lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 33333333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111 00000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 7 888888888 3 88888888888888888 444 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 777 8 1 1 4444 1 000 2 2 77777777777777777777777777777777777777 333 888888 2 444 8 1 5 2 5
lowQualScore : . ......... . ................. ... ... ................................................................................................................................ . . ... . . . .... . ... . . ...................................... ... ...... . ... . . . . .
lowQualScore : 3 888888888 9 99999999999999999 444 444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 222 4 9 6 0000 9 444 0 0 55555555555555555555555555555555555555 111 555555 7 222 4 6 7 1 7
consensus : TAGGTTATGTCTAATATTCCG---TGGAANCAGTTGTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--CA--ACGTTA---AG---AT-T--A--A------------T-TTT-CGA--------GAAAT----G-T---AT------A----T----------AATACAT-CNAAGGTA-AC---A---A----TTTA-C-T-------------GG-CAA-TCGTAACAAAATGTCATTC-TACT----TCTATAA-CCCATTGTAC-TT-G--TACG-GAA--------ACTTTTA-AA--T---TT--AA-A-GATAT-----CGAACATAC-A--GGATTTCACCTAACGGAATGC-TNAG-CCAAC
Reference ( gi|10 ) : TAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTTGTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--CA--ACGTTA---AG---AT-T--A--A------------T-TTT-TGA--------GAAAT----G-T---AT------A----T----------AATACAG-CAAAGGTA-AC---A---A----ATTG-A-T-------------GG-CAA-TCGCAACACAATGTCATTC-TATT----TCTATAA-CCAACTGTAC-TT-G--TACG-GGA---CT-GTACTTTTACAA--T---TTG-AA-A-GATAT-----CGAACATAC-A--GGATTCCACCGAACGGAATGC-TTAA-CTAAC
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTTGTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--CA--ACGTTA---AG---AT-T--A--A------------T-TTT-TGA--------GAAAT----G-T---AT------A----T----------AATACAG-CAAAGGTA-AC---A---A----ATTG-A-T-------------GG-CAA-TCGCAACACAATGTCATTC-TATT----TCTATAA-CCAACTGTAC-TT-G--TACG-GGA---CT-GTACTTTTACAA--T---TTG-AA-A-GATAT-----CGAACATAC-A--GGATTCCACCGAACGGAATGC-TTAA-CTAAC
gi|6 : TCTGAT-TTCCGATTTGGGCCCAGTTGTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--CT--GCGTTA---AG---AT-------A------------T-TTT-TTT--------CAAATC---G-TG--AT------A----TTTTGAGAGTAAATATGT-CCAGGGTA-ACGCTA---T----ATTG---T----------------CAA-TCATAACAACGTGTCATTC-TATG----TCTATAT-CTCATTGTTC-TT-G---ACA-TGA--------------ACAACTT---TTT-AA-A-GCTAT-----CAAATGT------GGACTAGTTCAAACAGAATGT-TTAG-CCAA
gi|3 : ggtcttgaAGTATTCTG---AGTC--CATTTGTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--TAGAACGCTA---AT---ATGT--A-------------------T-TAA--------CGAATCATGG-T---AT------T----T------------TA-----AGAGTTA-AT---A---A----ATTC-A-CTGTCACATTTACCGG-CAA-TGATATCAAAATATCATTC-TTCT----TCTATAA-CCTATTGTAC-TT----TAAA-GG-----------TT----------------AA-A-GATAC-----TTTATATAC-A--ATATTTCCTCTAACGAAGTGT-TAAA-CTAAaagagcctttaacaacc
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaGGAATCAGTTGTTCAAAGCGCTGT--------------A--ATCTGA---AG---GT-TCGA--A------------T-TTT-CGA--------CCAAT----GGT---ATTTTGTGA----TTA--------AATATAT-TCAAGGTA-TC---A---------TTGTACT-------------GG-CGA-TTGTAACACAATGACATTA-TACT----TCTATAA-CCCATTTTTC-TT-tagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaCAGTTGCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--CGGCACATTATGCAG---A--------A------------T-TTT-CAA--------TTCGT----G-T---TT------T----TTTTTAGTTA-AATACAT-TCACGGTA-AC---A---AT---ATTT---T-------------GT-CAA-TCATAACAAAATATTGTTC-TACT----TCTATAA-TCCATTGTAC-TC-GTATATG-GAA--------ACTTT--GAA--T---TTT-AG-T-GACGT-----TGAACAGAC-AATGGAT--CACCTAACGGAACGaatctatctcaaaacttggaattttgaaaatatgagacgttcaatatttctcctaaatgcgttattcaac
gi|2 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttctgggtcCAGTTGTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTCC--ATGTTC---AT---GT-G--T--A------------T-TTT-C----------GAATT----G-TAAGAT------T----T----------GATTTAT-TAACTGTA-AC---A---A----TTTA-C-T-------------GGTTGA-T-GTAACAAAATGTTATTC-TG-C----TCTATAA-CTCATTGTAC-TT-A---AC----A---TTAAAACATCTAACT--T---TTT-AA-A-GATAT-----TGAACATAC-A--t
gi|15 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatctgggccCAGTTGTTCAAAATACTGTTAAC------G--CC--AGATTA---AG---AT-C--ATGG------------T-CTTATGA--------GA--T----G-A---AA------A----T----------AAT-----------------------------TTA-C-T-------------GG-AAA-TCGTAACACAATGCCAATCATCTT----CCTATAT-CCCATTGCAC-TT-G--acacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|8 : cctgggccCATTTGTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--CGGTAAGTTA---AGCACAT-T--A--AGCATTTTCATAGTATTT-TGA--------GAT-T----T-T---AT------A----T----------ATT-----CGA-GGTA-AC---A---C----TTTC-T-T-------------GG-TAG-TCATAACAAAATATTATTC-AATTCTATTATATAA-CCCA-------TT-G--TACG-GAA---Catttgcttttttttttgaacgcacaatattatacataacgcagcgttaagccaacagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|16 : aatatcagcaaatatacaataccagaatacaccaggaccCATTTATTGAAAGCACTGTC------------C----CATTA---AG----T-TCCA--G------------TATTT-TGA--------GA--T----T-T---AT----------------------------------GGTA-AC---A---A----TTTA-C-T-------------GA-CAA-TAATAACAAAATATCAAT--TATT----gttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
gi|21 : cacacctgaaccAGTAATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--CA--ACGTTA---AG---AT-A--G--C------------T-TTT-TGA--------ATAAC----T-T---CT------A----T--------------CAT-CCAATGTG-AC---A---A-----TTA-CCT-------------GG-CAA-TAGTAACAAAATATAATCC-TACG----TCAAAAA-TCCATTGCAC-TG-A--TATG-GAA---gttcttgatatgaaaatctttcaaatgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|17 : AGTTGTTCAAAATACTGTTAAC------G--CC--AGGTTA---AG---AT-C--ATGG------------T-CTTATGA--------GA---------------------------------------------CGAA---A-AT---A---A----TTTA-C-T-------------GG-AAA-TCGTAACACAATGCCA------------CCTATAT-CCTATTGTAC-TT-G--TTAT-GCA---TT-GT--TTTT-----------------A-AATAT-----TGAACACAC-A--ATATTATACATAACG--CTGCATTAAGCCAAC
gi|1 : GTTGCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------TTC---AT---GT-T--A-----------------TTT-TAA---------AATT----T-T---AT------A----T----------ACT-----CAA-TGTA-AC---A---C----TTTA-C-T-------------GG-CAAATCTTAATAAAACGGCATTC-TACT----TTTATAA-ACCACTGCAC-TT-GA-TATGAAAA---CT-G---------AA--T---TTT-AA-A-GATAT-----TAAACAGA--A--GAGTT-TACCTACCAGAA-GT-TTGA-ACAACa
gi|13 : attgcaacatgtcagggctctTGTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--CACAACGTTC---AG---AT-C--A--A------------T-TGT-T-----------AAATCATTG-T---ATTATGAGA----TTT--------AATGCAT-TCAATGTA-AC---A---C----TTTA-C-A-------------AG-CAA-TAGGAAGACAATGTCATTC-TATT----TCTACAT-CCCATCATTC-TT-GA-TAAG-AAA--------AC--TCGAAA--TGAATTGTAA-A-GATGT-----AGAACATAC-A--GTATTtcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|12 : aAAAGCACTTTTCGCCTA---A--CACCACGGTA---AG---AT-T--A--T------------T-TTT-C-----------AAAC------C---AT------A----C----------TATATTG-AGATTGTATAC---ATTCATTCTATTG-ACT-------------GG-CAA-TTATAACA-AGTATCATTC-TATT----TCTAAAAACCCATTGTAC-TT-AA-TATG-GAA--------GCTTTTA-GA--T---TT--AA-A-GATAT-----TAAACAAAC-A--TGACTTCACCTAAgttattctaacagagctctgggaacaactca
gi|7 : aaagattatacatattttgaccAGCACTGTACGCTTA---A--CACTATGTTA---AG---AT-T--C--A------------T-TTT-CGA--------ATTATG---G-T---ATTTTG--AGATTT----------AATACAA-TCACTGTA-AC---A---A----TTCA-T-T-------------GG-CAG-TCGTAACACAATGTCAGTA-TACTTCAATCTATGA-CCAATTTTAC-TT-GA-TATG-ATA--------ACTTTT--------------AA-A-GATAC-----TGAGCATAT-A--atccgtaaactaatataa
gi|14 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttacc--CA--TCGTTA---AG---CT-T--A--A------------T-TTT-CGAATCATTTTGAGAT-----------T------A----A----------AA-ACAT-TCAAAGTA-AC---G---G----TTTA-G-T-------------------------ACAAAACGTCATT---ATTAAA-T-TATAA-CCTATCGTAC-TT-GA-TATG-GAG--------ACTTTTG----------TG-AA---GTTAT-----AGAATAAAC-T--AGATTTCAACTGACGGAATGT-CAAG-CTAACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|24 : gcgcccagttgctcagagacg---AT------T----T----------AATACAT-TCTATGTA-AT---A---A----TTTA-C-T-------------GG-AAA-TCGTAACAAAATGCCATTC-TTCT----TCTATCA-CCAAATGTagagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|18 : aacgcgg----T----------AATATATTCAAAGGGA-AC---A---C----TTTT-C-T-------------GG-CAA-TTATAACGAAATGTCATTC-TACT----TCTATAA-CCCATTGTAT-AA-A--TATG-AAA--------ACTTTGA-AT--T---TTG-AATATAATATAATTGCGAACCTAC-A--AGATATAATCTAATGGAGTTC-TAAG-CCAACtg
gi|19 : ttTTA-A-T-------------GG-CAA-TTGTAATGAAATATCATTC-TTCT----TCGATAA-CCTATTGTACTTT-A--TATG-AAA---T-----CTTTTA-AA--T---TT--AC-T-GATAT-----TAAACATAC-A--AGATTTCAagaactttga
