lowQualScore : 2222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2222222222222222
lowQualScore : 6 222 1 1 3333333333333 22 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 3333333 22 9999999999999999 8888 55
lowQualScore : . ... . . ............. .. . ............................................................. . ....... .. ................ .... ..
lowQualScore : 1 777 5 5 4444444444444 00 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2222222 88 3333333333333333 9999 88
consensus : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G--TAAATCAAGAA-GTAG-AT------T------ACAT-A-CAAATGTAT-T---A--AG-------T-TCCTCAC-CTCACTTCATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
Reference ( gi|13 ) : TTATACTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G--TAAATCAAGAA-GTAGTGT------T------ACAT-A-CAAATGTAT-T---A--AG-------T-TCCTCACACACACTTTATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
gi|2 : TTATATTGAAT---TACA-ATAGCAAA-----T-------G--TAAGTCGAAAA-ATCGTATAGGATTT------ATAT-G-CAAATATAT-C---AGAAGA------T-TTCT-AC-CTCACTTCGTTCG-----TACTTTCAT--TGC-------GTT------TTT----T--AACGGAGGTGTGAA
gi|25 : TTATATTGAAC---AATA-A--A-AAA-----G-------G--TAAGTCAAGAA-GTAG-------------------------------------A--AG-------T-TTTTCCC-CTCACCTCGTTCA-----TACTTCCAT--TGC-------A--------TTT----TTAAACAGAGGTGTGAAaagcata
gi|20 : TTATATTGAAA---AACA-CTAA-AAAAAAA-G-------G--TAAGTCAAGAA-GTA----------------------------------T---A--AG-------T-TTTTCAC-CTCACTTCATTCA-----TATTTCCAC--TGC-------A--------TTT----TTTAACAGAGGTATCAAaaaca
gi|21 : aTTATATTGAAT---AACA-TTAA-AAAC----G-------A--TAAGTCGAGAA-GTAA-------------------------------------A--AG-------T-TTTTCACAT-CAATTCATTCA-----TATTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--TACTGAGGTGTGaagc
gi|8 : taTTATGCTGAAT---AAAA-ATAA-AAG-----A-------A--TAAATCAGGAA-GTAGTAT------TGA----ACAT-A-CAATTTTATGT---A--GA-------T---CT-ATAAGAATTTTATT---------CCTTCACTTTGC-------G--------TTT----T--------GGTGTAAAcaaagca
gi|9 : taTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----A-------GAGTATATCAAGAA-GTAG-GT------T---------T-T-CATATTTAT-T---AGAAG--------------GC-CAC-CCTTAATAA-----TACTTCCAC--CGCTGCAAAGG--------CCT----T---ATAGATATGTGAAaagcgtattcaa
gi|32 : aTTATATTGAAT---AAGA-GTAA-AAA-----G----------CAAATCAATAA-GTAGTAT------T------ACAT-A-CACATG-AT-T---agcttat
gi|18 : aTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G--TAAATGAAGAA-GTAGGTT------T------TCAT-A-g
gi|17 : accgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G--TAAATGAAGAA-GTAGGTT------T------TCAT-A-aagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|7 : gaccgtttaaaaagtagatatttgttttaTTTTATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G--TCAATCAAGAA-GTAGACT------T------TCAT-A-TTA--GTAT-C---AT-AG-------T---CTCACaagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|24 : acttaaaaggtagatatttttttTTATAATGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G--TAACTCAAGTA-GTAGAAT------T------TCAT-A-AAAAtgctccataacagacgcgtaaaaagcatatt
gi|27 : accagttaaaaggtagatagtttaTTATAATGAAT---AACA-GTAA-CAA-----GA------G--TAACTCAAGTA-GTAGATT------T------TCAT-A-CAAAaaaaagcatattgaattttataaa
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnntaTTATATTCAAA---ATCA-ATAA-AAAT----A-------A--TAAATCAATGA-GTAG-GT------T---------T-T-CAAAT-TCT-TTAGA--AG-------T-TCTTC---------TCAATGA-----TACTTTTAC--TGC-------aaagcatatcgaattttataa
gi|14 : tttaTTATATTGAAT---AACAGATCA-AAT-----A-------G--TAAATCAA-AA-GAAG-GT------T---------T-T-CATATTCATAG---A--AG-------TCTCC---------CCTAAATAA-----TGCATTCAT--TGC-------T--------TCA----T--AATAGACCTGTGAAtccataacgatttgtagaaagcatattt
