lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 22 1 2 333 222 11 1 3333333333333 11 1111 33333333 1 111111 11111 33333 7777777777777777777777777777777777777 222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444444444444 1 3333 111111111111111111111111111111111 11 2222 3333333 222222 4444 1 1 99999999999999 1 1 1 2 1 5555555555 1 11 11
lowQualScore : 0 6 66 5 0 555 2 3 4 333 88 6 3 6 1111111111111 00 9999 2 3 22222222 0 3 6 666666 2 3 66 2 22222 66 00000 5 5 888 4 0000000000000000000000000000000000000 222222222 1 77 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 0 999999999999999999999 66 1 0 5 5 6 0 11 4444 8 8 000000000000000000000000000000000 33 8888 1 7777777 3 6 4 999999 4 6 4 4 9999 4 6 7 6 2 0 6 6 6 1 99999999999999 0 3 3 3 7 3 4 3 0 0 7 8 8888888888 7 5 1 44 77 0 1 6 7
lowQualScore : . . .. . . ... . . . ... .. . . . ............. .. .... . . ........ . . . ...... . . .. . ..... .. ..... . . ... . ..................................... ......... . .. ................................................................................................ . . ..................... .. . . . . . . .. .... . . ................................. .. .... . ....... . . . ...... . . . . .... . . . . . . . . . . .............. . . . . . . . . . . . . .......... . . . .. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 00 5 0 000 5 0 0 333 33 7 3 7 3333333333333 22 8888 5 6 66666666 8 3 6 333333 5 0 00 4 99999 99 00000 0 0 888 9 7777777777777777777777777777777777777 999999999 4 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 1 555555555555555555555 99 5 2 7 7 1 7 33 0000 0 0 222222222222222222222222222222222 88 3333 0 7777777 0 0 0 000000 0 0 0 0 0000 0 0 0 0 5 7 0 3 0 0 00000000000000 7 3 3 3 3 7 7 3 7 7 0 3 3333333333 3 0 0 00 77 7 0 7 3
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTACACACTTATACANAAACATNAGAGGCANTGATTTT---CATT--ATGCACA-GTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTTTAAA-CAAACC---AGGCCAGCATTAA-A-TAA-T--TTTGTTTGCTCTCT-CCTNA--T-C-TAGTTTTCAANATTGGGTAGNTC--GGT--A--TG-AG-GATTTT-T---TTNAATAT---A-----A-AA--A------TATC-TA--AA----ATACAA---------TAAATGT--CATAC----A--------TGCA---------G--------------T-------T------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC---GG--A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGTAGAGAGAC---AAACAAGC-AAC-TTTTAA-----A-----GC---ATC-------------TT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGNGATATGGTATNGGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTANACGAATATGGATTAAAATTNATGTNTTT-TTGTGTTTTNAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAANAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACT--------------TATATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAGTCAACATTTNGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATA----------ATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCGATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCCGATTTAA
Reference ( gi|2 ) : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATGCACA-GTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTTTAAA-CAAACT---AGACCAACATTAA-A-TAA-T--TTTGTTTGCTGTCT-CCTTA--T-C-TGGTTTTCAATATTAAGTGGTTC--GGT--A--TG-AG-GATTTT-T---TTAAATAT---A-----A-AA--A------CATC-T---------ATACAA---------TAAGTGT--CATAC----A--------TGCA---------G--------------T-------T------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC---AG--A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----A-----GC---ATC-------------TT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACT------------TATATATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATA----------ATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATGCACA-GTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTTTAAA-CAAAC----AAACCAACATTAA-A-TAA-A--TTTGTTTGCTGTCT-CCTTA--T-C-TGATTTTCAATATTAAGTGGTTC--GGT--A--TG-AG-GATTTT-G---TTAAATAT---A-----A-AA--A------TATC-T---------ATACAA---------TAAGTGT--CATAC----A--------TGCA---------G--------------T-------T------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC---AG--A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----A-----GC---ATC-------------TT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGTTTT--TTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATA----------ATATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|6 : TGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATG-ACAAGT---GTCTGGTTAAATTGATAGTTAAA-GGTATG---GGGTCATCATTAA-AATGA-TA-TTTGTTTGCTCTCT--CTCAATT-C-TGATTTTCAAGCTTGGGTAGCTCTAGGT--A--T-----GTTTTT-T---TTCAATATC--A-----A-AA--AGTAT--TATCAT---------ATACAAAATACAATTTAAACAT--CACAC----A--------------------------------------------C------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAA---C---A--------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-T-TTTG
gi|3 : cATTTT---CACT--ATGCTAA-GTCTCATTTT-------------TTAAATCAATCC---TGGCCAACATTAA-AATTA-T--TTTGTTTGCTGTCT-CCTAA--T-CCTGGGTTTCAATATTGAATGGTTC--AGT--A--GG-AG-GATTTT-T---TTAAATAT---A-----A-AA--A------CATC-T---------ATACAA---------TAAGTGT--CATAT----A--------TGCA---------G--------------T-------T------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC---AG--AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTTA-----ACTTTGGCCCCATCACAAAATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTATTT---GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTACT--------------TAGATATATATTACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAGTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATA----------ATATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTA
gi|5 : TTTTTTATG-TAAATTGTAAGGCCAGCATTAA-A---A-TG-TTTGTTTGCCGTCTTCCAAA--C-C-TTGCTTTCAATATTAGGTAGGTA--AGTGGA--AA-AA-TATTTT-T---TCCAATATC--A-----ATAA--ATATTATCATT-CAAAAA----ATACAA---------TAAATATCACATACATGTA--------TGCA---------G--------------T-------TGTCAAGA----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT---GG--------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACGC----AATAAAA-TACATTTTA-----------------ATT-------------TT--GG
gi|9 : aaaattgttttctgagcatgacagatAACC---AGCTCAACATT-A-A-TA-----TGTGTTTGCTCTCT-TCCGA--TCC-TAGTTTGCAACCCTGGGTA------GGT--A-----GG-GA-TTT-T---TAAAATGTGTAA-----A-AA--A------TATC-TAGCAAA---ACACAA---------TAAATGT--CATACACAAA--------TACAT--------GTATGTTTAACATATT-------T------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT---TG--A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGc
gi|17 : tttaaataaactactacaataaacatttatcattaatattttcttT---AGAGCAGCAGTAA-AATAA-TGTTTTGTTTGCTCTCT-CCTGA--T-CTTGATTTTCAACATTGGGT
gi|27 : agtgtttgataaattatttattCCAGCATTAATA-TAAAT--TTTGTTTGCTCTCT-TCTGAT-T-C-TAGTTTACA
gi|15 : gCAACATTAA-ACTGATT--TTTATTCGCTCTCT-CATTGT-T-C-TACTTTTCGCTATTGGGTAGATT--GAT--A--AGTAG-GTTTTTAT---TTCAATAC---A-----A-Acaa
gi|26 : gtCATTAA-AATAA-TG-TCTGTTTGCT--CT-CCTGA--T-CGTAATTTTCAATATT
gi|22 : CATTAA---TA--T--TATGTTTGCTCTCT-CCTTA--C-CTTTGTTTTCAAtggcagtaggc
gi|7 : atTTAT-A-TAA-TA-TTTGTTTGCTCTCT-TCTGA--TCC-TAGTTTTCAAAATTGGGTAGGTA--GGC--AAGTA-AGAGATTTT-TTTCTTCACTAT---ATCAAGA-AATGA------TATG-TAACAAAGAAATACAA---------TAAATGT--CATAC----AAATACCACTGCAT--------A--------------T-------T------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGAaagtttgaggatagttagggaaagac
gi|25 : t--TTTGTTTGCTTTAT-CCTTA--TCC-TAGTTTTCAAAATTGGGTAGCTg
gi|8 : a-C-TAGTTTTCAAAACTGGGTAGGTG--GGT--AG-TT-AG-GATTTT-T---TTG--T-T---A-----A-CA--A------AATC--------------CAA---------TAAATAT--CATAC----A--------TGTACATGCAATTG--------------TCTGGATGT------A----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC---TG--A-T--GAT---A--TT--T----TAG----GT-T-TTTGATAATTAGGTAGTGAGACATTAAACAAGCAAAA-TTTTAATTTTGA-----CC---TTG-------------TT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATatacggggcagataa
gi|12 : tcC----A--------TACA---------A--------------T-------T------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATC---TGGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGCAAACAAAC-AAC-TTTTcttctagaaatcaaaactata
