lowQualScore : 1 4444444444 1 444444444444 11111 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 22222222 1 4444444444444 44444444444444 44444444444444444444444 1 1 22 1111 22222222222222222222 1 1
lowQualScore : 1 1 5555555555 6 5 0 000000000000 55555 6 7 555 11 5 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444 2 1 1 5 22 555 333 7 4 66666666 333 55 33 666 4 6 8888888888888 3 11111111111111 22 2 1 333 5 22 3 0 77777777777777777777777 1 666 22 7 2 33 5 0 3 22 2 8888 44444444444444444444 2 33 5555 6 0 888888 2 9 5
lowQualScore : . . .......... . . . ............ ..... . . ... .. . . ..................................................................... .... . . . . .. ... ... . . ........ ... .. .. ... . . ............. . .............. .. . . ... . .. . . ....................... . ... .. . . .. . . . .. . .... .................... . .. .... . . ...... . . .
lowQualScore : 0 1 3333333333 0 0 2 111111111111 44444 7 4 444 55 3 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5555 1 9 9 8 66 111 555 4 0 55555555 555 55 88 777 3 4 7777777777777 2 88888888888888 66 7 9 333 4 66 6 3 55555555555555555555555 9 000 66 0 4 22 4 1 8 55 7 9999 33333333333333333333 7 77 7777 8 3 222222 9 2 0
consensus : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTC-ATAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGGTGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACG-T-TCT--AAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-G----TC-TTAATGGCCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-A-----ATTATG---TG--TCTCTGAAACTTAT-AT---GTATTATTTTAATT-------G-----CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T-NAA-NTGCATTTCCATCA--TANTTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTTA-ACTTTG-A--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACATTTTTACAAACAATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
Reference ( gi|1 ) : TAGTATTAATATGTTCATATAGTAAT---ACAGT--ATAGTGAAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGT--AA---A----AT-----TTAA-CATTGGTGCGAGTCTCTTA---AAGAGCACAGAACG-T-T-T--AAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGGCCATACAGA-TT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGATTTAATGA---GCCTTACAACATGACT-A-----CTAATG---TG--TCTCTGAAACTTAT-AT---GTATTTTTCTAATT-------T-----CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T-CAA-CTATATTTCCATCA--TATTTCT-TT---TAGAT--ATTGAA-TTTA-CATCTG-A--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGTTTTGACCAAAACCGCTTGGGAGTGTATTTAATCGG--AAGTAGAAACAGCTGACCATGTGAACGCCCAC-TA---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACATTTGTACAAACAATA------GTAA-TATTATTCAAAGGTGCTGGGTGGAGG
gi|8 : TAATATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTC-ATAATGCAATAATTCGTTTGAAACAGAAACGTAAGT--AA---A----AT-------GA--ATTTGAGTGAGTATCTTA---AAGATCACATTACGAN-N-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGGACATACATA-TT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGACTCCATGA---GCATTACAACATAACC-A-----GT--TA---TA--TCTCTGAA--TT-----------TTTTTTTAATT-------G-----CTGTTTCGAAAAAAACA---T-AAA-ATGCATTTCCA-CA--TATTTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTTA-ACTTTG-A--T---A---C------AA-----CTTTGTAA--AAGAATTAATCAGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACC----GGAAGTGTATTCAATC
gi|6 : tacTGGTATTAATATCTTCTTATAGTA-T---AT-GTTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGCCAAAGCGTAAGT--AA---A----ATGGATTTTAA-CATTGATGTGAGTCGTTTA---AAGAGGACAATACG-T-N-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNTTAATGGTCATACAGA-TT-ACCAGTCTTTG--TCTGTTCATTCATCTTCAAAATAGTCAATGAGCCGCCTTGTAACATAAGT-A-----ATTATG---TG--TCTCTGAAACTTGT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----CTGTTGCGAAGAAAACA-T-T-TAA-CTtgtttctgcagatgaaacaatttttcaaacaacagtaactgtaatattattcaaaggggcttggtggaggg
gi|28 : acTGGTATTAATATCTTCATATAGT-AT---ATATTC-CTAATACGATGCTTTGTTTGATGCttgatacaacttaatgttttgaaaacgaattaatctgcgaaagggtgatttgaccaaaaccgtttgaaagtgtatttaatcggaagtagtaacagctgaccacatgactgcccacttaattgtgtgtttctgcagatgaaacatttttatgaacaatagtaatactgttcaa
gi|26 : acATTAATATCGACATATAGTAATGATACATTC-ATAACGCAATGATTCGTTTGATGCGAAAACGTAAGT--AA---A----AT-----ca
gi|4 : acaTTAATATATTCATATAGTAAT---A-------TAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGGTGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACG-T-TCN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAAA-TT-ACCAGCCATCG--TCTATTCATTCATTGTCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-A-----ATTATG---TG--TCTATGAAACTTAT-AT---GTATTATTTTACTTCAACG--C-----CTGCTTCGAAAAAAAAA------AA---A-ATTTCCATCA--TAATTCT-TT---TAAAT--ATTAAA-CATA-ACTTTG-ATTT---A---T---TGTAA---TGCTTTGTAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGG-GATTTGACCAAGACTGCTTGAAAATGTATTTAATCGG--AAGTAATCACAGTTGACTACGTGACTGCCCAC-TT---GATTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACATTT-TACAAATTATA------TTAA-TATTATTggatttt
gi|3 : TAATATATTCATATAGTAAT---ACATTC-ATAATGCAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGATGTGAGTCTCTTA---AAAAGCACAATACA-T-TCT--AAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAATGTAACT-A-----ATTATG---TG--T------AACTTAC-AT---TTATTATTTTAATT-------CAACGGCTGTTTCGAAAAAAAGA------A---------TCCATCA--TAATTCT-TT---TAAAT--ATTAAA-TATA-ACTTTG-A--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGATGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGA--AAGTTGTAACAACTGACTACGTGACTGCCCAC-TT---GTGCG--------------------TTTT-TGCA--AATGAA----ACATTTG-ACAAGTTATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAGt
gi|2 : TATTCATATAGTAAC---CCATTC-ATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACATAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGGTG--AGTCTCTTA---AAGAGCACAATACG-T-T-T--TAAGA-ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----N--TTAATGGCAATACAGA-TT-ACCAGTCCTTA--TCTATTCATTCCTCACCATAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AA----CTA-TG---TG--TCTCTGAAACTTAT-ATAATGTATTATCTTAATT-------CAACGCCCGTTTCGAAAAAAAC--T-T-AAA-ATA-ATTTCCATCA--TAATTCT-TT---TAAAA--ATTTAA-TATA-ACTTTG-A--T---A---TATTT-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAAGGTGATTTGACCAAAACCACTTGGAAGTGCATTTAATCAG--AAGTAGTAACAGCTGAC--------TGCCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ATGTTT-TAAATACTACA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAG
gi|14 : --ATAATGCAATAATTCGTTTGATGCCGAAACGTAAGT--AA---A----ATGGAATTTAA-CATTTATGTAAGTGTCTTATTTAAGAGCACAATATG-T-TCN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-G----TC-TTAATGGACATACAGA-TTTGCCAGTCCTCG--TCTTTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATAA---GCCTTACAACATAACC-A-----ATTGTG---TG--TCTCTGAAATGAAT-AT---ATATTATTTTAATT-------G-----CTGTTTCGAAAAAAAAGCT-T-AAA-GTGCCTTTTCATCA--TACTTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTTAGTAT-TG-A--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AAGAGTACATCTGCg
gi|27 : taattcTAATGCAATGTTTCGTGTAGTGTTGAAACATAAGT--AA---ATGGAAT-----TTAA-CATTGGTGTGAGTCTC
gi|5 : acAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGGTGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACG-T-TCT--TAGAAGAATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TTAGGGCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTTACT-A-----ATTATG---TG--TCTATAAAACTTAT-AT---GTATTATTTTTATT-------CAACGGCTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T--------TTTTTCCATCA--TAATGCT-TT---TAGAT--ATTAAA-T--A-TAACTT-A--T---A---TAGTT-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCTAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGATGTTTATTTAATCGG--AAGAAGTAACAGCTGACTACGTGACTACCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTT-TGCA--AATGAA----ACATTT-TCCAAATTTTA------GTAA-TATTATCTAATGGGGCTGGATAGAAG
gi|7 : cataaagcAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGA----AT-----TTAA-CATTGGTTTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACG-T-TCT--AAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTAACT-A-----ATTATG-----------TGAAACTTAC-AT---TTATTATTTTAATT-------CAACGGCTGTTTCGAAAAAAGAA----------------TCCATCA--TAATTCT-GT---TAAAT--ATTAAA-TATA-ACTTTG-A--T---ATATT---T-TAA---TGCCTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACTACGTAATTGCCCAC-TC---GTTTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACATTTG-ACAAGTTATA------GTAA-TATTATTCAATGGGTCTGGGTGGAg
gi|16 : CAGAAACGCAAGT--AA---ATGG-AT-----TTTATCATTGATGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACG-TNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-A-------AATA---TGTCTCTCTAAAACTTAT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAA-GTGCATTTCCATCA--TATTTCT-TT---TAGAT--ATTGAATTTTA-C-TTTA-A--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|15 : CAGAAACGCAAGT--AA---ATGG-AT-----TTTATCATTGATGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACG-TNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-A-------AATA---TGTCTCTCTAAAACTTAT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAA-GTGCATTTCCATCA--TATTTCT-TT---TAGAT--ATTGAATTTTA-C-TTTA-A--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|25 : ---A----AT-----TTAA-CATTGGTGTGAGTCTC