gi|15 : ttaTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G--TAAATCAATAA-GTAGTAT------T------ACAT-A-CAAATGTAT-A---A--GG-------T-TCCCCACCCACACTTCATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTA----T--AACAGAGGTGTGAaaccata
gi|16 : TATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------C--TAAATCAAGAA-GTAGTTT------T------ACAT-A-CAAATGCAT-T---A--GG-------T-TCCCCACCCACACTTCATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------A--------TTA----T--AACAGAGGTGTG
gi|4 : TATATTGAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G--GAACTTAAGAA-GTAGCAT------T------ACAT-A-CAGACGTA--T---A--AGAAATTATT-TCTTC-----CTCTTCATTCATAGGCTACCTTCAC--AGC-------A--------TTTTAAGT--AACAGAGGTGTTAA
gi|22 : TGTATTGAATTTCAACA-A-GA-AAA-----G-------T--TAAGTCAACAA-GTAA-------------------------------------A--AG-------T-TTTTCA-ACTTACTTCATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------AT-------TTT----T--AACAGAGATGTGAAaagcatg
gi|12 : acATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----------------------AGAA-GTCGTAT------T------ACAT-A-CAAATGTAT-TAG-A--AG-------T-TTTCCA-ACTTACTTCATTCA-----TACTTTCAC--TAC-------GCTTAAAATTTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagt
gi|28 : ATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----AAAAAAAAG--TAACTCAAGAA-GTAGGTT------T------TCAT-A-aa
gi|3 : TATTGAAT---AATA-ATGA-AAA-----GA------G--TAAATAAAAAAAGGAGTAT------T------ACAT-A-TAAATTTAT-C---AGAAG-------T-TTTTC---CTCACTTCAACCA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AAC--AGGTGTGAAaagcatagcatgaaatgcatatcaaattttata
gi|5 : ATTGAAT---AACA-ATAA-AAAG----G-------G--TAAGTCTAGAA-GTCGTAT------TAGATCAACAT-A-CAAATGTAT-TAG-A--AG-------T-TTTTCAC-CTCACTTCATTTA-----TACCTTCTT--TAC-------GT-------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaacttcaaagcatattcaaa
gi|23 : gagATTGAAT---AACA-TTAA-AAAAAAAAG-------G--TAATTCAAGAA-GTA-------------------------AAA-GTTT-T---G--G-------------CCAT---CACTTCATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcata
gi|6 : AAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G--GAAATTAAGAA-GTAGAAT------T------ACAT-A-CAAATGTAT-T---AGTAG-------T-TTTTCCCCTCCACTTCATTCATAGGCTACCTTCAC--TGC-------A--------TTTTAAAT--AAAAGATGTGTGAAaagca
gi|29 : AAT---AACA-ATAA-AA------T-------G--TAAATCAAGAA-GTAG----------------ATGT-AGTAGATGTAT-A---AGGAG-------T-CCCCC-CACaagcatat
gi|11 : attaaattgaataagtgaT---AACG-GTAA-AAA-----A-------G--TAAATCAAGAA-GTATTAT------T------ACAT-A-TAAATGTAT-TAG-A--AG-------T-T--TTAC-CCCACTTCATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------GTT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAcccac
gi|26 : t-ATAA-AAA-----G-------G--TAAATCAAGAA-GTAGTAT------T------ACATTA-CAATTGTAT-T---A--GG-------T-TCCCCACTGTCACTTCATTAA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAaagcatat
gi|34 : --TGC-------T--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGAATGGCAGTAAAATGAGTAAATGGAGAAGTCGGTTTTCATAATTATTGGAAGCAACACCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCAATTACACATTCACTACCTCGTAATAGATGTATGAAAACACATTTAAAAC
Unaligned ( gi|19 ): TATTATATTAAATAACGGTCAAAAGAGTAAATAAAAAAGTAGGTTTTCATATTTTACAAAAAGACCCCCCTCATCGATTCATAATAGATGTGTGAAAAGCATATTCAAC
Unaligned ( gi|30 ): GAATAACAGTAAAAACTCAAGAAGTAGATTTTCATAAAGCATAACATGAAAAGCATATTAAATTTTATAA
Unaligned ( gi|31 ): CAATTTTATTAAAAGTCCCCCTCTCTGCTTCATAATTGACGTGTGAAAAGCATAATATCAAATTT
Unaligned ( gi|33 ): TTGATAAAGCATAGCATGAAAAGCATATCAAATTTTATAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 333333333333333333333333333333333333 3333333333333333
lowQualScore : 222 1 1 4444444444444 1 333 333333 222 999999999999999999999999999999999999 666666 1 55 2 1 888 1 1 99999 22 0000000000000000 8888 22
lowQualScore : ... . . ............. . ... ...... ... .................................... ...... . .. . . ... . . ..... .. ................ .... ..