gi|4 : aaatatcatcttttTGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACT--------------TATATATATATTATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AACGTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGCt
gi|21 : gTATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAGGTCAACATTAAGTGTTGATCTGCTCTCTCTCAATCCTAGTTTCCAACATTACATAGACATGTTATTAAGTACATATTGTTTTCAGTATCCAATATATACAATATTCACTGACAATAAATACTACCATAGTAGCGATTTAAAAAATACAATGCATGTTTATTACATACATGTAATAATTGGTAAGATAAAAA
Unaligned ( gi|11 ): TTCTGATAACATGTATTCATTGTTTTGCGTAAGTAAGGCCAGCATTGAAATAATGTGTTTGTCTTCTCATGATCCTAGTTTTTAAAATTTGATATGTAGTAAAAAAAAATAAAATTCAGTATAATAAAAGATCATTAAAAAAAATACATACACTTACCTGAAATAGCCTAGATGA
Unaligned ( gi|13 ): ACATTAAAATATCTGCTTGCTCTCTCCTGATCCTCATTTTCAATCTGAGAAGACAAGTAGGTAGATATGTAGGTAGGTAAGTAAGGATTCTTTTTCCAATATAAAAAATATAT
Unaligned ( gi|14 ): AACATTAAAATAATATTTCCATGATCACTCCCGATTCTTGTTTTCATAATTGGGTAGGGTTTTTTATATAAAAATGTTGTCATCGTAAAAATGCAATTAATTTCATGCACA
Unaligned ( gi|16 ): TAAGCCAACTTTAATAATTAATATAAGGTTTGTTTACTCTCTCCTGATTCTTGTTTTCAAAAATAAGGCAGGCAGAGAAAAAAAACTTT
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATTTTCAAAATTGAGTAGGTAGATAGGGAAAACCTTTTTTTTCCAATATGAAAAAATGTTACTGTTAAAAAAAA
Unaligned ( gi|19 ): GCAAACATTAAAATAACATTTATTTCTCATTCCTGTCCCTAGTTTTCAAAATTAGGTAGTAAGCAGAGTTTTTGT
Unaligned ( gi|20 ): ATAATGTTTACTTGCTCTTTCTCTCTATCCCAGTTTTCATAACTTGATAATTAGGTAGGTAGAGATTTTTTT
Unaligned ( gi|23 ): CATTAAAATAATGTATTTTGCCATATTCTGATTCCTAGTTTTCAAAATTGAATTGGTAAGCAGGT
Unaligned ( gi|24 ): CATTCAGATAATGTTTGTTAACTGAGTCTGTCCCAATCCTAGGTTTCAATATTGGGTTGGTAG
Unaligned ( gi|28 ): ATAATGCTTGTTTGCACTCTTCCGATCTTAGTCTTTAAAACTTGGTAGGTAT
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 333 111 11 1 111 1111 2222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 111111111 11111111111 55555555555555555555555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 333333333333333333333 111 222222 22222222 4444444444444444444444 11 2222 2222222 22 1 11 555555555555 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1
lowQualScore : 5 2 7 0 44 777 1 0 1 0 222 1 777 33 0 8 2 2 444 99 6 1 7777 1 4 5555555555 1 1 3333 22 1 22 3 4444 1 1 888888888888 1 333 66666 99999999999999999999999999999999999 33 2 555 2 666666666 3 77 44444444444 44444444444444444444444444444444 55 55 7777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 4 4 222 4 1 0 555555555555555555555 66 5 5 0 000 111111 6 44444444 4444444444444444444444 8 1 11 1111 6666666 1 11 0 7 0 1 0 1 11 3 1 0 0 1 0 1 33 111111111111 33 0 0 0 3 0 0 1 0 2 4 3333333333 3 2 0 6 3 2
lowQualScore : . . . . .. ... . . . . ... . ... .. . . . . ... .. . . .... . . .......... . . .... .. . .. . .... . . ............ . ... ..... ................................... .. . ... . ......... . .. ........... ................................ .. .. .... ......................................................................... ... . . ... . . . ..................... .. . . . ... ...... . ........ ...................... . . .. .... ....... . .. . . . . . . .. . . . . . . . .. ............ .. . . . . . . . . . . .......... . . . . . .
lowQualScore : 5 3 3 7 33 777 0 7 0 7 000 0 555 88 0 8 5 5 000 22 7 7 6666 8 0 6666666666 7 7 7777 44 7 77 5 6666 6 6 999999999999 7 000 00000 88888888888888888888888888888888888 99 9 000 1 333333333 1 99 55555555555 22222222222222222222222222222222 00 00 7777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 0 0 555 9 0 1 000000000000000000000 11 0 0 8 000 000000 7 22222222 5555555555555555555555 0 4 00 2222 0000000 0 77 7 3 7 0 7 0 33 3 0 7 7 0 7 2 88 222222222222 88 0 0 0 2 0 0 0 0 5 0 8888888888 2 0 0 5 2 0
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAACATT-AA-A-TAA-TG-TTT-G-TTTGCT----CT--C-TCCCG-A-T--C-T-AG-TTTTCAA-----------NA-TT---GGGTAG----GT-N--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT---A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGA---C---AG-CAAGC-AA--------CTTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGT-TTTTT-GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
Reference ( family-421 ) : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTACACACTTATACANAAACATNAGAGGCANTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAGCATT-AA-A-TAA-T--TTT-G-TTTGCT----CT--C-TCCTN-A-T--C-T-AG-TTTTCAA-----------NA-TT---GGGTAG----NT-C--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTNAATAT---A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGTAGAGAGA---C---AAACAAGC-AA--------CTTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGNGATATGGTATNGGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTANACGAATATGGATTAAAATTNATGTNTTTTT-GTGTTTTNAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAANAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTNGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCGATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCCGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAAC----AAACCAACATT-AA-A-TAA-A--TTT-G-TTTGCT----GT--C-TCCTT-A-T--C-T-GA-TTTTCAA-----------TA-TT---AAGTGG----TT-C--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-G---TTAAATAT---A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGA---C---AG-CAAGC-AA--------CTTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGT-TTTTT-GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATAAT----------ATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|10 : ---AGGTCAACATT-AA-G-TG------TT-GATCTGCT----CT--C-TCTCA-A-TC-C-T-AG-TTTCCAA-----------CA-TT---ACATAG----ACAT--GTT--A------TT-AA-GTACATA------T--TGT-T---TTCAGTAT---C-----C-AAT-A----T------ATA-----C-------A------A--TATTCACTGACAAT--AAATAC--TAC-----C----A--------TAGTAGCG-A--------------TT----------T----------A---AA-------A---A-A-T---ACAATG
gi|11 : a---TTGTTTTGCGTAAG-TAA-------GGCCAGCATTGAA-A-TAA----TGT-G-TTTGTC----TT--C-TCATG-A-TC-C-T-AG-TTTTTAA-----------AA-TT---TGATAcatgtttattacatacatgtaataattggtaagataaaaa
gi|12 : ttctgataacatgtattca--AAATAT--CATCTTTTC----A--------T----ACA-A--------------TT----------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATCT---GGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGC---AAACAAAC-AA--------CTTT----------Ttgtagtaaaaaaaaataaaattcagtataataaaagatcattaaaaaaaatacatacacttacctgaaatagcctagatga
gi|13 : CATT-AA-AATA-----TCT-G-CTTGCT----CT--C-TCCTG-A-TC-C-T-CA-TTTTCAATCTGAGAAGACAA-GT---AGGTAGATATGT-A--GGT--AGGTAAGTA-AG-G-----A------TTCTTT-T---TCCAATATA--A-----A-AA--A----T------ATt
gi|14 : aAACATT-AA-AATAA-TA-TTT-C-CATGAT----CA--C-TCCCG-A-TT-C-T-TG-TTTTCAT-----------AA-TT---GGGT---------------------------AG-G-----G------T--TTT-T---T---ATAT---A-----A-AA--A----TGTTGTCATCG----TA------A------A--AAT------GCAAT--TAATTT--CATG----C----A--------at
gi|15 : GTCAACATT-AA-ACTGA-T--TTTTA-TTCGCT----CT--C-TCATT-G-TT-C-T-AC-TTTTCGC-----------TA-TT---GGGTAG----AT-T--GAT--A------AGTAG-G-----T------T--TTTAT---TTCAATAC---A-----A-Aca
gi|16 : ATT-AATA-TAA-GG-TTT-G-TTTACT----CT--C-TCCTG-ATT--C-T-TG-TTTTCAA-----------AA-
gi|17 : taagccaactttaataCAGCAGT-AA-AATAA-TGTTTT-G-TTTGCT----CT--C-TCCTG-A-T--C-T-TGATTTTCAA-----------CA-TT---GGGTataaggcaggcagagaaaaaaaacttt
gi|18 : agtgtttgataaattatttatttagag--C-T-AA-TTTTCAA-----------AA-TT---GAGTAG----GT-A--GAT--A-------G-GG-A-----AAACCTTT--TTT-T---TCCAATAT---G-----A-AA--A----A------AT
gi|19 : tcGCAAACATT-AA-AATAA-CA-TTT-A-TTT-CT----CA--T-TCCTGTC-C--C-T-AG-TTTTCAA-----------AA-TT---AGGTAG----gttactgttaaaaaaaa
gi|2 : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACT---AGACCAACATT-AA-A-TAA-T--TTT-G-TTTGCT----GT--C-TCCTT-A-T--C-T-GG-TTTTCAA-----------TA-TT---AAGTGG----TT-C--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT---A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGA---C---AG-CAAGC-AA--------CTTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAAtaagcagagtttttgt
gi|20 : -A-TAA-TG-TTT-A-CTTGCT----CTTTC-TCTCT-A-T--C-CCAG-TTTTCAT-----------AA-CT---TGATAA----TT-A--GGT--A------GGTAGAG-----A------T--TTT-T---TT
