lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1 1111 111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6 6 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 111 999999 777 6 2 33 555 2 444 9999 0 3 66 0 3 777777777777 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6
lowQualScore : . . ................................................................................................................................. . . ... ...... ... . . .. ... . ... .... . . .. . . ............ . .............................................................. .
lowQualScore : 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 3 555 666666 888 8 9 99 000 9 555 8888 7 1 66 2 3 111111111111 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0
consensus : TCTATATTCAATATTTACAAAGCATCTCNGTTGAGTCGAAACGTTNANTTCA-GA-----TTT-------TCTTATAAT--TTTC--------TNT-----A--A---C-A-TTTTAA--T-A---------T------GGA-TTATT-AA--GC------TTAT--ATTTTCATT-GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCT-AAATCTGTTG-AT------------CATC-C-CA---G--T-N----ATTTTTT--AATAGAAAATGTAATG-ACA-TA---CC-GATAGA-CATTGATGTGAAAA
Reference ( gi|6 ) : TCTGTATCCAATA---ATAAAGCA----GAC--AGTCGAAATCTTCAGCTCACGA-----TTT-------CCTTATAAT--TTTC--------TTT-----A--A---C-A-TTTCAA--G-A---------T------GGA-TTATT-AG--GC------TTAT--GTTTTCAAT-GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCT-AAACCTGTTG-AT------------CATC-C-CA---G--T-C----ATTTTCTAAAAAAAAAAATGTAATG-ACA-TA---TT-AATAGATTATTGATGTGAAGA
gi|1 : TCTATATTCA-------CAAAGCA----TGTTGAGTCAAAACGTTAACTTTACGAAGAATTTTAAAATGATCTTATAGT--TTTT--------TATCTAA-A--A---CTA-TTCT----T-A---------T------GGA-ATATTTAA--AT------TCAT--AGTTTCGTT-GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTC-AAA-CTGTTG-AT------------CA-C-C-CAC--G--T-G----ATTTT----AATAGAAAATTTAATG---A-TA---CC--ATAGA-CATTTATGTGAAA
gi|13 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggCAATATTTATAAAGCATCTCGA----GTTGAAAAATTTAG------------TTT---------TTATAAT--TTTCG-------TCT------------C-A-TTTTAA--A-AACGATCTTAT------TGA-TTGTT-AT--GC------ATAT--ATTTTCATT-GAATA--GTA---AAA-TG--tcagattaaatt
gi|8 : caggatTCAAAAT-TTCATTT----------TTC-------CCCCAAAAT--TTTCGGTCATATTTT-----A--AAACC-AGTCCCAA--T-A---------T------GGA-TTATT-AA--ACATAAAATTAT--ATTT-CAATTGAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATAT-AAAgtatc
gi|5 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggccattatttacaaaataccttaagttaaacaacacttaacCTCA-GA-----TTT-------TGTT-TAAA--TCTCAT------TTT-----ACAAT--C-A-TTT-----GTA---------T------GGA-TTATT-AA--GC------TTAT--ATTTACATT-GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTT-AAATCTGTTT-AC------------CATC-C-ttt
gi|4 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggccaatattcataaagtatttttagtgggaaaattcaattaactcaaaattaGA-----CTT-------TCTTATTATGATCTC--------TTTTGTGAA--G---C-A-TTTT----T-A---------T------GAAATTGTC-AA--AC------TTTT--ATCTTCATT-GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGT-AACTATGTTG-AT------------TGTT-C-AC---G--T-A----ATTGTTT----AATAAATTGTAATG-ACACCAT--TT-CATAA---ACTGATGTGAAAat
gi|10 : gaccccatattaaaaaaataccatattagtcgaaaagttcacttaactaagaattaaaA-----TTG-------CTTTCTCAT--TTTA--------T-------A--A---CCA-TTTT----T-A---------T------GGC-TTTTT-AA--GC------TAAT--GTTTTTATC-GAATA--GTA---AGACCG--AG--ATTTC-AATCCT-TTG-AT------------CATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|2 : tatttaaaaagtatcagagtaaaaaaaaacactttactcagagttacatTT-------TCTTATACT--TTTC--------TAT-----C--T---C-A-TTTAAATAGCA---------TTCCTTAGGA-TGAGT-AA--GC------CTTT--ATTTTCCTT-GAATA--ACA---AGA-CG--AG--A-TCT-AAATAAACTG-AT------------CTTC-C-AG---G--A-A----ACTATCT--AACAGAAAATGAACTG-ACA-atg
gi|11 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttatataacacatcttattaataaatcgaaaaatttactttgctcggaattaaaacgTTC--------TCA-----A--A---C-C-TGTCA---T-A---------T------GAA-TTATT-AA--GC------TGAT--ATTTTCATT-GGCTG--GTA---AGA-TG--TG--A-TCT-AAGTATGTTG-AT------------CTTG-T-CA---T--T-CGCATATTTT----AATAGAAAATGTAAAA-ACA-CAACACG-AAAGGA--ATTGATGTGccatagaaaccgacgtgtaaaatcagctaa
gi|7 : tta-A---------T------GGA-TTATT-AA--TT------TTATATGTTTTCATT-GAACA--GTG---TGA-TG--AT---ACCT-AAATCTGTTGTAT------------CATC-C-AC---G--TAT----ATTTTT----ATATAAAATGTAATG-ATA--A---CCAAATA---CATCGATATGAA
gi|14 : cagaatctaagacgttgttatacatgaagttgttttaatcttattctaA-TTATT-AT--GC------TTAC--ATTTTCA------TA--GTA---AGA-TG---G--AATCT-AAATCTCTTG-AT------------CATCAA-CA---GAAT-A----GTTT-----GAAAGAAAAGGTAAAGAAAA-TG---TT-GA-----CATTGATGTGAAAcagttaggtacatttta
gi|12 : tcacgattacA-TTATT-AT--GC------CTAT--AGTTTCATT-GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG---TTCT-AAATCTGCTG-AC------------CATC-CACA------T-A----ATTTTTT--GATAGAAAATGTAAa
gi|16 : tttctatatcattttgaaaccattcttttgaattTATT-AGTGGC------TTAT--ATTTTCATC-AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CT-AAATATATTG-AT------------CATA-C-AT---A--T-C----ATTTTctt
gi|9 : T--ATTTTCATT-AAATA--GTA---AAA-TG--AG---ATGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATG--T-A----ATTT--TAATACAAAAA--GTAATT-ACA-------C-CATAGA-AATTGATGCGAAA
gi|15 : -GAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTT-AAATCAATTA-AT------------CATC-C-TA---T--T-T-----TTTTTT--AATACAAAATGTAATG---A-TA---CC--ATAGA-AATTGGTTTGAAAatgagacttaaaacttcactttttagaagcttgatgaatac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCGAATGCTAATAATTAAATCTCACTTTTAATTGGCTACACGTGTACACGTCATAACATTCTAATACAGAGTCTATGTTCATACAGTAGCTTAATTCGGAATTATAAATTACAATTTAAAATCGTCTAATGCTTTTATACCTCATTTTAAAACTATTCTTATTCATTAATAACTTATAATTTCATTGAATATTAAGATAAGTACTAAACATGTTAATCATCAATTCTGTTAATGCAATTGAAATGAGAAAATGTATCATTTA
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 111111111111 22222222222 44444444444444
lowQualScore : 6 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 3 88888 888888 33 33 33 444 33 33 8888 2 3 555555555555 3 00000000000 55 1 22222222222222 66 77 4
