lowQualScore : 33333333 111 11111 22 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 1111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 0 66 66 22222222 777 55 777 000 44 2 1 11111 66 77777 00 999 44444 8888 0 0 333 1 33333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 22222 44444 4444444444444444444444 2 33 3333333 2222222222222222222 3 3333333 44444444444 333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 66 0 0 8 11 00 1 11 11 111 55555555555 22 55555555 1 1 111 111 333 77777777777777777777777777777777777777777 1 9 2
lowQualScore : . . .. .. ........ ... .. ... ... .. . . ..... .. ..... .. ... ..... .... . . ... . ..... .......................................................................... . ..... ..... ...................... . .. ....... ................... . ....... ........... ... ..................................................... ... .. . . . .. .. . .. .. ... ........... .. ........ . . ... ... ... ......................................... . . .
lowQualScore : 7 1 11 00 88888888 000 55 000 000 22 2 2 11111 33 11111 00 333 55555 3333 1 5 555 3 22222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 44444 33333 5555555555555555555555 9 22 1111111 7777777777777777777 8 1111111 33333333333 888 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 999 00 8 8 0 00 88 5 11 88 333 55555555555 99 22222222 7 7 555 666 999 77777777777777777777777777777777777777777 9 2 1
consensus : NGTAAATAGTCAGGACATAT--ACGCA---T---CA---A--AA---TGTGG--GAGA--TNGATGA-----GCTGTCACCGTAA-----TTAGANGGGT---G-----C----AAGCTACGAG---TT-T-----T-------A-G---A-A-A-G---A-----G--------TT--------A----------G------A-G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGAAGTCATG------T------TTT---AG----T----T---T-AGA-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TTG--GGC-AG-GC-GAG--A---TG---N----A--AA-GTC-----G-GG-T-TTT---AG---TTT---AG-----A-----CAGTT-NACTTT-T-------G---N----A-GGCGAGATGTTAAGTCGAG-TTTTAGT
Reference ( gi|5 ) : TGTAAATAGCCAGCACATAT--ACACA---A---TA---A--AA---TGTGG--AAGA--TAAATGA-----GCTGTCACCATAA-----TTAGAGGGGT---G-----C----AAGCAACGAG---TT-T-----T-------A-G---A-A-A-G---A-----G--------TT--------A----------G------A-G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGAAGACATG------T------TTT---AG----T----T---G-AGA-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TCG--GGC-AG-GC-GAG--A---TG---A----A--AG-GTC-----G-GG-T-TTT---AG---TTT---AG-----AC----CAGTTGGACGTT-T-------G---C----A-GACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTAGT
gi|12 : GTAAAAAGCCAGGACACAT--ACGCA---T---CA---A--AA---TGTGG--GAGA--TGGAGGA-----GCTGTCACCACCA-----TTAGAAGGGT---G-----C----AAGCTATAAGA--TT-T-----T-------------A-A-G-G---A-----G--------TT--------A----------G------T-C-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-TGAAGTTTTG------T------TTTTTCAG----T----T---T-AGG-GAAGA--CAG---TTT--AC-T-TTT--GAG-AG-AC-CAG--C---TG---T----G--AA-GTC-----ATGT-T-TTT---AG---TTT---AG-----
gi|2 : AAATAGTCAGGAAATAT--ATGCA---T---CA---A--AA---TGTGA--GAGA--TTGATGA-----GCTGTCACGGTAA-----TTAG-CGGGT---G-----C----AAGCTGCGAA---TT-T-----T---------T---A-A-A-A---A-----G--------TT--------A----------G------T-C-----AG-T-----TA----T----------------------A-CTT--C-------GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TACGGTCATGAAGGAAT------TTT------------------------GG--A--CAGT--TTT--AT-T-TTG--GA--AG-GC-CAG--G---TG---G----A--CG-GTC-----ggaagacagtt
gi|1 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGATATAT--ATGCA---T---CA---A--AA---TGTGA--GAGA--TTGAGGA-----GCTGTCACGGTAA-----TTAG-CGGGT---G-----C----AAGCTGTGAA---TT-T-----T---------T---A-A-A-G---A-----G--------TT--------A----------A------A-A-----AG-T-----CAGATAT----------------------A-C-T--T-----G-GG--G----------------AT-G-------CAA-----------GGTA-TACGGTCATG------T------AGG---AA----T----T---T-----GG--G--CAGTTTTTT--AT-T-TTG--GA--AA-GC-TAG--G---TG---G----A--CG-GTCATGTAG-AA-T-TTC---AG---Tatgtaaaattaagacttaacatggggaagacgggttgttcagatgggttttagatggttggatgttgtagaaatgca
gi|3 : tgaggaaatagaatataaAAATAGTCAGGAGATAT--ATGCA---T---CA---A--AA---TGTGA--GAGA--CTGACGA-----GCTGTCACGGTAA-----TTAG-CGGGT---G-----C----AAGCTGCGAA---TTAT-----T-------------A-A-A-G---A-----G--------TT--------------------------A-G-----AG-T-----TA----T----------------------A-CTT--T-----A-GA--A----------------AGCA-------CGG-----------TATA-CG--GTCATG------TA-----TGA---AG----T----T---T-----GG--G--CAG---TTT--TA-T-TTA--TGA-AG-GC-CAG--G---TG---T----A--CG-GTC-----A-TG----TA---AA---ATT---AA-----GT----CAGTT-AACATG-G-------GA--A----A-GATGAGTTGTTCAGATGGG-TTTTAGcagttaacatgggggaaactattgttaagattggttttaaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|20 : aatagaatataaAAATAGTCAGGACATAT--ATGCA---T---CA---A--AA---TGTGG--GAGA--TTGACGA-----GCTTTCATGGTAA-----TTAG-CGGGT---G-----C----AAGCTACGAG---T------------------------A-A-GTC-A-----G--------TT-------------------------------------T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--A----------------AG----------GA-----------GGTA-TACATCCATGTAGGAAT------TTT---AG-----------------------G--CAG---TTA--AC-A-TGG--GGG-AG-AC-CAG--C---TGT--T----C--AG-AT------G-GG-T-TTT---AG---atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : aAAATAGTCAGGAGATAT--ATGCA---T---CA---A--AA---TGTGA--GAGA--TTGACGA-----GCTGTCACGGTAA-----TTAG-CGGGT---G-----C----AAGCTGCAAA---TT-T-----T---------T---A-A-A-G---A-----G--------GT--------A----------------------------------------T----------------------A-C-T--T-----A-GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TACTGTCATG------T------AGG---AA----T----T---T-AG----------AG---TTT--AC-T-TTG--AGA-AG-GC-CAG--G---TG---G----A--atggttgggtgttatagaaatgc
gi|8 : atagaatataaTAGCCAGCACATAT--ACGCA---T---CA---A--AA---TTTGG--AAGA--TAAATGA-----GCTGTCACCATAA-----TTAGAAGGGT---G-----C----AAGCTACGAG---TT-T-----T-------A-G---A-A-A-G---A-----G--------TT--------A----------G------A-G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CAT--T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGAAGACATG------T------TTT---AG----T----T---G-AGA-GA---------------------------GC-AG-GC-GAG--A---TG---A----A--AG-GTC-----G-GG-T-TTT---AG---TTT---AG-----AT----CTGTTGGACTTT-T-------G---C----A-GACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTccg
gi|36 : AGCCAGCACATAT--ATACATGTA---TATGCATCAA---TATGG--GAGAGATAAATTA-----GCTGTCGCCTTAA-----TTGGAAGAGT---G-----C----AAGCTACAAG---TT-TGTTTTT-------A---------------A-----G--------CTC-------A----------G------A-TC----AG-T-----T-----TT---------------------A-CTT--T-----G-GG-------------------AT-G-------CGT-----------GATG-TTTATACAGG------T------TTT---AG----T----T---T-AGgttta
gi|42 : AGCACATGTTAACCCA---GGTTCA---A--AACATTGTAGCGGAGA--TAAATCA-----GCTCTCGCCTTAA-----TTGGAAGAGT---G-----C----AAGCTACAAGGTTTT-T-----T-------A-G-------------------C--------TC--------A----------G---------------T-T-----T-----T----------------------A-CTT--C--------G--G----------------AT-G-------CGA-----------GATG-TTAAGAC
gi|37 : A---A--TA---TGGGG--GAGA--TAAATTA-----GCTGTCACCTTAA-----TTGGAAGAGT---A-----C----AAGTTACAAG---TT-T-----T-------------T-A-A-G---------G--------TT--------A----------G------A----------------T-----T----------------------AGGTT--T-----A-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------CATG-TAAAGTCAGG------T------TTT-------------------------------TAG---CTT--A----TAG------AG-GC-AAG--A---TG---G----A--AA-GTC-----G-CG-T-TTA---AG---TTT---
gi|34 : GA--TAAATAATGATTGTTATGACAAGAA-----TTTAGGGGGTTTAG-----CTCTGAAGGAGCGAG----------------------G---A-AGA-A---A-----G--------TC--------A----------G------A----------------T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGAAGTCATG------T------TTT---AG----T----T---T-AG--GA--G---------TTGAAC-T-TT---TGC-AG-GC-GAG--A---TG---T----T--AA-GTC-----A-AG-T-TTT---AG---TTT---
gi|33 : aagtatacctGA--TAAATAATG---ATTGTTATGACAAGAATTTTAG-GGGGTTTAG-----CTCTGAAGGAGCAAG----------------------G---A-AGA-A---A-----G--------TC--------A----------G------A----------------T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--C----------------AG-G-------CAA-----------TATG-TGAAGTCATG------T------TTT---AG----T----T---T-AG--GA--G---------TTGAAC-T-TT---TGC-AG-GC-GAG--A---TG---T----T--AA-GTC-----A-AG-T-TTT---AG---TTT---A
gi|21 : aggaagtatacctGA--TAAATCA-------TG--ACCATAA-----GCGGAAG--T---AATTCTC----AAGCTACAAG---CT-T-----T-------A-A---A-A-A-G---AAATGAG--------TTTTTACTTCA----------G------G-GGGAACAG-T-----T-----T----------------------A-TTT--T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGAAATTATA------T------AGT---AA----T----T---A-AGG-GG--GG-CAG---TTT--AC-T-TAG--GGC-TG-GC-GAA--A---TG---
gi|27 : atctatgcaggaagtatactATTA-----GCTGCCACCTTAA-----TTGGAAGAGT---G-----C----AAGCTACAAG---TT-T-----TTTA----A-G---A-G-ATG---A-----G--------T--------------------------------------T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----GCGG--G----------------GG-GTGGGGTTCGA-----------GATG-GAAAGACAGG------T------TCT---AG----T----T---T-AGA-GA--G--T-----TTT--AC-T-T-G--GGG-AG-GC-GAGA-A---GG---A----A--AGAGAC-------GG-T-TTC---AG---TAC---GG-----TT----TAGTTG-----T-T-------G---T----A-GAttcagtcaagtgaagttta
gi|4 : GT---G-----CTT--AAGCTACAAG---CT-T-----T-------A-A---A-A-G-G---C--------------------------------------------------AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--G----------------AG-G-------CCG-----------GCGG-TGAAGTCATG------T------TTT---AG----T----T---A-GGG-GA--A--CAG---TTT--ACTT-TCG--AG--AGTGCTGAT--G---TG---A----A-----GTC-----A-TG-T-AGT---AA---TTT---AG-----GG----CAGTT-TACTTG-A-------G---C----T-GGTGAGATGTTTAATCAAG-TTaatgcgggttaa
gi|23 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaa-----C----AAGCTACAAG---CT-T-----T-------G-A---A-A-A-G---A-----GATGAGTTTTT--------ACTTCAGGGG-G------A-C-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--G----------------AG-A-------GGA-----------GATG-AAAGGTCGGT------T------TTT---AG----T----T---T-AGA-GA--G---GG---TTT--AC-T-TAG--GGC-TG-GC-GAG--A---TGTTCA----GTCAA-GTT-----G-AG-T-TTT---gagttta
gi|22 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattct-----C----AAGCTACAAG---TT-T-----T-------A-A---A-A-G-G-------------------C--------A----------G------ATG-----AG-T-----T-----TG---------------------A-CTT--C-----G-GT--G----------------GG-G---------------------GATG-------------------------------G----T----T---A-AGA-CG--T--CAG---TTT--AC-T-TTA--GGC-AG-GC-GAT--A---TG---A----A--AG-GTC-----G-AG-T-TTA---AG---TT
gi|26 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttct-----C----GAGCTACAAG---TT-T-----T-------A-A---A-A-G-G-------------------C--------A----------G------ATG-----AG-T-----T-----TT---------------------A-CTT--C-----A-GA--C----------------AG-G-------GGT-----------AATGATTAAGA--TG------T---------------------------G-AGA-GA------------TT--AC-T-TTG--GGC-AG-G--GAG--A---TG---A----A--AG-GTC-----G-AG-T-Ta
gi|49 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttct-----C----AAGTAGCGAG---A----------------A-A---A-A-A-A---A-----G--------GC--------A----------GTTTC--A-G------T-T-----T-----T----------------------A-CTT--C-----G-GG-------------------AG-G-------CAA-----------GATG-GAAAGTCGAG------T------TTT---AG----T----T---
gi|30 : tagttct-----C----AAGCTACAAG---CT-T-----T-------A-A---A-A-------------G--------CC--------A----------G------ATG-----AG-T-----T-----TTT--------------------A-CTT--C-----A-GG--G-------------------G-------CGA-----------------------ATG--------------------G----T----T---A-AGAAGA--G---AG---TTT--AT-T-TAG--GGC-TG-GC-GAG--ATTTTG---A----------GTC-----A-AG---TTG---AG---TTT---At
gi|14 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttct-----C----AAGAAACAAG---TT-T-----T-------A-A---A-C-A-G---A-----G--------AT----------------------------G-----AG-T-----T-----TT---------------------A-CTTC-T-----G-GG--GGCAGATATACTTTGGAAA-G-------TAA-----------GGTA-TATAGTCATG------TAGGAATTTT---AG-----------------------G--CAG---TTT--AC-T-TAG--AGA-AG-GC-CAG--G---TGT--T----C--AG-AT------G-GG-T-TTT---AG---
gi|10 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattct-----C----AAGCTACAAG---CC-T-----T-------A-A---A-A-A-G---A-----G--------AT----------------------------G-----AG-T-----T-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTT--TTTACGG-GGAAG----------------AG-G-------CGT-----------GGTG-TAAAGTCATG------T------AGT---AA----T----T---TTA----A--G--CAG---TTA--AC-T-TTG--GAG-AG-AC-CAG--C---TGT--T----A--AG-AT------G-GG---TTT---A----------AG-----AT----GGGTTGGGTGGT-T-------G---T----A-GAatggttgggtgttatagaaata
gi|34 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattct----AAATAATGAT---TG-T-----T-------ATG---ACA-A-G---A-----A--------TTT-------A----------G------G-G-----GG-T-----T-----T----------------------AGCTC--T-----G-AA--G----------------GA-G-------CGA-----------G-----GAAGA-A---------------------AG----T---------------------CAG---ATT--AC-T-TTG--GGC-AG-GC-GAG--A---TG---T----G--AA-GTC-----A-TG-T-TTT---AG---TTT---AG-----G------AGTTGAACTTT-T-------G---C----A-GGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTaatg
gi|33 : aagtatacctgat----AAATAATGAT---TG-T-----T-------ATG---ACA-A-G---A-----A--------TTTT------A----------G------G-G-----GG-T-----T-----T----------------------AGCTC--T-----G-AA--G----------------GA-G-------CAA-----------G-----GAAGA-A---------------------AG----T---------------------CAG---ATT--AC-T-TTG--GGC-AG-GC-AAT--A---TG---T----G--AA-GTC-----A-TG-T-TTT---AG---TTT---AG-----G------AGTTGAACTTT-T-------G---C----A-GGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|7 : aggaagtatacctgat----AAGCTACAAG---CT-T-----T-------A-A---A-A-G-G---A-----GATGAGATTTT--------ACTTCAAGTGGG------A-C-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG--A----------------AG-G-------CAA-----------GGTA-TGAAGTCA---------------TTT---AGCAATT----T-------A-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TAA--GGC-TG-GC-AAG--A---TG---tta
gi|11 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgtta----AAGCTACACG---CT-T-----T-------A-A---A-A-G-GC--A-----G--------AT--------A-----------------A-G-----TT-T-----T-----T----------------------A-CTT--C-----AAGG--G----------------AG-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-TGAAGTTATG------T------AGT---AA----T----T---CTAGA-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TAG--GGC-TG-GC-GAC--A---TGTT-A----A--A---TC-----A-AG-T-Tttaagttaagttgaattta
gi|15 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaagtaatttgtgtta----AAGAGACGAG---TT-T-----TTACTTCTG-G---------G---A-----G--------TT----------------------------G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-AA--G----------------AG-G-------CGA-----------GGTG-TACGGTCATG------TAAGAA-TTT---AA----G----T---G-------------AG---TTA--AC-A-TAA--GGG-AG-AC-CAG--C---TGT--T----A--AG-AT------G-GG-T-TTT---AG---gaattt
gi|28 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttcaagatacaagttttaaGCAACAGG----------------------G---A-A-A-GTCGG-----G--------TT--------A----------G------A-G-----AG-T-----T-----TC---------------------A-CTT--C-------GG--G----------------AT-G-------CGA-----------CAGG-GAAAGTCGGG------T------TTT---AG----T----T---atggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaataagatcagttttactttgggatCAAG---TT-T-----T-------A-G-------------------T--------TT--------A----------G------A-G-----AGTT-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--G-----------------G-G-------CAA-----------GATG-GAAAGACGGG------T------TTT---AG----T----T---
gi|48 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgtcagttttactttgggaggcgagatgttaagtAG---TT-C-----TGC-----A-G---A-A-G-GG--A-----G--------GA--------A----------G------A-A-----AG-TCAGTTT-----T----------------------A-CTTCTT-----T-GG--T----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTAAGTCAAG------T------TTT---AG----T----T---T-AGA-t
gi|47 : actgttatgagaatG---TT-T-----T-------A-GTTTA-G-T-G---A-----G-----------------------------G------A-C-----AG-T-----T-----A----------------------A-CTT--T-----G-GG--GGG--------------AG-A-------CAT-----------GATG-TTAAGACAGG------T------TTT---AG----T----
gi|32 : accagctgtggggtcat-------A-G---G-A-A-G---AAA---G--------TC--------A----------G---------------T-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GT-------------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTAAGTCAAG------T------TTT---AG----T----T---T-ATA-G--------T---TTT--AC-T-TT---GGT-AG-GT-AAG--A---TG---G----A--GA-GTC-----G-AG-A-TTT---AG---TTT---AG-----atggtggggttgttgtagaaat
gi|46 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggaggg-G---A-A-G-G---A-----G--------TG--------A----------GGAAGAAA-GTC---AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--C-----G-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGAAGTCATA------T------TTT---AG----T----T---T-AGC-GA--
gi|43 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctct------A-G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--G----------------AGTG-------TG------------GATG-TGAAGTTATG------T------AGT---AA----T----T---TTAGA-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TAG--GGC-TA-GC-GAG--A---TGTT-A----A--A---TC-----A-AG-T-T
gi|6 : aggcagataagtttttacttcaaggggga------A-G-----AG-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGAAGTTAT---------------TT---AG----TAATTT---T-AGA-GA--G--CAG---TTT--AC-T-TGG--GGC-TG-GC-AAT--A---TG---gaatt
gi|45 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaagtaatttgggttgagtgctgaagctacatgctttaaaaggcagataagtttttacttcaaggggga-----AG-T-----T-----G----------------------A-CTT--T-----G-GG--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-CGGGGTCATG------T------TCT---AG----T----T---T-AGA-GACGA--CAG---TTG--AC-T-TTG--GGTAAG-AC-AAG--A---TG---T----T--AA-GAC-----G-GG-T-TTT---AG---Tttacatcaagttgaatttag
gi|39 : G-T-----T-----T----------------------A-GTTC-T-----G-AA--G----------------GA-G-------CGA-----------GA----GAAGAAA-G------T------T-----AG----T----T----------------------TTT--AC-T-TTG--GG--GG-AC-AAG--A---GG---G----A--AA-GGC-----G-GG-T-TTT---AG---atggttgggttgttgtaaaaat
gi|17 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcg-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG-------------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTAAGTCAAG------T------TTT---AG----T----T---T-AGA-GA--G--T-----TTT--AC-T-TTG--GA--GG-GC-AAG--A---TG---G----A--AA-GAC-----G-GG-T-TTT---AG---TTT---
gi|28 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgtcagt-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG-------------------AT-G-------CAA-----------CAGG-GAAAGTCGGG------T------T----------------------AGA-GA--G--T-----TTC--AC-T-TCG--GG--AT-GC-GAC--A---GG---G----A--AA-GTC-----G-GG-T-TTT---AG---TT
gi|19 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaataagatcagt-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-------GG--C----------------AG-G-------CAA-----------GGTG-GAAAGACGGGT-----T------TTT---AG----T----T---T-ACA-GA--G--
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-------GG--C----------------AG-G-------CAA-----------GGTG-GAAAGACGGGT-----T------TTT---AG----T----T---T-ACA-GA--G---A-----TT--AC-T-TTG--GA--AC-GC-GAataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|29 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-T-----T-----T----------------------A-CTT--T-----G-GG-------------------AT-G-------CAA-----------CAGG-GAAAGTCGGA------T------T----------------------AGA-GA--G--T-----TTC--AC-T-TCG--GG--AT-GC-GAC--A---GG---G----A--AA-GTC-----G-GG-T-TTT---AG---Tagggttaaaatgcagttggg
gi|7 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttagtcataaagtagcagggtaataagatcagtGA-----------GATG----AGA----------T------TTT---AC----T----TC--A-AGT-GG--GA-CAG---TTT--AC-T-TTG--GGA-AG-GC-AAGGTA---TG---A----A-----GTC-----A------TTT---AGCAATTT---AG-----AG----CAGTT-TAC--T-TAAG----G---C----T-GGCAAGATGTTAAGTTAAG-TT
gi|47 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaaagctacaagctttaaaagA-----------GCTG-TGGGGTCATG------T------TTT---AG----T----T---T-AGT-GA--GGACAG---TTA--AC-T-TTG--GG--GG-GA-GAC--A---TG---ATGTTA--AG-A-C-----A-GG-T-TTT---AG---Tgaattta
gi|23 : accAAGAGATGAGT---T------TTT---AC----T----T---C-AGG-GG--GA-CAG---TTT--AC-T-TTG--GGG-AG-AG-GAG--A---TG---A----A--AG-GTC-----G-GT-T-TTT---AG---TTT---AG-----A----------GAGGGTT-TACTTAGGG---C----T-GGCGAGATGTTCAGTCAAG-TTatggtggggttgttgtagaaat
gi|43 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctcaagctacaagctttgaa------T------TTT---AC----T----TCAAG-GGG-GA--A--GAG---TTT--AC-T-TTG--GAG-AGTGT-G-G--A---TG---T----G--AA-GTT-----A-TG-T-AGT---AA---TTTTAGAG-----AG----CAGTTT-AC--T-TAGG----G---C----T-AGCGAGATGTTAAATCAAG-TTgagtttt
gi|48 : aggcagataagtG----T----T---A-TGA-GA--A--TAG---TT----C-T-------GC-AG-AA-GGG--A---GG---A----AGAAA-GTC-----A-G--T-TTT---AC---TT-------------------------CTTT-G-------G---T----A-GGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTgaatt
gi|32 : act-AGA-AA--GT-CAG---TTTT-AC-T-TTG--G-T-AG-GC-GAG--A---TG---T----T--AA-GTC-----A-AG-T-TTT---AG---TTT---A------------TAGTTTTACTTT-G-------G---T----A-GGTAAGATGGAGAGTCGAG-ATTTAGTttaga
gi|46 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-AGA-AA--GT-CAG---TTT--AC-T-TCG--GGC-AG-GC-GAG--A---TG---T----G--AA-GTC-----A-TA-T-TTT---AG---TTT---AG-----ttag