gi|21 : TATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
gi|22 : CATT-AA---TA--T--TAT-G-TTTGCT----CT--C-TCCTT-A-C--CTT-TG-TTTTCAA-----------AAGTTTGAGGATAG----TT-A--GG
gi|23 : atCATT-AA-AATAA-T--GTA-T-TTTGCC----AT--A-TTCTG-A-TTCC-T-AG-TTTTCAA-----------AA-TT---Ggaaagac
gi|24 : CATTCAG-A-TAA-TG-TTT-G-TTAACTGAGTCT--G-TCCCA-A-T--CCT-AG-GTTTCAA-----------TA-TT---GGGTTG----GT-aattggtaagcaggt
gi|25 : --TTT-G-TTTGCT----TT--A-TCCTT-A-T--CCT-AG-TTTTCAA-----------AA-TT---GGGTAG----CT-ag
gi|26 : aCATT-AA-AATAA-TG-TCT-G-TTTG------CT--C-TCCTG-A-T--CGT-AA-TTTTCAA-----------TA-TT---TGGCAG----atacggggcagataa
gi|27 : GCCAGCATT-AATA-TAAAT--TTT-G-TTTGCT----CT--C-TTCTG-ATT--C-T-AG-TTTACAtaggc
gi|28 : -A-TAA-TG-CTT-G-TTTGCA----CT--C-TTCCG-A-T--CTT-AG-TCTTTAA-----------AA-CT---TGGTAG----GT-caa
gi|3 : ATTTT---CACT--ATG-CTAAGTCTCATTTT-------------T--TAAATCAATCC---TGGCCAACATT-AA-AATTA-T--TTT-G-TTTGCT----GT--C-TCCTA-A-T--CCT-GG-GTTTCAA-----------TA-TT---GAATGG----TT-C--AGT--A------GG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT---A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----T----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGA---C---AG-CAAGC-AACTTTTTAACTTTGGCCCCATCACAA-----AATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTA--TTT-GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTAC--TTAGA------------TATATAT--TACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTAat
gi|4 : TGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AAC-GTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGC
gi|5 : gTTTTT--TATG-TAAATTGTAAGGCCAGCATT-AA----AA-TG-TTT-G-TTTGCC----GT--CTTCCAA-A-C--C-T-TG-CTTTCAA-----------TA-TT---AGGTAG----GT-A--AGTGGA------AA-AA-T-----A------T--TTT-T---TCCAATATC--A-----ATAA--A----T------ATTA----TCATTCAAA------A--AAT------ACAAT--AAATATCACATA----CATGTA--------T----GCA-G--------------TTGTCAAG----A----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT----GG-------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACG---C---AATAAAAT-AC--------ATTT----------TA-----------A-TTTT--GG
gi|6 : aaaattgttttctgagcatgacagatTGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATGACA-AGT---GTCTGGTTAAATTGATAGT--TAAA-GGTATG---GGGTCATCATT-AA-AATGA-TA-TTT-G-TTTGCT----CT--C-TCTCA-A-TT-C-T-GA-TTTTCAA-----------GC-TT---GGGTAG----CT-CTAGGT--A------TG-T---------------T--TTT-T---TTCAATATC--A-----A-AA--AGTATT------ATCATATAC-------A------A--AAT------ACAATTTAAACAT--CACA----C----A--------C-----------------------------------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAACA--------------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTc
gi|7 : cTT-AT-A-TAA-TA-TTT-G-TTTGCT----CT--C-TTCTG-A-T--CCT-AG-TTTTCAA-----------AA-TT---GGGTAG----GT-A--GGC--AAG----TA-AGAG-----A------T--TTT-TTTCTTCACTAT---ATCAAGA-AATGA----T------ATG-----T-------AACAAAGA--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----AAATACCACT----GCATA--------------TT----------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGA---g
gi|8 : t--C-T-AG-TTTTCAA-----------AA-CT---GGGTAG----GT-G--GGT--AG-----TT-AG-G-----A------T--TTT-T---TTG--T-T---A-----A-CA--A----A------ATC-----C-------A------ATAAAT------ATCAT--ACATGT-----A----C----A--------T----GCA-A--------------TTGTCTGGATGTA----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC----TG-A-T--GAT---A---T--TT---TAGG------TTTTTGATAATTAGGTAGTGAGA---CATTAAACAAGCAAA--------ATTT----------TAATTTTGAC--CT-TGTT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATg
gi|9 : tcAACC---AGCTCAACATT-AA---TA-----TGT-G-TTTGCT----CT--C-TTCCG-A-T--CCT-AG-TTTGCAA-----------CC-CT---GGGTAG----GT-------------------AG-G-----G------A--TTT-T---TAAAATGTGTAA-----A-AA--A----T------ATC-----T-------AGCA---A--AAC------ACAAT--AAATGT--CATA----CACAAA--------T----ACATGTATGTTTAACATATTT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT----TG-A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGcttctagaaatcaaaactata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 111 11 1 111 1111 1 1111 3333333333333333333333333333 22222222222 11111111111 55555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 333333333333333333333 2222 2222222222 4444444444444444444444 11 2222 2222222 222 11 555555555555 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1
lowQualScore : 5 2 7 3 333 777 33 0 8 2 2 444 99 6 1 6666 7777777 4 3 4 2 1 1 4444444 1 0 1 5 4444 1 1 888888888888 1 55555555 3333 3333 6666 1111111111111111111111111111 33 2 444 2 00000000000 2 77 44444444444 33333333333333333333333333333333 44 44 7777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 4 4 222 4 1 0 555555555555555555555 66 5 5 0 8888 6 5555555555 4444444444444444444444 8 1 11 1111 6666666 0 7 0 0 555 1 33 111111111111 33 0 0 0 3 0 0 1 0 1 1 3333333333 3 0 1 3
lowQualScore : . . . . ... ... .. . . . . ... .. . . .... ....... . . . . . . ....... . . . . .... . . ............ . ........ .... .... .... ............................ .. . ... . ........... . .. ........... ................................ .. .. .... ......................................................................... ... . . ... . . . ..................... .. . . . .... . .......... ...................... . . .. .... ....... . . . . ... . .. ............ .. . . . . . . . . . . .......... . . . .
lowQualScore : 5 0 3 3 333 555 88 0 8 5 5 000 22 7 7 6666 2222222 2 8 5 6 7 7 0000000 7 4 7 2 6666 6 6 999999999999 7 33333333 5555 7777 1111 0000000000000000000000000000 44 5 444 5 66666666666 9 33 55555555555 88888888888888888888888888888888 66 66 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 0 0 555 9 0 1 000000000000000000000 11 0 0 8 3333 7 0000000000 5555555555555555555555 0 4 00 2222 0000000 7 3 7 7 777 2 88 222222222222 88 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 8888888888 2 0 0 2
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AA-----------NA-TT---G----GG----TAG----GT-A--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
Reference ( family-421 ) : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AA-----------NA-TT---G----GG----TAG----GT-N--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAAC----AAACCAAC-------ATT-AA-A-TAA-ATT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGA-TTTTC-AA-----------TA-TT---A----AG----TGG----TT-C--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-G---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATAAT----------ATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|10 : ---AGGTCAAC-------ATT-AA-G-T---GTT-G-ATCTGCT----C--TCTC-TCA-A-TC-C-TAG-TTTCC-AA-----------CA-TT---A----CA----TAG----ACAT--GTT--A------TT-AA-GTACATA------T--TGT-T---TTCAGTAT-----C-----C-AAT-A----T------ATA-----C-------A------A--TATTCACTGACAAT--AAATAC--TAC-----C----A--------TAGTAGCG-A--------------TT----------T----------A---AA-------A---A-A-T---ACAATG
gi|11 : a---TTGTTTTGCGTAAG-TAA-------GGCCAGC-------ATTGAA-A-TAATGT----GTTTGTC----T--TCTC-ATG-A-T--CCTAG-TTTTT-AA-----------AA-TT---T----GA----TAT----GT-A---GTAAA------AA-AA-A-----A------T--AAA-A---TTCAGTAT-----AAT---A-AA--A----G------ATCAT---T-------A------A--AA--------------AAA------ATA----C----A--------T----ACA-C--------------TT----------A----------catgtttattacatacatgtaataattggtaagataaaaa
gi|12 : ttctgataacatgtattca--AAATAT--CATCTTTTC----A--------T----ACA-A--------------TT----------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATCT---GGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGCAAACAAAC-AA--------C-TTT----------Tcctgaaatagcctagatga
gi|13 : AC-------ATT-AA-A---ATATC-T-GCTTGCT----C--TCTC-CTG-A-TC-C-TCA-TTTTC-AATCTGAGAAGACAA-GT---A----GG----TAGATATGT-A--GGT--AGGTAAGTA-AG-G-----A------TTCTTT-T---TCCAATATA----A-----A-AA--A----T------ATt
gi|14 : AAC-------ATT-AA-AATAATATT-T-CCATGAT----C--ACTC-CCG-A-TT-C-TTG-TTTTC-AT-----------AA-TT---G----GG----T---------------------------AG-G-----G------T--TTT-T---T---ATAT-----A-----A-AA--A----TGTTGTCATCG----TA------A------A--AAT------GCAAT--TAATTT--CATG----C----A--------at
