lowQualScore : 22222222222222222222222222222
lowQualScore : 77777777777777777777777777777 1 11111 44444444 1 33333333333333333 1 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222 222 22 22222 22222 111111111 1 1111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111 2 666666666 22222222 22222222 11 222222 1111111 11 33333333333333333333 55555555555555 1 1 1 333333 111 1 77777777777777777777777777777 222 22 4444444
lowQualScore : 8 5 5 11111111111111111111111111111 8 3 11111 1 11111111 4 7 7 3 66 2 2 2 11111111111111111 5555 2 4 3 1 22 0 1 22 4 2 44 444444 2 333 66 2 5555 2 0 7777777777777777777777777777777777777777777 4 33 999 333 3 11 66666 77777 33333 33 11111 2 888 000000000 2 5 0 0 1 2 2 777777 2 4 0000000000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000000000 2 2 4 2 666666 4444 2 2 777777777 33 22 22 1 00000000 1 6 1 88888888888888 1 00000000 44444 1 44 1 4 4444 55 44 333 4 0 22 44 44444 000000 333 6666 6 555 2222222 22 88888888888888 33 55555555555555555555 0 1 2 2 1 0 8 2 33 33 444 33333333333333 8 4 5555 8 3 0 1 0 7 3 44 999999 9999 3 999 2 44 99999999999999999999999999999 44 6 44 333 22 3333333
lowQualScore : . . . ............................. . . ..... . ........ . . . . .. . . . ................. .... . . . . .. . . .. . . .. ...... . ... .. . .... . . ........................................... . .. ... ... . .. ..... ..... ..... .. ..... . ... ......... . . . . . . . ...... . . .......... ................................................................ ........... . . . . ...... .... . . ......... .. .. .. . ........ . . . .............. . ........ ..... . .. . . .... .. .. ... . . .. .. ..... ...... ... .... . ... ....... .. .............. .. .................... . . . . . . . . .. .. ... .............. . . .... . . . . . . . .. ...... .... . ... . .. ............................. .. . .. ... .. .......
lowQualScore : 1 7 7 55555555555555555555555555555 8 8 11111 1 33333333 9 4 3 9 77 4 4 4 22222222222222222 0000 0 1 8 9 66 8 9 88 0 0 88 555555 2 999 11 2 0000 4 7 0000000000000000000000000000000000000000000 9 99 777 444 0 33 22222 44444 33333 22 88888 4 333 888888888 4 6 1 3 8 5 5 222222 5 7 9999999999 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666666666 2 2 4 2 111111 2222 0 0 555555555 55 44 44 7 99999999 7 6 7 33333333333333 7 88888888 55555 8 33 7 5 0000 11 88 555 7 1 99 00 33333 333333 999 6666 3 888 0000000 66 99999999999999 22 55555555555555555555 9 2 7 9 0 2 9 9 77 77 777 33333333333333 3 9 7777 2 4 7 2 7 4 8 66 888888 4444 7 000 3 77 77777777777777777777777777777 55 0 00 333 88 5555555
consensus : TTTGAA-T-GTA--TC--TGAAAA--TG------C------TTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TNT-----GT----TTCCGGTTGGTTGAC-CGTCCT-TA--ATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT--T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---TTCTTATTGT--T--NTTT-T-TTTCATCTAAATCATTTCC-----GTTAC---ACA-CAGNC--ACTGCATT--A--TACCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAT-C-TT---TTAA-TGTACC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCG---GGAG-AGA--AA---AAAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T----T-T---TT--AC---GGG-CTAACCAGAAACGGATATA--T---T-AT--TTTGGCC------TA--AG---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTGCGATGTG-TCCCTTTAAA--ATAA--T---A------N--N----ATTTTGTAATTNAA----CTAATATTTTAGATTTACAGTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGTCAGTGACCGA--TTTTCTATCGA-TT--TTG----AGATACATG-TGCATTACTTCCATCA----ATTTTTT------------------GGAGGGAGGAAAGAAA---AAA-ACACAAAN------CGGCCGTGTGTGC
Reference ( gi|1 ) : TTTTAA-T-GTA--CC--TG------TG------C------TTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAA-----GT----TTCCGGTTGGTTGAC-CCTCGT-TA--ATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT--T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---TTCTTATTTT--T--TTTT-TATTTCATTTAAATCATACCC-----GTTAC---ACA-CAGCC--ACTGCATT--T--TACCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAG-ACAG------AGA-ACA----------CTGC----------------C------------CT--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TT-TT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAT-C-TT-AATTAAATGTACC--TATCTCA--ATAA-TAA-------AAC-TTGAT-T------A-------A-CA------A-ACAACTACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCG---GGAG-AAA--AA---AAAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T----T-T---TT--AC---GGC-CTAACCAGAAACGGGTATA--T---T-AT--TTAGGCC------TA--AG---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTG-TCCCTTTAAA--ATAA--T---A------T--C----ATTTTGTATTTTAA----CTAATATCTTAGATTTACATTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGTTAGTGATCGA--TTTTCTATCGA--T--ATG----AGATATATG-AGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAA---AAA-TCACAAAC------CGGCCGTGTGTGC
gi|2 : TTTTAAAT-GTATTCG--TGAAAA--TG------C------TTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTT-GT-TACTGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAA-----AT----TTCCGGTTAGTTGAA-CGTCCT-TA--ATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT--T---T--TCTAA---ATT----AAA-A----A-AATC---------------------AAAATC---A---TTACT---TTCTTATTGT--T--GTTTATTTTTCATCTAAATCATTTCC-----GTT-----ACA-CAGTC--ACTGCATT--A--TACTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TT-TT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAT-C-TT-CAT----TGTACC--TATCTCA--ATAA-TGG-------AAC-TTTGT-T------ATT-----G-TA------A-ACA--TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCG---AGAA-CGA--AG---AAAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T----TCT---TT--AC---AAG-TTAACCAGAAACGGATACA--A---T-AG--TTTGGCC------TA--GG---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTG-TCTCTTTAAA--ATAA--T---A------T--G----TTTTTGTAATTTTA----CTGATATTTTAGATTTACAGCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGTCAGTGGTCGG--TTTTCTATCGACTT--CTG----AGATACATG-TACATTACTACCATCA-------GTTTTTGGAGGG
gi|3 : tgttagTTTGAA-T-GTT--TC--TG------TGAAAATGC------TTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTTTT---ATACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAA-----GT----TTTCGGTTGGTTGAA-TGTCCT-TA--ATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTC-T---T--CT-AA---ATT--AAAAC-A----A-AATA---------------------AAAAAC---A---TCACT---TTCTTATTATAAT--CCTT-T-TTTCATCTGAATCAATTCC-----GTTAC---ACA---GAC--ACTTCATT--A--AACCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTG-------TAAG---TGGCCGCC-CAGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGT----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TT-TT-GTTATTCAGA------AC----AGCAAATTGATT-C-TT---T--AATATACCATTATCT-AGTATAACTAT-------AAC-CTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACAACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACG---AGAG-CGA--AT---AAAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T----TGT---TT--AC---GAG-TAAACTAGAAACGGATATA--T---T-AT--TTTGACCTATTAGTA--AG---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTG-TTCCTTTAAA--ATAA--T---A------A--A----ATTGTGTAATTTAA----CTAATAATTTAGATTTACAGTAAAGTTT-CTCAGATAAGTGG-------TCGG--TTTTTTATCGA--C---T--------TTTA-----CATTACTTTCATCA----AGTTTT-------------------GGAGGGAAGAAAAAAACACAAA-T-ACAAAA------CGACCGTGTGaagaaaaaaacacagacacaaaaaacgtccgtctgtt
gi|29 : ctttgtTTTGAA-T-GTA--TCAGTGAAAA--TG------C------TTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGT--GTTTTTTT-TACACTGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTT-----GT----TTCAGGTTGTTTGAC-CGTTCT-TA--ATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT--T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-
gi|20 : gttagtTTTGAA-T-TTA--AC--TG------TGAAATT-C------TTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAACTGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTT-----GT----TTTCGGTT-GTTAAC-CGTCCT-TA--ATATTTACT------T-----T-T-TT--T---C--CC-AA---ATT---AAAA-A----A-AATC---------------------TAAAACATGA---T---T---TTCTTATT
gi|28 : aTTTGAA-T-GTA--TT--TG------TG------CAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTTTTTA----------------ATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-ACAC----A---TTT-----GT----TTCCGGATGGCTGGC-CGTTTT-TA--ATTTTTATTGCC-ATTT----T-T-TT--T---C--CA-AA---ATT--AAAA------------C---------------------AAAAAC---A---T---T---TTTTTggtattatctcaataatataactttgttaccatacaactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|31 : atgttagtTTTTGA-TTGTA--TCAGTGAAAA--TG------C------TTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTTT----------AAATACTTT-TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-GT--------T-------GT----TTCCGGTTGGCTGAC-CGTCCT-AA--ATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT--T---tctta
gi|34 : tgctagTTTGAA-T-GTA--TC--AGCGAAAATG------C------TTAAA-ATATAAAAAGGAAAAATACTT-----GATTT---------TA-ACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGGC---AAA-A-A-AA----A---T-------GT----TTCCGGTTGGCTGACACGTCCT-TA--ATTTTtt
gi|4 : taagt--TG------TG--------------TAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTTTTTATA-AT-GTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGGC--AAAA-A-A-AA----A---CAACATTTGT----TTCCGGTTGGTCG----TTCGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT--T---T--CC--------T--AAAAT-T----A-AAT-----------------------AAAAC---A---T---T---TTATAAGTGT--TAATTAT-T-TTTCATCTAAATCATTTCC-----GTTAC---ACA-TA--C--GCAGCATT--A--TACCTA-ACAA------------------------------AATGTGT------------ATAAA----GGC-GCC-TAGAGAG-ACAA------AGA-A-A----------CTGT----------------C-------------T--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------GC----AGTACAGTGGAT-T-TT-AA----ATGTATC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTGGT-T------A-------A-GA------T-TCAGCTACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCG---AGAGTGAT--AA---ACAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T----T-T---TC--AG---GGG-CTAACCAGAAACGGGTAT---T---T------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTG-TCTGTTTAAA--ATGA--T---A---------A----ATTATGTAATTAAA----CTAATATTTTAGATTTAAAGTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGTCAGTGGCCGA--TTTTCTATCGA--
gi|8 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaaTG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAA-----GT----TTTCAGTTGGTTGAC-CGTCCT-TA--ATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT--T---TA-CC-AA---ATC--AAAAA-A----A-AAT--------------------------------------------TCTTATTGT--T--ATTTATTTTTCATCTAAATCATTTCC-----GTTAC---ACA---GAC--ATTGCATT--A--TACCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------C---GA----A--T----A------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCCGA------AC----AGCACAGTGAAT-C-T---GTTATATGT--C--TTTCTTG--ATAA-TAT-------AAC-ATGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCC---AGAG-TGA--AA---AAAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T----T-T---TT--AC---GGG-CTAACCAGAAACGGATATA--T---T-AT--TATGGCC------TA--Agctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|12 : TTGTTATTTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT------------AAC---GAA-A-A-AC----A---TTT-----GT----TTCCGATTGTCTGAC-CGCCTT-TA---TGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT--T---C--A--AA---ATT--AAAAA-ACATAA-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---ATTTTCTTTT--T--TTTT-T-CTTCATCTGAATCATTTCC-----GTTAT---ACA-AA--C--ACTGCATT--A--TACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAG-GCAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CC--CA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------AC----AGCACAGTAAAT-C-T---------TGTACT--TATCTCA--ATAG-TAT-------AAC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACACCTACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCG---GGAG-AGA--AA---AAA
gi|27 : tatgagttttgaatgcatcagtggaaatgtttaacaaaGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC--------A-AA----A---TAA-----TT----TTtaat
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGT-----GT----TTCCGGTTGGTTGAC-CTTCCT-----ATCTTTGCTACactgccgactctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|7 : ATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CA------------TTCCGGTTTGTTGAC-CGTTCT-TA--ATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT--T---C--CC-AA---ATTGAAAAAA-A----A-AATT---------------------AAAAAC---A---T---TAT-TTTCTAATTT--T--TATT-TATTTCATTTAAATCATATCC-----GTTAC---AAA-T--CC--ACTGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CT--TA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TT-TT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAC-C------TTAAATGTACC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCG---GGAG-AAA--AAAAGAAAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA---T-T---TT--AC---GGG-TTAACCAGAAACAGGTATA--T---T-AT--TTAGGCT------TA--AG---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTG-TCCCTTTAAG--ATAA--TCAAA------A--C----A---TGTAATTTAA----CTt
gi|5 : TTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTT-----GT----TTCCG-------------TCCT-TA--ATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TTTTT---C--CC-AA---ATT----AAA-A----A-AATC---------------------TGAGAC---ATTTT---T---TTCTTATTGT--TA-TTTA-TTTTTCATCTAAATCATTTCC-----GTT-----ACA-CAGAC--GCTGCATT--A--TACCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAA--ATGGCCGCC-TAGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------AC----AGCACAGTGAAT-C-T----TTA-----------ATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTGGT-T------T-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCG---AAAG-TGA--AA---ACA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT----T-T---TT--AA---GG--CTAACCAGAAACGAATATATTT---T-TT--TTTTGTC------TA--AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNA--ATAA--T---A------A--A----ATTTTGTAATTAAA----CTAATATTTTAG--------------GTACGAAGATAAGTGGTtttct
gi|19 : aaCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTT-----GT----TTCCGGTTGGCTGAC-CGTCCA-TA----CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT--T---acatgtgcattacttccatcaatgtttggagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|13 : AAAA-A-A-AC----A---TTT-----GT----TTCCGGTTGGTTGAC-CGTCCT-TC--ATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT--TGT-C--CA-AA---ATT--AAAAA-A----A-A-TC---------------------AAAAAC---A---T---TATTTTCTTATTGC--T--ATTTATTTTTCATCCAAATCATTTCC-----ATTAC---ACA---GAC--ACTGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAG-ACAG------AGA-ACA--------------------------------------------------------------------A---------ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAT-C-TT----TAA-TGTACT--TATCTCA--ATGA-TA------------------T------A-------A-CA------T-ACAACTGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCT---GGAG-AGA--AA---AAAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T----T-T---TC--AG---GGG-CTAACAAGAAACGGATATT--T---T-CT--TTTGACC------TA--gctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|38 : cAA-A-A-TA----A---TAC-----ATCTACTTCCGGTTGGCCGAC-CGACCC-TA--ATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT--T---CATCC-AAATGATT--AGAAA-A----A-A
gi|26 : GTTGGCCGGC-CATCCT-TA--ATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT--T---A--CT-AA---GTT--AAAAA-A----A---------------------------------------------------TATTTT--T--GGTT-CATCTCATTGA-----TTTCC-----ATTAC---ACG---GCA--AAGGCAAT--A--TACCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATA
gi|15 : atttcctgttattagaagagaaaacttcttgtcttaTTGGTCGAC-CGTCCT-TA--G-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT--T---C--CC-AT---ATT--AAAAA-G----A-AATC---------------------ATAAAT---A---T---TACTTTCTTATTGT--T--ATTTATTTTTCATCTAAATACTTTCC-----GTTAT---ACT---GAC--ACTGCATT--A--TACCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAG-ACAG------AGA-AAA----------CTGC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGG-----------TT-A-TT-TT-GTTATTCAGA------AC----AGGACAGTGAAT-C-TT---T--AATGTACC--TATCTCA--ATGA-TAT-------TAC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCG---AGAG-TGA--AA---AAAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTATcccaa
gi|17 : GAC-CGTCCT-TA--ATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT--TTT-C--CC-AA---ATT--AAAAA-T----T-A-TC---------------------AAAAACATTA---T---T---TTCTTATTGT--T--ATAT-T-TTTCATCTAAATCATTTCT-----G-TA----ACA-CAGAC--ACTGCATT--A--TACCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTt
gi|43 : AC-CGTCCT-TA--ATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT--T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-acctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|27 : -TA--AT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT--TAATT--CA-AA---ATT--AAAAATA----ATAA-----------------------AAAAAT---A---T---T---TTCTCATTTT--T--T------TTTCATTTTAATCACTTCC-----GTT-----ACA-CAGAC--GCTGCATT--A--TATCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-ttattccttacataatg
gi|9 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT--TATCT--TC-AA---ATTCCAAAAC-A----A-AATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAAC---T---TT-----TTT--T--TTTT-TGTT-CATCAAAATGATTTCC-----ATTAC---ATAACAATTTTACAATATT--A--TGTCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTG-ACA---------A-ATT----------CTGC----------------C------------CCAAGA----AGTC----A------ACATCCTGATATGACTGAAACATTTTT-A-TTATT-GCTATTCAGA------AC----AGTACAATGAAT-T-TT---TT-----------TATATCA--ATTA-TAT-------AAC-ATGGT-T------A-------A-CATATAACATACAACTAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCG---GAAG-AAA--AA---GAAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G----C-T---T--------AGT-CTAACCAAAAt
gi|19 : ttttaaattttcacgtgacggaaataataagatttatagtctttgtctTTT--A--TTTT-TGCT-CATCTGCATGATTTCC-----AT------A-A-CAGTT--ACTGAATT--A--TGTCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgaaacattttttttgg
gi|23 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaaTCATCAAAATGATTTCCATTATGTTAC---A-A-TA-TC--ATTACATT--A--TACGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTG-ACAG------ATAGACAACTTCCTGATTTGA----------------C------------CT--AA----A--C---------------------ATTT-----------TT-ATTT-TT-GCTATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAAT-C-TT-------------T--TATGTCA--TTAA-TAT-------AAC-ATGGT-T------A-------A-CA------T-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|11 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttgg-----GTTACGTTACA-CAGTC--ACTGCATT--A--TATCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGAATACTGCCCCCAAGT-ACA----------CC-C----------------CATCAAAATATAACT--GA----A-------A------A---------GTG------------TT-A-TTATT-GTTATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGT-TT-AATGAA---TA----TATC-----ACAC-TAT-------AAC-TTGAT-T------A-------C-CA------T-ACAACTACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCG--------AAAT-GA---AAAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T----T-T---TC--AG---GGA-TCAACCAGAAACGAACACA--T---T-TT--TT-TGCT------TA--AA---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTT-TCCATTTAAA--ATAA--T---AAAAG--T--TTAAAATTTCGTAATTAAA----CTAATATTTTAGATCAACAGTG
gi|21 : ctgaatgCA-CGGTC--ATTGCACT--A--TAGGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTG-ACAG------AAA-ACA----------CGACCCCAAGTAGACCCAATC------------CT--GATATGA--CGGCAA------A---------AAAG-----------TTAA-TA-TT-GTTATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAAT-------ATTTAATGT