lowQualScore : 444 3 3 4444444444444 3 777 888888 333 999999999999999999999999999999999999 777777 7 55 2 7 444 9 5 55555 66 1111111111111111 5555 88
consensus : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
Reference ( family-5550 ) : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TCCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
gi|10 : TTATATTCAAA---ATCA-ATAA-AAAT----A-------A-TAAATCAATGA---GT------A---G-G-T-T----------T-TCAAAT-TCT-TTAGA--AG------T-TCTTC-----------TC-AATGA-----TACTTTTAC--TGC-------
gi|11 : tttaT---AACG-GTAA-AAA-----A-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---TTA-T-T---A-CA---T-ATAAATGTAT-T---AGAAG------T-T--TTAC-C-C-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------GTT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAtccataacgatttgtagaaagcatattt
gi|12 : tATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA----------------------AGAA---GT------C---GTA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---AGAAG------T-TTTCCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TAC-------GCTTAAAATTTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatat
gi|13 : TTATACTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---GTG-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TCCTCACAC-A-CACTTT-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaa
gi|14 : TTATATTGAAT---AACAGATCA-AAT-----A-------G-TAAATCAA-AA---GA------A---G-G-T-T----------T-TCATATTCATAG---A--AG------T---CTCCC-C-T-AA-----A-TAA-----TGCATTCAT--TGC-------T--------TCA----T--AATAGACCTGTGAA
gi|15 : ttaTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAATAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-A---A--GG------T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTA----T--AACAGAGGTGTGAaaccata
gi|16 : TATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------C-TAAATCAAGAA---GT------A---GTT-T-T---A-CA---T-ACAAATGCAT-T---A--GG------T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------A--------TTA----T--AACAGAGGTGTG
gi|17 : TTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GT------A---G-G-T-T---
gi|18 : gaccgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GT------A---G-G-T-T---ttcataaagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|19 : accgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTAAAT---AACG-GTCA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAA---GT------A---G-G-T-TTTCA-TATTTT-ACAAA----------A--AG------A-CCCC--C-C-T-CA--TCGATTCA-----TAttcataaagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|2 : taTTATATTGAAT---TACA-ATAGCAAA-----T-------G-TAAGTCGAAAAATCGT------ATAGG-A-T-TT--A-TA---T-GCAAATATAT-C---AGAAGA-----T-TTCT-AC-C-T-CACTTC-GTTCG-----TACTTTCAT--TGC-------GTT------TTT----T--AACGGAGGTGTGAAatagatgtgtgaaaagcatattcaac
gi|20 : TTATATTGAAA---AACA-CTAA-AAAAAAA-G-------G-TAAGTCAAGAA---GT------A---------------------------------T---A--AG------T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TATTTCCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTATCAAaagcata
gi|21 : aTTATATTGAAT---AACA-TTAA-AAAC----G-------A-TAAGTCGAGAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TTTTCAC-A-T-CAATTC-ATTCA-----TATTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--TACTGAGGTGTGaagc
gi|22 : taTGTATTGAATTTCAACA-A-GA-AAA-----G-------T-TAAGTCAACAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TTTTCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------AT-------TTT----T--AACAGAGATGTGAAcaaagca
gi|23 : acATTGAAT---AACA-TTAA-AAAAAAAAG-------G-TAATTCAAGAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TT-TGGC-CAT-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagt
gi|24 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GT------A---GAA-T-T---T-CA---T-AAAAAaagca