gi|15 : GTCAAC-------ATT-AA-ACTGATTTT-T-ATTCGCT----C--TCTCATTG-T-T--C-TAC-TTTTC-GC-----------TA-TT---G----GG----TAG----AT-T--GAT--A------AGTAG-G-----T------T--TTTAT---TTCAATAC-----A-----A-Aca
gi|16 : ---AAGCCAACTTTAATAATT-AATA-TAAGGTT-T-GTTTACT----C--TCTC-CTG-ATT--C-TTG-TTTTCAAA-----------AA-TA---A----GG----CAG----GC-A--G
gi|17 : tCAGC-------AGT-AA-AATAATGTT-TTGTTTGCT----C--TCTC-CTG-A-T--C-TTGATTTTC-AA-----------CA-TT---G----GG----Tagaaaaaaaacttt
gi|18 : agtgtttgataaattatttatttagag--C-TAA-TTTTC-AA-----------AA-TT---G----AG----TAG----GT-A--GAT--A-------G-GG-A-----AAACCTTT--TTT-T---TCCAATAT-----G-----A-AA--A----A------AT
gi|19 : tcGCAAAC-------ATT-AA-AATAACATT-T-ATTT-CT----C--ATTC-CTGTC-C--C-TAG-TTTTC-AA-----------AA-TT---A----GG----TA-----GT-A--AGC--A-------G-AG--------------T--TTT-T---gttactgttaaaaaaaa
gi|2 : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACT---AGACCAAC-------ATT-AA-A-TAAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGG-TTTTC-AA-----------TA-TT---A----AG----TGG----TT-C--GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAAgt
gi|20 : -A-TAATGTT-T-ACTTGCT----CTTTCTC-TCT-A-TC-C-CAG-TTTTC-AT-----------AA-CT---T----GATAATTAG----GT-A--GGT--A-------G-A--G-----A------T--TTT-T---TT
gi|21 : TATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
gi|22 : -TAATATTAT-GTTTGCT----C--TCTC-CTT-A-C--CTTTG-TTTTC-AA-----------AAGTTTGAG----GA----TAG----TT-A--GG
gi|23 : atcatC-------ATT-AA-AATAATGTA-T--TTTGCC----A--TATT-CTG-A-TTCC-TAG-TTTTC-AA-----------AA-TT---GAATTGG----TAA----GC-A--GGT--gaaagac
gi|24 : C-------ATTCAG-A-TAATGTT-T-GTTAACTGAGTC--TGTC-CCA-A-T--CCTAG-GTTTC-AA-----------TA-TT---G----GG----TTG----GT-A--G
gi|25 : TT-T-GTTTGCT----T--TATC-CTT-A-T--CCTAG-TTTTC-AA-----------AA-TT---G----GG----TAG----
gi|26 : aC-------ATT-AA-AATAATGTC-T-GTTTGC--------TCTC-CTG-A-T--CGTAA-TTTTC-AA-----------TA-TT---T----GG----CA-----GT-A--GGctatacggggcagataa
gi|27 : GCCAGC-------ATT-AATA-TAAATTT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-ATT--C-TAG-TTTAC-Ac
gi|28 : -A-TAATGCT-T-GTTTGCA----C--TCTT-CCG-A-T--CTTAG-TCTTT-AA-----------AA-CT---T----GG----TAG----GT-caa
gi|3 : ATTTT---CACT--ATG-CTAAGTCTCATTTT-------------T--TAAATCAATCC---TGGCCAAC-------ATT-AA-AATTAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTA-A-T--CCTGG-GTTTC-AA-----------TA-TT---G----AA----TGG----TT-C--AGT--A------GG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----T----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AACTTTTTAAC-TTTGGCCCCATCACAA-----AATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTATTT---GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTAC--TTAGA------------TATATAT--TACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTAat
gi|4 : TGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AAC-GTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGC
gi|5 : gTTTTT--TATG-TAAATTGTAAGGCCAGC-------ATT-AA-A---ATGTT-T-GTTTGCC----G--TCTT-CCA-AAC--C-TTG-CTTTC-AA-----------TA-TT---A----GG----TAG----GT-A--AGTGGA------AA-AA-T-----A------T--TTT-T---TCCAATATC----A-----ATAA--A----T------ATTA----TCATTCAAA------A--AAT------ACAAT--AAATATCACATA----CATGTA--------T----GCA-G--------------TTGTCAAG----A----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT----GG-------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACGC----AATAAAA-TA--------CATTT----------TA-----------A-TTTT--GG
gi|6 : aaaattgttttctgagcatgacagatTGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATGACA-AGT---GTCTGGTTAAATTGATAGT--TAAA-GGTATG---GGGTCATC-------ATT-AA-AATGATATT-T-GTTTGCT----C--TCTC-TCA-A-TT-C-TGA-TTTTC-AA-----------GC-TT---G----GG----TAG----CT-CTAGGT--A------TG-T---------------T--TTT-T---TTCAATATC----A-----A-AA--AGTATT------ATCATATAC-------A------A--AAT------ACAATTTAAACAT--CACA----C----A--------C-----------------------------------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAACA--------------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTc
gi|7 : cTT-AT-A-TAATATT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-A-TC-C-TAG-TTTTC-AA-----------AA-TT---G----GG----TAG----GT-A--GGC--AAG----TA-AGAG-----A------T--TTT-TTTCTTCACTAT-----ATCAAGA-AATGA----T------ATG-----T-------AACAAAGA--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----AAATACCACT----GCATA--------------TT----------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGAg
gi|8 : t--C-TAG-TTTTC-AA-----------AA-CT---G----GG----TAG----GT-G--GGT--AG-----TT-AG-G-----A------T--TTT-T---TT--GT-T-----A-----A-CA--A----A------ATC-----C-------A------ATAAAT------ATCAT--ACATGT-----A----C----A--------T----GCA-A--------------TTGTCTGGATGTA----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC----TG-A-T--GAT---A---T--TT---TAGG------TTTTTGATAATTAGGTAGTGAGACATTAAACAAGCAAA--------A-TTT----------TAATTTTGAC--CT-TGTT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATg
gi|9 : tcAACC---AGCTCAAC-------ATT-AA------TATG-T-GTTTGCT----C--TCTT-CCG-A-TC-C-TAG-TTTGC-AA-----------CC-CT---G----GG----TAG----GT-A--G---------------G-G-----A------T--TTT-T------AAAATGTGTAA-----A-AA--A----T------ATC-----TAGC----A------A--AAC------ACAAT--AAATGT--CATA----CACAAA--------T----ACATGTATGTTTAACATATTT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT----TG-A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGcttctagaaatcaaaactata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 111 11 1 111 1111 1 1111 2222222222222222222222222 22222222222 11111111111 55555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 333333333333333333333 2222 2222222222 4444444444444444444444 11 2222 2222222 222 11 555555555555 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1
lowQualScore : 5 2 7 3 333 777 33 0 8 2 2 444 99 6 1 6666 7777777 4 3 4 2 1 1 4444444 1 0 1 5 4444 1 1 1 1 77777777777 55555555 3333 3333 22 1 66 7777777777777777777777777 33 2 444 2 00000000000 2 77 44444444444 33333333333333333333333333333333 44 44 7777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 4 4 222 4 1 0 555555555555555555555 66 5 5 0 8888 6 5555555555 4444444444444444444444 8 1 11 1111 6666666 0 7 0 0 555 1 33 111111111111 33 0 0 0 3 0 0 1 0 1 1 3333333333 3 0 1 3
lowQualScore : . . . . ... ... .. . . . . ... .. . . .... ....... . . . . . . ....... . . . . .... . . . . ........... ........ .... .... .. . .. ......................... .. . ... . ........... . .. ........... ................................ .. .. .... ......................................................................... ... . . ... . . . ..................... .. . . . .... . .......... ...................... . . .. .... ....... . . . . ... . .. ............ .. . . . . . . . . . . .......... . . . .
lowQualScore : 5 0 3 3 333 555 88 0 8 5 5 000 22 7 7 6666 2222222 2 8 5 6 7 7 0000000 7 4 7 2 6666 6 6 0 7 99999999999 33333333 5555 7777 44 7 11 9999999999999999999999999 44 5 444 5 66666666666 9 33 55555555555 88888888888888888888888888888888 66 66 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 0 0 555 9 0 1 000000000000000000000 11 0 0 8 3333 7 0000000000 5555555555555555555555 0 4 00 2222 0000000 7 3 7 7 777 2 88 222222222222 88 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 8888888888 2 0 0 2
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
Reference ( family-421 ) : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAAC----AAACCAAC-------ATT-AA-A-TAA-ATT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGA-TTTTC-AATA-T-----------T---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-G---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATAAT----------ATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|10 : ---AGGTCAAC-------ATT-AA-G-T---GTT-G-ATCTGCT----C--TCTC-TCA-A-TC-C-TAG-TTTCC-AACA-T-----------T---A----CA----TAG----AC--ATGTT--A------TT-AA-GTACATA------T--TGT-T---TTCAGTAT-----C-----C-AAT-A----T------ATA-----C-------A------A--TATTCACTGACAAT--AAATAC--TAC-----C----A--------TAGTAGCG-A--------------TT----------T----------A---AA-------A---A-A-T---ACAATG