gi|9 : atggGGTGCTAGTCTTTTA---AAGAGCACAGTACG-T-N-N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TC-TTAATGGCCATACAGA-TG-TTCAGTCTTCG--TCTGTTCATTCATAATCCAAAGAGTCAATGA---GCCTTTCAACATAACT-AATTATCTAATAATATG--TGTCTGAAACTTAT------GTAT---------------------------------AAAAAAA-C-T-TAATCTGCATTTTCATCA--TATTTCT-TT---TAAAT--ACTGAA-TTAA-ACTTTG-A--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAATAAGGAATTTATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAAGCGCTTGTGAGTGTATTTAACCCG--AAGAAGTAACAGCTGACAACGTGACTGCCTAC-TT---GTGTGT-------------------TTTT-TGCA--AATGAA----ACATTTTTACAAGCAATA------GTAA-TACTATTCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacagattaccagtcctcgt
gi|13 : atggattttaacactggactcactccaGAGTCTCCTA---AAGAGCACAATACATT-T-T--AAAAAG
gi|10 : TTTTA---AAGAGCACAATACG-T-T-T---------TAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G----TC-TTAATAACCATACAGA-TT-GTCAGACCTCG--GCTGATCAT-CATCATCAAAAGAGTCGATGA---GCCTGA--ACATAACT-A-----ATTATT---TG--TATCTGAAACTTAT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----TTGTTTCAAAA---------------CTGCATTTCCATCA--TATTTCT-TTATATAAATGTATTTAA-TATA--ATTTGGA--T---A---CAACT-AAA---TGTTTTGGAA--AGGAAGTTATCCGCGTAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGGAGTGTATTTAATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACCACCTGACGGCCCAC-TT---GTGTGTTTCTGTAAAAGAAACCTTATTTC-TGCA--AATGAAACTGACATTTTTACAAACAATA------GTAA-TATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGGggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattgtttaaatggccatacagattaccagtctgttccttcatcatcatacatcataactaattatgtgtgtctgaaacttattatgtattatgttacttgcgaaaaaaaaccttaaactgcatttccatttcttttaaatattgaattcaactttgatacaactttgttttggaaatgattaatctgcgaaaggatcatttgaccaaacacacttgagagtgtatataatcggaaatagtaacagctgactacgtgactgcccacttgtgtgtttctgcaaatgaaacatttttaccaacaatagtaattattattcaaaggggctgggtggagg
gi|11 : GAGCACTATACG-T-TCT--AAGAAGAGTGGTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATC-G----TC-TTAATGGCCATAAAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TATGTGTATGCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACATCATAACTCA-----ATTATG---TG--TCTCTGAAACTTAT-ATCATGTATTTTTTTAATTGTTTAATTG----CTGTTCCGAAAAAAAAACT-T-CAA-GTGAATTTCCATTA--AAGTTCT-TT---TGAGT--ATTGAA-TTTA-ACTTTG-A--T---AGAAC---T-T------GTTTTGGAA--AGCAATTAACCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAACACGCTTAGAAGTGT-----ATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACCACGTG-------AC-T----GTCTT--------------------CTTCGTGAAACAATGAA----ACAGTTTTACATACAATA------GTAA-TATTATTTAATTGGGATGGGTGGAAGg
gi|12 : AGCACAGTACA-T-T-TTTAGAANNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNATC-TTAATGACCATACTGATTT-ACCAGTCCGCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAG--TCAATGA---GCCT---AACA--ACT-A-----ATTATG---TT--TCTCTAAAACTTAT-AT---GTATTGTTTTAATT-------G-----CTGTTTCAAAAAAATAC-T-T-AAA-GTGCATTTTTATCA--TAATTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTTA-ACTTTT-A--T---ACAGC---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGAAATGAATCTGCGAAAGGGTGATTTTACCAAAACTGGTTGGAAGAGTATTTAATCGGACAAGT---AACAGCCGACCATGGGATTGCCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TTCA--AATGAA----ACCTTTTTACAAACAATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAg
gi|17 : -G----TG-TTAATAGCCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCGCCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-A-----ATTGTC---TG--TTTCCGAAACTTAT-AT---GTATTATTTTAATT-------G-----CTGTTTCGAAAAAAA----------------CTTCCATCA--TAATTCT-TT---TAGAT--ATTGAA-TTTAACA------------A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGTAATAAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGCAAGTGTATTTAATCGG--CAGTAGTAACAGCTGATCACGTCACTACCAAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACAATTTTACAAACAATA------GTAA-TATTATTAAATGGGCCTGGGTGGAGtg
gi|13 : -G----TT-TAAATGGCCATACAGA-TT-ACCAGTC--------TGTTCCTTCATCATCA--------------------TACATCATAACT-A-----ATTATG---TG--TGTCTGAAACTTATTAT---GTATTATGTTACTT---------------G---CGAAAAAAAACCT-T-AAA-CTGCATTTCCAT-------TTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTCA-ACTTTG-A--T---A---C------AACTTTGTTTTGGAA--ATGA-TTAATCTGCGAAAGGATCATTTGACCAAACACACTTGAGAGTGTATATAATCGG--AAATAGTAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACATTTTTACCAACAATA------GTAATTATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGG
gi|19 : gagtctcctaaagagcacaatacattttaaaaagggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgatt-G----TC-ATAGTAGCCTTACAGA-TT-TCCAGTCCTCGCATCT-TTCATTCATCATCAAACAAGTCAATGA---GACCTACAACATTACT-A-----ATTGTG---TG--TCTCTGAAATTCAT-AT---GTATTATCTTAATT-------G-----CTGTT------AAAAAA-T-T-TAA-ATGCATTTCCATCA--TATTTCT-TT---TATAT--ATTGAA-TTTA--ACTTT-A--T---A---C---
gi|22 : agtagaatggatttaaacattggtgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G----TC-TTAATGACCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTATTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-A-----GTTATG---TG--TCTATGAAACTTAT-AT---GTATTATTTTAATT-------CAACGGCTGTTT
gi|20 : aatacgttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TC-TTAATGGTCATACAGA-TT-ACAAGTCATCG--TCTCTTCATTCATCATCAAAAGAGGTAATGA---GCCTTA-AATATAACT-A-----ATTATG---TG--TCTCTGAAACTTAT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----CTGTTTCG--AAAAAAA-T-T-AAA-GTGCATTTCCATCG--TATTTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-TTTA-ACTTTG-A--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACTAAAAC----TGAAAGTGTATTTAATCAG--AAGTAGTAACAGCTGACCATGTGA
gi|18 : AAAGGCCATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--TCTGTGCATTCATCATCAAAGGAGTCAGTGA---GTCTTACAACACAACTCA-----CTG-TG---TG--TATCTGAAACTTAT-TT---GTATTATTTTAATT-------G-----CTGTTTC---ATAAAAA-TAT-AAA-ATGCATTTCCATCA--TATTTCTATT---CA-----ATCAAA-CTT------TG-A--T---A---CAACT-TCA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCCAAAGCGTAATTT-----AATCCGTTTGGAAGTGTATTTAATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCCAT-TG---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--GATGAA----ACATTTTTACAAACAATA------GTAA-TAATATCCAAccatgtgactgcc
gi|25 : ATACAGA-TT-ACCAGTCCTCG--T
gi|23 : atggaatttaacattggtgtgagtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTGAAATTCAC-AT---GTTTTATTTTAATT-------C-----GTGTTTC-----AAAAC-T-T-AAA-CTGCATTTCCATCA--TATTTCT-TT---TAAAT--ATTGAA-CTTA-ACTTTG-A--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAA--AATAATTAATCTGCGAAAGGATGATTTGACCAAAACTGCTTCGGAGTGTATTTAATCGA--AAGTAGTAACAGCTGACCA
gi|21 : ctAAGACAAC-T-T-CAA-CAATAAGTC-ATCGACTATTCC----------AT--ATTAAA-TATA-ACTTTG-A--T---A---TATTT-TAA---TGGTTTTGAA--AGGAATAAATCTGCGAAAGTGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAACTGTATTTAATCGG--AAGTAGAAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC-TT---GTGTG--------------------TTTC-TGCA--AATGAA----ACgttg
gi|24 : tacttcaacaaataaacaacATTTCCATCA--TAT--AT-TT---CAAAT--ATTGAG-TTTA-GCTTTG-A--T---A----------AAAC-TGTTTTGGAA--AGGAAGTAATCTGCGAAAGGGTGATTTAACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTGATCGG--AAGTAGTTACAGCTGACCATGTGACTGCCCAC-TA---GT
gi|6 : aaagtgcA-TTTA-ACTTTG-A--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGAAA--ACGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGTTTGAAAGTGTATTTAATCGG--AAGTAGTAACAGCTGACCACATGACTGCCCACTTAATTGTGTG--------------------TTTC-TGCA--GATGAA----ACATTTTTATGAACAATA------GTAA-TACTGTTCAAaatactgtttaaggggttgggaagagggg
gi|8 : actggtattaatatcttcttatagtatatgttcctaatacgatgctttgtttgatgccaaagcgtaagtaaaatggattttaacattgatgtgagtcgtttaaagaggacaatacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatggtcatacagattaccagtctttgtctgttcattcatcttcaaaatagtcaatgagccgccttgtaacataagtaattatgtgtctctgaaacttgtttgtattattttaattgctgttgcgaagaaaacTG--------------------TTTC-TGCA--GATGAA----ACAATTTTTCAAACAACAGTAACTGTAA-TATTATTCAAAGGGGCTTGGTGGAGG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 1 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 1111111 33333333333 222222222222222222222
lowQualScore : 0 888 0 1 4 0 333333333333 444 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 22 333 1 66666666 9999 555555 22 55555 3 4 5555555 5 0 3 333 22 22 44444444444 1 555 22 2 5555 2 444 444 5 222222222222222222222 33 777777 2 0
lowQualScore : . ... . . . . ............ ... . ...................................................... . .. ... . ........ .... ...... .. ..... . . ....... . . . ... .. .. ........... . ... .. . .... . ... ... . ..................... .. ...... . .
