lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555555555555555 11111 4444444444444444444444444444444444444444444 11 1 6666666666666 111111111111111111111111111111111 1111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 3 444 6 00 3 5 5 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 444 2 999999999999999999999999 44444 666 2 4444 1 888888888 2 7777777777777777777777777777777777777777777 2 44 33 0 66 2 1 33 3333333333333 2 888888888888888888888888888888888 666 0000000 5 8888888 444 33 00 33 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : . ... . .. . . . . ......................................................................................................................................................................... .. ... . ........................ ..... ... . .... . ......... . ........................................... . .. .. . .. . . .. ............. . ................................. ... ....... . ....... ... .. .. .. ... ..............................................................................................
lowQualScore : 7 777 9 00 6 6 4 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 111 1 888888888888888888888888 22222 111 2 7777 5 444444444 3 2222222222222222222222222222222222222222222 5 55 22 9 99 8 0 11 3333333333333 5 444444444444444444444444444444444 000 6666666 0 1111111 444 44 33 44 444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTNAGGCCAGATTTTTTTT--A-TTTGTTNGTTTACGGAATCC--AC------CGTTCCT--ATTA-T-------TTTTCACTATTTGTG-------AAAAA----------NA--A-A-CT--------TTTT--TA--ATTTTTTNTCATTCTG--ACANTG--AT--ATTAAATGGGGA-AAAG---AAAA-GTAAA---------A-GAAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TGACAAAAC---CA---AA-AT----TGTACAC---------CACAAAATCA-TTG-T--TATGA---GGATTAATAT---C-TC-AA-ANT--NAGAA-AAT-GACCAA--ATTTGACCTCTATGTT--TCA--N--CT--TA--ATAA-AT-TAAT---T----TT-T-C--------T----T--TTTT---T---ACAGAA-T-------TT---T--CTGAT--T---TTTATTT--A--T--TC-CACCA-CCCAT----TCAA-TANNTTTT--T-GAAAATA-AACATGTC-TGT-AA-C-A-AATTAAAAA--AAATNTGTCCTGG
Reference ( gi|3 ) : AATGGTATGTATTATATTTTGTGTTGAACTGGCAGGCAAGTGTTTCAATTTCAATGCAGAAATTCTGTTTTGAGGCCAGATGTTTTCT--A-TTTGTTTGTTTGCAGAATCT--AT------TGTCCTT--ATTA-TGAA----TTTCTACTAGTTGTG-------AAAAA----------CA--A-A-CT--------TTTC--TA--ATTTTCTGTCATTCTG--AAACTG--AT--ATTAAACGGGGA-AAAG---AAAA-GTAAA---------G-GAAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TAATAAAAC---TA---AA-AT----TGTACAC---------CATAAAATCA-CTT-T--TCCGA---AGATTAATAT---C-AC-AA-ACT--AAGAA-AAT-TACCAA--ATTTTACTTCTATGTT--TCA--A--CTGGCA--ATAA-AT-TAAT---T----CT-T-C--------T----T--CTTT---T---ACAGAA-T-------TT---T--CTTAT--T---TTTGCTT--A--TAATT-GACCA-CCCAC----TGGA-TAAATTTT--C-GAAAACA-AACATGTCTTGTTAA-CAA-AATTGGAAATTAAATGCATCCTGG
gi|2 : TTAAGGCC---TTTTTTTTTAA-TTTGTTCCTTTACAGAATCC--ACAGCACCTGTTTTTCCATCAGTGAA----TTT-------TTTTT-------AAAAA-----------A--A-T-CT--------TCTC--T------TTTTAAC-TTTTG--ACAATGTTATTTATTAAATGGGGT-AAGG--------GTAAA---------AAGAAA--TTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TTACAAAA----TATTTCA-AG----TGTTCAC---------CACAAAATCA-TTG-T--TACAA---TGATTGATAT---C-TC-AA-AATTGAAAAA-AAT-TAACAA--ATTTGACCTCTATGTT--TAA--A--CTATT---ATAA-A--TGATA--T----CT-C-CCA------T----T--TTTT---TG--ACAAAA-T-------TT---T--CTGAT--T---TTATCTT--A--T--TTCAACCA-CCCA
gi|6 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaTTTAGGCCATCTATCTTTT--A-TTTGTTGGTTCATGAAATCC--AC------AGTTCAT--AAAA-AGAAATATTTTTCACTTGTT-----------AAAA----------T-------CT--------TT----------------TCATTCTG--ACAATT--AT--ATT--ACCATAA-AAGGATAAAAA-GGAAA---------C-AAAA--CT---GAAAAAT-------TTAA------TGTCCATGACAAAAT---TG---AA-AT----TATCAAC---------CACAAAACCA-TTG-T--TATGA---GAAATAACAT---C-TC-AA-TGT--TAGAA-AAT-AACCAA--ATTTGATCTTTATGTT--TCA--T--CCGTTA--AAAA-AA-AAAT---T----TC-T-C--------T----T--C-AT---G---ACAGAATT-------TT---T--CTGAT--T---TTTtaccgcaattttgtttttttaaaaatctgtaaaccaacaaatacaaaaagtttggctttacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|8 : GAGGTCAGATTTTTTTTTTA-TTTGTTGGTTTCTTGAATCC--AC------TGTCCCC---TT----------TTTTTACCATTTGTG-------AAAAA----------AA--A-T-GT--------TTTT--CAT-ATTTTC---AACTCTG--GA---G--A-----------GGGA-A------------TAAA---------A-GAAA--CT---GAAGATTGTC---TTT----------------ACAAAAT---CA---AA-AT----TGCATAC---------CATGAAATCA-TTG-T--T-------------ATG--------------T--GGGAA-AAA-TAGAAA--ATTTGACTTTTCTGTT--TTATCA--TT---A--ATAA-AT-T-AT---T----TT-T-C--------C----A--TTTT---T---ACAGGA-T-------TC---T------T--T---TTTTCTC--------TC-CCCCACCCCAT----TTAA-TATTTTTT--T-GGAAACA-A-----TC-TGTTAA-CCA-A----CAAATTAAAttccccatcaaccattccaataatatttagggaaaaacataaaccaacattttcaaaaatgcttggcctaattaaca
gi|12 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcaAGGCCAGACAAATTTT--A-TTTGCTGGTTTATGGAATCT--GC------CATCCCT--ATTA-C--------CCCT--TATTTTTG-------AAAAATAAAAACACACA--A-A-CT--------TTTC--TATTATTTTC----ATATTA--ACAATT--AT--AGCAAATGGGGG----G---AAAA-GCAAA---------A-GAAA--TT---ACAGATT-TC---TGTAA------C-----TAA---AAC----A---AA-AT----TGTACAC---------CATAGAATTA-TTG-T--CATGA---AGATAAACAT---T-TC-AATATT---AGAA-ATT-GACAAG--ATTTGACCTCTTTATT--TCA--acatttgaccttaataatt
gi|16 : ttttaaacaagcgaAGGCCAGATTTTTTTT--A-TTTGTTGGTTTACAGAt
gi|4 : tttacaatttttttaattgtaaaattgtatgctatatatatttattatgaagattaatatctccaatttagaaaatgaccaaatttgatttctttgtttcatccgcaataaaatatttgacaattttttcagacctcacatccaattttttttataaaaaaGGCCAGGCTTTTTTT--A-TTTGTTGGTC-ATAGAGTTC--AC------TGTTCTT--ATTT-T-------CTTCCATTCATTTTG-------AGT------------CA--ATA-TT--------TTTTGTTA--TTTTTTTATCATTCTG--ACACTG--AT--AT-AAATTGAGA-AAAT---AAAA-G-AAACTGCAAGTTG-AAAA--CT---GCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TAACAAAAA---GA---AACAT----T-TACAA---------CATTATATCA-TT---------A---AAATTGATAT---C-TC-AG-ACT--TAGAA-AAT-GACAAA--ATTTGA-----ATCTT--TTA--A-------A--ATAA-AT-GGTT---T----CT-T-CTTTTTTTTT----T--TTTT---T---ATAGAA-T-------TT---T--CTGAT--T---TTAATTT--G--T--TC-AACCA-CCAAT----TCAA-TACTTTTA--T-GTAAA------ATGTC-TGTAAA-C-C-AATTAATAAAAAAATG---CCTGG
gi|1 : GGCCAG-TCTTTTTT--AATTTTTTTGTTTACAGAATCCAAAT------GGTTCCC--ACT----------TTTTCAGT--TTGTGACCACAAAAAAA----------GA--A-G-CT--------TTTT--TA--AATATTTTTCATACTG--G---TG--AT--ATTAAACCGGG--AAAG---A--------------------GAAA--CA---GCAGGTT-TC-------A------T-----TGTCAAAAC---CA---AA-CT----CGCATAC---------TATAATGTCA-CTG-G--TATAA---GAATAAATAT---C-TCGAA-ATT----GGA-AAT-GACCAA--ATTAAACCTCTGTCTT--TCAC-A--C--ATA--ATAA-AT-TAAA---T----ATAT-A--------T----T--TTTT---T---ACAGAA-TATTCAGATT---T--CTTTT--T---TTTcctaatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|7 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTT--A-TTTGTCTGTTTACAGAATCC--AC------CGGCCCT--ATT------------TTTGCCGTTTGTG-------AAAAA----------AA--A-AGC----------------A--ATTTTTTAT-----------ACTG--GT--AT---------------------A-TTAAA---------A-GACA--CT---ACAATTT-TT---TTTAA-------------AA-AAAACAAACA---AA-AT----TTTACAC---------CACAAAATC----T-T--TGTAAGGTAGATTAACAC---T-CC-AAGAAT--AGAAA-AATATAGCAA--AATTTAA-TCTCTGTT--TCA--T--CT------ATAG----TAATGTAT----TT-T-A--------T----C--TTTT---T---ACAGAA-T-------TC---T--ATGAT--T---TTTttcacctacttatcaactagttttttttagaaaatccgtaaaaaaataagtctagcttaattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|9 : TTTT--A-GTTGCTAATTGGCATAATCC--A--------GTTCCT--ATTT-T-------TTTC-AC-A--TGTA-------AAAAA-----------A--A-A-TTGTTCATTGTTTT--TA--ATTTTTTGTTATTTTG--ACAATG--AT--ATTGAATGGGGACCAAA---AAAA-GT--------------GAAA--CT---GCAAAAT-TC---T----------C-----TGACAAAAC---CA---AA-GT----TGTACAC---------CCTAAAAT-------------------GATTGTT--------------TT--AAGAACAAT-GACCAAATATTTTAC------------CA---------TA--ATAA-AA-CTAT---T----TT-T-C--------C----T--CTTG---T---ACAGAA-T-------TT---TACCTT-T--T---TTtaattattctaatttattttattttttttaaaaatatataaaccaacaaataaaaaaaagtctggcctaaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|13 : TTAT--A-TTTGTTTATTTATGGAATTC--AA------CATC-----A--A-TAAA----TTT-TGCAATTTGTG-------AAAAA----------AA--A-ATCC--------TTTA--TA--A--TTC------TTTG--CAA------T--ACCAAA-----------------A-GTAAA---------A-GAA---CT---TCAGATT-TC-------A------T-----TAACAGAAC---CA---AA-TT----TGTACAC---------AATTAAATTA-C-----------------TTAATAT---C-TC-TA-ACT--TAGAA-AA--TGCCAC--ATTGGA--TCCAT------------------A--ATAA-AG-TATT---T----CT-T-C--------T----T--TTTT---TCCCACAGAA-T-------TT---T--CTT-T--T---TTTATTTCAA--TTATT-TTCAA-CCCAcaaacgattttgggggaaatctgtacaccaacaaaaaattagaatgcactcacttttcataat
gi|21 : --A-CTTTTTTGTTTAC-GAATCC--AT------CGTTCTT--TTT----------TTTTCAAT--TCATG-------AAAAAA---------CATTC-A-CT--------CT----TG--ATTTTCTTTTATTCTG--ACACAG--AA--ATTAAA-AGGGA--------AAAA-GTACA---------A-GACA--CT---GCAAATT-T
gi|5 : gT--------TTGT--TA--AATTT-TGTAATTCTT--ACAATG--AT--ATTTTTTGGTGA-AACA---AAAA-GTAAA---------T-GAAA--CT---GCAGAAT-TC---CTTGG------------CAACAAAA-----------------------AC---------C--AAAATCA-TTG-T--TATAA---GTGTTCAAAT---CTAA-GA-ATT---AGAA-AAT-AAACAA--ATTTGATTTCTATGTT--TCATTAATTTTGTA--ATAT-ATATAAT---CTTTATT-T-C--------T----TAATTTT---T---ATCGAA-T-------TT---T--CTGAT--T---TTT
gi|18 : ctttttattgttggtttatggattttctacagttctttttcccttttttttccaTTTTTTTTCATTTTG--ATACTG--TT--ATTAAATGGC----------AAAATGTAAA---------G-GAAA--CT---GCAGATT-TC---C----------T-----TAACAAAAC---CA---AA-AT----GGTACAC---------CAtttttcaacttgtcttgtccattaactttatgaaaaaatcagtaaaccaagaaataaagaagactggccttagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|23 : ctttttatatgttggtttacagaatatttttgatttgttttTTTTTTTTCAATTTG--AAACTA--AT--ATTAAATAG------AG---AAAG-GTAAA---------T-GACAGTCT---CCATATT-TC---T----------T-----TAACAAAAC---AA---AC-AT----CTTACAT---------CAAATAATTA-CTG-T--Tgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|10 : tttTTTTTTTATTGTGCCAAA-TA--AC--ATTAAACTGGAA-AAAT---A-----TAAA---------T-GAAA--CA---GTAGATT-TT---ATTAA------C-------ATA---C---CA---AA-AC----TACACAC---------CACCAAATCA-TTG-T--TATGA---AAACTGACAC---CTAT-AA-A-T--GAGAA-AATAAACAAA--AAATGACTTGTATGTT--TTG--T--CT-GTA--A-AG-AT-TTAT---T----TC-T-A--------T----T--ATTA---T---ACATAC-T-------TT---T--CTGAC--TAAATCTATTT--T--TTGTC-CATCA-CCCAT----T-CA-CCAGTCTTA-T-GAAAATACAACAAG-------AACCAACAATTAAAAA--AAATCTGTCCTatcagaatt
gi|20 : TCAGTCAG--ATATTG--AT--ATTAAATGG------AG---GAAA-AT------------G-GAA----T---GAAG---------CT-----------------ATAGAAG---CA---AA-AT----TGTATACACCCAGTACCATGAAATTA-TTG-T--TATGA---AGATTAACAT---C-TC-AA-AAT--TAGAA-ATT-GACC----ATTTGACCTTTATGTA--TCA--T--CTGtattgcaa
gi|11 : tAAT-GTAAA---------A-GAAA--CC---G-AG--T-TC---CTTGA------C---------AAAAT---CAT--AA-AT----C-TAT-C---------CA-AAAGTTA-TTG-T--TATGA---CGACGAACAT-----------ATT--AAAGA-AAT-AACCAA--AGCTGACCTCTATATC--TCA-----CTCGTT--ATAA-AT-TG-----------T-T-A--------C----T--CTTTTATT---ACACAA-A-------TT---T--CTGAT--A---TTTATTT--
gi|26 : AAA---------A-GAAA--CT---GCAAATT-TC---C-TA--------------GACAAAAT---CA---AA-ATATAATGTACAT---------CACAAAATCA-TTG-T--TTTGA---GAGTTAATttcgatcatcattcagtattttatttttagaaatccgtaaaccaacaaacagtaacaattctggccttaaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|14 : aATT-TC---CTTGG------C---------AAAAC---CA---AA-AT----TGTACAC---------CACAAAATCA-TTG-T--TATGA---GGGTTGCTATTTAT-AC-AT-A-T--AAGAA-AAT-GAGCAA--ATTATATTTTTATCTC--T------------A--ATAA-AT-TATT---T----CT-T-C--------TTTTAT--CTTT---TC--ACAAAA-T-------TT---T--CTGAT--T---TTTATTT--ATTTAATT-
gi|16 : ATT-TT---TTTAA------T-----TG----------TA---AA-AT----TGTATGC---------TATATA--TA-TTTAT--TATGA---AGATTAATAT---C-TC-CA-ATT--TAGAA-AAT-GACCAA--ATTTGATTTCTTTGTT--TCA--T--CC-GCA--ATAA-AA-TATT---T----GA-C-A--------A----T--TTTT---T----CAGAC-C-------TCACAT--CCAAT--T---TTT-TTT--A--TAAtttttttttttcgatcacccatccaaaagtgttttttttttaaaaatccgtaaaccgaaaataaatagtctggcataa
gi|15 : tttaca---------CACAAAACCCTCTT-TGTTATGA---AGATCACAAT---C-TG-AA-ACT--TAAAA-AAT-GACCAA--CTTTGACCTCT--GTTCATCA--A--TCG------TAACAT-TATT---T----AT-C-C--------T----T--TTTTATAT---ACA-AA-T-------TT---T--CTCATTAT---TTTTCTT--T--T--TT-CACCA-TCCACCCAGTAGATTATATTTT--T---AAATA-AATCTGTaaaatctgtaaaccaacaaataaaaaaaatctggcct
gi|22 : aaagtaaatgcaatgggtttccttACCAA--ATTTGTCTTCGCTATT--ACG--T--CCG-TA--ATAA-A--TAAT---T----TT-TCC--------T----T--TTTT---T---ACAAAACT-------TT---T--CTGAT--T---TTT--T---------TC-AACCA-ACCAT----TCAA-T-AATTTT--CAGAAAAaaaccaacagataagaaatgtttggcctagcaaaag
gi|19 : aaatattaaTATGTT--TCA--T--C---CATTATAA-AT-CTTT---T----TT-C-C--------T----T--TTTT---T---ATAGAA-T-------TT---T--TAGAT--T---TTT-TTT--------TC-CACCA-CCCAT----TCAA-TAATTTTTTGT-GAAAAAA-ATCATa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTGACACCTATAAATCAGAATATATCCAAATCTGACTTCTATATTTTGTCCATTAAAAAAATATTTCTTTTAATTCACAGAATTTTCTGATTTTATCTTTTTTTTTAAAACACCCATCCAGCAATTTATTCCAAAAATCTATAAACAAACAAAGGCCTGGCTTTAAATG
Unaligned ( gi|24 ): AGGTCATGCTTTTTTTATTTGTTGGTTTTCAGAATCAACCGTCTCATTTTTTCCATTTTTAAAGAGATAACACTCTTTTATCTTTAATCTTTTTCATTCTGACGTTGAT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTCAACCGTAATAAATAATTTCTGCATTTTACAGAAAAAAAAAAAATTTCAACCACCCATCCAGTATTTTTAATAAAACAATCTGTAAACCAATAAATAAAAAAAAT
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444444444 44444444444444444444444 33333333333 2222222222222222 3333333333333333333333333 111111 6666666666666666666666666666 1111 1
lowQualScore : 1 33 2 77 1 0 33 8888 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11 55 33 33 0 2 1111111111111111111111111 2 4444 4444 666 2 88888888888888888888888 66666666 2 2 4444 0 4 2 333 2 2 1 333 3 777 2 333 2 0 333 1 1 77777777777 333 2 4444444444444444 4444 4 88888 33 333 666 4 33 333 2 333 6666 3333333333333333333333333 66 55 44444 333333 66666 666 66666666 55555 5555555555555555555555555555 77 7777 44 3333 55 1 2
lowQualScore : . .. . .. . . .. .... . .......................................................................................... . .. .. .. .. . . ......................... . .... .... ... . ....................... ........ . . .... . . . ... . . . ... . ... . ... . . ... . . ........... ... . ................ .... . ..... .. ... ... . .. ... . ... .... ......................... .. .. ..... ...... ..... ... ........ ..... ............................ .. .... .. .... .. . .