gi|26 : aatgccacattaagatgaattttcagatctacAATGTCACTC-TACT----TCGATAA-CCCAGTGTAC-TT-G--CAactataaacagagcatgaagctaaaag
gi|23 : tattaaTTC-TATTAT--TCTA-AA-CCA-TTGTAC-TT-G---ACA-TGAAATCT-G---------AA--T---TTA-AA-A-GATAA-----CCAACATA--A--AAAGTTCACCttttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|25 : A-CCAAATGTAC-TTTA--TATG-AAA--------ACTTTTCAAA--T---TTT-CA-A-GATAT-----CGAACATACAA--AGGCTCCACCTGACGGAttatagcgttgaactactcggccaagattgtgtt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCATTTGTCCCGGTAACACGGTATTGCAAAATATATACATGACGCTAAGTTGTTAAAGGCACGGTTAGCAGACTTCGTGAATCGTGGTATTTTGAGATTGAATATAGCCAAGGCAACAGTTTACTAGCAATCATAGAAAAAATGCCAATCTACTTATATAACTATATAACTTATTGTCCTTGAAATGAAACTTTTTGAATTTTAAAATAACGGATTGTTAAACTGACAGAGTTGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGAACGCTAAGCGTTCAGATACATTTTCGAATCATTGTAATGTGATATGTAACACAGTAAATATCACAGTTTACTGGTAATTGTTAGAAAATACAACTCTTGTCTGTAAAACATTGTACTT
Unaligned ( gi|22 ): CTGGGCCAAGTTGTTCAAAGCACTGTTTTTCAATGCCTTGTCCAGAAGAATTTTCGTATCATGGTAGTGAGATATATTACTTTCTAGCTGAAAAATTTGCTGGCTTTGGTAACAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111 22222222222222222 1111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 22222 88 2 111 88888888888888888 22 777 4444 333 7777777777 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 777 1 1 777777777 1 1 2 1 1 3333 666666 44444 22 1 1 1 44444444444444444444444444444444444444 2 8 333 666666 2 333 444 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... .. . ... ................. .. ... .... ... .......... . ............................................................ ... ... . . ......... . . . . . .... ...... ..... .. . . . ...................................... . . ... ...... . ... ... . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 8 44444 33 1 666 00000000000000000 99 444 5555 777 3333333333 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 666 8 8 777777777 7 7 2 7 7 5555 555555 22222 22 6 7 7 44444444444444444444444444444444444444 1 4 777 888888 2 666 444 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATATTCCG---TGGGNCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---ATT--A--A---TT-TT-CG------A--------GNAAT-G-T---A---T------A-------T----------AATACAT-TCAAG--GT-A-ACA--------ATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATA--A-CCCATTGTAC-TT-GA--TA---CG--GA-A----A-CT-TT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACATAC-A--AGAT---T-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATATTCCG---TGGAANCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---ATT--A--A---TT-TT-CG------A--------GAAAT-G-T---A---T------A-------T----------AATACAT-CNAAG--GT-A-ACA--------ATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATA--A-CCCATTGTAC-TT-G---TA---CG--GA-A----A-CT-TT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACATAC-A--GGAT---T-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---A----T---GTT--A------TT-TT------------------AAAAT-T-T-------T------A-------T----------A-TAC-T-C-AAT--GT-A-ACA--------CTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATA--A-ACCACTGCAC-TT-GA--TA---TG--AA-A----A-C---T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAGA--A--GAGT---T-T-A-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcagggctctTAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---ATT--A--A---TT-TT-TG------A--------GAAAT-G-T---A---T------A-------T----------AATACAG-CAAAG--GT-A-ACA--------AATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATA--A-CCAACTGTAC-TT-G---TA---CG--GG-ACTGTA-CT-TT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACATAC-A--GGAT---T-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---ATT--A--A---TT-TT-TG------A--------GAAAT-G-T---A---T------A-------T----------AATACAG-CAAAG--GT-A-ACA--------AATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATA--A-CCAACTGTAC-TT-G---TA---CG--GG-ACTGTA-CT-TT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACATAC-A--GGAT---T-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---A----G---ATT--A--T---TT-TT-C-----------------AAAC-----------C------A-------T----------ACTATAT-TGAGATTGT-ATACATTCATTCTATTGACTGG-CAA-TTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAA--AACCCATTGTAC-TT-AA--TA---TG--GA-A----G-CT-TT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAAAC-A--TGAC---T-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---A----G---ATC--A--A---TTGTT-AA------A--------TCATT-G-T---AT--T------ATGAGATTT----------AATGCAT-TCAAT--GT-A-ACA--------CTTTACAAG-CAA-TAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACA--T-CCCATCATTC-TT-GA--TA---AG--AA-A----A-CT-CGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACATAC-A--GTAT---TGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : aCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---A----G---CTT--A--A---TT-TT-CG------AATCATTTTGAGAT-----------T------A-------A----------AA-ACAT-TCAAA--GT-A-ACG--------GTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATA--A-CCTATCGTAC-TT-GA--TA---TG--GA-G----A-CT-TT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAAAC-T--AGAT---T-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcgcc---TGGGGAGAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGGGCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGA--TTA---A----G---ATC--ATGG---TC-TTATG------A--------GA--T-G---------------------------------------------AA------A-ATA--------ATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATA--T-CCCATTGCAC-TT-GA--TT---TG------------CT-TT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGCAC-A--ATAT---T-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACgtcgttttt
gi|16 : ccAT-TTATG--GT-A-ACA--------ATTTACTGA-CAA-TAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-------TATTGTTC-TT-GA--TA---TG--AA-A----ATCT-TT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacacctgaacccatttattgaaagcactgtcccattaagttccagtattttgagAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---A----G---ATC--ATGG---TC-TTATG------A--------GA------------------------------------------------CGAA------A-ATA--------ATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATA--T-CCTATTGTAC-TT-GT--TA---TG-----C----A-TT-GT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACACAC-A--ATAT---T-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : -------T----------AATATATTCAAAG--GG-A-ACA--------CTTTTCTGG-CAA-TTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATA--A-CCCATTGTAT-AA-A---TA---TG--AA-A----A-CT-TT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCTAC-A--AGAT---A-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : tt--------ACTTAATGG-CAA-TTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATA--A-CCTATTGTACTTT-A---TA---TG--AA-A----T-CT-TT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACATAC-A--AGAT---T-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccacattaagatgaattttcagatct---TGGGCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---A----T---GTG--T--A---TT-TT-CG------A----------ATT-G-T---AAGAT------T-------T----------GATTTAT-TAACT--GT-A-ACA--------ATTTACTGGTTGA-T-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATA--A-CTCATTGTAC-TT-A----A---CATTAA-A----A-CA-TC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACATAC-A--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatcCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---A----G---ATA--C--A---TT-TT-CG------AATCATT--GTAAT-G-TGATA---T------G-------T----------AACACAG-TAAAT--AT-C-ACA--------GTTTACTGG-TAA-TTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTA--A-AACATTGTAC-TT-acacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tgccAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---A----G---ATA--G--C---TT-TT-TG------A--------ATAAC-T-T---C---T------A-------T--------------CAT-CCAAT--GT-G-ACA--------ATTACCTGG-CAA-TAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAA--A-TCCATTGCAC-TG-A---TA---TG--GA-A----
gi|22 : AGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCA----G---AAG--A--A---TT-TT-CGTATCATG--------GTAGT-GAG---A---T------A-------T----------ATTACTT-TCTAG--CTGA-AAA--------ATTTGCTGG-CTT-TGGTA-ACAAAAT
gi|23 : ctgggccaTT-CTATT----A------T-----TCTA--A-ACCATTGTAC-TT-G----A---CAT-GA-A----A----TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACATA--A--AAAG---T-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ---A---T------T-------T----------AATACAT-TCTAT--GT-A-ATA--------ATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATC--A-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcgg--A-CCAAATGTAC-TTTA---TA---TG--AA-A----A-CT-TT---TCA-AA--TT-TTCAA---GATAT-----CGAACATACAA--AGGC---T-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATA--A-CCCAGTGTAC-TT-G---CA------------------T-TT---T-A-AA--g
