-----AAACC-TCAAAT-G----TT-AAA------AATT-----TAAA------ACTATATACA--GT------AG-TCATGTCTGATGAAGAAAGTG-T---CAGGTTACTCCACC---AGG-AGTAACCTGAAGGCATCCAA---GGTAGGCGCAG----ATACGGTGCTGG-CAGGAAGAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAGAAGGAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGATACGCTCCTGGAATAGCTCATGTTGTCCTCTGGTACGCGCGTCGCCGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGCGTTGATGTCTACAAGA--TTATTGCG--GATCTTGTACATCATGGAGAGCCGGCTGTGTTTTCGACTCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATGTTGGAGATACATCCTTGGGTCTTA-GT-CGAATAGTCGTTGa
gi|9                          :                                                                                      CTTCCATAT-----ACTGAGTTGGGTTCTT-GAAAGAAC-------GTACA-TAGCTCAACGA-----GAA-TA-------GGCG---TG-ATGGTGG--TGCACAG-----AAGTC-TCAAAT-G----TTTAAA------AAAT-----TAAA------ACTATATAGA--TT------AG-TCATGTTTGGTGAAGAAAGTG-T---CAAGTAACTCCGCG---AGG-AGTGACCTGAAGGCATCCAA---GGT-GGCGCAG----AAACTGTGCTGG-CAGGAAAAAGATTCCATTCTCGCACTGTCCTTGGGAAG---GAGTT--CGACAGTATCTG--G--TCTTTGGCATGCTCCTGGAATAGCCTTTGTTGCCCTCTGGTACGTGTGTCGACGCTTTGGAGGAAC---TT-GTCTGTGTTGATGTCTACAAGA--TTGTTGCA--GATCTTGTACATCATGGAGGGCCGGCTGTGTTTTCGACGCTGTTCAAGGGGATCCCAGTTCAGTTCTTTAAGCATAATGGAGATACATCCTGGGGTCTTA-GT-AGAATAGTCGTTGa
17 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACCATGGCTTTATAGGAAGTTTCCTTGACAGGTGGCGTGCATTCCCTCAGGTTTCGGCGAATGAACCCCAGAGTCCGGCTGGCCTTTGCTCGCGATGTTGCCTATGTGTTTCTCCCAGATGAGGCTTTCTGTGATGGTGACTCCAGGGTATTTTCTTGCATCCACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACTGTATGTGGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAAGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATTGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCGCTGTCATTAGCAAACAGTTTGGAGAATGACGACTTGATCATAT
Unaligned ( gi|20 ): TGCTTTCTGTGATGGTGACTCTAAAGTATTTACTTGCATCCACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACTGTATGGAGACTGTACGTGGTGTTGATGATTTTCCAACATCGAGAGGCGATCCGGATGACAGTGGACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCTCCCAAATTTCAGGTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACGGCGCTGTCATCAGTAAACAATTTAGAGGATGACGATTTAAAGTTGATCATATC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTTGCGTCCACCACTTCAAGTGTGTGGCCATAAAAACTGCATGTGGTGTCAATCATTTTCTGACATCGAGGGGCGACCCTGATTACAGTGCACTTAATGGGTTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCTACTTTTCCAGTGCTGCGAGGTCTTCCTGGAACACCTTTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAACACTGCGCTATCATTGGCAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATCACAT
Unaligned ( gi|22 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAATGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATTCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGATTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGTGGTCTTTCTGGATGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCGCTGTCATCAGCAAACAGTTTGGAGGACGACGACTTGATCATAT
Unaligned ( gi|23 ): ACCACCTCAAGTGGGTGACAATAGAGAATGTATGTGGTGTTGATGATTTTCCAACACCGAGGGGCGATCCGGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGTTCATTTGCCATGCCTCTTCTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTTTCGGTCACATTGAAGACTGCGCTGTCATGAGGAAACAGTTTGGAGGATGACGACTTGATC
Unaligned ( gi|26 ): ACCACCTCAATTGTATGGCCATGGAGACTGTATGTGGTGTCAATGATTTTCCAACATCAAGTAGCGATCCCGATGACAGTGCACCTAGTGAAGCTCATCTGCTATGTCTCTTCTCACTTTTCCAGTTCTGTGAGACTCTGACATGGTCGTTCTCGATCGCCTTGAAGACTGCACTGTCATCGGCAGTTTAGAGGATGATGACTTGATC
Unaligned ( gi|27 ): ATGGTGTCCAGCATTTCCAAATGGCTATTTACAATTTAAAAGTATGTACATTCTTTTGTGTCCTAGTTCAGTCAGACACATTATAGCCAAAAGAGGGATTTGAACTCGTCCAGCGAGGTGGCAGACCCTATTCCGGATGAGAGATGTTCCAGTCCCTTAATTTCTATCCTGTGTTGGAAGTATTCTCTTCTGGTTGAATT
Unaligned ( gi|28 ): ACCACCTCACGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|29 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTTCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTTCTCGATCACCTTGAAGACTGCG
Unaligned ( gi|30 ): CCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCGATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCTTCCCACTTTTCCAGTGCTGTGAGGTCTTCCTGGAGGAGCTGTCTGTCATGGTCGTT
Unaligned ( gi|31 ): ACTTGCTTCTTCAATTTCTAAGGTGTGACCATGCAGCTTGTAGTTTGTGTGTAAGACTCTCGTTCTGTTCTTTGGGACAATGTTTAGCACTGTGCATTTGGAGTGAATGAAACTCATCTGCCAGGTTTTTTCCCAGGTTTCAAGGGCTGTAAGGTATTCCCAGAGAA
Unaligned ( gi|33 ): AAGGTCTGTCAATGGATTGTATATTGCTTGTTGATGGGCCCCCTCTTGCAGGTTATCCCCATGACCTTGCTCTTGGAAGGGTTGAAATGCATTTGCTAGGCGACTTTCCATTGTTCCAGGCATCTGAGATCTTCTTGCAGAATG
Unaligned ( gi|35 ): TTCCTTCATTTTTTCAAATAATGAACTGGAATCTTTCCAGATCGGAAACAGCTCAGCGATTATAAAATGTAATGGTGTCTGTGATGGCCTACAGCATTTCCAAATGCTAAAACTACTTAAAGTAGGTGC
Unaligned ( gi|36 ): ACCACCTCAAGTGTGTGGCCATGGAGACAGTATGTAGTGTCGATGATTTTCCGACATCGAGGGGCAATCCTGATGACAGTGCACTTAGTGGGGTTGAAGCTCATCTGCCATGTCTCA
Unaligned ( gi|42 ): CTCCTTCTTTCTAATAATGAACTTGGATATTTCCAGATAGTAAATAGCTCAGTGATTAAAAACGTGTT
Unaligned ( gi|43 ): CTTGCACTTGGAAGGTGCCTTCGCCAGCCGGATTCCCATTGTTCCAAGATCTTTCTGCAGAATGTCA
Unaligned ( gi|46 ): CTTCAAGTGTGTGGCCATGGACACTGTATGTGGGGTCAATTATTTTCCGACATCGAG