lowQualScore : 0 11 9 33 0 2 99 6666 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 77 00 22 22 5 5 5555555555555555555555555 2 7777 7777 999 0 33333333333333333333333 33333333 1 1 5555 9 2 1 777 1 0 8 999 2 000 1 777 1 2 555 1 5 33333333333 999 2 5555555555555555 7777 4 66666 11 999 111 4 11 999 2 999 9999 5555555555555555555555555 55 66 22222 222222 11111 555 66666666 99999 8888888888888888888888888888 99 0000 66 4444 00 0 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACTTTTT-TT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCACC-ATTTGTGA-------A--------AAANAA------A----------CT-TTTTTA-----ATTTTTTTTCATTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AAG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATG-AGGATTAACATCT---CAAAAT--TAGAA-A---AT-GACCAAATTTGACC---TCTATGTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT----------T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGA-TT---T----TTAT-TT-----------------T--TCN-ACC--ACCCAT---T-CAA------TA---NTTT---TT--T---GAAA-----A----T-A-AACA-G--TC-TG-T-----AA--C-A--A--AT---TAAAAA--AAATCTGGCCTGG
Reference ( family-386 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTNAGGCCAGATTTTTT-TT--ATTTGTTNGTTTACGGAAT--CCA--CCGTTCCT-------ATTA---T---TTTTCACT-ATTTGTGA-------A--------AAANAA------A----------CT-TTTTTA-----ATTTTTTNTCATTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AAG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATG-AGGATTAATATCT---CAAANT--NAGAA-A---AT-GACCAAATTTGACC---TCTATGTTTCA-N-C--T----TAA---TAA-AT----------T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGA-TT---T----TTAT-TTA----------------T--TCC-ACC--ACCCAT---T-CAA------TA---NNTT---TT--T---GAAA-----A----T-A-AACATG--TC-TG-T-----AA--C-A--A--AT---TAAAAA--AAATNTGTCCTGG
gi|1 : GGCCAGTCTTTTT-TA--ATTTTTTTGTTTACAGAAT--CCAAATGGTTCCC-------ACT--------TTTTCA---GTTTGTGACCACAAAA--------AAAGAA------G----------CT-TTTTTA-----AATATTTTTCATACTG---G-TG--AT--ATTA-AACCG-GGA-AAG------------------------AG----AAA---CAGCAGGTT-TC-------A------T-----TG-TCAAAA----C---CA-AA-CT----CGCATACTATAAT-G---TCACTGGTATA-AGAATAAATATCT---CGAAAT--TGGAA-A----T-GACCAAATTAAACC---TCTGTCTTTCA-CAC--A----TAA---TAA-AT----------TAA-ATA----TATA-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TATT--C---AGA-TT---TC---TTTT-TTT----------------T--TTC-ACCT-ACTTA----T-CAAC-----TA---GTTT---TT--TTTAGAAA-----A----------------TC-CG-T-----AA--A-A--A--AA---TAA
gi|10 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTTTTATTGTGCCAAATA--AC--ATTA-AACTG-GAA-AAA--T----A-------T-AA----ATG----AAA---CAGTAGATT-TT-------A------T-----TA-ACATA-----C---CA-AA-AC----TACACACCACCAA-A---TCATTGTTATG-AAAACTGACACCT---ATAAAT--GAGAA-A---ATAAACAAAAAATGACT---TGTATGTTTTG-T-C--TG---TAA----AG-AT----------T-T-ATT----TCTA-TT-----AT--TA---T---ACATAC-TTTT--C---TGA-CTAAAT----CTAT-TTT----------------TTGTCC-ATC--ACCCAT---T-CAC------CA---GTCT---TA--T---GAAA-----A----T-ACAACAAGAACC----------AA--C----A--AT---TAAAAA--AAATCTGTCCTgtctagcttaattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|11 : A--AT-GT-AA----AAG----AAA---CCG-AG--T-TC---CTT---------------G-ACAAAA----T---CATAA-AT----C-TAT-CCA-AAA-G---TTATTGTTATG-ACGACGAACATAT---TAAAG-------A-A---AT-AACCAAAGCTGACC---TCTATATCTCACT-C--G----TTA---TAA-AT----------T---GTT----ACTC-TT-----TT--AT---T---ACACAA-ATTT--C---TGA-TA---T----TTAT-TT-----------------T--TCG-ATC--A-TCAT---T-CAG------TATTTTATT---TT--T---AGAA-----A----T-tattgcaa
gi|11 : TTAAGGCCAGAATTGTTACT--GTTTGTTGGTTTACGGAccgtaaaccaacaaacagtaacaattctggccttaaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|12 : aatgtaaaagaaaccgagttccttgacaaaatcataaatctatccaaaagttattgttatgacgacgaacatattaaagaaataaccaaagctgacctctatatctcactcgttataaattgttactcttttattacacaaatttctgatatttatttttcgatcatcattcagtattttatttttagaaaAGGCCAGACAAATT-TT--ATTTGCTGGTTTATGGAAT--CTG--CCATCCCT-------ATTA---C---CCCT---T-ATTTTTGA-------A--------AAATAA------AAACACACAAACT-TTTCTA-------TTATTTTCATATTAACAA-TT--AT--AGCA-AATGG-GGG------G----AA--AA-GC-AA----AAG----AAA---TTACAGATT-TC---TGTAA------C-----T----AAAA----C----A-AA-AT----TGTACACCATAGA-A---TTATTGTCATG-AAGATAAACATTT---CAATAT--TAGAA-A---TT-GACAAGATTTGACC---TCTTTATTTCA-aaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|13 : ttttaaacaagcgaTT-AT--ATTTGTTTATTTATGGAAT--TCA--ACATCAAT-------AA-A---T---TTTGCA---ATTTGTGA-------A--------AAAAAA------AT---------CC-TTTATA-----AT-TCTTTGCA--------------AT--ACCA-AA-----------------------A-GT-AA----AAG----AA----CTTCAGATT-TC-------A------T-----TA-ACAGAA----C---CA-AA-TT----TGTACACAATTAA-A---TTAC------------TTAATATCT---CTAACT--TAGAA-A---AT-G-CCACATTGGATC------------CA-----------TAA---TAA-AG----------T-A-TTT----CTTC-TT-----TT--TT---TCCCACAGAA-TTTT--C---TT--TT---T----TTAT-TTt
gi|14 : ATT-TC---CTT---------------G-GCAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATG-AGGGTTGCTATTTATACATA-T--AAGAA-A---AT-GAGCAAATT--A-------TAT-TTTTA-T-C--TC---TAA---TAA-AT----------T-A-TTT----CTTC-TTTTATCTT--TT---C---ACAAAA-TTTT--C---TGA-TT---T----TTAT-TTATTTAATTTTTTTTTTTT--TCG-ATC--ACCCAT---C-CAAAAGTGTTT---TTTT---TT--T---AAAA-----A----T-caattattttcaaccca
gi|15 : CACAAA-ACCCTCTTTGTTATG-AAGATCACAATCT---GAAACT--TAAAA-A---AT-GACCAACTTTGACC---TCTG---TTCA-T-C--------AATCGTAACAT----------T-A-TTT----ATCC-TT-----TT--TTATAT---ACA-AA-TTTT--CTCATTA-TT---T----TTCT-TT-----------------T--TTC-ACC--ATCCAC---C-CAG------TA---GATTATATT--T---TTAA-----A----T-A-AA------TC-TG-TAAACCAA--C-A--G--A----TAAGAA--ATGTTTGGCCTAGccgtaaaccgaaaataaatagtctggcataa
gi|16 : aaagtaaatgcaatgggtttccttATT-TT---TTTAA------T-----TG---------------TA-AA-AT----TGTATGCTATATATA---T--TTATTATG-AAGATTAATATCT---CCAATT--TAGAA-A---AT-GACCAAATTTGATT---TCTTTGTTTCA-T-C--CG---CAA---TAA-AA----------T-A---------------------T--TT---G---AC--AA-TT------------TT---T----TCA--------------------------G-ACC--TCACAT---C-CAA------T----TTTT---TT--T------------A----T-A-AAAA-A--TC-TG-TAAACCAA--C-A--A--A----TAAAAA--AAATCTGGCCTcaaaag
gi|17 : tttacaGATTGACACCT---ATAAAT--CAGAA-T---AT-ATCCAAATCTGACT---TCTATATTTTG-T-CCAT----TAA----AA-A-------------A-ATA----TTTC-TT-----TTAATT---C---ACAGAA-TTTT--C---TGA-TT---TTATCTTTT-TTT----------------T--TAA-AAC--ACCCAT---C-CAG------CA---ATTTA--TT--C---CAAAAATCTA----T-A-AACA
gi|18 : aTTT-TT--ATATGTTGGTTTACAGAAT-------------------------A---T---TTTTGA----TTTGT----------------------------------------------TTT-------TTTTTTTTCATTTTGATAC-TG--TT--ATTA-AATGG-C-------------AA--AATGT-AA----AGG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTA----------------ACAAAA----C---CA-AA-AT----GGTACACCAaacaaaggcctggctttaaatg
gi|19 : c-A---AT-GACCTTATTTAACCAAGT-TATGTTTCA-T-CCAT----TA----TAA-AT----------C-T-TTT----TTCC-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--T---AGA-TT---T----TT---TT-----------------T--TCC-ACC--ACCCAT---T-CAA------TA---ATTT---TTTGT---GAAA-----A----A-A-ATCAT---------T-----AAC-C-A--ACTAT---TGAATA--AACTCTGgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|2 : TTAAGGCC---TTTTTT-TTTAATTTGTTCCTTTACAGAAT--CCA--CAGCACCT-------GTT--------TTTCCATC-A---GTGA-------ATTTTTTTTAAAAAA------A----------TC-TTCTC--------TTTTTAAC-TTTTGACAA-TGTTATTTATTA-AATGG-GGT-AAG--G-----------GTAAA----AAG----AAATTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TT-ACAAAATATTT---CA-AG-------TGTTCACCACAAA-A---TCATTGTTACA-ATGATTGATATCT---CAAAATTGAAAAA-A---AT-TAACAAATTTGACC---TCTATGTTTAA-A-C--TA---TTA---TAA-AT----------G-ATATC----TCCCATT-----TT--TT---TG--ACAAAA-TTTT--C---TGA--T---T----TTATCTTA----------------T--TTCAACC--ACCCATACCG-CAATTT---TG---TTTT---TT--T---AAAA-----ATCTGT-A-AAC-----------C-----AA--C-A--A--A----TACAAA--AAGTTTGgctttattaa
gi|20 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaTCAGTCAGATAT-TG--AT--ATTA-AATGGAGGA-AAATGG----AATGAA-GC-TA----TAG----AA------GCAAA------------A------T-----TGTATACAC----C---CA-----------GTAC--CATGAA-A---TTATTGTTATG-AAGATTAACATCT---CAAAAT--TAGAA-A---TT-GACC--ATTTGACC---TTTATGTATCA-T-C--T----gctttacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|21 : t--ACTTTTTTGTTTACG-AAT--CCA--TCGTTCTT--------TT----T---TTTTCA---ATTCATGA-------A--------AAAACATTC---A----------CT-CTT--G-----ATTTTCTTTTATTCTGACAC-AG--AA--ATTA-AA-AG-GGA-----------AA--AA-GT-AC----AAG----ACA---CTGCAAATT-Tg
gi|22 : gACCAAATTTGTCT---TCGCTATTACG-T-C--CG---TAA---TAA-AT------------A-ATT----TTTCCTT-----TT--TT---T---ACAAAACTTTT--C---TGA-TT---T----TT----------------------T--TCA-ACC--AACCAT---T-CAA------TA---ATTT---TC--A---GAAA-----A----
gi|23 : aaatattaaTTTTTTTTCAATTTGAAAC-TA--AT--ATTA-AATAG-------A--G----AA--AG-GT-AA----ATG----ACAGT-CTCCATATT-TC---TTTA----------------ACAAAA----C---AA-AC-AT----CTTACATCAAATA-A---TTACTGTTATC-AGAATTa
gi|24 : tttAGGTCATGCTTTTT-TT--ATTTGTTGGTTTTCAGAAT--CAA--CCGTCTC-----------A---T---TTTTT-CC-ATTTTTAA-------AG-------AGATAAC-----A----------CT-CTTTTATCTTTAATCTTTTTCATTCTGACGT-TG--AT--
gi|25 : ----------------T--TCA-ACC--ACCCAT---C-CAG------TA---TTTT---T----------A-----A----TAA-AACA-A--TC-TG-TA----AA--C-C--A--ATAAATAAAAA--AAAT
gi|26 : gtttcaaccgtaataaataatttctgcattttacagaaaaaaaaaaaat-AA----AAG----AAA---CTGCAAATT-TC---C-TA--------------G-ACAAAA----T---CA-AA-ATATAATGTACATCACAAA-A---TCATTGTTTTG-AGAGTTAAT
gi|3 : aTTGAGGCCAGATGTTTT-CT--ATTTGTTTGTTTGCAGAAT--CTA--TTGTCCTT-------ATTA---TGAATTTCTACT-AGTTGTGA-------A--------AAACAA------A----------CT-TTTCTA-----ATTTTCTGTCATTCTGAAAC-TG--AT--ATTA-AACGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AGG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TA-ATAAAA----C---TA-AA-AT----TGTACACCATAAA-A---TCACTTTTCCG-AAGATTAATATCA---CAAACT--AAGAA-A---AT-TACCAAATTTTACT---TCTATGTTTCA-A-C--TGG--CAA---TAA-AT----------T-A-ATT----CTTC-TT-----CT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TTA-TT---T----TTGC-TTA----------------TAATTG-ACC--ACCCAC---T-GGA------TA---AATT---TT--C---GAAA-----A----C-A-AACATG--TCTTGTT-----AA--CAA--A--AT---TGGAAATTAAATGCATCCTGG