lowQualScore : . . ................................................................................................................................................................ . . . ..... ...... .. .. .. ... .. .. .... . . ............ . ........... .. . .............. .. .. .
lowQualScore : 0 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 3 1 88888 888888 77 77 77 777 33 77 7777 9 1 888888888888 1 77777777777 55 6 33333333333333 11 33 4
consensus : TCTGTATTCAATATTTATAAAGCATCT---T--TGA--GTCGAA--ACGTTCANTT----C----------A-----GA--N------TTT--------C----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTATT-A--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTTTT--AATAGAAAATGTAATGACA--AC-C-----ATA--GA-NATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTATATTCAATATTTACAAAGCATCTCNGT--TGA--GTCGAA--ACGTTNANTT----C----------A-----GA--T------TTT--------C----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTATT-A--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTTTT--AATAGAAAATGTAATGACAT-AC-CG----ATA--GA-CATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAGCAT----GT--TGA--GTCAAA--ACGTTAACTT----T----------ACGAAGAA--T------TTTAAAATGATC----TT-----ATAGT--TTTT-TA------TCTAA-AA----CTATTCT-----------------------TA---------T-GGA-ATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TTTT--AATAGAAAATTTAATG--AT-AC-C-----ATA--GA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAGTATCAGAGT--AAA--A-AAAA--ACACTTTACT----C----------A-----GA--G------TTA--------C----AT-----ATTGC--TTTC-TCATTTTAT-----AA----CCATTTT-----------------------TA---------T-GGC-TTTTT-A--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGACCG--AG---ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C-CTGTCA----------------------TA---------T-GAA-TTATT-A--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA-TG--TG---ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATTTT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG----AAA--GG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta--TTTC-TA------T-----AT----C-ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-GAA-TTATT-ATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG---TTCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTTTT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAGCATCTC------GA--GTTGAA--A-----AATT----T----------A-----G-----------TT--------T----TT-----ATAAT--TTTCGTC------T-----------C-ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-TGA-TTGTT-A--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA-TG--ctt
gi|14 : caggaA-TTATT-A--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA-TG---G--AATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGTTT--GAAAGAAAAGGTAAAGAAA-----------ATGTTGA-CATTGATGTG-AAAAgtatc
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTTTT--AATACAAAATGTAATG--AT-AC-C-----ATA--GA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TATT-A--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTTattggatattt
gi|2 : TATAACACATCTTATTAATAA--ATCGAA--AAATTTACTTTGCTC----------G-----GAATTAAAACGTTT--------C----TT-----ATACT--TTTC-TA------T-----CT----C-ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAGGA-TGAGT-A--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA-CG--AG---ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTATCT--AACAGAAAATGAACTGAC---AC-C-----ATA--GA-AACCGACGTGTAAAA
gi|4 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttaA--GTCGAA--AAGTTCACTTAA--CTAAGAATTAAA-----GA--C------TTT--------C----TT-----ATTATGATCTC-TT------TTGTGAAG----C-ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTGTC-A--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGTTT--AAT--AAATTGTAATGAC---AC-CATTTCATA--AA-C--TGATGTG-AAAAtcagctaa
gi|5 : gaccccatattaaaaaaataccatattCAATATTCATAAAGTATTT---T--T-A--GTGGGA--AAATTCAATTAACTC----------A-----AA--A------TTA--------C----TC-----A-GAT--TTTG-TT------T-----AAATCTC-ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-GGA-TTATT-A--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAGCA----------GACAGTCGAA--ATCTTCAGCT----C----------AC----GA--T------TTC--------C----TT-----ATAAT--TTTC-TT------T-----AA----C-ATTTCA---------A------------GA---------T-GGA-TTATT-A--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTTCTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT-AT-TA----ATA--GATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : -ATTCTA---------A------------T------------GGA-TTATT-A--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA-TG--AT--A-CCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTTT----ATATAAAATGTAATGATA--AC-CA----A-A--TA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaagacgttgttatacatgaagttgttttaatcttCATTATTTACAAAATACCT------TAA--GTTAAACAACACTTAACT----C----------A-----AA--A------TTT--------CATTTTTCCCCCAAAAT--TTTC-GG------T-----CA----T-ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-GGA-TTATT-A--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA-TG--AG--A-TGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT----AATACAAAAAGTAATTACA---C-C-----ATA--GA-AATTGATGCG-AAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TCGAATGCTAATAATTAAATCTCACTTTTAATTGGCTACACGTGTACACGTCATAACATTCTAATACAGAGTCTATGTTCATACAGTAGCTTAATTCGGAATTATAAATTACAATTTAAAATCGTCTAATGCTTTTATACCTCATTTTAAAACTATTCTTATTCATTAATAACTTATAATTTCATTGAATATTAAGATAAGTACTAAACATGTTAATCATCAATTCTGTTAATGCAATTGAAATGAGAAAATGTATCATTTA
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 2222222222222222222222222222 222222
lowQualScore : 1 0 2 88888888 66 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 2 77777 888888 33 33 33 444 33 33 8888 2 2 4444444444444444444444444444 3 55 0 555555 4 777 55 4