gi|11 : a---TTGTTTTGCGTAAG-TAA-------GGCCAGC-------ATTGAA-A-TAATGT----GTTTGTC----T--TCTC-ATG-A-T--CCTAG-TTTTT-AAAA-T-----------T---T----GA----TAT----GT--A--GTAAA------AA-AA-A-----A------T--AAA-A---TTCAGTAT-----AAT---A-AA--A----G------ATCAT---T-------A------A--AA--------------AAA------ATA----C----A--------T----ACA-C--------------TT----------A----------catgtttattacatacatgtaataattggtaagataaaaa
gi|12 : ttctgataacatgtattca--AAATAT--CATCTTTTC----A--------T----ACA-A--------------TT----------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATCT---GGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGCAAACAAAC-AA--------C-TTT----------Tcctgaaatagcctagatga
gi|13 : AC-------ATT-AA-A---ATATC-T-GCTTGCT----C--TCTC-CTG-A-T--CCTCA-TTTTC-AATC-TGAGAAGACAAGT---A----GG----TAGATATGT--A-GGT--AGGTAAGTA-AG-G-----A------TTCTTT-T---TCCAATATA----A-----A-AA--A----T------ATt
gi|14 : AAC-------ATT-AA-AATAATATT-T-CCATGAT----C--ACTC-CCG-A-TT-C-TTG-TTTTC-ATAA-T-----------T---G----GG----T---------------------------AG-G-----G------T--TTT-T---T---ATAT-----A-----A-AA--A----TGTTGTCATCG----TA------A------A--AAT------GCAAT--TAATTT--CATG----C----A--------at
gi|15 : GTCAAC-------ATT-AA-ACTGATTTT-T-ATTCGCT----C--TCTCATTG-T-T--C-TAC-TTTTC-GCTA-T-----------T---G----GG----TAG----AT--T-GAT--A------AGTAG-G-----T------T--TTTAT---TTCAATAC-----A-----A-Aca
gi|16 : ---AAGCCAACTTTAATAATT-AATA-TAAGGTT-T-GTTTACT----C--TCTC-CTG-ATT--C-TTG-TTTTCAAAAA-T-----------A---A----GG----CAG----GC--A-G
gi|17 : tCAGC-------AGT-AA-AATAATGTT-TTGTTTGCT----C--TCTC-CTG-A-T--C-TTGATTTTC-AACA-T-----------T---G----GG----Tagaaaaaaaacttt
gi|18 : agtgtttgataaattatttatttagag--C-TAA-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----AG----TAG----GT--A-GAT--A-------G-GG-A-----AAACCTTT--TTT-T---TCCAATAT-----G-----A-AA--A----A------AT
gi|19 : tcGCAAAC-------ATT-AA-AATAACATT-T-ATTT-CT----C--ATTC-CTGTC-C--C-TAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---A----GG----TA-----GT--A-AGC--A-------G-AG--------------T--TTT-T---gttactgttaaaaaaaa
gi|2 : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACT---AGACCAAC-------ATT-AA-A-TAAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGG-TTTTC-AATA-T-----------T---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAAgt
gi|20 : -A-TAATGTT-T-ACTTGCT----CTTTCTC-TCT-A-TC-C-CAG-TTTTC-ATAA-C-----------T---T----GATAATTAG----GT--A-GGT--A-------G-A--G-----A------T--TTT-T---TT
gi|21 : TATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
gi|22 : -TAATATTAT-GTTTGCT----C--TCTC-CTT-A-C--CTTTG-TTTTC-AAAAGT-----------TTGAG----GA----TAG----TT--A-GG
gi|23 : atcatC-------ATT-AA-AATAATGTA-T--TTTGCC----A--TATT-CTG-A-TTCC-TAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---GAATTGG----TAA----GC--A-GGT--gaaagac
gi|24 : C-------ATTCAG-A-TAATGTT-T-GTTAACTGAGTC--TGTC-CCA-A-T--CCTAG-GTTTC-AATA-T-----------T---G----GG----TTG----GT--A-G
gi|25 : TT-T-GTTTGCT----T--TATC-CTT-A-T--CCTAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----GG----TAG----CT--A---T--A------CG-GG-G-----
gi|26 : aC-------ATT-AA-AATAATGTC-T-GTTTGC--------TCTC-CTG-A-T--CGTAA-TTTTC-AATA-T-----------T---T----GG----CA-----GT--A-GGcagataa
gi|27 : GCCAGC-------ATT-AATA-TAAATTT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-ATT--C-TAG-TTTAC-Ac
gi|28 : -A-TAATGCT-T-GTTTGCA----C--TCTT-CCG-A-T--CTTAG-TCTTT-AAAA-C-----------T---T----GG----TAG----GT--A-caa
gi|3 : ATTTT---CACT--ATG-CTAAGTCTCATTTT-------------T--TAAATCAATCC---TGGCCAAC-------ATT-AA-AATTAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTA-A-T--CCTGG-GTTTC-AATA-T-----------T---G----AA----TGG----TT--C-AGT--A------GG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----T----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AACTTTTTAAC-TTTGGCCCCATCACAA-----AATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTATTT---GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTAC--TTAGA------------TATATAT--TACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTAt
gi|4 : TGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AAC-GTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGC
gi|5 : gTTTTT--TATG-TAAATTGTAAGGCCAGC-------ATT-AA-A---ATGTT-T-GTTTGCC----G--TCTT-CCA-AAC--C-TTG-CTTTC-AATA-T-----------T---A----GG----TAG----GT--A-AGTGGA------AA-AA-T-----A------T--TTT-T---TCCAATATC----A-----ATAA--A----T------ATTA----TCATTCAAA------A--AAT------ACAAT--AAATATCACATA----CATGTA--------T----GCA-G--------------TTGTCAAG----A----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT----GG-------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACGC----AATAAAA-TA--------CATTT----------TA-----------A-TTTT--GG
gi|6 : aaaattgttttctgagcatgacagatTGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATGACA-AGT---GTCTGGTTAAATTGATAGT--TAAA-GGTATG---GGGTCATC-------ATT-AA-AATGATATT-T-GTTTGCT----C--TCTC-TCA-A-TT-C-TGA-TTTTC-AAGC-T-----------T---G----GG----TAG----CTCTA-GGT--A------TG-T---------------T--TTT-T---TTCAATATC----A-----A-AA--AGTATT------ATCATATAC-------A------A--AAT------ACAATTTAAACAT--CACA----C----A--------C-----------------------------------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAACA--------------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTc
gi|7 : cTT-AT-A-TAATATT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-A-T--CCTAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGC--AAG----TA-AGAG-----A------T--TTT-TTTCTTCACTAT-----ATCAAGA-AATGA----T------ATG-----T-------AACAAAGA--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----AAATACCACT----GCATA--------------TT----------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGAg
gi|8 : t--C-TAG-TTTTC-AAAA-C-----------T---G----GG----TAG----GT--G-GGT--AG-----TT-AG-G-----A------T--TTT-T---TT--GT-T-----A-----A-CA--A----A------ATC-----C-------A------ATAAAT------ATCAT--ACATGT-----A----C----A--------T----GCA-A--------------TTGTCTGGATGTA----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC----TG-A-T--GAT---A---T--TT---TAGG------TTTTTGATAATTAGGTAGTGAGACATTAAACAAGCAAA--------A-TTT----------TAATTTTGAC--CT-TGTT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATg
gi|9 : tcAACC---AGCTCAAC-------ATT-AA------TATG-T-GTTTGCT----C--TCTT-CCG-A-TC-C-TAG-TTTGC-AACC-C-----------T---G----GG----TAG----GT--A-G---------------G-G-----A------T--TTT-T------AAAATGTGTAA-----A-AA--A----T------ATC-----TAGC----A------A--AAC------ACAAT--AAATGT--CATA----CACAAA--------T----ACATGTATGTTTAACATATTT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT----TG-A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGcttctagaaatcaaaactata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 111 11 1 111 1111 1 1111 2222222222222222222222222 22222222222 11111111111 55555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 333333333333333333333 2222 2222222222 4444444444444444444444 11 2222 2222222 222 11 555555555555 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1
lowQualScore : 5 2 7 3 333 777 33 0 8 2 2 444 99 6 1 6666 7777777 4 3 4 2 1 1 4444444 1 0 1 5 4444 1 1 1 1 77777777777 55555555 3333 3333 22 1 66 7777777777777777777777777 33 2 444 2 00000000000 2 77 44444444444 33333333333333333333333333333333 44 44 7777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 4 4 222 4 1 0 555555555555555555555 66 5 5 0 8888 6 5555555555 4444444444444444444444 8 1 11 1111 6666666 0 7 0 0 555 1 33 111111111111 33 0 0 0 3 0 0 1 0 1 1 3333333333 3 0 1 3
lowQualScore : . . . . ... ... .. . . . . ... .. . . .... ....... . . . . . . ....... . . . . .... . . . . ........... ........ .... .... .. . .. ......................... .. . ... . ........... . .. ........... ................................ .. .. .... ......................................................................... ... . . ... . . . ..................... .. . . . .... . .......... ...................... . . .. .... ....... . . . . ... . .. ............ .. . . . . . . . . . . .......... . . . .