gi|25 : accagttaaaaggtagatagtttaTTATATTGAAC---AATA-A--A-AAA-----G-------G-TAAGTCAAGAA---GT------A---G-A----------------------------------AG------T-TTTTCCC-C-T-CACCTC-GTTCA-----TACTTCCAT--TGC-------A--------TTT----TTAAACAGAGGTGTGAAaaaaagcatattgaattttataaa
gi|26 : -ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---TTACAATTGTAT-T---A--GG------T-TCCCCAC-TGT-CACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAaaaca
gi|27 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-CAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GT------A---G-ATT-T---T-CA---T-ACAAA
gi|28 : nnnnnnnnnnnnnnnnntaATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----AAAAAAAAG-TAACTCAAGAA---GT------A---G-G-T-T---aaagcatatcgaattttataa
gi|29 : AAT---AACA-ATAA-AA------T-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-TGT---A--------GTAGATGTAT-A---AGGAG------TCCCCCCAC-C-C-CACttcataaagcatagcatgaaatgcatatcaaattttata
gi|3 : attaaattgaataagtgaTATTGAAT---AATA-ATGA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAAA--GG------A---GTA-T-T---A-CA---T-ATAAATTTAT-C---AGAAG------T-TTTTC---C-T-CACTTC-AACCA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AAC--AGGTGTGAA
gi|30 : GAAT---AACA-GTAA-AAA-----C-------------TCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---aacttcaaagcatattcaaa
gi|32 : TTATATTGAAT---AAGA-GTAA-AAA-------------G-CAAATCAATAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---T-ACACATG-AT-T---ttcataaagcataacatgaaaagcatattaaattttataa
gi|34 : a--TGC-------T--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAg
gi|4 : TATATTGAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAACTTAAGAA---GT------A---GCA-T-T---A-CA---T-ACAGACGTA--T---A--AGAAATTAT-TTCTT-C-C-T---CTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--AGC-------A--------TTTTAAGT--AACAGAGGTGTTAAaagcatattcaaaa
gi|5 : ATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------GGTAAGTCTAGAA---GTCGTATTA---G-A-T-C---AACA---T-ACAAATGTAT-T---AGAAG------T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTTA-----TACCTTCTT--TAC-------GT-------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatg
gi|6 : gagAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAAATTAAGAA---GT------A---GAA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---AGTAG------T-TTTTCCC-C-TCCACTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--TGC-------A--------TTTTAAAT--AAAAGATGTGTGAAaagcata
gi|7 : TTTTATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TCAATCAAGAA---GT------A---G-ACT-T---T-CA---T-ATTA--GTAT-C---AT-AG------T---CTCAC-aagcatat
gi|8 : acttaaaaggtagatatttttttTTATGCTGAAT---AAAA-ATAA-AAG-----A-------A-TAAATCAGGAA---GT------A---GTA-T-TGA-A-CA---T-ACAATTTTATGT---A--GA------T-CTATAA----G-AATTTT-ATT---------CCTTCACTTTGC-------G--------TTT----T--------GGTGTAAAtgctccataacagacgcgtaaaaagcatatt
gi|9 : taTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAAAG---A-------G-TATATCAAGAA---GT------A---G-G-T-T----------T-TCATATTTAT-TAG-A--AG----------GCCAC-C-----CTTA-A-TAA-----TACTTCCAC--CGCTGCAAAGG--------CCT----T---ATAGATATGTGAAaagcgtattcaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGAATGGCAGTAAAATGAGTAAATGGAGAAGTCGGTTTTCATAATTATTGGAAGCAACACCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCAATTACACATTCACTACCTCGTAATAGATGTATGAAAACACATTTAAAAC
Unaligned ( gi|31 ): CAATTTTATTAAAAGTCCCCCTCTCTGCTTCATAATTGACGTGTGAAAAGCATAATATCAAATTT
Unaligned ( gi|33 ): TTGATAAAGCATAGCATGAAAAGCATATCAAATTTTATAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 333333333333333333333333333333333333 3333333333333333
lowQualScore : 222 1 1 4444444444444 1 333 333333 222 999999999999999999999999999999999999 88888888 1 2 1 888 1 1 99999 22 0000000000000000 8888 22
lowQualScore : ... . . ............. . ... ...... ... .................................... ........ . . . ... . . ..... .. ................ .... ..