lowQualScore : . . . ........ .. .. ........................................................................................................................................................ . . . ..... ...... .. .. .. ... .. .. .... . . ............................ . .. . ...... . ... .. .
lowQualScore : 6 1 4 11111111 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 9 66666 222222 44 44 44 444 55 44 0000 7 9 2222222222222222222222222222 3 00 5 444444 4 888 44 4
consensus : TCTGTATTCAATATTCATAAAGCATCTT------GA--GTCGAA--A----N-----ATT-CAATT----C----------A----GAATT--------T---------C----TT-----ATA-AT----TTTC-TN------T-----AA----C---ATTTTA---------A------------TA---------T-G-GATTATT-A--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTGTATTCAATATTTATAAAGCATCTT-----TGA--GTCGAA--A----C-----GTT-CANTT----C----------A----GANTT--------T---------C----TT-----ATA-AT----TTTC-TN------T-----AA----C---ATTTTA---------A------------TA---------T-G-GATTATT-A--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-NATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAGCATGTT------GA--GTCAAA--A----C-----GTT-AACTT----T----------ACGAAGAATT--------TTAAAATGATC----TT-----ATA-GT----TTTT-TA------TCTAA-AA----CT--ATTCT-----------------------TA---------T-G-GAATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TT-TT--AATAGAAAATTTAATGAT-----ACC-AT---AGA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAGTATCA-------GA--GTAAAA--AAAAAC-----ACT-TTACT----C----------A----GAGTT--------A---------C----AT-----ATT-GC----TTTC-TCATTTTAT-----AA----CC--ATTTT-----------------------TA---------T-G-GCTTTTT-A--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGACCG--AG---ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C---CTGTCA----------------------TA---------T-G-AATTATT-A--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA-TG--TG---ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATT-TT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG-AA---AGG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta----TTTC-TA------T-----AT----C---ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-G-AATTATT-ATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG--T-TCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTT-TT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAGCATCTC------GA--GTTGAA--A---------------AATT----T----------A----G---T--------T---------T----TT-----ATA-AT----TTTCGTC------T-----------C---ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-T-GATTGTT-A--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA-TG--ctt
gi|14 : caggaATTATT-A--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA-TG---G--AATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGT-TT--GAAAGAAAAGGTAAAGA-A----AAT-GT---TGA-CATTGATGTG-AAAAgtatc
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTT-TT--AATACAAAATGTAATGAT-----ACC-AT---AGA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TATT-A--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTT-attggatattt
gi|2 : TATAACACATCTTATTAATAA--ATCGAA--A----A-----ATT-TACTTTGCTC----------G----GAATTAAAACGTTT---------C----TT-----ATA-CT----TTTC-TA------T-----CT----C---ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAG-GATGAGT-A--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA-CG--AG---ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTAT-CT--AACAGAAAATGAACTGAC-----ACC-AT---AGA-AACCGACGTGTAAAA
gi|3 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttaTCTATGTTCATACAGTAGCTT------AA--TTCGGA--A----TTATAAATTACAATT----T----------A----AAATCG-------T---------C----TA-----ATG-CT----TTTA-TA------C-----CT----C---ATTTTA---------AAACTATTCT---TA---------T-T-CATTAAT-A--A---C------TTATAA--TTTCATT--GAATA--TTA---AGA-TA--AG--TA-CTAAACA-TGTTA-ATC------------ATC------------AATTCTGTT--AAT-GCAATTGAAATGAGA----Atcagctaa
gi|4 : tcgaatgctaataattaaatctcacttttaattggctacacgtgtacacgtcataacattctaatacagagATATTAAAAAAATACCATA----TTA--GTCGAA--A----A-----GTT-CACTTAA--CTAAGAATTAAA----GACTT--------T---------C----TT-----ATT-ATGA--TCTC-TT------TTGTGAAG----C---ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTGTC-A--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGT-TT--AAT--AAATTGTAATGAC-----ACC-ATTTCATA-AACTGATGTG-AAAAaatgtatcattta
gi|5 : gaccccCAATATTCATAAAGTATTTT-----T-A--GTGGGA--A----A-----ATT-CAATTAACTC----------A----AAATT--------A---------C----TC-----A-G-AT----TTTG-TT------T-----AAATCTC---ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-G-GATTATT-A--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAGCA----------GACAGTCGAA--A----T-----CTT-CAGCT----C----------AC---GATTT--------C---------C----TT-----ATA-AT----TTTC-TT------T-----AA----C---ATTTCA---------A------------GA---------T-G-GATTATT-A--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTT-CTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT---ATTAAT---AGATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : ----------A----GACGT--------T---------G----TT-----ATACATGAAGTTGT-TT------T-----AA----TCTTATTCTA---------A------------T------------G-GATTATT-A--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA-TG--AT--A-CCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTT-T----ATATAAAATGTAATGATA----ACC-AA---ATA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaCATTATTTACAAAATACCTT------AA--GTTAAACAA----C-----ACT-TAACT----C----------A----AAATT--------T---------CATTTTTCCCCCAAA-AT----TTTC-GG------T-----CA----T---ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-G-GATTATT-A--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA-TG--AG--A-TGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT-----AATACAAAAAGTAATTACA-----CC-AT---AGA-AATTGATGCG-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222222222222222222222222 222222