gi|3 : tattAGTATTC-----TGAGTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---A----T---ATG--T--A---TT-AA-CG------A--------ATCAT-GGT---A---TTTTAAGAGT-----T----------AATAAAT-TCACT--GT-C-ACA---------TTTACCGG-CAA-TGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATA--A-CCTATTGTAC-TT-----TA---------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATATAC-A--ATAT---T-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAgaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaGGAATCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---A----G---GTTCGA--A---TT-TT-CG------A--------CCAAT-GGT---A---TTTTGTGA-------TTA--------AATATAT-TCAAG--GT-A-TCA--------TTGTACTGG-CGA-TTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATA--A-CCCATTTTTC-TT-AATCTATCTC---AA-A----A-CT-TG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGTTC-A--ATAT---T-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttca---TGGGTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCA----G---A-------A---TT-TT-CA------A--------TTCGT-G-T---T---T------T-------TTTTTAGTTA-AATACAT-TCACG--GT-A-ACA--------ATATTTTGT-CAA-TCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATA--A-TCCATTGTAC-TC-GTA-TA---TG--GA-A----A-CT-TT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAGAC-AATGGA------TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-TTCCGATTTGGGCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---A----G---AT------A---TT-TT-TT------T--------CAAATCG-TG--A---T------A-------TTTTGAGAGTAAATATGT-CCAGG--GT-A-ACG--------CTATATTGT-CAA-TCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATA--T-CTCATTGTTC-TT-GA--CA---TG--AACA----A-CT-T------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGT------GGACTAGT-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---A----G---ATT--C--A---TT-TT-CG------A--------ATTAT-GGT---A---TTTTGAGA-------TTT--------AATACAA-TCACT--GT-A-ACA--------ATTCATTGG-CAG-TCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATG--A-CCAATTTTAC-TT-GA--TA---TG--AT-A----A-CT--------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCATAT-A--aagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATACACCA----GGACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---A----GCACATT--A--AGCATT-TT-CAT-----A--------GTATT-T-TGAGA---T------T-------T----------TATATAT-TCGAG--GT-A-ACA--------CTTTCTTGG-TAG-TCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATA--A-CCCATTGTAC-caatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC--AG--A--C----T--TCG--TGA---ATCGTG---GT------A---TT-TT--G------A--------GAT-T-G-----------------------------------AATATAG-CCAAG--GC-A-ACA--------GTTTACTAG-CAA-TCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAAC-----TATATAA-CTTATTGTCC-TT-G---AA---AT--GA-A----A-CTTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 11111 33333333333333333 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 0 11111 1 2 444 11111111111111111 22 777 4444 333 88888888888 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 77 1 1 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 6 88888888888888888888888888888 2 8 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ... ................. .. ... .... ... ........... . ...................................................... . .. . . . . . . . .... ............ . . . ............................. . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 8 00000 0 0 444 00000000000000000 88 000 2222 555 66666666666 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 33 8 4 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 5 11111111111111111111111111111 1 4 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATATTCCG---TGGGCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--A--A---TT-TT-CG------A------GTAATG-T---AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATATTCCG---TGGGNCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--A--A---TT-TT-CG------A------GNAATG-T---AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATACG----GA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GGGCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---A----T---GT-T-----A---TT-TT----------------AAAATT-T----T------A--T---------------ATAC--TCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--A--A---TT-TT-TG------A------GAAATG-T---AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATATTCTG---TGGAAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--A--A---TT-TT-TG------A------GAAATG-T---AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---A----G---AT-T--A--T---TT-TT-CA------A------ACCATACT---AT------A--TTGAG------ATTGTATACATTCA---TT---CTATTGACTGG-C-AATTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---A----G---AT-C--A--A---TTGTT-AA------A------TCATTG-T---ATTATGAGA--TTT--------A----ATGCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-C-AATAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : aGCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---A----G---CT-T--A--A---TT-TT-CG------A------ATCATT-TTG-AG------A--TTA--------A----AAACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gc---TGGGGAGAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGGGCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGA--TTA---A----G---AT-C--ATGG---TC-TTATG------A------G--ATG----------------------------------------AA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACgtcgttttt
gi|16 : cc---TGAACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---A----G-------------------TT-CC------A------GTATTT-T---G----------------------------AGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-C-AATAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---A----G---AT-C--A----------------------------TGGTC-T----T------A--T----------G----AGACG---AA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----ATATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-C-AATTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : ttACTTAATGG-C-AATTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccacattaagatgaattttcagatct---TGGGCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---A----T---GT-G--T--A---TT-TT-CG------A------AT--TG-TAAGAT------T--T----------G----ATTTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTT-GAT-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatcGCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---A----G---AT-A--C--A---TT-TT-CG------AATCATTGTAATG-TGATAT------G--T----------A----ACACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-T-AATTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-A--G--C---TT-TT-TG------A------ATAACT-T---CT------A--T------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-C-AATAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGGGCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCA----G---AA-G--A--A---TT-TT-CGTATCATG------GTAGTGAG---AT------A--T----------A----TTACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-C-TTTGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ---AT------T--T----------A----ATACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AA--TT-TTCAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTATTC-----TGAGTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---A----T---AT-G--T--A---TT-AA-CG------A------ATCATGGT---ATTTTAAGAGTT----------A----ATAAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-C-AATGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaGGAATCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---A----G---GT-TCGA--A---TT-TT-CG------A------CCAATGGT---ATTTTGTGA--TTA--------A----ATATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-C-GATTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttca---TGGGTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCA----G---A--------A---TT-TT-CA------A------TTCGTG-T---TT------T--TTTTTAGTTA-A----ATACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-C-AATCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-TTCCGATTTGGGCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---A----G---ATAT--T--T---TT-TT-CA------A------ATCGTG-----AT------A--TTTTGAGAGTAA----ATATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-C-AATCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---A----G---AT-T--C--A---TT-TT-CG------A------ATTATGGT---ATTTTGAGA--TTT--------A----ATACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-C-AGTCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATACACCA----GGACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---A----GCACAT-T--A--AGCATT-TT-CAT-----A------GTATTT-TGAGAT------T--T----------T----ATATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-T-AGTCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC--AG--A--C----T--TCG--TGA---ATCGTG---GT-------A---TT-TT--G------A------G-ATTG---------------------------A----ATATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-C-AATCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 444 11111111111111111 22 777 4444 333 777777777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 77 1 1 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ... ................. .. ... .... ... ......... .................................................... . .. . . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 444 00000000000000000 88 000 2222 555 666666666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 33 8 4 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCG------A------GTNAT-G-T---AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCG------A------GTAAT-G-T---AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---A----T---GT-T---A---TTTTAA------A------AT--T-T-T---AT------A--T-------------------ACTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTG------A------GAAAT-G-T---AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTG------A------GAAAT-G-T---AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---A----G---AT-T--AT---TTTTCA------A------ACCAT-ACT---AT------A--TTGAG------ATTGTATACATTCA---TT---CTATTGACTGG-C-AATTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---A----G---AT-C--AA---TTGTTA------A------ATCATTG-T---ATTATGAGA--TTT--------A----ATGCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-C-AATAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---A----G---CT-T--AA---TTTTCG------A------ATCAT-T-TTG-AG------A--TTA--------A----AAACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGA--TTA---A----G---AT-C--A------------------------TGGT-C-T----T------A--T----------G----AGA---TGAA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---A----G----------------TTCC------A------GTATT-T-T---G----------------------------AGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-C-AATAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---A----G---AT-C--A------------------------TGGT-C-T----T------A--T----------G----AGACG---AA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----ATATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-C-AATTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : ttACTTAATGG-C-AATTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccacattaagatgaattttcagatct---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---A----T---GT-G--TA---TTTTCG------A------AT--T-G-TAAGAT------T--T----------G----ATTTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTT-GAT-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---A----G---AT-A--CA---TTTTCG------AATCATTGTAAT-G-TGATAT------G--T----------A----ACACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-T-AATTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-A--GC---TTTTTG------A------ATAAC-T-T---CT------A--T------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-C-AATAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCA----G---AA-G--AA---TTTTCGTATCATG------GTAGT-GAG---AT------A--T----------A----TTACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-C-TTTGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ---AT------T--T----------A----ATACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---A----T---AT-G--TA---TTAACG------A------ATCAT-GGT---ATTTTAAGAGTT----------A----ATAAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-C-AATGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---A----G---GT-TCGAA---TTTTCG------A------CCAAT-GGT---ATTTTGTGA--TTA--------A----ATATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-C-GATTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCA----G---A------A---TTTTCA------A------TTCGT-G-T---TT------T--TTTTTAGTTA-A----ATACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-C-AATCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---A----G---ATAT--TT---TTTTCA------A------ATCGT-G-----AT------A--TTTTGAGAGTAA----ATATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-C-AATCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---A----G---AT-T--CA---TTTTCG------A------ATTAT-GGT---ATTTTGAGA--TTT--------A----ATACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-C-AGTCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---A----GCACAT-T--AAGCATTTTCAT-----A------GTATT-T-TGAGAT------T--T----------T----ATATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-T-AGTCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC--AG--A--C----T--TCG--TGA---ATCGTG---GT-----A---TTTT-G------A------G-ATT-G---------------------------A----ATATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-C-AATCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 333333333333333333333 22 777 4444 333 444444444 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555 0 77 1 1 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ..................... .. ... .... ... ......... . .................................................. . .. . . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 000000000000000000000 88 000 2222 555 444444444 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 8 4 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCG-A------ATNAT-G---T------AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCG-A------GTNAT-G---T------AT------A--T----------A----ATACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-C-AATCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---A----T---GT-T---A---TTTTAA-A------AT--T-T---T------AT------A--T-------------------ACTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTG-A------GAAAT-G---T------AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTG-A------GAAAT-G---T------AT------A--T----------A----ATACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-C-AATCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---A----G---AT-T--AT---TTTTCA-A------ACCAT-AC--T------AT------A--TTGAG------ATTGTATACATTCA---TT---CTATTGACTGG-C-AATTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---A----G---AT-C--AA---TTGTTA-A------ATCATTG---T------ATTATGAGA--TTT--------A----ATGCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-C-AATAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---A----G---CT-T--AA---TTTTCG-A------ATCAT-T---TTG----AG------A--TTA--------A----AAACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTA-------------------ACG--CCA--------G---AT-T--AA--------G-A-------TCAT-GGTCT-------T------A--T----------G----AGA---TGAA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---A----G----------------TTCC-A------GTATT-T---T------G----------------------------AGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-C-AATAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---A----G---AT-C--A-------------------TGGT-C---T-------T------A--T----------G----AGACG---AA-----AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----ATATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-C-AATTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : ttACTTAATGG-C-AATTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccacattaagatgaattttcagatct---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---A----T---GT-G--TA---TTTTCG-A------AT--T-G---TAAG---AT------T--T----------G----ATTTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTT-GAT-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---A----G---AT-A--CA---TTTTCG-AATCATTGTAAT-G---TGAT---AT------G--T----------A----ACACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-T-AATTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-A--GC---TTTTTG-A------ATAAC-T---T------CT------A--T------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-C-AATAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCA----G---AA-G--AA---TTTTCG-T------ATCATGG---TAGTGAGAT------A--T----------A----TTACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-C-TTTGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ------AT------T--T----------A----ATACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-A-AATCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---A----T---AT-G--TA---TTAACG-A------ATCAT-GG--T------ATTTTAAGAGTT----------A----ATAAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-C-AATGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---A----G---GT-TCGAA---TTTTCG-A------CCAAT-GG--T------ATTTTGTGA--TTA--------A----ATATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-C-GATTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCA----G---A------A---TTTTCA-A------TTCGT-G---T------TT------T--TTTTTAGTTA-A----ATACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-C-AATCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---A----G---ATAT--TT---TTTTCA-A------ATCGT-G----------AT------A--TTTTGAGAGTAA----ATATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-C-AATCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---A----G---AT-T--CA---TTTTCG-A------ATTAT-GG--T------ATTTTGAGA--TTT--------A----ATACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-C-AGTCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---A----GCACAT-T--AAGCATTTTCATA------GTATT-T---TGAG---AT------T--T----------T----ATATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-T-AGTCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC--AG--A--C----T--TCG--TGA---ATCGTG---GT-----A---TTTT-G-A------G----------------AT------T--G----------A----ATATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-C-AATCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 333333333333333333333 22 777 4444 333 444444444 1 7 33333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 77 1 1 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ..................... .. ... .... ... ......... . . ............................................... . . .. . . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 000000000000000000000 88 000 2222 555 333333333 1 6 44444444444444444444444444444444444444444444444 8 5 33 8 4 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTCGAATNAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---A----T---GT-T--A----TTTTAAAAT--T---------T---T------AT------A--T----------A----------CTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---A----G---AT-T--AT---TTTTCAAACCAT---------AC--T------AT------A--TTGAG------ATTGTAT-ACATTCA---TT---CTATTGACTGG-CAA-TTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---A----G---AT-C--AA---TTGTTAAATCATT--------G---T------ATTATGAGA--TTT--------A----AT-GCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-CAA-TAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---A----G---CT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------T---TTG----AG------A--TTA--------A----AA-ACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTA-------------------ACG--CCA--------G---AT-T--AA---------GATCAT---------GGTCT-------T------A--T----------G----AG-A---TGAA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---A----G----------------TTCCA--------------G---T------AT------T--T----------------TGAGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-CAA-TAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---A----G---AT-C--A------------TGGT---------C---T-------T------A--T----------G----AG-ACG---AA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----AT-ATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-CAA-TTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : ttACTTAATGG-CAA-TTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccacattaagatgaattttcagatct---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---A----T---GT-G--TA---TTTTCGAAT--T---------G---TAAG---AT------T--T----------G----AT-TTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTTGA-T-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---A----G---AT-A--CA---TTTTCGAATCATTGTAATGTGA---T------AT------G--T----------A----AC-ACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-TAA-TTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---A----G---AT-A--GC---TTTTTGAATAAC---------T---T------CT------A--T-------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-CAA-TAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCA----G---AA-G--AA---TTTTCGTATCATG--------G---TAGTGAGAT------A--T----------A----TT-ACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-CTT-TGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ------AT------T--T----------A----AT-ACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---A----T---AT-G--TA---TTAACGAATCAT---------GG--T------ATTTTAAGAGTT----------A----AT-AAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-CAA-TGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---A----G---GT-TCGAA---TTTTCGACCAAT---------GG--T------ATTTTGTGA--TTA--------A----AT-ATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-CGA-TTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCA----G---A------A---TTTTCAATTCGT---------G---T------TT------T--TTTTTAGTTA-A----AT-ACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-CAA-TCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---A----G---ATAT--TT---TTTTCAAATCGT---------G----------AT------A--TTTTGAGAGTAA----AT-ATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-CAA-TCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---A----G---AT-T--CA---TTTTCGAATTAT---------GG--T------ATTTTGAGA--TTT--------A----AT-ACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-CAG-TCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---A----GCACAT-T--AAGCATTTTC--ATAGT---------A---TTTTGAGAT------T--T----------T----AT-ATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-TAG-TCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC--AG--A--C----T--TCG--TGA---ATCGTG---GT-----A---TTTTGAGAT--T---------G--------------------------------A----AT-ATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-CAA-TCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 333333333333333333333 22 666 333 555555555 0 1 88888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 777 1 2 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ..................... .. ... ... ......... . . ............................................... . . ... . . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 777777777777777777777 66 777 333 111111111 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 7 2 888 7 5 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---AT---GT-T--A----TTTTAAAAT--T---------T---T------AT------A--T----------A----------CTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---AG---AT-T--AT---TTTTCAAACCAT---------AC--T------AT------A--TTGAG------ATTGTAT-ACATTCA---TT---CTATTGACTGG-CAA-TTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---AG---AT-C--AA---TTGTTAAATCATT--------G---T------ATTATGAGA--TTT--------A----AT-GCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-CAA-TAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---AG---CT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------T---TTG----AG------A--TTA--------A----AA-ACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTA-------------------ACG--CCA----G---AT-T--AA---------GATCAT---------GGTCT-------T------A--T----------G----AG-A---TGAA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---AG----------------TTC----CA----------G---T------AT------T--T----------------TGAGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-CAA-TAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---AG---AT------------------CAT---------GGTCT-------T------A--T----------G----AG-ACG---AA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----AT-ATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-CAA-TTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : tt--ACA--TTA---AG---AT-G--AA---TTTTCAGATC--------------------------------------------------T-AC-----------------TTAATGG-CAA-TTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgcc---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---AT---GT-G--TA---TTTTCGAAT--T---------G---TAAG---AT------T--T----------G----AT-TTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTTGA-T-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---AG---AT-A--CA---TTTTCGAATCATTGTAATGTGA---T------AT------G--T----------A----AC-ACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-TAA-TTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---AG---AT-A--GC---TTTTTGAATAAC---------T---T------CT------A--T-------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-CAA-TAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCAG---AA-G--AA---TTTTCGTATCATG--------G---TAGTGAGAT------A--T----------A----TT-ACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-CTT-TGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ------AT------T--T----------A----AT-ACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---AT---AT-G--TA---TTAACGAATCAT---------GG--T------ATTTTAAGAGTT----------A----AT-AAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-CAA-TGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---AG---GT-TCGAA---TTTTCGACCAAT---------GG--T------ATTTTGTGA--TTA--------A----AT-ATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-CGA-TTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCAG---A------A---TTTTCAATTCGT---------G---T------TT------T--TTTTTAGTTA-A----AT-ACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-CAA-TCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---AG---ATAT--TT---TTTTCAAATCGT---------G----------AT------A--TTTTGAGAGTAA----AT-ATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-CAA-TCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---AG---AT-T--CA---TTTTCGAATTAT---------GG--T------ATTTTGAGA--TTT--------A----AT-ACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-CAG-TCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---AGCACAT-T--AAGCATTTTCATAGTAT---------T---TTGAG--AT------T--T----------T----AT-ATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-TAG-TCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC----------------------------AG---AC-T--------TCGTGAATCGT---------GG--T------ATTTTGAGA--TTG--------A----AT-ATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-CAA-TCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 333333333333333333333 22 666 333 555555555 0 1 88888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 777 1 2 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . ..................... .. ... ... ......... . . ............................................... . . ... . . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 777777777777777777777 66 777 333 111111111 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 7 2 888 7 5 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A--T------------TTC---AT---GT-T--A----TTTTAAAAT--T---------T---T------AT------A--T----------A----------CTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTTGAGAAAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---AG---AT-T--AT---TTTTCAAACCAT---------AC--T------AT------A--TTGAG------ATTGTAT-ACATTCA---TT---CTATTGACTGG-CAA-TTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---AG---AT-C--AA---TTGTTAAATCATT--------G---T------ATTATGAGA--TTT--------A----AT-GCATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-CAA-TAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---AG---CT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------T---TTG----AG------A--TTA--------A----AA-ACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTA-------------------ACG--CCA----G---AT-T--AA---------GATCAT---------GGTCT-------T------A--T----------G----AG-A---TGAA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---AG----------------TTC----CA----------G---T------AT------T--T----------------TGAGATTTAT-GGT-AACAATTTACTGA-CAA-TAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---AG---AT------------------CAT---------GGTCT-------T------A--T----------G----AG-ACG---AA-----AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : --T----------A----AT-ATATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-CAA-TTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : tt--ACA--TTA---AG---AT-G--AA---TTTTCAGATC--------------------------------------------------T-AC-----------------TTAATGG-CAA-TTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgcc---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---AT---GT-G--TA---TTTTCGAAT--T---------G---TAAG---AT------T--T----------G----AT-TTATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTTGA-T-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---AG---AT-A--CA---TTTTCGAATCATTGTAATGTGA---T------AT------G--T----------A----AC-ACAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-TAA-TTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---AG---AT-A--GC---TTTTTGAATAAC---------T---T------CT------A--T-------------------CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-CAA-TAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCAG---AA-G--AA---TTTTCGTATCATG--------G---TAGTGAGAT------A--T----------A----TT-ACTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-CTT-TGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : ------AT------T--T----------A----AT-ACATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---AT---AT-G--TA---TTAACGAATCAT---------GG--T------ATTTTAAGAGTT----------A----AT-AAATTCAC-TGT-CACA-TTTACCGG-CAA-TGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGT------------------A--ATC--TGA---AG---GT-TCGAA---TTTTCGACCAAT---------GG--T------ATTTTGTGA--TTA--------A----AT-ATATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-CGA-TTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTATGCAG---A------A---TTTTCAATTCGT---------G---T------TT------T--TTTTTAGTTA-A----AT-ACATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-CAA-TCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---AG---ATAT--TT---TTTTCAAATCGT---------G----------AT------A--TTTTGAGAGTAA----AT-ATGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-CAA-TCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---AG---AT-T--CA---TTTTCGAATTAT---------GG--T------ATTTTGAGA--TTT--------A----AT-ACAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-CAG-TCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---AGCACAT-T--AAGCATTTTCATAGTAT---------T---TTGAG--AT------T--T----------T----AT-ATATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-TAG-TCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC----------------------------AG---AC-T--------TCGTGAATCGT---------GG--T------ATTTTGAGA--TTG--------A----AT-ATAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-CAA-TCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata
blockSeqs : A CGATT C T TCGCCGAACGCTAA CC TCC CAC TAAGCA A ACTATATTGAGATTGT G G AAG G A T . C G A TCAA ATATAACTA A T TCTCA C CTGTA AAATGAA G G TAT AATTGC GG A TG G T TTA ATA TT GC C CAT T
blockSeqs : . TG . . TAGCCCATAGGCT . TGC . TCGAA A TGTATTATGAGATTTA . G AG . A . . C . . . CTATTA . . G . CTGTA TAACTT . G . C . . . . . . . . . . CG A
blockSeqs : . CA . . TCGCCTAACACC . . . ATTT C TGTAATGTGATATGTA . T AG . A . . T . . . CC . . G . AT TCAAAT . A . C . . . . . . . . . . C A
blockSeqs : . CA . . TATCTTAATTCC . . . TAA C GGTATTTTAAGAGTTA . T AT . C . . A . . . C . . G . G TACAA . . . T . . . . . . . . . . T A
blockSeqs : . . . . CAGCTAAATAGA . . . TAA C GGTATTTTGTGATTAA . T AA . G . . C . . . C . . A . A TACAA . . . A . . . . . . . . . . T A
blockSeqs : . . TATCTTAACGGC . . . TAT C GTTTTTTTTTAGTTAA . T TG . A . . A . . . C . . G . A TAGA . . . A . . . . . . . . . . C A
blockSeqs : . . ACGCTTAACACT . . . CAA C GATATTTTGAGAGTAA . T CT . A . . C . . . C . . A . A CAAA . . . T . . . . . . . . . . C C
blockSeqs : . . TACCTTAGCGGT . . . TAA C GGTATTTTGAGATTTA . T AT . A . . T . . . C . . A . A GAAT . . . T . . . . . . . . . . T A
blockSeqs : . . AGCTTAACACA . . . TAA C GGTATTTTGAGATTGA . G AT . C . . T . . . C . . A . T TAAA . . . T . . . . . . . . . . T T
blockSeqs : . . CAACTTAACA . . . GAA C GGTAGTGAGATATA . T AG . A . . T . . . C . . A . A TGAA . . . T . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . CAACTTAACA . . . GTA A TTTGAGATTAA . T AT . G . . A . . . C . . G . A GAAT . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAGCTTGACA . . . ACA C TTTGAGATTTT . T CT . A . . G . . . C . . A . A GAAT . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TAACGCC . . . AGC C GTAAGATTTG . T AG . A . . C . . . C . . A . A TGAA . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . TAACGCA . . . GAA A GGTCTTATG . T CG . A . . G . . . T . . G . A AAG . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTTCA . . . GTA C GGTCTTATG . T GG . T . . T . . . C . . A . A TG . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . TAGC . . . TCA C GTATATA . T CT . A . . C . . . C . . A . C T . . . C . . .
blockSeqs : . GCA . . . A T GTATATA . A AG . C . . C . . . C . . A . . T . . . T . .
