lowQualScore : 5 2 1 1 3 22 1 5555555 88888888888 22
lowQualScore : . . . . . .. . ....... ........... ..
lowQualScore : 5 1 9 7 5 44 7 7777777 33333333333 66
consensus : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCG-A-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
Reference ( gi|11 ) : GCTCGTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCG-A-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|3 : GCTCATTTTTC-CCCCTTAAATAGGGCACCG-A-C--CCC-C-------TTA-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|15 : acGCTCATTTT---CCCCTTCAA-AAGGCACCA-A-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAA
gi|12 : GTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCG-A-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAAa
gi|10 : cGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCG-A-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|18 : cGCTCATTTTTC-CCCC---AA-AAGGCACCG-A-C--CCC-T-------TTC-----------CCCTAAATGTAA--AAGA
gi|13 : GTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCA-A-C--CCT-C-------T-------------CCTTAAAA-TAA--AAAAA
gi|9 : cGCTTATTTGTC-CCCTTTCTA-AAGGCACCG-A-C--CAC-C-------TTT-----------CCATAAAAGTAA--AAAAa
gi|19 : acGCTCATTT--C-CCCCTTCAA-AAGGCA-----------C-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|6 : GCTCCTTTATC-CTC-TTCAA-AAGGCAC-G-A-C--CCC-T-------TTC-----------CCCGGAAAGTAATTAAAAAt
gi|1 : GCTCAATTTTC-CCTCTTCAA-AAGGCATCG-A-CATCTCAC-------TTCAGCTACCAACACCCTAAAAGCAA--ca
gi|8 : aatTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACTG-A-C--CCC-C-------TTC-----------GTCTAAAAGTAA--AACAA
gi|14 : ggTCATTTTTC-CCCCTTCAA-GAGACAACG-G----ACC-C-------TTT-----------TCCTAAAAGTAA--AAAAAa
gi|17 : GTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCA-A-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|5 : tTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCG-ACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAAc
gi|4 : tctcattaTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCG-ACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAAcaa
gi|22 : tctcattaTTTTACACCCCTTTAA-AAGGCCCCA-A-A--ACC-C-------TCC-----------TCCTAAAAGTcaa
gi|16 : TTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACGG-A-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTGAAAGTAA--AAAAA
gi|2 : caTTTTC-CCATTTCAA-AAGGCACCGAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAa
gi|20 : ttacactcaTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCG-A-C--CCC-C-------TTC-----------CC
gi|21 : caatttacactaaaCTTCAA-AAGGCACCA-A-C--CTC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAT--AAA
gi|23 : TTCAA-AAGACACCA-A-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAtaaac
gi|24 : AGGCACTG-A-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTAAAAGTAG--AAAAAaa
gi|7 : AGACACCG-A-C--CCC-CTGGCCCCTTC-----------CCCTAAAAGTGA--AAAAAac
Alignments
lowQualScore : 2 1 5 22 1 5555555 77777777777 22
lowQualScore : . . . .. . ....... ........... ..
lowQualScore : 0 8 0 33 7 4444444 99999999999 55
consensus : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
Reference ( family-4364 ) : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|1 : GCTCAATTTTC-CCTCTTCAA-AAGGCATCGA-CATCTCAC-------TTCAGCTACCAACACCCTAAAAGCAA--
gi|10 : aatGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|11 : cGCTCGTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|12 : GTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|13 : cGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCT-C-------T-------------CCTTAAAA-TAA--AAAAA
gi|14 : cTCATTTTTC-CCCCTTCAA-GAGACAACGG----ACC-C-------TTT-----------TCCTAAAAGTAA--AAAAAa
gi|15 : GCTCATTTT---CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|16 : TTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACGGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTGAAAGTAA--AAAAAa
gi|17 : caTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|18 : tgGCTCATTTTTC-CCCC---AA-AAGGCACCGA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCTAAATGTAA--AAGAc
gi|19 : GCTCATTT--C-CCCCTTCAA-AAGGCA----------C-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|2 : CTCATTTT-C-CCATTTCAA-AAGGCACCGAAC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAt
gi|20 : ttacaTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CC
gi|21 : caatttacactaaaCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CTC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAT--AAA
gi|22 : TTTTACACCCCTTTAA-AAGGCCCCAA-A--ACC-C-------TCC-----------TCCTAAAAGTtaaac
gi|23 : TTCAA-AAGACACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|24 : AGGCACTGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTAAAAGTAG--AAAAAaa
gi|3 : GCTCATTTTTC-CCCCTTAAATAGGGCACCGA-C--CCC-C-------TTA-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAac
gi|4 : acTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAA
gi|5 : tctcaTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAAcaa
gi|6 : tctcaGCTCCTTTATC-CTC-TTCAA-AAGGCAC-GA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCGGAAAGTAATTAAAAAcaa
gi|7 : AGACACCGA-C--CCC-CTGGCCCCTTC-----------CCCTAAAAGTGA--AAAAAca
gi|8 : ttccaatttacgctcTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACTGA-C--CCC-C-------TTC-----------GTCTAAAAGTAA--AACAAa
gi|9 : ggGCTTATTTGTC-CCCTTTCTA-AAGGCACCGA-C--CAC-C-------TTT-----------CCATAAAAGTAA--AAAAa
Alignments
lowQualScore : 2 1 5 22 1 5555555 77777777777 22
lowQualScore : . . . .. . ....... ........... ..