lowQualScore : 2 0 777 00 77777777 66 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2 77777 888888 33 33 33 444 33 33 8888 2 2 4444444444444444444444444444 3 55 0 555555 4 777 66 4
lowQualScore : . . ... .. ........ .. .. ................................................................................................................................. . . . ..... ...... .. .. .. ... .. .. .... . . ............................ . .. . ...... . ... .. .
lowQualScore : 2 1 888 99 22222222 11 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 9 66666 222222 44 44 44 444 55 44 0000 7 9 2222222222222222222222222222 3 00 5 444444 4 888 33 4
consensus : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----ACT----C----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----ATT----C----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAG---CATGTTG------A--GTCAAA--AC-----GTT-AA----CTT----TACGAAGAATTTTAAAATGATC----TT-----ATAGT--TTTT-TA------TCTAA-AA----CTATTCT-----------------------TA---------T-GGA-ATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TT-TT--AATAGAAAATTTAATGAT-----ACC-AT---AGA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAG---TATCA-G------A--GTAAAA--AA-----AAA-CACTTTACT----C----AGAGTT---------AC----AT-----ATTGC--TTTC-TCATTTTAT-----AA----CCATTTT-----------------------TA---------T-GGC-TTT-TTA--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGACCG--AG---ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C-CTGTCA----------------------TA---------T-GAA-TTA-TTA--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA-TG--TG---ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATT-TT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG-AA---AGG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta--TTTC-TA------T-----AT----C-ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-GAA-TTA-TTATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG---TTCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTT-TT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAG---CATCTCG------A--GTTGAA--A-----------A----ATT----T----AG---T---------TT----TT-----ATAAT--TTTCGTC------T-----------C-ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-TGA-TTG-TTA--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA-TG--ctt
gi|14 : caggaA-TTA-TTA--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA-TG---G--AATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGT-TT--GAAAGAAAAGGTAAAGA-A----AAT-GT---TGA-CATTGATGTG-AAAAgtatc
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTT-TT--AATACAAAATGTAATGAT-----ACC-AT---AGA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TA-TTA--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTT-attggatattt
gi|2 : ATAACA---CATCTTATTAATAA--ATCGAA--AA-----ATT-TA----CTTTGCTC----GGAATTAAAACGTT-TC----TT-----ATACT--TTTC-TA------T-----CT----C-ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAGGA-TGA-GTA--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA-CG--AG---ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTAT-CT--AACAGAAAATGAACTGAC-----ACC-AT---AGA-AACCGACGTGTAAAA
gi|3 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttatTCTATGTTCATACAG---TAGCTTA------A--TTCGGA--ATTATAAATTACA----ATT----T----AAAATCG--------TC----TA-----ATGCT--TTTA-TA------C-----CT----C-ATTTTA---------AAACTATTCT---TA---------T-TCA-TTA-ATA--A---C------TTATAA--TTTCATT--GAATA--TTA---AGA-TA--AG--TA-CTAAACA-TGTTA-ATC------------ATC------------AATTCTGTT--AAT-GCAATTGAAATGAGA----Atcagctaa
gi|4 : tcgaatgctaataattaaatctcacttttaattggctacacgtgtacacgtcataacattctaatacagagATATTAAAAAAATACCATATT-------A--GTCGAA--AA-----GTT-CACTTAACT----A----AGAATTAAAGACTT-TC----TT-----ATTATGATCTC-TT------TTGTGAAG----C-ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTG-TCA--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGT-TT--AAT--AAATTGTAATGAC-----ACC-ATTTCATA-AACTGATGTG-AAAAaatgtatcattta
gi|5 : gaccccCAATATTCATAAAG---TATTTTT------A--GTGGGA--AA-----ATT-CA----ATTAACTC----AAAATT---------AC----TC-----A-GAT--TTTG-TT------T-----AAATCTC-ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAG---CA----G------ACAGTCGAA--AT-----CTT-CA----GCT----C----ACGATT---------TCC---TT-----ATAAT--TTTC-TT------T-----AA----C-ATTTCA---------A------------GA---------T-GGA-TTA-TTA--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTT-CTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT---ATTAAT---AGATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : GAAGT---------TG----TT-----TTAAT--CTT------------------------ATTCTA---------A------------T------------GGA-TTA-TTA--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA-TG--AT--A-CCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTT-T----ATATAAAATGTAATGATA----ACC-AA---ATA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaagacgttgttatacatCATTATTTACAAAA---TACCTTA------A--GTTAAACAAC-----ACT-TA----ACT----C----AAAATT---------TCATTTTTCCCCCAAAAT--TTTC-GG------T-----CA----T-ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-GGA-TTA-TTA--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA-TG--AG--A-TGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT-----AATACAAAAAGTAATTACA-----CC-AT---AGA-AATTGATGCG-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222222222222222222222222 222222
lowQualScore : 2 0 777 00 77777777 66 66 222222 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2 77777 888888 33 33 33 444 33 33 8888 2 2 4444444444444444444444444444 3 55 0 555555 4 777 66 4
lowQualScore : . . ... .. ........ .. .. ...... .. ...................................................................................................................... . . . ..... ...... .. .. .. ... .. .. .... . . ............................ . .. . ...... . ... .. .