lowQualScore : 5 0 3 3 333 555 88 0 8 5 5 000 22 7 7 6666 2222222 2 8 5 6 7 7 0000000 7 4 7 2 6666 6 6 0 7 99999999999 33333333 5555 7777 44 7 11 9999999999999999999999999 44 5 444 5 66666666666 9 33 55555555555 88888888888888888888888888888888 66 66 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 0 0 555 9 0 1 000000000000000000000 11 0 0 8 3333 7 0000000000 5555555555555555555555 0 4 00 2222 0000000 7 3 7 7 777 2 88 222222222222 88 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 8888888888 2 0 0 2
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
Reference ( family-421 ) : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAAC----AAACCAAC-------ATT-AA-A-TAA-ATT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGA-TTTTC-AATA-T-----------T---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-G---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATAAT----------ATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|10 : ---AGGTCAAC-------ATT-AA-G-T---GTT-G-ATCTGCT----C--TCTC-TCA-A-TC-C-TAG-TTTCC-AACA-T-----------T---A----CA----TAG----AC--ATGTT--A------TT-AA-GTACATA------T--TGT-T---TTCAGTAT-----C-----C-AAT-A----T------ATA-----C-------A------A--TATTCACTGACAAT--AAATAC--TAC-----C----A--------TAGTAGCG-A--------------TT----------T----------A---AA-------A---A-A-T---ACAATG
gi|11 : a---TTGTTTTGCGTAAG-TAA-------GGCCAGC-------ATTGAA-A-TAATGT----GTTTGTC----T--TCTC-ATG-A-T--CCTAG-TTTTT-AAAA-T-----------T---T----GA----TAT----GT--A--GTAAA------AA-AA-A-----A------T--AAA-A---TTCAGTAT-----AAT---A-AA--A----G------ATCAT---T-------A------A--AA--------------AAA------ATA----C----A--------T----ACA-C--------------TT----------A----------catgtttattacatacatgtaataattggtaagataaaaa
gi|12 : ttctgataacatgtattca--AAATAT--CATCTTTTC----A--------T----ACA-A--------------TT----------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATCT---GGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGCAAACAAAC-AA--------C-TTT----------Tcctgaaatagcctagatga
gi|13 : AC-------ATT-AA-A---ATATC-T-GCTTGCT----C--TCTC-CTG-A-T--CCTCA-TTTTC-AATC-TGAGAAGACAAGT---A----GG----TAGATATGT--A-GGT--AGGTAAGTA-AG-G-----A------TTCTTT-T---TCCAATATA----A-----A-AA--A----T------ATt
gi|14 : AAC-------ATT-AA-AATAATATT-T-CCATGAT----C--ACTC-CCG-A-TT-C-TTG-TTTTC-ATAA-T-----------T---G----GG----T---------------------------AG-G-----G------T--TTT-T---T---ATAT-----A-----A-AA--A----TGTTGTCATCG----TA------A------A--AAT------GCAAT--TAATTT--CATG----C----A--------at
gi|15 : GTCAAC-------ATT-AA-ACTGATTTT-T-ATTCGCT----C--TCTCATTG-T-T--C-TAC-TTTTC-GCTA-T-----------T---G----GG----TAG----AT--T-GAT--A------AGTAG-G-----T------T--TTTAT---TTCAATAC-----A-----A-Aca
gi|16 : ---AAGCCAACTTTAATAATT-AATA-TAAGGTT-T-GTTTACT----C--TCTC-CTG-ATT--C-TTG-TTTTCAAAAA-T-----------A---A----GG----CAG----GC--A-G
gi|17 : tCAGC-------AGT-AA-AATAATGTT-TTGTTTGCT----C--TCTC-CTG-A-T--C-TTGATTTTC-AACA-T-----------T---G----GG----Tagaaaaaaaacttt
gi|18 : agtgtttgataaattatttatttagag--C-TAA-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----AG----TAG----GT--A-GAT--A-------G-GG-A-----AAACCTTT--TTT-T---TCCAATAT-----G-----A-AA--A----A------AT
gi|19 : tcGCAAAC-------ATT-AA-AATAACATT-T-ATTT-CT----C--ATTC-CTGTC-C--C-TAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---A----GG----TA-----GT--A-AGC--A-------G-AG--------------T--TTT-T---gttactgttaaaaaaaa
gi|2 : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACT---AGACCAAC-------ATT-AA-A-TAAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTT-A-T--C-TGG-TTTTC-AATA-T-----------T---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAAgt
gi|20 : -A-TAATGTT-T-ACTTGCT----CTTTCTC-TCT-A-TC-C-CAG-TTTTC-ATAA-C-----------T---T----GATAATTAG----GT--A-GGT--A-------G-A--G-----A------T--TTT-T---TT
gi|21 : TATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
gi|22 : -TAATATTAT-GTTTGCT----C--TCTC-CTT-A-C--CTTTG-TTTTC-AAAAGT-----------TTGAG----GA----TAG----TT--A-GG
gi|23 : atcatC-------ATT-AA-AATAATGTA-T--TTTGCC----A--TATT-CTG-A-TTCC-TAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---GAATTGG----TAA----GC--A-GGT--gaaagac
gi|24 : C-------ATTCAG-A-TAATGTT-T-GTTAACTGAGTC--TGTC-CCA-A-T--CCTAG-GTTTC-AATA-T-----------T---G----GG----TTG----GT--A-G
gi|25 : TT-T-GTTTGCT----T--TATC-CTT-A-T--CCTAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----GG----TAG----CT--A---T--A------CG-GG-G-----
gi|26 : aC-------ATT-AA-AATAATGTC-T-GTTTGC--------TCTC-CTG-A-T--CGTAA-TTTTC-AATA-T-----------T---T----GG----CA-----GT--A-GGcagataa
gi|27 : GCCAGC-------ATT-AATA-TAAATTT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-ATT--C-TAG-TTTAC-Ac
gi|28 : -A-TAATGCT-T-GTTTGCA----C--TCTT-CCG-A-T--CTTAG-TCTTT-AAAA-C-----------T---T----GG----TAG----GT--A-caa
gi|3 : ATTTT---CACT--ATG-CTAAGTCTCATTTT-------------T--TAAATCAATCC---TGGCCAAC-------ATT-AA-AATTAT-TT-T-GTTTGCT----G--TCTC-CTA-A-T--CCTGG-GTTTC-AATA-T-----------T---G----AA----TGG----TT--C-AGT--A------GG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC-----T-------A-----------T------ACAAT--AAGTGT--CATA----T----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AACTTTTTAAC-TTTGGCCCCATCACAA-----AATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTATTT---GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTAC--TTAGA------------TATATAT--TACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTAt
gi|4 : TGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AAC-GTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGC
gi|5 : gTTTTT--TATG-TAAATTGTAAGGCCAGC-------ATT-AA-A---ATGTT-T-GTTTGCC----G--TCTT-CCA-AAC--C-TTG-CTTTC-AATA-T-----------T---A----GG----TAG----GT--A-AGTGGA------AA-AA-T-----A------T--TTT-T---TCCAATATC----A-----ATAA--A----T------ATTA----TCATTCAAA------A--AAT------ACAAT--AAATATCACATA----CATGTA--------T----GCA-G--------------TTGTCAAG----A----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT----GG-------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACGC----AATAAAA-TA--------CATTT----------TA-----------A-TTTT--GG
gi|6 : aaaattgttttctgagcatgacagatTGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATGACA-AGT---GTCTGGTTAAATTGATAGT--TAAA-GGTATG---GGGTCATC-------ATT-AA-AATGATATT-T-GTTTGCT----C--TCTC-TCA-A-TT-C-TGA-TTTTC-AAGC-T-----------T---G----GG----TAG----CTCTA-GGT--A------TG-T---------------T--TTT-T---TTCAATATC----A-----A-AA--AGTATT------ATCATATAC-------A------A--AAT------ACAATTTAAACAT--CACA----C----A--------C-----------------------------------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAACA--------------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTc
gi|7 : cTT-AT-A-TAATATT-T-GTTTGCT----C--TCTT-CTG-A-T--CCTAG-TTTTC-AAAA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGC--AAG----TA-AGAG-----A------T--TTT-TTTCTTCACTAT-----ATCAAGA-AATGA----T------ATG-----T-------AACAAAGA--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----AAATACCACT----GCATA--------------TT----------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGAg
gi|8 : t--C-TAG-TTTTC-AAAA-C-----------T---G----GG----TAG----GT--G-GGT--AG-----TT-AG-G-----A------T--TTT-T---TT--GT-T-----A-----A-CA--A----A------ATC-----C-------A------ATAAAT------ATCAT--ACATGT-----A----C----A--------T----GCA-A--------------TTGTCTGGATGTA----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC----TG-A-T--GAT---A---T--TT---TAGG------TTTTTGATAATTAGGTAGTGAGACATTAAACAAGCAAA--------A-TTT----------TAATTTTGAC--CT-TGTT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATg
gi|9 : tcAACC---AGCTCAAC-------ATT-AA------TATG-T-GTTTGCT----C--TCTT-CCG-A-TC-C-TAG-TTTGC-AACC-C-----------T---G----GG----TAG----GT--A-G---------------G-G-----A------T--TTT-T------AAAATGTGTAA-----A-AA--A----T------ATC-----TAGC----A------A--AAC------ACAAT--AAATGT--CATA----CACAAA--------T----ACATGTATGTTTAACATATTT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT----TG-A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGcttctagaaatcaaaactata
blockSeqs : . G A A ATA AAG TA A C C G AAA CG T A TGTA TTTAATA G T A G A T GAGTC A T T TCC A A C G GAGAAGACAAG GAATT TAAT ATAT CT T AA GGTAAGTAAGGA TC A TTC C ATCAAG T TG TGTTGTC ATCATTCAAAAAAT TT CA TTTT AAATACCACTGCATATTATTGCTTTAATAAATTTG TAA T . AAA C A TGAAGAAAAATAAAAGA TA C G TGCA A CTTTTTAAC GGCCCCATCACAAAATT G C AA CCCA AAAT T TTT T . . AT A G . A . A A T T A ATATATATAT T T C T
blockSeqs : . . . . . . . A C G . . . T T . C T C G . . CTT . . T CC . . A . . TGAG . . . . GG TTAAGTACATA . . . C GTGTAA . T GTATT CAATATTCACTG . . . ACAAATACATGTATGTTTAACATATTTAAAA . . . AA T T TGGCAAAACAT . . . ATTA . CA TAATTTTGAC . T . . TACC . . G . . . . . . A . . T . G T . T . G T
blockSeqs : . . . . . . . . . A C . . . A A . . C . . A CC . . T . . A . . . . . GGGAAAACCTT . . . C AAT . . T TAACAAAGAAAT . . . ATGCAATTGTCTGGATGTAATGCAA . . . . T C AGAGAAAAAGG . . . . . C TAAAG . T . . T A . . . . . . A . . G . G T . T . C .
blockSeqs : . . . A G . . . A A . . T . . . CC . . A . . T . . . . . AGTAAGAGA . . . C AA . . G ATATACAAAAT . . . ATGTATGCAGTTGTCAAGAAAA . . . . T C AGAAAATAGG . . . . . C TA . G .
blockSeqs : . . A C . . . A T . . C . . . TC . . T . . A . . . . . AGTAGGT . . . C CA . . T TAGCAAAAC . . . ATGCAGTTAAAATAAAAAA . . . . A A TGAAATAATA . . . . . A
blockSeqs : . . . . . A G . . C . . . CC . . A . . G . . . . . GTTAGGA . . . A CA . . A GTAAAAAT . . . ATAGTAGCGATTTAAA . . . . T T TGATGATA . . .
blockSeqs : . . . A G . . C . . . CT . . C . . G . . . . . AAAAAA . . . A C . . C CAATAAAT . . . ATACAATTGAAA . . . . T A GGATTTG . . .
blockSeqs : . . . A A . . C . . . CC . . A . . A . . . . . TGAGGA . . . C A . . C ATTAAAA . . . ATGCAGTTAAAA . . . . . T AG .