gi|48 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgagga-AGA-AA--GT-CAG---TTTT-AC-T-TCTTTGGT-AG-GC-GAG--A---TG---T----T--AA-GTC-----A-AG-T-TTT---AG---TTT---AG-----Acga
gi|44 : actgttatgagaatagttctgcagaagggagga-AAA-AA--G--CAGT--TTT--AC-T-TT---GGC-AG-GA-AAG--C---TG---G----A--AA-GAC-----G-AGTT-TTT---AG---T
gi|35 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaaA-GA--T--CAG---TTTT-AG-T-TTT--GG--AG-GC-GAG--A---TG---G----A--AG-GAC-----G-CC-T-TTT---AG---T
gi|16 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaata-GG--G--CAG---TTT--AC-T-GGA--GAG-AG-GC-CAG--G---TG---T----A--CG-GTC-----A-TG-T-AGT---AA---TTT---AA-----AC----CAGTT-AACATTAG-------G---G----A-GACCAGCGGTTAAGATGGG-TTTTAGatgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|13 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctcaagatacaagttttaaaaagaactgagtttttacttctttg-GG--G--CAG---TTT--AC-T-GGA--GAG-AG-GC-CAG--G---TG---T----A--CG-GTC-----A-TG-T-AGT---AA---TTT---AA-----AC----CAGTT-AACATTAG-------G---G----A-GACCAGCGGTTAAGATGGG-TTTTAGatagttgggtgttgtaga
gi|12 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctcaagatacaagttttaaaaagaactgagtttttacttctttg--CAG---TTT--AC-T-TTG--GAG-AG-AC-CAG--C---TG---T----G--AA-GTT-----T-TG-T-TTTTTCAG---TTT---AG-----GGAAGACAGTTT-ACTTT-T-------G---AG---A-GACCAGCTGTGAAGTCATGTTTTTAGTatagttgggtgttgtagaa
gi|17 : gtaaaaagccaggacacatacgcatcaaaatgtgggagatggaggagctgtcaccaccattagaagggtgcaagctataagattttaaggagttagt--CAG---TTTT-AC-T-TTG--GG--AG-GC-GAG--A---TG---T----T--AA-GTC-----A-AG-T-TTT---AG---TTT---AG-----A-----GAGTTTTAC-TT-T-------G---G----AGGGCAAGATGGAAAGACGGG-TTTTAGTttagggaagacagtt
gi|49 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt--CAG---TTTT-AC-T-TCG--GG--AG-GC-AAG--A---TG---G----A--AA-GTC-----G-AG-T-TTT---AG---TTT---tt
gi|45 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcagtttAG---TTG--AC-T-TTG--GGG-AG-AC-CAG--C---TG---C----G--GG-GTC-----A-TG-T-TCT---AG---TTTAG-AG-----ACGA--CAGTT-GAC-TT-T-------GGGTA----A-GACAAGATGTTAAGACGGG-TTTTAGT
gi|19 : ---TTT--AC-T-TTG--G-C-AG-GC-AAG--G---TG---G----A--AA-GAC-----G-GG-TTTTT---AG---TTT---Aatggttgggttgttgtaaaaat
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat---TTT--AC-T-TTG--G-C-AG-GC-AAG--G---TG---G----A--AA-GAC-----G-GG-TTTTT---AG---TTT---Acagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|40 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat---TTT--AC-TAT----GGC-AG-GC-AAC--A---TA---A----A--AA-GTT-----G-AG-T-TTT---AG---TTcagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|37 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagaggttagttagt-T-TTA--GGC-AG-GC-GAC--A---TG---T----A--AA-GTC-----A-GGTT-TTT---AG---CTT---A------------TAG---------------------------A-GGCAAGATGGAAAGTCGCG-TTTAAGT
gi|47 : aatatgggggagataaattagctgtcaccttaattggaagagtacaagttacaagtttttaaggttagattaggG-GTC-----A-TG-T-TTT---AG---TTT---AGTGAGGAC-----AGTTA-AC-TT-T-------G---GGGGGA-GACATGATGTTAAGACAGG-TTTTAGTtt
gi|49 : accagctgtgg---AG---TTT----------------CAGTTTTACTTC-G-------G---G----A-GGCAAGATGGAAAGTCGAG-TTTTAGTatggtggggttgttgtagaaat
gi|46 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggc-------G---C----A-GGCGAGATGTGAAGTCATA-TTTTAGTtt
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATCTATGCAGGAAGTATACTGATAAATAATGACGATTAGCGGAAGTAATTCTCAAGATAAAAGTTTTTAAGGAGTGATCAGTTATACTTTAGAAAGCAAGGTATACGGTCATGTAGGAATTTTGGGCAGTTTATTTTGGAAGGCCAGGTGGACGGTCATCAGAAATTAAGAGTTAACATGGGGAAAACGGGTTATTTAGATGGTTGGGTGAAATAGAAA
Unaligned ( gi|24 ): ATCTATGCAGGAAGTATACTGATAAATCATGACCATTAGCGGAAGTAATTCTCAAGATACAAGTTTTTAAAGAGGCAGTTTTATTTTTGGAAAGCTAGGTGGACAGTCATGTAGAATTAAGTCAGTTAACATTAGGAAGACTACCTGTTCAGATAGGTTTTAGATAGTTGGGTGTTGTAGAAATAC
Unaligned ( gi|25 ): ATATATGCAGGAAGTATACTGATAAATCATGACCATTAGAGGAAATAATTCTCTAGATACAAGATTTTAAAGGGAACAGTTTTACTTTGAAAAGCAAGGTATACGGTCATGTAGAATTAAGAGTTAACATAAGGGAGACCAGCTGTTAAGATGGGTTTTAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|38 ): AGGAAGTAATTAATAAATAATGATGAGTATATGAATTAAGGAGAACTTTCATGACCATTAGCGGAAGTGGTTTTGGGTTTAGTTCTCAAGCTACAAGATTTAAAAGGCAGATAAGTTTTACTTCGTAGAGGGAAATGATTAA
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|52 ): TCTCAAGCTACAAGCTTTAAAAAGAGATGAGTTTTTACTTC
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 22222222222222222222222222222222 1111111111111111 11 11
lowQualScore : 7777777777 55 777 666 55 1 11 0 6666 33 2 77777 1 77777 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 1111111111111111111111 555 1 3333333 44444444444444444444444444444444 4 3333333 55555555555 33333 0 1 6666666666666666 2222 1 777777777777777 333 0 2 11 00 1 2 111 4444 0 333 222 4444 66666 1 88 00 2 999 44 77777 6666 77777 3
lowQualScore : .......... .. ... ... .. . .. . .... .. . ..... . ..... . .............................................................. ..... ...................... ... . ....... ................................ . ....... ........... ..... . . ................ .... . ............... ... . . .. .. . . ... .... . ... ... .... ..... . .. .. . ... .. ..... .... ..... .
lowQualScore : 5555555555 55 000 444 00 0 00 6 2222 88 7 22222 4 33333 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999 8888888888888888888888 999 1 0000000 77777777777777777777777777777777 3 5555555 00000000000 99999 9 1 3333333333333333 2222 0 777777777777777 333 9 7 22 88 8 4 666 7777 4 222 444 1111 55555 8 77 77 4 666 22 77777 5555 77777 6
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATA----------T--ACGCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAAG-----TT-TT---AAAAA-G------A-----G--------TT---------A----------G------A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATG-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGNN--AAGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-CAGTT-NAC-TT-TNG-NAGG-----CGAGA----TGTT-----AAG-TCGAGTTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGTCAGGACATA----------T--ACGCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGATGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACGAG-----TT-TT---AGAAA-G------A-----G--------TT---------A----------G------A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATG-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGNA--AAGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-CAGTT-NAC-TT-TTG-NAGG-----CGAGA----TGTT-----AAG-TCGAGTTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATA----------T--ATGCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGAA-----TT-TT----TAAA-G------A-----G--------TT---------A----------A------A-A-----AG--TCAGATAT----------------------A---C-T-T-----G-GG---------------G----------------AT-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T--------GG--G--CAGTTTTT-T-ATTT--TGGA--AA-GCTA---GGTGGA--CGGTCA--TG-----TAGAAT-TTC-----A-GT-CAGTT-AAC------A-TGGG-----GGAAACTATTGTT-----AAGATTG-GTTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAAG-----CC-TT---AAAAA-G------A-----G--------AT-----------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA---CTT-TTTACGG-GGAA-------------G----------------AG-G-------CGT-----------GGTG-TAA-AGTCATG-T----AGT---AAT---T----T-T-A-------A--G--CAG---TT-A-ACTT--TGGAG-AG-ACCA---GCTGTT--AAGATG--GG-T-TTAAG----aatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACACG-----CT-TT---AAAAG-GC-----A-----G--------AT---------A-----------------A-G-----TT--TT-----T----------------------A---CTT-C-----AAGG---------------G----------------AG-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-TGA-AGTTATG-T----AGT---AA----T----TCT-A---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---CATGTT--AAATCA--AG-T-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACA----------T--ACGCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAAGA----TT-TT-----AAG-G------A-----G--------TT---------A----------G------T-C-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GA---------------G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-TGA-AGTTTTG-T----TTTTTCAG----T----T-T-A---G-GGAAGA--CAG---TT-T-ACTT--TTGAG-AG-ACCA---GCTGTG--AAGTCAT-GT-T-TTTAG----TTTAGGGAA-GA-CAGTT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAAG-----TT-TT---AAAAA-G------A-----A--------CT--------------------G------A-G-----TT--TT-----T----------------------ACTTCTT-T-----G-GGGCAGTTTACTGGAGAG----------------AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AGT---AA----T----T-T-------AAA--C--CAG---TT-A-ACAT--TAGGG-AG-ACCA---GCGGTT--AAGATG--GG-T----------TTT-----A-GA-TAGTT-GGG-TG-TTG-TAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAAG-----TT-TT---AAACA-G------A-----G--------AT-----------------------------G-----AG--TT-----TT---------------------A---CTTCT-----G-GG---------------GGCAGATATACTTTGGAAA-G-------TAA-----------GGTA-TAT-AGTCATG-T----------AGGAATT----T-T-A---G------G--CAG---TT-T-ACTT--AGAGA-AG-GCCA---GGTGTT--CAGATG--GG-T-TTTAG----aa
gi|14 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctG-T----TTT---AC----T----T-C-T---G-GGG--G--CAG---ATAT-ACTT--TGGA--AA-GTAA---GGTATA--TAGTCA--TG-----TAGGAATTTT-----A-GG-CAGTT-TAC-TTAGAG-AAGG-----CCAGG----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctcaagaaacaagttttaaacagagatgaC--AAGATACAAG-----TT-TT---A-AAA-G------A-----GACGAGTTTTT---------ACTTCTGG---G------A-GTTG--AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-AA---------------G----------------AG-G-------CGA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AAG---AA----T----T-T-A-----AGT--G---AG---TT-A-ACAT--AAGGG-AG-ACCA---GCTGTT--AAGATG--GG-T-TTTAG----atggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAAG-----TT-TT---AAAAA-G------A-----A--------CT--------------------G------A-G-----TT--TT-----T----------------------ACTTCTT-T-----G-GGGCAGTTTACTGGAGAG----------------AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AGT---AA----T----T-T-------AAA--C--CAG---TT-A-ACAT--TAGGG-AG-ACCA---GCGGTT--AAGATG--GG-T----------TTT-----A-GA-TAGTT-GGG-TG-TTG-TAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG--------------------------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTA-AGTCAAG-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-AGA--G--T-----TT-T-ACTT--TGGA--GG-GCAA---GATGGA--AAGACG--GG-T-TTTAG----TTT-----a
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgtcagt---TT-T-ACTT--TGG-C-AG-GCAA---GGTGGA--AAGACG--GG-TTTTTAG----TTT-----A-CA-GAGAT-TAC-TT-TGG-AACG-----CGAAG----GGTT-----AA
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat---TT-T-ACTT--TGG-C-AG-GCAA---GGTGGA--AAGACG--GG-TTTTTAG----TTT-----A-CA-GAGAT-AAC-TT-TGG-AACG-----CGAAG----GGTT-----AAaatgcagttggg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATA----------T--ATGCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGAA-----TT-TT----TAAA-A------A-----G--------TT---------A----------G------T-C-----AG--TTA----T----------------------A---CTT-C-------GG---------------A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG--------A---AGGAATT----T-T-G---G-A-------CAGT--TT-T-ATTT--TGGA--AG-GCCA---GGTGGA--CGGTCA--TG---TAAAA----TTA-----A-GA-C--TT-AACATG-GGG-AAGA-----CGGGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAGaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATA----------T--ATGCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGAG-----T----------AA-GTC----A-----G--------TT---------------------------------------TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GA---------------A----------------AG----------GA-----------GGTA-TAC-ATCCATG--------T---AGGAATT----T-T-A---G------G--CAG---TT-A-ACAT--GGGGG-AG-ACCA---GCTGTT--CAGATG--GG-T-TTTAG----atggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAAG-----CT-TT---AAAAA-G------AAATGAG--------TTTTTACTTC-A----------G------G-GGGAACAG--TT-----T----------------------A---TTT-T-----G-GA---------------G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AATTATA-T----AGT---AA----T----T-A-A---G-GGG--GG-CAG---TT-T-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---AATGTT--CAGTCA--AG-T-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAAG-----TT-TT---AAAAG-G----------------------C---------A----------G------ATG-----AG--TT-----TG---------------------A---CTT-C-----G-GT---------------G----------------GG-G---------------------GATG-------------------------G----T----T-A-A---G-ACG--T--CAG---TT-T-ACTT--TAGGC-AG-GCGA---TATGAA--AGGTCG--AG-T-TTAAG----TTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAAG-----CT-TT---GAAAA-G------A-----GATGAGTTTTT---------ACTTCAGGGG-G------A-C-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------G----------------AG-A-------GGA-----------GATG-AAA-GGTCGGT-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-AGA--G---GG---TT-T-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---GATGTT--CAGTCA--AG---TTGAG----TTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAAG-----TT-TT----TAAA-G------A-----G--------GC---------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A---TTT-T-----T-GG---------------A----------------AA-G-------CTA-----------GGTG--GACAGTCATG-TAGAATTA---AG----T----------------------CAG---TT-A-ACAT--TAGGA-AG-ACTA---CCTGTT--CAGATA--GG-T----------TTT-----A-GA-TAGTT-GGG-TG-TTG-TAGt
gi|26 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--GAGCTACAAG-----TT-TT---AAAAG-G----------------------C---------A----------G------ATG-----AGT-TT-----T----------------------A---CTT-C-----A-GA---------------C----------------AG-G-------GGT-----------AATGATTA-AG--ATG-T-----------G-------------A---G-AGA------------T-T-ACTT--TGGGC-AG-G-GA---GATGAA--AGGTCG--AG-T-Taaatac
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctATTAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAG-----TT-TTTTAAGAGATG------A-----G--------T----------------------------------------TT-----T----------------------A---CTT-T-----GCGG---------------G----------------GG-GTGGGGTTCGA-----------GATG-GAA-AGACAGG-T----TCT---AG----T----T-T-A---G-AGA--G--T-----TT-T-AC-T--TGGGG-AG-GCGA---GAAGGA--AAG-AGACGG-T-TTCAG----T----------A-CGGTT-TAG-TTGTTG-TAG
gi|28 : --TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG--------------------------------AT-G-------CAA-----------CAGG-GAA-AGTCGGG-T----T--------------------A---G-AGA--G--T-----TT-C-ACTT--CGGG--AT-GCGA---CAGGGA--AAGTCG--GG-T-TTTAG----TTaaatgcgggttaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaataagatcagt--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG--------------------------------AT-G-------CAA-----------CAGG-GAA-AGTCG---------------G----A----T-T-A---G-AGA--G--T-----TT-C-ACTT--CGGG--AT-GCGA---CAGGGA--AAGTCG--GG-T-TTTAG----T
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttagtcataaagtagcagggtaataagatcagtAAATAGTCAGGAGATA----------T--ATGCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGAA-----TTATT-----AAA-G------A-----G--------TT---------------------------A-G-----AG--TTA----T----------------------A---CTT-T-----A-GA---------------A----------------AGCA-------CGG-----------TATA-CG---GTCATG-TA---TGA---AG----T----T-T--------GG--G--CAG---TT-T-TATT--TATGA-AG-GCCA---GGTGTA--CGGTCA--TG---TAAAA----TTA-----A-GT-CAGTT-AAC-AT-GGGAAAGA-----TGAGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAAG-----CT-TT------AA-A------A-----G--------CC---------A----------G------ATG-----AGTTTT-----T----------------------A---CTT-C-----A-GG---------------------------------G-G-------CGA------------ATG-------------------------G----T----T-A-A---GAAGA--G---AG---TT-T-ATTT--AGGGC-TG-GCGA---GATTTT--GAGTCA--AG---TTGAG----TTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATA----------T--ATGCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAAA-----TT-TT----TAAA-G------A-----G--------GT---------A------------------------------------T----------------------A---C-T-T-----A-GG---------------A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-TGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T-A---G----------AG---TT-T-ACTT--TGAGA-AG-GCCA---GGTGGA--
gi|32 : atagaatataa---AGGAA-G------AAA---G--------TC---------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GT--------------------------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTA-AGTCAAG-T----TTT---AG----T----T-T-A---T-AG--------T---TT-T-ACTT--T-GGT-AG-GTAA---GATGGA--GAGTCG--AG-A-TTTAG----TTT-----A-Gccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggaggg-A---G-AAA--GT-CAG---AT-T-ACTT--TGGGC-AG-GCAA---TATGTG--AAGTCA--TG-T-TTTAG----TTT-----A-GG--AGTTGAAC-TT-TTG-CAGG-----CGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGT
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaaggaAA-G------A-----A--------TTT--------A----------G------G-G-----GG--TT-----T----------------------AG--CTC-T-----G-AA---------------G----------------GA-G-------CGA-----------G-----GA-AG--------------------------------------AAA--GT-CAG---AT-T-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGTG--AAGTCA--TG-T-TTTAG----TTT-----A-GG--AGTTGAAC-TT-TTG-CAGG-----CGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgattgttatgac-AGA--T--CAG---TT-TTAGTT--TTGG--AG-GCGA---GATGGA--AGGACG--CC-T-TTTAG----Ttt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATATATACATGTAT--ATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGTTTGTTT-TT---A------------A-----GC-------TC---------A----------G------ATC-----AGT-TT-----T----------------------A---CTT-T-------GG---------------G----------------AT-G-------CGT-----------GATG-TTT-ATACAGG-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAAG-----TT-TT-----TAA-G------------G--------TT---------A----------G------A------------T-----T----------------------AG--GTT-T-----A-GG---------------C----------------AG-G-------CGA-----------CATG-TAA-AGTCAGGTT----TTT---AG----C----T-T-A---T-AG-----------------------------AG-GCAA---GATGGA--AAGTCG--CG-T-TTAAG----TTT-----
gi|4 : GTGCTTAAGCTACAAG-----CT-TT---AAAAG-G------C---------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GA---------------G----------------AG-G-------CCG-----------GCGG-TGA-AGTCATG-T----TTT---AG----T----T-A-G---G-GGA--A--CAG---TT-T-ACTT--TCGAG-AGTGCT----GATGTG--AAGTCA--TG-T-AGTAA----TTT-----AGGG-CAGTT-TAC-TT-GAG-CTGG-----TGAGA----TGTTTAATCAAG-TTGAGTTT
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaa---TT-T-ACTA--TGG-C-AG-GCAA---CATAAA--AAGTTG--AG-T-TTTAG----TTa
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagaggttagttagtAGCACATG----------TTAACCCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGGTT--TT-TT---AG-----------------C--------TC---------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A---CTT-C--------G---------------G----------------AT-G-------CGA-----------GATG-TTA-AG
gi|43 : ----------------AG-G-------C-A-----------GAT----A-AGT-----T----TTT---AC----T----T-C-AAGGG-GGA--A--GAG---TT-T-ACTT--TGGAG-AGTGTG----GATGTG--AAGTTA--TG-T-AGTAA----TTTTAG--A-GAGCAGTT-TAC-TT------AGGGCTAGCGAGA----TGTT-----AAA-TCAAGTTac
gi|43 : ------A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GA---------------G----------------AGTG-------TG------------GATG-TGA-AGTTATG-T----AGT---AA----T----T-TTA---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--AGGGC-TA-GCGA---GATGTT--AAATCA--AG-T-Tgaatt
gi|44 : aggcagataagtttttacttcaaggggga-A---A-AAA--G--CAGT--TT-T-ACTT--T-GGC-AG-GAAA---GCTGGA--AAGACG--AGTT-TTTAG----Tgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaa-----AG--TT-----G----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-CGG-GGTCATG-T----TCT---AG----T----T-T-A---G-AGACGA--CAG---TT-G-ACTT--TGGGTAAG-ACAA---GATGTT--AAGACG--GG-T-TTTAG----T
gi|46 : GAAG-G------A-----G--------TG---------A----------GGAAGAAA-GTC---AG--TT-----T----------------------A---CTT-C-----G-GG---------------C----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATA-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-CGA--atggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctA-----------GCTG-TGG-GGTCATG-T----TTT---AG----T----T-T-A---G-TGA--GGACAG---TT-A-ACTT--TGGG--GG-GAGACATGATGTT--AAGACA--GG-T-TTTAG----T
gi|48 : acc----T-T-AT--G-AGA--A--TAG---TT----CT------GC-AG-AAGG---GAGGAAGAAAGTCA--G--T-TTTAC----TT-------------------C-TT-TGG-TAGG-----CGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTatggtggggttgttgtagaaat
gi|48 : actg-A---G-AAA--GT-CAG---TT-TTACTTCTTTGGT-AG-GCGA---GATGTT--AAGTCA--AG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-ttaga
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggagga--CAG---TT-TTACTT--CGGG--AG-GCAA---GATGGA--AAGTCG--AG-T-TTTAG----TTT-----
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcagtttGTAAATAGCCAGCACATA----------T--ACACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGAG-----TT-TT---AGAAA-G------A-----G--------TT---------A----------G------A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACATG-T----TTT---AG----T----T-G-A---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--CGGGC-AG-GCGA---GATGAA--AGGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GACCAGTTGGAC-GT-TTG-CAGA-----CGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTAGT
gi|52 : tC--AAGCTACAAG-----CT-TT---AAAAA-G------A-----G--------AT--------------------G------A-G-----TT--TT-----T----------------------A---CTT-