gi|4 : aatggtatgtattatattttgtgttgaactggcaggcaagtgtttcaatttcaatgcagaaattctgttGGCCAGGCTTTTT-TT--ATTTGTTGGTC-ATAGAGT--TCA--CTGTTCTT-------ATTT---T---CTTCCATTCATTT-TGA-------GT-------CAATAT------T----------TT-TTGTTA-----TTTTTTTATCATTCTGACAC-TG--AT--AT-A-AATTG-AGA-AAA--T----AA--AA-GA-AACTGCAAGTTGAAAA---CTGCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TA-ACAAAA----A---GA-AACAT----T-TACAACATTAT-A---TCATT-------AAAATTGATATCT---CAGACT--TAGAA-A---AT-GACAAAATTTGA--------ATCTTTTA-A----------AA---TAA-ATGGTTTCTTCTT----TT----TTTT-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--C---TGA-TT---T----TAAT-TTG----------------T--TCA-ACC--ACCAAT---T-CAA------TA---CTTT---TA--T---G-------------T-A-AA-ATG--TC-TG-TA----AA--C-C--A--AT---TAATAA--AAAAATG-CCTGG
gi|5 : TTT-TT--ATT-GTTGGTTTATGGATTTTCTA--CAGTTCTT-------TTTCCCTT---TTTTTTCC-ATTTGTTA-------A--------A---------------------------------------TTTTGTAATTCTTACAA-TG--AT--ATTT-TTTGG-TGA-AAC--A----AA--AA-GT-AA----ATG----AAA---CTGCAGAAT-TC---CTT---------------G-GCAA----------CA-AA-A----------ACCA--AA-A---TCATTGTTATA-AGTGTTCAAATCT---AAGAAT--TAGAA-A---AT-AAACAAATTTGATT---TCTATGTTTCA-T-TAATTTTGTAA---TAT-ATA---------T-A-ATCTTTATTTC-TTAA---TT--TT---T---ATCGAA-TTTT--C---TGA-TT---T----TT-T-TT-----------------T--TCA-ACTTGTCTTGT---C-CAT------TA---ACTT---TA--T---GAAA-----A------A-A-------TC-AG-T-----AAACC-AAGA--AA---TAAAGA--AGA-CTGGCCTcctaatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|6 : cTTTAGGCCATCTATCTT-TT--ATTTGTTGGTTCATGAAAT--CCA--CAGTTCATAAAAAGAAATA---T---TTTTCAC----TTGTTA-------A--------AA--------------------------------------TCTTTTCATTCTGACAA-TT--AT--ATTACCAT-----A-AAA--GGATAAA--AA-GG-AA----ACA----AAA---CTGAAAAAT-------TTAA------TGTCCATG-ACAAAA----T---TG-AA-AT----TATCAACCACAAA-A---CCATTGTTATG-AGAAATAACATCT---CAATGT--TAGAA-A---AT-AACCAAATTTGATC---TTTATGTTTCA-T-CCGT----TAA---AAA-AA----------A-A-ATT----TCTC--T-----TC--AT---G---ACAGAATTTTT--C---TGA-TT---T----TT-T-T------------------C--CCC-ATC--AACCAT---TCCAA------TA---ATAT---TT--A---GGGA-----A------A-AACATtagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|7 : TTT-TT--ATTTGTCTGTTTACAGAAT--CCA--CCGGCCCT-------ATT----------TTTGCC-GTTTGTGA-------A--------AAAAAA------AG---------C-------A-----ATTTTTTAT---------AC-TG--GT--AT----AT-------------------------T-AA----AAG----ACA---CTACAATTT-TT---TTTAA---------------AAAAAA----CAAACA-AA-AT----TTTACACCACAAA-A---TCTTTGTAAGG-TAGATTAACACTC---CAAGAA--TAGAA-AAATAT-AGCAAAATTTAATC---TC--TGTTTCA-T-C--TA---TAG---TAA-TG----------T-A---T----TTTA-TC-----TT--TT---T---ACAGAA-TTCT--A---TGATTT---T----TTAA-TTA----------------T--TCT-A----ATTTAT---T-TTA------T----TTTT---TT--T---AAAA-----A----T-A-TATAAA--CC----------AA--C-A--A--AT---AAAAAA--AAGTCTGGCCTaaaccaacattttcaaaaatgcttggcctaattaaca
gi|8 : AGGTCAGATTTTTT-TTTTATTTGTTGGTTTCTTGAAT--CCA--CTGTCCCC---------T----T---TTTTTACC-ATTTGTGA-------A--------AAA-AA------A----------TG-TTTTTC-----ATATTTTC-AACTCTG------G--AG--A--------G-GGA-A-----------------T-AA----AAG----AAA---CTGAAGATTGTC---TTTA-----------------CAAAA----T---CA-AA-AT----TGCATACCATGAA-A---TCATTGTTATGTGGGA-------------AAAAT---AGA-------------AAATTTGACT---TTTCTGTTTTA-T-CA-T----TAA---TAA-AT----------T---ATT----TTTC-CA-----TT--TT---T---ACAGGA-TTCT--T-------TT---T----TTCT-CTC----------------C--CCC-AC----CCCAT---T-TAA------TA---TTTT---TT--T---GGAA-----A----C-A-A-------TC-TG-TTAACCAA--C-A--A--AT---T--AAA--ACATTTGACCTaaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|9 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcagTT-TT--AGTTGCTAATTGGCATAAT--CCA----GTTCCT-------ATT----T---TTTTCAC--AT--GTAA-------A--------AAAAAATTGTTCA----------TTGTTTTTA-----ATTTTTTGTTATTTTGACAA-TG--AT--ATTG-AATGG-GGACCAA--A----AA--AA-GT---------G----AAA---CTGCAAAAT-TC---T----------C-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-GT----TGTACACCCTAAA-A---TGATTGTT------------------------TT--AAGAACA---AT-GACCAA--------------ATATTTTA-C-C--A----TAA---TAA-AA----------C-T-ATT----TTTC-CT-----CT--TG---T---ACAGAA-TTTTACC---T---TT---T----TTtaataatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444444444 44444444444444444444444 3333333 1111111 11111 22222222222222222222 111111 77777777777777777777777777777 1111111111
lowQualScore : 1 5 4 77 1 0 33 8888 0 555555555555555555 000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55 0 0 55 33 33 0 2 1111111111111111111111111 4444 2 4444 33 333 2 88888888888888888888888 8888 2 2 4444 0 4 2 333 2 1 22 33 33 2 333 2 2 333 0 4444 555555 2 2 4444444 333 2 6666666 4444 4 88888 33 333 666 4 33 333 22222 2 88888888888888888888 2 4 777 1 55 2 44444 333333 1 444 444 33 777777 444 33333333333333333333333333333 88 2 33 33 8888888888 55 0 33
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . .................. ... ....................................................... . .. . . .. .. .. . . ......................... .... . .... .. ... . ....................... .... . . .... . . . ... . . .. .. .. . ... . . ... . .... ...... . . ....... ... . ....... .... . ..... .. ... ... . .. ... ..... . .................... . . ... . .. . ..... ...... . ... ... .. ...... ... ............................. .. . .. .. .......... .. . ..
lowQualScore : 2 3 4 99 9 9 99 6666 4 333333333333333333 222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 22 6 2 00 22 22 5 5 5555555555555555555555555 7777 2 7777 11 999 0 33333333333333333333333 2222 1 1 5555 9 2 1 777 0 8 33 00 11 1 777 1 0 555 7 2222 222222 0 0 1111111 999 2 1111111 7777 4 66666 11 999 111 4 11 999 55555 2 88888888888888888888 2 4 444 0 66 4 22222 222222 0 111 111 22 666666 111 66666666666666666666666666666 44 5 44 44 2222222222 99 7 44
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAAAAA------A----------CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGATT-----TT-T--A-----------------TT-T-T---TCGACC--A-CCCAT---T-CAA------TANT---TT---TT--T---G-AAA---A----TA-AA-CA-AT---C-TG-T-----AA--C-A--A--AT---TA--A-AAA--AAGT--CTGGCCTGG
Reference ( family-386 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAANAA------A----------CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGATT-----TT-T--A-----------------TT-T-T---TCNACC--A-CCCAT---T-CAA------TANT---TT---TT--T---G-AAA---A----TA-AA-CA-GT---C-TG-T-----AA--C-A--A--AT---TA--A-AAA--AAAT--CTGGCCTGG
gi|1 : GGCCAGTCT-TTTTTA--ATTTTTTTGTTTACAGAAT--CCAAATGGTTCCC-------ACT--------TTTTCA---GTTTGTGACCACAAAA--------AAAGAA------G----------CT-TTTTTA-----AATATTTT-TCA-TACTG---G-TG--AT--ATTA-AACCG-GGA-AAG-----------------------A-G----AAA--CA---GCAGGTT-TC-------A------T-----TG-TCAAAAC----CA-AA-CT----CGCATACTATAAT-G---TCACTGGTATAAGAATAAATATCT-CGAA-ATT--GGAA-A----T-GACCAAATTAA-ACC---TCT----GT-----CTTTCA-CAC--A----TAA---TAA-AT-TAA-ATA----TATA-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TATT--C---AGATTTC---TT-T--T-----------------TT-T-T---TTCACCT-A-CTTA----T-CAAC-----TAGT---TT---TT--TTTAG-AAA---A--------------T---C-CG-T-----AA----------------A--A-AAAT-AAGT--CTAGCTT
gi|10 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTT-TTA-TTGTGCCAAATA--AC--ATTA-AACTG-GAA-AAA--T----A-------TAA----AT-G----AAA--CA---GTAGATT-TT-------A------T-----TA-ACATA-C----CA-AA-AC----TACACACCACCAA-A---TCATTGTTATGAAAACTGACACCT-ATAA-ATG--AGAA-A---ATAAACAAAAAATG-ACT---TGT----AT-----GTTTTG-T-C--TG---TAA----AG-AT-T-T-ATT----TCTA-TT-----AT--TA---T---ACATAC-TTTT--C---TGACTAAA--TC-T--A-----------------TT-T-TTTGTCCATC--A-CCCAT---T-CAC------CAGT---CT---TA--T---G-AAA---A----TACAA-CA-A-------G-A-----AC--C-AACA--AT---TA--A-AAA--AAAT--CTGTCCTaattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|11 : A--AT-GTAA----AA-G----AAA--CC---G-AG--T-TC---CTT---------------G-ACAAAAT----CATAA-AT----C-TAT-CCA-AAA-G---TTATTGTTATGACGACGAACATAT-TAAA-G-------A-A---AT-AACCAAAGCTG-ACC---TCT----AT-----ATCTCACT-C--G----TTA---TAA-AT-T---GTT----ACTC-TT-----TT--AT---T---ACACAA-ATTT--C---TGATA-----TT-T--A-----------------TT-T-T---TCGATC--A--TCAT---T-CAG------TATTTTATT---TT--T---A-GAA---ATCCGTA-AA-C------------C-----AA--C-A--A--AC---AG--T-AAC--AATT--CTGGCCTtattgcaa
gi|12 : AAGGCCAGACA-AATTTT--ATTTGCTGGTTTATGGAAT--CTG--CCATCCCT-------ATTA---C---CCCTTA----TTTTTGA-------A--------AAATAA------AAACACACAAACT-TTTCTA-------TTATTT-TCA-TATTAACAA-TT--AT--AGCA-AATGG-GGG------G----AA--AA-GCAA----AA-G----AAA--TT---ACAGATT-TC---TGTAA------C-----T----AAAAC-----A-AA-AT----TGTACACCATAGA-A---TTATTGTCATGAAGATAAACATTT-CAAT-ATT--AGAA-A---TT-GACAAGATTTG-ACC---TCT----TT-----ATTTCA-T-taaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|13 : ttttaaacaagcgTTAT--ATTTGTTTATTTATGGAAT--TCA--ACATCAAT-------AA-A---T---TTTGCA---ATTTGTGA-------A--------AAAAAA------AT---------CC-TTTATA-----ATTCT-TT-GCA---------------AT--ACCA-AA-----------------------A-GTAA----AA-G----AA---CT---TCAGATT-TC-------A------T-----TA-ACAGAAC----CA-AA-TT----TGTACACAATTAA-A---TTAC-----------TTAATATCT-CTAA-CTT--AGAA-A---AT-G-CCACATTGG-ATC---------------------CA-----------TAA---TAA-AG-T-A-TTT----CTTC-TT-----TT--TT---TCCCACAGAA-TTTT--C---TT-TT-----TT-T--A-----------------TT-T-
gi|14 : ATT-TC---CTT---------------G-GCAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGGTTGCTATTTATACATATA--AGAA-A---AT-GAGCAAATT---A-------T----AT------TTTTA-T-C--TC---TAA---TAA-AT-T-A-TTT----CTTC-TTTTATCTT--TT---C---ACAAAA-TTTT--C---TGATT-----TT-T--ATTTATTTAATTTTTTTTTT-T-T---TCGATC--A-CCCAT---C-CAAAAGTGTTTTT---TT---TT--T---A-AAA---A--------------T---C-CG-T-----AAACC-G--A--A-----A--ATAAA--TAGT--CTGGCcaattattttcaaccca
gi|15 : CACAAA-ACCCTCTTTGTTATGAAGATCACAATCT-GAAA-CTT--AAAA-A---AT-GACCAACTTTG-ACC---TCT----G--------TTCA-T-C--------AATCGTAACAT-T-A-TTT----ATCC-TT-----TT--TTATAT---ACA-AA-TTTT--CTCATTATT-----TT-T--C-----------------TT-T-T---TTCACC--A-TCCAC---C-CAG------TAGA---TTATATT--T---T-TAA---A----TA-AA-----T---C-TG-TAAACCAA--C-A--G--A----TA--A-GAA--ATGT--TTGGCCTAGataa