lowQualScore : 2 1 888 99 22222222 11 11 111111 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 9 66666 222222 44 44 44 444 55 44 0000 7 9 2222222222222222222222222222 3 00 5 444444 4 888 33 4
consensus : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAG---CATGTTG------A--GTCAAA--AC-----GTT--A----A----CTTTACGAAGAATTTTAAAATGATC----TT-----ATAGT--TTTT-TA------TCTAA-AA----CTATTCT-----------------------TA---------T-GGA-ATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TT-TT--AATAGAAAATTTAATGAT-----ACC-AT---AGA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAG---TATCA-G------A--GTAAAA--AA-----AAA-CACTTTA----CTC-----AGAGTT---------AC----AT-----ATTGC--TTTC-TCATTTTAT-----AA----CCATTTT-----------------------TA---------T-GGC-TTT-TTA--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGACCG--AG---ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C-CTGTCA----------------------TA---------T-GAA-TTA-TTA--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA-TG--TG---ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATT-TT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG-AA---AGG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta--TTTC-TA------T-----AT----C-ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-GAA-TTA-TTATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG---TTCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTT-TT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAG---CATCTCG------A--GTTGAA--AA-----ATT-TA----G-----------------T---------TT----TT-----ATAAT--TTTCGTC------T-----------C-ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-TGA-TTG-TTA--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA-TG--ctt
gi|14 : caggaA-TTA-TTA--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA-TG---G--AATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGT-TT--GAAAGAAAAGGTAAAGA-A----AAT-GT---TGA-CATTGATGTG-AAAAgtatc
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTT-TT--AATACAAAATGTAATGAT-----ACC-AT---AGA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TA-TTA--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTT-attggatattt
gi|2 : ATAACA---CATCTTATTAATAA--ATCGAA--AA-----ATT-TACTTTG----CTC-----GGAATTAAAACGTT-TC----TT-----ATACT--TTTC-TA------T-----CT----C-ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAGGA-TGA-GTA--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA-CG--AG---ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTAT-CT--AACAGAAAATGAACTGAC-----ACC-AT---AGA-AACCGACGTGTAAAA
gi|3 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttatTCTATGTTCATACAG---TAGCTTA------A--TTCGGA--ATTATAAATTACA----A----TTT-----AAAATCG--------TC----TA-----ATGCT--TTTA-TA------C-----CT----C-ATTTTA---------AAACTATTCT---TA---------T-TCA-TTA-ATA--A---C------TTATAA--TTTCATT--GAATA--TTA---AGA-TA--AG--TA-CTAAACA-TGTTA-ATC------------ATC------------AATTCTGTT--AAT-GCAATTGAAATGAGA----Atcagctaa
gi|4 : tcgaatgctaataattaaatctcacttttaattggctacacgtgtacacgtcataacattctaatacagagATATTAAAAAAATACCATATT-------A--GTCGAA--AA-----GTT-CACTTAA----CTA-----AGAATTAAAGACTT-TC----TT-----ATTATGATCTC-TT------TTGTGAAG----C-ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTG-TCA--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGT-TT--AAT--AAATTGTAATGAC-----ACC-ATTTCATA-AACTGATGTG-AAAAaatgtatcattta
gi|5 : gaccccCAATATTCATAAAG---TATTTTT------A--GTGGGA--AA-----ATT-CA----ATTAACTC-----AAAATT---------AC----TC-----A-GAT--TTTG-TT------T-----AAATCTC-ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAG---CA----G------ACAGTCGAA--AT-----CTT-CA----G----CTC-----ACGATT---------TCC---TT-----ATAAT--TTTC-TT------T-----AA----C-ATTTCA---------A------------GA---------T-GGA-TTA-TTA--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTT-CTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT---ATTAAT---AGATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : GAAGT---------TG----TT-----TTAAT--CTT------------------------ATTCTA---------A------------T------------GGA-TTA-TTA--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA-TG--AT--A-CCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTT-T----ATATAAAATGTAATGATA----ACC-AA---ATA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaagacgttgttatacatCATTATTTACAAAA---TACCTTA------A--GTTAAACAAC-----ACT-TA----A----CTC-----AAAATT---------TCATTTTTCCCCCAAAAT--TTTC-GG------T-----CA----T-ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-GGA-TTA-TTA--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA-TG--AG--A-TGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT-----AATACAAAAAGTAATTACA-----CC-AT---AGA-AATTGATGCG-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 2222222222222222222222222222 222222
lowQualScore : 2 0 777 00 77777777 66 66 222222 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2 77777 888888 33 33 33 444 33 33 8888 2 2 4444444444444444444444444444 3 55 0 555555 4 777 66 4
lowQualScore : . . ... .. ........ .. .. ...... .. ...................................................................................................................... . . . ..... ...... .. .. .. ... .. .. .... . . ............................ . .. . ...... . ... .. .
lowQualScore : 2 1 888 99 22222222 11 11 111111 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 9 66666 222222 44 44 44 444 55 44 0000 7 9 2222222222222222222222222222 3 00 5 444444 4 888 33 4
consensus : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAG---CATGTTG------A--GTCAAA--AC-----GTT--A----A----CTTTACGAAGAATTTTAAAATGATC----TT-----ATAGT--TTTT-TA------TCTAA-AA----CTATTCT-----------------------TA---------T-GGA-ATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA-TG--AGTAGATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TT-TT--AATAGAAAATTTAATGAT-----ACC-AT---AGA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAG---TATCA-G------A--GTAAAA--AA-----AAA-CACTTTA----CTC-----AGAGTT---------AC----AT-----ATTGC--TTTC-TCATTTTAT-----AA----CCATTTT-----------------------TA---------T-GGC-TTT-TTA--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGACCG--AG---ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C-CTGTCA----------------------TA---------T-GAA-TTA-TTA--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA-TG--TG---ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATT-TT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG-AA---AGG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta--TTTC-TA------T-----AT----C-ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-GAA-TTA-TTATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA-CA--AG---TTCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTT-TT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAG---CATCTCG------A--GTTGAA--AA-----ATT-TA----G-----------------T---------TT----TT-----ATAAT--TTTCGTC------T-----------C-ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-TGA-TTG-TTA--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA-TG--ctt
gi|14 : caggaA-TTA-TTA--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA-TG---G--AATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGT-TT--GAAAGAAAAGGTAAAGA-A----AAT-GT---TGA-CATTGATGTG-AAAAgtatc
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA-TG--AG--A-TTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTT-TT--AATACAAAATGTAATGAT-----ACC-AT---AGA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TA-TTA--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA-CG--AG--AA-CTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTT-attggatattt
gi|2 : ATAACA---CATCTTATTAATAA--ATCGAA--AA-----ATT-TACTTTG----CTC-----GGAATTAAAACGTT-TC----TT-----ATACT--TTTC-TA------T-----CT----C-ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAGGA-TGA-GTA--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA-CG--AG---ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTAT-CT--AACAGAAAATGAACTGAC-----ACC-AT---AGA-AACCGACGTGTAAAA
gi|3 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttatTCTATGTTCATACAG---TAGCTTA------A--TTCGGA--ATTATAAATTACA----A----TTT-----AAAATCG--------TC----TA-----ATGCT--TTTA-TA------C-----CT----C-ATTTTA---------AAACTATTCT---TA---------T-TCA-TTA-ATA--A---C------TTATAA--TTTCATT--GAATA--TTA---AGA-TA--AG--TA-CTAAACA-TGTTA-ATC------------ATC------------AATTCTGTT--AAT-GCAATTGAAATGAGA----Atcagctaa
gi|4 : tcgaatgctaataattaaatctcacttttaattggctacacgtgtacacgtcataacattctaatacagagATATTAAAAAAATACCATATT-------A--GTCGAA--AA-----GTT-CACTTAA----CTA-----AGAATTAAAGACTT-TC----TT-----ATTATGATCTC-TT------TTGTGAAG----C-ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTG-TCA--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGA-TAGTAA--AATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGT-TT--AAT--AAATTGTAATGAC-----ACC-ATTTCATA-AACTGATGTG-AAAAaatgtatcattta
gi|5 : gaccccCAATATTCATAAAG---TATTTTT------A--GTGGGA--AA-----ATT-CA----ATTAACTC-----AAAATT---------AC----TC-----A-GAT--TTTG-TT------T-----AAATCTC-ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA-TG---G--TATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAG---CA----G------ACAGTCGAA--AT-----CTT-CA----G----CTC-----ACGATT---------TCC---TT-----ATAAT--TTTC-TT------T-----AA----C-ATTTCA---------A------------GA---------T-GGA-TTA-TTA--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA-TG--AG--AATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTT-CTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT---ATTAAT---AGATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : GAAGT---------TG----TT-----TTAAT--CTT------------------------ATTCTA---------A------------T------------GGA-TTA-TTA--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA-TG--AT--A-CCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTT-T----ATATAAAATGTAATGATA----ACC-AA---ATA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaagacgttgttatacatCATTATTTACAAAA---TACCTTA------A--GTTAAACAAC-----ACT-TA----A----CTC-----AAAATT---------TCATTTTTCCCCCAAAAT--TTTC-GG------T-----CA----T-ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-GGA-TTA-TTA--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA-CG--AG---ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA-TG--AG--A-TGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT-----AATACAAAAAGTAATTACA-----CC-AT---AGA-AATTGATGCG-AAAA
blockSeqs : T TAC TATTAATA CA CA TTATAA AC ACTCAAAATTTCATTTTTCCCCCAAAATTTTCGGTCATATTTTAAAACCAGTCCCAATA A A . TTAT ATAAAA GT TG CC GTT CC GT AA A T TATATAAATTATATTCCACATGTA G AA CACAAC A TTC TT T
blockSeqs : T . CG . . A C CTTTGCTCGGAATTAAAACGTTTCTTATACTTTTCTATCTCATTTAAATAGCATTCCT . . . GTG . . . . . T . AA . . TTGTCATTCGC . . CAT . . A .
blockSeqs : C . TA . . A T CTTAACTAAGAATTAAAGACTTTCTTATTATGATCTCTTTTGTGAAGCATTTTTA . . . A . . . . . C . TA . . ATCCACGTAT . . GA . . C .
blockSeqs : A . TT . . A T ATTAACTCAAAATTACTCAGATTTTGTTTAAATCTCATTTTACAATCATTTGTA . . . A . . . . . T . AA . . ATCCACATA . . TA . . A .
blockSeqs : C . TA . . A C ATTTAAAATCGTCTAATGCTTTTATACCTCATTTTAAAACTATTCTTA . . . T . . . . . T . TA . . ATCAACAGA . . CA . . A .
blockSeqs : T . G . . A C CTTTACTCAGAGTTACATATTGCTTTCTCATTTTATAACCATTTTTA . . . T . . . . . T . AA . . ATCCTATTT . . A . . A .
blockSeqs : . . T . . T C GCTCACGATTTCCTTATAATTTTCTTTAACATTTCAAGA . . . A . . . . . C . A . . ATACATATC . . T . . C .
blockSeqs : . G . . C T GTTTTTATAATTTTCGTCTCATTTTAAAAACGATCTTA . . . A . . . . . C . A . . TTCCAGGAA . . C . . A .
blockSeqs : . . . A . . . . . T . T . . GTTCACGTA . . C
blockSeqs : . . . A . . . . . T . A . . ATCCCAGTC . .
blockSeqs : . . . G . . . . . T . A . . ATCA .
blockSeqs : . . A . . . . . T . A . .
blockSeqs : . A . . . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . C . A .
blockSeqs : . . . . T .
blockSeqCons : C* A***
originalCons : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AG--AATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
finalCons : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATTC-A----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA-CG--AGA---TCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222 222222
lowQualScore : 2 0 777 00 77777777 66 66 222222 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 3 2 77777 888888 33 33 33 444 7777 444 2 2 2 4444444444444444444444444444 3 55 0 555555 4 777 66 4
lowQualScore : . . ... .. ........ .. .. ...... .. ...................................................................................................................... . . . ..... ...... .. .. .. ... .... ... . . . ............................ . .. . ...... . ... .. .
lowQualScore : 2 1 888 99 22222222 11 11 111111 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1 9 66666 222222 44 44 44 444 9999 444 5 7 9 2222222222222222222222222222 3 00 5 444444 4 888 33 4
consensus : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA---CG---AG-ATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
Reference ( family-543 ) : TCTGTATTCAATATTCATAAAG---CATCTTG------A--GTCGAA--AN-----ATT-CA----A----CTC-----AGAATT---------TC----TT-----ATAAT--TTTC-TN------T-----AA----C-ATTTTA---------A------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AGA---CG---AG-ATCTAAATC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--NATTTT-TT--AATAGAAAATGTAATGACA----ACC-AT---AGA-AATTGATGTG-AAAA
gi|1 : TCTATATTCACAAAG---CATGTTG------A--GTCAAA--AC-----GTT--A----A----CTTTACGAAGAATTTTAAAATGATC----TT-----ATAGT--TTTT-TA------TCTAA-AA----CTATTCT-----------------------TA---------T-GGA-ATATTTA--A--AT------TCATAG--TTTCGTT--GAATA--ACA---AGA---TGAGTAG-ATTCAAA-C-TGTTG-ATC------------A-C-C-CAC--GT--GA--TT-TT--AATAGAAAATTTAATGAT-----ACC-AT---AGA-CATTTATGTG-AAAA
gi|10 : gtgttcaatgtccgaataaatgtaaaaatcttgatatatataatacaaagctaaagtactaggTATTTAAAAAG---TATCA-G------A--GTAAAA--AA-----AAA-CACTTTA----CTC-----AGAGTT---------AC----AT-----ATTGC--TTTC-TCATTTTAT-----AA----CCATTTT-----------------------TA---------T-GGC-TTT-TTA--A--GC------TAATGT--TTTTATC--GAATA--GTA---AGAC--CG---AG-ATTTCAATC-CTTTG-ATC------------ATC-C-tcagattaaatt
gi|11 : TTC-TC------A-----AA----C-CTGTCA----------------------TA---------T-GAA-TTA-TTA--A--GC------TGATAT--TTTCATT--GGCTG--GTA---AGA---TG---TG-ATCTAAGTA-TGTTG-ATC------------TTG-T-CA---TTCGCATATT-TT--AATAGAAAATGTAAAAACACAACACG-AA---AGG-AATTGATGTG-atg