blockSeqs : . TA . . . T T GTATTT . T AG . A . . C . . . C . . . . . . . . . C
blockSeqs : . CC . . . . C TTCTAT . G A . C . . C . . . C . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . A . G . . C . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TAGCTTAACA*********** NAA****** GGTATTTTGAGATTA********************************
originalCons : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---AT-T--AA---TTTTCGAATCAT---------G---T------AT------A--T----------A----AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
finalCons : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTAACA-----------ACG--TTA---AG---ATNAA------TTTTCGAATCATGGTATTTTGAGATTA--------------------------------AT-ACATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 111111 111 11111111111
lowQualScore : 6 99999 2 2 44 33333333333333333 22 3333 333 222222 44444 6 1 1 3 000 1 333 0 555 1 1 1 2 1 1 3333 777777777777 1 1 55555 1 999999 88888888888 2 6 333 666666 33 2 33 0 2 2 444 444 33 33 3 999 1
lowQualScore : . ..... . . .. ................. .. .... ... ...... ..... . . . . ... . ... . ... . . . . . . .... ............ . . ..... . ...... ........... . . ... ...... .. . .. . . . ... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 7 55555 9 0 00 33333333333333333 88 7777 555 888888 44444 1 9 7 5 444 7 222 1 555 7 7 7 2 7 7 5555 444444444444 6 8 11111 9 222222 88888888888 1 3 777 888888 11 2 22 4 5 5 444 444 77 77 1 000 0
consensus : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---ATNAA---TTTT---CGAATCATGGTATTTTG-AGA-T-T-A-A-TA-CATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
Reference ( family-5730 ) : TAGGTTATGTCTAATAT-TCCG---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGCACTGTTAGCTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---ATNAA---TTTT---CGAATCATGGTATTTTG-AGA-T-T-A-A-TA-CATTCAA-GGT-AACAATTTACTGG-CAA-TCGTA-ACAAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTACTTG-ATATG----AA-A----A-CTTT---T-A-AA--TT-T-AAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AA--GATT-TCA-CC---T---AACG--GA--A-TGC--TNAGCCAAC
gi|1 : GG-GCTCTGTT-GCTCAAAACACTGTTAGCTTA---A------------------------------------TT-------TCATGTTATTTTA-AAA-T-T-TTA-TA-TACTCAA-TGT-AACACTTTACTGG-CAAATCTTA-ATAAAACGGCATT-CTACT----T------T-----TATAA-ACCACTGCACTTG-ATATG----AA-A----A-C--T---G-A-AT--TT-T-AAA---GATAT-----TAAAC----AG-AA--GAGT-TTA-CC---T---ACCA--GA--A-
gi|10 : attgcaacatgtcaTAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---ATTAA---TTTT---TGAGAAAT-GTAT-----A-----T-A-A-TA-CAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAACgtttgaacaactcgaccaatgtcgttgttcgaaaatttgacaaaatacacaagacttgtttcgatataccaatgacattattaaacgataagaattacatgtttaa
gi|11 : TAGGTTATGTCTAATAT-TCTG---TGG-AAACAGTT-GTTTAAAGCACTGTCAACTTA---A--C----A--ACG--TTA---AG---ATTAA---TTTT---TGAGAAAT-GTAT-----A-----T-A-A-TA-CAGCAAA-GGT-AACAAATTGATGG-CAA-TCGCA-ACACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TATAA-CCAACTGTACTTG--TACG----GG-ACTGTA-CTTT---T-ACAA--TT-TGAAA---GATAT-----CGAACAT--AC-AG--GATT-CCA-CC---G---AACG--GA--A-TGC--TTAACTAAC
gi|12 : TT-GACCAAAGCACTTTTCGCCTA---A--C----ACCACG--GTA---AG---ATTAT---TTTT---CAAACCATACTATATTG-AGA-T-T-GTA-TA-CATTCA---TT---CTATTGACTGG-CAA-TTATA-ACAAG-TATCATT-CTATT----T------C-----TAAAAACCCATTGTACTTA-ATATG----GA-A----G-CTTT---T-A-GA--TT-T-AAA---GATAT-----TAAACAA--AC-AT--GACT-TCA-CC---T---AA
gi|13 : aaagattatacatattT-GTCCAAAGCACTGT-AGCTTA---A--C----ACAACG--TTC---AG---ATCAA---TTGT---TAAATCATTGTATTATG-AGA-T-TTA-A-TG-CATTCAA-TGT-AACACTTTACAAG-CAA-TAGGA-AGACAATGTCATT-CTATT----T------C-----TACAT-CCCATCATTCTTG-ATAAG----AA-A----A-CTCGAAAT-G-AA--TTGT-AAA---GATGT-----AGAACAT--AC-AG--TATTGTTATTC---T---AACA--GA--atccgtaaactaatataa
gi|14 : a-GCCCAGTT-GCTCAGAG-AC-------------G--C----A--TCG--TTA---AG---CTTAA---TTTT---CGAATCAT-----TTTG-AGA-T-T-A-A-AAACATTCAA-AGT-AACGGTTTA-----------GTA--CAAAACGTCATTATTAAA----T------------TATAA-CCTATCGTACTTG-ATATG----GA-G----A-CTTT---T-G--------T-GAA---GTTAT-----AGAATAA--AC-TA--GATT-TCA-AC---T---GACG--GA--A-TGT--CAAGCTAACgctctgggaacaactca
gi|14 : gcAGTT-GTTCAAA-CTCTGTTAGCTTG---A--C----A--agagtttgaacaactctccccagtcgttttt
gi|15 : gcgcccagttgctcagagacgcatcgttaagcttaattttcgaatcattttgagattaaaaacattcaaagtaacggtttagtacaaaacgtcattattaaattataacctatcgtacttgatatggagacttttgtgaagttatagaataaactagatttcaactgacggaa---TGG-GCCCAGTT-GTTCAAAATACTGTTA-------------------ACG--CCA----G---ATTAA------------GATCATGGTCTTATG-AGA-T-G-A-A----------------AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCAAT-CATCT----TC-----C-----TATAT-CCCATTGCACTTG-ATTTG--------------CTTT---T-------TT-T---------T-T-----TGAACGC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG--CA--G-CGT--TAAGCCAACctccccagtcgttttt
gi|16 : cc---TGA-ACCCATTT-ATTGAAAGCACTGTC------------C--------CA--TTA---AG-------------TT---C----CA--GTATTTTG-AGA-T-T-T-A-T----------GGT-AACAATTTACTGA-CAA-TAATA-ACAAAATATCA--------------------------AT-----TATTGTTCTTG-ATATG----AA-A----ATCTTT---C-A-AA--Tagagctttattcaacccagctcagagatgtc
gi|17 : cacaccAGTT-GTTCAAAATACTGTTAAC------G--C----C--AGG--TTA---AG---AT------------------CATGGTCTTATG-AGA-C-G-A-A----------------AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACACAATGCCA------------C------C-----TATAT-CCTATTGTACTTG-TTATG-------C----A-TTGT---T-------TT-T-AA-----ATAT-----TGAACAC--AC-AA--TATT-ATA-CA---T---AACG------C-TGCATTAAGCCAACgaaacggagcgttaagttaacagattttttaacaactccgccctggatgaca
gi|18 : -T-T-A-A-TA-TATTCAAAGGG-AACACTTTTCTGG-CAA-TTATA-ACGAAATGTCATT-CTACT----T------C-----TATAA-CCCATTGTA-TAA-ATATG----AA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-GAATATAATATAATTGCGAACCT--AC-AA--GATA-TAA-TC---T---AATG--GA--G-TTC--TAAGCCAACa
gi|19 : tTTA-AGA-T-G-A-A-T----TTTCA-GAT---CTACTTAATGG-CAA-TTGTA-ATGAAATATCATT-CTTCT----T------C-----GATAA-CCTATTGTACTTT-ATATG----AA-A----T-CTTT---T-A-AA--TT-T-ACT---GATAT-----TAAACAT--AC-AA--GATT-TCA-AC---TATAAACA--GAGCA-TG----AAGCTAAagaactttga
gi|2 : aatgccaca---TGG-GCCCAGTT-GTTTAAAGCACTGTTATCTTA---ATTC----C--ATG--TTC---AT---GTGTA---TTTT---CGAATTGTAAGATTT----GA-T-T--------TATTAAC-TGT-AACAATTTACTGGTTGA-T-GTA-ACAAAATGTTATT-CTGC-----T------C-----TATAA-CTCATTGTACTTA-ACATT----AA-A----A-CATC---T-A-ACTTTT-T-AAA---GATAT-----TGAACAT--AC-AA--aag
gi|20 : ttatatctcatctaaaattaacaagaaatc-GCCCAGTTTGTTCAAAGCATTATTCGCCGA---A--CGCTAA--GCG--TTC---AG---ATACA---TTTT---CGAATCATTGTAATGTG-ATA-TGT-A-A-CA-CAGTAAA-TAT-CACAGTTTACTGG-TAA-TTGTT-AGAAAATACAACT-CT-TG----T------C-----TGTAA-AACATTGTACTTcacatagttttggataactcaatcctagatatcttattcgtaattacttaatcaacatgtac
gi|21 : tAGTA-ATTCAAAGCTCTGTTAAC------G--C----A--ACG--TTA---AG---ATAGC---TTTT---TGAATAAC----TTCT------------A-T--CATCCAA-TGT-GACAATTACCTGG-CAA-TAGTA-ACAAAATATAATC-CTACG----T------C-----AAAAA-TCCATTGCAC-TG-ATATG----GA-A----
gi|22 : ---TGG-GCCAAGTT-GTTCAAAGCACTGTT--TTT-------C----A--ATGCCTTGTCCAG---AAGAA---TTTT---CGTATCATGGTA--GTG-AGA-TAT-A-T-TA-CTTTCTA-GCTGAAAAATTTGCTGG-CTT-TGGTA-ACAAAAT
gi|23 : cTT-CTATT----A------T-----TCTAA-ACCATTGTACTTG-ACATG----AA-A--------TC---T-G-AA--TT-TAAAA---GATAA-----CCAACAT--A--AA--AAGT-TCA-CCTTAT---AGCGTTGA--ACTAC--TCGGCCAA
gi|24 : -T-T-A-A-TA-CATTCTA-TGT-AATAATTTACTGG-AAA-TCGTA-ACAAAATGCCATT-CTTCT----T------C-----TATCA-CCAAATGTgattgtgtt
gi|25 : aacgcggatA-CCAAATGTACTTT-ATATG----AA-A----A-CTTT---TCA-AAT-TT-T-CAA---GATAT-----CGAACAT--ACAAA--GGCT-CCA-CC---T---GACG--GA--tg
gi|26 : AAAATGTCACT-CTACT----T------C-----GATAA-CCCAGTGTACTTG-g
gi|3 : tattAGTAT-TC-----TGA-GTCCATTT-GTTCAAAGCGCTGTCAGCTAA---A--T----AGAACG--CTA---AT---ATGTA---TTAA---CGAATCATGGTATTTTA-AGAGT-T-A-A-TA-AATTCAC-TGT-CAC-ATTTACCGG-CAA-TGATA-TCAAAATATCATT-CTTCT----T------C-----TATAA-CCTATTGTACTT---TA-------------------------A-AG--GT-T-AAA---GATAC-----TTTATAT--AC-AA--TATT-TCC-TC---T---AACG--AA--G-TGT--TAAACTAAcattttaaagaaaatctatgtacaatattt
gi|4 : agaaatgtaatattttccttgccacgttgttaaatagctgcattaatatcatacaaCAGTT-GTTCAAAGCGCTGTAATCT--------G----A--AGG--TT----------CGAA---TTTT---CGACCAATGGTATTTTG-TGA-T-TAA-A-TA-TATTCAA-GGT-ATCATTGTACTGG-CGA-TTGTA-ACACAATGACATT-ATACT----T------C-----TATAA-CCCATTTTTCTTA-ATCTATCTCAA-A----A-CTTG---G-A-AT--TT-T-GAA---AATAT-----GAGACGT--TC-AA--TATT-TCT-CC---T---A------A--A-TGCG-TTATTCAACtagaa
gi|5 : aaaaatgtaatttagtacatttgaactacatacatcatataagaatgaatttcaggaat---TGG-GTCCAGTT-GCTGAAAGCACTGTTATCTTA---A--C----GGCACA--TTA---TG---CAGAA---TTTT---CAATTCGTGTTTTTTTTTAGT-T-A-A-A-TA-CATTCAC-GGT-AACAATATTTTGT-CAA-TCATA-ACAAAATATTGTT-CTACT----T------C-----TATAA-TCCATTGTACTCGTATATG----GA-A----A-CTTT---G-A-AT--TT-T-AGT---GACGT-----TGAACAG--AC-AATGGA---TCA-CC---T---AACG--GA--A-CG
gi|6 : taacagtatctcgaactatttttacaatttaaaagaaagtagttcTCTGAT-T-TCCGATTTGG-GCCCAGTT-GTTCAAAGAACCGTTAGCCCATAGG--C----T--GCG--TTA---AG---AT--A---TTTTTTTCAAATCGTGATATTTTG-AGA-G-T-A-AATA-TGTCCAG-GGT-AACGCTATATTGT-CAA-TCATA-ACAACGTGTCATT-CTATG----T------C-----TATAT-CTCATTGTTCTTG-ACATG----AACA----A-CTT------------TT-T-AAA---GCTAT-----CAAATGTGGAC-TA--G--T-TCA----------AACA--GA--A-TGT--TTAGCCAAt
gi|7 : ggtcttgaAGCACTGTACGCTTA---A--C----ACTATG--TTA---AG---ATTCA---TTTT---CGAATTATGGTATTTTG-AGA-T-TTA-A-TA-CAATCAC-TGT-AACAATTCATTGG-CAG-TCGTA-ACACAATGTCAGT-ATACTTCAAT------C-----TATGA-CCAATTTTACTTG-ATATG----AT-A----A-CT-------------TT-T-AAA---GATAC-----TGAGCAT--AT-Aaagagcctttaacaacc
gi|8 : tagacaatgcatatgtgtatgatggctctactgttaccAATAC-ACCA----GG-ACCCATTT-GTTTAAAGCAATGTTACCTTA---G--C----GGTAAG--TTA---AGCACATTAAGCATTTT---C-----ATAGTATTTTG-AGA-T-T-TTA-TA-TATTCGA-GGT-AACACTTTCTTGG-TAG-TCATA-ACAAAATATTATT-C-AAT----T------CTATTATATAA-CCCATTGTACcaatgtatggtttctatcgagattggcaac
gi|9 : aatatcagcaaatatacaataccagAATATATACA---TGACGCTAAGTT-GTTAAAGGCACGGTTAGC----------------------------AG---AC------TTCG---TGAATCGTGGTATTTTG-AGA-T-TGA-A-TA-TAGCCAA-GGC-AACAGTTTACTAG-CAA-TCATAGAAAAAATGCCAAT-CTACT----TATATAACTA---TATAA-CTTATTGTCCTTG-AAATG----AA-A----C-TTTT---T-G-AA--TT-T-TAA---AATAA-----CGGAggaacgttaagctaacaaagatttgagaaactctgatcaaatgaataccata