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lowQualScore : . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . ... ...... . . ... .... . .... ... .. . . . . . .. . ....... . .... . .... . . .... .... ..... . .............. . . . . ....... . . ......................................... ... .... ..
lowQualScore : 8 4 0 0 0 55 7 0 5 0 0 7 7 0 5 5 5 0 2 222 000000 0 7 888 1111 4 9999 000 55 0 0 9 6 9 66 5 3333333 7 1111 9 9999 7 5 3333 3333 99999 5 22222222222222 3 5 7 5 2222222 2 3 99999999999999999999999999999999999999999 333 3333 00
consensus : TGAATTNAGACAATGATTTCTCCCAAGGATGTTAATATATTTAATAAAA-TATAGATGTAGATCTATAACGAGAATAAAATGGAAATATCAAATATATTGTGT--AAAAATATTATGTTATAAAATAAATATTATTGTGAATGTAGAATATATATTGGCTTATTCTTTAATCATTTTATAAGACCATTNATTTTGGCGGCTGAGGGTCCTTTTCTGTCGGTTGCAATCAAACAAGACGGCTACCGGTTCCATGCAAGGCATGATAAATATAGCCCTCGCTGCCATTGATAATGNAATTAACATCTTTCCGCGAGA--AATA----CTTTTTTTTATAAATTCTAAAAT-ACGCTCTTTTGCTGCTTCAGCCATAT-TTCATCATATATTCA---CTGCTGGATCA----CATC-TAT----AT---CTGC-TG-AATCATTTT-CATCATGTATTCACTGCTGAATCATTTAAGCAGGGATCAGTCTG-TT----TTTTC-TTGCTTGATAAAT----CGAATAAGTGATATCACT----TATT-CGAATAAGTGATA----TCACT----T-----A-T----T-----C---G-AATGA-GTGATATCACTT-ATT-----C-G-AATAAGTGATATCACTTATTC-G-TT----ACCGAGTACAA--GAGTGATTATGTC-ACT-ATCGNCTGTTC---CGCTAAATATCAAAACAAACA
Reference ( gi|1 ) : TGAATTTAGACAATGATTTCTCCCAAGGATGTTAATATATTTGATAAAA-TATAGATGAAGATCTATAACGAGAATAAAATGGAAATATCAAATATATTGTGTAAAAAAATATAATGTTATAAAATAAATATTATTGTGAATGTAGAATATATATTGGCTTATTCTTTAATCATTTTATAAGACCATTAATTTTGGCAGTTTAGGGTCCTCTTCTGTCGGCTGCAATCAAACAAGATGGCTACCAGTTCCATGCAATGCATGATAAATATAGCCCTCGCTGCCATTGATAATGAAATTATCATATTTCTGCGAG---AATA----CTTTTTTTTATAAATTCTAAAAT-ACGCTCTTTTGCTGCTTCAGCCATAT-TTCATCATATATTCA---CTGCTGGATCA----CATC-TAT----AT---CTGC-GG-AATCATTTT-CATCACGTCTTCACTGCTAAATCATTTAAGCAGGGATCAGTCTG-CT----TTTTC-TTGCTTGATAAAT----CGAATAGGTGATATCACT----TATT-CGATTAAGTGATA----TCACT----T-----A-T----A-----A---G-AATGA-GTGATATCACCT-ATT-----T-G-AATGAGTGATATCACTTATTT-G-TT---GCCCGAGTACAA--GAGTGGTTATGCCAACTCATCGTCTGTTA---CACTAAATATTTAAACAAACA
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gi|3 : aAAAAATATTATGTTATAAAATAAATATTATTGTTAATGTAGAATATATATTTGCTCGTTCTTTAATAATTTTATAAGACCATTAATTTTGGCGGCTGAGGGTCCTTTTCTGTCGGCTACAATCAAACAAGACGGCTACCGGTTCCATGCAAGGCATGTTAAATATAGCCCTTGCTCCCATTGATAATGCAATTAACATCTTTTCGCAAAAT-AATA----C-TTTTTTTATAAATTCTAAAAT-ACGCTCGTTTGCTGCTTCAGCCATAT-TTCGTCATATATTCA---CTGCTGGATCA----CATC-TAT----AT---CTGC-TG-AATCGTTTT-CATCATGTCTTCACTGCTGAATCATTTTGGCAGGGATCAGTATG-TT----TTTTC-TTGCTTGATAAatatattcactgctggatc
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