lowQualScore : 0 8 0 33 7 4444444 99999999999 55
consensus : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
Reference ( family-4364 ) : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|1 : GCTCAATTTTC-CCTCTTCAA-AAGGCATCGA-CATCTCAC-------TTCAGCTACCAACACCCTAAAAGCAA--
gi|10 : aatGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|11 : cGCTCGTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|12 : GTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|13 : cGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCT-C-------T-------------CCTTAAAA-TAA--AAAAA
gi|14 : cTCATTTTTC-CCCCTTCAA-GAGACAACGG----ACC-C-------TTT-----------TCCTAAAAGTAA--AAAAAa
gi|15 : GCTCATTTT---CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|16 : TTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACGGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTGAAAGTAA--AAAAAa
gi|17 : caTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|18 : tgGCTCATTTTTC-CCCC---AA-AAGGCACCGA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCTAAATGTAA--AAGAc
gi|19 : GCTCATTT--C-CCCCTTCAA-AAGGCA----------C-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|2 : CTCATTTT-C-CCATTTCAA-AAGGCACCGAAC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAt
gi|20 : ttacaTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CC
gi|21 : caatttacactaaaCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CTC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAT--AAA
gi|22 : TTTTACACCCCTTTAA-AAGGCCCCAA-A--ACC-C-------TCC-----------TCCTAAAAGTtaaac
gi|23 : TTCAA-AAGACACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|24 : AGGCACTGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTAAAAGTAG--AAAAAaa
gi|3 : GCTCATTTTTC-CCCCTTAAATAGGGCACCGA-C--CCC-C-------TTA-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAac
gi|4 : acTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAA
gi|5 : tctcaTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAAcaa
gi|6 : tctcaGCTCCTTTATC-CTC-TTCAA-AAGGCAC-GA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCGGAAAGTAATTAAAAAcaa
gi|7 : AGACACCGA-C--CCC-CTGGCCCCTTC-----------CCCTAAAAGTGA--AAAAAca
gi|8 : ttccaatttacgctcTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACTGA-C--CCC-C-------TTC-----------GTCTAAAAGTAA--AACAAa
gi|9 : ggGCTTATTTGTC-CCCTTTCTA-AAGGCACCGA-C--CAC-C-------TTT-----------CCATAAAAGTAA--AAAAa
blockSeqs : A T A . . TGGCCCC . TT
blockSeqs : . . C . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** ***********
originalCons : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
finalCons : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 1 5 22 1 5555555 77777777777 22
lowQualScore : . . . .. . ....... ........... ..
lowQualScore : 0 8 0 33 7 4444444 99999999999 55
consensus : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
Reference ( family-4364 ) : GCTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|1 : GCTCAATTTTC-CCTCTTCAA-AAGGCATCGA-CATCTCAC-------TTCAGCTACCAACACCCTAAAAGCAA--
gi|10 : aatGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|11 : cGCTCGTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|12 : GTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGTACCGA-T--TGC-C-------TTC-----------CCCTAAAATTAA--AAAA
gi|13 : cGTTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCT-C-------T-------------CCTTAAAA-TAA--AAAAA
gi|14 : cTCATTTTTC-CCCCTTCAA-GAGACAACGG----ACC-C-------TTT-----------TCCTAAAAGTAA--AAAAAa
gi|15 : GCTCATTTT---CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|16 : TTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACGGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTGAAAGTAA--AAAAAa
gi|17 : caTTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCT-AAAGTAA--AAAAAa
gi|18 : tgGCTCATTTTTC-CCCC---AA-AAGGCACCGA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCTAAATGTAA--AAGAc
gi|19 : GCTCATTT--C-CCCCTTCAA-AAGGCA----------C-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|2 : CTCATTTT-C-CCATTTCAA-AAGGCACCGAAC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAt
gi|20 : ttacaTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACCGA-C--CCC-C-------TTC-----------CC
gi|21 : caatttacactaaaCTTCAA-AAGGCACCAA-C--CTC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAT--AAA
gi|22 : TTTTACACCCCTTTAA-AAGGCCCCAA-A--ACC-C-------TCC-----------TCCTAAAAGTtaaac
gi|23 : TTCAA-AAGACACCAA-C--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAA
gi|24 : AGGCACTGA-C--CCC-C-------TTT-----------CCCTAAAAGTAG--AAAAAaa
gi|3 : GCTCATTTTTC-CCCCTTAAATAGGGCACCGA-C--CCC-C-------TTA-----------CCCTAAAAGTAA--AAAAAac
gi|4 : acTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAA
gi|5 : tctcaTTATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCATCGACC--CCC-C-------TTC-----------CCCTAAAA--AA--AAAcaa
gi|6 : tctcaGCTCCTTTATC-CTC-TTCAA-AAGGCAC-GA-C--CCC-T-------TTC-----------CCCGGAAAGTAATTAAAAAcaa
gi|7 : AGACACCGA-C--CCC-CTGGCCCCTTC-----------CCCTAAAAGTGA--AAAAAca
gi|8 : ttccaatttacgctcTCATTTTTC-CCCCTTCAA-AAGGCACTGA-C--CCC-C-------TTC-----------GTCTAAAAGTAA--AACAAa
gi|9 : ggGCTTATTTGTC-CCCTTTCTA-AAGGCACCGA-C--CAC-C-------TTT-----------CCATAAAAGTAA--AAAAa