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACATG-----CT-TT---AAAAG-GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCAA----------GGGGGA-A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GA---------------G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AGTTAT--------TT---AG----TAATTT-T-A---G-AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--GGGGC-TG-GCAA---TATGTT--ACATCA--AG---TTGAA----TTT-----A-Gc
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAAG-----CT-TT---AAAAG-G------A-----GATGAGATTTT---------ACTTCAAGTGGG------A-C-----AG--TT-----T----------------------A---CTT-T-----G-GG---------------A----------------AG-G-------CAA-----------GGTA-TGA-AGTCA--------TTT---AGCAA-T----T-T-------AGA--G--CAG---TT-T-ACTT--AAGGC-TG-GCAA---GATGTT--AAGTTA--AG-T-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATA----------T--ACGCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGAG-----TT-TT---AGAAA-G------A-----G--------TT---------A----------G------A-G-----AG--TT-----T----------------------A---CAT-T-----G-GG---------------G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACATG-T----TTT---AG----T----T-G-A---G-AGA-------------------------GC-AG-GCGA---GATGAA--AGGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GATCTGTTGGAC-TT-TTG-CAGA-----CGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAAG-----TT-TT----TAAG-G------A-----G--------T---------------------G------A-TC----AG--TTA----T----------------------A---CTT-T-----A-GA---------------A----------------AG---------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T-------TGG--G--CAG---TT-T-ATTT--TGGA--AG-GCCA---GGTGGA--CGGTCgttta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): ATATATGCAGGAAGTATACTGATAAATCATGACCATTAGAGGAAATAATTCTCTAGATACAAGATTTTAAAGGGAACAGTTTTACTTTGAAAAGCAAGGTATACGGTCATGTAGAATTAAGAGTTAACATAAGGGAGACCAGCTGTTAAGATGGGTTTTAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|38 ): AGGAAGTAATTAATAAATAATGATGAGTATATGAATTAAGGAGAACTTTCATGACCATTAGCGGAAGTGGTTTTGGGTTTAGTTCTCAAGCTACAAGATTTAAAAGGCAGATAAGTTTTACTTCGTAGAGGGAAATGATTAA
Unaligned ( gi|39 ): AAGAAATGCCTGATAAATAATGACTAGTATATGAATTAAGTGTGACTTTGATAATTTTTTCGGTTTAGTTCTGAAGGAGCGAGAGAAGAAAGTTAGTTTTTACTTTGGGGGACAAGAGGGAAAGGCGGGTTTTAG
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111111111 1111111111111111111 1111111111 1111 11111 11 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 5 2222 44444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 55555 3333333333333333333333 2 1 22222 2 0000000000000000000 4 3333333 55555555555 0 1 333 1 7777777777 0000 2222 1 333 1 00000 333 5 11 00 0 3 111 3333 1 222 1 1 0 111 33333 1 99 2 666 2 2 1 33 5555 777777 3
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... . .... ..... .................................................................... .. ..... ...................... . . ..... . ................... . ....... ........... . . ... . .......... .... .... . ... . ..... ... . .. .. . . ... .... . ... . . . ... ..... . .. . ... . . . .. .... ...... .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 1 5555 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 99999 9999999999999999999999 2 1 88888 2 1111111111111111111 4 6666666 11111111111 2 1 999 1 3333333333 9999 4444 1 000 0 55555 444 5 22 22 9 2 666 3333 2 444 0 9 1 888 77777 7 11 0 111 1 1 7 11 7777 888888 1
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-C-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATG-T----TNT---AG----T----T-T-A-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGTN--AAGTCG--GG-T-TTTAG---TTT-----A-GA-CAG-TT-N-AC-TT-TGG-NAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCGAGTTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATG-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGNN--AAGTCG--GG-T-TTTAG---TTT-----A-GA-CAG-TT-N-AC-TT-TNG-NAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCGAGTTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------A-----A---A-----AG--TCAGATAT----------------------A-C-T-T-----G-GG--G----------------AT-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T------GG--G--CAGTTTTTT-ATTT--TGGA--AA-GCTA---GGTGGA--CGGTCA--TG-----TAGAATTTC-----A-GT-CAG-TT-A-AC------A-TGGGGGAAACTATTGTT-----AAGATTG-GTTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT-------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTT-TTTACGG-GGAAG----------------AG-G-------CGT-----------GGTG-TAA-AGTCATG-T----AGT---AA----T----T-TTA-----A--G--CAG---TTA-ACTT--TGGAG-AG-ACCA---GCTGTT--AAGATG--GG-T-TTAAG---aatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A----------------A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT-C-----AAGG--G----------------AG-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-TGA-AGTTATG-T----AGT---AA----T----TCT-A-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---CATGTT--AAATCA--AG-T-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----T---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GA--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-TGA-AGTTTTG-T----TTTTTCAG----T----T-T-A-G-GGAAGA--CAG---TTT-ACTT--TTGAG-AG-ACCA---GCTGTG--AAGTCAT-GT-T-TTTAG---TTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G---GC----AG--TT-----T----------------------A-CTG-G-----A-GA--G----------------AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AGT---AA----T----T-T-----AAA--C--CAG---TTA-ACAT--TAGGG-AG-ACCA---GCGGTT--AAGATG--GG-T---------TTT-----A-GA-TAG-TT-G-GG-TG-TTG-TAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G----------------AT-------------------------------G-----AG--TT-----TT---------------------A-CTTCT-----G-GG--GGCAGATATACTTTGGAAA-G-------TAA-----------GGTA-TAT-AGTCATG-T----------AGGAATT----T-T-A-G------G--CAG---TTT-ACTT--AGAGA-AG-GCCA---GGTGTT--CAGATG--GG-T-TTTAG---aa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G----------------TTTTTACTTCTGG----------G-----AGTTG-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-AA--G----------------AG-G-------CGA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AAG---AA----T----T-T-A---AGT--G---AG---TTA-ACAT--AAGGG-AG-ACCA---GCTGTT--AAGATG--GG-T-TTTAG---atggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G---GC----AG--TT-----T----------------------A-CTG-G-----A-GA--G----------------AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCATG-T----AGT---AA----T----T-T-----AAA--C--CAG---TTA-ACAT--TAGGG-AG-ACCA---GCGGTT--AAGATG--GG-T---------TTT-----A-GA-TAG-TT-G-GG-TG-TTG-TAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GG-------------------AG-G-------CGA-----------GATG-TTA-AGTCAAG-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-AGA--G--T-----TTT-ACTT--TGGA--GG-GCAA---GATGGA--AAGACG--GG-T-TTTAG---TTT-----a
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgtcagt---TTT-ACTT--TGG-C-AG-GCAA---GGTGGA--AAGACG--GG-TTTTTAG---TTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TT-TGG-AACGCGAAG----GGTT-----AA
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat---TTT-ACTT--TGG-C-AG-GCAA---GGTGGA--AAGACG--GG-TTTTTAG---TTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TT-TGG-AACGCGAAG----GGTT-----AAaatgcagttggg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G----------------TT----------A----------G-----T---C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT-C-------GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG--------A---AGGAATT----T-T-G-G-A-------CAGT--TTT-ATTT--TGGA--AG-GCCA---GGTGGA--CGGTCA--TG---TAAAA---TTA-----A-GA-C---TT-A-ACATG-GGG-AAGACGGGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAGaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G----------------TT-----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GA--A----------------AG----------GA-----------GGTA-TAC-ATCCATG--------T---AGGAATT----T-T-A-G------G--CAG---TTA-ACAT--GGGGG-AG-ACCA---GCTGTT--CAGATG--GG-T-TTTAG---atggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG----------------TTTTTACTTC--A----------G-----G---GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT-T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AATTATA-T----AGT---AA----T----T-A-A-G-GGG--GG-CAG---TTT-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---AATGTT--CAGTCA--AG-T-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT--G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT-C-----G-GT--G----------------GG-G---------------------GATG-------------------------G----T----T-A-A-G-ACG--T--CAG---TTT-ACTT--TAGGC-AG-GCGA---TATGAA--AGGTCG--AG-T-TTAAG---TTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTT--------TT----------ACTTCAGGGG-G-----A---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GG--G----------------AG-A-------GGA-----------GATG-AAA-GGTCGGT-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-AGA--G---GG---TTT-ACTT--AGGGC-TG-GCGA---GATGTT--CAGTCA--AG---TTGAG---TTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G----------------GC----------A----------G----------------T--TT-----T----------------------A-TTT-T-----T-GG--A----------------AA-G-------CTA-----------GGTG--GACAGTCATG-TAGAATTA---AG----T--------------------CAG---TTA-ACAT--TAGGA-AG-ACTA---CCTGTT--CAGATA--GG-T---------TTT-----A-GA-TAG-TT-G-GG-TG-TTG-TAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A---------------------------------------------------A---C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT-T-----G-AA--A----------------AG---------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG-T----------AGAA--T----T-A-A-G-AG------------TTA-ACAT--AAGGG-AG-ACCA---GCTGTT--AAGATG--GG-T-TTTAG---aaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT--G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT-C-----A-GA--C----------------AG-G-------GGT-----------AATGATTA-AG--ATG-T-----------G-------------A-G-AGA------------TT-ACTT--TGGGC-AG-G-GA---GATGAA--AGGTCG--AG-T-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G----------------AT-------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT-T-----GCGG--G----------------GG-GTGGGGTTCGA-----------GATG-GAA-AGACAGG-T----TCT---AG----T----T-T-A-G-AGA--G--T-----TTT-AC-T--TGGGG-AG-GCGA---GAAGGA--AAG-AGACGG-T-TTCAG---T----------A-CGG-TT-T-AG-TTGTTG-TAG
gi|28 : att-AGA--T--CAG---TTTTACTT--TGGG--AT-GCAA---CAGGGA--AAGTCG--GG-T-T---------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGACA----GGGA-----AAG-TCGGGTTTTAGTaaatgcgggttaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaata-AGA--T--CAG---TTTTACTT--TGGG--AT-GCAA---CAGGGA--AAGTCG--GA-T-T---------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGACA----GGGA-----AAG-TCGGGTTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttagtcataaagtagcagggtaataAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G----------------TT---------------------------A---G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT-T-----A-GA--A----------------AGCA-------CGG-----------TATA-CG---GTCATG-TA---TGA---AG----T----T-T------GG--G--CAG---TTT-TATT--TATGA-AG-GCCA---GGTGTA--CGGTCA--TG---TAAAA---TTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-AT-GGGAAAGATGAGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G----------------CC----------A----------G-----AT--G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT-C-----A-GG--------------------G-G-------CGA------------ATG-------------------------G----T----T-A-A-GAAGA--G---AG---TTT-ATTT--AGGGC-TG-GCGA---GATTTT--GAGTCA--AG---TTGAG---TTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------GT----------A-------------------------------------T----------------------A-C-T-T-----A-GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-TGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T-A-G----------AG---TTT-ACTT--TGAGA-AG-GCCA---GGTG
gi|32 : atagaatataa-A-G-AAA--GT-CAG---TTTTACTT--TGG-T-AG-GCGA---GATGTT--AAGTCA--AG-T-TTTAG---TTT--------A-TAGTTT-T-AC-TT-TGG-TAGGTAAGA----TGGA-----GAG-TCGAGATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-A-G-AAA--GT-CAG---ATT-ACTT--TGGGC-AG-GCAA---TATGTG--AAGTCA--TG-T-TTTAG---TTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TT-TTG-CAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A----------------TTT---------A----------G-----G---G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC-T-----G-AA--G----------------GA-G-------CGA-----------G-----GA-AG------------------------------------AAA--GT-CAG---ATT-ACTT--TGGGC-AG-GCGA---GATGTG--AAGTCA--TG-T-TTTAG---TTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TT-TTG-CAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgatt-AGA--T--CAG---TTTTAGTT--TTGG--AG-GCGA---GATGGA--AGGACG--CC-T-TTTAG---Ttt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G----------------CTC---------A----------G-----A---TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT-T-----G-GG-------------------AT-G-------CGT-----------GATG-TTT-ATACAGG-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G----------------TT----------A----------G-----A--------------T-----T----------------------AGGTT-T-----A-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------CATG-TAA-AGTCAGGTT----TTT---AG----C----T-T-A-T-AG----------------------------AG-GCAA---GATGGA--AAGTCG--CG-T-TTAAG---TTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A--------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT-C-----G-TA--G----------------AG-G--------GA-----------AATG-
gi|4 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttctGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C-------------------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GA--G----------------AG-G-------CCG-----------GCGG-TGA-AGTCATG-T----TTT---AG----T----T-A-G-G-GGA--A--CAG---TTT-ACTT--TCGAG-AGTGCT----GATGTG--AAGTCA--TG-T-AGTAA---TTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TT-GAG-CTGGTGAGA----TGTTTAATCAAG-TTGAGTTTattaa
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAG---GTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TA-TGG-CAGGCAACA----TAAA-----AAG-TTGAGTTTTAGTa
gi|40 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgag---TTT-ACTA--TGG-C-AG-GCAA---CATAAA--AAGTTG--AG-T-TTTAG---TTt
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagaggttagttagtAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-------------------------------------------TT----------A----------GCTC--A---G------T--TT-----T----------------------A-CTT-C--------G--G----------------AT-G-------CGA-----------GATG-TTA-AG
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G----------------------------G----------A-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GA--G----------------AGTG-------TG------------GATG-TGA-AGTTATG-T----AGT---AA----T----T-TTA-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AGGGC-TA-GCGA---GATGTT--AAATCA--AG-T-Tac
gi|44 : aggcag-A-A-AAA--G--CAGT--TTT-ACTT--T-GGC-AG-GAAA---GCTGGA--AAGACG--AGTT-TTTAG---Tgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaa-----AG--TT-----G----------------------A-CTT-T-----G-GG--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-CGG-GGTCATG-T----TCT---AG----T----T-T-A-G-AGACGA--CAG---TTG-ACTT--TGGGTAAG-ACAA---GATGTT--AAGACG--GG-T-TTTAG---T
gi|46 : -----AG--TT-----T----------------------A-CTT-C-----G-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCATA-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-CGA--atggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaagaaagtcA-----------GCTG-TGG-GGTCATG-T----TTT---AG----T----T-T-A-G-TGA--GGACAG---TTA-ACTT--TGGG--GG-GAGACATGATGTT--AAGACA--GG-T-TTTAG---T
gi|48 : acc----T-T-ATG-AGA--A--TAG---TT---CT------GC-AG-AAGG---GAGGAAGAAAGTCA--G--T-TTTAC---TT---------------------C-TT-TGG-TAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTatggtggggttgttgtagaaat
gi|48 : actg-A-G-AAA--GT-CAG---TTTTACTTCTTTGGT-AG-GCGA---GATGTT--AAGTCA--AG-T-TTTAG---TTT-----A-GA-ttaga
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAA----AAA----GGC----A-----G----------------TT----------T----------C-----A---G------T--TT-----T----------------------A-CTT-C-----G-GG-------------------AG-G-------CAA-----------GATG-GAA-AGTCGAG-T----TTT---AG----T----T-T-
gi|49 : tagttctcaagtagcgagaaa--CAG---TTTTACTT--CGGG--AG-GCAA---GATGGA--AAGTCG--AG-T-TTTAG---TTT-----
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcagtttGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACATG-T----TTT---AG----T----T-G-A-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--CGGGC-AG-GCGA---GATGAA--AGGTCG--GG-T-TTTAG---TTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GT-TTG-CAGACGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTAGT
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT---------------------G-----A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT-
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G----------------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AGTTAT--------TT---AG----TAATTT-T-A-G-AGA--G--CAG---TTT-ACTT--GGGGC-TG-GCAA---TATGTT--ACATCA--AG---TTGAA---TTT-----A-Gc
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATT--------TT----------ACTTCAAGTGGG-----A---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT-T-----G-GG--A----------------AG-G-------CAA-----------GGTA-TGA-AGTCA--------TTT---AGCAA-T----T-T-----AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AAGGC-TG-GCAA---GATGTT--AAGTTA--AG-T-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT-T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACATG-T----TTT---AG----T----T-G-A-G-AGA------------------------GC-AG-GCGA---GATGAA--AGGTCG--GG-T-TTTAG---TTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TT-TTG-CAGACGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G----------------T----------------------G-----A---TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT-T-----A-GA--A----------------AG---------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCATG-T----AGG---AA----T----T-T-T-G-GG------CAG---TTT-ATTT--TGGA--AG-GCCA---GGTGGA--CGGTCgttta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AAGAAATGCCTGATAAATAATGACTAGTATATGAATTAAGTGTGACTTTGATAATTTTTTCGGTTTAGTTCTGAAGGAGCGAGAGAAGAAAGTTAGTTTTTACTTTGGGGGACAAGAGGGAAAGGCGGGTTTTAG
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111111111 1111111 11111111111 11 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 555555 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 44444 5555555555555555555555 1 6666666 333 4 3333333 55555555555 1 6666666666666 1 2222222 1 4444444444 55555555555 333 0 6 11 111 00 0 2 111 0 2222 1 222 1 0 2222 33333 1 88 4 666 2 33 5555 888888 2
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... ...... .... ................................................................... . ..... ...................... . ....... ... . ....... ........... . ............. . ....... . .......... ........... ... . . .. ... .. . . ... . .... . ... . . .... ..... . .. . ... . .. .... ...... .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 88 2 5 2 11111 999999 5555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 99999 4444444444444444444444 1 1111111 111 4 6666666 11111111111 4 7777777777777 1 1111111 1 9999999999 44444444444 333 9 2 22 666 66 9 2 666 9 7777 0 555 8 9 1111 88888 8 88 2 999 2 44 0000 444444 9
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG--TG-------A-AGTCATG-T-NNT---AG-TT---T-A-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-CAG-TT-N-AC-TTTGG-NAGGCGAGA----TGTN-----AAG-TCGAGTTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG--TG-------A-AGTCATG-T-TNT---AG-TT---T-A-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-CAG-TT-N-AC-TTTGG-NAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCGAGTTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------A-----A--A-----AG-TCAGATAT----------------------A-CTT-----G-GGGA---T-G-------CAA-----------GGTA--TA-------C-GGTCATG-T-AGG---AA-TT---T------GG------G----CAGTTTTT-T-ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG----GACGG--TCATGTAG--AA-T-TTCAG----T------------CAG-TT-A-AC-ATGGG-G----GAAACTATTGTT-----AAGATTG-GTTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AG-TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTACG-GGGAAGAG-G-------CGT-----------GGTG--TA-------A-AGTCATG-T-AGT---AA-TT---TTA-----A------G----CAG---TT-A-ACTT--TGG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTAAG----aatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A----------------A--G-----TT-TT-----T----------------------A-CTT----CAAGGGA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT--TG-------A-AGTTATG-T-AGT---AA-TTC--T-A-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---CAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----T--C-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---G-A-------CCA-----------GCTG--TG-------A-AGTTTTG-T-TTTTTCAG-TT---T-A-GG-GAAG----A----CAG---TT-T-ACTT--TTG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TGAAGTCAT-GT-T-TTTAG----TTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G--GC----AG-TT-----T----------------------A-CTG----GA-GAGA---G-G-------CCA-----------GGTG--TA-------C-GGTCATG-T-AGT---AA-TT---T----A-AA------C----CAG---TT-A-ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG----