lowQualScore : 444 3 3 4444444444444 3 777 888888 333 999999999999999999999999999999999999 00000000 3 2 7 444 9 5 55555 66 1111111111111111 5555 88
consensus : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
Reference ( family-5550 ) : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
gi|10 : TTATATTCAAA---ATCA-ATAA-AAAT----A-------A-TAAATCAATGA---GT------A---G-G-T-T----------T-TCAAAT-TCT-TTAGA--AG------T-TCTTC-----------TC-AATGA-----TACTTTTAC--TGC-------
gi|11 : tttaT---AACG-GTAA-AAA-----A-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---TTA-T-T---A-CA---T-ATAAATGTAT-T---AGAAG------T-TTT--AC-C-C-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------GTT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAtccataacgatttgtagaaagcatattt
gi|12 : tATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA----------------------AGAA---GT------C---GTA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---AGAAG------T-TTTCCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TAC-------GCTTAAAATTTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatat
gi|13 : TTATACTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---GTG-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TCCTCACAC-A-CACTTT-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaa
gi|14 : TTATATTGAAT---AACAGATCA-AAT-----A-------G-TAAATCAA-AA---GA------A---G-G-T-T----------T-TCATATTCATAG---A--AG---------TCTCCC-C-T-AA-----A-TAA-----TGCATTCAT--TGC-------T--------TCA----T--AATAGACCTGTGAA
gi|15 : ttaTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAATAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-A---A--GG------T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTA----T--AACAGAGGTGTGAaaccata
gi|16 : TATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------C-TAAATCAAGAA---GT------A---GTT-T-T---A-CA---T-ACAAATGCAT-T---A--GG------T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------A--------TTA----T--AACAGAGGTGTG
gi|17 : TTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GT------A---G-G-T-T---
gi|18 : gaccgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GT------A---G-G-T-T---ttcataaagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|19 : accgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTAAAT---AACG-GTCA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAA---GT------A---G-G-T-TTTCA-TATTTT-ACAAA----------A--AG---------ACCCCC-C-T-CA--TCGATTCA-----TAttcataaagcatagcatgaaaagcatattaaattttata
gi|2 : taTTATATTGAAT---TACA-ATAGCAAA-----T-------G-TAAGTCGAAAAATCGT------ATAGG-A-T-TT--A-TA---T-GCAAATATAT-C---AGAAGA-----T-TTCT-AC-C-T-CACTTC-GTTCG-----TACTTTCAT--TGC-------GTT------TTT----T--AACGGAGGTGTGAAatagatgtgtgaaaagcatattcaac
gi|20 : TTATATTGAAA---AACA-CTAA-AAAAAAA-G-------G-TAAGTCAAGAA---GT------A---------------------------------T---A--AG------T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TATTTCCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTATCAAaagcata
gi|21 : aTTATATTGAAT---AACA-TTAA-AAAC----G-------A-TAAGTCGAGAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TTTTCAC-A-T-CAATTC-ATTCA-----TATTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--TACTGAGGTGTGaagc
gi|22 : taTGTATTGAATTTCAACA-A-GA-AAA-----G-------T-TAAGTCAACAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TTTTCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------AT-------TTT----T--AACAGAGATGTGAAcaaagca
gi|23 : acATTGAAT---AACA-TTAA-AAAAAAAAG-------G-TAATTCAAGAA---GT------A---A-A----------------------------------AG------T-TT-TGGC-CAT-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagt
gi|24 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GT------A---GAA-T-T---T-CA---T-AAAAAaagca
gi|25 : accagttaaaaggtagatagtttaTTATATTGAAC---AATA-A--A-AAA-----G-------G-TAAGTCAAGAA---GT------A---G-A----------------------------------AG------T-TTTTCCC-C-T-CACCTC-GTTCA-----TACTTCCAT--TGC-------A--------TTT----TTAAACAGAGGTGTGAAaaaaagcatattgaattttataaa
gi|26 : -ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---TTACAATTGTAT-T---A--GG------T-TCCCCAC-TGT-CACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAaaaca
gi|27 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-CAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GT------A---G-ATT-T---T-CA---T-ACAAA
gi|28 : nnnnnnnnnnnnnnnnntaATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----AAAAAAAAG-TAACTCAAGAA---GT------A---G-G-T-T---aaagcatatcgaattttataa
gi|29 : AAT---AACA-ATAA-AA------T-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-TGT---A--------GTAGATGTAT-A---AGGAG------TCCCCCCAC-C-C-CACttcataaagcatagcatgaaatgcatatcaaattttata
gi|3 : attaaattgaataagtgaTATTGAAT---AATA-ATGA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAAA--GG------A---GTA-T-T---A-CA---T-ATAAATTTAT-C---AGAAG------T-TTTTC---C-T-CACTTC-AACCA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AAC--AGGTGTGAA