gi|16 : aaagtaaatgcaatgggtttccttATT-TT---TTTAA------T-----TG------------TA-AA-AT----TGTATGCTATATATA---T--TTATTATGAAGATTAATATCT-CCAA-TTT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ATT---TCT----TT-----GTTTCA-T-C--CG---CAA---TAA-AA-T-A---------------------T--TT---G---AC--AA-TT-----------TT-----TT-C--A----------------------------GACC--T-CACAT---C-CAA------T-TT---TT---TT--T-----------A----TA-AA-AA-AT---C-TG-TAAACCAA--C-A--A--A----TA--A-AAA--AAAT--CTGGCCTcaaaag
gi|17 : tttacaGATTGACACCT-ATAA-ATC--AGAA-T---AT-ATCCAAATCTG-ACT---TCT----AT-----ATTTTG-T-CCAT----TAA----AA-A----A-ATA----TTTC-TT-----TTAATT---C---ACAGAA-TTTT--C---TGATTTTATCTT-T--T-----------------TT-T-T---TAAAAC--A-CCCAT---C-CAG------CAAT---TT---AT--T---C-CAA---A-----------A-AT---C-TA-TA----AA--C-A--A--AC----------AA--AGGC--CTGGCTT
gi|18 : aTTTTT--ATATGTTGGTTTACAGAAT-------------------------A---T---TTTTGA----TTTGT----------------------------------------------TTT-------TTTTTTT-TCA-TTTTGATAC-TG--TT--ATTA-AATGG----------C----AA--AATGTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTA----------------ACAAAAC----CA-AA-AT----GGTACACCAtaaatg
gi|19 : c-A---AT-GACCTTATTTA-ACCAAGT-T----AT-----GTTTCA-T-CCAT----TA----TAA-AT-C-T-TTT----TTCC-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--T---AGATT-----TT-T---------------------T-T-T---TCCACC--A-CCCAT---T-CAA------TAAT---TT---TT--T---G-TGA---A-----A-AA--A-AT---C-AT-T-----AAC-C-A--ACTAT---TG--A-ATA--AACT--CTGGCTTgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|2 : TTAAGGCC---TT-TTTTTTTAATTTGTTCCTTTACAGAAT--CCA--CAGCACCT-------GTT--------TTTCCAT-CA---GTGA-------ATTTTTTTTAAAAAA------A----------TC-TTCTC----------TTTT-TAACTTTTGACAA-TGTTATTTATTA-AATGG-GGT-AAG--G-----------GTAA----AAAG----AAA--TTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TT-ACAAAATATTTCA-AG-------TGTTCACCACAAA-A---TCATTGTTACAATGATTGATATCT-CAAA-ATTGAAAAA-A---AT-TAACAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTAA-A-C--TA---TTA---TAA-AT-G-ATATC----TCCCATT-----TT--TT---TG--ACAAAA-TTTT--C---TGATT-----TTAT--C-----------------TTAT-T---TCAACC--A-CCCATACCG-CAATTT---TGTT---TT---TT--T---A-AAA---ATCTGTA-AA-C------------C-----AA--C-A--A--A----TA--C-AAA--AAGT--TTGGCTTtattaa
gi|20 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaT-TCA-GTCAGATAT-TG--AT--ATTA-AATGGAGGA-AAATGG----AATGAA-GCTA----TA-G----AA--------GCAAA------------A------T-----TGTATACACC----CA-----------GTAC--CATGAA-A---TTATTGTTATGAAGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---TT-GACC--ATTTG-ACC---TTT----AT-----GTATCA-T-C--T----tacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|21 : GACT-TTTTT-----------GTTTACG-AAT--CCA--TCGTTCTT--------TT----T---TTTTCA---ATTCATGA-------A--------AAAACATTC---A----------CT-CTT--G-----ATTTTCTT-TTA-TTCTGACAC-AG--AA--ATTA-AA-AG-GGA-----------AA--AA-GTAC----AA-G----ACA--CT---GCAAATT-Tg
gi|22 : ACCAAATTTG-TCT---TCG----CT-----ATTACG-T-C--CG---TAA---TAA-AT---A-ATT----TTTCCTT-----TT--TT---T---ACAAAACTTTT--C---TGATT-----------------------------TT-T-T---TCAACC--A-ACCAT---T-CAA------TAAT---TT---TC--A---G-AAA---A----
gi|23 : aaatattaaTTTTTTT-TCA-ATTTGAAAC-TA--AT--ATTA-AATAG-------A--G----AA--AG-GTAA----AT-G----ACAGTCT---CCATATT-TC---TTTA----------------ACAAAAC----AA-AC-AT----CTTACATCAAATA-A---TTACTGTTATCAGAATTa
gi|24 : tttAGGTCATGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTTCAGAAT--CAA--CCGTCTC-----------A---T---TTTTT-C-CATTTTTAA-------AG-------AGATAAC-----A----------CT-CTTTTATCTTTAATCTTTT-TCA-TTCTGACGT-TG--AT--
gi|25 : -T-T---TCAACC--A-CCCAT---C-CAG------TATT---TT---T-----------A---A----TA-AAACA-AT---C-TG-T-----AAA-C-C--A--ATAAATA--A-AAA--AAAT--
gi|26 : gtttcaaccgtaataaataatttctgcattttacagaaaaaaaaaaaaAA----AA-G----AAA--CT---GCAAATT-TC---C-TA--------------G-ACAAAAT----CA-AA-ATATAATGTACATCACAAA-A---TCATTGTTTTGAGAGTTAA
gi|3 : aTTGAGGCCAGATG-TTTTCT--ATTTGTTTGTTTGCAGAAT--CTA--TTGTCCTT-------ATTA---TGAATTTCTAC-TAGTTGTGA-------A--------AAACAA------A----------CT-TTTCTA-----ATTTTCTG-TCA-TTCTGAAAC-TG--AT--ATTA-AACGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TA-ATAAAAC----TA-AA-AT----TGTACACCATAAA-A---TCACTTTTCCGAAGATTAATATCA-CAAA-CTA--AGAA-A---AT-TACCAAATTTT-ACT---TCT----AT-----GTTTCA-A-C--TGG--CAA---TAA-AT-T-A-ATT----CTTC-TT-----CT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TTATT-----TT-T--G-----------------CT-TATAA-TTGACC--A-CCCAC---T-GGA------TAAA---TT---TT--C---G-AAA---A----CA-AA-CATGT---CTTGTT-----AA--CAA--A--AT---TG--G-AAATTAAAT--GCATCCTGGt
gi|4 : aatggtatgtattatattttgtgttgaactggcaggcaagtgtttcaatttcaatgcagaaattctgttGGCCAGGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTC-ATAGAGT--TCA--CTGTTCTT-------ATTT---T---CTTCCATTCATTT-TGA-------GT-------CAATA-------------------T-TTTTTGTT---ATTTTTTTATCA-TTCTGACAC-TG--AT--AT-A-AATTG-AGA-AAA--T----AA--AA-GAAACTGCAA-GTTGAAAA--CT---GCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TA-ACAAAAA----GA-AACAT----T-TACAACATTAT-A---TCATT------AAAATTGATATCT-CAGA-CTT--AGAA-A---AT-GACAAAATTTGAATC---TTTTAAAATAAATGGTTTCT-T-C--T----T-----------------TT----TTTT-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--C---TGATT-----TT-A--A-----------------TT-TGT---TCAACC--A-CCAAT---T-CAA------TACT---TT---TA--T---GTAAA---A----T--------GT---C-TG-TA----AA--C-C--A--AT---TAATA-AAA--AAATGCCTGGCCT
gi|5 : TTTTT--ATT-GTTGGTTTATGGATTTTCTA--CAGTTCTT-------TTTCCCTT---TTTTTTC-CATTTGTTA-------A--------A-----------------------T-TTTGTA-----ATTCTT------------ACAA-TG--AT--ATTT-TTTGG-TGA-AAC--A----AA--AA-GTAA----AT-G----AAA--CT---GCAGAAT-TC---CTT---------------G-GCAA-------CA-AA-A----------ACCA--AA-A---TCATTGTTATAAGTGTTCAAATCT-AAGA-ATT--AGAA-A---AT-AAACAAATTTG-ATT---TCT----AT-----GTTTCA-T-TAATTTTGTAA---TAT-ATAT-A-ATCTTTATTTC-TTAA---TT--TT---T---ATCGAA-TTTT--C---TGATT-----TT-T--------------------TT-T-T---TCAACTTGT-CTTGT---C-CAT------TAAC---TT---TA--T---G-AAA---A-----A-AT-CA-GTAAAC----C-----AA--G-A--A--A----TA--A-AGA--AGA---CTGGCCTaatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|6 : cTTTAGGCCAT-CTATCTTTT--ATTTGTTGGTTCATGAAAT--CCA--CAGTTCATAAAAAGAAATA---T---TTTTCAC----TTGTTA-------A--------AA--------------------------------------TCTTT-TCA-TTCTGACAA-TT--AT--ATTACCAT-----A-AAA--GGATAAA--AA-GGAA----AC-A----AAA--CT---GAAAAAT-------TTAA------TGTCCATG-ACAAAAT----TG-AA-AT----TATCAACCACAAA-A---CCATTGTTATGAGAAATAACATCT-CAAT-GTT--AGAA-A---AT-AACCAAATTTG-ATC---TTT----AT-----GTTTCA-T-CCGT----TAA---AAA-AA-A-A-ATT----TCTC--T-----TC--AT---G---ACAGAATTTTT--C---TGATT-----TT----------------------TT-T-C---CCCATC--A-ACCAT---TCCAA------TAAT---AT---TTAGG---G-AAAAACA----TA-AA-C------------C-----AA--C-A--T--TT---TC--A-AAA--ATGC--TTGGCCTtagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|7 : TTTTT--ATTTGTCTGTTTACAGAAT--CCA--CCGGCCCT-------ATT----------TTTGC-CGTTTGTGA-------A--------AAAAAA------AG---------C-------A-----ATTTTTT-----------ATAC-TG--GT--AT----AT-------------------------TAA----AA-G----ACA--CT---ACAATTT-TT---TTTAA---------------AAAAAACAAA-CA-AA-AT----TTTACACCACAAA-A---TCTTTGTAAGGTAGATTAACACTC-CAAG-AAT--AGAA-AAATAT-AGCAAAATTTA-ATC---TC------T-----GTTTCA-T-C--TA---TAG---TAA-TG-T-A---T----TTTA-TC-----TT--TT---T---ACAGAA-TTCT--A---TGATT-----TT-TTAA-----------------TT-A-T---TCTA----A-TTTAT---T-TTA------T-TT---TT---TT--T---A-AAA---A----TA-TA-TA-AA---C----C-----AA--C-A--A--AT---AA--A-AAA--AAGT--CTGGCCTaattaaca
gi|8 : AGGTCAGATT-TTTTTTTTATTTGTTGGTTTCTTGAAT--CCA--CTGTCCCC---------T----T---TTTTTAC-CATTTGTGA-------A--------AAAAAA------T----------GT-TTTTCA--------TATTT-TCAACTCTG------G--AG--A--------G-GGA-A-----------------TAA----AA-G----AAA--CT---GAAGATTGTC---TTTA-----------------CAAAAT----CA-AA-AT----TGCATACCATGAA-A---TCATTGTTATGTGGG-----------AAA-AAT--AGA-------------AAATTTG-ACT---TTT----CT-----GTTTTA-T-CA-T----TAA---TAA-AT-T---ATT----TTTC-CA-----TT--TT---T---ACAGGA-TTCT---------TT-----TT-T--------------------TC-T-C---TCCCCC--ACCCCAT---T-TAA------TATT---TT---TT--T---G-G-----------A-AA-CA-AT---C-TG-TTAACCAA--C-A--A--AT---T-----AAA--ACAT--TTGACCTaaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|9 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcagTTTT--AGTTGCTAATTGGCATAAT--CCA----GTTCCT-------ATT----T---TTTTCAC--AT--GTAA-------A--------AAAAAATTGTTCA----------TTGTTTTTA-----ATTTTTTG-TTA-TTTTGACAA-TG--AT--ATTG-AATGG-GGACCAA--A----AA--AA-GT---------G----AAA--CT---GCAAAAT-TC---T----------C-----TG-ACAAAAC----CA-AA-GT----TGTACACCCTAAA-A---TGATTGTT-------TTA-----------------AGAACA---AT-GACCAA-------------------AT-----ATTTTA-C-C--A----TAA---TAA-AA-C-T-ATT----TTTC-CT-----CT--TG---T---ACAGAA-TTTTACC---T--TT-----TT-T--taataatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444444444 44444444444444444444444 3333333 1111111 2222222222222222222222 11111 55555555555555555555555555555555555 1111111111111111
lowQualScore : 1 5 4 77 1 0 33 8888 0 555555555555555555 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 55 0 0 55 33 33 0 2 1111111111111111111111111 4444 2 4444 33 333 2 88888888888888888888888 8888 2 2 4444 0 4 2 333 2 1 22 33 33 2 333 2 2 333 0 4444 555555 2 2 4444444 333 2 6666666 4444 4 88888 33 333 666 4 33 333 333 99999 9999999999999999999999 2 4 33 8888 33 2 44444 22222 1 444 444 99999999999999999999999999999999999 55 4444444444444444 5 2 444 6
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . .................. ... ........................................................ . .. . . .. .. .. . . ......................... .... . .... .. ... . ....................... .... . . .... . . . ... . . .. .. .. . ... . . ... . .... ...... . . ....... ... . ....... .... . ..... .. ... ... . .. ... ... ..... ...................... . . .. .... .. . ..... ..... . ... ... ................................... .. ................ . . ... .