blockSeqs : . . . . G . . C . . . CC . . A . . G . . . . . GGAGGA . . . C A . . T TAT . . . ACAAAC . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . . C . . . CG . . T . . G . . . . . AAAATA . . . C G . . T TAT . . .
blockSeqs : . . . . G . . G . . . CT . . A . . A . . . . . AGGG . . . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . G . . C . . . CC . . A . . A . . . . . GAGA . . . . A . . T
blockSeqs : . . . . G . . A . . . TC . . A . . T . . . . . GAG . . . . A .
blockSeqs : . . . . T . . T . . . CC . . T . . G . . . . . TGT . . .
blockSeqs : . . . . G . . C . . . CC . . A . . G . . . . . GGA . . .
blockSeqs : . . . . G . . C . . . C . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . G . . . C . . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . G . . . C . . T . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . C . . . C . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . C . . G . . G . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . C . . A . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . A . . G . . . .
blockSeqs : C . . C . . G .
blockSeqs : C . .
blockSeqCons : C*** CC** TAANAAAT************************ TAAA******************
originalCons : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-T--C-TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC-----T-------A------A--AAT------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTT----------TAA-----AG--CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
finalCons : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----C--TCTC-CCG-A-TCC--TAG-TTTTC-AANA-T-----------T---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATCTAANAAAT------------------------ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AA--------C-TTTTAAA------------------CA-TCTT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 111 11 1 111 1111 1 2222222222222222222222222 22222222222 333333333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 333333333333333333333 2222 999999999999999999999999999999999 11 2222 2222222 222 11 555555555555 11 1 1 1 1 1 1 4444444444 1
lowQualScore : 5 2 7 3 333 777 33 0 8 2 2 444 99 6 1 6666 7777777 4 3 4 2 1 1 3333 22 0 1 1 888888888888 1 55555555 3333 3333 22 1 66 7777777777777777777777777 33 2 444 2 00000000000 2 77 444444444444444444444444444444 3 44 44 7777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777 4 4 222 4 1 0 555555555555555555555 66 5 5 0 8888 6 6 444444444444444444444444444444444 11 1111 6666666 0 7 0 0 555 1 33 111111111111 33 0 0 0 3 0 0 1 0 1 1 3333333333 3 0 1 3
lowQualScore : . . . . ... ... .. . . . . ... .. . . .... ....... . . . . . . .... .. . . . ............ . ........ .... .... .. . .. ......................... .. . ... . ........... . .. .............................. . .. .. .... ......................................................................... ... . . ... . . . ..................... .. . . . .... . . ................................. .. .... ....... . . . . ... . .. ............ .. . . . . . . . . . . .......... . . . .
lowQualScore : 5 0 3 3 333 555 88 0 8 5 5 000 22 7 7 6666 2222222 2 8 5 6 7 7 7777 44 4 6 6 999999999999 7 33333333 5555 7777 44 7 11 9999999999999999999999999 44 5 444 5 66666666666 9 33 000000000000000000000000000000 6 66 66 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 0 0 555 9 0 1 000000000000000000000 11 0 0 8 3333 7 7 888888888888888888888888888888888 00 2222 0000000 7 3 7 7 777 2 88 222222222222 88 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 8888888888 2 0 0 2
consensus : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----CT--CTCCCGAT-CCTAGTTTTC-AA-----------NA-TT---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC---T----AA-AA---AAT-ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----AG--------CATC-------------TT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
Reference ( family-421 ) : ATAGATACCACAAATAGAGAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACC---AGGCCAAC-------ATT-AA-A-TAATGTT-T-GTTTGCT----CT--CTCCCGAT-CCTAGTTTTC-AA-----------NA-TT---G----GG----TAG----GT--A-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTCAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC---T----AA-NA---AAT-ACAAT--AAATGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATANTGTTTCCAAAATC----GG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTTGATGAGTAGGCAGAGAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----A---------CATC-------------TT--GGA----ACTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCGTTTTAAACGAATATGGATTAAAATTAATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAAATTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTNTATNTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACAGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCNATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|1 : ATAGATACCACAAATAGAGAAATGTATTGAATAAATTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAGAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAAC----AAACCAAC-------ATT-AA-A-TAA-ATT-T-GTTTGCT----GT--CTCCTTAT-C-TGATTTTC-AA-----------TA-TT---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-G---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----T------ATC---T----A---------T-ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-AAT---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----AG--------CATC-------------TT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATATGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGGATTAAAATTTATGTTTTTT--GTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGAAAATTGTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTACTTTTATATATATATATATATATATAT--TACCGGTACATATATAT-TAAC-AAACTTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAG-GTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTTAAAA-GTCAACATTTAGTC-TTTATCTAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATAGGCATAAATTATAAT----------ATATA-ATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACAGCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGGCAGTTAATATTCTATGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCAATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAA
gi|10 : ---AGGTCAAC-------ATT-AA-G-T---GTT-G-ATCTGCT----CT--CTCTCAAT-CCTAGTTTCC-AA-----------CA-TT---A----CA----TAG----AC--ATGTT--A------TT-AA-GTACATA------T--TGT-T---TTCAGTAT-----C-----C-AAT-A----T------ATA---C----AA-TATTCACTGACAAT--AAATAC--TAC-----C----A--------TAGTAGCG-A--------------TT----------T----------A---AA-------A---A-A-T---ACAATG
gi|11 : a---TTGTTTTGCGTAAG-TAA-------GGCCAGC-------ATTGAA-A-TAATGT----GTTTGTC----TT--CTCATGAT-CCTAGTTTTT-AA-----------AA-TT---T----GA----TAT----GT--A--GTAAA------AA-AA-A-----A------T--AAA-A---TTCAGTAT-----AAT---A-AA--A----G------ATCAT-T----AA-AA---AA----AAT--A-------CATA----C----A--------catgtttattacatacatgtaataattggtaagataaaaa
gi|12 : ttctgataacatgtattca--AAATAT--CATCTTTTC----A--------T----ACA-A--------------TT----------G----------A---AA-------ATAAATA-T---ATATTGCTCCCAAAATCT---GGCA-A--AAC---AT-TT--TTGAGTGGGTA-GTGTTTTTGAAGGGTAGGTAGGGGGACTGCAAACAAAC-AAC-TTTTcttacctgaaatagcctagatga
gi|13 : AC-------ATT-AA-A---ATATC-T-GCTTGCT----CT--CTCCTGAT-CCTCATTTTC-AATCTGAGAAGACAA-GT---A----GG----TAGATATGT--A-GGT--AGGTAAGTA-AG-G-----A------TTCTTT-T---TCCAATATA----A-----A-AA--A----T------ATt
gi|14 : AAC-------ATT-AA-AATAATATT-T-CCATGAT----CA--CTCCCGAT-TCTTGTTTTC-AT-----------AA-TT---G----GG----T---------------------------AG-G-----G------T--TTT-T---T---ATAT-----A-----A-AA--A----TGTTGTCATCG--T----AA--A---AAT-GCAAT--TAATTT--CATG----C----A--------at
gi|15 : GTCAAC-------ATT-AA-ACTGATTTT-T-ATTCGCT----CT--CTCATTGT-TCTACTTTTC-GC-----------TA-TT---G----GG----TAG----AT--T-GAT--A------AGTAG-G-----T------T--TTTAT---TTCAATAC-----A-----A-Aca