gi|30 : GAAT---AACA-GTAA-AAA-----C-------------TCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---aacttcaaagcatattcaaa
gi|32 : TTATATTGAAT---AAGA-GTAA-AAA-------------G-CAAATCAATAA---GT------A---GTA-T-T---A-CA---T-ACACATG-AT-T---ttcataaagcataacatgaaaagcatattaaattttataa
gi|34 : a--TGC-------T--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAg
gi|4 : TATATTGAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAACTTAAGAA---GT------A---GCA-T-T---A-CA---T-ACAGACGTA--T---A--AGAAATTAT-TTCTT-C-C-T---CTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--AGC-------A--------TTTTAAGT--AACAGAGGTGTTAAaagcatattcaaaa
gi|5 : ATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------GGTAAGTCTAGAA---GTCGTATTA---G-A-T-C---AACA---T-ACAAATGTAT-T---AGAAG------T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTTA-----TACCTTCTT--TAC-------GT-------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatg
gi|6 : gagAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAAATTAAGAA---GT------A---GAA-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---AGTAG------T-TTTTCCC-C-TCCACTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--TGC-------A--------TTTTAAAT--AAAAGATGTGTGAAaagcata
gi|7 : TTTTATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TCAATCAAGAA---GT------A---G-ACT-T---T-CA---T-ATTA--GTAT-C---AT-AG---------TCTCAC-aagcatat
gi|8 : acttaaaaggtagatatttttttTTATGCTGAAT---AAAA-ATAA-AAG-----A-------A-TAAATCAGGAA---GT------A---GTA-T-TGA-A-CA---T-ACAATTTTATGT---A--GA------T-CTATAA----G-AATTTT-ATT---------CCTTCACTTTGC-------G--------TTT----T--------GGTGTAAAtgctccataacagacgcgtaaaaagcatatt
gi|9 : taTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAAAG---A-------G-TATATCAAGAA---GT------A---G-G-T-T----------T-TCATATTTAT-TAG-A--AG----------GCCAC-C-----CTTA-A-TAA-----TACTTCCAC--CGCTGCAAAGG--------CCT----T---ATAGATATGTGAAaagcgtattcaa
blockSeqs : TTC G C AAAAAAAA G ATC CGTATT TAG TATTGAACATACAATTTTATGTA AAATTAT T A A CA G C TAGGC TT GCTTAAAAT TAAG TA
blockSeqs : . . . AAAAAG . A . . TATTACATATAAATGTATTAGA AT T A . CA . C TAGGC . TGCAAAGG TAAA .
blockSeqs : . . . AAAAG . . . . TATTACATACAAATGTATTAGA TC C A . AT . A . . GTT . .
blockSeqs : . . . AGA . . . . ATTTATATGCAAATATATCAGA T C C . GT . A . . ATT . .
blockSeqs : . . . GA . . . . TATTACATATAAATTTATCAGA T C A . TC . A . . ATT . .
blockSeqs : . . . GA . . . . ATCAACATACAAATGTATTAGA T C A . C . A . . ATT . .
blockSeqs : . . . GA . . . . AATTACATACAAATGTATTAGT T C C . T . C . . AT . .
blockSeqs : . . . CG . . . . TATTACATTACAATTGTATTA T C A . A . C . . GT . .
blockSeqs : . . . GA . . . . TGTTACATACAAATGTATTA T T A . T . C . . G . .
blockSeqs : . . . GA . . . . TATTACATACAAATGTATAA T T A . T . C . . T . .
blockSeqs : . . . GA . . . . TTTTACATACAAATGCATTA T T A . T . C . . G . .
blockSeqs : . . . GA . . . . GTTTTCATATTTTACAAAA T T G . T . C . . A . .
blockSeqs : . . . A . . . . ATGTAGTAGATGTATAAGG T C C . T . C . . A . .
blockSeqs : . . . G . . . . CATTACATACAGACGTATA T C A . T . A . . G . .
blockSeqs : . . . A . . . . ACTTTCATATTAGTATCAT T T A . T . C . . G . .
blockSeqs : . . . G . . . . GTTTTCATATTTATTAGA T C A . C . C . . T . .
blockSeqs : . . . G . . . . GTTTTCATATTCATAGA T T C . T . T . . A . .
blockSeqs : . . . T . . . . TA T T A . T . C . . A . .
blockSeqs : . . . G . . . . A . C A . T . A . . G . .
blockSeqs : . . . G . . . . A . A A . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . A . G . . .
blockSeqs : . . . T . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . C . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : G************ NNTTACATACAAATGTATAGA*************** T** G***************
originalCons : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GT------A---G-A-T-T---A-CA---T-ACAAATGTAT-T---A--AG------T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
finalCons : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAAG------------G-TAAATCAAGAA---GT------A---GNNTTACATACAAATGTATAGA---------------AG------T-TTCTCAC-CT--CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGCG---------------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGAATGGCAGTAAAATGAGTAAATGGAGAAGTCGGTTTTCATAATTATTGGAAGCAACACCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCAATTACACATTCACTACCTCGTAATAGATGTATGAAAACACATTTAAAAC
Unaligned ( gi|31 ): CAATTTTATTAAAAGTCCCCCTCTCTGCTTCATAATTGACGTGTGAAAAGCATAATATCAAATTT
Unaligned ( gi|33 ): TTGATAAAGCATAGCATGAAAAGCATATCAAATTTTATAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 111111111111111111111111111111 3333333333333333
lowQualScore : 222 1 1 2222222222222 1 333 222 999999999999999999999999999999 00 333 1 1 1 3 1 888 1 1 99999 22 0000000000000000 8888 22
lowQualScore : ... . . ............. . ... ... .............................. .. ... . . . . . ... . . ..... .. ................ .... ..