lowQualScore : 7 888 2 6 3 8 777777777777 777 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 55 333 9 99999999 6666 222222 55 99999 6 9 3333333 8 3 5 333 55 44 77777777777 8 777 55 2 3333 5 444 444 9 777777777777777777777 77 777777 7 5
consensus : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T-AAANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
Reference ( family-4294 ) : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T-NAANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
gi|1 : TAGTATTAATATGTTCATATAGTAAT---ACAGT-ATAGTGAAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGT--AA---AATTTAACATTGG------------TGCGAGTCTCTTA---AAGAGCACAGAACGTT-TAAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGATTTAATGA---GCCTTACAACATGACT-ACTAAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------TT--TCTAATT-----T-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T-CAACTATATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTACATCTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGTTTTGACCAAAACCGCTTGGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACCATGTGAACGCCCAC----TAGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTGTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGTGCTGGGTGGAGG
gi|10 : TTTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GTCTTAATAACCATACAGATT-GTCAGACCTCG--GCTGATCAT-CATCATCAAAAGAGTCGATGA---GCCTGA--ACATAACT-AATTAT--------TTGTATCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-TTGTTTCAAAA--------------CTGCATTTCCATCATATTTCTTTATATAAATGTATTTAATATAATTTGGA--T---A---CAACT-AAA---TGTTTTGGAA--AGGAAGTTATCCGCGTAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACCTGACGGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGTA---AAAGAAACCTTATTTCTGCAAATGAAACTGACATTTTTACAAACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGG
gi|11 : GAGCACTATACGTTCTAAGAAGAGTGGTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATCGTCTTAATGGCCATAAAGATT-ACCAGTCCTCG--TATGTGTATGCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACATCATAACTCAATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATCATGTATTTTTTTAATTGTTTAATT-----G-CTGTTCCGAAAAAAAAACT-T-CAAGTGAATTTCCATTAAAGTTCTTT---TGAGT--ATTGAATTTAACTTTGA--TAGAA---C---T-------TGTTTTGGAA--AGCAATTAACCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAACACGCTTAGAAGTGT-----ATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCTTC----TT-CGTG--------AAACAATGAAAC---AGTTTTACAT---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATTGGGATGGGTGGAAGg
gi|12 : AGCACAGTACATTTTTAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTTAATGACCATACTGATTTACCAGTCCGCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAG--TCAATGA---GCCT---AACA--ACT-AATTAT--------GTTTCTCTAAAACTTAT---ATGTATT------GT--TTTAATT-----G-CTGTTTCAAAAAAATAC-T-T-AAAGTGCATTTTTATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTTA--T---ACAGC---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGAAATGAATCTGCGAAAGGGTGATTTTACCAAAACTGGTTGGAAGAGTATTTAATCGGACA--AGTAACAGCCGACCATGGGATTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTTCA---AATGAAAC---CTTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAg
gi|13 : GAGTCTCCTA---AAGAGCACAATACATTTTAAAAAGGGTtg
gi|13 : GTTTAAATGGCCATACAGATT-ACCAGTC--------TGTTCCTTCATCATCA--------------------TACATCATAACT-AATTAT--------GTGTGTCTGAAACTTATT--ATGTATT------AT--GTTACTT-----G-C------GAAAAAAAACCT-T-AAACTGCATTTCCAT-----TTCTTT---TAAAT--ATTGAATTCAACTTTGA--T---A---C------AACTTTGTTTTGGAA--ATG-ATTAATCTGCGAAAGGATCATTTGACCAAACACACTTGAGAGTGTATATAATCGGA-AATAGTAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACCA---------------------ACA--ATA------GTAATTATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGGtacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattgtttaaatggccatacagattaccagtctgttccttcatcatcatacatcataactaattatgtgtgtctgaaacttattatgtattatgttacttgcgaaaaaaaaccttaaactgcatttccatttcttttaaatattgaattcaactttgatacaactttgttttggaaatgattaatctgcgaaaggatcatttgaccaaacacacttgagagtgtatataatcggaaatagtaacagctgactacgtgactgcccacttgtgtgtttctgcaaatgaaacatttttaccaacaatagtaattattattcaaaggggctgggtggagg
gi|14 : gagtctcctaaagagcacaatacattttaaaaagggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCCGAAACGTAAGTAAAATGGAATTTAACATTTA------------TGTAAGTGTCTTATTTAAGAGCACAATATGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTTAATGGACATACAGATTTGCCAGTCCTCG--TCTTTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATAA---GCCTTACAACATAACC-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATGAAT---ATATATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAGCT-T-AAAGTGCCTTTTCATCATACTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAGTATTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AAGAGTACATCTGC
gi|15 : taCAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|16 : CAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|17 : GTGTTAATAGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCGCCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTGT--------CTGTTTCCGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAA---------------CTTCCATCATAATTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTAAC----A------A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGTAATAAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGCAAGTGTATTTAATCGGC-AGTAGTAACAGCTGATCACGTCACTACCAAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---AATTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTAAATGGGCCTGGGTGGAG
gi|18 : AAAGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTGCATTCATCATCAAAGGAGTCAGTGA---GTCTTACAACACAACT-CACTGT--------GTGTATCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTC---ATAAAAA-TAT-AAAATGCATTTCCATCATATTTC----------T--ATTCAATCAAACTTTGA--TACAA---C---T-TCA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCCAAAGCGTAATTT-----AATCCGTTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCCAT----TGGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TAATATCCAA
gi|19 : AGTAGAATGGATTTAAACATTGG------------TGTGGNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GTCATAGTAGCCTTACAGATT-TCCAGTCCTCGCATCT-TTCATTCATCATCAAACAAGTCAATGA---GACCTACAACATTACT-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATTCAT---ATGTATT------AT--CTTAATT-----G-CTGTT------AAAAAA-T-T-TAAATGCATTTCCATCATATTTCTTT---TATAT--ATTGAATTTAACTTT-A--T---A---C---
gi|2 : TTCATATAGTAAC---CCATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACATAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TG--AGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAAGAA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGCAATACAGATT-ACCAGTCCTTA--TCTATTCATTCCTCACCATAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AACTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATAATGTATT------AT--CTTAATTCAAC-GCCCGTTTCG-AAAAAAAC-T-T-AAAATA-ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAA--ATTTAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAAGGTGATTTGACCAAAACCACTTGGAAGTGCATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGC--------TGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAT---GTTTT---AA---------------------ATACTACA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAG
gi|20 : taTCTTAATGGTCATACAGATT-ACAAGTCATCG--TCTCTTCATTCATCATCAAAAGAGGTAATGA---GCCTTA-AATATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCG--AAAAAAA-T-T-AAAGTGCATTTCCATCGTATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACTAAAAC----TGAAAGTGTATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGCTGACCATGTGACg
gi|21 : AT--ATTAAATATAACTTTGA--T---A---TATTT-TAA---TGGTTTTGAA--AGGAATAAATCTGCGAAAGTGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAACTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---catgtgactgcc
gi|22 : tacttcaacaaataaacaacaagacaacttcaacaataagtcatcgactattccAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTATTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AGTTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTT
gi|23 : TCTGAAATTCAC---ATGTTTT------AT--TTTAATT-----C-GTGTTTC-----AAAAC-T-T-AAACTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAACTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAA--AATAATTAATCTGCGAAAGGATGATTTGACCAAAACTGCTTCGGAGTGTATTTAATCGAA-AGTAGTAACAGCTGACCA
gi|24 : ctAAGTGCATTTCCATCATA--TATTT---CAAAT--ATTGAGTTTAGCTTTGA--T---A----------AAAC-TGTTTTGGAA--AGGAAGTAATCTGCGAAAGGGTGATTTAACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTGATCGGA-AGTAGTTACAGCTGACCATGTGACTGCCCAC----TAGTgttg
gi|25 : aATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCaatactgtttaaggggttgggaagagggg
gi|25 : ATACAGATT-ACCAGTCCTCG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacagattaccagtcctcgt
gi|26 : atggaatttaacattggtgtgagtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTAATATCGACATATAGTAATGATACATTCATAACGCAATGATTCGTTTGATGCGAAAACGTAAGTAAAATGGATTTT
gi|27 : acaTAATGCAATGTTTCGTGTAGTGTTGAAACATAAGT-AAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTC
gi|28 : acTGGTATTAATATCTTCATATAGT-AT---ATATTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGC
gi|3 : acTAATATATTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAAAGCACAATACATTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAATGTAACT-AATTAT--------GTGT------AACTTAC---ATTTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAA-------GAA-------TCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGATGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGAA-AGTTGTAACAACTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGCG-TTTTTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAGca
gi|4 : TTAATATATTCATATAGTAAT---A------TAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAAATT-ACCAGCCATCG--TCTATTCATTCATTGTCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AATTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTACTTCAAC-GCCTGCTTCGAAAAAAAAA-----AAA----ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAACATAACTTTGATTT---A---T---TGTAA---TGCTTTGTAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGG-GATTTGACCAAGACTGCTTGAAAATGTATTTAATCGGA-AGTAATCACAGTTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGATTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTTACAA---------------------ATT--ATA------TTAA-TATTATT