gi|16 : ---AAGCCAACTTTAATAATT-AATA-TAAGGTT-T-GTTTACT----CT--CTCCTGAT-TCTTGTTTTCAAA-----------AA-TA---A----GG----CAG----GC--A-G
gi|17 : tCAGC-------AGT-AA-AATAATGTT-TTGTTTGCT----CT--CTCCTGAT-CTTGATTTTC-AA-----------CA-TT---G----GG----Tagaaaaaaaacttt
gi|18 : agtgtttgataaattatttatttagagT-CCTAATTTTC-AA-----------AA-TT---G----AG----TAG----GT--A-GAT--A-------G-GG-A-----AAACCTTT--TTT-T---TCCAATAT-----G-----A-AA--A----A------AT
gi|19 : GCAAAC-------ATT-AA-AATAACATT-T-ATTT-CT----CA--TTCCTGTC-CCTAGTTTTC-AA-----------AA-TT---A----GG----TA-----GT--A-AGC--A-------G-AG--------------T--TTT-T---gttactgttaaaaaaaa
gi|2 : ATAGATACCACAAATAG-GAAGTGTATTGAATAAGTTGAATAAGTATAT-CTT---CAGAAATATAAAAAATATTGATTTT---CATT--ATG-CACAGTCTCGTTTTGTT---TTGTTTTT--TAAA-CAAACT---AGACCAAC-------ATT-AA-A-TAAT-TT-T-GTTTGCT----GT--CTCCTTAT-C-TGGTTTTC-AA-----------TA-TT---A----AG----TGG----TT--C-GGT--A------TG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC---T----A---------T-ACAAT--AAGTGT--CATA----C----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-A-A--AAT---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTTGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTAA-----AG--------CATC-------------TT--GGA----ATTTTTG---T---TAATATAGATCAGGGATGTGATGTGGTATTAGTGGCCACAGATGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAGTTGGAGCACATTCATTTTAAACAAATATGAATTAAAATTAATGTTTTTTTTGTGTTTTTAGAATGGAGAGCAGCTATTAGACAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGACCGCCACATCCAAATAAGCCATTTGCTGGATAAAGCAACAACAACTGGCACAAACTTCATGTTTGTTTTAGAAAATGGCTTATTTGAGCTTGCGTCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGTGGTGTTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGAATTTTTTGCGCTTTTTTGAAAGCGGCATATTTCAAGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATATATTACCGGTACATATATAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAAAGTCAACATTTAGTC-TTTATCGAATCAAACGTTGATTTGCTAATCTTTATATGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGGCACATCTCAACAGTAAAAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAA-CTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGACTGTTAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTGGAAGATACCAAATTATCTATTTTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTACCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATTTAAgt
gi|20 : -A-TAATGTT-T-ACTTGCT----CTTTCTCTCTAT-CCCAGTTTTC-AT-----------AA-CT---T----GATAATTAG----GT--A-GGT--A-------G-A--G-----A------T--TTT-T---TT
gi|21 : TATACTGCCGATAA-ACAATTGACAGCTAATACTAAACTAGAATGTATAGACAGAACTTCTACTCTGATATA
gi|22 : -TAATATTAT-GTTTGCT----CT--CTCCTTAC-CTTTGTTTTC-AA-----------AAGTTTGAG----GA----TAG----TT--A-GG
gi|23 : atcatC-------ATT-AA-AATAATGTA-T--TTTGCC----AT--ATTCTGATTCCTAGTTTTC-AA-----------AA-TT---GAATTGG----TAA----GC--A-GGT--gaaagac
gi|24 : C-------ATTCAG-A-TAATGTT-T-GTTAACTGAGTCT--GTCCCAAT-CCTAGGTTTC-AA-----------TA-TT---G----GG----TTG----GT--A-G
gi|25 : TT-T-GTTTGCT----TT--ATCCTTAT-CCTAGTTTTC-AA-----------AA-TT---G----GG----TAG----CT--A---T--A------CG-GG-G-----
gi|26 : aC-------ATT-AA-AATAATGTC-T-GTTTGCT----CT--C--CTGAT-CGTAATTTTC-AA-----------TA-TT---T----GG----CA-----GT--A-GGcagataa
gi|27 : GCCAGC-------ATT-AATA-TAAATTT-T-GTTTGCT----CT--CTTCTGAT-TCTAGTTTAC-Ac
gi|28 : -A-TAATGCT-T-GTTTGCA----CT--CTTCCGAT-CTTAGTCTTT-AA-----------AA-CT---T----GG----TAG----GT--A-caa
gi|3 : ATTTT---CACT--ATG-CTAAGTCTCATTTT-------------T--TAAATCAATCC---TGGCCAAC-------ATT-AA-AATTAT-TT-T-GTTTGCT----GT--CTCCTAAT-CCTGGGTTTC-AA-----------TA-TT---G----AA----TGG----TT--C-AGT--A------GG-AG-G-----A------T--TTT-T---TTAAATAT-----A-----A-AA--A----C------ATC---T----A---------T-ACAAT--AAGTGT--CATA----T----A--------T----GCA-G--------------TT----------A----------A---AATAAAAAAA---A-A-T---ATGCTGTTTCCAAAATC----AG-AGA--AAA---AGGTT--TTGAATAGGCA-GT-TATTCGATGAGTAGGCAGAAAGAC----AGCAAGC-AAC-TTTTTA-----ACTTTGGCCCCATCACAAAATTCAGTTTTAAGGACCCAACTTTTGAAAT---TAATATAGATCAGGGATGGGATATAGTATAGGTGACCACAGACGGTCCTGTAGTTACTGTTGTAAAG------CACATTTGTTTTATACGAATATGGATTAAAATTAATGTATTT---GTGTTTTAAGAATGGAGAGCAGCTGTAAGGCAGAACCTGCAGTTATGCAGAGAAAGTGTTGATCGCCACATCCAAATGAGCCATTTGCTGGACAAAGCAACAAAAACTGGCACAAACTTCATGTCTGTTTTAGAAAAAGGCTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGAATATCTGATGGTTCCCTCTATGCAGTGCTGTTTGAAAACAGAAAGAAGAGGGAGTTTTTGCGCTTTTTTGAGAGCGGCATATTCCAGGGATTATTTGAAAGCAAATGTTACAATTTAC--TTAGA------------TATATAT--TACTGGTATATATATATATTACGAAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTGTTCAACTTAGACATGCTAAAGTT-AAA-GTCAACATTTTGTC-TTTATCGAATCAATCATTGATTTGTTAGTCTGTATTTGCATAAATTATAAT----------ATATATATGGTATTCTACAATTGACGAAAAGGGAGAAAAAAGAATGCACAGCTGAACAGTTAGAATGTTAACTGAGCGGAAACATAGATATTAA-TTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTAAATATTCTGTGGGTTGGAAACCATTATAAGAAACCAATTTATCTATTTCATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTCAGATTTGCCTGCCTTTTTATACTGCCCATAATCCAATTGACGGCTAATACTAAACTAGAATGTAAAGATAGAACTTCTACTCCGATTTAt
gi|4 : TGACTTATTTGAGCTTGCATCTTCAGGACTATCTGATGGTTCCCTCTATGCGGTGTTGTTTTAAAACAAAAAGAAGAGGACATTTTTGCTCTTTTTTGAAAGCGGCATATTCCAGGGATTTTTTGAAAGCAAAGGTTACTATTTAC--TTATA------------TATATAT--TATTGGTACATATGTAT-TAAC-AAA-TTGTTGGCAAGAAGGAGTGAATGATTGGGGGAGGTATGAAAGAGTTATTCAACTTAGACATGCTTAAGTT-AAC-GTCAACATTTGGTCTTTTATCGAATCAAACATTTATTTGTTAATCTGTATTTGCATAAATTATAATATATATATATATATATATGGTATCCTACAATTGACCAGAAGGGAGAAAAATGTTGACACAGCTCAACAGTAAGAACGGTAATTGAGTGGAAACATAGATATTAATTTTTAAAAGAACCTTCAACAATAAAATGATAGTTTATAGTCTGTGGGTTGGAAACCATTAGAAGATAACAAATGATCTATATTATGTGGTTCTCAGGTAACCAGTTAAGATTTGCCTGC
gi|5 : gTTTTT--TATG-TAAATTGTAAGGCCAGC-------ATT-AA-A---ATGTT-T-GTTTGCC----GT--CTTCCAAA-CCTTGCTTTC-AA-----------TA-TT---A----GG----TAG----GT--A-AGTGGA------AA-AA-T-----A------T--TTT-T---TCCAATATC----A-----ATAA--A----TATTATCATT---C----AA-AA---AAT-ACAAT--AAATATCACATA----CATGTA--------T----GCA-G--------------TTGTCAAG----A----------A---AA-------A---A-A-CAAAAAAATGTTTCCAACATT----GG-------AT---TTGTTTATTGAATAAACACCT-TTTTTGATGGACAGATAGAGACGC----AATAAAA-TACATTTTA-----------------ATT-------------TT--GG
gi|6 : aaaattgttttctgagcatgacagatTGAATAA--TGAATA-GTACACACTTATATATAAACATCAAAGGCAATGAATTCAAGCATCTAATGACA-AGT---GTCTGGTTAAATTGATAGT--TAAA-GGTATG---GGGTCATC-------ATT-AA-AATGATATT-T-GTTTGCT----CT--CTCTCAAT-TCTGATTTTC-AA-----------GC-TT---G----GG----TAG----CTCTA-GGT--A------TG-T---------------T--TTT-T---TTCAATATC----A-----A-AA--AGTATT------ATCATAT----AC-AA---AAT-ACAATTTAAACAT--CACA----C----A--------C-----------------------------------A----------A---AC-------A---C-A-T---A-ATTGTCTGCAACA--------------------AG--T--TTGAGTAGGCA-GT-TTTTc
gi|7 : cTT-AT-A-TAATATT-T-GTTTGCT----CT--CTTCTGAT-CCTAGTTTTC-AA-----------AA-TT---G----GG----TAG----GT--A-GGC--AAG----TA-AGAG-----A------T--TTT-TTTCTTCACTAT-----ATCAAGA-AATGA----T------ATG---TAACAAA-GA---AAT-ACAAT--AAATGT--CATA----C----AAATACCACT----GCATA--------------TT----------ATTGCTTTAATA---AATTTG---A---A-A-TAA-ATAATATCTACAAAATCTGAAGA-A-A--AATAAAAGATT--TTGAGTTGACC-AC-TTTATGGTGAGTAGATAGGGAGAg
gi|8 : tT-CCTAGTTTTC-AA-----------AA-CT---G----GG----TAG----GT--G-GGT--AG-----TT-AG-G-----A------T--TTT-T---TT--GT-T-----A-----A-CA--A----A------ATC---C----AA-TA---AAT-ATCAT--ACATGT-----A----C----A--------T----GCA-A--------------TTGTCTGGATGTA----------ATGCAA-------A---A-A-C---A-ATTGTTCTCAAAATC----TG-A-T--GAT---A---T--TT---TAGG------TTTTTGATAATTAGGTAGTGAGACATTAAACAAGCAAAA-TTTTAATTTTGA---------CCTTG------------TT--GAA----ACTTTTA---TACCTAATg
gi|9 : AACC---AGCTCAAC-------ATT-AA------TATG-T-GTTTGCT----CT--CTTCCGAT-CCTAGTTTGC-AA-----------CC-CT---G----GG----TAG----GT--A-G---------------G-G-----A------T--TTT-T------AAAATGTGTAA-----A-AA--A----T------ATC---T----AGCAA---AAC-ACAAT--AAATGT--CATA----CACAAA--------T----ACATGTATGTTTAACATATTT----------A----------A---AA-------A---A-A-T---ATCAT-----CAAAATT----TG-A-AATAAT---A--TT--TTGAGTAGGcttctagaaatcaaaactata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): AAGAACATTTTCTTAAAAATGATTTTATATCCATACAATGTATATGGCGA