gi|10 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtcTGGCCGCC-TAGAGAA-A-AG------AGG-ATA----------CTTC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGA-----------TA-C-TTATT-GTTATTAAGA------AC----AGCACAGTGAAT-T-TT----TAA-TATACC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAT-TTGGT-TTCATGTA-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCG---GGAG-AGA--AC---AAA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T----T-T---TT--AG---GGA-CTAACTAGAAACGGATATA--TATTTGAT--TTAATAT------TATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTG-TCCCTTTAAA--ATAA--T---A------A--C----ATTTTGTAATTAAA----TTAATATTTTAGATTAACAGTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGCCAATGGCTGA--TTTGTTATCGATTT--TTG----AGATACATG-TGCATTACTTCCATCA----GTTTTT-------------------GGAGGGATGAAAAAAACTCAAA-ACATAAAA------TGGCCGTATGTGCc
gi|6 : GGCCGCC-CAGAGAG-ACAG------AGA-ATA----------CTGC----------------C------------CC--GA----A--C----A------A---------ATGC-----------TT-A-TT-TTTGTTATTCAGA------CC----AGCACATTGAAT-C-TT----TAA-TGTACC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCA---AGAG-TCA--AA---AAAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T----T-TC--TT--AC---TGG-CTAACCAGAAACGGAAAAA--T---C-AT--TTTGGCC------CA--AG---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTG-TCCATTTAAA--AAAA--T---A------C--A----AATTTGTAATTTAA----GTAATAGTTTTTATTTACAGATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGTCAGTGATCGA--ATTTCTATCGATTT--TTG----AAACAGAAGAAGAAT--ATTTTATTAATTTA
gi|14 : AGAGAA-ACAG------GGA-ATA----------CGGC----------------C------------CC--GA----A--C----ATAGTTAATTTC-----ATGG-----------TT-A-TTATT-GTTATTCAGA------AC----AGTACAGTGAAT-C-TT----TAA-TGTACC--TATCTCA--ATAA-TAT-------ATCGTTG-T-T------A-------A-C--------------TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCG---AGAG--AC--AA---AAAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T----T-T---TC--AG---GGG-CTAACAAGAA---------------T-AT--TT--------------------TAATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NTAAATT---A------TAAA----ATTTTGTAATTTAA----CTAATATTTTAGATTTACAGTGAATTGTTCGATGATAAGTGGTCAGTGACCGT--TTTGCTATTGA--TTGTTG----AGATACATT-TTCATTACTTCCATCA----ATTTTTaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|16 : -----------TT-A-TTATT-GATATTTAGA------AC----AGCACAATGAAT-CGTC-CATGATAAGAACT--T-T-------TGA-TAA-------AAC-TTAGT-T-----------------A------G-ATTACTACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTG---AGAG-AAAACAA---AAGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---T----TAT---TTCAGT---GGC-C-AACCGCAAATGAACAAAC-T---T-GT--TTAG
gi|18 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtc-----------TT-A-TTATT-GCTATTCAGA------AC----AGTACAATGAAT-T-TT-------------T--TATGTCA--ATTA-TAT-------AAC-ATGGT-T------AATATATTA-CA------T-ACAGCTAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCG---GGAG-AAA--AA---AAA-----------------GT---GTATC-T---ACTC-----T---TTTTGT-T---TT--ATCAGGGA-CTAACCAGAAACGAACATG--T---T-TTTCTTTGGCCT-----TAT-AG---TGTTTTT-----TTCC------TGATA------TACAAT--C-ATGTACTCCCTTTAAAGGATAA--T---G------TAAC----AT----TATTTAAAATTGCCAACATCGTActtta
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttTATTTAGA------CC----ATTATAATGAAT-C-TTTAATT---TGT--C--TTTCTCA--ATAA--AATACCGGTAAC-GTGGT-T------A-------A-CA------T-TCAACTGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TT
gi|32 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaa----AGTACAATGAAT-C-TT----TAA-TGTATC--TATCTCA--ATAA-TAT-------AAT-TTAGT-T------C-------A-C------------ATT--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTT
gi|39 : TAAC--TATCTAA--ATTA-TAT-------AGC-ATCATAT------A-------AACA------T-AAAACTACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCTttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|25 : acaC--TATCTCA--ATAA-TAT-------ATC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCG---GGAG-AGA--AA---AAAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T----T-G---TT-------GGC-CTA---AGTAAC----------------T--TTA---------------------------GAAATTGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTG-TCCCCTTAAA--ACAA--T---AAAATTGT--CAA--ATTTTGTA-TTAAA----ATAATGT-TTAGATTTACAGTGAA-TTTAC---TATAAGTGGTCAGAGACCGA--T
gi|24 : C--TATCTCA--ATAA-TAT-------ATC-TTGGT-T------A-------A-CA------T-ACAACTACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCG---GGAG-AGA--AA---AAAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T----T-G---TT-------GGC-CTA---AGTAAC----------------T--TTA---------------------------GAAATTGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTG-TCCCCTTAAA--ACAA--T---AAAATTGT--CAA--ATTTTGTA-TTAAA----ATAATGT-TTAGATTTACAGTGAA-TTTAC---TATAAGTGGTCAGAGACCGA--T
gi|20 : --TATCTCA--ATAA-TAT-------AAC-TTTGT-T------A-------C-CA------T-ACAACTATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACTGTCG-AAA--GT---GAA--AAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T----T-T---TC--A
gi|17 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaacatgattttcttattggtatTCTGAACA-TTACTAGTACCTCG---AGAG-TAA--AA---TAG-GAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T----T-TATTTT--A----GGCACTAACCAGAAACGGATATA--T---C-AT--TT-----------TA---G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTG-TCCCTTTAAA--ATAA--T---A------C--C----ATTTTGTAATTTAA----CTAATATTTTAGATTTACAGTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGTCAGTGg
gi|22 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga----T-T---TT--AC---GGG-CTAACCAGAAACGGATATA--T---T-AT--TATGGCC------TA--AG---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCG-TCCCTTTAAA--ATAA--T---A------A--A----ATTTTGTAATTTAA----TTAATATTTTAGATTGACAGTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGCCTGTGACTGA--TTTTCTATCGA--T--ATATTTTAGATATGT---GCATTACTTCTATCA----ATTTTTT----------------------GAAGGAGAAAAA---AAA--CACAAACACAAAACGGCCGTATGTGt
gi|30 : TAAA--ACAA--T---AA-----T--A----ACTTTGTAATTAAA----ATTATAATTTAGATTTAGAGTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGTCAGTGA-CAAATTTTTCTATCGATTT--TTG----AGATACATG-TGCATTACTTCCATCA----ATTTTT
gi|33 : TTTTAGATTAACAGTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGTCAGTGACCGA------CTATCGACTT--TTG----AGATGCATG-CGCATTACTTCCATCA--ATATTT------------------GAAGGGAATAAAAAAGACA---CAA-ACACAAAT------TGGTCGTGTGTGCgaagggaagaaaaaaacacacacaaacacacaatggccttgtgt
gi|36 : CTTAGATTTACATTGAAGTATACGATGATAAGCGGTGAGTGATCGA--TTTTCTATCGA--T--ATG----AAATACATG-TGCATTACTTTGATCAATTT
gi|5 : GGAGGGAAGAAA---AAAAGCACAAAA------CGGCCGTGTGTGCggagggaagaaaaaatcac
gi|42 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtggtacatgtgcattacttccatcaatgtttGGGAAGAAA---AAA-ACATAAACACAAAATGGCCGTATGTGC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|40 ): CTCGGGAGAAAATCAATAAATAAAAAGCTACCTACCCTTTATATTTCAGGGGCTAATCAGAAACTATCATTGTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT
Unaligned ( gi|46 ): GTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTT
Alignments
lowQualScore : 22 111 222 222222222 111111 22222222222222222222222222 222 11111 11111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 111111 1111 2222222222 22222 222222 222222222222222222 444444444
lowQualScore : 77 666 66 99999 1 66 444 5 2 2 2 000000000 1 2 2 1 0 22 3 1 1 555555 2 333 55 2 4444 66666666666666666666666666 444 444 444 111 444 4444 44 33333 2 55 33 00000000000 4444 55555 44444 55555 22 2 2 333 2 777 7777777 2 2 2 2 2 33 1 333 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 2 22 555555 4444 22 6666666 22 1 3333 1 44 3333 1 1 444444 777777777777777 1 44444 1 1 1 555 44 22 333 1 22 2 2 333 777777 333 44 3 555 4444 0000 0 3333 77 22 66666666666 99999999 555 0 2 1 99999999 3333333333 2 1 2 2 0 2 2 2 44 11111 3 444444 666666666666666666 3 3 999999999 55 1
lowQualScore : .. ... .. ..... . .. ... . . . . ......... . . . . . .. . . . ...... . ... .. . .... .......................... ... ... ... ... ... .... .. ..... . .. .. ........... .... ..... ..... ..... .. . . ... . ... ....... . . . . . .. . ... .... ................................................................ . . .. ...... .... .. ....... .. . .... . .. .... . . ...... ............... . ..... . . . ... .. .. ... . .. . . ... ...... ... .. . ... .... .... . .... .. .. ........... ........ ... . . . ........ .......... . . . . . . . . .. ..... . ...... .................. . . ......... .. .
lowQualScore : 55 333 22 11111 4 77 999 1 1 1 1 111111111 8 2 2 9 3 66 8 9 9 999999 1 777 88 1 7777 77777777777777777777777777 444 444 444 999 444 1111 44 88888 4 66 11 66666666666 7777 33333 11111 00000 99 1 1 777 1 999 9999999 2 2 5 4 4 22 6 444 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 88 888888 0000 55 3333333 55 7 5555 7 00 5555 1 7 888888 333333333333333 7 33333 7 7 8 444 33 55 222 8 66 4 0 555 333333 555 55 8 222 0000 6666 8 9999 44 88 88888888888 77777777 000 4 9 7 77777777 9999999999 7 0 6 4 9 5 5 7 22 99999 3 222222 888888888888888888 9 9 666666666 00 0
consensus : TTTGAATGTATCAGTG--AAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---TT---CTTATTGT--T-ATT--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T----TAN---GGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------AAA-TTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-TT--TTCTATCGA-T---T-TTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----A-TTTTT------------------GGAGGGAAGAAAAAAAC--AC----AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
Reference ( family-435 ) : TTTGAATGTATC--TG--AAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TNTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---TT---CTTATTGT--T-NTT--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T----TAC---GGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------NNA-TTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-TT--TTCTATCGA-T---T-TTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTTT------------------GGAGGGAGGAAAGAAA---A-----AAACAC--AAANCGGCCGTGTGTGC
gi|1 : TTTTAATGTACC--TG------TGCTTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAAGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CCTCGTTAATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---TT---CTTATTTT--T-TTT--T--TAT--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ACCC-----GTTA-C---ACA-CAGCC--AC-TGCATTT-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAACACTGCCCT--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTTAAT--TA-AAT--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----AAACTTGAT-T------AA-------C-------AAACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T----TAC---GGCCTAACCAGAAACGGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------TCA-TTTTGTATTTTAACTAATATCTTAGATTTACA-TTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGT-TA-GTGATCGA-TT--TTCTATCGA-----T-ATGAGATATATGAGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAA---A-----AATCAC--AAACCGGCCGTGTGTGC
gi|10 : TGGCCGCC-TAGAGAAA-AG--AGGATACTTCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------A-----------TACTTATTG-T--TATTAAGA------AC----AGCACAGTGAAT-TT--T--TA-A-T--A-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTGGT-TTCATGTAA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCGGGA-G-AGA--A--C---A-AA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T--T-T---T----TAG---GGACTAACTAGAAACGGATAT-A--T--AT--TT-GATT------TAATATTATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------ACA-TTTTGTAATTAAATTAATATTTTAGATTAACA-GTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGC-CA-ATGGCTGA-TT--TGTTATCGATT---T-TTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----G-TTTTT------------------GGAGGGATGAAAAAAACTCA-----AAACAT--AAAATGGCCGTATGTGC
gi|11 : -----GTTA-CGTTACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---TCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGA----------ATACTGCCCC--CA----AGTACACCCCATC--A------A---------AATATAACTGAAAAGT-----G-----------TTATTATTG-T--TATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGTT--T---A-A-T--G-AATA--TATC----ACAC--TA----TAACTTGAT-T------AC-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCGAAATG-A-----------A-AAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T--T-T---T----CAG---GGATCAACCAGAAACGAACAC-A--TT--T--TTTTGCT------TAA--------A---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTTTCCATTTAAAATAATAAAAGTTTA--------AAA-TTTCGTAATTAAACTAATATTTTAGATCAACA-GTG
gi|12 : ctgaatgTTTGAATGCATCAGTG--GAAATGTTTAA-----CAAA----------------------TTGTTATTTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT----------AACG-----AA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GATTGTCTGAC-CG-CCTTTATGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT-T---C--A--AA---ATT--AAAAA-ACATAA-AATC---------------------AAAAAC---A---T---T---AT---TTTCTTTT--T-TTT--T--T-C--TTC--ATCTGAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-T---ACA-AA--C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAGGCAG--AGAATACTGCCCC--CA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTAAATCT-----------T--G-TACT--TATCTCA-ATAG--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACACC-TACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AA
gi|13 : tatgagtAAAA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTCATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT-TGT-C--CA-AA---ATT--AAAAA-A----A-A-TC---------------------AAAAAC---A---T---TATTTT---CTTATTGC--T-ATT--TATT-T--TTC--ATCCAAA-----------TCAT----TTCC-----ATTA-C---ACA---GAC--AC-TGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAGACAG--AGAA-----------------------------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACT--TATCTCA-ATGA--TA----TAAC------------------------------ATACAAC-TGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCTGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T--T-T---T----CAG---GGGCTAACAAGAAACGGATAT-T--TT-CT--TTTGACC------TAtaat
gi|14 : cAGAGAAACAG--GGAATACGGCCCC--GA----A-----------C--ATAGTTAATTTC-----A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCGTTGT-T------AA-------C---------------TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G-A-C--A--A---A-AAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T--T-T---T----CAG---GGGCTAACAAGA-----ATAT-T--TTAAT--TTTNNNN------NNN--------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----------AAATTA--------TA--------AAA-TTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAATTGTTCGATGATAAGTGGT-CA-GTGACCGT-TT--TGCTATTGA-T---TGTTGAGATACATTTTCATTACTTCCATCA----ATTTTT
gi|15 : TTGGTCGAC-CGTCCTTAG-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AT---ATT--AAAAA-G----A-AATC---------------------ATAAAT---A---T---TACTTT---CTTATTGT--T-ATT--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TACT----TTCC-----GTTA-T---ACT---GAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAGACAG--AGAAAACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGGACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATGA--TA----TTACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCGAGA-G-TGA--A--A---A-AAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTAT
gi|16 : TT--G--T-T--TTCGAATCTAAAAAGAAAATGACTGAT----TTTC-----GTTA-C---AGG---GTA--AC-TACATTA-TA---CCTT-AC-AAATTT---ATTGTGAATAC------T-C-TAt
gi|16 : at-----------TTATTATTG-A--TATTTAGA------AC----AGCACAATGAATCGT--CCATG-A-TAAG-AAC-----TTTTG-ATAA---------AACTTAGT-T------AG-----------------ATTAC-TACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTGAGA-G-AAAACA--A---A-AGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---TTAT-T---T----CAG---TGGCCAACCGCAAATGAACAA-A--CT-TG--TTTAGCT------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcttattattgatatttagaacagcacaatgaatcgtccatgataagaacttttgataaaacttagttagattactacaaccaatgattgactttctttgaacattaatagtacactgagagaaaacaaaagagaaaagaaatctgcatacctatttatttcagtggccaaccgcaaatgaacaaacttgtttagcttta
gi|17 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcGAC-CGTCCTTAATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAAA-T----T-A-TC---------------------AAAAAC---A---T---TATTTT---CTTATTGT--T-ATA--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCT-----G-TA-----ACA-CAGAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTta
gi|17 : TCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G--TA--A--A---A-TAGGAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T--T-TATTT----TAG---GCACTAACCAGAAACGGATAT-A--TC-AT--TTT------------A--------G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------CCA-TTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGacctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|18 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga-----------TTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--TA---T--G-T----------CA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AATATATTAC-------ATACAGC-TAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AA-----------------GT--G-TATC-T---ACTC-----T---T--T-T---TGTTTTATCAGGGACTAACCAGAAACGAACAT-G--TT-TTTCTTTGGCC------Tt
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCATA--CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT-T---tatagtgtttttttcctgatatacaatcatgtactccctttaaaggataatgtaacattatttaaaattgccaacatcgta
gi|19 : T--T-ATT--T--T-TG-CTC--ATCTGCA-----------TGAT----TTCC-----AT-------A-A-CAGTT--AC-TGAATTA-TG---TCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|19 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatATTATTGGTAATATTTAGA------CC----ATTATAATGAATCTT--T---A-A-T--T-TGTC--TTTCTCA-ATAAAATACCGGTAACGTGGT-T------AA-------C-------ATTCAAC-TGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|2 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATGTATTCGTG--AAAATGCTTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTGTTAC--TGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAAATT-TCC-GGTTAGTTGAA-CGTCCTTAATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT-T---T--TCTAA---ATT--AAAAA-A----A---TC---------------------AAAATC---A---T---TACTTT---CTTATTGT--T-GTTTAT--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTT------ACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---CTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATC-T--T--CA-T-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TG----GAACTTTGT-T------AT-------T-------GTA-AACATACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCGAGA-A-CGA--A--G---A-AAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T--TCT---T----TAC---AAGTTAACCAGAAACGGATAC-A--AT-AG--TTTGGCC------TAG--------G---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTGTCTCTTTAAAATAA--------TA--------TGT-TTTTGTAATTTTACTGATATTTTAGATTTACA-GCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGGTCGG-TT--TTCTATCGACT---T-CTGAGATACATGTACATTACTACCATCA----G-TTTTT------------------GGAGGGAAGAAAAAAAC--AC----AGACACAAAAAACGTCCGTCTGT
gi|20 : tgttagtTTTGAATTTAAC--TGT-GAAATTCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAACTGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTTGTT-TTC-GGTT-GTTAAC-CGTCCTTAATATTTACT--------T---T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT---AAAA-A----A-AATC---------------------TAAAACATGA---T---T---TT---CTTATTGG--T-ATT---------------ATCTCAA-----------TAATATAACTTT-----GTTACC---ATA-CAt
gi|20 : aACA-TGATTTTC--T--TA-T-T--GGTAT---TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTTGT-T------AC-------C-------ATACAAC-TATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACT-GTCGA--A--A---G-TGAAAAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T--T-T---T----CAactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|21 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaCA-CGGTC--AT-TGCACTA-TA---GGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTGACAG--AAAACACGACCCC--AA----GTAGACC-----C--A------ATCCTGAT--A-------TGACGGCAAAAAAG-----------TTAATATTG-T--TATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAATA-T--T--TA-A-T--G-Tg