gi|5 : CATAAAGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTTAGAAGAATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TTAGGGCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTTACT-AATTAT--------GTGTCTATAAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTTATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T----TT---TTTCCATCATAATGCTTT---TAGAT--ATTAAATATAACTTATA--T---AG--T---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCTAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGATGTTTATTTAATCGGA-AGAAGTAACAGCTGACTACGTGACTACCCAC----TTGTGTG-TTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTC-CAA---------------------ATT--TTA------GTAA-TATTATCTAATGGGGCTGGATAGAAGt
gi|6 : TGGTATTAATATCTTCTTATAGTA-T---ATGTTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGCCAAAGCGTAAGTAAAATGGATTTTAACATTGA------------TGTGAGTCGTTTA---AAGAGGACAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGTCATACAGATT-ACCAGTCTTTG--TCTGTTCATTCATCTTCAAAATAGTCAATGAGCCGCCTTGTAACATAAGT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTGT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTGCGAAGAAAACA-T-T-TAACTg
gi|6 : acATTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGAAA--ACGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGTTTGAAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACATGACTGCCCACTTAATTGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTATGA---------------------ACA--ATA------GTAA-TACTGTTCAAttgatacaacttaatgttttgaaaacgaattaatctgcgaaagggtgatttgaccaaaaccgtttgaaagtgtatttaatcggaagtagtaacagctgaccacatgactgcccacttaattgtgtgtttctgcagatgaaacatttttatgaacaatagtaatactgttcaa
gi|7 : actggtattaatatcttcttatagtatatgttcctaatacgatgctttgtttgatgccaaagcgtaagtaaaatggattttaacattgatgtgagtcgtttaaagaggacaatacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatggtcatacagattaccagtctttgtctgttcattcatcttcaaaatagtcaatgagccgccttgtaacataagtaattatgtgtctctgaaacttgtttgtattattttaattgctgttgcgaagaaaacATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TTTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTAACT-AATTAT--------G------TGAAACTTAC---ATTTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAGAA---------------TCCATCATAATTCTGT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCCTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACTACGTAATTGCCCAC----TCGTTTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGTCTGGGTGGA
gi|8 : aTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGAAACAGAAACGTAAGTAAAATG-AATTTGA-------------------GTGAGTATCTTA---AAGATCACATTACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGACATACATATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGACTCCATGA---GCATTACAACATAACC-AGTTAT--------AT--CTCTGAA--TT----------TT------TT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAACA-T---AAAATGCATTTCCA-CATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C------AA---C--TTTGTAA--AAGAATTAATCAGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACC----GGAAGTGTATTCAATC
gi|8 : tactaaTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---AATTTTTCAA---------------------ACA--ACAGTAACTGTAA-TATTATTCAAAGGGGCTTGGTGGAGGtgtttctgcagatgaaacaatttttcaaacaacagtaactgtaatattattcaaaggggcttggtggaggg
gi|9 : tactaatattaatatcttcatatagtaatacattcataatgcaataattcgtttgaaacagaaacgtaagtaaaatgaatttgagtgagtatcttaaagatcacattacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttaatggacatacatattactagtcctcgtctgttcattcatcatcaaaagactccatgagcattacaacataaccagttatatctctgaatttttttttaattgctgtttcgaaaaaaacataaaatgcatttccacatatttcttttaaatattgaatttaactttgatacaactttgtaaaagaattaatcagcgaaagggtgatttgaccaaaaccggaagtgtattcaatcATGGATTTTAACACTGGACTCACTCCAGGTGCTAGTCTTTTA---AAGAGCACAGTACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATG-TTCAGTCTTCG--TCTGTTCATTCATAATCCAAAGAGTCAATGA---GCCTTTCAACATAACT-AATTATCTAATAATATGTGTCTGAAACTTAT-----GTAT----------------------------------AAAAAAAC-T-T-AATCTGCATTTTCATCATATTTCTTT---TAAAT--ACTGAATTAAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAATAAGGAATTTATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAAGCGCTTGTGAGTGTATTTAACCCGA-AGAAGTAACAGCTGACAACGTGACTGCCTAC----TTGTGTGTTTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------GCA--ATA------GTAA-TACTATTCAAg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 111111 33333333333 222222222222222222222
lowQualScore : 0 888 0 9 2 333333333333 444 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 22 333 1 66666666 6666 333 555555 22 55555 3 4 111111 4 0 3 333 22 22 44444444444 1 555 22 2 5555 2 444 444 5 222222222222222222222 33 777777 2 0
lowQualScore : . ... . . . ............ ... . ...................................................... . .. ... . ........ .... ... ...... .. ..... . . ...... . . . ... .. .. ........... . ... .. . .... . ... ... . ..................... .. ...... . .
lowQualScore : 7 888 2 4 2 777777777777 777 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 55 333 9 99999999 4444 222 222222 55 99999 6 9 666666 7 3 5 333 55 44 77777777777 8 777 55 2 3333 5 444 444 9 777777777777777777777 77 777777 7 5
consensus : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
Reference ( family-4294 ) : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
gi|1 : TAGTATTAATATGTTCATATAGTAAT---ACAGT-ATAGTGAAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTAAAAT-----TTAACATTGG------------TGCGAGTCTCTTA---AAGAGCACAGAACGTT-TAAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGATTTAATGA---GCCTTACAACATGACT-ACTAAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------TTT--CTAATT-----T-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TC-AACTATATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTACATCTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGTTTTGACCAAAACCGCTTGGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACCATGTGAACGCCCAC----TAGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTGTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGTGCTGGGTGGAGG
gi|10 : TTTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GTCTTAATAACCATACAGATT-GTCAGACCTCG--GCTGATCAT-CATCATCAAAAGAGTCGATGA---GCCTGA--ACATAACT-AATTAT--------TTGTATCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-TTGTTTCAAAA--------------CTGCATTTCCATCATATTTCTTTATATAAATGTATTTAATATAATTTGGA--T---A---CAACT-AAA---TGTTTTGGAA--AGGAAGTTATCCGCGTAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACCTGACGGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGTA---AAAGAAACCTTATTTCTGCAAATGAAACTGACATTTTTACAAACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGG
gi|11 : GAGCACTATACGTTCTAAGAAGAGTGGTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATCGTCTTAATGGCCATAAAGATT-ACCAGTCCTCG--TATGTGTATGCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACATCATAACTCAATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATCATGTATTTTTTTAATTGTTTAATT-----G-CTGTTCCGAAAAAAAAACT-TC-AAGTGAATTTCCATTAAAGTTCTTT---TGAGT--ATTGAATTTAACTTTGA--TAGAA---C---T-------TGTTTTGGAA--AGCAATTAACCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAACACGCTTAGAAGTGT-----ATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCTTC----TT-CGTG--------AAACAATGAAAC---AGTTTTACAT---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATTGGGATGGGTGGAAGg
gi|12 : AGCACAGTACATTTTTAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTTAATGACCATACTGATTTACCAGTCCGCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAG--TCAATGA---GCCT---AACA--ACT-AATTAT--------GTTTCTCTAAAACTTAT---AT---GTATT------GTT--TTAATT-----G-CTGTTTCAAAAAAATAC-T-TA-AAGTGCATTTTTATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTTA--T---ACAGC---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGAAATGAATCTGCGAAAGGGTGATTTTACCAAAACTGGTTGGAAGAGTATTTAATCGGACA--AGTAACAGCCGACCATGGGATTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTTCA---AATGAAAC---CTTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAg
gi|13 : GAGTCTCCTA---AAGAGCACAATACATTTTAAAAAGGGTtg
gi|13 : GTTTAAATGGCCATACAGATT-ACCAGTC--------TGTTCCTTCATCATCA--------------------TACATCATAACT-AATTAT--------GTGTGTCTGAAACTTATT--AT---GTATT------ATG--TTACTT-----G-C------GAAAAAAAACCT-TA-AACTGCATTTCCAT-----TTCTTT---TAAAT--ATTGAATTCAACTTTGA--T---A---C------AACTTTGTTTTGGAA--ATG-ATTAATCTGCGAAAGGATCATTTGACCAAACACACTTGAGAGTGTATATAATCGGA-AATAGTAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACCA---------------------ACA--ATA------GTAATTATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGGtacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattgtttaaatggccatacagattaccagtctgttccttcatcatcatacatcataactaattatgtgtgtctgaaacttattatgtattatgttacttgcgaaaaaaaaccttaaactgcatttccatttcttttaaatattgaattcaactttgatacaactttgttttggaaatgattaatctgcgaaaggatcatttgaccaaacacacttgagagtgtatataatcggaaatagtaacagctgactacgtgactgcccacttgtgtgtttctgcaaatgaaacatttttaccaacaatagtaattattattcaaaggggctgggtggagg
gi|14 : gagtctcctaaagagcacaatacattttaaaaagggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCCGAAACGTAAGTAAAATGGAATTTAACATTTA------------TGTAAGTGTCTTATTTAAGAGCACAATATGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTTAATGGACATACAGATTTGCCAGTCCTCG--TCTTTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATAA---GCCTTACAACATAACC-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATGAAT---AT---ATATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAGCT-TA-AAGTGCCTTTTCATCATACTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAGTATTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AAGAGTACATCTGC