lowQualScore : 444 3 3 8888888888888 3 777 333 777777777777777777777777777777 44 000 7 7 7 3 7 444 9 5 55555 66 1111111111111111 5555 88
consensus : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GTA---GNNTT--N------CAT-ACAAATGT-A-T-AGAA---G-T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
Reference ( family-5550 ) : TTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GTA---GNNTT--A------CAT-ACAAATGT-A-T-AGAA---G-T-TTCTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAA
gi|10 : TTATATTCAAA---ATCA-ATAA-AAAT----A-------A-TAAATCAATGA---GTA---GGTTT--T------CA----AATTCT-T-T-AGAA---G-T-TCTTC-----------TC-AATGA-----TACTTTTAC--TGC-------
gi|11 : tttaT---AACG-GTAA-AAA-----A-------G-TAAATCAAGAA---GTA---TTATT--A------CAT-ATAAATGT-ATT-AGAA---G-T-T--TTAC-C-C-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------GTT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAtccataacgatttgtagaaagcatattt
gi|12 : tATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA----------------------AGAA---GTC---GTATT--A------CAT-ACAAATGT-A-TTAGAA---G-T-TTTCCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TAC-------GCTTAAAATTTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatat
gi|13 : TTATACTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GTA---GTGTT--A------CAT-ACAAATGT-A-T--TAA---G-T-TCCTCACAC-A-CACTTT-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaa
gi|14 : TTATATTGAAT---AACAGATCA-AAT-----A-------G-TAAATCAA-AA---GAA---GGTTT--T------CAT-----ATTC-A-T-AGAA---G----TCTCCC-C-T-AA-----A-TAA-----TGCATTCAT--TGC-------T--------TCA----T--AATAGACCTGTGAA
gi|15 : ttaTATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAATAA---GTA---GTATT--A------CAT-ACAAATGT-A-T-A-AG---G-T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------G--------TTA----T--AACAGAGGTGTGAaaccata
gi|16 : TATATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------C-TAAATCAAGAA---GTA---GTTTT--A------CAT-ACAAATGC-ATT-AG-----G-T-TCCCCAC-C-CACACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGC-------A--------TTA----T--AACAGAGGTGTG
gi|17 : TTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GTA---GGTTT--T------CAT-A-AA--GC-A-T-AG
gi|18 : gaccgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAAATGAAGAA---GTA---GGTTT--T------CAT-A-AA--GC-A-T-AGcatgaaaagcatattaaattttata
gi|19 : accgtttaaaaagtagatatttgttttaTTATATTAAAT---AACG-GTCA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAA---GTA---GGTTT--T------CAT-AT---TTT-A-C-AAAA---A-G-ACCCC-C-C-T-CA--TCGATTCA-----TAcatgaaaagcatattaaattttata
gi|2 : taTTATATTGAAT---TACA-ATAGCAAA-----T-------G-TAAGTCGAAAAATCGTATAGGATTT--A------TAT-GCAAATAT-A-TCAGAA---GAT-TTCT-AC-C-T-CACTTC-GTTCG-----TACTTTCAT--TGC-------GTT------TTT----T--AACGGAGGTGTGAAatagatgtgtgaaaagcatattcaac
gi|20 : TTATATTGAAA---AACA-CTAA-AAAAAAA-G-------G-TAAGTCAAGAA---GTA--------------------------------T-A--A---G-T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTCA-----TATTTCCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTATCAAaagcata
gi|21 : aTTATATTGAAT---AACA-TTAA-AAAC----G-------A-TAAGTCGAGAA---GTA---A--------------------------------AA---G-T-TTTTCAC-A-T-CAATTC-ATTCA-----TATTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--TACTGAGGTGTGaagc
gi|22 : taTGTATTGAATTTCAACA-A-GA-AAA-----G-------T-TAAGTCAACAA---GTA---A--------------------------------AA---G-T-TTTTCAA-C-T-TACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------AT-------TTT----T--AACAGAGATGTGAAcaaagca