lowQualScore : 2 3 4 99 9 9 99 6666 4 333333333333333333 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 22 6 2 00 22 22 5 5 5555555555555555555555555 7777 2 7777 11 999 0 33333333333333333333333 2222 1 1 5555 9 2 1 777 0 8 33 00 11 1 777 1 0 555 7 2222 222222 0 0 1111111 999 2 1111111 7777 4 66666 11 999 111 4 11 999 999 44444 6666666666666666666666 2 4 22 1111 22 4 22222 44444 0 111 111 88888888888888888888888888888888888 99 7777777777777777 0 5 777 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTG-AAAA----T-A-AAC---A-ATC-TG-T-----AA--C----A--A--AT---TAA-AAA-AA---GTCTGGCCTAG
Reference ( family-386 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTG-AAAA----T-A-AAC---A-ATC-TG-T-----AA--C----A--A--AT---TAA-AAA-AA---GTCTGGCCTGG
gi|1 : GGCCAGTCT-TTTTTA--ATTTTTTTGTTTACAGAAT--CCAAATGGTTCCC-------ACT--------TTTTCA---GTTTGTGACCACAAAA--------AAA---------G-AA------G-CT-TTTTTA-----AATATTTT-TCA-TACTG---G-TG--AT--ATTA-AACCG-GGA-AAG-----------------------A-G----AAA--CA---GCAGGTT-TC-------A------T-----TG-TCAAAAC----CA-AA-CT----CGCATACTATAAT-G---TCACTGGTATAAGAATAAATATCT-CGAA-ATT--GGAA-A----T-GACCAAATTAA-ACC---TCT----GT-----CTTTCA-CAC--A----TAA---TAA-AT-TAA-ATA----TATA-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TATT--C---AGATTTCT-----TT-T--T-----------------TT-T-T--TCA---CCT--A-CTTA----T-CAAC----TAGT---TT---TTTT---------T-A-GAA---A-ATC-CG-T-----AA-------------------AA-AAATAA---GTCTAGCTT
gi|10 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTT-TTA-TTGTGCCAAATA--AC--ATTA-AACTG-GAA-AAA--T----A-------TAA----AT-G----AAA--CA---GTAGATT-TT-------A------T-----TA-ACATA-C----CA-AA-AC----TACACACCACCAA-A---TCATTGTTATGAAAACTGACACCT-ATAA-ATG--AGAA-A---ATAAACAAAAAATG-ACT---TGT----AT-----GTTTTG-T-C--TG---TAA----AG-AT-T-T-ATT----TCTA-TT-----AT--TA---T---ACATAC-TTTT--C---TGAC---TAAA--TC-T--A-----------------TT-T-T--TTGTCCATC--A-CCCAT---T-CAC-----CAGT---CT---TATG-AAAA----T-ACAAC---A-A----G-A-----AC--C----AACA--AT---TAA-AAA-AA---ATCTGTCCTaattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|11 : A--AT-GTAA----AA-G----AAA--CC---G-AG--T-TC---CTT---------------G-ACAAAAT----CATAA-AT----C-TAT-CCA-AAA-G---TTATTGTTATGACGACGAACATAT-TAAA-G-------A-A---AT-AACCAAAGCTG-ACC---TCT----AT-----ATCTCACT-C--G----TTA---TAA-AT-T-G--TT----ACTC-TT-----TT--AT---T---ACACAA-ATTT--C---TGAT---A-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ATC--A--TCAT---T-CAG-----TATTTTATT---TTTA-GAAATCCGT-A-AAC------------C-----AA--C----A--A--AC---AGT-AAC-AA---TTCTGGCCTtattgcaa
gi|12 : AAGGCCAGACA-AATTTT--ATTTGCTGGTTTATGGAAT--CTG--CCATCCCT-------ATTA---C---CCCTTA----TTTTTGA-------A--------AAATAAAAACACACAA------A-CT-TTTCTA-------TTATTT-TCA-TATTAACAA-TT--AT--AGCA-AATGG-GGG------G----AA--AA-GCAA----AA-G----AAA--TT---ACAGATT-TC---TGTAA------C-----T----AAAAC-----A-AA-AT----TGTACACCATAGA-A---TTATTGTCATGAAGATAAACATTT-CAAT-ATT--AGAA-A---TT-GACAAGATTTG-ACC---TCT----TT-----ATTTCA-T-taaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|13 : ttttaaacaagcgTTAT--ATTTGTTTATTTATGGAAT--TCA--ACATCAAT-------AA-A---T---TTTGCA---ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------ATCC-TTTATA-----ATTCT-TT-GCA---------------AT--ACCA-AA-----------------------A-GTAA----AA-G----AA---CT---TCAGATT-TC-------A------T-----TA-ACAGAAC----CA-AA-TT----TGTACACAATTAA-A---TTAC-----------TTAATATCT-CTAA-CTT--AGAA-A---AT-G-CCACATTGG-ATC---------------------CA-----------TAA---TAA-AG-T-A-TTT----CTTC-TT-----TT--TT---TCCCACAGAA-TTTT--C---TT-T---T-----TT-T--A-----------------TT-T-
gi|14 : ATT-TC---CTT---------------G-GCAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGGTTGCTATTTATACATATA--AGAA-A---AT-GAGCAAATT---A-------T----AT------TTTTA-T-C--TC---TAA---TAA-AT-T-A-TTT----CTTC-TTTTATCTT--TT---C---ACAAAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--ATTTATTTAATTTTTTTTTT-T-T--TCG---ATC--A-CCCAT---C-CAAAAGTGTTTT---TT---TTT----------T-A-AA----A-ATC-CG-T-----AAACC----G--A--A-----AATAAA-TA---GTCTGGCcaattattttcaaccca
gi|15 : CACAAA-ACCCTCTTTGTTATGAAGATCACAATCT-GAAA-CTT--AAAA-A---AT-GACCAACTTTG-ACC---TCT----G--------TTCA-T-C--------AATCGTAACAT-T-A-TTT----ATCC-TT-----TT--TTATAT---ACA-AA-TTTT--CTCATTAT---T-----TT-T--C-----------------TT-T-T--TTC---ACC--A-TCCAC---C-CAG-----TAGA---TTATATTTT-TAAA----T-A-------A-ATC-TG-TAAACCAA--C----A--G--A----TAA-GAA-AT---GTTTGGCCTAataa
gi|16 : aaagtaaatgcaatgggtttccttATT-TT---TTTAA------T-----TG------------TA-AA-AT----TGTATGCTATATATA---T--TTATTATGAAGATTAATATCT-CCAA-TTT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ATT---TCT----TT-----GTTTCA-T-C--CG---CAA---TAA-AA-T-A---------------------T--TT---G---AC--AA-TT-----------T---T-----TT-C--A---------------------------G---ACC--T-CACAT---C-CAA-----T-TT---TT---TTT-----A----T-A-AAA---A-ATC-TG-TAAACCAA--C----A--A--A----TAA-AAA-AA---ATCTGGCCTcaaaag
gi|17 : tttacaGATTGACACCT-ATAA-ATC--AGAA-T---AT-ATCCAAATCTG-ACT---TCT----AT-----ATTTTG-T-CCAT----TAA----AA-A----A-ATA----TTTC-TT-----TTAATT---C---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---TTTATCTT-T--T-----------------TT-T-T--TAA---AAC--A-CCCAT---C-CAG-----CAAT---TT---ATTC-CAAA--------------A-ATC-TA-TA----AA--C----A--A--AC--------AA-AG---GCCTGGCTT
gi|18 : aTTTTT--ATATGTTGGTTTACAGAAT-------------------------A---T---TTTTGA----TTTGT-----------------------------------------------TTT-------TTTTTTT-TCA-TTTTGATAC-TG--TT--ATTA-AATGG----------C----AA--AATGTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTA----------------ACAAAAC----CA-AA-AT----GGTACACCAtaaatg
gi|19 : c-A---AT-GACCTTATTTA-ACCAAGT-T----AT-----GTTTCA-T-CCAT----TA----TAA-AT-C-T-TTT----TTCC-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--T---AGAT---T-----TT----------------------TT-T-T--TCC---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TAAT---TT---TTTG-TGAA------A-AA----A-ATC-AT-T-----AAC-C----A--ACTAT---TGA-ATA-AA---CTCTGGCTTgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|2 : TTAAGGCC---TT-TTTTTTTAATTTGTTCCTTTACAGAAT--CCA--CAGCACCT-------GTT--------TTTCCAT-CA---GTGA-------ATTTTTTTTAAA---------A-AA------A-TC-TTCTC----------TTTT-TAACTTTTGACAA-TGTTATTTATTA-AATGG-GGT-AAG--G-----------GTAA----AAAG----AAA--TTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TT-ACAAAATATTTCA-AG-------TGTTCACCACAAA-A---TCATTGTTACAATGATTGATATCT-CAAA-ATTGAAAAA-A---AT-TAACAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTAA-A-C--TA---TTA---TAA-AT-G-ATATC----TCCCATT-----TT--TT---TG--ACAAAA-TTTT--C---TGAT---T-----TTAT--C-----------------TTAT-T--TCA---ACC--A-CCCATACCG-CAATTT--TGTT---TT---TTTA-AAAATCTGT-A-AAC------------C-----AA--C----A--A--A----TAC-AAA-AA---GTTTGGCTTtattaa
gi|20 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaT-TCA-GTCAGATAT-TG--AT--ATTA-AATGGAGGA-AAATGG----AATGAA-GCTA----TA-G----AA--------GCAAA------------A------T-----TGTATACACC----CA-----------GTAC--CATGAA-A---TTATTGTTATGAAGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---TT-GACC--ATTTG-ACC---TTT----AT-----GTATCA-T-C--T----tacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|21 : GACT-TTTTT-----------GTTTACG-AAT--CCA--TCGTTCTT--------TT----T---TTTTCA---ATTCATGA-------A--------AAA---------A-CATTC---A-CT-CTT--G-----ATTTTCTT-TTA-TTCTGACAC-AG--AA--ATTA-AA-AG-GGA-----------AA--AA-GTAC----AA-G----ACA--CT---GCAAATT-Tg
gi|22 : ACCAAATTTG-TCT---TCG----CT-----ATTACG-T-C--CG---TAA---TAA-AT---A-ATT----TTTCCTT-----TT--TT---T---ACAAAACTTTT--C---TGAT---T-----------------------------TT-T-T--TCA---ACC--A-ACCAT---T-CAA-----TAAT---TT---TCAG-AAAA----
gi|23 : aaatattaaTTTTTTT-TCA-ATTTGAAAC-TA--AT--ATTA-AATAG-------A--G----AA--AG-GTAA----AT-G----ACAGTCT---CCATATT-TC---TTTA----------------ACAAAAC----AA-AC-AT----CTTACATCAAATA-A---TTACTGTTATCAGAATTa
gi|24 : tttAGGTCATGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTTCAGAAT--CAA--CCGTCTC-----------A---T---TTTTT-C-CATTTTTAA-------A--------GAG---------ATAAC-----A-CT-CTTTTATCTTTAATCTTTT-TCA-TTCTGACGT-TG--AT--
gi|25 : -T-T--TCA---ACC--A-CCCAT---C-CAG-----TATT---TT---T------AA----TAA-AAC---A-ATC-TG-TA----AA--C----C--A--ATAAATAA-AAA-AA---AT
gi|26 : gtttcaaccgtaataaataatttctgcattttacagaaaaaaaaaaaaAA----AA-G----AAA--CT---GCAAATT-TC---C-TA--------------G-ACAAAAT----CA-AA-ATATAATGTACATCACAAA-A---TCATTGTTTTGAGAGTTAA
gi|3 : aTTGAGGCCAGATG-TTTTCT--ATTTGTTTGTTTGCAGAAT--CTA--TTGTCCTT-------ATTA---TGAATTTCTAC-TAGTTGTGA-------A--------AAA---------C-AA------A-CT-TTTCTA-----ATTTTCTG-TCA-TTCTGAAAC-TG--AT--ATTA-AACGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TA-ATAAAAC----TA-AA-AT----TGTACACCATAAA-A---TCACTTTTCCGAAGATTAATATCA-CAAA-CTA--AGAA-A---AT-TACCAAATTTT-ACT---TCT----AT-----GTTTCA-A-C--TGG--CAA---TAA-AT-T-A-ATT----CTTC-TT-----CT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TTAT---T-----TT-T--G-----------------CT-TATAATTG---ACC--A-CCCAC---T-GGA-----TAAA---TT---TTCG-AAAA----C-A-AAC---ATGTCTTGTT-----AA--CA---A--A--AT---TGG-AAA-t
gi|4 : aatggtatgtattatattttgtgttgaactggcaggcaagtgtttcaatttcaatgcagaaattctgttGGCCAGGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTC-ATAGAGT--TCA--CTGTTCTT-------ATTT---T---CTTCCATTCATTT-TGA-------G--------TCA---------A-TA------T-TT-TTTGTT-----ATTTTTTTATCA-TTCTGACAC-TG--AT--AT-A-AATTG-AGA-AAA--T----AA--AA-GAAACTGCAA-GTTGAAAA--CT---GCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TA-ACAAAAA----GA-AACAT----T-TACAACATTAT-A---TCATT------AAAATTGATATCT-CAGA-CTT--AGAA-A---AT-GACAAAATTTGAATC---TTTTAAAATAAATGGTTTCT-T-C--T----T-----------------TT----TTTT-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-A--A-----------------TT-TGT--TCA---ACC--A-CCAAT---T-CAA-----TACT---TT---TATGTAAAA----T-----------GTC-TG-TA----AA--C----C--A--AT---TAATAAA-AAAATGCCTGGCCTttaaatgcatcctgg
gi|5 : TTTTT--ATT-GTTGGTTTATGGATTTTCTA--CAGTTCTT-------TTTCCCTT---TTTTTTC-CATTTGTTA-------A--------A------------------------T-TTTGTA-----ATTCTT------------ACAA-TG--AT--ATTT-TTTGG-TGA-AAC--A----AA--AA-GTAA----AT-G----AAA--CT---GCAGAAT-TC---CTT---------------G-GCAA-------CA-AA-A----------ACCA--AA-A---TCATTGTTATAAGTGTTCAAATCT-AAGA-ATT--AGAA-A---AT-AAACAAATTTG-ATT---TCT----AT-----GTTTCA-T-TAATTTTGTAA---TAT-ATAT-A-ATCTTTATTTC-TTAA---TT--TT---T---ATCGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--------------------TT-T-T--TCA---ACTTGT-CTTGT---C-CAT-----TAAC---TT---TATG-AAAA--------------A-ATC-AG-TA----AA--CCAAGA--A--AT-----A-AAG-AA---GACTGGCCTaatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|6 : cTTTAGGCCAT-CTATCTTTT--ATTTGTTGGTTCATGAAAT--CCA--CAGTTCATAAAAAGAAATA---T---TTTTCAC----TTGTTA-------A--------AA---------------------------------------TCTTT-TCA-TTCTGACAA-TT--AT--ATTACCAT-----A-AAA--GGATAAA--AA-GGAA----AC-A----AAA--CT---GAAAAAT-------TTAA------TGTCCATG-ACAAAAT----TG-AA-AT----TATCAACCACAAA-A---CCATTGTTATGAGAAATAACATCT-CAAT-GTT--AGAA-A---AT-AACCAAATTTG-ATC---TTT----AT-----GTTTCA-T-CCGT----TAA---AAA-AA-A-A-ATT----TCTC--T-----TC--AT---G---ACAGAATTTTT--C---TGAT---T-----TT----------------------TT-T-C--CCC---ATC--A-ACCAT---TCCAA-----TAAT---AT---TTAG-GGAA------A-AACATAA-ACC----------AA--C----A--T--TT---TCA-AAA-AT---GCTTGGCCTtagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|7 : TTTTT--ATTTGTCTGTTTACAGAAT--CCA--CCGGCCCT-------ATT----------TTTGC-CGTTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------AGC-------A-----ATTTTTT-----------ATAC-TG--GT--AT----AT-------------------------TAA----AA-G----ACA--CT---ACAATTT-TT---TTTAA---------------AAAAAACAAA-CA-AA-AT----TTTACACCACAAA-A---TCTTTGTAAGGTAGATTAACACTC-CAAG-AAT--AGAA-AAATAT-AGCAAAATTTA-ATC---TC------T-----GTTTCA-T-C--TA---TAG---TAA-TG-T-A---T----TTTA-TC-----TT--TT---T---ACAGAA-TTCT--A---TGAT---T-----TT-TTAA-----------------TT-A-T--TCT---A----A-TTTAT---T-TTA-----T-TT---TT---TTTA-AAAA----T-A-TAT---A-AAC----C-----AA--C----A--A--AT---AAA-AAA-AA---GTCTGGCCTaattaaca
gi|8 : AGGTCAGATT-TTTTTTTTATTTGTTGGTTTCTTGAAT--CCA--CTGTCCCC---------T----T---TTTTTAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------T-GT-TTTTCA--------TATTT-TCAACTCTG------G--AG--A--------G-GGA-A-----------------TAA----AA-G----AAA--CT---GAAGATTGTC---TTTA-----------------CAAAAT----CA-AA-AT----TGCATACCATGAA-A---TCATTGTTATGTGGG-----------AAA-AAT--AGA-------------AAATTTG-ACT---TTT----CT-----GTTTTA-T-CA-T----TAA---TAA-AT-T---ATT----TTTC-CA-----TT--TT---T---ACAGGA-TTCT---------T---T-----TT-T--------------------TC-T-C--TCC---CCC--ACCCCAT---T-TAA-----TATT---TT---TTTG-G---------A-AAC---A-ATC-TG-TTAACCAA--C----A--A--AT---TAA-AAC-A-----TTTGACCTaaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|9 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcagTTTT--AGTTGCTAATTGGCATAAT--CCA----GTTCCT-------ATT----T---TTTTCAC--AT--GTAA-------A--------AAA---------A-AATTGTTCA-TTGTTTTTA-----ATTTTTTG-TTA-TTTTGACAA-TG--AT--ATTG-AATGG-GGACCAA--A----AA--AA-GT---------G----AAA--CT---GCAAAAT-TC---T----------C-----TG-ACAAAAC----CA-AA-GT----TGTACACCCTAAA-A---TGATTGTT-------TTA-----------------AGAACA---AT-GACCAA-------------------AT-----ATTTTA-C-C--A----TAA---TAA-AA-C-T-ATT----TTTC-CT-----CT--TG---T---ACAGAA-TTTTACC---T--T---T-----TT-T--taataatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444444444444444 44444444444444444444444 3333333 1111111 2222222222222222222222 11111 55555555555555555555555555555555555 1111111111111111
lowQualScore : 1 5 4 77 1 0 33 8888 0 555555555555555555 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 55 0 0 55 33 33 0 2 1111111111111111111111111 4444 2 4444 33 333 2 88888888888888888888888 8888 2 2 4444 0 4 2 333 2 1 22 33 33 2 333 2 2 333 0 4444 555555 2 2 4444444 333 2 6666666 4444 4 88888 33 333 666 4 33 333 333 99999 9999999999999999999999 2 4 33 8888 33 2 44444 22222 1 444 444 99999999999999999999999999999999999 55 4444444444444444 5 2 444
lowQualScore : . . . .. . . .. .... . .................. ... ........................................................ . .. . . .. .. .. . . ......................... .... . .... .. ... . ....................... .... . . .... . . . ... . . .. .. .. . ... . . ... . .... ...... . . ....... ... . ....... .... . ..... .. ... ... . .. ... ... ..... ...................... . . .. .... .. . ..... ..... . ... ... ................................... .. ................ . . ...
lowQualScore : 2 3 4 99 9 9 99 6666 4 333333333333333333 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 22 6 2 00 22 22 5 5 5555555555555555555555555 7777 2 7777 11 999 0 33333333333333333333333 2222 1 1 5555 9 2 1 777 0 8 33 00 11 1 777 1 0 555 7 2222 222222 0 0 1111111 999 2 1111111 7777 4 66666 11 999 111 4 11 999 999 44444 6666666666666666666666 2 4 22 1111 22 4 22222 44444 0 111 111 88888888888888888888888888888888888 99 7777777777777777 0 5 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTG-AAAA----T-A-AAC---A-ATC-TG-T-----AA--C----A--A--AT---TAA-AAA-AA---GTCTGGCCTAG
Reference ( family-386 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTG-AAAA----T-A-AAC---A-ATC-TG-T-----AA--C----A--A--AT---TAA-AAA-AA---GTCTGGCCTAG
gi|1 : GGCCAGTCT-TTTTTA--ATTTTTTTGTTTACAGAAT--CCAAATGGTTCCC-------ACT--------TTTTCA---GTTTGTGACCACAAAA--------AAA---------G-AA------G-CT-TTTTTA-----AATATTTT-TCA-TACTG---G-TG--AT--ATTA-AACCG-GGA-AAG-----------------------A-G----AAA--CA---GCAGGTT-TC-------A------T-----TG-TCAAAAC----CA-AA-CT----CGCATACTATAAT-G---TCACTGGTATAAGAATAAATATCT-CGAA-ATT--GGAA-A----T-GACCAAATTAA-ACC---TCT----GT-----CTTTCA-CAC--A----TAA---TAA-AT-TAA-ATA----TATA-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TATT--C---AGATTTCT-----TT-T--T-----------------TT-T-T--TCA---CCT--A-CTTA----T-CAAC----TAGT---TT---TTTT---------T-A-GAA---A-ATC-CG-T-----AA-------------------AA-AAATAA---GTCTAGCTTA
gi|10 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTT-TTA-TTGTGCCAAATA--AC--ATTA-AACTG-GAA-AAA--T----A-------TAA----AT-G----AAA--CA---GTAGATT-TT-------A------T-----TA-ACATA-C----CA-AA-AC----TACACACCACCAA-A---TCATTGTTATGAAAACTGACACCT-ATAA-ATG--AGAA-A---ATAAACAAAAAATG-ACT---TGT----AT-----GTTTTG-T-C--TG---TAA----AG-AT-T-T-ATT----TCTA-TT-----AT--TA---T---ACATAC-TTTT--C---TGAC---TAAA--TC-T--A-----------------TT-T-T--TTGTCCATC--A-CCCAT---T-CAC-----CAGT---CT---TATG-AAAA----T-ACAAC---A-A----G-A-----AC--C----AACA--AT---TAA-AAA-AA---ATCTGTCCTattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|11 : A--AT-GTAA----AA-G----AAA--CC---G-AG--T-TC---CTT---------------G-ACAAAAT----CATAA-AT----C-TAT-CCA-AAA-G---TTATTGTTATGACGACGAACATAT-TAAA-G-------A-A---AT-AACCAAAGCTG-ACC---TCT----AT-----ATCTCACT-C--G----TTA---TAA-AT-T-G--TT----ACTC-TT-----TT--AT---T---ACACAA-ATTT--C---TGAT---A-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ATC--A--TCAT---T-CAG-----TATTTTATT---TTTA-GAAATCCGT-A-AAC------------C-----AA--C----A--A--AC---AGT-AAC-AA---TTCTGGCCTtattgcaa
gi|12 : AAGGCCAGACA-AATTTT--ATTTGCTGGTTTATGGAAT--CTG--CCATCCCT-------ATTA---C---CCCTTA----TTTTTGA-------A--------AAATAAAAACACACAA------A-CT-TTTCTA-------TTATTT-TCA-TATTAACAA-TT--AT--AGCA-AATGG-GGG------G----AA--AA-GCAA----AA-G----AAA--TT---ACAGATT-TC---TGTAA------C-----T----AAAAC-----A-AA-AT----TGTACACCATAGA-A---TTATTGTCATGAAGATAAACATTT-CAAT-ATT--AGAA-A---TT-GACAAGATTTG-ACC---TCT----TT-----ATTTCA-T-taaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|13 : ttttaaacaagcgTTAT--ATTTGTTTATTTATGGAAT--TCA--ACATCAAT-------AA-A---T---TTTGCA---ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------ATCC-TTTATA-----ATTCT-TT-GCA---------------AT--ACCA-AA-----------------------A-GTAA----AA-G----AA---CT---TCAGATT-TC-------A------T-----TA-ACAGAAC----CA-AA-TT----TGTACACAATTAA-A---TTAC-----------TTAATATCT-CTAA-CTT--AGAA-A---AT-G-CCACATTGG-ATC---------------------CA-----------TAA---TAA-AG-T-A-TTT----CTTC-TT-----TT--TT---TCCCACAGAA-TTTT--C---TT-T---T-----TT-T--A-----------------TT-T-
gi|14 : ATT-TC---CTT---------------G-GCAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGGTTGCTATTTATACATATA--AGAA-A---AT-GAGCAAATT---A-------T----AT------TTTTA-T-C--TC---TAA---TAA-AT-T-A-TTT----CTTC-TTTTATCTT--TT---C---ACAAAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--ATTTATTTAATTTTTTTTTT-T-T--TCG---ATC--A-CCCAT---C-CAAAAGTGTTTT---TT---TTT----------T-A-AA----A-ATC-CG-T-----AAACC----G--A--A-----AATAAA-TA---GTCTGGCATAcaattattttcaaccca
gi|15 : CACAAA-ACCCTCTTTGTTATGAAGATCACAATCT-GAAA-CTT--AAAA-A---AT-GACCAACTTTG-ACC---TCT----G--------TTCA-T-C--------AATCGTAACAT-T-A-TTT----ATCC-TT-----TT--TTATAT---ACA-AA-TTTT--CTCATTAT---T-----TT-T--C-----------------TT-T-T--TTC---ACC--A-TCCAC---C-CAG-----TAGA---TTATATTTT-TAAA----T-A-------A-ATC-TG-TAAACCAA--C----A--G--A----TAA-GAA-AT---GTTTGGCCTAGa
gi|16 : aaagtaaatgcaatgggtttccttATT-TT---TTTAA------T-----TG------------TA-AA-AT----TGTATGCTATATATA---T--TTATTATGAAGATTAATATCT-CCAA-TTT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ATT---TCT----TT-----GTTTCA-T-C--CG---CAA---TAA-AA-T-A---------------------T--TT---G---AC--AA-TT-----------T---T-----TT-C--A---------------------------G---ACC--T-CACAT---C-CAA-----T-TT---TT---TTT-----A----T-A-AAA---A-ATC-TG-TAAACCAA--C----A--A--A----TAA-AAA-AA---ATCTGGCCTcaaaag
gi|17 : tttacaGATTGACACCT-ATAA-ATC--AGAA-T---AT-ATCCAAATCTG-ACT---TCT----AT-----ATTTTG-T-CCAT----TAA----AA-A----A-ATA----TTTC-TT-----TTAATT---C---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---TTTATCTT-T--T-----------------TT-T-T--TAA---AAC--A-CCCAT---C-CAG-----CAAT---TT---ATTC-CAAA--------------A-ATC-TA-TA----AA--C----A--A--AC--------AA-AG---GCCTGGCTT
gi|18 : aTTTTT--ATATGTTGGTTTACAGAAT-------------------------A---T---TTTTGA----TTTGT-----------------------------------------------TTT-------TTTTTTT-TCA-TTTTGATAC-TG--TT--ATTA-AATGG----------C----AA--AATGTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTA----------------ACAAAAC----CA-AA-AT----GGTACACCAtaaatg
gi|19 : c-A---AT-GACCTTATTTA-ACCAAGT-T----AT-----GTTTCA-T-CCAT----TA----TAA-AT-C-T-TTT----TTCC-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--T---AGAT---T-----TT----------------------TT-T-T--TCC---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TAAT---TT---TTTG-TGAA------A-AA----A-ATC-AT-T-----AAC-C----A--ACTAT---TGA-ATA-AA---CTCTGGCTTgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|2 : TTAAGGCC---TT-TTTTTTTAATTTGTTCCTTTACAGAAT--CCA--CAGCACCT-------GTT--------TTTCCAT-CA---GTGA-------ATTTTTTTTAAA---------A-AA------A-TC-TTCTC----------TTTT-TAACTTTTGACAA-TGTTATTTATTA-AATGG-GGT-AAG--G-----------GTAA----AAAG----AAA--TTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TT-ACAAAATATTTCA-AG-------TGTTCACCACAAA-A---TCATTGTTACAATGATTGATATCT-CAAA-ATTGAAAAA-A---AT-TAACAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTAA-A-C--TA---TTA---TAA-AT-G-ATATC----TCCCATT-----TT--TT---TG--ACAAAA-TTTT--C---TGAT---T-----TTAT--C-----------------TTAT-T--TCA---ACC--A-CCCATACCG-CAATTT--TGTT---TT---TTTA-AAAATCTGT-A-AAC------------C-----AA--C----A--A--A----TAC-AAA-AA---GTTTGGCTTtattaa
gi|20 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaT-TCA-GTCAGATAT-TG--AT--ATTA-AATGGAGGA-AAATGG----AATGAA-GCTA----TA-G----AA--------GCAAA------------A------T-----TGTATACACC----CA-----------GTAC--CATGAA-A---TTATTGTTATGAAGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---TT-GACC--ATTTG-ACC---TTT----AT-----GTATCA-T-C--T----tacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|21 : GACT-TTTTT-----------GTTTACG-AAT--CCA--TCGTTCTT--------TT----T---TTTTCA---ATTCATGA-------A--------AAA---------A-CATTC---A-CT-CTT--G-----ATTTTCTT-TTA-TTCTGACAC-AG--AA--ATTA-AA-AG-GGA-----------AA--AA-GTAC----AA-G----ACA--CT---GCAAATT-Tg
gi|22 : ACCAAATTTG-TCT---TCG----CT-----ATTACG-T-C--CG---TAA---TAA-AT---A-ATT----TTTCCTT-----TT--TT---T---ACAAAACTTTT--C---TGAT---T-----------------------------TT-T-T--TCA---ACC--A-ACCAT---T-CAA-----TAAT---TT---TCAG-AAAA----
gi|23 : aaatattaaTTTTTTT-TCA-ATTTGAAAC-TA--AT--ATTA-AATAG-------A--G----AA--AG-GTAA----AT-G----ACAGTCT---CCATATT-TC---TTTA----------------ACAAAAC----AA-AC-AT----CTTACATCAAATA-A---TTACTGTTATCAGAATTa
gi|24 : tttAGGTCATGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTTCAGAAT--CAA--CCGTCTC-----------A---T---TTTTT-C-CATTTTTAA-------A--------GAG---------ATAAC-----A-CT-CTTTTATCTTTAATCTTTT-TCA-TTCTGACGT-TG--AT--
gi|25 : -T-T--TCA---ACC--A-CCCAT---C-CAG-----TATT---TT---T------AA----TAA-AAC---A-ATC-TG-TA----AA--C----C--A--ATAAATAA-AAA-AA---AT
gi|26 : gtttcaaccgtaataaataatttctgcattttacagaaaaaaaaaaaaAA----AA-G----AAA--CT---GCAAATT-TC---C-TA--------------G-ACAAAAT----CA-AA-ATATAATGTACATCACAAA-A---TCATTGTTTTGAGAGTTAA
gi|3 : aTTGAGGCCAGATG-TTTTCT--ATTTGTTTGTTTGCAGAAT--CTA--TTGTCCTT-------ATTA---TGAATTTCTAC-TAGTTGTGA-------A--------AAA---------C-AA------A-CT-TTTCTA-----ATTTTCTG-TCA-TTCTGAAAC-TG--AT--ATTA-AACGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AG-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TA-ATAAAAC----TA-AA-AT----TGTACACCATAAA-A---TCACTTTTCCGAAGATTAATATCA-CAAA-CTA--AGAA-A---AT-TACCAAATTTT-ACT---TCT----AT-----GTTTCA-A-C--TGG--CAA---TAA-AT-T-A-ATT----CTTC-TT-----CT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TTAT---T-----TT-T--G-----------------CT-TATAATTG---ACC--A-CCCAC---T-GGA-----TAAA---TT---TTCG-AAAA----C-A-AAC---ATGTCTTGTT-----AA--CA---A--A--AT---TGG-AAA-t
gi|4 : aatggtatgtattatattttgtgttgaactggcaggcaagtgtttcaatttcaatgcagaaattctgttGGCCAGGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTC-ATAGAGT--TCA--CTGTTCTT-------ATTT---T---CTTCCATTCATTT-TGA-------G--------TCA---------A-TA------T-TT-TTTGTT-----ATTTTTTTATCA-TTCTGACAC-TG--AT--AT-A-AATTG-AGA-AAA--T----AA--AA-GAAACTGCAA-GTTGAAAA--CT---GCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TA-ACAAAAA----GA-AACAT----T-TACAACATTAT-A---TCATT------AAAATTGATATCT-CAGA-CTT--AGAA-A---AT-GACAAAATTTGAATC---TTTTAAAATAAATGGTTTCT-T-C--T----T-----------------TT----TTTT-TT-----TT--TT---T---ATAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-A--A-----------------TT-TGT--TCA---ACC--A-CCAAT---T-CAA-----TACT---TT---TATGTAAAA----T-----------GTC-TG-TA----AA--C----C--A--AT---TAATAAA-AAAATGCCTGGCCTAttaaatgcatcctgg
gi|5 : TTTTT--ATT-GTTGGTTTATGGATTTTCTA--CAGTTCTT-------TTTCCCTT---TTTTTTC-CATTTGTTA-------A--------A------------------------T-TTTGTA-----ATTCTT------------ACAA-TG--AT--ATTT-TTTGG-TGA-AAC--A----AA--AA-GTAA----AT-G----AAA--CT---GCAGAAT-TC---CTT---------------G-GCAA-------CA-AA-A----------ACCA--AA-A---TCATTGTTATAAGTGTTCAAATCT-AAGA-ATT--AGAA-A---AT-AAACAAATTTG-ATT---TCT----AT-----GTTTCA-T-TAATTTTGTAA---TAT-ATAT-A-ATCTTTATTTC-TTAA---TT--TT---T---ATCGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--------------------TT-T-T--TCA---ACTTGT-CTTGT---C-CAT-----TAAC---TT---TATG-AAAA--------------A-ATC-AG-TA----AA--CCAAGA--A--AT-----A-AAG-AA---GACTGGCCTatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|6 : cTTTAGGCCAT-CTATCTTTT--ATTTGTTGGTTCATGAAAT--CCA--CAGTTCATAAAAAGAAATA---T---TTTTCAC----TTGTTA-------A--------AA---------------------------------------TCTTT-TCA-TTCTGACAA-TT--AT--ATTACCAT-----A-AAA--GGATAAA--AA-GGAA----AC-A----AAA--CT---GAAAAAT-------TTAA------TGTCCATG-ACAAAAT----TG-AA-AT----TATCAACCACAAA-A---CCATTGTTATGAGAAATAACATCT-CAAT-GTT--AGAA-A---AT-AACCAAATTTG-ATC---TTT----AT-----GTTTCA-T-CCGT----TAA---AAA-AA-A-A-ATT----TCTC--T-----TC--AT---G---ACAGAATTTTT--C---TGAT---T-----TT----------------------TT-T-C--CCC---ATC--A-ACCAT---TCCAA-----TAAT---AT---TTAG-GGAA------A-AACATAA-ACC----------AA--C----A--T--TT---TCA-AAA-AT---GCTTGGCCTAtagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|7 : TTTTT--ATTTGTCTGTTTACAGAAT--CCA--CCGGCCCT-------ATT----------TTTGC-CGTTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------AGC-------A-----ATTTTTT-----------ATAC-TG--GT--AT----AT-------------------------TAA----AA-G----ACA--CT---ACAATTT-TT---TTTAA---------------AAAAAACAAA-CA-AA-AT----TTTACACCACAAA-A---TCTTTGTAAGGTAGATTAACACTC-CAAG-AAT--AGAA-AAATAT-AGCAAAATTTA-ATC---TC------T-----GTTTCA-T-C--TA---TAG---TAA-TG-T-A---T----TTTA-TC-----TT--TT---T---ACAGAA-TTCT--A---TGAT---T-----TT-TTAA-----------------TT-A-T--TCT---A----A-TTTAT---T-TTA-----T-TT---TT---TTTA-AAAA----T-A-TAT---A-AAC----C-----AA--C----A--A--AT---AAA-AAA-AA---GTCTGGCCTAattaaca
gi|8 : AGGTCAGATT-TTTTTTTTATTTGTTGGTTTCTTGAAT--CCA--CTGTCCCC---------T----T---TTTTTAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------T-GT-TTTTCA--------TATTT-TCAACTCTG------G--AG--A--------G-GGA-A-----------------TAA----AA-G----AAA--CT---GAAGATTGTC---TTTA-----------------CAAAAT----CA-AA-AT----TGCATACCATGAA-A---TCATTGTTATGTGGG-----------AAA-AAT--AGA-------------AAATTTG-ACT---TTT----CT-----GTTTTA-T-CA-T----TAA---TAA-AT-T---ATT----TTTC-CA-----TT--TT---T---ACAGGA-TTCT---------T---T-----TT-T--------------------TC-T-C--TCC---CCC--ACCCCAT---T-TAA-----TATT---TT---TTTG-G---------A-AAC---A-ATC-TG-TTAACCAA--C----A--A--AT---TAA-AAC-A-----TTTGACCTaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|9 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcagTTTT--AGTTGCTAATTGGCATAAT--CCA----GTTCCT-------ATT----T---TTTTCAC--AT--GTAA-------A--------AAA---------A-AATTGTTCA-TTGTTTTTA-----ATTTTTTG-TTA-TTTTGACAA-TG--AT--ATTG-AATGG-GGACCAA--A----AA--AA-GT---------G----AAA--CT---GCAAAAT-TC---T----------C-----TG-ACAAAAC----CA-AA-GT----TGTACACCCTAAA-A---TGATTGTT-------TTA-----------------AGAACA---AT-GACCAA-------------------AT-----ATTTTA-C-C--A----TAA---TAA-AA-C-T-ATT----TTTC-CT-----CT--TG---T---ACAGAA-TTTTACC---T--T---T-----TT-T--taataatt
blockSeqs : A A A TA G TT CC AAAAAGAAATAT TTC AAAATAAAAACACACAAACTTTTCTA A CT AA TT TT C TGGAGGAAAATGGAATGAA CTGC A TTGA GT TTT G AAACTGAAATTTCCTTA ATTT T C ATAA C T CCC A C AT TA GA C AAT A A AAG TAAA AAATGG C . AATTTTG TCG C TGATA TTTA A TTATC AA ATA CCC C AC TCA . TTATC TATTTATTTAATTTTTTTT A A AA GTCC TG C ACCG AAGTG G TTA ATA GAAAACAAACATGTCTTGTT AC CAATAAAT T . AAT
blockSeqs : G A . TT T . AC ATTATGAA TC AGAGATAACACTCTTTTATCTTTAA . AC A . . . TGGGGACCAAAAAAA . . . . . . TTAATGTCCATG AAA . . . T . . C C A A . . . . . . . G . . CAT . . TATAA . C AA . . G T . . . AAA TTAA . G . G . . TC TTT T . . TTAAATAAATCTGTAAACC C CAAGAAAT T . .
blockSeqs : T G . . G . CA TTTCCCTT CC AAAAAAATTGTTCATTGTTTTTAAT . T C . . . CGGGGAAAAGAAAA . . . . . . TTTAATTG . . . . T . . A C T G . . . . . . . A . . CAT . . TTTA . . . . . . . . . . . ATC . . . G . . T . T . . ATAAAAAATCTGTAAACC . AACAATT . . .
blockSeqs : A . . C . TC ATTAC CT ATTTTTTTTAAAAAAATCTTCTC . T A . . . TTGAGAAAATAAAA . . . . . . CTTAATTA . . . . C . . G T C A . . . . . . . A . . TGG . . GTAT . . . . . . . . . . . TA . . . C . . T . G . . GGAAACAATCTGTTAACC . AACTATT . . .
blockSeqs : G . . G . CC ATTTT CC AAAAAAAATCCTTTATAAT . T T . . . TGGTGAAACAAAAA . . . . . . TGTAACT . . . . C . . A T C C . . . . . . . G . . CGT . . TTAT . . . . . . . . . . . TA . . . G . . C . T . . AATAAAACAATCTGTA . AAAATT . . .
blockSeqs : A . . T . TT AAAT CC AAAAACATTCACTCTTGAT . G C . . . TAAAAGGATAAAAA . . . . . . TCTTTT . . . . T . . A A G C . . . . . . . A . . TG . . TTAT . . . . . . . . . . . TA . . . A . . C . A . . GGGAAAAACATAAACC . AAACA . . .
blockSeqs : . . . G . CT ATTT CC AAAACAAACTTTTCTAAT . T C . . . CTGGAAAAATA . . . . . . ATTGT . . . . C . . T T C T . . . . . . . G . . TC . . TCTT . . . . . . . . . . . TC . . . C . . C . A . . GAAAATACAACAAGA . CAATT . . .
blockSeqs : . . . G . CA GTT C GTCAATATTTTTTGTTAT . A T . . . TGGGGGGAAAA . . . . . . TTTAA . . . . T . . A C A A . . . . . . . G . . CG . . TTAA . . . . . . . . . . . CA . . . A . . C . T . . AGAAATCCGTAAACC . ATTTT . . .
blockSeqs : . G . CA TTT C AAAAAAATGTTTTTCA . T C . . . TGGGGTAAGG . . . . . . ATTA . . . . A . . G T C A . . . . . . . G . . TA . . AAAA . . . . . . . . . . . TT . . . A . . T . A . . GTGAAAAAAATCATT . AAATA . . .
blockSeqs : . T . CC ATT . AAAAAAAAGCAAT . T C . . . TGGCAAAAT . . . . . . CTTG . . . . C . . G C C A . . . . . . . A . . CG . . ACTA . . . . . . . . . . . TG . . . A . . T . T . . AAAAATCTGTAAACC . AAATT . . .
blockSeqs : . G . CT AT . AATTTTGTAAT . T A . . . AGGGAAAAA . . . . . . ATTA . . . . T . . A T C C . . . . . . . G . . TA . . TTG . . . . . . . . . . . AA . . . G . . C . A . . AAAAATATATAAACC . AGAT . . .
blockSeqs : . A . . AT . TTTT . T A . . . TAGAGAAAG . . . . . . CTTG . . . . T . . A T C C . . . . . . . G . . AT . . ATA . . . . . . . . . . . T . . . A . . T . C . . GTAAAATGTCTGTA . AAAT . . .
blockSeqs : . . . . TT . AAA . T C . . . GGGAA . . . . . . CTTA . . . . C . . G A A A . . . . . . . G . . G . . TAA . . . . . . . . . . . T . . . A . . T . A . . CCAAAAATCTATA . AAAC . . .
blockSeqs : . . A . . . A . . . . . . TTTA . . . . C . . G C C G . . . . . . . G . . T . . GTA . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . A . . GAAAAAATCAGTA . AAAT . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . CTAG . . . . T . . A C C A . . . . . . . G . . T . . TTA . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . T . . TAAAAATCCGT . GAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CTTG . . . . T . . G . . A . . . . . . . A . . A . . AA . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . TTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TCTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : CC** ATT*************** CC* TGGGGAAAAGAAAA*********** CG***** TTAA*** *** ***** GAAAAAATCTGTAAACC****************** AAATT***********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGTCCCT-------ATTA---T---TTTTCAC-CATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-C--T----TAA---TAA-AT-T-A-ATT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTG-AAAA----T-A-AAC---A-ATC-TG-T-----AA--C----A--A--AT---TAA-AAA-AA---GTCTGGCCTAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCACC--GTCCCTATT---------------TTTTCACC-ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTTTTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--AT--ATTA-AATGGGGAAAAGAAAA-----------GTAA----AA-G----AAA--CT---GCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAAC----CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTG-ACC---TCT----AT-----GTTTCA-T-CCG-----TAA---TAA-ATTAA---TT----TTTC-TT-----TT--TT---T---ACAGAA-TTTT--C---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA-----TANT---TT---TTTGAAAAAATCTGTAAACC------------------AA--CAAATT-----------AA-AAA-AA---GTCTGGCCTAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4444444444444444444444444 44444444444444444444444 2222222222222222 22222222222222222222222222222 11111 11111
lowQualScore : 1 5 4 77 1 0 33 1111111111111 11 2 77777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 55 0 0 55 33 33 0 2 1111111111111111111111111 2 4444 4444 666 2 88888888888888888888888 66666666 2 2 4444 0 4 2 333 2 1 22 33 33 2 333 2 44444 1 1 555555 5555555 1111111111111111 4444 2 2 2 88888 2 22 333 555 55555 4 3333 333 99999999999999999999999999999 2 4 33 7777 0 33 2 44444 666 00000 4444 2 2 22222 4 55555 44 33 88888888 77 0
lowQualScore : . . . .. . . .. ............. .. . ..... .................................................................................. . .. . . .. .. .. . . ......................... . .... .... ... . ....................... ........ . . .... . . . ... . . .. .. .. . ... . ..... . . ...... ....... ................ .... . . . ..... . .. ... ... ..... . .... ... ............................. . . .. .... . .. . ..... ... ..... .... . . ..... . ..... .. .. ........ .. .
lowQualScore : 2 3 4 99 9 9 99 0000000000000 11 9 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 22 6 2 00 22 22 5 5 5555555555555555555555555 2 7777 7777 999 0 33333333333333333333333 33333333 1 1 5555 9 2 1 777 0 8 33 00 11 1 777 1 88888 1 0 666666 0000000 8888888888888888 5555 1 1 1 22222 1 99 777 888 33333 2 7777 777 88888888888888888888888888888 1 2 11 9999 5 11 2 88888 111 99999 7777 2 2 55555 4 99999 88 22 44444444 88 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGT-------CCCTAT-T-----TTTT--CAC-C----ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTT------TTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--A--TATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AAG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTGACC---TCTATGTTTCA-----TC---C-G-TAATAAA----------T-TA-ATT----TT-T-C-TT-----T-T--TT---T---ACAG-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA---TA----NT----TT-TT-TG---AAAA-AA-----TC-TGTA--AACCAA----C---AAATTAAAAAAAGTCTGGCCTAG
Reference ( family-386 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAGGCCAGACT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTACGGAAT--CCA--CCGT-------CCCTAT-T-----TTTT--CAC-C----ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------A-CT-TTT------TTA-----ATTTTTTT-TCA-TTCTGACAN-TG--A--TATTA-AATGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AAG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTGACC---TCTATGTTTCA-----TC---C-G-TAATAAA----------T-TA-ATT----TT-T-C-TT-----T-T--TT---T---ACAG-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ACC--A-CCCAT---T-CAA---TA----NT----TT-TT-TG---AAAA-AA-----TC-TGTA--AACCAA----C---AAATTAAAAAAAGTCTGGCCTAG
gi|1 : GGCCAGTCT-TTTTTA--ATTTTTTTGTTTACAGAAT--CCAAATGGT-------TCCCAC-T-----TTTT--CA-------GTTTGTGACCACAAAA--------AAA---------G-AA------G-CT-TTT------TTA-----AATATTTT-TCA-TACTG---G-TG--A--TATTA-AACCG-GGA-AAG------------------------AG----AAA---CAGCAGGTT-TC-------A------T-----TG-TCAAAA----C---CA-AA-CT----CGCATACTATAAT-G---TCACTGGTATAAGAATAAATATCT-CGAA-ATT--GGAA-A----T-GACCAAATTAAACC---TCTGTCTTTCA-----CA---C-A-TAATAAA----------T-TA-AAT----ATAT-A-TT-----T-T--TT---T---ACAG-----AA-TATTC---AGATTTCT-----TT-T--T-----------------TT-T-T--TCA---CCT--A-CTTA----T-CAAC--TAG---TT----TT-TT-TT---AGAA-AA-----TC-CGTA--AA-----------------AAAATAAGTCTAGCTTA
gi|10 : ttttggctggagtaaaaatgaaaaaaagtcttaaatggtgcacattattttcgtctcaaaccaaataaatatgaaattttttataccttTTTTT-TTA-TTGTGCCAAATA--A--CATTA-AACTG-GAA-AAA--T----A-------T-AA----ATG----AAA---CAGTAGATT-TT-------A------T-----TA-ACATA-----C---CA-AA-AC----TACACACCACCAA-A---TCATTGTTATGAAAACTGACACCT-ATAA-ATG--AGAA-A---ATAAACAAAAAATGACT---TGTATGTTTTG-----TC---T-G-TAA-AGA----------T-TT-ATT----TC-T-A-TT-----A-T--TA---T---ACAT-----AC-TTTTC---TGAC---TAAA--TC-T--A-----------------TT-T-T--TTGTCCATC--A-CCCAT---T-CAC---CA----GT----CT-TA-TG---AAAA-TA------C-AACAAGAACCAA----C----AATTAAAAAAAATCTGTCCTattgtacaatttatgtatatagtgcaatatgattttgttttccttttccaaataaaaaaat
gi|11 : A--AT-GT-AA----AAG----AAA---CCG-AG--T-TC---CTT---------------G-ACAAAA----T---CATAA-AT----C-TAT-CCA-AAA-G---TTATTGTTATGACGACGAACATAT-TAAA-G-------A-A---AT-AACCAAAGCTGACC---TCTATATCTCA-----CT---C-G-TTATAAA----------T-TG--TT----AC-T-C-TT-----T-T--AT---T---ACAC-----AA-ATTTC---TGAT---A-----TT-T--A-----------------TT-T-T--TCG---ATC--A-TC-AT---T-CAG---TA----TT----TTATT-TT---TAGA-AA-----TC-CGTA--AACCAA----C---AAACAGTAACAATTCTGGCCTtattgcaa
gi|12 : AAGGCCAGACA-AATTTT--ATTTGCTGGTTTATGGAAT--CTG--CCAT-------CCCTAT-T------------AC-CCCTTATTTTTGA-------A--------AAATAAAAACACACAA------A-CT-TTT------CTA-------TTATTT-TCA-TATTAACAA-TT--A--TAGCA-AATGG-GGG------G----AA--AA-GC-AA----AAG----AAA---TTACAGATT-TC---TGTAA------C-----T----AAAA----C----A-AA-AT----TGTACACCATAGA-A---TTATTGTCATGAAGATAAACATTT-CAAT-ATT--AGAA-A---TT-GACAAGATTTGACC---TCTTTATTTCA-----Ttaaaaatcaaaaattattatcgtaaatttgatgatatggatgtat
gi|13 : ttttaaacaagcgTTAT--ATTTGTTTATTTATGGAAT--TCA--ACAT-------CAATAAAT-----TTTG--CA-------ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------ATCC-TTT------ATA-----ATTCT-TT-GCA---------------A--TACCA-AA-----------------------A-GT-AA----AAG----AA----CTTCAGATT-TC-------A------T-----TA-ACAGAA----C---CA-AA-TT----TGTACACAATTAA-A---TTAC-----------TTAATATCT-CTAA-CTT--AGAA-A---AT-G-CCACATTGG----------------A-----TC---C-A-TAATAAA----------G-TA-TTT----CT-T-C-TT-----T-T--TT---TCCCACAG-----AA-TTTTC---TT-T---T-----TT-T--A-----------------TT-T-
gi|14 : ATT-TC---CTT---------------G-GCAAAA----C---CA-AA-AT----TGTACACCACAAA-A---TCATTGTTATGAGGGTTGCTATTTATACATATA--AGAA-A---AT-GAGCAAATT--A-------TAT-TTTTA-----TC---T-C-TAATAAA----------T-TA-TTT----CT-T-C-TTTTATCT-T--TT---C---ACAA-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TT-T--ATTTATTTAATTTTTTTTTT-T-T--TCG---ATC--A-CCCAT---C-CAA---AAGTGTTT----TT-TT-TT---TAAA-AA-----TC-CGTA--AACCGA--------AAAT---AAATAGTCTGGCATAcaattattttcaaccca
gi|15 : CACAAA-ACCCTCTTTGTTATGAAGATCACAATCT-GAAA-CTT--AAAA-A---AT-GACCAACTTTGACC---TCTG---TTCA-----TCAATC-G-TAAC--A----------T-TA-TTT----AT-C-C-TT-----T-T--TTATAT---ACA------AA-TTTTCTCATTAT---T-----TT-T--C-----------------TT-T-T--TTC---ACC--A-TCCAC---C-CAG---TAG---ATTATATT-TT-TA---AATA-AA-----TC-TGTA--AACCAA----C---AGA-TAAGAAATGTTTGGCCTAGa
gi|16 : aaagtaaatgcaatgggtttccttATT-TT---TTTAA------T-----TG---------------TA-AA-AT----TGTATGCTATATATA---T--TTATTATGAAGATTAATATCT-CCAA-TTT--AGAA-A---AT-GACCAAATTTGATT---TCTTTGTTTCA-----TC---C-G-CAATAAA----------A-TA------------------------T--TT---G---AC-------AA-TT---------T---T-----TT-C--A---------------------------G---ACC--T-CACAT---C-CAA---T-----TT----TT-TT-TAT--AAAA-AA-----TC-TGTA--AACCAA----C---AAA-TAAAAAAAATCTGGCCTcaaaag
gi|17 : tttacaGATTGACACCT-ATAA-ATC--AGAA-T---AT-ATCCAAATCTGACT---TCTATATTTTG-----TC---C-A-TTAAAAA-------------A-ATA----TT-T-C-TT-----T-TAATT---C---ACAG-----AA-TTTTC---TGAT---TTTATCTT-T--T-----------------TT-T-T--TAA---AAC--A-CCCAT---C-CAG---CA----AT----TT-AT-TC---CAAA-AA-----TC-TATA--AACAAA----C---AAA
gi|18 : aTTTTT--ATATGTTGGTTTACAGAAT----------------------AT-T-----TTTG-----------ATTTGT-----------------------------------------------T------TT-------TTTTTTT-TCA-TTTTGATAC-TG--T--TATTA-AATGG----------C----AA--AATGT-AA----AGG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTA----------------ACAAAA----C---CA-AA-AT----GGTACACCAggcctggctttaaatg
gi|19 : c-A---AT-GACCTTATTTAACCAAGT-TATGTTTCA-----TC---C-A-TTATAAA----------T-CT-TTT----TT-C-C-TT-----T-T--TT---T---ATAG-----AA-TTTTT---AGAT---T-----TT----------------------TT-T-T--TCC---ACC--A-CCCAT---T-CAA---TA----AT----TT-TT-TGTGAAAAA-AA-----TC--ATT--AACCAA----C----TATTGAATAAACTCTGGCTTgttatatgggtgtcaaaactggagtagattaaat
gi|2 : TTAAGGCC---TT-TTTTTTTAATTTGTTCCTTTACAGAAT--CCA--CAGC-------ACCTGT-T-----TTTC--CAT-C----A---GTGA-------ATTTTTTTTAAA---------A-AA------A-TC-TT----------------CTCTTTT-TAACTTTTGACAA-TGTTATTTATTA-AATGG-GGT-AAG--G-----------GTAAA----AAG----AAATTTTTACAAATT-TT---TCT--------T-----TT-ACAAAATATTT---CA-AG-------TGTTCACCACAAA-A---TCATTGTTACAATGATTGATATCT-CAAA-ATTGAAAAA-A---AT-TAACAAATTTGACC---TCTATGTTTAA-----AC---T-A-TTATAAA----------T-GATATC----TC-C-CATT-----T-T--TT---TG--ACAA-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TTAT--C-----------------TTAT-T--TCA---ACC--A-CCCATACCG-CAATTTTG----TT----TT-TT-T-----AAA-AA-----TC-TGTA--AACCAA----C---AAA-TACAAAAAGTTTGGCTTtattaa
gi|20 : tttccacactccgatgtttaacaaaaataaaT-TCA-GTCAGATAT-TG--A--TATTA-AATGGAGGA-AAATGG----AATGAA-GC-TA----TAG----AA------GCAAA------------A------T-----TGTATACAC----C---CA-----------GTAC--CATGAA-A---TTATTGTTATGAAGATTAACATCT-CAAA-ATT--AGAA-A---TT-GACC--ATTTGACC---TTTATGTATCA-----TC---T-G-tacaatgaactttaaatacatttatttctatgggtctcatggaaacctttaatta
gi|21 : GACT-TTTTT-----------GTTTACG-AAT--CCA--TCGT-------TCTTTT-T-----TTTT--CA-------ATTCATGA-------A--------AAA---------A-CATTC---A-CT-CTT--------G-----ATTTTCTT-TTA-TTCTGACAC-AG--A--AATTA-AA-AG-GGA-----------AA--AA-GT-AC----AAG----ACA---CTGCAAATT-T
gi|22 : ACCAAATTTGTCT---TCGCTATTACG-----TC---C-G-TAATAAA------------TA-ATT----TT-TCC-TT-----T-T--TT---T---ACAA-----AACTTTTC---TGAT---T-----------------------------TT-T-T--TCA---ACC--A-ACCAT---T-CAA---TA----AT----TT-TC-AG---AAAA-A
gi|23 : aaatattaaTTTTTTT-TCA-ATTTGAAAC-TA--A--TATTA-AATAG-------A--G----AA--AG-GT-AA----ATG----ACAGT-CTCCATATT-TC---TTTA----------------ACAAAA----C---AA-AC-AT----CTTACATCAAATA-A---TTACTGTTATCAGAATT
gi|24 : tttAGGTCATGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTTTTCAGAAT--CAA--CCGT-------CTC-AT-T-----TTTT----C-C----ATTTTTAA-------A--------GAG---------ATAAC-----A-CT-CTT------TTATCTTTAATCTTTT-TCA-TTCTGACGT-TG--A--T
gi|25 : GTTTCA-----AC---C-G-TAATAAA----------T--A-ATT----T----C-TG-----CAT--TT---T---ACAGAAAAAAA----------AA----------------A-----------------AA-T-T--TCA---ACC--A-CCCAT---C-CAG---TA----TT----TT-TAATA---AAAC-AA-----TC-TGTA--AACCAA----T---AAATAAAAAAAA
gi|26 : -AA----AAG----AAA---CTGCAAATT-TC---C-TA--------------G-ACAAAA----T---CA-AA-ATATAATGTACATCACAAA-A---TCATTGTTTTGAGAGTTAAt
gi|3 : aTTGAGGCCAGATG-TTTTCT--ATTTGTTTGTTTGCAGAAT--CTA--TTGT-------CCTTAT-TATGAATTTC--TAC-T----AGTTGTGA-------A--------AAA---------C-AA------A-CT-TTT------CTA-----ATTTTCTG-TCA-TTCTGAAAC-TG--A--TATTA-AACGG-GGA-AAA--G----AA--AA-GT-AA----AGG----AAA---CTGCAGATT-TC---CTTAA------T-----TA-ATAAAA----C---TA-AA-AT----TGTACACCATAAA-A---TCACTTTTCCGAAGATTAATATCA-CAAA-CTA--AGAA-A---AT-TACCAAATTTTACT---TCTATGTTTCA-----AC---TGG-CAATAAA----------T-TA-ATT----CT-T-C-TT-----C-T--TT---T---ACAG-----AA-TTTTC---TTAT---T-----TT-T--G-----------------CT-TATAATTG---ACC--A-CCCAC---T-GGA---TA----AA----TT-TT-CG---AAAACAAACATGTCTTGTT--AACAAAATTGG---AAATTAAAt
gi|4 : aatggtatgtattatattttgtgttgaactggcaggcaagtgtttcaatttcaatgcagaaattctgttGGCCAGGCT-TTTTTT--ATTTGTTGGTC-ATAGAGT--TCA--CTGT-------TCTTAT-T-----TTCTTCCATTC----ATTT-TGA-------G--------TCA---------A-TA------T-TT-TTT------GTT-----ATTTTTTTATCA-TTCTGACAC-TG--A--TAT-A-AATTG-AGA-AAA--T----AA--AA-GA-AACTGCAAGTTGAAAA---CTGCAAATT-GCAAACTGAAATTTCCT-----TA-ACAAAA----A---GA-AACAT----T-TACAACATTAT-A---TCATT------AAAATTGATATCT-CAGA-CTT--AGAA-A---AT-GACAAAATTTGA--------ATCTTTTA--------------AAATAAATGGTTTCTTCT-T---TT----TT-T-T-TT-----T-T--TT---T---ATAG-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TT-A--A-----------------TT-TGT--TCA---ACC--A-CCAAT---T-CAA---TA----CT----TT-TA-TGT--AAAA-TG-----TC-TGTA--AACCAA----T---TAATAAAAAAATGCCTGGCCTAtgcatcctgg
gi|5 : TTTTT--ATT-GTTGGTTTATGGATTTTCTA--CAGTTCTTTTTCCCTTT-T-----TTTT--C---C----ATTTGTTA-------A--------A------------------------T-TTT------GTA-----ATTCTT------------ACAA-TG--A--TATTT-TTTGG-TGA-AAC--A----AA--AA-GT-AA----ATG----AAA---CTGCAGAAT-TC---CTT---------------G-GCAA----------CA-AA-A----------ACCA--AA-A---TCATTGTTATAAGTGTTCAAATCT-AAGA-ATT--AGAA-A---AT-AAACAAATTTGATT---TCTATGTTTCATTAATTT---T-G-TAATATA----------TATA-ATCTTTATT-T-C-TTAA---T-T--TT---T---ATCG-----AA-TTTTC---TGAT---T-----TT-T--------------------TT-T-T--TCA---ACTTGT-CTTGT---C-CAT---TA----AC----TT-TA-TG---AAAA-AA-----TC-AGTA--AACCAA----G---AAAT--AAAGAAGACTGGCCTatgatgttattgaccagccatttgttctaattattgtctctcatgatatcttaaattaagaatgacaaa
gi|6 : cTTTAGGCCAT-CTATCTTTT--ATTTGTTGGTTCATGAAAT--CCA--CAG-----------------------TT--CA------------TAA-------A--------AAG---------A-AAT-----A-TT-TTTCACTTGTTA-----AAATCTTT-TCA-TTCTGACAA-TT--A--TATTACCAT-----A-AAA--GGATAAA--AA-GG-AA----ACA----AAA---CTGAAAAAT-------TTAA------TGTCCATG-ACAAAA----T---TG-AA-AT----TATCAACCACAAA-A---CCATTGTTATGAGAAATAACATCT-CAAT-GTT--AGAA-A---AT-AACCAAATTTGATC---TTTATGTTTCA-----TC---C-GTTAAAAAA----------A-AA-ATT----TC-T-C--T-----T-C--AT---G---ACAG-----AATTTTTC---TGAT---T-----TT----------------------TT-T-C--CCC---ATC--A-ACCAT---TCCAA---TA----AT----AT-TT-AG---GGAA-AA-----AC--ATA--AACCAA----C---ATTTTCAAAAATGCTTGGCCTAtagacgaatgttattattaatttgaagagatatattttctggttattccagtaattttgatgttaagattacaaa
gi|7 : TTTTT--ATTTGTCTGTTTACAGAAT--CCA--CCGG-------CCCTAT-T-----TTT----GC-C----GTTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------AGC-------------A-----ATTTTTT-----------ATAC-TG--G--TAT----AT-------------------------T-AA----AAG----ACA---CTACAATTT-TT---TTTAA---------------AAAAAA----CAAACA-AA-AT----TTTACACCACAAA-A---TCTTTGTAAGGTAGATTAACACTC-CAAG-AAT--AGAA-AAATAT-AGCAAAATTTAATC---TC--TGTTTCA-----TC---T-A-TAGTAAT----------G-TA---T----TT-T-A-TC-----T-T--TT---T---ACAG-----AA-TTCTA---TGAT---T-----TT-TTAA-----------------TT-A-T--TCT---A----A-TTTAT---T-T-----TA----TT----TT-TT-TT----AAA-AA-----TA-TATA--AACCAA----C---AAATAAAAAAAAGTCTGGCCTAattaaca
gi|8 : AGGTCAGATT-TTTTTTTTATTTGTTGGTTTCTTGAAT--CCA--CTGT-------CCCC-T-T-----TTTT--TAC-C----ATTTGTGA-------A--------AAA---------A-AA------T-GT-TTT------TCA--------TATTT-TCAACTCTG------G--A--GA--------G-GGA-A-----------------T-AA----AAG----AAA---CTGAAGATTGTC---TTTA-----------------CAAAA----T---CA-AA-AT----TGCATACCATGAA-A---TCATTGTTATGTGGG-----------AAA-AAT--AGA-------------AAATTTGACT---TTTCTGTTTTA-----TC---A-T-TAATAAA----------T-T--ATT----TT-T-C-CA-----T-T--TT---T---ACAG-----GA-TTCT-------T---T-----TT-T--------------------TC-T-C--TCC---CCC--ACCCCAT---T-TAA---TA----TT----TT-TT-TG---GAAACAA-----TC-TGTT--AACCAA----C---AAATTAAAACA--TTTGACCTaatataggtcatactgcaaaatggctatctttaactgttatgaaagaa
gi|9 : ttccacacaatggtaccaaattttacaagaaggtcagTTTT--AGTTGCTAATTGGCATAAT--CCA----GT-------TCCTAT-T-----TTTT--T---C----ACATGTAA-------A--------AAA---------A-AATTGTTCA-TTGTTT------TTA-----ATTTTTTG-TTA-TTTTGACAA-TG--A--TATTG-AATGG-GGACCAA--A----AA--AA-GT---------G----AAA---CTGCAAAAT-TC---T----------C-----TG-ACAAAA----C---CA-AA-GT----TGTACACCCTAAA-A---TGATTGTT-------TTA-----------------AGAACA---AT-GACCAA--------------ATATTTTA------C---C-A-TAATAAA----------A-CT-ATT----TT-T-C-CT-----C-T--TG---T---ACAG-----AA-TTTT------AC---C-----T-----------------------TT-T-T--TCA---A----A-----------CGA---------------TT-TT-GG---GGGA-AA-----TC-TGTA--CACCAA----CAAAAAATTAGAAtaataatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): GGCCTTATCATGCATTATCTTTATTTTTATTTTATTTCAGTTGCAATCATTTTTTTAAAATTTTGTTCTGAATTT