gi|15 : taCAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|16 : CAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|17 : GTGTTAATAGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCGCCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTGT--------CTGTTTCCGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAA---------------CTTCCATCATAATTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTAAC----A------A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGTAATAAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGCAAGTGTATTTAATCGGC-AGTAGTAACAGCTGATCACGTCACTACCAAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---AATTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTAAATGGGCCTGGGTGGAG
gi|18 : AAAGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTGCATTCATCATCAAAGGAGTCAGTGA---GTCTTACAACACAACT-CACTGT--------GTGTATCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTC---ATAAAAA-TATA-AAATGCATTTCCATCATATTTC----------T--ATTCAATCAAACTTTGA--TACAA---C---T-TCA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCCAAAGCGTAATTT-----AATCCGTTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCCAT----TGGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TAATATCCAA
gi|19 : AGTAGAATGGATTTAAACATTGG------------TGTGGNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GTCATAGTAGCCTTACAGATT-TCCAGTCCTCGCATCT-TTCATTCATCATCAAACAAGTCAATGA---GACCTACAACATTACT-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATTCAT---AT---GTATT------ATC--TTAATT-----G-CTGTT------AAAAAA-T-TT-AAATGCATTTCCATCATATTTCTTT---TATAT--ATTGAATTTAACTTT-A--T---A---C---
gi|2 : TTCATATAGTAAC---CCATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACATAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TG--AGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAAGAA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGCAATACAGATT-ACCAGTCCTTA--TCTATTCATTCCTCACCATAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AACTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATAAT---GTATT------ATC--TTAATTCAAC-GCCCGTTTCG-AAAAAAAC-T-TA-AAATA-ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAA--ATTTAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAAGGTGATTTGACCAAAACCACTTGGAAGTGCATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGC--------TGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAT---GTTTT---AA---------------------ATACTACA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAG
gi|20 : taTCTTAATGGTCATACAGATT-ACAAGTCATCG--TCTCTTCATTCATCATCAAAAGAGGTAATGA---GCCTTA-AATATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCG--AAAAAAA-T-TA-AAGTGCATTTCCATCGTATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACTAAAAC----TGAAAGTGTATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGCTGACCATGTGACg
gi|21 : AT--ATTAAATATAACTTTGA--T---A---TATTT-TAA---TGGTTTTGAA--AGGAATAAATCTGCGAAAGTGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAACTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---catgtgactgcc
gi|22 : tacttcaacaaataaacaacaagacaacttcaacaataagtcatcgactattccAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTATTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AGTTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTT
gi|23 : TCTGAAATTCAC---AT---GTTTT------ATT--TTAATT-----C-GTGTTTC-----AAAAC-T-TA-AACTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAACTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAA--AATAATTAATCTGCGAAAGGATGATTTGACCAAAACTGCTTCGGAGTGTATTTAATCGAA-AGTAGTAACAGCTGACCA
gi|24 : ctA-AAGTGCATTTCCATCATA--TATTT---CAAAT--ATTGAGTTTAGCTTTGA--T---A----------AAAC-TGTTTTGGAA--AGGAAGTAATCTGCGAAAGGGTGATTTAACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTGATCGGA-AGTAGTTACAGCTGACCATGTGACTGCCCAC----TAGTgttg
gi|25 : ATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCaatactgtttaaggggttgggaagagggg
gi|25 : ATACAGATT-ACCAGTCCTCG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacagattaccagtcctcgt
gi|26 : atggaatttaacattggtgtgagtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTAATATCGACATATAGTAATGATACATTCATAACGCAATGATTCGTTTGATGCGAAAACGTAAGTAAAATGGATTTT
gi|27 : acaTAATGCAATGTTTCGTGTAGTGTTGAAACATAAGT-AAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTC
gi|28 : acTGGTATTAATATCTTCATATAGT-AT---ATATTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGC
gi|3 : acTAATATATTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAAAGCACAATACATTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAATGTAACT-AATTAT--------GTGT------AACTTAC---AT---TTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAGA----A----------TCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGATGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGAA-AGTTGTAACAACTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGCG-TTTTTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAGca
gi|4 : TTAATATATTCATATAGTAAT---A------TAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAAATT-ACCAGCCATCG--TCTATTCATTCATTGTCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AATTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTACTTCAAC-GCCTGCTTCGAAAAAAAAA----A-AA----ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAACATAACTTTGATTT---A---T---TGTAA---TGCTTTGTAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGG-GATTTGACCAAGACTGCTTGAAAATGTATTTAATCGGA-AGTAATCACAGTTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGATTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTTACAA---------------------ATT--ATA------TTAA-TATTATT
gi|5 : CATAAAGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTTAGAAGAATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TTAGGGCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTTACT-AATTAT--------GTGTCTATAAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTTATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T----TT---TTTCCATCATAATGCTTT---TAGAT--ATTAAATATAACTTATA--T---AG--T---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCTAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGATGTTTATTTAATCGGA-AGAAGTAACAGCTGACTACGTGACTACCCAC----TTGTGTG-TTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTC-CAA---------------------ATT--TTA------GTAA-TATTATCTAATGGGGCTGGATAGAAGt
gi|6 : TGGTATTAATATCTTCTTATAGTA-T---ATGTTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGCCAAAGCGTAAGTAAAATGGATTTTAACATTGA------------TGTGAGTCGTTTA---AAGAGGACAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGTCATACAGATT-ACCAGTCTTTG--TCTGTTCATTCATCTTCAAAATAGTCAATGAGCCGCCTTGTAACATAAGT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTGT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTGCGAAGAAAACA-T-TT-AACTg
gi|6 : acATTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGAAA--ACGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGTTTGAAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACATGACTGCCCACTTAATTGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTATGA---------------------ACA--ATA------GTAA-TACTGTTCAAttgatacaacttaatgttttgaaaacgaattaatctgcgaaagggtgatttgaccaaaaccgtttgaaagtgtatttaatcggaagtagtaacagctgaccacatgactgcccacttaattgtgtgtttctgcagatgaaacatttttatgaacaatagtaatactgttcaa
gi|7 : actggtattaatatcttcttatagtatatgttcctaatacgatgctttgtttgatgccaaagcgtaagtaaaatggattttaacattgatgtgagtcgtttaaagaggacaatacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatggtcatacagattaccagtctttgtctgttcattcatcttcaaaatagtcaatgagccgccttgtaacataagtaattatgtgtctctgaaacttgtttgtattattttaattgctgttgcgaagaaaacAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TTTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTAACT-AATTAT--------G------TGAAACTTAC---AT---TTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAGAA---------------TCCATCATAATTCTGT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCCTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACTACGTAATTGCCCAC----TCGTTTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGTCTGGGTGGA
gi|8 : TATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGAAACAGAAACGTAAGTAAAATG-AATTTGA-------------------GTGAGTATCTTA---AAGATCACATTACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGACATACATATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGACTCCATGA---GCATTACAACATAACC-AGTTAT--------AT--CTCTGAA--TT-------------TT------TTT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAACA-T--A-AAATGCATTTCCA-CATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C------AA---C--TTTGTAA--AAGAATTAATCAGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACC----GGAAGTGTATTCAATC
gi|8 : tactaaTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---AATTTTTCAA---------------------ACA--ACAGTAACTGTAA-TATTATTCAAAGGGGCTTGGTGGAGGtgtttctgcagatgaaacaatttttcaaacaacagtaactgtaatattattcaaaggggcttggtggaggg
gi|9 : tactaatattaatatcttcatatagtaatacattcataatgcaataattcgtttgaaacagaaacgtaagtaaaatgaatttgagtgagtatcttaaagatcacattacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttaatggacatacatattactagtcctcgtctgttcattcatcatcaaaagactccatgagcattacaacataaccagttatatctctgaatttttttttaattgctgtttcgaaaaaaacataaaatgcatttccacatatttcttttaaatattgaatttaactttgatacaactttgtaaaagaattaatcagcgaaagggtgatttgaccaaaaccggaagtgtattcaatcATGGATTTTAACACTGGACTCACTCCAGGTGCTAGTCTTTTA---AAGAGCACAGTACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATG-TTCAGTCTTCG--TCTGTTCATTCATAATCCAAAGAGTCAATGA---GCCTTTCAACATAACT-AATTATCTAATAATATGTGTCTGAAACTTAT--------GTAT----------------------------------AAAAAAAC-T-TA-ATCTGCATTTTCATCATATTTCTTT---TAAAT--ACTGAATTAAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAATAAGGAATTTATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAAGCGCTTGTGAGTGTATTTAACCCGA-AGAAGTAACAGCTGACAACGTGACTGCCTAC----TTGTGTGTTTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------GCA--ATA------GTAA-TACTATTCAAg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 111111 33333333333 222222222222222222222
lowQualScore : 0 888 0 9 2 333333333333 444 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 22 333 1 66666666 6666 333 555555 22 55555 3 4 111111 4 0 3 333 22 22 44444444444 1 555 22 2 5555 2 444 444 5 222222222222222222222 33 777777 2 0
lowQualScore : . ... . . . ............ ... . ...................................................... . .. ... . ........ .... ... ...... .. ..... . . ...... . . . ... .. .. ........... . ... .. . .... . ... ... . ..................... .. ...... . .