gi|23 : acATTGAAT---AACA-TTAA-AAAAAAAAG-------G-TAATTCAAGAA---GTA---A--------------------------------AA---G-T-TT-TGGC-CAT-CACTTC-ATTCA-----TACTTTCAC--TGC-------ATT------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagt
gi|24 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GTA---GAATT--T------CAT-AAAAAaagca
gi|25 : accagttaaaaggtagatagtttaTTATATTGAAC---AATA-A--A-AAA-----G-------G-TAAGTCAAGAA---GTA---G--------------------------------AA---G-T-TTTTCCC-C-T-CACCTC-GTTCA-----TACTTCCAT--TGC-------A--------TTT----TTAAACAGAGGTGTGAAaaaaagcatattgaattttataaa
gi|26 : -ATAA-AAA-----G-------G-TAAATCAAGAA---GTA---GTATT--A------CATTACAATTGT-A-TTAG-----G-T-TCCCCAC-TGT-CACTTC-ATTAA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAaaaca
gi|27 : TTATAATGAAT---AACA-GTAA-CAA-----GA------G-TAACTCAAGTA---GTA---GATTT--T------CAT-ACAAA
gi|28 : nnnnnnnnnnnnnnnnntaATATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----AAAAAAAAG-TAACTCAAGAA---GTA---GGTTT--T------CAT-A-AA--GC-A-T-AGaaagcatatcgaattttataa
gi|29 : AAT---AACA-ATAA-AA------T-------G-TAAATCAAGAA---GTA---GATGT--A----------GTAGATGT-A-TAAGGA---G-TCCCCCCAC-C-C-CACcatgaaatgcatatcaaattttata
gi|3 : attaaattgaataagtgaTATTGAAT---AATA-ATGA-AAA-----GA------G-TAAATAAAAAAA--GGA---GTATT--A------CAT-ATAAATTT-A-TCAGAA---G-T-TTTTC---C-T-CACTTC-AACCA-----TACTTTCAC--TGT-------G--------TTT----T--AAC--AGGTGTGAA
gi|30 : GAAT---AACA-GTAA-A------------------AACTCAAGAA---GTA---GATTT--T------CAT-Aaacttcaaagcatattcaaa
gi|32 : TTATATTGAAT---AAGA-GTAA-AAA-----G---------CAAATCAATAA---GTA---GTATT--A------CAT-ACACATGaagcataacatgaaaagcatattaaattttataa
gi|34 : a--TGC-------T--------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAattg
gi|4 : TATATTGAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAACTTAAGAA---GTA---GCATT--A------CAT-ACAGACGT-A-TAAGAAATTA-T-TTCTT-C-C-T---CTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--AGC-------A--------TTTTAAGT--AACAGAGGTGTTAAaagcatattcaaaa
gi|5 : ATTGAAT---AACA-ATAA-AAA-----G-------GGTAAGTCTAGAA---GTC---GTATT--AGATCAACAT-ACAAATGT-A-TTAGAA---G-T-TTTTCAC-C-T-CACTTC-ATTTA-----TACCTTCTT--TAC-------GT-------TTT----T--AACAGAGGTGTGAAaagcatg
gi|6 : gagAAT---AAAA-ATAA-AAA-----A-------G-GAAATTAAGAA---GTA---GAATT--A------CAT-ACAAATGT-ATT-AGTA---G-T-TTTTCCC-C-TCCACTTC-ATTCATAGGCTACCTTCAC--TGC-------A--------TTTTAAAT--AAAAGATGTGTGAAaagcata
gi|7 : TTTTATTGAAT---AACA-GTAA-AAA-----GA------G-TCAATCAAGAA---GTA---GACTT--T------CAT-ATTAGTATCA-T-AG----------TCTCAC-aagcatat
gi|8 : acttaaaaggtagatatttttttTTATGCTGAAT---AAAA-ATAA-AAG-----A-------A-TAAATCAGGAA---GTA---GTATTGAA------CAT-ACAATTTT-A-T-GTAG---A-T-CTATAA----G-AATTTT-ATT---------CCTTCACTTTGC-------G--------TTT----T--------GGTGTAAAtgctccataacagacgcgtaaaaagcatatt
gi|9 : taTTATATTGAAT---AACA-GTAA-AAAAG---A-------G-TATATCAAGAA---GTA---GGTTT--T------CAT-----ATTT-ATT-AGAA---G-----GCCAC-C-----CTTA-A-TAA-----TACTTCCAC--CGCTGCAAAGG--------CCT----T---ATAGATATGTGAAaagcgtattcaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTGAATGGCAGTAAAATGAGTAAATGGAGAAGTCGGTTTTCATAATTATTGGAAGCAACACCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCAATTACACATTCACTACCTCGTAATAGATGTATGAAAACACATTTAAAAC
Unaligned ( gi|31 ): CAATTTTATTAAAAGTCCCCCTCTCTGCTTCATAATTGACGTGTGAAAAGCATAATATCAAATTT
Unaligned ( gi|33 ): TTGATAAAGCATAGCATGAAAAGCATATCAAATTTTATAA