gi|12 : tta--TTTC-TA------T-----AT----C-ATTTTG---------A------------AACCATTCTTTT-GAA-TTA-TTATTAT-GC------CTATAG--TTTCATT--GAATACCGTAGTTAGA---CA---AG-TTCTAAATC-TGCTG-ACC------------ATC-CACA----T--AATTTT-TT--GATAGAAAATGTAA
gi|13 : TCAATATTTATAAAG---CATCTCG------A--GTTGAA--AA-----ATT-TA----G-----------------T---------TT----TT-----ATAAT--TTTCGTC------T-----------C-ATTTTA---------AAAACGATCT---TA---------T-TGA-TTG-TTA--T--GC------ATATAT--TTTCATT--GAATA--GTA---AAA---TG---GT-ATCctt
gi|14 : caggaA-TTA-TTA--T--GC------TTACAT--TTTCAT-------A--GTA---AGA---TG---GA-ATCTAAATC-TCTTG-ATC------------ATCAA-CA---G---AATAGT-TT--GAAAGAAAAGGTAAAGA-A----AAT-GT---TGA-CATTGATGTG-AAAA
gi|15 : tcacgattac--TTCCATTTGGAACA--ACA---AGA---TG---AG-ATTTAAATC-AATTA-ATC------------ATC-C-TA---TT--T-TTTT-TT--AATACAAAATGTAATGAT-----ACC-AT---AGA-AATTGGTTTG-AAAAa
gi|16 : TA-TTA--GTGGC------TTATAT--TTTCATC--AAATA--GTA---AGA---CG---AG-AACTAAATA-TATTG-ATC------------ATA-C-AT---AT--CATTTT-attggatattt
gi|2 : ATAACA---CATCTTATTAATAA--ATCGAA--AA-----ATT-TACTTTG----CTC-----GGAATTAAAACGTT-TC----TT-----ATACT--TTTC-TA------T-----CT----C-ATTTAA---------A------------TAGCATTCCT-TAGGA-TGA-GTA--A--GC------CTTTAT--TTTCCTT--GAATA--ACA---AGA---CG---AG-ATCTAAATA-AACTG-ATC------------TTC-C-AG---GA--AACTAT-CT--AACAGAAAATGAACTGAC-----ACC-AT---AGA-AACCGACGTGTAAAA
gi|3 : tgtttttagtgtataaatacatgttgttgacacatagacatacagttatTCTATGTTCATACAG---TAGCTTA------A--TTCGGA--ATTATAAATTACA----A----TTT-----AAAATCG--------TC----TA-----ATGCT--TTTA-TA------C-----CT----C-ATTTTA---------AAACTATTCT---TA---------T-TCA-TTA-ATA--A---C------TTATAA--TTTCATT--GAATA--TTA---AGA---TA---AG-TACTAAACA-TGTTA-ATC------------ATC------------AATTCTGTT--AAT-GCAATTGAAATGAGA----Atcagctaa
gi|4 : tcgaatgctaataattaaatctcacttttaattggctacacgtgtacacgtcataacattctaatacagagATATTAAAAAAATACCATATT-------A--GTCGAA--AA-----GTT-CACTTAA----CTA-----AGAATTAAAGACTT-TC----TT-----ATTATGATCTC-TT------TTGTGAAG----C-ATTTT-----------------------TA---------T-GAAATTG-TCA--A--AC------TTTTAT--CTTCATT--GAATA--GTA---AGATAGTA---AA-ATGTAACTA-TGTTG-ATT------------GTT-C-AC---GT--AATTGT-TT--AAT--AAATTGTAATGAC-----ACC-ATTTCATA-AACTGATGTG-AAAAaatgtatcattta
gi|5 : gaccccCAATATTCATAAAG---TATTTTT------A--GTGGGA--AA-----ATT-CA----ATTAACTC-----AAAATT---------AC----TC-----A-GAT--TTTG-TT------T-----AAATCTC-ATTTTACAATCATTTG------------TA---------T-GGA-TTA-TTA--A--GC------TTATAT--TTACATT--GATTA--GTA---AGA---TG---GT-ATTTAAATC-TGTTT-ACC------------ATC-C-aaataggtaaaagttgatatttaattaagaagttttatgaatac
gi|6 : caactgctatgaattaaataatggcttttggttcctagcaatggttcaaacattttccagtacagggcTCTGTATCCAATA---ATAAAG---CA----G------ACAGTCGAA--AT-----CTT-CA----G----CTC-----ACGATT---------TCC---TT-----ATAAT--TTTC-TT------T-----AA----C-ATTTCA---------A------------GA---------T-GGA-TTA-TTA--G--GC------TTATGT--TTTCAAT--GAATA--GTA---AGA---TG---AGAATCTAAACC-TGTTG-ATC------------ATC-C-CA---GT--CATTTT-CTAAAAAAAAAAATGTAATGACAT---ATTAAT---AGATTATTGATGTG-AAGAat
gi|7 : GAAGT---------TG----TT-----TTAAT--CTT------------------------ATTCTA---------A------------T------------GGA-TTA-TTA--A--TT------TTATATGTTTTCATT--GAACA--GTG---TGA---TG---AT-ACCTAAATC-TGTTGTATC------------ATC-C-AC---GTA-TATTTT-T----ATATAAAATGTAATGATA----ACC-AA---ATA-CATCGATATG-AA
gi|8 : cagaatctaagacgttgttatacatCATTATTTACAAAA---TACCTTA------A--GTTAAACAAC-----ACT-TA----A----CTC-----AAAATT---------TCATTTTTCCCCCAAAAT--TTTC-GG------T-----CA----T-ATTTTA---------AAACCAGTCCCAATA---------T-GGA-TTA-TTA--A--ACATAAAATTATAT--TTCAATT--GAATA--GTA---ATA---CG---AG-ATATAAATT-Tcagttaggtacatttta
gi|9 : aatgcaaacaatttaaaaaaaacagggcTAT--TTTCATT--AAATA--GTA---AAA---TG---AG-ATGTAAAACATGTTG-ATTTATATAAATTATATT-C-CACATGT--AATTTT-----AATACAAAAAGTAATTACA-----CC-AT---AGA-AATTGATGCG-AAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAATACATAATGTAATGAAACCATAGAATTATGAAAAGTGAATT