lowQualScore : 7 888 2 4 2 777777777777 777 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 55 333 9 99999999 4444 222 222222 55 99999 6 9 666666 7 3 5 333 55 44 77777777777 8 777 55 2 3333 5 444 444 9 777777777777777777777 77 777777 7 5
consensus : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
Reference ( family-4294 ) : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
gi|1 : TAGTATTAATATGTTCATATAGTAAT---ACAGT-ATAGTGAAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTAAAAT-----TTAACATTGG------------TGCGAGTCTCTTA---AAGAGCACAGAACGTT-TAAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGATTTAATGA---GCCTTACAACATGACT-ACTAAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------TTT--CTAATT-----T-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TC-AACTATATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTACATCTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGTTTTGACCAAAACCGCTTGGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACCATGTGAACGCCCAC----TAGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTGTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGTGCTGGGTGGAGG
gi|10 : TTTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GTCTTAATAACCATACAGATT-GTCAGACCTCG--GCTGATCAT-CATCATCAAAAGAGTCGATGA---GCCTGA--ACATAACT-AATTAT--------TTGTATCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-TTGTTTCAAAA--------------CTGCATTTCCATCATATTTCTTTATATAAATGTATTTAATATAATTTGGA--T---A---CAACT-AAA---TGTTTTGGAA--AGGAAGTTATCCGCGTAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACCTGACGGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGTA---AAAGAAACCTTATTTCTGCAAATGAAACTGACATTTTTACAAACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGG
gi|11 : GAGCACTATACGTTCTAAGAAGAGTGGTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATCGTCTTAATGGCCATAAAGATT-ACCAGTCCTCG--TATGTGTATGCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACATCATAACTCAATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATCATGTATTTTTTTAATTGTTTAATT-----G-CTGTTCCGAAAAAAAAACT-TC-AAGTGAATTTCCATTAAAGTTCTTT---TGAGT--ATTGAATTTAACTTTGA--TAGAA---C---T-------TGTTTTGGAA--AGCAATTAACCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAACACGCTTAGAAGTGT-----ATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCTTC----TT-CGTG--------AAACAATGAAAC---AGTTTTACAT---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATTGGGATGGGTGGAAGg
gi|12 : AGCACAGTACATTTTTAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTTAATGACCATACTGATTTACCAGTCCGCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAG--TCAATGA---GCCT---AACA--ACT-AATTAT--------GTTTCTCTAAAACTTAT---AT---GTATT------GTT--TTAATT-----G-CTGTTTCAAAAAAATAC-T-TA-AAGTGCATTTTTATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTTA--T---ACAGC---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGAAATGAATCTGCGAAAGGGTGATTTTACCAAAACTGGTTGGAAGAGTATTTAATCGGACA--AGTAACAGCCGACCATGGGATTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTTCA---AATGAAAC---CTTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAg
gi|13 : GAGTCTCCTA---AAGAGCACAATACATTTTAAAAAGGGTtg
gi|13 : GTTTAAATGGCCATACAGATT-ACCAGTC--------TGTTCCTTCATCATCA--------------------TACATCATAACT-AATTAT--------GTGTGTCTGAAACTTATT--AT---GTATT------ATG--TTACTT-----G-C------GAAAAAAAACCT-TA-AACTGCATTTCCAT-----TTCTTT---TAAAT--ATTGAATTCAACTTTGA--T---A---C------AACTTTGTTTTGGAA--ATG-ATTAATCTGCGAAAGGATCATTTGACCAAACACACTTGAGAGTGTATATAATCGGA-AATAGTAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACCA---------------------ACA--ATA------GTAATTATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGGtacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattgtttaaatggccatacagattaccagtctgttccttcatcatcatacatcataactaattatgtgtgtctgaaacttattatgtattatgttacttgcgaaaaaaaaccttaaactgcatttccatttcttttaaatattgaattcaactttgatacaactttgttttggaaatgattaatctgcgaaaggatcatttgaccaaacacacttgagagtgtatataatcggaaatagtaacagctgactacgtgactgcccacttgtgtgtttctgcaaatgaaacatttttaccaacaatagtaattattattcaaaggggctgggtggagg
gi|14 : gagtctcctaaagagcacaatacattttaaaaagggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCCGAAACGTAAGTAAAATGGAATTTAACATTTA------------TGTAAGTGTCTTATTTAAGAGCACAATATGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTTAATGGACATACAGATTTGCCAGTCCTCG--TCTTTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATAA---GCCTTACAACATAACC-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATGAAT---AT---ATATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAGCT-TA-AAGTGCCTTTTCATCATACTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAGTATTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AAGAGTACATCTGC
gi|15 : taCAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|16 : CAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATC-AAAGAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-ATGTTTCG--AAAACAA-T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTTACTTTAA--TATAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|17 : GTGTTAATAGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCGCCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTGT--------CTGTTTCCGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAA---------------CTTCCATCATAATTCTTT---TAGAT--ATTGAATTTAAC----A------A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGTAATAAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGCAAGTGTATTTAATCGGC-AGTAGTAACAGCTGATCACGTCACTACCAAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---AATTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTAAATGGGCCTGGGTGGAG
gi|18 : AAAGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTGCATTCATCATCAAAGGAGTCAGTGA---GTCTTACAACACAACT-CACTGT--------GTGTATCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTC---ATAAAAA-TATA-AAATGCATTTCCATCATATTTC----------T--ATTCAATCAAACTTTGA--TACAA---C---T-TCA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCCAAAGCGTAATTT-----AATCCGTTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCCAT----TGGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TAATATCCAA
gi|19 : AGTAGAATGGATTTAAACATTGG------------TGTGGNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GTCATAGTAGCCTTACAGATT-TCCAGTCCTCGCATCT-TTCATTCATCATCAAACAAGTCAATGA---GACCTACAACATTACT-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATTCAT---AT---GTATT------ATC--TTAATT-----G-CTGTT------AAAAAA-T-TT-AAATGCATTTCCATCATATTTCTTT---TATAT--ATTGAATTTAACTTT-A--T---A---C---
gi|2 : TTCATATAGTAAC---CCATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACATAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TG--AGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAAGAA---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGCAATACAGATT-ACCAGTCCTTA--TCTATTCATTCCTCACCATAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AACTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATAAT---GTATT------ATC--TTAATTCAAC-GCCCGTTTCG-AAAAAAAC-T-TA-AAATA-ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAA--ATTTAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAAGGTGATTTGACCAAAACCACTTGGAAGTGCATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGC--------TGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAT---GTTTT---AA---------------------ATACTACA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAG
gi|20 : taTCTTAATGGTCATACAGATT-ACAAGTCATCG--TCTCTTCATTCATCATCAAAAGAGGTAATGA---GCCTTA-AATATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCG--AAAAAAA-T-TA-AAGTGCATTTCCATCGTATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--TACAA---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACTAAAAC----TGAAAGTGTATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGCTGACCATGTGACg
gi|21 : AT--ATTAAATATAACTTTGA--T---A---TATTT-TAA---TGGTTTTGAA--AGGAATAAATCTGCGAAAGTGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAACTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---catgtgactgcc
gi|22 : tacttcaacaaataaacaacaagacaacttcaacaataagtcatcgactattccAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTATTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AGTTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTT
gi|23 : TCTGAAATTCAC---AT---GTTTT------ATT--TTAATT-----C-GTGTTTC-----AAAAC-T-TA-AACTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAACTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAA--AATAATTAATCTGCGAAAGGATGATTTGACCAAAACTGCTTCGGAGTGTATTTAATCGAA-AGTAGTAACAGCTGACCA
gi|24 : ctA-AAGTGCATTTCCATCATA--TATTT---CAAAT--ATTGAGTTTAGCTTTGA--T---A----------AAAC-TGTTTTGGAA--AGGAAGTAATCTGCGAAAGGGTGATTTAACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTGATCGGA-AGTAGTTACAGCTGACCATGTGACTGCCCAC----TAGTgttg
gi|25 : ATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCaatactgtttaaggggttgggaagagggg
gi|25 : ATACAGATT-ACCAGTCCTCG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacagattaccagtcctcgt
gi|26 : atggaatttaacattggtgtgagtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTAATATCGACATATAGTAATGATACATTCATAACGCAATGATTCGTTTGATGCGAAAACGTAAGTAAAATGGATTTT
gi|27 : acaTAATGCAATGTTTCGTGTAGTGTTGAAACATAAGT-AAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTC
gi|28 : acTGGTATTAATATCTTCATATAGT-AT---ATATTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGC
gi|3 : acTAATATATTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAAAGCACAATACATTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAATGTAACT-AATTAT--------GTGT------AACTTAC---AT---TTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAGA----A----------TCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGATGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGAA-AGTTGTAACAACTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGCG-TTTTTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAGca
gi|4 : TTAATATATTCATATAGTAAT---A------TAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAAATT-ACCAGCCATCG--TCTATTCATTCATTGTCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AATTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTACTTCAAC-GCCTGCTTCGAAAAAAAAA----A-AA----ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAAT--ATTAAACATAACTTTGATTT---A---T---TGTAA---TGCTTTGTAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGG-GATTTGACCAAGACTGCTTGAAAATGTATTTAATCGGA-AGTAATCACAGTTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGATTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTTACAA---------------------ATT--ATA------TTAA-TATTATT
gi|5 : CATAAAGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTTAGAAGAATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TTAGGGCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTTACT-AATTAT--------GTGTCTATAAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTTATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T----TT---TTTCCATCATAATGCTTT---TAGAT--ATTAAATATAACTTATA--T---AG--T---T-TAA---TGCTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCTAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGATGTTTATTTAATCGGA-AGAAGTAACAGCTGACTACGTGACTACCCAC----TTGTGTG-TTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTC-CAA---------------------ATT--TTA------GTAA-TATTATCTAATGGGGCTGGATAGAAGt
gi|6 : TGGTATTAATATCTTCTTATAGTA-T---ATGTTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGCCAAAGCGTAAGTAAAATGGATTTTAACATTGA------------TGTGAGTCGTTTA---AAGAGGACAATACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGTCATACAGATT-ACCAGTCTTTG--TCTGTTCATTCATCTTCAAAATAGTCAATGAGCCGCCTTGTAACATAAGT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTGT---TT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTGCGAAGAAAACA-T-TT-AACTg
gi|6 : acATTTAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGAAA--ACGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGTTTGAAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACATGACTGCCCACTTAATTGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTATGA---------------------ACA--ATA------GTAA-TACTGTTCAAttgatacaacttaatgttttgaaaacgaattaatctgcgaaagggtgatttgaccaaaaccgtttgaaagtgtatttaatcggaagtagtaacagctgaccacatgactgcccacttaattgtgtgtttctgcagatgaaacatttttatgaacaatagtaatactgttcaa
gi|7 : actggtattaatatcttcttatagtatatgttcctaatacgatgctttgtttgatgccaaagcgtaagtaaaatggattttaacattgatgtgagtcgtttaaagaggacaatacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaatggtcatacagattaccagtctttgtctgttcattcatcttcaaaatagtcaatgagccgccttgtaacataagtaattatgtgtctctgaaacttgtttgtattattttaattgctgttgcgaagaaaacAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TTTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTAACT-AATTAT--------G------TGAAACTTAC---AT---TTATT------ATT--TTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAGAA---------------TCCATCATAATTCTGT---TAAAT--ATTAAATATAACTTTGA--T---ATATT---T-TAA---TGCCTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACTACGTAATTGCCCAC----TCGTTTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGTCTGGGTGGA
gi|8 : TATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGAAACAGAAACGTAAGTAAAATG-AATTTGA-------------------GTGAGTATCTTA---AAGATCACATTACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGACATACATATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGACTCCATGA---GCATTACAACATAACC-AGTTAT--------AT--CTCTGAA--TT-------------TT------TTT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAACA-T--A-AAATGCATTTCCA-CATATTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C------AA---C--TTTGTAA--AAGAATTAATCAGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACC----GGAAGTGTATTCAATC
gi|8 : tactaaTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---AATTTTTCAA---------------------ACA--ACAGTAACTGTAA-TATTATTCAAAGGGGCTTGGTGGAGGtgtttctgcagatgaaacaatttttcaaacaacagtaactgtaatattattcaaaggggcttggtggaggg
gi|9 : tactaatattaatatcttcatatagtaatacattcataatgcaataattcgtttgaaacagaaacgtaagtaaaatgaatttgagtgagtatcttaaagatcacattacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttaatggacatacatattactagtcctcgtctgttcattcatcatcaaaagactccatgagcattacaacataaccagttatatctctgaatttttttttaattgctgtttcgaaaaaaacataaaatgcatttccacatatttcttttaaatattgaatttaactttgatacaactttgtaaaagaattaatcagcgaaagggtgatttgaccaaaaccggaagtgtattcaatcATGGATTTTAACACTGGACTCACTCCAGGTGCTAGTCTTTTA---AAGAGCACAGTACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATG-TTCAGTCTTCG--TCTGTTCATTCATAATCCAAAGAGTCAATGA---GCCTTTCAACATAACT-AATTATCTAATAATATGTGTCTGAAACTTAT--------GTAT----------------------------------AAAAAAAC-T-TA-ATCTGCATTTTCATCATATTTCTTT---TAAAT--ACTGAATTAAACTTTGA--T---A---CAACT-TAA---TGTTTTGGAATAAGGAATTTATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAAGCGCTTGTGAGTGTATTTAACCCGA-AGAAGTAACAGCTGACAACGTGACTGCCTAC----TTGTGTGTTTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------GCA--ATA------GTAA-TACTATTCAAg
blockSeqs : GAT A A ACTCACTCCAGG TTT N GTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATC T CA GCC C CTAATAAT ATAA CAT TTTTTA GT CAACG C A CTTC C T ATA GT TT ACAAC G CTT TA C TTAA T AAC CTT T ATGAAACTGACATTTTTACAA CT GTAACT T
blockSeqs : . A T . . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . TA . . . CAACG C A CTTA G G . . . AGAAC . AC . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . T T . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . . . . T . . . CAACG . A CTTA G A . . . ACAGC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . A T . . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . CAACG . A TTAT C C . . . ACAAC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . T A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . CAAC . A TTAT G T . . . ATAAC . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . T A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . CAAC . A TATA G T . . . ATAAC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . T T . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . A TTA G A . . . ACAAC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : A A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . A TTT A T . . . ATATT . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : T A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . A TTA A T . . . ACAAC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : A A . . A CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . A TTA A A . . . ATATT . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . A TTA G T . . . ACAAC . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . T . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . A TTT C T . . . ATATT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . . TTA G A . . . ACAAC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . . TT T A . . . ATATT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . . TA C A . . . ACAAC . . . . . . . .