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AG-TT-----TT---------------------A-CTT----CT-GGG----G-G-------C-A-----------GATA--TACTTTGGAA-AGTAAGG-TATAT---AG-TCATGT-A-GG-AATTTTAGG----CAG---TT-T-ACTT--AGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAG----atagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G----------------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-AAGA---G-G-------CGA-----------GGTG--TA-------C-GGTCATG-T-AAG---AA-TT---T-A--A-GT------G-----AG---TT-A-ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG----atggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G--GC----AG-TT-----T----------------------A-CTG----GA-GAGA---G-G-------CCA-----------GGTG--TA-------C-GGTCATG-T-AGT---AA-TT---T----A-AA------C----CAG---TT-A-ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG----atggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctAA----GT-----A-----G----------------TT----------T----------G-----A--G------G-TT-----T----------------------A-GTT----CT-CGAAT--A-G-------CAA-----------G-TGAATA-------A-AGGCA-G-T-TGT-------------------------------CAG---TT-TTACTT--TGG---G--AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-GAGTTT-T-AC-TTTGG-AGGGCAAGA----TGGA-----AAG-ACGGGTTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|17 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccgg-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GG-A---G-G-------CGA-----------GATG--TT-------A-AGTCAAG-T-TTT---AG-TT---T-A-GA-GA------G----T-----TT-T-ACTT--TGG---A--GG-GCAA---GAT-G--GAAAGACG--GG-T-TTTAG----TTT-----tt
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgtcagt---TT-T-ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GG-TTTTTAG----TTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TTTGG-AACGCGAAG----GGTT-----AA
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat---TT-T-ACTT--T-G---GC-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTT-TTTAG----TTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TTTGG-AACGCGAAG----GGTT-----AAaatgcagttggg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G----------------TT----------A----------G-----T--C-----AG-TTA----T----------------------A-CTT----C--GGAA---A-G-------CAA-----------GGTA--TA-------C-GGTCATG-A-AGG---AA-TT---T-T-G--GA-----------CAGT--TT-T-ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--GACGGTCA--TG---TAAAA----TTA-----A-GA-C---TT-A-ACATGGGG-AAGACGGGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAGaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G----------------TT---------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAAA---G----------GA-----------GGTA--TA-------C-ATCCATG-T-AGG---AATTT---T-A-G----------G----CAG---TT-A-ACAT--GGG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAG----atggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG----------------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG-TT-----T----------------------A-TTT----TG-GAGA---GTG-------CG------------GATG--TG-------A-AATTATA-T-AGT---AA-TT---A-A-GG-GG------GG---CAG---TT-T-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---AAT-G--TTCAGTCA--AG-T-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG-TT-----TG---------------------A-CTT----CG-GTGG---G-G---------------------GATG------------------------------G-TT---A-A-GA-CG------T----CAG---TT-T-ACTT--TAG---GC-AG-GCGA---TAT-G--AAAGGTCG--AG-T-TTAAG----TTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTT--------TT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-A-------GGA-----------GATG--AA-------A-GGTCGGT-T-TTT---AG-TT---T-A-GA-GA------G-----GG---TT-T-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-G--TTCAGTCA--AG---TTGAG----TTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------GC----------A----------G---------------T-TT-----T----------------------A-TTT----TT-GGAA---A-G-------CTA-----------GGTG---G-------ACAGTCATG---TAG---AA-TT---A-A-G----------T----CAG---TT-A-ACAT--TAG---GA-AG-ACTA---CCT-G--TTCAGATA--GG-T-TTTAG----t
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A---------------------------------------------------A--C-----AG-TT-----TT---------------------A-CTT----TG-AAAA---G---------CAA-----------GGTA--TA-------C-GGTCATG-T--AG---AA-TT---A-A-GA-G------------------TT-A-ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG----atagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGTTT-----T----------------------A-CTT----CA-GACA---G-G-------GGT-----------AATGA-TT-------A-AG--ATG-T--------G--------A-GA-GA------------------T-T-ACTT--TGG---GC-AG-G-GA---GAT-G--AAAGGTCG--AG-T-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AGTTT-----T----------------------A-CTT----TGCGGGG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG--GA-------A-AGACAGG-T-TCT---AG-TT---T-A-GA-GA------G----T-----TT-T-AC-T--TGG---GG-AG-GCGA---GAA-G--GAAAG-AGACGG-T-TTCAG----T----------A-CGG-TT-T-AG-TT
gi|28 : attA-GA------T----CAG---TT-TTACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GG-T-T----------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACA----GGGA-----AAG-TCGGGTTTTAGTgttgtagaaatgcgggttaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaataA-GA------T----CAG---TT-TTACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GA-T-T----------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACA----GGGA-----AAG-TCGGGTTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttagtcataaagtagcagggtaataAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G----------------TT---------------------------A--G-----AG-TTA----T----------------------A-CTT----TA-GAAA---GCA-------CGG-----------TATA--CG----------GTCATG-TATGA---AG-TT---T------GG------G----CAG---TT-T-TATT--TAT---GA-AG-GCCA---GGT-G--TACGGTCA--TG---TAAAA----TTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-ATGGGAAAGATGAGT----TGTT-----CAG-ATGGGTTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AA------------------G----------------CC----------A----------G-----AT-G-----AG-TT-----TTT--------------------A-CTT----CA-GGG------G-------CGA--------------------------------ATG----------G-TT---A-A-GAAGA------G-----AG---TT-T-ATTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-T--TTGAGTCA--AG---TTGAG----TTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------GT----------A-----------------------------------T----------------------A-CTT-----A-GGAA---A-G-------CAA-----------GGTA--TA-------C-TGTCATG-T-AGG---AA-TT---T-A-G----------------AG---TT-T-ACTT--TGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--
gi|32 : atagaatataa-A-GA-AA------GT---CAG---TT-TTACTT--TGG----T-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAG----TTT--------A-TAGTTT-T-AC-TTTGG-TAGGTAAGA----TGGA-----GAG-TCGAGATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-A-GA-AA------GT---CAG---AT-T-ACTT--TGG---GC-AG-GCAA---TAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAG----TTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TTTTG-CAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A----------------TTT---------A----------G-----G--G-----GG-TT-----T----------------------AGCTC----TG-AAGG---A-G-------CGA-----------G------G-------A-AG---------------------------A-AA------GT---CAG---AT-T-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAG----TTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TTTTG-CAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgattA-GA------T----CAG---TT-TTAGTT--TTG---G--AG-GCGA---GAT-G--GAAGGACG--CC-T-TTTAG----Ttt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G----------------CTC---------A----------G-----A--TC----AG-TT-----TT---------------------A-CTT----TG-GG-A---T-G-------CGT-----------GATG--TT-------T-ATACAGG-T-TTT---AG-TT---T-A-Gatgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G----------------TT----------A----------G-----ATTA-----GG-TT-----T----------------------A-----------GGCA---G-G-------CGA-----------CATG--TA-------A-AGTCAGGTT-TTT---AG-CT---T-A-TA-G--------------------------------------AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--CG-T-TTAAG----TTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A-------------------------AGTTT-----T----------------------A-CTT----CG-TAGA---G-G--------GA-----------AATG--
gi|4 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttctGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C------------------------------------------------------------AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---G-G-------CCG-----------GCGG--TG-------A-AGTCATG-T-TTT---AG-TT---A-G-GG-GA------A----CAG---TT-T-ACTT--TCG---AG-AGTGCT----GAT-G--TGAAGTCA--TG-T-AGTAA----TTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TTGAG-CTGGTGAGA----TGTTTAATCAAG-TTGAGTTTattaa
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAG----GTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TATGG-CAGGCAACA----TAAA-----AAG-TTGAGTTTTAGTa
gi|40 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgag---TT-T-ACTA--TGG----C-AG-GCAA---CAT-A--AAAAGTTG--AG-T-TTTAG----TTt
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagaggttagttagtAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-------------------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T-TT-----T----------------------A-CTT----C---GGA---T-G-------CGA-----------GATG--TT-------A-AG
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G----------------------------G----------A-----A--G-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---GTG-------TG------------GATG--TG-------A-AGTTATG-T-AGT---AA-TT---TTA-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--AGG---GC-TA-GCGA---GAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tac
gi|44 : aggcag-A-AA-AA------G----CAGT--TT-T-ACTT--T-G---GC-AG-GAAA---GCT-G--GAAAGACG--AGTT-TTTAG----Tgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaa-----AG-TT-----G----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-A-------CCA-----------GCTG--CG-------G-GGTCATG-T-TCT---AG-TT---T-A-GA-GACG----A----CAG---TT-G-ACTT--TGG---GTAAG-ACAA---GAT-G--TTAAGACG--GG-T-TTTAG----T
gi|46 : -----AG-TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGCA---G-G-------CGA-----------GATG--TG-------A-AGTCATA-T-TTT---AG-TT---T-A-GC-GA------atggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaagaaagtcA-----------GCTG--TG-------G-GGTCATG-T-TTT---AG-TT---T-A-GT-GA------GGA--CAG---TT-A-ACTT--TGG---G--GG-GAGACATGAT-G--TTAAGACA--GG-T-TTTAG----T
gi|48 : accT---T-ATGA-GA------A----TAG---TT----CT---------GC-AG-AAGG---GAG-GAAGAAAGTCA--G--T-TTTAC----TT---------------------C-TTTGG-TAGGCGAGA----TGTT-----AAG-TCAAGTTTTAGTatggtggggttgttgtagaaat
gi|48 : actg-A-GA-AA------GT---CAG---TT-TTACTTCTTTG---GT-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAG----TTT-----A-GA-ttaga
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAA----AAA----GGC----A-----G----------------TT----------T----------C-----A--G------T-TT-----T----------------------A-CTT----CG-GG-A---G-G-------CAA-----------GATG--GA-------A-AGTCGAG-T-TTT---AG-TT---T-
gi|49 : tagttctcaagtagcgagaaa----CAG---TT-TTACTT--CGG---G--AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--AG-T-TTTAG----TTT-----
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcagtttGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG--TG-------A-AGACATG-T-TTT---AG-TT---G-A-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GTTTG-CAGACGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTAGT
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT---------------------G-----A--G-----TT-TT-----T----------------------A-CTT----C
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G----------------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---GTG-------CG------------GATG--TG-------A-AGTTATT-T-AGT---AA-TT---TTA-GA-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--GGG---GC-TG-GCAA---TAT-G--TTACATCA--AG---TTGAA----TTT-----A-G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATT--------TT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG-TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGAA---G-G-------CAA-----------GGTA--TG-------A-AGTCATT-T-AGC---AA-TT---T----A-GA------G----CAG---TT-T-ACTT--AAG---GC-TG-GCAA---GAT-G--TTAAGTTA--AG-T-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG-TT-----T----------------------A-CAT----TG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG--TG-------A-AGACATG-T-TTT---AG-TT---G-A-GA-GA----------------------------------GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAG----TTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TTTTG-CAGACGAGA----TGTG-----AAG-TCAAGTTTTgaattta
gi|9 : -TT---T-A-AG-GA------GTGATCAG---TTAT-ACTT--TAG---A--AA-GCAA---GGT-A--TACGGTCA--TG-----TAGGAATTTT-----G-GG-CAG-TT-T-AT-TTTGG-AAGGCCAGG----TGgttta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AAGAAATGCCTGATAAATAATGACTAGTATATGAATTAAGTGTGACTTTGATAATTTTTTCGGTTTAGTTCTGAAGGAGCGAGAGAAGAAAGTTAGTTTTTACTTTGGGGGACAAGAGGGAAAGGCGGGTTTTAG
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111111111111 11111111111111111111111 111111 11111111111111 11111111111 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 888888 2222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 66666 4444444444444444444444 1 8888888 222 4 3333333 55555555555 0 1 00000000000000000000000 222 1 222222 1 1 44444444444444 333 5 11 111 99 0 1 111 0 0 3333 0 22 1 1 55555555555 3 777 2 33 4444 7777777 2 0 4
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... ...... .... ................................................................... .. ..... ...................... . ....... ... . ....... ........... . . ....................... ... . ...... . . .............. ... . .. ... .. . . ... . . .... . .. . . ........... . ... . .. .... ....... . . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 222222 6666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 33333 7777777777777777777777 1 4444444 111 7 8888888 44444444444 3 1 55555555555555555555555 111 2 111111 2 1 11111111111111 666 7 33 777 77 9 6 666 5 9 9999 8 33 9 0 99999999999 8 333 0 11 5555 5555555 4 1 7
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-A-------------GTCAT---G-TAGT---AG-TT-T-A-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGA----TG-----TNAAG-TCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-A-------------GTCAT---G-TNNT---AG-TT-T-A-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-N-AC-TTTGG-NAGGCGAGA----TG-----TNAAG-TCGAG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------A-----A--A-----AG--TCAGATAT----------------------A-CTT-----G-GGGA---T-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAGG---AA-TT-T-------GG--G--CAGTTTTTT-ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG----GACGG--TCATGTAG--AA-T-TTCAGT------------CAG-TT-A-AC-ATGGG-G----GAAACTATTG-----TTAAGATTG-G-TTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTACG-GGGAAGAG-G-------CGT-----------GGTG-T------AA-A-------------GTCAT---G-TAGT---AA-TT-TTA------A--G--CAG---TTA-ACTT--TGG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTAAGaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A----------------A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CAAGGGA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-T------GA-A-------------GTTAT---G-TAGT---AA-TTCT-A-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---CAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---G-A-------CCA-----------GCTG-T------GA-A-------------GTTTT---G-TTTTTTCAG-TT-T-A-G--GGAAGA--CAG---TTT-ACTT--TTG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TGAAGTCAT-GT-T-TTTAGTTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G--GC----AG--TT-----T----------------------A-CTG----GA-GAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAGT---AA-TT-T------AAA--C--CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----CT-GGG----G-G-------C-A-----------GATA-TACTTTGGA-AAGTAAGGTATATAGTCAT---G-TAGG---AA-TT-TTA-G-------G--CAG---TTT-ACTT--AGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G----------------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-AAGA---G-G-------CGA-----------GGTG-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAAG---AA-TT-T-A----AGT--G---AG---TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----ACTGAGTTTTTACTTCTTT----------G----------G-----G--GC----AG--TT-----T----------------------A-CTG----GA-GAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAGT---AA-TT-T------AAA--C--CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--CAG---TTTTACTT--TGG---G--AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT-----A-GA-GAGTTT-T-AC-TTTGG-AGGGCAAGA----TG-----GAAAG-ACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G------TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGG----TG-----GAAAG-ACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GG-TTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TTTGG-AACGCGAAG----GG-----TTAAttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G------TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGG----TG-----GAAAG-ACGGGTTTTTAGTaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--T-G---GC-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTT-TTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TTTGG-AACGCGAAG----GG-----TTAAttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G----------------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----C--GGAA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-G-------------GTCAT---G-AAGG---AA-TT-T-T-G---GA-----CAGT--TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--GACGGTCA--TG---TAAAATTA-----A-GA-C---TT-A-ACATGGGG-AAGACGGGT----TG-----TTCAG-ATGGG-TTTTAGaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G----------------TT----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAAA---G----------GA-----------GGTA-T------AC-A-------------TCCAT---G-TAGG---AATTT-T-A-G-------G--CAG---TTA-ACAT--GGG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG----------------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT----TG-GAGA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-A-------------ATTAT---A-TAGT---AA-TT-A-A-G--GGG--GG-CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---AAT-G--TTCAGTCA--AG-T-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT----CG-GTGG---G-G---------------------GATG-------------------------------------------G-TT-A-A-G--ACG--T--CAG---TTT-ACTT--TAG---GC-AG-GCGA---TAT-G--AAAGGTCG--AG-T-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTT--------TT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-A-------GGA-----------GATG-A------AA-G-------------GTCGG---T-TTTT---AG-TT-T-A-G--AGA--G---GG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-G--TTCAGTCA--AG---TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------GC----------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A-TTT----TT-GGAA---A-G-------CTA-----------GGTG--------GACA-------------GTCAT---G-TAG----AA-TT-A-A-G-------T--CAG---TTA-ACAT--TAG---GA-AG-ACTA---CCT-G--TTCAGATA--GG-T-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A---------------------------------------------------A--C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----TG-AAAA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAG----AA-TT-A-A-G--AG------------TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G------------------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----CA-GACA---G-G-------GGT-----------AATGAT------TA-A-------------G--AT---G-TG-------------A-G--AGA------------TT-ACTT--TGG---GC-AG-G-GA---GAT-G--AAAGGTCG--AG-T-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G----------------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----TGCGGGG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG-G------AA-A-------------GACAG---G-TTCT---AG-TT-T-A-G--AGA--G--T-----TTT-AC-T--TGG---GG-AG-GCGA---GAA-G--GAAAG-AGACGG-T-TTCAGT----------A-CGG-TT-T-AG-TT
gi|28 : att--AGA--T--CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GG-T-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACA----GG-----GAAAG-TCGGG-TTTTAGTgttgtagaaatgcgggttaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggttttagtcatcaagtagcggggtaata-A-------------GTCATAAAG-TAGC---AG-GG-T-A-ATAAGA--T--CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GA-T-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACA----GG-----GAAAG-TCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G----------------TT---------------------------A--G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----TA-GAAA---GCA-------CGG-----------TATA-C------G----------------GTCAT---G-TATGA--AG-TT-T-------GG--G--CAG---TTT-TATT--TAT---GA-AG-GCCA---GGT-G--TACGGTCA--TG---TAAAATTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-ATGGGAAAGATGAGT----TG-----TTCAG-ATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G----------------CC----------A----------G-----AT-G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT----CA-GG-----G-G-------CGA------------ATG-------------------------------------------G-TT-A-A-GA-AGA--G---AG---TTT-ATTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-T--TTGAGTCA--AG---TTGAGTTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G----------------GT----------A------------------------------------T----------------------A-CTT-----A-GGAA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-T-------------GTCAT---G-TAGG---AA-TT-T-A-G-----------AG---TTT-ACTT--TGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--
gi|32 : atagaatataa-A-G--AAA--GT-CAG---TTTTACTT--TGG----T-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT--------A-TAGTTT-T-AC-TTTGG-TAGGTAAGA----TG-----GAGAG-TCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-A-G--AAA--GT-CAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCAA---TAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TTTTG-CAGGCGAGA----TG-----TTAAG-TCAAG-TTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A----------------TTT---------A----------G-----G--G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC----TG-AAGG---A-G-------CGA-----------G-----------GA-A-------------G-----------------------------AAA--GT-CAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TTGA-AC-TTTTG-CAGGCGAGA----TG-----TTAAG-TCAAG-TTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgatt--AGA--T--CAG---TTTTAGTT--TTG---G--AG-GCGA---GAT-G--GAAGGACG--CC-T-TTTAGTtt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G----------------CTC---------A----------G-----A--TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----TG-GG-A---T-G-------CGT-----------GATG-T------TT-A-------------TACAG---G-TTTT---AG-TT-T-A-G--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G----------------TT----------A----------G-----ATTA-----GG--TT-----T----------------------A-----------GGCA---G-G-------CGA-----------CATG-T------AA-A-------------GTCAG---GTTTTT---AG-CT-T-A-T--AG-------------------------------AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--CG-T-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G----------------AT----------A-------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT----CG-TAGA---G-G--------GA-----------AATG-
gi|4 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttctGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C------------------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---G-G-------CCG-----------GCGG-T------GA-A-------------GTCAT---G-TTTT---AG-TT-A-G-G--GGA--A--CAG---TTT-ACTT--TCG---AG-AGTGCT----GAT-G--TGAAGTCA--TG-T-AGTAATTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TTGAG-CTGGTGAGA----TGTTTAATCAAG-TTGAG-TTTattaa
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TATGG-CAGGCAACA----TA-----AAAAG-TTGAG-TTTTAGTa
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-------------------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T--TT-----T----------------------A-CTT----C---GGA---T-G-------CGA-----------GATG-T------TA-A-------------Gt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G----------------------------G----------A-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---GTG-------TG------------GATG-T------GA-A-------------GTTAT---G-TAGT---AA-TT-TTA-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TA-GCGA---GAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tac
gi|44 : aggcag-A-A--AAA--G--CAGT--TTT-ACTT--T-G---GC-AG-GAAA---GCT-G--GAAAGACG--AGTT-TTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaa-----AG--TT-----G----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-A-------CCA-----------GCTG-C------GG-G-------------GTCAT---G-TTCT---AG-TT-T-A-G--AGACGA--CAG---TTG-ACTT--TGG---GTAAG-ACAA---GAT-G--TTAAGACG--GG-T-TTTAGT
gi|46 : -----AG--TT-----T----------------------A-CTT----CG-GGCA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-A-------------GTCAT---A-TTTT---AG-TT-T-A-G--CGA--atggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaagaaagtcA-----------GCTG-T------GG-G-------------GTCAT---G-TTTT---AG-TT-T-A-G--TGA--GGACAG---TTA-ACTT--TGG---G--GG-GAGACATGAT-G--TTAAGACA--GG-T-TTTAGT
gi|48 : accT-T-ATG--AGA--A--TAG---TT---CT---------GC-AG-AAGG---GAG-GAAGAAAGTCA--G--T-TTTACTT---------------------C-TTTGG-TAGGCGAGA----TG-----TTAAG-TCAAG-TTTTAGTatggtggggttgttgtagaaat
gi|48 : actg-A-G--AAA--GT-CAG---TTTTACTTCTTTG---GT-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT-----A-GA-ttaga
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT----------CAG-TT-TTAC-TTCGG-GAGGCAAGA----TG-----GAAAG-TCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-A-------------GACAT---G-TTTT---AG-TT-G-A-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GTTTG-CAGACGAGA----TG-----TGAAG-TCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G----------------AT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G----------------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GAGA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-A-------------GTTAT---T-TAGT---AA-TT-TTA-G--AGA--G--CAG---TTT-ACTT--GGG---GC-TG-GCAA---TAT-G--TTACATCA--AG---TTGAATTT-----A-G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATT--------TT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----TG-GGAA---G-G-------CAA-----------GGTA-T------GA-A-------------GTCAT---T-TAGC---AA-TT-T------AGA--G--CAG---TTT-ACTT--AAG---GC-TG-GCAA---GAT-G--TTAAGTTA--AG-T-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G----------------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT----TG-GGGA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-A-------------GACAT---G-TTTT---AG-TT-G-A-G--AGA---------------------------GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TTTTG-CAGACGAGA----TG-----TGAAG-TCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----T-T----AAG----G------A-----G----------------T----------------------G-----AT-C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T--AGAA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-G-------------GTCAT---G-TAGG---AA-TT-T------TGG--G--CAG---TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--gttta
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AAGAAATGCCTGATAAATAATGACTAGTATATGAATTAAGTGTGACTTTGATAATTTTTTCGGTTTAGTTCTGAAGGAGCGAGAGAAGAAAGTTAGTTTTTACTTTGGGGGACAAGAGGGAAAGGCGGGTTTTAG
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 111111111111111111111111111 11111111111111111111111 11111111111 111111111111 111111111111111 111 1111111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 5 2222 44444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 4444444444444444444444 1 555555555555555555555555555 222 77777777777777777777777 0 44444444444444444444444 444 11111111111 44 1 666666666666 333 5 11 111 88 1 2 1 0 22 1 222 1 2 444444444444444 3 777 1 1 22 333 3333 0000000 3 4
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... . .... ..... ............................................................... ..... ...................... . ........................... ... ....................... . ....................... ... ........... .. . ............ ... . .. ... .. . . . . .. . ... . . ............... . ... . . .. ... .... ....... . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 5 6666 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555 0000000000000000000000 2 000000000000000000000000000 111 55555555555555555555555 1 55555555555555555555555 222 77777777777 22 2 333333333333 888 0 44 888 22 0 1 3 9 66 0 777 0 0 111111111111111 5 555 8 8 88 222 9999 4444444 8 0
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-----GA-CAG-TT-T-AC-TT-TGG-NAGGCGA---GA----TG-----NNAAGNCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TNAAGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-----GA-CAG-TT-T-AC-TT-TGG-NAGGCGA---GA----TG-----TNAAGTCGGG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------A-----A--A-----AG--TCAGATAT----------------------A-CTT---------G-GG--------------GA---T-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T------GG--G-CAGTTTTTT-ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG-GACGG--TCATGTAG--AA-T-TTCAGT----------------CAG-TT-A-AC-AT-GGG-G----GA---AACTATTG-----TTAAGATTGG-TTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTAC----G-GG--------------GAAGAG-G-------CGT-----------GGTG-T------AA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AATTT-T-A-----A--G-CAG---TTA-ACTT--TGG---AG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTAAGaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A----------------A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----AAGG--------------GA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TTCT-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGACAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-T------GA-------------AGTTTT---GTT-T----TTTCAG-TT-T-AG--GGAAGA-CAG---TTT-ACTT--TTG---AG-AG-ACCAGCT-G--TGAAGTCAT-GT-T-TTTAGTTTAGGGAA-----GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C-CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCAGCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----T-GG--------------G----G-G-------C-A-----------GATA-TACTTTGGAAAGTAAGGTATATAGTCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G-CAG---TTT-ACTT--AGA---GA-AG-GCCAGGT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G--------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-AA--------------GA---G-G-------CGA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-A----G---AA-TT-T-A---AGT--G--AG---TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C-CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCAGCG-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT-----A-----GA-GAGTTT-T-AC-TT-TGG-AGGGCAA---GA----TG-----GAAAGACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGAG-T-GAATAAAGTCA--G------TA-TTC-----A---------AT-TT-T-AC-TT-TGG-CAGGCAA---GG----TG-----GAAAGACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--TGG----C-AG-GCAAGGT-G--GAAAGACG--GG-TTTTTAGTTT-----A-----CA-GAG-AT-T-AC-TT-TGG-AACGCGA---AG----GG-----TTAAttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGAG-T-GAATAAAGTCA--G------TA-TTC-----A---------AT-TT-T-AC-TT-TGG-CAGGCAA---GG----TG-----GAAAGACGGGTTTTTAGTaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--TGG----C-AG-GCAAGGT-G--GAAAGACG--GG-TTTTTAGTTT-----A-----CA-GAG-AT-A-AC-TT-TGG-AACGCGA---AG----GG-----TTAAttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----C------GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GAA-G----G---AA-TT-T-TG---GA----CAGT--TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCAGGT-G--GACGGTCA--TG---TAAAATTA-----A-----GA-C---TT-A-ACATG-GGG-AAGACGG---GT----TG-----TTCAGATGGG-TTTTAGaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G--------TT----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------AA---G----------GA-----------GGTA-T------AC-------------ATCCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G-CAG---TTA-ACAT--GGG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTCAGATG--GG-T-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG--------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AATTAT---ATA-G----T---AA-TT-A-AG--GGG--GGCAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGAAAT-G--TTCAGTCA--AG-T-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT----C----G-GT--------------GG---G-G---------------------GATG----------------------------------------------G-TT-A-AG--ACG--T-CAG---TTT-ACTT--TAG---GC-AG-GCGATAT-G--AAAGGTCG--AG-T-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTTTT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------GGA-----------GATG-A------AA-------------GGTCGG---TTT-T----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--GG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGAGAT-G--TTCAGTCA--AG---TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G--------GC----------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A-TTT----T----T-GG--------------AA---A-G-------CTA-----------GGTG--------GAC------------AGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG-------T-CAG---TTA-ACAT--TAG---GA-AG-ACTACCT-G--TTCAGATA--GG-T-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A-------------------------------------------A--C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-AA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG--AG-----------TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GG-T-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----A-GA--------------CA---G-G-------GGT-----------AATGAT------TA-------------AG--AT---GTG------------------AG--AGA-----------TT-ACTT--TGG---GC-AG-G-GAGAT-G--AAAGGTCG--AG-T-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----T----GCGG--------------GG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG-G------AA-------------AGACAG---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-T-----TTT-AC-T--TGG---GG-AG-GCGAGAA-G--GAAAG-AGACGG-T-TTCAGT--------------A-CGG-TT-T-AG-TTGTTG-TA---GA---AA----TG-----------CGGG-TT
gi|28 : att-------------AGTCATCAAGTA-G----C---GG-GG-T-AATAAGA--T-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAACAG-G--GAAAGTCG--GG-T-T------------A-----GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGA---CA----GG-----GAAAGTCGGG-TTTTAGTaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggtttt-------------AGTCATAAAGTA-G----C---AG-GG-T-AATAAGA--T-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAACAG-G--GAAAGTCG--GA-T-T------------A-----GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGA---CA----GG-----GAAAGTCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G--------TT---------------------------A--G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---GCA-------CGG-----------TATA-C------G---------------GTCAT---GTATG----A---AG-TT-T------GG--G-CAG---TTT-TATT--TAT---GA-AG-GCCAGGT-G--TACGGTCA--TG---TAAAATTA-----A-----GT-CAG-TT-A-AC-AT-GGGAAAGATGA---GT----TG-----TTCAGATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G--------CC----------A----------G-----AT-G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT----C----A-GG-------------------G-G-------CGA------------ATG----------------------------------------------G-TT-A-AGA-AGA--G--AG---TTT-ATTT--AGG---GC-TG-GCGAGAT-T--TTGAGTCA--AG---TTGAGTTT-----A-----atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------GT----------A------------------------------------T----------------------A-CTT---------A-GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------TGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-AG----------AG---TTT-ACTT--TGA---GA-AG-GCCAGGT-G--
gi|32 : atagaatataa-AG--AAA--GTCAG---TTTTACTT--TGG----T-AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT------------A-TAGTTT-T-AC-TT-TGG-TAGGTAA---GA----TG-----GAGAGTCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-AG--AAA--GTCAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCAATAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAGTTT-----A-----GG--AG-TT-GAAC-TT-TTG-CAGGCGA---GA----TG-----TTAAGTCAAG-TTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A--------TTT---------A----------G-----G--G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC----T----G-AA--------------GG---A-G-------CGA-----------G-----------GA-------------AG--------------------------------AAA--GTCAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TGAAGTCA--TG-T-TTTAGTTT-----A-----GG--AG-TT-GAAC-TT-TTG-CAGGCGA---GA----TG-----TTAAGTCAAG-TTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgatt-----A-----GATCAG-TT-TTAG-TT-TTG-GAGGCGA---GA----TG-----GAAGGACGCC-TTTTAGTtt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G--------CTC---------A----------G-----A--TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-GG---------------A---T-G-------CGT-----------GATG-T-----------------------TTAT---ACA-GGTTTT---AG-TT-T-AG--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G--------TT----------A----------G-----ATTA-----GG--TT-----T----------------------A---------------GG--------------CA---G-G-------CGA-----------CATG-T------AA-------------AGTCAG---GT--------------TT-T------------TAG---CTT-A-----TAG------AG-GCAAGAT-G--GAAAGTCG--CG-T-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A-------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----G-TA--------------GA---G-G--------GA-----------AATG-
gi|39 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttct-TT-T-AC-TT-TGG-GGGACAA---GA----GG-----GAAAGGCGGG-TTTTAGattaa
gi|4 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcggtttagttctgaaggagcgagagaagaaagttagttGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C----------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-G-------CCG-----------GCGG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-A-GG--GGA--A-CAG---TTT-ACTT--TCG---AG-AGTGCT-GAT-G--TGAAGTCA--TG-T-AGTAATTT-----AG----GG-CAG-TT-T-AC-TT-GAG-CTGGTGA---GA----TGTTTAATCAAGTTGAG-TTT
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-----GT-TAG-TT-TTAC-TA-TGG-CAGGCAA---CA----TA-----AAAAGTTGAG-TTTTAGTa
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-----------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T--TT-----T----------------------A-CTT----C-------G--------------GA---T-G-------CGA-----------GATG-T------TA-------------AGt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G--------------------G----------A-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------TG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TA-GCGAGAT-G--TTAAATCA--AG-T-Tac
gi|44 : aggcag-AA--AAA--G-CAGT--TTT-ACTT--T-G---GC-AG-GAAAGCT-G--GAAAGACG--AGTT-TTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaa-----AG--TT-----G----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-C------GG-------------GGTCAT---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGACGA-CAG---TTG-ACTT--TGG---GTAAG-ACAAGAT-G--TTAAGACG--GG-T-TTTAGT
gi|46 : -AG--AAA--GTCAG---TTT-ACTT--CGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TGAAGTCA--TA-T-TTTAGTTT-----A-----Gatggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaAGCT-G--TGGGGTCA--TG-T-TTTAGTTT-----AGTGAGGA-CAG-TT-A-AC-TT-TGG-GGGGAGACATGA----TG-----TTAAGACAGG-TTTTAGTcga
gi|48 : acc-AG--AAA--GTCAG---TTTTACTTCTTTG---GT-AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AG-T-TTTAGTTT-----A-----GA-atggtggggttgttgtagaaat
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT--------------CAG-TT-TTAC-TT-CGG-GAGGCAA---GA----TG-----GAAAGTCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--CGG---GC-AG-GCGAGAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-----GACCAG-TTGG-AC-GT-TTG-CAGACGA---GA----TG-----TGAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---TTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--GGG---GC-TG-GCAATAT-G--TTACATCA--AG---TTGAATTT-----A-----G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATTTT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------AA---G-G-------CAA-----------GGTA-T------GA-------------AGTCAT---TTA-G----C---AA-TT-T-----AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AAG---GC-TG-GCAAGAT-G--TTAAGTTA--AG-T-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--------------------------GC-AG-GCGAGAT-G--AAAGGTCG--GG-T-TTTAGTTT-----A-----GATCTG-TTGG-AC-TT-TTG-CAGACGA---GA----TG-----TGAAGTCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G--------T----------------------G-----A--TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-----TGG--G-CAG---TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCAGGT-G--gttta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 111111111111111111111111111 11111111111111111111111 11111111111 111111111111 111111111111111 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 5 2222 44444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 4444444444444444444444 1 555555555555555555555555555 222 77777777777777777777777 0 44444444444444444444444 444 11111111111 44 1 777777777777 222 5 11 111 88 1 2 1 1 22 1 222 2 333333333333333 3 888 1 1 22 333 4444 9999999 1 5
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... . .... ..... ............................................................... ..... ...................... . ........................... ... ....................... . ....................... ... ........... .. . ............ ... . .. ... .. . . . . .. . ... . ............... . ... . . .. ... .... ....... . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 5 6666 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555 0000000000000000000000 2 000000000000000000000000000 111 55555555555555555555555 1 55555555555555555555555 222 77777777777 22 2 444444444444 888 1 44 888 77 0 0 0 0 66 0 666 0 333333333333333 3 111 7 7 77 000 0000 3333333 7 7
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-----GA-CAG-TT-T-AC-TT-TGG-NAGGCGA---GA----TG-----GAAAGNCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-----GA-CAG-TT-T-AC-TT-TGG-NAGGCGA---GA----TG-----NNAAGNCGGG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------A-----A--A-----AG--TCAGATAT----------------------A-CTT---------G-GG--------------GA---T-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T------GG--G-CAGTTTTTT-ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG-GACGG--TCATGTAG--AAT-TTCAGT----------------CAG-TT-A-AC-AT-GGG-G----GA---AACTATTG-----TTAAGATTGG-TTTTA
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTAC----G-GG--------------GAAGAG-G-------CGT-----------GGTG-T------AA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AATTT-T-A-----A--G-CAG---TTA-ACTT--TGG---AG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GGT-TTAAGaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A----------------A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----AAGG--------------GA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TTCT-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGACAT-G--TTAAATCA--AGT-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-T------GA-------------AGTTTT---GTT-T----TTTCAG-TT-T-AG--GGAAGA-CAG---TTT-ACTT--TTG---AG-AG-ACCAGCT-G--TGAAGTCAT-GTT-TTTAGTTTAGGGAA-----GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C-CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCAGCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----T-GG--------------G----G-G-------C-A-----------GATA-TACTTTGGAAAGTAAGGTATATAGTCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G-CAG---TTT-ACTT--AGA---GA-AG-GCCAGGT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G--------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-AA--------------GA---G-G-------CGA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-A----G---AA-TT-T-A---AGT--G--AG---TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C-CAG---TTA-ACAT--TAG---GG-AG-ACCAGCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-----GA-GAGTTT-T-AC-TT-TGG-AGGGCAA---GA----TG-----GAAAGACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGAG-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A---------AT-TT-T-AC-TT-TGG-CAGGCAA---GG----TG-----GAAAGACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--TGG----C-AG-GCAAGGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-----CA-GAG-AT-T-AC-TT-TGG-AACGCGA---ttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGAG-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A---------AT-TT-T-AC-TT-TGG-CAGGCAA---GG----TG-----GAAAGACGGGTTTTTAGTagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT-ACTT--TGG----C-AG-GCAAGGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-----CA-GAG-AT-A-AC-TT-TGG-AACGCGA---ttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----C------GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GAA-G----G---AA-TT-T-TG---GA----CAGT--TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCAGGT-G--GACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-----GA-C---TT-A-ACATG-GGG-AAGACGG---GT----TG-----TTCAGATGGG-TTTTAGagggttaaaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G--------TT----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------AA---G----------GA-----------GGTA-T------AC-------------ATCCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G-CAG---TTA-ACAT--GGG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG--------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AATTAT---ATA-G----T---AA-TT-A-AG--GGG--GGCAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGAAAT-G--TTCAGTCA--AGT-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT----C----G-GT--------------GG---G-G---------------------GATG----------------------------------------------G-TT-A-AG--ACG--T-CAG---TTT-ACTT--TAG---GC-AG-GCGATAT-G--AAAGGTCG--AGT-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTTTT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------GGA-----------GATG-A------AA-------------GGTCGG---TTT-T----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--GG---TTT-ACTT--AGG---GC-TG-GCGAGAT-G--TTCAGTCA--AG--TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G--------GC----------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A-TTT----T----T-GG--------------AA---A-G-------CTA-----------GGTG--------GAC------------AGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG-------T-CAG---TTA-ACAT--TAG---GA-AG-ACTACCT-G--TTCAGATA--GGT-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A-------------------------------------------A--C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-AA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG--AG-----------TTA-ACAT--AAG---GG-AG-ACCAGCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----A-GA--------------CA---G-G-------GGT-----------AATGAT------TA-------------AG--AT---GTG------------------AG--AGA-----------TT-ACTT--TGG---GC-AG-G-GAGAT-G--AAAGGTCG--AGT-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----T----GCGG--------------GG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG-G------AA-------------AGACAG---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGA--G-T-----TTT-AC-T--TGG---GG-AG-GCGAGAA-G--GAAAG-AGACGGT-TTCAGT--------------A-CGG-TT-T-AG-TTGTTG-TA---GA---AA----TG-----------CGGG-TT
gi|28 : att-------------AGTCATCAAGTA-G----C---GG-GG-T-AATAAGA--T-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAACAG-G--GAAAGTCG--GGT-T------------A-----GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGA---CA----GG-----GAAAGTCGGG-TTTTAGTaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggtttt-------------AGTCATAAAGTA-G----C---AG-GG-T-AATAAGA--T-CAG---TTTTACTT--TGG---G--AT-GCAACAG-G--GAAAGTCG--GAT-T------------A-----GA-GAG-TT-TCAC-TT-CGG-GATGCGA---CA----GG-----GAAAGTCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G--------TT---------------------------A--G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---GCA-------CGG-----------TATA-C------G---------------GTCAT---GTATG----A---AG-TT-T------GG--G-CAG---TTT-TATT--TAT---GA-AG-GCCAGGT-G--TACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-----GT-CAG-TT-A-AC-AT-GGGAAAGATGA---GT----TG-----TTCAGATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G--------CC----------A----------G-----AT-G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT----C----A-GG-------------------G-G-------CGA------------ATG----------------------------------------------G-TT-A-AGA-AGA--G--AG---TTT-ATTT--AGG---GC-TG-GCGAGAT-T--TTGAGTCA--AG--TTGAGTTT-----A-----atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------GT----------A------------------------------------T----------------------A-CTT---------A-GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------TGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-AG----------AG---TTT-ACTT--TGA---GA-AG-GCCAGGT-G--
gi|32 : atagaatataa-AG--AAA--GTCAG---TTTTACTT--TGG----T-AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT------------A-TAGTTT-T-AC-TT-TGG-TAGGTAA---GA----TG-----GAGAGTCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-AG--AAA--GTCAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCAATAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-----GG--AG-TT-GAAC-TT-TTG-CAGGCGA---GA----TG-----TTAAGTCAAG-TTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A--------TTT---------A----------G-----G--G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC----T----G-AA--------------GG---A-G-------CGA-----------G-----------GA-------------AG--------------------------------AAA--GTCAG---ATT-ACTT--TGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-----GG--AG-TT-GAAC-TT-TTG-CAGGCGA---GA----TG-----TTAAGTCAAG-TTTTAGTtta
gi|35 : aagtatacctgataaataatgatt-----A-----GATCAG-TT-TTAG-TT-TTG-GAGGCGA---GA----TG-----GAAGGACGCC-TTTTAGTtt
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G--------CTC---------A----------G-----A--TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-GG---------------A---T-G-------CGT-----------GATG-T-----------------------TTAT---ACA-GGTTTT---AG-TT-T-AG--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G--------TT----------A----------G-----ATTA-----GG--TT-----T----------------------A---------------GG--------------CA---G-G-------CGA-----------CATG-T------AA-------------AGTCAG---GT--------------TT-T------------TAG---CTT-A-----TAG------AG-GCAAGAT-G--GAAAGTCG--CGT-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A-------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----G-TA--------------GA---G-G--------GA-----------AATG-
gi|39 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttct-TT-T-AC-TT-TGG-GGGACAA---GA----GG-----GAAAGGCGGG-TTTTAGattaa
gi|4 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcggtttagttctgaaggagcgagagaagaaagttagttGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C----------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-G-------CCG-----------GCGG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-A-GG--GGA--A-CAG---TTT-ACTT--TCG---AG-AGTGCT-GAT-G--TGAAGTCA--TGT-AGTAATTT-----AG----GG-CAG-TT-T-AC-TT-GAG-CTGGTGA---GA----TGTTTAATCAAGTTGAG-TTT
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-----GT-TAG-TT-TTAC-TA-TGG-CAGGCAA---CA----TA-----AAAAGTTGAG-TTTTAGTa
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-----------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T--TT-----T----------------------A-CTT----C-------G--------------GA---T-G-------CGA-----------GATG-T------TA-------------AGt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G--------------------G----------A-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------TG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AGG---GC-TA-GCGAGAT-G--TTAAATCA--AGT-Tac
gi|44 : aggcag-CAG-TT-TTAC-TT-TGG-CAGGAAA---GC----TG-----GAAAGACGAGTTTTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaaaaaaag-----AG--TT-----G----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-C------GG-------------GGTCAT---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGACGA-CAG---TTG-ACTT--TGG---GTAAG-ACAAGAT-G--TTAAGACG--GGT-TTTAGT
gi|46 : -AG--AAA--GTCAG---TTT-ACTT--CGG---GC-AG-GCGAGAT-G--TGAAGTCA--TAT-TTTAGTTT-----A-----Gatggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaAGCT-G--TGGGGTCA--TGT-TTTAGTTT-----AGTGAGGA-CAG-TT-A-AC-TT-TGG-GGGGAGACATGA----TG-----TTAAGACAGG-TTTTAGTcga
gi|48 : acc-AG--AAA--GTCAG---TTTTACTTCTTTG---GT-AG-GCGAGAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-----GA-atggtggggttgttgtagaaat
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT--------------CAG-TT-TTAC-TT-CGG-GAGGCAA---GA----TG-----GAAAGTCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--CGG---GC-AG-GCGAGAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-----GACCAG-TTGG-AC-GT-TTG-CAGACGA---GA----TG-----TGAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---TTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G-CAG---TTT-ACTT--GGG---GC-TG-GCAATAT-G--TTACATCA--AG--TTGAATTT-----A-----G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATTTT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------AA---G-G-------CAA-----------GGTA-T------GA-------------AGTCAT---TTA-G----C---AA-TT-T-----AGA--G-CAG---TTT-ACTT--AAG---GC-TG-GCAAGAT-G--TTAAGTTA--AGT-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--------------------------GC-AG-GCGAGAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-----GATCTG-TTGG-AC-TT-TTG-CAGACGA---GA----TG-----TGAAGTCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G--------T----------------------G-----A--TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-----TGG--G-CAG---TTT-ATTT--TGG---A--AG-GCCAGGT-G--gttta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 111111111111111111111111111 111111111111111111111 11111111111 1111111111111 11111111111 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 5 2222 44444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666 3333333333333333333333 1 333333333333333333333333333 222 55555555555555555555555 0 1 222222222222222222222 444 22222222222 3 1 6666666666666 222 66 11 111 99 0 1 111 0 0 22 1 22 2 11111111111 3 888 1 22 1 6
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... . .... ..... ............................................................... ..... ...................... . ........................... ... ....................... . . ..................... ... ........... . . ............. ... .. .. ... .. . . ... . . .. . .. . ........... . ... . .. . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 5 5555 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 6666666666666666666666 1 999999999999999999999999999 111 88888888888888888888888 3 1 999999999999999999999 000 44444444444 4 1 9999999999999 777 22 33 777 00 9 5 666 2 9 66 0 33 0 44444444444 5 111 8 99 0 7
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------A-----A--A-----AG--TCAGATAT----------------------A-CTT---------G-GG--------------GA---T-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T------GG--G--CAGTTTTTT--ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG----GACGG--TCATGTAG--AAT-TTCAGT------------CAG-TT-A-AC-
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTAC----G-GG--------------GAAGAG-G-------CGT-----------GGTG-T------AA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AATTT-T-A-----A--G--CAG---TTA--ACTT--TGG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTAAGatgggggaaactattgttaagattggttttaaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A----------------A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----AAGG--------------GA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TTCT-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---CAT-G--TTAAATCA--AGT-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-T------GA-------------AGTTTT---GTT-T----TTTCAG-TT-T-AG--GGAAGA--CAG---TTT--ACTT--TTG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TGAAGTCAT-GTT-TTTAGTTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----T-GG--------------G----G-G-------C-A-----------GATA-TACTTTGGAAAGTAAGGTATATAGTCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTT--ACTT--AGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G--------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-AA--------------GA---G-G-------CGA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-A----G---AA-TT-T-A---AGT--G---AG---TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-GAGTTT-T-AC-TTTGG-AGGGCAAGATGGAAAGACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----C------GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GAA-G----G---AA-TT-T-TG---GA-----CAGT--TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--GACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GA-C---TT-A-ACATGGGG-AAGACGGGTTGTTCAGATGGG-TTTTAGagggttaaaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G--------TT----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------AA---G----------GA-----------GGTA-T------AC-------------ATCCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTA--ACAT--GGG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG--------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AATTAT---ATA-G----T---AA-TT-A-AG--GGG--GG-CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---AAT-G--TTCAGTCA--AGT-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT----C----G-GT--------------GG---G-G---------------------GATG----------------------------------------------G-TT-A-AG--ACG--T--CAG---TTT--ACTT--TAG---GC-AG-GCGA---TAT-G--AAAGGTCG--AGT-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTTTT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------GGA-----------GATG-A------AA-------------GGTCGG---TTT-T----T---AG-TT-T-AG--AGA--G---GG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-G--TTCAGTCA--AG--TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G--------GC----------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A-TTT----T----T-GG--------------AA---A-G-------CTA-----------GGTG--------GAC------------AGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG-------T--CAG---TTA--ACAT--TAG---GA-AG-ACTA---CCT-G--TTCAGATA--GGT-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A-------------------------------------------A--C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-AA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG--AG------------TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----A-GA--------------CA---G-G-------GGT-----------AATGAT------TA-------------AG--AT---GTG------------------AG--AGA------------TT--ACTT--TGG---GC-AG-G-GA---GAT-G--AAAGGTCG--AGT-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----T----GCGG--------------GG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG-G------AA-------------AGACAG---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--T-----TTT--AC-T--TGG---GG-AG-GCGA---GAA-G--GAAAG-AGACGGT-TTCAGT----------A-CGG-TT-T-AG-TT--G-TTG------TAGAAATGCGGG-TT
gi|28 : att-------------AGTCATCAAGTA-G----C---GG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GGT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggtttt-------------AGTCATAAAGTA-G----C---AG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GAT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G--------TT---------------------------A--G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---GCA-------CGG-----------TATA-C------G---------------GTCAT---GTATG----A---AG-TT-T------GG--G--CAG---TTT--TATT--TAT---GA-AG-GCCA---GGT-G--TACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-ATGGGAAAGATGAGTTGTTCAGATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G--------CC----------A----------G-----AT-G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT----C----A-GG-------------------G-G-------CGA------------ATG----------------------------------------------G-TT-A-AGA-AGA--G---AG---TTT--ATTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-T--TTGAGTCA--AG--TTGAGTTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------GT----------A------------------------------------T----------------------A-CTT---------A-GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------TGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-AG-----------AG---TTT--ACTT--TGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--
gi|32 : atagaatataa-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTT--TGG----T-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT--------A-TAGTTT-T-AC-TTTGG-TAGGTAAGATGGAGAGTCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-AG--AAA--GT-CAG---ATT--ACTT--TGG---GC-AG-GCAA---TAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TT-GAAC-TTTTG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A--------TTT---------A----------G-----G--G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC----T----G-AA--------------GG---A-G-------CGA-----------G-----------GA-------------AG--------------------------------AAA--GT-CAG---ATT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TT-GAAC-TTTTG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTtta
gi|34 : aagtatacctgataaataatgattA----AGA----A------A-----G--------TC----------A----------G-----A-------------T-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------CA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG---GA--G---------TTGAACTT--T-T---GC-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----tt
gi|35 : aagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaatttagggggtttagctctgaaggagcgagg-----A-GATCAG-TT-TTAG-TTTTG-GAGGCGAGATGGAAGGACGCC-TTTTAGT
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G--------CTC---------A----------G-----A--TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-GG---------------A---T-G-------CGT-----------GATG-T-----------------------TTAT---ACA-GGTTTT---AG-TT-T-AG--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G--------TT----------A----------G-----ATTA-----GG--TT-----T----------------------A---------------GG--------------CA---G-G-------CGA-----------CATG-T------AA-------------AGTCAG---GT--------------TT-T-------------TAG---CTT--A-----TAG------AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--CGT-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A-------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----G-TA--------------GA---G-G--------GA-----------AATG-
gi|39 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttct-TT-T-AC-TTTGG-GGGACAAGAGGGAAAGGCGGG-TTTTAGattaa
gi|4 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcggtttagttctgaaggagcgagagaagaaagttagttGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C----------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-G-------CCG-----------GCGG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-A-GG--GGA--A--CAG---TTT--ACTT--TCG---AG-AGTGCT----GAT-G--TGAAGTCA--TGT-AGTAATTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TTGAG-CTGGTGAGATG
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TATGG-CAGGCAACATAAAAAGTTGAG-TTTTAGTtttaatcaagttgagttta
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-----------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T--TT-----T----------------------A-CTT----C-------G--------------GA---T-G-------CGA-----------GATG-T------TA-------------AGt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G--------------------G----------A-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------TG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TA-GCGA---GAT-G--TTAAATCA--AGT-Tac
gi|44 : aggcag-CAG-TT-TTAC-TTTGG-CAGGAAAGCTGGAAAGACGAGTTTTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaaaaaaag-----AG--TT-----G----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-C------GG-------------GGTCAT---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGACGA--CAG---TTG--ACTT--TGG---GTAAG-ACAA---GAT-G--TTAAGACG--GGT-TTTAGT
gi|46 : -AG--AAA--GT-CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TAT-TTTAGTTT-----A-Gatggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaA-----------GCTG-T------GG-------------GGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG--TGA--GGACAG---TTA--ACTT--TGG---G--GG-GAGACATGAT-G--TTAAGACA--GGT-TTTAGTcga
gi|48 : acc-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTTCTTTG---GT-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-atggtggggttgttgtagaaat
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT----------CAG-TT-TTAC-TTCGG-GAGGCAAGATGGAAAGTCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---TTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--GGG---GC-TG-GCAA---TAT-G--TTACATCA--AG--TTGAATTT-----A-G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATTTT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------AA---G-G-------CAA-----------GGTA-T------GA-------------AGTCAT---TTA-G----C---AA-TT-T-----AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AAG---GC-TG-GCAA---GAT-G--TTAAGTTA--AGT-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA----------------------------GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G--------T----------------------G-----A--TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-----TGG--G--CAG---TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--gttta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 111111111111111111111111111 111111111111111111111 11111111111 1111111111111 11111111111 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 0 6666 33 1 2 1 33333 5 2222 44444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666 3333333333333333333333 1 333333333333333333333333333 222 55555555555555555555555 0 1 222222222222222222222 444 22222222222 3 1 6666666666666 222 66 11 111 99 0 1 111 0 0 22 1 22 2 11111111111 3 888 1 22 1 6
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. . .... .. . . . ..... . .... ..... ............................................................... ..... ...................... . ........................... ... ....................... . . ..................... ... ........... . . ............. ... .. .. ... .. . . ... . . .. . .. . ........... . ... . .. . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 00 6 2222 77 2 4 2 00000 5 5555 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33333 6666666666666666666666 1 999999999999999999999999999 111 88888888888888888888888 3 1 999999999999999999999 000 44444444444 4 1 9999999999999 777 22 33 777 00 9 5 666 2 9 66 0 33 0 44444444444 5 111 8 99 0 7
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------A-----A--A-----AG--TCAGATAT----------------------A-CTT---------G-GG--------------GA---T-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T------GG--G--CAGTTTTTT--ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG----GACGG--TCATGTAG--AAT-TTCAGT------------CAG-TT-A-AC-
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTTTTTAC----G-GG--------------GAAGAG-G-------CGT-----------GGTG-T------AA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AATTT-T-A-----A--G--CAG---TTA--ACTT--TGG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTAAGatgggggaaactattgttaagattggttttaaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattctGTAATT---T--GTGTTA--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A----------------A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----AAGG--------------GA---G-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TTCT-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---CAT-G--TTAAATCA--AGT-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-T------GA-------------AGTTTT---GTT-T----TTTCAG-TT-T-AG--GGAAGA--CAG---TTT--ACTT--TTG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TGAAGTCAT-GTT-TTTAGTTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----T-GG--------------G----G-G-------C-A-----------GATA-TACTTTGGAAAGTAAGGTATATAGTCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTT--ACTT--AGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G--------TTTTTACTTCTGG----------G-----A--GTTG--AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-AA--------------GA---G-G-------CGA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-A----G---AA-TT-T-A---AGT--G---AG---TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----CTTTGG-GGCAGTTTACTGGAGAGA---G-G-------CCA-----------GGTG-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-GAGTTT-T-AC-TTTGG-AGGGCAAGATGGAAAGACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G--------TT----------A----------G-----T--C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----C------GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GAA-G----G---AA-TT-T-TG---GA-----CAGT--TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--GACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GA-C---TT-A-ACATGGGG-AAGACGGGTTGTTCAGATGGG-TTTTAGagggttaaaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G--------TT----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------AA---G----------GA-----------GGTA-T------AC-------------ATCCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTA--ACAT--GGG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG--------TTTTTACTTC--A----------G-----G--GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AATTAT---ATA-G----T---AA-TT-A-AG--GGG--GG-CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---AAT-G--TTCAGTCA--AGT-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT----C----G-GT--------------GG---G-G---------------------GATG----------------------------------------------G-TT-A-AG--ACG--T--CAG---TTT--ACTT--TAG---GC-AG-GCGA---TAT-G--AAAGGTCG--AGT-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTTTT----------ACTTCAGGGG-G-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------GGA-----------GATG-A------AA-------------GGTCGG---TTT-T----T---AG-TT-T-AG--AGA--G---GG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-G--TTCAGTCA--AG--TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G--------GC----------A----------G---------------T--TT-----T----------------------A-TTT----T----T-GG--------------AA---A-G-------CTA-----------GGTG--------GAC------------AGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG-------T--CAG---TTA--ACAT--TAG---GA-AG-ACTA---CCT-G--TTCAGATA--GGT-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A-------------------------------------------A--C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-AA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG--AG------------TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT-G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----A-GA--------------CA---G-G-------GGT-----------AATGAT------TA-------------AG--AT---GTG------------------AG--AGA------------TT--ACTT--TGG---GC-AG-G-GA---GAT-G--AAAGGTCG--AGT-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G--------AT------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT----T----GCGG--------------GG---G-GTGGGGTTCGA-----------GATG-G------AA-------------AGACAG---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--T-----TTT--AC-T--TGG---GG-AG-GCGA---GAA-G--GAAAG-AGACGGT-TTCAGT----------A-CGG-TT-T-AG-TT--G-TTG------TAGAAATGCGGG-TT
gi|28 : att-------------AGTCATCAAGTA-G----C---GG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GGT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggtttt-------------AGTCATAAAGTA-G----C---AG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GAT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G--------TT---------------------------A--G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---GCA-------CGG-----------TATA-C------G---------------GTCAT---GTATG----A---AG-TT-T------GG--G--CAG---TTT--TATT--TAT---GA-AG-GCCA---GGT-G--TACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-ATGGGAAAGATGAGTTGTTCAGATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G--------CC----------A----------G-----AT-G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT----C----A-GG-------------------G-G-------CGA------------ATG----------------------------------------------G-TT-A-AGA-AGA--G---AG---TTT--ATTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-T--TTGAGTCA--AG--TTGAGTTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------GT----------A------------------------------------T----------------------A-CTT---------A-GG--------------AA---A-G-------CAA-----------GGTA-T------AC-------------TGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-AG-----------AG---TTT--ACTT--TGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--
gi|32 : atagaatataa-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTT--TGG----T-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT--------A-TAGTTT-T-AC-TTTGG-TAGGTAAGATGGAGAGTCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggagga-AG--AAA--GT-CAG---ATT--ACTT--TGG---GC-AG-GCAA---TAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TT-GAAC-TTTTG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagga-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A--------TTT---------A----------G-----G--G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC----T----G-AA--------------GG---A-G-------CGA-----------G-----------GA-------------AG--------------------------------AAA--GT-CAG---ATT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TT-GAAC-TTTTG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGTtta
gi|34 : aagtatacctgataaataatgattA----AGA----A------A-----G--------TC----------A----------G-----A-------------T-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------CA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG---GA--G---------TTGAACTT--T-T---GC-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----tt
gi|35 : aagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaatttagggggtttagctctgaaggagcgagg-----A-GATCAG-TT-TTAG-TTTTG-GAGGCGAGATGGAAGGACGCC-TTTTAGT
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G--------CTC---------A----------G-----A--TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT----T----G-GG---------------A---T-G-------CGT-----------GATG-T-----------------------TTAT---ACA-GGTTTT---AG-TT-T-AG--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G--------TT----------A----------G-----ATTA-----GG--TT-----T----------------------A---------------GG--------------CA---G-G-------CGA-----------CATG-T------AA-------------AGTCAG---GT--------------TT-T-------------TAG---CTT--A-----TAG------AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--CGT-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A-------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT----C----G-TA--------------GA---G-G--------GA-----------AATG-
gi|39 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttct-TT-T-AC-TTTGG-GGGACAAGAGGGAAAGGCGGG-TTTTAGattaa
gi|4 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcggtttagttctgaaggagcgagagaagaaagttagttGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C----------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---G-G-------CCG-----------GCGG-T------GA-------------AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-A-GG--GGA--A--CAG---TTT--ACTT--TCG---AG-AGTGCT----GAT-G--TGAAGTCA--TGT-AGTAATTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TTGAG-CTGGTGAGATG
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TATGG-CAGGCAACATAAAAAGTTGAG-TTTTAGTtttaatcaagttgagttta
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-----------------------------------TT----------A----------GCTC--A--G------T--TT-----T----------------------A-CTT----C-------G--------------GA---T-G-------CGA-----------GATG-T------TA-------------AGt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G--------------------G----------A-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------TG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---GTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TA-GCGA---GAT-G--TTAAATCA--AGT-Tac
gi|44 : aggcag-CAG-TT-TTAC-TTTGG-CAGGAAAGCTGGAAAGACGAGTTTTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaaaaaaag-----AG--TT-----G----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-A-------CCA-----------GCTG-C------GG-------------GGTCAT---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGACGA--CAG---TTG--ACTT--TGG---GTAAG-ACAA---GAT-G--TTAAGACG--GGT-TTTAGT
gi|46 : -AG--AAA--GT-CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TAT-TTTAGTTT-----A-Gatggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaA-----------GCTG-T------GG-------------GGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG--TGA--GGACAG---TTA--ACTT--TGG---G--GG-GAGACATGAT-G--TTAAGACA--GGT-TTTAGTcga
gi|48 : acc-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTTCTTTG---GT-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-atggtggggttgttgtagaaat
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT----------CAG-TT-TTAC-TTCGG-GAGGCAAGATGGAAAGTCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT---------------------G-----A--G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT----C----
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GA--------------GA---GTG-------CG------------GATG-T------GA-------------AGTTAT---TTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--GGG---GC-TG-GCAA---TAT-G--TTACATCA--AG--TTGAATTT-----A-G
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATTTT----------ACTTCAAGTGGG-----A--C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----T----G-GG--------------AA---G-G-------CAA-----------GGTA-T------GA-------------AGTCAT---TTA-G----C---AA-TT-T-----AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AAG---GC-TG-GCAA---GAT-G--TTAAGTTA--AGT-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT----T----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA----------------------------GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G--------T----------------------G-----A--TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT----T----A-GA--------------AA---G---------CAA-----------GGTA-T------AC-------------GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-----TGG--G--CAG---TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--gttta
blockSeqs : TA ACATGTATAT GGT CAT CG G G GGTT TT G A A GTTTT A CTTC GAGAC CAGATAAGTTTTTACTTCAAGGGGGAAGAG A CTACTTCTTGGGGGGGGGGGGG G CTTTGGGGCAGTTTACTGGAGA AGA GGAAGTTTTCTTTG A ACTTTGGAAAGTAAGGTATAT CAA AGGTTTT T C AGGGAAGA T GA CT . TA C CAT AA T AC T AGGGAAGAC T TC A AA A T
blockSeqs : . . . . . T T AA TG . A . . A . A AAATGAGTTTTTACTTCAGGGGGAACAG A G . CTTTGGGGCAGTTTACTGGAGA . GTGGGGTTCGA . GAC AAA TTTTTC T . AATAAGAT . T . . G G . AA T T T AGATC T TC . C A T
blockSeqs : . . . . . T C AA . . . . . A . G AGATGAGATTTTACTTCAAGTGGGACAG A T . TTTACGGG . CACGG . AA . ATGA T . AATAAGAT . T . . C C . . G . . AGGGC . GA . A A T
blockSeqs : . . . . . T C AA . . . . . A . G AGATGAGTTTTTACTTCAGGGGGACAG . T . CAAGG . GCGT . GA . AGT . . AGAGACGA . T . . G C . . T . . AGACC . GA . C G .
blockSeqs : . . . . . T C AA . . . . . A . A AGTTTTTACTTCTGGGAGTTGAG . . . TGCGG . ACCA . GA . AGT . . AGTGAGGA . T . . G C . . T . . AGATC . TT . A T .
blockSeqs : . . . . . A T AA . . . . . A . A AGCCAGATGAGTT . . . TGGA . GCCA . AC . AGT . . AGGGGGG . T . . A C . . T . . AGAG . TT . A T .
blockSeqs : . . . . . A T AG . . . . . T . A GGTTAGATTAGG . . . CTGG . GCGA . AC . AGG . . AGAAGAG . . . . G C . . T . . ACAG . TT . T A .
blockSeqs : . . . . . A T AA . . . . . A . A AATTTAGGGGG . . . TGAA . GCCA . AC . AAG . . AGAAAGT . . . . G G . . T . . ACAG . TT . G T .
blockSeqs : . . . . . A T T . . . . . A . A GCTCAGATCAG . . . TGGA . GCAA . AC . AGT . . AGAAAGT . . . . C G . . A . . AGAC . GG . G T .
blockSeqs : . . A T C . . . . . G . A CAGATAAGTT . . . TGGA . TGCG . AC . AGG . . TAGAGAG . . . . C A . . A . . AGAG . GG . T T .
blockSeqs : C . . . . . T . G AGTTAGTCAG . . . CGGT . AGGA . GA . AGG . . AGAAAGT . . . . G G . . A . . AGAG . T . C A .
blockSeqs : C . . . . . A . A AGTTAGTCAG . . . TGGG . GCTA . AA . AGT . . AGAAAGT . . . . C A . . A . . AGTC . T . C G .
blockSeqs : C . . . . . A . G TTAGCTCAGT . . . TTGG . GGGT . AC . TTT . . TAGAGAG . . . . C C . . A . . AGTT . T . G T .
blockSeqs : . . . . . A . G AGTTAGAGAG . . . TGAA . GCGA . TA . TCT . . AGAGAG . . . . C C . . T . . AGG . T . G A .
blockSeqs : . . . . . G . A AGTTAGAGAG . . . CAGA . GCAA . AA . AGC . . AGACGT . . . . A G . . T . . AGG . A . C T .
blockSeqs : . . . . . A . A AACTGAGTT . . . TAGA . GCGA . AC . AGC . . AGAGAG . . . . G G . . A . . AC . A . C T .
blockSeqs : . . . . . T . A AACTGAGTT . . . CAGG . GCGA . GA . AGG . . AGAGAG . . . . C G . . T . . AT . T . C T .
blockSeqs : . . . . . A . A CAGATGAGT . . . TGAA . GCGT . GA . TTT . . GGGGAA . . . . G T . . T . . A . A . G
blockSeqs : . . . . . A . A CAGATAAGT . . . TGGG . GCGA . AA . TTT . . AGAGAG . . . . A C . . T . . A . T . C
blockSeqs : . . . . . T . G AGATGAGTT . . . TGGG . GCCG . GA . AGT . . AAGTG . . . . C G . . A . . C . T . C
blockSeqs : . . . . . A . G AGTGATCAG . . . CGTA . GCGA . TA . TCT . . AGAGA . . . . A G . . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . A . G AGATGAGT . . . TGGA . TGTG . GA . TTT . . AAAGT . . . . T A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . A CAGATGAG . . . TGGA . ACCA . GG . TTT . . AGGAG . . . . C A . . A . .
blockSeqs : . . . . . A . A AGATGAGT . . . TGGG . GCGA . GG . AGT . . AGAGA . . . . C C . . A . .
blockSeqs : . . . . . A . G AGTTAGAG . . . TGGG . TGCG . GA . AGC . . AAAC . . . . C G . . T . .
blockSeqs : . . . . . T . G GGGAAGAG . . . TGGA . GCAA . GA . TTT . . AAAC . . . . G C . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . A AGATGAG . . . TGGG . GCGA . GA . AGG . . TGGA . . . . C G . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGGCAGT . . . TGGG . GCA . GA . AG . . AGAG . . . . C A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGTCAGA . . . TAGA . CAA . AC . AG . . AGAG . . . . T G . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . TCAGTT . . . CGG . GGA . G . G . . TGGG . . . . C G . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . AACAG . . . AGG . CAA . . . . . . AAG . . . . C A . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . AGGTA . . . GG . GA . . . . . . AGG . . . . C T . . T . .
blockSeqs : . . CAG . . . CG . G . . . . . . AGG . . . . C G . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGT . . . . . A . . G . .
blockSeqs : GGG . . . . . G . . T . .
blockSeqs : AG . . . . . G . . T . .
blockSeqs : . . . . . . G . . A . .
blockSeqs : . . . . . G . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . A . .
blockSeqs : G . .
blockSeqs : C . .
blockSeqCons : AA** ***** TGGG*********************** AGAGAG******* *** *** C* AGAC*******
originalCons : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT----C----G-GG--------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
finalCons : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A--G-----AG--TT-----T----------------------A-CTTTGGG-----------------------GA---G-G-------CGA-----------GATG-T------GA-------------AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-TAGAGAG-------CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTTAGAC-------AG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111 2222222222222222222 11111111111 1111111111111 11111111111 111
lowQualScore : 55 7777777777 777 666 55 1 3 11 7777 33 1 2 1 33333 5 2222 33333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666 3333333333333333333333 2 555 22222 2 2222222222222222222 4 3333333 55555555555 0 1 444 333 22222222222 3 1 6666666666666 222 77 11 111 99 0 1 111 0 0 22 1 22 2 00000000000 3 666 1 33 1 7
lowQualScore : .. .......... ... ... .. . . .. .... .. . . . ..... . .... ..... ................................................................ ..... ...................... . ... ..... . ................... . ....... ........... . . ... ... ........... . . ............. ... .. .. ... .. . . ... . . .. . .. . ........... . ... . .. . .
lowQualScore : 55 5555555555 000 444 00 0 3 88 8888 77 2 4 2 00000 5 4444 77777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 2222222222222222222222 2 000 99999 3 8888888888888888888 6 7777777 33333333333 4 1 000 999 77777777777 3 1 8888888888888 777 66 33 777 00 9 1 666 2 9 66 0 33 0 00000000000 6 444 9 00 0 1
consensus : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAN--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GGTG-TGA-AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
Reference ( family-636 ) : NGTAAATAGCCAGGACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATNGACGAGCTGTCACCGTAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCAT---GTA-G----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TNAAGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GA-CAG-TT-T-AC-TTTGG-NAGGCGAGATGGAAAGNCGGG-TTTTAGT
gi|1 : AAATAGTCAGGATATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGAGGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGTGA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------A-----A---A-----AG--TCAGATAT----------------------A-C-T---T-----G-GG--G----------------AT-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T------GG--G--CAGTTTTTT--ATTT--TGGAAAGCTAG-GTG----GACGG--TCATGTAG--AAT-TTCAGT------------CAG-TT-A-AC-
gi|10 : tgaggaaatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CC-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT-------------------------------G-----AG--TT-----TCTACTTCTTGGGGGGGGGGGGGA-CTT---TTTACGG-GGAAG----------------AG-G-------CGT-----------GGTG-TAA-AGTCAT---GTA-G----T---AATTT-T-A-----A--G--CAG---TTA--ACTT--TGG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTAAGatgggggaaactattgttaagattggttttaaatggttgggtgtgtagaagtgcaa
gi|11 : ctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattct--AAGCTACAC-G-CT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A----------------A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT---C-----AAGG--G----------------AG-G--------GAAGTTTTCTTTGGATT-TGA-AGTTAT---GTA-G----T---AA-TTCT-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---CAT-G--TTAAATCA--AGT-Tatgggttgggtggttgtagaaatg
gi|12 : gaggaagtttaaatgataattaatgataggtgtatacattaaggaggaatttcatgaccatttagtggaagtaatttgtgttaGTAAAAAGCCAGGACACAT--AC----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATGGAGGAGCTGTCACCACCATTAGAA--GGGTGC--AAGCTATAA-GATT-T-----T------AAG----G------A-----G--------TT----------A----------G-----T---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GA--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-TGA-AGTTTT---GTT-T----TTTCAG-TT-T-AG--GGAAGA--CAG---TTT--ACTT--TTG---AG-AG-ACCA---GCT-G--TGAAGTCAT-GTT-TTTAGTTTAGGGAA-GA-CAG-TT-gaattt
gi|13 : C--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTTCTTT-----G-GG--GCAGTTTACTGGAGAG-AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAG
gi|14 : atatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattctC--AAGAAACAA-G-TT-T-----TAA----ACA----G------A-----G--------AT-------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTTC--T-----G-GG--GGCAGATATACTTTGGAAA-G-------TAA-----------GGTA-TAT-AGTCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTT--ACTT--AGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaa
gi|15 : atatatacaggaagtttactgataaatcatgagataagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAGAGACG------A-----G--------TTTTTACTTCTGG----------G-----AGTTG-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-AA--G----------------AG-G-------CGA-----------GGTG-TAC-GGTCAT---GTA-A----G---AA-TT-T-A---AGT--G---AG---TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggttgggtgttatagaaata
gi|16 : tctatgcaggaagtatactgataaatcatgacgattagcggaagtaattttC--AAGATACAA-G-TT-T-----TAA----AAA----G------A-----A--------CT---------------------G-----A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTTCTTT-----G-GG--GCAGTTTACTGGAGAG-AG-G-------CCA-----------GGTG-TAC-GGTCAT---GTA-G----T---AA-TT-T-----AAA--C--CAG---TTA--ACAT--TAG---GG-AG-ACCA---GCG-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatggctgggtgttgtgaaa
gi|17 : tatatgcaggaactatactgataaatcatgacgattagcggcagtaattct--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-GAGTTT-T-AC-TTTGG-AGGGCAAGATGGAAAGACGGG-TTTTAGTatagttgggtgttgtaga
gi|18 : aggaaatgcctgataaataatgactggtaaatgaaaaagatgacttttatgaccatcaccggaagtagtttgaggtttagttctcgaatagcaagtgaataaaggcagttgt-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTtt
gi|18 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-T-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagattactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgactttaaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaat-GCGA---G-T-GAATAAAGTCA--G-----TA-TTC-----A-----AT-TT-T-AC-TTTGG-CAGGCAAGGTGGAAAGACGGGTTTTTAGTagggttaaaatgcagttggg
gi|19 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaata---TTT--ACTT--TGG----C-AG-GCAA---GGT-G--GAAAGACG--GGTTTTTAGTTT-----A-CA-GAG-AT-A-AC-TTTGG-AACGCGAttacagagataactttggaacgcgaagggttaaaatgcagttgg
gi|2 : gaaaatgcctgataaataatgactggtatatgaaaaagatgacttttaagaccattagcggaagtaatttgtggtttaattatcgaatagcgagtgaataaagtcagtattcaatAAATAGTCAGGAAATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGATGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TT-T-----TTA----AAA-----------A-----G--------TT----------A----------G-----T---C-----AG--TTA----T----------------------A-CTT---C-------GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCAT---GAA-G----G---AA-TT-T-TG---GA-----CAGT--TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--GACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GA-C---TT-A-ACATGGGG-AAGACGGGTTGTTCAGATGGG-TTTTAGagggttaaaatgcagttgg
gi|20 : ttgaggaaattgaatataaAAATAGTCAGGACATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGG--GAGATTGACGAGCTTTCATGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTACGA-G-T----------------AA----GTC----A-----G--------TT-----------------------------------------TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GA--A----------------AG----------GA-----------GGTA-TAC-ATCCAT---GTA-G----G---AATTT-T-AG-------G--CAG---TTA--ACAT--GGG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTCAGATG--GGT-TTTAGatggttggatgttgtagaaatgca
gi|21 : aC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------AAATGAG--------TTTTTACTTC--A----------G-----G---GGGAACAG--TT-----T----------------------A-TTT---T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AATTAT---ATA-G----T---AA-TT-A-AG--GGG--GG-CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---AAT-G--TTCAGTCA--AGT-atggttgggtgttatagaaatgc
gi|22 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccataagcggaagtaattctC--AAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT--G-----AG--TT-----TG---------------------A-CTT---C-----G-GT--G----------------GG-G---------------------GATG----------------------------G-TT-A-AG--ACG--T--CAG---TTT--ACTT--TAG---GC-AG-GCGA---TAT-G--AAAGGTCG--AGT-TTAAGTTgaagttta
gi|23 : gaggaactatacctgataattaatgactggtatataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtagtttggggttcagttctC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TGA----AAA----G------A-----GATGAGTTTTT----------ACTTCAGGGG-G-----A---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--G----------------AG-A-------GGA-----------GATG-AAA-GGTCGG---TTT-T----T---AG-TT-T-AG--AGA--G---GG---TTT--ACTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-G--TTCAGTCA--AG--TTGAGTTT-----a
gi|24 : ccatgcaggaagtaaactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctC--AAGATACAA-G-TT-T-----TTA----AA-----G------A-----G--------GC----------A----------G----------------T--TT-----T----------------------A-TTT---T-----T-GG--A----------------AA-G-------CTA-----------GGTG--GACAGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG-------T--CAG---TTA--ACAT--TAG---GA-AG-ACTA---CCT-G--TTCAGATA--GGT-TTTAGt
gi|25 : atctatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagcggaagtaattctAGATACAA-GATT-T-----TAA----AGG----G------A-------------------------------------------A---C-----AG--TT-----TT---------------------A-CTT---T-----G-AA--A----------------AG---------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCAT---GTA-G--------AA-TT-A-AG--AG------------TTA--ACAT--AAG---GG-AG-ACCA---GCT-G--TTAAGATG--GGT-TTTAGatagttgggtgttgtagaaatac
gi|26 : atatatgcaggaagtatactgataaatcatgaccattagaggaaataattctctC--GAGCTACAA-G-TT-T-----TAA----AAG----G----------------------C----------A----------G-----AT--G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT---C-----A-GA--C----------------AG-G-------GGT-----------AATGATTA-AG--AT---GTG------------------AG--AGA------------TT--ACTT--TGG---GC-AG-G-GA---GAT-G--AAAGGTCG--AGT-Tatggttgggtgttgtagaaatg
gi|27 : agtatacctgataaataatgactgtaatatgaattaagaaggaatgtcatgaccattagcgggtttagtttaggtttggttctAGCTGCCACCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-T-----T-T----TAA----G------A-----G--------AT-------------------------------G-----AGT-TT-----T----------------------A-CTT---T-----GCGG--G----------------GG-GTGGGGTTCGA-----------GATG-GAA-AGACAG---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGA--G--T-----TTT--AC-T--TGG---GG-AG-GCGA---GAA-G--GAAAG-AGACGGT-TTCAGT----------A-CGG-TT-T-AG-TT--G-TTG------TAGAAATGCGGG-TT
gi|28 : att-AGTCATCAAGTA-G----C---GG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GGT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTaa
gi|29 : aggaaatgcctcataaataatgactggtttatgaattaagggggaattttatgacaatattttggtttt-AGTCATAAAGTA-G----C---AG-GG-T-AATAAGA--T--CAG---TTTT-ACTT--TGG---G--AT-GCAA---CAG-G--GAAAGTCG--GAT-T------------A-GA-GAG-TT-TCAC-TTCGG-GATGCGACAGGGAAAGTCGGG-TTTTAGTt
gi|3 : aggaaaagcctcataaataatgactggtatatgaattaagggtgacttttatgacaatattttggttttAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGACTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCGA-A-TTAT-----T------AAA----G------A-----G--------TT---------------------------A---G-----AG--TTA----T----------------------A-CTT---T-----A-GA--A----------------AGCA-------CGG-----------TATA-CG---GTCAT---GTATG----A---AG-TT-T------GG--G--CAG---TTT--TATT--TAT---GA-AG-GCCA---GGT-G--TACGGTCA--TG--TAAAATTA-----A-GT-CAG-TT-A-AC-ATGGGAAAGATGAGTTGTTCAGATGGG-TTTTAG
gi|30 : aatagaatataaC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----A-------------A-----G--------CC----------A----------G-----AT--G-----AGTTTT-----T----------------------A-CTT---C-----A-GG--------------------G-G-------CGA------------ATG----------------------------G-TT-A-AGA-AGA--G---AG---TTT--ATTT--AGG---GC-TG-GCGA---GAT-T--TTGAGTCA--AG--TTGAGTTT-----A-atggttgggtgttatagaaatgg
gi|31 : tgaaattatatagatatgactgttatataaattaagaaggaatttcatgaccaatagcggaagtagttctAAATAGTCAGGAGATAT--AT----------GCA---TCAAAA---TGTGA--GAGATTGACGAGCTGTCACGGTAATTAG-C--GGGTGC--AAGCTGCAA-A-TT-T-----T-T----AAA----G------A-----G--------GT----------A-------------------------------------T----------------------A-C-T---T-----A-GG--A----------------AA-G-------CAA-----------GGTA-TAC-TGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-AG-----------AG---TTT--ACTT--TGA---GA-AG-GCCA---GGT-G--
gi|32 : atagaatataa-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTT--TGG----T-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT--------A-TAGTTT-T-AC-TTTGG-TAGGTAAGATGGAGAGTCGAG-ATTTAGTgaccg
gi|33 : gaaacgcctgataaataataactggtatatgagttaaaaggactgttatgagaatagttctggaggagggaggaA----AGA----A------A-----G--------TC----------A----------G-----A--------------T-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--C----------------AG-G-------CAA-----------TATG-TGA-AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG---GA--G---------TTGAACTT--T-T---GC-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-ttag
gi|34 : aggaagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaattttagggggtttagctctgaaggagcaagg-G-TT-A-----TGA----CAA----G------A-----A--------TTT---------A----------G-----G---G-----GG--TT-----T----------------------AGCTC---T-----G-AA--G----------------GA-G-------CGA-----------G-----GA-AG--------------------------------AAA--GT-CAG---ATT--ACTT--TGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TGT-TTTAGTTT-----A-GG--AG-TT-GAAC-TTTTG-CAGGCGAGATGTTAAGTCAAG-TTTTAGT
gi|34 : aagtatacctgataaataatgattA----AGA----A------A-----G--------TC----------A----------G-----A--------------T-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG---GA--G---------TTGAACTT--T-T---GC-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----tt
gi|35 : aagtatacctgataaataatgattgttatgacaagaatttagggggtttagctctgaaggagcgagg-----A-GATCAG-TT-TTAG-TTTTG-GAGGCGAGATGGAAGGACGCC-TTTTAGT
gi|36 : aggaaatacctaataaataatgaatggtatattaattaagtataatattttggttttagttataaagtagcgggggaataAGCCAGCACATAT--ATACATGTATATGCA---TCAATA---TGGGA--GAGATAAATTAGCTGTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAA-G-TT-TGTTTTTAA------------------------G--------CTC---------A----------G-----A---TC----AG--TT-----TT---------------------A-CTT---T-----G-GG-------------------AT-G-------CGT-----------GATG-T-----TTAT---ACA-GGTTTT---AG-TT-T-AG--atgctttggttgttgtagaaatgcgggttaacatgca
gi|37 : AATA---TGGGG--GAGATAAATTAGCTGTCACCTTAATTGGAA--GAGTAC--AAGTTACAA-G-TT-T-----TTA----A-------------G-----G--------TT----------A----------G-----A--------------T-----T----------------------AGGTT---T-----A-GG--C----------------AG-G-------CGA-----------CATG-TAA-AGTCAG---GT--------------TT-T-------------TAG---CTT--A-----TAG------AG-GCAA---GAT-G--GAAAGTCG--CGT-TTAAGTTT-----
gi|38 : C--AAGCTACAA-G-AT-T-----TAA----AAG----GC-----A-----G--------AT----------A--------------------------AGT-TT-----T----------------------A-CTT---C-----G-TA--G----------------AG-G--------GA-----------AATG-
gi|39 : aggaagtaattaataaataatgatgagtatatgaattaaggagaactttcatgaccattagcggaagtggttttgggtttagttct-TT-T-AC-TTTGG-GGGACAAGAGGGAAAGGCGGG-TTTTAGattaa
gi|4 : aagaaatgcctgataaataatgactagtatatgaattaagtgtgactttgataattttttcggtttagttctgaaggagcgagagaagaaagttagttGTGCTTAAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------C-----------------------------------------------------AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GA--G----------------AG-G-------CCG-----------GCGG-TGA-AGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-A-GG--GGA--A--CAG---TTT--ACTT--TCG---AG-AGTGCT----GAT-G--TGAAGTCA--TGT-AGTAATTT-----AGGG-CAG-TT-T-AC-TTGAG-CTGGTGAGATG
gi|40 : tgaggaagtataactgataattaatgactggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccatttagcggaagtaatttgggttaaAGGTT-----A-GT-TAG-TT-TTAC-TATGG-CAGGCAACATAAAAAGTTGAG-TTTTAGTtttaatcaagttgagttta
gi|42 : acttctgataaatgatgactggtattcattcaaaggtcggttatgataaaattttgtggggttaagttctggaggaccgagAGCACATGTTAAC----------CCAGGTTCAAAACATTGTAGCGGAGATAAATCAGCTCTCGCCTTAATTGGAA--GAGTGC--AAGCTACAAGG-TT-T-----T-----------------------------------TT----------A----------GCTC--A---G------T--TT-----T----------------------A-CTT---C--------G--G----------------AT-G-------CGA-----------GATG-TTA-AGt
gi|43 : ATAA-G-TT-T-----TTACTTCAAG----G------G-----G--------------------G----------A-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GA--G----------------AGTG-------TG------------GATG-TGA-AGTTAT---GTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AGG---GC-TA-GCGA---GAT-G--TTAAATCA--AGT-Tac
gi|44 : aggcag-CAG-TT-TTAC-TTTGG-CAGGAAAGCTGGAAAGACGAGTTTTTAGTgaatt
gi|45 : actgggatatggattaaggttgacttttatgacaatattttggttttagtttggaagtagtaggagaaaaaaag-----AG--TT-----G----------------------A-CTT---T-----G-GG--G----------------AG-A-------CCA-----------GCTG-CGG-GGTCAT---GTT-C----T---AG-TT-T-AG--AGACGA--CAG---TTG--ACTT--TGG---GTAAG-ACAA---GAT-G--TTAAGACG--GGT-TTTAGT
gi|46 : -AG--AAA--GT-CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--TGAAGTCA--TAT-TTTAGTTT-----A-Gatggttgggttgttgtaaaaat
gi|47 : ttatgacaagaactcgggggtgggattttagctctgaaggagtgaggaA-----------GCTG-TGG-GGTCAT---GTT-T----T---AG-TT-T-AG--TGA--GGACAG---TTA--ACTT--TGG---G--GG-GAGACATGAT-G--TTAAGACA--GGT-TTTAGTcga
gi|48 : acc-AG--AAA--GT-CAG---TTTT-ACTTCTTTG---GT-AG-GCGA---GAT-G--TTAAGTCA--AGT-TTTAGTTT-----A-GA-atggtggggttgttgtagaaat
gi|49 : actgttatgagaatagttctgcagaagggaggaAGTTT----------CAG-TT-TTAC-TTCGG-GAGGCAAGATGGAAAGTCGAG-TTTTAGT
gi|5 : tagttctcaagtagcgagaaaaaaaaggcGTAAATAGCCAGCACATAT--AC----------ACA---ATAAAA---TGTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAG--GGGTGC--AAGCAACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--CGG---GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GACCAG-TTGG-AC-GTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTAGTtt
gi|52 : tC--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAA----G------A-----G--------AT---------------------G-----A---G-----TT--TT-----T----------------------A-CTT---
gi|6 : tctGTAATTTGGGTTGAGTGCTGAAGCTACAT-G-CT-T-----TAA----AAG----GCAGATAA-----G--------TTTTTACTTCA-A----------GGGGGAA---G-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GA--G----------------AGTG-------CG------------GATG-TGA-AGTTAT---TTA-G----T---AA-TT-TTAG--AGA--G--CAG---TTT--ACTT--GGG---GC-TG-GCAA---TAT-G--TTACATCA--AG--TTGAATTT-----A-Gc
gi|7 : tgaggaagtataactgataattaatgatgggtgtataaattaaggaggaatttcatgaccattgagcggaa--AAGCTACAA-G-CT-T-----TAA----AAG----G------A-----GATGAGATTTT----------ACTTCAAGTGGG-----A---C-----AG--TT-----T----------------------A-CTT---T-----G-GG--A----------------AG-G-------CAA-----------GGTA-TGA-AGTCAT---TTA-G----C---AA-TT-T-----AGA--G--CAG---TTT--ACTT--AAG---GC-TG-GCAA---GAT-G--TTAAGTTA--AGT-T
gi|8 : aagaagtatacctgataattaatagctggtgtataaattaaggagtaatttcatggccatttagcgaaagtaatttaggtttaatgttaTAGCCAGCACATAT--AC----------GCA---TCAAAA---TTTGG--AAGATAAATGAGCTGTCACCATAATTAGAA--GGGTGC--AAGCTACGA-G-TT-T-----TAG----AAA----G------A-----G--------TT----------A----------G-----A---G-----AG--TT-----T----------------------A-CAT---T-----G-GG--G----------------AG-G-------CGA-----------GATG-TGA-AGACAT---GTT-T----T---AG-TT-G-AG--AGA----------------------------GC-AG-GCGA---GAT-G--AAAGGTCG--GGT-TTTAGTTT-----A-GATCTG-TTGG-AC-TTTTG-CAGACGAGATGTGAAGTCAAG-TTTTgaattta
gi|9 : C--AAGATAAAA-G-TT-T-----TTA----AG-----G------A-----G--------T----------------------G-----A---TC----AG--TTA----T----------------------A-CTT---T-----A-GA--A----------------AG---------CAA-----------GGTA-TAC-GGTCAT---GTA-G----G---AA-TT-T-----TGG--G--CAG---TTT--ATTT--TGG---A--AG-GCCA---GGT-G--gttta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GGAAGTAACTCTCAAGATGCAAGTTTTATTTTGGAAAGTTAGGTGGACGGTCTATAGAATTCAGTCAGTGGACATTGTGAGACCAGTTGTTCAGATGGGTTTGAGATGGTTGGGTGTTGTAGAAATG
Unaligned ( gi|50 ): GGGGGAGATAAATTAGCCGTCATTTTTTATTCAGGCAATAGTGCAATTTACAAGTTTTGTAGG
Unaligned ( gi|51 ): AGACGGGTTTAAATATGGTTGGGTTGTTGTAGAAATGCGGATTAA
Unaligned ( gi|53 ): AACAGGAAATGCCTGATAAATAATGACTGGTATA