gi|22 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtc--T-T---T----TAC---GGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------AAA-TTTTGTAATTTAATTAATATTTTAGATTGACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGC-CT-GTGACTGA-TT--TTCTATCGA-TATAT-TTTAGAT--ATGTGCATTACTTCTATCA----ATTTTTT------------------GAAGG--AGAAAAAAA---ACAC--AAACAC--AAAACGGCCGTATGTGc
gi|23 : TC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCCATTATGTTA-C---A-A-TA-TC--AT-TACATTA-TA---CGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTGACAGATAGACAACT-TCCT--GATTTGA-----------CCTA------AAC-------A-------TT-----------T-----------TTATTTTTG-C--TATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAATCTT--T--T--A-T--G-----------TCA-TTAA--TA----TAACATGGT-T------AA-------C-------ATAC
gi|24 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttggC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G---T----T-----GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCAAA-TTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGA-T
gi|25 : C--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G---T----T-----GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCAAA-TTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGA-T
gi|26 : ATTTCCTGTT--ATTAG----AAGA-G-A-AA----A---CTTCTTGTCTTAGTTGGCCGGC-CATCCTTAATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT-T---A--CT-AA---GTT--AAAAA-A----A--------------------------------------------------------------T-ATT--T--T-TGGTTC--ATCTCAT-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---AC----GGC--AAAGGCAATA-TA---CCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATACCCAA
gi|27 : GTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC---AA-A-A-TA----A---T
gi|27 : TAAT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-TAATT--CA-AA---ATT--AAAAATA----ATAA-----------------------AAAAAT---A---T---T---TT---CTCATT-------TT--T--T-T--TTC--ATTTTAA-----------TCAC----TTCC-----GTT------ACA-CAGAC--GC-TGCATTA-TA---TCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-tttactgccgactctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|28 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTGAATGTATT--TGTGCAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTTTTTA----------------ATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-A-CAC---A---TTTGTT-TCC-GGATGGCTGGC-CGTTTTTAATTTTTATTGCCA---TTT--T-T-TT-T---C--CA-AA---ATT--AAAA------------C---------------------AAAAAC---A---T---T---TT---TTTt
gi|29 : atgttagtTTTGAATGTATCAGTG--AAAATGCTTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGT--GTTTTTTT-TACACTGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCA-GGTTGTTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT-T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A-tctta
gi|3 : gttagtTTTGAATGTTTC--TGTGAAAATGCTTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTTTT---ATACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAAGTT-TTC-GGTTGGTTGAA-TGTCCTTAATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTCT---T--CT-AA---ATT--AAAAC-A----A-AATA---------------------AAAAAC---A---TCACT---TT---CTTATTATAAT-CCT--T--T-T--TTC--ATCTGAA-----------TCAA----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AC-TTCATTA-AA---CCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTGTAAG----------TGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGTCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGCAAATTGATTCTT--T---A-A-T--A-TACCATTATCTAGTATAAC-TA----TAACCTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-AACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACGAGA-G-CGA--A--T---A-AAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T--TGT---T----TAC---GAGTAAACTAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGACCTATTAGTAA--------G---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTGTTCCTTTAAAATAA--------TA--------AAA-TTGTGTAATTTAACTAATAATTTAGATTTACA-GTAAAGT-TTCTCAGATAAGTGGT---------CGG-TT--TTTTATCGA-C---T-TT----------TACATTACTTTCATCA----A-GTTTT------------------GGAGGGAAGAAAAAAAC--AC----AAATAC--AAAACGACCGTGTG
gi|30 : ctttgtTAAAACAA--------TA--------ATAACTTTGTAATTAAAATTATAATTTAGATTTAGA-GTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGACAAATTT--TTCTATCGATT---T-TTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----A-TTTTT------------------GAAGGGAAGAAAAAAAC--ACACACAAACAC--ACAATGGCCTTGTGT
gi|31 : TTTGATTGTATCAGTG--AAAATGCTTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTTTAAATAC---------TTT--TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-G----------TTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCTAAATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT-T---
gi|32 : tgctagt----AGTACAATGAATCTT--T---A-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTAGT-T------CA-------C-------AT------T--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTTtt
gi|33 : TTTTAGATTAACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-------CTATCGACT---T-TTGAGATGCATGCGCATTACTTCCATCA----A-TATTT------------------GAAGGGAATAAAAAAG---ACAC--AAACAC--AAATTGGTCGTGTGTGCttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|34 : TTTGAATGTATCAGCG--AAAATGCTTAAAA-TATAAAAAGGAAAAATACTT-----GATTT---------TA-ACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGG-CAAAAA-A-A-A-----------TGTT-TCC-GGTTGGCTGACACGTCCTTAATTTT
gi|36 : taagtTTAGATTTACA-TTGAAGTATACGATGATAAGCGGT-GA-GTGATCGA-TT--TTCTATCGA-----T-ATGAAATACATGTGCATTACTTTGATCA----ATTT-------------------------GGAGGGAAGAAA---A-----AATCAC--
gi|38 : cAAAAT-A-ATAC----A---TCTACT-TCC-GGTTGGCCGAC-CGACCCTAATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT-T---CATCC-AAATGATT--AGAAA-A----A-A
gi|39 : -TAAC--TATCTAA-ATTA--TA----TAGCATCATAT------AAA------C-------ATAAAAC-TACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCT
gi|4 : acaTGAAAATGTG--TG--AAAATGTGTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTTTTTATA-A-TGTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGG-CAAAAA-A-A-AACAACA---TTTGTT-TCC-GGTTGGTCGTT-CGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---T--CC--------T--AAAAT-T----A-AAT-----------------------AAAAC---A---T---T---TT---ATAAGTGT--TAATTA-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-TACGC--A---GCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-AT
gi|4 : catgttactttttatatatctgCGCC-TAGAGAGACAA--AGAA-ACTGTCT---GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------GC----AGTACAGTGGAT-TT--T--AA-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------G-------ATTCAGC-TACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCGAGA-G-TGAT-A--A---A-CAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T--T-T---T----CAG---GGGCTAACCAGAAACGGGTAT----TT------------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTGTCTGTTTAAAATGA--------TA---------AA-TTATGTAATTAAACTAATATTTTAGATTTAAA-GTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGT-CA-GTGGCCGA-TT--TTCTATCGA-aaaggcgcctagagagacaaagaaactgtctgaacaaatggttattattgttattcagagcagtacagtggattttaaatgtatctatctcaataatataacttggttaagattcagctacaaccaacgatcggcttgctctgaacgttgctagtacatcgagagtgataaacaagaaaagacaatcatacgtggtctacactaatttttttcaggggctaaccagaaacgggtatttttttagaaattgcttttagtgaaaatatgttaaaattgcgatgtgtctgtttaaaatgataaattatgtaattaaactaatattttagatttaaagtgaagtgttctagggtaagtggtcagtggccgattttctatcgagctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|40 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaatgtgtaaaaatataaaatgatatttctttggatttatttttttataatgtggcattcaatttcatatttgataaggcaaaaaaaaacaacatttgtttccggttggtcgttcgtctatcatctttactgccgactctattttttcctaaaattaaataaaacattttataagtgttaattatttttcatctaaatcatttccgttacacatacgcagcattatacctaacaaaatgtgtataaaggCTCGGGA-G-AAA--ATCA---ATAAATAAAAAGCTACC----------TACC-C---TTTA-----T---A--T-T---T----CAG---GGGCTAATCAGAAAC---TATCA--TT-GT--TTgctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CTTCCT--ATCTTTGCTAC
gi|42 : ATGCATGTGCATTACTTCCATCA----A-TATTT------------------GAAGGGAAGAAAAAAAC--AT----AAACAC--AAAATGGCCGTATGTGCt
gi|43 : AC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAAA-
gi|5 : TTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTTGTT-TCC-G-------------TCCTTAATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAAA-A----A---TC---------------------TGAGAC---A---T---T---TTTTTCTTATTGT--T-ATT--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--GC-TGCATTA-TA---CCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATAT-AAA-ATGGCCGCC-TAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTGAATC-T--T--TA---------------ATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------TA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCGAAA-G-TGA--A--A---A-CA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT--T-T---T----TA----AGGCTAACCAGAAACGAATAT-ATTTT-TT--TTTTGTC------TAA--------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAA--------TA--------AAA-TTTTGTAATTAAACTAATATTTTAG---------------GTACGAAGATAAGTGGTACATGTG-C--A-TTACTTCCATCAA-TG--T-TTGttattccttacataatg
gi|5 : aaGGTACATGTGCATTACTTCCATCA----A-TGTTT------------------GGAGGGAAGA---AAA---A-----AAGCAC--AAAACGGCCGTGTGTGCgagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|6 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------C-----------TTATTTTTG-T--TATTCAGA------CC----AGCACATTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCAAGA-G-TCA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T--T-TC--T----TAC---TGGCTAACCAGAAACGGAAAA-A--TC-AT--TTTGGCC------CAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTGTCCATTTAAAAAAA--------TA--------CAA-ATTTGTAATTTAAGTAATAGTTTTTATTTACA-GATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGATCGA-AT--TTCTATCGA-T---T-TT
gi|6 : ATTTACATGTAAGTTATTAGAATATAAATA-T-CA-TACACTGA-TT--TTTGA--GA-T---G-T----ATACATGTGCATTACTTCCATCA----A-TTTTT------------------AACGGGAAGAAAAAAAAC-A-----AAACAT--AAAACGGCCGTATGTGCtgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|7 : ggccgcccagagagacagagaatactgccccgaacaaatgcttatttttgttattcagaccagcacattgaatctttaatgtacctatctcaataatataacttggttaacatacaactacaaccaatgatcggcttgccacgaacattactagtacctcaagagtcaaaaaaagaaaagacaatcatacatggtatacggttttttcttactggctaaccagaaacggaaaaatcattttggcccaagtaattttagaaattgctttcagtgaaaatgtatgaaaatagcgatgtgtccatttaaaaaaatacaaatttgtaatttaagtaatagtttttatttacagataagtgttcgaagaaaagtggtcagtgatcgaatttctatcgatttttgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CAT----TCC-GGTTTGTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATTGAAAAAA-A----A-AATT---------------------AAAAAC---A---T---TATTTT---CTAATTTT--T-ATT--T--A-T--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ATCC-----GTTA-C---AAA-T--CC--AC-TGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAGACAG--AGAATACTGCCCT--TA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAA-CCT--T--AA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCGGGA-G-AAA--A--AAAGA-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA-T-T---T----TAC---GGGTTAACCAGAAACAGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCT------TAA--------G---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTGTCCCTTTAAGATAA--------TC--------AAA-ACATGTAATTTAACTan
gi|8 : TG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAAGTT-TTC-AGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT-T---TA-CC-AA---ATC--AAAAA-A----A-AAT--------------------------------------------T---CTTATTGT--T-ATT--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AT-TGCATTA-TA---CCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAGACAG--AGAATACTGCCC---GA----A-----------T--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCCGA------AC----AGCACAGTGAATCTG--T--TATA-T--G-T--C--TTTCTTG-ATAA--TA----TAACATGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCCAGA-G-TGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T----TAC---GGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------tttct
gi|9 : TTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT-TATCT--TC-AA---ATTCCAAAAC-A----A-AATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAAC---T---TT---TTT-------T-TTT--T--T-G--TTC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---ATAACAATTTTAC-AATATTA-TG---TCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTGACA-----AATTCTGCCCCAAGA----AGT---------C--A------ACATCCTGATA-------TG-----------ACTGAAACATTTTTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T---------------TATATCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AA-------CATATAACATACAAC-TAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCGGAA-G-AAA--A--A---G-AAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G--C-T---T----------AGTCTAACCAAAA---GAAAC-A--TT-TT--TTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT
Unaligned ( gi|46 ): GTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTT
Alignments
lowQualScore : 222 222222222 111111 2222222222222222222222222 222 11 11111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 111111 1111111111 11111 33333333333333333333333 1111
lowQualScore : 8 66 99999 1 66 444 5 2 2 2 111111111 1 2 2 1 0 22 3 1 1 555555 2 333 55 2 2 4444 6666666666666666666666666 444 5555 444 111 444 2 2 33 55 55 2 77 33 00000000000 4444 55555 44444 55555 22 2 2 333 2 777 7777777 2 2 2 2 2 33 1 333 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 2 22 555555 4444 22 6666666 22 1 3333 1 44 3333 1 1 444444 777777777777777 1 44444 1 1 1 555 44 22 333 1 22 2 2 333 777777 333 44 3 555 6666666 3 0 3333 77 22 66666666666 99999999 555 0 2 1 99999999 9999999999 1 2 2 0 2 2 44 3 88888 3 3 7777 00000000000000000000000 1111 7 55
lowQualScore : . .. ..... . .. ... . . . . ......... . . . . . .. . . . ...... . ... .. . . .... ......................... ... .... ... ... ... . . .. .. .. . .. .. ........... .... ..... ..... ..... .. . . ... . ... ....... . . . . . .. . ... .... ................................................................ . . .. ...... .... .. ....... .. . .... . .. .... . . ...... ............... . ..... . . . ... .. .. ... . .. . . ... ...... ... .. . ... ....... . . .... .. .. ........... ........ ... . . . ........ .......... . . . . . . .. . ..... . . .... ....................... .... . ..
lowQualScore : 5 22 11111 4 77 999 1 1 1 1 444444444 2 1 1 9 3 66 8 9 9 999999 1 777 88 1 1 7777 6666666666666666666666666 444 3333 444 999 444 7 4 22 66 33 4 99 11 66666666666 7777 33333 11111 00000 99 1 1 777 1 999 9999999 2 2 5 4 4 22 6 444 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 88 888888 0000 55 3333333 55 7 5555 7 00 5555 1 7 888888 333333333333333 7 33333 7 7 8 444 33 55 222 8 66 4 0 555 333333 555 55 8 222 2222222 1 8 9999 44 88 88888888888 77777777 000 4 9 0 77777777 7777777777 0 6 4 9 5 5 22 1 88888 3 3 1111 88888888888888888888888 4444 3 55
consensus : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T-------TAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
Reference ( family-435 ) : TTTGAATGTATCAGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T-------TANGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
gi|1 : TTTTAATGTACC--TG----TGCTTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAAGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CCTCGTTAATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTTTT-TT--T--T--TAT--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ACCC-----GTTA-C---ACA-CAGCC--AC-TGCATTT-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAACACTGCCCT--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTTAAT--TA-AAT--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----AAACTTGAT-T------AA-------C-------AAACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T-------TACGGCCTAACCAGAAACGGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------T-CATTTTGTATTTTAACTAATATCTTAGATTTACA-TTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGT-TA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAGATATATGAGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAAAAA----TCAC-AAAC--------CGGCCGTGTGTGC
gi|10 : TGGCCGCC-TAGAGAAA-AG--AGGATACTTCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------A-----------TACTTATTG-T--TATTAAGA------AC----AGCACAGTGAAT-TT--T--TA-A-T--A-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTGGT-TTCATGTAA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCGGGA-G-AGA--A--C---A-AA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T--T-T---T-------TAGGGACTAACTAGAAACGGATAT-A--T--AT--TT-GATT------TAATATTATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-CATTTTGTAATTAAATTAATATTTTAGATTAACA-GTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGC-CA-ATGGCTGATT--TG-TTATCGATT---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGATGAAAAAA----ACTCAAAACAT--AAAATGGCCGTATGTGC
gi|11 : -----GTTA-CGTTACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---TCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGA----------ATACTGCCCC--CA----AGTACACCCCATC--A------A---------AATATAACTGAAAAGT-----G-----------TTATTATTG-T--TATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGTT--T---A-A-T--G-AATA--TATC----ACAC--TA----TAACTTGAT-T------AC-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCGAAATG-A-----------A-AAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T--T-T---T-------CAGGGATCAACCAGAAACGAACAC-A--TT--T--TTTTGCT------TAA--------A---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTTTCCATTTAAAATAATAAAAGTTTA--------A-AATTTCGTAATTAAACTAATATTTTAGATCAACA-GTG
gi|12 : ctgaatgTTTGAATGCATCAGTGGAAATGTTTAA-----CAAA----------------------TTGTTATTTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT----------AACG-----AA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GATTGTCTGAC-CG-CCTTTATGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT-T---C--A--AA---ATT--AAAA-A-ACATAA-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---AT---TTTCTTTTT-TT--T--T--T-C--TTC--ATCTGAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-T---ACA-AA--C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAGGCAG--AGAATACTGCCCC--CA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTAAATCT-----------T--G-TACT--TATCTCA-ATAG--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACACC-TACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AA
gi|13 : tatgagtAAAA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTCATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT-TGT-C--CA-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGCT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCCAAA-----------TCAT----TTCC-----ATTA-C---ACA---GAC--AC-TGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAGACAG--AGAA-----------------------------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACT--TATCTCA-ATGA--TA----TAAC------------------------------ATACAAC-TGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCTGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T--T-T---T-------CAGGGGCTAACAAGAAACGGATAT-T--TT-CT--TTTGACC------TAtaat
gi|14 : cAGAGAAACAG--GGAATACGGCCCC--GA----A-----------C--ATAGTTAATTTC-----A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCGTTGT-T------AA-------C---------------TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G-A-C--A--A---A-AAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T--T-T---T-------CAGGGGCTAACAAGA-----ATAT-T--TTAAT--TTTNNNN------NNN--------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----------AAATTA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAATTGTTCGATGATAAGTGGT-CA-GTGACCGTTT--TG-CTATTGA-T---TGTT-GAGATACATTTTCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------
gi|15 : TTGGTCGAC-CGTCCTTAG-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AT---ATT--AAAA-A-G----A-A----------ATC----------ATAAAT---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TACT----TTCC-----GTTA-T---ACT---GAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAGACAG--AGAAAACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGGACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATGA--TA----TTACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCGAGA-G-TGA--A--A---A-AAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTAT
gi|16 : -AT--T--TG-T-T--TTCGAATCTAAAAAGAAAATGACTGAT----TTTC-----GTTA-C---AGG---GTA--AC-TACATTA-TA---CCTT-AC-AAATTT---ATTGTGAATAC------T-C-TAt
gi|16 : -----------TTATTATTG-A--TATTTAGA------AC----AGCACAATGAATCGT--CCATG-A-TAAG-AAC-----TTTTG-ATAA---------AACTTAGT-T------AG-----------------ATTAC-TACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTGAGA-G-AAAACA--A---A-AGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---TTAT-T---T-------CAGTGGCCAACCGCAAATGAACAA-A--CT-TG--TTTAGCT------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcttattattgatatttagaacagcacaatgaatcgtccatgataagaacttttgataaaacttagttagattactacaaccaatgattgactttctttgaacattaatagtacactgagagaaaacaaaagagaaaagaaatctgcatacctatttatttcagtggccaaccgcaaatgaacaaacttgtttagcttta
gi|17 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcGAC-CGTCCTTAATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-T----T-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGTT-AT--A--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCT-----G-TA-----ACA-CAGAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTta
gi|17 : TCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G--TA--A--A---A-TAGGAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T--T-TATTT-------TAGGCACTAACCAGAAACGGATAT-A--TC-AT--TTT------------A--------G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------C-CATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGacctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|18 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga-----------TTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--TA---T--G-T----------CA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AATATATTAC-------ATACAGC-TAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AA-----------------GT--G-TATC-T---ACTC-----T---T--T-T---TGTTTTATCAGGGACTAACCAGAAACGAACAT-G--TT-TTTCTTTGGCC------Tt
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCATA--CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT-T---tatagtgtttttttcctgatatacaatcatgtactccctttaaaggataatgtaacattatttaaaattgccaacatcgta
gi|19 : TT-AT--T--T--T-TG-CTC--ATCTGCA-----------TGAT----TTCC-----AT-------A-A-CAGTT--AC-TGAATTA-TG---TCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|19 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatATTATTGGTAATATTTAGA------CC----ATTATAATGAATCTT--T---A-A-T--T-TGTC--TTTCTCA-ATAAAATACCGGTAACGTGGT-T------AA-------C-------ATTCAAC-TGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|2 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATGTATTCGTGAAAATGCTTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTGTTAC--TGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAAATT-TCC-GGTTAGTTGAA-CGTCCTTAATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT-T---T--TCTAA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------AAAATC---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-GT--TTAT--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTT------ACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---CTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATC-T--T--CA-T-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TG----GAACTTTGT-T------AT-------T-------GTA-AACATACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCGAGA-A-CGA--A--G---A-AAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T--TCT---T-------TACAAGTTAACCAGAAACGGATAC-A--AT-AG--TTTGGCC------TAG--------G---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTGTCTCTTTAAAATAA--------TA--------T-GTTTTTGTAATTTTACTGATATTTTAGATTTACA-GCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGGTCGGTT--TT-CTATCGACT---T-CT-GAGATACATGTACATTACTACCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AGACACAAAAAACGTCCGTCTGT
gi|20 : tgttagtTTTGAATTTAACTGTGAAA-TTCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAACTGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTTGTT-TTC-GGTT-GTTAAC-CGTCCTTAATATTTACT--------T---T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT---AAA-A-A----A-A----------ATC----------TAAAACATGA----T---T---TT---CTTATTGGT-AT--T---------------ATCTCAA-----------TAATATAACTTT-----GTTACC---ATA-CAt
gi|20 : aACA-TGATTTTC--T--TA-T-T--GGTAT---TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTTGT-T------AC-------C-------ATACAAC-TATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACT-GTCGA--A--A---G-TGAAAAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T--T-T---T-------CAactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|21 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaCA-CGGTC--AT-TGCACTA-TA---GGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTGACAG--AAAACACGACCCC--AA----GTAGACC-----C--A------ATCCTGAT--A-------TGACGGCAAAAAAG-----------TTAATATTG-T--TATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAATA-T--T--TA-A-T--G-Tg
gi|22 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtc--T-T---T-------TACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAATTAATATTTTAGATTGACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGC-CT-GTGACTGATT--TT-CTATCGA-TATAT-TT-TAGAT--ATGTGCATTACTTCTATCA----ATTTTT-----------------------TGAAGGAGAAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTATGTGc
gi|23 : TC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCCATTATGTTA-C---A-A-TA-TC--AT-TACATTA-TA---CGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTGACAGATAGACAACT-TCCT--GATTTGA-----------CCTA------AAC-------A-------TT-----------T-----------TTATTTTTG-C--TATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAATCTT--T--T--A-T--G-----------TCA-TTAA--TA----TAACATGGT-T------AA-------C-------ATAC
gi|24 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttggC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G---T-------T--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|25 : C--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G---T-------T--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|26 : ATTTCCTGTT--ATTAG----AAGA-G-A-AA----A---CTTCTTGTCTTAGTTGGCCGGC-CATCCTTAATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT-T---A--CT-AA---GTT--AAAA-A-A----A------------------------------------------------------------T-AT--T--T--T-TGGTTC--ATCTCAT-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---AC----GGC--AAAGGCAATA-TA---CCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATACCCAA
gi|27 : GTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC--AAA-A-T-AA----T---TTTACT-GCC-G
gi|27 : TAAT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-TAATT--CA-AA---ATT--AAAA-ATA----ATA----------A------------AAAAAT---A----T---T---TT---CTCATT-----T--T--T--T-T--TTC--ATTTTAA-----------TCAC----TTCC-----GTT------ACA-CAGAC--GC-TGCATTA-TA---TCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-actctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|28 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTGAATGTATTTGTGCAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTTTTTA----------------ATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-A-CAC---A---TTTGTT-TCC-GGATGGCTGGC-CGTTTTTAATTTTTATTGCCA---TTT--T-T-TT-T---C--CA-AA---ATT--AAAA-----------------------C----------AAAAAC---A----T---T---TT---TTTt
gi|29 : atgttagtTTTGAATGTATCAGTGAAAATGCTTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGT--GTTTTTTT-TACACTGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCA-GGTTGTTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-tctta
gi|3 : gttagtTTTGAATGTTTCTGTGAAAATGCTTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTTTT---ATACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAAGTT-TTC-GGTTGGTTGAA-TGTCCTTAATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTCT---T--CT-AA---ATT--AAAA-C-A----A-A----------ATA----------AAAAAC---A----TCACT---TT---CTTATTATA-ATCCT--T--T-T--TTC--ATCTGAA-----------TCAA----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AC-TTCATTA-AA---CCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTGTAAG----------TGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGTCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGCAAATTGATTCTT--T---A-A-T--A-TACCATTATCTAGTATAAC-TA----TAACCTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-AACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACGAGA-G-CGA--A--T---A-AAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T--TGT---T-------TACGAGTAAACTAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGACCTATTAGTAA--------G---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTGTTCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTGTGTAATTTAACTAATAATTTAGATTTACA-GTAAAGT-TTCTCAGATAAGTGGT---------CGGTT--TT-TTATCGA-C---T-TT-----------TACATTACTTTCATCA----AGTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAATAC--AAAACGACCGTGTG
gi|30 : ctttgtTAAAACAA--------TA--------ATAACTTTGTAATTAAAATTATAATTTAGATTTAGA-GTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGACAAATT--TTTCTATCGA-T---T-TTTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAAACACACAC-AAACAC--ACAATGGCCTTGTGT
gi|31 : TTTGATTGTATCAGTGAAAATGCTTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTTTAAATAC---------TTT--TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-G----------TTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCTAAATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT-T---
gi|32 : tgctagt----AGTACAATGAATCTT--T---A-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTAGT-T------CA-------C-------AT------T--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTTtt
gi|33 : TTTTAGATTAACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-------CTATCGACT---T-TT-GAGATGCATGCGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAATAAAAAAG---ACAC-AAACAC--AAATTGGTCGTGTGTGCttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|34 : TTTGAATGTATCAGCGAAAATGCTTAAAA-TATAAAAAGGAAAAATACTT-----GATTT---------TA-ACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGG-CAAAAA-A-A-A-----------TGTT-TCC-GGTTGGCTGACACGTCCTTAATTTT
gi|36 : taagtTTAGATTTACA-TTGAAGTATACGATGATAAGCGGT-GA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAAATACATGTGCATTACTTTGATCA----A--TTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----TCAC-
gi|38 : cAAAAT-A-ATAC----A---TCTACT-TCC-GGTTGGCCGAC-CGACCCTAATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT-T---CATCC-AAATGATT--AGAA-A-A----A-A----------
gi|39 : -TAAC--TATCTAA-ATTA--TA----TAGCATCATAT------AAA------C-------ATAAAAC-TACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCT
gi|4 : acaAATGT----GTGAAAATGTGTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTTTTTATA-A-TGTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGG-CAAAAA-A-A-AACAACA---TTTGTT-TCC-GGTTGGTCGTT-CGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---T--CC--------T--AAAA-T-T----A-A----------AT------------AAAAC---A----T---T---TT---ATAAGTGTTAAT--TA-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-TACGC--A---GCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-AT
gi|4 : catgttactttttatatatctgtgaaCGCC-TAGAGAGACAA--AGAA-ACTGTCT---GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------GC----AGTACAGTGGAT-TT--T--AA-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------G-------ATTCAGC-TACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCGAGA-G-TGAT-A--A---A-CAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T--T-T---T-------CAGGGGCTAACCAGAAACGGGTAT----TT------------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTGTCTGTTTAAAATGA--------T---------A-AATTATGTAATTAAACTAATATTTTAGATTTAAA-GTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGT-CA-GTGGCCGATT--TT-CTATCGA-aaaggcgcctagagagacaaagaaactgtctgaacaaatggttattattgttattcagagcagtacagtggattttaaatgtatctatctcaataatataacttggttaagattcagctacaaccaacgatcggcttgctctgaacgttgctagtacatcgagagtgataaacaagaaaagacaatcatacgtggtctacactaatttttttcaggggctaaccagaaacgggtatttttttagaaattgcttttagtgaaaatatgttaaaattgcgatgtgtctgtttaaaatgataaattatgtaattaaactaatattttagatttaaagtgaagtgttctagggtaagtggtcagtggccgattttctatcgagctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|40 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaatgtgtaaaaatataaaatgatatttctttggatttatttttttataatgtggcattcaatttcatatttgataaggcaaaaaaaaacaacatttgtttccggttggtcgttcgtctatcatctttactgccgactctattttttcctaaaattaaataaaacattttataagtgttaattatttttcatctaaatcatttccgttacacatacgcagcattatacctaacaaaatgtgtataaaggCTCGGGA-G-AAA--ATCA---ATAAATAAAAAGCTACC----------TACC-C---TTTA-----T---A--T-T---T-------CAGGGGCTAATCAGAAAC---TATCA--TT-GT--TTgctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CTTCCT--ATCTTTGCTAC
gi|42 : ATGCATGTGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAA----ACAT-AAACAC--AAAATGGCCGTATGTGCt
gi|43 : AC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-
gi|5 : TTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTTGTT-TCC-G-------------TCCTTAATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------TGAGAC---A----T---T---TTTTTCTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--GC-TGCATTA-TA---CCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATAT-AAA-ATGGCCGCC-TAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTGAATC-T--T--TA---------------ATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------TA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCGAAA-G-TGA--A--A---A-CA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT--T-T---T-------TAA-GGCTAACCAGAAACGAATAT-ATTTT-TT--TTTTGTC------TAA--------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTAAACTAATATTTTAG---------------GTACGAAGATAAGTGGTACATGTG-C--ATTACTT-CCATCAA-TG--T-TT-Gttattccttacataatg
gi|5 : aaGGTACATGTGCATTACTTCCATCA----ATGTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAA----------AAGCAC--AAAACGGCCGTGTGTGCgagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|6 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------C-----------TTATTTTTG-T--TATTCAGA------CC----AGCACATTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCAAGA-G-TCA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T--T-TC--T-------TACTGGCTAACCAGAAACGGAAAA-A--TC-AT--TTTGGCC------CAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTGTCCATTTAAAAAAA--------TA--------C-AAATTTGTAATTTAAGTAATAGTTTTTATTTACA-GATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGATCGAAT--TT-CTATCGA-T---T-TT-
gi|6 : ATTTACATGTAAGTTATTAGAATATAAATA-T-CA-TACACTGATT--TT-TGA--GA-T---G-T-----ATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------AACGGGAAGAAAAAA----A-ACAAAACAT--AAAACGGCCGTATGTGCtgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|7 : ggccgcccagagagacagagaatactgccccgaacaaatgcttatttttgttattcagaccagcacattgaatctttaatgtacctatctcaataatataacttggttaacatacaactacaaccaatgatcggcttgccacgaacattactagtacctcaagagtcaaaaaaagaaaagacaatcatacatggtatacggttttttcttactggctaaccagaaacggaaaaatcattttggcccaagtaattttagaaattgctttcagtgaaaatgtatgaaaatagcgatgtgtccatttaaaaaaatacaaatttgtaatttaagtaatagtttttatttacagataagtgttcgaagaaaagtggtcagtgatcgaatttctatcgatttttgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CAT----TCC-GGTTTGTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATTGAAAAA-A-A----A-A----------ATT----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTAATTTTT-AT--T--T--A-T--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ATCC-----GTTA-C---AAA-T--CC--AC-TGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAGACAG--AGAATACTGCCCT--TA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAA-CCT--T--AA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCGGGA-G-AAA--A--AAAGA-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA-T-T---T-------TACGGGTTAACCAGAAACAGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCT------TAA--------G---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTGTCCCTTTAAGATAA--------TC--------A-AAACATGTAATTTAACTan
gi|8 : TG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAAGTT-TTC-AGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT-T---TA-CC-AA---ATC--AAAA-A-A----A-A----------AT----------------------------------T---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AT-TGCATTA-TA---CCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAGACAG--AGAATACTGCCC---GA----A-----------T--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCCGA------AC----AGCACAGTGAATCTG--T--TATA-T--G-T--C--TTTCTTG-ATAA--TA----TAACATGGT-T------AA-------C-------ATACAAC-TACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCCAGA-G-TGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T--T-T---T-------TACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------tttct
gi|9 : TTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT-TATCT--TC-AA---ATTCCAAAACA-A----A-ATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAACT---T---TT---TTT--------T--T--T--T-TG-TTC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---ATAACAATTTTAC-AATATTA-TG---TCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTGACA-----AATTCTGCCCCAAGA----AGT---------C--A------ACATCCTGATA-------TG-----------ACTGAAACATTTTTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T---------------TATATCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AA-------CATATAACATACAAC-TAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCGGAA-G-AAA--A--A---G-AAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G--C-T---T----------AGTCTAACCAAAA---GAAAC-A--TT-TT--TTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT
Unaligned ( gi|46 ): GTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTT
Alignments
lowQualScore : 222 222222222 111111 2222222222222222222222222 222 11 11111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 111111 1111111 1111111111 11111 33333333333333333333333 1111
lowQualScore : 2 66 99999 1 66 444 5 2 2 2 111111111 1 2 2 1 0 22 3 1 1 555555 2 333 55 2 2 4444 6666666666666666666666666 444 5555 444 111 444 2 2 33 55 55 2 77 33 00000000000 4444 55555 44444 55555 22 2 2 333 2 777 7777777 2 2 2 2 2 33 1 333 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 2 22 555555 4444 22 66666 1 22 1 3333 1 44 3333 1 1 444444 5555555 1 5555555 1 44444 1 1 1 555 44 22 333 1 22 2 2 333 777777 333 44 3 1111111 4 0 3333 77 22 66666666666 99999999 555 0 2 1 99999999 9999999999 1 2 2 0 2 2 44 3 88888 3 3 7777 00000000000000000000000 1111 7 55
lowQualScore : . .. ..... . .. ... . . . . ......... . . . . . .. . . . ...... . ... .. . . .... ......................... ... .... ... ... ... . . .. .. .. . .. .. ........... .... ..... ..... ..... .. . . ... . ... ....... . . . . . .. . ... .... ................................................................ . . .. ...... .... .. ..... . .. . .... . .. .... . . ...... ....... . ....... . ..... . . . ... .. .. ... . .. . . ... ...... ... .. . ....... . . .... .. .. ........... ........ ... . . . ........ .......... . . . . . . .. . ..... . . .... ....................... .... . ..
lowQualScore : 3 22 11111 4 77 999 1 1 1 1 444444444 2 1 1 9 3 66 8 9 9 999999 1 777 88 1 1 7777 6666666666666666666666666 444 3333 444 999 444 7 4 22 66 33 4 99 11 66666666666 7777 33333 11111 00000 99 1 1 777 1 999 9999999 2 2 5 4 4 22 6 444 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 88 888888 0000 55 77777 8 55 7 5555 7 00 5555 1 7 888888 4444444 7 4444444 7 33333 7 7 8 444 33 55 222 8 66 4 0 555 333333 555 55 8 4444444 3 8 9999 44 88 88888888888 77777777 000 4 9 0 77777777 7777777777 0 6 4 9 5 5 22 1 88888 3 3 1111 88888888888888888888888 4444 3 55
consensus : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
Reference ( family-435 ) : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
gi|1 : TTTTAATGTACCTGTG------CTTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAAGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CCTCGTTAATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTTTT-TT--T--T--TAT--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ACCC-----GTTA-C---ACA-CAGCC--AC-TGCATTT-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAACACTGCCCT--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTTAAT--TA-AAT--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----AAACTTGAT-T------A-------A-C-------AAACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGCCTAACCAGAAACGGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------T-CATTTTGTATTTTAACTAATATCTTAGATTTACA-TTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGT-TA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAGATATATGAGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAAAAA----TCAC-AAAC--------CGGCCGTGTGTGC
gi|10 : TGGCCGCC-TAGAGAAA-AG--AGGATACTTCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------A-----------TACTTATTG-T--TATTAAGA------AC----AGCACAGTGAAT-TT--T--TA-A-T--A-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTGGT-TTCATGTA-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCGGGA-G-AGA--A--C---A-AA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T--T-T-------TTAGGGACTAACTAGAAACGGATAT-A--T--AT--TT-GATT------TAATATTATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-CATTTTGTAATTAAATTAATATTTTAGATTAACA-GTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGC-CA-ATGGCTGATT--TG-TTATCGATT---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGATGAAAAAA----ACTCAAAACAT--AAAATGGCCGTATGTGC
gi|11 : -----GTTA-CGTTACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---TCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGA----------ATACTGCCCC--CA----AGTACACCCCATC--A------A---------AATATAACTGAAAAGT-----G-----------TTATTATTG-T--TATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGTT--T---A-A-T--G-AATA--TATC----ACAC--TA----TAACTTGAT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCGAAATG-A-----------A-AAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T--T-T-------TCAGGGATCAACCAGAAACGAACAC-A--TT--T--TTTTGCT------TAA--------A---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTTTCCATTTAAAATAATAAAAGTTTA--------A-AATTTCGTAATTAAACTAATATTTTAGATCAACA-GTG
gi|12 : ctgaatgTTTGAATGCATCAGTGGAAATGTTTAA-----CAAA----------------------TTGTTATTTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT----------AACG-----AA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GATTGTCTGAC-CG-CCTTTATGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT-T---C--A--AA---ATT--AAAA-A-ACATAA-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---AT---TTTCTTTTT-TT--T--T--T-C--TTC--ATCTGAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-T---ACA-AA--C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAGGCAG--AGAATACTGCCCC--CA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTAAATCT-----------T--G-TACT--TATCTCA-ATAG--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACACC-TACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AA
gi|13 : tatgagtAAAA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTCATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT-TGT-C--CA-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGCT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCCAAA-----------TCAT----TTCC-----ATTA-C---ACA---GAC--AC-TGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAGACAG--AGAA-----------------------------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACT--TATCTCA-ATGA--TA----TAAC-------------------------------ATACAAC-TGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCTGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGAAACGGATAT-T--TT-CT--TTTGACC------TAtaat
gi|14 : cAGAGAAACAG--GGAATACGGCCCC--GA----A-----------C--ATAGTTAATTTC-----A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCGTTGT-T------A-------A-C---------------TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G-A-C--A--A---A-AAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGA-----ATAT-T--TTAAT--TTTNNNN------NNN--------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----------AAATTA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAATTGTTCGATGATAAGTGGT-CA-GTGACCGTTT--TG-CTATTGA-T---TGTT-GAGATACATTTTCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------
gi|15 : TTGGTCGAC-CGTCCTTAG-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AT---ATT--AAAA-A-G----A-A----------ATC----------ATAAAT---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TACT----TTCC-----GTTA-T---ACT---GAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAGACAG--AGAAAACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGGACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATGA--TA----TTACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCGAGA-G-TGA--A--A---A-AAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTAT
gi|16 : -AT--T--TG-T-T--TTCGAATCTAAAAAGAAAATGACTGAT----TTTC-----GTTA-C---AGG---GTA--AC-TACATTA-TA---CCTT-AC-AAATTT---ATTGTGAATAC------T-C-TAt
gi|16 : -----------TTATTATTG-A--TATTTAGA------AC----AGCACAATGAATCGT--CCATG-A-TAAG-AAC-----TTTTG-ATAA---------AACTTAGT-T------A-------G-----------ATTAC-TACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTGAGA-G-AAAACA--A---A-AGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---TTAT-T-------TCAGTGGCCAACCGCAAATGAACAA-A--CT-TG--TTTAGCT------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcttattattgatatttagaacagcacaatgaatcgtccatgataagaacttttgataaaacttagttagattactacaaccaatgattgactttctttgaacattaatagtacactgagagaaaacaaaagagaaaagaaatctgcatacctatttatttcagtggccaaccgcaaatgaacaaacttgtttagcttta
gi|17 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcGAC-CGTCCTTAATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-T----T-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGTT-AT--A--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCT-----G-TA-----ACA-CAGAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTta
gi|17 : TCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G--TA--A--A---A-TAGGAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T--T-TATT----TTAGGCACTAACCAGAAACGGATAT-A--TC-AT--TTT------------A--------G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------C-CATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGacctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|18 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga-----------TTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T--A-T--G-----------TCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AATATATTA-C-------ATACAGC-TAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AA-----------------GT---GTATC-T---ACTC-----T---T--T-TTGTTTTATCAGGGACTAACCAGAAACGAACAT-G--TT-TTTCTTTGGCC------Tt
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCATA--CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT-T---tatagtgtttttttcctgatatacaatcatgtactccctttaaaggataatgtaacattatttaaaattgccaacatcgta
gi|19 : TT-AT--T--T--T-TG-CTC--ATCTGCA-----------TGAT----TTCC-----AT-------A-A-CAGTT--AC-TGAATTA-TG---TCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|19 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatATTATTGGTAATATTTAGA------CC----ATTATAATGAATCTT--T---A-A-T--T-TGTC--TTTCTCA-ATAAAATACCGGTAACGTGGT-T------A-------A-C-------ATTCAAC-TGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|2 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATGTATTCGTGAAAATGCTTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTGTTAC--TGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAAATT-TCC-GGTTAGTTGAA-CGTCCTTAATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT-T---T--TCTAA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------AAAATC---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-GT--TTAT--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTT------ACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---CTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATC-T--T--CA-T-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TG----GAACTTTGT-T------A-------T-T-------GTA-AACATACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCGAGA-A-CGA--A--G---A-AAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T--TCT-------TTACAAGTTAACCAGAAACGGATAC-A--AT-AG--TTTGGCC------TAG--------G---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTGTCTCTTTAAAATAA--------TA--------T-GTTTTTGTAATTTTACTGATATTTTAGATTTACA-GCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGGTCGGTT--TT-CTATCGACT---T-CT-GAGATACATGTACATTACTACCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AGACACAAAAAACGTCCGTCTGT
gi|20 : tgttagtTTTGAATTTAACTGTGAAA-TTCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAACTGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTTGTT-TTC-GGTT-GTTAAC-CGTCCTTAATATTTACT--------T---T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT---AAA-A-A----A-A----------ATC----------TAAAACATGA----T---T---TT---CTTATTGGT-AT--T---------------ATCTCAA-----------TAATATAACTTT-----GTTACC---ATA-CAt
gi|20 : aACA-TGATTTTC--T--TA-T-T--GGTAT---TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTTGT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACT-GTCGA--A--A---G-TGAAAAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T--T-T-------TCAGactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|21 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaCA-CGGTC--AT-TGCACTA-TA---GGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTGACAG--AAAACACGACCCC--AA----GTAGACC-----C--A------ATCCTGAT--A-------TGACGGCAAAAAAG-----------TTAATATTG-T--TATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAATA-T--T--TA-A-T--G-T
gi|22 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtc--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAATTAATATTTTAGATTGACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGC-CT-GTGACTGATT--TT-CTATCGA-TATAT-TT-TAGAT--ATGTGCATTACTTCTATCA----ATTTTT-----------------------TGAAGGAGAAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTATGTGc
gi|23 : TC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCCATTATGTTA-C---A-A-TA-TC--AT-TACATTA-TA---CGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTGACAGATAGACAACT-TCCT--GATTTGA-----------CCTA------AAC-------A-------TT-----------T-----------TTATTTTTG-C--TATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAATCTT--T--T--A-T--G-----------TCA-TTAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATAC
gi|24 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttggC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|25 : C--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|26 : ATTTCCTGTT--ATTAG----AAGA-G-A-AA----A---CTTCTTGTCTTAGTTGGCCGGC-CATCCTTAATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT-T---A--CT-AA---GTT--AAAA-A-A----A------------------------------------------------------------T-AT--T--T--T-TGGTTC--ATCTCAT-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---AC----GGC--AAAGGCAATA-TA---CCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATACCCAA
gi|27 : GTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC--AAA-A-T-AA----T---TTTACT-GCC-G
gi|27 : TAAT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-TAATT--CA-AA---ATT--AAAA-ATA----ATA----------A------------AAAAAT---A----T---T---TT---CTCATT-----T--T--T--T-T--TTC--ATTTTAA-----------TCAC----TTCC-----GTT------ACA-CAGAC--GC-TGCATTA-TA---TCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-actctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|28 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTGAATGTATTTGTGCAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTTTTTA----------------ATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-A-CAC---A---TTTGTT-TCC-GGATGGCTGGC-CGTTTTTAATTTTTATTGCCA---TTT--T-T-TT-T---C--CA-AA---ATT--AAAA-----------------------C----------AAAAAC---A----T---T---TT---TTTt
gi|29 : atgttagtTTTGAATGTATCAGTGAAAATGCTTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGT--GTTTTTTT-TACACTGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCA-GGTTGTTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-tctta
gi|3 : gttagtTTTGAATGTTTCTGTGAAAATGCTTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTTTT---ATACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAAGTT-TTC-GGTTGGTTGAA-TGTCCTTAATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTCT---T--CT-AA---ATT--AAAA-C-A----A-A----------ATA----------AAAAAC---A----TCACT---TT---CTTATTATA-ATCCT--T--T-T--TTC--ATCTGAA-----------TCAA----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AC-TTCATTA-AA---CCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTGTAAG----------TGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGTCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGCAAATTGATTCTT--T---A-A-T--A-TACCATTATCTAGTATAAC-TA----TAACCTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-AACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACGAGA-G-CGA--A--T---A-AAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T--TGT-------TTACGAGTAAACTAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGACCTATTAGTAA--------G---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTGTTCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTGTGTAATTTAACTAATAATTTAGATTTACA-GTAAAGT-TTCTCAGATAAGTGGT---------CGGTT--TT-TTATCGA-C---T-TT-----------TACATTACTTTCATCA----AGTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAATAC--AAAACGACCGTGTG
gi|30 : ctttgtTAAAACAA--------TA--------ATAACTTTGTAATTAAAATTATAATTTAGATTTAGA-GTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGACAAATT--TTTCTATCGA-T---T-TTTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAAACACACAC-AAACAC--ACAATGGCCTTGTGT
gi|31 : TTTGATTGTATCAGTGAAAATGCTTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTTTAAATAC---------TTT--TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-G----------TTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCTAAATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT-T---
gi|32 : tgctagt----AGTACAATGAATCTT--T---A-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTAGT-T------C-------A-C-------AT------T--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTTtt
gi|33 : TTTTAGATTAACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-------CTATCGACT---T-TT-GAGATGCATGCGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAATAAAAAAG---ACAC-AAACAC--AAATTGGTCGTGTGTGCttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|34 : TTTGAATGTATCAGCGAAAATGCTTAAAA-TATAAAAAGGAAAAATACTT-----GATTT---------TA-ACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGG-CAAAAA-A-A-A-----------TGTT-TCC-GGTTGGCTGACACGTCCTTAATTTT
gi|36 : taagtTTAGATTTACA-TTGAAGTATACGATGATAAGCGGT-GA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAAATACATGTGCATTACTTTGATCA----A--TTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----TCAC-
gi|38 : cAAAAT-A-ATAC----A---TCTACT-TCC-GGTTGGCCGAC-CGACCCTAATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT-T---CATCC-AAATGATT--AGAA-A-A----A-A----------
gi|39 : -TAAC--TATCTAA-ATTA--TA----TAGCATCATAT------A-------AAC-------ATAAAAC-TACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCT
gi|4 : acaAATGT----GTGAAAATGTGTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTTTTTATA-A-TGTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGG-CAAAAA-A-A-AACAACA---TTTGTT-TCC-GGTTGGTCGTT-CGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---T--CC--------T--AAAA-T-T----A-A----------AT------------AAAAC---A----T---T---TT---ATAAGTGTTAAT--TA-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-TACGC--A---GCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-AT
gi|4 : catgttactttttatatatctgtgaaCGCC-TAGAGAGACAA--AGAA-ACTGTCT---GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------GC----AGTACAGTGGAT-TT--T--AA-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-G-------ATTCAGC-TACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCGAGA-G-TGAT-A--A---A-CAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACCAGAAACGGGTAT----TT------------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTGTCTGTTTAAAATGA--------T---------A-AATTATGTAATTAAACTAATATTTTAGATTTAAA-GTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGT-CA-GTGGCCGATT--TT-CTATCGA-aaaggcgcctagagagacaaagaaactgtctgaacaaatggttattattgttattcagagcagtacagtggattttaaatgtatctatctcaataatataacttggttaagattcagctacaaccaacgatcggcttgctctgaacgttgctagtacatcgagagtgataaacaagaaaagacaatcatacgtggtctacactaatttttttcaggggctaaccagaaacgggtatttttttagaaattgcttttagtgaaaatatgttaaaattgcgatgtgtctgtttaaaatgataaattatgtaattaaactaatattttagatttaaagtgaagtgttctagggtaagtggtcagtggccgattttctatcgagctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|40 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaatgtgtaaaaatataaaatgatatttctttggatttatttttttataatgtggcattcaatttcatatttgataaggcaaaaaaaaacaacatttgtttccggttggtcgttcgtctatcatctttactgccgactctattttttcctaaaattaaataaaacattttataagtgttaattatttttcatctaaatcatttccgttacacatacgcagcattatacctaacaaaatgtgtataaaggCTCGGGA-G-AAA--ATCA---ATAAATAAAAAGCTACC----------TACC-C---TTTA-----T---A--T-T-------TCAGGGGCTAATCAGAAAC---TATCA--TT-GT--TTgctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CTTCCT--ATCTTTGCTAC
gi|42 : ATGCATGTGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAA----ACAT-AAACAC--AAAATGGCCGTATGTGCt
gi|43 : AC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-
gi|46 : TTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTTttattccttacataatg
gi|5 : gtcatgttagtTTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTTGTT-TCC-G-------------TCCTTAATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------TGAGAC---A----T---T---TTTTTCTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--GC-TGCATTA-TA---CCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATAT-AAA-ATGGCCGCC-TAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTGAATC-T--T--TA---------------ATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------T-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCGAAA-G-TGA--A--A---A-CA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT--T-T-------TTA-AGGCTAACCAGAAACGAATAT-ATTTT-TT--TTTTGTC------TAA--------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTAAACTAATATTTTAG---------------GTACGAAGATAAGTGGTACATGTG-C--ATTACTT-CCATCAA-TG--T-TT-G
gi|5 : aaGGTACATGTGCATTACTTCCATCA----ATGTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAA----------AAGCAC--AAAACGGCCGTGTGTGCgagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|6 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------C-----------TTATTTTTG-T--TATTCAGA------CC----AGCACATTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCAAGA-G-TCA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T--T-TC------TTACTGGCTAACCAGAAACGGAAAA-A--TC-AT--TTTGGCC------CAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTGTCCATTTAAAAAAA--------TA--------C-AAATTTGTAATTTAAGTAATAGTTTTTATTTACA-GATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGATCGAAT--TT-CTATCGA-T---T-TT-
gi|6 : ATTTACATGTAAGTTATTAGAATATAAATA-T-CA-TACACTGATT--TT-TGA--GA-T---G-T-----ATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------AACGGGAAGAAAAAA----A-ACAAAACAT--AAAACGGCCGTATGTGCtgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|7 : ggccgcccagagagacagagaatactgccccgaacaaatgcttatttttgttattcagaccagcacattgaatctttaatgtacctatctcaataatataacttggttaacatacaactacaaccaatgatcggcttgccacgaacattactagtacctcaagagtcaaaaaaagaaaagacaatcatacatggtatacggttttttcttactggctaaccagaaacggaaaaatcattttggcccaagtaattttagaaattgctttcagtgaaaatgtatgaaaatagcgatgtgtccatttaaaaaaatacaaatttgtaatttaagtaatagtttttatttacagataagtgttcgaagaaaagtggtcagtgatcgaatttctatcgatttttgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CAT----TCC-GGTTTGTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATTGAAAAA-A-A----A-A----------ATT----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTAATTTTT-AT--T--T--A-T--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ATCC-----GTTA-C---AAA-T--CC--AC-TGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAGACAG--AGAATACTGCCCT--TA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAA-CCT--T--AA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCGGGA-G-AAA--A--AAAGA-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA-T-T-------TTACGGGTTAACCAGAAACAGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCT------TAA--------G---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTGTCCCTTTAAGATAA--------TC--------A-AAACATGTAATTTAACTan
gi|8 : TG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAAGTT-TTC-AGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT-T---TA-CC-AA---ATC--AAAA-A-A----A-A----------AT----------------------------------T---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AT-TGCATTA-TA---CCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAGACAG--AGAATACTGCCC---GA----A-----------T--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCCGA------AC----AGCACAGTGAATCTG--T--TATA-T--G-T--C--TTTCTTG-ATAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCCAGA-G-TGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------tttct
gi|9 : TTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT-TATCT--TC-AA---ATTCCAAAACA-A----A-ATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAACT---T---TT---TTT--------T--T--T--T-TG-TTC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---ATAACAATTTTAC-AATATTA-TG---TCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTGACA-----AATTCTGCCCCAAGA----AGT---------C--A------ACATCCTGATA-------TG-----------ACTGAAACATTTTTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T---------------TATATCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-CATATAACATACAAC-TAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCGGAA-G-AAA--A--A---G-AAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G--C-T-------T---AGTCTAACCAAAA---GAAAC-A--TT-TT--TTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT
Alignments
lowQualScore : 222 222222222 111111 2222222222222222222222222 222 11 11111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 111111 1111111 1111111111 11111 33333333333333333333333 1111
lowQualScore : 2 66 99999 1 66 444 5 2 2 2 111111111 1 2 2 1 0 22 3 1 1 555555 2 333 55 2 2 4444 6666666666666666666666666 444 5555 444 111 444 2 2 33 55 55 2 77 33 00000000000 4444 55555 44444 55555 22 2 2 333 2 777 7777777 2 2 2 2 2 33 1 333 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 2 22 555555 4444 22 66666 1 22 1 3333 1 44 3333 1 1 444444 5555555 1 5555555 1 44444 1 1 1 555 44 22 333 1 22 2 2 333 777777 333 44 3 1111111 4 0 3333 77 22 66666666666 99999999 555 0 2 1 99999999 9999999999 1 2 2 0 2 2 44 3 88888 3 3 7777 00000000000000000000000 1111 7 55
lowQualScore : . .. ..... . .. ... . . . . ......... . . . . . .. . . . ...... . ... .. . . .... ......................... ... .... ... ... ... . . .. .. .. . .. .. ........... .... ..... ..... ..... .. . . ... . ... ....... . . . . . .. . ... .... ................................................................ . . .. ...... .... .. ..... . .. . .... . .. .... . . ...... ....... . ....... . ..... . . . ... .. .. ... . .. . . ... ...... ... .. . ....... . . .... .. .. ........... ........ ... . . . ........ .......... . . . . . . .. . ..... . . .... ....................... .... . ..
lowQualScore : 3 22 11111 4 77 999 1 1 1 1 444444444 2 1 1 9 3 66 8 9 9 999999 1 777 88 1 1 7777 6666666666666666666666666 444 3333 444 999 444 7 4 22 66 33 4 99 11 66666666666 7777 33333 11111 00000 99 1 1 777 1 999 9999999 2 2 5 4 4 22 6 444 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 88 888888 0000 55 77777 8 55 7 5555 7 00 5555 1 7 888888 4444444 7 4444444 7 33333 7 7 8 444 33 55 222 8 66 4 0 555 333333 555 55 8 4444444 3 8 9999 44 88 88888888888 77777777 000 4 9 0 77777777 7777777777 0 6 4 9 5 5 22 1 88888 3 3 1111 88888888888888888888888 4444 3 55
consensus : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
Reference ( family-435 ) : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
gi|1 : TTTTAATGTACCTGTG------CTTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAAGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CCTCGTTAATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTTTT-TT--T--T--TAT--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ACCC-----GTTA-C---ACA-CAGCC--AC-TGCATTT-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAACACTGCCCT--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTTAAT--TA-AAT--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----AAACTTGAT-T------A-------A-C-------AAACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGCCTAACCAGAAACGGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------T-CATTTTGTATTTTAACTAATATCTTAGATTTACA-TTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGT-TA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAGATATATGAGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAAAAA----TCAC-AAAC--------CGGCCGTGTGTGC
gi|10 : TGGCCGCC-TAGAGAAA-AG--AGGATACTTCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------A-----------TACTTATTG-T--TATTAAGA------AC----AGCACAGTGAAT-TT--T--TA-A-T--A-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTGGT-TTCATGTA-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCGGGA-G-AGA--A--C---A-AA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T--T-T-------TTAGGGACTAACTAGAAACGGATAT-A--T--AT--TT-GATT------TAATATTATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-CATTTTGTAATTAAATTAATATTTTAGATTAACA-GTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGC-CA-ATGGCTGATT--TG-TTATCGATT---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGATGAAAAAA----ACTCAAAACAT--AAAATGGCCGTATGTGC
gi|11 : -----GTTA-CGTTACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---TCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGA----------ATACTGCCCC--CA----AGTACACCCCATC--A------A---------AATATAACTGAAAAGT-----G-----------TTATTATTG-T--TATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGTT--T---A-A-T--G-AATA--TATC----ACAC--TA----TAACTTGAT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCGAAATG-A-----------A-AAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T--T-T-------TCAGGGATCAACCAGAAACGAACAC-A--TT--T--TTTTGCT------TAA--------A---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTTTCCATTTAAAATAATAAAAGTTTA--------A-AATTTCGTAATTAAACTAATATTTTAGATCAACA-GTG
gi|12 : ctgaatgTTTGAATGCATCAGTGGAAATGTTTAA-----CAAA----------------------TTGTTATTTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT----------AACG-----AA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GATTGTCTGAC-CG-CCTTTATGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT-T---C--A--AA---ATT--AAAA-A-ACATAA-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---AT---TTTCTTTTT-TT--T--T--T-C--TTC--ATCTGAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-T---ACA-AA--C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAGGCAG--AGAATACTGCCCC--CA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTAAATCT-----------T--G-TACT--TATCTCA-ATAG--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACACC-TACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AA
gi|13 : tatgagtAAAA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTCATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT-TGT-C--CA-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGCT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCCAAA-----------TCAT----TTCC-----ATTA-C---ACA---GAC--AC-TGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAGACAG--AGAA-----------------------------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACT--TATCTCA-ATGA--TA----TAAC-------------------------------ATACAAC-TGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCTGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGAAACGGATAT-T--TT-CT--TTTGACC------TAtaat
gi|14 : cAGAGAAACAG--GGAATACGGCCCC--GA----A-----------C--ATAGTTAATTTC-----A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCGTTGT-T------A-------A-C---------------TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G-A-C--A--A---A-AAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGA-----ATAT-T--TTAAT--TTTNNNN------NNN--------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----------AAATTA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAATTGTTCGATGATAAGTGGT-CA-GTGACCGTTT--TG-CTATTGA-T---TGTT-GAGATACATTTTCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------
gi|15 : TTGGTCGAC-CGTCCTTAG-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AT---ATT--AAAA-A-G----A-A----------ATC----------ATAAAT---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TACT----TTCC-----GTTA-T---ACT---GAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAGACAG--AGAAAACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGGACAGTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATGA--TA----TTACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCGAGA-G-TGA--A--A---A-AAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTAT
gi|16 : -AT--T--TG-T-T--TTCGAATCTAAAAAGAAAATGACTGAT----TTTC-----GTTA-C---AGG---GTA--AC-TACATTA-TA---CCTT-AC-AAATTT---ATTGTGAATAC------T-C-TAt
gi|16 : -----------TTATTATTG-A--TATTTAGA------AC----AGCACAATGAATCGT--CCATG-A-TAAG-AAC-----TTTTG-ATAA---------AACTTAGT-T------A-------G-----------ATTAC-TACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTGAGA-G-AAAACA--A---A-AGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---TTAT-T-------TCAGTGGCCAACCGCAAATGAACAA-A--CT-TG--TTTAGCT------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcttattattgatatttagaacagcacaatgaatcgtccatgataagaacttttgataaaacttagttagattactacaaccaatgattgactttctttgaacattaatagtacactgagagaaaacaaaagagaaaagaaatctgcatacctatttatttcagtggccaaccgcaaatgaacaaacttgtttagcttta
gi|17 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcGAC-CGTCCTTAATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-T----T-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGTT-AT--A--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCT-----G-TA-----ACA-CAGAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTta
gi|17 : TCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G--TA--A--A---A-TAGGAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T--T-TATT----TTAGGCACTAACCAGAAACGGATAT-A--TC-AT--TTT------------A--------G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------C-CATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGacctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|18 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga-----------TTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T--A-T--G-----------TCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AATATATTA-C-------ATACAGC-TAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AA-----------------GT---GTATC-T---ACTC-----T---T--T-TTGTTTTATCAGGGACTAACCAGAAACGAACAT-G--TT-TTTCTTTGGCC------Tt
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCATA--CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT-T---tatagtgtttttttcctgatatacaatcatgtactccctttaaaggataatgtaacattatttaaaattgccaacatcgta
gi|19 : TT-AT--T--T--T-TG-CTC--ATCTGCA-----------TGAT----TTCC-----AT-------A-A-CAGTT--AC-TGAATTA-TG---TCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|19 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatATTATTGGTAATATTTAGA------CC----ATTATAATGAATCTT--T---A-A-T--T-TGTC--TTTCTCA-ATAAAATACCGGTAACGTGGT-T------A-------A-C-------ATTCAAC-TGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|2 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATGTATTCGTGAAAATGCTTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTGTTAC--TGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAAATT-TCC-GGTTAGTTGAA-CGTCCTTAATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT-T---T--TCTAA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------AAAATC---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-GT--TTAT--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTT------ACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---CTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATC-T--T--CA-T-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TG----GAACTTTGT-T------A-------T-T-------GTA-AACATACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCGAGA-A-CGA--A--G---A-AAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T--TCT-------TTACAAGTTAACCAGAAACGGATAC-A--AT-AG--TTTGGCC------TAG--------G---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTGTCTCTTTAAAATAA--------TA--------T-GTTTTTGTAATTTTACTGATATTTTAGATTTACA-GCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGGTCGGTT--TT-CTATCGACT---T-CT-GAGATACATGTACATTACTACCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AGACACAAAAAACGTCCGTCTGT
gi|20 : tgttagtTTTGAATTTAACTGTGAAA-TTCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAACTGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTTGTT-TTC-GGTT-GTTAAC-CGTCCTTAATATTTACT--------T---T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT---AAA-A-A----A-A----------ATC----------TAAAACATGA----T---T---TT---CTTATTGGT-AT--T---------------ATCTCAA-----------TAATATAACTTT-----GTTACC---ATA-CAt
gi|20 : aACA-TGATTTTC--T--TA-T-T--GGTAT---TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTTGT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACT-GTCGA--A--A---G-TGAAAAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T--T-T-------TCAGactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|21 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaCA-CGGTC--AT-TGCACTA-TA---GGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTGACAG--AAAACACGACCCC--AA----GTAGACC-----C--A------ATCCTGAT--A-------TGACGGCAAAAAAG-----------TTAATATTG-T--TATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAATA-T--T--TA-A-T--G-T
gi|22 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtc--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAATTAATATTTTAGATTGACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGC-CT-GTGACTGATT--TT-CTATCGA-TATAT-TT-TAGAT--ATGTGCATTACTTCTATCA----ATTTTT-----------------------TGAAGGAGAAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTATGTGc
gi|23 : TC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCCATTATGTTA-C---A-A-TA-TC--AT-TACATTA-TA---CGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTGACAGATAGACAACT-TCCT--GATTTGA-----------CCTA------AAC-------A-------TT-----------T-----------TTATTTTTG-C--TATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAATCTT--T--T--A-T--G-----------TCA-TTAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATAC
gi|24 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttggC--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|25 : C--TATCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|26 : ATTTCCTGTT--ATTAG----AAGA-G-A-AA----A---CTTCTTGTCTTAGTTGGCCGGC-CATCCTTAATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT-T---A--CT-AA---GTT--AAAA-A-A----A------------------------------------------------------------T-AT--T--T--T-TGGTTC--ATCTCAT-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---AC----GGC--AAAGGCAATA-TA---CCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATACCCAA
gi|27 : GTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC--AAA-A-T-AA----T---TTTACT-GCC-G
gi|27 : TAAT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-TAATT--CA-AA---ATT--AAAA-ATA----ATA----------A------------AAAAAT---A----T---T---TT---CTCATT-----T--T--T--T-T--TTC--ATTTTAA-----------TCAC----TTCC-----GTT------ACA-CAGAC--GC-TGCATTA-TA---TCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-actctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|28 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTGAATGTATTTGTGCAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTTTTTA----------------ATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-A-CAC---A---TTTGTT-TCC-GGATGGCTGGC-CGTTTTTAATTTTTATTGCCA---TTT--T-T-TT-T---C--CA-AA---ATT--AAAA-----------------------C----------AAAAAC---A----T---T---TT---TTTt
gi|29 : atgttagtTTTGAATGTATCAGTGAAAATGCTTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGT--GTTTTTTT-TACACTGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCA-GGTTGTTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-tctta
gi|3 : gttagtTTTGAATGTTTCTGTGAAAATGCTTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTTTT---ATACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAAGTT-TTC-GGTTGGTTGAA-TGTCCTTAATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTCT---T--CT-AA---ATT--AAAA-C-A----A-A----------ATA----------AAAAAC---A----TCACT---TT---CTTATTATA-ATCCT--T--T-T--TTC--ATCTGAA-----------TCAA----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AC-TTCATTA-AA---CCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTGTAAG----------TGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGTCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGCAAATTGATTCTT--T---A-A-T--A-TACCATTATCTAGTATAAC-TA----TAACCTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-AACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACGAGA-G-CGA--A--T---A-AAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T--TGT-------TTACGAGTAAACTAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGACCTATTAGTAA--------G---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTGTTCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTGTGTAATTTAACTAATAATTTAGATTTACA-GTAAAGT-TTCTCAGATAAGTGGT---------CGGTT--TT-TTATCGA-C---T-TT-----------TACATTACTTTCATCA----AGTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAATAC--AAAACGACCGTGTG
gi|30 : ctttgtTAAAACAA--------TA--------ATAACTTTGTAATTAAAATTATAATTTAGATTTAGA-GTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGACAAATT--TTTCTATCGA-T---T-TTTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAAACACACAC-AAACAC--ACAATGGCCTTGTGT
gi|31 : TTTGATTGTATCAGTGAAAATGCTTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTTTAAATAC---------TTT--TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-G----------TTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCTAAATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT-T---
gi|32 : tgctagt----AGTACAATGAATCTT--T---A-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAATTTAGT-T------C-------A-C-------AT------T--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTTtt
gi|33 : TTTTAGATTAACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-------CTATCGACT---T-TT-GAGATGCATGCGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAATAAAAAAG---ACAC-AAACAC--AAATTGGTCGTGTGTGCttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|34 : TTTGAATGTATCAGCGAAAATGCTTAAAA-TATAAAAAGGAAAAATACTT-----GATTT---------TA-ACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGG-CAAAAA-A-A-A-----------TGTT-TCC-GGTTGGCTGACACGTCCTTAATTTT
gi|36 : taagtTTAGATTTACA-TTGAAGTATACGATGATAAGCGGT-GA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAAATACATGTGCATTACTTTGATCA----A--TTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----TCAC-
gi|38 : cAAAAT-A-ATAC----A---TCTACT-TCC-GGTTGGCCGAC-CGACCCTAATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT-T---CATCC-AAATGATT--AGAA-A-A----A-A----------
gi|39 : -TAAC--TATCTAA-ATTA--TA----TAGCATCATAT------A-------AAC-------ATAAAAC-TACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCT
gi|4 : acaAATGT----GTGAAAATGTGTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTTTTTATA-A-TGTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGG-CAAAAA-A-A-AACAACA---TTTGTT-TCC-GGTTGGTCGTT-CGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---T--CC--------T--AAAA-T-T----A-A----------AT------------AAAAC---A----T---T---TT---ATAAGTGTTAAT--TA-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-TACGC--A---GCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-AT
gi|4 : catgttactttttatatatctgtgaaCGCC-TAGAGAGACAA--AGAA-ACTGTCT---GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------GC----AGTACAGTGGAT-TT--T--AA-A-T--G-TATC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-G-------ATTCAGC-TACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCGAGA-G-TGAT-A--A---A-CAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACCAGAAACGGGTAT----TT------------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTGTCTGTTTAAAATGA--------T---------A-AATTATGTAATTAAACTAATATTTTAGATTTAAA-GTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGT-CA-GTGGCCGATT--TT-CTATCGA-aaaggcgcctagagagacaaagaaactgtctgaacaaatggttattattgttattcagagcagtacagtggattttaaatgtatctatctcaataatataacttggttaagattcagctacaaccaacgatcggcttgctctgaacgttgctagtacatcgagagtgataaacaagaaaagacaatcatacgtggtctacactaatttttttcaggggctaaccagaaacgggtatttttttagaaattgcttttagtgaaaatatgttaaaattgcgatgtgtctgtttaaaatgataaattatgtaattaaactaatattttagatttaaagtgaagtgttctagggtaagtggtcagtggccgattttctatcgagctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|40 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaatgtgtaaaaatataaaatgatatttctttggatttatttttttataatgtggcattcaatttcatatttgataaggcaaaaaaaaacaacatttgtttccggttggtcgttcgtctatcatctttactgccgactctattttttcctaaaattaaataaaacattttataagtgttaattatttttcatctaaatcatttccgttacacatacgcagcattatacctaacaaaatgtgtataaaggCTCGGGA-G-AAA--ATCA---ATAAATAAAAAGCTACC----------TACC-C---TTTA-----T---A--T-T-------TCAGGGGCTAATCAGAAAC---TATCA--TT-GT--TTgctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CTTCCT--ATCTTTGCTAC
gi|42 : ATGCATGTGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAA----ACAT-AAACAC--AAAATGGCCGTATGTGCt
gi|43 : AC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-
gi|46 : TTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTTttattccttacataatg
gi|5 : gtcatgttagtTTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTTGTT-TCC-G-------------TCCTTAATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------TGAGAC---A----T---T---TTTTTCTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--GC-TGCATTA-TA---CCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATAT-AAA-ATGGCCGCC-TAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTGAATC-T--T--TA---------------ATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------T-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCGAAA-G-TGA--A--A---A-CA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT--T-T-------TTA-AGGCTAACCAGAAACGAATAT-ATTTT-TT--TTTTGTC------TAA--------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTAAACTAATATTTTAG---------------GTACGAAGATAAGTGGTACATGTG-C--ATTACTT-CCATCAA-TG--T-TT-G
gi|5 : aaGGTACATGTGCATTACTTCCATCA----ATGTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAA----------AAGCAC--AAAACGGCCGTGTGTGCgagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|6 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------C-----------TTATTTTTG-T--TATTCAGA------CC----AGCACATTGAATCTT--T---A-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCAAGA-G-TCA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T--T-TC------TTACTGGCTAACCAGAAACGGAAAA-A--TC-AT--TTTGGCC------CAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTGTCCATTTAAAAAAA--------TA--------C-AAATTTGTAATTTAAGTAATAGTTTTTATTTACA-GATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGATCGAAT--TT-CTATCGA-T---T-TT-
gi|6 : ATTTACATGTAAGTTATTAGAATATAAATA-T-CA-TACACTGATT--TT-TGA--GA-T---G-T-----ATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------AACGGGAAGAAAAAA----A-ACAAAACAT--AAAACGGCCGTATGTGCtgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|7 : ggccgcccagagagacagagaatactgccccgaacaaatgcttatttttgttattcagaccagcacattgaatctttaatgtacctatctcaataatataacttggttaacatacaactacaaccaatgatcggcttgccacgaacattactagtacctcaagagtcaaaaaaagaaaagacaatcatacatggtatacggttttttcttactggctaaccagaaacggaaaaatcattttggcccaagtaattttagaaattgctttcagtgaaaatgtatgaaaatagcgatgtgtccatttaaaaaaatacaaatttgtaatttaagtaatagtttttatttacagataagtgttcgaagaaaagtggtcagtgatcgaatttctatcgatttttgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CAT----TCC-GGTTTGTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATTGAAAAA-A-A----A-A----------ATT----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTAATTTTT-AT--T--T--A-T--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ATCC-----GTTA-C---AAA-T--CC--AC-TGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAGACAG--AGAATACTGCCCT--TA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAA-CCT--T--AA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCGGGA-G-AAA--A--AAAGA-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA-T-T-------TTACGGGTTAACCAGAAACAGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCT------TAA--------G---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTGTCCCTTTAAGATAA--------TC--------A-AAACATGTAATTTAACTan
gi|8 : TG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAAGTT-TTC-AGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT-T---TA-CC-AA---ATC--AAAA-A-A----A-A----------AT----------------------------------T---CTTATTGTT-AT--T--TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AT-TGCATTA-TA---CCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAGACAG--AGAATACTGCCC---GA----A-----------T--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCCGA------AC----AGCACAGTGAATCTG--T--TATA-T--G-T--C--TTTCTTG-ATAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCCAGA-G-TGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------tttct
gi|9 : TTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT-TATCT--TC-AA---ATTCCAAAACA-A----A-ATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAACT---T---TT---TTT--------T--T--T--T-TG-TTC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---ATAACAATTTTAC-AATATTA-TG---TCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTGACA-----AATTCTGCCCCAAGA----AGT---------C--A------ACATCCTGATA-------TG-----------ACTGAAACATTTTTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT--T--T---------------TATATCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-CATATAACATACAAC-TAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCGGAA-G-AAA--A--A---G-AAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G--C-T-------T---AGTCTAACCAAAA---GAAAC-A--TT-TT--TTT
blockSeqs : A AA GAAAA C TA AAC C T C T ACCCCA T G T A AT C G C AATT T ATG GA C T CATA ATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTA ATG AAAC CAC ATT TTT T A CC TA AT . GG GA AAGAAAATGAC ATAA ATTAT CGTT ACAAT TT A A AGA T CAT CATGTAC A T G C A AT T CAA TTTG GTACACCCCATCAAAATATAACTGAAAAGTG A G AA ACACTT AGTT . CATG . AA G CCAT T AA CCGG T A TCATGT ATATATT A ATATAAC A TGTTA T G T TCG AC TC AAG T TG C T GAA AGTTTT TTA TA C TGTTTTA G ATT AA TC TGACCTATTAG TATTATTA NNN A T TAAAAGTT AAATTGTCA A T T A T AC T TATA G T . . ACAC A AA
blockSeqs : C AA . C GT CAC C . . . ACAACA T . . . . G . . ATCT . . CC . . . AATC . . . ACT . G . . A AT . G . . . . CC CAGT . . . . . GG C . . G C . . T C . TAGACCCAATCCTGATATGACGGCAAAAAAG A . . . . . TAT . . . CC . C . T . . . . . . . . . . AG T . . . . C . . AATT . A G ATT G CA A . TTGCT . . A T . AAATTGTCA A T . . . . . TT . . . . G A .
blockSeqs : T CA . C TT TAC C . . . AAACA T . . . . . . . GTC . . . . . . AATC . . . ATT . G . . . AT . G . . . . T CAGA . . . . . GT T . . G A . . T C . GTCAACATCCTGATATGACTGAAACATTT A . . . . . TA . . . TA . . . T . . . . . . . . . . AG . . . . . C . . AGA . . . C G A C . TGACC . . N N . AT T T . . . . . CT . . . . . . .
blockSeqs : T CA . C TA AC C . . . ACC A . . . . . . . TTC . . . . . . AATC . . . ACT . G . . . AT . . . . . . C CAGT . . . . . GT T . . T A . . T C . CATAGTTAATTTCATGG A . . . . . CA . . . CT . . . G . . . . . . . . . . AG . . . . . A . . ACG . . . . G A T . TNNNN . . A T . A T T . . . . . CT . . . . . . .
blockSeqs : A AA . C AA C T . . . ACA T . . . . . . . CAT . . . . . . AATA . . . ATT . G . . . G . . . . . . T CAGT . . . . . GG C . . G C . . A C . CCTAAACATTT A . . . . . TA . . . CT . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . A . . A . . . . G T A . TAGCT . . A A . A T T . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : T AA . C TA C C . . . ACA T . . . . . . . TTC . . . . . . AATT . . . . . G . . . . . . . . . . C CGGT . . . . . GG T . . T A . . T C . CAAATGA A . . . . . TA . . . CC . . . T . . . . . . . . . . AA . . . . . C . . A . . . . G T T . TGGCC . . A T . A T T . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : A C . C TA C C . . . CA T . . . . . . . TA . . . . . . ATC . . . . . A . . . . . . . . . . C CAGA . . . . . GG C . . T G . . C C . CAAATGG A . . . . . AA . . . CC . . . A . . . . . . . . . . AA . . . . . A . . C . . . . G A A . TGGCC . . A T . C A A . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : A A . . T A C . . . CA T . . . . . . . C . . . . . . ATC . . . . . G . . . . . . . . . . C TACG . . . . . GT T . . T C . . A C . CAAATGG A . . . . . TA . . . TC . . . G . . . . . . . . . . CG . . . . . A . . A . . . . C A A . TGGCC . . A T . T A A . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . C T . . . CA T . . . . . . . C . . . . . . TAA . . . . . G . . . . . . . . . . C TAT . . . . . GT C . . G C . . T T . CAAATGG A . . . . . AA . . . CC . . . T . . . . . . . . . . AG . . . . . C . . T . . . . G G A . TTGTC . . N A . A T T . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . AA A . . . . . . . T . . . . . . AAT . . . . . T . . . . . . . . . . C AA . . . . . GT A . . G C . . T C . CAAATGG T . . . . . A . . . TC . . . T . . . . . . . . . . AG . . . . . A . . A . . . . C A G . TGGCC . . A T . A A T . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : C . . . AT T . . . . . . . C . . . . . . AAT . . . . . G . . . . . . . . . . C GA . . . . . GT C . . G A . . T C . CAAATGG A . . . . . A . . . AC . . . A . . . . . . . . . . CG . . . . . C . . A . . . . C A T . AGGCT . . . N . A A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA C . . . . . . . A . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . C GA . . . . . GG T . . G A . . T C . CAAATGG A . . . . . A . . . TC . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . A . . T . . . . G A A . TGGCC . . . A . A A G . . . . .
blockSeqs : . . . . CA T . . . . . . . C . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . C GT . . . . . GG T . . T A . . T T . CAAATGG T . . . . . A . . . CC . . . T . . . . . . . . . . AA . . . . . C . . A . . . . G A A . GATT . . . A . C T . . . .
blockSeqs : . . . . CA G . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C GG . . . . . TG T . . T A . . T . . CAAATGC A . . . . . T . . . CC . . . C . . . . . . . . . . TG . . . . . A . . A . . . . C A A . T . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . AA T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . G T . . . . . . . . . CAAATGG A . . . . . A . . . C . . . T . . . . . . . . . . TC . . . . . A . . A . . . . C A T . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . TAAATGG . . . . . . T . . . T . . . A . . . . . . . . . . AA . . . . . A . . . . . . . C A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : C** CAGN* ** A**** T**** **** ***********************
originalCons : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATACACTGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--T--TA-A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
finalCons : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTTTTATAC--TGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T--T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACACAGN-C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT--TA----A-T--G-TACC--TATCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGAT----T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT
Alignments
lowQualScore : 222222222 111111 2222222222222222222222222 222 11 11111111111 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1111111 1111111111 11111 33333333333333333333333 1111
lowQualScore : 2 3 99999 1 55 2 1 55 5 2 2 4 000000000 1 2 2 1 0 22 3 1 1 555555 2 333 55 2 2 4444 6666666666666666666666666 444 5555 444 111 444 2 2 33 2 88 2 77 33 00000000000 4444 55555 2 333 88888 22 2 2 333 2 777 7777777 2 2 2 2 2 33 1 333 5555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 2 22 555555 4444 333 222 1 1 22 1 1 44 3333 1 1 66666666666666 1 5555555 1 44444 1 1 1 555 44 22 333 1 22 2 2 333 777777 333 44 3 1111111 4 0 3333 77 22 66666666666 99999999 555 0 2 1 99999999 9999999999 1 2 2 0 2 2 44 3 88888 3 3 7777 00000000000000000000000 1111 7 55
lowQualScore : . . ..... . .. . . .. . . . . ......... . . . . . .. . . . ...... . ... .. . . .... ......................... ... .... ... ... ... . . .. . .. . .. .. ........... .... ..... . ... ..... .. . . ... . ... ....... . . . . . .. . ... .... ................................................................ . . .. ...... .... ... ... . . .. . . .. .... . . .............. . ....... . ..... . . . ... .. .. ... . .. . . ... ...... ... .. . ....... . . .... .. .. ........... ........ ... . . . ........ .......... . . . . . . .. . ..... . . .... ....................... .... . ..
lowQualScore : 3 0 11111 4 00 2 4 00 1 1 1 2 666666666 2 1 1 9 3 66 8 9 9 999999 1 777 88 1 1 7777 6666666666666666666666666 444 3333 444 999 444 7 4 22 4 55 4 99 11 66666666666 7777 33333 1 777 77777 99 1 1 777 1 999 9999999 2 2 5 4 4 22 6 444 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 88 888888 0000 333 666 8 0 33 7 7 00 5555 1 7 33333333333333 7 4444444 7 33333 7 7 8 444 33 55 222 8 66 4 0 555 333333 555 55 8 4444444 3 8 9999 44 88 88888888888 77777777 000 4 9 0 77777777 7777777777 0 6 4 9 5 5 22 1 88888 3 3 1111 88888888888888888888888 4444 3 55
consensus : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTT--TTTATAC--TGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT---TAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
Reference ( family-435 ) : TTTGAATGTATCNGTGAAAATGCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTT--TTTATAC--TGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAAAAA-A-A-AA----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTGTT-AT--T-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-CAGNC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT---TAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTAGGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATNGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTNAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGATT--TT-CTATCGA-T---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTGTGTGC
gi|1 : TTTTAATGTACCTGTG------CTTAAACATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTT--TTTATATATTGAGGTATTTTATTTTATATTTGATAGGACCAAAAA-A-A-AA----A---TAAGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CCTCGTTAATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---TT---CTTATTTTT-TT--T-T--TAT--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ACCC-----GTTA-C---ACA-CAGCC--AC-TGCATTT-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATATAAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAACACTGCCCT--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTTAATTAAATG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----AAACTTGAT-T------A-------A-C-------AAACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTATTCTGAACA-TTACCAGTACCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGCCTAACCAGAAACGGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTGTTAAAATAGCGATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------T-CATTTTGTATTTTAACTAATATCTTAGATTTACA-TTGAAGTGTACGAAGATAAGTGGT-TA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAGATATATGAGCATTAATTTTATCATTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGAGAAAAAA----TCAC-AAAC--------CGGCCGTGTGTGC
gi|10 : TGGCCGCC-TAGAGAAA-AG--AGGATACTTCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------A-----------TACTTATTG-T--TATTAAGA------AC----AGCACAGTGAATTTT---TAA-TA-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAATTTGGT-TTCATGTA-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTTATTGACTTGCTCGGAATA-TAACTATTACATCGGGA-G-AGA--A--C---A-AA-GAAAAAACAATAATACGT--GGTCTA-CGAAACT------T---T--T-T-------TTAGGGACTAACTAGAAACGGATAT-A--T--AT--TT-GATT------TAATATTATTAG---TAATTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAAT-TAATAAAATTGCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-CATTTTGTAATTAAATTAATATTTTAGATTAACA-GTAAAGTGTTTGGAGA-AAGTAGC-CA-ATGGCTGATT--TG-TTATCGATT---T-TT-GAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGATGAAAAAA----ACTCAAAACAT--AAAATGGCCGTATGTGC
gi|11 : -----GTTA-CGTTACA-CAGTC--AC-TGCATTA-TA---TCTA-ACATAACGTGG-GTTTTGAATACATGTACT-C-CAATTTTT-TGCTGCCCGATAACCAACATGGCCGCC-CAGAGA----------ATACTGCCCC--CA----AGTACACCCCATC--A------A---------AATATAACTGAAAAGT-----G-----------TTATTATTG-T--TATCCAAA------AC----AGTACAGTGAATGTT---TAA-TG-AATA--TA-TC----ACAC--TA----TAACTTGAT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-GATGA--------------ACA-TTACTCGTACCTCGAAATG-A-----------A-AAAGAAAAGAAAACCCTACGT--GGTCTG-T----CTAGA---T---T--T-T-------TCAGGGATCAACCAGAAACGAACAC-A--TT--T--TTTTGCT------TAA--------A---TAATTT-AGAAATTGCTTTAAGCGAAAATATATTCAAATTGAGGTGTTTCCATTTAAAATAATAAAAGTTTA--------A-AATTTCGTAATTAAACTAATATTTTAGATCAACA-GTG
gi|12 : ctgaatgTTTGAATGCATCAGTGGAAATGTTTAA-----CAAA----------------------TTGTTAT--TTTATAC--TGAGGTATTTGGTTT----------AACG-----AA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GATTGTCTGAC-CG-CCTTTATGTTTACTGTCGACCCTA--T-T-TT-T---C--A--AA---ATT--AAAA-A-ACATAA-A----------ATC----------AAAAAC---A----T---T---AT---TTTCTTTTT-TT--T-T--T-C--TTC--ATCTGAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-T---ACA-AA--C--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-ATTTGGAATAC------T-T-TAATGTGTGTGCTGTACGATATTCAACATTGACGTC-TAGAGAGGCAG--AGAATACTGCCCC--CA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTAAATCT--------TG-TACT--TA-TCTCA-ATAG--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACACC-TACAA-----CC-AATGATCGTTTTTTTCTGAACA-TTACTAATACCTCGGGA-G-AGA--A--A---A-AA
gi|13 : tatgagtAAAA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CGTCCTTCATTTTTACTGCCAACCCTA--T-T-TT-TGT-C--CA-AA---ATT--AAAA-A-A----A-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGCT-AT--T-TATT-T--TTC--ATCCAAA-----------TCAT----TTCC-----ATTA-C---ACA---GAC--AC-TGCATTAATAAGACCTA-ACAAAATGTGT-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGTTGCACGATATCAAACATGGTCGCC-CGGAGAGACAG--AGAA-----------------------------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT---TAA-TG-TACT--TA-TCTCA-ATGA--TA----TAAC-------------------------------ATACAAC-TGTAATGTTACC-AATGATCAGCTTGCTATGAACA-TTATTAGTACCTCTGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACTT----------------------T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGAAACGGATAT-T--TT-CT--TTTGACC------TAtaat
gi|14 : cAGAGAAACAG--GGAATACGGCCCC--GA----A-----------C--ATAGTTAATTTC-----A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT---TAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TATCGTTGT-T----------------------------AAC-TACAA-----CC-ATTGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G-A-C--A--A---A-AAAGTAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAGTTTTT---T--T-T-------TCAGGGGCTAACAAGA-----ATAT-T--TTAAT--TTTNNNN------NNN--------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----------AAATTA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAATTGTTCGATGATAAGTGGT-CA-GTGACCGTTT--TG-CTATTGA-T---TGTT-GAGATACATTTTCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------
gi|15 : TTGGTCGAC-CGTCCTTAG-CTTTACTGCCGATCCTA--T-T-TT-T---C--CC-AT---ATT--AAAA-A-G----A-A----------ATC----------ATAAAT---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-AT--T-TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TACT----TTCC-----GTTA-T---ACT---GAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-GTGTTGAATAT------C-C-AAATGTGTGTGATGTACGATATCAAACATGGCCGCG-CAGAGAGACAG--AGAAAACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGGACAGTGAATCTT---TAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATGA--TA----TTACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TGCAA-----CC-GATGATCGGCTTTCTCTGAACA-TTACTGGTACCTCGAGA-G-TGA--A--A---A-AAGGAAAAGACAGTCATACGT--GGTAT
gi|16 : -AT--T-TG-T-T--TTCGAATCTAAAAAGAAAATGACTGAT----TTTC-----GTTA-C---AGG---GTA--AC-TACATTA-TA---CCTT-AC-AAATTT---ATTGTGAATAC------T-C-TAt
gi|16 : -----------TTATTATTG-A--TATTTAGA------AC----AGCACAATGAATCGT---CCA-TGATAAG--AACTTTTG-ATAA---------AACTTAGT-T------A-------G-----------ATTAC-TACAA-----CC-AATGATTGACTTTCTTTGAACA-TTAATAGTACACTGAGA-G-AAAACA--A---A-AGAGAAAAGA-AATC-T-------GCATA-C----CTA-----T---TTAT-T-------TCAGTGGCCAACCGCAAATGAACAA-A--CT-TG--TTTAGCT------Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcttattattgatatttagaacagcacaatgaatcgtccatgataagaacttttgataaaacttagttagattactacaaccaatgattgactttctttgaacattaatagtacactgagagaaaacaaaagagaaaagaaatctgcatacctatttatttcagtggccaaccgcaaatgaacaaacttgtttagcttta
gi|17 : atttgttttcgaatctaaaaagaaaatgactgattttcgttacagggtaactacattataccttacaaatttattgtgaatactctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaacacgtcGAC-CGTCCTTAATCTGTACTGCCGACCCTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-T----T-A-----------TC----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTTATTGTT-AT--A-T--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCT-----G-TA-----ACA-CAGAC--AC-TGCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGG-A-TCTGAACAT------TAC-TAGTta
gi|17 : TCTGAACA-TTACTAGTACCTCGAGA-G--TA--A--A---A-TAGGAAAAGACAAGCATACGT--GGTCTA-C---ACTA-----T---T--T-TATT----TTAGGCACTAACCAGAAACGGATAT-A--TC-AT--TTT------------A--------G---TTATTTTAGAAATTGCTTTAAGTGAAAATGTGTTAAAATTTCAATGTGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------C-CATTTTGTAATTTAACTAATATTTTAGATTTACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGacctcgagagtaaaataggaaaagacaagcatacgtggtctacactattttattttaggcactaaccagaaacggatatatcattttagttattttagaaattgctttaagtgaaaatgtgttaaaatttcaatgtgtccctttaaaataataccattttgtaatttaactaatattttagatttacagtgaagtgttcgaagataaatggtcagtgt
gi|18 : gaccgtccttaatctgtactgccgaccctatttttttcccaaattaaaaattatcaaaaacattattttcttattgttatatttttcatctaaatcatttctgtaacacagacactgcattatacctaacaaaatgtgga-----------TTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT---T------------TA-TGTCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------AATATATTA-C-------ATACAGC-TAAAA-----CCTGATGATTGACTTGATTTGAACT-TCAATACTTCCTCGGGA-G-AAA--A--A---A-AA-----------------GT---GTATC-T---ACTC-----T---T--T-TTGTTTTATCAGGGACTAACCAGAAACGAACAT-G--TT-TTTCTTTGGCC------Tt
gi|19 : ttgttttcttcaaaataaatgtatccaacatggaaacaaagaatgccagattctgccccaagtagacaacgtcctgatatgactaaaacatttCCAAAAA-A-A-CA----CC--TTTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCATA--CTTT--TGTAAAATTTA--T-T-TT-T---tatagtgtttttttcctgatatacaatcatgtactccctttaaaggataatgtaacattatttaaaattgccaacatcgta
gi|19 : TT-AT--T-T--T-TG-CTC--ATCTGCA-----------TGAT----TTCC-----AT-------A-A-CAGTT--AC-TGAATTA-TG---TCTA-A-----TGT---ATTTTGAATAC------T-T-CAATTTGTTTGCTGC-C-ATATCCAACATgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|19 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatATTATTGGTAATATTTAGA------CC----ATTATAATGAATCTT---TAA-TT-TGTC--TT-TCTCA-ATAAAATACCGGTAACGTGGT-T------A-------A-C-------ATTCAAC-TGCAA-----GC-TATGATCAGCTTGCTTTGAACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattggtaatatttagaccattataatgaatctttaatttgtctttctcaataaaataccggtaacgtggttaacattcaactgcaagctatgatcagcttgctttgaacatt
gi|2 : ccaaaaaaacacctttgtttccggttggctgaccgtccatacttttgtaaaatttatttttgctcatctgcatgatttccataacagttactgaattatgtctaatgtattttgaatacttcaatttgtttgctgccatatccaacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTAAATGTATTCGTGAAAATGCTTTAAAATTTAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTT--TTGTTAC--TGAGGTATTTAATTTCGTTTTTGATAAGGC-AAAAG-T-A-AACCCCA---TAAATT-TCC-GGTTAGTTGAA-CGTCCTTAATCTTTACTCCCTACCCTA--T-T-TT-T---T--TCTAA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------AAAATC---A----T---TACTTT---CTTATTGTT-GT--T-TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GTC--AC-TGCATTA-TA---CTTA-ACAAAATGCGG-ATTTTGAATAT------T-C-TTATGTGTGTACTGTAAGTTATCAAACATGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAATCTT---CAT-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TG----GAACTTTGT-T------A-------T-T-------GTA-AACATACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCCTGAACA-TTACTAGTACCGCGAGA-A-CGA--A--G---A-AAAG-AAAGACAATTATACGT--GGTATA-G---ACTA-----T---T--TCT-------TTACAAGTTAACCAGAAACGGATAC-A--AT-AG--TTTGGCC------TAG--------G---TAATTTCAGAAGTTGCTTTAAGTGAAA--CTGTTAAAATAGCGATGTGTCTCTTTAAAATAA--------TA--------T-GTTTTTGTAATTTTACTGATATTTTAGATTTACA-GCGAAGTGTTCGAAGATAAATGGT-CA-GTGGTCGGTT--TT-CTATCGACT---T-CT-GAGATACATGTACATTACTACCATCA----GTTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AGACACAAAAAACGTCCGTCTGT
gi|20 : tgttagtTTTGAATTTAACTGTGAAA-TTCTTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTTATTTTAAAC--TGAGGTATTTACTTTCATATTTGACATGGCCAAAAA-ACA-AC----A---TTTGTT-TTC-GGTT-GTTAAC-CGTCCTTAATATTTACT--------T---T-T-TT-T---C--CC-AA---ATT---AAA-A-A----A-A----------ATC----------TAAAACATGA----T---T---TT---CTTATTGGT-AT--T--------------ATCTCAA-----------TAATATAACTTT-----GTTACC---ATA-CAt
gi|20 : a--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTTGT-T------A-------C-C-------ATACAAC-TATAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACA-TTACTAGTACCACGACT-GTCGA--A--A---G-TGAAAAAAGACATTCATACGT--GGCCTA-C---ACTACG---T---T--T-T-------TCAGactataaccaacgatcggcttgctctgaacattactagtaccacgactgtcgaaagtgaaaaaagacattcatacgtggcctacactacgtttttcag
gi|21 : atttgaatttaactgtgaaattcttaaaaatataaaatgatatttctttggatttgttttattttaaactgaggtatttactttcatatttgacatggccaaaaaacaacatttgttttcggttgttaaccgtccttaatatttactttttttcccaaattaaaaaaaatctaaaacatgattttcttattggtatCA-CGGTC--AT-TGCACTA-TA---GGTA-AGGCAATCTGT-ATTAAGAATAC------T-C-TAATTTGTTTGCTGCACGATATCGAAGATGGCTA-C-CATAGTGACAG--AAAACACGACCCC--AA----GTAGACC-----C--A------ATCCTGAT--A-------TGACGGCAAAAAAG-----------TTAATATTG-T--TATTCGTA------CCAGTTAGTACAATGAATATT---TAA-TG-T
gi|22 : aataaattaacatgtataggtttaaaaaaatatcataaaaaagccaataatagcattagtaaatatttaacataaaataagtagacaaaatgtc--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTAAATGAAAATGTATTGAAATTGCGATGCGTCCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTTAATTAATATTTTAGATTGACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGC-CT-GTGACTGATT--TT-CTATCGA-TATAT-TT-TAGAT--ATGTGCATTACTTCTATCA----ATTTTT-----------------------TGAAGGAGAAAAAAA----ACAC-AAACAC--AAAACGGCCGTATGTGc
gi|23 : TC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCCATTATGTTA-C---A-A-TA-TC--AT-TACATTA-TA---CGTA-ACAAAATGT-----TTTGAATAA------A-C-AAATTCGTTTGCTGCACAATATCCAACATGGCAACC-CAGAGTGACAGATAGACAACT-TCCT--GATTTGA-----------CCTA------AAC-------A-------TT-----------T-----------TTATTTTTG-C--TATTCAGAACACTTAC----AGTACAATGAATCTT---T------------TA-TGTCA-TTAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATAC
gi|24 : aaccgtatatatataaaaaagaaaatacaaaaaaaaaatagttggC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|25 : C--TA-TCTCA-ATAA--TA----TATCTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AGTGGTCGGCTTGTTCTAAACA-TAACCAGTACAGCGGGA-G-AGA--A--A---A-AAAGAAAAG----CTATACGT--GG---------ACT------T---T--T-G-------TT--GGCCTA---AGTAAC--------------T--TT-------------A--------G---AAAT---------TGCTTTAAATG-AAATGTATTAAAACTGTGATGTGTCCCCTTAAAACAA--------TAAAATTGTCA-AATTTTGT-ATTAAAATAATG-TTTAGATTTACA-GTGAA---TTT-ACTATAAGTGGT-CA-GAGACCGAT
gi|26 : ATTTCCTGTT--ATTAG----AAGA-G-A-AA----A---CTTCTTGTCTTAGTTGGCCGGC-CATCCTTAATTTTTACTGTCAACCCTT--TCT-TT-T---A--CT-AA---GTT--AAAA-A-A----A------------------------------------------------------------T-AT--T-T--T-TGGTTC--ATCTCAT-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---AC----GGC--AAAGGCAATA-TA---CCTA-ATGAAATGTGT-ATTTTGAATAC------T-CTTAATTTGTTTGCTGCCCGATACCCAA
gi|27 : GTATTTAATTTCATATTTGATAAGGCC--AAA-A-T-AA----T---TTTACT-GCC-G
gi|27 : TAAT-TTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-TAATT--CA-AA---ATT--AAAA-ATA----ATA----------A------------AAAAAT---A----T---T---TT---CTCATT-----T--T-T--T-T--TTC--ATTTTAA-----------TCAC----TTCC-----GTT------ACA-CAGAC--GC-TGCATTA-TA---TCGA-ACACATTGTG-----------------------TAATGTGTGTGCTGCACGTTATCCAGCATCGCCGTC-actctatttttaattcaaaattaaaaataataaaaaaatattttctcatttttttttcattttaatcacttccgttacacagacgctgcattatatcgaacacattgtgtaatgtgtgtgctgcacgttatccagcatcgccgtct
gi|28 : gtatttaatttcatatttgataaggccaaaaTTTGAATGTATTTGTGCAAATGCTTAAACATATGAAATG-----CTATTACGTTAGAGTTGTCTT------------------TTTAATTTCATATTTGATAAGGTCGAAAA-A-ACAC----A---TTTGTT-TCC-GGATGGCTGGC-CGTTTTTAATTTTTATTGCCA---TTT--T-T-TT-T---C--CA-AA---ATT--AAAA-----------------------C----------AAAAAC---A----T---T---TT---TTTt
gi|29 : atgttagtTTTGAATGTATCAGTGAAAATGCTTAAACATATAAAGTC-----ATATTTCTATGGGTGT-TTTT--TTTACAC--TGAAGTTTTTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACGA-A-A-AC----A---TTTGTT-TCA-GGTTGTTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--T-TGTT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-tctta
gi|3 : gttagtTTTGAATGTTTCTGTGAAAATGCTTAAAAATACAAAATG-----ATATGT-TTTGGATTTGTTTT--TT-ATAC--TGAGGTATTTAATTTCATATTTGATAAAGCAAAAAA-A-A-AA----AACATAAGTT-TTC-GGTTGGTTGAA-TGTCCTTAATCTTTACGGCCGACCCTA--T-T-TTCT---T--CT-AA---ATT--AAAA-C-A----A-A----------ATA----------AAAAAC---A----TCACT---TT---CTTATTATA-ATCCT-T--T-T--TTC--ATCTGAA-----------TCAA----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AC-TTCATTA-AA---CCTT-ACAGAATGTGT-ATTTTGAATAT------G-C-TAATGTGTGTGCTGTAAG----------TGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGTCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGCAAATTGATTCTT---TAA-TA-TACCATTA-TCTAGTATAAC-TA----TAACCTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-AACAA-----CC-AATGATCGGCTTCCTCTGACCA-TCACTAGTACCACGAGA-G-CGA--A--T---A-AAAGAAAATACAATTATACTT--GGTATA-C---ACTT-----T---T--TGT-------TTACGAGTAAACTAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TTTGACCTATTAGTAA--------G---TAATTTTAGAAATTGTTTTAAGTGAAAA-GTGTTAAAATAGCGATGTGTTCCTTTAAAATAA--------TA--------A-AATTGTGTAATTTAACTAATAATTTAGATTTACA-GTAAAGT-TTCTCAGATAAGTGGT---------CGGTT--TT-TTATCGA-C---T-TT-----------TACATTACTTTCATCA----AGTTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----ACAC-AAATAC--AAAACGACCGTGTG
gi|30 : ctttgtTAAAACAA--------TA--------ATAACTTTGTAATTAAAATTATAATTTAGATTTAGA-GTGAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGACAAATT--TTTCTATCGA-T---T-TTTGAGATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAAACACACAC-AAACAC--ACAATGGCCTTGTGT
gi|31 : TTTGATTGTATCAGTGAAAATGCTTAAAC-TATCAAATT-----ATATTTCCTTGAATTTGTTTT--TAAATAC--T-------TT--TTTCCTCTCTGTAAAGGCCAAAAC-A-C-G----------TTGTT-TCC-GGTTGGCTGAC-CGTCCTAAATTTTTACTACCGACGTTA--T-T-TT-T---
gi|32 : tgctagt----AGTACAATGAATCTT---TAA-TG-TATC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAATTTAGT-T------C-------A-C-------AT------T--------------TCATTGGCTTGCTTTGAACAGTTACTAATACTTtt
gi|33 : TTTTAGATTAACA-GTGAAGTGTTCGAAGATAAGTGGT-CA-GTGACCGA-------CTATCGACT---T-TT-GAGATGCATGCGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAATAAAAAAG---ACAC-AAACAC--AAATTGGTCGTGTGTGCttttcaggggcaaacgagaagcgcagtttttcttttggtctaaccaacaattttttat
gi|34 : TTTGAATGTATCAGCGAAAATGCTT-AAAATATAAAAAGGAAAAATACTT-----GA-------T--TTTA-AC--TGAGGTATTTAATTTCATATTTGATCAGG-CAAAAA-A-A-A-----------TGTT-TCC-GGTTGGCTGACACGTCCTTAATTTT
gi|36 : taagtTTAGATTTACA-TTGAAGTATACGATGATAAGCGGT-GA-GTGATCGATT--TT-CTATCGA-----T-AT-GAAATACATGTGCATTACTTTGATCA----A--TTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAAA----TCAC-
gi|38 : cAAAAT-A-ATAC----A---TCTACT-TCC-GGTTGGCCGAC-CGACCCTAATTTTTACAGAAGACCCTA--A-T-AT-T---CATCC-AAATGATT--AGAA-A-A----A-A----------
gi|39 : -TAAC--TA-TCTAA-ATTA--TA----TAGCATCATAT------A-------AAC-------ATAAAAC-TACAA-----CC-TATAATCGGCTT-------ACA-TTACTAATACCT
gi|4 : acaAATGT----GTGAAAATGTGTAAAAATATAAAATG-----ATATTTCTTTGGATTTATTTT--TTTATAA--TGTGGCATTCAATTTCATATTTGATAAGG-CAAAAA-A-A-AACAACA---TTTGTT-TCC-GGTTGGTCGTT-CGTCTATCATCTTTACTGCCGACTCTA--T-T-TT-T---T--CC--------T--AAAA-T-T----A-A----------AT------------AAAAC---A----T---T---TT---ATAAGTGTTAAT--TAT--T-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA-TACGC--A---GCATTA-TA---CCTA-ACAAAATGTGT-AT
gi|4 : catgttactttttatatatctgtgaaCGCC-TAGAGAGACAA--AGAA-ACTGTCT---GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------GC----AGTACAGTGGATTTT---AAA-TG-TATC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-G-------ATTCAGC-TACAA-----CC-AACGATCGGCTTGCTCTGAACG-TTGCTAGTACATCGAGA-G-TGAT-A--A---A-CAAGAAAAGACAATCATACGT--GGTCTA-C---ACTAATT--T---T--T-T-------TCAGGGGCTAACCAGAAACGGGTAT----TT------------------------------------TTTTAGAAATTGCTTTTAGTGAAAATATGTTAAAATTGCGATGTGTCTGTTTAAAATGA--------T---------A-AATTATGTAATTAAACTAATATTTTAGATTTAAA-GTGAAGTGTTCTAGGGTAAGTGGT-CA-GTGGCCGATT--TT-CTATCGA-aaaggcgcctagagagacaaagaaactgtctgaacaaatggttattattgttattcagagcagtacagtggattttaaatgtatctatctcaataatataacttggttaagattcagctacaaccaacgatcggcttgctctgaacgttgctagtacatcgagagtgataaacaagaaaagacaatcatacgtggtctacactaatttttttcaggggctaaccagaaacgggtatttttttagaaattgcttttagtgaaaatatgttaaaattgcgatgtgtctgtttaaaatgataaattatgtaattaaactaatattttagatttaaagtgaagtgttctagggtaagtggtcagtggccgattttctatcgagctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|40 : catgttactttttatatatctgtgaaaatgtgtgaaaatgtgtaaaaatataaaatgatatttctttggatttatttttttataatgtggcattcaatttcatatttgataaggcaaaaaaaaacaacatttgtttccggttggtcgttcgtctatcatctttactgccgactctattttttcctaaaattaaataaaacattttataagtgttaattatttttcatctaaatcatttccgttacacatacgcagcattatacctaacaaaatgtgtataaaggCTCGGGA-G-AAA--ATCA---ATAAATAAAAAGCTACC----------TACC-C---TTTA-----T---A--T-T-------TCAGGGGCTAATCAGAAAC---TATCA--TT-GT--TTgctttcttaagggaagaaaaacaa
gi|41 : GTATTTAATTTCATATTTAATAAGA--AAGAA-A-A-AAC---A---CGTGTT-TCC-GGTTGGTTGAC-CTTCCT--ATCTTTGCTAC
gi|42 : ATGCATGTGCATTACTTCCATCA----ATATTT-----------------------GAAGGGAAGAAAAAA----ACAT-AAACAC--AAAATGGCCGTATGTGCt
gi|43 : AC-CGTCCTTAATCTTTACTGCCGACCCTA--TGT-TT-T---C--CC-AA---ATT--AAAA-A-
gi|46 : TTTGAATGAACCTGCGAAAATGCTTttattccttacataatg
gi|5 : gtcatgttagtTTAATTTCATATTTAATAAGGTCAAAAATA-C-AC----A---TTTGTT-TCC-G-------------TCCTTAATATTTACTGCCGACCTTA--T-T-TT-TTT-C--CC-AA---ATT--AAAA-A-A----A-------------TC----------TGAGAC---A----T---T---TTTTTCTTATTGTT-AT--T-TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--GC-TGCATTA-TA---CCTA-GCAAAATGTGG-ATTTTGAATAT------T-C-TAATGTGTGTGCTGCACGATAT-AAA-ATGGCCGCC-TAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCAGA------AC----AGCACAGTGAATCTT---TA------------A-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------T-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AAAAATCGGTTTGCTGTGAACA-TTACTAGTACCTCGAAA-G-TGA--A--A---A-CA--ACAACATAATTATGTGT--GGTCTA-C---ACTA-----CTTAT--T-T-------TTA-AGGCTAACCAGAAACGAATAT-ATTTT-TT--TTTTGTC------TAA--------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAA--------TA--------A-AATTTTGTAATTAAACTAATATTTTAG---------------GTACGAAGATAAGTGGTACATGTG-C--ATTACTT-CCATCAA-TG--T-TT-G
gi|5 : aaGGTACATGTGCATTACTTCCATCA----ATGTTT-----------------------GGAGGGAAGAAAAA----------AAGCAC--AAAACGGCCGTGTGTGCgagggaagaaaaaaagcacaaaacggccgtgtgtgc
gi|6 : aattaatttcatatttaataaggtcaaaaatacacatttgtttccgtccttaatatttactgccgaccttatttttttcccaaattaaaaaaatctgagacatttttttcttattgttatttatttttcatctaaatcatttccgttacacagacgctgcattatacctagcaaaatgtggattttgaatattctaatgtgtgtgctgcacgatataaaatggccgcctagagagacagagaatactgccccgaacaaatggttattattgttattcagaacagcacagtgaatctttaatctcaataatataacttggtttacatacaactacaaccaaaaatcggtttgctgtgaacattactagtacctcgaaagtgaaaacaacaacataattatgtgtggtctacactacttatttttaaggctaaccagaaacgaatatattttttttttgtctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataaaattttgtaattaaactaatattttaggtacgaagataagtGGCCGCC-CAGAGAGACAG--AGAATACTGCCCC--GA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------C-----------TTATTTTTG-T--TATTCAGA------CC----AGCACATTGAATCTT---TAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----CC-AATGATCGGCTTGCCACGAACA-TTACTAGTACCTCAAGA-G-TCA--A--A---A-AAAGAAAAGACAATCATACAT--GGTATA-C---GGTT-----T---T--T-TC------TTACTGGCTAACCAGAAACGGAAAA-A--TC-AT--TTTGGCC------CAA--------G---TAATTTTAGAAATTGCTTTCAGTGAAAATGTATGAAAATAGCGATGTGTCCATTTAAAAAAA--------TA--------C-AAATTTGTAATTTAAGTAATAGTTTTTATTTACA-GATAAGTGTTCGAAGAAAAGTGGT-CA-GTGATCGAAT--TT-CTATCGA-T---T-TT-
gi|6 : ATTTACATGTAAGTTATTAGAATATAAATA-T-CA-TACACTGATT--TT-TGA--GA-T---G-T-----ATACATGTGCATTACTTCCATCA----ATTTTT-----------------------AACGGGAAGAAAAAA----A-ACAAAACAT--AAAACGGCCGTATGTGCtgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatatttacatgtaagttattagaatataaatatcatacactgatttttgagatgtatacatgtgcattacttccatcaatttttaacgggaagaaaaaaaacaaaacataaaacggccgtatgtgcan
gi|7 : ggccgcccagagagacagagaatactgccccgaacaaatgcttatttttgttattcagaccagcacattgaatctttaatgtacctatctcaataatataacttggttaacatacaactacaaccaatgatcggcttgccacgaacattactagtacctcaagagtcaaaaaaagaaaagacaatcatacatggtatacggttttttcttactggctaaccagaaacggaaaaatcattttggcccaagtaattttagaaattgctttcagtgaaaatgtatgaaaatagcgatgtgtccatttaaaaaaatacaaatttgtaatttaagtaatagtttttatttacagataagtgttcgaagaaaagtggtcagtgatcgaatttctatcgatttttgaaacagaagaagaatattttattaatttaaactgttacagtttctccttacaaaacataaatatacaacaaatATCTAATTTCATATTTGATAAGGCCAACAA-A-A-AA----A---CAT----TCC-GGTTTGTTGAC-CGTTCTTAATCTTTACTGCCTATTCTA--T-T-TT-T---C--CC-AA---ATTGAAAAA-A-A----A-A----------ATT----------AAAAAC---A----T---TATTTT---CTAATTTTT-AT--T-T--A-T--TTC--ATTTAAA-----------TCAT----ATCC-----GTTA-C---AAA-T--CC--AC-TGCA------------------AATATGG-ATATTGAATAT------T-G-TAATGTGTGTTCTGCACGATATCAAACATGGCCGCC-CTGGGAGACAG--AGAATACTGCCCT--TA----A-----------C--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATT-TTG-T--TATTCAGA------AC----AGTACAGTGAACCTT---AAA-TG-TACC--TA-TCTCA-ATAA--TA----TAACTTGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAA-----AT-TATGACTTGCTTATTCTGAACA-TTACTGGTACATCGGGA-G-AAA--A--AAAGA-AAAGAAAAGACAATCATACGT--GGAATG-C---ACTA-----T---TA-T-T-------TTACGGGTTAACCAGAAACAGGTAT-A--TT-AT--TTAGGCT------TAA--------G---TGATTTTTGAAATTGCTTTAAGTG-AAATGTGTTAAAATAGTGATGTGTCCCTTTAAGATAA--------TC--------A-AAACATGTAATTTAACTan
gi|8 : TG-----ATATTTCTTTGGATTTGTTTT--TTTATAC--TGAGGTTTTTAATTTTATATTTAACAAAGCCAAAAT-A-A-CA--------TAAGTT-TTC-AGTTGGTTGAC-CGTCCTTAATCTTTACCGCCGACCCTA--T-T-TT-T---TA-CC-AA---ATC--AAAA-A-A----A-A----------AT----------------------------------T---CTTATTGTT-AT--T-TATT-T--TTC--ATCTAAA-----------TCAT----TTCC-----GTTA-C---ACA---GAC--AT-TGCATTA-TA---CCAATACAAAATGTTG-AGTTTGAATAT------T-C-CAATGTGTTTGCTGCACGATATCAAACATTGCCGCC-TGGAGAGACAG--AGAATACTGCCC---GA----A-----------T--A------A---------A-------TG-----------G-----------TTATTATTG-T--TATTCCGA------AC----AGCACAGTGAATCTG---TTA-TA-TGTC--TT-TCTTG-ATAA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-C-------ATACAAC-TACAC-----CC-AATGACCGGCTCGCTCTGAACA-ATTTTAGTACCTCCAGA-G-TGA--A--A---A-AAAGAAAAGACAAGCATACGT--GATATA-C---ACTA-----T---T--T-T-------TTACGGGCTAACCAGAAACGGATAT-A--TT-AT--TATGGCC------TAA--------tttct
gi|9 : TTTTTACTGCTGACCCTAATT-T-TT-TATCT--TC-AA---ATTCCAAAACA-A----A-ATCCACCCCCCATCCTCCCCCCTAAAAAAC---AAAACT---T---TT---TTT--------T--T-T--T-TG-TTC--ATCAAAA-----------TGAT----TTCC-----ATTA-C---ATAACAATTTTAC-AATATTA-TG---TCTA-ACGAAATGTCATGTTTTGAATA---------C-TAATTTGTTGGTTTCACAATATCAAACATGGCCACCACA-AGTGACA-----AATTCTGCCCCAAGA----AGT---------C--A------ACATCCTGATA-------TG-----------ACTGAAACATTTTTATTATTG-C--TATTCAGA------AC----AGTACAATGAATTTT---T---------T--TA-TATCA-ATTA--TA----TAACATGGT-T------A-------A-CATATAACATACAAC-TAAAA-----CC-TATGATTGACTTGATTTGAATA-TTAATAGTACCTCGGAA-G-AAA--A--A---G-AAAG-AAAGAAAA--GTGTGTTGGGTATGTT---ACTA-----T---G--C-T-------T---AGTCTAACCAAAA---GAAAC-A--TT-TT--TTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|35 ): ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|37 ): TTTGCAAAACGTTTTAAATATGCTTTTAGATTTACTGAATGTGTAAATTAAACTTTAAAAAATAACGTCTGAAAGAAACTCATTTAATGATTATTAATTCG
Unaligned ( gi|44 ): ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): AGTCATGTTAGTTTTGAATGAACCTGCGAAAATGCT