blockSeqs : N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A . . . . . . A A A . . . AGT . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . A C T . . . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . T . . . AC . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . AC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AC . . .
blockSeqs : . A
blockSeqCons : ACAAC******
originalCons : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--T---A---C---T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
finalCons : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAAGANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---AT---GTATT------ATT--TTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAAT--ATTGAATTTAACTTTGA--TACAAC------T-TAA---TGTTTTGGAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222 11111111111 222222222222222222222
lowQualScore : 0 888 0 9 2 333333333333 444 333 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 22 333 1 66666666 9999 555555 22 55555 3 0 99999999999 3 333 22 22 1 1 22 2 5555 2 444 444 5 222222222222222222222 33 777777 2 0
lowQualScore : . ... . . . ............ ... ... . ...................................................... . .. ... . ........ .... ...... .. ..... . . ........... . ... .. .. . . .. . .... . ... ... . ..................... .. ...... . .
lowQualScore : 7 888 2 4 2 777777777777 777 999 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 55 333 9 99999999 6666 222222 55 99999 6 2 88888888888 4 222 44 44 7 8 55 2 3333 5 444 444 9 777777777777777777777 77 777777 7 5
consensus : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAA---GANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AAGTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAA--CTTTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
Reference ( family-4294 ) : TGGTATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTNAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAA---GANTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TA-AANTGCATTTCCATCATANTTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAA--CTTTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGGCTGGGTGGAGG
gi|1 : TAGTATTAATATGTTCATATAGTAAT---ACAGT-ATAGTGAAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTAAAAT-----TTAACATTGG------------TGCGAGTCTCTTA---AAGAGCACAGAACGTT-TAAAAA---GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGATTTAATGA---GCCTTACAACATGACT-ACTAAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---ATGTATT------TT--TCTAATT-----T-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-TC-AACTATATTTCCATCATATTTCTTT---TAGA--TATTGAATTTAC--ATCTG-ATAC---TTAATGTTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGTTTTGACCAAAACCGCTTGGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACCATGTGAACGCCCAC----TAGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTGTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGTGCTGGGTGGAGG
gi|10 : TTTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAANNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------GTCTTAATAACCATACAGATT-GTCAGACCTCG--GCTGATCAT-CATCATCAAAAGAGTCGATGA---GCCTGA--ACATAACT-AATTAT--------TTGTATCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-TTGTTTCA-------------A-AACTGCATTTCCATCATATTTCTTTATATAAATGTATTTAATATAA--TTTGG-ATACAACTAAATGTTTTG-GAA--AGGAAGTTATCCGCGTAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGGAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACCTGACGGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGTA---AAAGAAACCTTATTTCTGCAAATGAAACTGACATTTTTACAAACA--ATA------GTAA-TATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGG
gi|11 : GAGCACTATACGTTCTAAGAA---GAGTGGTAGCGCATATGAAAGAGTGGTGACTGCTTACTTCAAAGGTCGCGGGTTTGATCGTCTTAATGGCCATAAAGATT-ACCAGTCCTCG--TATGTGTATGCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACATCATAACTCAATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATCATGTATTTTTTTAATTGTTTAATT-----G-CTGTTCCGAAAAAAAAACT-TC-AAGTGAATTTCCATTAAAGTTCTTT---TGAG--TATTGAATTTAA--CTTTG-ATAGAACT---TGTTTTG-GAA--AGCAATTAACCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAACACGCTTAGAAGTGT-----ATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCTTC----TT-CGTG--------AAACAATGAAAC---AGTTTTACAT---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATTGGGATGGGTGGAAGg
gi|12 : AGCACAGTACATTTTTAGAA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTTAATGACCATACTGATTTACCAGTCCGCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAG--TCAATGA---GCCT---AACA--ACT-AATTAT--------GTTTCTCTAAAACTTAT---ATGTATT------GT--TTTAATT-----G-CTGTTTCAAAAAAATAC-T-TA-AAGTGCATTTTTATCATAATTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAA--CTTTT-ATACAGCTTAATGTTTTG-GAA--AGAAATGAATCTGCGAAAGGGTGATTTTACCAAAACTGGTTGGAAGAGTATTTAATCGGACA--AGTAACAGCCGACCATGGGATTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTTCA---AATGAAAC---CTTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAg
gi|13 : GAGTCTCCTA---AAGAGCACAATACATTTTAAAAA---GGGTtg
gi|13 : GTTTAAATGGCCATACAGATT-ACCAGTC--------TGTTCCTTCATCATCA--------------------TACATCATAACT-AATTAT--------GTGTGTCTGAAACTTATT--ATGTATT------AT--GTTACTT-----G-C------GAAAAAAAACCT-TA-AACTGCATTTCCAT-----TTCTTT---TAAA--TATTGAATTCAA--CTTTG-ATACAACTT--TGTTTTG-GAA--ATGA-TTAATCTGCGAAAGGATCATTTGACCAAACACACTTGAGAGTGTATATAATCGGA-AATAGTAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACCA---------------------ACA--ATA------GTAATTATTATTCAAAGGGGCTGGGTGGAGGtacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattgtttaaatggccatacagattaccagtctgttccttcatcatcatacatcataactaattatgtgtgtctgaaacttattatgtattatgttacttgcgaaaaaaaaccttaaactgcatttccatttcttttaaatattgaattcaactttgatacaactttgttttggaaatgattaatctgcgaaaggatcatttgaccaaacacacttgagagtgtatataatcggaaatagtaacagctgactacgtgactgcccacttgtgtgtttctgcaaatgaaacatttttaccaacaatagtaattattattcaaaggggctgggtggagg
gi|14 : gagtctcctaaagagcacaatacattttaaaaagggttacaggagcacagttgatagagtgttgtttgattATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCCGAAACGTAAGTAAAATGGAATTTAACATTTA------------TGTAAGTGTCTTATTTAAGAGCACAATATGTTCNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTTAATGGACATACAGATTTGCCAGTCCTCG--TCTTTTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATAA---GCCTTACAACATAACC-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATGAAT---ATATATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAAAGCT-TA-AAGTGCCTTTTCATCATACTTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAG--TATTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAA--AAGAGTACATCTGC
gi|15 : taCAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATCAAA-GAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-ATGTTTCGAAAACAA---T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGA--TATTGAATTTTA--CTTTA-ATATAACTTAATGTTTTG-GAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|16 : CAGAAACGCAAGT-AAATGGATTTTATCATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCGTAATACGTNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ATCAGTCGTCG--TTTGTTCATTCGTTATCAAA-GAGCCGATGA---GTCTTACAACATAACT-AAATAT--------GTCTCTCTAAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-ATGTTTCGAAAACAA---T-TATAAGTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAGA--TATTGAATTTTA--CTTTA-ATATAACTTAATGTTTTG-GAA--AGGAACTAATCAGCGAAAAGGTAATTT
gi|17 : GTGTTAATAGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTTCATTCGCCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACATAACT-AATTGT--------CTGTTTCCGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAA---------------CTTCCATCATAATTCTTT---TAGA--TATTGAATTTAA--C---------AACTTAATGTTTTG-GAA--AGTAATAAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTGCAAGTGTATTTAATCGGC-AGTAGTAACAGCTGATCACGTCACTACCAAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---AATTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TATTATTAAATGGGCCTGGGTGGAG
gi|18 : AAAGGCCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGTGCATTCATCATCAAAGGAGTCAGTGA---GTCTTACAACACAACT-CACTGT--------GTGTATCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTC---ATAAAAA-TATA-AAATGCATTTCCATCATATTTC------------TATTCAATCAAA--CTTTG-ATACAACTTCATGTTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCCAAAGCGTAATTT-----AATCCGTTTGGAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACGTGACTGTCCAT----TGGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------ACA--ATA------GTAA-TAATATCCAA
gi|19 : AGTAGAATGGATTTAAACATTGG------------TGTGGNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------GTCATAGTAGCCTTACAGATT-TCCAGTCCTCGCATCT-TTCATTCATCATCAAACAAGTCAATGA---GACCTACAACATTACT-AATTGT--------GTGTCTCTGAAATTCAT---ATGTATT------AT--CTTAATT-----G-CTGTT------AAAAAA-T-TT-AAATGCATTTCCATCATATTTCTTT---TATA--TATTGAATTTAA--CTTT--ATAC
gi|2 : TTCATATAGTAAC---CCATTCATAATGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACATAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TG--AGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTTTAAGAATNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGCAATACAGATT-ACCAGTCCTTA--TCTATTCATTCCTCACCATAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AACTAT--------GTGTCTCTGAAACTTATATAATGTATT------AT--CTTAATTCAAC-GCCCGTTTCG-AAAAAAAC-T-TA-AAATA-ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAA--AATTTAATATAA--CTTTG-ATATATTTTAATGCTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAAAGGTGATTTGACCAAAACCACTTGGAAGTGCATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGC--------TGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAT---GTTTT---AA---------------------ATACTACA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAG
gi|20 : taTCTTAATGGTCATACAGATT-ACAAGTCATCG--TCTCTTCATTCATCATCAAAAGAGGTAATGA---GCCTTA-AATATAACT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTAT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAA--AAA-T-TA-AAGTGCATTTCCATCGTATTTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAA--CTTTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGGTGATTTGACTAAAAC----TGAAAGTGTATTTAATCAGA-AGTAGTAACAGCTGACCATGTGACg
gi|21 : A--TATTAAATATAA--CTTTG-ATATATTTTAATGGTTTT-GAA--AGGAATAAATCTGCGAAAGTGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAACTGTATTTAATCGGA-AGTAGAAACAGCTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---catgtgactgcc
gi|22 : tacttcaacaaataaacaacaagacaacttcaacaataagtcatcgactattccAATACGTTCNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTATTCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AGTTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTT
gi|23 : TCTGAAATTCAC---ATGTTTT------AT--TTTAATT-----C-GTGTTTC-----AAAAC-T-TA-AACTGCATTTCCATCATATTTCTTT---TAAA--TATTGAACTTAA--CTTTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAA--AATAATTAATCTGCGAAAGGATGATTTGACCAAAACTGCTTCGGAGTGTATTTAATCGAA-AGTAGTAACAGCTGACCA
gi|24 : ctA-AAGTGCATTTCCATCATA--TATTT---CAAA--TATTGAGTTTAG--CTTTG-ATAAAACT----GTTTTG-GAA--AGGAAGTAATCTGCGAAAGGGTGATTTAACCAAAACCGCTTGGAAGTGTATTTGATCGGA-AGTAGTTACAGCTGACCATGTGACTGCCCAC----TAGTgttg
gi|25 : ATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCaatactgtttaaggggttgggaagagggg
gi|25 : ATACAGATT-ACCAGTCCTCG--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacagattaccagtcctcgt
gi|26 : atggaatttaacattggtgtgagtctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTAATATCGACATATAGTAATGATACATTCATAACGCAATGATTCGTTTGATGCGAAAACGTAAGTAAAATGGATTTT
gi|27 : acaTAATGCAATGTTTCGTGTAGTGTTGAAACATAAGT-AAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTC
gi|28 : acTGGTATTAATATCTTCATATAGT-AT---ATATTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGC
gi|3 : acTAATATATTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGA------------TGTGAGTCTCTTA---AAAAGCACAATACATTCTAAGAA---GAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAATGTAACT-AATTAT--------GTGT------AACTTAC---ATTTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAGA----A----------TCCATCATAATTCTTT---TAAA--TATTAAATATAA--CTTTG-ATATATTTTAATGCTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGATGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGAA-AGTTGTAACAACTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGTGCG-TTTTTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTTAATGGGGCTGGGTGGAAGca
gi|4 : TTAATATATTCATATAGTAAT---A------TAATGCGATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAAATT-ACCAGCCATCG--TCTATTCATTCATTGTCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAGCATAACT-AATTAT--------GTGTCTATGAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTACTTCAAC-GCCTGCTTCGAAAAAAAAA----A-AA----ATTTCCATCATAATTCTTT---TAAA--TATTAAACATAA--CTTTG-ATTTATTGTAATGCTTTG-TAA--AGGAATTAATCTGCGAAAGGG-GATTTGACCAAGACTGCTTGAAAATGTATTTAATCGGA-AGTAATCACAGTTGACTACGTGACTGCCCAC----TTGATTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTTACAA---------------------ATT--ATA------TTAA-TATTATT
gi|5 : CATAAAGCAATGATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TGTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTTAGAA---GAATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TTAGGGCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTTACT-AATTAT--------GTGTCTATAAAACTTAT---ATGTATT------AT--TTTTATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAAAA-T-T----TT---TTTCCATCATAATGCTTT---TAGA--TATTAAATATAA--CTT---ATATAGTTTAATGCTTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCTAAAGGGTGATTTGACCAAAACCGCTTTGATGTTTATTTAATCGGA-AGAAGTAACAGCTGACTACGTGACTACCCAC----TTGTGTG-TTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTC-CAA---------------------ATT--TTA------GTAA-TATTATCTAATGGGGCTGGATAGAAGt
gi|6 : TGGTATTAATATCTTCTTATAGTA-T---ATGTTCCTAATACGATGCTTTGTTTGATGCCAAAGCGTAAGTAAAATGGATTTTAACATTGA------------TGTGAGTCGTTTA---AAGAGGACAATACGTNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATGGTCATACAGATT-ACCAGTCTTTG--TCTGTTCATTCATCTTCAAAATAGTCAATGAGCCGCCTTGTAACATAAGT-AATTAT--------GTGTCTCTGAAACTTGT---TTGTATT------AT--TTTAATT-----G-CTGTTGCGAAGAAAA-------------CATT-------TAA--CTTT-----GA--TAC--AACTTAATGTTTTGAAAACGAATTAA---TCTGCGAA--AGGG--TGATTTG---------------ACCAAAACCGTTTGAAAGTGTATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACCACATGACTGCCCACTTAATTGTGTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---ATTTTTATGA---------------------ACA--ATA------GTAA-TACTGTTCAAg
gi|7 : acAATAATTCGTTTGATGCGGAAACGTAAGTTAAATGGAATTTAACATTGG------------TTTGAGTCTCTTA---AAGAGCACAATACGTTCTAAGAA---GAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGACCATACAGATT-ACCAGTCCTCG--TCTGGCCATTCATCATCAAAAGAGTCAATGA---GCCTTACAACGTAACT-AATTAT--------G------TGAAACTTAC---ATTTATT------AT--TTTAATTCAACGG-CTGTTTCGAAAAAAGAA---------------TCCATCATAATTCTGT---TAAA--TATTAAATATAA--CTTTG-ATATATTTTAATGCCTTG-GAA--AGGAATTAATCTGCGAAATGGTGATTTGATCAAAACCGCTTGGAAGTTAATTTAATCGGA-AGTAGTAACAGCTGACTACGTAATTGCCCAC----TCGTTTG-TTTCTGCA---AATGAAAC---A-TTTGACAA---------------------GTT--ATA------GTAA-TATTATTCAATGGGTCTGGGTGGA
gi|8 : TATTAATATCTTCATATAGTAAT---ACATTCATAATGCAATAATTCGTTTGAAACAGAAACGTAAGTAAAATG-AATTTGA-------------------GTGAGTATCTTA---AAGATCACATTACGANNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGACATACATATT-ACTAGTCCTCG--TCTGTTCATTCATCATCAAAAGACTCCATGA---GCATTACAACATAACC-AGTTAT--------AT--CTCTGAA--TT----------TT------TT--TTTAATT-----G-CTGTTTCGAAAAAAACA-T--A-AAATGCATTTCCA-CATATTTCTTT---TAAA--TATTGAATTTAA--CTTTG-ATACAACTT--TGT------AA--AAGAATTAATCAGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAACC----GGAAGTGTATTCAATC
gi|8 : tactaaTG-TTTCTGCA---GATGAAAC---AATTTTTCAA---------------------ACA--ACAGTAACTGTAA-TATTATTCAAAGGGGCTTGGTGGAGGtgtttctgcagatgaaacaatttttcaaacaacagtaactgtaatattattcaaaggggcttggtggaggg
gi|9 : tactaatattaatatcttcatatagtaatacattcataatgcaataattcgtttgaaacagaaacgtaagtaaaatgaatttgagtgagtatcttaaagatcacattacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttaatggacatacatattactagtcctcgtctgttcattcatcatcaaaagactccatgagcattacaacataaccagttatatctctgaatttttttttaattgctgtttcgaaaaaaacataaaatgcatttccacatatttcttttaaatattgaatttaactttgatacaactttgtaaaagaattaatcagcgaaagggtgatttgaccaaaaccggaagtgtattcaatcATGGATTTTAACACTGGACTCACTCCAGGTGCTAGTCTTTTA---AAGAGCACAGTACGTNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTAATGGCCATACAGATG-TTCAGTCTTCG--TCTGTTCATTCATAATCCAAAGAGTCAATGA---GCCTTTCAACATAACT-AATTATCTAATAATATGTGTCTGAAACTTAT-----GTAT----------------------------------AAAAAAAC-T-TA-ATCTGCATTTTCATCATATTTCTTT---TAAA--TACTGAATTAAA--CTTTG-ATACAACTTAATGTTTTG-GAATAAGGAATTTATCTGCGAAAGGGTGATTTGACCAAAAGCGCTTGTGAGTGTATTTAACCCGA-AGAAGTAACAGCTGACAACGTGACTGCCTAC----TTGTGTGTTTTTTGCA---AATGAAAC---ATTTTTACAA---------------------GCA--ATA------GTAA-TACTATTCAAg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN